贫贱不能移，自学成才
明清易代，正值二曲先生的青年时期，与其他抱有亡国之恨的故明遗民一样，面对当时的农民起义、清军入侵，李二曲十分仇视和痛恨，将他们通通斥为“贼寇”。其实他之所以仇视农军，除了亡国之恨外，更有杀父之仇。
崇祯十四年（1641）冬天，李自成率领的农民军打到了河南，很快就攻下了叶县、南阳、许州、长葛等地，接着便准备攻打开封。这时总督陕西都御史汪乔年奉朝廷之命出关讨贼，李二曲的父亲李信吾以材官的身份跟随着前盩厔县令孙兆禄出征，出征的时候已经是腊月二十四了。李信吾到达行辕之后不久，因担心李二曲在家被奸人陷害，还特地寄书信给李二曲的伯父及舅舅，让他们好生照顾二曲，父子之深情由此可知。
第二年正月，李信吾所在的部队转战潼关，他又写信给二曲的伯父和舅父，以子相托。不久，李信吾听到讹传说李二曲被官府抓了起来，他连忙修书让二曲的堂兄弟、表兄弟到潼关走一趟，想当面嘱托他们救出二曲，可当他们赶到潼关时李信吾已经随部队到达了襄城，而且这时的襄城已经被农民军团团围住。李信吾看到李自成的军队日夜攻城，知道很快就会城破兵败，但他此时担心的并不是自己的安危，而是“深以顾幼弱无依为痛”。在守城之战中，李信吾却表现得英勇非常，当时也有手下人想掩护他撤退，被他义正辞严地拒绝了。到后来巷战的时候他被敌军砍得体无完肤，嘴里还号召着众人杀贼。但终因寡不敌众，再加上守城军队将领临阵脱逃，襄城很快就被攻陷了，李信吾、孙兆禄以及汪乔年等都以身殉国。
如此这般，李二曲将农民军说成是“贼寇”，也是情有可原的了。他父亲这种为国捐躯尽忠的行为深深感染了李二曲，应该说对以后他的遗民性格及气节的形成有着很重要的影响。
连年的战乱本来就让这个“家世甚微”的家庭困顿不堪，李信吾的阵亡无疑又是雪上加霜。从此李二曲便和母亲两人形影相吊、相依为命。当时母子二人连自己住的房子都没有，本来租了一个小房子，但后来因为交不起房租也被赶了出来，真正是“东移西徙，流离失所”。这年秋天，他们好不容易在新莊堡找了一个小房子安顿了下来。没过多久，由于驻扎在盩厔的军队发生兵变，乱兵们到处劫掠屠杀，这又打乱了母子二人刚平静下来的生活。有一天李二曲出去捡柴，被乱兵抓获，险些就被一刀砍了，好在士兵当中有人见他气宇不凡，又颇有气概，所以就放过了他，这才幸免于难。
经济问题一直是二曲母子面临的最大问题，因为没有任何田产，母子二人也没有赖以谋生的活计，再加上适逢乱世，所以一直是过着朝不保夕、饥肠辘辘的生活。因为长期营养不良，有时只能靠野菜度日，所以他的脸色也像菜一样，故有人戏称为“李菜”，生活困苦可见一斑。尽管这样，有邻人见这母子二人可怜，劝他到县衙里充当门役，后来又推荐他学阴阳卜画，都被他拒绝了，对他这样一个深受儒家思想影响的人来说，“饿死事小，失节事大”，也只有这样，才会有李二曲誓不仕清的后话。
崇祯十七年（1644），李自成攻入北京，随后清军入关，完成了满清代明，刚刚经历了家变的李二曲又不得不面对国难。这一年二曲刚好十八岁，在今天来说就是刚成年。
当时李二曲的乡人，为了活命，许多人都到新朝的衙门里当差，他们也想招二曲一起共事，但旧朝的衙门他尚且不去，更何况是清朝的衙门呢？所以这些邀请都被他坚决地回绝了。有一天，他经过村里的学堂，听到里面的读书声，不禁深有感触，想到自己的同龄人都在读书学习，自己却四处飘荡，学业荒废，顿感有愧，于是决定发愤读书。
