FBI局长由总统任命，经参议院批准后宣誓就职。其中，埃德加·胡佛任职48年，将个人权力扩展到总统和议会，从此之后，FBI局长任期为10年，现任局长是詹姆斯·科米。FBI共有员工2万多名，其中8600名外勤人员，2012年的财政预算是81亿美元。在组织结构上，局长下面还有多位副局长和11位助理局长。这11位助理局长负责FBI的11个部门，这些部门分别负责某一种类型的犯罪，比如反恐部门、犯罪调查部门、信息技术部门等。
犯罪调查部门分为网络犯罪部和犯罪调查部；反恐/反情报部门则主管反恐、反情报行动；执法服务部门负责培训和实验室，还有一个独立的罪犯司法信息服务部；行政部门则分为管理服务部和财务部，下设信息资源部和安全部。FBI华盛顿特区总部还设有顾问委员会。顾问委员会简称SAC，当需要做出重大决策或者方针时，FBI就会组成顾问委员会进行商讨。除了局长、副局长、助理局长外，FBI还设有参谋长、调查办公室、策略规划室、资源控制部、科技长、执行秘书，这些局长幕僚联合商议四个执行部门——犯罪侦查、反恐暨反情报、执法服务和行政部门的各项工作。
FBI的总部位于华盛顿特区的胡佛大厦，距离白宫只有几条街的距离。这栋大厦是以FBI著名的局长埃德加·胡佛的名字命名的，从1974年开始投入使用，外观上看起来像一个壁垒森严的堡垒，FBI局长和大部分助理局长都在这里工作。FBI的犯罪实验室也在这里。
最初，FBI的管辖范围非常有限，只负责土地诈骗、全国性银行诈骗、反垄断犯罪和跨州界犯罪，接下来，随着一些新法案的颁布，FBI的调查范围扩大到全国性犯罪，因此，FBI在美国的大多数大城市都设立了地区分部。目前，全美共有56个分部，每一个分部由一位特工负责人领导。像纽约、洛杉矶等大型城市则设有规模较大的分部，这些部门由助理局长领导。在一些需要特别支援的地区或城市，FBI派驻了约400名特工。还有分布在世界22个国家的驻外机构，负责执行总部分配的对外任务。
FBI的任务就是调查违反联邦法律的犯罪行为，调查来自外国的情报和恐怖活动，在法律执行方面，FBI还会对联邦、州以及地方的警察机构提供帮助。调查到相关的情报信息后，FBI需要将掌握的资料递交给司法部的官员，由他们决定是否起诉。当然也有例外，在反暴行、毒品、有组织犯罪，反间谍活动等方面，FBI享有最高优先权。
招募及训练
一般人认为，FBI探员都是形象高大威猛、精通多国语言、驾车技术精湛、枪法精准的高手，就像电影中的肖恩·康纳利或者皮尔斯·布鲁斯南。带着刻板印象，很多人觉得FBI探员一定是经过层层选拔、百里挑一的精英人士。实际上，要想成为FBI探员的话，的确需要经过多重测试，不过，条件并没有人们想象的那样高得离谱。
FBI对申请加入的人员有几项基本的要求，如必须是年龄在23岁～37岁、拥有全日制四年制大学学历、裸眼视力1.0、有一张有效驾照的美国公民。由于招募、训练需要一定的时间，FBI会建议，36.5岁的人最好不要考虑申请。此外还有四项专业条件，分别是法律、会计、语言和多样化。
“法律”一项的申请人必须具有一个正规法律学校的法学博士学位，而且必须是任意一家律师协会的会员；“会计”一项的申请人则需要主修会计学，拥有注册会计师、注册金融分析师等专业资格，如果未能通过会计学专业考试，则需要接受FBI的单项测试；“语言”专家需要拥有外语学士学位，熟练掌握多种语言，外语水平达到精通的程度；多样化指的是申请者需要具有从事不同领域工作的能力，比如机械、计算机、电气工程等，并且具备2年的全职工作经验。最后一条，一经通过测试，申请人至少要在FBI工作3年。
从以上要求来看，申请FBI职位的难度和应聘大型跨国企业差不多。难度虽大，每年还是有很多人递交申请。看到FBI的招募公告后，觉得自己符合基本条件，就可以向FBI投递简历，等待面试通知。由于FBI向来更看重员工在某一领域的专业技能，即使从来没有执法经验，也有可能被录用，因此，申请FBI职位的人总是来自各行各业，从事的工作也是五花八门，有公司职员、医生、教师，还有律师、警察、公务员等。
接到面试通知后，便进入面试阶段。第一轮面试一般分两步，第一部分是了解申请者的个人情况和职位要求，另外一项是能力测试，主要测验认知、行为、逻辑学和语言能力等。测试通过后，申请者可以进入第二轮面试，包括90分钟的笔试、60分钟的口头面试、身体素质测试、测谎仪测试和背景调查。
背景调查包括测谎、非法药物、信用记录等各项检测，为了调查申请者的社会背景，同事、邻居、朋友、老师、家人都会成为询问对象。有犯罪记录的人会首先被淘汰，原则上，吸毒者也不能进入FBI。近年来，对吸毒者的条件有所放宽，申请人只要在过去3年内没有吸食大麻、过去10年内没有用过违禁药品，就可以获得申请资格。
这些测试全部通过后，就正式成为一名FBI学员，据统计，经过几轮的测试之后，最终只有15%的申请者会成为FBI的学员。通过测试并不是终点，接下来，学员们会进入工作前的必要培训——到FBI国家学院进行20周的新人训练，通过这些训练，才能正式成为FBI探员，执行FBI分配的任务。在850个小时的培训中，学员会接受基本知识、办案技巧、枪械使用和体能提高等方面的训练，还有催泪瓦斯耐受训练、搏击训练、案例研究分析等强化课程。
