一、单纯防御阶段。这一阶段大概是同治元年八月以前的情况，主要是反映了冯子材那时去留未定，未能全力整顿镇江守军，理顺各方面特别是筹饷和精简军队的关系，指挥未能如意；而当时江浙太平军的势头还很强悍，镇江守军自保还十分吃力，还谈不上出击，因而只能采取单纯防御的战略战术。
《镇江剿平粤匪记》记咸丰十一年十一月的战事称：白兔、宝堰太平军东犯攻城，大败之。清政府曾就此有旨：冯子材奏：逆党复踞马陵，经官军击剿获胜一折。马陵逆匪经官军击败后遁回宝堰，复合群贼麇集马陵，意图扑犯镇城。经冯子材派令副将文龙德等直捣马陵，参将田庆和等抄出贼后，先击花村之贼，阻其接应。文龙德等将及贼巢，该逆列阵迎拒，我军枪炮齐施，毙贼不计其数。参将田庆和等亦在花村与贼接仗，该逆恃众，分股包裹。我军奋力冲击，枪炮并发，贼始惊溃。马陵之贼亦被文龙德、田庆和等合军追袭，共斩获长发首级七十余颗。
《镇江剿平粤匪记》记咸丰十一年十二月的战事称：江宁太平军万众集龙潭，谋纠江皖太平军来寇。子材与京口副都统海全自官塘桥分进击敌，小败太平军，富升阿等死之。《剿平粤匪方略》则称：十二月，太平军攻镇江，与清兵战于上塘、划子桥，斩署协领昆山、都司张金全等，清军吃了亏。
清政府知道镇江战事危急，曾指示江北派兵援助：江皖大股逆匪扑犯镇江，虽经冯子材派队出击，小有斩捦，而大股贼势尚未挫败。镇江为南北咽喉，关系紧要，现在兵力较少，防剿两不能敷。该总兵等拟咨行扬州军营拨兵援剿，着都兴阿迅速挑派劲旅，遴委得力将弁管带，前赴镇江协剿。冯子材等务即激励将士，会同扬营兵勇，将城外屯聚贼垒悉数歼除。
《镇江剿平粤匪记》记载同治元年正月的战事称：正月，太平军守王方海宗自龙潭大趋镇江，分众屯烟墩、九华，环逼城池，太平军主帅忠王李秀成复屯宝堰与相应。清军连日搏战，太平军屡败。丹阳太平军走官塘桥、遮水岗，扰西南以缀我，复东压江滨犯水师，屡不得逞，潜遁。陶茂森、刁经明自官塘桥四面山蹑之，进夷马陵、华村、上塘太平军阵地。太平军益图大犯，海全复将千人渡江来援。太平军寻近城，皆闻有备，远去。子材派副将黄武贤等远壁三十里外，以精旅周巡。清政府曾调动各地兵马救援镇江，有旨称：镇江为南北咽喉，贼众必争之地。该逆自攻陷杭城后，金陵逆匪即于十二月三十日派贼三四千名，并入华村贼营。正月初三，逆首伪普王纠合苏杭大股，并会合伪况王力扑镇江，官军并力击退。复于三更后携带云梯，衔枚袭攻。次日夜间，复由丹徒奔扑北门，围攻城外营盘，分股直扑东、南两门，均经官军击退，是其凶悍情形，极为可虑。虽经冯子材等设法固守，第贼众兵单，设该逆仍更番来犯，其势恐不能支。曾国藩前奏令道员李鸿章带水师五千名、陆军六七千名前赴镇江，业经迭次催令迅往。若不派此劲旅分道进攻丹阳等处，以战为守，则贼众闲暇，必将并力镇城，设有疏虞，非独扬防吃紧，即江南亦无驻兵之处。着曾国藩迅饬李鸿章驰往镇江，相机攻剿，毋得再有迁延，致误大局。都兴阿前已派副将刁经明等带兵前往援救，现在天、六等城次第克复，扬防兵勇如有可以抽拨者，仍着酌量派往。冯子材等务当督饬将士攻守兼施，不可稍涉松懈，以保名城。又有旨：据冯子材等奏，镇郡城围已解，并将马陵等处贼垒蹋毁。惟探闻江阴贼匪制造云梯数千架，预为犯镇之用，常州至丹阳一带屯有伪王三名，意图攻犯镇城，伪忠王尚有前来接应之说，约正月十七大举扑镇等语。前因镇城吃紧，迭谕曾国藩饬令李鸿章赴镇，以资防剿。冯子材前谕驰赴上海，是否业已起程？海全接办后，都兴阿自当妥筹兼顾。可见正是这种危急的形势，改变了清政府派冯子材赴援上海的决定。
冯子材在同治元年二月初六日有奏，总结驻守镇江两年以来的战绩称：伏查镇江一军，关系南北咽喉，地险城孤，久烦宵旰，尚赖士卒用命，且战且守，用能力保危疆。现在南路贼氛虽无动静，惟相距咫尺，窥伺之念时刻不忘。万一乘我兵疲饷断，猝来扑犯，驱枵腹之众，使之荷戈，实属两难措手。表示了只能防御太平军来攻，而不能出击太平军的态度。“两载以来，臣等竭蹶战守，仅保弹丸，卒未能恢复寸土。”
可能是由于他的态度太消极了，不符合清政府的要求，所以清政府在三月十四日有旨指示他派兵出城迎敌：“该提督务宜选派将士驰赴城外数十里扼要扎营，严密防守，并随时由城内出兵策应，毋令贼匪逼近城濠，致成坐困。”
但冯子材的答复仍是强调困难：“惟是悬军扼险，贼重城孤，为江南大局计，总须以剿为防，以战为守，方能日见起色。然饷需止有此数，兵力亦止有此数，不但进取一层毫无把握，且万一该逆并力大逞，水陆合围，成败利钝，实有未能逆睹者。……前望后顾，愤懑焦烦，中夜枕戈，仿徨莫释。”《镇江剿平粤匪记》记称：同治元年三月“子材谋引军攻丹阳，疏请以李鸿章来守镇江。”由于李鸿章不能来守镇江，自然冯子材也就无法出击了。
