当时兵部侍郎李端遇（小研）又多病，因病请假，团练大臣的担子，就落在王懿荣一个人身上。为了能搞到武器，他四处奔走，但官场腐败，只有推诿，无人肯帮助。他只好向远在湖广（武汉）的妹夫张之洞求援，他写信道：
香涛妹倩老前辈亲家大人坐下：
得书如获拱壁，盖正在艰难忧愤中也。前已有另纸条闻数事，未具款，属玉叔令住附竹报中速上，刻想鉴及。弟自奉简命，实作看街老兵，朝廷亦尝以兵事责之。然自甲午以来，及今又六七年，中国兵事仍是不行。津事已极，则重臣之不得无罪，夫复何辞。鲰生一命，何足道哉！弟全眷俱在京寓，师旅饥馑，一时凑臻。好在为时亦不必能久。次儿崇烈先于五月十二日乞假携其妇子乘海宴轮船径归。里舍紫竹枪炮中弟又少此一种心事。至京师地面如甘军及义和团一日不出，便一日不得安靖，弟亦随时缓急，尽其心力之所能为者而已。前曾附片奏，向鄂局暂乞军械，交片传谕：团练只是弹压地方，与行军不同，即着自行酌核筹备。此一千五百人赤手白战，即有钱亦无处筹买。公能稍为损置相助否？此垂泣而道之者也。即颂勋安，并询合署清福。弟懿荣顿首。六月廿三日（7月19日）
王懿荣在极其艰难的条件下，仍日夜操劳，“往往夜晚漏三下，未即就眠，心力交瘁，殆难言喻。”他操练兵马，准备抵抗八国联军，决心与京城共存亡。
由西摩尔率领的八国联军，在廊坊沿途遭到义和团的猛烈袭击。义和团拆毁铁路，阻止侵略军前进。联军只好修一段路，再往前挪动一段，行动十分困难。与此同时，列强们开始策划更大规模的军事行动，各国都在大沽口增了兵。他们在五月十九日（6月15日）晚上，先后派出侵略军偷偷登岸，埋伏在塘沽火车站和大沽炮台的后侧。停泊在大沽口外的各国军舰也作了战斗部署。五月二十一日（6月17日）零点五十分，联合军舰队从海面和炮台后侧向大沽炮台猛攻，守军顽强还击，经六小时激战，因双方兵力相差悬殊，大沽炮台失守。联军从大沽登陆，打开了进攻天津和北京的门户，进一步扩大了侵略战争的规模。侵略军开始向北京入侵。
在义和团和部分清军已同列强进行殊死搏斗的形势下，清政府必须在战与和问题上做出抉择。对于这个问题，清政府高层内部意见分歧。许景澄、袁世凯等人以为清军无力与八国联军开战，说到底对任何一个国家作战也难以取胜！况且八个……，主张答应剿灭义和团，使联军停止进攻。光绪帝也支持这些人的主意，但把持朝政的载漪、刚毅等顽固派则坚决主张利用义和团去抗击列强，倾向于开战。慈禧太后在战与和问题上反复无常，但主要支持开战。这其中的缘故在于戊戌变法失败后，她为了巩固自己的统治地位，保证后党官僚不再受“归政”的威胁，一心想除掉光绪皇帝。但是帝后两党各有靠山，他们之间斗争由来已久。当时，沙俄支持后党，企图通过保住光绪皇帝的办法牵制慈禧及沙俄政府在华势力。慈禧太后也曾想玩弄手法，扬言光绪皇帝病危，想把光绪皇帝置于死地。不料，英、法等国公使，竟向总理衙门提出警告，慈禧这一计划未能成功。后来，慈禧又想立端亲王之子傅为大阿哥，准备废除光绪帝，但英、法、日等国又表示拒绝承认。慈禧太后对英、法、日等国阻挠她废除光绪皇帝，干涉朝廷内务，既恐慌又仇恨。八国联军突然攻陷大沽口炮台，气势汹汹地扑向天津、北京，引起了慈禧太后的极大猜疑。尽管洋人一再声明他们出兵是为了救护驻华使馆和侨民，还帮助中国镇压义和团运动，绝不是与清政府作对，但不管如何表白，慈禧还是担心洋人用兵是为了来救助光绪皇帝，影响她的统治。五月二十日（6月16日）连续四天召开御前会议，讨论对外宣战问题。这时，以端亲王载漪为首的主战派也放出风来，造谣说洋人用兵是为了让慈禧太后把权再交给光绪皇帝。她一听到这个消息，十分惊慌，也没有查一查是否属实，就草率下了决定。于五月十五日（6月21日），宣布朝廷对八个国家“宣战”并颁布了宣战诏书。
