从南京到东京，鲁迅已经开始了跨越性的文化积累。科学文化的广泛涉猎，不仅开拓了他的视野，也使他在中西文化的对比中，找到了审视民族痼疾的参照系。
1906年，鲁迅从仙台回到东京，开始了他进行思想启蒙的拓荒、探索工作。
鲁迅的最初是打算办刊物，提倡一种文学活动。在当时东京的留学生中，学习法政、理化和警察、工业的多，而治文学和美术的极少。就在这寂寥的环境中，幸而找到几个人，共同筹办刊物，取名《新生》，表示“新的生命”的意思。
鲁迅和同仁们怀着热情积极准备着。稿子约好了，封面、插图也都画好、挑选好了。就在《新生》出版日期快到时，最得力的作者走掉了，资金也带走了。《新生》没出世就夭折了。鲁迅受到挫折，但从事启蒙工作的热情丝毫没减。
鲁迅回到东京时，就决定不再正式进入学校。他自修外语，为的是敲开了解西方的文化的大门。他专心跑书店，搜集书报，孜孜不倦地学习和译介外国文学作品。当时他最看重的是被压迫民族的进步文学，也就是东、北欧一些弱小国家反压迫、争自由的作品；对于暴露沙皇反动统治的俄国民主作家的作品，他也十分注意。介绍这些作品给中国的读者，是为了“传播被虐待者的苦痛的呼声和激发国人对于强权者的憎恶和愤怒”。
为了做好这个工作，得到这些作品，鲁迅付出了很大的努力，常常是废寝忘食，夜以继日，表现出顽强的精神。他用微薄的留学生官费购置了大量的德文书刊，常常是“每从书店归来，钱袋空空”。
1908年，鲁迅在创办于东京的《河南》杂志上，发表了他翻译介绍的第一批成果：《人之历史》、《科学史教篇》、《摩罗诗力说》、《文化偏至论》、《破恶声论》等重要论文。
这些译介的论文，是鲁迅在系统地研究、广泛地阅览西方的各种文艺思潮后，精心选择出来的。他介绍了达尔文的生物进化学说和其发展的历史，论述了西方科学思潮的演变，说明了科学在改造自然、推动社会进步方面所起的作用。他反复强调科学的重要性，批判了顽固派盲目崇拜过去，妄自尊大，抱残守缺的封建落后思想。
鲁迅从一开始，就把他变革社会、启蒙民众的视点，建立在科学文化精神的基础之上，重视中国社会的实际。在日本留学期间，他同维新派、改良派、资产阶级革命派有很多的接触，他不赞同洋务派、改良派搬用西方的科学技术和政法措施，也不苟同于资产阶级革命宣传的“计划起义”。他吸收进化论的人道主义思想，认为人是万物的灵长，中国的变革，如不从根本上解决人的问题，在中国建立什么样的生活方式都难以使国民走向幸福。因此他提出兴国“首在立人”，“立人”方能“立国”的主张。
怎样才能达到“立人”、“立国”的目的？鲁迅主张“尊个性而强精神”，“掊物质而张灵明，任个人而排众数”。寄希望于少数反对旧传统、要求解放个性的知识分子，进行思想启蒙，促进广大群众的觉醒，从封建专制主义的非人统治中解放出来，争取个性的解放。
鲁迅“尊个性”的思想，决不同于西方资产阶级思潮鼓吹的个人主义。它是为医治中国的愚弱，为了思想启蒙的任务而存在的。“立人”学说和“尊个性”思想的提出，在中国现代文化史上，有着重要的意义。它不仅从根本上否定了封建专制制度、文化形态，也为中国的社会变革确立了一个独异创新的坐标：启蒙人的觉悟，解放人的个性，发挥人的创造力，中国才有希望。当然，鲁迅的这一思想也存在着明显的局限，那就是他夸大了个人的力量，抬高了少数先驱者的历史作用，忽略了人民群众变革社会的巨大潜力；一味强调精神的力量，忽视了政治革命和暴力在“催生”新社会中的决定性作用。
