司马曜的父亲是简文帝司马昱，母亲是一个又黑又丑的宫中织婢。这种出身，在讲究门阀制度的魏晋南北朝时期，是极少见的。
原来，司马昱不是没有妻妾，也不是妻妾不能生子，只是妻妾们生的儿子都没有成人就夭折了。不得已，司马昱才与这个织婢结合，生下了司马曜。
司马昱原来是个亲王，他的结发妻子王氏，是当时门第很高的太原王家的女子，为他生了个儿子司马道生，立为世子。后来，王氏得罪了司马昱。司马昱仗着自己妾媵众多，还有三个庶子，索性把王氏母子一齐废掉。王氏精神上受到重大打击，不久就去世了。想不到司马昱的三个庶子身体都很虚弱，小小年纪，就相继得病死了。不久，废世子司马道生也得病去世了。四个儿子都死光了，司马昱才着急起来。
一晃十年，司马昱已年近40，虽然妻妾成群，膝下仍然无子。他十分焦灼，到处求医问卜，总不见效。这样又是几年。一回，司马昱听说有一位术士善相面，能相出男人的富贵贫贱，也能相出女人有子无子。他很高兴，立刻用重礼把此人请进王宫，殷勤款待，然后，让自己的爱姬们一一出来，请术士逐个相面。术士一个个仔细看过后，一再摇头。司马昱不甘心，又召来所有婢媵，术士一一看过后，仍是摇头。司马昱不觉心灰意懒，垂头丧气，吩咐手下送客。这时，术士说：“我看殿下命中不该绝嗣，恐怕宫中还有女子没有相到。”司马昱摇摇头说：“如果我命中真的不该绝嗣，还得去买姬妾，家中的已经全部相过了。”一个女管家插嘴说：“还有呢，昆仑婢还没有相呢！”司马昱登时大怒：“混蛋！昆仑婢算什么东西！”原来，司马昱宫中有一个织布的粗婢，长得又粗又壮，肤色黝黑，不像女人，倒像一座黑森森的大山，众人都戏称她为昆仑婢。司马昱并非不知道此人，但一直没有把她当女人看待，只当作一个粗使的下人，所以听到管家提起，认为是侮辱了自己，不禁动怒。术士劝解说：“召来看看，又有何妨？”司马昱一想，已经用了大半天时间，再加一个，确实无妨，于是命人去召。
昆仑婢粗大的身躯刚进入殿门，术士马上拍案起立，道：“殿下果然有福，这位就能给殿下生出贵子，殿下不但有子，而且还将南面称帝呢！”听到这话，司马昱又惊又喜，他想起历年来求神问卜，不只一人说过他有天子之命，还说他命中有两位贵子，今天术士所说又如此，他宁可信其有，不肯信其无。于是，司马昱顾不得昆仑婢丑陋卑贱，当天就召她侍寝。不久，昆仑婢果然怀了孕，十月满足，生下一个漂亮结实的儿子，取名司马曜；不久，又生了儿子司马道子和一个女儿。当然，术士之言是不足信的，但在盛行迷信的古代皇宫里，也许碰上了这种巧合。
司马曜8岁时，司马昱入继大统当了皇帝。司马昱是个短命皇帝，在位一年多就去世了。那年司马曜才10岁，就继承了皇位，历史上称之为晋孝武帝。
司马曜是个孝顺的君主，他不嫌自己的母亲出身卑微，即位后马上尊昆仑婢为淑妃，不久进为贵人，后来又尊为皇太妃、皇太后。
此外，司马曜又是个尽心国事、委任贤臣的君主。有名的淝水之战，就发生在他当政的时候。由于他用人得当，这一战击溃了强秦，巩固了晋室。
但司马曜的个人生活并不很美满。他娶了一位名门望族王蕴的女儿为皇后。王皇后姿容美丽，聪明可爱，但是有两大毛病：一是嗜酒，二是嫉妒。王皇后的父亲王蕴是个很有名的贤官，深得百姓爱戴，惟一的毛病也是嗜酒如命，醉时多而醒时少。王皇后可能即受其父影响，她终日酣饮，常常醉得人事不省，不能迎驾。司马曜觉得这样很不成体统，但又不好说什么，因为皇后的门第高，怕得罪了王家会失去政治支柱。从皇后那里得不到乐趣，司马曜只好去找别的妃妾温存，但王氏醒来后必要盘问宫人司马曜的去向，并向司马曜纠缠不休。终于有一天，司马曜不愿忍受了，一怒之下，把王蕴召进宫中，诉说皇后的过失，命令王蕴严加管教。王蕴是一位识大体的贤臣，听到女儿如此失德，不觉羞愧难当，他流着泪，狠狠地训斥了女儿一顿。那之后，王皇后果然有所收敛，但终因嗜酒过度，饮食无节，21岁就去世了。
