早在赴虎门收缴鸦片之前，林则徐就多次重申过3月18日提出的要求外国商人出具甘结的命令，并在4月4日发出甘结式样让他们照着办。
但此时义律的态度却异常蛮横。当4月21日伍绍荣再次把甘结式样交给他时，他竟愤然撕毁。义律现在已经是一副无赖嘴脸。事实上，由于英国政府和鸦片贸易的肮脏关系，义律绝不会甘心缴烟，更不会甘心永远和鸦片贸易切断关系。义律不但自己不具结，还从中挑拨，不让从事正当贸易的英国商人具结。离开广州去澳门之前，义律曾说：“违禁犯卖一弊，误及正经贸易，贻累人之家业，其害甚重，亟须设法早除此弊于常久……常远除绝”。可是一到澳门他就判若两人，要求允许英船在澳门装货，想要把走私活动从广州转移到澳门。林则徐颁赏缴烟趸船茶叶时，义律也翻脸拒绝接受。义律破坏英商具结贸易的意图已经再明显不过了，他想拖延时间，等待英国政府发动对华战争的命令。总之，他绝对不愿意丢掉贩卖鸦片这条财路，虽然这种交易是血腥、肮脏的，但为了钱他们什么也不顾。
商人都追逐利润，当那些商贩看到林则徐态度坚决，不与中国具结就不能开展贸易活动时，开始有些动摇了。林则徐适时提出，只要遵守中国法律，不贩运鸦片，进行正常贸易一律欢迎，相反就必须驱逐出境。美国等国家的商人感觉到不应该再听从义律的，因为那样只能眼看着自己蒙受损失，于是纷纷向林则徐具结，很快获得了上岸开展贸易活动的权利。这就相当于孤立了义律，削弱了他的力量。英国商贩看到其他国家商人继续贸易活动大获其利，甚至把本来属于他们的那部分利益都趁机占去了，不免眼红，因此渐渐有人对义律的做法感到不满，议论也越来越多。其中有的商贩从来没进行过鸦片贸易，现在却也跟着受牵连，眼看着船上的米、棉花、布料等快要发霉，非常着急，就纷纷找义律要求具结。无耻的义律竟用武力恐吓这些商人。
林则徐深知，如果不具结，尽管此前的收缴和焚毁鸦片声势浩大、效果明显，但禁烟运动依然随时有功亏一篑的危险，烟毒依然没有从根本上除尽。所以他对具结问题绝不含糊，穷追不舍。没料到的是，7月7日又发生了英国水手在尖沙咀杀害中国居民的流血事件。
当天，一群英国商船上的水手来到尖沙咀村酗酒作乐，借酒醉捣毁村庙，殴打中国居民，村民林维禧被英国暴徒用木棍击中顶心及左乳下胸部，第二天死去。这些暴徒的卑劣行径还殃及了许多人。
义律匆忙赶到尖沙咀装模作样进行调查，假惺惺地宣布愿意奖赏指明将人打死的凶手的人证和指明引诱生事首犯的人证。他还给受害者家属赔偿费，想通过贿赂让他们承认命案是因误会发生的。此前肇事者已经用钱收买了死者亲属，照他们说的立了字据。
林则徐于12日接到英国水手殴打尖沙咀村民致死的报告，立即派人前去查办。经查，林维禧是因多处受棍伤而死，并通过村民协助拿获了替英国水手收买死者亲属的人。真相大白后，林则徐派人到澳门谕令义律交出杀人凶犯，由中国官府审办。义律不肯交出凶手，还说英国人不能把本国人交给别国审批。后来义律自己充任法官搞了个“审讯”，在“审讯”现场宣布对一名英国水手犯杀人罪的控诉案不予受理，然后将五名参与殴打的水手或监禁或罚款了事。这一居心不良的做法引起林则徐的愤怒，他坚决维护中国的独立主权，不许英国人如此践踏中国人的主权和尊严。24日，澳门葡萄牙当局执行林则徐的谕令，宣布驱逐英商出境。
林则徐不愿“轻启边衅”，但他也深知不能因此而示弱，否则尊严丧尽、威望尽失，以后的问题就会更加棘手。他和邓廷桢再次发出告示，重申具结贸易的原则：一切未带鸦片的外国商船进口贸易，不得逗留洋面；船内误带鸦片的应速即自首，全行呈缴鸦片，准其免罪，鸦片缴清，亦准进口贸易；不愿进回的应即自扬帆回国，不予追究。另外，要立即交出杀人凶手。
9月6日凌晨，林则徐、邓廷桢来到虎门镇口。他们一上午都在和关天培在筹议海防，这时突然接到九龙海战的战报。原来，义律因不能盘踞在澳门与中国对抗，决心以九龙巡防水师查禁接济为题挑起冲突，以期摆脱尖沙咀英船缺少食物和水的窘境。4日上午，义律等乘坐“路易莎”号，带着“珍珠”号和几只武装快艇从香港出发，开到九龙山炮台附近海面，假装要求供应食物，向在该处防护炮台、查禁接济的大鹏营三只师船寻衅。下午他还递交“抗议书”，说半小时之后再不供给食物就要击沉水师战船。半小时后，他不等正在前往答复的官兵到达，就下令开炮轰击师船，当场击毙兵丁欧仕乾。水师将士立即反击，英船败退。