与此同时，慈禧太后还继续向帝国主义献媚，为对外投降预留后路，宣战后四天，慈禧太后就下令义和团和清军停止围攻使馆。命令军机大臣荣禄派人到各使馆商议和局，还在英使馆附近御河桥边，竖起“钦奉懿旨，力保使馆”的木牌。还向各国使领馆送面粉、蔬菜、瓜果等，来讨好各国列强。
王懿荣的锡拉胡同11号住宅，在王府井大街中段，距东华门近在咫尺，与皇宫大内相距甚近。住宅的第二进院落有一个小花园，花园中心地有一棵高大的枫树，枫树下有一口深井，平素为了安全起见，王懿荣就叫人在井口上放一块大横石，并请石匠为井作了一个围栏。当八国联军占领大沽口炮台的消息传到北京，王懿荣感到时局愈发严重了。他亲率仆人将井挖深、淘净。他面对这口老井，意味深长地对家人说：“此吾之止水也”。这是他告诉家人，一旦城破之日，这口井将是他最后的归宿。
据时任翰林院编修吴士后在《王文每公遗集》序中追忆：“时公（指王懿荣，作者注）会办京师团防。公退食之暇，校订栖霞牟陌人（庭）先生《同书尚书》手稿。顾谓士曰：‘对先生一生精力萃于是书、其精遂渊奥，有过于季逑、艮庭诸老者。吾誓必理而董之，以彰绝学，特世乱方殷，未知能卒业否？’因唏嘘慨叹，不能自己。指园中古井曰：‘他日若有非常之变，吾其得死所矣！’”
此时京城粮食的供应也断了。王懿荣在给天津的次子王崇烈（字汉辅）的信中讲道：“京师闭塞，若非尔谢仲廉母舅之接济，已成饿莩。……”
王懿荣仍每日到团练局率兵勇巡逻城防，四处购置武器，以应不测。这时，乡人潍县古董商人范维清又带着两麻袋甲骨抵京，他也高兴不起来，只是按二两银子一块结帐，劝范维清早早离京远离是非之地。他将甲骨全部堆在花园枫树下，只是下朝后以铜盘托出几片拓片成册而已。在战火烧到北京的前夕，他和仆人将这批甲骨秘密藏起来了。
义和团在北京烧杀抢掠，引起了京师地面混乱，光绪帝因义和团失控事大发雷霆，质问大臣们，为何不派兵弹压义和团。慈禧仍不想认错，她还是老调重弹道：“国亡在目前，若意拱手让之，我死无面目对列宗。一战而亡，不是更好吗？”
此时光绪帝完全被慈禧软禁，他就像一尊木偶像，慈禧在背后扯什么线，他就发什么腔。比如，以他的名义发出的宣战诏书，根本看不出要和那一国或那几国宣战。这道诏书没有点出任何国家的名字，也从未以任何形式送达给任何国家。诏书是这样写的：
朕今涕泣以告先庙，慷慨以誓师之，与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。连日召见大小臣工，询谋佥同。近畿及山东等省义兵，同日不期而集者不下数十万人，下至五尺童子，亦能执干戈以卫社稷。彼仗诈谋，我恃人心。无论我国忠信甲胄，礼义士橹，人人敢死，即土地广有二十余省，人民多至四百余兆，何难翦彼凶焰，张我国威。
真是荒唐的年月，荒唐的朝廷，荒唐的诏书。
大沽口炮台失守后，传来消息，炮台守将罗荣光吞金自杀，阵亡将士有陈廷福、刘思荣、封得胜、马朝龙等90余人。当天下午，驻守在紫竹林租界的洋兵怕遭报复，便先发制人，进攻近对租界的天津北洋武备学堂。