到了四月，虽然冯子材也认为整个军事形势正朝着对清军有利的方向发展，“伏查入春以来，各路军情顺利，嘉定克复，扬防解严，贼势稍衰，兵威渐振，此实江南军务一大转机。”镇江守军也可以摆脱被动挨打的状态，主动出击：“正宜督率三军，由马陵、谏壁等处步步为营，分道大举，为得寸得尺之计。”但马上又强调困难：担心出击后，被太平军偷袭镇江城，“惟东西南三面距贼句容、丹阳、金坛，节节险阻，与洪逆老巢密迩，势必多其羽翼以待吾师。镇城根本重地，一经进取，尤须大军留守，始免牵制。而兵力止有此数，进战退守，兼顾为难。”
五月，太平军进攻距镇江西南90余里的龙潭、东阳，冯子材因那里的驻军江南提督部下求援，当饬总兵文龙德、副将杨青山等督率步队两千，副将林从太、谢讃马队继之，二十四日与敌在会头鏖战两时许，“毙贼百余名，夺马三匹，旗帜刀矛多件。悬军深入，恐有疏虞，遂撤回。后探知东阳、龙潭各营官兵业已撤队，全回六合，督饬镇防内外水陆各营，昼夜戒严。”又奏称：五月二十三、四日，派兵到离镇西南九十余里的龙潭，与忠王之子黄老虎小作战斗即返。清政府虽然怀疑镇江守军小胜即撤是否有“救援不力情事”，但毕竟初出告捷，就有旨希望冯子材能够继续保持出击的态势：龙潭、东洋既经官军驻扎，自可遏金陵逆匪赴镇之路。冯子材、魁玉惟当督饬兵勇，遏截丹阳等处股匪分道来扑。
六月，冯子材根据清政府认为镇江守军应该“以战为守”的思想，在《遵旨力筹防剿折》提出：“查镇江一城，当东西南三面之贼，系南岸第一重门户，自宜以守为体，以战为用，因利乘便，蹈瑕抵隙，庶足以制贼要害而固我藩篱。”只有“督同在防镇将，分扼坚垒，先为不可胜，以待可胜，察看敌踪，相机办理。”冯子材的顶头上司曾国藩赞同他的做法，八月曾奏称：镇江一军，前奉谕旨饬臣统筹兼顾。顷冯子材函商一切，臣覆函以镇江饷绌兵单，只宜固守，不宜出战。待鲍超攻克东坝、溧阳、溧水、句容等处，屯驻金陵之东北，能与镇江联络一气，不为贼氛所梗，届时冯子材再行拨兵会剿，庶几声势联络，士气易奋。至于李鸿章久有移扎镇江之意，无如松沪一带战争不休。观忠逆之志，似欲甘心于沪上，李鸿章有万不可离沪之势。……镇江防剿，应始终责成冯子材耐苦坚守，不作出剿之计。清政府也同意曾国藩的意见称：昨据冯子材奏逆匪扑犯镇防，当经谕令冯子材以守为战，不宜悬军深入。本日曾国藩奏称镇江饷缺兵单，止宜固守，不宜出战，与寄谕适相吻合。仍着曾国藩随时授以机宜，以期万全无失。
总之，在这一阶段中，冯子材受主客观条件的限制，只是注重防守，没有积极主动出击太平军的打算。
第二阶段大概开始于同治元年八月。这时，围绕冯子材留守镇江任督办军务一事的纷扰已基本结束，而且他已实行裁军节饷的措施，军队经过整顿，饷需问题也基本解决，提高了战斗力的镇江守军可以尝试出城一战了。加上整个战争态势也朝着有利于清军的方面转变，冯子材遂对于出击太平军一事的态度变得积极起来。但进攻镇江的太平军，经常处于变动的状况中，驻扎丹阳的只是少数，更多的是从南京突围出城，或想从外面援救南京的流动太平军，在这中间，镇江就像楔在他们中间的一颗钉子，使得他们总想要拔掉它，而这些流动的太平军往往会在短时间内集中起远远超过镇江守军的兵力来犯。所以，冯子材在派军出城出击之前，要保证守城军队立于不败之地。他上奏清政府称：先经严饬南路各营，不动声色，坚壁以待，一面派拨精锐，率以健将，各于附城数十里内扬威放哨，察看贼踪所向，无论何处有警，立即搜剿，务使贼队无从驻足，庶根本之地不致猝为所乘。……镇城逼处贼巢，形势要害，必先立于不败之地，然后因利乘便，与上游官军联络进取，始无牵制之虞。即派出小部队前出至离镇江数十里的地方警戒，与来犯的太平军作战，改变过去那种直待太平军逼近镇江城下始迎战的被动局面。
按照这种战略方针，七月下旬至八月初，冯子材派军于镇江城外西南约数十里，直接句容、丹阳中间的汤岗、黄泥岗等地打败来犯的句容昭天义所部太平军。战后，于八月上奏《击退窜逆防剿情形折》称：七月，句容昭天义等太平军万余，分屯汤岗、黄泥岗等处活动，于离城数十里外往来窥伺。二十五、六、九等日与水师有小战斗；八月初三、五日，与陆军有小战斗。但这时的冯子材行动还很谨慎，谕令部下：（太平军）无非诱我悬军深入，以图前后包抄。“量敌而进，且战且守，毋得轻入重地，致为所乘。”并奏报清政府：“已严饬水陆在防镇将远探近守，慎益加慎，庶无百密之疏。”
闰八月，镇江守军再次进攻仍在汤岗活动的句容昭天义等部太平军：“挑派马步劲旅，率以镇将，随时哨探，暗袭旁挠，用更番出入之法，使该逆昼夜不得休息，然后乘间抵隙，以攻其所不备。”十四日焚毁贼卡二座。二十日，败汤岗太平军，共计馘取耳级24副，夺获黄旗十余件，但攻而不破。冯子材认为这些小型的战斗，有利于锻炼他重新整顿过的士兵：“且镇营兵勇经年防戍，虽经随时训练，尤须使之练习行阵，力振委靡。即以士气之盛衰定将领之优劣，有功即赏，有罪即诛，似亦整顿鼓舞之一法。”但行动还是谨慎的，“至于军务大局，总当凛遵圣谕，以守为战，慎持根本之地，断不敢悬军深入，至有疏虞。”
《镇江剿平粤匪记》记称：九月，汤岗贼纵蹂塔山庙，文龙德自官塘桥抄之，斩贼酋襄天豫，余众走伏汤岗不出。辛酉，龙德等勒军进攻，过分龙岗。贼不意我军掩至，狂奔。陶茂森等填堑飚进，平其九垒，贼走句容。
