山门殿
慈恩寺山门殿，即穿堂门。门外对联：“大转法轮人天普济，悲运同礼四众皈依”。此殿坐西朝东，与一般佛教寺庙坐北朝南不同。汉传佛教寺院的大门一般都称为“山门”，山门一般有三个，象征“三解脱门”：空门、无相门、无作门。慈恩寺山门为硬山顶，内塑锻铜金刚力士像，内绘飞天等壁画。山门东西两侧各有掖门一座。山门殿类似于佛教寺院的“传达室”。
位于慈恩寺山门前月台角落处的六角形石幢，上刻《重修慈恩寺刹竿记》，刻于1934年，字迹已模糊不清。“刹竿”即“经幢”，古印度有把佛舍利藏在“刹竿”里的做法。《祖庭事苑》卷二中有记载：“列刹。应法师云：浮图名刹。讹也。应云剌瑟致。剌，刀割切，此云竿，人以柱代之，名为刹柱，以安佛骨，以西国竿头安舍利，故即幡，刹竿也。《长阿含经》云：若沙门于此法中勤苦得一法者，便当竖幡告四远，今有少欲知足之人居此。”经幢是汉传佛教一种重要的石刻，凿石为圆柱或棱柱，一般为八角形或六角形，高三四尺，上面有盖，下附台座。经幢各面及柱头部分，都刻有佛像或佛龛，在雕像下面遍刻经咒。武则天时代经幢开始流行，以刻《佛顶尊胜陀罗尼经》最为常见，辽金之后《准提咒》也颇为常见。
根据《佛顶尊胜陀罗尼经》的记载，三十三天上有一位善住天子，梦到自己将会在七天后命终，死后七次轮回成畜生恶道身，还可能堕入地狱。梦醒后善住天子十分恐怖，请求三十三天之主帝释天搭救。帝释天前往祇园精舍，请求佛陀设法解决。佛陀传授《佛顶尊胜陀罗尼经》，能净一切恶道，能除一切生死烦恼。仪凤元年（676年）有北印度罽宾国僧佛陀波利到五台山，后又回国取来《佛顶尊胜陀罗尼经》，该经随后在武则天时代开始普遍刻于中国的经幢上，据说按照顺时针方向绕经幢至少七圈，口诵《佛顶尊胜陀罗尼经》就能消除罪孽。
钟鼓楼
钟楼位于东、西中轴线北侧；鼓楼位于东、西中轴线南侧。
汉传佛教寺院基本上都会安置钟鼓楼。“晨钟暮鼓”，即早晨先击钟，以鼓应之；晚上先击鼓，以钟应之。击钟用杵，宜缓。
天王殿
慈恩寺内第一座大殿是天王殿。
天王殿因殿内东西两旁供四大天王像而得名。天王殿正面供奉“当来下生弥勒尊佛”，前廊楹柱上的对联是“大肚能容容天下难容之事，开口便笑笑世间可笑之人”。天王殿前廊右侧有一通古碑，为清顺治乙酉年（即顺治二年、1645年）立，据辨认此碑上所刻应是《沈阳慈恩寺碑记》，碑文下部风化较严重，字迹缺失较多。天王殿背面供奉“护法韦驮尊天菩萨”。
佛教的宇宙论，是佛教对于此岸世界和彼岸世界的整体结构，以及各个构成部分之间的相互关系的学说，是对世界的立体层次和平面图景的宗教性描述。佛教的宇宙论是佛教学者继承古代印度传统神话，吸取当时天文、地理、地质、生物等自然科学知识，根据佛教的教义与宗教体验，加以综合、熔炼的产物。按照佛教的宇宙论，世界的中心是一座大山—须弥山，它由金、银、琉璃、玻璃四宝组成。山河大地、日月星辰都围绕着须弥山。须弥山外是层层相套的七香海与七金山（轮围山），七金山外还有一圈由铁围山围绕的咸海—由此构成“九山八海”。咸海中有四大洲、八中洲、无数小洲。东方是胜神洲，西方是牛贺洲，北方是俱卢洲，南方是赡部洲。
欲界六道众生就生活在以须弥山为中心的世界中。欲界指深受各种欲望支配和煎熬的生物所居住的地方。六道是，（1）地狱，生活在世界的边缘处。（2）饿鬼，主要居住在阎罗王统治区域。（3）畜生，在地上或水中。（4）阿修罗，居住于须弥山低处和轮围山一代。（5）人，生活在南赡部洲。（6）天，天神。
须弥山腰有犍陀罗山，山有四峰居四大天王，各护一天下（部洲）。东方持国天王，南方增长天王，西方广目天王，北方多闻天王。按照《长阿含经》卷12《大会经》的说法，四大天王中，（1）东方天王名为“提多罗吒”，意译为“持国”，能护持国土，领毗舍阇、乾闼婆等神将。东方天王是帝释天的主乐神，此天王手中持琵琶，护东方弗提婆洲（东胜神洲）人民。（2）南方天王名“毗琉璃”，意译为“增长”，能令他人善根增长，所以手中持剑，领鸠槃荼、薜荔等神，护南阎浮提洲（南赡部洲）人民。（3）西方天王名“毗留博叉”，意译“广目”，能以净眼观察护持人民，领诸龙及富单那，所以手中缠绕一龙，护西瞿耶尼洲（西牛贺洲）人民。（4）北方天王名“毗沙门”，意译“多闻”，有大福德，护持人民财富。右手持伞，表福德之义，护北郁单越洲（北俱卢洲，此云胜处）人民。北方毗沙门天，在中国民俗信仰中被认为是哪吒三太子的父亲托塔李天王。
