信心爆棚的第二次出山
由于诸事不顺心，曾国藩的心情愈来愈烦躁。常常是看什么都不顺眼，动不动就因为一点小事迁怒他人，弄得曾府上下，人人提心吊胆，不知道哪天会惹得曾国藩大怒。
正当曾国藩在家苦恼万分，懊悔不迭的时候，前线局势也有了很大变化。1858年3月，离开天京之后的石达开率领万人大军由饶州、广信一带转入浙江，很快攻占了常山、江山等地区，并对衢州发起围攻。曾国藩的老朋友胡林翼趁机上书咸丰皇帝，奏请让曾国藩再次带兵赴援浙江。胡林翼让曾国藩再次出山，主要是想让他助自己一臂之力，早日平乱。再者，也可以回报曾国藩以前的推荐之恩，为老朋友谋得一处地方实权。清政府考虑到湘军是曾国藩创立的，湘军将领都听他的指挥，只有他才能统一指挥各路湘军。曾国藩在湘军中的地位无人可以取代。由他出来领兵，可以加强湘军各方面的联系，尽快剿灭太平军。所以就同意了胡林翼的奏请，谕令曾国藩再出山统兵。
对皇上这次命他再度领兵，曾国藩感激涕零。他这次再也不敢提什么统兵大员非位任巡抚不可以成功的旧话，向皇上讨价还价，索取抚督大权了。曾国藩于1858年7月13日接到命他急速援浙的圣旨，17日就从家动身，其间不敢有丝毫耽搁，深怕皇帝改变初衷，收回成命。
二度出山，曾国藩对前途又充满了希望。他相信，凭自己的才干和抱负，经过一年多痛苦的自省，自己必然能以更为圆熟的技巧，老到的功夫，在东南这块血与火的政治舞台上，演出一幕迥异往昔的精彩之剧来。
曾国藩离家之后，首先是奔赴长沙去见骆秉章与左宗棠，商量出师计划。左宗棠在曾国藩心目中的地位是很重的，虽然去年左宗棠骂得他最厉害，现在回忆起来还心有余怒，但认真想想，左宗棠骂得也不错，自己的确不该在那时负气离开湘军；向皇帝伸手要官的行为既不符自己的初衷，也徒取其辱。所以，自己一定要以老子的“大柔非柔”，以屈求伸的态度处理好与左宗棠及诸文武官员的关系。此时，四十七岁的左宗棠仍是以举人的身份在骆秉章的幕府中襄理军务。虽然如此，他的名声却很高。早在三年前，左宗棠在家自办团练之时，其名声已誉满江湘。御史宗稷辰向朝廷推荐人才时，左宗棠的名字被排在第一位。咸丰帝打听了左宗棠的情况后，便记下了他的名字。后来咸丰帝接见郭嵩焘，君臣又议论了左宗棠。当咸丰帝知道左宗棠常以未中进士感到自憾时，便宽慰他：“不必非要以文章功名建功，而要在国家用人之际立业。”
曾国藩到了长沙，在骆秉章的预先传话之后，去见了左宗棠。曾国藩以无比真挚的态度与左宗棠交谈，毫无掩饰之情，使左宗棠很是感动，也一下子消解了左宗棠心里的不满，拉近了两人之间的距离，于是又和好如初了。他们谈了很久很久，从用兵谈到做人，从做人谈到学问。左宗棠那气冲斗牛的气派，以天下苍生为己任的凛然正气，也不时感染着曾国藩。但此时的曾国藩已不再是一年前的曾国藩了，那种儒道溶揉的老练、神鬼莫测的神态，连左宗棠也感到曾国藩的再次出山，已非昔日可比了。
的确是这样，曾国藩到长沙的几天里，主要是遍拜各衙门，连小小的长沙善化县衙他也亲自造访。堂堂湘军大帅，如此不记前嫌、谦恭有礼的举动，使长沙官场人人都感到再次出山的曾国藩像换了个人，是以无不表示全力支持湘军，消灭“长毛”（太平军）。经过曾国藩的一番拜访、联络，赢得了湖南省大小官员的好评，他们表示要兵给兵、要勇给勇、要饷供饷。
曾国藩经与骆秉章、左宗棠商量，决定委派湘军张运兰部四千余人、萧启江部四千余人、吴国佐部一千五百人入浙，首先抓紧备饷、备械。曾国藩在长沙逗留十几天，随后乘船又到武昌。在武昌亦如长沙，衙衙拜访、官官恭问。胡林翼自不必说，武昌城里的官员也无不表示对曾国藩的支持，同湖南一样，为湘军供饷供械。
随后，曾国藩沿江东下，到了黄州府下游五十里处的巴河。这里驻扎着彭玉麟的数营水师，湘军大将彭玉麟、杨载福、李续宾、鲍超、李元度、杨国栋、彭寿颐、曾国华等人都集中在这里，等着与曾国藩商量军机。
在彭玉麟的座船上，曾国藩与这些阔别一年多的部下见了面，他们商量了下一步的行动。曾国藩提出：湘军的最终目标是攻下江宁。所以军事重心不能离开长江两岸的数省，力量要由西向东使，不能因为石达开的南窜就被动地跟着他走。目前浙江紧张，只能派部分兵力，配合地方绿营监视，不能轻意言战。所以，下一步的作战方案是：曾国荃的吉字营继续围攻吉安；李续宾、彭玉麟、曾国华、鲍超等营进入安徽战场，落足点是安庆；其余部队由曾国藩本人率带，奉旨驰援浙江。
计议已定，诸军按计而行。曾国藩亲率萧启江、张运兰、吴国佐各部援浙；李续宾拨出所部朱品隆、唐义训的一千余人任曾国藩的亲兵护卫营。曾国藩命部队到江西河口集结，自己则去了南昌，拜会江西巡抚耆龄。耆龄深知曾国藩再次出山的来头，也不像陈启迈、文俊那样为难曾国藩，并主动承诺为湘军供应粮草、军饷，这就使湘军军饷基本得到解决。
