岷州宕昌土司马氏为汉马援之后，源于陕西扶风，至晋，谪戍四川黎州安抚使安置。元至正间，马征因防守哈达川九族，授指挥使职，遂家岷州卫，即岷州城南120里之宕昌。
明洪武四年正月，马征之子马珍被调赴京。马珍于明初即归附朝廷。洪武三年四月，岷州南路木家等七族藏族同胞出没为患，马珍屡奉文剿抚，其地少宁。以功而奉调赴京，领授品字七八号诰命：“朕以威武定天下，凡慕义来归者，皆授之以官，塍兹生番之要。尔马珍，世袭其职，当我师西征，即能来附，朕因嘉之。今擢尔武职，令子孙世世承袭。加尔昭信校尉，管理木家七族百户事。”
陈启生《宕昌历史研究》，对马土司家族研究颇多详尽。马珍初为土司，只是百户校尉官，属正六品，其管辖范围为木家七族。之后的历任土司皆为武将，颇能领兵打仗，其管理范围也随之不断扩大，由七族而至于四十五族，由宕昌近邻而至于白龙江南岸，世袭土司达五百余年。治边守土，延之两朝。
据《宕昌历史研究》载，宕昌土司管辖范围的扩大有三个明显阶段。
明洪武至嘉靖年间，平定宕昌城近郊番族。此乃宕昌土司势力范围初步形成时间。征剿与抚慰兼用，以征剿为主。其管辖范围包括今官鹅沟、大河坝沟、簸箕油房沟番族地区。
明永乐十五年（1417）十一月，首次平定常哈族之乱。洪熙元年（1425）八月，平定岳藏堡等番族之乱。天顺七年（1463），平定力节等番族之乱。嘉靖二十八年（1549）七月，平定六忍（今鹿仁）、常哈（当为铁力哈，今临江铁谷里）番族之乱。嘉靖四十四年（1656），平定着札族（当今簸箕申札）之乱。
万历至清康熙年间，向周边地区发展。其辖区扩展到今南阳、临江一带，管理土族32族、处。万历十九年（1591）九月，平定良恭草川（今兴华境内）过境匪患，委托宕昌土司管理草川地方。万历二十五年（1597），“又蒙委防守凉（良）恭地方”。到了清朝的顺治九年（1652），硙子坝（今兴化境）数处居民乃获所请，愿改属宕昌土司管辖，兼管临江（今南阳杨集）、汤瓦（今宕昌）二里百姓并五寨居民。康熙四十一年（1702），马土司管辖范围“管中马番人一十六族，把守隘口一十六处。东至硙子坝与礼县交界八十里，南至西固交界六十里，西至柏杨林与赵廷贤交界四十里，北至麻龙、闾井与头目赵子英、后君遴交界九十里。”
清康熙至咸丰年间，向白龙江南岸发展，其辖区包括今宕昌沙湾南岸及连片的舟曲藏民地区。康熙四十八年（1709），参与镇压八楞（今属舟曲）藏族同胞起事，八楞归顺的34族归宕昌马土司与黑峪（今舟曲境）黄土司管理。咸丰年间，宕昌土司与卓尼土司互为联姻，卓尼土司将所属三角坪、武坪（均在今舟曲境）作为嫁妆陪赠给宕昌土司。
据马土司家谱载，宕昌土司武能治乱，文能施德。历任土司皆为识文习礼之辈，既懂得诚信服众，又能体恤民众。马珍“慕宋丞相范公（仲淹）之风”；马国辅“幼英敏，善属文，多才智”；马国栋在边境安静，上下无事时，“日与游人达士畅饮怡情，百姓部卒，劝课农桑”；马任远“登贤书”，为武举人，“攻孙、吴之书，缵伏波之业”；马天骥为“翩翩出众之英”；马干“少业儒，通书史，入泮”等等。马氏家训是他们身体力行的家规，也是治民理政的一面镜子。家训中“训番化野，殚其多方”，“事上下”，“祖德攸彰”，“仁人世守，宫箴孔长”等训语，最能体现他们的治民之策，“马氏功绩，有造于民社者，自昭昭在人心目间。”始祖马珍遵循“诚信抚众，士人谳决者，多往质之，平服而退。且慕宋丞相范公（仲淹）之风，婚娶有赏，丧葬有助，以故众多爱戴，劝农课桑”；马国辅“赏罚明信，不吝施予”，“讲礼义化民，劝农课桑”；马国栋“厘牧汉吐蕃民，代完国税，计熟而后取之，视贫乏者免之，物不求盈，恩泽之大，军民佩戴，所以他乡民庶乐为归附”。正因为此，万历之后，辖内民众几乎很少有作乱者，所用兵者，又几乎都是辖外的军事行动。奉调岷州、阶州、迭州、西固、文县、西和、礼县征剿叛乱，足迹几乎踏遍陇南全境，成为朝廷镇边守土的一支重要军事力量。
