海湾战争后土耳其在中东地区发展同其他国家的关系，特别是在发展同阿拉伯国家的关系方面，虽然作了许多努力，但没有取得很大的进展。在这种情况下，土耳其考虑进一步发展同以色列之间的关系。一方面，土耳其需要从以色列引进军事技术，以增强国防能力；另一方面两国加强合作可增强土耳其作为地区大国的地位。而且自马德里和会以来，中东和平进程逐步推进，土耳其加强同以色列的合作虽然会在阿拉伯世界引起强烈反响，但不会闹到不可收拾的地步。土耳其估计至少像埃及这样的地区大国不会作出十分强烈的反应。
1993年11月土耳其外长首次访问以色列。1996年2月，土耳其同以色列签订一项有关双方进行联合军事演习和训练的军事协定以后，引起阿拉伯国家和伊朗等国的严重关切和谴责。最初透露的内容是，以色列不携带武器的战斗机可以使用土耳其的领空进行军事训练。但据后来透露出来的内容看，一共有两项协议，涉及以色列帮助土耳其训练飞行员，两国可以在对方领空和领海演习，土耳其购买以色列的装备用以更换战斗机，两国在武器制造方面进行合作，以色列帮助土耳其改进坦克的火力系统等。
土以军事协定的签订是中东国际关系发展中的大事件。不能不引起相关国家的严重关切。一些评论认为，土以军事协议改变了本地区原有的力量对比，对中东形势起了“火上浇油”的作用。协定签订后，叙利亚坚决反对，提出土耳其只有取消同以色列签订的军事协定，才能考虑不再支持土耳其库尔德工人党的反政府活动。而土耳其则要求叙利亚无条件地不再支持土耳其库尔德工人党的反政府活动，否则即要诉诸武力，于是两国关系日趋紧张。
埃及外长穆萨于当年4月7日发表谈话说，埃及正密切注视着土耳其和以色列的事态发展，开罗绝不允许某个国家为了自身的利益而牺牲别国的利益，从而使中东地区安全均势失衡。5月4日穆萨又表示，鉴于目前中东局势发展的严峻性，埃及将密切关注不久前土耳其和以色列签署的协议。他说，埃及对土以协议所持的立场是：目前本地区需要的是和平协议，而不需要任何军事协议或战略协议。
埃及首先想弄清楚的是，土耳其与以色列签订的军事协定所体现的是不是一种战略同盟。如果是这种同盟，埃及是反对的。《土耳其每日新闻》1996年5月6日报道，埃及外交部长穆萨曾在埃及驻土使馆对新闻界说，土以之间的战略联盟会破坏本地区脆弱的权力平衡，并损害业已很脆弱的和平进程。“土耳其领导人向我们解释说，土以达成的协议很像是安卡拉同十多个国家已经签订的协议。对这一解释我们感到满意。”他说，虽然他还不知道该协议的内容，但是这不会是一个秘密协议，或是他不可能知道的协议。他被告知，该协议将提交议会批准。在离开安卡拉的时候，他确信土以最近达成的军事训练协议不会构成土以间的战略联盟，也不会因此而破坏本地区的脆弱平衡。埃方认为，他们之所以关心这一协议是由于，土以之间会导致建立战略联盟的军事合作安排，不仅会给本地区造成损害，而且会损害开罗与安卡拉之间近年所锻造的坚强的团结。对此，穆萨表示：“我们同以色列之间有一个和平与合作协议，但这不是军事盟约，不会建立起战略联盟。”他警告说：“战略盟约只会在本地区招致敌对的反应，加剧相互之间的不信任。”
埃及官员说，埃及作为土耳其的友好国家不会跟着有关安卡拉已同以色列作了军事交易之类的报道起哄，而是派外交部长到土耳其首都去了解有关实际情况。
穆萨说：“德米雷尔总统和戈恩赛外长向我们保证，土以之间没有战略联系，我们对此感到满意。”埃及外交部长说，埃及谴责任何针对土耳其的恐怖行动：“我们不能容忍针对土耳其社会的行动，如果它来自土耳其库尔德工人党，我们也予以谴责。”埃及随行的官员说，将向叙利亚通报土耳其对土耳其库尔德工人党以及对水问题的关切，这有利于问题的解决。但官员们强调埃及需对土耳其库尔德工人党有更多的了解，才能予以谴责。他提示说，土耳其需要就土耳其库尔德工人党问题向阿拉伯国家作些解释，如同向西方国家所做的那样。埃及一位高级官员对记者说：“如果你们就土耳其库尔德工人党问题向美国进行疏通，那么也需要向埃及进行疏通。”土耳其对埃及的这一立场与姿态是满意的。耶尔马兹会见穆萨说，土耳其和埃及两国是中东稳定的支柱。