十月二十七日，冯子材接到探报：句容六里店亭子地方聚贼数千，分党四掠，扰及高资、炭渚等处。恐其窥伺江防，亟应先事驱除，以免掣动全局。二十八日遂派总兵陶茂森军出击，于富庄“纵横蹴踏，歼殪甚多”，于炭渚“毙贼百余名，生擒十名，讯明正法”。
十一月间，当句容太平军再次来攻时，冯子材指挥镇江守军与之反复鏖战。《镇江剿平粤匪记》记称：十一月，时贼分党东西窥我，我军平谏壁贼垒，进而南攻句容、宝堰、白兔诸贼，自上塘乘胜而前，贼众大溃。丹阳城贼复至，纠党二万余，距城五六十里，连村筑屯。大败之，追至陴城，至是东路贼屯悉平。时重贼尚集西南，子材恐深入被乘，谋俟近犯击之，檄诸将勒兵还，上以进止合宜嘉勉之。冯子材奏称：十一月初八至二十三日，丹句各巢逆党大股下窜，先后派拨马步官军分投迎剿。初八，因太平军到谏壁，在镇防之东，当派副将田宗扬、周伯云，游击关松志各带得力马队分三路东剿。于谏壁“毙贼约百余人”，于陴城“计毙贼五六百名，馘取逆首百余级”。由于该处外连大江，必应先争驱除，免其滋蔓，十五日再于谏壁作战一次，“阵获匪党二十余名，讯明正法”。十八日在包家窑作战一次，“歼殪共千余名”。“是日收队后，臣等会商，该逆未经大创，其气尚盛，且贼情诡诈，必乘我兵力少休，添党下窜，以图一逞。非痛加剿洗，不足以嶯其狂焰，壮我声威。”又于上塘“计毙贼二三千名，馘取首级七八百副，内有伪副天侯、拦天福等各酋，生擒数十名，坠崖挤涧者无数，夺获旗帜马匹二百余件。”二十二日，太平军昭天义、守王、复王等纠率大股约二万余众，潜窜距镇江六十余里的丁村、薛村、曹家村、古洞岗一带，“自应贾我余勇，乘该逆布置未定，一大创之。”二十三日当派张文德等出战，“是日计杀贼千余名，馘取长发首级三百余颗。内有伪天安、天福、指挥、检点等贼目十余名。”“三战三捷。远近军民争相鼓舞，咸谓自庚申以来未有之捷。”这是镇江守军大部队出击作战之始，不过，其中关于杀敌的数目是否准确，我表示怀疑。
这时，清政府由于知道江浙太平军的实力尚在，而镇江军队面临着“深入贼境，兵少则难于驻足，兵多又无可守城”的困境，怕冯子材贪功冒进，忽略了守卫镇江的任务，以致丢失镇江这个重要的战略要地，反而不希望他轻易出击了，于同治二年正月十五日寄谕提醒他：“镇营以有限之兵，当贼六七万众，其势不可以浪战。该提督等坚守孤城有年，自必洞明形势，嗣后仍当竭力固守。虽贼众纷乘，总示以不可动摇之势，以固要区。”
掌握战争全局态势的清政府的担忧并非毫无道理。
在同治二年正二月，镇江守军在出击中打了一些胜仗。冯子材奏称：二年正月二十一日，派总兵田宗扬、张文德等于上塘古铜岗、薛村两处，斩获数十名，生擒乐天侯李桂芳等五名，讯明正法。二十三日，于马陵生擒太平军检点陆春发等二名正法，馘取耳级十余件。
《镇江剿平粤匪记》记称：二月，太平军怀王周春、章王、卫王，与丹阳贼相应，趋牧马口，连屯十余里，以洋枪队分张两翼，拥护甚坚。大败之，斩句容贼酋伪英王叔效天义陈某，众沮溃，清军蹑到丹阳西门。冯子材奏称：二月初五日，派总兵张文德、陶茂森等出兵于牧马口，“斩馘约以千计，挤桥潦溺者无算”。至薛村，“共约毙贼二千有奇，馘取长发耳级四百余副，内伪职来天安、检点二名”。并准备乘胜大举进攻，“宜出其不意一大创之”。初七日，于柏林村、丰村，阵斩英王陈玉成之叔效天义陈逆，伪天安、福、义、检点数十名，共计馘取逆首五六百级，歼毙无算，清军追击直抵丹阳。远近军民皆谓：自庚申至今，官兵不抵城下者业已四年，有此军威，益足以固我藩篱。其中，数天之内，歼敌数成千上万，数目是否准确，我表示怀疑。以后冯子材的军报中提到的杀敌数目多有同样的情况，就不一一指出了。
但是，在三月，当太平军侍王、怀王、章王等由西南，常州护王会同浦王、志王等众由东路陴城一带，步步进逼来攻镇江时，敌众我寡，冯子材只得又转入全面防守，以出击为辅了：“当以贼众剽悍，其气正锐，利在速战，宜坚壁以老之。”令镇将部勒士卒，更番出哨，太平军由何路来犯，即以何营迎击，何营策应，其余不动声色，戒严持满。各守营墙，并于山峰重复处所，多树旗帜，往来举火，太平军未测我军虚实，连日匿不敢出。他奏报清政府：伏查此次各路太平军同时并注内犯，镇防官军地蹙力单，势断不能浪战。“臣等相度情形，惟有坚守为主，以战为辅，水陆布置，先自立于不败之地，使之无隙可乘。凡贼至十数里内，则以轻骑出击，因利乘便，伺间用奇，使彼常劳而我常逸。贼旁无所掠，进无可逞，粮尽力乏，或亦未能久持。”但一有机会，冯子材仍会布置部下反击太平军。如在初五日派总兵张文德等出击上塘，毙敌约千余名，馘取耳级一百五十余。四月，冯子材上奏《截剿窜逆蹋平贼垒附近一律肃清折》，报告三月份战绩称：三月十一日于站岗、官庄馘取二三百级，伤毙及淹者不下千余名，东路贼退。至十六日由站岗、侯庄击退西路，“毙逆无算，斩馘五十余级”。并总结一年的战绩称：一岁以来，迎剿悍贼，大小数十百战，焚巢蹋垒，馘丑歼渠。故东、西、南附近各路，贼虽出没靡常，迄今未长驱深入。
