同治十二年七月内抵省，当与广西巡抚部院刘会商清楚，九月内驰回柳州，料理营伍事宜。时庆远府属之南丹土州，有红白二旗互相争战。白旗乃该州土官亲族，红旗虽亦官族，甚属疏远。自土官病后，各欲争袭，均有党羽，然红旗人数较众，旗头莫云羲恣抚土属十阅余年，杀人如麻，难以计数。本府以地方未靖，亦姑置之。至是内难已平，外患已饵，该土属民不聊生，望治孔亟，於是上禀执政派兵剿办。九月十七日，公在柳州提署，准广西巡抚部院刘奏请，就近督饬记名总兵黄仲庆统领各营相机进剿。公指授该总兵方略，立将莫云羲生擒，解省讯办。
光绪元年五月，因黄太夫人坟茔倾圮，日久未修，咨请执政代奏请假回籍修理，六月内准广西巡抚部院刘、两广总督部堂英会奏。九月内奉旨：“冯著赏假一个月，钦此遵照。”即由柳起程回籍，修墓事竣，于十一月内回任接印视事。
在这一年里，冯子材在钦州城北约六里许的白水塘村东侧，修起了冯府大宅，后来被称为“宫保第”。这座府邸建在白水塘村东侧三座小山的当中一座上，四周环以高墙，墙内地宽约三十余亩，留有宽阔的空地作习武场，并建有请将坡、祭旗坛、上马石、拴马树、阅兵台等，富于武将家庭特色。府邸宽约三亩，分为三进。每进分为三大间，每大间又分为三层，合共为九大间二十七个房，以安排其人口渐多的家族。建造的用料讲究，室内梁、柱、门窗、匾联多用坚硬油亮的铁格木制成，历百年而不坏。上面精刻浮雕，彩釉壁画，精工制作，气派大方。
二年十一月二十一日，蒙御赐剿平粤匪、捻匪方略各一部，祗领奏谢。
三年正月内，具折奏请陛见。清代一定品级的文武官员都要接受朝廷的陛见，这既是一种面试，也是一种荣耀。像冯子材这样做到实缺提督的官员，更是应该经过这一程序。我们在前面指出，早在同治三年镇江战事结束之初，清政府就想让冯子材陛见，但冯子材忙于回家省墓，事情遂拖下来。以后冯子材忙于治理边疆危机的清剿事务，所以一直拖延了13年才再提起。三月初五日奉上谕：“冯著来京陛见，钦此。”旋因贵州省永从县一带，游勇勾结苗匪滋扰四脚牛地面，余党窜出粤边，而广西省斋匪伍开先、李化工等亦由怀远起贼相应。因此，两省当局要求冯子材暂缓北上，并请就近督饬记名提督黄仲庆剿办黔粤边匪。清政府同意这个意见，有旨：“冯准其暂缓交卸，俟马平善后事竣，余匪肃清，再行奏请。”冯子材随督黄仲庆，立将苗匪击退回巢，并将首匪伍开先、李化工等先后弋获解省惩办。但清政府又根据广西当局的要求，指示冯子材：“马平县剿匪事竣，该处善后事宜正资筹办，请该提督暂缓入觐等语。冯子材着准其暂缓交卸，俟马平善后事竣，再行来京陛见。”两广总督刘坤一在光绪五年七月初七日给张树声函中也提到：“冯军门前欲乞休，继复请觐，均经弟处慰留，并为上达天听。”将“欲乞休”放在“请觐”之前，可见都是在光绪二、三年间事。
《冯子材传》则记有冯子材传征苗时的逸事称：“剿苗之役，途遇卖米粉妇，指某食粉不给价而兵不认。子材即传谕该妇之夫曰：决以军令治兵罪，但剖腹无粉，应以妇命抵之。马平知县沈用济强加钱粮，县民蓝深翠等抗纳，沈诬蓝为匪，请兵剿办。子材曰：我兵为国家打强盗，不打百姓，你打百姓，向抚台请兵可也。桂抚竟被蒙发兵，捕蓝等诸生五、六人，悉斩决，阖县冤之，始革沈职，取消加粮之令。”关于此事，《德宗实录》记称：光绪三年二月二十五日谕：涂宗瀛奏官军剿捕匪徒，生擒首要，出力员弁请奖一折。广西马平县（今分属柳州市、柳江县）革生蓝生翠藉要挟减粮为名，煽惑乡愚，纠党滋扰。经道员易元泰等督兵剿办，该匪胆敢聚众抗拒，官军合力进攻，于上年十二月间，在老歪山（今属柳江县）水岩内将蓝生翠擒获，并先后缉获著名匪徒多名正法，民情现已安谧。同年十二月十八日又有旨：涂宗瀛奏特参广西试用通判沈用济，负气任性，办事乖谬，着即行革职，以肃官方。似与《冯子材传》所载不尽相同。如《冯子材传》所载属实，则冯子材并不是滥杀无辜的胡涂官员。
光绪四年底，发生了原为冯子材亲信将领的李扬才反叛入越的严重事件。
1881年2月13日的《申报》，曾报道李扬才的经历：李扬才，字达廷，广东合浦人也。生而状貌魁梧，膂力绝健，闻人谈兵，辄手舞足蹈，父兄使之游学，便弃之不顾。年十五，乡里恶少奉之若神，而扬才沾自喜，益跌宕，重然诺，父者有韪之者云：李氏世微，生此儿必大门户。其父闻之，则愀然不乐，戒扬才毋跳荡不轨，扬才面奉，云必不能悛。时江南用兵……镇江兀峙江滨，三面受敌，城中主帅广西提督冯公子材也。扬才知西江大乱，义愤甚，每酒酣耳热，率以杀贼为己任。有笑其妄者，于是感激愤发，不持一钱，仗剑行四千里，直适冯公壁垒，誓欲讨贼。冯公既伟其貌，因试其材，命为五十夫长，专守南门，当强贼数十万来往咽喉。扬才结其侪以恩，众心若一，贼屡攻屡却，最后决江灌城，扬才佐冯公战守兼资，情若师弟，叙全城功，擢官都司，赏孔雀翎。在京口六年，毋纤毫过犯。