其实在这之前二曲进过一回私塾，那时他才九岁。有一次在读《三字经》的时候，他突然问老师：“性既本善，如何又说相近？”一时间老师竟无以回答。由此可见他是个天资聪颖且勤于思考的孩子。不过由于家境原因，这次上学他上了二十天左右便辍学了，之后便只能跟着舅舅读一读《大学》、《中庸》之类的书，但毕竟不能维持。
他这次要发愤读书也得到了母亲的支持，并想把他送到舅舅的私塾去，只是人情世态今非昔比，他舅舅现在也只能是明哲保身，不敢应承二曲的入学请求。后来二曲又想去投靠乡里的一个教书先生，但教书先生知道他交不起学费，也拒绝收他，这让李二曲郁闷了很久。
只是闲暇之际，他又将自己以前读过的《大学》、《中庸》等书拿出来翻看，发现上面讲的内容自己还依稀记得，而读到《论语》、《孟子》的时候则经常向别人请教章句。就这样，这位后来的一代大儒走上了自学成才的艰苦道路。还好这个时候他母亲找到了一个帮人纺棉的活儿，可以换些粮食回来勉强填饱肚子。虽是自学，李二曲却是相当刻苦，平时拾柴拣菜都是手不释卷，一旦遇到不明白的问题，往往要冥思苦想上一整天。后来他又从亲友那得到一本《篇海》，就相当于一本字典，于是他是随读随查，很快就认识了不少字，可以说把之前落下的功课都给补了回来。随着时间的推移，他的学问也是不断长进，对经书的掌握理解已是十分精通。这让当时的乡人也颇为诧异，他们认为像他这样贫穷的人家，挣钱糊口还忙不过来呢，怎么还有心思去读书呢？
孟子有句话用在李二曲身上是再恰当不过的了，正所谓“天将降大任于是人也，必先苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身……曾益其所不能。”
由于没钱买书，李二曲读的书大多数是从县里藏书人家借来读的，“书非借不能读也”，随时是靠借书来学习，日积月累却也能博览群书。他在读书的时候还能注意勤做笔记，因此写有诸如《二十一史纠谬》这样的笔记体习作。但这些习作在他三十岁的时候又被自己一把火给烧了，因为在他看来这不是切己之学，更不是儒家正脉，这也是李二曲在治学上的自我否定，应该说这很是需要勇气的。从此他便潜心研究宋明理学了。
对于个人节操，李二曲更是有自己的原则。有一次他偶然得到周钟的制义之文，见其文发理透畅，特别是在谈及忠孝节义的时候更是慷慨悲壮，因此他对这篇文章爱不释手，也认为自己找到了知音。但不久他就听说这个周钟竟然变节投靠了清朝，于是他立即将这篇文章焚毁，并且从此不再相信文人之言。有人推荐其参加科举，他更是笑而不答，连解释都懒得解释了。
扎实的学问加上高洁的节操，关中李二曲很快就声名远播了，从此他便广结天下好友，有学术上的切磋，有精神上的交流。
广交故明豪杰
李二曲交游，更多的是别人慕名来拜访他。