四月，冯子材又奏：面对强大的太平军，“惟有密派马步于近城十余里内分投设伏，一面闭关坚壁，静以致之。贼见官兵不出，势必离巢掠食，待其逼近，然后夹击分抄，出奇制胜。彼进无可掠，退无可食，断难日久相持。”即改大举出击为有限出击了，但这种态度已经比前一阶段全不出击积极多了。四月十八日，冯子材亲督各营统领驰赴丹徒，在猪婆湾与太平军自辰至酉鏖战六时之久，“贼大溃，尸藉溪堑中几满，歼殪尤多。”二十日，在江边开炮轰击，毙逆多名。二十一、二等日，由越河、谏壁以迄马陵，沿村搜捕，不留遗孽。
五月，清军已合围南京，其他各处的清军也是捷报频传，太平军的颓势已经十分明显，冯子材也按捺不住了，向清政府上奏《派兵进剿丹阳商办情形折》，提出了出击规取丹阳的计划：“臣等会商，金陵合围之后，势必号召援贼亟图一逞，正宜因利乘便，相机进剿以牵缀之。且逆情既蹙，难保不铤而走险，为围魏救赵之计。尤应节节扫荡，得寸则寸，庶杜奔逸而壮声威。惟核计在防兵勇万人，以留守进攻，稍形单薄。”准备派出三拨兵马，“步步进逼，设法攻搗沿途贼垒，以次规取丹阳。”
但清政府却担心只有万人上下的镇江军队出动主力出击丹阳后，留下保卫镇江城的部队会十分单薄，一旦太平军乘虚来攻，将无力兼顾。因此，于六月有旨答复冯子材，驳回他的出击丹阳计划：“镇防数止万人，战守颇形单薄。刻下南北两岸官军连营进逼，难保该逆不乘间挺走，窥伺镇防。冯等务当妥筹战守，加意防范，勿稍大意。”冯子材只得遵命：“仰见我皇上垂念兵单力薄，指示多方，并于力图进取之中，仍以轻率贪功为戒。其由马陵进攻丹阳，尤当谋出万全，不可轻率贪功，致有挫失。”但仍表示了保留的态度：“镇防东西南三面皆为贼境，距丹句各城，远或百余里，近亦六七十里，一经进剿，必得滚营联扎，自相贯力，方不致为彼所乘。当此军务转机，声威大振之时，但可进尺，不宜退寸。”
冯子材同时还将他的出击丹阳计划请示顶头上司曾国藩，曾国藩也驳回了他的意见，要求镇江军队只作牵制之师而非主攻之师：“前接钦差大臣曾函复：金陵官军长围未合，目前镇防紧要，不宜分兵远出。应随时相机进剿丹阳各贼，以牵制之，仍可进退裕如等语。臣等惟有遵照指示，以坚守为主，而以更番出击，牵缀贼势，使之无暇分援他处，即以固我要防，酌量进止。”
后来，方德骥在《军牍汇存》的序言中谈当时的情况称：“迨至壬戌、癸亥间，东南诸道大举，贼稍稍衰蹙，论者争献进攻之策，公独以为兵力单薄，悬军深入，一击不中，损国威而沮士气，非计之善。但敕诸军严斥候，勤哨探，务先不可胜以待可胜，于此服公审势之明。”说冯子材反对镇江守军主动出击太平军，并不符合事实。
《冯子材传》记称：“惟子材夙抱外为国家捍敌患，内为地方靖匪氛，而金陵之敌与伏莽殊，不愿争功，仅以守陴卫民为誓，迭与曾督师国藩咨商，只任牵制敌势，不任分兵攻取。先后奏报之言曰：以有限之兵，孤守坚城，其势不可浪战，敌虽纷乘，总示以不可动摇之势。又曰：形势单薄，不轻贪功以招挫失。清廷谕答亦曰：该督不以浪战为能，以逸待劳，先为不可胜，所筹尚属周妥。故除充王、护王等大举来扑，为竟日守御战以外，未尝轻于逞锋。”
其实，冯子材当时受传统思想的影响，将清政府看成是国家、政府、民族和人民的代表和化身，而对清政府抱有一忱愚忠，根本不会同情太平军这些反政府的武装和行为。更何况在与太平军战争的岁月，如守镇江的时候，他不打败太平军，太平军就会反过来打败他，到时玉石俱焚，就不能说同情太平军就会有生路。事实是冯子材曾多次要求出击太平军，倒是被清政府及其顶头上司曾国藩制止。《军牍汇存》序言和《冯子材传》将清政府及曾国藩制止冯子材出击太平军要求的说词，说成是冯子材自己的思想，就完全歪曲颠倒了事实。
在朝廷和上司都表示反对的情况下，冯子材只得收敛他的雀跃心情，虽然仍多次派兵迎战进攻镇江外围的太平军。如七月二十五日，与来犯的太平军忠王、兑王、护王等部大战于镇江东南的五峰口、三里岗；西南的观音山、竹林寺一带。“贼大溃，自相蹂践，挤崖落涧者不计其数。”“歼贼约以千计”，并有伪安福等数名。二十八日于博洛水湖、马陵歼殪约数百名，生擒十余名，分别讯明正法。但进攻的势头明显缓了下来，并且于战胜后即退回镇江。八月，冯子材曾有奏汇报所以取守势的原因称：“查镇防近接丹阳未及百里，当此上游扫荡，群凶震慑之时，正宜乘我军威，用资犄角。连日挑派马步，更番哨击，拟先将沿途贼垒设法翦除，仍伺贼踪所向，分兵进扎新丰，方不致腹背受敌。”“故自夏秋以来，部下文武每以进兵丹、句为请，臣等则以为贼势愈蹙，我兵举动尤当谋出万全，未可虚张进取之名，转贻根本之患。”