四大天王俗称“四大金刚”。清人梁章钜在《浪迹续谈》“风调雨顺”一条中引明人王业《在阁知新录》说：“凡寺门金刚，各执一物，俗谓‘风调雨顺’：执剑者风也，执琵琶者调也，执伞者雨也，执蛇者顺也。独顺字思之不得其解。”同书又引明人杨升庵《艺林伐山》说：“所执非蛇，乃蜃也，蜃形似蛇而大，字音如顺。”四大天王在中国民俗信仰中被赋予了风调雨顺的含义。
四大天王各有八大将，其中韦驮居首，是三洲护法，专门保护僧人。韦驮是南方增长天王属下八大神将之一，释迦牟尼佛入灭时，邪魔把佛的遗骨抢走，韦驮奋力夺回。佛教寺院大体分为两种，一种叫子孙庙，就是子子孙孙在一座寺院里生活，他们的财产属于私有，且不接待外地云游僧人进入，可以招收徒弟，可以为徒弟剃度却不可以传戒。而另一种就被称为十方庙，十方庙就是云游僧人可以挂单寄居的寺院，他们的住持方丈是由大家推举出来的，并不像子孙庙那样一代一代往下传。（1）韦驮双手合十，降魔杵横在胸前，这表示合十欢迎外来的僧人在这个寺院挂单常住，这是十方丛林寺庙标志之一；（2）手中的降魔杵是触地而立，降魔杵触地暗示这个寺院资金、物资雄厚犹如大地，能够承受外来僧人在这个寺院挂单常住，也是十方丛林；（3）韦驮的降魔杵扛于肩上，表示此寺为子孙寺庙，不欢迎外来的僧人在这个寺院挂单常住。慈恩寺是十方丛林，允许游方僧人挂单。
根据《道宣律师天人感通传》记载，唐代道宣律师曾与天神会谈，天神说：南方天王部下有一位韦将军常周行东南西三洲（北俱卢洲生活幸福，众生无出离心，故无出家人），护助诸出家人。宋代以来，中国汉传佛教寺院中普遍塑韦驮天像，一般称为韦驮菩萨。
天王殿中主尊为弥勒菩萨像，弥勒菩萨名“阿逸多”，是释迦牟尼佛的弟子，南天竺人。后来由人间生在兜率天内院中教化菩萨。据《增一阿含经》《弥勒上生经》《弥勒下生经》等佛教典籍，释迦牟尼佛的教法流传一万年，其后世界道德逐步提高，不再需要佛教，佛教便自行消亡了；再过800余万年后，弥勒菩萨由兜率天下生此世界成佛。
弥勒菩萨是未来佛，天王殿的弥勒佛像是按照布袋和尚的形象塑造的。五代时期，在浙江奉化有位和尚名“契此”，常携布袋，教化群众，很得民众信仰。因为这个和尚经常背着一个布袋，人称为“布袋和尚”。布袋和尚临终时说了一首偈语：“弥勒真弥勒，分身百千亿，时时示世人，世人自不识。”由此，人们认定布袋和尚是弥勒佛的化身，因此就在寺院的天王殿正中塑了大肚子的布袋和尚的形象。
大雄宝殿
慈恩寺的主殿是大雄宝殿。大雄宝殿为五开间。左侧楹柱行书对联，上联“无忧出世菩提大觉演三藏”；右侧楹柱行书对联，下联“妙法东流长安弘教到慈恩”。右侧楹柱楷书对联，上联“佛日高悬光明世界”；左侧楹柱楷书对联，下联“法轮大转普利人天”。唐代玄奘大师西天取经回国后长期居住陕西西安慈恩寺翻译经典，他的弟子窥基被尊为“慈恩大师”，故师徒二人创立的法相唯识宗，也被称为“慈恩宗”。中国以“慈恩”为名的寺院还有不少，例如浙江省天台山慈恩寺等；辽宁省沈阳市法库县民间传说有康熙皇帝御笔的慈恩寺，1962年设慈恩寺公社，1984年置慈恩寺乡。沈阳慈恩寺门口对联的“妙法东流长安弘教到慈恩”，这里的慈恩寺是用的唐代长安玄奘法师所居慈恩寺的典故，唐代长安慈恩寺在这里略做介绍。
