由于当时钦州隶属广东省，广西提督又为两广总督的属下，所以，冯子材在回籍期间，自然要拜访两广当局。这时广东东江地方（即东江流域广州、惠州、东莞等地）发生动乱，当局却无得力部队镇压，两广总督毛鸿宾等遂奏请暂留冯子材在广东督办东江军务。关于此事，湖南湘阴人，在冯子材守镇江时曾任江苏苏松粮道、两淮盐运使，可能在筹饷问题上给过冯子材帮助，时署广东巡抚的郭嵩焘曾有这样的说法：冯子材回籍途中，在路经广州时，以广东籍人加下属的身份拜会了家乡的父母官广东的督抚，从而与郭嵩焘见面。郭嵩焘曾向清政府奏报其对冯子材的印象和请求帮助督办东江军务的经过：“冯子材自江南回粤，臣试与接谈军务，具有条理。其将弁杨（应为黄）武贤、杨青山、湛恩荣，大率朴干椎鲁，深堪倚恃。曾言于前督臣毛鸿宾，以李福泰本非知兵，又素性慈柔，过于粉饰，宜令冯子材接办东江军务。毛鸿宾具奏后，又将卓兴调赴东江，改奏冯子材办理罗定股匪。迫罗定事竣，霆军叛卒适逼乐昌，臣又屡商瑞麟，饬冯子材督办，均未允从。”从郭嵩焘的这些说法中，我们得知，冯子材回乡时，大概有一部分与他一起防守镇江的两广籍将领跟随他南下，如后来在广西军队任职的关松志、吴天兴、杨安龙、唐元芳、陈得贵、李扬才等。其次是署广东巡抚郭嵩焘对冯子材十分热情，评价很高，当时，广东当局正苦于闽浙总督左宗棠将溃逃到福建境内盘踞的太平天国将领李世贤、汪海洋所部余党驱往广东，广东省内只有一支战斗力不强的粤军，眼看无法抵挡。郭嵩焘认为可以借助冯子材剿办东江的动乱，但前后两任两广总督毛鸿宾、瑞麟却不以为然。清政府同意了广东的最初请求，于同治三年十二月二十一日有旨：“冯子材前经请假回籍修墓，曾令其假满后赴广西提督本任。该员久历戎行，深明韬略，广东形势岌岌，自应保卫桑梓，冯子材着暂留广东督办东江军务。”
冯子材于同治四年（1865）二月初九日赴东江，大概还来不及做什么事，约40天后，三月十八日清政府又有旨，准广东督抚咨奏，改让冯子材督办罗定、信宜军务：前谕冯子材督办东江军务，现在（广西）容（县）岑（溪）一带贼势蔓延，冯子材着即驰赴罗信之交，会合西军进规岑容，以期呼应较灵。俟广东、广西交界处所肃清，即行驰回本任。三月二十七日、四月初五日并先后有旨，询问冯子材是否到防及进剿情形。
冯子材可能吸取了在东江未曾做事即被调换的教训，所以行动迅速，在大致相同的时间里，却作出了成绩来。罗定位于广东省的西部，南接高、雷，西通桂、黔、滇，罗定州同广西交界地方，山势险峻，林密竹深，加之道路纵横，自古以来就有盗贼和土匪出没。当地的佳益圩有个绰号叫王狂七的人，集结匪徒，在这里设卡抽税，凡路过者均要按他的要求留下买路的银两，稍有反抗或不从，轻则抢掠财物、遭受皮肉之苦，重则丧命。同时，当地还有一个叫戴永英的人，设立了雷公会，纠合党徒，四出绑票勒赎，弄得人心惶惶，个个自危。州官周士俊到任后，按照“擒贼擒王，各个击破”的方针，先逮捕惩办了会匪数人，又联合官军一起攻打雷公会的老巢，活捉了匪首戴永英。王狂七闻讯后吃惊不小，慌忙派手下爪牙陈两头口纠集岭溪贼匪万余人，在两省交界处筑起堡垒，继续张旗焚掠。广东巡抚郭嵩焘见贼匪日益猖獗，便命周士俊同提督冯子材前往围剿，活捉了陈两头口，然后乘胜追击，直捣王狂七的老窝佳益圩。但是，由于佳益圩地势险要，易守难攻，加之王狂七手下尽为亡命之徒，拼死顽抗，连攻数日也未攻下。就在这时，冯子材接到命令，朝廷催他到广西赴任；同时，军粮又短缺。周士俊知道此次佳益圩虽未攻破，但王狂七元气大伤，若就此罢手，待王狂七羽翼丰满，势必变本加厉，祸患无穷。因此，为了一方百姓，周士俊自筹了10天的军粮，恳请冯子材多留几天，以期将盗匪彻底消灭。冯子材为周士俊的义举所感动，欣然应允，激战了5天，终于攻破贼巢，杀死了匪首王狂七。笼罩在罗定岭溪人民头上的阴云终于消散，当地居民无不拍手称快。