咸丰八年八月（1858年9月），曾国藩命部队由河口出发到江西广信府铅山集结。此时，石达开已由浙江南走福建，曾国藩率部在赣闽两省之间的弋阳、双港、金溪等地驻守。九月间，在江西建昌暂驻，准备由云际关入福建。此时，刘长佑军已驻新城，准备出关入福建，曾国藩即命张运兰、萧启江由广昌、杉关入闽，而他的大营一直驻在建昌，再未移动。
总之，曾国藩再次出山，一路风顺，完全改变了家居前的困守地位。因此，他计划一年之内全歼太平军。但是，天有不测风云，世事的发展总是让人难以预料。迅猛发展的军事形势，再次打破了他的美梦。
对手变小了
在曾国藩再度出山，奔赴湖南、湖北、江西，协调湘军与地方政府的关系，重新调整湘军阵容，计划攻皖援浙的战略行动之时，太平天国也在理顺天京变乱、石达开出走之后的政治与军事关系。
石达开出走后，洪秀全对他做了大量争取的工作。洪秀全认识到当时岌岌可危的形势，决心振发一番，扭转危局。他罢免了不得人心的两个兄长（仁发、仁达）的职务，任命陈玉成、李秀成、李世贤、韦俊为前、后、左、右军主将，并起用林绍璋、蒙得恩一起管理朝政。尤其是对陈玉成几位年轻主将的任用，大大加强了太平军的战斗力量。林绍璋、蒙得恩等人的政治素质和领导能力当然远远赶不上杨秀清等前期领导人，但他们的被任用，一度稳定了天京变乱以来领导层的混乱局面，为太平天国后期的斗争，创造了一个好的起点。
陈玉成和李秀成成为这些新提拔的诸人中的佼佼者。两人都是太平天国起义时就参加太平军的广西老兄弟。1858年时，陈玉成只有二十一周岁；李秀成稍大些，也不过三十五岁。两人年纪虽不大，文化程度也不高，但多年的战火考验已把两人锻炼成了有勇有谋、能征惯战的将领，资格也算比较老。太平天国在石达开出走后还能支撑七年，此二人功绩不可不提。
1858年8月，李秀成、陈玉成等太平天国重要将领在安徽枞（zōng）阳召开军事会议，决定分进合击，集中兵力打破清军的江北大营，以解天京之围。随后太平军和清军展开大战，陈玉成军自湖北和安徽挥师东进，破庐州（今合肥），然后与李秀成军会合，先在乌衣击败德兴阿和胜保军，接着又在江浦击败江南大营来援的冯子材部，而后乘胜进军，一举攻占浦口；清军被歼二万余人，江北大营全面崩溃，解除了来自天京江北的威胁。
江北大营一垮，天京的压力减轻，陈玉成便可以集中力量对付步步进逼的湘军了，处在湘军最突出部分的李续宾部就陷入了危险的状态中。
正在这个节骨眼上，胡林翼又因母丧丁忧。
胡靠山回乡
曾国藩这次出山的最高目标在攻克天京，彻底镇压太平天国运动。因此，他这次重新领兵之后，并没有盲目地听从咸丰皇帝的指挥，把湘军的所有兵力都布置到浙江去。而是先仔细地分析了一下形势，认为太平天国据守长江下游，要想攻克天京，只能从长江上游各省着手。现在清军已基本控制住了湖北、江西、等省。太平军势力较强的只有安徽一省。如果湘军能再控制住安徽省的局势，那么，天京迟早要成为一座孤城。所以他这次出兵首在争夺安徽。自己入浙，只带领一部分战斗力并不太强的人马随去，而把湘军的精锐之师交给李续宾、弟弟曾国华率领，攻打庐州，进逼安庆。
1858年8月，曾国藩奉命按原定计划率领一部分湘军入浙，但他刚行到江西广信府时，又接到咸丰皇帝的紧急上谕；说石达开已从衢州撤围，南走福建，命他率部改道福建。曾国藩又不得不辗转南行，直奔福建而去。
奉曾国藩之命进军皖中的李续宾部，在陈玉成攻克庐州后，收到咸丰皇帝立即夺回庐州的命令。迅速向庐州靠拢，驻兵三河镇。
1858年8月19日，胡林翼之母去世。此时的曾国藩已隐约感觉不妙，因为自曾国藩丁忧家居后，湘军全靠胡林翼护持。胡母去世，按规定胡应丁忧，胡若离湖北，湖广总督官文决不会像胡林翼那样关照湘军。曾国藩虽然再度出山，但因没有地盘，没有地方实权，还是非常需要胡林翼的关照。曾国藩在写给吉安前线的曾国荃的信中说：“水陆数万人皆仗胡公以生以成，一旦失所依倚，关系甚重。”胡林翼离武昌回湖南，曾国藩在给左宗棠的信中又表达自己的担忧。而曾国藩最感到不安的，就是负责进攻皖北的李续宾一军。
李续宾部现归湖北方面指挥，而皖北另一路对抗太平军的清军钦差大臣是满人胜保，胜保与太平军作战连连失利，却忌妒湘军的战功。因此，曾国藩在又一封给左宗棠的信中说，安徽战事由胜保指挥，李续宾可能会受牵制。如有为难之处，只有胡林翼能够扶助并让他安全。曾国藩又写信给李续宾和曾国华，告诫他们小心行动。希望南路湘军攻占安庆后，湘军水师可以直达桐城。叫他们不要孤军向北，并特别嘱咐要与水师相依，才比较安全。写了此信后，曾国藩还不放心，又写信给驻守后路的李续宾的弟弟李续宜，告诉他，李续宾处兵力虽强，但千万不可分军，分则力单，一败则整个形势将为之牵动。