同治三年，苏省奏凯，冯公奉旨去柳州任，扬才侍之不去。会吴逆阿忠、苏逆国汉乱广西边境，冯公拜命督师剿左右江，扬才复以裨将带领千人，骁勇果敢，大获鹰犬之效。而吴、苏二逆窜出安南，招罗余烬，凶势复焰。安南素弱，兵备久弛，该国王请于中朝派兵援剿。冯公又奉谕出关，檄扬才帮带常胜二营，数年间纵横数千里，恢复数十城，迭著战功，累迁记名总兵加提督衔，并赏俊勇巴图鲁、三代一品封典。这里的记载稍有错误的，冯子材守镇江是从咸丰十年到同治三年，前后不过五年，李扬才后至，又何来“在京口六年”？李扬才在广西获赏最高是因剿灭黄崇英、周建新功而于光绪元年获得“二品封典”，而非“三代一品封典”。
关于李扬才的经历及其与冯子材的关系，冯子材的儿子冯相钊在《追述战胜法兰西始末》一文称：先勇毅公，讳子材，字南干，一字萃亭。官广西提督时，部下有骁将李扬才，籍隶灵山久隆圩附近大窝口村。其人虽不读书，略识字，擅国技，能飞檐走壁。常驭马队驰攻，口衔双刀，臂挽双藤牌，迭翻筋斗，滚冲马后，刺人刺马，应手而倒。喜疏财好义，与金钱到手辄尽。随先君转战江、皖、楚、粤，三次随军出镇南关，勘平越乱，积功保至提督衔总兵官，留广西差遣补用。冯相钊是冯子材的第六个儿子，生于光绪元年。《冯氏族谱》称他曾随父亲参加抗法战争，蒙保县丞。光绪十九年入库，旋食饩。宣统年间入法政学堂肄业，民国期间曾任钦志馆馆长，算是冯子材的儿子中读书最多，文笔最好的人。所以除了撰写《追述战胜法兰西始末》外，晚年还主持修订《冯氏族谱》。但他的这段记载也有问题，据上引《申报》所载，李扬才是在冯子材守镇江时才去投军的，而镇江战事结束后，冯子材因军队已被裁撤，所以就请假回籍省亲扫墓，而没有再在“皖、楚”一带执行过什么军事任务。因此，所谓李扬才“随先君转战江、皖、楚”云云，则恐有夸大之嫌。
这两份记载都提到早在冯子材守镇江时，李扬才已是他的亲信部下了，但我们在冯子材守镇江时的有关奏折中似乎没有发现李扬才的名字。就是说，即使在冯子材守镇江时已有李扬才这样一个部下，也许表现并不如上述两份记载描述的那样突出，以至在冯子材的奏折上从来就没有出现过他的名字。至于到广西后，籍隶广东的李扬才怎么会投到广西提督冯子材的麾下，这也许与广西当局允许冯子材回广东钦、灵一带招募军队有关，灵山籍的李扬才可能即是具体招募的将领，这从以后李扬才所率即为从广东钦、灵一带招募而成的常胜营可以看出来。
在《清实录》中，保留了李扬才到广西后，历次立功升职的纪录：同治九年因随冯子材援越追剿梁天锡有功，以游击补用。同治十一年二月因平宣隆、长庆功，以参将尽先补用，加副将衔。同年因肃清越南海阳、太原功，免补参将，以副将尽先补用。广西边军分左右两路后，他隶属记名提督刘玉成统领的左路军，专备谅山方向。光绪元年，左路军配合右路军追剿黄崇英，李扬才奉命入越追剿周建新，时已升为总兵。战胜后，同年九月三十日有旨，以剿办越南股匪出力，赏总兵李扬才提督衔，并二品封典。因此，李扬才反叛前的职衔是遇缺尽先题奏总兵、俊勇巴图鲁加提督衔。
然而，当战事结束后，厄运却降临李扬才的头上。
光绪元年十一月，广西巡抚刘长佑升任云贵总督，临离广西前，于光绪二年三月，以李扬才在营效力多年，委署浔州协副将。刘长佑的这个安排，表面上是给了李扬才一个职务，而从以后的事态演变看，说是刘长佑将冯子材的亲信，且与赵沃相处不大融洽的李扬才从广西边军中清除出去也未尝不可。因为当时李扬才在广西边军中统带冯子材的嫡系部队常胜5营，是一个重要将领，如不调走，他可以长期当下去，就没有了以后的乱事。现在让他临时署理浔州协副将，到实缺副将回来后又怎么办呢？果然，李扬才赴任刚一年半，即因浔州协实缺副将达三归任，上司饬令李扬才交卸，遂丢了职务。
光绪三年八月，失职后的李扬才回广东灵山家乡省亲。光绪四年三月，李扬才赴广西省会桂林谒见广西巡抚杨重雅，冀求谋职，大概是想回原来的老部队广西边军去作统领吧。杨重雅，字庆伯，江西德兴人。道光辛丑进士，先后任四川顺庆知府、成都知府，四川按察使，在任时曾参加审判和杀害在四川被捉的太平天国翼王石达开父子。后擢任广西布政使，光绪三年起任广西巡抚。他可能也中了赵沃的谗言而已对李扬才有了先入之见，以李扬才的家乡灵山县当时隶属广东，因而要他到广东求职。杨重雅后来奏报清政府称：“本年三月（李扬才）来桂林谒见，臣即给咨赴广东听候差遣。”但李扬才的印象却是杨重雅“不肯奏留收标，且出言鄙薄有以激之”，只咨令赴广东差遣，受尽“州县陵辱，抚道挟诈”。而两广东总督刘坤一，早已中了赵沃的谗言，对李扬才的印象也不好，李扬才估计到广东也不会有什么结果。奇怪的是，在这个过程中，李扬才却从未想到过找冯子材帮想办法。是他不想麻烦冯子材，还是认为冯子材已经失势，即使求到可能也帮不上忙；抑或是在冯子材称病卸统边军的这几年中，李扬才已与冯子材生分，有了严重的隔阂，以致宁可造反也不去求老上司了；还是早就有心造反，不想在事前再与冯子材联系，免得事发以后牵连冯子材？
