陕甘回民起义成为了历史，善后工作也进入了尾声。左宗棠终于可以喘口气了，但留给他休息的时间是有限的，还有更紧迫的使命等着他去完成。这就是我国的新疆陷入了空前危机之中，急需一名能征善战、文武双全的人去把失去的领土争夺回来。
我们知道，新疆自古以来就是中国的领土。早在西汉年间，中国的文献中就把这里称作西域。汉武帝建元二年（公元前139年）和元狩四年（公元前119年），西汉政权曾两次派张骞通西域。汉宣帝神爵三年（公元前59年），西汉政府又命郑吉为西域都护，还设都护府代表中央政府行使权力。到了清朝，乾隆二十年（1755年）开始勘定西域，四年后将西域改名新疆。清政府还在伊犁（今伊宁市）设伊犁将军，为新疆地区最高军政长官。另设乌鲁木齐都统，为该地区的军政长官，地位仅次于伊犁将军。
如今，我们耳边依旧回荡着左宗棠在第一次会试失败后曾写的《燕台杂感》，尤其第三首写道：
西域环兵不计年，当时立国重开边。
橐陀万里输官稻，沙碛千秋此石田。
置省尚烦他日策，兴屯宁费度支钱？
将军莫更纾愁眼，生计中原亦可怜。
在诗中，左宗棠歌颂了乾隆年间平定新疆，加强新疆政治、军事设施，巩固西北边陲的功绩。同时，他又谴责了乾隆以后的边疆大吏不善经营，无所作为的行为。
现实的确是这样的，随着清朝政府的统治越来越腐败，新疆的反清势力也越来越活跃起来。
同治三年（1864年），太平天国运动失败后，新疆便爆发了以回族、维吾尔族为主的大规模反清运动。起义队伍迅速控制了新疆全境，但起义军内部却由于争权夺势而分化为五个封建割据势力。它们是以喀什噶尔（今喀什市）为中心的金相印、司迪克政权；以乌鲁木齐为中心的妥得璘（妥明）政权；以库车为中心的黄和卓政权；以和阗为中心的玛福迪、哈比布拉汗政权；以伊犁为中心的迈孜木杂特政权。这些割据政权的混战给伺机入侵新疆的外国侵略者提供了便利条件。
同治三年十二月（1865年1月），因为军事上的失利，金相印、司迪克向新疆以西的浩罕王国求助。浩罕王国乘机派阿古柏领军进入了新疆。
阿古柏是何许人也？我们先来了解一下。
阿古柏本名叫穆罕默德·雅霍甫，1820年出生于塔什干附近的一个村子里。有人说他是乌兹别克人，也有人说他是塔吉克人。出生不久后，父母便离异了，跟随母亲生活的阿古柏在数年后又成了孤儿。年轻时他曾担任过舞师，后来，凭借这个职业和一套善于攀附、逢迎权贵的本领，先后担任浩罕汗国的军政要职，曾领兵抵抗沙俄的入侵。1860年左右，晋升为阿克麦吉特（今纳罗夫斯基）伯克，成为拥有自己势力的一方诸侯。从此，人们尊称阿古柏为“雅霍甫伯克”。
可见，阿古柏是一个善于钻营、投机、玩弄阴谋诡计、见风使舵和野心勃勃的人。这次来新疆，他仅仅是为了帮助金相印、司迪克谋求利益吗？答案自然是否定的。
阿古柏先后攻下天山南路的英吉沙尔（今英吉沙县）、喀什噶尔、叶尔羌（今莎车县）、和阗（今和田县）等地。所以，以和阗为中心的玛福迪、哈比布拉汗政权被吞并了。
同治六年（1867年），阿古柏向东侵犯，又攻占乌什、阿克苏和库车。以库车为中心的黄和卓政权也被消灭了。年底，阿古柏在喀什噶尔悍然宣布建立“哲德沙尔汗国”（意即七城汗国），自立为汗，据有南疆。
同治九年（1870 年），阿古柏势力又向天山北路扩展，在北疆打败妥得璘政权，占取乌鲁木齐、玛纳斯等地。
于是，阿古柏的武力侵占在新疆达到了最高峰，控制了整个南疆和北疆的部分地区，整个新疆几乎沦为异域，陷入了严重的危机中。