《冯宫保事绩纪实》载：时贼首王狂七等占踞信宜，众号十余万，原派官军不敢进击。公所部又仅二千余众，未至以前，茂名绅庶私相议曰：此贼如此之多，区区数千蠃卒，岂敢直接其锋，纵系江南健将，谅无能为役，况能悉数殄灭乎？闻其言者，亦以为是，相与故为笑柄。有将其言告公者，公不与争辩，挥军进取，倍道疾趋，直抵贼巢。时外匪未集，内伙无几，公命将士急击无失，弁勇抛掷药包，刀枪并举，烟焰蔽天，诸贼苍黄无计，往后奔走。我军乘势杀入贼巢，斩擒无算，立将逆首王狂七生擒。遂分兵剿办各股逆党，一月之内踏平加益、排埠，又生擒贼首独角牛、李如娘等正法，信罗一律肃清。捷音至郡，高人莫不骇服。这里所说的“高人”是“高州府人”的省称，而不是我们常说的“高明之人”。清时，高州府管辖茂名、信宜、电白、化州、廉江、吴川六县，信宜即其一，信宜乱，则全府不得安定。现在冯子材能肃清其乱，高州府人自然信服。《冯子材传》载：乙丑，股匪王狂七踞信宜为乱，号十余万。改督罗定、信宜军务，率二千人驰剿，歼擒王狂七及余股独角牛、李八娘等，一月胥平之。同治四年五月十七日有旨：“以广东罗定等处歼擒巨匪，予提督冯子材、总兵官关松志优叙。”《冯宫保事绩纪实》记称：同治五年正月初二日，准署两广部堂瑞咨以殄除信罗巨匪，调度有方，奏请交部从优议叙，给予军功加一级。
这时，冯子材接到广东督抚会咨：以容、岑迭获胜仗，罗定、信宜地面业已肃清。惟广西地方紧要，及一切营伍亟须实任人员督理，应请驰赴广西提督本任，以重职守。接旨后，冯子材先返回钦州，于四月二十九日由钦州经广西之横州、宾州一带陆路，驰赴广西提督驻辕的柳州府，六月二十日到任。
谁知道这一去，冯子材便落入一个与镇江完全不同的政治环境中。在镇江，他虽然名义上还有清政府、曾国藩、李鸿章等上司领导，但在镇江城却处于权力的顶峰，自己的思想意志得到充分的尊重和贯彻。而残酷的战争环境，又使得人们除了争取战争的胜利外，思想相对单纯，贪腐、享乐、钩心斗角等东西还谈不上。但到了和平时期的广西，冯子材不过是两广总督和广西巡抚的高级部下，不仅他的思想和意志要受制于这两个顶头上司，还受制于这两个顶头上司形成的错综复杂的关系网。人与人之间不是可以托生死、共患难的战斗情谊，而是盘根错节的利益网，特别是遇上正在全国政坛崛起和不断扩张地盘的湘淮系势力，就很容易会发生矛盾和斗争。这对长期来生活在相对单纯的军队中的冯子材来说，完全是一个陌生的环境，当他仍以他自己的一贯作风如做事认真，疾恶如仇等来对待妨碍治理边疆危机的人和事时，很快就触动一个个错综复杂的人际关系网，牵一发而动全身，卷入了一场又一场后果和祸福莫测的官场倾轧之中，差点不能全身而退。但是，广西毕竟是一个省，提督所管辖的范围广阔，军事活动和官场交涉的范围远大于镇江区区弹丸之地，治理边疆危机的职责艰巨复杂，也使冯子材能够有机会接触形形式式的各种官员和将领，社会阅历和视野更加开阔，锻炼提高他的政治素质和军事素质，在更高的层次上增长才干，为治理边疆危机和抵御外侮的战争作更多的准备。
按清朝的绿营军制，在每一个省的绿营军队里设有一位最高军事长官提督，据《清史稿.职官志四》载：“提督军务总兵官，从一品，掌巩护疆陲，典领甲兵，节制镇、协、营、汛，课第殿最，以听于总督。”相当于我们今天的省军区司令，除了在行政上管理全省的绿营军队外，治理边疆是其主要职责。各省绿营在军事要地设镇为最高战略单位，设总兵官一员，为一镇的主将，相当于今天的军分区司令。职位在总兵官之下的将官为副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总。标、协、营为绿营营制三大系统，总督、巡抚、提督、总兵官直属的部队叫做标，相应分为四种标兵：督标、抚标、提标、镇标，还有一种军标，是由驻防八旗兵将军直接统辖的绿营兵。