前引《申报》称：李扬才在走投无路的情况下，“于中快快，因拊髀叹曰，良狗烹，吾辈固然。然扬才自宣力行间，大小百余战，四体伤痕烂然，今徒守虚名，乞一汛地而不可得。圣明在远，悉凭疆臣行已之私，世事已矣，吾将投畀四裔，不忍老死牖下也。”据说，他将田产房屋变卖，在原籍灵山县及钦州等处捏称奉两广总督札委，募勇出关前往越南十洲招抚各匪，遍贴告示，纠集徒众约五千人，于八月二十八日，由迁隆经过土忠州阑入上思州一带，潜往越南。赵沃则报称：“其营旗号衣系用前在广西带勇之常胜字样”。
在起事入越之始，李扬才就给自己的行动涂上一层与寻常入越反清武装不同的政治色彩，自称是越南李氏王朝的后裔，此次入越，不是像其他反清武装那样只是占地为王，各据一方，而是要向越南阮氏王朝索回祖业，重建越南李氏王朝的统治。为此，他曾分别致函两广督、抚、将军等官员，函中除自陈战功并诉说没有官职以后的苦况外，还强调说：“越南国系伊祖业，被黎、阮各姓次第篡立。今阮王懦弱无道，激变子民，勾结外匪，躏蹂各乡，人民流散，并侵犯广东之钦州，广西之龙州、太平府各属边境。现虽克复各处城池，奏设边防，以遏贼窜，然安南逆匪一日不靖，则边防一日难撤，不无老师靡饷之虞。伊系越南宗室，欲复旧业，即举兵十数万，带同失所饥民，迳取越南。如安南底安，不特龙州各处边境无用防守，即饥民犹可安插，从此中外靖安，一举而数备焉。更得安南山河全归一统，仍然按例上贡，无敢稍有故违，咨请代奏。”
出关人越后，李扬才“即以越南国系伊祖业，欲复故物，并以干支纪年，妄书奉天承运字样，其伪印撰刻‘奉天承运、皇图巩固、帝道遐昌’十二字，用黄纸缮发告示，晓谕越南官民改装易服。”而且行动不同一般，沿途不甚骚扰，俘获越南官弁兵勇也不尽杀掉，而是剃发后纵归，以为收买人心之计。外国报纸报道他：所过之地，秋毫不犯，鸡犬不惊，土人咸乐输资，以供饷费，与民交谈，情谊兼至，又能厚礼待士，故其党羽不招而至者，实繁有徒，甚有派往剿匪之官兵而竟入其党羽。连奉命征剿他的清军将领也赞誉他：骁勇善战、轻财好施、人乐为用。李扬才熟习越南情形，方其拥众出边，视该国在其掌握，一时农民军各部群起响应，中外人情大震。而入越反清武装首领李四、陆之平、翁七、覃四娣等，犹复与之内外相倚，且以巢穴资之。内地农民军如潘振嘉等，图袭南宁郡城，为李扬才别树一帜，以拟官军之后。盖李扬才既系粤产，又久在越南用兵，与反清武装各部潜通声息，反清武装各部以李扬才曾为裨将，亦借其名号，受其指挥，很有成就一番事业的气象。
李扬才的突然反叛入越，并宣称要夺取越南江山，这就给中越两国政府带来了极大的震动，也破坏了广西边疆的安全和稳定。越南史书记载越南军队与李扬才部作战，并在战败时曾想请法军援助的情形称：嗣德三十一年（光绪四年）冬十月：“统督黄督佐炎初至北宁，败逆才党于北芹屯。逆才前为敏宣分营兜剿，率党六七千蔓下谅仁，管奇作为领兵阮文携将兵五百援谅，途遇交攻，败回。逆党蔓过谅桄、谅山，袭攻北丽屯（属北宁），权管奇阮文谋、黎文味溃走，逆党扰至北芹，势颇鸱张。
北宁护督黎有佐等飞咨海、河、西、南四省派援，再咨海安领督范富庶，商富领事派步兵四五十，火船一艘应助。嗣令商巡缉海阳、河内江道，以卫商政，具以事闻。帝谕令该四省悉催下班兵演习备派，再令太原、兴化诸边省严加防截，毋使蔓入，转生难著，并录佐炎知办。辰佐炎在道经会刘永福，拣募清勇千余候调，接闻此录，乃奏言：臣与刘团于富派素不相孚，若抽回富派，则恐拂人情；专委刘团，则兵勇亦少，拟请专办三宣简出董戎大员，调度谅、平、宁、太、河、南、海安军务，以合情势。帝不听，谕令迅往便宜行事，再令遴举干员协济。”这里所谓的“富人”，是当时越南将“法兰西”译成“富浪沙”，因而简称“法人”为“富人”的缘故。
越南史书又记载越南政府向中国政府请援的经过称：帝御制奏疏，递达清帝，请命官经理边疆：月前逆才滋蔓，余匪应之，谅山路梗，经书广西恐有未达。近报赵沃亦谓兵少难分，尚俟增募。帝念北边清匪剿去又来，经十年余，兵民久疲，以清国制清匪亦是要著，故陈现状。
求援书称：“越南国王阮福时顿首谨奏，为冒达远情，仰祈睿鉴俯恤事；窃念臣国世受封殖，永作藩篱，虔供职贡，始终一心。从前中国又安，臣国幸亦无事，自咸丰年间，上国偶遭多故，臣国孤立，以致已失南陲六省土地，兵财渐形贫弱，虽非裂土，亦受恩封，不敢渎陈，惟甘罪痛。