西方最着名的战略地理学家麦金德认为中亚地带是世界的心脏，而亚洲、欧洲、非洲构成了“世界岛”，谁要能控制世界的心脏，谁就能控制世界岛，进而统治全世界。所以，在多灾多难的晚清，不仅有阿古柏入侵新疆，俄、英两个帝国早已对新疆觊觎有加，同时将黑手伸向了中国的新疆。
先看狼子野心的俄国，它是攫得中国领土最多的国家。通过第二次鸦片战争，俄国共割占了中国东北地区黑龙江以北、乌苏里江以东100多万平方公里的领土和西北地区巴尔喀什湖以东以南44万多平方公里的领土。贪婪的俄国不会满足，接着又把侵略目标对准南疆，试图把喀什噶尔置于沙俄的魔掌之下。
没想到，半路杀出个程咬金，阿古柏先后侵占了喀什噶尔和乌鲁木齐。这个没什么要紧的，新疆大得很。晚了一步的俄国便在同治十年五月十七日（1871年7月4日）出兵侵占伊犁，宣称伊犁永远归俄国管辖，还放风说要带兵前往乌鲁木齐。很显然，俄国是想把新疆据为己有。
不过，清政府是软柿子，可以随便捏，阿古柏就不见得能随便捏了，所以，俄国采取了一个折中的办法。在同治十一年，俄国向喀什噶尔派出使团，与阿古柏订立《喀什噶尔条约》，以承认阿古柏政权为交换条件，俄国得到在南疆通商等权益。
俄国的意图很明显，就是要把新疆从中国的版图中分割出去。
再看英国，也好不到哪里去。
作为发动两次鸦片战争的老牌资本主义国家，英国不仅在中国的东南沿海攫取了大量权益，其势力还不断向长江流域渗透，而且对中国的西北、西南边疆也是垂涎三尺。
在阿古柏侵入南疆后不久，英国侵略分子就频繁前往喀什噶尔极力拉拢阿古柏。英国还利用其附庸土耳其苏丹来拉拢阿古柏。因为19世纪末土耳其是伊斯兰宗教的中心，土耳其苏丹在政治上和宗教上对于信奉伊斯兰教的中亚各统治阶级具有很大的影响力。阿古柏也表示愿意附属土耳其，这正是英国希望的结果。
1870年，英国赴俄进行中亚问题谈判的代表道格拉斯·福西特从彼得堡返回印度后， 又奉英国女王维多利亚之命率代表团前往喀什噶尔。这个代表团还给阿古柏送来了一万支步枪和若干门陆军专用的大炮。这表明英国妄图以阿古柏政权作为在南疆的代理人。阿古柏自然不会拒绝这种天上掉馅饼的好事，为得到英国的庇护，对英国使节说：“女王就和太阳一样，在她的温和的阳光里像我这样可怜的人才能够很好地滋长繁荣。”还声称从这里到伦敦任何人都可以自由来往。 阿古柏还两次派遣代表团前往伦敦，得到英国女王的热情接见， 并获赠一个修理厂的设备和六万支步枪。
同治十三年（1874年）初，阿古柏与英使订立了《英国与喀什噶尔条约》。英国同样无视清政府对新疆的领土主权，以承认所谓的“哲德沙尔汗国”为独立国而换取了在新疆的特权。依照这个条约，英国取得了与沙俄相等的权利，并得到了一系列沙俄想要得到而一直没有得到的特权。这样一来，阿古柏就成为了英国势力插足新疆的工具。
俄国得知《英国与喀什噶尔条约》内容后，要求依照该约取得派驻使节、领事等权，但遭到阿古柏的拒绝。有奶便是娘，此时的阿古柏已经不是彼时的阿古柏，他做出这样的反应一点儿也不出乎意料。
1874年11月，英国驻华公使威妥玛派参赞梅辉立前往天津会见直隶总督李鸿章，建议中国把天山南麓给阿古柏，把伊犁让给俄国，以缓和英俄的矛盾，并扶植阿古柏政权。
这样一来，新疆的问题严重了，俄国、英国正在实施着分割新疆的图谋，西北边防告急。在清政府长期积弱的情况下，要把俄、英侵略势力逐出新疆绝非易事，所以清政府迫切需要一员敢打敢拼的大将来完成这一使命。
热脸贴了冷屁股
和西方帝国列强相PK，一般人连想都不敢想，更别说真刀真枪地干了。清政府其实也是这种心思，如果可以选择的话，清政府更愿意用真金白银来换回新疆的自主权。
