太炎是一个极端的民族主义者，最反对满清统治的人，他最怕言致用有利于满清，所以他对于清代的人物评价第一义，首先是基于反满一点，以至于他说“学术文史在草野则理，在官府则衰”（《说林下》），“中国学术自下倡之则益善，自上建之则日衰”。（《与王鹤鸣书》）
品其口气，侯氏显然不以章太炎之说为然，似乎只是因其隶于反对满清统治而差可原谅。姜义华述及章氏对学校之不满时称：“特别是在当时学校为清廷所控制的情况下，他认为更必须强调这一点。”仿佛“学在民间”这一命题，只是在提倡反满时才有意义。唐文权、罗福惠合著《章太炎思想研究》，把这意思说得更明白：
他曾多次表述对当时新式学堂的看法，“学校在官，其污垢与科举等”，可说其主旨不在反对学堂的“新式”而在反对官办。当时清王朝尚未推翻，官办新式学堂虽然也能给学生传播近代科学知识，但在政治上无疑是想造就维护封建王朝的奴才，向学生灌输忠君敬长、追名逐利等陈腐观念。
照此类推，辛亥革命后“政权、教育权的问题已经解决”，章氏应该如唐、罗所断言的，对学校的态度“来了一个大转变”，可惜实际上并非如此。
章氏对学校的抨击，并没因清王朝的覆灭而中止，1924年发表的《救学弊论》口气更为强硬，甚至主张：“择其学风最劣者悉予罢遣，闭门五年然后启，冀旧染污俗悉已湔除，于是后来者始可教也。”章太炎攻击的是使学校成为利禄之途的“朝廷”，而不只限于“清廷”。“凡朝廷所闿罢，足以干禄，学之则皮傅而止。”唐宋如此，明清如此，民国也不例外，只要是官学，都有成为利禄之途的危险。这才是章氏强调“学校在官，其污垢与科举等”的本意。章太炎是“看中国几千年的历史”，“又向旁边去看欧洲各国”，然后才得出此“在官所教的，总是不好；民间自己所教的，却总是好”的结论。不管“学在民间”的提法是否精确，但无论如何不仅仅是一句服务于反满斗争的政治口号，而是章太炎对中国学术思想史长期思考的结果。
章太炎之反对西式学堂，最表面的理由是蔑视不学无术而又主管教育的官吏，如称“光大国学”则“肉食者不可望”；“教育部群吏，又盲瞽未有知识”等。可过分强调官吏的无知骄横与新学之士的慕富贵患贫贱，很容易推导出学校当努力加强道德教育的结论，可这其实并非章太炎的本意。官学、私学之优劣比较，关键在教育体制而不在个人道德。本世纪初年，取法泰西兴办学校是大势所趋，以书院为代表的私学传统正日趋没落。正是有感于此，章太炎才着力发掘私学的合理内核，而不忍心落井投石。撇开诸多对新式学堂情绪化的攻击，章氏之推崇私学确有真知灼见，尤其是其关于百家争鸣与定于一尊的思考。
像大多数中国读书人一样，章太炎十分向往先秦时代的百家争鸣：
其时孟轲、郇卿、庄周、墨翟，各以其道游说，辙迹遍天下。下逮刑名之学，坚白之辨，用兵如孙、吴，辨说如苏、张，莫不摇舌抵掌，自昌其术。用则见于行事，不用则箸之竹素，虽或精粗不同，浅深殊量，而要皆一时之好，其流风余烈，足以润泽百世，传之无穷，故学术莫隆于晚周，与其国势之敝若相反。
“润泽百世”的晚周之学，最为人称道的是其百家争鸣的学术风气。而这，实有赖于私学的勃兴。秦代的“偶语弃市”、“焚书坑儒”自然是摧残学术，汉代的“罢黜百家，独尊儒术”也是一种可怕的思想钳制。章太炎也称“学术衰微”，“实汉武罢黜百家之故”；与常见不同的是，章氏认定汉武帝之“专取五经”，“其实非只废绝百家，亦废绝儒家”。使学问成为利禄之途，再加上思想上力求定于一尊，此乃学术衰微的根本原因，古今中外概莫例外。