自此至兹，上国边吏皆为公忙，不遑防戢照顾，致令中国荒徼游民侵扰臣国，千百为群，所至残害，公私财产，荡然一空。臣节经以事咨呈广西巡抚，并具疏委使臣即阍陈乞。仰蒙谕令抚臣委派提督冯、道员赵沃，已经两次提兵会剿，略见扫除；奉输军费，亦蒙掷还，诚知圣恩体恤甚厚。无如事半兵还，余匪未能尽净，游棍哨勇，惯熟路程，在者盘踞难除，来者串通难遏。兹则原随提督冯营弁之李扬才，因以擅派被削，蓄怨生心，招聚无赖之徒以千万计，旗服军色袭用难分，现已围攻臣国谅山省城，欲图分支滋蔓，势甚紧切，防截难周。经以书达广西抚臣，正恐鞭长不及，近报道员赵沃亦谓兵少难分。似此情形，谁因谁极？且臣国封域不过中国一省耳，财力几何！而一带沿边皆与上国接壤，山溪纷错，路径多歧，数十年防备输挽，财竭兵疲，为患日深，何以堪此！
窃想皇仁一视，岂忍贻害一方？边臣仰体圣心，岂不欲完厥事？但日月之照或遗于幽遐，职司奉行或牵于典例，致此边氓未沾厚惠。夫小国之恃大国，以其能救患恤灾；而人情劳苦倦极，莫不呼天反本。兹臣国苦切情状若此，阂于成例不得冒达，郁抑难伸，则非惟臣有乖畏天事大之诚，恐亦非仰体大皇帝柔远怀侯之至意。
万不可已，辄敢略将现在确状沥陈，凭由广东督抚臣为之转达。幸蒙大皇帝、皇太后垂览，恕臣之罪，恤臣之情，特简忠勤才略大臣如李、左诸名公者，不辞远驾，速往夹接边疆驻节，大加经理一番，使人民各安生业，官吏各勤职守，关汛各严防禁。既来者尽数收除，未来者永无违越，疆界截然，锋燧永息，则非惟臣国苍生大幸，抑亦上国边氓早沾皇化，迁善远罪之一大幸也。”
清政府对李扬才反叛入越并要夺取越南政权一事十分重视，一得到消息后，不经与两广督抚商量，就决定派冯子材率军援越追剿，于十月初六日有旨：“冯子材前经剿办越南土匪，于该国情形较熟，著即带兵出关，相机督剿。”广西巡抚杨重雅是在十月二十五日接到此旨的，马上召冯子材从柳州到省会桂林商量出征事宜，决定由冯子材率领包括原驻边境的左右两路防军在内共26营士兵前往。杨重雅并上奏清政府要求拨济饷需：湖南、广东为粤西唇齿之邦，历来西省军需紧急，皆仰赖东南两邻援济。……现当军务吃紧，饷需匮乏，惟有吁恳天恩，饬下湖南、广东两省，各筹银五万两，赶紧解西，以救目前之急。并请于光绪五年二月起，仍由广东按月拨银二万，源源接济，得旨允准。冯相钊《追述战胜法兰西始末》记称：“先君奉旨，以旧部狂悖，扰及藩封，具折自请议处。”其实冯子材自同治十二年称病卸统边军以后，就不再直接统辖李扬才，直接统辖李扬才的应该是广西边军统领和广西巡抚。时隔五六年后，两人关系已经疏远，这从李扬才在失职及四处求职的过程中也没有找过冯子材一事可以看出。因此，冯子材与李扬才事件并无直接关系，说冯子材因此“具折自请议处”，恐非事实。
冯子材从桂林回到柳州部署一切，定于十一月底出发。先到龙州接统赵沃所部边军，光绪五年正月朔日督师出关。到北宁后，探知已在太原的李扬才与河阳的入越反清武装“欲犯宣光，直赴十洲”，当饬总兵陈朝纲、副将吴天兴、参将刘敬、杨逢春各率所部5营分四路出击，自己率6营于正月二十一日由北宁起程亲往太原督剿。都启模在《冯宫保事绩纪实》中，以亲身经历，记载了行军的艰苦称：所有各军，分由木马、谅山两路征进。五年正月初一日，驰抵谅山，因大雨苦寒，休息数日，再行征进。驻谅数日，苦雨霏霏，凄风阵阵，随征将士衣履单薄，中夜不寐，哀歌四起。南交炎地，尚尔苦寒，西北早寒，其苦倍甚。伊古以来，行军之难，歌咏所及，今始见之。
在冯子材援越之始，大概是出于对以前冯子材援越清剿未完即撤军的不满，越南政府开始时似乎并不十分欢迎冯子材。他们原来的请援书是要求清政府派出“特简忠勤才略大臣如李、左诸名公者”前来，等到知道清政府只能派出冯子材来，却又不愿意了，声称只要赵沃率军前来即可。光绪五年三月初二日有旨提到：“越南以冯子材相距稍远，咨请委赵沃就近出关。”而两广总督刘坤一更是上奏称：“越南国坚欲挽留赵沃，而不愿冯子材出关，”以至清政府都疑惑：“是否冯子材与之抵牾”？冯子材则有函致刘坤一称是赵沃从中捣鬼：“督带欺饰越君阻行”。越南政府还设置障碍，冯子材曾告刘坤一：“南官不肯接济粮食，并撤去从化府谅字防营，殊出情理之外。”
其实，如果真如越南政府请求的那样去做，由才能和威望都不足的赵沃来主持广西边军入越追剿事，可能事情就不那么容易结束。只是因为李扬才扬言要夺取越南江山，严重威胁到越南政府的安危和广西边疆的安定，影响太大，而不像吴亚终、黄崇英等只是割据地方，所以，清政府坚持派冯子材率军入越追剿，越南政府才改变了态度，不像对待同治九年冯子材第二次率军援越追剿那样，借口运输困难而加以延缓，而是表示要大力协作。越南史书记称：嗣德三十二年（光绪五年）闰三月，“辰清帝复命提督冯子材出关助剿，参赞张光檀奏言：冯提大军进剿，军火军饷均系要着，着请委员专解，并设局以便转运支发。（谅山驱驴局改为支放转运分局，北宁军火分局改为北宁转运局，陆岸、山西增设转运局，太、宣增设支放军火局。）从之。”
