经过了长期的斗争，1304年，元朝政府与察合台汗国、窝阔台汗国达成了和议，并联合遣使，诏告了钦察汗国和伊利汗国，约定西北诸王尊奉元成宗为帝，元朝政府则承认西北诸汗国的相对独立权。
在斗争中，察合台汗国与窝阔台汗国结成了同盟，共同对抗元朝政府。当海都为窝阔台汗的时候，察合台汗国沦为了窝阔台汗国的附庸。海都死后，察合台汗都哇成为了盟主，为了报复，他从海都之子中选立了较易控制的察八儿为汗王，窝阔台汗国势力急剧下降。都哇的后人最终灭亡了窝阔台汗国，这也得到了元廷的支持。都哇家族在察合台汗国的地位得到了巩固。
由于生产方式和宗教信仰的变迁，察合台汗国内部产生了分裂。1346年，秃忽鲁帖木儿被拥立为汗，统治了包括高昌在内的汗国东部地区，是为东察合台汗国；西察合台汗国则以撒马尔罕为中心，统治河中地区。1370年，西察合台汗国为帖木儿帝国所灭。后来，东察合台汗国建都别失八里，所以，在我国古籍中，又称东察合台汗国为“别失八里”。1418年，歪思弑兄篡位，将国都西迁至亦力把里（今新疆伊宁），遂改称“亦力把里”。
元朝灭亡、察合台汗国分裂之后，高昌地区兴起了许多封建政权，其中大的称为“王国”，较小的称为“地面”，这些王国与地面的统治者多由蒙古黄金家族成员担任，像火州、柳城（或称“鲁阵”）、于阗、哈密、吐鲁番等皆为这样的政权。其中，吐鲁番势力较大，火州、柳城因“国小，不能自立”，最终都为吐鲁番所吞并。火州曾为高昌回鹘国都，1414年，当明朝使臣陈诚、陈暹出使西域的时候，见到火州之地“风物萧条，昔日人烟虽多，僧堂佛寺过半，今皆零落”，此时的火州已经归并于吐鲁番，城郭几近荒芜。
吐鲁番介于于阗、别失八里诸大国之间，国势微弱，后来归并了火州、柳城之后，国力增强，国主也密力火者于是称王。此时，也密力火者其实已经成为了亦力把里的汗王。亦力把里国王歪思去世之后，因为汗位之争，产生了分裂，分成了东西两部分，其中的东部地区从阿克苏东部起，直到吐鲁番东部地区，以吐鲁番为首府，高昌回鹘天山以南的地区也在其中，此时的吐鲁番政权实际上可以代称亦力把里或者东察合台汗国。
驻守吐鲁番的阿力家族与明朝多次争夺哈密，哈密对于明朝和吐鲁番都具有战略意义。1405年，明朝选立蒙古王室后裔为哈密王，并封之为“忠顺王”，赐以金印。1406年，明朝设置哈密卫，以巩固边防、交通西域。吐鲁番不断东扩，多次进犯至嘉峪关。哈密在明朝与吐鲁番的争夺之中摇摆不定，直到1529年，在大臣的建议之下，明朝终于放弃了哈密。
叶尔羌汗国实际由东察合台汗国分立而出，是由东察合台汗国满速儿汗的兄弟萨亦德速檀于1514年建立的。后来，满速儿汗与萨亦德汗举行了多次会晤，在形式上恢复了东察合台汗国的统一。萨亦德汗去世之后，满速儿汗多次进攻叶尔羌汗国，但均被萨亦德汗的继承者拉失德汗打败，这样，叶尔羌汗国就完全脱离了东察合台汗国，东察合台汗国统治区域仅限于吐鲁番、焉耆和哈密三个地区。叶尔羌汗国于1570年灭亡了东察合台汗国。因而也可以说元末之后，西域诸国统一为叶尔羌汗国了。
清朝入关之后，叶尔羌汗国与清朝保持了近百年的友好关系，直到十七世纪中期，准噶尔汗国兴起，信仰伊斯兰教的叶尔羌汗国内部产生了白山派与黑山派的斗争，叶尔羌汗王热心赞助黑山派，驱逐了白山派的首领阿拍克，阿拍克趁机向准噶尔汗国的首领噶尔丹求援。噶尔丹于1678年向叶尔羌汗国进兵，于1680年俘获了叶尔羌汗王，另立白山派，归附于己下，叶尔羌汗国灭亡。