曾国藩的担心倒不完全是他有先见之明，而是与他丰富的军事经验和求稳求慎的军事思想有关。曾国藩用兵，常不求取胜，先求立于不败之地。他说：“用兵之道，最忌势穷力竭四字。力，则指将士之精力言之；势，则指大局大计及粮饷之接续，人才之继否言之。”又说：“悬军深入而无后继，是用兵之大忌。”“危急之际，尤以全军保全士气为主。孤军无助，粮饷不继，奔走疲惫，皆散乱必败之道。”后来，清末民国初著名的军事家、湖南邵阳人蔡锷还把这些话收集到《曾胡治兵语录》中。按照曾国藩的做法，每进攻一个地方，攻城须有攻城的部队；另外一定要有负责打援的部队；要有隔断附近太平军各个据点的联络的部队；还要有一支机动部队，按现在的讲法，就是战略总预备队。虽然湘军大多是以少敌多，但一般是要在这些工作落实之后再发动进攻。
但是，此时已由不得曾国藩了。咸丰帝闻报庐州（今合肥）失守，非常焦急，他最担心的是太平天国越过长江流域向北发展，再与捻军会合，威胁他的京师的安全。这时，胜保又几次秘密上奏，说李续宾赴援迟缓，贻误军机。因此，咸丰帝十天之内七次下诏，命李续宾迅速赴援。其实，咸丰帝完全是瞎指挥，从湘军的出发地皖西南的太湖一带到胜保驻地定远或庐州，都有数百里。李续宾所部只有八千人，即便冲过太平军的重重防线，也根本无法攻下庐州。
李续宾命丧三河镇
李续宾部本是湘军攻占九江的主力，连续征战，并没有得到休整，胜利之后也有些浮躁。当太平军与清军北大营决战之时，李续宾便奉命乘虚向庐州方向一路进攻，9月21日占安徽太湖，27日占潜山，10月13日经血战占桐城，随后占舒城，进攻三河镇。
三河镇距庐州五十里，是太平天国的粮饷重地，庐州、天京都要依赖三河的粮饷接济，所以三河对太平天国极为重要。三河若失，不仅庐州危险，安庆也受威胁。因此，当三河守将吴定规向陈玉成求援时，陈玉成立即奏明洪秀全，请命李秀成也率部增援。于是，陈、李两军又一次合军作战，等于是倾太平天国主力来攻李续宾，李续宾部立即陷于危险之中。
李续宾本人也觉察出了孤军深入的危险，并且一路每克一城，都要分兵留守，当向三河方向进攻时，他身边的部队已不足五千人。有部下说：安庆未复，军行无后继，腹背受敌，此危道也。并建议回军桐城，与其他清军一同攻安庆，这样各军相距不超过百里，可以互相救援。但李续宾却因为屡奉咸丰帝诏旨催促，不便退军。他离开舒城前向咸丰帝奏报说：“臣所部八千人，因克潜、太、桐城及此间留防分去三千余人，数月以来时常苦战，未尝一日休止，伤损精锐，疮痍满目，现已不满五千人，皆系疲乏之卒。三河一带，悍贼虽多，自揣足以制之，若遇大股援贼，则兵力亦恐难支。要当尽其所能，以报皇上之恩遇而已成败利钝，非所计也。”
这话颇有些“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还”的味道。为防万一，他致信湖北请续派援兵。当时三河附近尚有两支机动部队：一为李续宾之弟李续宜，率四千人驻湖北黄冈；一支为唐训方，率三千人驻湖北英山。当李续宾求援信到武昌时，官文却说风凉话道：“续宾用兵如神，无所用援。”李续宾虽然求援，但不愿示弱，遂进攻三河。三河外围，太平军筑有九座堡垒。11月7日，一番血战，湘军攻占了这九座堡垒。在这场战斗中，太平军伤亡七千人，湘军也伤亡一千余人，可见其战况的惨烈。但是，湘军并没有攻下三河镇，太平军守军退入城内坚守。而与此同时，陈玉成的援军已经到达三河附近东、南的白石山和金牛镇，连营数十里，对李续宾形成反包围并切断其后路，后路湘军由西面的舒城增援三河的通路也被切断。稍后李秀成也率军来到白石山，另外还有捻军与太平军配合。太平军的人数，有的人说有十万，有的人甚至说有三十万。
这个时候，李续宾想退兵也来不及了，但他还要作困兽之斗。11月14日，李续宾挥军进攻陈玉成前锋，陈玉成前锋败退，李续宾命军追击。次日黎明，湘军已追过陈玉成主力大营。这时，突然大雾迷漫，对垒双方近在咫尺，却只闻人声，不见敌面。两军犬牙交错，混战起来。
在这样的情况下，李续宾已无法有效指挥。驻守白石山后的李秀成，听到炮声，立即率兵赶到并加入战斗，守在三河镇内的太平军也从城中杀出，四千多湘军陷入重重围困之中。沙场上刀枪飞舞，炮声隆隆，血肉横飞。这场惨烈的大战一直持续到深夜。李续宾战死，曾国藩的弟弟曾国华也一道战死。湘军个别营盘又坚持三昼夜，最后只有几十个残兵败卒逃出。
三河战后，陈玉成、李秀成又挥军进攻舒城、桐城、潜山、太湖。驻守这几个地方的湘军已成惊弓之鸟，再加上李续宾已死，缺乏得力的指挥，遂一路败退。清军都兴阿部也撤安庆围，一直退到宿松，湘军在安徽又只占有一角。