但列强已经不满足于真金白银，他们要把新疆从中国分裂出去。刀已经架到了脖子上，清政府别无选择，只能放手一搏了。必须派一员足智多谋的猛将来担负这个重任。清政府把手中的大将过了一遍，最终定格在左宗棠身上。一来，他身在甘肃，距离新疆比较近；二来，他名声在外，骨子里有股不服输的精神。只有这样的人在西方列强的枪炮面前才不会晕菜，才能重新宣示清廷在新疆的主权。
清政府没有看错人，因为左宗棠的确有这样的雄才大略。
早在鸦片战争前，左宗棠虽然还没有去过西北，但他从全国军事战略的高度对中国的山川攻守形势进行研究，认为新疆在西北地区具有很重要的地位。左宗棠在北京还与以研究西北史地而闻名的学者徐松相识，并从他那里得到了《汉书·西域传补注》、《西域水道记》等有关研究新疆的着作。
道光十八年（1838年），左宗棠第三次会试落第后，在家闭门苦读了新疆研究的专着——《西域图志》，后来又读了陶澍复陈西域事略的奏稿。在湘江舟中与林则徐会面时，也谈到了西域时务。林则徐提出的俄国始终是中国心腹大患的观点在左宗棠的头脑中留下了深深的烙印。
同治十年（1871年）七月，左宗棠听到俄国派兵侵占伊犁的消息，时任陕甘总督的他敏锐地察觉到沙俄日益膨胀的扩张野心，意识到敌人肯定不会善罢甘休的。
面对强大的入侵者，左宗棠没有犹豫胆怯，发誓要与此虏周旋到底。他不顾自己衰病的躯体肩负起了御侮卫国、收复新疆的重任。
应清政府的多次诏令，左宗棠一面派徐占彪抵肃州以替出乌鲁木齐提督成禄出关，一面致函湖南的刘锦棠，让他挑募数千精兵强将，在九月西行，保家卫国。
清政府虽然离不开左宗棠，但眼看左宗棠的势力越来越大，怕尾大不掉，所以，表面上好像要重用左宗棠，其实对他防备有加。
自乾隆以来，清王朝派往新疆主管军政的伊犁将军、乌鲁木齐都统等都以满族贵族等旗员充任。当阿古柏和俄国军队先后入侵新疆后，清政府依然把规复新疆的希望寄托在伊犁将军荣全、乌鲁木齐都统景廉、提督成禄身上。像左宗棠这样的汉族地方要员是很难得到督办新疆军务要职的。
左宗棠虽然对清廷的用人不当深表惋惜，但却使不上力。大清江山是满人的，只有到了无法收拾的地步，这些骄傲的满人才会让左宗棠独当一面。
其实，左宗棠身为陕甘总督、督办陕甘军务，他的职责主要是镇压陕甘地方的起义，而且此时的他已经年届六十，又有多种疾病缠身，他完全可以在陇事平定后告休回籍，享受天伦之乐。但国难当头，匹夫有责，左宗棠不会为了小家而置大家于不顾，所以，他向清政府筹议出关大略，敦促清廷制订用兵新疆以保卫领土主权的决策。他写给总理衙门的复信中，从多个角度提出了规复新疆的意见和建议：
首先，通过军事手段解决问题。沙俄是不会放弃霸占伊犁的侵略野心的，只有通过军事较量才能收回伊犁，这个指导思想不能变。
其次，用人有欠妥当。关外的景廉、荣全等军兵力不足，关内金顺、成禄等后路军又冗杂无斗志，派这种军队去收复失地，是天方夜谭。而且前进基地和进兵通道的河西走廊被严重破坏，在这种情况下，不能贸然出兵。
另外，左宗棠还提出了收复新疆的应办事宜和用兵方略，他指出：想要粉碎英俄的侵略意图，必须先击垮阿古柏的反动政权；而要收复伊犁，必须先收复乌鲁木齐；然后兴屯、安民，争取让伊犁和平回归。如果非得用兵，也要有十足的把握才行。
左宗棠还指出要裁减冗员，在保证城乡民众能正常生活和生产的基础上统一收支、合理使用军饷，杜绝浪费。还要做到军令统一、步调一致，只有这样才能让军队发挥出最佳的战斗力，才有希望规复新疆。