北洋武备学堂是清政府培养军官的学校。该校总监荫昌早已躲进租界，教职员也多数不知去向，300多学生中尚有90余人守留学校。敌人进攻后，遭遇学员顽强抵抗，这一批年轻军官几乎全部阵亡。这时驻守天津的清军也迅速行动起来，见北洋武备学堂学员大多战死，义愤填膺，立即将炮口对准紫竹林租界，猛烈还击。
这一场炮火，把直隶总督裕禄也逼上了抵抗的战场。他本来是主和派，这时也改变了态度，调兵遣将，战绩赫然一时。
六月十二日（7月8日），日军、英军、法军、俄军抢先分头冲进租界。随后，6000多名日英法俄联军猛攻聂士成所部清军。聂军抵挡不住，退至八里台，终为联军包围。激战两个多小时，清军伤亡剧增。聂士成两腿中弹，部下要他后撤，遭到他严厉拒斥，他振呼：“此吾致命之所系，逾此一步非丈夫矣！”奋臂驱马向前，终于壮烈殉国。聂士成阵亡后，清军溃退，战死约350多人。义和团战死达2000余众之多。
六天之后，天津沦陷。联军在天津成立了天津都统衙门（临时政府），进行了殖民统治。此时，联军在天津休整，补充兵力、弹药，准备向北京进犯。
七月十日（8月4日），八国联军离开天津，沿运河两岸进犯。
沿路，北仓、杨村的清军防线被很快击破。清军守将宋庆、马玉昆率部节节后撤。这时，新任帮办武卫军事务大臣李秉衡临危受命，奉旨迎敌。他临行前慷慨立誓：“宁为国而捐躯，勿临死而缩手。”
光绪二十年（1894），中日甲午战争爆发。李秉衡因威海、荣成失陷，受到朝廷处分。二十三年（1897），李秉衡又因组织军民抵抗德国借口巨野教案在胶州湾登陆，被朝廷撤职。
光绪二十六年（1900），李秉衡被张之洞保荐重新被起用，任长江巡阅水师大臣。并参与东南海防互保事务。
七月十二日（8月9日），李秉衡离京上阵，只带少数幕僚和数百义和团，指挥归他节制的几支勤王部队。
第二天，他率兵行至天津西郊运河码头，令所部清军，一一部署阵线。安排完毕，未及喘息，八国联军已发动进攻，火力甚猛。李秉衡仓促应战，但防御工事尚在构筑，枪弹匮乏，没有大炮，力不能支，且战且退。清军伤亡惨重，李秉衡的副将杨得胜也阵亡了。
从早晨到中午，双方不断厮杀。李秉衡身临前敌，终日督战。曾一度击退联军。无奈敌人大炮显威，他被迫撤退。在后无援军的情况下，马玉昆余部又临阵脱逃。李秉衡火速奏诉朝廷，对此万分感慨：“臣自少至老屡经兵火，实未所见。兵将如此，岂旦夕之故哉。”
他在奏折中仍力陈军中所弊，分析转危之道，诚述求援之切，并再发誓言：“竭弹心力，招募散亡，誓死前进，迎剿堵截。”
次日朝廷仍没派援兵，八国联军兵力猛增，李秉衡已成为光杆将军。他身边除了几个幕僚外，别无一兵一将。在悲愤绝望中，他退守通州，在通州张家湾服毒投水自尽。此日，通州失陷，北京就暴露在八国联军面前。李秉衡也成为抵抗八国联军为国捐躯的第一个福山人。
七月十四日（8月13日），八国联军在通州烧杀抢掠之后，在通州稍加休整，共集结各国军队共二万余众，便成群结队向西，向南开进，进逼京城，先是围攻齐化、东直门、广渠各门。此时，王懿荣在东直门和朝阳门组织抵抗。次日，上午辰时，八国联军日本、俄国方队距东直门约有一箭之地外，其中列队几个军官用望远镜朝东直门看了一会，举起指挥刀，一队炮队立在方队前列，看到指挥刀向空中一劈，一阵阵猛烈炮火将东直门的城墙炸开一个大豁口，成队的洋兵在炮火稍停时，便从后面豁口拥进。守城将士有的从死人堆里爬出，与敌人展开肉搏……从凌晨开始，八国联军对北京发起一次次攻击。俄军猛攻东直门，日军又攻朝阳门，美军攻广渠门。英军于中午始达北京，与美军合攻广渠门。下午至晚九时许，东直门、朝阳门皆破。王懿荣败回家中。
这时，慈禧连续五次召见军机大臣。