三河战役，对于湘军来说，是犯了孤军深入，轻敌冒进的错误，与咸丰帝的瞎指挥、湖广总督官文以及安徽方面的胜保的忌妒也有关系。但湘军的战术缺少灵活性也是其失败的原因之一。如果是太平军处在李续宾的处境，很可能会迅速大规模的撤退以避免被歼灭的危险。湘军善于稳扎稳打，却不善于大规模机动作战。太平天国方面常常作大范围、长距离的运动战，除了株守金陵一条不变外，常常是打得赢就打，打不赢就走。此次击破江北大营及三河之战，都是大规模的运动战。三河战役，太平天国方面可以说是成功运用了集中优势兵力打歼灭战的军事原则，而且不是集中一般的优势兵力，简直是集中了太平天国的全部精锐。李续宾，号迪庵，与曾国藩同为湘乡人，罗泽南最得意的学生。罗泽南临死前，遗嘱罗部湘军由李续宾统带。这是一支真正的百战之师，是湘军的精锐。
正因为李续宾是湘军第一勇将，属部又是湘军精锐，所以李续宾的惨败，虽然死亡人数并不算很多，但给湘军的打击却是非常沉重的。曾国藩写给刘蓉的信说：“三河之败，歼我湘人殆近六千，不特大局顿坏，而吾邑士气亦为不扬。未知此后尚能少振否？”
胡林翼当时正丁忧在家，一天忽然一士兵快马赶来，报告李续宾三河之败，胡林翼看完败报，突然呕血晕倒，过了好久才苏醒过来。其家人惶骇不已，胡林翼稍后在一封信中说：“三河溃败之后，元气尽伤。四年纠合之精锐，覆于一旦，而且敢战之才，明达足智之士亦凋伤殆尽。”
不仅李续宾所部是湘军的精锐，而且李续宾本人与曾国藩有着特殊的感情。在曾国藩父丧家居，被剥夺指挥权的时候，李续宾和他的弟弟李续宜仍然视曾国藩为湘军最高统帅，对湘军的军事行动都进行请示汇报。由于清廷迟迟不肯让曾国藩出山，李续宾甚至表示要辞职回家。现在，这一支劲旅就这样全军覆没了，一个对自己忠心耿耿的部将就这样惨死沙场了。眼看自己的处境刚刚好了一点点，就出了这样的事情，曾国藩可谓心痛如刀绞。曾国藩挽联中写道：“八月妖星，半壁东南摧上将；九天温诏，再生申甫佐中兴。”曾国藩又为曾国华撰挽联道：“归去来兮，夜月楼台花萼影；行不得也，楚天风雨鹧鸪声。”
五年以后，李续宾的弟弟李续宜病死。曾国藩在挽联中还念念不忘三河之败的事，其中上联是这样写的：“我悲难弟，公哭难兄，旧事说三河，真成万古伤情。”
三河败后，曾国藩嘱咐李续宜收集他哥哥剩下来的军队（少部分拨归多隆阿指挥），加上李续宜原带的军队，李续宜部又成了湘军主力之一。另外，咸丰帝又“夺情”命胡林翼出来署理湖北巡抚。都兴阿因病修养，由副都统多隆阿统率都兴阿所部后，多隆阿遂成为出色的湘军大将。鲍超和多隆阿在安徽宿松东北战胜陈玉成部太平军，稳住了阵脚。
三军围攻安庆
1859年1月，正当曾国藩为三河之败心情郁闷时，李鸿章——可以说是他平生最得意的门生来到建昌大营。
李鸿章（1823—1901年），号少荃，安徽合肥人。曾国藩认识李鸿章是在京师做官时。
李鸿章的父亲李文安与曾国藩同时考中进士，在那个时代叫做“同年”，同年之间有一种特殊的关系，就好像现在的老同学一般。李鸿章自幼天资聪颖，才华横溢，功名心也非常强烈。
1843年，李鸿章入京参加乡试（考举人）。第二年，他顺利考中了举人，此时的李鸿章只有二十一岁。当时曾国藩的文章道德学问在京师已经小有名气，李鸿章进京不久，就以同年之子的身份拜访了曾国藩，并拜曾国藩为师。
曾国藩一见李鸿章，便判断他将来是个可成大器的人，再加上很喜欢李鸿章的诗文，因此，李鸿章得到了曾国藩的悉心指点。指点的内容，除了作诗作文外，主要是义理、经世之学。师生二人气味相投。李鸿章在家信中，常称曾国藩为“曾夫子”，并说他与曾国藩“朝夕过从”。
因为有这层关系，当江忠源出任安徽巡抚时，曾国藩就想起李鸿章，让江忠源到安徽后与李鸿章联系。
李鸿章是个人才，而且将来肯定能成大器，这是曾国藩早就看出来的。所以，李鸿章来到建昌大营后，曾国藩如果有什么大的行动，他肯定会让李鸿章参与，听取他的意见。此时，曾国藩留驻武昌，与胡林翼商定了进兵安徽的计划之后，向咸丰帝上奏的进兵的折本就是由李鸿章谋划的。折本内容强调进兵安徽的重大军事意义，他说：金陵之所以久攻不下，是因为陈玉成掌控安徽。陈玉成开辟并护持住金陵与安徽的通道，以安徽为金陵的后方，并在三河、浦口、庐州叠挫清军。因此，要想攻破金陵，必先驻重兵于滁（州）、和（州），阻住金陵与安徽的通途、割断芜湖的粮道，金陵则不攻自危。而要想把重兵驻到滁、和，就得围攻陈玉成的驻军之地安庆，兼攻安徽的首府庐州，迫使陈玉成进行决战。攻陷安庆、庐州，攻克金陵就没有大问题了，而首当其冲的就是要消灭陈玉成的安徽军队。曾国藩采纳李鸿章的这个策略，自然是切中要害的。当时太平军的战略要地的确在于天京与安徽之间的相互毗连，在于陈玉成往返天京与安徽，以滁、和、安庆为屏蔽，不断阻击湘军与胜保等部的进犯，才保住天京的安全不动摇。曾国藩把进兵安徽，攻陷安庆当作打败太平军的中心战略，到底让他抓到了太平天国的生死关键了。
