海南岛，秦为象郡之外徼，两汉时先后在海南岛设置珠崖郡、儋耳郡、朱卢县、珠崖县、儋耳县等。三国时期，吴在雷州半岛设立珠崖郡（今广东徐闻），领徐闻、朱卢、珠官三县。晋省珠崖郡，朱卢改为玳瑁，废珠官县。南朝，宋文帝置珠崖郡，不久又废，以珠官、朱卢属越州。梁朝武帝时，冼夫人请命于朝，在废儋耳郡的地方设置崖州，统于广州，开始有效地管辖海南岛全境。《北史》和《隋书》均载“海南儋耳归附者千余峒”，是为“海南”一词的最早记载。隋时设临振、珠崖两郡。唐代设崖州、儋州、振州、万州、琼州五州，属岭南道。宋属广南西路，设一州三军，琼州领五县，南宁军领三县，万安军领二县，吉阳军领三镇；南宋时将南海诸岛及其海域归万安军管辖，正式对其行使主权。元设海南海北道，是为海南得名的开始；设乾宁安抚司和吉阳军、南宁军、万安军。明初改乾宁安抚司为琼州府，并改吉阳军为崖州，南宁军为儋州，万安军为万州，三州隶于琼州府，仍属广西。明初，海南州府改隶于广东布政使司海南道，琼州府领琼山、澄迈、临高、定安、文昌、乐会、会同七县；儋州领宜伦、昌化二县；万州领万宁、陵水二县；崖州领宁远、感恩二县。后将州治所在地的县归并入州，将宜伦县并入儋州，宁远县并入崖州，万宁县并入万州，琼州府遂领三州十县，南海诸岛则改归崖州管辖，“归附”的黎族编入图、都、乡等基层组织，隶于州县。清初，与雷州共设雷琼道，于海南设琼州府，领一州八县：除崖州外，有琼山、澄迈、定安、文昌、会同、乐会高、儋州八县。清末，崖州于光绪三十一年升为直隶州，领新建的感恩、昌化、陵水、万州四县；万州则于光绪三十一年降州为县，海南岛改设一府，一直隶州，一州，十一县，面积约3.5万平方公里。军事上设琼州镇水师兼陆路总兵，统辖镇标二营，兼辖崖州协、海口等七营。（镇标左营、右营，崖州协，海口营，万州营，儋州营，海安营。）
岛上原来居住着黎、苗等多个少数民族，主要是黎族，由于历代政府都陆续迁移大陆上的汉族人民入岛，所以岛上出现汉黎混居的局面。而汉族人民多居住于平原，加上其固有的先进农业生产技术，所以经济较为发达，也比较愿意接受官府的管理。而黎族多居住于交通不便，农业生产基础薄弱的深山，所以经济比较落后，地方政府管理不到，于是一些不守法的强悍黎族汉子就经常出山抢掠汉族人民的财产。而历代政府又往往把一些犯官犯人流放到岛上，时间一长，一些顽固不化的罪犯就会重新勾结起来，组成一些反政府的武装集团，干起打家劫舍的强盗生活。
张之洞任两广总督期间，曾分析过海南岛长期发生动乱的原因：窃惟琼州一府，孤峙海南，黎巢其中，民环其外，地瘴而瘠，民弱而惰。其为地方害者，一曰客匪，一曰黎匪。
客匪大率皆籍隶嘉应州及广州府属之新宁、肇庆府属之恩平、高明、鹤山等县，言语风俗自为一种，土人不与为婚姻，或云即系乞人，非若他省侨寓民户皆谓之客民也。其性勤苦力作，悍猛齐心，所到之处，土民无不视为他族，积为深仇。在琼有老客、新客之分：老客寄居百余年，较为安分；新客则多系同治年间恩平、开平、高明、鹤山、新宁、阳江等处滋事客匪，前抚臣蒋益沣奏明安插高、廉、雷、琼等府，广西容、贺等县；琼属之儋州、临高、澄迈皆有之，渐衍及万州、陵水等处。查琼属沿海民居之地，患在沙瘠；近山膏腴之区，患在瘴疠；至铜铅各矿，皆在黎境，土民安于贫弱，地利坐荒瘴地，腴田多属客产。光绪五年匪客滋事，经前督抚臣派军前往，分别惩办，迁之雷、廉，乃未久而潜回故里，为匪如故，以后土客之衅遂成。
黎人所居最深处曰黎母山，其地居琼之中，盘亘数百里。现在未经开通之处，纵横二百余里，十三州县环之，定安、会同、乐会、万州、陵水、崖州等处，皆有峒口出入。前代生黎獉狉荒陋，为患尚轻。百年以来，熟黎与民人往来，习为狡黠，生黎渐稀出巢。益数诸黎，以儋州、临高为最驯，陵水之侾黎、岐黎为最悍，崖黎富强，亦易滋事。其出也，北路则定安当其冲，而波及于琼山。南路则万州、陵水当其冲，而旁扰于会同、乐会。从前出掠不过附近内山而已，近七八年来，客匪、游勇散入其中，奉惠州客民陈钟明、陈钟清为总头目，合生黎、熟黎、客匪、游勇为一伙，名为黎而不尽真黎，遂敢离巢数百里，大肆劫杀。其军火盐米皆由客民接济，每牛一头易枪一枝，火器既具，党羽益多，得以抗拒官军，习为战斗。岁必出巢两三次，该处官军未尝认真痛剿一次，不过零星分防，尾截零匪，幸其回巢以为了事。大率客匪以黎峒为负隅，藉黎人为声势；黎匪以客匪为响导，藉游勇为附从；客黎纠结，全琼遂无安枕之日。此二十年来客黎各匪蓄毒构衅，勾结滋蔓之实在情形也。
而清政府在海南岛的统治力量薄弱也是一个动乱频发的重要原因。光绪十三年正月二十一日，张之洞曾训示护理雷琼道的琼州知府谦贵：“琼属州县多不职，早有所知，该护道从未禀闻，大属非是，从宽先予申饬。可即严察，迅将各属贪劣昏庸疲滑各员据实电禀，以凭另选贤员往署。抚黎紧要，必才守兼优方能办，不可因姑容尸位劣员，致误军事，此事责在该护道，懔之。”可见，民族矛盾、阶级矛盾、官府和土匪、百姓和土匪等多种矛盾交织在一起，使得海南岛的形势十分复杂。
清末，历任两广总督都会面临治理海南岛动乱的任务。如同治九年三月，清政府曾批复两广总督瑞麟、广东巡抚李福泰奏派兵剿办黎匪歼擒首要各犯一折，同治十一年七月，清政府批复两广总督瑞麟、广东巡抚张兆栋奏琼州府属土匪滋事剿办情形一折，光绪初年刘坤一任两广总督期间，就曾派兵到海南岛平定动乱，光绪四年十月十九日上奏《儋州客匪句结滋扰调兵剿办折》；光绪八年，曾国荃任两广总督，也曾向清政府详细奏报平定海南岛动乱的经过。旧时代处理少数民族问题的基本方针，如果是少数民族内部矛盾和冲突，中央政府一般不过问；如果是少数民族和汉族人民发生矛盾和冲突，则须出面处理。但由于民族矛盾冲突原因复杂，所以当局一般也不愿过分苛求，表面上平息就算了，不再追根究底。总的说来，由于这时海南岛的动乱基本还属于国内矛盾范围，像瑞麟、刘坤一、曾国荃等人的这些做法，实际上是一种“头痛医头，脚痛医脚”的治标办法，即那里有动乱，就派兵到那里清剿，剿完就撤兵，至于动乱产生的根源是什么，撤兵后有没有周全妥当的善后措施，会不会又出现新的动乱，就不再过问了。结果是大军撤后，不久又会出现动乱，始终不能根除。张之洞于光绪十二年十月二十日电致冯子材谈黎乱总清不彻底的原因，认为也有琼军不得力的缘故：“琼军创自刘道，王道戍琼多年，今方道往，略加添换，计此八营，三四年以来，糜饷数十万，从未深入黎峒一步，痛剿黎匪一仗。”
但在中法战争期间，法军为阻碍清军从陆路上援越，曾从海路威胁中国，在选择侵占中国的海岛时，就把海南岛列作一个选项，多次声明要“径攻广东”。为此，两广当局曾把防御海南岛作为一件大事来看待，但限于广东水师力量薄弱，总有捉襟见肘之窘。张树声于光绪九年八月二十四日曾奏称：以广东水师“出防廉琼洋面，声力俱单，一无把握”。二十五日又称：“琼州、南澳两处孤悬大洋，非有大枝水师防守，尤无把握。”在九月初二日向清政府报告广东防务时，就提到：“琼州孤悬海中，水土毒恶，物产瘠薄，米粮仰给海北，去省二千余里，文报艰难，孤危已甚。经署琼州镇总兵吴全美、署雷琼道王之春竭力经营，尚不疏懈。该府之西，正对越南之海防口，地有铜矿，久为西人垂涎，自六月以来，法船屡往窥探量水。近译西电，屡言法人攻台后，即将图琼。设该处被兵，惟恃力守，外援无从飞渡；复为之增营增械，筹饷筹粮。现在琼州有勇十四营，粤省之力止于如此。惟海口较浅，大兵轮须止于十五里之外，尚可设险力战。其文昌属铺前司口门颇深，而一月两潮，船人不便，陆行至府，路径迁曲。惟儋州、崖州两口最深，地穷水毒，不特省城鞭长莫及，即琼郡亦难兼顾，人力所穷，此琼防之大略也。”
