但是，清政府这样急着催促冯子材从广东赴任广西的原因，并不仅是要他只平定柳州一府的动乱，而是有更重要的事情要他做。
自从在咸丰初年爆发太平天国起义后，广西就一直动乱不止，特别是当清政府集中全力对付太平天国，无暇顾及镇压其他地区的局部性小规模的群众性反抗时，一场波及广西边疆、由吴凌云率领的群众性反抗得以乘机蓬勃发展起来。
吴凌云原名吴元清，广西新宁州渠旧乡卢村人，壮族，道光年间新宁州生员。咸丰初年，因纠人结盟拜把，组织反清力量，而被捕入狱。次年，越狱逃出。咸丰二年，吴凌云在新宁州属的东罗圩聚众揭竿反清。附近各地的会党组织大胜堂、得胜堂、广胜堂、勇胜堂等反清组织纷纷起来响应，到东罗与吴凌云会合，势力很快就扩展到相邻的迁隆州、江州（今属崇左市）、养利州（今属大新县），纵横数百里。咸丰三年，又发展到南宁府、太平府等地。第二年，由于得到龙州反清武装的归附，声势更大。咸丰五年，吴凌云不但屡次打败来犯的清军，而且出兵攻下了江州和左州（今属崇左市）。咸丰七年，吴凌云率军攻打新宁州，活捉州官押到东罗圩斩首示众，接着又攻占迁隆州。咸丰十年，吴凌云在攻占养利州后，乘胜挥师攻破了太平府，处死清朝的文武官员，龙州、宁明等地望风归附，至此，吴凌云反清武装的势力已发展到了左、右江流域等边疆地区的主要州县。咸丰十一年元月，吴凌云在太平府称“延陵王”，铸有玉玺，印文为“延凌王玺”，修建宫室，下令蓄发易服，延陵国成为当时广西群众性反清运动的重要地区之一。同治元年五月，清军收复被吴凌云攻占的太平府城。同治二年四月，东罗被清兵攻破，昊凌云战死，其子吴亚终继续领导余众与前来镇压的清军作战。后来，冯子材将吴亚终等战败赶入越南后，招降了约七八千人，曾奏称：“该降人等固多籍隶本省，而湖南、广东居其大半，”成员成分如此复杂，其中可能夹杂有许多太平天国运动失败后的溃军在内。
广西的动乱在不断扩大，而且多发生在边疆地区，很容易会造成独立割据，国家分裂的严重局面。虽然当时广西巡抚张凯嵩亲自主持南宁府那檀、山泽等处的防剿事务，但却进展迟缓，久久不能蒇事，说明当时广西并无平乱的将才，引起了清政府的怀疑和担忧，才从广东调冯子材前往接手。
《清史稿》本传记称：张凯嵩，字云（应为月）卿，湖北江夏人。道光二十五年（1845）进士，任广西即用知县。湘系刘长佑率军入桂后，他跟随刘长佑镇压太平军，以功擢至布政使。同治元年，刘长佑晋两广总督，调直隶总督，他继任广西巡抚。因此，他是湘系在广西的新掌门人。同治三、四年间，“疏陈左右江积匪未清，议三路进兵”。但当他与湘军名将、广西布政使刘坤一等筹划进剿时，刘坤一却擢升江西巡抚而去，张凯嵩手下遂缺少了得力的领兵大员辅佐，防剿事宜迟迟不能蒇事。所以，早在冯子材赴任途中，清政府就已指示两广的督抚，安排冯子材接手张凯嵩主持的那檀、山泽等处的防剿事务，同治四年闰五月初九日有旨：“那檀等处防剿事务如接替无人，即着冯子材前往督办。”六月二十九日又有旨：俟冯子材到后，即着张凯嵩将南宁一军交该提督总统，以一事权。七月二十九日又有旨：冯子材业已抵任，近因贵州黎平、都匀苗匪猖獗，柳庆一带边防亦关紧要，即着张凯嵩传知该提督妥筹防剿，毋稍疏忽。俟黔防稍松，或须该提督移军督办之处，仍着张凯嵩酌量具奏。这就意味着要将柳州以外一些地方的军权交给冯子材统领，赋予治理广西边疆危机的重责。
但张凯嵩却公然搁置清政府的煌煌圣旨，并无特别的防剿任务和军队交给冯子材，所以在赴任后一年半的时间中，冯子材大概都呆在柳州，处理上述提到的寻常事务。收录冯子材赴广西提督任内奏折文稿的《军牍集要》一书，就缺少了同治四年下半年及同治五年全年的记载。张凯嵩这样做大概有两个原因：一是出于派系考虑，因为冯子材系绿营将官，虽然在守镇江时曾隶属曾国藩和李鸿章部下，但他却不属湘淮任何一派，因此，将剿匪的事务交给他，就等于将广西的军权交给他，这会不会有损湘系对广西军政的控制？二是自古以来，官场都有一个潜规则，即官员一离任，其在任内所干的坏事就会暴露无遗。而张凯嵩在指挥剿匪的过程中，干了不少拿不上桌面的事情，如果让冯子材接手，他会不会发现问题并报告清政府，那样的话，问题就大了。也许是出于这些考虑，所以张凯嵩就公然抗旨，将兴冲冲赴任的冯子材投闲置散了将近两年。至于这样做会不会耽搁和妨碍治理边疆危机的大事，他就不考虑了。