顺治三年（1646）夏天，当时的盩厔宰邑樊嶷听说李二曲好学，就特地派人过来请他到县衙一叙，不想二曲辞谢道：“我们这些平民没有去公门的道理”，无奈之下樊嶷就将他请到了自己的家里。当时正值酷暑季节，李二曲身上除了一件破了的夹袄之外没别的衣服，鞋袜也是穷破不堪，但是从他身上却透露出一种“品宇轩昂，襟怀潇洒”的气质，而樊嶷也一下就被他的这种气质折服了，随即送给了他一块匾，上书“大志希贤”。第二天，樊嶷又派人给做了夏天穿的单衣，给他略微做了下“包装”，然后再向他请教学问上的事情。这样持续了五天，可惜这时樊嶷突然被免了官，要卸任而去，两人离别时，樊嶷对李二曲说：“从一开始见到你我就知道你日后必将成为一名大儒，而如今我也有幸见过你并向你请教学问，遗憾的是我以后不能经常见到你了。即使这样我还是会永远记住你的气质你的学识。看当今世上，能够主持名教的，除了你还能有谁呢？就姑且拭目以待吧！”应该说樊嶷给出的评价对于刚刚崭露头角的年方二十的李二曲来说是相当高的了，但樊并没有说错。
骆钟麟则是李二曲交往时间比较久的一个知己朋友。骆钟麟是浙江临安人，顺治十六年（1659）春天到盩厔做宰邑，刚刚下车，不管其他公务，就直奔二曲的草庐而来，诚心拜谒。此后，骆便把二曲当作自己老师一样看待，每天在繁忙的政务之外一定要找出时间来向这位老师请教，有时能彻夜不归，但从表面上看李二曲一直很平静地对待这位宰邑“学生”，骆每次从他那回家他也不怎么相送，因此就有人说他太高傲了，这时骆钟麟连忙出来辩解道：“李先生这二十年来都不曾离开过他住的地方，又怎么能因为我而破坏他的惯例呢？他没有对我闭门谢客，我就已经很幸运了。”当骆看到二曲住的房子已是“颓垣残壁，不堪其忧”时，又主动用自己的俸禄帮他修了一座好点的房子，此后还经常给他送些粮食蔬菜，对他照顾的很是周到。而李二曲在学问上自然也是经常指点骆钟麟，两人的友谊也一天深似一天。
骆钟麟还发表给衙门，给李二曲作宣传，上面这样写道：
“盩厔有隐士李甬者，其人生而颖异绝伦，潜心圣学。年未弱冠，即见器于前令樊嶷，知其超悟之资，必为名世大儒。卑职在任之初，首重得人，因造其庐，访其人，挹其德容，聆其谈论，不觉形亲神就。初犹执宾主之礼，既不觉甘拜下风而恐后矣。其学以慎独为宗，以明礼适用为经世实義，以悔过自新为作圣入门。”
经过此番宣传，一时之间，台、司、道、府官员皆知盩厔李二曲了。此后李二曲的那个草庐更是门庭若市，来拜访者络绎不绝。
骆钟麟在盩厔待了八年，一直到康熙六年（1667）春天，骆钟麟升为北城兵马。骆盩厔的八年间可以说对二曲十分眷顾，也十分尊敬，但在此期间二曲从来没有主动去过骆的县衙。这次骆来到李二曲家跟他道别的时候，他一直将骆送到郊外。
康熙元年（1662）七月，甘肃天水人蔡溪岩来拜访二曲。这个蔡溪岩年龄要倍于李二曲，但仍虚心向他求教，而且蔡也是决意不仕新朝的，两个人又都是孝子，遂结成了忘年交。由于蔡有双亲在家中，此后两人主要就靠书信来往，而这书信都是蔡派其弟弟亲自送给二曲的。
在拜访李二曲的众多人物中，有一个人相当重要，两个人的友谊也非同一般，那便是亭林先生顾炎武。李二曲有段时间曾闭门谢客，但唯独闻得顾亭林来访，便开门迎揖，接着便是促膝长谈。他们两个人的学问都是具有“天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”的价值，而且两个人都处于国破家网之际，不免惺惺相惜。但是两个人的交往还有一段插曲。李二曲曾经十分郑重地请顾炎武为自己的亡母彭氏写传，但被顾炎武拒绝了。