在两广总督任上，李鸿章首先必须面对如何处理与康党的关系。1月24日，清廷封时年15岁的端王载漪之子溥儁为皇子（大阿哥），史称“己亥建储”（因光绪二十五年是己亥年），是顽固派废黜光绪的一种试探。此谕一出，全国舆论沸腾，一片反对之声，康、梁加紧了在广东的活动，准备“武装勤王”。对康、梁，李鸿章一方面“奉职而行”，严禁其党羽在广东活动；另一方面又留有某种余地，不想与康党彻底决裂。由于捉拿不到康、梁，慈禧怒而严令李鸿章将康、梁在广东的祖坟铲平，但李却以种种理由迟迟不动，因为他知道在中国传统中只有罪大恶极、十恶不赦才“铲祖坟”。所以他上奏说现在局面非常不稳定，“惟虑激则生变，铲平康坟，似宜稍缓”。但慈禧大怒，痛斥李鸿章道“语殊失当，康逆罪大恶极，如真欲乘机起事，岂留一逆坟所能遏止。该署督身膺疆寄，惟当不动声色，力遏乱萌，傥或瞻顾彷徨，反张逆焰，惟李鸿章是问”。在慈禧的威逼下，李不得不铲平康、梁祖坟，但暗中仍与康、梁有间接来往，互通信件。
所以康、梁对李虽有种种不满，尤其梁启超甚至一度想派人暗杀李，但后来态度软化，改变了暗杀李的主张。总体上康、梁对李的态度与评价是“敬其才”“惜其识”“悲其遇”。然而，随着义和团运动的爆发，李鸿章与“革命党”孙中山的关系则更复杂微妙，甚至具有戏剧性。
义和团运动全面爆发后，社会动荡，朝政混乱，孙中山认为在华南起义时机到来。他准备在广东发动起义的同时又想与李鸿章合作，策动由李为首，宣布两广独立。孙中山之所以会有争取李鸿章的想法，一方面因为他一直认为李是清廷大员中最为开明的，因此长期对他抱有某种期待；另一方面因为一直与兴中会关系密切的香港立法局议员何启提出他与港督卜立（Henry A. Blake）交往非同一般，因此可以借港督之力劝李鸿章独立。他们先与李鸿章的心腹幕僚刘学询联系，刘试探性地对李鸿章表示如李有意“罗致”孙中山，他可设法让孙前来。对此敏感话题，李未开腔，仅略点头。刘学询立即捎信给孙中山，说李因北方拳乱也有广东独立的想法，所以请孙中山前来效力。得此信后，孙中山半信半疑，但最后还是决定前往一试，于1900年6月11日与助手杨衢云、郑士良及宫崎寅藏等三位日本友人从日本横滨出发，于6月17日到达香港海面。就在此时，孙中山又听说李鸿章仍在观望局势，且很可能诱捕自己，于是改派享有治外法权的宫崎寅藏等三位日本友人前往刘学询公馆会谈。会谈虽从晚10点多一直谈到次日凌晨3点，但未取得实质性进展。当宫崎等人返回香港海面时，发现孙中山为防清政府搜捕，已乘船驶往越南西贡。在西贡，孙中山仍一面准备武装起义，一面策动李鸿章“两广独立”。
这期间，清廷于6月15日命令李鸿章“迅速来京”，两广总督一职由广东巡抚兼署。接此命令后，李鸿章满腹狐疑。朝廷如此催他迅速进京，却未言何事，更未授新职；朝政为强硬的“主战派”把握，一些温和的主和派官员性命难保；他本人曾多次冒死电奏朝廷，反对慈禧和顽固派的“联拳灭洋”政策，为顽固派官员和义和团痛恨；得到慈禧支持的义和团明确提出要杀“一龙二虎三百羊”，所谓“一龙”为光绪皇帝，“二虎”为李鸿章和庆亲王奕劻，“三百羊”为清政府中的开明官绅；义和团还提出要将亡命海外的“乱党”，如维新改良的康有为、梁启超等，统统捉拿归案……李鸿章明白，在此种局面下自己贸然北上不仅无法改变政局而且凶多吉少，甚至可能有杀身之祸。所以他一方面表示“立刻遵旨北上”，另一方面却想方设法拖延徘徊，拒不北上。