林则徐一次次追究具结和交凶问题，义律却一次次无理抵赖、装聋作哑。不久，洋面又出现向中国贩卖鸦片的英商船只。林则徐立即决定驱逐英商回国、择机动兵围拿杀人凶手。义律眼看着这样撒泼耍赖全然无用，图穷匕见，彻底露出他侵略者的面目。他立即拜会英国海军驻华司令官士密，让他“采取您认为最好的步骤，以防止英国的船只落到中国政府手中”。士密明白了他的意思，当天就率领英舰“窝拉疑”号和“海阿新”号从澳门向虎门进发。但是，后来在穿鼻洋面的战役和官涌山战役中，英舰都被中国英勇的官兵击败。
道光帝待在朝廷，对外情缺乏了解，对缴烟以来种种斗争的艰辛也毫无体会。他原以为林则徐一到广州收缴了鸦片，事情就结束了，哪里知道这里矛盾重重。他对世界的发展形势也毫无认识，看到与英商之间的事情迟迟无法了结，索性说“日后再有反复，即当示以兵威，断绝大黄茶叶，永远不准贸易”。这实在让林则徐左右为难。多年的学习和实践，尤其是到广东以来的所见所闻，使长怀经世致用之志的林则徐深知中外贸易不可断绝。闭关自守不但不能排除外敌的侵略，而且会导致自我毁灭。他反对的只是害人性命的鸦片贸易，对正常贸易他从来是鼓励的。但是，皇帝的命令不可违抗，林则徐在与邓廷桢等商议后，宣布从12月6日起停止英国贸易。但是，从长远考虑，已经遵式具结的英船，林则徐还是允许照常贸易的。
中英贸易一停，义律自食苦果。除了具结的“担麻士葛”号外，三十三只英船不得进口，卖不出货物，也买不进茶叶。眼看着贸易的利益全被其他国家商人占去，急得义律抓耳挠腮。这时，林则徐却接到道光帝披阅穿鼻、官涌战役奏报之后下达的谕旨：“英吉利国夷人自议禁烟以后，反复无常……即使此次具出甘结，亦难保无反复情事，若屡次抗拒，仍准通商，殊属不成事体，至区区税银，何足计论……着林则徐等酌量情形，即将英吉利国贸易停止。所有该国船只，尽行驱逐出口，不必取具甘结。其殴毙华民凶犯，亦不值令其交出……出示晓谕各国，列其罪状，宣布各夷。”
道光帝明令废止具结、惩凶的正义措施，让林则徐陷入了深深的怅惘。这等于他连月来为挽救民族危难所做的全部努力都遭到了否定。道光帝那些口气异常严厉的批驳也让他无法再婉言进谏。1840年1月5日，林则徐宣布正式封港，断绝英国贸易。同一天，道光帝放邓廷桢为两江总督（21日改云贵总督，26日调闽浙总督），林则徐移任两广总督。26日，林则徐接到调任两广总督的谕旨。林则徐苦心孤诣的禁烟运动和顽强勇毅的对敌斗争，就这样在不该结束的时候硬生生被阻断了。
与此同时，英国蓄谋已久的侵华战争也终于找到了借口，提上了日程。为打开中国市场大门，英国决定派出远征军侵华，英国国会也通过对华战争的拨款案。道光二十年（1840）6月，英军舰船四十七艘、陆军四千人在海军少将懿律、驻华商务监督义律率领下陆续抵达广东珠江口外，封锁海口，鸦片战争爆发了。
中国军民奋起抵抗，沉重打击了英国侵略者。当时，林则徐坐镇虎门布置兵力，同时号召广东民众奋起抗英。英军见虎门戒备森严，无机可乘，就在浙江定海敲开了中国大门。英军占领定海后，北上封锁天津，让道光帝惶恐不已。妒贤嫉能、腐朽堕落的弛禁派终于找到为林则徐罗织罪名的好机会，这时便在道光帝面前尽情诋毁林则徐，说这场战争正是林则徐禁烟引起的，应该惩办林则徐，又说英国船坚炮利，清廷招架不住，所以只能妥协投降。
道光帝本来对禁烟的重要性认识就不够，对禁烟的举措和与英商交涉的种种艰难也缺少了解，此时竟听信奸佞之言，下令惩办林则徐，改派琦善到广州办理善后事宜。1840年9月到10月间，道光帝以“误国误民”、“办理不善”等罪名将林则徐撤职，交由刑部查办。
腐朽的封建制度无法抵抗英国的侵略，战争以中国失败并赔款割地告终。道光二十二年（1842），清政府代表在南京（时称江宁）下关江面的英军旗舰康华丽号上与英国签署中英《南京条约》，这是中国历史上第一个不平等条约。
这个条约签订后，中国的领土主权、关税主权、司法主权等均遭到严重破坏。西方列强趁火打劫，纷纷向中国攫取利益。鸦片战争使中国开始沦为半殖民地半封建社会，丧失了独立自主的地位，中国人民也由此揭开反抗外来侵略的历史新篇章。