顾炎武一生看重的是“经济”之道，因而其虽“博学于文”，但绝对不是一个以文章为生的“文人”，他在为文上，从不拿文章为自己赚生计，他曾经将谢绝一切应酬文字的招牌挂在门口。二曲先生可能认为自己和顾炎武之间的友情胜过管鮑，请他为母亲写传更不是什么应酬，但没想到仍然碰了顾炎武的钉子。顾炎武则认为“一人一家之事，而无关于经术政理之大，故不做也。”他甚至还说如果当年韩愈不写那些銘状之类的文字，那就可为后世的泰山北斗，遗憾的是韩愈未能做到这样。其实李二曲也并非不知道顾炎武的性格，只因他幼年丧父，全赖寡母含辛茹苦将其养大成人，因此对母亲养育之恩是感铭五内，而这篇传文，他也是看准了非顾炎武不求的。此后二曲又几次三安敦请顾炎武作传，顾炎武后来又说他自己的母亲死后，想要立一个小祠堂尚且不能，“若使不立母祠，而为足下之母作祠文，是为不敬其亲而敬他人矣！足下亦何取其人乎？”既然如此，二曲也就无话可说了。难能可贵的是这件事情对两个人的友谊没有丝毫的影响，李二曲也是充分理解顾炎武的做法，正因如此，两个明末大儒的友谊才会传为佳话。现在，盩厔县还有一座别顾桥，据说就是当年二曲送亭林的纪念。
此外来拜学的还有蒲城王省庵等人。王省庵也是明末清初的一个隐士，他专攻“性命之学”，颇通医道，同时对理学也有研究。康熙二年（1663）王省庵来到盩厔拜访李二曲，同样也要以师礼待二曲，但王的年龄实际上比李要大很多，所以李竭力推却，至此两人结为好友，互相切磋学问，共同进步。有一次，有个人得了食积的毛病，来找王省庵，王让他吃了几颗消积保中丸。这时二曲先生说：“凡是痰积、食积的毛病，只要几个丸药就可以治好了，但是骨董积靠药物是治不好的。”借此机会，他便阐发了他的“骨董积”说，这也是二曲心性之学的一个重要内容。这里他所说的“骨董积”便是一切妄念之根源，如果这些“骨董积”不被消除，则不能入静，不能入静，则一整天都会在纷乱的思想状态中生活，而这样自己又不能觉察到自己心中的杂念，也就体认不出心性之本体。从医学上升到心性之学，让在场的人无不惊叹，且又纷纷内省，若有所悟。
随着其声名的不断扩大，李二曲的活动范围也不再局限于盩厔一地，而开始向外扩展了。
开坛讲学
李二曲讲学，正式开始是在康熙九年（1670）他去河南为父亲“招魂”的时候，但在此之前，他还有一次出游，虽没有公开讲学，但每到一处，也是求学者甚众，所以也有必要提一下。
清康熙七年（1668）四月，同州的耆儒白含章、王省庵让人来接二曲先生，关于这次东行，他还作了《东行述》一篇。这次二曲所到之处都受到热烈的欢迎，且众多求学者不管年龄高低，对其都行以师礼，可以说是赚足了面子。
康熙九年（1670），李二曲在母亲三年丧期服满后，决定去河南襄城为父亲“招魂”。在给父亲招完魂后，他便开始了一边游历一边讲学的生活。
有一次他住在一户人家，户主叫刘安石，是色目人。他看到二曲器宇非凡，十分诧异，待到和他交谈过后，更是暗暗称奇，于是就和族里掌管教育的人说：“这个人学识颇有渊源，定不是一个寻常人！”于是族人争相向其行以师礼，并盛情邀请他共游礼拜寺。在游寺的时候，他们一群人一起拜天，二曲就对他们说：“事天之实，在念念存天理，言言循天理，事事合天理，小心翼翼，时顾天命，此方是真能事天。若徒以礼拜勤渠为敬天，末矣！”一席话说得众人无言以对，心服口服，皆“怃然拜谢”。之后又“作礼问道，彻夜不散”。