法军这时如攻打海南岛，广东当局真是无法抵御，以致清政府一时大为紧张，曾于十二月初四日想派钦差大臣、老将彭玉麟出镇海南岛，“琼州孤悬海外，备御空虚，甚为可虑。……彭玉麟所部湘、楚各营，即可专顾琼州一路。著该尚书择地驻扎，妥筹调度，迅饬各营驰赴琼州，会合吴全美师船，扼要严防。”到北宁初战失败后，广东的防务愈加重要。光绪十年二月二十七日有旨：“琼州防务愈形紧急，着彭玉麟……
督饬昊全美、王之春严密布置，不得稍涉疏虞。”是年八月，吴全美病死，后来改派候补道方长华等前往。
中法战后，海南岛的动乱又再爆发，张之洞奏报海南岛光绪十一年发生动乱的情形称：其儋临客匪一股，自光绪五年查办迁徙以后，当时设局筹费，给予图记，使客籍绅士自加约束。而局绅杨元珍、陈赞桂、阮祖禄等庇匪仇民，匪徒益无所畏忌。追上年冬间，澄迈绅团入临高搜捕，复为该局绅阻回。时值岁旱米贵，人心摇动，匪首黄邹保等结新老客等，于十一月揭竿遽起，到处裹胁，杂匪游勇乘机附和，半月之间众至二千余人，以临高之和舍、兰洋、岑仑、南丰，儋州之抱舍、田表、乐基、那大、四方山、大星等市为老巢，扰至澄迈之金江司、瑞溪等处。金江为澄属大镇市，该处既破，贼势蔓延，临澄百余里间，所到村庄恣意焚杀，勒索货财，民间积聚一空。而陵万黎匪复有出掠会乐之信，合郡惊扰。
臣闻报后，即电饬署琼州镇总兵刘成元、护雷琼道、琼州府知府谦贵，调集驻琼各军，以两营防黎，以三营剿客。黎匪旋退，合军进剿西路，参将陈荣辉率粤军，提督张拔萃率楚军，迭据镇道禀报，节次击贼获胜，收复金江、枫树、西峰、下岭等村，官军进扎那大、和舍，擒斩匪首刘真赞、陆真佑、林鸿猷、庞六石等，暨余匪多名。匪首黄邹保、温河清率党赴陈荣辉营投诚，温河清并斩其党范亚先、江二来献，请照光绪五年安插儋临客匪成案，将此股投诚丁口移徙钦州之白龙尾垦荒自给等情前来。
臣查该镇道迭禀，以该匪屡经官军战胜，畏剿投诚，自愿交凶就徙，始定抚议。乃经臣访闻官军并未痛剿，民恨客匪痛入骨髓，咸以此策为非。且白龙尾在钦州西南海滨，正与越境毗连，岂有将无数匪徒置之界上，自贻边患之理。当经驳饬再议，遂至枝梧无策。其时众论参差，民情惶惑。
又奏：“（臣）备知该客匪异常凶悍，文词悖逆，土民连年受害甚酷。即如去冬出扰澄迈所属，焚掠至百余村，戕害良民至七八百人，掳掠妇女至百余口，劫去耕牛至二千余只，财物至值钱百余万串。迨官军进剿，虽有斩擒，而巨憝未歼，大股仍在，勉为就抚，首鼠两端，其心叵测。……七月间，逆首陈钟明部下黎客杂匪千余，扰定安、南闾、仙沟、雷鸣各市，及澄迈之新吴市。同时另有儋州匪徒陈钟铭纠众滋事，攻掠感恩县西乡黎汉各村。至陈荣辉所抚客匪，饬令造册送点，迁延避匿，其头目多自营逃归，抚局竟未就绪。黎匪今秋出扰，距定安县城止三十里，焚杀亦甚凶惨，回巢时告掳胁运送财物之民云：俟下次出巢再并给扛抬价值，尤为狂悖。”
现在，情况有了变化，清政府怕岛上的动乱为越南法国殖民者利用，指示张之洞考虑根除动乱的办法。而张之洞恰好又是一个具有远大政治志向的官员，雄心勃勃地要开发海南岛的政治、经济、文化。这是一个宏伟的计划，但要实现这个计划，首先要肃清动乱发生的根源，给予初步治理，这就需要一个不但有高超的军事才能和平定动乱的丰富经验，还要办事认真的人才成。为此，他于光绪十二年四月十二日致电正在钦廉海疆肃清海匪的冯子材，询问治理海南岛动乱的计策：“琼州客黎情形，……如何方为长策？”
冯子材在长期与太平军作战和清剿广东、广西、越南的无数动乱中，积累了丰富的经验，早就知道这些动乱一般是良莠混杂，需要剿抚兼施方能取得成功的道理。所以很快就答复张之洞，提出他考虑的“剿抚兼施，开路设汛”治理对策称：“琼匪事材早悉，镇道未办妥，因客艾勾结，欲设长策，须灭艾抚黎。查黎山内横直二百余里，须十字打通，中设营隘设汛，如黎受抚，永远无事矣！”“当以客黎各匪勾结滋扰，必须厚集兵力剿抚兼施，开通十字大路，添设州县，方足以资长治久安等情电覆在案。”
张之洞在十三日复电提出让冯子材担当治理海南岛动乱的重任：“开十字路，自是化黎安琼上策，前明邱文庄、海忠介、俞大猷俱有此议，但须大举，兵力饷力不易。假如奏请公往办，不避劳苦否？有把握否？从何处下手，须用兵几何？须几日？特密商，请熟筹示复。”张之洞提的这些问题可能冯子材也早就深思熟虑了，所以在十五日即电复：“公欲救民于水火，材何敢惮辛劳！惟下手处须灭客艾，抚党次之。匪二万余，必需勇二十营方敷展布。日期难预定，材办事性急，断不肯老师糜饷。但勇须自招，琼属府、州、县均归节制，方可有济。”这里所谓的“艾”，是客民的另一种称呼；“党”则可能指的黎人。
张之洞得此答复，觉得符合自己的意思，便奏报清政府：“窃思督办钦廉防务提督冯子材威望素优，钦廉仅隔一海，情形易悉。往复询商，该提督谓：客匪不可信，未剿而抚亦非长策。适琼民亦纷纷赴钦呈诉，恳冯子材发兵往剿，当经电奏请旨，饬派冯子材亲赴琼州察看情形，孰宜抚孰宜诛，以定办法，兼筹黎事。”又有电称：“琼属客黎勾结，久为钜患，上年冬腊月儋临客匪滋事，焚杀民人甚惨，扰至澄迈，距府城近，势甚炽。迭经电檄饬镇道派琼防营剿办，十二月至正月，提督张拔萃、参将陈荣辉连战屡胜，擒斩数百余，众乞抚，进兵逼巢，设法招捕魁党，四月内事略定。署镇张得禄、护道谦贵据诸将议，将滋事千余家安插钦州沿海白龙尾。土民受害过深，愤恨客匪，坚恳多诛。此时全剿，则势所难；调停杂居，则贻后患；而徙居钦海，实多未便，众论参差，不能画一。现商冯督办就近酌带一两营赴琼查办，察酌孰应诛，孰应抚，如何安插为妥，兼筹抚黎事宜。冯威望素优，且系钦人，情形熟悉，到彼裁断，众情庶可翁服，规画略定，仍回钦办廉郡匪。谨电奏，请旨饬遵，冯系督办大员，须奉旨方可渡海。”
得到清政府批准后，四月二十九日，张之洞通知冯子材：“琼州客匪已败散，未痛剿，镇道欲徙匪首匪党四五百家，安插钦州白龙尾。窃谓此策未善，民愤不息，久仍不安，且渡海潜归易，欲请公亲往一行，察看情形酌办。拟诛渠魁凶悍者，余令前驱剿黎自赎，开十字路。黎山通后，即安插黎境，内外隔远，或不相妨，令此辈冒瘴攻险，虽损不惜。公赴琼驻一两旬，宣布威德，筹定方略即回钦，俟匪乡办毕，九月再往大举。刻下或先带三底营往，并拟勤军两底营随往助声势，与琼镇之全字一营，均听公调度。秋冬间拟为公添足八营或十营，办黎须剿抚兼施，营稍少或可行，饷缺极，日夜焦灼，鉴之。”“琼民愤客匪之害，欲官痛剿，而镇道已许抚，安插钦岛。洞电驳之，镇道无策，故鄙意请公速往一行，察看情形，应剿应抚，决一办法电示商定。剿须秋后大举，抚亦须择便地筹善策也。规画已定，仍可回，钦廉匪肃清，再渡海南。此时钦廉不可无营，渡海之营，只可前锋先声，似略少亦可，至少必须几营，酌示。”
冯子材于六月二十九日率带员弁兵勇自钦起程，由船先到龙门，登轮南驶，七月初三日驶抵琼州海口，“群情欣悦，吁恳为民除害。”冯子材原来是要按张之洞的指示先剿客匪的，但这时情况有了变化，原来比较猖獗的客匪，据说已被琼军陈荣辉部安抚，而定安黎族则大股出扰。因此，张之洞又指示冯子材，改先剿客匪为先平黎乱：“据刘倅电，定安黎大股出扰，如确，必须急击痛剿。已电饬镇道派营截击，萃军初到，声威正盛，客匪想暂无反侧，拟请饬萃军驰往，会琼军击之，一战歼旃，数日竣事，还师再办客匪不迟。”