在此之前，李扬才的部队已在边境地区与赵沃派来追剿的部队及越南官军发生过几次小战斗，互有胜负。现在知道冯子材率大军杀到，知道不是对手，遂不与冯军正面抵抗而打起游击战，以保存实力。冯子材曾奏报追剿的艰苦称：“查李逆奔窜闪烁，谲诡异常，出没于越南太原、宣光两省之间，皆系崇山峻岭，树木丛杂，径路纷岐。我军探知逆踪所在，拔队进攻，该匪旋复弃巢而去，遁入深山。而鸟道羊肠，又不能合围环击，是以大军出关匝月，虽迭克东园、左鸾等处，屡有斩馘，而匪众并未大受惩创。”
清政府对冯子材要求甚严，三月二十四日有旨称：冯子材亲临前线，尤当相机设法，迅速剿办，以期一股扫荡，毋得再事迁延，久扰藩服，更不准以小有胜仗，阅时一奏，以掩其迟误之咨。后来冯子材等奏报：“迭克板旺、板落贼垒，并将安隆、板戈、那斡等处坚巢先后攻毁，逆匪退入陇钟。”清政府批复：“不得以小有斩获，遂谓军务得手也。”越南史书记载清军作战的情形称：夏四月，“辰李扬才据东园，筑垒拒战。清提督冯子材派副将吴天兴、参将刘敬迅往左鸾、丁大二社绕攻，以分贼势，统领陈朝纲直逼东园。匪窜往磊来、岧竼等处，统督黄佐炎飞督诸道兵按上游要路防截，参赞张光檀派宣次提督昊必宁、陈斌，副提刘永福各出水陆兵协与营弁进剿，匪焚巢宵遁，窜入三海（均属太原）。”
刘永福也曾率黑旗军参加围剿李扬才的战斗，他在自撰履历表中称：“光绪四年，即越南嗣德三十一年，十月，李逆扬才率党犯途，职员奉调赴太原省遏剿，克复多处。光绪五年，即越南嗣德三十二年，并奉广西提督军门冯批饬，分截李逆去路，职员转向宣辖等处兜剿，克复多处，擒获首逆郭五，击毙首匪赖有才，及杀散党最多，沪江一律畅通。”
最后，清军追到李扬才的老巢者岩，李扬才才认真组织抵抗。二月二十日，在距离者岩十里的板怀地方，双方打了一仗。冯子材等奏称：“冯子材督率官军，将左舍、板道以至滩头先后攻克，斩首五十余级，夺获枪械多件。”但阵亡了守备张振宝、把总梁福志等。清军“统计是役斩首一百二十余颗，……各勇亦多伤亡。”随后，双方主力集中在者岩决战。
冯子材对者岩的形势有这样的描述：“查者岩地方背山面水，树木丛杂，石径嵯峨，素称奇险。原系积匪陆之平久踞之区，兹复相助为虐，攻剿不易。”又称：“者岩前临大湖，后连峻岭，只有湖尾小道可至。若悬军深入，恐至腹背受敌，但此时春雨无常，潦水将至，又利于速战。”“者岩周围数百里，地面宽广，山谷阴深，前临大湖，水势弥漫。逆匪凭巢分驾船筏拒守，须由湖旁陆路绕道进攻。”杨重雅也奏称：“者岩在越南太原省属，该处崇山竣岭，林警深密，湖溪洄互二百余里，素称天险。”
清军自二月二十日开始进攻，先肃清者岩外围扣锦、陇登等垒，然后再进攻主阵地陇章，共花了约一个半月的时间，至四月初四日，才攻克者岩。冯子材奏报作战经过称：“查者岩之陇章，为该逆李扬才巢穴，积匪陆之平等分踞陇章左右之扣锦、陇登等垒，为之应援。陇章之前有安马栅，扼守湖中，后为马鞍山闸卡，石壁嶙峋，天生奇险。湖边一带，又有垒卡竹筏炮船，水陆相连，十分坚密，该逆利于据守，伏匿不出。”但在清军进攻安马栅时，“有首民陈有廉在贼巢约为内应，至是反戈相向，与官军内外夹攻，遂克之。”后来，清军“即饬陈有廉率降人数十充当向导，乘胜进攻陇登贼巢。”“提臣当即驰赴前敌，察看形势，亲督进攻。四月初三日，齐集将领，授以机宜，令知府陈以谟率所部奋武各营直取安马、陇登、陇章；都司林凤鸣率所部振武各营，越岭上攻马鞍山，逼撼者岩；副将吴天兴率所部奋骧武各营，从湖旁滩头沙洲力击水陆栅卡；已革副将马云标率所部雄武各营，由那角攻取那阳等处，以杜贼窜。”“同知冯相华等持令分投督阵”。攻克陇登后，接着又攻陇章，“首民陈有廉引周炳林、梁振基各队由后山抄过陇章之前，以断逆党陆之平来援之路。”在作战遇到困难时，冯子材飞派同知冯相荣等持令严催，终于攻克陇章及扣锦等地。最后集中兵力攻克者岩，“统计是役生擒伪丞相李春芳、伪军师李节献、伪帅钟万新、伪中军刘永胜、伪先锋李扬佳、李世宣、李世环、李世彬、李世生、伪总理营务处刘廷光等，及李逆之家属族党男妇二十七口，并获匪伙三百三十二名，斩首八百九十二级。”“一日之间，攻克安马、陇登、陇章、扣锦、者岩各巢穴，平毁水陆贼垒卡闸百余处，横亘二百余里，全行荡平。”但却被李扬才、陆之平逃走。当清军与李扬才作战时，越南军队也协同作战。越南史书记称：夏四月，至是，太次提督黎文店、副提阮承阅，与陈、马二统领分道进捣者岩，破之，擒获李逆婢妾人马无算。捷闻，帝大加赏劳，我官陛赏有差，清弁赏银三千两，并牛酒羊豕犒军。
在此期间，发生了越南地方政府不能按时供应粮食的困难。冯子材曾报称：“中军购办粮米为艰，已派人前往北宁招商运米接济。”“惟所需粮米，虽经越南筹解，无如道途险阻，每致稽迟，各勇有时煮粥度日。”为此事还和越南政府发生了一些矛盾，越南史书记称：春正月，“清弁诸营近多拨夫挑运，民其劳顿，有为所打毙者。帝曰：凶横如此，民既劳，又遭毒，何堪！应说与冯提，严饬各道，嗣不得复尔。”
