此时，在明朝末年兴起于辽东的清政权，正虎视眈眈地等待入关夺取中原。当收到吴三桂派兵共同打击大顺农民军的请求后，军事统帅多尔衮决定趁大顺农民军立足未稳、内部混乱的有利时机，率军直趋山海关。在多尔衮裂地封王的利诱下，吴三桂于明崇祯十七年（1644年）四月引清军入关，在石河、北山一带重创大顺农民军，使其不得不放弃北京，全线西撤，从此在军事上走上彻底失败的道路。
清军占领北京后，清政权也将统治中心移到北京。为了夺取天下，多尔衮下令各路兵马迅速向中原进军，在极短的时间内相继攻占了淮河以北大片土地。但是，以南京为核心的淮河以南大部分地区仍然是明朝的势力范围，南方各省的明朝军队还具有相当强大的战斗力，如果能够振作士气、团结一致的话，是完全有可能与清军奋力一搏的。然而，作为明朝半壁江山统治中心的留都南京，却在此时陷入一场由明朝遗臣勋贵与督抚将帅之间展开的拥立纷争，直到明崇祯十七年（1644）五月初，才在各派系的明争暗斗中选定明神宗的孙子福王朱由崧作为监国，并于五月十五日正式称帝，改年号为“弘光”，这就是历史上称为“南明”的一个短命王朝。
弘光王朝是一个极端腐败无能的偏安政权。朱由崧酗酒好色，荒淫无度，完全不把国事放在心上。奸臣马士英、阮大铖把持朝政，利用手中权力卖官鬻爵，排斥打击爱国朝臣。朝廷内部党争激烈，外部武将拥兵自重，一时文臣武将互相攻击、派系纷争，弄得乌烟瘴气，根本没有时间精力来制定抗敌策略。少数正直有抱负的文武大臣如史可法、姜曰广、刘宗周等受到排挤，无法发挥积极作用。史可法更是被迫辞去首辅之位，前往江北督师。这样，弘光一朝腐败无能，毫无作为，显然不可能对清军构成威胁，清朝统治者对此一目了然，因此根本没有将南明政权放在眼里，而是迅速集中力量，在短时间里就基本消灭了大顺农民军。
1645年四月，清军集结兵力大举南下，决意收取江南，统一全国。清军多铎部、阿济格部、准塔部兵分三路直逼江南。多铎部于四月十八日兵临扬州城下，明督师大学士史可法誓死不降，领导扬州军民浴血抗战，死守城池，二十四日夜清军以红衣大炮猛轰城墙，次日攻陷扬州，史可法被俘后，因为拒绝投降，几天后被清军杀害。
清军攻克扬州后，江北南明军队仓皇逃窜，左梦庚、刘泽清、刘良佐等南明将领纷纷降清。五月初，清军进抵长江北岸，在金山击败由郑鸿逵率领的南明江防水师，顺利渡过长江天险，登上长江南岸，占领镇江等地。长江防线上的南明官兵溃不成军，不是投降就是逃跑，所谓“长江天险”在一夜间化为乌有。弘光帝与马士英乘夜逃出南京城，在逃往杭州的途中被清军俘获，1646年五月在北京被杀。这个存在仅一年时间的短命的弘光王朝至此灭亡。
目睹山河破碎、国破君亡的青年学子郑森，深感势单力薄，无能为力，只得挥泪南渡，暂时回到自己的家乡福建南安。
南明弘光政权灭亡后，一些不愿降清的南明宗室与文武官员，纷纷南下，退入浙江、福建境内。而郑鸿逵也在金山战败后率残余兵马南逃，他在杭州路遇明宗室远支唐王朱聿键，决意拥戴其进入福建建立新的明朝政权。这位逃亡的朱姓亲王，也有起来抵抗外族入侵的决心，于是随同郑鸿逵退往福州。唐王朱聿键是明朝开国皇帝朱元璋第二十三子朱桱的八世孙，在谱系上与刚刚灭亡的崇祯皇帝相距很远，按理说并没有条件继承皇帝大位，但由于当时整个东南地区存在的明朝藩王中被找到的只有唐王一人，参与推举的理学大师黄道周还提出唐王原来封藩的地方在河南南阳，正好是东汉光武帝刘秀当年崛起的地方，大有“起南阳而复汉家之业”的好兆头，所以极力赞同郑鸿逵的主张，三次草拟奏疏奉请朱聿键监国，并带领南逃百官随同郑鸿逵护送唐王入闽。