总的来看，左宗棠认为当前的首要任务不是想办法怎样对付俄国人，而在于精选出关的兵将；不必急着收复失地伊犁，而应该先攻取乌鲁木齐。
我们知道，左宗棠其实是一个新疆军务的“局外人”，但他却能对谋略规复新疆考虑得这样周密，这正是他甘于以“边荒艰巨为己任”的最直接体现。
为了能真正让清廷体察到问题的复杂，左宗棠决定采取以退为进的策略。
同年十二月，左宗棠上奏请派新的陕甘总督并钦差大臣以规复新疆。理由是：自己年事已高，精力大不如前，无力掌控局面。
其实，左宗棠对荣全等人的所作所为非常不满意，才采用这种以退为进的策略。他的真正用意是希望清廷能让他取而代之，得到规复新疆的军政大权。
正如左宗棠所言，清廷派的这几员大将的表现，真是让人恼火不已。
当俄国侵占伊犁后，清廷派伊犁将军荣全前往收回伊犁城池，令乌鲁木齐都统景廉寻找时机规复乌鲁木齐，调乌鲁木齐提督成禄迅速出关赴任所。
清廷对国土要寸土必争的态度是正确的，但下面的大将执行时就大打折扣。
荣全从蒙古的科布多行到新疆的塔尔巴哈台（今塔城市），向俄人交涉收还伊犁，狡猾的俄国侵略者宣称已经向清政府说明他们没有久占伊犁的意图，只是代为收复，等关内外肃清后，就会交还。结果，荣全信以为真，谈判自然就毫无收获。
再看景廉、成禄都按兵不动，持一种观望姿态。特别是成禄自同治四年新疆人民起义后不久就到甘肃高台逃避战事，直到同治十一年仍然没有出关的确切消息。此时，阿古柏已经占据乌鲁木齐有二年之久，俄国侵占伊犁也有一年了。
更让人气愤的是，成禄不仅在高台瞒报营数，多领军饷，而且久驻高台，花天酒地，把荒边远塞视为自己的安乐窝，乐不思蜀。对他来说，收复失地是一件很久远的事情。
真是天高皇帝远，这种人都能身居要职，清王朝还会有什么希望啊。
左宗棠看在眼里，急在心上，在同治十一年上奏：像成禄这样的人，视军令为儿戏，贻误战机，即使勉强出关，也不会有什么大的作为的。建议把这样的无用之人统统撤职查办。
同治十二年八月，陕甘回民起义被镇压后，左宗棠便把战略重心移向关外。同治十三年（1874年）正月，他调派广东陆路提督张曜所部抵达玉门关。三月，清廷派前乌里雅苏台将军金顺和凉州副都统额尔庆额率军出关。张曜也随即率军行到哈密。
让左宗棠统领大军，规复新疆本来是众望所归的事情，但清廷的做法让左宗棠很不爽，也让众人大跌眼镜。
七月，清廷以景廉为钦差大臣、督办新疆军务，金顺为帮办大臣。八月，清廷对左宗棠想要辞去陕甘总督并钦差大臣的奏折不加理会，命他在肃州设西征总粮台，督办粮饷转运。
就这样，满腔热血的左宗棠被放在了后勤的位置上，而像景廉这些只会贪图享受，没有半点能力的人却身居要职。朝廷的用人不当为这场战争埋下了隐患。
面对这样的任命，左宗棠的怨气自然是不打一处来。虽然热脸贴了冷屁股，他只是负责从关内筹解粮饷以达古城，但左宗棠仍然干劲十足，为谋略新疆献计献策。
海防与塞防之争
就在左宗棠为出关各军筹办粮饷转运时，在清朝统治集团内部爆发了一场关于塞防和海防的大讨论。
事件的起因是这样的。
同治十三年三月二十一日（1874年5月6日），日本政府派陆军中将西乡从道率军3000人进犯台湾。清政府派福州船政大臣沈葆桢为督办台防大臣，率自己制造的轮船赶赴台湾，加紧布防。
日本虽然只是放了一个烟幕弹，但却在外交上捞到了十足的好处，清政府被迫在九月二十二日（10月31日）签订《台事专条》，中国用50万两白银换取日军从台湾撤兵。