其实，当时张凯嵩主持下的广西边疆“剿匪”情况一团糟，后来接替张凯嵩任广西巡抚的苏凤文有奏指出：“臣查南（宁）郡本群寇酿乱之区，前曾窃踞城邑，为患多年。上年捣平山泽巨股，大致粗安，而伏莽尚须厘剔。只因镇安寇警纷纭，大军急于进发，不克久驻南宁，仅留元字数营查办善后。旋因庆远边防紧要，后将元字三营调往协防，以致邕江余孽未能一律肃清。此时太平贼氛滋蔓，若令群起勾结，逞其凶狡之谋，势必重烦兵力。”等到同治六年初，清政府已经看出张凯嵩的间题，就准备以升任云贵总督的方式将他调离广西，让冯子材来承担治理边疆危机的重任。
贵州省的荔波县，地处黔南边陲，东南与广西的环江、南丹县毗邻。咸同年间，原来活动于贵州都江厅（现属三都县都江区）以潘新简等人为首的反清武装起事，发展到荔波县属的九阡等地，并屡次攻占荔波县城和古州厅城，还于同治四年打败前来追剿的张文德部队。同治六年二月，潘新简反清武装杀死代理荔波知县钟毓材，势力发展到邻近的广西南丹县的翁昂等地。二月二十八日，张凯嵩才因要派兵配合贵州省合剿潘新简反清武装，先后派出副将何元凤管带的元字3营，与参将刘玉成所部镇柳1营赴庆远府实力堵御。这个元字营是入桂楚军一支队伍的番号；镇柳营是广西提督直辖的提标各营的总番号，参将是提标中军及中营主官的职衔，中营应该是提标中最精锐的部队。“惟查进兵机宜，须有统师方期事权归一，”才不得不函商冯子材亲往调度。清政府亦于三月十六日批复：“庆远距桂林较远，呼应未能灵便，即着张凯嵩咨令冯子材就近驰赴庆郡，督率调度，以期早行蒇事。”冯子材这才有机会参与广西治理边疆危机的事务。
三月初三日，冯子材随带弁兵50名，从柳州起程，亲督镇柳、元字各营驰赴庆远，开始肃清广西边境的军事行动。当时的庆远府（相当于今河池市）辖宜山、天河（今属罗城县）、思恩（今属环江县）3县，河池、东兰2州，安化（今属环江县）1厅，南丹、那地（今属南丹县）、凤山3土州，忻城1土县，永定（今属宜山县）、永顺正（今属都安县）2长官司，府治在宜山县，地接贵州省，是壮、汉、瑶、仫佬、毛南、苗、侗、水族等8个世居民族聚居的地区。柳州距庆远有300余里路程，从柳州出发，一过三岔镇，便是崇山峻岭的庆远地面。在《庆远、南、太、镇安各边境渐次肃清折》中，冯子材向清政府粗略报告在桂黔边境作战的经过称：到防后，由思恩牛峒分道进兵，攻拔二十峒，立解翁昂、肯巴之围。乘胜跟追，深入其阻，迭克多处苗寨，擒斩苗王姚老敖、元帅姚兰茂等。于四月十四日克复贵州荔波城，五月十二日交由黔军替守。接着，冯子材又回师进剿南丹、东兰等处的反清武装，“亲督镇柳两营，驰回思恩居中调度，派参将刘玉成进剿南丹，攻克花羊、秧哨、大村、拉朝等逆巢，擒斩逆首莫朝元、莫中藩、李拔奇等。游击黄兴仁进剿东兰，攻克廷哄、那亮、干赖、肯纹、高寨等逆巢，擒斩匪首覃太保、罗敬文、覃老来等，池、丹两属肃清。惟东兰边界尚有余匪潜伏，遂饬黄兴仁迅图剿灭，勿留后患。”
《冯宫保事绩纪实》则记载了这次作战的一些细节称：公思所部仅只六营，而元字四营远扎各处，一时难得其力，倘使贼知虚实，得以预备，反为不美。于是虚张告示，督率两营星馳进剿，攻拔十二岗贼卡，力解翁昂、肯巴之围。苗首姚大等故以献粮为名，迳赴营中，公立命斩之，各苗无主，奔逃四散。黔、粤交界，以黎明关为最险，兵至，一鼓拔之，进克板寨、拉竹、水坑、瑶埃、毛难等处苗巢。四月十四日，克复贵州之荔波县城，并收复时来、方村等一十五里。……旋因庆属土匪窃发，回军剿捕肃清。