西安慈恩寺位于陕西西安市区南部。古时位于长安县东南，曲江之北，南临黄渠。始建于隋开皇九年（589年），初名无漏寺（无量寺）。唐贞观二十二年（648年），皇太子李治为其母文德皇后追荐冥福扩建，称为大慈恩寺。当时寺院规模巨大，重楼复殿，房舍1800余间。据称当时“竹松森邃，为京师最”。玄奘奉敕由弘福寺移居慈恩寺为上座，住翻经院，专务翻译。慈恩寺译场，以玄奘为译主，下设征文、缀文、证梵、笔受等科。主要从译人员皆挑选贤明才彦之大德，人数多达千余人，是当时最大的皇家译场之一。1931年由当代著名太虚法师主持，朱子桥、杨虎城两将军合力资助，在寺内设慈恩宗学院。中华人民共和国建立后，多次进行修缮。寺内大雁塔创于唐永徽三年（652年），为保存玄奘由印度带回的佛经而建。塔本名“慈恩寺塔”，后据《大唐西域记》所记印度佛教传说故事而易名“雁塔”。称为“大雁塔”则是为与后建的荐福寺小雁塔相区别。塔高64米。塔底层四面皆有石门，门楣上有精美的线刻佛像，西门楣上的说法图，刻有当时的殿堂建筑，是研究唐代建筑、绘画、雕刻艺术的重要资料。塔南门两侧，镶嵌有唐太宗李世民撰《大唐三藏圣教序》和唐高宗李治撰《大唐三藏圣教序记》，均为唐代大书法家褚遂良所书。
沈阳慈恩寺大雄宝殿内的释迦牟尼佛坐像，两侧是他的胁侍，迦叶在左、阿难在右胁侍。释迦牟尼佛左手边为东方净琉璃世界药师佛，其右手侧为西方极乐世界阿弥陀佛。大雄宝殿即是汉传佛教寺院的正殿，也称大殿。“大雄”是称赞释迦牟尼佛威德高上的意思。释迦牟尼是佛教的创始人，释迦为部族名称，释迦牟尼意为“释迦族的圣人”。释迦牟尼本名为悉达多，姓乔达摩，又常被称为佛陀（觉者）、释尊、世尊等。释迦牟尼佛是佛教的教主，大约2500年前印度释迦族的一位王子出家成佛，创立了佛教，也称佛陀。释迦牟尼的时代，约当公元前6世纪中叶，正是中国春秋时代，与孔子同时。他是当时迦毗罗国国王的长子，父亲名净饭，母亲名摩耶。摩耶夫人产后不久就死了。幼年时代的释迦牟尼是由他的姨母波阇波提夫人养育的。他自小从婆罗门学者们学习文学、哲学、算学等等，知识很广博；又从武士们学习武术，是一个骑射击剑的能手。他父亲净饭王因为他天资聪慧，相貌奇伟，对他期望很大，希望他继承王位后，建功立业，成为一个“转轮王”（统一天下的君主）。作为王子，释迦牟尼的生活虽然非常优裕，但先天聪慧而敏感的他，注意力很快转到人生与社会的观察上，几次出游，他目睹了辛劳的农夫和老人、病人及死人的窘况。古代印度的社会文化风俗令他思考出家修行的可能。人生的悲惨现实使他心中的焦虑最终爆发出来。在遇见一位安详而喜悦的弃世修行者之后，他决定离开王宫追寻正道。为了寻求解脱，释迦牟尼尝够了艰苦辛酸，坚持不懈，经历六年之久，但是结果徒劳无功，方才悟到苦行是无益的。他于是走到尼连禅河里去沐浴，洗去了六年的积垢，随后受了一个牧女供养的乳糜，恢复了气力。当时随从他的五个人见到这一情景，以为他放弃了信心和努力，便离开了他，前往波罗奈城去继续他们的苦行。王子于是一个人走到一棵毕钵罗树下，铺上了吉祥草，向着东方盘腿坐着，发誓说：“我今如不证到无上大觉，宁可让此身粉碎，终不起此座。”他便这样在树下思维解脱之道，经过七日七夜（一说“四十九天”）的禅观静想，终于在一个夜里，战胜了最后的烦恼魔障，获得了彻底觉悟而成了佛陀。
释迦牟尼佛像有各种不同的姿势，主要的有两种，一种是结跏趺坐，左手横置左足上名为“定印”，表示禅定的意思；右手直伸下垂，名为“触地印”，表示释迦在成道以前的过去生中，为了众生牺牲自己的头、目、脑髓，这一切唯有大地能够证明，因为这些都是在大地上做的事—这种姿势的造像名为成道相。一种是结跏趺坐，左手横置左足上，右手向上屈指作环形名为“说法印”，表示佛在说法—这种姿势的造像名为说法相。另外有一种立像，左手下垂，右手屈臂向上伸，这名为旃檀佛像，传说是佛在世时印度优填王用旃檀木按照佛的形容所作。下垂名“与愿印”，表能满众生愿；上伸名“施无畏印”，表能除众生苦。后来仿照此形象制作的也叫作旃檀佛像。一般多在释迦牟尼佛像旁塑有两位比丘立像，一年老，一中年，这是佛的两位弟子，年老的名“迦叶尊者”，中年的名“阿难尊者”。