冯子材所以能够最终攻克地形复杂、防御严密的者岩，除了在军事上占有优势外，与李扬才的部下纷纷投诚并作内应有关。除了前面多次提到的陈有廉外，冯子材还曾奏称：三月二十五日，“有李扬才最得力之悍党黄映光、黄晓祖，自贼中斩其头目王大、何晚献级，率众三百余人投诚，愿立功赎罪。察看属实，自应准其成军，用示招徕而孤贼势，现已饬令编为骧武副左营，令黄映光改名黄效忠管带，黄晓祖改名黄辅成帮带，调派前敌攻剿。”“匪首黄桂廷率党数百名，投诚前队军营。”黄辅成后来还成了冯子材的亲信将领。
《追述战胜法兰西始末》记述了冯子材巧妙指挥作战的经过：者岩又名水岩，居于湖中，四面水深无底，各将领扎竹筏渡兵进攻，甫将近岸，贼由岩上推巨石滚落，轰轰之声如雷，相持多日，无法拢岸，附近贼垒虽已攻破九座，未能捣其老巢。先君躬亲督队，饬令各军赶伐大竹，截为一尺之筒，制硝磺作火箭，以镞系于箭头，四向焚施。火箭射入草中，登时遍山火起，官军乘贼避火之际，始能渡筏达岸。半山贼垒，为箭镞钉住，亦遭火焚，贼党堕崖落涧，纷纷溃散。《冯宫保事绩纪实》记称：“初，公在省起程时，省中文武逾千，均谓此次军务，非十年八年恐难成功。及公将克复贼巢详细情形咨报到省，莫不大惊失色。”
冯子材之所以决定对者岩发起总攻，其中还有考虑到气候变化的因素：“此时春雨无常，潦水将至。”果然不出所料，《冯宫保事绩纪实》记称：“自攻克者岩老巢后，即拟分军搜捕，查是年自正月以迄闰三月底，均皆晴霁。四月初六日，公见四山起云，知大雨将至，倘退军稍迟，不惟军粮不继，且恐余贼因而乘之，反致失算。于是分派各营扼扎各处要隘，昼夜提防，不准该匪逸出。余营四散分扎，以待天晴，然后进捕，公遂带文武亲兵人等，暂回太原大营。嗣因夏汛盛涨，疫疠大作，各军触染，因而患病者十之三四，分别调理。”鉴于气候如此恶劣，影响了军事行动，五月二十日，冯子材将搜捕李扬才的经过及大军面临的困难报告给新任广西巡抚张树声称：“所幸捣破者岩各巢，匪股尚无旁窜，惟因万山重迭，险迳纷歧，李逆得以如鼠穿墉，拼命潜遁。虽歼毙饿死，尸横山谷，搜捕仍未稍松。昨缘瘴疠交加，弁勇多病，南国官兵亦然。张参赞见此情形，本请弟同返太原调息，只以首逆未获，且睹其病势颇剧，遂令先行，弟仍暂缓，以俟事机。
十五晚接陈统领转据后营冯游击禀报：分防同福周哨弁挑勇四棚，分投搜至三卡，闻山林深密处内有人声。该弁率勇冲入，望见匪伙约七八十众，各有枪械，在彼隐伏，当即追捕。该匪仍敢开枪拒敌，各弁勇向前奋击，遂如鸟兽散，分窜险僻而去，我勇亦有受伤。生擒匪犯王其中一名，斩取首级一颗，夺获旗炮多件，解缴前来。又单报：闻李逆带心腹十人逃至广溪总，因前途有军堵截，仍退回柔远总黄峙社伏藏，日餐夜宿，皆土人供留。初五日倏被该总里长阮廷南、麻廷荣率团杀毙其党李晚、李九、苏大、林大、李记、梁连合六名，并生擒梁昭佐一名，李逆仍带三人走脱广溪、柔远两总地方等语。查该两处曾饬吴、林统领各选精壮，亲督驰往会同搜捕，如所报属实，是李逆犹在范围，不日谅可弋获，一有确耗，再行飞达，以慰谨怀。
叶成林、文炳雄诸降众，本拟派营前往收抚，俾清积匪。近探得扶安州勾结文炳雄，并招云南杜文秀余党，以图叶目，彼此正相攻击，未便派营遽往。刻已照商越南国王妥议具覆，再为酌办。
惟夏汛频临，各军现因水土恶毒，触冒瘴气，烂足患病十之六七，兼之医药稀少，诚恐坐以待毙，情殊可怜。各统领皆拟请移营宁太，稍为和平地方调治，以示体恤。”
张树声则将前敌的这些情况转告两广总督刘坤一称：“各军弁勇出关数月，未尝休息，现在炎暑涨潦，触冒瘴疠，大半疲病，各统领皆恳请暂移水土平和地方。现饬将病勇带赴宁、太医治，其余精壮仍分布查缉。提臣亦以水土不服，头晕腹泻，于六月初一日回太原行营调理。”
清兵援越追剿，经济落后的越南政府要负担供应粮食及运输的义务，时间长了，也觉得难以承受，所以也派人来与冯子材商量解决办法。越南史书记称：秋八月，“帝以该匪惟余残喘，而节值雨潦，清兵厚集，恐抬运不给。仲平曾与该提同事，情意相孚，乃准往商说，量减派往者岩之兵，以舒解运。又以自北边有事，夫饷均于北宁取给，该省之民不胜困弊，令商说事清即回北省筹议调剂，要使民生得苏，军需不乏。”
越南国王则因冯子材参劾赵沃一事而不满，当冯子材向越南政府提出，李扬才能够逃窜藏匿那么久，是不是有越南百姓收藏时，越南国王曾借教训大臣的方式宣泄了对冯子材的不满：“辰冯提以李扬才逃回，由我国官民容匿为言。帝谕诸次省臣民曰：李逆越境扰乱，为吾边患，我国官民苦于征剿，疲于飞挽，无不思食其肉而寝其皮，岂有何心容隐！冯提乃不察谅，偏听人言，作此过辞，臣子闻斯语者，问心安乎？且自者岩既破之余，节经严饬搜捕，早奏肤公，乃迁延日久，俾残喘得以偷生，复此倩人招谤，咎将谁归？尔诸省次臣、方面、董戎，所以委寄者何在？尔臣庶等，久宁干止，所以尊亲者何在？何不尽力，自图歼此渠伙清边患，若复逡巡畏难，使逆犯尚隐境中，为他指摘，则罪难辞矣！”
