当立宪与革命这两个运动风生水起、渐成大潮后，迫使慈禧也不得不宣布要实行政治体制改革的“新政”，并于1906年9月1日宣布预备立宪。而且，仅仅过了五天，即9月6日就颁布了改革官制上谕。显然，无论真假，慈禧这次也想走行政改革为先、政治体制改革在后这“先易后难”的“路线图”。
这次改官制的要角，其实是袁世凯。朝廷派定镇国公、满洲正蓝旗副督统、“出洋考察五大臣”之一的载泽负责编纂官制，制定政治体制改革方案，并命庆亲王、首席军机大臣奕劻和大学士孙家鼐、军机大臣瞿鸿禨总司核定。但众人皆知，其中的关键人物、起最重要作用的是掌握“北洋”大权的袁世凯。他同时还兼参预政务大臣、督办山海关内外铁路大臣、督办政务大臣、直隶总督兼北洋大臣、督办天津至镇江铁路大臣、督办商务大臣、督办邮政大臣、会办练兵大臣等八项重职，可谓大权集于一身。此次朝廷谕令包括袁世凯在内的14位王公大臣共同制定改官制的方案，袁虽排名最后，但他因有奕劻支持，同时在负责官制改革机构“编制馆”的关键岗位安插自己的党羽，编制馆的所有文件起草和建议方案最后都要他阅定。
经过一个多月的准备，由袁主导的官制改革方案出台。由于是为“立宪”预备，所以对官制的改革较为全面。除合并了一些不太重要的部门外，还将原来的内阁、军机处、吏部、礼部、都察院全都撤销，而新成立的机构则有资政院、行政裁判院、集贤院、大理院、审计院等，而最重要的，是成立新的、大权在握的“责任内阁”以取代军机处。袁世凯与奕劻议定，由奕劻出任未来的内阁总理大臣，他任副总理大臣，各部大臣由总理大臣推荐，而且内阁尤其是总理大臣、副总理大臣代替皇帝负责任，皇帝发布谕旨须经内阁副署，若未经内阁副署则不发生效力。这样，皇帝的用人和行政大权统归内阁手中。袁氏想掌中枢大权之野心，几不掩饰。
此案一出，官场风波顿起，众臣几乎群表反对。反对主要来自两方面。一方是以军机大臣铁良、荣庆等为主角的满族亲贵。取消军机处，尽管他们可能另外任职，但权力毕竟要大大削弱。如果成立责任内阁，规定官员不得兼职，如荣庆便只能专任学部尚书，拟定身兼户部尚书与练兵处会办等要职的铁良出任内阁副总理后也要辞去兼职，其财政权和兵权将同时失去。而且，袁有王公、贝勒、贝子等不实际干政，待上议院成立后让他们充当议员的设想，也使这些公子们愤怒异常。铁良坚称：“立宪非中央集权不可，实行中央集权非剥夺督抚兵权财权、收揽于中央政府则又不可。”其攻击矛头直接对准袁世凯、张之洞等地方督抚大员。满、汉矛盾，隐然可现。甚至赞同立宪的载泽也担心奕劻、尤其是袁世凯的权力因此过大，他在一道奏折中也指责他们是借立宪之名以粉饰虚文，借改官制以驱除异己。双方一直激烈争辩，在一次会议上，醇亲王载沣竟拔出手枪直抵袁世凯胸前大声说：“尔如此跋扈，我为主子除尔奸臣！”经奕劻调解，方才作罢。由于传说内务府也要裁撤，所有太监都要裁去，有次袁世凯下朝时百余名太监将他团团围住大声谩骂，有的甚至挥拳要打，几成围殴之势。袁世凯招架不住，急忙大呼奕劻过来为其解围。经奕劻百般劝解，并保证绝不裁撤太监，这些太监才愤愤而去。
为避免更大的动荡，慈禧宣布了官制改革中的“五不议”：第一，军机处之事不议；第二，内务府事不议；第三，八旗事不议；第四，翰林院事不议；第五，太监事不议。
另一个主要的反对力量来自以瞿鸿禨、岑春煊、王文韶、赵炳麟等为要角的汉族大臣、御史。他们有的一直与袁争权，有的对袁结党营私愤怒已久，因此纷纷上折慈禧，坚决反对。有的从中国传统观念出发，认为改官制是“用夷变夏，乱国法而害人心”；认为这样内阁权重，如果“用人偶失，必出权臣”，有人甚至明确指出袁的“责任内阁”实际为少数一二总理大臣专权，也就是袁世凯专权。有的相反，从西方宪政制度对此进行批判，认为这次改制完全虚假，指出外国君主立宪国的责任内阁之所以不能专权是因为有议院监督、限制，中国议院一时恐难成立，所谓“责任内阁”既不对皇上负责又不对议院负责，只是统揽了过去皇帝的权力。御使赵炳麟指出：“立宪精神全在议院，今不筹召集议院，徒将君主大权移诸内阁，此何心哉！”他指出，袁之所以在没有成立议院时先成立使皇帝居于无权地位的“责任内阁”，主要考虑是一旦慈禧去世，光绪复出，也无法报戊戌之仇。赵的批判从“制度”和制度背后的“用心”两点出发，直击要害，因此传播甚广。据说，光绪就曾当面对袁冷冷说道：“你的心事我全知道。”袁则不敢答话。