慈恩寺的大殿中不是一尊佛像而是三尊，代表中、东、西三方不同世界中的佛。中间一尊是我们这个世界的释迦牟尼佛；右边是东方净琉璃世界的药师琉璃光佛，结跏趺坐，左手持钵，表示甘露，右手持药丸；左边是西方极乐世界的阿弥陀佛（阿弥陀译成汉语是无量寿、无量光），结跏趺坐，双手垒置足上，掌中有一莲台，表示接引众生的意思。三世佛旁边有的各有二位菩萨立像或坐像，在释迦牟尼佛旁的是文殊菩萨、普贤菩萨；在药师佛旁的是日光菩萨、月光菩萨；在阿弥陀佛旁的是观世音菩萨、大势至菩萨。菩萨是菩提萨埵的简称，凡是抱着广大的志愿，要将自己和一切众生一齐从苦恼中救度出来，而得到究竟安乐（自度度他）；要将自己和一切众生一齐从愚痴中解脱出来，而得到彻底的觉悟（自觉觉他）—这种人便叫作菩萨。根据《华严经》《药师本愿经》《观无量寿佛经》，上述文殊菩萨、普贤菩萨，日光菩萨、月光菩萨，观世音菩萨、大势至菩萨，分别是释迦牟尼佛、药师佛和阿弥陀佛这三尊佛的上首弟子。慈恩寺大雄宝殿三世佛两侧还供奉有大梵天和帝释天二胁侍。
大雄宝殿两侧还供奉有十八罗汉。一般寺院的大殿两侧多奉有十八罗汉像。罗汉是阿罗汉的简称，原本是指小乘佛教的最高成就者；晚唐五代后开始风行罗汉信仰。大雄宝殿中供奉罗汉，是因为相传佛在涅槃以前，嘱咐了16位大阿罗汉，让他们不要涅槃，常住世间为众生培福德。按照玄奘翻译的《大阿罗汉难提密多罗所说法住记》，这16位的名字是：A宾度罗跋啰惰阇，头发皓白，而且有白色长眉毛，俗称“长眉罗汉”；B迦诺迦伐蹉；C迦诺迦跋厘惰阇；D苏频陀；E诺距罗；F跋陀罗；G迦理迦；H伐阇罗弗多罗；I戍博迦；J半托迦；K啰怙罗；L那迦犀那；M因揭陀；N伐那婆斯；O阿氏多；P注荼半托迦（见《法住记》和《十六罗汉因果识见颂》）。五代以后或加上《法住记》的作者难提密多罗和《因果识见颂》作者摩拿罗多二人，成为十八罗汉；或错将第一尊宾度罗跋啰惰阇分为二人，加上难提密多罗（庆友），成为十八罗汉。
观音殿
大雄宝殿背面供奉海岛观音像，匾额“慈航普渡”。
观音是中国佛教四大菩萨之一。全称是“大慈大悲救苦救难广大灵感观世音菩萨”，又译为“光世音”“观自在”“观世自在”等。一般认为因避唐太宗李世民的讳，观世音菩萨简称“观音菩萨”。唐代玄奘法师将观音菩萨译为“观自在菩萨”。观音菩萨是阿弥陀佛的左胁侍，西方三圣之一。据信观音菩萨以大慈大悲为德性，苦难众生只要念诵其名号，菩萨即时观其音声，前往拯救解脱，故又被称为“大悲菩萨”。“观自在”，意指佛、菩萨已破除尘世的种种烦恼，进入永恒、恬静、自在和清净的境界，名为“得大自在”。又指观音能够完全自在地观察俗世，无有障碍，寻声救苦，随心所欲。相传其说法道场在浙江普陀山。观音塑像在中国多为女相。女相观音造像约始于南北朝后期，盛于唐代以后。据说观音有多种化身，能随缘应化，循声救苦。有六观音、七观音、三十三观音等。
观世音菩萨是西方极乐世界的上首菩萨，表现一切佛的大悲心，所以是救世之最切者。他的形象有多种不同。一是圣观音像，一首二臂，结跏趺坐，手中持莲花或结定印的尊严像，天冠中有阿弥陀佛像。又有“自在观音像”，就是一足盘膝，一足下垂，很自在的形象。像旁或有一净瓶，盛满甘露，瓶中插了柳枝，象征观音以大悲甘露遍洒人间。观音像两旁有童男童女像，童女为龙女，因为《法华经·提婆达多品》中说有龙女成佛的故事，而观音又是住在南海普陀洛伽山，因此有“龙女拜观音”的传说。童子即善财童子，因《华严经》中说善财童子为求佛法，参谒53位“善知识”（名师），其中曾谒观世音菩萨而得到教益。
《法华经》第25品为《观世音菩萨普门品》。在佛教中，它往往被摘抄出来，单独流行，名为《观音经》。《观音经》认为，无论何人只要信仰观音菩萨，念诵观音菩萨的名号，就能免除一切厄难，甚至火不能烧、水不能淹、刀锋可摧崩、大海可枯竭、一切恶鬼不能近前侵害。另外，观音菩萨又能使信士所求遂愿，求男得男，求女得女，求财得财。因此，《观音经》是观音信仰在中国得以流行的主要原因和依据。《观音经》说观世音菩萨能现三十三化身，救12种大难，遇难众生只要念诵他的名号，“菩萨即时观其音声”，前往拯救。观音菩萨会“随类化度”，不分贵贱贤愚，救度一切众生，因此被尊为“大慈大悲救苦救难观世音菩萨”，简称“大悲”。按照中国的传说，观音菩萨的生日是农历二月十九，成道日是六月十九，涅槃日是九月十九。以观音为主尊的佛殿也习惯称为“大士殿”，也称“圆通殿”，因为观音有“圆通”之美誉。