清政府和曾国藩这些估计并不是过虑的。当清军夺取苏州、无锡等太平军重要据点后，数以万计、十万计的败溃太平军退到丹阳、句容，对镇江的压力就增大了。冯子材现在对战事已经逐渐有了信心，他上奏分析形势称：“盖此时奔逸之贼利在速战，势在分驱，一击不中，其气自夺。为今之计，惟有贼分我合，贼动我静，随宜战守，庶无震撼之虞。”清政府则批示他：即着督饬在防各军实力扼守，以静待动，以逸待劳，庶战守皆有把握，不致为穷寇所乘。
《镇江剿平粤匪记》记镇江清军不断出击太平军称：十一月，于马陵斩句容贼首岗天义黄义。冯子材奏称：同治二年十一月，知太平军来袭，当派总兵张文德统马步兵勇八千，以副将刁经明、杨青山、沈萃钿，记名总兵林从太等辅之，于十一月十八九日先后移营进扎距离镇江十五里的甘棠桥。另派总兵田宗扬、陶茂林、副将周伯云等挑派得力马步，预备策应，二十日打退太平军几千人的进攻。二十一日，太平军陈酋率四伪王大股万余，三路分窜扑营甚急，于甘棠桥大战，日约计毙贼千余，馘首百余级。但清军也伤亡了都司古龙光、游击李士喜等将。二十二日又战于甘棠桥，共缴首级五六百副，夺获旗帜枪械马匹尤多，讯据逃出难民供称毙贼实有二三千，这可能是镇江守军与太平军的又一次激战。清政府闻奏后，指出此役：“虽经各营将士奋力击退，而官军伤亡不少。”要他“总须自行扎稳，先为不可胜以待敌之可胜。”冯子材也只好吩咐将士“深沟高垒，慎固根本，以防该逆乘虚冲突。”
十二月二十四日，冯子材派总兵张文德商同副将杨青山，挑拨制、复、建、树四营奋勇，随带投诚人等进攻丹阳城西龙村善桥太平军营卡。守军仓促不暇迎拒，砍取首级数十颗，歼毙三四百名，余皆遁窜，搜获旗械多件，生擒天义洪升、沈必祥、周大鹏等三名讯明正法，当将附近贼卡蹋平而返。
总之，在这一阶段，虽然经过冯子材的有效整顿，镇江守军的战斗力已经恢复并大幅度提高，但其邻近丹阳、句容的太平军的力量还很强大，因此，冯子材虽有出击计划，但一方面太平军的势力还非镇江守军可敌，另一方面则是清政府及曾国藩的反对，所以，冯子材基本是根据敌我力量的对比来制订灵活的战略战术，即敌我力量相当或敌弱我强时，则主动出击；而对方力量太大，明显是敌强我弱时，则以防守为主。但与前段情况相比，这种防守已是主动进攻中的积极防守，而非前一段只能待敌来攻的消极防守可比。
第三阶段是在形势完全有利于镇江守军后，清政府才于同治二年十二月初三日有旨，指示冯子材可以考虑出击太平军了：“如常州得手，即酌量会合沪军相机进取丹阳。总须自行扎稳，先为不可胜，以待敌之可胜。”这种“先为不可胜，以待敌之可胜”的战略思想，乃出自《孙子兵法.形篇》，意思是作战前要先巩固己方阵地，立于不败之地，然后等待对方露出破绽后，再对敌发动攻击。同治三年正月又有旨：着相机会同曾国荃、李鸿章各军联络进取，共奏朕功，以副委任。并多次指示扬州清军派兵援应镇江，如在同治二年十二月，从江北增兵游击郑启贵所率忠新勇两千人助守镇江，并派总兵詹启纶渡江与冯子材会筹一切。
于是，冯子材在同治二年十二月的《官军攻毁丹阳逆卡折》中奏称：侦知丹阳太平军主力上援常州后，“臣等督饬总兵张文德轮派马步更番哨击，早晚多张旗鼓，声言大举以惊扰之。一面刊发手示，劝谕胁从头目及时反正，并多遣间谍赉带免死牌照，分赴城乡，设法解散，俾逆党自相疑贰，以图剿抚兼行。”冯子材已经掌握镇江战场上的主动权，可以对邻近的太平军采取完全的攻势了。
同治三年二月十六日，镇江守军直取白兔镇，追斩数百名太平军，又于丁村殪敌数十名。二十一日，马陵一战取胜后，追抵丹阳，与丹阳太平军头领陈聚成激战，馘取贼首四五百。二十二日与博洛太平军鏖战，博洛太平军缚献王王文发开垒乞降，讯明枭示。
三月初六日，镇江守军两路进攻，与鲍超军夹击句容县城。事成后，冯子材于三月的《亲赴前敌布置折》称：“查金邑既下，丹阳各逆闻风丧胆，亟应乘机规复，以赴事机。”准备全力进攻太平军的重要根据地丹阳。
丹阳距镇江不到百里，在战国时期为昊国的云阳邑，秦统一天下后，实行郡县制，改云阳邑置云阳县，不久更名为曲阿县。新莽时改为凤美县，东汉初复名曲阿县。三国吴时改为云阳县，晋时复名曲阿县。唐天宝时改润州为丹阳郡，曲阿县为丹阳县，属丹阳郡。乾元时改丹阳郡为润州，丹阳县属润州。后经历朝，丹阳均属镇江。这时的丹阳已成为江浙太平军在不断遭到失败后，暂时喘息和收集溃散的一个重要据点，具有重大的战略意义，守将为英王叔然王陈时永。四月，清政府有旨指出：“伪英王叔负固丹阳，意在与金陵、常州相为犄角，牵制我军，而句容、金坛余党及常州西门击败悍贼五六千人屯聚于斗城东南门外，并据降贼头目等供：将来金凌、常州如实不能支持，亦必麇聚于丹阳，并力出窜，是丹阳一城为该逆必争之地。”