然而，头次召见，大学士九卿没有一个来的。慈禧对载澜悲叹道：“事已至此，只有走吧！不知你能否守住？”
载澜忙答：“臣无兵，不胜任此。”
到深夜，也只有刚毅、王文韶、赵舒翘三人来见。慈禧悲中有怒：“只剩下你们三人在此，别人都回家啦，扔下我们母子不管，你们三人一定随驾同行。”
此间，荣禄献策曰：“权且送信给使馆，请先停战，再慢慢图救议和，也许是最好的办法了。”
慈禧应允，催荣禄赶快去办。
七月二十一日（8月15日）清晨，慈禧携光绪帝一行仓惶出逃。走到景山前，才瞧见一乘骡车，问了骡夫，才知道是载澜车子，她仓皇登车，一口气逃出了德胜门外。此时，董福祥甘军象洪水一般撤退，势不可挡。王懿荣又指挥守城兵勇及义和团很快将洋人击退。东直门失而复得。箭楼上青龙旗又猎猎飘扬。下午未时，日、俄军又弄来了几门大炮，他们架在东直门外护城河边，对准东直门城墙猛烈轰击。不一会东直门城墙被炸开一个数百丈大口子，毫无城守之势。王懿荣在东直门被炸开后，自知城防已不可为。便组织团勇巷战。他见东直门的龙旗已被炸飞，而出现在城墙上的是太阳旗时，气得直在墙根上狠狠垛了几刀。这时，成千上万的联军蜂拥而入。退守在巷内的团勇们奋勇抵抗不降。王懿荣被数团勇拥簇送往家中。他一路上极不情愿地被拥簇回府，当谢夫人问他外面怎样？他只说了一句：“主辱臣死，吾今可以报朝廷矣！”半夜，王懿荣徘徊于庭院，门外不断传来枪炮声和百姓的惨叫声。当他得知慈禧太后挟光绪帝已逃出了京城时，他仰天长叹，说：“吾可以死矣！”然后，面向南方，跪倒在地，大呼：“皇上，你多保重！是臣无能使您蒙受耻辱……”此时，大街小巷，百姓扶老携幼，狂奔乱逃。浓烟烈火，冲天而起。八国联军用重炮轰击东安门包铁大门，阵阵巨响，传出数里。第一道门轰然倾倒，敌人蜂拥而入。王懿荣感到自己不能再苟安于乱世了，他对家人说：“吾义不可苟生！”他不愿做亡国之奴，感到以身殉国的时候到了，又对继室谢夫人讲：“吾可以死矣！”说毕，用楷书在纸上写下绝命词：
主忧臣辱，
主辱臣死。
于止知其所止，
此为近之。
末署“京师团练大臣国子监祭酒南书房翰林王懿荣”。
然后吞金、服毒，两次未果，当即令家人将井石挪开，准备率妻子谢夫人、长媳张允淑及四子崇焕（9岁）、长孙福坤（8岁）一起投井。众仆人“环跽而劝”。王懿荣厉斥之。这时，有跟随多年的仆人将小儿崇焕、长孙福坤抢出抱走。王懿荣仰天笑曰：“有义仆抢出小主人，吾家幸甚，吾家可谓忠、孝、节、义俱全，死而无憾！”说着，先将戚继光宝刀掷入井中，跟着纵身跳入井中。继后谢夫人、长媳张允淑也相继跳入井里。一家人壮烈殉国。享年55岁。谢夫人42岁，张允淑夫人仅31岁。
谢夫人，名云鹤，山东福山县城里村人。生于咸丰八年（1858）戊午九月二十六日，享年42岁。其父乃王懿荣母舅谢伟勋。光绪八年（1882）十二月初八日王懿荣抵直隶（今河北省）良乡县谢伟勋（方平）衙署，此时谢伟勋任良乡县知县。王懿荣在县署与谢夫人结为连理。王懿荣长表妹与妻子12岁，当时王懿荣37岁，谢夫人24岁。
光绪十年（1884），谢夫人生下第三子崇熿，不幸夭折。光绪十八年（1892）谢夫人又生下第四子崇焕（字汉章）。光绪二十一年（1895）谢夫人又生下一女乳名来往，不幸夭折。