此时，因为太平府属的反清武装蔓延，南宁地区的反清武装也乘时蠢动，地方政府无法对付。是时张凯嵩已升任云贵总督，继任的广西巡抚苏凤文奏报清政府，从庆远调冯子材到南宁等地督办防剿事宜，并飞咨冯子材“亲督镇柳两营，由忻城一带驰赴左江，专办南（宁）、太（平）军务，各营弁勇悉归调度。惟兵力尚虞不足，臣督同军需局司道赶筹经费，解交该提督就近派员赴广东灵山、钦州等处，添募劲勇，以期便捷。冯子材籍隶广东，选用东勇，更为得心应手。”清政府批复：着冯子材“驰赴左江，专办南、太军务，所有现扎南、太各营弁勇，均归调度。”这里所说的左江，即左江道的简称，辖南宁、太平、浔州三府。而冯子材派回广东灵山、钦州招兵的将领，可能就是跟随他到广西的镇江旧将如关松志、李扬才等，所招各营则仍用冯子材最初带兵时的番号“常胜营”。
九月初一日，冯子材在思恩行营接到苏风文的来咨后，即于十一月初一日行抵太平府城，他派人到灵山、钦州等处添募的常胜军两营，也于初六日从南宁拔营前进，从此，冯子材在广西有了自己的嫡系部队。
同治六年十月，冯子材已从湘军副将何元凤不听命令一事，看出广西军队存在的严重问题，并会影响到他治理边疆危机的大事，因此在指挥作战的同时，曾有函与广西巡抚苏凤文商量，想仿照在镇江时的办法：“请嗣后军令如有失机债事、贪鄙不职之员，文官道府，武职三品以上，先行锁拿，严行参奏。其文员六品，武弁四品以下，立即军前正法，以肃营纪。倘事属可行，请其会奏请旨去后。”即冯子材从严肃军纪出发，想要有不经督抚同意即惩治失机偾事、贪鄙不职的文官四五品道府，武职三品参将以上官员的权力。但苏凤文却不想冯子材有这样大的权力，因而反对，坚持冯子材只能按照规定有“五品以下许会同督抚，以军法从事”的权力：“旋准函覆，谓提督坐名敕书，本已声明武职用兵之际，有临阵退缩，杀良冒功，乘机抢掠，侵饷肥己者，五品以下许会同督抚，以军法从事，毋烦再奏等语。”这样，冯子材只能处理五品以下的武职官，还需事前征求督抚的意见，得到他们同意后才可行使惩罚权。
冯子材无奈，只得单独上奏《粤西军务疲玩，请严申纪律片》，说明事前征求督抚的意见后才可行使对违令将弁惩罚权的弊病，要求清政府赋予他不经广西巡抚同意即处罚违法乱纪部属的权力：“殊不知师出以律，令出惟行。粤西军营员弁习惯成疲，亟应从新整顿，方足以启聋振聩，而军务日有起色。况南、太各郡距省千余里，往返咨商，动稽时日，不肖之员得以乘间备缘，售其肤愬之术，执法大员往往为所转移，圆融回护，亦不自觉。微论往返咨商，法多不行，即法在必行，而停军待办，势将人人观望，推诿不前，是玩寇骄兵，老师靡饷，莫非军令不行，及军令不能即行所致！又何怪贼胆日张，崔苻日起，民生日蹙，而军务日衰也。臣受恩深重，有督师剿匪之责，仰仗天威，于十一月二十五日克复龙州，并分军攻破榄墟、笔村等处积匪巢穴，擒斩首逆翁有林等，当将进兵攻剿情形据实咨商，由抚核明会奏在案。第土匪尚多，类皆穴固巢坚，非军令严明，恐难以激励戎行，而克期蒇事。午夜焦思，不敢自安缄默，玩误因循，致滋咎戾。”
同治七年正月二十二日，清政府有旨批准了冯子材的要求：“冯子材奏：粤西军务疲玩，请严申纪律等语。广西南、太、泗、镇等府属股匪林立，屡经官军进剿，迁延日久，未能一律肃清，皆由带兵各员弁玩法纵贼，糜饷殃民。种种挟制情形，殊堪痛恨。一省如此，恐他省亦所不免，若不申明军律，何以肃法纪而励戎行？嗣后各路统兵大臣暨用兵各省分督、抚，务当力加整顿，正己率属，令在必行。遇有军营带兵之员失机偾事、贪鄙玩误者，文官四、五品，武职三品以上各员，即行严参惩办。其文员六品以下，武弁四品以下，即行奏明，于军前正法，以期迅扫贼氛，拯民水火，毋得视为具文，致干重咎。”
得到这样的批复，冯子材就有了对不服从命令的部下很大的惩罚权。显然，冯子材是将在防守镇江时，用奖惩手段来驾驭军队的做法应用于广西，这也是他收回广西军权的一个重要措施。在这里，显露了冯子材为了治理边疆危机的大事，不惜与上司苏凤文顶撞的行事风格，并开始他以后与其他上司龃龉的历程。