宕昌土司世袭二十一任，官至指挥使，属正三品。
马珍首任百户土司，正六品。洪武五年阵亡，其弟马虎蛮袭职。
马虎蛮，珍胞弟。因征剿常哈、岳藏等族有功，复迁祖父马纪指挥使职，正三品。洪武二十九年（1796）十一月，马虎蛮随同岷州卫指挥马铧征剿迭州番阵亡。其子马进良袭父指挥使职。
马进良，第三任土司。永乐十五年（1417）十一月，岷州常哈族番为患，前往征剿。洪熙元年（1425）八月，岷州岳藏堡等族番乱起，马进良率亲丁部属千人进剿，番众迎战，斩其魁，余番悉降。宣德五年（1430），马进良卒，其子马都宗袭父指挥使职。
马都宗，第四任土司。天顺七年（1463），岷州立节族番叛。马都宗率丁征剿，受重伤而亡，其子马成袭父指挥使职。
马成，第五任土司。成化二十一年（1485）四月，阶州苟家坪、青石山等番乱，马成征剿获胜。后与力节等番族连战数日，中风回家，以防边不慎，谪降百户职，复为六品。马成卒，其子马应龙袭百户职。
马应龙，第六任土司。正德九年（1514）三月，岷州大峪沟番族叛乱，马应龙率部为官兵前哨引路，会同征剿。嘉靖十年（1531），马应龙随洮岷兵备道征剿阶州黄鹿坝番乱，叛番溃逃。嘉靖二十年（1541）四月，文县洋淌生番为患，洮岷兵备道委调马应龙率部深入番境，抚化归顺。文县知县张某为之庆功。嘉靖二十八年（1549）七月，岷州南路六忍、常哈等番时出扰害。马应龙遣通事（翻译）抚调番首失木肖等十余名，各赏银牌一面，喻以王法利害，各思畏惧，均愿归降，受其统辖。马应龙应功授武略将军。
嘉靖三十一年（1552）三月，岷州拉答族番扰乱地方，洮岷兵备道委派马应龙会同官兵剿抚。赶至脑后山与番交战，官军获胜。马应龙卒，马世福承袭其父武略将军职。
马世福，第七任土司。年富力强，弓马惯熟。嘉靖四十一年（1562）十二月，宕昌忍藏族番出没为患，马世福率本部征剿获胜。嘉靖四十四年（1565），宕昌因札族番出没为患，马世福率兵征剿，番人降顺。万历四年（1576）六月，岷州作布沟番族为害。马世福领所属征剿，在娘娘山相遇交战，斩番数人。又有忍藏族番为患，马世福率部征剿，获胜。万历六年（1578），关子木沟番作乱，马世福四更相遇，夺获所抢人畜。万历十三年（1585），岷州拉达族番为患，马世福率部赶至岗沟坪与之对敌，获胜。万历十九年（1591），岷州良恭防守尚勇呈报，不知何族寇在草川地方抢掠人畜。马世福率所部征剿，番人溃逃，乃令世福管理草川地方。万历二十二年（1594），马世福卒，朝廷加授武毅将军，从五品。其子马存仁承袭父职。
马存仁，第八任土司。万历二十四年（1596）四月，岷州忍藏等九族生番为患，杀伤官军史向等。洮岷道令马存仁为先锋，同土司赵世清、庞指挥等协助张守备进剿，平定之。同年十月，阶州杀贼桥番族为患，马存仁率所部会同官兵进剿，降顺。万历二十五年（1597），宕昌六忍、立节二族番变乱，马存仁率所部随同洮岷兵备道官兵进剿，大破之。同年十月，矿工党伙劫掠宕昌地方，马存仁进剿，生擒数十名。因病去世，赠明威将军。其子马国辅袭父职。
马国辅，第九任土司。辅幼英敏，善属文，多才智，赏罚明信，不吝施予，因管理有方，边疆无事，番夷率服，日与亲丁演骑习射，讲礼义化民，劝农课桑，保守地方，以尽其职。天启六年（1626）病逝。授明威将军。其弟马国安袭职。
