看着自己的劳动成果，达尔文在高兴之余不免忧心忡忡。高兴的是，他终于将自己的物种变异学说写成文字，多年潜心收集的标本足以证明物种起源和变异的途径；忧心的是，他的这个理论违背宗教，否定上帝创造生物，等于触犯了谋杀上帝的滔天罪行。达尔文想，将来即使只有一位有资格的评论家接受我的理论，那就是科学方面的一个很大进步了。
在当时，约瑟夫·道尔顿·胡克是达尔文学说的坚定支持者，也是他的好朋友，他俩是1839年认识的，此时已经交情甚笃。1839年，胡克毕业之前，他在莱伊尔先生父亲的家中，借到了一本书，这本书是达尔文《考察日记》的校样。后来，胡克在出国参加南极考察队前，收到莱伊尔先生的父亲赠送的一本书，这本书就是达尔文的《考察日记》，它成为胡克的重要参考书。在南极地区、加拉帕戈斯群岛和南美洲等地，胡克考察和记述了植物区系等资料。回国后，胡克就在邱园皇家植物园工作，他的父亲就是邱园皇家植物园的主任、植物学家、皇家学会会员。胡克回国后不久，就开始同达尔文结识，并成为他最知心的朋友，来往通信频繁，交流经验，他还经常把植物园中各种植物和资料提供给达尔文，尽力支持他的研究工作。
写完了物种理论草稿之后，达尔文就把精力投入到藤壶的研究当中去了。达尔文曾在智利海岸边采集到蔓足类的一个奇特的物种，它与其他同类动物相异的特性是：它常在贝类的壳上钻出一个孔，寄居在贝类里面。这引起了达尔文的研究兴趣，以后他又采集到不少这类动物标本，也收集到不少的相关资料，就准备全面研究它们的习性和形态构造等。
从1846年10月1日开始到1854年，达尔文整整花了8年来著写巨著《蔓足类动物专集》。他在日记中写道：“开始著写藤壶属——关节藤壶属的新型论文。”“关节藤壶属”是他新创的名词。
当时，达尔文特地买来一架复式显微镜和其他仪器用品，并且经常向莱伊尔和胡克等专家请教，学习分类和绘图等方面的知识。现在，达尔文才开始非常悔恨当年没有认真学习分类学和刻苦练习解剖和绘图。
达尔文坚信，要成为一个名副其实的生物学家，必须经受长期严格系统的训练，因此他勇敢地把这项工作作为自我训练的开端。达尔文认为这项工作是很有益处的，因为这有利于他在研究物种起源时论述自然分类的一些原则。
确实，达尔文的这项研究不但使他赢得了“杰出的博物学家”的盛誉，而且使他在写作《物种起源》时得心应手。更重要的是，长达八年的生物学专业学习和工作训练，使他养成了坚忍不拔的毅力和耐心，具有持久的勇气和锲而不舍的精神，给此后深入钻研物种起源和变异理论以及人类起源、表情和植物生理等专题打下了牢固的基础。
1854年9月9日，这一天是达尔文最可纪念的一天。在这一天，他开始查看和整理过去的大量关于物种变异的笔记，并且进行观察和试验，他开始用全部精力和时间，去研究《物种起源》这个专题。
1856年5月14日，达尔文正式开始专心著述《论物种》一书，他在日记簿中写道：“莱伊尔和胡克都在催促我动笔，今天，我终于听从了他们的意见，开始写《论物种》的概要。”
1857年3月份结束的时候，达尔文已经写好了第五章“生存斗争”和第六章“自然选择”。9月5日，达尔文还给美国植物学家、哈佛大学博物学教授阿沙·格雷写了一封长信，更详细地谈了关于人工选择和以自然选择为核心的进化学说内容。这封信非常重要，它证明达尔文在这一天已经提出了明确的结论，也是一份划时代的历史性文件。9月29日，达尔文已经写好了第七章和第八章。