章太炎对孔子的评价前后悬殊，但反对立孔子为教主的立场始终没变。除了认定一为宗教，则必然“锢塞民智”，“令人酲醉发狂”，“非使学术泯绝，人人为狂夫方相不已”外，更因为章氏历来反对独尊一家：
夫欲存中国之学术者，百家具在，当分其余品，成其统绪，宏其疑昧，以易简御纷糅，足以日进不已。孔子本不专一家，亦何为牢执而不舍哉！
不管所尊是真孔抑或假孔，两汉因“定一尊于孔子，虽欲放言高论，犹必以无碍孔氏为宗”，使得学术衰微，今世岂能重蹈覆辙？康有为推孔子为教主，教主是不容怀疑不可讨论的，而且只此一家别无分店。章太炎则只称孔子为“古之良史”，良史虽尊，但可以讨论可以怀疑，更重要的是并不需要“罢黜百家”。在章太炎看来，“过崇前圣，推为万能，则适为桎梏矣”。“人事百端，变易未艾”，“岂可定一尊于先圣”？姑且不说先圣不一定事事贤于今人，“定一尊”的思维方式尤其不可取。
章太炎对私学的推崇，最重要的一点便是这反对“定于一尊”与力主“互标新义”。官学为朝廷所出资兴建，也为其掌握与利用。从培养朝廷（国家）需要的合格人才角度考虑，“法制不可不预立”。比如，“周之六德三艺，汉武之崇尚六经，汉宣之石渠讲论，皆特立准绳，纳之法度”。至于“唐之《五经正义》、宋之王氏《三义》、明之《四书五经大全》，且特著成书，颁之学宫”。立准绳，定法度，对于标准化教学当然很有必要；可此“统摄整齐之法”，即便十分高明，对卓绝之士聪明才智的发挥，仍然是一种压抑。官学里既然已有了钦定的答案，没必要（也不允许）上下求索别立新说。于是，“著书腾说，互标新义”成了“在野学士”的专利。这正是章太炎区分“师在官，作述在野”的真意所在。将“师”与“作述”完全分开，自然不是好办法，章太炎当然希望能有熔教学、研究于一炉的教育体制，这就是他所设想的“学会”。“学会之讲学”，跟“学校之教士”，最大的不同之处在于：
其在学会之学士，倚席讲论，群流竞进，异说蜂起，而其是非去取，一任之学者之抉择，无俟乎国家之预设科条，以为裁制也。
先秦时代百家争鸣的局面已不可复得，但如若能保持“群流竞进，异说蜂起”的“学会”，对学术发展仍然很有意义。而由朝廷（国家）来“预设科条”裁制学术，则很容易走向独尊一家，扼杀异说。章太炎之推崇以书院为代表的私学传统以及力主“合耦同志，以建学会”，都是基于这种对学术（思想）专制的高度警惕。
章太炎对书院精神的继承，其实侧重于清而不是宋与明。宋明两代著名的书院，颇有攻击朝政，代表一代清议的。章太炎对此甚不以为然，批评“东林之兴，为学士丛薮，然急切干禄之念，浸益染污，名为讲学，实以自植政党”；至于黄宗羲《明夷待访录·学校》中之“独令诸生横与政事”，更是章氏攻击的对象。反对学生议政干政与赞许清儒“不以经术明治乱，故短于风议；不以阴阳断人事，故长于求是”，两者是相通的，都是力主政学分途，学以求是而非致用。
清代书院大致分为三类：一重义理与经世之学，一以考课举业为目的，一推崇朴学精神倡导学术研究。章太炎就读的杭州诂经精舍属于第三类。阮元曾自述创办诂经精舍的宗旨：
精舍者，汉学生徒所居之名；诂经者，不忘旧业，且勉新知也。（《西湖诂经精舍记》）