经过一段时间的往复商量，张之洞与冯子材的治理方案已大致成形，他奏报清政府称：“臣综核情形，客匪、黎匪皆宜剿抚兼施，若再不亟图良策，大拯琼民，糜饷分防，永无底止。受害愈深，失业愈众，养痈长寇，合势燎原，数年以后，必致琼地全为群匪糜烂而后已。近日迭与冯子材电商，定议客则临以兵威，分别良莠，诛其凶悍为乱，抗拒不悛者；抚其安分谋生，真心悔罪者，或即用为官兵前驱，攻黎自赎；或迁往他处相宜地方。黎则先剿积年逆首陈钟明一股，先将附和扰害之外匪乱黎痛加惩创，以次招来良黎，宣布朝廷德意，相机进兵。如其势顺情通，再议深入老山，驯生辟土之策。”“孤岛筹防，必自先清内患，始能从此长驱深入，仿照前明以来海瑞诸人开通黎峒十字路之议，据其腹心，通其险阻，令其剃发向化，设立土目。从而渐开矿利，广植禾蔗，增益赋税，利民通商，于海防实有大益。即使地终不能富，民终不能强，而琼地永除心腹之患，琼人永免涂炭之苦，亦地方官必不容已之责，当务为急。”这里提到的“海防”，其实是清政府抵御外侮的一种隐晦的说法。
为此，张之洞准备拨给冯子材萃军带赴琼者4底营，兹酌添14底营，益以琼军8底营、陈荣辉全字两底营、调往协剿之王孝祺勤军1底营，合共29营，当可勉敷分布。同时要求清政府任命冯子材督办职务：“冯子材现督办钦廉防务，应请明降谕旨，令该提督兼督办琼州客黎事宜，其镇道以下官暨琼防各营兵勇，悉归节制，以一事权。”这个“督办琼州客黎事宜”的权力较大，“镇道以下官暨琼防各营兵勇，悉归节制”，即海南岛上的文武官员都要听从冯子材的节制指挥，远远超过冯子材原来只要求文官听令的“琼属府、州、县均归节制”，从中可见张之洞对冯子材治理能力的高度信任和期待。七月二十八日，张之洞给冯子材下达任务：“无论何匪，先剿后抚，不易之理。琼事鄙人决计奏明大举，客黎一律办清，以七个月为期，至明年二月底止。特限于饷力，拟为麾下添足二十底营，除留钦防两底营外，办琼匪者十八底营，其全字营由公酌汰另募。方道所统琼军八底营，勤军一底营，均归公节制调遣，计在琼有二十七底营，共六千五百人，似足以办琼事。每月勇饷、军火、薪水、杂费约需银四万，七个月共二十八万。开通黎峒，经费尤多，鄙人万计苦搜，只能筹十四万。”对于饷项不足的问题，由于当时海南岛富裕的绅士人家愿意捐钱助饷，冯子材拟采用劝捐办法解决，张之洞表示支持：“昨都司张福启以公所交琼绅所议就地筹饷清折呈阅，果如所说，款项不少。请传绅士集议，告以增军大举，永除琼患之意，令其妥拟章程，尊处酌定，咨会商妥，即由公委员出示开办，须七个月能筹十四万乃敷用，若能多筹饷，营尚可增，望筹议速复。”九月初四日，张之洞又有电指示冯子材劝捐的具体办法：“琼郡贫瘠，论常理本难劝捐，特因客黎扰害，民不聊生，不得已发大兵剿办，但饷项无措，因公屡电言琼绅愿劝捐抽厘助饷，始敢决计增兵大举。今欲劝捐，必须公出示札地方官劝办，言明若不肯捐，惟有撤兵。公系统兵剿匪为民除害之人，民情既愿用兵，若劝捐出自公意，自当乐从，无论捐多捐少，断无怨言。若云出自鄙意，则粤省连年筹饷事太多，必议地方官之不恤琼民，观望不前矣。公出示后，鄙人当切饬府县力办此事，并非避谤推诿，惟期于事有济。今大兵云集，不能中止，若捐事无成，则饷需束手，进兵不能，罢兵不可，大局有碍，徒使鄙人为难。昨谦守禀请出示，望公批准一面出示。二十四万恐办不到，徒贻口实，不说出总数为妥。”
关于冯子材这次劝捐的结果究竟如何，由于没能查到资料，我们不便乱说，但从后来战事得以顺利进行的情况来看，其劝捐应该是成功的。大概通过这次劝捐的实践，使冯子材看到在百姓中间，有着渴望社会安定，人民能够安居乐业的强烈愿望，以致必要时，要他们拿出财产来支持平定动乱，他们也是愿意的，这就使得冯子材的思想发生了一个重要的变化：如果清政府因各种原因不能保卫国家和百姓的安全时，完全可以发动百姓出钱出力，自己保卫自己。他后来致电邓承修争九头山时称：“今上不发兵，材必起东西两省民团三十万，直捣西贡，决不干休。”也许就是从此得到启发而来。
冯子材在海口，很快就摸清整个海南岛的动乱情形及军事地形，报告张之洞称：“郡之极北为府治，极南为崖州，南北距七百二三十里，东西距六百八九十里，中为黎母、五指诸山，山之北为琼、定、南、崖州，东为万州，西为儋州。除县治外，黎峒之地南北计三百五六十里，东西计四百里。陈逆忠明所踞什密贼巢，在五指山之东北，距山四十余里，距岭门大营二百四十里，距万州城一百一十里，距儋州城三百三十里，岭门距城二百八十里，此贼巢四至道里远近之大略也。
黎地溪河发源于黎母、五指诸山，大小百数十道，分流入海。水之深浅广狭不一而足，类多乱滩急溜，在黎地者不通舟楫，其各州县仅用小舟。黎性椎鲁犷悍，善用标枪及药箭、药弩之属，无不犀利。而近年汉奸勾引，接济军火，洋药、洋枪、洋炮、逼码无不备足，多自万州、陵水海港而入，加之各处安设毒签，误踏之即难医救。其地山高岭峻，箐密林深，昼暖夜寒，烟瘴弥密，水土恶毒，稍不调摄，最易致病。而五色山蝗，山谷道路无处无之，啮人血肉，如蚁附擅，尤难防范，此黎山情形之大略也，其难未易枚举。黎人恃其险阻，各项足用，时时出扰，人民不知防剿，任其饱掠。历年官军间往剿办，大都敷衍了事，该黎等见此伎俩，遂明目张胆，益无忌惮，每年出掠次数不等，人民遭其焚杀，实属惨尽毒极。敝督办体察情形，势非大举惩创，则地方受害终无了期。且黎地颇多膏腴，如果开通各山，设立州县，十年教诲，易狉獉为衣冠，似亦安边之一策。
查各匪为数虽多，每村不过七八人、十余人，或三五十人、百余人不等。贼中以陈忠明、陈忠清、王打文、王高山各名、无戴笠黄清、那肥六人为首，其陈文忠、黄志成、赖文成、胡那遮、范筠兰、范亚二等次之，其余如丁须生、蓝红衫等各匪目，不下百余，分踞什密寨、廖二弓等巢，难以悉数。”
八月底，拨给冯子材的新旧营勇陆续到齐，冯子材决定先打中路什密的陈忠明，并将此计划电告张之洞称：“萃军渡琼，本因客匪。材到海口后，查客匪经陈荣辉招抚，未敢妄动。惟陈逆中明、中清、唠连等，纠党出窜，焚掠饱归。此匪凶悍党多，近在肘腋，倚黎山为巢穴，踞险负固。若先办客匪，各股必奔入黎巢，结成大股，如虎添翼，更难收拾。故用离间法，出示晓谕专剿陈逆一股，使他股虽多，各怀观望。拟待攻破陈逆，兵入黎山，居中制外，然后清查客匪，抗者剿，匿者搜，降者抚，任我施为，彼难挺走，卑意如此，是否有合，尚祈指示。”
张之洞复电同意称：“三路进兵，先剿陈逆，极当。大军直赴定安中路，尤为扼要，惟客匪未议及，酌覆如左。一，萃部分两道，一出万州，一出定安，琼军出澄临，即照办。一，琼军宜调集一路，惟李渭培等营熟悉陵万黎情，移调恐无益，应否酌留陵万一两营，就近进剿，方道速电复核夺，余俱调归西路。一，客黎同恶相济，澄临一路，那大、南丰等处客村所聚，若不办清，不能深入。责成方道先办客匪，剿逆抚顺，客清即攻黎。一，陈荣辉报战不实，抚匪不妥，责令擒渠抚众自赎。仍带全字两底营，归方道统，立功仍奖，无效严参。全字营如有战功，即不撤。一，该道府州县集团助剿，一律赏恤奖叙。一，通饬官民严防各路峒口、海口，禁济匪粮米军火。一，崖州过远，官军难分，该处团勇可用。饬萧牧督团进剿，以分贼势，资以军火，有功重赏。一，官军进兵之处，令团练随同开路、伐木、掘井，酌给赏稿。一，熟黎游勇投诚效用者，编立头目，使其先驱开山，有功一体奖赏，但严禁妄杀。一，严饬各营禁骚扰、淫掠、妄杀、捏报，违者严办。”