王懿荣继室谢夫人，出身诗书世家，名门望族。谢夫人仪容端庄，性情娴淑，为人爽朗刚正。婚后，伉俪恩爱，谢夫人处处体贴入微，使王懿荣时时感到家庭安乐，以慰他痛失元配爱妻之苦。谢夫人孝敬公婆、小姑，待黄夫人所生崇燕、崇烈如己出，深受王懿荣敬佩。王懿荣也对这位小表妹痛爱有加。王懿荣曾给陈介祺一信中提到，他一生：“不酒、不烟、不二女！不解为利，故自觉神不乏。”可见他对谢夫人感情至深。
王懿荣长媳张允淑，字嘉问，张人骏之长女，生于同治八年（1869），享年31岁。张允淑生有一子，名福坤，字光地，乳名大相，生于光绪十七年（1891），他母亲随王懿荣夫妇殉难时，王福坤8岁，本与其母一起投井，被女佣人从井边强行救出。后被接到张人骏家中抚养，于宣统元年（1909）成婚，卒于1944年，享年53岁。
张人骏，直隶丰润人。张佩纶侄子。字千里，又字安圃。同治进士，选庶吉士授翰林院编修。光绪二十六年（1900）任山东布政使，后又调任河南巡抚、山西巡抚，漕运总督、两江总督、协办大学士、总理各国事务衙门大臣等职。
十日后，礼部侍郎张英麟（字振卿，山东历城人，同治四年进士）筹措了70余金，置办了3口薄棺，亲自率国子监诸生到王懿荣的府邸。由国子监学政王伯恭，学生王杜松等率南学监生们，将王懿荣、谢夫人、张允淑夫人尸体从井中捞起，史载：“三人面容如新”，众人将他们暂时装殓，浅葬于花园空隙地方。距井不过数十米。
一个月后，道员王瑾与侍郎张翼看到八国联军在城内烧杀抢掠的高峰已过，又把王懿荣等三人的灵柩入城郊宝应寺义园。
九月初九日（10月30日），行在内阁抄奉上谕：
二品衔国子监祭酒王懿荣敦品绩学，持躬清正，侍从南斋，迭承恩眷。平日夙怀忠义，恩济时艰。本年七月间，临难捐躯，从容起义。洵然大节凛然，加恩著追赠侍郎衔，照侍郎例赐恤。其妻谢夫人及其长子妻张氏亦同时殉难，忠烈孝义萃于一门。允宜特别予以褒扬，以彰贞节。王谢氏、王张氏均著其旌表。伊长孙王福坤著俟服阕后，以主事分部行走。该部知道了。寻予谥：“文敏”。
内阁抄出，光绪二十六年九月初八奏上谕，“袁世凯奏大员殉节，吁恳恩施一折，王懿荣追赠侍郎，照侍郎例赐。钦此。”应将该员照侍郎殉难例。荫一子入监读书，六月期满，以知州注册候铨。光绪二十七年（1901）五月十九日奏准。
光绪二十七年（1901）二月，王懿荣次子崇烈（字汉辅）由宝应寺义园将父母及大嫂的灵柩启运回故里，由天津经海路抵烟台港码头，然后起陆运至福山古现北顶岭安葬。
王懿荣生前有四个儿子和三个女儿。其中长子、次子、长女、次女为元配黄兰夫人所生；三子、四子、三女为继室谢云鹤夫人所生。
长女保生生于同治二年十月（1863年11月），生于保定，4岁时因病天花夭亡于北京。
次女定任，生于同治五年十月（1866年11月），北京，黄夫人分娩后，流血过多，病体几乎难以支持。祖父王祖源给孙女起名崇瑛。
光绪八年八月（1882年9月），王崇瑛嫁于海丰（今山东无棣县）吴式芬之孙、吴重熹之子吴崶。
同治七年十二月七日（1869年1月19日），王懿荣长子王崇燕出生。
王崇燕，字翼北，又字孟喜。光绪十三年（1887），王崇燕入府庠，是年20岁。光绪十五年（1889）王崇燕迎娶张人骏长女张允淑为妻。光绪十七年（1891）24岁的王崇燕参加山东省乡试，中式第十六名举人。同年八月二十三日（9月25日），王崇燕长子王福坤于福山新宅出生。
王崇燕聪颖好学，思路敏捷。尤喜读《谷梁传》。研究谷梁学，发挥先儒的遗蕴，颇有成就。曾著有《谷梁集解纠谬》十二卷、《谷梁发微》四卷、《谷梁旁通考》一卷、《谷梁注疏笺证汇义》三十卷。
光绪十八年（1892），王崇燕参加壬辰科会试，头场刚过，咯血满地，被抬回家中。次年五月初三（1893年6月16日），王崇燕病逝于北京，是年25岁。