接着二曲便一路南下，从河南经扬州到了常州。常州有他的老朋友骆钟麟，二曲先生到常州的时候，骆一直跑到郊外来迎接。当地人知道是李二曲来了之后，前来问学者一天比一天多，一时“巨绅名儒，远迩骈集”，甚至一度他的寓所都容不下前来问学的人，真可谓盛况空前。当地耆儒吴光感叹道：“斯道晦塞极矣，今日之盛，殆天意也！”在常州期间，他自然要跟老朋友骆钟麟有一番交流，他们二人经常秉烛夜谈，二曲以“移风易俗、明学术”为匡时之第一要务来勉励骆钟麟，骆则将其讲学的内容汇集、整理成《匡时要务》。
此后，二曲先生又在武进、无锡、江阴、靖江和宜兴等地讲学，所讲内容被记录下来，整理为《两庠汇语》、《锡山语要》、《靖江语要》等。
在巡回讲学的过程中，有要设宴宴请二曲的，有各具礼币展谢的，这些都一概被他辞却了，自始自终他都没有收过一钱一物。有人跟他开玩笑说：“即使孔子教书讲学，还会收些束修之类的东西呢，先生又何必推辞呢？”二曲酒认真地回答道：“我又不是孔子，而且孔子道德高尚的行为我们不去效法，为什么偏偏要效法他取财这一样呢？”众人听了更加敬佩二曲的操守人品。
就在二曲准备离开常州、返回陇西的时候，从他的好友骆钟麟到常州城中的普通百姓，都试图挽留，更有人上书劝其留下，书云：“宇宙总一家，亦何必终日戚戚，思恋故乡，弃从游于中道耶？”但二曲仍以“久违先陇，痛切于心”为由回到了陕西，这个时候已经是康熙十一年（1672）。
在李二曲返回陕西的第二年，也就是康熙十二年（1673），他又在当地展开了讲学活动，这次的阵地是关中书院。当时的陕西总督鄂善在做巡抚时就十分仰慕李二曲的学识人品，而其从政的风格也主张风俗教化，于是他很想请李二曲出山协助。但他知道这个李二曲是从不住在城市里的，更不会屈身总督府中，他就将当地本来废弃了的关中书院修葺一新，同时召集各郡的文人儒生到书院来，让他们共同请愿，请二曲先生开坛讲学。这样鄂善便可以正经地来聘请先生了。起初李二曲也是力辞不就，但架不住鄂善的三番五次敦请，最终还是答应在关中书院开坛讲学。
当时关中书院有个钟提学看到李二曲身上穿的是宽衣薄袖的衣服，很不合时宜，就命人特地为了做了一套小袖窄袍的官服送给他，二曲先生收到之后笑了笑就藏了起来，去讲学的时候仍旧穿那一身“宽衣薄袖”。等到钟提学们看到他仍穿原来那身衣服的时候都十分惊讶，这时二曲先生解释道：“僕非官僚绅士，又非武弁营丁，窄衣小袖，素所弗便；宽衣博袖，乃庶人常服，僕本庶人，不敢自异。且庶人无入公门之理，区区生平，安庶人之分，未尝投足公门，今进书院，诸公见顾，断不愿破戒报谒。”这一席话可以说是有礼有节，给在场的那些降清的汉官们先上了一课。
李二曲在关中书院讲学受到接待的规格应该说是相当高的。当时上至陕西总督，下到抚军、三司及藩、臬各级别官员均亲自到场迎接，在书院中，其住的地方特改名为“明道轩”。第二天正式开讲的时候，除了个级别大小官员外，还有当地德绅、名贤、进士、举贡、文学、子衿之中上千余人，听者都环着二曲先生，毕恭毕敬地站着。同时二曲还为书院立了《学规》、《会约》，大致就是讲学期间的一些规章制度，以约束礼仪，整束身心。如此，李二曲一讲就讲了三个月，每次讲学都是座无虚席。