冯子材所率全军共分为中、左、右、前4军，前军统中军左营、右军右营、前军前、左、后3营，共5营。
前军统领是冯子材的第三子三品衔、广西补用知府冯相荣，帮带为先为都司，后升游击的王得标。
其中冯相荣兼管带中军左营，哨弁为守备区锡镛、梁廷献、前哨哨长把总杨步云、右哨哨长把总廖得琳、左哨哨长主簿杨士丞（后阵亡）、后哨哨长把总冯明进等。
前军前营管带为守备蔡必寿，后阵亡；帮带为先为千总，后升守备、都司的黄辅成。右哨哨长外委陈学荣、后哨哨长把总李畅春、前哨哨长把总陈德芳、左哨哨长军功龚元桂。
前军左营管带为守备陈才业，帮带为都司欧阳元。
前军后营管带为先是知县，后升同知、直隶州的石佩琼，后阵亡；帮带为游击杨名彪。
右军右营管带为参将苻坚高，帮带为参将沈萃龄。
中军统中军中、后、右3营、右军左营、左军后营，共5营。
中军统领为冯子材的第五子分省补用知府冯相华，帮带为千总钟镜廷。
冯相华兼统中军右营，帮带为先是守备，后升都司、游击的陈德成。
中军中营管带为知县蔡其铭、帮带为先是把总，后升守备的梁有才。
中军后营管带先为游击谭信祖，阵亡后，改为守备王殿光；帮带先为守备陈德成，后为游击张应元。
右军左营管带为游击冯骅，帮带为守备李振平；
左军后营管带先为都司张福啟，后阵亡，改为游击陈德成，帮带为游击彭致和。
左军统左军中、左、右3营，中军前营、勤军右营，共5营。但勤军右营在实际作战中未见提及，所以，实际只是4营。
左军统领为先为提举衔、广东试用通判，（提举，在清朝是配置于地方课税部门的一种官职，从五品；通判，正六品。）后升直隶州知州的刘保林，帮带为先为游击，后升参将的邓廷光。
刘保林兼管带左军中营，哨弁为守备黄金升、守备钟镇升等。
左军右营管带为都司陈荣坤、帮带为守备刘步高。
左军左营管带为先是参将，后升副将的梁振基，帮带为游击龙胜。
中军前营管带为副将冯绍珠，帮带为游击陈之瑞。
右军统右军中、前、后3营、左军前营，共4营。
统领为提督衔、记名总兵林长福，帮带为副将黄有桂。
林长福兼管带右军中营，帮带千总李春发。
右军前营管带为千总陈宝光、帮带为千总钟金道。
右军后营管带为守备张有德，帮带为把总冯绍贤。
左军前营管带先为守备陈江志，后阵亡，改为把总陈仕信，帮带为守备关松龄。
而据1887年11月21日的《申报》报道刘永福裁撤出征海南的福军三营的消息时，提到这三营的管带将弁姓名，分别为刘直牧保林、邓参戎廷光、冯游戎骅、龙游戎胜、关都戎松龄、陶都戎烈武、陈守戎才业。则刘保林管带的左军中营、陈才业管带的前军左营、冯骅管带的右军左营都隶属福军，至于为什么会出现这种变动就不清楚了。
此外，还有督队委员知县沈宝光、巡检杨桂振、守备黄万程、把总何其聪、山西补用知府杨玉书、会办全琼各军营务处三品衔江苏候补道陈寿、催军粮军火委员试用同知王乃宾、萃军左军委员通判黄兆经，发审委员知县冯绍琼，以及都启模等。
从以上编制可以看出：
一、萃军将弁大部分是参加过中法战争的冯子材的旧部下，如前军统领冯相荣，中军统领冯相华，前军前营管带蔡必寿、帮带黄辅成，前军左营管带陈才业，右军右营管带苻坚高、帮带沈萃龄，中军中营管带蔡其铭、帮带梁有才，中军后营管带王殿光，右军左营管带冯骅、左军右营管带陈荣坤，左军左营管带梁振基，中军前营管带冯绍珠、帮带陈之瑞，左军前营管带陈江志。共两个统领、12个管带（包括两个统领兼管带）、4个帮带。
二、冯子材的两个儿子冯相荣、冯相华统领的军队都是5营，其他两个统领统领的军队都是4营，显然以冯相荣、冯相华统领的军队为主力，也便于他们在作战时战胜立功。
根据上述部署，冯子材命刘保林统领所部4营由万州之兴隆市进；又委冯相荣统领所部5营亦由万州兴隆市前进，均攻取陈忠明什密巢之东路；又委林长福统领所部4营由定安县之乌坡进，攻取陈忠明什密巢之东北路；又委冯相华统领所部5营由定安县之岭门进，攻取陈忠明什密巢之正北路；其统领琼军八营方道长华，由澄、临进，攻取什密巢之西路；或由儋州进亦可，由该统领自派。
但琼军对这种安排并不满意，九月二十七日，张之洞致电冯子材，反映琼军的意见称：即冯子材派琼军由儋、临择路攻黎，琼军统领方长华认为儋、临一路并无直进什密老巢之道，需要纡远至八百里，因此，是不是歧视琼军？“此事近日省垣耳食者颇多窃议，咸谓公调琼军于西路不能进兵之地，而责以进兵，未解用意所在？鄙人谓公必有硕划良谋，未可轻议，军心无定，关系甚大，请明晰教我。至方道偏谬处颇多，鄙意殊不惬，已屡痛饬矣！”
其实，张之洞自己一直对琼军评价不高，曾于九月初四日有电给方长华称：“揣琼军将弁恐不无畏瘴险之意，可明谕诸将士，愿进攻者留，不愿者去，各随其便。另募耐瘴习险之勇，改用敢战深入之将，急速整军，庶免坐耗。”并有电给冯子材称：“琼军久弛，自公渡琼后渐次整顿，初意亦欲裁之，继念其戍琼日久，当此有事时，自应令其出力。方道固执，诚所不免，但省城胜统领之任者甚少，故节取用之，已迭次札电严饬务听指麾，并令扎营住帐栅，不得扰民，尚祈随时指授机宜，俾得奉以从事。”十月二十日，张之洞引述冯子材的复电，大概是认为琼军不得力，干脆提出要从剿黎战场撤出琼军：“公屡欲撤琼军，自因该军不得力之故。”但张之洞却不同意，希望给琼军一个立功的机会：“今大举戡黎，故拟责令一战，以补前失。且察看其中将弁孰勇孰怯，其间湘勇、淮勇、琼勇，何项较胜，则以后用舍方有定衡。”
分派既定，冯子材于九月初九日由定安县起程，督率员弁亲兵进扎岭门，居中调度。并出赏格：生擒陈忠明，首先出力者赏银三千元，并五品蓝翎；协同下手者赏给六品蓝翎，随同出力者酌给顶戴。
冯相华率领的萃字中军，由岭门进扎牛栏坪，于九月十五日发起进攻。一日打了两仗，“中枪、中火、落水、追斩毙贼一百五六十名，受伤不少，攻毁贼营三座。”十六日，侦知对方占据二渡溪口和喃仑要隘，“该二处为我军必由之路”。十七日，先攻打二渡溪口，“枪毙各匪将近百名，生擒匪目王那寒一名，匪伙十三名，馘取首级三十三颗。”十八日进攻喃仑，“将喃仑贼垒攻拔，毙匪七八十名，夺获军械多件，馘取贼级九颗。”二十日卯刻，复令各营进攻总山口要隘，“贼目卓均胜、先锋符那抽等，带党约七百余人，坚筑营垒，环以深濠，墙上遍插旗帜枪炮，壕外密布鹿角、枯签，两旁高山耸峙，顶插云霄，中间一线羊肠，蛇盘而进，真有一人当关，万夫莫开之势。”但在萃军的猛烈进攻之下，“我军遂获总山口要隘，贼目卓均胜、先锋符那抽等均死于乱枪之中，是役也，计毙贼二百三四十名，生擒五十九名，馘级六十三颗。记名总兵林长福所部萃字右军各营，由乌坡扎抵河滥，进攻什密贼巢之东北路。”九月二十日，冯子材致电张之洞谈作战的艰苦称：“现在各军深进，方知黎山情形不独水土恶劣，且重峦迭嶂，树密林深，处处皆然。晴明天气，瘴雾至八九点钟方散一半。若遇阴雨，山谷弥漫，对面不辨。粮食稀少，缘上年官兵办不结局，官兵退，良民卖米被贼残杀，全家受害。此次进剿，开导再四，民犹畏贼，不敢多卖，须由海口购运，需费不少，且贼巢内山高多冷，士卒难免冻饿。现饬运米制衣，分解各营。”张之洞则于二十七日复电给他，叫他在困难的条件下：“深入贼巢，自应悬赏励众，赏格一切均悉统请公酌。”