咸丰九年九月（1859年9月末），曾、胡商定了三路进兵计划：都兴阿、多隆阿、鲍超、杨载福沿江东进，围攻安庆为第一路；曾国藩攻太湖、潜山、桐城为第二路；胡林翼取道英山、舒城、六安为第三路。咸丰帝听了别人的建议，害怕湘军会把安徽的太平军逼向淮北，令曾、胡改变战略计划，而曾、胡并未接受，曾国藩反而亲领围攻安庆的第一路军，第二路军调多隆阿、鲍超担任。
三路军的作战任务是：第一路为主力军，攻占安庆；第二路切断庐州与安庆的联系，阻止太平军援安庆；第三路阻止太平军西进，攻取湘军的后方。咸丰九年十月二十四日（1859年11月18日），曾国藩从巴河出发，率第一路军万余人马经黄梅进驻宿松，派李榕、朱品隆率兵进攻太湖的太平军。此时，第二路军多隆阿、鲍超、唐训方、蒋凝各部二万余人马已进驻太湖城外。当各路人马会齐，便发起对太湖的进攻，打响了湘军反攻安徽的第一仗。
湘军入皖早为太平军所注目。当战争在太湖发生后，陈玉成于咸丰九年十二月（1860年1月）率大军增援太湖，扎营七十余座，包围进攻太湖的湘军。胡林翼闻讯也迅速由黄州进驻英山，并向曾国藩告急，建议集中兵力打击陈玉成的援军。曾国藩同意了胡林翼的建议，但并没有放弃进攻安庆的计划，他提出让李续宜、曾国荃增援太湖，李、曾二支人马尚远在湖南和江西，无法马上应援。因此，进攻太湖和阻击陈玉成的援军，仍旧只有多隆阿、鲍超率领的第二军，另有曾国藩派去的朱品隆、李榕的少量湘军。
鲍超是带领第二路军的主要将领之一。他在太湖之战中发挥了关键作用，他也因此名声大震。鲍超，四川奉节人，字春霆，是湘军中的一个传奇人物。其父为绿营士兵，在鲍超幼年时即战死军中，其母亦丧。他十余岁时到四川峨眉山清虚观为道士打柴挑水。因他为人爽直、做事卖力，深得道长喜爱。在清虚观几年，竟学来了道长的真传武功。道长欲留他在观里，但鲍超却要凭着自己的一身本事干出轰轰烈烈的事业来，到了成年后便下山投了清军。当时正值太平天国在广西起义，鲍超被发往广西，选入向荣的亲兵营。永安一战，他身负重伤，留在了广西，并在此成家，与一位韦姓女子结了婚。鲍超伤好之后，他想领着妻子到湖南追随向荣，但没有追上，却遇上了曾国藩在招兵。当时，鲍超几乎是陷入了走投无路的地步，他已经身无分文，还带着妻子。曾国藩试了他的武功和谈吐，知此人未识一字，却有一身莽力和武艺，就安排他做了湘勇的一名教练。后来，鲍超进入塔齐布的军营，数战之后，以勇悍闻于湘军。后编练湘军水师，曾国藩让他做了水师哨官，是杨载福长江水师的前锋船。并参加了洞庭、岳州、金口，武昌、田家镇等战役。鲍超每战皆立功，破田家镇拦江大锁，他的功劳尤大。战后，被提拔为营官。
曾国藩家居期间，鲍超留湖北，属胡林翼。多次战斗，功劳卓著，胡林翼对他十分器重，认为“布衣知己，尝以弟呼之。”并改鲍超所部水师为陆师，招长沙勇三千，号“霆军”，转战安徽、湖北等地，屡与陈玉成及捻军作战。在太平军的心目中，他是一个最为凶恶的强敌。这次参加会攻安徽，饱超以参将衔为第二路军主要将领，率众六千余人。
陈玉成领兵援太湖，鲍超主动要求打援。多隆阿让他率本部人马到太湖东北的小池驿驻扎，阻止陈玉成进兵太湖。仗打起来后，鲍超抵挡了陈玉成的全部援军，战斗进行得异常残酷。他离诸军距离很远，成了一支最孤立、最突出的挨打部队。他屡向多隆阿要求增援，多皆置之不问。结果，在没有援兵帮助的情况下，他带领将士们孤军奋战，部队死伤过半，后被陈玉成团团包围。
鲍超坚忍不拔，在包围圈里往往率队主动出击，使陈玉成的数万军队一时战不胜他。一次夜间，他乘太平军连日围攻疲惫之时，率军摸进敌营，发起突袭。太平军在睡梦中突遭袭击，不知是何军杀来，几被其击溃。幸赖陈玉成挥军迎战，才免于溃败。
正在太平军围攻鲍超之时，胡林翼突然派金国琛、余际昌率兵1万多人从太平军背后袭击。鲍超趁机率部从城内杀出，陈玉成腹背受敌，自顾不暇。多隆阿见状，立即派兵烧毁陈玉成的粮库。这样一来，陈玉成于1860年2月16日不得不放弃太湖，连夜撤走。
鲍超的苦战并没有付诸东流，这一苦战有力地阻住了陈玉成的大军，使太湖一战取得胜利。战后，鲍超及其“霆军”声名大振。咸丰闻报，加封提督衔，并赏假回籍养伤、省亲。待他假满之后，曾国藩、胡林翼令其募勇万余人统带，成为湘军中最主要的一支大部队。
太湖是安庆的门户，门户一开，湘军便长驱直入。这时的安庆仅剩下枞阳一线与桐城相通。曾国藩后来利用卑鄙的手段收买了韦俊，这位曾经两次攻克武昌的骁将顿时成了太平天国的罪人。1860年6月，韦俊在湘军水师彭玉麟、杨载福的配合下攻陷枞阳。安庆完全暴露在湘军的眼前。
曾国藩有意要成全曾国荃，命他带领曾家军的嫡系部队进驻集贤关，兵临安庆城下，形成围攻之势。从此，安庆内外隔绝，成为一座孤城，处在了湘军严密的包围之中。
总理两江