6月21日，清廷对外宣战，但得到李鸿章坚决支持、以两江总督刘坤一、湖广总督张之洞为核心的东南地区的“封疆大吏”们却拒绝执行清廷的“向各国宣战谕旨”，与列强达成了维持东南局面稳定的“东南互保”协议。“东南互保”由李鸿章的心腹盛宣怀一手导演，但盛认为“东南互保”毕竟只是“地方性”安定，此时最迫切的是改变朝廷政策，实现“全局性”安定，而只有李鸿章重新担任“总督之首”和直接参与全局外交的直隶总督兼北洋大臣才有可能尽快从根本上改变“国策”。于是，盛宣怀为李鸿章“官复原职”开始了紧锣密鼓的积极活动。随着战局的恶化，清廷内“主和”声音开始出现。7月8日，慈禧终于任命李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，虽未明言“议和”之事，但明显是态度有所变化的信号。虽然李鸿章在7月12日尚未得知自己的新职任命，但他觉察到朝政有开始向有利于“主和派”方向发展的可能，于是决定北上。7月16日，即启程北上前一天他才得知自己重任直隶总督兼北洋大臣，但生性谨慎的他仍决定只北上半步，先到上海观望局势再决定是否最后北上。
这时，李鸿章再次成为各方“争夺”的对象，成为各方瞩目的焦点。正与“八国联军”交战的清廷不断催李迅速北上，以打开外交局面；确实，慈禧也不能不开始考虑后路，表示了要李北上的迫切心情，虽未明言，实有要他为“议和”做准备之意。直到7月初，一直对李抱有希望的孙中山又请人与港督卜力联系，希望他能力促自己与李鸿章合作，实现“两广独立”。卜力则从英国利益出发，对中国以后能否继续统一、稳定没有把握，仅希望华南能保持安定局面，因此通过英国驻广州领事劝李不要北上，留在广州以维持华南稳定。7月17日，李乘招商局的轮船离开广州。开船之前，南海县令裴景福前来送行，李鸿章对他纵论时势，大发感慨。此时“八国联军”刚刚攻下天津，尚未向北京进发，裴景福问李鸿章万一以后京城被攻破，结果将如何？李鸿章回答说列强必会做以下三点：一是剿灭“拳匪”以示威，二是惩办首祸官员以发泄愤怒，第三就是索要兵费赔款。裴氏接着问兵费赔款大约会是多少，李鸿章大为伤感，一边流泪一边回答：“我不能预料，惟有极力磋磨，展缓年分，尚不知做得到否？我能活几年，当一日和尚撞一日钟，钟不鸣了，和尚亦死了。”
由广州海路北上要经过香港，港督卜力与孙中山对“孙李合作”实现“两广独立”仍未完全放弃希望，还想借此做最后努力。卜力起初甚至想将李强行扣留，由于英国政府的坚决反对作罢。李鸿章在香港上岸时，港府还是准备了盛大的仪仗队，并鸣礼炮17响，以示尊重。而在此前一天，孙中山已乘船来到香港海面，不放弃与李会面的可能。港英当局通知孙中山，由于几年前应中国政府要求对他的驱逐令尚未期满，所以不准他上岸，但如果李鸿章同意“两广独立”，即允其上岸与李会谈。在船上，孙中山仍是“两手准备”，一面等待卜力与李鸿章的会谈结果，一面筹划惠州起义。
卜力给英国殖民大臣张伯伦的报告说，他与李鸿章见面后，再三对李鸿章决定离粤北上表示遗憾，甚至劝他说这个任命是由极端保守、首先提出进攻使馆的端王载漪签署的，暗含此令有顽固派官员诱李北上而害之之意。李鸿章则反驳说，此令并非端王签署，确是太后和皇上签署的。卜力一再强调他对广东、香港稳定的重要，力劝他不要轻易离开北上，但为李鸿章婉言拒绝。相反，李鸿章不仅根本不提与孙中山的合作，反而强调香港总督应禁止颠覆分子以香港为基地、强调威胁香港和广东安定局面的主要因素是香港的“三合会”和其他危险人物，矛头明显指向孙中山。随后的谈话表明，李鸿章此时更为关注的并非粤、港，而是国家未来面对的局面。他甚至试探性地问以后英国希望谁当皇帝。卜力回答说，如果英国使馆安全，英国主要关心的是恢复秩序、贸易和商业；如果光绪皇帝与以他之名所发诏书所做之事并无关系，英国将不反对光绪皇帝继续统治。此时德国驻华公使克林德已被杀，义和团与清军正在攻打各国驻华使馆。李鸿章显然意识到，如果攻下各国使馆，对清王朝来说结果将是灾难性的。所以他对卜力说，如果只有德国公使被杀，列强就无权决定由谁来当皇帝；但是，如果所有公使都被杀害，情况就不一样，列强这才可合法干预，决定谁当皇帝。于此他进一步问道，如果发生这种情况，列强将选择谁，并推测说列强可能会选一个汉族人当皇帝。卜力答道，列强“大概会征询他们所能找到的中国最强有力的人的意见，看怎样做最好”。李鸿章紧接着说不管太后有什么过错，她“无疑是中国最有能力的统治者”。然而，英国的殖民部却据此认为李鸿章本人“不是不乐意当皇帝”。这种推测究竟有多大的准确性着实可疑，很可能更多地反映了大英帝国希望李鸿章能当皇帝的潜在愿望。