九月二十一日，萃军侦知“贼目范蒟兰、赖文成等率其党众约五百三四十人，筑立坚枷并密布鹿角、枯签，扼守牛轭高岭以阻我军。该岭为进什密要道，极为横峻，中路盘旋陡绝，两旁山高树杂，溪涧极深。”萃军先为诱兵之计，引诱对方射击，耗尽对方的弹药后，才挥军“拔开鹿角、枯签，斩栅冲入。匪目范蒟兰率党狂奔，守备陈江志率勇急追，立将该匪生擒，其赖文成等均向深林而窜。计枪毙各匪约七、八十人，落涧坠崖者五、六十人，生擒贼目范蒟兰一名，匪伙二十六名，首级三十八颗。”二十三日卯刻，仍复进兵。贼目赖文成等又纠合范亚二一股，仍踞牛轭岭旧栅。清军又将牛轭垅收回，并捣坡头贼巢，“计毙贼六、七十名，生擒匪目范亚二并贼党二十八名。”十月初一日，贼大股复至，又为萃军打败。初二日以后，萃军由当地团练引路搜山，“又陆续拿获贼之头目黄三、林观松、范蒟兰，先锋王蒟幸、王永成、林廷芳等共六名，枪刀毙贼不下一百三、四十名，斩获贼级四十八颗，生擒藏贼一十九名，均经解营讯明正法，分投悬示，以昭炯戒。”
冯相荣和刘保林率领的萃字前、左两军，于九月十五、十九两日由万州进扎兴隆市。二十三日前军攻取水南峒，左军攻取番薯坡。二十八日夜，冯相荣、刘保林等两军统领会议讨论进攻的战术：“以西峒为什密屏蔽，陈文忠乃陈忠明心腹巨党，该寨坚固异常，贼悍且多，而陈文忠奸谋叵测，加以山林丛密，非两军协力夹攻难以得手。且我兵勇须分多路而进，使贼防不胜防，乘间抵隙，破之必矣。”调拨既定，二十九日寅刻各军拔队并进，“是战也，枪炮火箭共毙男妇悍匪约有三百余名，生擒文忠发妻及该贼伙党三十余名，首级七十二颗。”
冯子材总结这阶段的进展称：“查四军深进黎峒，各距什密大巢均不过十余里，惟悍匪甚多，而贼巢险固，各处隘卡贼均用木石垒断，兼有死党护守，极为严密，兼以近巢一带崇山峻岭，树木阴浓，径窄涧深，难以直达，非兵分奇正，暗袭明攻，未易得手。”
十月初六日，经过萃军中、前、左、右四军的一番合力苦战，才将什密老巢攻拔，“陈逆忠明带其眷属伙党向巢后豕突狼奔而逃，冯守相荣急带全部跟踪追剿，各军员弁绅团见贼巢已被前军捣破，无不勇气百倍，大呼逐逼，沿途擒斩尤多。直至山中岭地方，陈逆忠明率其妻子、先锋人等回头拒战，各营赶上团团围住，水泄不通，该逆经乱枪击倒马下，贼党正欲援救，当经线工王奉龙等协同官军馘取该逆首级，”“并斩该逆先锋数十名，生擒逆子陈良荣一名，头目先锋十三名，余皆被枪击毙，全股悉数扑灭。”这是清剿行动取得的一个大胜利。接着，“各属团绅莫如琮等，会同大营亲兵，先擒首匪王打文，后擒匪目黄高山即无戴笠，并胡那遮等数十名，均经解营讯办，分别电报有案，此团练出力之实在情形也。”“又方道长华所统琼军八营，前报招抚白沙、元门各峒良民三十八村，近又据报招抚水峒良民二千余户，并优给该黎人等花红银牌牛酒，饬令一概剃发。”
冯子材高兴地向张之洞报捷称：“窃思各黎生长山峒，踪迹阻绝，骁悍异常，有元以前，即敢常出滋扰。迨明嘉靖弘治年间，岭脚黎及七峒黎、符南宅等迭次扰乱，经派安远侯柳珣、伏羌伯毛锐赴琼征剿，每次调兵十万，虽将该匪削平，但未深入黎山。近年来该匪故态复萌，而土客各匪转相煽惑，莅土之官间亦带兵查办，但兵少势弱，不敢深入，藉抚为名，草草塞责，以致各匪益肆猖獗，更无顾忌，元元涂炭，悯恻殊深。
查此次用兵虽不满万，实幸土客各匪慑我军威，或伏而不动，或反戈立功。又得各将士不惜身躯，不畏艰险，冲烟冒瘴，浮水凿山，奋勉齐驱，未及一月立破坚巢，枭逆授首，竟使数千年来衣冠不到之地，一旦可隶版图。”
张之洞于十一月初一日复电冯子材称：“逆黎施毒，杀我将士无数，令人痛愤填膺，非毁巢痛剿不可。兵势至此，万不能罢，请公速筹深入善策，永除此害。”并向清政府奏称：“萃军攻克什密老巢后，因冒瘴苦战，兼以不服水土，病殁累累，当将各营撤出岭门，调息伤病。”但这样一来，中路就无劲兵填扎。由于在琼各军皆未堪此瘴疠，于是张之洞又将刘永福所率驻扎广州的福军，由同知孙鸿勋选带四营前往，由中路进。并于到琼后，添募土勇两营，以资向导，每营二百人，仍隶福军，编为福军新左新右营，以便钤束。
解决了中路的陈忠明后，冯子材指挥各军转斾而东，十一月后连破陵水县之马岭、廖二弓、十八村等各黎巢。张之洞于十一月十九日有电提醒冯子材不要将攻占的黎寨烧毁：“鄙见山内贼巢似不必尽毁，缘荒山进兵，雨多雾塞，无所栖止，正苦屯戍为难。匪巢既破，就此驻军，设卡屯粮积械，胜于自造棚寮矣。此日黎地，即是将来我地，不比越境攻贼也，希酌办。”但对那些特别凶狠的对手，张之洞则杀气腾腾地命令：“元门峒黎蛊毒我军，速往剿之，勒诛蛊者，并求其解治之法，永除此害。此等顽恶黎匪，不示威不受抚，强抚亦必变也。”
张之洞于十一月二十七日将战况奏报清政府称：“琼州纬线处赤道北十八度至二十度，尚在台海之南三度，距赤道尤近，故黎地夷情大略相类。其地乱山穷谷，野树蔽天，雨多晴少，不分四时，晴午则毒热，雨夜则寒凉。溪涧纵横，深一二尺、三四尺不等，每日须涉水三四道，暴涨暴消，无桥无船。匪徒藏匿其间，我军逐层扫荡而进，行则队伍难齐，卧则支帐无地，该逆阻隘拒我，以逸待劳。我军攀险仰攻，出生入死，雕剿猱击，终日疲劳，较之内地行军艰苦十倍。而且水土恶劣，毒瘴湿雨，雾潦水湿，死亡累累。前者僵仆，后者继进，争先恐后，义无反顾，遂能歼渠捣穴，大振军威。西路琼军不避瘴险，深入各峒，迭抚生黎，并能生擒漏网首逆黄邹保等，亦足以大快人心。
此次攻剿处所，皆为数十年官弁兵勇未到之区。计岭门去定安县已一百九十里，岭门进至什密又一百八十二里，什密距五指山仅九十里。廖二弓暨十八村去陵水县一百三十余里，儋州至那大一百二十里，那大至元门峒一百八十里，皆由提督冯子材志气壮奖，率诸军亲历奇险，愈进愈勇，是以将士用命，所向有功。”但冯军牺牲也不小，如都司张福啟，首率一营由岭门深入黎峒，为诸军先。双溪滩、黄竹等处贼寨为陈钟明什密老巢第一重门户，岩深河广，该都司凫水而渡，麾军猛攻，首克坚栅三处。旋复冒雨会合诸军攻夺总山口要隘，大挫凶锋。是此次歼渠扫穴，该都司尤为首功。讵以日日渡河冒雨受湿，兼受瘴气水毒，致婴重病，殁于营次，各军同声痛惜，计该营弁勇伤亡瘴故最多。
光绪十三年正、二月内，清军搜捕各山，擒斩首匪黄清、陈文忠、胡那肥、陈那闪等。留扎岭门、乌坡之萃字中、右两军连日搜山，亦擒斩首匪赖文成、赖文才等，及一切首伙各匪为数不少，并将奉旨敕拿之伪大将军郑显昌生擒解办。而西路琼军亦诱擒客匪首黄邹保、温河清等解营惩办，又分派文武员弁督饬报效绅团，开通十字大路并入山小路十余条，招抚各黎剃发改装，编造户口不下二十万众。清政府闻知捷报后，于三月十九日有旨：“前广西提督冯子材自督剿琼州黎匪以来，攻克中、东两路老巢，安抚西路良黎，生擒稔恶匪首，办理尚合机宜。着加恩赏给白玉搬指、白玉柄小刀、大小荷包，以示嘉奖。”
冯子材在光绪十三年初还想亲“赴儋、临办客（匪）”，被张之洞劝住了：“大不可”，而希望他集中全力“乘胜将崖（州）”办了，兵机不可失，全功不可，此为琼计，并为冯计。于是，冯子材又指挥各军转战南路崖州，张之洞曾于正月十九日有电称：“琼黎以崖州为最悍，民间久受扰害，道远瘴盛，山深地广，生歧尚多，必须将崖黎大创。由崖州至乐安古镇州，北达红毛峒，东通宝停司等处大路纵横开通，方为一律通畅。”张之洞并奏报清政府称：“惟崖州一属，处琼郡之极南，距府城将及千里。山谷最深，瘴毒最重，多从古未到之所。该处生歧最悍，自道光九年至十一年戕官为乱，经前督臣李鸿宾督军剿平，卒以官兵未能深入，羊林岭以北黎村自此叛为生黎，不纳丁粮。近年抱寨、丑行、打荡等村黎匪四出焚杀甚惨，绅民屡经禀请剿办。又陵崖交界之卜马峒，在五指、七指之间，地势深险，素为匪窟，此两处尤应乘机戡定。此时将士久劳，馈饷不易，然不就此兵威一律底定，则琼地病根未除，声教终梗，以后难期再举。臣之洞熟加筹度，极宜格遵一劳永逸之谕，廓清崖境以竟全功。”