没想到一个小小的日本也如此嚣张，日本侵台事件在朝野上下引起很大的震动。
总理衙门在九月二十七日的上奏中指出，因为海防虚弱，所以被理屈的日本占了便宜。
清廷也认识到了海防的重要性，便根据总理衙门提出的“练兵”、“简器”、“造船”、“筹饷”、“用人”、“持久”等6项加强海防的措施，让直隶总督李鸿章、两江总督兼署江苏巡抚李宗羲、钦差大臣办理台湾等处海防沈葆桢等10多人详细议论，限期一月内复奏，拿出一个妥善的解决方案。这就是历史上的海防之议。
虽然左宗棠在陕甘总督任上，管辖的地方并非滨江、沿海，但总理衙门认为他留心洋务，对中外交涉事宜比较熟悉，便让他也参与了讨论。可见，左宗棠非常受总理衙门的器重。
其实，相对于海防来说，新疆已经陷入了严重的危机之中，如果清政府不果断采取行动，新疆全境就可能从中国分离出去。收复新疆、驱逐侵略者是当务之急的事情。但这需要粉碎阿古柏势力，还得坚决同英、俄做斗争。
战争就是烧钱的机器，要想规复新疆，自然需要白花花的银子做后盾。左宗棠恨不得集全国之力来规复新疆。但作为一个爱国者，他同样知道海防的重要性，所以他完全赞成加强海防。但他内心隐隐有一些不安，因为用兵新疆主要依靠沿海各省协济军饷，如果沿海各省因为筹办海防而纷纷停缓协济的话，西北用兵就成了一句空话。
最让左宗棠想不通和气愤的是，在关系国家领土完整的问题上，朝中大臣在给清廷的复奏中不仅要停止西征之饷，而且还提出要放弃新疆。这真是赤裸裸的卖国行为。
比如，当时位高权重的李鸿章在同治十三年（1874年）底的《筹议海防折》中，就明确主张：财政困难，塞防、海防不能同时兼顾。再说，塞防不如海防重要，新疆也不如东南沿海重要。所以应该暂弃新疆，静以待变，再图后举。
官场中人都习惯于跟风，既然有了主论调，自然不会放弃自己的表现机会。
在地方大吏中，如河南巡抚钱鼎铭、山西巡抚鲍源深等纷纷上奏，表示支持李鸿章的主张。在内廷中，光绪皇帝的生父醇亲王和刑部尚书崇实也力挺李鸿章。另外，御史余上华、刑部左侍郎黄钰等也纷纷上书请求放弃西征。
本来，清政府希望封疆大吏们能对如何筹办海防献言献策，没想到，却引起了对继续还是暂缓西征问题的激烈争论。这样一来，已经远远越出了总理衙门的原奏范围，实际上成了放弃新疆还是收复新疆的一场原则性争论。
为什么有这么多人主张放弃新疆呢？
着名学者胡绳指出：“当时，李鸿章正在把国家财力大量用于经营他的北洋海军，所以他极力强调海防的重要，而视西北边防可有可无。”当然，除了人的自私以外，还有深刻的社会历史根源。
从历史上看，西北边疆自古就是多事之地，常年的战乱耗费了大量的军费，这让已经衰败不堪的清王朝越来越吃不消了。尤其是大和卓的后裔在浩罕汗国支持下不断地在南疆制造叛乱，大大地削弱了清王朝在这一地区的统治，使清廷深感无论在财力、军力上都鞭长莫及，无力西顾。所以，放弃新疆的论调开始在封建王朝的统治集团内部弥漫起来。到了同治末年，新疆局势更为险恶，放弃新疆的论调更是风行一时。
其实，李鸿章主张加强海防毫无疑问是正确的，但仅强调国防中的海防一面，而不重视国防中的其余环节，主张放弃新疆的思想则是错误的。
而左宗棠的主张与李鸿章针锋相对，早在同治十二年（1873年），他就向朝廷上书，提出了规复新疆的整体规划。
真理往往掌握在少数人的手中，面对这种不同的声音，清廷自然不会轻易放过。
所以，在光绪元年（1875年）朝中展开海防、塞防的激烈争论时，清廷给左宗棠发出了一道密谕，想听听这员老将的主张和意见。