同治九年七月十五日（1870年8月11日），王懿荣第二子王崇烈出生。王崇烈，字汉辅，一字火传。光绪十三年（1887），王崇烈入福山县庠。光绪十六年（1890），王崇烈与湖北督粮道张之洞胞弟张之渊之女结婚。第二年他们的儿子福尧出生。
福尧与福坤是同年所生，但比福坤大几月，因而为长孙。出生后不久，就过继给王懿荣侄子王来庶为子。王来庶是王懿荣大伯父王伯润的长孙，年轻时从祖父在陕西阵亡。福尧就过继给他为子，故其字曰大宗。但不久福尧夭亡。他的母亲张氏也因产后生病，不久卒于北京。
光绪十八年（1892），王崇烈又续娶山东章丘县知县蒋庆第女儿为继室，在济南成婚。过了两年，他们生了一个女儿，名福至，是王懿荣长孙女。
光绪二十年（1894），王崇烈应甲午科顺天府乡试，中式第三十二名举人。
光绪二十二年（1896），蒋氏生下一男孩，为王懿荣次孙，名福塨，字次蠡。因福尧早殇，王懿荣又将福塨过继给王来庶为子。
光绪二十四年（1898），王崇烈妻蒋氏病逝于北京。同年王崇烈以举人、援例为直隶候补知州，供差永定河工。后保荐为候补知府、候补道员，分发直隶候缺，驻天津。
光绪二十五年（1899），王崇烈在北京三娶山东章丘县知县陈代卿（字云笙）次女陈孺云为妻。
光绪二十六年（1900），即庚子年，王崇烈遵父命，携妻子返故里福山。王懿荣殉国后，一切善后全赖王崇烈料理。
王崇烈颖悟聪敏，勤奋好学，治公羊学，年方10岁，有“神童”之誉。居京师时，国子监祭酒宗室盛昱、提学黄绍箕等名流，都对他十分赞赏。他所研究的经学、金石学、训诂学，“翘和为金石诸生冠”。
王崇烈有著述多种：《公羊解诂义证》二卷、《史宬存稿》四十卷、《智雨斋文集》二卷、《佛教浅说》一卷、《智雨斋题跋》四卷、《佛教简目提要》十六卷、《璜斋金文》一卷、《双红薇馆经眼录》四卷、《种瓜亭笔记》一卷、《殷墟文解字》四卷等。王崇烈卒于民国八年（1919），享年48岁。
王懿荣的三子王崇熿、三女来住为继室谢夫人所生。降生不久就夭亡了。
光绪十八年三月二十一日（1892年4月17日），王懿荣的第四子王崇焕出生，他时年47岁。
王崇焕，字汉章，笔名如堪，踽公。王懿荣殉国时，他才8岁，寄居在姐夫吴崶家读私塾。宣统二年（1910）考入天津铁路局，后与上海叶楚伦办《太平洋报》，并加入“南社”。
辛亥革命后，王崇焕入河北省教育厅任秘书。后又在京奉铁路警察教练所担任教官。他在工作之余，致力于文史资料辑录和编辑工作。
建国后，王崇焕任天津铁路学校校长，1953年病逝，享年60岁。
王崇焕一生著作甚丰，早年在“南社”从事文学创作活动。创作许多诗文，晚年从事甲骨文与人物年谱研究，著有：《甲骨文存》、《古董录》、《澹归大师年谱》、《刘继庄年谱初稿》、《纪晓岚年谱》、《王文敏公年谱》、《盛意园先生年谱》、《天南遯叟年谱》、《福山王氏劫印谱》、《王文敏公墨迹手扎》、《王文敏公奏疏稿》、《王文敏公遗集》等。
光绪二十九年（1903），王崇烈奉旨在北京锡拉胡同11号王懿荣故居建家祠奉祀王懿荣。正在京城的湖广总督张之洞为王懿荣题写了祠额“福山王文敏公家祠”。家祠落成顺天府尹陈夔龙题楹联：
率诸生以时习礼，君隆祀典，臣重儒行，瘅心讲学术。且幸文章宗工，政事名族，金石通家，春酒一尊瞻遗像；
忆圣驾蒙难出巡，我捍牧圉，公守社稷，泪笔写奏稿。可怜父子尽节，夫妻捐躯，儿媳从井，秋风七月葬忠魂。