崖州乱民的老巢在南林岭，“在崖州之东一百六十里，高峰深谷，险峻异常。匪首谭亚吉、其党吉文香等，勾结附近各峒黎匪，据险结寨，乘便四出扰害。该峒黎恃其地远山深，历年屡抗官军。”即使“崖属各黎历经分报抚谕，各山峒相继剃发归诚，惟该逆首谭亚吉谓官军断难深入，抗不受抚。”冯子材即派冯相荣、冯相华等督率各营，于三月十七日进剿，十九日登将南林老巢攻克，先后歼毙悍贼二百余名，追擒匪党二百余名，但被首要人物逃跑。张之洞听闻捷报，于四月初提醒前敌将帅：“南淋逆巢已破，止捕诛谭逆及悍党拒战者，胁从赦免，安分良黎尤须抚恤，严饬弁勇勿得焚掳骚扰，切嘱！”二十五日，冯相华、蔡其铭督率弁勇，蹑及逆首谭亚吉于南林峒附近深谷中，生擒解营验明正法。沈宝光先后拿获卓五生、蓝亚对、陈亚兰等三名，各弁勇搜山，生擒琶生马、王用书二名，杀毙符光清一名，皆著名积匪。其大茅峒，十二弓等数十村峒，皆请缴械交匪，崖境一律肃清。此官军破巢擒渠，廓清崖境之在情形也。
此时，天气开始变热，海南岛特有的瘴毒发作，冯军染病将弁增多。四月二十三日，张之洞有电给冯子材谈将患病将士撤出称：天热瘴盛，前已两次电饬各军病瘴者撤出善地调理，酌留土勇办未竣各事，饬外省人员勿深入，专派土著员绅、熟习弁勇分投办理，顷复咨行统俟秋凉善后。现闻萃军病者甚多，病重者速撤回海口，其余应否酌量撤回，统请酌办。大功已成，本应凯撤，公声威远播，南淋匪逃匿者，各峒必能缚献，公以回驻郡城调度为宜，幸即垂纳速复。冯子材二十八日复电称：已将患病将士500多人撤出到水土较善的藤桥就营调理，但自己身体尚可，仍驻扎前敌指挥：“目下正饬营团搜擒匿匪，不宜松劲。材应仍驻陵，就近督率，以竟全功。”四月二十九日，张之洞有电称赞他：“悉公及两郎安善，慰甚。各官扎藤桥，麾下仍驻陵，不少松劲，壮哉！营平、新息胥拜下风矣。”这里提到“营平、新息”是指汉代的营平侯赵充国、新息侯马援，都是立功边陲的名将。
战后，冯子材回顾这一役兵将牺牲情形，仍感慨极深：“臣等查崖州为琼南瘴疠最重之区，而南林一岭，山深水毒，尤为险恶。杨玉书督军攻克逆巢后，旋即感瘴身故，其余员弁勇丁病残者不少，卒能备历险阻，克竟全功。论其攻战斩获，则不如大股外寇之多，论其艰苦病困，则难于内地十倍。”
虽然在海南岛的战斗过程十分艰苦，但在战斗结束后，冯子材对于战果还是满意的。早在肃清中、东两路后，即报称：“计自出师以来不及五阅月，遂使数千年恶劣贼薮，一旦削平，实非始愿所及。”等到肃清全岛后，又称：“官军入琼以来，各路剿办历时九阅月，固已力尽筋疲。而诸贼老巢又为亘古人迹不到之地，不惟蛮烟瘴雨，恶劣异常，且毒弩、毒箭、毒蝗、毒药，无一非害人之具。论者谓越南地面无此恶劣，甚属实情。”张之洞也奏称：“琼州黎峒昼热夜凉，天时既殊，瘴雾毒泉，水土尤恶。各员弁触暑登山，渡河受湿，攻剿黎匪，则药签、水毒、放蛊、禁咒，防不胜防。伐木通道，则岚氛蒸郁，林莽纠纷，蛇这飞蝗，所在充斥，触之即病，一病即毙。各该员等志在报国，慷慨请行，百折不回，置生死于度外，较之临阵捐躯者，忠壮实属相同，而坚忍尤征定力。”
早在攻下什密时，冯子材就与张之洞“筹商开山通道及将来开屯设长，兴利化俗之策。该提督规划久远，动中机宜。倘能仰借天威，开通群峒，尽化诸黎，实为治琼长策。”并于十二月即要亲赴五指山相度地势，开始筹备，为张之洞劝止：“元电将新往五指山相度地势，千万不可。此时道路未开，黎氛未尽，似尚不能议及官署诸事。各峒黎匪应搜剿者尚多，皆须麾下指挥，若深入，以后诸军难于禀承，且军报电线隔绝，鄙人与公商办各事诸多窒疑，俟道路开竣后再往不迟。切要。”
等到全岛基本平定后，光绪十三年闰四月初八日，冯子材电张之洞，根据海南岛绅士的意见，提出善后工作的构想：“据万绅钟仁龙禀：现全琼黎峒各路开通，受抚熟黎改装缴械，大致肃清。宜分四段：立一州三县，以五指山东面为一段，管万、乐、琼三属黎，截定安、十万、加钗、南蛇等峒在内，建城约在十万峒为宜。以五指山西南为一段，建城约在定安之凡阳为宜。以五指山正南为一段，建城在崖州大本弓为宜。此两段分管崖、陵、定三属黎。以五指山西北为一段，管儋、临、昌、感四属黎，建城约在感恩黎地为宜。四段分地虽宽，可添设巡检，初办以劝耕开市，锄强禁扰为要；定赋次之；立学又次之。如不建城设官，恐大军撤后，路蹊茅塞，发装沿旧，枪械置新，将奈之何？又崖、陵、定交界一带黎村，因地段不分，推东托西，无从招抚，兼有匪黎逃匿。藉大军声势，准绅募耐瘴土勇两底营入山抚定勒交，如再刁抗，即痛加剿洗，但有粮饷枪炮，计两月可蒇事各等情。
查该绅所禀，不为无见，惟汉官难以遽设。鄙意欲分地段设土官，准其建土城，招土兵，先行试办，俟瘴消匪净，再换汉官。盖先有城市规模，商民方敢入山居住，体察形势，事尚可行。至该绅请募土勇底营，冒瘴深入抚剿生黎，可否照准？”
清剿顺利结束后，张之洞、冯子材又向海南岛人民宣布《抚黎章程十二条》：
一、官军此举，专为剿除乱黎，招抚良黎，开通十字大路，以期黎汉永远相安。其良黎秋毫不扰，毋庸畏惧。
一、从前为匪黎人，投诚者免，抗拒者诛，擒斩来献者重赏。
一、投诚诸黎，无论生熟，一律剃发改装。
一、投诚黎首，开送户口册，捆献匪徒，缴呈枪械。
一、投诚黎众，随大军伐木开山，前驱向导，仍按里数酌给赏稿。
一、将来开通生黎大路后，选择要地设官抚治，安营弹压。各村黎长助剿开路有功者，授为土目，就中酌设总土目数人，散目给顶戴，总目授土职，自为约束，仍听地方官选黜，略仿滇黔各省土司之例，不令吏胥索扰。
一、开通后，黎人仍安生理，有主之田断不强夺，惟抗拒者籍产人官，充官军屯田之用。
一、开通后，田业三年之内不收赋税，三年之外，务从轻则起征，断不苛敛。
一、开通后，黎境有矿各山，由官商开采者，给钱租赁，绝不强行占据，黎汉均享其利。
一、开通后，民人盐布百货与黎地牛、木、粮、药等物，在各峒口设场互市，来往畅通，公平交易，严禁汉民讹赖盘剥，总令于黎人有益。
一、设立土目之后，应各具永远不敢杀掠、抗官、藏匿匪徒之切结存案，所属有犯，责成该土目拿送到官，按律惩办。
一、每数村仿内地设一义学，延塾师，习学汉语汉文，宣讲圣谕广训，所需经费就地筹办。令在籍绅士总兵林宜华、副将符鸿升等分遣通晓黎语团绅，经历各峒剀切宣谕，其霞黎、苗黎、哮黎、乾脚岐各种类多裸处，酌给衣裤，令其渐被冠裳之化，训其顽悍之俗。
这些针对黎族人民制订的章程，充分反映了冯子材等对黎族人民的善意，对于安抚黎族人民的惊恐情绪，恢复黎族人民聚居地区的稳定秩序发生了极大的作用。
为了切实推行这些“抚黎章程”，冯子材在岭门、南丰、闵安三处建立“抚黎局”，局内设局长；局下以3—6峒建一黎团，设黎团总长；团下为峒，峒设总管；峒下分保、甲、排，十户为排，三排为甲，三甲为保，分别配有保长、甲长、排长。总管以下是土官，均由当地黎族奥雅（头人）充任，此制沿袭至新中国成立时结束。
抚黎局成立后，即着手给岭门救济耕牛30头，扶助耕种，使其恢复生产。深山生黎，名曰生岐，贫困者多“织木皮、吉贝为衣，长或过膝，短或逾脐，服仅掩腿，或以片布裹下体，或以二幅掩前后。”男人椎髻跣足，仅用片布，通前后包之，名“黎包”。隆冬取加布树皮捶软，用以蔽体，夜间用以代被，寒则靠火取暖。抚黎局发给衫裤，又“制衣裳作样，变易黎人裸处，令其渐冠裳被化”。加上延师设教，提高文化知识，知礼义，改变其顽悍好斗之俗。所以，《民国志三十五年钦县志》称：冯子材“尤为开化黎峒之先河”。