关中书院本是由冯从吾创办，但自冯之后，书院就日渐衰败下来，那些以前侍奉过冯少墟讲学的人看到如今的盛况，便感慨道：“讲会已经好久没有举办了，如今因为先生的到来才重得以新振兴。”就在讲学的过程中，李二曲还汇辑了冯从吾生前著作，编成《少墟全集》一书，并托付当时的新提学洪琮出版。
李二曲在关中讲学的时候还力主讲学的自由，他认为“立人达人，全在讲学；移风易俗，全在讲学；拨乱反正，全在讲学；旋乾转坤，全在讲学。”这和当时清政府钳制民众思想的政策显然是对立的。只不过考虑到他在汉人文士心目中的影响，清政府也不好说什么了。
威武不能屈，绝意仕进
在关中书院讲学近三个月，鄂善便以“山林隐逸”推荐二曲入朝。其实鄂善并不是不知道李二曲不仕新朝的态度，但毕竟这是地方上的一名“高贤”，倘若不向朝廷举荐，回头朝庭给他们来个失察之罪那也是不好消受的。于是鄂善便和抚军私下商量，瞒着李二曲上了一道奏疏给朝廷，向朝廷正式举荐关中李二曲。从此他不得不一次次地应付朝廷的征召、地方官的催促。
这年九月，得知自己被鄂善推荐给朝廷后，他当即上书给鄂善，一再辞谢，不过此时已经不是鄂善能说了算的了。十一月，抚军接到圣旨，催促二曲尽早启程，又被他以生病为由推辞了。
次年四月，朝廷又下旨征召李二曲，而且这次是兴师动众，要求总督、抚军亲自将其送往朝廷，因而各级官府对其催得越发紧了起来。起初他仍然以腿疾推辞，七月份正值霖河水暴涨的时候，他又让自己的长子慎言冒险涉水，到司部去说明自己的病情，但那些官员们根本不听，甚至还要将其抬过来验证它是否真的有病。八月初，县里的衙役果然抬着竹榻来到书院门口，要将其抬到司里查验。一时在乡间传为奇事。司里听他说是因为腿麻痹不能行走，就要用锥刺他，看他是不是真的有腿疾，好在有个朋友替他解围，这才免了锥刺之苦。
锥刺是免了，但催檄仍是不断，而且来催的胥吏也是一次比一次凶狠，这时他儿子慎言被逼不过，只好答应，说暂且回去准备一下行装然后就启程。回家后本想继续以腿疾为由拖延，但官府哪肯依，最终还是强行抬着李二曲起身赴京。在走到城南的兴善寺时，李二曲终于忍无可忍，拔出剑来以死抵抗，誓不前进半步。这时督院知道不可强为，只好上书吏部说李二曲实在病重，不能动身。随后吏部便批复说等李二曲病养好了再将其送到京城。
这次辞征，二曲先后上了八次书，再加上被人在竹榻上抬来抬去，可以说是被弄得疲惫不堪，因此回家过后，他便“闭门不复见客”，还撰写了一篇《谢世言》以表明自己的心志。此后鄂善又来过二曲的家中，仍想劝其应召，他便拿出《谢世言》给他看，这才作罢。
但事情远还没有结束，由于有一道“疾痊起送”的圣旨在那，因此每年上面官府都要来查催一次。康熙十七年（1678），兵部主政房廷祯又以“海内真儒”向朝廷推荐李二曲，说得是“文学与德行并重”的“大儒”。这下朝廷催逼得就更紧了，任凭李慎言怎么到衙门去哭诉父亲的病情如何严重，府吏只是不听，抓紧安排送李二曲进京事宜。很快他们又将李二曲抬到了盩厔南郊的大雁塔，只因其病情加重，只好暂停休息。这天，关中另一大儒李因笃前来向他告别。