由总督、巡抚、提督、总兵直接统辖的为本标，本标驻地较为集中，一般同驻一个城镇或要隘地区。副将直属的部队叫做协，参将、游击、都司、守备直属的部队叫做营，分为城守营和分防营，驻地极为分散，分汛布防。营以下分哨、司，一般来说一哨或一司的长官都领一汛，因此绿营防汛兵实际只分营、汛两级。汛虽是绿营的最基层单位，但有的汛由于汛地宽广，在其下又设若干墩塘小汛或堆汛。督标、抚标的兵力较少，主要是总督、巡抚的护卫部队；提标、镇标的部队相对较多，省内如有军事行动，根据主帅的身份，首先出动的是提标和镇标的部队，所以提标、镇标部队的职能相当于野战军。协兵是协守要地的，营兵防守的只是一城一邑，相当今天的地方军。故兵数以标兵最多，战斗力也最强，协兵次之，营兵又次之。
各省的巡抚，有监视提、镇的职责。在两三个省的巡抚、提督之上又设总督，用来节制每一军区内的巡抚、提督、总兵官。提督要指挥和调动军队，还需要有巡抚、总督或清政府的特别命令才行，否则，他只能呆在提督衙门处理一些日常的行政事务。提督的任职时间及任职年龄都没有限制，因为在清末，外患内乱不断，各地民变蜂起，因而各省提督的一个重要任务就是平定动乱，边疆省份还要抗御可能发生的外侮。能平定动乱和治理边疆危机的提督就可以长期干下去，不能胜任的就要换人。而这些恰恰是冯子材的专长，他之所以得长期任各省提督达三十多年之久，主要就是由于这个原因。
就广西而言，巡抚及提督均设于顺治八年（1651），广西巡抚驻扎在当时的省会桂林府，有同驻桂林府的抚标左、右两营，各设参将、守备1员，千总2员，把总4员共8人，抚标左营兵717人，抚标右营兵723人，共约1450人。
广西提督驻扎柳州府（中法战争后移驻龙州），直辖提标中、左、右、前、后五营，其中中营设参将、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵715人，有永福、鹿寨两个分防汛。左、右营均设游击、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵718人。左营有白沙、严洞、红赖、五部、三都、鸡公山6个分防汛，右营有柳城分防汛。前营设游击、守备各1员，千总2员，把总3员共7人，兵716人，有穿山、锥容两个分防汛。后营设游击、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵716人，有象州分防汛，共约3600人。
广西提督还直辖义宁、平乐、庆远3协，桂林、柳州两个城守营，及永宁、全州、融怀、宾州等4营的军队。
驻扎桂林府龙胜寨的义宁协，设副将1人，辖同驻龙胜的协标左营，设都司1员，千总2员，把总4员共7人，兵473人，有义宁、芙蓉、龙甸、贝子4个分防汛。驻扎广南汛的协标右营，设守备1员，千总2员，把总4员共7人，兵472人，有独车、小江、石村、瓢里4个分防汛，共约1000人。
驻扎平乐府的平乐协，设副将1员，辖同驻平乐府的协标左营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵331名，有恭城、龙虎关、昭平、揽水、莲花5个分防汛；协标右营，设守备、千总各1员，把总2员共4人，兵336人，有永安、修仁、石墙、荔浦、王姚5个分防汛。兼辖驻贺县贺街镇的富贺营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵267人，有龙水、桂岭、富川3个分防汛。驻富川县麦岭乡的麦岭营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵234人，有小水峡、白沙、牛岩3个分防汛，共约1200人。