陈府尹又在井旁筑一精致砖亭，内竖一碑，上镌：“福山王文敏公殉节处”九个大字。
光绪帝御笔祭文碑一块，后又有宣统帝题写御笔祭文碑一块，皆立于井旁。光绪帝题曰：赠侍郎衔国子监祭酒谥文敏王懿荣祭文
朕惟儒臣，砺节千秋，垂青史之名，国典褒忠，九陛拜筵之赐，奋雄心而敌忾同仇，义不偷生，孝彝典以文，恩宜特沛尔！原任国子监祭酒王懿荣，禀灵山左，抗志朝端，经术淹通，文章雅正。入金门而登上第华，则誉擅蓬莱，持玉尺而中州，吁后则材呈嵩洛，曾试谏垣而居首旋膺祭。典而书名，会回词苑，托英凌云赋奏遂荷天章，锡宠画日，毫命直乎！南斋仇书乎！东观超迁俟读，晋授司成珥笔禁廷，记金銮之盛遇，授经太学流辟，沼之清芬，考文而会典，勤修头衔，用锡肆武而海防，通整指画无应，爰及还朝聿勤内直，岂意猝开兵寡求，颇牧于禁中，顿教共火画，灰震鼓笔于辇下，表奋剑结缨之志。臣节克完动疾风劲草之思。朕裹增恸宜加优恤，以慰忠魂，既予，谥以易名更晋偕而锡荫，褒章告备俎豆，荐馨于戏取义成仁。读圣贤书而无愧，表忠励节壮河山，色而弥光，惟此，洁蠲尔其歆受。
由国子监奏准，将王懿荣及同在庚子年（1900）殉国的另一位祭酒（满祭酒）熙元（字文贞），附祀于国子监韩文公祠内奉祀。张之洞作《国子监拜文贞、王文敏公两祠，遂观石鼓》诗一首曰：
戟门阶下绿苔生，
风翥鸾翔老眼明。
人纪未沦文未丧，
岿然石鼓两司成。
王懿荣灵柩回故里安葬之日，礼部、顺天府、国子监、翰林院官员前来路祭，达300余人。
在京有关官员、国子监诸师前来题送挽联。题联的有直隶总督袁世凯、两江总督张之洞、河南巡抚张人骏；其他官员：陈恩棨、谭祺庆、阮忠枢、崔惟华、蒋志达、肖树声、肖腾骧、叶大匡、蒋庆弟、黄华、黄笃瓒、陈代卿、陈新铨、王扬芳、李祖年、徐抚臣、晏宗燕、蒋式瑆、陈明远、李宗棠、潘风藻、金授、李舒馨、陈启泰、陈德昌、毛澂等人。
张之洞还写了一首悼念自己的内兄和挚友的长诗，诗中充满对王懿荣的回忆、怀念和赞颂。
诗的题目是《癸卯之都，读王文敏公懿荣绝笔一纸，慷慨从容，敬仰悲叹，非言所罄，赋诗述哀》曰：
劲木少繁卉，
节士罕多文。
试数群雅才，
恒以智包身。
卅年阅馆阁，
博古无如君。
远诤翁阮吴，
近笼刘李陈。
书为九州霸，
行笔来风云。
洪纤夷险等，
然齐鹏昆鸟。
当其入集贤，
恩礼贯同群。
首录大宝箴，
笔谏陈义纯。
尽发天禄秘，
一一别珉。
臣学信已劬，
知己逢至尊。
金銮赐对数，
密记不得闻。
多箭报银虬，
归犹逡巡。
在公岂恤私，
大宅割与邻。
举朝昏不学，
听妖如听神，
五斗距朱邸，
六甲塞禁闉。
衮衮狂且醉，
翘足策殊勋。
读君贻予书，
赫蹄墨犹新。
上言韩贾缪，
编虎殃君民。
下言素志定，
掘井如广轮。
身为国子师，
臣道自我存。
诈穷到溃决，
天脱青城屯。
留守诸贵人，
弃职争西奔。
君独屹不去，
阖门从灵均。
楚毒备三死，
所求臣志伸。
绝笔卅八字，
劫焰不敢焚。
近代文且节，
鹿床差比伦。
回忆交君时，
洒落惊众宾。
嬉笑出坦率，
不畏一世嗔。
虽骂他无肠，
人亦谅其真。
真伪有时见，
须待疾风晨。
韩祠分一席，
模楷俱千春。
侈哉谈生堂，
掠卖随烟尘。
市上见朱记，
壁输其珍。
我知浩然气，
岂念屩玉分。
有儿丰俊才，
不忧衰此门。
的的虎贲肖，
对之辄巾，
照影俯寒碧，
常见贞苦臣。
癸卯入都，读文敏公绝命笔一纸，慷慨从容，敬仰悲叹，非言所罄，赋诗述哀。时臂痛经年，不恒作字矣。南皮张之洞题。