当时的太平府（今崇左市），辖崇善（今属崇左市）1县，左州（今属江州区）、养利（今属大新县）、永康（今属扶绥县）、宁明等4州，明江（今属宁明县）、凭祥、龙州等3厅，太平（今属大新县）、安平（今属大新县）、万承（今属大新县）、茗盈（今属大新县）、全茗（今属大新县）、龙英（今属天等县）、结伦（今属天等县）、结安（今属天等县）、镇远（今属天等县）、都结（今属隆安县）、思陵（今属宁明县）、思州（今属宁明县）、江州（今属江州区）、上下石西州（今属凭祥市）、上下冻州（今属龙州县）等15土州，罗白（今属江州区）、罗阳（今属扶绥县）2土县，及上龙土巡检司（今属龙州县），府治在崇善县，是与越南接壤的边疆地区。居住着壮、汉、瑶、苗、仫佬、水、侗、京、回、满、土家等各族人民，是一个以壮族为主体的多民族聚居地。邓承修在中法战后到广西勘界，曾到过太平府，他在日记中记下了对太平府的印象称：“案太平，古交趾地，汉始属内地。宋立五寨，始有太平之名。明初始建府治，据青连山之阳，丽江旋拆，四交若壶，因号壶城。东、西、南三面皆水，惟北岸山势联络，鸟道蚕丛，民瑶杂处。年间，太守胡某于北门外添筑城垣，接东西二水，号壶关。曾太守云：城中居民，不及三百家，府县俱赁民房，无衙署。”可见当时只是一个偏僻小城。
在太平府，冯子材分析敌情：伏查太平府属地处广西极边，汉土错居，溪洞回环，伏莽素多。啸聚龙州之谢八及榄墟、笔村等股，皆系积年悍匪，相与勾结为患，曾将代理知府杨廷玙困于三堡闸，窥伺郡城，异常凶狡。谢八盘踞龙州窑头等处，附近左州、养利州亦有同党与之呼吸相应，声势相依。但这些动乱武装的军事素质与冯子材所率官军相比，相差太远，因此冯子材是一种以强击弱的态势进军：“必须三路进兵，方足断其声援，制其死命。”经过冯子材的一番部署和战斗，“臣亲督镇柳、常胜三营移师太郡，分兵三路进剿，遏断贼援。”姚茂田一军攻克左州、榄圩，阵斩逆首翁有林等。千总朱鸣笙攻克恩城、笔村匪巢。庆远协副将杨安龙进规龙州，力解三宝闸重围，救出被困文武。复加派参将刘玉成驰往会剿，直捣南街踞逆，擒斩首逆陈七等。挥军追剿，克复下冻土州，分略窑头，殪贼无算。余匪遁入越南，左江军务尚称得手。
战事并蔓延到相邻归顺州和镇安府。归顺州辖镇边县（今属那坡县）、下雷土州（今属大新县）及湖润土巡检司（今属靖西县）、小镇安厅（今属那坡县），州治在计甲（今属靖西县），在明代出过抗倭女英雄瓦氏夫人。镇安府（今属百色市）辖天保县（今属德保县）、奉议州（今属田阳县）及向武（今属天等县）、都康（今属天等县）、上映（今属天等县）3土州，府治设在天保县，两地都是与越南接壤的边疆地区。归顺州和镇安府除汉族外，还居住壮、瑶、苗、回、彝、仡佬等七个少数民族，其中壮族占总人口的大部分。冯子材分析敌情称：以右江归顺为根据地的吴亚终，勾结镇远、上映、向武、下雷各属同党，窜并平马，啸聚感圩，滋扰天保县属下峒一带，镇安运道梗塞。本年正月臣驰抵龙州，相机策应。督令姚茂田进克那你及全茗土州，饬令刘玉成等星驰隆安，先将感圩攻拔，转战四结，会合姚茂田两面兜围，会剿镇远、上映，使该匪回顾巢穴，右江运道甫能通畅。吴逆计穷力绌，率党万余，东窜夷界木马、谅平等处。冯子材收复龙州后，继续派兵追剿，于十二月初五日歼灭笔村黄忠傅，十七、八日歼灭下冻的陈七、黄兰，同治七年二月，肃清龙英、全茗、隆安感墟等地，又转战镇远、上映，疏通右江运道。
《冯宫保事绩纪实》记冯子材指挥作战过程颇多戏剧性细节称：公驰抵南宁后，密檄副将刘玉成、吴天兴、参将黄兴仁等，分带六营弁勇，由间道直趋龙州，两面夹击，刻定时日，期于必捷，以收扼吭之效。公自带标兵弁勇文案人等不及百名，登舟上驶，并先发示谕，沿河张贴，鼓桤而南。左江镇道皆为公危，劝以坐镇宁城，在后调度，不许；又劝以多派兵勇师船，小心护送，亦不纳，但微笑以谢之。及旌旗由江南下，各处贼伙夹岸聚观，见公如此作为，不知虚实，屹不敢动。公不费一枪一炮，在贼窟中穿过十日。十一日内，径抵太平府城，如行坦途，并无一事。该处文武出城迎迓，未敢动问，俟公进入行台，始询部下，此次来太带兵多少？对以不及百人。众皆大惊，且惧贼知公至，来寇郡城，何以抵御？公闻之大笑，使告文武高坐，郡守不必过虑，三日内逆首陈七首级必到，郡城诸公何虑之有？众疑信不定，亦不敢再诘其故。