黎族人民感念冯子材的恩德，都尊敬地称他为“冯公”。当时水满洞（今通什市五指山乡）、太平峒（今琼中县吊罗山乡）等地的义学，群众称为“冯公学馆”，简称“公馆”，即阿公所设之馆。有的义学所在地发展成为村、墟，故又有“公馆村”、“公馆墟”之称。传说民国二十四年（1935年）保亭建县时，其县治（今保城镇）有一座凉亭，系冯子材当年在此驻兵建造的，群众称为“冯宫保亭”，年长月久，人们简称这“保亭”。建县时，为纪念冯公抚黎之功，故县以亭名，称为“保亭县”。
接着，冯子材又指挥官员将士团绅，实施开路计划。后来报告实行情形称：拟以五指山为居中，定万、崖、儋各开一路，即用黎夫开之，以各属绅耆董之，并委山西补用知府杨玉书统办定、万、崖三路开山伐木砌路事宜。其儋州一路，即饬统领琼军方道长华雇夫开办，已择定本年十二月十七日一并起工。均由五指山脚起开，至各州县官道止，限至十三年五月底工竣。其路均宽一丈六尺，铲高填低，务成平坦大道。又于路之两旁各开一沟，宽深以一尺为度，俾免天雨泥泞。沟上各视土宜栽种树木，既可表道，并荫行人。俟十字大路开成后再开各州县入山小路各一条，计宽八尺。前奏定开辟大路十二道，均皆依限开通，四面交会联接，皆可达于五指山下。合并接算，计所开通道路共三千六百余里，此外复劝督各州县团绅另开小路：万州五道：一由中兴市至乐会五村，一由番葛坡至陵水黎万岭门，一由金鸡寮至分界水，一由黄麇坡至深田，一由西峒至长沙。陵水三道：一由马岭弓至七指岭，一由文村弓至宝停司，一由北渡溪至藤桥市。定安四道：一由打运至三坎澳，一由铜甲口至牙打，一由新兴坡至打喃们，一由新兴坡至牛栏坪。崖州二道：一由朗篓汛至官坊河，一由抱怀村至乐安所。澄迈二道：一由岑仑圩至临高垂南村，一由岑仑圩至琼山那略大溪。儋州一道：由塘源市至元门洞。临高一道：由兰洋市至加喜村。感恩一道：由北黎村至古振州。昌化一道：由县城南经大田、黎峒亦至古振州。乐会一道：自阳江市至黄村。会同一道：由石壁沟至万州什密村。共开小路二十二条，均已与大路接合。并于冲要平坦处所盖棚寮，设立墟市，以便商旅往来。所开通的十字路和大路十二道是；以五指山腹地水满峒为十字中心交叉点，东西为南（丰）陵（水）路：即从陵水县治至宝停营（今保亭县治）经文化墟、毛祥、水满、红毛峒、薄沙营（今白沙县治），至儋州之南丰，计程五百二十里；南北为岭（门）崖（城）路：即从崖城北上乐安营（今乐东县治），经凡阳、毛阳、水满、什万、红毛峒、营根铺至太平营的岭门（今琼中县湾岭），计程六百里。大路十二道如井字形：1.由乐会之嘉积市西行，经右壁、船埠、加岭、中平、河滥出五指山北，西抵牛栏坪，此为东北路；2.由万州之兴隆、五甲西北行，经长沙营、什密、禁会、南峒、七屯出五指山之东，亦抵牛栏坪；3.由定安之峒甲口西北行，过毛祥口出五指山之南，西指五指山下水满峒；4.由陵水之乌牙开至宝停司，又由崖州之藤桥亦开至宝停司，再由宝停司西行，横开一路，越七子岭，抵崖州属乐安司，此为东三路；5.由崖州东之三亚口西北行，越华林大岭出五指山之西，抵凡阳，此为东南路；6.由儋州南丰墟东行，经大水、番嵛、元门、红毛、合棘诸峒，东南抵五指山下水满峒；7.由红毛峒南行，经番响、毛匮诸峒，出五指山之西，北经凡阳，南抵乐安司；8.由儋州之调南墟东南行，经七坊、刀缸诸峒，南抵感恩古振州峒，此为西三路；9.由昌化东行，经十振州峒，东亦抵乐安司，此为西南路；10.由崖州西之九所墟北行，经乐平汛东北抵乐安司，此为南路；11.由定安之岭门南行，经蚺蛇峒、十万峒、牛栏坪、南劳峒抵五指山，过山南至水满峒，此为北路；12.由岭门西南行，经三坎溪，猪母湾、加钗峒出黎母山，南抵红毛峒，此为西北路。共一千一百余里，开各县小路三千余里，为后来山脚开县创造有利条件。各大小路的开通，对促进黎境政治、经济、文化的发展，黎汉民族的团结往来，具有重要意义。
冯子材等又在海南岛各地贯彻实施针对海南岛具体情况，恢复发展经济、政治、文化措施，以及在黎民聚居地“除弊化俗”的《善后事宜》数端：
一、移民垦田。黎山既通以后，查其田土皆属浇腴，土暖雨多，一岁三熟，远胜于琼属山外州县，除有名诸岭而外，多系坡坂绵延，可资种植。即山谷之中，亦多产佳木药材，并无荒崖弃土，计现在人迹可到可耕者，何止十余万亩，种禾种烟种蓝种蔗，无所不宜，听民自便。文昌县人稠田少，每年出洋趁工服贾者甚多，已饬县出示晓谕民人愿入山垦种者，听其自择地段认垦，报官勘明给照，三年内免其升科。并令文昌团绅副将符鸿升，广为劝导他县民人，愿往开垦者一律办理，民情甚为踊跃。数年之后，琼地米谷日多，闲民日少，庶于本务不无裨。
一、招商伐木。商务以林木为大宗，现饬朱采于抚黎局内附设招商局，开采山木，并委发粤差委记名提督谢鸿章、贵州候补知府席时熙，专办招商伐木事务。略分官办、商办二法：官办则派员率带土勇深入老山，无论良材杂树一律砍伐。成材者，堆积溪河两岸，转售商人；丛杂者一并芟除，亦可充搭棚、盖屋、为薪之用，藉以豁其阴霾，消其瘴气。商办则定何山，限以四至，先给护照，始令开采，官山量材纳税，黎产公平价买。现粤商分赴定安、万州、崖州等处，勘得近河道处山林极伙，尚可设法运出，集股前往者络绎不绝。
一、助商开矿。黎境各峒有五金矿者甚多，惟昌化所属大艳山铜矿最旺，铜苗上泄，多产石绿，故亦名石绿山，府志名为峻灵山。宋以来即称其山常有宝气，嘉庆三年曾经督抚臣奏请开采鼓铸，以省远运滇铜。同治四年，有西人与香山监生林腾汉私议，欲开此矿，经前督臣瑞麟查知，照约阻止。现有香山职员张廷钧集资往开，募黎作工，经营已及两年，机器现亦购到。察其矿苗确系丰美，现经设法鼓舞开通，并许由县营力为保护，免致土黎索扰。目前粤省正在设局铸钱，如此矿畅旺，铸钱即可取资琼产，可免外购洋铜。大率材木之利在一年以后，垦田之利在两年以后，铜矿之利在三年以后。虽不能骤致富庶，总可期琼地商民生计日裕，公家亦资其益庶，不致以一切经费全行仰给内地。
一、设官控制。迭次与冯子材、方长华等函牍筹商，博采众议，佥谓新经开通处所，凡形势冲要，距城辽远之区，如定安之十万峒、万州之什密峒、定安之凡阳、感恩之古振、崖州之大本弓、琼州之水会所等处，皆须设官。既已弹压黎村，兼防土团扰害，并经理开垦、招商、修路诸事，方不致通者复阻。此六处均应量设同知、通判、州判、县丞等官，并移置营汛。惟目前经费未裕，地利未开，瘴氛未净，应暂派委员及带勇将弁，就以上各处扎驻经理。以后体察情形，或增或移，徐图建置。至生黎各峒，前明以来多设有世袭总管，类皆刁黠贪横，平日则苛虐黎人，伺便则勾结外匪，突出劫掠。此后应即一律革除，择循谨者派为村长、峒长，所辖村峒多者，酌给顶戴，予以把总、外委等职衔，由地方官选黜，不准世袭，责令奉法缉匪，免致负固为乱。
一、除弊化俗。各黎性固愚犷，亦甚朴鲁，平日每为奸民剥削，尤应加意体恤。查知黎村粮赋，向来不免为蠢胥地棍抑勒欺蒙，现据署崖州知州刘保林禀称：已查明量加核减，复经严饬各属，一律查核，力除苛累。如有奸商欺骗盘剥，团勇索扰，奸民诬害，一并严行惩办。
其建立义学一节，万州已设有六处，此外各州县饬令一律酌办，先令粗通华语，略识汉文，宣讲圣谕广训，使知礼仪法度之大端，且免为奸民所愚。