为了了解土以军事协议的实质内容，埃及总统穆巴拉克于1996年7月11日赴安卡拉进行一天的工作访问。穆巴拉克在与土耳其总统德米雷尔会谈后在记者招待会上说，土耳其和以色列签署的军事协议不是“条约”。它是一个以军事训练为目的的协议，它符合土以两国的利益，其他国家不应对这个协议感到不安。
然而，邻近的一些国家，尤其是叙利亚和伊朗对土以协议仍然深感不安，这特别是因为，1997年土以双方高层军事互访频繁，以色列还承诺帮助土耳其生产500公里射程的“箭”式反弹道导弹。1997年7月，伊朗副总统哈比比对叙利亚进行了为期3天的访问，在访问后发表的公报中说，两国对土耳其与以色列之间的军事合作感到极大不安，认为这对邻近国家的安全和整个中东地区的稳定构成了威胁，完全违背了伊斯兰会议组织宪章。12月在德黑兰举行的伊斯兰会议组织第8次首脑会议批评土以军事合作，出席会议的土耳其总统提前一天离会回国。
1998年1月，美国、土耳其和以色列举行联合军事演习在中东引起更大的震动。美国《洛杉矶时报》1998年1月8日发表题为《海军演习旨在建立新的中东关系》的文章，认为“这次演习表明中东出现了一个新的战略联盟”，“以色列和土耳其、土耳其和美国之间在安全方面的合作显然表明中东出现了一个新的力量轴心”。叙利亚新闻部长萨勒曼谴责说，这次演习是“一种炫耀武力的做法，它使人们回想起冷战时期的气氛”。埃及外交部长穆萨说，考虑到中东和平进程陷入了僵局，这次军事演习是一个“消极步骤”，“这次演习的时机选择不当。埃及认为现在没有任何理由举行这种演习”。
1998年2月，土耳其外长杰姆访问开罗，同埃及外长穆萨达成双方组成埃及—土耳其政治委员会的协议。埃及—土耳其政治委员会于1998年6月24日在安卡拉举行第一次会议，研究同中东安全与稳定有关的国际问题与地区问题。该委员会安排根据双方共同利益解决有争议问题的协调机制与政治磋商。参加此会议的埃及代表团由埃及外交部长欧洲事务助理法西·沙泽里大使领衔，土耳其代表团由土耳其外交部政治顾问奥杰尔·泽耶尔领衔。埃及认为土以合作是发展阿拉伯—土耳其关系的障碍。尽管存在分歧，但可以通过这一政治磋商机制进行协调。
然而叙土两国之间舌战仍在升级。叙利亚谴责土耳其同以色列之间的军事合作，土耳其则指责叙利亚支持土耳其库尔德工人党。同时两国还陈兵边界。1998年10月1日土耳其总统德米雷尔在议会发表讲话说：“我们保留对叙利亚进行报复的权利。”土耳其副总理兼国防部长塞兹金3日宣布，由于土耳其和叙利亚之间的紧张局势不断升级，土耳其决定近期内将在叙利亚附近的地中海海域举行军事演习。16日土耳其总理耶尔马兹向叙利亚发出“最后一次”警告，要求叙利亚停止支持土耳其库尔德工人党武装。两国关系骤然紧张。
阿拉伯国家领导人纷纷出面调停，以防叙土矛盾继续升级。埃及这一次没有采取20世纪50年代派兵去叙土边境的做法，而是较为超脱，在叙土之间进行穿梭访问，从中斡旋。1998年10月3日穆巴拉克总统出访沙特阿拉伯，就叙土关系恶化一事与沙领导人磋商。他在飞机上对记者说，叙土应该消除紧张状态，停止军事威胁，因为叙土间的任何军事行动都是不可取的。埃及总统穆巴拉克在访问沙特阿拉伯期间分别同叙土两国领导人通电话联系。10月4日穆巴拉克总统访问大马士革，同叙利亚总统阿萨德举行了两轮会谈。叙利亚外长沙雷在会谈后对新闻界说，叙埃两国领导人一致认为，当前叙土之间的形势是十分严峻的，必须通过外交对话而不是通过对抗和威胁的手段来解决双方日益紧张的分歧。埃及外长穆萨说，叙利亚和土耳其应本着睦邻友好的原则，通过对话来处理双方分歧。他强调，阿拉伯国家的立场是声援叙利亚的，但这并不表明阿拉伯人敌视土耳其，因为叙土之间关系紧张也将损害本地区其他各国间的良好关系。10月6日穆巴拉克总统赴土耳其首都安卡拉进行短暂访问，以调解叙土两国间出现的紧张局势。陪同穆巴拉克总统访问的埃及外长穆萨在机场发表讲话说：“我们来安卡拉是为了同土耳其方面讨论有关化解土叙危机问题”，“如果有必要，我们将再次去大马士革”，以寻求缓和土叙紧张局势的途径。他在赴土耳其之前说，土叙问题是有些棘手，但并非不能通过外交途径解决，也无任何必要一定要使局势升级，直至采取军事手段。