马国安，第十任土司。天启六年（1626），礼县包大王作乱，马国安率所部同会岷州卫官兵平乱，交战于潘家坝，官兵大捷，乱平。崇祯五年（1632），病逝家中。其弟马国栋袭职。
马国栋，第十一任土司。崇祯十五年（1642）春，岷州外黑峪黄高僧叛变朝廷，率其党徒抢掠宕昌脚力铺、哈达川等处地方。洮岷道牛副总兵、阶文柳参将会同马国栋等征剿。进至占藏里，斩获叛番首领数十，番众败遁后山。后又纠合任藏等族复出，在颠角寨、师婆寨等地大肆抢掠，阶州参将调西固高守备、岷州李守备及宕昌马国栋征剿，斩杀数百，各寨恢复。清顺治二年（1645），原明将蒋登雷从岷州起行，至宕昌叛变，洮岷兵备道副使道向，委国栋征剿，率丁卒追至秦家峪击败。顺治三年（1649），文县白马峪土民为患，开拔两城，残掠人民，韩守备、张知县会请肃王征剿，时饬令侯副总统国栋等至文会剿。土民患胡登旺等断桥拒险，国栋谕以投顺得生，代为请命之语，仍令归去，夜即浮渡精兵数百，进其不意，努力决战，捣其巢窟，土寇遂平。顺治四年（1650），回族同胞为变，陷岷州。总兵孟札委国栋协同赵、佟二副总，领兵剿除。国栋即夜赴，时岷城已陷，与回接战梅川，破之。顺治九年（1652），西和高、石旗反清地方势力占领宕昌良恭地方，进扰临江铺卧台头。岷州守备会同国栋领兵镇压。时硙子坝数处居民愿附宕昌土司，屡呈洮岷兵备道，乃获所请，兼临江、汤瓦二里百姓，并五寨居民粮赋均由马土司管理。顺治十八年（1661），马国栋及群众600多人捐助，和尚郭备义募化，石匠姚义等投工，历时三秋，修通礼县闾井里草坝五行山山崖道路，并立《礼县闾井里草坝修路碑记》。康熙十三年（1674），马国栋随靖逆侯张勇讨吴三桂叛军有功，朝廷授以明威将军执照，委防宕昌。国栋又捐助军饷2000石，草5000束，支给防御官兵。朝廷嘉奖，康熙帝特赐御笔“功高卜式”匾额。康熙二十三年（1684），马国栋病逝。因长子马任远时任文县守备，其长孙马天骥袭职。
马任远虽未承土司职，却是相当土司的马氏重要人物。康熙丙午科举人。十三年赴京会试。考职还，从张提督效用，谓其忠谋能断，镇静缜密，提督甚奇而赏之。初主洛门，治阵肃伍，屡树功绩，敌亦知名惊服。康熙十四年（1675）冬，任文县守备，驻防宕昌事隘，堵御逆贼。十五年委马任远硙子坝、石门、窎草坝要隘地方。秋七月，奉命进取阶文。招获逆兵一百余名，并马匹器械。抵西固，招安伪守备一员黄，伪州同一员吕，守御所掌印苏等。进攻阶州，对垒四十余日，因粮草不济而调回宕昌驻防。康熙十七年（1678）春，会同官兵进剿贼寇，领兵追袭，阵斩伪守备一名白肖儿，并获器械。十八年（1679）二月，奉命为兵马云集宕昌，修造营房二百间，并坍塌城垣、垛口。秋八月，会同官兵进取阶文地方，恢复西固，招获伪游击1员韩，伪州同1员吕，伪守备所守备1员毛，伪守备以及千、把总等官数员，兵400名，并印信、器械、马匹。抵阶州领兵由牛头关一路进征，恢复文县，逆贼闻风逃遁四川。大兵云集，粮草不济，实难支持。任远曰：“吾守此土，民即赤子，忍令困扰乎！”乃禁兵不得滋掠，大张晓示，令各归业，百姓叩头感泣，归输环集。乡绅父老，制绵颂德。康熙十九年（1790）五月，奉敕捐马二匹，送四川巡抚充裨驿站。八月，又捐马六匹。恩威兼济，属吏不敢欺，军士秋毫无犯。时勤检阅，年伍积习，顿为改易。凡系地方利弊，兴革咸宜，士民甚德焉。受职三十年，西征北讨，更任文县、怀远、松潘游击，未获赴任，又题补南川专城，其尽力疆场，有功社稷者，不可屈指数矣。逝年五旬有七。长子天骥承袭祖职。次子天驷业儒，翩翩出众之英也。五十五年，征口外，功加守备。四十一年，题补阶州左哨把总。四十二年，升洮协左部千总。