从三月初八、九等日起，冯子材派部将张文德等率镇江守军主力一万五六千名，分东北、西南两路进攻丹阳，二十一日并亲赴前敌指挥。时丹阳附近的金坛已被鲍超军攻下，丹阳守军闻风丧胆，已无斗志，“自三月下旬至四月初，西门各营更番换队，明攻暗袭，杀贼无虑千百。”经过足足一个月的战斗后，镇江守军于四月初八日攻克丹阳。“初八日酉刻，张文德派副将杨青山、关松志、已革副将陈步高等为中路，副将汪柱元，参将李耀光，游击滕代伦，都司田国珍为左路，参将霍名升，游击江有贵、杜日新，都司李元顺等为右路，各带奋勇步队梯攻西南两门。……布置既定，张文德督率选锋直抵城下，传令诸军贾勇先登，该逆了见即纠率大股凭巢抗拒，枪炮火弹密如雨注，官军前队受伤数十人。杨青山等奋不顾身，指麾将士有进无退，从炮火中填濠而进，施放喷筒、火箭，将城上更楼哨台轰毁数处，烟焰蔽天，守垛之贼歼殪无数，官军肉薄登城，斩关直入。”冯子材向清政府报捷称：城破时，“伪然王陈时永被创倒地，立枭其首。杜玉成等亦将（来王）赖桂芳擒缚，并阵斩伪广王李恺顺、伪烈王金友顺、伪梁王凌郭钩、伪邹王周林保，以及义、安、福、燕、预等大小头目百余名。”“来王赖桂芳查赖逆系逆贼洪秀全妻弟，久著凶顽，罪大恶极，立即凌迟处死，与陈逆首级一并竿示。”这也许是镇江守军杀戮太平军最凶狠的一次。
战后，冯子材总结自己督守镇江以来的战事称：伏查镇江一军，自咸丰十年苏常沦陷，贼势大张，其时国门以外，尺寸皆危。我有糗粮乏绝，甲仗雕残，以饥疲垂绝之军，当横溢无前之寇，中间大股悍贼并力围城者五，东西南各巢匪党无岁不至城下。
听到捷报之初，清政府于四月十七日有谕：以江苏克复丹阳县城出力，提督冯子材得旨嘉奖，赏穿黄马褂。黄马褂是因特殊功勋而得到的奖赏，在清初时十分珍贵，到清末时已十分平常了。六月二十九日又有旨：广西提督冯子材督办镇江军务，数年以来固守名城，着加恩赏给骑都尉世职。冯子材郑重其事地于七月上了《恭谢天恩折》：
伏念潢池孽煽，薄海军兴，逞毒甫而九寓尘飞，稽天讨而三朝日昃。名城负固，既蜂团蚁结之弥坚；逆焰侜张，益豕突狼奔之未已。民倒悬者数千里，士暴露者十二年，诚彝夏之同仇，亦古今所罕见。我皇上殷忧启运，肇造同符，炳成谟而允迪前光，奉慈训亲颁方略。推枰决策，潜消太白之芒；援铖专征，大合飞黄之队。将相戮力，师克在和；神人勰谋，乱庶遄止。夏禹奠山川而底绩，大功爱属庚辰；周宜平江汉以中兴，元会再逢甲子。东南略定，圣武维扬；中外欢呼，罪人斯得。四海全销腥秽，纾两宫宵旰之劳；三年竟克鬼方，慰先帝弥留之憾。
于是剖符定策，锡命酬庸；告成社稷之功，论次公侯之赉。大封殿上，期永誓以河山；旁暨行间，俾群沾夫雨露。臣爪牙忝附，犄角终虚；前兹悻捷丹城，被服灿中央之色；此日光分紫阁，殊恩叨世及之荣。在朝廷固微末之不遗，而自揣实纤毫之未逮；荷天锡宠，伏地滋惭。臣惟有勉策桑榆，益输葵霍，告诸父老，喜三江永息干戈；传之子孙，愿百世长依日月。所有臣感幸惶悚下忧，理合缮折叩谢。
按清朝的爵位制度，功臣世爵分为二十七等：公，分一等公至三等公三等；侯，分一等侯兼一云骑尉，及一等侯至三等侯四等；伯，分一等伯兼一云骑尉，及一等伯至三等伯四等；子，分一等子兼一云骑尉，及一等子至三等子四等，正一品；男，分一等男兼一云骑尉，及一等男至三等男四等，正二品；轻车都尉，分一等轻车都尉兼一云骑尉，及一等轻车都尉至三等轻车都尉四等，正三品；骑都尉，分骑都尉兼一云骑尉及骑都尉二等，正四品；云骑尉，正五品；恩骑尉，正七品。冯子材所获“骑都尉世职”，只是二十七等爵中的倒数第三等，每年可支俸银105两。与因最终消灭太平军而同时获得各种封爵的湘淮军诸将帅，及其前任上司向荣、和春、张国梁所获奖赏相比，冯子材所获的黄马褂和骑都尉世职算是十分微薄的。以后他在广西指挥作战，部下将士只要在一个小小的战斗中取胜，都可以获得这样的奖赏，可见清政府并不认为只固守镇江一城的冯子材立了何等大功，这也恰好证明了，在与太平军的作战中，冯子材的表现并不十分卖力。不过，冯子材却因此成为与湘淮军诸将帅并肩的“中兴功臣”、“中兴宿将”，以致朝廷和一般督抚官员遇事都要让他三分，他后来在与腐败官员的斗争中虽然屡屡与顶头上司广西巡抚、两广总督等龃龉却不被轻易撼倒，而得任实缺提督三十多年之久，也与他的这种特殊身份有关。并随着岁月的流逝和湘淮军诸将帅如曾国藩、左宗棠、李鸿章等人的不断死去而越发显得珍贵，特别是在新世纪来临时，就几乎已是硕果仅存的三朝元老，地位就更特殊了。
在主持镇江攻防战的过程中，冯子材完成了被动地听从他人指挥的偏裨之将到独立指挥、独当一面的主帅的角色转换，并形成了自己指挥战事特别是防御战的一些重要战略战术，为日后应用于治理三省边疆危机和抵抗外侵战争奠定了基础。这些战略战术有：
一、客观地分析敌我力量对比，特别是在强敌面前，做到不怯敌但也不轻敌、不冒进。我们在前面看到，冯子材在开始时并不能够做到这一点，而是在清政府和曾国藩的多次指导下逐渐形成的。这种战略战术思想的形成，对提高冯子材的军事素质有着重要的意义。
二、集中使用兵力。冯子材在镇江时，自己直接掌握的嫡系军队为20营约一万人，加上镇江地方军队、旗兵、降众，及江北不时派来的数千援兵，总数约在二万人上下，与对敌的太平军相比，不占优势，冯子材基本在每次作战都能集中兵力使用。具体作战时虽然是分梯队进行，但保证在军情需要时能及时派出援军。以后，集中使用兵力就成为冯子材指挥作战的主要特点。