驻庆远府（今宜山）的庆远协，设副将1人，辖同驻庆远府的协标左营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵549名，有天河、德胜、龙门、邱索、三岔5个分防汛；驻河池的协标右营，设守备、千总各1员，把总3员共5人，兵553人，有六寨、者江、思恩、三厂、白土5个分防汛。兼辖驻上林县三里汛的三里营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵229人，有上林、乔贤、思吉、六便4个分防汛。驻东兰州的东兰营，设守备、千总、把总各1员共3人，兵195人，无分防汛，共约1600人。
驻桂林府的桂林城守营，设游击、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵844人，有两江堡、阳朔、阳朔水3个分防汛。
驻柳州府的柳州城守营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵326人，无分防汛。
驻永宁州（今永福）的永宁营，设守备、千总、把总各1员共3人，兵380人，有安良、屯秋、常安隘3个分防汛。
驻全州城的全州营，设参将、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵648人，有黄沙河、西延大埠头、兴安、沐水隘、灵川、灌阳、巨岩、八十里山隘8个分防汛。
驻怀远（今三江）县城的融怀营，设参将、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵711人，有沈口、石碑、融县、罗城、通道5个分防汛。
驻宾州（今宾阳）城的宾州营，设参将、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵667人，有安城、平安、党村、迁江、洛峒、来宾、北泗7个分防汛。
以上冯子材直辖的各部军队总数约万余人。
冯子材任广西提督时，广西全省设左江、右江两个镇，中法战争后，于光绪十二年增设柳庆镇，那已是后话了。
左江镇驻扎南宁府，直辖镇标中、左、右3营，兼辖梧州、浔州、新太3协及南宁城守、郁林、上思、怀集4营。
驻南宁府的左江镇，设总兵1员。直辖同驻南宁府的镇标中营，设游击、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵673人，有三江口、永淳、标岭3个分防汛。镇标左营，设都司、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵674人，有隆安分防汛。镇标右营，设都司、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵674人，有八尺江、新宁两个分防汛，共约2000人。
另辖驻梧州府的梧州协，设副将1人。辖同驻梧州的协标左营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵380人，有藤县、容县、岑溪3个分防汛。协标右营，设守备、千总各1员，把总2员共4人，兵381人，无分防汛，共约760人。
驻浔州府（今桂平）的浔州协，设副将1人。辖同驻浔州府的协标左营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵480人，有平南、武宣两个分防汛。协标右营，设守备、千总各1员，把总2员共4人，兵483人，有贵县、覃塘、五山3个分防汛，共约1000人。