至客匪一项，白上年秋冬以来，历经方长华派军查拿勒交，正法者一百余名。惟客强土弱，积憾过深，而客民赋性凶狠，官军一撤，难保不纠众报复。现经方长华督饬地方官传集土客各绅，剀切劝谕，解释宿嫌。查有漏网未获之客匪，捆送者给赏，容隐者连坐。若土人仇杀诬陷，亦必按律治罪。土村匪徒一律治按清厘惩办。但目前尚须兵威弹压，方能责令遵守。其有悍暴客民，习惯生事者，贷其一死，勒令携家离琼，不容逗留。先除其败类，继之以持平，庶可经久相安。以上善后各事宜，当督饬雷琼道朱采次第切实筹办。
冯子材等人的这些措施，在充分照顾到黎族人民的利益外，其开发海南岛的计划，也给全体海南百姓带来一个发展的机会。
光绪十三年春，冯子材在五指山北仕阶岭大路旁巨石上刻“手辟南荒”四个大字留念，副刻“钦差大臣、太子少保、督办全琼军务、钦州冯子材，三品衔广西即补分道、遇缺尽先前知府，子相荣、相华，统兵平靖客黎各匪，勒此并志。”在仕阶村东溪旁一巨石刻都启模等人所拟题字：“皇清光绪丙戌、丁亥，冯帅戡黎，收回化外。前有海瑞，后有冯公，通道设县，志继刚峰。三公五郎，整军经武，各领偏师，开疆辟土。誓清瘴海，深入不毛，冯家勋业，五指同高。”副刻“石城纪宝光、布下士独山都启模拜题，荔波李肇同，光绪十三年。”
为了平定和开发海南岛，冯子材及其将士也付出了巨大的代价。张之洞于光绪十三年六月十三日上奏《为杨玉书等请恤片》称：盐运使衔、奉调广东差委山西候补道杨玉书，上年十月派往琼州军营差委，经冯子材委令总理营务并总办抚黎开山事宜。该员拊循将士，督催工程，招徕黎歧，遍历陵水、万州各黎峒，冒瘴越险，艰苦备尝。本年三月，会同知府冯相荣等督军进剿南林匪巢，身先士卒，深入其阻，擒渠扫穴，戡定崖黎。旋以受瘴过深，回至崖州三亚地方，遽行病故。
查该员年力正强，慷慨任事，抚绥黎众，恩信甚孚，力戒滥杀，严禁骚扰。其病殁也，生熟各黎，闻之多为感泣野祭。壮志未伸，殒身瘴域，臣等失此臂助，悼惜同深。又查委赴琼州军营差委各员弁，文员如广东试用知县晁振翩、同知衔广东候补知县陈烈、广西候补同知直隶州罗家泰、广西补用知县石佩琼、广西候补知县陈仕、同知衔江苏候补知县陈治安、拣选知县拱觐枫、汪树生、候选直隶州州判王国栋、户部候补笔帖式岳志、候选国子监典簿韩方炳、广东补用布经历顾恩裕、补用布照磨李维馨、试用巡检昊渊；武员如记名总兵易荣华、总兵衔副将朱廷栋、刘德森、副将衔参将黄秉朝、游击彭致和、李续金、都司谭信祖、邵兴、杜明益、梅立本、何兰芳、石启发、守备陈江志、蔡必寿、王云光、武贞泰、白维桢等，或转战直前，或开路深入，或冒险招抚，或力疾勘工，均先后染瘴在营病故，深堪悯惜。《清稗类钞》载有《杨玉书娶妻多次》一文称：“楊玉书，字赐麐，四川人。光绪言丙子举于乡，旋以知县分發粤东。探知有故官某，巨富而死，遣一女，乃伪为丧妻者，遂谋娶之。已而居津之外妻偕其母至，杨大窘，乃乘其未至，往說之曰：上司方督过我，若知我接眷至，必疑我有钱，汝辈宜别僦屋以居，外妻許之。已而家中妻弟至，已而又有他处所娶之妇至，皆令别居一室。盖杨誑娶之妇，非一次矣。然杨每日伺候上官外，又須至五处周旋，备极疲乏，未几遂卒。以剿黎故，得卹典甚优。”似乎杨玉书的早死，除了战事劳累外，也与他多娶妻妾以至身体亏损过甚有关。
至于冯子材本人，以年迈之身亲临前敌指挥作战，肉体和精神也极其劳累，他后来奏称：自己“前在琼州剿匪，深入黎峒，自秋至夏，露宿风餐，水土不服，以致积受瘴湿，牵动旧时痰疾。本年五月钦遵电旨班师渡海，在轮船三昼夜，复染痢疾，委顿不支。”以致后来虽被任为云南提督，也长期不能赴任。
《冯宫保事绩纪实》记载冯子材平定海南岛动乱过程十分简单：“六月内，琼州客黎各匪滋扰地方，准两广总督部堂张、广东巡抚部院倪咨请，酌带数营驰往查办。二十九日由钦起程，七月初三日，驶抵琼州海口所。适该黎匪首陈忠明等，带党数千出山焚掠，逼近定安、澄迈两县，距城不远，势颇岌岌。体察情形，非添募重兵，深入剿洗，难期永逸，当即派营分驻定安、澄迈两县城，认真防守。一面电咨督抚两院，加募重兵。旋准咨覆，准募营勇新旧共二十底营，并节制方道长华所部八底营，大举深进，琼州镇道以下均听节制。当派员弁驰回内地，招募营勇。
八月内进驻定安，黎匪闻风退回贼巢，是月，复由定安进扎岭门，居中调度。九月初，大军云集，当派知府冯相华统领萃字中军各营，由牛栏圩进；总兵林长福统领右军各营，由乌坡进；知府相荣统领前军各营，直隶州刘保林统领左军各营，由万州进；节节扫荡，所向皆捷。是月内，捣破什密老巢，擒斩匪首陈忠明等及匪党三千余众。十月内，转旆而东，进驻陵水。分派诸军捣破马岭、瘳二弓、十八村等处逆巢，擒斩匪首王清、黄清等二千余贼。
十三年正月二十五日，陵水行营，蒙御赐福字及大小荷包银钱银锞食物等物，祗领讫。二月内，进捣崖州之南林匪巢。四月内，擒斩匪首谭亚吉、吉文香等，扫平贼薮。并派勇队开通入山大小各路十余条，搭桥开井百余处，琼地肃清。正与督抚商立郡县，为一劳永逸之计。缘烟瘴甚盛，文武兵勇染患甚多，病故不少。闰四月十一日，陵水军次，蒙御赐白玉搬指一个、白玉柄小刀一把、大荷包一对、小荷包一对。并奉皇太后懿旨，发下御制平安丹十匣，祗领讫。五月初四日，凯撤回钦，五月初九日回抵钦防。”读起来索然无味，似乎作者是在敷衍成文，毫无热情，只是泛泛谈大概事实，而于其中的内情就无意深入探求了。
《冯子材传》的作者显然曾查阅和梳理过冯子材的有关奏报，再记述平定海南岛经过称：子材先出示离间各股，使互观望，专向什密攻取。自进扎岭门，分兵正东、正北、正西、东北，凡四路攻之，由牛栏圩、鸟坡、万州等路并进，匪出营双滨、石滩拒战。及用火箭射入石缝，发火纵烧，乃夺其左垒。进攻总山口坚垒，该垒夹峭壁，环深濠，几无隙可攻，及用前锋佯败诱敌，另遣伏兵越垒暗袭之，始破其要隘。各路环攻，连战皆捷，捣破屏蔽什密之西峒，遂会各路，取包围势，再分兵为奇正，暗袭明攻并举，遂破什密，当场击倒陈钟明而馘其首，并擒斩逆先锋头目等数十名，扑灭其全股。
转旗而东，进驻陵水，分捣马岭、廖二弓、十八村等花黎、哮黎各巢，悉破之，擒斩匪首王清、黄清及其党数千。首匪如胡那肥、陈那闪、陈忠清等与客匪之黄邹保、温河清、伪大将军邓显昌辈积年巨憝，悉就诛尽。丁亥春，捣至崖州之南林匪薮，又擒斩匪首谭亚吉、吉文香等，全部胥平。
招抚各路黎民编立户册者二十余万，黎洞多至数千，除深山生歧听其跧伏孳生外，其霞黎、苗黎、哮黎、干脚歧各种，虽类多裸处，无不制给衣裤，令悉改装，被以衣裳之化。即以兵为工，率各黎夫远师前明海瑞、俞大猷诸人开通五指十字大路之计划，并谋创设一府六县于黎山，即遣员生详测山形道里绘送之洞商核。所布抚黎章程十二条，即以开路为首，伐木采矿次之，置长约束又次之，设场互市又次之，联村立塾为殿。计入琼历时九阅月，开拓亘古声教不到之地，深入苦攻，多备医药，扫荡毒箭、毒蝗、毒药，纵横各四百余里区域，易荒芜为衣裳。昔安远侯柳坷、伏羌伯毛锐，每动兵十万以临琼而不能削平者，子材提万人以短期肃清之。夏五成功之日，适热瘴盛，军中染瘴生病者渐众，不得已以发展琼崖实业之责付之有司，凯撤回钦。
总之，冯子材为平定海南岛的动乱和发展海南岛的政治、经济、文化，作出了贡献。后来，在反对八国联军的入侵中，冯子材也以此作为鼓舞士气的例子：“其办琼崖黎匪，议者以山高岱险难之，谓非数载经营不克，奴才平之仅数月。其他战绩，不能殚述。”至于法军后来侵略粤西海疆时，不敢再选择海南岛为目标，其中就有冯子材平定海南岛的因素在内。
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