三、在面对强大的对手时，先要整顿好自己的队伍，特别是整顿好派系众多、未能协调行动的乌合之众，使之成为一支听指挥能战斗的精兵强将。还运用各种奖惩手段来调动将士的积极性，集中一切力量对敌作战，并已初步形成挑选将领的原则。
四、在进行防御战时，要首先巩固自己的阵地，先为己之不可胜，以待敌之可胜，而绝不因为战斗的流动性而忽略阵地特别是镇江城的巩固。这样，即使在某次交战中失利，也可以有退守之地，而不致像江南大营那样全军溃败。特别是利用镇江依山傍水的地理特点，建立由高低交叉火力构成的立体防御阵地。冯子材于同治元年闰八月奏称：“该逆屡次挫败，又见附城云台、宝盖各山官军营垒精严，未敢近扑。”同治二年七月有奏谈到：“我军除分守云台、宝盖、甘露寺、北固等山”。十月又奏：在派兵出击时，“其余将弁兵勇扼守城垣暨云台、宝盖诸垒，未敢稍有疏虞。”后来，冯子材并将这些战术应用于抗法战争称：“法越之变，诸军屡战屡败，奴才到后，筑墙设备，相持数昼夜，先为不可胜以待敌之可胜，迫其气衰，以数十火枪引击之，四路伏兵突起，敌奔，遂克谅山。”
五、进行防御战时要实行积极防御，即在确定实行整体防御的同时，不排除在条件有利时的局部进攻，或是派小部队出击对手，即所谓的“以战为守，分兵合击”。以求调动对手，掌握战场上的主动权。
此外，还有注意军队的武器装备等问题。
冯子材从镇江攻防战的实践中总结出来的这些战略战术，经过后来赴任广西提督治理边疆危机期间的反复实践和充实提高，在抗法战争中基本得到充分的应用，成为指挥取得镇南关—谅山大捷的重要因素。在反对八国联军的入侵中，冯子材也以此作为鼓舞士气的例子：“回忆法（应为发）逆之变，蹂躏几遍十八行省，所赖老成宿将，死生以之。当其凶焰方盛，穷天下力而莫可如何，及其气衰，则事半而功倍之。然惟一意主战，故卒成中兴盛业。”“回忆发逆之变，蹂躏几遍十八行省，奴才时以孤军扼守镇江，逆酋李秀成有众百万，环攻十八昼夜，诸军死守于风狂雨骤中，无懈可击，卒致力保危城。其时虽有金陵贼垒限于前，苏杭悍酋陷于后，不足畏已！”
方德骥在《军牍汇存》序，总结冯子材守镇江的军事成就称：
京口枕淮扬，襟吴越，自孙吴划江分域，历代因之，为南北重镇。咸丰庚申岁，粤贼躏三吴，陷两浙，大江以南，都邑鱼烂兽械，京口孤悬斗绝，稍一摇足，东南无尺寸地，贼得跨长江以窥中原。
我钦州冯公独身叫呼，徒手支拄，集流亡，龙朽窳，缮治补辑，黾勉战守，滨江瓯脱，岿然独存。天子知公厚重可大用，乃假便宜董一面。崎岖危难之间，受任仓卒之际，自以万里孤臣，适际祸乱，叨窃非分，不惮出死力以卫国家。当其时，南中名盗如李秀成、陈坤书、洪春元、杨辅清辈，驱其党辄数十万，志矜气隆，睥睨凌铄，无月不至城下，至则战，战则败且却，始相戒不敢过雷池一步。在易后之初六，曰系于金尼；而剥之上九，则曰硕果不食。天人消息之机，形势利害之介，千钧一发，危而不亡，用能犄角上游，绸缪根本，因利便而芟群丑，挈疆土以还本朝，宜乎光辅中兴，论功定策，与方召诸贤并辔齐驱。（方召，西周时助宜王中兴之贤臣方叔与召虎的并称，后借指国之重臣。）
盖尝综览京江军事之始终，窃叹公不可及者约数大端：曰守之定，曰持之坚，曰去之决。
提数千颠踏垂毙之师，当百万横溢方张之寇，糗粮乏绝，甲仗抛亡，土著全空，邻援不至，势万万无幸全理，官吏将卒争先献议（移）扼江阴，屯瓜步。公则以为此城不守，长江天险全为贼有，淮南数十州邑藩篱尽撤，天下事岂可复问？于是出万死不顾一生之计，有进尺无退寸，志气慷慨，意思安闲，痛哭登陴，军心大定，于此服公谋国之忠。
军府草创，饷粮中绝，军啼饥而轻去其籍，将懵律而罔恤其民，贼视耽耽，不可终日。公谓：军政不修，无以尝敌；军实不继，无以诘戎。为之简丁壮，并营制，节冗费，核名粮，举十数年颓靡顽梗之习，一扫除更张之，任贤使能，信赏必罚，壁垒既固，屹然长城。迫至壬戌、癸亥间，东南诸道大举，贼稍稍衰蹙，论者争献进攻之策，公独以为兵力单薄，悬军深入，一击不中，损国威而沮士气，非计之善。但敕诸军严斥候，勤哨探，务先不可胜以待可胜，于此服公审势之明。
易曰知机其神乎，诗曰既明且哲，以保其身。公初拔丹阳，即上书当事解兵权，不获。金陵报捷，首拜撤军之疏，而群疑众难，腾口塞胸，公毅然不动，卒之数万健儿怡然就道已。乃蝉蜕权位，亟亟焉，惟恐不速，于此服公学道之纯。尝读汉书冯征西传，史称其谦退不伐，畏远权势。如公者功大而不居其名，谊孤而独行其志，天鉴其忠，人怀其德，可谓无忝家声已。
幕府文字，例由客属草，骥自壬戌（1862）春被公聘，承乏斯役。时军书旁午，日不暇给，每一稿脱，辄付友录其副，岁久排比成帙。虽漫漶芜杂，无当于立言之体，而数年来当局缔构之艰，筹划之苦，与夫尊主庇民，治军御寇之方，悉于是乎！在姑存之以矣。后之言京江军事者，有所考焉。录既竟，为书其梗概如此。
仁和方德骥撰
都启模所作《军牍汇存》序则称：
