随着时光流逝，同治帝渐渐长大成人。1872年，同治16岁，但由于中国计算年龄的传统算法是计算虚岁，因此，到年底时，同治帝已有17岁。这意味着在这一年的秋天他将达到亲政年龄，并将在迎娶一位皇后后于下一年开始真正统治大清。
接着，内务府着手从满族贵族中初选秀女，然后将几位优秀者推荐给两宫太后，再由两宫太后做最后的定夺。最后满族旗人翰林院侍读崇绮之女阿鲁特氏被选为皇后。
虽然两宫太后不会允许同治自己选择同治帝忤逆自己，也不会允许她们认为不适合的人做皇后，但仍有谣言说阿鲁特氏是同治帝自己选择的皇后。实际上，慈禧太后会将自己的意愿强加在同治帝身上从而干预同治帝的选择。
不可否认，慈禧太后愿意做皇帝和皇后间牵线搭桥的人。慈禧的小心思在她为继子光绪帝选后中我们便可略知一二。她希望这位年轻的皇后是可以任由她摆布的，而不仅仅希望这位皇后做好皇帝的妻子。但根据阿鲁特氏的悲惨下场，我们有理由怀疑她对阿鲁特氏的性格判断。
在皇后人选确定之后，由礼部选定吉时吉日举行婚礼。同治帝大婚之日定在1872年10月16日。迎娶皇后的吉时是午时，为了不误时，在阿鲁特氏从她父亲家被送往皇宫时，礼部一名官员被指派到花轿旁，手里拿着一支燃烧着的蜡烛来计算时间。最后，同治帝终于在吉时接到了他的新娘，并根据皇家传统习俗，完成了所有结婚仪式。
同治帝即将掌权，这意味着两宫太后要撤掉垂帘，归政同治。1873年2月23日，同治帝发布亲政诏书：
“两宫皇太后十一年来宵旰勤劳、躬埋庶政，如今朕已成年，理应挑起重担，接管朝政，朕将与朝中各部团结协作，处理好朝中之事。亲政后，朕仍然继续尊重并服从两宫皇太后之懿旨，肩负起国家之重任。”
同治帝一开始亲政便遇到了一个问题，这个问题在他尚未亲政前两宫太后就已经有所预见了。这是一个不可回避的问题，也是一个不可阻挡的自然进程，就跟一个皇子会长大，终将要成年一样。
这个问题就是外国人觐见礼的问题。自从西方国家开始尝试着想要与皇帝接触时，这个问题就成为了大清和西方国家都非常关注的问题。在中国，参见皇上时都要三跪九叩，下跪时，双手要平齐放在前额上，然后庄重地向皇上鞠躬，不得嬉皮笑脸。叩头时，额头要接近地酉。这样的动作重复三次即可。参见皇上的这种礼节被欧洲人称为“叩头（kowtow）”。
为了维护尊严，清政府坚持让参见皇上的外国人入乡随俗，遵从皇室的这些传统礼节。早在十七世纪中期时，中外就曾就这个问题层展开过无休止的讨论。当时，一个俄国使团来到北京想要参见皇上，因为不愿意遵循这样的礼节，他们最终没有见到皇上就离开了。在同一时期，一个荷兰使团却作出了让步，不过其他西方列强仍然坚持不妥协。
1793年，英国大使马嘎尔尼爵士在热河时，被允许以一种改进的跪拜方式在一个帐篷里参见乾隆帝，但二十三年之后，美国公使阿美士德爵士领导的代表团因为嘉庆帝的坚持而没有得到同样的待遇。之后的道光帝和咸丰帝对这一问题从未做过让步。
1859年，清政府的代表与美国部长沃德先生针对这一问题进行了友好会谈。清政府的一位代表说：“如果我们在参见皇帝时不进行三跪九叩，这就意味着我们对他不尊。这就跟西方人对上帝不虔诚是一样的道理。”恭亲王的岳父桂良告诉沃德，在他们进行跪拜的礼仪后，他也会为美国总统烧上一炷香。这是因为他想起了之前马嘎尔尼代表团觐见时的请求，即：在向乾隆帝跪拜之前他希望清政府代表能够在乔治国王的画像前鞠躬，以示尊重。没有达成一致意见。
咸丰帝时，他同意派出代表与西方列强商谈关于跪拜的问题，但是由于局势突变，他仓皇逃到了热河，关于礼节的争论便不了了之了。但是他的儿子同治帝必须面对这一问题。在同治发布亲政诏书后，恭亲王仍掌管着总理衙门，一些外国使臣便向他询问皇上接见他们的具体日期。恭亲王以总理衙门大臣文祥抱恙为借口，称接见要推迟几周，接着又以各种理由整整拖延了四个月，想用此种办法来彻底消弭外国使臣觐见的打算。