有鉴于此，张树声将前敌所面临困难上奏清政府，提出暂缓搜捕李扬才的要求：“现在夏潦方盛，瘴疠繁兴，我军自冬祖夏，荷戈转战，杆轴已空，罗掘馈军，以天时地利兵力财力审之，皆犯兵家之忌。而大军在外，边隘空虚，内地伏莽乘衅，乱者踵起，绸缪吾圉，中夜仿徨。”“今关外各军疾疫劳疲，十病八九，将令以征进为难，度支以匿乏为虑。而李扬才党羽销亡，仅据探报匪供，影响疑似，若有若无。不特我军不能悉其行踪，即越南君臣痛甚切肤，亦无能指其下落。知己则虽有兵而无用兵之力，知彼则虽有贼而无用兵之地。目前太原等省已无李逆股匪盘踞，若以一夫亡命，驱万千呻吟疾病之勇四出穷搜，恐法令不能奋往之气，所至地方官吏不胜办运之役，百姓必以惊扰为疑，岂惟兵事无此办法，亦殊非圣主绥靖藩封之意。臣已飞咨提臣，令将移扎太原各营病勇酌汰疲羸，上紧医治，仍挑精壮驻扎要隘。一面督同南官悬赏购线确探李扬才下落，咨行越南国王严饬地方官查谕各社，勿得容隐纵逸。一俟探明李扬才实在藏匿何处，即速驰往围拿，庶免捕风捉影，徒劳无益。”
冯子材则因未能及时擒获李扬才而附片自请处分：“者岩前后左右数百里间，各军穷搜累月，斩获三百余名，而李逆仍无踪迹，窃料非已填沟壑，即为土蛮山人包藏。皆由臣子材督军不力，逆首尚在逋诛，应自行检举，请旨交部议处。”清制对有过失的官吏，交吏部拟定处罚办法，称为“议处”。这是冯子材在追剿李扬才的过程中第一次“具折自请议处”。前引冯相钊《追述战胜法兰西始末》所记冯子材在李扬才事起之初即“具折自请议处”，其实是张冠李戴，将这次“具折自请议处”，错为事发伊始即已“具折白请议处”。
但清政府这时已中了刘坤一的谗言，于八月十一日批复要冯子材继续追捕李扬才：“期于必获，务于两月内咨复，以免劳师糜饷。”接到这道谕旨，冯子材虽然万分委屈，但也只得打点精神，放弃调养疾病的念头，扶病带兵追剿。此后，冯子材采取将各军分区负责，“四面合围，各扼要隘”的办法，加紧追剿。冯子材后来回忆其中的艰苦称：“夏间，越南大雨连月，平地水深数丈，粮运不前，跬步艰阻，潦漳交清，疫疠大作。在事各员弁扶病冒险，跋涉山谷，陨命者相踵。提臣以忠义激励将士，未尝稍懈。”冯子材这个办法果然奏效，“于九月初三日午刻，李扬才窜至陇登山上，窃窥我军百道兜拿，势已穷蹙，正拟下山觅路潜窜。适周炳林从后山暸见，衔尾疾追，陈以谟率队横抄，李群自山脚迎上，振骥各营跟踪而来。该逆进退无路，当经李群率六品军功李宗德、陈少安奋勇直前，登时擒获，解抵大营。”《冯宫保事绩纪实》记称：“计自四月以迄七月，各军搜山，所有逸匪又复擒斩数百名，惟李、陆二贼尚无踪迹。七月二十以后，天色晴朗，饬令各军尽力搜寻，不准疏懈，并饬南官多解粮米，分济各营。李逆扬才进退无路，始于是九月初三日，将其擒获解省讯办。”
九月二十日，冯子材向张树声飞函报捷：李扬才在逃日久，未能弋获，各营将士入山搜捕，连月雨水阻滞，力尽筋疲。近幸天色稍霏，各处河溪亦稍消涸，当即派令差官持令督催去后。兹于九月初六日寅刻，据统领奋武各营道衔试用知府陈以谟插翼飞报，九月初三日午刻，督率各营在者岩附近将逆首李扬才擒获。俟陈以谟将该逆解抵大营后，再将确实情形备文咨会等情前来。张树声立刻向清政府报捷：“伏查李扬才狡焉思逞，窜扰南藩，提臣奉命出关，自四月间攻克者岩，覆其巢穴，李扬才亡命窜匿，各军触冒炎瘴，百计搜捕，不遣余力。迭蒙谕旨训督，将士用命，今两月之限未满，遂得突入擒渠，洵足伸天讨而恤藩服。除俟提臣续咨到日，再行详晰会奏，并飞属提臣督饬各军乘此声威，迅将陆之平一并擒获，以便克日班师。”
桂军这次援越作战，也付出了很大的牺牲。刘坤一曾有函告人：“此次冯军门所部染瘴病故以及手足溃烂者，实繁有徒。”张树声则有奏谈及战果：“为时仅及一年，克巢垒不下百处，擒斩降散之贼不下万余，死于战、死于病之员弁兵勇亦不下千数百人，成功之速，伤亡之惨，皆前届所没。”
剿灭了李扬才，除去了中越两国一个严重的边疆动乱根源，越南政府十分高兴，准备重重答谢冯子材。越南史书记称：十一月，“清提督冯子材入关，命参赞张光檀回北省，以品项款赠之：赠冯帅琦南十二两，沈香二十四两，清又桂各十五片，象牙二对，犀角二端，燕窝三斤，象箸十对，象牙扇二把，南好绢十五匹，南素绉纱十五匹，加重纨纱十匹。余统领、督带、管带、督办、差官、各营哨长、书识，共赠清桂一百片，乂桂三百片，琦南五十斤，沈香四十斤，象牙五十四对，象尾毛包银五十四副，南好绢六百二十匹，南贡纱三十匹，南凉纱三百八十匹，加重纨纱三百五十匹，各营兵勇普赏银一万五千两，子材皆不受。”