王皇后死后，宫中受宠的是一位陈淑媛。陈淑媛出自倡家，因为长得极美，又能歌善弹，选入宫中封为淑媛。司马曜非常宠爱陈淑媛，王皇后醉酒时，他最常去的就是陈淑媛处。王皇后死后，司马曜便把陈淑媛当作皇后看待，每天下朝后不去别处，径直到陈淑媛处进餐就寝。几年间，陈淑媛为他生下两个儿子，长子取名司马德宗，次子取名司马德文，即东晋最末两代帝王。本来，司马曜有心把陈淑媛册为皇后，但当时门阀观念极强，这样一位出身微贱的女人要册为皇后，会引起朝廷中一批大臣的反对。所以，一直到几年后陈淑媛病死，司马曜也未敢提出这一议案。
陈淑媛死后，司马曜悲痛异常，一年之中郁郁寡欢，除上朝外，心思几乎全花在两个儿子身上。然而，皇帝的生活不会总寂寞的，皇宫中佳丽成百上千，专供皇帝一人享用。不久，一位姓张的美人博得了司马曜的欢心，对陈淑媛的怀念也就渐渐淡漠了。
这位张美人聪明伶俐不亚于陈淑媛，其美貌娇艳更有过之而无不及。司马曜当时已年近30，中年人迷上女色，比年轻人更不能自拔。不久，司马曜册张美人为贵人。司马曜被她迷住，朝朝相随，夜夜相伴，连国家大事都懒得过问了，一概委托自己的胞弟司马道子管理。司马道子是个昏庸无能的人，远君子，亲小人，很快，东晋的政治开始混乱起来，国势也一天不如一天了。
张贵人出身微贱，性情也不贤淑，专喜欢寻欢作乐。她能说会道，撒娇装痴，弄得司马曜爱也不是，恨也不是，终日迷迷恋恋、颠颠倒倒。
这样过了几年昏天黑地的生活，司马曜已经35岁，张贵人也有30岁了。这年秋末的一个下午，司马曜在清暑殿摆酒与张贵人、众姬妾共饮。司马曜因为国内水旱灾相继发生而愁眉不展，张贵人也为自己中年尚无子而闷闷不乐。喝了半天闷酒，司马曜终于忍耐不住，先开口了。他问张贵人究竟为何不乐，张贵人不好意思说出来，故意锁着眉头，没有回答。司马曜很扫兴，于是转过脸去和别的姬妾说笑。这些姬妾平时被司马曜冷淡惯了，今天看到皇帝垂青，忙不迭地大献殷勤。一会儿，司马曜就被哄得眉开眼笑，忘记了刚才的烦恼，索性要气一气张贵人，他假装忘记张贵人在身边，一个劲儿只与众姬妾说笑。五六年来，张贵人一直宠冠后宫，何尝受过这种冷落，一时气得脸色铁青。
司马曜从未见到张贵人气成这种样子。他觉得张贵人生起气来越发妩媚动人，于是假装绷起脸来说：“张爱卿，你的岁数不行了，我现在喜欢比你更年轻的了。”说着，故意走到众姬妾群里，左拥一个，右抱一个，满殿中只听见开心的哄笑声。
张贵人不知道司马曜在和她开玩笑，信以为真了。她冷笑一声，一甩袖子，带着贴身侍从到后殿去了。
天晚了，酒宴散了，因为众姬妾的殷勤献酒，司马曜已经烂醉如泥了。自从张贵人得宠后，每年夏秋，司马曜和张贵人都在清暑殿里下榻避暑。张贵人看见扶进寝殿来的烂醉如泥的司马曜，想起他刚才说的那句话，以为司马曜果真要抛弃自己、另觅新欢了，不禁动了杀机。她把剩下的酒菜赏给众侍者，打发他们外边去吃，然后，叫来自己的心腹婢女，让她用被子蒙住司马曜的脸，把他活活捂死了。
第二天早上，张贵人在殿中哭起来，哭声越来越高，众宦者不知发生了什么事，一齐聚在殿前听候旨意。一会儿，那个婢女走出殿来，向为首宦者报告说：“皇帝昨天饮酒过量，半夜中魇暴崩了，贵人正在举哀，请中官宣示内外。”
一个年富力强的皇帝，好端端地一夜之间死了，大家都有点怀疑，但因为没有真凭实据，谁也不敢说出来。当时，最有权力过问此事的是司马曜的母亲李太后、弟弟司马道子和太子司马德宗。但李太后昆仑婢是个憨厚的老太太，只知享福，缺少心眼儿；司马道子成天沉湎于酒色，自顾不暇；司马德宗与晋惠帝一样，是个白痴。这最重要的三个人不来过问，别人谁好过问！于是，一件天大的弑君之案，竟因为没有一个人来追查，就此不了了之了。
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