进行思想启蒙，鲁迅认为文艺是最好的形式，因为它不仅能反映生活，还能表现人的生命价值。所以，他着力向人们介绍世界上具有反抗精神的一些浪漫主义诗人：拜伦、雪莱、普希金、莱蒙托夫、密兹凯维支、裴多菲等。目的是呼唤中国“精神界之战士”站起来，为同情奴隶的“不幸”和解除这种不幸而效力，由不满于奴隶的“不争”到启发他们奋起抗争。
1909年3月和7月，鲁迅和周作人合译的《域外小说集》先后印出。这些译作，选取的生活内容和中国社会相类似，为的是能引起读者的共鸣。但由于当时历史条件不成熟，又是用文言文翻译，销路不畅，只好中止了出版计划。
鲁迅坚持文艺的拓荒工作，过的是艰苦、辛勤而又寂寞的生活。他的兴趣不在吃穿、游览，而是把有限的学习费用节省下来买书。
初步的探索和尝试，使鲁迅感到思想启蒙还须在实际斗争中进行。
1909年8月，鲁迅为担负起供养家庭的义务，不得不放弃想去德国留学的计划，告别日本，回到中国。开始了他文化革新的实践活动。
鲁迅在“浙江两级师范学堂”讲授初级师范的化学课和优级师范的生理卫生课，同时兼任植物学课的日本教员的课堂翻译。繁重的教学任务，使他不得不暂时把文艺工作停下来。
传统的中国教育，奉“四书”、“五经”为神明，崇尚沉思、静观、与世隔绝的苦读。深受西方文化影响的鲁迅，从一开始便试图把这传统的教育，引向积极、进取和开放，强调理论和实践相结合的科学之路。
鲁迅的教学循循善诱，生动活泼，注重实践知识，他编写的讲义简明扼要。对于学生的要求，只要是合理的，他便都是尽力地去满足。鲁迅教学很有开拓性，在当时充满封建气息的清末学堂里，他在教生理卫生课时，就学生们的请求，也讲了生殖系统，这实在是一件骇人听闻、离经叛道的大事情。全校师生都为之惊讶，可鲁迅却坦然地去讲授了。课堂效果良好，许多没听课的学生纷纷索要讲义。他还亲自给学生作化学实验，带学生去采集植物标本。他认为当时在中国要研究自然科学，缺少应有的设备，只有植物可以随时采集。于是他鼓励学生们来研究植物，并把采来的植物做成标本。
由于学校兴起尊孔读孔，提倡“廉耻教育”，受到教师们的反对。鲁迅、许寿裳等人纷纷辞职。1910年，鲁迅应蔡元培的邀请，回到绍兴，任“绍兴府中学堂”学监，并兼任博物学、生理卫生学教员。
这时，孙中山先生领导的辛亥革命正在加紧筹备之中，反清的空气已经遍布全国了。绍兴，这座古老的城市，也在时代风暴的冲击下苏醒过来，充满了革命的气息。大通学堂依然留存秋瑾烈士的遗风，光复会、同盟会的许多成员仍在积极活动。而反动和守旧的势力在绍兴也根深蒂固，新旧两种势力的斗争一直没有停息，大有一触即发之势。人们也都知道鲁迅在日本同徐锡麟和秋瑾是有过一些关系的，因而学生们对鲁迅更加怀有敬意。而当时的绍兴知府对鲁迅也格外注意，每到学堂，总要注视他剪去辫子后留的短发，并且还要特别找他多讲几句话，这不能不引起鲁迅的警惕。但是面临日益高涨的革命形势，反动政府也不敢公开对他加以迫害。
鲁迅积极支持学生反对旧势力的斗争，但不赞成他们单凭热情去招致无谓的损失。他提醒青年学生斗争要讲策略。
在革命尚未爆发，暂时沉寂的时期，鲁迅仍在课余继续他采集植物标本的工作。同时广泛浏览文艺书籍，积极从事古典文学和故乡典籍的辑录、整理工作，为日后编成的《古小说钩沈》和《会稽郡故书杂集》打下了扎实的基础。他为此耗费了大量的精力，常伏案工作到深夜。