事后，清政府有旨：“将冯子材免其交部（议处），从优议叙。”变要处分为奖赏。《冯宫保事绩纪实》称：光绪五年十月二十日，内阁奉上谕：“张奏关外官军搜擒首逆，请将出力员弁奖励一折。提督冯前因首逆未获，自请议处，著加恩宽免，并交部从优议叙，等因钦此。”钦遵到部，应请将广西提督冯，照一等军功从优议叙，例给与军功加三级。光绪五年十二月二十二日具奏，本日奉旨依议，钦此。恭录移咨前来，当于是月十五日恭折叩谢天恩。把这些奖赏与剿灭吴亚终得“再赏一云骑尉世职”相比，显然较薄，其中可能在军机处有人捣鬼。
事后，在越南官民、法国人及清方，却有传言说冯子材用与李扬才相似的人代替李扬才受刑，却将真的李扬才藏匿起来，后来李扬才还冒名参加了中法战争。但我们认为这些猜疑是难成立的，理由如下：
首先，这与冯子材的性格不合。我们在前面说过，冯子材疾恶如仇，对于所谓的“叛逆”行为决不容忍。在镇江时，他就支持李鸿章处死有“叛逆”嫌疑的老战友冯日坤。而李扬才反叛入越，扰乱了边疆社会的安定，惊动中越两国政府，性质远较冯日坤严重。而且李扬才虽然是冯子材的亲信将领，但自从冯子材于同治末年卸统广西边军后，两人的关系已经日渐疏远，以至李扬才在起事前也没有知会冯子材。冯子材却为此上受朝廷的责问，下见将士民人的伤亡，甚至自己也在追剿中吃尽辛苦，因此，他不会对李扬才的做法有什么好感，更不会冒着极大的风险包庇李扬才。
其次，冯子材如果真要包庇李扬才的话，一定会有帮手才行，当时随行的有他的两个儿子冯相荣、相华，他必定会和他们商量此事，从而会在家族中流传下去。冯相钊后来撰写《追述战胜法兰西始末》一书时，虽然是从追剿李扬才写起，而当时距离清朝已有几十年，已是时过境迁，其中再无顾忌，但却未提及冯子材藏匿李扬才事。如果真有其事，冯相钊不会隐瞒下来。
最后，李扬才长期在广西边军带兵，被擒时广西边军多人共见，冯子材要找人冒充李扬才受刑，可能难以瞒过众人。当冯子材率军追剿李扬才时，张树声曾派其随带赴桂的淮将黄桂兰到冯子材营中参战，实为监军。而冯子材未擒拿李扬才前，刘坤一就已怀疑他会包庇李扬才；后来冯子材卸统广西边军，黄桂兰成了他的替人，而冯子材的对头赵沃也成为广西边军统领。如果冯子材真的藏匿了李扬才，难保没有人在冯子材失势后向他们举发，从而累及冯子材。
但这些事都没有发生，这意味着关于冯子材藏匿李扬才一事是不可能的。
冯子材在上述治理边疆危机的一系列军事行动中，除了发挥他在镇江攻防战中形成的战略战术，如善于整合不同派系的部队，熟练运用奖惩手段来驾驭军队，重视先进武器的作用等外，同时也发展了一些新的东西，对于后来他取得抗法战争胜利发生重要影响的有：
培养和锻炼出了一支能够作战的广西军队。前面讲过，广西原来的军队（主要指野战军），因为军饷低薄、装备窳劣等各方面的原因，所以战斗力十分低下。当太平天国起义爆发时，广西军队既不能阻止，也无法剿灭，清政府只得靠从外省调兵镇压。以后，广西境内的主要剿捕战事，也要靠入桂楚军来承担。冯子材出任广西提督后，通过进行一系列的追剿战，从战争的实践中培养和锻炼出以刘玉成为代表的一批桂军将领和以常胜营为核心的新型军队，改变了“逢战必靠楚军”的情况，建立了“广西军队能战”的威名，也增加了他后来治理边疆危机和领导抗法战争的信心。后来，张之洞询问他能否带兵抗法时，他在光绪十年七月十三日答称：“查两粤兵勇自来素称得力，即子材向年三次督办越南军务，亦皆藉以成功。盖粤勇之于越南，不独服其水土烟瘴，且又人情风尚无不熟识，因地用人，古之明训。”这种传统传承下去，就产生了中华民国时代独树一帜的广西军阀。
与在镇江攻防战中以弱敌强而着重于防守的战术相比，冯子材在广西主持的一系列边境战争，则是以强敌弱的野外（主要是山地）追击战为主，这又促使冯子材的军事才能有了一个新的发展。我们从前面所述的各次战役的大概过程中，可以看出冯子材在追击战中，喜欢用分进合击的战术，即将自己的部队分成几个不同的进攻纵队，从不同的方向来合攻固守的敌人，迫使敌人分兵防守，四面布防，而兵力分散，防不胜防，最后失败。在这方面，冯子材表现了控制大部队作战方向的高超艺术。此战也成了冯子材军事生涯中的成功战例，二十余年后，冯子材在庚子事变中上奏清政府主战，还举此例为证：“叛将李扬才出扰安南，势岌岌，据险称雄，有如破竹。奴才亟率劲旅讨平之，自出师以讫蒇事仅三月。”
此外，冯子材多次入越作战，驰骋在越南北圻各地，联络越南官民，熟悉和适应越南的地理形势，从而为他日后组织抗法战争提供了条件，成了保卫广西边疆的难得人才。他后来能选择关前隘设阵和实行集中兵力、内外夹击的战术，与他熟悉越南的地理形势有很大关系。后来，彭玉麟等总结取得镇南关大捷的原因称：“非冯子材之素得人心，忠勇奋发，镇边安民，戢掠收溃，设险倡战，料敌情，散贼党，广援应，则法亦不至如此摧破瓦解，惶骇远遁；故诸将皆有功，而尤以该帮办为功首。”
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