驻太平府（今崇左市）的新太协，设副将1人。辖驻崇善县的协标左营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵558人，有永康、左州、养利3个分防汛。驻明江汛的协标右营，设守备、千总各1员，把总2员共4人，兵637人，有虎山、宁明、风门岭、海渊4个分防汛。兼辖驻思明土州（今宁明）的馗纛营，设都司、千总、把总各1员共3人，兵403人，有南关、由村隘、罗隘3个分防汛。驻龙州的龙凭营，设都司、千总、把总各1员共3人，兵404人，有平而关、水口关、上龙土司3个分防汛，共约2000人。
驻南宁府的南宁城守营，设都司1员、千总2员，把总4员共7人，兵649人，有横州、那晓、宣宾陆路3个分防汛。
驻郁林州（今玉林市）的郁林营，设参将、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵620人，有博白、北流、陆川、兴业4个分防汛。
驻上思州的上思营，设都司、千总各1员共2人，兵199人，无分防汛。
驻怀集县（今属广东省）的怀集营，设守备、千总、把总各1员共3人，兵229人，有朋岗、冷水、东龙门3个分防汛。
右江镇驻百色城，直辖镇标中、左、右三营，兼辖镇安协及思恩、隆林、上林3营。
驻百色城的右江镇，设总兵1员。直辖同驻百色城的镇标中营，设游击、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵500人，有田州、平马、逻村3个分防汛。镇标左营设都司、守备各1员，千总2员，把总3员共7人，兵507人，有皈乐、逻里两个分防汛。驻泗城府（今凌云）的镇标右营，设游击、守备各1员，千总2员，把总4员共8人，兵603人，有长隘、马域隘、百乐隘、百莫隧、平蜡5个分防汛，共约1600人。
兼辖驻归顺州（今靖西）的镇安协，设副将1人。直辖同驻归顺州的协标左营，设都司、千总各1员，把总2员共4人，兵363人，有奉议、陇邦两个分防汛。驻小镇安厅的协标右营，设守备、千总各1员，把总3员共5人，兵415人，有镇安、向武两个分防汛，共约800人。
驻武缘县的思恩营，设游击、守备、千总各1员，把总2员共5人，兵500人，有思恩、丹良两个分防汛。
驻西隆州八达镇的隆林营，设游击、守备各1员、千总2员，把总4员共8人，兵678人，有里仁、旧州、水静、古障4个分防汛。
驻西林县城的上林营，设都司、千总、把总各1员共3人，兵263人，有路程、八柴、周马、八盘4个分防汛。
以上各部军队亦有万余人，广西绿营军队总数约二万余人。此外，广西还有一些各省来援的客军如入桂追剿太平军的湘军等，也有一定的数目。
冯子材是在一个十分困难的历史时期赴任广西提督的。
首先是当时广西的吏治败坏。在太平天国起义爆发后，由顺天府尹擢任广西巡抚的邹鸣鹤在上任伊始，就曾向清政府奏报广西的吏治情形称：“广西民贫地瘠，官斯土者，率诿于边荒，困苦异常，因而相率苟安，不思振作。然总由历任大吏因循粉饰，不能实力整顿，以至积弊日深。”
同治十年，清政府任革职直隶总督刘长佑为广西巡抚，有旨特别指示他整顿广西的吏治：“粤西久遭兵燹，地瘠民贫，年来吏治废弛，地方官复狃于积习，一味因循，必须封疆大吏整躬率属，破除情面，随时大加惩创，方足以挽颓风。”
当然，一般谈吏治指的多是文官，但一省之中，文官的吏治坏了，自然就会在各方面影响到武将，因而武将的吏治情形也不会好到那里去。冯子材在同治六年底上奏的《粤西军务疲玩，请严申纪律片》，就指出广西军队系统存在的严重问题：粤西股匪林立，官军进剿经年累月未能一律肃清者，皆由于（军营）赏罚不行之故。统计粤西兵勇不下数十营，勇额亦数万众，绳以军律，久不知为何物！其敢于以身试法者，非不畏法，而幸法之可逃，积幸生玩，积玩生骄，悍将以挟制为护身之符，疲卒以失律为寻常之事。粤西军营员弁习惯成疲，执法大员往往为所转移，圆融回护，亦不自觉，是玩寇骄兵，老师縻饷，莫非军令不行，及军令不能即行所致！而在同治六年下半年，就连续发生了正在太平府追剿吴亚终的总兵李士恩部下一个叫韦日新的哨长，因“侵蚀银两，胆敢挟嫌将（营官游击）罗合盛刺杀，密令叛党勾贼应援”；以及副将何元凤不遵将令，弃主帅于危险而不顾的严重事件，可见，广西军营的吏治败坏情形也十分严重。
