章太炎作为清学殿军俞樾、孙诒让的高徒，对清儒治学的得失有远比胡适切身的体会。所谓“经师六法”，便非未深入堂奥者所能道出：
审名实，一也；重左证，二也；戒妄牵，三也；守凡例，四也；断情感，五也；汰华辞，六也。六者不具，而能成经师者，天下无有。
紧接着的品评当世经师，以“研精故训而不支，博考事实而不乱，文理密察，发前修所未见，每下一义，泰山不移”的俞、孙二师为第一等。胡适大概以为举出章氏如此推崇的俞、孙二位，将使对方无法反驳；没想到连俞、孙也被斥为“暂为初步而已耳”。并非为了论战故意“危言耸听”，这里牵涉到章太炎的学术理想以及对清学的整体评价。在评骘俞、孙诸经师的同时，章氏还著文介绍颜元、戴震等大儒。也就是说，在章太炎心目中，即便是俞、孙等一流经师，也非治学至境。
区分九流之儒与经师之儒，乃章氏理解中国学术史的特殊视角。章太炎对经师与儒者的分疏与抑扬，随着时势的推移颇多变迁。这里只能略述其对清学以及戴震的评价，因这一话题与胡适的治学关系密切。
章太炎文章中牵涉清代学者甚多，其间不少根于道德判断，与其提倡“民族大义”相呼应，褒贬时难免有所偏颇（如对黄宗羲的前尊后抑，对龚自珍、魏源的全盘否定）。不过在整体判断上，章氏的立场大致一贯。最能代表章太炎对清学的看法的，当属前期的《清儒》和后期的《汉学论》。前者的讥今文经学和后者的骂疑古史学，颇有借题发挥的意味，但又都与其学术立场相通，无碍其基本立论。初见于1904年《訄书》重印本的《清儒》，有一段综述清代文化的断语，为后世不少学人所引申发挥：
清世理学之言，竭而无余华；多忌，故歌诗文史楛；愚民，故经世先王之志衰（三者皆有作者，然其弗逮宋明远甚）。家有智慧，大凑于说经，亦以纾死，而其术近工眇踔善矣。
具体到清儒治学，除今文经学外，大致的特点是“不以经术明治乱，故短于风议；不以阴阳断人事，故长于求是”。就经师述学而言，清儒成绩卓著，如日中天。去世前一年发表《汉学论》，章氏仍持此说：
清时之言汉学，明故训，甄度制，使三礼辨秩，群经文曲得大通，为功固不细。
可这些赞美之辞，都是在排除经世与言理的可能性之后做出的。章氏理解清代读书人处境的艰难，绝不同意魏源对戴震等人“争治汉学”的攻击。但这不等于章太炎对清儒治学的路径与方法完全认同。
东京讲学时，章太炎把《清儒》一文中没有正面表达的“潜台词”，明白无误地披露出来：“到底清朝的学说，也算十分发达了。只为没有讲得哲理，所以还算一方偏胜。”随着对魏晋玄学领悟的日益深入，章氏一改晋人治经“附会凿空”的旧说，在《汉学论》中强调：
文有古今，而学无汉晋，清世经说所以未大就者，以牵于汉学之名，蔑魏晋使不得齿列。
章氏之推崇魏晋经学，其中包含门户之见。如称其抛弃今文经学的穿凿附会，故“无所牵也”；“渐知尊信古文”，故“虽精到不及汉儒，论其大体，实后胜于前”。但有一点很重要，章太炎注意到魏晋学者不再独尊儒术，而是广采众说，自立新义，旁理诸子，探研佛典，多“覃思自得”；故“真以哲学著见者，当自魏氏始”。此等好老庄善清谈、甚至“往往与佛经相参”的玄言之士，虽不适合于治经，却长于治子，如郭象的《庄子注》和张湛的《列子注》，都能发挥哲理。
清人不懂魏晋玄学的价值，一味追随贾逵、马融，殊不知贾、马能说经“不能理诸子”，更不能言“玄理”。清儒也有读佛典说诸子的，可不及玄理，终难大成。章太炎自称中岁以后宗师法相，兼事魏晋玄文，方才明白清学的这一致命弱点：
尝意百年以往，诸公多谓经史而外，非有学问。其于诸子佛典，独有采其雅驯，摭其逸事，于名理则深惎焉。平时浏览，宁窥短书杂事，不窥魏晋玄言也。其文如是，亦应于学术耳。
若是经师治学，只讲音韵训诂名物制度，如此读书倒也无大碍；可一旦由“多陈事实”的“经”转为“多明义理”的“子”，清儒之“不尚空谈”便成为明显的缺陷。1909年章太炎致信《国粹学报》，解释其东京讲学为何选择音韵与诸子：
盖学问以语言为本质，故音韵训诂其管龠也；以真理为归宿，故周秦诸子其堂奥也。
章氏意识到以“求真理”而不是“释名物”的态度来治诸子，“非汉学专门之业”，与当世学人大异，不免有知音难遇的感叹：“使魏晋诸贤尚在，可与对谈。”
胡适其实也注意到章太炎治诸子学的革命意义，不过囿于学术兴趣，多从“贯通”与“系统”着眼，而不大涉及章氏最有心得的“玄言”与“哲理”。对章太炎超越清儒窠臼、不再“以治经的方法治子”的学术思路，胡适不大了然；但对与此相关的表彰戴震，胡适则心悦诚服，且“萧规曹随”。
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