马天骥，第十二任土司。康熙四十八年（1709），因剿抚杀贼桥黑番有功，颁发指挥使印，正百户印。康熙五十九年（1720）病逝。其子马绣袭父职。
马绣，第十三任土司。乾隆二十三年（1757）病逝。其子马映星袭父职。
马映星，第十四任土司。嘉庆四、五两年，川楚贼匪窜入岷属，映星带领家丁藏族同胞堵御，长子马干带伤，次子马震、堂弟马应碧同时阵亡，并阵亡家丁5人。嘉庆十七年（1812）十一月十五日故。其子马干承袭其职。
马干，第十五任土司。嘉庆二十四年（1819）五月，蒙总督长龄题奏，赴京祝寿。八月十二日，在热河狮子园接驾，十三日引见一次，蒙恩赏蓝顶、朝珠、蟒袍、补褂，照四品赏银四十两，并袍褂、靴、袜、品级大垫以及大小荷包、秋帽、纬缨等物。又蒙站班三次，听戏、看烟火二次，赏刻食等物。召见一次。十六日，蒙天恩赏戴花翎，加正四品。又蒙赏金丝大缎及各色缎匹，并名物等。十九日，叩谢，又蒙赏大缎并各物。二十日自京起身回家。映星少业儒，通经史，入泮，长习武事。为人谦恭好士，明察能断。自任事以后，爱民如子，理家有条，治民有法，恩威兼济，番汉戴之如父母。自京回，日以课子，闲则棚射。各隘口及番汉地方，赖以无事，以乐天年。道光十四年（1834）十一月十四日告终。其子马广臣袭职。
马广臣，第十六任土司。道光二十四年（1844）十一月，杀贼桥后山武坪等族藏族同胞不安，禀报岷州，蒙正堂陈希皋公差州役数10名，广臣亲领家丁、番役前往剿抚，驻扎武坪族番僧寺上，十四日对敌，砍杀贼首川客加纳及道哈等5名。余各百姓，系俱良民，因先感于贼首之言，是以变乱。至贼被杀，皆投顺。民各泣诉冤情，广臣用好言抚谕归农，恩赏之。道光二十六年（1846）四月二十三日病终。其子马荣承袭父职。
马荣，第十七任土司。去世时间无考。其子马承烈承袭父职。
马承烈，第十八任土司。娶卓尼土司杨作霖女为妻，杨土司将所属三角坪、武坪两地作为嫁妆陪赠，宕昌土司辖区扩大至白龙江南岸。光绪三十一年病故。
马继贤，第十九任土司。承烈堂侄。光绪三十二年（1906）由岷州署批文任土司。
马呈瑞，女，第二十任土司。马承烈侧室张氏，马培德养母。民国五年（1916）获北京政府批文任土司。三角坪、武坪藏族同胞种植鸦片，她身带批文去现场禁绝鸦片，获奖并由省督张广建亲题“惠敷粉社”匾额。通文墨，善说理，待人接物不受封建礼教约束。民国十五年（1926）告退，其（养）子马培德继任土司。
马培德，第二十一任土司。1925年毕业于兰州讲习所。改土归流后，原所辖番藏村落改立西津乡，任乡长。1936年成立岷县第五区，任区长。1935年，甘肃省主席朱绍良聘为省参议。1950年10月1日为甘肃省第一届各界代表大会代表。
据《皇清职贡图》载，马土司所辖番族，其服饰与文县番族略有区别：宕昌藏族同胞男毡帽插鸟羽，妇披发，额抹红。兰褐布，杂缀银花玉石，耳垂大环，短衣褐裙，亦有长衣无裙者。文县番男帽插鸡翎，常挟弓矢以射猎为事。番妇以布抹额，杂缀珠石，衣五色褐布缘边衣，近亦多有效民间服饰者。
土司制度是统治阶级借以统治少数民族的工具，它维护了对少数民族地区的政治稳定，推动了中原经济文化与少数民族地区经济文化的交流。但其根本目的是为了加强对少数民族的奴役，造成严重的民族歧视和隔阂。随着经济社会的发展，废除土司制度是一种历史的必然。
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