不久，辛亥革命终于爆发了。鲁迅带领学生“武装演讲队”上街示威和宣传，用实际行动迎来了绍兴的光复。然而，“辛亥革命只推翻一个清朝政府，而没有推翻帝国主义和封建主义的压迫和剥削”。“辛亥革命只把一个皇帝赶跑”，革掉了人们头上的一条辫子，这胜利未免太微小，太可怜了。
后来他根据绍兴光复前后的生活感受，用文言文写了第一篇小说《怀旧》。
怀着对辛亥革命的痛切感受与瞩望，1912年，鲁迅来到革命后的临时政府的首都南京。供职南京教育部，后因袁世凯篡夺辛亥革命的胜利果实，政局变化，又任北京教育部部员。
辛亥革命的不彻底，新旧势力的斗争在教育部也很激烈。封建旧势力不允许有任何意义上的创新，大兴“尊孔祀天”活动，这对致力于革新文化教育为主的鲁迅不能说不是个打击。
在教育部“枯坐终日，极无聊赖”的日子，鲁迅尽可能克服各种阻力来做些工作。他参与美育课的设置，讨论拼音字母方案和中国历史博物馆的筹建，对京师图书馆的改组、迁徙、分馆的建立，付出了大量的劳动。
1913年为了设法驱除自己的无聊和寂寞，鲁迅“用了种种法，来麻醉自己的灵魂，使我沉入国民中，使我回到古代去”（《呐喊》自序）。他的麻醉法，就是抄古碑，读佛经，搜集金石拓本，辑录和校勘古书。他读佛经，“用功很猛，别人赶不上”。这种麻醉法，反映了鲁迅在“见过辛亥革命，见过二次革命，见过袁世凯称帝、张勋复辟”之后，由失望到颓唐的情绪，说明黑暗是怎样蚕食着一个伟大的灵魂。
但是，鲁迅的信仰终究是在科学，而不是在宗教。他对佛教，主要还是“当作人类思想发达的史料看，借以研究其人生观罢了”。他“沉入国民中”，只希望探明国民精神弱点的动机；他“回到古代去”，也不纯然是逃避现实，而是另有诊察漫长封建社会痼疾的目的，进而更好地反思传统文化。所以不久他就明确宣告：“佛经和孔教一样，都已经死亡，永不会复活了。”（许寿裳《亡友鲁迅印象记》（13））。鲁迅这类寄托自己孤寂灵魂的活动，深化了他对中国封建国民精神的认识，为他日后拿起笔来对旧中国、对封建文化进行有力的批判做了学识上、思想上的必要准备。
1917年夏天，鲁迅住在会馆的补树书屋里。他整日都在屋子里抄古碑。一天晚上，他留日时的同学钱玄同来访。他翻看着鲁迅那些古碑抄书，发出质问：
“你抄了这些有什么用？”
“没有什么用。”
“那么，你抄它是什么意思呢？”
“没有什么意思。”
“我想，你可以做点文章……”
鲁迅对做文章，感触很多。在日本留学时，他就写文章，发出要反抗和变革的呼声。可是并没有得到社会的反应。由此，鲁迅向好友提出了自己正在苦苦思考的问题，他把当时的旧中国，比喻成没有窗户而万难破毁的“铁屋子”，“里面有许多熟睡的人们，不久都要死了”。是唤醒他们呢，还是让他们从昏睡入于死灭？“如果惊起较为清醒的几个人，让他们来受无可挽救的临终的苦楚，能对得起他们么？”
钱玄同说：“几个人既然起来，就不能决没有毁坏这铁屋子的希望。”
是的，说到希望却是不能抹杀的。希望在于未来，这是鲁迅一贯的信念。他开始觉得唤起那熟睡的人们，就不能说毁坏这封建的“铁屋子”毫无希望。于是他答应了钱玄同的要求，决定重新拿起他的武器——笔，投身于激烈的新文化运动中。
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