1858年，正当达尔文勤勤恳恳地撰写大部头著作的时候，一场猩红热再一次肆掠了唐恩村，达尔文的孩子们也传染到了，家里随时可以听见孩子们因为痛苦而发出的呻吟声。
“埃玛，这可怎么办啊？连护理员都传染到了，这该死的猩红热！”达尔文抱怨道。
“亲爱的，孩子们很难过，我真恨不得他们的病都让我一个人受了去。”埃玛泪眼涟涟。
“埃玛，不要这么说，你要是倒下了，我真不知道怎么办了！”
“查理，尽管有我在照顾，可是我知道，孩子们已经影响到你的工作了。我做得不够好！”
“哦，埃玛，不要这么说，你做的已经很好了。我真的希望我能帮上你一些。”
“查理，你回到你的书房去吧，那里安静些，上帝保佑你不受到干扰！”埃玛连推带哄地把达尔文送进了书房。
达尔文情绪低沉，他的孩子在饱受病痛的折磨，他什么都帮不上，他也没有心思写东西了。这时候仆人送来一封信，达尔文看到信封署名为华莱士，就赶紧拆开了，他想看看这个朋友在生物学上又有什么新发现。
华莱士是当时最崇敬达尔文的一个博物学家，比达尔文小14岁。1848年至1852年，华莱士同英国生物学家和旅行家贝茨到南美巴西作生物考察旅行，1854年又去马来半岛采集动植物标本，考察火山、浅海、岛屿的成因和彼此之间的关系，研究了各个岛上特有物种的来源和相互间的亲缘关系。在丰富观测资料的基础上，1855年，华莱士写成了《制约物种出现的规律》，他提出：“每一物种出现的当时当地，总存在着一个事先已经有的，并且和它有密切亲缘关系的物种。”1857年他们两人开始通信，达尔文很欣赏这个锋芒毕露的有才华的年轻人，终于有人赞成达尔文去反对物种不变论了。
这次达尔文收到华莱士的信是一份手稿《论物种无限地离开其原始模式的倾向》。达尔文津津有味地小声朗读：“野生动物的一生是生存斗争的一生，它们所有的器官和力量都是为了保护自己以及子兽幼禽的生存而发挥作用的，在不适宜的季节觅取食物的可能性，逃避最危险敌人的可能性等，都是决定个体生存和整个物种生存的首要条件，这些条件决定了物种群体的大小等……”达尔文感到不妙，他一目十行地看下去，迫切想看看华莱士最终写了什么，“最能适应环境以获取食物供应、并且能够抵御天敌和气候变化的物种，它们的数目必定增加，而力量和身体结构上有缺陷的、在食物来源减少的情况下不能适应的那些物种，在数目上必定减少，甚至完全灭绝。”
达尔文看着这些字句，头脑里响起了轰鸣的警钟声。当天，他就把这篇文章转给了莱伊尔，说：“我从未见过有这种更加令人惊奇的偶然巧合。……他现在采用的学术名词，甚至也和我的书稿中各章题目相同。”达尔文还请求莱伊尔看完信后立即寄回，因为他要复信征求莱伊尔的同意，把它发表。达尔文信中还写道，“因此，我的创作，不论它价值有多大，即将遭到毁灭。”达尔文意识到自己多年的辛苦研究将由于这次意外而前功尽弃。
莱伊尔收到达尔文的来信之后，感到问题的严重性，透过这封信，他似乎可以看到达尔文心力交瘁的样子。莱伊尔不敢轻易妄下定夺，他找来了胡克，希望可以和他商量更为妥当的处理办法。
“啊，真是太巧了！不过这可以证明达尔文的理论是对的！”胡克看完了达尔文寄来的信件之后说。
“胡克，这个问题相当严重，咱们应该找一个公正的处理办法。你知道，科学界奉行的原则是，谁发现真理谁就受到尊敬得到荣誉。如果华莱士的论文发表了，那么达尔文的努力就白费了，他孜孜不倦的努力咱俩都是有目共睹的。”莱伊尔坦诚地说。
“您说得对，先生。就达尔文正直无私的个性而言，如果把华莱士的论文隐藏起来，抢先发表自己的论著，他会耻于这样做的！”胡克说。