伽蓝殿
左配殿为伽蓝殿，伽蓝殿内供奉的是关羽坐像（中）、周仓（左）和关平立像（右）。关羽在佛教被尊为“南无伽蓝圣众菩萨”。
大殿的左边配殿一般是伽蓝殿。伽蓝是僧伽蓝摩的省称，义云众园。当释迦牟尼佛在世时，舍卫国有位长者名须达多，他能将财物布施贫困，人们称他为给孤独长者。传说他要请佛到舍卫国来说法教化，就同佛的弟子舍利弗选择地方供佛和弟子们居住。经过再三考虑，选定了舍卫国太子祇多的花园。但是太子没有出卖园林的意图，便对给孤独长者说：“你若能在我的园地上布满黄金，我便把花园卖给你。”给孤独长者当真这样做了。太子很受感动，便少要了他一部分黄金作为买回树木的价钱，二人共同请佛来住。这便是印度有名的祇树给孤独园。后来舍卫国王波斯匿王也归信佛教，为佛陀建立佛教的事业做出过很多贡献。所以后代寺院的伽蓝殿正中供的是波斯匿王，左方是祇多太子，右方是给孤独长者，以纪念他们护持佛教的功德。
但在中国伽蓝殿内一般都供奉关羽。因为就狭义而言，“伽蓝”指伽蓝（佛教寺院）土地的守护神；广义而言，“伽蓝”则可泛指所有拥护佛法的诸天善神，关羽是汉传佛教的伽蓝神之一。关公（或称为关帝）原是来自三国蜀汉的历史人物，为刘备手下的大将，以刚正不阿的个性出名，之后在北攻曹魏时被孙权杀害，后代民间将关羽奉为神，用来驱逐危险，至北宋时被纳入人们膜拜的神祇。近世以来，中国佛教界常以关帝（关羽）为伽蓝神。《佛祖统纪》有关于伽蓝菩萨皈依佛教的记载：“智大师到荆州，欲创精舍。一日，见关羽神灵告之，愿建寺护持佛法。七日后，师出定，见栋宇焕丽，师领众入室，昼夜演法。一日，神白师：‘弟子获闻出世间法，念求受戒，永为菩提之本。’师即授以五戒，成为佛教的伽蓝护法神。”相传隋代天台宗的创始者智者大师，有一次曾在荆州的玉泉山入定，于定中听见空中传来“还我头来！还我头来！”的惨叫声，原来是关羽的头被敌人砍下来，其愤恨不平，到处寻找自己的头。智者大师反问：“您过去砍去他人的头无数，您今日怎么不去还别人的头？”并为其讲说佛法。关羽当下心生惭愧，而向智者大师求授三皈五戒，成为正式的佛弟子，并且誓愿作为佛教的护法。从此以后，关羽这位千余年来极受民众敬重的英雄人物，就与韦驮菩萨并称佛教寺院的两大护法神，伽蓝菩萨为右护法，韦驮菩萨为左护法。周仓是关羽的护卫，关平是关羽之子，关羽神像的两侧经常供奉关平、周仓的神像。
比丘坛
比丘坛即“戒坛”，是慈恩寺讲经传戒的场所。比丘坛前有香炉及“放生池”，“放生池”是一座石雕的大鱼缸，缸沿上的九条金鱼和水浪雕刻得十分精美。坛前的景观石，其基座也是利用天然石料，左侧缝隙处雕刻了一座二层殿宇、右侧雕刻一棵古树，中间阴刻“开心光明菩提”六个金色楷书大字。
比丘坛大殿内供奉的是“南无毗卢遮那佛”，端坐在描金莲花座之上。莲花座下还有三尊小佛像。
佛教徒有四众之分，就是出家男女二众，在家男女二众。佛的出家弟子，男的叫比丘，女的叫比丘尼。比丘是梵语，义即乞食，言其乞食以自生活；又有怖魔、破恶、净命等义。俗称比丘为“僧人”，僧是梵语“僧伽”的简称，义为众，凡三比丘以上和合共处称为众。世俗也称比丘为“大僧”或“首堂”，称比丘尼为“二僧”或“二堂”。
根据佛的制度，一个比丘应当过着清净而俭约的生活，严格遵守不杀、不盗、不淫（包括在俗家的妻子）、不妄语、不两舌、不恶口、不绮语、不饮酒及非时食（过午不食），不涂香装饰、不自歌舞也不观听歌舞，不坐卧高广床位，不接受金银象马等财宝，除衣、钵、剃刀、滤水囊、缝衣针等必需用品外不蓄私财，不做买卖，不算命看相，不诈示神奇，不禁闭、掠夺和威吓他人等等及其他戒律。平日昼夜六时（晨朝、日中、日没为昼三时，初夜、中夜、后夜为夜三时）中除一定时间睡眠、托钵、饮食、洒扫、挑水外，其余时间都应当精勤地用在学修方面。