通过磋商，同有关各方共同确定了以外交方式解决分歧的原则。埃及外长穆萨同土耳其总统德米雷尔、外长杰姆进行了会谈，他在会谈后说，他同双方的会谈表明，“我们有解决这场危机并在叙土之间建立牢固关系的基础”。土耳其外长在会谈后说：“从叙利亚带回的口信说，我们在反对恐怖活动问题上的期望能够得以实现。我们希望能够在这方面举行会谈。”12日晚，埃及外长穆萨在大马士革国际机场同叙利亚外长举行会谈，通报了他与土耳其领导人会谈的结果。穆萨表示相信，叙土有希望度过这次危机，致力于建立两个相邻国家间的稳定关系。10月20日，叙土在举行了两天的安全会议后就打击土耳其反政府的库尔德工人党武装问题达成协议。叙利亚承诺将打击并禁止土耳其库尔德工人党武装在其境内的一切活动，不允许该武装在叙利亚领土上进行破坏土耳其安全与稳定的任何活动。双方达成协议后，埃及外长评论说，会谈结果对缓和地区紧张具有重要意义。
在这次叙土关系危机中，不少国家从中进行了斡旋，其中还有俄罗斯、伊朗等，但是埃及的斡旋无疑起了重要的作用，受到广泛的好评。埃及作为东地中海的一个地区大国，它所起的这一作用是不可替代的。
埃及通过调解叙土争端，进一步改善了而不是恶化了同土耳其的关系。此后埃土两国的关系不断发展，高层互访继续进行。1998年12月5日《开罗新闻评论》报道说，穆巴拉克总统和德米雷尔总统5日在安卡拉就双边合作、土叙关系举行了会谈。这次会谈在经济方面的成果有：对两国出口关税、建立自由贸易区问题达成协议，决定在黑海建立埃及产品来源区，在苏伊士湾建立土耳其产品来源区，经济贸易部长定期会晤等；政治方面的成果有由两国外交部长主持的联合委员会就地区问题进行协调，土耳其制定同叙利亚改善各方面关系的计划等。
2003年1月5日，土耳其总理居尔抵达埃及红海旅游胜地沙姆沙伊赫，与埃及总统穆巴拉克举行了会晤，双方表示将共同努力阻止可能发生的对伊拉克的战争。此前，居尔在大马士革与叙利亚总统巴沙尔举行了会谈。访问埃及后，居尔还将赴约旦等国访问。他呼吁中东地区国家采取联合行动，尽力避免伊拉克战争的爆发，并强调维护伊拉克领土完整的重要性。他此次中东之行被视为“和平之旅”。阿盟秘书长穆萨在与居尔会谈后举行的记者招待会上公开建议土耳其成为阿盟观察员。
2004年2月11日，埃及总统穆巴拉克与土耳其总统塞泽尔、总理埃尔多安以及土耳其其他官员举行了会谈。双方讨论了伊拉克局势和恢复巴勒斯坦、叙利亚、黎巴嫩的和平进程。他和土耳其总统完全同意要保持伊拉克的主权和领土完整。双方还表示，伊拉克人民有权选举自己的政府，当局必须要尽快向伊拉克移交权力。双方还同意，联合国要在伊拉克发挥作用。穆巴拉克总统说，埃及和土耳其承诺要为推动巴以、叙以和平进程朝着公正、全面解决而努力。他们还讨论了加强阿拉伯国家与土耳其的关系，并在一些事务上加强协作，例如消除中东地区大规模杀伤性武器，对抗恐怖主义，根据文化价值观与社会准则协调进行现代化进程。双方还讨论推进双边关系发展的问题。两位领导人探讨了连接电力网和天然气管道的计划，以及提高联合投资、贸易往来、建立埃及—土耳其自由贸易区的方法。土耳其总统说，埃土是中东地区稳定的基石，两国间扩大合作将有助于维持整个地区的安全与稳定。
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