“所以，我找你谈谈就是为了找一个两全其美的办法。”莱伊尔说。
“嗯，达尔文关于物种理论概要的1844年抄本我全部看过，而且上面留有我的笔迹。1857年达尔文给阿沙·格雷的《摘录》，我也看过底稿，这两样东西可以做实证嘛！这可以避免丧失达尔文的优先权，免得别人不服，说达尔文抄袭华莱士。”胡克想了想说。
“不过，还是得照顾华莱士的感受，你的那两样东西的确可以说明达尔文拥有优先权。但是，依我看，把达尔文的那两样东西和华莱士的论文同时发表。”莱伊尔说。
“太好了，您想的太周到了，莱伊尔教授。咱们现在就写信给达尔文！”胡克高兴地说。
6月30日，莱伊尔和胡克两人联名写信，把达尔文的著作和华莱士的论文合并，推荐给林耐学会，并加了一段简短的书面说明：达尔文的《物种理论》概要（1844年）的部分《摘录》和给美国哈佛大学的博物学教授阿沙·格雷的信（《摘录》底稿）早已写成，现在得到他的同意而发表。为了科学的利益和他应有的优先权，所以同时提交学会宣读。这次论文的总称是《论物种形成变种的倾向）兼论借助自然选择方法的变种和物种的存续》，署名是达尔文和华莱士合著。
7月1日，林耐学会在晚上召开了全体特别会议，准备正式宣读这些联合论文。会员们济济一堂，他们对今晚的报告会都感到新奇。
莱伊尔当中发言：“先生们，今晚的报告人应是华莱士和达尔文两位先生。可是很遗憾，华莱士先生还在马来西亚考察，没法赶回来参加今天的报告会，而达尔文先生因为他的小儿子查理因猩红热去世，万分悲痛，并且全家都要集体隔离检疫，也不能到会。不过，有趣的是，这两位先生在不同的地方，通过各自的研究，提出了几乎完全相同的结论。”
在座的所有人都对这个即将公布的结论保持着盎然的兴趣，莱伊尔郑重地看看台下，顿了顿，继续说：“华莱士先生的论文题目是《论变种无限偏离其原始模式的倾向》。达尔文先生的论文包括两部分：其一，1844年物种理论概要原稿选萃；其二，1857年致阿沙·格雷博士信的一部分。达尔文先生对华莱士论文中所发表的观点有极高的评价，他在给我的信中建议我尽快发表华莱士先生的论文，为了支持华莱士先生，达尔文甚至要放弃自己对同一问题的研究论文。我们非常赞同正直和淡泊这一美好的品质，不过达尔文先生也得公布他自己对同一问题所写的那篇科学论文。”
胡克博士接着说：“我已经在1844年读过达尔文先生的这篇论文，而且很多年来通过和达尔文的信件交往，我和莱伊尔教授都预先知道了它的内容。当我们向达尔文先生提意见时，他允许我们按照适当的方法去处理他那篇科学论文。现在我把论文交给林耐学会，我们曾向他说明，我们不只考虑他和他朋友哪个应享有优先权，我们还要照顾到一般的科学利益。”
胡克和莱伊尔的讲话赢得了所有会员们的掌声。
历史事实十分清楚，达尔文和华莱士都没有抄袭对方，他们各自独立地发现了物种起源的奥妙，莱伊尔和胡克决定同时公布他们的研究成果，是对历史最公正的裁判。华莱士可以说是达尔文的骑士，他的论文激发了主帅达尔文提早登场。
达尔文和华莱士的论文发表后，没有在科学界引起很大的轰动。但是，同时宣读和发表他们两个人的研究成果，产生了一个很有意义的结果，那就是使达尔文和华莱士建立了更加诚挚的友谊。达尔文的态度表现出一个科学家谦虚高尚的品质，华莱士和达尔文一样高尚，他不但果断地放弃了成为进化学说创始人的要求，而且认为如果不是按照达尔文建议的方法，他决不能研究出这个如此困难的课题。达尔文和华莱士之间谦虚互让的动人事迹，一直被人当做科学史上的佳话传诵。