正当曾国藩全力围攻安庆的时候，天京战局发生了重大变化。拜上帝会的最早成员之一，洪秀全的族弟洪仁玕从香港辗转来到天京。洪秀全此时正感到身边无人，洪仁玕的到来令他万分高兴，遂封为干王，总理朝政。1860年初，为解天京之围，忠王李秀成、英王陈玉成等太平军将领策划了一场大的军事行动。李秀成率兵由苏南入浙，大兵猛压杭州。浙江巡抚罗遵殿慌忙向江南大营统帅和春求援。和春派总兵张玉良带兵二万，由江宁赶赴救杭州。张玉良刚走到半路，李秀成突然率兵北上，猛扑江南大营。此时，陈玉成也率兵强渡长江，两军会合。数日之内，连破江南大营外围要地，将江南大营紧紧包围起来。和春、张国梁拼死抵抗。九昼夜的激战过后，江南大营彻底瓦解。和春、张国梁仓皇逃出，太平军乘胜追击，接连攻下苏州、常州。和春自缢，张国粱落水而死，江苏巡抚徐有任自杀，两江总督与其他江苏官员逃往上海，一时形成了树倒猢狲散的局面。江南七万绿营全军覆没，清政府在南方的绿营武装已基本瓦解，再也没有力量组织对天京的包围了。
江南大营的覆灭对清政府来说是个沉重的打击，让湘勇出力，绿营兵坐收渔利的想法彻底破灭。从此，只得一心一意依靠湘军剿灭太平天国了。
这样的消息对清政府来说，几乎要崩溃了，但对曾国藩来说，这无异于上天帮自己出头。他和幕府得知这一消息后，欣喜万状，左宗棠、李鸿章、胡林翼等人无不倍感欢欣鼓舞，认为自己的出头之日已到。
事实证明也是如此，原两江总督何桂清逃走之后，咸丰一怒之下将其革职，后来由肃顺推荐了曾国藩。咸丰皇帝下诏令曾国藩为两江总督，速往江苏署理两江事务。肃顺精明干练，魄力宏大，敢于重用汉人。他认为要想剿灭太平天国，就必须依靠胡曾这帮汉人，所以无论是曾国藩，还是胡林翼、骆秉章等汉人之所以能够得到皇上重用，都与肃顺的极力保荐分不开。曾国藩第一次墨绖出山就曾深得肃顺的推荐。现在又仰仗他，登上两江总督的宝座，这对于苦于得不到抚督大权而苦恼的曾国藩来说，真可谓是莫大的恩典。因此，曾国藩从心底感激肃顺。然而，一向以老成持重著称的曾国藩并没有因一时的冲动与肃顺有任何私下联系。后来慈禧太后发动宫廷政变，处死肃顺时，从肃顺家中搜出许多阿谀追随的信件，其中独独没有曾国藩的，这使慈禧大为感叹。因此，曾国藩在慈禧掌权时期，仍能得以重任。
就在曾国藩总理两江不久，胡林翼又上奏皇上，保奏左宗棠。
得到了梦寐已久的两江总督的职位，同时又有了胡林翼、左宗棠、李鸿章等人的支持，曾国藩开始站在与太平军作战最高统帅的高度，思考以后的用兵计划。
首先他清醒地意识到，朝廷从江浙入手，通过苏州、常州包围天京，从天京下游进攻的决策是行不通的，要想攻克天京，必须从长江上游向天京包围。即继续执行自己复出时定下的进军皖中的计划，拿下安庆，消灭陈玉成的部队，步步进逼天京。所以他拒绝了清政府让他率兵攻下苏州、常州的要求。只把大营扎在安徽、江西、浙江三省之间的祁门，一心一意围攻安庆。
安庆自1853年6月为太平军占领后，是仅次于天京（今南京）的政治、军事中心。1858年5月九江失陷后，又成为天京上游唯一的重要屏障，一旦有失，湘军便可直窥天京。1860年夏，正当太平军二破清军江南大营和东征苏州、常州之际，湘军统帅曾国藩和湖北巡抚胡林翼统率湘、鄂军水陆师五万余，自湖北大举入皖，连陷太湖、潜山、石牌（今怀宁），直逼安庆。道员曾国荃率湘军陆师万余人相继进扎安庆北面的集贤关，与提督杨载福部湘军水师四千余人担任围城任务；副都统多隆阿、按察使李续宜率湘鄂军二万人驻扎桐城西南挂车河、青草塥，阻击太平军援军。6月20日，杨载福水师攻陷安庆东路要地枞阳镇（今枞阳县），安庆被合围。
是年秋，曾国荃督军在安庆城外掘长壕两道，前壕围城，后壕拒援。时安庆由受天安叶芸来、谢天义张朝爵率二万余人驻守。太平军二破清军江南大营后，天王洪秀全等决定俟东征苏，即沿长江上取湖北，迫使湘军回撤以解安庆之围。9月下旬，洪秀全从江、浙战场调集兵力，分五路由大江南北并进，其部署为：英王陈玉成率军从长江北岸西进，经皖北入鄂东；忠王李秀成率军从长江南岸西进，经皖南、江西入鄂东南；辅王杨辅清、定南主将黄文金率军沿长江南岸趋赣北；侍王李世贤率军经皖南入赣东；右军主将刘官芳率军攻祁门曾国藩大营。五路中，陈玉成、李秀成为主力，取钳形攻势，预定于次年春会师武汉，以调动围攻安庆之敌。其他三路主要是牵制皖南和江西湘军，并伺机
歼敌。
用请旨对付圣旨
历史总是在关键时刻出现让人意想不到的问题。正当曾国藩大权在握，以为可以一展夙愿，顺利攻克安庆，进逼天京之时，北京一场意外的变故又将曾国藩拉入了难以自拔的焦思苦虑之中。原来，英、法联军进逼北京，咸丰皇帝带领嫔妃、大臣仓皇出逃，严令曾国藩派鲍超赴京救驾。