在三月初七日（4月12日），左宗棠便呈上《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》和《遵旨密陈片》。左宗棠肯定了乾隆皇帝用兵新疆，统一祖国的功绩，并批驳了李鸿章的论调，提出收复新疆与加强海防并重的主张。他认为处理国家大事要考虑周全，为国家长远安危打算，而不能只顾眼前利益。还有，为官者不能心存忌疾、谋取私利，要以国家社稷为重，鞠躬尽瘁死而后已，这才是一个封疆大吏应有的胸襟。左宗棠的主张无疑是正确的。
但是这种不同的声音如果太过于孤单，即使正确，也不见得会被清廷采用。好在，左宗棠不是孤独的，他不是一个人在战斗。
当时对朝廷有很大影响力的武英殿大学士、军机大臣文祥和左宗棠持同一论调。他认为居中控制乌桓重镇，南面统令回部，北面安抚蒙古，借助他们共同抵御英俄人，才能维持新疆的长治久安。所以他力排众议，坚决主张出兵西征。
这无疑是一个重磅炸弹，在朝堂中引起了不小的轰动。
清政府十分重视左宗棠的主张，更加看重文祥的论调。为了切身的根本利益，清政府最终采纳了左宗棠规复新疆的正确主张。
光绪元年三月二十八日（1875年5月3日），清廷发布“上谕”，称左宗棠筹办海防塞防的奏疏见解独到、利国利民。决定任命左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务，金顺仍帮办军务，调景廉等来京供职，授左宗棠关外用兵、粮饷转运等各项权力。
四月二十六日（5月30日），清政府正式决定：命令左宗棠等加强西北防务，准备进军新疆；分别任命李鸿章为北洋大臣，沈葆桢为南洋大臣，主持海防；命令彭玉麟等同李成谋办理江防。可见，清政府没有采纳李鸿章放弃新疆的主张，而是采纳了左宗棠塞防、海防并重的方针，这是清政府关于国防战略讨论的一项重大成果。
清朝最高统治者不仅对海防与塞防同样予以重视，而且一改以往任用旗员节制、统辖新疆的惯例，不是以金顺接替景廉负责关外用兵事宜，而是赋予左宗棠以督办新疆军务权，率军前去规复新疆，这是清政府做出的一次很难得的正确抉择。
这样，陕甘总督左宗棠又以钦差大臣、督办新疆军务的新职踏上了规复新疆的征程。英雄有了用武之地，他终于可以放手一搏，实现收复新疆的愿望了。
毫无疑问，左宗棠用兵新疆并非是为了个人利益，因为以他此时的成就和年龄，完全可以告老还乡，享受天伦之乐。但他甘愿“引边荒艰巨为己任”的壮举，恰恰是出于对祖国边疆安危高度负责的责任感。虽然征途中困难重重，但他还是义不容辞地担负起这个规复新疆的历史重任。
进军新疆前的最后备战
六十多岁的左宗棠在西北已经待了十多年了。这些年，他日理万机，为大清的江山稳固和百姓生活的安定而孜孜不倦地操劳着。他的精力貌似过人，其实，他的身体并不好。多年的戎马生涯，让他积劳成疾。
早在来西北前，他就患上了长期腹泻。在肃州大营时，因为不服西北水土，全身长满了风湿疹子，瘙痒不止，一度让他难以成眠。还有，他本来就有咯血病，来西北后更加严重了，有一天早晨竟然吐出鲜血十多口。
让这样一个多病的老人担负起抵抗侵略者、收复失地的重任，真是难为他了。不过，左宗棠内心没有丝毫抱怨，反而异常兴奋。
军人就应该战死沙场，而左宗棠只有在战火纷飞的沙场才能感觉到自己存在的价值，他希望能在大西北流尽自己的最后一滴血，马革裹尸是他向往的最终归宿。
左宗棠是一位经验丰富的统帅，每次在用兵之前，他总能从全局考虑，构思好总体战略，部署好用兵的先后顺序。所以，在军事部署方面，左宗棠按照当时经济、政治、自然条件和沙俄侵占伊犁、阿古柏侵占南疆大部又伸向北疆的具体情况，制订了详细的战略战术计划。