由于叶尔羌汗国的统治者仍然为察合台汗国的后人，其统治体制由察合台汗国演变而来，所以，叶尔羌汗国的灭亡，也标志着察合台系后人在高昌地方的统治宣告结束。
准噶尔部为漠西蒙古的一部分。漠西蒙古又称为厄鲁特或卫拉特蒙古，在明代的时候称为瓦剌。除了准噶尔部，还有杜尔伯特、和硕特、土尔扈特部。厄鲁特蒙古内部因为矛盾而四处迁徙，像我们所熟知的土尔扈特部曾经远徙至伏尔加河流域。在乾隆年间，土尔扈特部首领渥巴锡率众返回祖国，受到了乾隆帝的热情接待。杜尔伯特部长期在阿尔泰山、额尔齐斯河流域游牧；和硕特蒙古首领固始汗率众抵达了青海，后来又进据西藏，帮助格鲁派推翻了藏巴汗的统治，在西藏历史上产生了重要的影响。准噶尔部的首领噶尔丹幼年在西藏为僧，后来还俗，夺取了准噶尔部统治权，灭亡了叶尔羌汗国。准噶尔部灭亡叶尔羌汗国后，将察合台后裔完全移居天山以北，以便管辖，将吐鲁番地区的元朝王室后裔拘禁于喀喇沙尔，这样，准噶尔部就完全取代了察合台后裔在高昌地方的统治。
准噶尔部对人民进行残酷剥削和压榨，还向喀尔喀蒙古牧地大举进攻，对清朝的北部边疆形成了巨大威胁。康熙年间，清朝用兵于噶尔丹，在僧格之子策妄阿拉布坦的配合之下，清军大败噶尔丹。1697年，噶尔丹败死。噶尔丹死后，在策妄阿拉布坦及其子噶尔丹策零的统治之下，准噶尔部在西域地区又维持了近五十年的统治。在此期间，准噶尔部仍然与清朝对抗，并向哈萨克和西藏出兵，人们受到了压迫和剥削，被征以繁重的徭役、赋税。为了进行反抗，人们修建土堡或逃亡，甚至将米谷财产埋藏在地下，进行消极抵抗。
除了哈密为清军占领以外，北自吐鲁番、乌鲁木齐，南至叶尔羌、喀什噶尔均为准噶尔的属地。清朝继续对准噶尔部用兵，双方互有胜负。1733年，噶尔丹策零与清朝议和，双方划界、贸易，开始了正常的贸易往来。乾隆年间，噶尔丹策零去世，准噶尔内部因为内讧而衰落。1755－1757年，乾隆帝先后两次向准噶尔部用兵，最终彻底平定了准噶尔部，统一了天山北部地区。1757－1759年，清军又消灭了天山南路的大、小和卓木割据政权，统一了天山南路。至此，天山南北都被划入了清朝的版图，这也是汉唐元统一西域以来，中国中央政权再次实现对西域地区的统一。
跨越时空的界限，我们共同了解了高昌王国（公元460－640年）、唐西州（公元640－866年）、高昌回鹘王国（公元866－约1330年）这几个时期的历史情况。本书标题所指称的“高昌王国”是一个广义的概念，既包括第一个阶段中的汉族政权，也包括第三个阶段漠北回鹘人西迁西州之时建立的回鹘政权。
人们常言，读史明智，在本书中，我们与您共同解读了高昌故地的历史，作为西北边陲重镇，高昌虽然深居大陆腹地，但是这里从来都不孤独，它吸引了世人诸多的关注。从汉族人建立的高昌王国的历史中，我们感受到文明的力量；从高昌回鹘四个多世纪的历史中，我们学到了生存之道。我们的祖国历史悠久，疆域广阔，几乎每一块土地上都积淀着沉重的历史，让我们来共同学习祖国的历史，从古今变迁之中读懂过去、获取智慧吧。
聚合中文网 阅读好时光 www.juhezwn.com
小提示:漏章、缺章、错字过多试试导航栏右上角的源