但是这些努力都是白费的。所有国家驻北京大使都坚决反对向皇上叩头，他们认为《天津条约》第三章已经明确规定，任何有损外国人尊严的礼仪都不得进行。最终，恭亲王屈服了。据说这是因为他的侄子同治帝对外国人的长相十分好奇，才同意接见。恭亲王希望最大限度地维护大清的尊严，因此外国使臣觐见的地点并没有被安排在皇宫内，而是在中海西侧一个叫做“紫光阁”的建筑里，目的是让外国人远离紫禁城。
外国使臣对此次觐见非常重视，因为紫光阁一直是皇帝在新年时用来接见大清属国使臣的地方。以这种方式接受此次觐见其实是清政府的一次极大让步，对于清政府中的保守派而言，他们仍然坚决反对省掉叩头之类的任何一个礼节。
1873年六月初五日早上六点，同治帝在紫光阁接受了英国、法国、俄国、荷兰、美国大臣以及德国公使馆一位秘书的觐见。同治帝在一群王公大臣的簇拥下上朝。他缓缓走上高台，盘腿坐下，在他面前有一张小桌，做批阅文件用。接着，外国使臣向他行礼，朝中官员用汉语宣读外国使臣的致辞，该致辞后来又被翻译成满语，大意为西方各国欢迎同治帝登上宝座。然后，恭亲王跪下，完成叩头等全部礼节，并代同治帝对各国致辞进行回应。外国使臣们听完其致辞的回复后，将他们的国书呈交给同治帝，向同治帝又鞠了一躬后，便退出了紫光阁。这次觐见对于外国人来说无疑是一次巨大的胜利，因为他们认为同治帝接受觐见意味着大清对西方国家的偏见以及排斥相对之前有了很大改善。
同治帝亲政的短暂期间，被外国观察家认为是一个吉兆，他们以为这意味着大清进步指日可待，但实际上，在同治帝去世之前，政府都内忧外患不断。
1873年年底，云南发生的回民叛乱导致整个云南陷入一片狼藉之中。其他地区发生的回民叛乱已经被镇压了，在左宗棠总督的努力下，陕甘地区叛乱也已消停，除喀什葛尔以及伊犁？地区需回外清朝十八省终于恢复了平静。
1874年，因为边界之争，又出现了两个新问题严重损坏了清政府的主权。
1871年，琉球国宫古岛岛民上缴年贡的船队在归途中遇台风，漂流至台湾东南部，船上69人中3人溺死，54人被台湾原住民杀害，仅12人生还回国，这就是著名的“牡丹社事件”。1874年，日本试图吞并清朝蕃属国琉球国并以“牡丹社事件”为借口大举进攻台湾岛（琉球国在中国台湾省和日本之间，曾经向中国的明清两代和日本的萨摩藩幕府朝贡）。战争一触即发。日本称如果要让其撤出台湾必须给予一定数额的赔偿，同时把琉球划归日本。
另一问题与安南？有关。大约从公元三世纪起，中国就是安南的宗主国。直到十八世纪，法国人才第一次出现在这片土地上，从1858年开始，法国势力渐渐渗入其中，并在1874年强迫安南国王签订了一个条约，逼其交出东北部的东京省？的管辖。这一做法严重损害了中国作为宗主国的权利。
对于同治帝来说，幸运的是他无法看到日本入侵，也无法看到法国在中国南方建立统治。同治帝懦弱无能的性格，使得他在面对一些甚至？伊犁，西方人和俄国人通常称其为“固勒扎”。
连慈禧太后都觉得棘手的问题时，很有可能因为处理不当而导致大清的灭亡。
实际上，没有人知道同治帝下一步有什么打算。但大多数中国人认为同治帝像极了他的父亲咸丰帝，他们同样堕落与无能。在同治帝亲政的这些年中，宦官之权过大，后患无穷。不管在当朝还是在前朝，只有无能的君主掌权才会造成这样的局面，而遭人诟病。除此之外，同治帝还喜欢深夜偷偷溜出后宫，到八大胡同里的一些小妓院寻欢作乐。这样的行为或好或坏，我们也很难对此作出评论。
虽然堕落无能，但并不表示同治帝不想有一番作为。1874年9月10日，同治帝发布了一道圣诣宣布恭亲王和他儿子载澄被革职。这位年轻的君主开始在他的统治中冒险了，这也显示出了他非比寻常的亲政决心。