莱伊尔和胡克妥善而公正的处理，还使达尔文取消了原来打算中断写作《物种起源》的念头，达尔文又回到了书房继续写作，并且接受了他们提出的1858年手稿过于冗长繁琐的意见，开始着手给原稿写概要。1859年10月1日，经过十三个月零十天废寝忘食的努力，他终于完成了自己的著作，共印一千二百五十册。
1859年11月24日，这是一个值得纪念的日子，《物种起源》一书，终于在伦敦各书店正式公布发售了。它的印数为1250册，当天就被争购一空。这天，达尔文接到出版商的来信，请求他立即为第二版的付印提供修订本，以缓解目前供不应求的局面。
达尔文还给自己的朋友和同行们寄去了校样和信件。在信中，达尔文谦逊地说，“我把有关“物种起源”的一书（但还只是一个摘要）冒昧地寄给了您。因为我在几点上所得出的结论同您的意见大不相同，所以我认为您可能这样想，我是以挑战或威吓的目的把这本书寄给您的。但我可以向您保证，我是以一种完全不同的心情这样做的。您或许认为我的结论是错误的，但希望您至少相信我在寻求真理方面已经做了重大努力。谨致诚恳的敬意。”
正如达尔文所预料的那样，《物种起源》一书在科学家和广大公众之间引起了轩然大波。许多进步的学者，如亨斯洛、胡克、格雷、华莱士等，纷纷来信支持这个新理论；不过，也有很多反对的声音，它们更让达尔文感到头疼。
埃玛看出了达尔文的消沉，她温柔地安慰道：“查理，这些都在你的预料之中。当真理刚出现的时候，它永远只站在少数人的一边。”
“亲爱的，其他的反对意见我都可以忍受，可是，我的老师塞治威克也反对我了。你看。”达尔文递给埃玛一封信，这是塞治威克教授的手笔。
塞治威克教授在信中说，“……有些部分使我非常钦佩，有些部分使我把腰都笑酸了，还有一些部分使我感到极大痛苦，因为我认为这些是完全错误的，而且是令人难堪的恶作剧……至于你的伟大原理——自然选择——除了是由一些假设的或是已知的初步事实所得到的次级结论以外，它还能是什么呢？……上帝是为了他所创造的万物的利益而有所作为的。”
埃玛看了这封信以后，对达尔文说：“查理，我也不知道对你说什么了。但我来是想给你另外一封信，刚才邮递员递给我的。你看看吧。”说着，埃玛就静悄悄地走出了房间。
达尔文接过信，是老朋友赫胥黎寄来的。
在信中，赫胥黎热情洋溢地写道：“自从九年前读了冯贝尔的论文后，我所看到的博物学著作没有一本给过我这样深刻的印象，我最衷心地向你致谢，因为你给了我大量的新观点。我以为这本书的格调再好也没有了，它可以感动对于这个问题一点也不懂的人们。至于你的理论，我准备接受火刑，如果是必需的。……如果我不是大错的话，很多的辱骂和诽谤已经为你准备好了，希望你不要为此而感到任何厌恶和烦扰，你可以信赖一点，你已经博得了一切有思想的人们的永久感激。至于那些要吠要嗥的恶狗，你必须想到你的一些朋友们无论如何还有一定的战斗性，虽然你时常公正地谴责了这种战斗性，但是它对你可能是有帮助的。我正在磨利我的爪和牙而准备着进行战斗！”
的确如赫胥黎所言，在英国各地，恼羞成怒的教士们利用神学院声讨达尔文的著作，脸色铁青的主教们斥责达尔文的进化论是“亵渎神明的异端邪说，如果像他所说的那样，势必导致没有上帝，而猴子反倒是我们的亚当了”。剑桥大学三一学院院长威廉·休厄给达尔文的复信中写道：“我至少是在现在，还不能改变我的信仰。但是您的大著《物种起源》中提出很多见解和事实，所以在没有审慎地选取反对的论据和方式之前，还不宜予以反驳。”虽然这样说，可是他实际上采取了对抗的行动，他把《物种起源》一书列为禁书目录中，不准在图书馆出借，达几年之久。