这样，从王公亲贵、大小太监到大臣御史，尽管观点不同，但几乎全都反对袁世凯的改官制，不是到慈禧处哭诉哄闹就是不断上折，天天鸡飞狗跳。向来滥施淫威、杀伐决断的慈禧此时居然也寝食难安，向人诉苦道：“我如此为难，真不如跳湖而死。”
军机大臣、政务处大臣瞿鸿禨甚得慈禧信任，也是慈禧命令的参与改官制的大臣之一。他与袁世凯、奕劻矛盾极深，在讨论改官制方案时勉强同意，但又另上一道《复核官制说帖》反对军机处与内阁合并。他利用慈禧单独召见的机会，说责任内阁对太后不利，将大权旁落，而这一点正最为太后担心、忌讳。慈禧太后最终采取他的建议，仍用军机处旧制。慈禧在11月6日颁布了以瞿鸿禨为主导的新官制。
袁世凯可能过高估计了慈禧对自己的信任，在双方斗争激烈之际，他在慈禧召见时竟然面奏要求朝廷令守旧大臣退休，结果招致慈禧怒斥，并将参劾他与奕劻的大量弹章交二人同看。此时，袁才知道自己已成众矢之的，局势非常险恶。朝廷在11月6日颁布了以瞿鸿禨为主导的新官制，袁更感到自己大势已去，慌忙在11月18日上奏请求将自己除直隶总督以外的八项兼职全部开去，还主动提出将其掌握的北洋六镇除第二、四两镇因直隶幅员辽阔，控制弹压须赖重兵须仍由自己掌握，其余四镇均交归陆军部。朝廷有旨照准所请，袁以检阅新军南北秋操为名请调出京，以避锋芒。
袁世凯离京后，慈禧命令其余厘定官制的大臣继续制定改革方案。11月6日，朝廷发布裁定中央官制上谕，少数旧部被裁并，但多数未动，只是改名，军机处仍旧保留而不设责任内阁。最重要的是，在实际所设11部的13个大臣、尚书中，满人占7席，汉人仅占5席，蒙古人占1席；以“满汉不分”的名义打破了“满汉各一”的旧例，虽然以前的“满汉各一”也是满族人掌实权，但毕竟在形式上满汉平衡，汉族官员心理上更易接受。形式上的“满汉平衡”被打破，汉族官员的心理平衡也随之打破。几年后，辛亥革命爆发，不少汉族督抚宣布独立，可能与此不无关系。
这次官制改革，各路权贵、官员你争我夺，种种矛盾更加尖锐、激烈，导致政坛严重分裂。而且，还使人对清廷是否真准备立宪大起疑心，甚至有立宪派直斥其为“伪改革”“徒为表面之变更”，“袭皮相而竟遗精神”，“竭数月之改革，迄今仍是本来面目，政界之难望，今可断绝”。远在日本东京的梁启超当时写信给康有为说，清廷宣布准备立宪时革命党力量即减弱，而官制改革一出，革命党势力便迅速扩张，也说明了这次行政改革的效果与清廷初衷正相反。事实无情地说明，这次行政改革完全失败。
其实，几年前光绪和维新派在“百日维新”时也并未提出激进的政治体制改革实施方案，而只是“改官制”，进行行政体制改革。然而，这也是引发守旧派公开反对、维新最终失败的引爆点。
晚清两次以裁撤无用政府机构与冗员、将功能相近部门合并成几大部门的“行政改革”，并冀以此代替“政治体制改革”的实践，结果却是你死我活的政坛恶斗，先是光绪被囚、康有为逃亡，后是袁世凯几被围殴、慈禧甚至想要跳湖，均以失败告终。这段“行政改革史”，实在是引人深思。
这两次本想以行政改革推动或导入“宪政”的政治体制改革实践的失败，适足促人“逆向思维”：原以为行政改革只是局部性变革，阻力肯定要小于全局性的政治体制改革，当更容易，其实未必。行政改革将使某些部门和部分官员受益，而另一些部门和部分官员受损，受损部门和官员的抵制、反抗必然十分强烈。甚至保持原待遇不变，也不足以抵消无权的损失，对官员来说，权力大过一切；要裁撤一些部门和一些官员自然难上加难、难以执行。争斗的激烈程度，可能并不小于政治体制改革。而实行宪政的政治体制根本性改革是对从上至下政府所有部门、所有官员的权力的监督限制，由于大家都“待遇平等”、一同受“损”，官员们的不满和反抗反而可能会相对小得多。在宪政框架下，最高掌权者的权力也同样要受限，其他官员当更无话可说。近代以来，清王朝一次又一次想以并无实效的行政改革代替政治体制改革，殊不知成本和代价其实更高；而最高的成本和代价，则是耽误了政治体制改革的时机而导致自己垮台。
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