左宗棠的战略构想是先歼灭阿古柏匪帮，收复除伊犁以外的全部新疆失地，让自己处于有利地位。这样一来，就有资本就归还伊犁一事与沙俄交涉，而沙俄在政治上输理，索还伊犁就有希望了。他还认为实现收复除伊犁外的新疆领土应分为两步走，即首先平定北疆，接着再平定南疆。
随后，左宗棠确定了消灭阿古柏势力的具体步骤。他指出：这次进兵，先北路而后南路。只要北路军打几个大胜仗，就可以挫败阿古柏势力的嚣张气焰，将来在南路用兵就容易多了，可以一举歼灭阿古柏势力。
不过，左宗棠知道阿古柏势力的后台是英国侵略者，所以，这次西征不会那么轻而易举就能得胜回朝。还有，英国和俄国在新疆都有一定的势力，如果和这两个国家真的开战后，收复新疆就不是两三年就能了结的事了。但他不担心自己年近古稀、衰病的身体能否再次回到故乡，担心的是自己在有生之年不能亲眼看着新疆重新回到大清的怀抱。
左宗棠的担心是有道理的，因为收复新疆所面临的困难是有目共睹的。新疆所面临的问题比太平天国要复杂得多，除了要解决与俄、英两国的矛盾外，还有就是新疆所处的独特地理位置给行军打仗、后勤供给带来难以想象的困难。所以如何做好后勤保障成了左宗棠当前必须要解决的问题。
在这个问题上，左宗棠把精力主要用在筹粮、筹饷和筹转运上面。他认为，西北军事，筹措军饷比筹兵难，筹措粮食又比筹措军饷难，而筹措粮食的运输又比筹措粮食难。
先说筹粮。
当时新疆大部分沦陷，清军只控制着东北部褊狭的贫瘠地区。要想解决新疆问题，左宗棠估计必须拥有六七万大军的绝对军事优势才能行得通。而出关的六七万大军，一年就需四五千万斤粮食。
而西北的粮食生产原本就不够，再加上多年的兵荒马乱，百姓逃亡，田亩荒芜，粮食生产又减少不少，根本就无法供给大量兵马消费。如果从关内和其他地区远途采运，以当时的运输能力，大多是沙漠地区的新疆，翻越险峻的天山筹运军粮，又是非常困难的事情。
考虑了各种因素后，左宗棠建议北路在归化（今呼和浩特市）设立北局，南路以肃州（今酒泉市）为南局，负责北、南两路的粮食补给。他还命令已出关各军在巴里坤、哈密等地办理采粮、开垦。
再看筹饷。
西北地区比较偏僻落后，经济水平不及内地。所以，甘肃和新疆的政费在平时也要靠江苏、浙江和四川等省接济。但这些省份对于甘肃和新疆的政费需要，大都漠不关心。比如，西征军的军费每年支出约800万两，但实际收到的各省协饷只有500万两。后来各省为了协济海防，更不把塞防当回事了。以致西征军在光绪元年每年只能发一月满饷。
手心手背都是肉，清政府看不下去了。
在左宗棠多次上奏请求下，光绪二年（1876年）三月，在左宗棠督率大军出关之际，清廷发布“上谕”称：为了西征军旗开得胜，从国库拿出银二百万两，并借用洋款五百万两，各省协饷三百万两，凑足一千万两。
总算有钱了，出征将士有了物质上的保障，就没有后顾之忧了。左宗棠对朝廷的恩赐感激涕零，浑身存满了干劲，发誓一定扞卫大清国土，把侵略者赶回老家去。
除了筹粮、筹饷之外，左宗棠还十分重视粮食和军火物资的转运问题。
西北地广人稀，多年的兵祸致使劳力更加缺乏。西北的运输工具，只有车和骆驼，不能船运。过高的山地又不便行车，沙漠里只能用骆驼。而骆驼因为历年变乱而减少，不好雇购。还有些交通线路，必须找有水可喝的地方歇脚。总之，各种艰阻使运输量受到了很大的限制。