基督教的天主教、正教和新教三大派别尽管有很多内在的矛盾和冲突，但是在对待达尔文的《物种起源》一书上，态度却惊人的一致：“是一种想推翻上帝的阴谋，意在扰乱对神的信仰，企图毁灭上帝，想把上帝摒诸门外，是大逆不道的。”他们还公开叫嚷，要“围剿达尔文，打倒达尔文！”“扑灭邪说，拯救灵魂！”
当时，有些居心叵测的人为了中伤达尔文，特地画了一幅漫画。漫画的内容是，葱茏的原始森林里，一个猴子屈身着地，可那个猴子的头部却是达尔文。
很多恶毒的信件流进唐恩，它们毫无科学依据，尽是辱骂，甚至使用了很多非常无礼的措辞，有的采用了匿名的方式诽谤达尔文。有一次，达尔文气得脸色苍白，浑身发抖，他把那些恶毒的信件扔进壁炉里烧掉。
与此相反的，《物种起源》却供不应求，达尔文不得不开始做第二版、第三版甚至更多的修订稿，而且印数越来越多。
1860年2月2日上午，达尔文还收到一封信，这是德国古生物学家和动物学家亨利·乔治·布隆写来的，他是海德堡大学自然科学史的一位教授，他告诉达尔文斯图加特城的一家出版社愿意出版《物种起源》的德译本，因此他自请代为接洽和负责该书译本的编审工作。
5月2日，达尔文在日记簿中写道：“美国初次出版了《物种起源》，约拿书为2500册。”这本书由纽约的阿普列顿公司出版，按照英国的第一版印出，以后改出修订第二版，并在正文前，添印达尔文寄给阿沙·格雷的序言，其内容类似于英国第三版中的《历史概述》。
5月，孟加拉亚洲学会博物馆主任爱德华·布莱恩也写信给达尔文，赞成《物种起源》中的论点，他还经常跟达尔文通信，提供了不少有关变异的资料。
而赫胥黎显然已经投入到战斗当中去了，他在各种各样的集会上发表演讲，维护达尔文的物种起源论。赫胥黎的演讲使得在座有正义精神的科学家们，都感到热血沸腾。最著名的一次是1860年2月10日在皇家学院里发表的演讲。他指出：“反对自然科学的那股阻力，在今天，依旧像在伽利略时代一样，异常猖狂。但可喜的是，它已经没有过去那样的危害了……科学提出了许多伟大的问题，而物种起源并不是第一个，也不是最后一个问题，但它却要求现代人们来解答……讨论的自由，是真理的生命，也是真正的民族团结的生命。”
就这样，正反两方势力正在暗地里进行一场不可避免的较量，进化论同神学、科学同迷信、真理同谬误出现了两军对垒的局面，眼看着一场短兵相接的论战迫在眉睫了。
1860年6月28日，英国科学促进协会在牛津大学召开会议，正反两方从书面论战发展为面对面的论战。这就是著名的“牛津大论战”。
会议还没有开始，会员们的谈论声里已经充斥着“自然选择”、“进化”、“生存斗争”、“物种起源”这些敏感的词汇。有些人四处张望，他们试图想见识见识达尔文到底是一个什么样的人物。可是，达尔文却因为健康状况没有参加会议。
牛津的多布尼博士宣读了一篇论文《论植物性别的终极原因，兼论达尔文先生的〈物种起源〉一书》，在这篇论文里，他说了很多反对意见。
多布尼博士说：“亨斯洛主席，我想就我这个论文的题目请求大家的讨论。”
赫胥黎站出来说：“在一般听众之间，感情会过度地影响理智，所以不适于在他们面前展开这样的讨论。”
欧文发言说：“既然如此，我愿意以哲学家的精神来讨论这个问题。”他威严地看了看四周，接着说，“事实俱在，关于达尔文先生的理论是否真实可靠，我会用一些事实来做结论。”