是日申初，公闻城北隅隐隐有鸣声，初微渐大，继且有呼杀之声，不下数千。问之幕府以及随辕将弁，皆曰不闻。公呼巡捕从登馆后高楼，纵目远眺，但见远山合抱，江水长流，夕阳在山，舟依静渚，四无声息。而其声乃出于附城高阜地中，与到馆时所闻相同。公使人外出问故，父老对曰：“此处为刑人之所，上年逆匪昊凌云父子攻陷郡城，纵贼下乡分投四掠，所得男女皆杀于此，极其惨毒，计以千数，而贼党陈七尤为凶悍。贼退后，此处极晴极雨时往往有哭泣之声，众以积闻，恬不为怪。今大帅到此，复闻其声，且贼首陈七现居龙州，意者冤魂不泯，欲公为彼报仇泄恨乎？不然，何其魂之久聚而不散也！”使人回报，公曰：“我知之矣，所不与尔曹报复者，有如皎日。”并令幕府即备祝文，又命行厨备办祭品，次日亲赴该处致祭，是夜，其声遂息。
及三日之期，文武皆集行辕外堂，共候捷音。起更后，报犹未到，皆以为谬。公曰：“未过今日，尚不可定。”及二更后，外闻人声鼎沸，莫不吃惊，使人往查，始知龙州捷音已至，并解陈七首级前来，众始叹服进贺。公方告以在邕起程时，已经派兵疾由间道袭龙州，所以随行不带多人。而诸贼既见告示，恐有大兵即到，虑难拒敌，又见我从人无几，必有深谋，是以不敢擅动。而陈七远在龙州，以为前敌尚有大股，未必遽能飞渡，是以不作准备。倘不如此作用，我军仅止六营，岂能探虎穴取虎子耶？今龙州既复，我来日即当进发矣，文武各官莫不俯首。次日，公复登舟上驶，进抵双溪，派拨弁兵分投进取，殄除下冻、左州、恩城各属土匪，规克全茗、感墟等处贼巢。
《冯子材传》则记称：至于时来、方村、左右两江积匪，初乘黔乱谋应，至是仍蜂起，邕、太并吃紧。桂抚促回师，先平庆郡南丹之匪。子材赴邕，即发沿河进兵布告，密檄刘玉成等分带六营，间道趋龙州，期会夹击巨股陈七匪巢。自率百人鼓棹上驶，众危之。既而，夹岸贼伙聚观不敢动，舟行贼窟越十日，安抵太平。郡守惊问，子材曰：陈七逆馘三日内必到此也。次日，果自龙州解至。子材曰：“我兵数寡，阳赴太平而阴赴龙州，沿江不敢动，而龙州不及备者，势也。”众始惊服。同时，增募钦勇，分路歼擒谢八、翁有林、黄忠傅、葛二、葛三等，左江胥靖。
闰四月十一日，冯子材接到苏凤文咨，商请移师右江，接统楚粤兵勇，越境追剿势力已蔓延到越南的吴亚终等股：“本年三月初九日，吴亚终率其伙党会合越南弄匡匪徒，同攻洛阳、艽封地方，筑垒三十余座，据该处夷官飞书乞援。查艽封、洛阳系越南之地，实为中外藩篱，枕近凭祥土州百里，毗连龙、冻，水陆兼通，贼党添匪攻取，实欲据为巢穴，伺我边防，且与归顺州联合为一，必须及时扑灭。”并打算“留征兵二十营概归提臣统驭，专为攻剿之用，得以一意灭贼，所有进剿机宜，悉归提臣调度，俾事权专一。”当初冯子材赴庆远追剿，只能带6营士兵。转回南宁，也只带3营士兵，现在却一下子增加到20营士兵，可见由于吴亚终所率领的队伍已蔓延到邻国越南，边疆动乱更加严重，清政府和广西当局才要派出这么多军队去追剿，冯子材肩上的责任更重了。
于是冯子材派副将谢继贵带4营兵先行前往，自己则于五月十八日驰抵镇安，整顿军队，亲自指挥，派兵追剿窜扰凭祥、下冻、龙州的吴亚终部。这时，吴亚终部“分三股同时肆扰，蔓延龙州、凭祥汉土各处，势极汹汹。若令侵轶，南宁属境势必蔓延成患。”冯子材“派拨将弁分路进兵，亲身往来调度，勒限灭贼，各营无日不冲锋冒镝，暗袭明攻，频传捷报。”七月初八日，唐元芳等攻克丁村、坝越、坤林品村。刘玉成在攻占腾盘后，又与莫云成于八月初一日攻取小镇安。从八月二十九日起，先后攻占骨村、那仰寨、太平州街、逐卜寨、那赖村、亚村、叫条、布陇、板布、打降、巴陵、旦伦、板箱，并在宁明州上下石地方作战，直到将对方赶离广西界，清除了长期扰乱广西边疆安定的一个祸患。
作战结束后，冯子材还在广西边疆各地推行与苏凤文共同制订的保境安民《善后事宜》13条：
一、边境宜清查也。广西沿边一带与越南国接壤，例禁内地民人不许私出外境。查宁明州属设有镇南关，三十里外即华夷分界之处，向派文武员弁督带兵役驻扎巡防，自不容潜行偷越。惟镇安、太平二府所属与越南国境犬牙交错，处处可通。而泗城、南宁二府暨广东之钦州，亦多与徼外毗连，路径纷岐，随处可以度越，非但由关隘而行，必须中外一体严防，方可禁绝。前准越南国王咨请，酌定章程前来，臣已札行各道府督饬所属州县，会同营汛分派捕巡等官，于边界时时弹压巡防，并将徼外接壤处所逐一履勘，某处有墟集，某处有村庄，某处系大路通津，某处系山陬僻壤。其间田园几何，烟户几何，平昔是否曾通往来，有无山岩溪谷险阻，抑或八达四通，一一分析绘具舆图。并移咨广东檄饬钦州，暨照会越南国王，一体饬属绘图注说，咨覆汇核，再行妥议章程，奏明办理。