李因笃也是朝廷征召的重点对象，清开博学鸿词科后，有人向朝廷推荐了他，此后朝廷便一次次征召他进京，被逼不过只好答应了朝廷的征召。此时他看到李二曲坚持不肯赴京应召，而负责护送的官吏们已经很不耐烦，便劝他暂时就答应他们的要求，到了京城再说。一时其他人也都这样劝二曲，让他保全性命要紧，这时李二曲却笑着说：“人生终有一死，患不得所耳。今日乃吾死所也。”接着便开始绝食，仍然是宁死不从。这次绝食，他整整进行了五个昼夜，并且都将身后事一一安排妥当。府官见其意志坚决，怕闹出人命来不好交待，无奈之下只好以病重为由回覆上差。此后官府仍每月来检查它的病情，以等病情有所好转再行起送。
李二曲这种威武不能屈的精神在当时的关中反清志士当中引起了强烈的反响，丹阳的贺麟征就感叹道：“关西夫子坚卧养疴，正是医万世人心之病。移风易俗，力振人纪，有造于世道不浅。”虽然李二曲没有像顾炎武、黄宗羲等直接参加过抗清的武装斗争，但他以一个文人特有的方式对清朝做了最大程度的反抗，也对故明尽了最大的忠，他还从精神上鼓舞了当时的抗清志士，可以说是当时的精神领袖。“关中铁汉”这个称号也是名至实归。
康熙四十二年（1703），此时的李二曲已是七十七岁的古稀之年。这年冬天，康熙皇帝圣驾西巡，听闻关中李二曲的盛名，便传旨召见。由于年老体衰，卧病不起，他便让自己的儿子李慎言前去呈请，并以《二曲集》和《四书反身录》两书上奏康熙。康熙就亲自书写了“操志高洁”的匾额赐给他，以示“褒奖”。后来康熙从五台山来到陕西巡查，特别命令当时的陕西督抚，说盩厔李二曲先生是当代大儒，一代圣人，他一定要亲自去拜访二曲先生，以示国家对儒生的重视。李二曲知道这是康熙皇帝在做最后的努力，于是他仍表示自己卧病在床，无法接驾，这是想让康熙帝知难而退。但康熙却表示没有关系，甚至要亲自来探望生病的李二曲，并且很快就到了盩厔的邻县。这下可把李二曲难住了，康熙和陕西各级大小官员来到自己家中探病，如果下跪，则表示臣服了满清，自己一生苦苦保持的名节可能毁于一旦，如果不跪，则有可能招致杀身之祸。为难的同时他再次打发李慎言面圣，向康熙说明父亲的病情。这时，聪明的康熙也知晓了八九分，就不再勉强了。其实康熙爷心里也很担心，万一他到了李二曲家，李对其一顿大骂，那他该如何处置？杀了，会引起天下读书人的不满；不杀，则有辱皇室的尊严。于是他就顺水推舟，安慰了李慎言一番，并交代地方官员妥善照顾李二曲，同时还开玩笑似的对手下官员说自己因为做了皇帝，不能像这些官员们每天可以向李二曲请教学习，实在是遗憾。
再过二年，即康熙四十四年（1705），“关中大儒”二曲先生便与世长辞了，享年七十九岁。
自甲申之变李二曲十八岁算起，他在明朝只生活了十八年，度过的是他的童年、少年时光，而他在清朝的岁月整整有一个甲子，可以说他的大半生都在清朝度过。但他一生都以明朝遗民自居，不想向清朝廷低头臣服，恪守着作为一个遗民的道德底线。
他的所作所为，他的坚持与执着在今天看来也许有人会觉得不值，甚至会很傻，但从他身上表现出来的身处贫穷忧患而志气不移、身受清廷威逼而气节不改的个人品质却是怎样也不会过时的，“奇才杰士”、“北方真儒”等称号他自然也是当之无愧。
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