FBI国家学院坐落在弗吉尼亚州匡蒂科美国海军陆战队基地，这所创建于1972年的特工和间谍培训机构藏身于385亩的森林中，即使在空中都难以看到全景，如此深藏不露的地理环境保障了FBI内部信息的安全和保密。国家学院的主体包括1个教学楼、3栋宿舍楼、1个餐厅、1个法医研究与训练中心，此外还有礼堂、健身房、室外跑道、汽修厂等，环境优美，配套设施完备，俨然是一座小型城市。
为了给训练课程提供场地，进行模拟实战的训练，国家学院还设有室内靶场、室外靶场、飞碟靶场和步枪冲锋枪靶场。FBI国家学院还有一个专门培训学员车技的训练部门——紧急战术车辆行动中心。学员在这里会学会甩尾停车、高速变道之类的技巧。
随着时代任务的变化，FBI培训除了传统的射击技术、抓捕技巧、防卫策略和法庭辩论等课程外，还增加了反恐课程。CIA的特工培训在对付恐怖分子方面非常有效，在整整一年的培训里，CIA将训练重点设在锁定对象、招募管理线人等方面，为此，FBI引入了许多CIA的培训课程。
培训结束后，学员会被派到FBI的各地分部，有人还会被派往海外，这期间，学员需要24小时待命，每个星期需要工作50个小时，随时可能使用致命武器。每一个从FBI国家学院顺利毕业的学员都会配备SIG P226、格洛克22、格洛克23等型号的手枪，未能顺利毕业的学员则使用格洛克17、格洛克19等，格洛克26、格洛克23、格洛克27作为备选武器。
在胡佛时代，FBI的新人训练曾经让学员倍感压力，压力不仅来自高强度的训练项目，还来自胡佛制造的高淘汰率，只要稍有疏忽，就可能遭遇淘汰。更严重的是，胡佛根据自己的喜好挑选特工，只要他看不顺眼，最终都会遭到淘汰。
当时，学员之间竞争激烈，而挤掉其他竞争者的法宝就是告密。只要经常打某一个人的小报告，比如他对FBI的一些政策表示不满，不赞同胡佛的一些做法，这个人肯定就会被淘汰。经过三个月的训练，但凡学会这个方法的人都能生存下来，同时，他们也成为唯一忠于胡佛的木偶特工。
胡佛喜欢学员们头发整齐、衣着得体，每次他去视察之前，教官都会特别告诫新人们，要格外注意自己的言行举止，如果站没站相，坐没坐相，惹得胡佛不喜欢，某个人的特工生涯可能就此打住。前FBI副局长沙利文说，他在新人受训阶段就因为衣着问题被教官训斥。当时，所有人都穿着白衬衣，只有他穿着黄色的衬衣，还穿了一身三件套的西装，结果他被教官命令马上换下。
当时，有一个和沙利文一起受训的年轻人很快就受不了这种假模假式的训练，他对FBI的印象非常恶劣，讨厌胡佛作威作福的姿态，他不停地在学员中表达自己的看法，还说要结束训练去参军，后来他得偿所愿了——没等训练结束，他就被踢出门外。
成为一名FBI探员，让人感觉特别风光，除了风光之外，探员们也会考虑一下工资和福利。对于一个新入职的华盛顿特区探员来说，年薪由约4万美元的基本年薪、约7000美元的地区补贴和约1万美元的办案补贴构成，算起来一年有6万美元的收入。如果工作发生变动，FBI会提供2万美元的一次性补助。在美国，25岁具有本科学历男性的平均年收入约5万美元，相比之下，FBI探员的收入还算可以，如果将工作性质、工作对专业技能的要求、工作强度、危险性等方面都算起来，这份薪水拿得也是挺辛苦的。
技术支持操作人员、采集证据的技术人员年薪约为4万到6万美元，组长级别的年薪约5万到7万美元，主管年薪10万到13万美元，潜水人员、电机工程师能拿到12万到15万美元。特勤人员一般从内部招募，做到主管的话，年薪能拿到11万到16万美元。
当然，升职就会加薪。普通探员如果升职到GS-13级，年薪会涨到约7万美元，高级主管的年薪约9万美元（GS-15）。即使这样，和在私人企业谋职相比，FBI的薪水并不算高。当然，很多探员加入FBI的初衷都不是为了钱，罗伯特·米勒就曾说过：“无论你走到哪里，当人们听说你是一名FBI探员的时候，都会向你投来尊敬的目光。”想必许多男性探员加入FBI的初衷是为了一种荣誉或者是从小的特工情结。
FBI招募特工的方式是公开的，不像CIA那样暗地里发展特工。2009年，FBI就在网站上发布信息，计划招募850名特工和2100名各类工作人员，提供的职位包括会计、保安、信息分析师、电气工程师以及护理、培训、汽车机械等方面的专业人才。一般情况下，FBI对外招聘有两个原因，一是部分员工集中退休，使得人员自然削减，二是社会发生大事件，急需某一方面的人才，比如“9·11”事件后，FBI招募了大批的电脑专家和外语人才；金融危机之后，则需要一批财务、金融专家协助FBI办理金融案件。
出于反恐战争的需要，FBI还效仿CIA，开始招募成千上万的线人。FBI希望通过线人加强特工搜集情报的能力，获得更多有关恐怖分子和外国间谍的情报。当然，一部分线人也兼顾犯罪调查的任务。为了管理好线人的资料以及线人提供的情报，FBI升级了数据库系统，确保情报的准确。
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