广西官场吏治败坏，自然会给冯子材治理边疆危机的事业带来许多阻力，是冯子材面临的第一个难题。
当时广西军队大致可以分为三部分：绿营、团练、援桂楚军。
团练是由地方绅士因追剿反政府武装需要而组织筹办的武装，属于民兵性质，战斗力当然是很有限的。咸丰四年四月，广西提督惠庆奏报广西军事情形称：“广西团练日坏，以致盗匪日多。”得旨，所奏皆系真情，堪为浩叹。各省团练勇懦不一，然尚不至若广西之败坏已极，变态百出。广西巡抚苏凤文则在同治七年（1868）指出：“自咸丰初年以来，粤西寇盗充斥，官军剿办力有不继，经前升抚臣劳崇光奏明，饬属举办团练自卫乡闾，仍听地方官调度。嗣大军四路征剿，勘定各股贼匪，间亦赖乡团协助之力。在端绅正士深明大义，但知同仇敌忾，未尝假公营私。而不肖之徒遂有藉此苛派入己，欺压乡愚，甚至私设刑具，拘押平民，报复私仇，交通贼匪，抗官藐法，靡所不为。”
楚军亦即湘军，是咸丰年间刘长佑率楚军追剿太平天国翼王石达开时带来广西的，后来由于追剿的需要就留在广西。湘军体系属于临时招募的勇营，而非常设的经制军队。这支军队的战斗力较广西绿营要强，同治七年，广西巡抚苏凤文指出：“各处军务用勇多而用兵少，则又因兵多衰弱，不如勇之精强。”但也有弊病，“况用勇不过取其冲锋陷阵，其实无纪律者居多，平日约束既难，撤散又多流弊。”而且它自成系统，广西地方将帅没有特别的授权不能随意调遣，即使有特别的授权也不一定能指挥动它，楚军副将何元凤不遵冯子材将令即是一例。
冯子材真正能够指挥自如的就是广西的绿营军队，即我们通称的桂军。但这些桂军也存在着严重的问题，这主要包括士兵的饷项和军队的装备两方面的问题。
广西是个穷省，当兵粮饷菲薄。冯子材曾称：“镇柳营制，每营勇丁四百名，月领饷银八百两。”从前面所列广西绿营各营兵数情况来看，广西的抚标和提标7营都是700多人一营，桂林城守营兵数则超过800人，而镇标各营兵数多近600人，各城守营也近600人，但也有少至200人的营，所以，冯子材所谓“营制四百人”只是一个大概数字。广西绿营兵每兵每月才二两饷银，也有记载称勇丁月饷二两四钱者，平时还不发足，只给一两六钱八分，待到散营时归诸统领。中法战争期间，赴援广西的楚军将领、前福建布政使王德榜曾向左宗棠禀告所见桂军情况称：“每勇月给口粮二两四钱，分统、营官、哨官又层层剥扣，勇夫均有烦言，全无斗志。”无名氏所撰《关外随营笔述》还指出桂军的各级军官扣发士兵军饷的情形：“各勇二月犹未领得去年冬月之饷，统领、营官、哨官层递延搁，不肖营官尚贩冬衣、洋烟、铜钱，折饷发给士卒，高价射利。勇丁糊口犹难，遑云接仗。”这就大伤害了士兵的士气和作战的积极性，“勇之词曰：每月二两四钱，除却米饭，月余数钱洋银，岂真以性命付尔耶！窃维募勇饷廉费省原甚便宜，其如临敌一哄而散何哉！”为了解决士兵的生计，军队允许有办法的士兵兼谋其他职业，以赚取收入贴补家用，这样当然又会影响军队的训练和士气，削弱军队的战斗力。
由于广西经济艰窘，无法购买新式武器，所以桂军的武器装备素来较差，曾任广西巡抚的两广总督张树声曾奏称：桂军“粮饷本薄，军火枪械无新式精利之品，臣每念军士耐苦能战，而饷源艰窘，未能筹置利器，常引以为憾。”并曾电告李鸿章：“粤将尚不知操用洋军火，何论滇、桂？恐各省大率类此。”李鸿章则曾指出：“（广西提督）黄桂兰于新购枪炮，全无探讨。”
所以，在苏凤文奏折中便指出：“臣此次奉命大阅，亲历梧、浔各属，调集（绿营）水陆官兵操演阵式，考校技艺，尚整肃可观。求其实用，亦仅止寻常缉捕巡防，未敢许其能有勇知方，冲锋陷阵也。”广西巡抚庆裕也称：“西省各营兵丁，平时非不操练，只以饷薄兵艰，必听兼谋生计，不能逐日讲求战阵，遂难信其得力。”