从来一代之中兴，上焉有圣天子以指其踪，下焉即有大英雄以戡其乱。所以赋六月而兴歌，采芑者著美凤诗，至后世讽咏及之，犹想见其丰功骏烈，鲜不展转而低徊者，自昔且然，而况亲炙大将军之休光懿范者乎！
余向住黔中，久闻粤帅冯公萃亭之名，与其整军经武之事，具古名将丰裁，心窃慕之。嗣于同治辛未仲春得居幕府，从征交南夷逆，犁庭扫穴，大展厥勋，始叹公前此之伟绩奇猷，洵非虚誉也。惟自襄办戎政以来，六载于兹，虽尝与公朝夕聚谈，略知底蕴，而前此行军事绩犹未得见，时觉歉然。
一日者，公手出一集授余，皆载公向日督办京江军务时事，以及迭次钦奉廷寄，属即代为校定，俾以付梓。余始得展读而深异之谓：夫士遭际时艰，则以其平日所学一切制胜攻坚之术，济以精忠百练之心，则其成功于行间者较易。公则未闻习韬钤者始于何年，讲步伐者始于何日，乃其御大敌，决大谋，靡不动与古合，且又能钦承庙算，百不遗一，于以知公之戮力王家，其措施深有出人意表者！
况是时发逆盘踞于金陵，游魂丑类不独狡而且多，兼又犷而且悍，在旁观者莫不以京江一隅势处岌岌矣！而公则从容布置，缮乃甲兵，厉乃矛刃，策将士于饥疲之时，贼至则蹙而歼之，贼去又出偏师以挠之，遂使蠢尔狂徒，不敢越潢池一步，京江数载岿然以安。上以慰宵旰之焦劳，下以登斯民于枉席，岂非公之运筹者远，而所见者独得其大欤！是宜寿之贞珉，泐诸金石，家藏一编，与璠玙而宝贵者也。
维时一切奏疏皆出自观察方君兰搓之手，君已作有军牍汇存一序，意欲弁之简端，但未镌板。是今日者，余可以不待烦言矣！独是此集既将付梓，而朝廷指授之机要，及公心力之经营，前序中间有未备，余岂可自安谫陋，而不承公之意乎！是故分其岁月，编其先后，俾无混淆，以见君臣一德相孚之休，而又知此后亿万年之大业，可以永固于苞桑而弗替矣！
虽然，公之武略固足以垂诸永久，楷模后人，而集中所载捐军饷而广举额一节，又为人之所难得者。迄于今，部中犹常援之以为法，则公之流惠于无穷，似又不仅武功之足尚矣！余故特表而出之，并再序于后云。
时丁丑（光绪三年1877）仲夏天贶节（六月六）之后三日，黔南都启模谨再跋。
战后，冯子材原想保留镇江守军编制，但清政府、曾国藩、李鸿章等都以节饷为名，要裁撤镇江守军，在政治、军事上都没有什么野心的冯子材，十分爽快地遵命裁军。《冯宫保事绩纪实》记称：“旋因江左军务大定，必须凯撤，惟各省积欠之饷共计一百二十余万，而部库十分支绌，公思若待部催饷到，未免过延时日，且朝廷亦难筹此钜款。遂聚部下将弁，告以时事艰难，不忍以镇防欠饷，上廑宵旰，不如全数报效。酌量各营兵勇籍隶某省，分别多寡，恳加举额，于诸君既无大碍，同乡与有荣施，兼得起程迅速。众将闻之，无不欣悦，遂即以事上闻，并声明分起凯旋，各回营籍，随蒙特旨嘉奖，敕部给予额数。于是饬营务处核计每省兵勇若干，每兵勇一名於应得饷项外，另给川资。又每省各派差官一员，备具公文、路票，分道护送，交各该管地方官点收归业，取据回文，旋营销差。各兵勇等举手加额，感公之恩，欢然就道，途中无一逃遁、滋事者。即嗣后每次撤勇，皆照此行，并无他故。”
军队既然已裁掉，冯子材觉得继续留在江南已无意义，于是向清政府请假回籍省墓：“臣自咸丰元年奉调出师，由广西、两楚而至江南，渥荷天恩，备极荣遇，虽捐糜踵顶，何足以仰报生成。惟原籍粤东钦州，僻处海滨，离家十有四年，万里乡关，时萦寤寐。且臣幼而孤露，家本寒微，从前祖父坟茔，皆臣手自经营，不封不树，时胞兄贸易在外，未及躬亲。迄今多历年所，加以风雨摧剥，沙土倾地，几无遗址可寻，屡接家信，寸心如割，只以军务至重，未敢陈情乞假。兹幸江南大定，镇郡撤防，一切应行清理事件均已分别办结，并无经手未完。合无仰恳皇上天恩，俯准赏假三个月，回籍修墓。”清政府于八月二十七日有旨准假：
“冯子材督办镇江军务，数载以来，勤劳懋著。兹因镇郡撤防，奏请回籍省墓，自应俯如所请，俾展孝思，冯子材着赏假三个月，回籍修墓。惟广西现在军务未竣，亟需知兵大员前往，以资得力，冯子材系该省提督，职守不宜久旷，着俟假满后即赴广西提督本任。俟广西余匪肃清，全省平定，再行奏请陛见。”
《冯宫保事绩纪实》载：“时江左有一星士，张姓玉麟，名众，号半仙，推测年庚，其应如响，素与公善，公亦企重之。惟时劝公北上，可得封爵；倘若南旋，不独无大好处，而且是非甚多。”但这时的冯子材仍坚持要回乡，“公念外出多年，且太夫人先茔尚未营葬，倘有不测，纵受公侯之赏，人子问心何安？遂即决计回籍。八月二十七日，奏奉谕旨：赏假三月，回籍修墓，假满即赴新任，钦此。九月初六日，经手事竣，奏报起程，航海回籍。”《冯子材传》则记称冯子材后来后悔参与对太平军作战：“大府催赴广西提督任，子材曰：我本为剿匪出山，以环境所驱，至于濒年内战，损伤民命，实深疚心，幸告段落，不如归与吾乡健者，为国御侮之备也，遂请修墓假。”这段记载则可能把冯子材人为地拔高了，估计冯子材那时候还不可能有这样的思想觉悟。
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