后有康有为在海外闻王懿荣殉难消息后，欣然题诗曰：
儒雅风流国子师，
意园品画忆当时。
联茵永失论文友，
赠扇总怀送别诗。
数字君臣存大义，
百年交旧有余悲。
应同乃木留遗笔，
长挂辟雍松柏枝。
忆道：戊子吾初上书，公见吾于意园，推为京师所无，且为点定数字，商改数句。乙未出京，公以诗扇赠行，有“五岭山头月半湾。照人今古风来还……”句，其余今忘矣。此扇珍藏之，惟见封，没于戊戌。
王文敏公论文于卅六年前，当时吾寓盛祭酒伯熙意园，公日来过从，谈金石，品书画，至乐。庚子余在海外，闻公从容就义，余哀之，有诗曰：“节烈惟闻两祭酒”。事阅数十年，汉章世兄乃以公遗笔属题。追思故人，既哀既敬，乃题以诗。癸亥四月，康有为。
此后，国史《清史稿》传曰：
王懿荣，字正孺，山东福山人。祖兆琛，山西巡抚。父祖源，四川成都绵龙茂道。懿荣少劬学，不屑治经生艺，以议叙铨户部主事。光绪六年进士，选庶吉士，授编修，益详练经世之务，数上书言事。十二年，父忧，解职。服阕，出典河南乡试。二十年，大考一等，迁侍读。明年，入直南书房，署国子监祭酒。会中东战事起，日军据威海，分陷荣成，登州大震，懿荣请归练乡团。和议成，还都，特旨补祭酒。越二年，遭母忧，终丧，起故官。盖至是三为祭酒，前后凡七年，诸生翕服。
二十六年，联军入寇，与侍郎李端遇同拜命充团练大臣。懿荣面陈：“拳民不可恃，当联商民备守御。”然事已不可为，七月，联军攻东直门，犹率勇拒之。俄众溃不复成军，归语家人曰：“吾义不可苟生！”家人环跽泣劝，厉斥之。仰药未即死，题绝命词壁上曰：“主忧臣辱，主辱臣死。于止知其所止，此为近之。”掷笔赴井死。先是懿荣命浚井，或问之。笑曰：“此吾之止水也！”“至是果与妻谢氏、寡媳张氏同殉焉。诸生王杜松等酉居金瘁之。事闻，赠侍郎，谥文敏。懿荣泛涉书史，嗜金石，翁同、潘祖荫并称其博学。
清国史《庚子忠烈传·王懿荣传》曰：
王懿荣，字正孺，号莲生，山东福山县人。祖兆琛，山西巡抚。父祖源，四川成绵道。公少劬学，于书无所不读。中光绪庚辰进士、选庶吉士，授编修，直南书房。大考擢侍读。中东事起，日本陷威海、荣成，公请回里练乡兵。和成。京授祭酒，赐二品服。庚子义和拳乱作，五月，命充京师团练大臣。自言，“受恩愈钜，报称愈难。”七月廿一日，联军入东直门，公睹乱兵塞途人心惶恐，知事不可为。归，语家人，“以城破，义不可苟生”。仰药未绝，复投井中死。妻谢氏子妇张氏殉焉。八月二日，山东张侍郎英麟始出尸井，中具棺敛，案上得绝命词曰：“主忧臣辱，主辱臣死，于止知其所止，此为近之。”末属官职姓名。事闻，赠侍郎，谥“文敏”。妻暨子妇予旌表。祀国子监，官舍韩文公祠。
公平生学问渊博，根底深，文笔灏衍。尤好金石，辑致订甚富，书藏其家。
八十年后，1983年第四期《红旗》杂志指出：……陈天华、王懿荣为了向外国侵略者表示抗议，不惜蹈海或坠井自尽，显示了宁为玉碎不为瓦全的决心。
光绪二十六年（1900），我国第一个甲骨文发现者56岁的王懿荣在八国联军枪炮中，投井殉国了。9年后，宣统元年（1909），岁在已酉，51岁的我国第一个甲骨接棒人刘鹗在新疆迪化城郊一个破囚室里与世长辞了。在他刚刚倒下的身后，又有一大批甲骨的接棒人，从远处走来。他们依次是孙贻让、罗振玉、王国维……
二00五年二月—十月一稿
二00八年三月—九月二稿
二00九年一月—三月三稿于陋室“韦三斋”
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