英国侵略者通过1840年鸦片战争在中国取得了大量特权后，并不满足。为了取得更大、更多的特权，他们自1854年就开始提出修改条约的要求，遭到了清政府的拒绝。尔后，英国侵略者便和法国勾结起来，于1856年10月发动了第二次鸦片战争。从此，他们由南而北，由小而大，不断挑起战争。其间前后共延续了四年。1860年8月，他们从北塘登陆，打败了僧格林沁的骑兵，攻占天津。后来又击败胜保的部队，兵临北京城下。咸丰大惊，慌忙带着一班大臣、妃嫔逃到热河，留下恭亲王奕在京师与英法侵略者谈判。同时，他还接受胜保的奏请，在逃往热河的途中，接连发布上谕，令各地抚督、将军迅速带兵来京勤王。其中第一道上谕就是发给湘军统帅、两江总督曾国藩的。咸丰帝要他速派鲍超率兵两三千人“兼程前进，刻日赴京”，交胜保调遣。
接到这道上谕，曾国藩一面为皇上蒙尘而担忧，一面又对派鲍超救驾而犯难。
当时曾国藩的处境也不好，太平军刚好攻克徽州。曾国藩孤守祁门，自身凶吉未卜，他还要靠鲍超保卫祁门，扫清通往天京的道路，哪有心思发兵北援。但假若拒不发兵，抗旨之罪，谁能担当得起？抗旨罪名已是不轻，更何况又是这非常变故之际、皇上蒙难之时。抗旨不发兵，自己平时口口声声标榜的忠君爱国岂不都成了假话。万一皇上震怒，天下共责，不待杀头灭族，自己就早已身败名裂，万人共诛了。
因此，面对这道圣旨，曾国藩落入了进退不是，左右两难的境地。
于是，他急忙与胡林翼、左宗棠等人商议，又命幕僚们献计献策。
胡林翼、左宗棠等也都不愿派鲍超北援。鲍超是湘军中有名的能征善战之将，他所率的霆字营是湘军围攻安庆所剩的最为重要的一支机动兵力，并且是唯一敢与陈玉成对抗的军队。倘若将他派走，势必影响安庆战局，何况他们也不愿意将这一支命根子一般的军队送给屡战屡败，草包一般的胜保率领。然而，北援毕竟又事关勤王之举和抵抗外国侵略者的行动，假如托词推诿，拒不发兵，不仅有可能被加上“不忠”的罪名，而且有可能被扣上“卖国贼”的帽子。因此，他们商量来，商量去，仍想不出一个两全齐美的办法。曾国藩的幕僚们也都主张北援，全无上善之策。曾国藩一连几天，急得像热锅上的蚂蚁，整夜不能入睡。
就在曾国藩苦思焦虑不得善策的时候，李鸿章悄悄地走进了曾国藩的房内。首先，他告诉曾国藩，此时入京勤王已属空话，对皇上实际上并没有一点好处。洋人进逼北京，并非是想对皇上不利，他们只不过是想通过战争取得在华的更大利益，只要许给他们好处，肯定自行退兵。接着又献计曾国藩，让他假意请奏鲍超为一介武夫，不能担此重任。入京勤王之事，必须曾国藩、胡林翼两人中的一个带兵前去。而这样的事，自己又不敢确定，因此上折请皇上定夺。这样，从祁门到北京奏折最快也要半个月。一来一回，恭亲王早已和洋人达成协议，到那时勤王一事肯定无人再提。
李鸿章短短数语，一个小小的按兵请旨的妙策，就把困惑了曾国藩几天的难题轻而易举地解决了。是的，一个月之内，恭亲王奕必能和洋人谈妥退兵的条件。到那时，入京勤王一事早已成为过丘之水，曾国藩一阵轻松。李鸿章如此轻松地提出了这个万全之策，从此更受曾国藩器重。
事情果如李鸿章预料的那样，曾国藩于10月18日上书咸丰，请求降旨任命由谁带兵入京。11月16日，曾国藩接到皇上圣谕说：“和议已成，鲍超、胡林翼、曾国藩均毋庸北援。”
祁门遇险
曾国藩选定祁门作为驻节之地，主要是看中它东连休宁、徽州；南达江西景德镇，既有天然大山可以屏蔽老营，又可与浙江、江西互通声息。然而等他到了祁门，只见四周山势陡峭，与外界相连的仅有那条连接休宁、景德镇的东西官马大道。除此之外，有一条小路勾通北面的两个小镇大赤岭、大洪岭。另外有一条小河，河面狭窄，只能浮起坐两三个人的小船，大船不能进来。这里人烟稀少，土地贫瘠。倘若东西方向的那条大道被堵，祁门与外面的联系即断，县城则陷于绝境。看到这些曾国藩有些后悔了。但驻守祁门的事已上报朝廷，所以只得暂时驻下。
跟随曾国藩驻扎祁门的众幕僚一见祁门地形，纷纷劝他离开祁门，另觅合适之地。曾国藩拒绝不听。李鸿章也跟着到了祁门，他在祁门四周勘察了一番，也劝曾国藩，说祁门地势形同釜底，是兵家绝地，要他迁居别处，以免将来受困。曾国藩执意不听，一意孤行，还大骂要走的人贪生怕死。从此，再也无人敢提离开祁门的话。
1860年12月1日，当曾国藩还在为北援问题惴惴难安的时候，李秀成忽然率领二次西征军的主力部队进入皖南。太平军攻破羊栈岭进克黟县，距离曾国藩的祁门大营仅八十里路，中间没有任何遮阻。这时曾国藩身边只有三千防兵，情形十分危急。曾国藩大惊之下，急忙调鲍超前来援救。