广西军队的军事素质低下，如何能把他们带领成一支有战斗力的军队，是冯子材的治理边疆危机过程中面临的第二个难题。
清朝各省军队负有剿匪的责任，而广西由于经济落后，吏治败坏，无法依靠正常的劳动挣得充足生活费用的农民，往往会用群众性反抗的方式来对抗政府，通过暴力来夺取社会财富。旧时代将这种群众性反抗一概称为“匪”、“盗贼”；而在极“左”思潮泛滥时期，则一概称为“农民起义”。但“农民起义”是个褒义词，政治色彩较浓，并不普遍适用于所有的群众性反抗。因为根据其最终目的，历史上的群众性反抗可以分为四类，一类是领导人有明显的政治要求，希望通过起义来达到改朝换代的目的，如秦时的陈胜、吴广起义，清末的太平天国起义等。第二类是因受政府中某些官员的迫害而起而造反的，因此他们的斗争目标往往指向具体的某些官员，而不是反对整个政府，政治目标较为窄小。一旦他们的斗争目标解决了，就往往会失去斗争的意志，而很容易放下武器，接受政府的招安和收编，如梁山好汉“只反贪官，不反皇帝”等。第三类是一般的农民，因天灾人祸，实在无法依靠正常的劳动来维持生活，在最艰难的一段时间内，通过群众性反抗的方式来抗租抗捐，甚至抢掠官府的库藏来取得生活资料。当环境好转时，则马上洗手不干，重作国家顺民的。最次的一类，就是一群不愿依靠诚实的劳动生活，却时刻想着依靠暴力手段抢掠政府或百姓的财富的人，他们占山为王，打家劫舍，这是任何一个时代都称之为盗匪而要加以清剿的人。中华民国时期的东北、山东、湘西、广西都有无数这样的土匪，以致解放初期需要花很大力气进行剿匪战争。所以，我们不能一看到群众性反抗政府的行为，就不分青红皂白一概说成是“农民起义”。
广西爆发太平天国起义，暴露了广西当局统治力量的薄弱，事后，这种情况并未得到根本扭转。后来，冯子材在进行肃清广西边境的战争后，曾将当时边疆各府县官员不愿赴任的情况上奏称：“南、太、泗、镇各府所属地方，僻在偏隅，缺分瘠苦，且多烟瘴，实缺人员往往甘受纠劾，延不赴任。不得已，或以佐杂代理正印，或一人而兼数缺，相沿日久，积习已深，因之地方日形扰乱。”群众性反抗也就在各地一直没有间断过。冯子材在广西时期，全省共设两道十一府，除了位于桂北的省府所在地桂林府和提督所在地柳州府及毗邻的平乐府稍为平靖外，其他（左江、右江）两道（庆远、思恩、梧州、浔州、南宁、太平、泗城、镇安）八府可谓一直是群众性反抗不断。咸丰元年有旨称：“粤西一省，群盗如毛。”同治三年二月有旨指出：“粤西梧州一府，界连东省，壤接浔州，积年兵燹，为寇盗出没之区。”同治七年，苏凤文提到：“粤西构乱多年，边境一带尤为遍地荆榛。”“自咸丰初年以来，粤西寇盗充斥。”光绪二十九年（1903），广西巡抚柯逢时奏：广西地处边陲，实关南疆全局，近年糜烂至此。兵久无功，残贼生灵，为害最酷，广西数十年来，几于无岁无乱，乃至无乱不洗剿村庄，而乱益加。甚至称为“盖附骨之疽，筋肉俱坏；蔓生之草，根株已深，非急切所能程其功也。”
这些群众性反抗的具体情况如何，何为农民起义、何为梁山好汉、何为顺民的暂时性短期行为、何为土匪？因为缺乏充足的资料无法完全了解，我们不能轻易定性。但因为他们都会或长或短或大或小地扰乱当地的社会秩序，破坏正常的生活过程，不会给老百姓带来什么好处却是可以肯定的。如何平定这些动乱，特别是平定政府管理一向薄弱，民族关系复杂，地形气候恶劣，且与邻国交界接壤的边疆地区的动乱，就是冯子材要面对的第三个难题。
能否顺利解决这一系列的问题，对冯子材的政治智慧和军事才能是一个重要的考验。
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