如果想成为正式的比丘，必须受“具足戒”，也称“大戒”。受具足戒必须满足三个条件，即一定的监察僧人（中原地区十人，边区至少五人），一定的场所即“戒坛”，一定的会议誓约程序。隋唐以来，汉传佛教通行按照《四分律》受戒，比丘戒250条，比丘尼戒348条，年满20岁者方能受戒。明清以来，传戒分为三级三次，即所谓“三坛大戒”：初坛传十戒，二坛传具足戒，三坛传菩萨戒。
十戒是不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒、不涂饰、不歌舞及旁听、不坐高广大床、不非时食、不蓄金银财宝。初坛传十戒，鸣钟聚众，由传戒和尚讲说十戒的意义，最后向受戒者一一提问：“尽形寿能持否？”受戒者回答：“依教奉行”或“能持”。初坛即告毕。第三坛菩萨戒分在家菩萨戒和出家菩萨戒两种。在家菩萨戒律授给在家男女二众，共有“六项重戒”和“二十八轻戒”；出家菩萨戒律授给出家人，有“十项重戒”，“四十八轻戒”。初坛和三坛都是聚众集体举行，而二坛戒则是编组进行，一般一到三人为一组。近代传戒都是三坛连受，初坛结束后不久即开二坛，二坛戒最为隆重。
并不是每座佛教寺院都设有戒坛。重要的佛寺设有戒坛，一般设立在寺院左后侧（东北后区）或右后侧（西北后区），独为一院，自成格局。院中正殿为戒坛殿，正殿前常常还立有一座小山门殿，表示从此进入受戒得解脱入空门，殿中正面供奉释迦牟尼佛十大弟子中持律第一的优波离，故此殿又名优波离殿。相传佛教律宗最初就是由优波离背诵出来的。戒坛殿一般为方形大殿，中设三层玉石砌成的戒坛。戒坛为正方形，每层四面均有石龛。龛中安置神像，龛外还有站立的一米左右的神像。这些神像都为戒神，即戒坛的护法神，包括诸天神、天龙八部、伽蓝、土地、金刚力士等。进行第二坛受戒时，戒坛上，正面设莲花座，供奉释迦牟尼佛像，下设三师七证十张座椅，总称“十师”。上首三张是三师的座椅。三师中间坐“衣钵传灯本坛阿阇黎”，即受戒的主师，俗称“戒和尚”，阿阇黎是轨范师、导师的意思，意为教授弟子并纠正其行为者，是弟子的师范。左边坐“羯磨阿阇黎”，也称“羯磨师”，羯磨是佛教徒日常办事的会议制度，羯磨师是这类会议的执行主席。右边坐“教授阿阇黎”，也称“教授师”，是向传戒者传授佛教生活规范、规章制度的。三师座椅两侧，左侧三张，右侧四张，是七证的座椅，七证都尊称“尊证阿阇黎”，都是传戒的证明人。
传戒结束后，传戒寺院会发给出家人“戒牒”作为证明书，它能起证明出家人身份的作用。现在“戒牒”由中国佛教协会委托传戒寺院发放，三师七证签名盖章为信。
大乘殿
位于比丘坛北侧的配殿是大乘殿。殿内佛像，左一为“南无地藏王菩萨”，左二为“南无普贤菩萨”，左三为“南无文殊菩萨”，左四为手持净瓶的“南无观音菩萨”。
大乘佛教和小乘佛教是佛教的两大思想流派。大、小乘的分别，主要在于大乘着重利他（利益大众的行为），小乘着重自己解脱。大乘有不同的经典，在教义上有所发挥和发展。首先大乘佛教认为到了佛的圆满觉悟的境界，就能不住生死，不住涅槃，就能在因缘生灭的世界中，永无休歇地做“庄严国土、利乐有情”的事，而随时随处安住在涅槃的境界。其次根据缘起的道理，说明一法以一切法为缘而生起，同时又是生起一切法之缘，所以任何人与一切众生都有同体的关系，好像海里面一个小水泡和整个大海水是同体关系一样。所以说，“一切众生是我父母”，又说“视众生如一子”（独子），这样地兴起大慈悲心（慈是同情人之喜乐，悲是同情人之忧苦），“无有疲厌”地“为众生供给使”。大乘佛教特别发扬这种菩萨行的人生观，并且特别鼓励“六度”和“四摄”的行为。上述行为在大乘佛教中被称为“菩萨道”，践行菩萨道而有成就的人被称为“大乘菩萨”，慈恩寺的“大乘殿”实际为大乘菩萨殿，里面供奉着汉传佛教的四大菩萨。