二、降众宜妥为安插也。吴逆之党及所裹胁约有二三万众，频年以来，经官军草剃擒猕，及此次剿灭逃散，其余投款者尚有七八千人，自应分别遣散回籍。惟若辈平日游手好闲，流为匪类，今以穷蹙来归，实难保其必能洗心革面。回乡之日，衣食无资，其势固易聚而为盗；或有乡人夙有仇怨，更恐不能相安，必须妥为安插，方免生事。该降人等固多籍隶本省，而湖南、广东居其大半，地既毗邻，人情熟习，易于往来勾结，尤当加意严防。臣现咨会提臣冯子材，酌赏川资，给发路票，令其自行散归。一面造具名册，咨行各原籍地方官，谕令乡绅族老等，俟降人抵家之日，或于宗祠尝产稍给资本，或通乡合族量力资助，令其小贩营生，或营工力作，乡人纵有旧嫌，不许寻衅报复。仍令该绅耆随时稽查约束，如有桀骜不驯者，送官严加惩治。倘敢窃发为匪，一经地方官拿获，或被乡绅族老捆送，即行就地正法，以杜乱萌。
三、伏莽宜搜除净尽也。粤西构乱多年，全省糜烂，边境一带尤为遍地荆榛。虽经官军节次剿抚兼施，而伏莽犹繁，剪除不易。盖边荒僻远，山深菁密，叛服无常，有据险负隅，暂时狙伏者；有虽经投款，而梗化难驯者；有慑于兵威，潜行改辙，托名归团而仍藏祸心者。向因兵力未暇兼顾，暂示羁縻，今宜乘此声威，次第查办。又吴逆伙党被击溃败散而之四方者数千人，尤当及时搜剔，免致滋蔓。前已移咨提臣冯子材，督率诸军先将败逃余匪搜剿净尽，仍俟凯撤后，酌留十余营，遴派干员管带，分派各府，由各府知府节制调遣，察看情形分别办理。凡有未经驯服者，悉数荡平，以期一劳永逸，绥靖边圈。
四、团练宜及时改革也。自咸丰初年以来，粤西寇盗充斥，官军剿办力有不继，经前升抚臣劳崇光奏明，饬属举办团练，自卫乡闾，仍听地方官调度。嗣大军四路征剿，勘定各股贼匪，间亦赖乡团协助之力。在端绅正士深明大义，但知同仇敌忾，未尝假公营私。而不肖之徒遂有藉此苛派入己，欺压乡愚，甚至私设刑具，拘押平民，报复私仇，交通贼匪，抗官藐法，靡所不为。当兹地方渐就清平，正宜整理团务，近奉部咨，饰将团总改为保甲，并收缴器械，更当恪遵办理。臣通行各属遵照部文，将各团一律改为甲长，器械悉数缴官，如有风鹤未靖，贼匪出没之区，尚须酌留练丁以资巡防者，仍归地方官查点约束，统俟事竣全行撤改。倘有劣绅悍匪恃强不遵，即行围拿革究，如敢抗拒，官兵立即加之剿办，以肃法纪而靖地方。
五、各乡炮楼宜令平毁，并追缴枪炮也。军兴以来，各处乡村多筑炮楼围墙，建立栅栏，以为自卫之计。当贼匪扰攘之时，势难禁止，而良民恃以御寇，匪类则藉以抗官，其山村水乡地形险阻之处，尤为逋逃渊薮。应分别勒限，令其自行拆毁，如敢抗违，即派营员督勇前往刬平，所有枪炮并令悉数缴官。近有洋装短枪，用铜帽火机者，匪徒恃为利器，暗藏在身，抢劫拒捕，仇斗杀人，层见迭出，尤为严行追缴，并禁市店不准私卖小洋枪、洋药，以免滋事。
六、保甲宜认真举行也。编查保甲，为攻匪保良之善政，昔人行之著有成效。近则不惟徒成具文，书役又从而需索之，是匪类未见能除，良民先受其害也。臣以为乡民虽愚，末有肯无端容留外人者，其有藏匿，必系平日呢比匪人。然一家窝匪，未必一乡皆通同容隐！况事经发觉，兵役前往查拿，官司勒令交送，更难免受累。是以一家之事，害及一乡，苟有明白晓事之人，何甘代人受过？全在地方官剀切开导，俾知编查之役，实为保惠闾阎，自当奉行维谨。至于甲长、乡长、族长等，更属责无旁贷，岂容观望迟疑。臣拟札饬各州县，遴派端正绅耆数人总司其事，会同各甲长分路编查，不经胥吏之手，以免需索之弊。刊发门牌，饰令据实填注，汇造各乡总册缴案，仍令各甲长、乡长、族长出具连环保结。其城厢墟市五方杂处者，令五家联具保结。如查有匪徒藏匿，责成搜查捆送，若力不能擒，或虑其党截夺及挟仇报复，许密禀地方官督役往拿，倘敢徇隐抗违，及强乡巨族庇匪估恶，不遵编查，即行会营带兵围拿严办。