大会主席亨斯洛教授说：“请说出你的事实！”
欧文说：“大猩猩的脑袋同人类的脑袋是有差异的，大猩猩的脑袋同最低等最有问题的猕猴脑也是有差异的，前者的差异比后者的差异要大很多。”
赫胥黎对此作了直接而全然的反驳，并且保证以后再将另行全面详细辨明这个问题。后来，他在《人类在自然界中的位置》一书中列出实证，对欧文的观点加以驳斥。
6月28日，牛津论战初战以赫胥黎的成功辩论告捷，反对派提出休会，亨斯洛主席应允。
6月29日，这一天表面上平静无事，可是反对派正在策划新的猛攻，他们打算用宗教势力压倒进步的科学，由牛津主教韦伯福斯亲自出马，同时到处扬言，鼓动不明真相的群众来听他演说，共同助威。实际上，牛津主教韦伯福斯是一个对生物科学一窍不通的门外汉。
6月30日，牛津论战再次爆发。听众渐渐越来越多，演讲厅里都不能容纳这么多人了。于是，大会主席亨斯洛教授把会议场地移到博物院的图书阅览厅中去。
当讨论一开始，亨斯洛教授就机敏地宣布：“今天发言的人比较多，所以不能从正面或反面提供有效实证的，都不准在会上发言。”这一警告是必要的，因为这有利于终止那些胡乱发表企图不明的演说。
亨斯洛教授的话音一落，韦伯福斯主教抢先跳到讲台，使用了难以形容的精力、内容空洞的词句和不公正的态度，发表了半个小时的演说。从他对这个专题的谈吐方面，就可以证明，他满肚子一直到喉咙都填满了别人的东西，实际上自己一窍不通，只不过是转述了他在《每季评论》上发表的文章罢了。他十分恶意地嘲笑了达尔文，又残酷无情地讥讽了赫胥黎，但是他的语调始终是娓娓动听的，姿势十分优美，而措辞又是经过巧妙加工的。
最后，主教竟然逞着自己一股诡辩的狂热，鲁莽地冲下讲台，得意忘形地把自己那种威势使用到对他人人身攻击上了。他转过头问：“赫胥黎先生，请问，你究竟是依靠你祖父还是祖母同无尾猿取得了亲缘关系？”
韦伯福斯公然挑衅使现场的听众把注意力都集中到赫胥黎身上，他们迫切地等待赫胥黎出来反击。
赫胥黎从容地走上讲台，用藐视的语气异常犀利地说：“我在这里所考虑的是科学的利益，我还没有听到任何论点不利于达尔文的。”接着，他雄辩有力地指出，韦伯福斯根本就没有资格参加这场讨论，他说到了有关创造的问题，“你说发展的观点就把造物主排斥了。可是你断言上帝制造了你，然而你知道你自己原本就是一小点物质，它并不大于这个金色铅笔盒的残屑。”
最后关于无尾猿的问题，赫胥黎克制地说道：“关于人类起源于猴子的问题，当然不能像主教大人那样粗浅地理解，这只是说，人类是由类似于猴子那样的动物发展进化而来的。但是，主教大人并不是用平静的、研究科学的态度向我提出问题的，您是在对我进行人身攻击。因此，我只能这样地回答：在主教大人看来，无尾猿只不过是一种智力低下的、龇牙咧嘴的、吱吱乱叫的可怜动物。我曾断言过，现在我再重复一次，一个人没有任何理由因为他的祖先是无尾猿而感到羞耻。我感到羞耻的倒是这样一种人：他惯于信口雌黄，有浮躁而善变的性情，不满足于自己活动范围里那些令人怀疑的成就，还要越俎代庖，粗暴地干涉他根本不理解的科学问题，所以这种人只能偏离辩论的实质性焦点，而用花言巧语和诡辩来转移听众的注意力，企图煽动一部分听众的宗教偏见来压倒别人。为偏见和虚伪服务，这才是真正的羞耻！”
赫胥黎的话音一落，听众中间就爆发出雷鸣般的掌声，特别是那些支持派和前来听讲座的青年大学生们。这真是大快人心，这是牛津大学有史以来第一次大庭广众之下有力地谴责主教大人。韦伯福斯主教羞愧地面如土色，他的拥护者们一个个惊慌失措，无法挽回丢失的面子。