地藏菩萨，梵文音译为“乞叉底蘖娑”。《地藏十轮经》谓其“安忍不动犹如大地，静虑深密犹如地藏”，故名。被佛陀封为“幽明教主”，负责救助地狱中的所有恶鬼。曾在佛前立誓愿：“为是罪苦六道众生广设方便，尽令解脱，而我自身方成佛道。”此即通常所说的“地狱不空，誓不成佛”，故又称“大愿地藏”。其坐骑是一头类似狮子的怪兽，名为“谛听”，又称“善听”，据说它神通广大，能够照鉴善恶，察听贤愚。关于地藏的身世，众说纷纭。在中国最有影响的说法是，地藏菩萨降诞为新罗国王子，姓金名乔觉，出家后号地藏比丘，唐玄宗时来华求法，在九华山结庐修炼，圆寂后葬于神光岭的月身宝殿，俗称“肉身塔”。传说他生前笃信地藏菩萨，其容貌又酷似地藏瑞像，人们便把他说成是地藏菩萨转世。
普贤菩萨，又译“遍吉”，梵文音译“三曼多跋陀罗”。释迦牟尼佛的右胁侍（左胁侍为文殊），专司“理”德、“定”德和“行”德。《大日经疏》曰：“普贤菩萨者，普，是遍一切处；贤，是最妙善义。谓菩提心所起愿行，遍一切处，纯一妙善，备具众德，故以为名。”其坐骑多为六牙白象，原为菩萨所化，以示威灵。《普贤观经》曰：六牙表示六度，四足表示四如意。
文殊菩萨，音译作文殊师利、曼殊室利、满祖室哩，意译为妙德、妙吉祥、妙乐、法王子。又称文殊师利童真、孺童文殊菩萨。为中国佛教四大菩萨之一，与般若经典关系甚深。或谓其为已成之佛，如首楞严三昧经卷下载，过去久远劫有龙种上如来，于南方平等世界成无上正等觉，寿四百四十万岁而入涅槃，彼佛即今之文殊师利法王子。或谓其为实在人物，如文殊师利般涅槃经谓，此菩萨生于舍卫国多罗聚落梵德婆罗门家，生时屋宅化如莲花，由其母之右胁出生，后至释迦牟尼佛所出家学道。此外，亦有说文殊菩萨为诸佛菩萨之父母者。一般称文殊师利菩萨，与普贤菩萨同为释迦佛之胁侍，分别表示佛智、佛慧之别德。所乘之狮子，象征其威猛。
观音菩萨（参见前“观音殿”的论述），按照印度佛教经典的记载，乃转轮王之长子，名不眴，从佛出家修道。当他修成正果后，发愿救度众生。清《癸巳类稿》卷十五对此有过记述，过去散提岚界，善持劫中，时有佛出，众曰宝藏。有转轮王，名无量净，第一太子名不眴，发菩提心：“众生念我，天耳天眼闻见，不免苦者，我终不成天上菩提。”宝藏佛言：“汝观一切众生，欲断众苦，故今字汝为观世音。”在佛经中称观世音为“善男子”“勇猛丈夫”，故在南亚、东南亚的佛窟造像中，观世音往往多为带胡须的男子形象。但在中国，观音菩萨常常显现女性形象救度众生，《北齐书·徐之才传》：“初，见空中有五色物，稍近，变成一美妇人，身长数丈，亭亭而立。食顷，变为观世音，是女身。”武则天时，印度僧人菩提流志译《宝雨经》卷一中言：“实是菩萨，故现女身，为自在主。”《大云经》中佛对净光天女说：“汝于见时，时是菩萨，现受女身……得大自在。”宋代出现《香山宝卷》：观音菩萨原本是妙庄王第三女妙善公主，为救父王，妙善公主全然不计较曾受父王的种种责罚迫害，一片至诚孝心，自愿舍双眼、双手搭救父王。妙善公主也因为自己的孝行而得善报，“舍双眼得千眼报，舍双手得千手报”，成为“千手千眼大慈大悲救苦救难观世音菩萨”。现今我国各地佛教徒隆重纪念的观音诞日（二月十九日）、观音出家日（九月十九日）、观音成道日（六月十九日），皆是与妙善公主出生、出家与成道日相一致。至此观音菩萨的形象已经完全实现了中国化，成为中国广大民众最为喜闻乐见的佛教人物。
祖师殿
祖师殿，位于慈恩寺院内东北角，坐东朝西，卷棚顶五檩五架式砖木结构建筑。平面形式为“虎抱头”，门口有对联：现慈悲法身多方济度；作广大教主到处津梁。祖师殿内供奉的是一座白石雕制的灵塔，塔腹中刻有：“庄严圆寂中兴慈恩堂上上沙下霁步公老和尚之觉灵位”。灵塔两侧和后面的墙壁上开设许多小龛，供奉着大小不一的牌位，还有骨灰坛和骨灰盒等。
祖师殿最早出现在禅宗寺院布局中，一般在大殿西侧，但是其他宗派的寺院也往往仿效禅宗，设立祖师殿。禅宗的祖师殿正中是梁时来华的禅宗初祖达摩禅师，左方是达摩六传弟子唐时的六祖慧能禅师，右方是慧能的三传弟子建立丛林制度的百丈怀海禅师。其他宗派的寺院，也有在祖师殿内加祀本宗祖师像的。慈恩寺祖师殿内供奉的是晚清民国时期复兴慈恩寺的步真老和尚（法号沙霁）。
藏经楼