1645年农历闰六月初六日，郑芝龙将唐王朱聿键迎入福州官衙，次日朱聿键正式就任监国。此时的郑芝龙官衔是“镇守福建等处并浙江金温地方总兵官”，又曾被弘光皇帝赠封“太子太师南安伯”爵位，掌握着福建全省的军政大权，所以唐王在初入闽时，就不能不依赖郑芝龙兄弟作为政权支柱。闰六月二十七日，朱聿键由监国进皇帝位，改元隆武，改福州为天兴府，作为临时都城，加封郑芝龙为平虏侯，郑鸿逵为定虏侯，郑芝豹为澄济伯，郑氏旧将郑彩为永胜伯。文臣方面，以黄道周为首，封内阁大学士者二十余人，然后颁诏知会各地，当时尚奉明朝政令的地区两广、赣南、湖南、四川、贵州、云南残存政权，都上表拥护隆武政权。
隆武帝即位之初，郑芝龙以支持拥戴的“定策元勋”身份，基本上把持了朝野大权。有一天，郑芝龙专门领着儿子郑森进宫拜见隆武帝。隆武帝见郑森少年英俊，一表人材，心中十分喜爱。而郑森也对隆武帝的问话应答如流，并就天下大势和朝廷政务提出自己独特的见解。隆武帝对他的才华很是赏识，感叹说自己没有女儿可以嫁给他。为了表示对郑森的宠爱，隆武帝赐他姓“朱”，改名“成功”，并且任命他担任保卫皇帝的“御营中军都督职”，掌管尚方剑，“以驸马体统行事”（即享受驸马的典仪与待遇，在明朝制度内驸马的地位与亲王基本相同）。从此中外都尊称郑成功为“国姓爷”。这个称呼在当时甚至传到了海外各国。
前面我们讲过，郑成功原姓郑名森，字明俨，号大木，隆武帝赐他姓朱，改名成功，因此郑森从这一天起应称呼为“朱成功”。事实上，郑森本人除在部下或外界（如对荷兰人、西班牙人等）面前自称“本藩”外，他自己所写的各种信件，或者诗文，落款都署名“朱成功”。可是后代为什么总是称呼这位赐国姓为“郑成功”？要知道这种将皇恩浩荡所赐姓名加以拆解，而用他的家族姓氏与皇帝赐名重新组合起来，这在中国古代是不符合礼法的，是对君王不尊重。相信郑森本人也绝对不允许他治下的人们这么做（除非是敌国）。事实上，查遍南明各种史料，除清方官员称他为“郑成功”外，绝对没有人敢这样称呼他。朱成功的部下，都敬称他为“藩主”，南明那些故臣遗老，像徐孚远、沈佺期、王忠孝、卢若腾等人，在他们的笔墨文字中，或称他为“赐姓公”，或称呼他“招讨”（隆武所封“招讨大将军”爵号简称）。至于民间百姓，则多称朱成功为“国姓爷”，甚至他的对手荷兰殖民者，也都随闽南百姓的称谓，而按闽南语音译为Kocksinja。那么，“郑成功”这个奇特的称谓，究竟是从何而来？如果你详细阅读史料，就能发现它最早出现于清朝官吏的奏稿中。如清史档案（包括汉文与满文档）内，可以见到多处“伪国姓郑成功”“海贼郑成功”“海逆郑成功”的称谓，甚至清顺治十一年（1654）六月在招抚朱成功的皇帝敕谕中，也称他为“海澄公靖海将军郑成功”。后人大都没有深究，也沿袭了清朝文书里的这种说法，郑成功的名字就这样沿用到今天。