七、田亩宜分别清查也。民间自遭离乱，田地多荒，其业户有逃亡未归者，有绝灭无人者，有为逆伏法者，或为强梁霸占，或为邻近私侵。依山傍涧者，又因岁久无人经理，沙压水冲，颇有遗失。而各州县先后被匪阑入，鱼鳞征册多已散失焚毁，不能按户催科。柳、庆二府以南，钱粮之抗侵无著者，十居四五，亟应分别清查丈量，重编丁粮册籍，以裕国赋而奠民依。其逆产绝产，归官召佃，征租补还粮额，实在无着之粮，另行奏请豁免。又各属民田多有一田数主，既有买主，复有当主，又有但计禾把以相典质者，谓之禾把主。一田之禾，三五把为一主，一二十把亦为一主，主愈多而争愈甚，粮愈无着。土客之民争租互控，纷纭不已，强梁者恃势霸占，以致官不能断，民不完粮，此弊随处皆有，而永淳一县为尤甚。若不清厘及早，小民废时失业，争讼斗狠，祸乱频仍，伊于胡底。应即立定章程，遴委干员，逐村清丈，吊契稽核，分析判断。仍派营勇弹压，有逞强违抗，即置之法，始足以除锢弊而儆奸顽。
八、义仓宜劝捐修复，积谷储待也。广西省旧有社仓，系由常平仓息谷作本，并非出自捐输。所有浔州、庆远、镇安、思恩四府社仓，向照常平之例，令桂平、宜山、天保、武缘四县经管，交社长看守。自金田会匪倡乱，土匪肆起，各处社仓及民置义仓相继被掠，颗粒无存，仓廒悉行灰烬。现在常平仓已无息谷，不能仍复旧例，应即广劝捐输，于各府州县建置义仓，多储谷石，以重民食。
九、地方正佐各官宜专责任也。南、太、泗、镇各府所属地方，僻在偏隅，缺分瘠苦，且多烟瘴，实缺人员往往甘受纠劾，延不赴任。不得已，或以佐杂代理正印，或一人而兼数缺，相沿日久，积习已深，因之地方日形扰乱。现在甫经戡定，正讲求治理之时，所有实缺正佐各员，应即一律饬赴本任，仍酌量远近繁简，给与路费及办公经费，俾不致束手无策。任满之日，遵照定例撤回内地，立予升擢；如有迁延观望，即照规避例严参。
十、各州县交界处所，宜派员驻防也。粤西僻处岭外，弥望皆山，其水道则漓江及左右二江，回环经带。虽有水陆营汛及巡船兵勇四路巡查，但汛地派兵无多，巡船不能常川驻守，往往有数县交界之处，距城窵远，鞭长莫及，匪徒乘间窥伺抢劫，出没靡常，应量移地方文武驻扎防守。臣现饬各道府体察情形，或酌调巡检，或分派汛弁，带领兵役在于交界要隘处所专驻弹压，无分轸域，一体稽查，务使匪徒敛迹，以安行旅。
十一、营务宜加整顿，以求实用也。广西营制，臣标左右二营随驻桂林省城，提标五营随驻柳州，左江镇驻扎南宁，右江镇驻扎百色，此外各协镇参游以下分驻各府厅州县，布置已臻周密。臣此次奉命大阅，亲历梧、得各属，调集水陆官兵操演阵式，考校技艺，尚整肃可观。求其实用，亦仅止寻常缉捕巡防，未敢许其能有勇知方，冲锋陷阵也。盖离乱之余，招复未久，因饷项不充，健捷之士咸思充勇，不愿入营，若不急思挽救，诚恐饷糈空糜，终属积弱难振。查向章：水陆各汛分兵防守，每汛或百余名或数十名，在太平无事之时，尚可资其巡缉。近年贼氛易起，动辄数千，少亦数百，区区汛兵，闻风即溃，偶有征调，非旬徐不能齐集，缘涣者难于聚也。各处军务用勇多而用兵少，则又因兵多衰弱，不如勇之精强，此其弊亦由分布汛防武营大员不能随时检阅汰换之故也。臣愚以为：与其以有用之兵，散置无用之地，莫若使之合而成聚，可壮声威，亦便训练。拟令各将官各率其营额兵，酌量时势情形，择要扼驻，分扎营垒，按期操练。员弁之能否，兵丁之强弱，历历在目，不难随时整顿，使成劲旅。一旦有警，闻信即行，又安见用兵之不如用勇也。况用勇不过取其冲锋陷阵，其实无纪律者居多，平日约束既难，撤散又多流弊。现在大军凯撤，营中军械锅帐尽敷用，弁勇之得力者，弃置殊属可惜，趁此挑选入营，亦属安插之法。容俟提镇各臣商定详细章程，另行专拆奏明，请旨办理。
十二、土官宜慎选承袭也。粤西各土司，军兴以来，死亡流离，遗缺多未承袭。向俱公举官族一人，或代理或协理，该土官既未奉旨实授，不能坐镇弹压，又或所举非人，转致地方多事。如土田州之岑宏、岑杰，土南丹州之莫树榕、莫芹园，因先后协理，各地方官举办失宜，以致据地械斗，杀人焚屋，勾结外匪，祸乱相仍，至今未已。亟应派勇剿其桀骜，除其乱民，清其辖界。并饬各承审汉官，凡土职有未请袭者，力破积习，慎选谨饬明白、才具可用之人，速行照例详咨请袭。已承袭者申明约束，不令苛虐士民，致使流而为匪，则各土属地一律绥靖，边境亦可少安矣。