自总理衙门设立以来，恭亲王在处理外交事务上很是得心应手，同治帝却因恭亲王态度傲慢而深感不满。矛盾一触即发。同治帝称革职降级是因为恭亲王在与君主讲话时使用了很多“不当的语言”。
这让我们不得不想起1865年4月时，两宫太后发布的类似的谕旨，并豪不费力地得出一个结论：这两次的革职降级的真正目的只有一个--给恭亲王难堪。
不管真相是什么，整个北京城都被同治帝的表现深深震惊了。但令人大跌眼镜的事情还在后面。
慈禧和慈安太后撤帘归政之后，她们显然已经回归平凡生活而不再干涉朝政了。1874年春天，她们与同治帝在直隶总督李鸿章的保护下前往西陵祭祖。这只是一场祭祀而已，并没有任何政治意图。现在她们因为一道诏书而又出现在世人眼前。在祭祖回来之后，同治帝以自己的名义发布诏书，恭亲王和他的儿子官复原职。同治帝这么做，显然是两宫太后的旨意。在中国，惧于两宫太后的威严，当这一道谕旨发布时，没有人会怀疑它的真实性，也不会出现任何反对的声音。
1874年12月初，太医对外宣布同治帝所得之病为“天花之喜”。在12月18日，又发布了另一个布告，布告中称，同治帝恳求两宫太后，希望她们出于仁慈之心掌管朝廷大权直至他痊愈。24日，有传言称同治帝病情有所缓解，龙心大悦，并赐予太医厚礼。但是从此之后，更可怕的传言出现了，传言称，同治帝驾崩了。最后，同治帝的死讯得到证实。
尽管在同治帝得天花之后，很多的昭告中已详细写明了他患病的细节，然而仍有一些人散布谣言称慈禧太后为谋权而暗杀了同治帝，甚至有一些英国作家在没有进行任何求证的情况下将这可怕的谣言进行了转述。就如叶卡捷琳娜二世一样，慈禧太后同样也不得不默默承受谋杀亲生儿子等诸如此类的莫须有的指控。跟叶卡捷琳娜二世相比，慈禧所遭受的指控中，也许有很多并不是没有根据的，而叶卡琳娜二世从未因为手段残忍而遭人诟病（她的丈夫除外），可慈禧太后却是一个为达目的不择手段的人，残忍对她来说不过是家常便饭。然而，并没有证据表明中国独一无二的女性统治者慈禧太后做了如此伤天害理的事情，她或许也不应该背负这样不堪的罪名。
关于同治帝之死的谜团，十五年之后又被人提起，只不过换了一种说法。据说在1874年12月9日时，出现了金星凌日现象？，这一天正好是同治帝天花爆发之日。由于北京是金星凌日的最佳观测点，两位美国天文学家带着巨大的天文望远镜来到北京准备进行观测活动。由于中国封建迷信思想，大家对这样的天文奇观都充满了恐惧，两位美国天文学家最终并没有？译者注：金星凌日是当金星运行到太阳和地球之间时发生的一种罕见的天文现象，该现象发生时，在地球上可观测到太阳表面有一个小黑点慢慢穿过。
能够如愿以偿，为了避免引发更多的事端，他们仓皇而逃。西方国家对于同治帝之死有下面这种说法：
“两个美国人带着巨大的可以支在地上的天文望远镜来到中国进行观测。突然，有一个黑点出现在太阳上，两天之后，同治帝因患天花而驾崩。天花俗称”麻子“，这让人不禁联想到太阳上的黑点。在中国，太阳不就是君主的象征吗？而这些移动的黑点不就是美国人带来了天文望远镜才出现的吗？因此，同治帝之死的元凶就是这两个美国人。为了不被中国人逮住而遭受凌迟，在美国领事们的帮助下，他们成功逃离了中国。”
同治帝死后的薄葬让人们感觉十分讶异。同治帝没有与他父亲咸丰帝一起葬在西陵，而是跟随他祖父葬在东陵，这是违背风水原则的。这种违背风水的做法会给中国带来不幸，中国人对此深信不疑。果然，几年之后，中国就出现了严重的饥荒，人们不禁又将二者联系起来。
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