在会谈中，李鸿章还请求联军占领北京后一定要宽宏大量，不要采取报复措施。他告诫卜力说，报复只会激起中国人更普遍的仇外情绪。
总之，此番会谈表明李鸿章现在已毫无与孙合作、实现“两广独立”之意。但孙中山的助手、兴中会领导人之一陈少白仍不死心，还是登上了李鸿章的坐轮，企图让随李而行、也非常热衷此事的刘学询能再三劝说李鸿章改变主意，但刘无奈地对陈说，李鸿章“意甚坚决，无法劝阻”。孙李合作、“两广独立”的计划至此宣告结束。
李鸿章虽然“官复原职”好不得意，但对朝局仍不乐观，因此决定还是按以前计划先到上海，等待局势进一步明朗。他深知，此时此刻必须慎之再慎，走错一步将满盘皆输，很可能难保性命，所以7月21日到达上海后他便以健康为由要慈禧赏假20日。这时，慈禧太后明显乱了方寸，政策非常矛盾。她一方面急盼李鸿章前来与洋人打交道，有求和之意，另一方面仍重用极端主战的顽固派大臣，态度似乎更趋强硬；7月28日她将反对与列强盲目开战的大臣许景澄、袁昶处死，8月7日却正式任命李鸿章为全权大臣负责与各国外交部电商“停战”，8月11日又将反对开战的大臣徐用仪、立山、联元处死。五大臣被处死，中外震惊，李鸿章在上海得此消息不禁哀叹“成何世界”！很可能，他为自己没有贸然北上感到庆幸，此时更明确表示哪怕被朝廷“严谴”，也不能北行。他在给朝廷的密折中明言了对朝政、对自己有可能被义和团和政敌打杀的担忧：“每读诏书，则国是未定，认贼作子，则人心未安。而臣客寄江南，手无一兵一旅，即使奔命赴阙，道途险阻，徒为乱臣贼子作菹醢之资，是以小作盘桓。”所谓“菹醢”，是指被剁成肉酱。所以有同僚对他正式被任命为议和全权大臣表示祝贺时，他却十分淡然。他深知政治讲究的是实力而不是名分，如果朝廷政治格局不变、慈禧态度无根本性变化，自己其实只有全权之名而并无实权。此时，他不顾“龙颜”有可能“大怒”，多次递折要求慈禧彻底改变态度；一再向慈禧施压，要求一定要将外国驻华使节平安送出京城并且剿灭义和团，他还斗胆要朝廷下“罪己之诏”。当然，他丝毫没有反对慈禧之念，当有外国外交官对他透露各国公使有让慈禧归政光绪的打算时，他断然反对，并为慈禧开脱辩护：“太后训政两朝，削平大难，臣民爱戴，此次拳匪发难，只恐祸起腋肘，不得已徐图挽救。”
此时慈禧自顾不暇，鞭长莫及，所以李鸿章一直在上海“小作盘桓”，他在等待局面的根本性变化。8月15日，八国联军攻占北京，慈禧仓皇出逃；8月20日朝廷以光绪皇帝名义发布“罪己诏”；9月7日朝廷发布剿灭义和团的谕旨，反而诬称义和团“实为肇祸之由”，“非痛加铲除不可”；9月8日朝廷电旨再次表示“罪在朕躬，悔何可及”，几乎是央求李鸿章“即日进京，会商各使，迅速开议”，甚至低三下四宣示李鸿章此行“不特安危系之，抑且存亡系之，旋乾转坤，匪异人任。勉为其难，所厚望焉”。朝廷竟然公开承认大清王朝此时的生死存亡全赖李某一人，想来也是万般无奈。此时，李鸿章才认为北上“议和”时机成熟，于9月15日离开上海北上，开始为挽救已经病入膏肓的清王朝做最后的努力。作为晚清重臣长达40年之久的他，很难做出别的选择。他的命运，已很难与这个腐朽不堪的王朝分开。
总之，从1900年1月中旬李鸿章东山再起到广东任两广总督，到9月中旬重任直隶总督兼北洋大臣的八个月间，政坛风云剧变，充满惊涛骇浪。李鸿章身处政治的风口浪尖，种种无比尖锐的矛盾集其一身，稍有差池则大祸临头。在这短短几个月间，康有为、梁启超的祖坟为他所掘却仍能谅解他，孙中山为反清革命一再策反他，港督卜力想稳定粤、港局面竭力挽留他，慈禧要与列强“和谈”自保最终不能不完全依靠他。彼此不共戴天的各种政治力量在关键时刻竟都对他抱有某种期望、都如此看重他，而他也能周旋其间、应付裕如，足见其对“政治”、权谋的把握可谓“炉火纯青”。
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