藏经楼在四进院内，是一座两层楼房，共14间，为硬山式砖木结构。藏经楼一层供奉佛像，还有接待室、会客室等。二楼珍藏两部木版“三藏”经典，分别是明藏和清藏版本，极为珍贵。其中遗失部分，已重新抄写，破损部分已得到修补。
佛经是佛逝世后，他的众多弟子记诵出来的。佛逝世的那一年，佛的弟子，以摩诃迦叶为首的五百人集会在王舍城外的七叶窟，将佛一生所说的言教结集起来，以传后世。当时由阿难陀诵出佛所说的经；由优波离诵出佛所制的僧团戒律；由摩诃迦叶当时诵出，后来又补充结集的关于教理的解释和研究的论著。经、律、论为三藏。藏的本意是一种可以盛放东西的竹箧。把经、律、论分为三藏，同我国把经、史、子、集分为四库有差不多的意思。这一次结集称为第一结集。照通常解释，结集两个字含有编辑的意思，但这个梵文词的本意是僧众大会，含有“会诵”的意思，一方面固然注重法的结集，另一方面也包含着人的结集的意思在内，因为最初的结集还没有用文字记录，只凭口头传诵。
当时除在七叶窟的五百比丘外，还有未加入摩诃迦叶团体的许多比丘，以跋波（最初五比丘之一）为上首，在窟外不远的地方另行结集。所以王舍城结集分窟内窟外二部，所结集的都是小乘三藏。大乘三藏相传是文殊师利菩萨、弥勒菩萨等菩萨和阿难陀等在铁围山结集的。
大藏经古代或称为“一切经”，是将由印度和西域传译到中国的大小乘经、律、论及贤圣集传汇编而成的一大丛书。在古代刻版技术尚未发明以前，一切经都是抄写的，写经是卷子式，专司写经的人称为经生，到宋代以后才有木刻本的大藏经。佛教经论在中国流传，经过历代的翻译，以至汇集、编次而逐步成为各种不同文字的大藏经，实在是一件伟大的事业。
中国第一次刻本汉文大藏经是宋开宝四年（971年）。在此以后，历宋、辽、金、元、明、清几个朝代，千年之间先后有20余次刻本。明代政府两次刻印大正藏，第一次是1372年开始在南京刻的南本大藏经，第二次是1410年开始在北京刻的北本大藏经，此外还有民间在万历年间刻的方册大藏经（嘉兴藏）。清代雍正、乾隆年间（1735～1738年）刻大藏经，称“龙藏”。慈恩寺所藏明清大藏经，为永乐北藏和龙藏本，现对此略做介绍。
明北本大藏经世简称“北藏”，是明成祖永乐十九年（1421年）为报皇考皇妣生育之恩所刻，英宗正统五年（1440年）完成。《大明三藏圣教目录》中有明英宗正统御制藏经序云：“我皇曾祖太宗体天弘道高明广运圣武禅功纯仁至孝文皇帝德全仁圣，道法乾坤……博采竺乾之秘典，海藏之真诠。浩浩乎，穰穰乎，缮书刊梓，用广传施，功垂就绪，龙御陟遐。洪庆所贻，传序暨朕，恭嗣大宝，统理万邦。追惟圣孝之隆，敢忘继述之务。大藏诸经636函，通6361卷，缄毕刊印，式遂流布。”卷数较南藏微增，编订亦互有出入，实有1621部。版式每半页5行，每行12字或17字。至神宗万历间，神宗母慈圣宣文明肃皇太后又续刻入藏诸集，自钜字至史字凡41函410卷。万历十二年（1584年）神宗钦赐《御制续入藏经序》，总计本续凡677函及目录一函，此即《明史·艺文志》所称：“释藏目录四卷，佛经六百七十八函。”
清大藏经世简称龙藏。清世宗雍正十二年（1734年）敕刻，至高宗乾隆三年（1738年）十二月竣工。全藏总计1669部，自天字函至机字函凡724函。始自《大般若经》以迄西士贤圣撰集，全依明北藏编次。版式每半页5行，每行17字。据《大清三藏圣教目录》所载，当时主持其事是和硕庄亲王允禄，和硕和亲王弘昼，以及校阅官38人，监督9人，监造64人，总率4人，带领分析语录3人，带领校阅藏经3人，分领校阅6人，校阅38人。
佛经寺院储藏、供养大藏经的地方称为“藏经阁”或“藏经楼”，是佛教的专业“图书馆”。藏经楼一般都在中轴线上最后一进，多为两层正殿，下层为“千佛阁”，一般中设毗卢遮那佛为主尊，也有居中设立三世佛像的。主尊佛像身后沿墙壁立成百上千的小佛龛，象征众佛结集会诵读经。上层沿墙壁立柜橱安放藏经，中间设桌案供读经使用。慈恩寺藏经楼这种安置佛经的方法称为“壁藏”。
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