当大家的激动已经达到高潮时，一个妇女突然昏厥过去，她就是一个虔诚的天主教徒，十分拥护韦伯福斯主教。大家忙乱起来，几个人手忙脚乱地把她抬出会场，不过这丝毫不影响激烈的辩论气氛，依旧有人发言。
牛津大学的老学监格雷斯利先生也站出来发言，“如果达尔文先生的进化论是正确的话，那么我有一个疑问用进化论就解释不了。”他顿了顿继续说，“至少在人类的本性中，有规则的发展并不是必然规律，荷马是最伟大的诗人，他生在三千年以前，但以后就没有出现同他一样伟大的诗人。”
“荷马现象是文化学问题，您所说的牵扯到文学的传统和继承等一系列问题，跟我们生物学的讨论无关。您要明白，达尔文的进化学说谈的是一个整体，并不是个别现象。”
当时菲次·罗伊舰长也在场，他忍不住上台讲两句，“达尔文先生跟我在贝格尔舰上的时候，就经常流露出怀疑上帝的言行，那时我就规劝过他，可是现在他已经正式地向上帝挑战了。对于《物种起源》我感到十分遗憾，它没有什么可靠的事实依据。真正的依据应该是《圣经》，《圣经》才是毋庸置疑的真理！”菲次·罗伊舰长挥动着手里的《圣经》，十分激动地说。
不过，菲次·罗伊到底是一个门外汉，他只懂航海不懂生物学，他连最基本的常识都不懂：科学是要讲究事实论证的，需要标本，需要观察总结归纳等。他的这一番无端激动的言辞，令在座的科学家们都不禁失声嘲笑起来，连反对派的人也发出了讪笑。
此时，会场上有人开始喊胡克的名字，接着越来越多的人开始喊胡克的名字，并且有人把胡克的名字写在纸条上传递到主席台上去。于是，主席请胡克上台，从植物学方面发表他对物种理论的意见。
胡克应命出来讲话，同时他依照主教本人的讲词内容，逐点证明了主教毫不理解《物种起源》一书中的原理，甚至连植物学的初步知识也是一窍不通。
胡克说：“达尔文先生创立的进化学说，整整耗费了他二十多年的时间，搜集资料、全球考察、查阅文献、亲自试验，他写的相关笔记就有几十本，他的理论是建立在事实之上的，是有科学依据的，是一个科学家孜孜不倦、兢兢业业、踏踏实实、诚诚恳恳的智慧结晶，《物种起源》是科学和文明。我敢断言，在现任牛津大主教的名字被人遗忘之后，达尔文的名字将光耀千秋万代！”
韦伯福斯主教听了，哑口无言，瞠目结舌，不敢答辩，垂头丧气地悄然离开会场。
最后，牛津大论战以达尔文的支持者获胜。由于赫胥黎和胡克的勇猛辩论，广泛宣传，达尔文的进化学说的影响越来越大，最终在英国家喻户晓。但是这并不意味着斗争的结束，英国国教从未放弃对达尔文的攻击，但这并不影响进化论作为科学真理在全世界传播。
1864年，达尔文获得了英国皇家学会的科普利奖章，这是一位科学家在英国所能得到的最高荣誉。这个奖章是在圣安德列日的周年纪念会上颁发的，通常得此奖章的人要亲自领取，但是达尔文并没有到场，他以自己的身体健康状况很坏推脱了，这足以看出达尔文作为一个科学家淡泊名利的精神。
达尔文淡淡地说：“科普利奖章是为各门科学和全世界开放的，我能够获此殊荣是一种巨大的荣誉，但除了朋友们几封亲切的信以外，这样的事在我看来是无关紧要的。不过它说明了自然选择的理论正在这个国家取得了一些进展，这使我感到很高兴。然而在国外，这个理论已经进入安全的境地了。”
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