几天之后，援军未见踪迹，曾国藩自料难逃活命。这才后悔没听李鸿章等人的话，以至铸成今日大错。于是写好遗书，交待了一些后事，祁门大营的纸上谈兵的军机参赞们，舞文弄墨的书记文案们，以及计账算数的小吏们，此刻也都惊慌失措，乱成一团。有些胆小怕死的人瞒着曾国藩，偷偷从外面买来几条小舟，将自己的行李物品都收拾好，一包一包地都放在船上，单等着曾国藩兵败以后逃命。曾国藩见状，恨不得将那些蛊惑军心的人都抓来杀死，然而他冷静地一思考，觉得那样做只能使人心更散。于是心生一计，欲擒故纵，贴出一份告示。告示上说对愿意离开祁门的人，可以发给工资和路费，决不强留。等祁门之险过后，愿意回来的仍可回来，曾国藩将以诚相待，不计前嫌。这一招果然奏效。那些准备走的幕僚反而不好意思走了，又偷偷地把船上的东西搬回。就这样，曾国藩表面装作很平静的样子，与众幕僚提心吊胆地苦苦支撑。
不久，鲍超率部来援，将李秀成击败。李秀成一战失利之后，随即撤兵南下，曾国藩又一次死里逃生。
这一场惊险过后，曾国藩稍微稳定下来，便找导致这场祁门之灾的罪魁祸首——李元度算账。
李元度是曾国藩最早的幕僚之一，在曾国藩几次处于最困难的时期，甚至一些老朋友都要离开他的时候，李元度始终不渝与曾国藩同甘共苦地过了六七年的艰苦岁月。对这些，曾国藩曾经很感激李元度，甚至有“三不忘”之说：即靖港惨败后对曾国藩细心慰护；九江惨败后率领平江勇护卫水师保护大营；樟树镇惨败后，独立支撑到援军赶到。因此，李元度无论对曾国藩还是对湘军，都起过巨大作用。
但李元度擅长文学却不擅带兵，对部下更是任人唯亲，一味放纵，他所领军队的战斗力并不强。只是，由于曾国藩对他心存感激，徇情袒护，所以李元度才一再得以重用。
这次曾国藩进军皖中，仍保奏他为徽宁池太广道。让其带兵驻守徽州，为自己把守祁门的门户，从中足见曾国藩对他的重用。但曾国藩也深知他不会带兵打仗的底细。因此，驻守徽州之前曾一再告诫他，遇到太平军攻城，只可固守，绝不可出城迎战。但李元度却将曾国藩的告诫视如儿戏，根本不放在心上。当李世贤率太平军进攻徽州城时，他轻率出城迎战，后来见湘军情势不妙，又率先逃跑，至使全军奔溃，徽州失守，危及祁门。李元度逃走之后，又不及时返回大营，而在浙江、江西边境犹豫徘徊，数月不归。最后其回到大营之后，也不束身待罪，反而理直气壮地向粮台索要欠饷。等到饷银拿到手，李元度一言不发，径自率兵回湖南去了。
李元度这种目无军纪的行为使曾国藩大为恼怒，同时又无比失望，决心参劾李元度。谁知参劾李元度的折子还没拟好，知情的幕僚和文武参佐们纷纷进来为他说情，说曾国藩这样做太绝情绝义，不顾前情了，其中李鸿章的反对尤为激烈指责曾国藩忘恩负义。如果一意孤行参了李元度，会让湘军全军将士寒心，但曾国藩为了表现自己不徇私情、赏罚严明，对众人的求情一律不允，坚持不让步。李鸿章见自己求情不下，又遭曾国藩训斥，随即告辞，离开曾国藩的幕府扬长而去。
其实李鸿章早就不想在祁门呆下去了，他是个机敏异常的人，从刚到祁门的那时候起，他就知道驻扎此地是一个绝大的军事错误。这次太平军围困祁门就是个很好的证明。另外他也清楚地看到，太平军绝不会甘心这次的失败，倘若再来一次包围堵截，祁门一定会被连锅端。李鸿章有自己的一番远大抱负。他只能依靠老师同上青云，而不愿与老师共存亡。现在正给了他一个离开祁门的绝好时机。因此，李鸿章趁机溜掉。
果然，没过多久，太平军又分三路向祁门攻来。曾国藩四面楚歌，再一次陷于惊恐之中。可惜这次太平军主将黄文金在与鲍超、左宗棠军激战时不幸负伤，只得退回皖南。然而，渡过这次危机不久，又发生了更为严重的情况。先是李世贤从江西婺源向左宗棠部展开进攻，1861年3月又击败王开琳部，迫使湘军退回景德镇。与此同时，刘官芳等人又进攻出入祁门的交通孔道历口，距曾国藩大营仅二十里路。曾国藩又一次惊慌失措，急忙派兵增援。刘官芳退军，曾国藩刚想出一口气。江西方面又传来噩耗，李世贤攻破景德镇，兵锋直指祁门。曾国藩文报不通，饷道中断，内外隔绝，又一次濒临绝境。此时他只得移驻休宁，并派兵攻打徽州城，企图从这里打开一条能往浙江的粮道，以求死里逃生。然而此时湘军已乱，不听指挥，根本无法组织起攻势。接着，太平军又跟踪而至追到休宁。曾国藩无奈，只得又退回祁门。此时，曾国藩再一次到了绝望的顶点，再次写好遗书安排后事，准备应付最坏的情况发生。他在给儿子曾纪泽的信中称这次境遇与几年前湖口惨败的情形相仿。
恰在此时，李世贤在乐平与左宗棠交战失利，于是放弃景德镇，东走浙江。湘军的粮道恢复，曾国藩再一次逃了活命。这一次对曾国藩的打击很大。从此之后，无论多么重要的战事，曾国藩再也不肯亲临战场督战指挥了。
自兵驻祁门以来，曾国藩没过上一天安稳日子，时时感到危机四伏，无日不在惊涛骇浪中度过。因此，自进攻徽州溃败之后，他再也不敢逞英雄，硬充好汉在祁门待下去了，乘左宗棠乐门取胜，军情稍有好转之机，立刻顺坡下驴，赶紧离开祁门这一险地。后来移驻东流，把大营设在靠江岸停泊的大船上，由水师护卫，曾国藩才放下心来喘口粗气，再不用过那种担惊受怕的日子了。
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