但是，隆武帝虽然从各方面尽力表示对郑芝龙、郑鸿逵兄弟信任倚重，贪图富贵的郑芝龙舍不得自己庞大的家产，却只想拥兵自重，借隆武朝廷的名义巩固他在福建等地区一家独大的地位，割据一方，并不愿北上抗清，还在朝廷内飞扬跋扈、颐指气使，根本不把文官放在眼里，引起文武之争。隆武帝虽致力于中兴事业，决心恢复失地，但是军队、钱粮都在郑芝龙掌控之中，多次令他发兵出闽收复失地，也没有取得任何实际的效果。首辅黄道周愤然率领三千士卒出征，因为郑芝龙不接济粮饷而最终队伍溃败，自己也殉难于征途。种种艰难，使隆武帝抑郁不乐，常在宫中长吁短叹。他明白除了离开福建，摆脱郑芝龙的挟制，不可能有任何作为，于是以“御驾亲征”（古时候皇帝亲自带领军队出征）为名，决意出征江西，希望与赣州抗清的万元吉部会合。
与父亲不同的是，郑成功少年时代受儒家“忠君报国”思想的教育，受赐国姓后又深切感受到隆武帝的知遇之恩，早就下定决心尽忠于明朝，立志以身许国。只是碍于孝道，不能对父亲提出公开批评。他见隆武帝日常远离歌舞女色，勤于处理政务，很想务实振作，对比起昏庸无耻的弘光帝，可以算是一位圣明的君王，心中很受鼓舞，所以面对强敌压境的危急形势，郑成功没有和父亲同流合污，而是积极思考和筹划抗清斗争的攻守方略，他常常与隆武帝谈到国家的前途、军事的利弊，说到慷慨激昂的地方，君臣二人甚至相对痛哭。他曾经愤慨地说：“到万不得已的时候，我只能以死报国。”曾经有一天，他见隆武帝呆坐发愁，就下跪安慰说：“陛下这样郁郁不乐，难道是因为我父亲的做法不符合您的心意吗？我受国家的大恩，已经是义无反顾，我不会赞同父亲，决心追随陛下，誓死捍卫国家。”隆武元年（1645）十一月，隆武帝下令亲征，郑成功作为护卫部队的首领，被加封为“招讨大将军”和“忠孝伯”的爵位，并随隆武帝来到闽北重镇延平（今福建南平一带）。在延平，郑成功将近一段时间不断在心中思考的抗敌应对策略归纳为“据险控扼，拣将进取，航船合攻，通商裕国”十六个字，向隆武帝提出自己的完整主张，这一主张被后世称为“延平条陈”。郑成功认为，在清军骑兵势力强大、明军势单力薄的形势下，一定要发挥闽北山势险峻、道路崎岖的优势，以擅长山地作战的雄兵据险守关，来有效阻碍清军的进攻。同时利用自己郑家拥有的海上力量，通过海外贸易获得资金，来购置兵器粮饷，才能支撑长期的抗敌斗争。郑成功的主张得到隆武帝的赞许。可惜后来的战事发展太快，隆武帝已来不及实施郑成功的这些战略主张。但这些主张后来在郑成功军事斗争中得到充分的贯彻，是他抗清军事的基础。
次年（1646）四月，临近闽北仙霞关的抚州被清军攻破，郑芝龙部将郑彩不战而溃，郑成功率御营急速进入仙霞关内，约束整顿溃败的兵士，使地方百姓免遭官兵惊扰。以后他又奉命率部奔赴福建与江西交界的分水关、大安关等重要隘口巡视，在这一带地方收抚了闽北山寇一万余人，准备进行训练后用于抗清战事。六月间，郑成功的母亲田川氏获准从日本回到安平，郑成功母子分离15年一直没有机会团聚，郑成功思母心切，又听说母亲染病卧床，心中十分焦虑不安，只得向隆武帝请假回家探望母亲。隆武帝十分谅解他孝敬母亲的急切心情，同意了他的请求，并命他以募集义兵的名义返回安平。由于这时清军已逼近浙闽边境，隆武帝很需要郑成功在身旁襄助谋划，所以又限他在二十日内必须返回闽北前线。这段时间郑成功在闽、浙、赣交界处来回视察督战，成为他军事生涯最初的起点，年轻的郑成功受到很好的临敌锻炼，也使他认识到旧的军队已经腐败不堪，必须靠自己招集选练一支精锐之师，才能有所作为。
郑成功没有想到，这一次与隆武帝辞别，竟成为君臣二人的永诀。
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