随着英国侵略者对华侵略的步步深入，朝廷中积极主张抵抗的官员对主张投降的琦善之流日益不满，许多人先后上书道光帝请求起用林则徐。道光帝听从了这些人的意见，道光二十一年（1841）5月1日林则徐接到道光帝命其赶赴浙江前线的圣旨。6月10日林则徐到达镇海，就像以往那样立即忙碌起来。但这时广东的情况又发生了变化，接替琦善的靖逆将军奕山犯了冒进的错误，还没有做好准备就率军与英军作战，结果打了败仗。为了开脱罪责，他造谣说“英方并非乐意打仗，而是愿意议和，他们恨之入骨的只有林则徐一人”。如此说来，显然只有惩办林则徐才能得到与英方议和的机会。求和心切的道光帝不问青红皂白，就把广州战败的责任归罪于林则徐，说此次奕山之所以招架不住英军的进攻，都是由于林则徐当初在广州任职时没有积极筹划防务。6月28日，道光皇帝下旨革去林则徐四品卿衔，“从重发往新疆伊犁，效力赎罪”。
林则徐明明禁烟、抗英有功，却频遭诬陷以致被革职，他唯有忍辱负重。7月14日林则徐踏上了茫茫戍途。在赴戍途中，他仍忧国忧民，从不为个人的坎坷际遇而悲叹。5月中旬，林则徐从洛阳到达西安。与妻子郑淑卿在西安告别时，他写下了“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”这感人至深、传诵千古的名句。这是只有林则徐能写出的诗句，是以他一生忧国忧民的实际经历和高风亮节的人格为底色的诗句。
到达伊犁后，伊犁将军布彦泰对林则徐非常友好，安排林则徐“掌粮饷处事”。林则徐依旧关心国家大事，常向布彦泰借阅每月一期的邸钞阅读。他还翻阅了当地大量档案资料，研究边疆史地、屯田和边防的历史。林则徐积极投身于水利建设，道光二十四年（1844）他捐办兴修龙口水渠，工程十分艰巨；山川险峻、气候恶劣的环境，对于六十岁的林则徐来说，适应起来并不容易，但他还是克服困难、承担重任。道光帝要勘查南疆垦地，需要经过实地调查，结合各地情况制定不同的屯垦政策，这个任务显然更加艰巨，绝非一般官吏所能胜任。尽管道光帝罢黜了林则徐，但对他的才干是充分了解和信任的，所以又委派他到南疆承担调查任务。林则徐接到任务后，对库车、乌什、阿克苏、和阗、叶尔羌、喀什噶尔、英占沙尔、喀喇沙尔等城逐一勘访，对清政府制定南疆垦荒政策起到关键作用，也为中华民族的边防巩固做了巨大贡献。这一勘察任务刚刚完成，林则徐又接旨勘察吐鲁番的伊拉里克垦地，这对开发新疆起到的作用是不言而喻的。
从道光二十五年（1845）起，清政府重新起用林则徐，先后让他担任陕甘总督、陕西巡抚、云贵总督。林则徐于道光二十六年（1846）8月30日抵达西安，接任陕西巡抚。
在这里，他平息了在社会上结党成群、滋扰生事的刀匪带来的祸患。当年陕西大旱，林则徐既有爱民情怀又有丰富的治灾经验，他采取平粜、缓征等有力措施帮助百姓度过了旱灾。他特别要求保护耕牛。灾歉之年，由于缺衣少食，饥民多有杀牛的，这无疑会造成来岁失耕的窘境。林则徐采取“官为牧牛，偿其值”的办法来保护农业生产，又提出“在野多一佣工，即在途少一饿殍”，为饥民的生计想办法。道光二十七年（1847）5月14日，林则徐奉旨调任云贵总督，他与夫人稍作整顿就取道四川直奔云南而去，7月28日到昆明上任。在这里他同样兴利除弊，一心一意为民众谋福利，因维护云南边境安定得力，加太子太保（负责教习太子的官员，清朝时是从一品官，但有衔无职，一般作为一种荣誉性的官衔加给重臣、近臣），赏戴花翎。
1849年（道光二十九年）秋，林则徐因病重奏请开缺回乡调治，次年三月回到福建侯官。当时，太平军声势逐渐壮大，令清廷深为担忧，咸丰帝又任命林则徐为钦差大臣，派他前往广西。但这时他病情加重，已经无力担负此任。道光三十年（1850）11月22日，林则徐在抱病出征的途中，在广东潮州普宁县行馆与世长辞，享年六十六岁。
林则徐的一生，是经世致用、忧国忧民的一生。他为国富民强的理想奋斗不息，是具有世界眼光的思想家，是中国近代“开眼看世界”的第一人。他的思想、言行体现了一个高尚、正直的中国人的节操和面貌。他探索的救国济民之道给后人带来巨大的启迪，他抵御外侮、抗击侵略的精神鼓舞了一代又一代中国人为了民族独立富强而奋斗。林则徐一生的言行、事功都表明，他不愧是华夏儿女的一面光辉旗帜、彪炳千秋的民族英雄！
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