阮氏所办诂经精舍太平天国期间毁于战火，重建后的诂经精舍保持原有不涉科举时务的特色。俞樾在《重建诂经精舍记》中称：
肄业于是者，讲求古言古制，由训诂而名物，而义理，以通圣人之遗经。
章太炎后来的讲学，大致也是这条路子。几次开门授徒，都是讲授“中国之小学及历史”此等“中国独有之学”，而不像康有为主讲万木草堂那样包括泰西哲学、万国史学、地理学、数学和格致学。从《说文解字》、《尔雅》、《庄子》和《楚辞》中，的确是很难开出内圣外王或经天纬地的大道来的，好在章氏本就无意于此。范文澜批评章太炎作为清末古文经学的代表，“从古文经学中引申出政治上革命的思想来是很难的”。实际上章氏也不屑于此，讲学时一遵古文经学传统，“由训诂而名物，而义理，以通圣人之遗经”——唯一不同的是，所通者由“遗经”扩展到整个“文史之学”。不管是自己治学还是开门授徒，章氏都主学以求是，反对康有为的经世致用。同样是“昌言追孔子讲学之旧”，借书院学会告弟子以“求仁之方，为学之门”，康氏的讲学近于清初重义理与经世之学的书院，而章氏的讲学则近于乾嘉以下推崇朴学精神倡导学术研究的书院。
现代社会建设所需人才，已非传统书院所能提供；所谓“治国之本在于五经”之类的大话，近乎痴人说梦。康有为讲学之兼重中西、文理，代表现代学校之发展方向。可在康梁等人对中国传统教育的攻击中，明显有急功近利的色彩。这一教育思想——讲求短期效用因而反对“无用之学”——虽有利于分途培养各科专门人才，可对整个民族文化素质的下降负有责任。章太炎考虑的不是整个国家教育的战略决策，而是在思想史学术史背景下，如何借保存国学来保存国性，抵御日渐汹涌的西化狂潮。
若从“国故论衡”或者传授“国学”的角度考虑，章太炎的学会之倡是可行的；但若想以传统书院来取代学校教育，既不可能也不明智。章氏其实心里非常明白这一点，故攻击“学校丛弊”时，主要针对“文科”、“国学”、“文史之学”，至于“为物质之学者”或者“治国际法者”，则只能听其“参用远西书籍”，因为书院山长对此实在无能为力。批评朝廷提倡的学校之制不利于保存国学，并非真的如王先谦主张的要求“辍讲于堂，返士于家”；而是发扬中国私学传统，借助民间力量，办书院、组学会，“为往圣继绝学”。晚年作《国学会会刊宣言》，章太炎正是从“继绝学”角度立论：
深念扶微业辅绝学之道，诚莫如学会便。
新式学校受西方教育体制（及制约着这一体制的文化思想）影响甚深，传授“国故之学”未免不大得力，而且时有隔靴搔痒之感。真能让学子感同身受中国传统文化学术魅力的，章氏提倡的书院与学会确有优于新式学堂之处。
章太炎对中国私学传统的推崇，在学术精神上是力主自由探索“互标新义”，反对朝廷的定于一尊与学子的曲学干禄；而在具体操作层面，则是借书院、学会等民间教育机制，来传国故继绝学，进而弘扬中国文化。
民间讲学涉及到经济、政治等一系列问题，并非一句“学术自由”就能解决。章太炎一生坚持私人讲学，多次拒绝进入大学当教授，有其明确的学术追求。至于章氏私人讲学所面临的困境、所取得的实绩，以及借此建立学派设想之实现等相关问题，只能留待专文论述；这里只是突出章太炎对中国私学传统的体认与继承。
§§第三章 学术与政治
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