十三、学校宜振兴也。学校之设，所以教育人材，维持风化。岭表迭遭兵燹，边徼尤甚，十余年来，诸生肄业久荒，民间几不知儒学为何事。一列膠庠，即以包揽词讼为能，甚至教官不识生徒，诸生亦有从未一见学师之面，至月课读书，更绝无其事，士习如此，民风之浇漓盖可知矣。今者，寇乱初平，当以端士习，正人心，厚风俗为教化之本。臣拟会同学臣，督饬各学教官严束诸生，讲求学术，勤慎考课，首重道德，次及文艺。每届年终，由各教官将该学生员按名核实，填注事实，禀报查核。其品学兼优者，优予奖拔，其或趋向不端，荒弃学业，甚至好讼多事，立行戒饬详革，以儆其余。庶殊方之人皆知向学，文教幸兴，奇邪自息，以仰副圣天子化民成俗之意焉。
其中边境宜清查也、伏莽宜搜除净尽也、各州县交界处所，宜派员驻防也、营务宜加整顿，以求实用也等四条是边军的边防事宜；边疆地方正佐各官宜专责任也、土官宜慎选承袭也等两条是行政措施；田亩宜分别清查也、义仓宜劝捐修复，积谷储待也两条是经济措施；团练宜及时改革也、各乡炮楼宜令平毁，并追缴枪炮也、保甲宜认真举行也等三条是治安措施；学校宜振兴也是文化措施；其降众宜妥为安插一条，则是妥善安置被胁迫加入反清武装后又投降官军的降众的，不仅发放降众的回家路票川资，还考虑到他们返乡后的谋生问题，并禁止纵有旧嫌的乡人寻衅报复行为，考虑不谓不周详，从而为降众重新生活创造了充分的条件，最大限度的消弭社会的不稳定因素。
从这13条善后措施所涉及的范围来看，如行政、教育、经济等措施，已远远超出一个只管带兵的提督的职责之外，但由于是针对边疆地区而言，却又是在负有“巩护疆陲”即治理边疆责任的提督的职责范围之内；从文中我们又看到，它虽然是以广西巡抚名义发布，可又收录在冯子材的文集《军牍集要》中，可见是在拟订时充分征求过冯子材的意见，可能还是由冯子材及其幕僚制订的初稿而成的。
我们知道，古代的官员在治理地方时，拟订一些筹划周详的措施不是什么难事，难的是怎样认真实行这些措施而见实效。因此，虽然不能说冯子材参与策划的这13条善后措施是什么大手笔，但却适宜实用。
俗语说：“三分决策，七分执行”，特别是冯子材在推行这些善后措施时认真负责，如曾参劾过没能安置好降众的太平知府徐延旭就是明显的例子，从而对治理广西边疆地区起了很大的作用。
在军事打击之后，辅以政治、经济、行政、文化教育等一系列措施，以促使原来动乱的地区迅速恢复社会秩序，这是冯子材治理边疆危机的主要方法。由于清剿和治理边疆危机效果显著，所以虽然在广西其他地方仍是动乱频仍，但即使在中法战争时法军打入关门的严重时刻，广西边疆都没有发生严重的骚乱，出现类似金田起义或延陵国起义等事件。
冯子材在归顺时，发现那里的统兵主将道员覃远琎有弄虚作假，谎报战功的行为，对治理归顺等边疆地区并无真正好处，曾上奏清政府：“查归顺三台虽经道员覃远琎收复，并未杀得一匪。”清政府于同治七年十月二十日有旨：“据冯子材咨称，道员覃远琎收复归顺州城，有给贼银两之事，如果属实，荒谬已极，着苏凤文确切查明，据实参奏，毋稍含混。”《冯宫保事绩纪实》记其事称：“公至镇安，即将覃道远琎部四十六营并为二十营，廉得该道所克之归顺州城，乃系贿贼而得，并非力取，立即移咨奏参革职。时军中各营，除已归并外，尚有游勇甚多，此辈非勇非贼，然到处劫掠，更有甚于贼者。其为首数人，素称桀骜不驯，其党倚为狼狈，覃道不敢捕治，反纵其扰害乡民。公知之，立将为首者军前正法，其党大惧奔散。又覃道原部各营，多不得力，以故日久无功。公与之更始，且谓汝辈以前所行各事不必计较，今既归我部下，务宜洗心涤虑，约束士卒，共建奇功。倘再阳奉阴违，我非覃道比，决不汝宥，各宜自爱。于是将士知公必不可犯，有哀求给假而去者，有愿在麾下效力者，公亦任之，听其去留。自经公整顿一番，旌旗士气遽然改观。”
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