左宗棠计算，在关内，要花两石的粮价，才能运到一石的粮。因此，要花一个半人的饷， 才能养活一名兵。而在关外，要十石的粮价，才能运到一石的粮了。也就是说要花七个半人的饷，才能养活一名兵。
虽然困难不小，但左宗棠收复新疆的决心不会改变。他主张关内运粮以车和骆驼运输为主，关外则只能以骆驼运输为主。他还通过上海采办转运局、汉口后路总粮台、西安总粮台等转运军火物资，并由兰州机器局自造枪炮供应前线。从而基本上解决了粮食和军火物资的转运难题。
解决了粮饷和转运问题后，如何提高军队的战斗力也是一个迫切需要解决的问题。毕竟，有了钱不一定能打胜仗，只有有了战斗力一流的军队才能做常胜将军。
我们知道，这次参加收复新疆的部队十分复杂，分别来自湘、川、豫、陕、皖、甘、新、吉、黑等省，可以说是一个杂牌军队。各军的素质、武器装备和战斗力都有很大的差别，使得调遣比较困难，不容易统一指挥。为了提高军队的战斗力，左宗棠对手中的军队进行了集训、整顿。
其中，值得一提的是他注意选拔重用青年将领。比如，湘军统领刘锦棠带兵出关时仅33岁；罗长祜识略过人，出塞从征时只有29岁等等，左宗棠对他们都十分赏识。
左宗棠在选拔将帅之才时，从不以个人的好恶为取舍标准。而是以“勇”、“廉”、“朴” 作为选将的标准，但居于首要地位的是德而不是才。因为如果品德不好，就是有再好的才干也是白搭。
左宗棠在总结自己用将的经验时曾这样说：“如果不了解一个人就不能很好地任用他， 而不能很好地任用一个人也就不能说了解他；如果不开诚布公，就无法得到人心；如果不奖励一个人的长处，庇护他的短处，就不能让一个人全心效力。”
左宗棠的这套具有辩证色彩的用将之道，使他统率的湘楚军不断壮大，许多名将的才能和智慧在反侵略战争中得到了充分的发挥。
左宗棠从不任人唯亲，他严格要求将领们做到“忠”、“诚”、“公”、“廉”、“勤”， 即以“忠义”倡其勇敢之气；对部下以诚相待；秉公行赏议罚；廉洁为官；勤以练兵。而这五点左宗棠都能以身作则，所以他在军中才有了较高的威信。
另外，没有严明的军纪，就没有惊人的战斗力。所以，严肃军纪是融洽军民关系，提高部队战斗力不可缺少的措施。左宗棠知道军纪的重要性，所以他曾经多次传令入疆的部队， 要求加强军纪。左宗棠一旦发现不守军纪的部队，马上采取断然措施，予以处理。
据有关记载，只要清军到达，当地人民立时归附，阿奇木、阿浑、玉子巴什的人们带着酒、酪、牛、羊，夹道迎接清军。这说明入疆清军确实纪律较好。
左宗棠还采取了正确对待俘虏的政策。他对部将反复强调：这次进兵主要是打击阿古柏匪帮、白彦虎等叛国逆匪和以前的叛军。除了持械顽抗、死不悔改者以外，只要放下武器投降的，就要加以安抚，给予资费返回原籍，安排好他们的生产和生活。
还有，在这次西征中，最可怕的局面就是俄国、英国、阿古柏联合起来对抗左宗棠率领的军队。如果这三股势力真的联合起来的话，那么收复新疆就难上加难了。
幸好左宗棠不仅是一位杰出的地主阶级军事家、政治家，而且还是一位出色的外交家。他善于运用策略，能够抓住敌人的内部矛盾，取得外交的胜利。
当时，英、俄两国矛盾冲突的一个焦点地区就是新疆。一方面，英、俄势力的参与增加了左宗棠西征的难度；另一方面，英、俄两国间的矛盾斗争又让双方有所顾虑和牵制，给左宗棠率军收复新疆提供了良机。
光绪元年（1875年），就在左宗棠紧锣密鼓地筹备征讨新疆期间，英国人在报纸上说左宗棠并不想出关作战，还散布谣言说左宗棠领兵出关失利、败退关内等等，想用舆论动摇军心，达到阻止清军西征的目的。此时，俄国并没有明显地采取援助阿古柏政权或妨碍清军讨伐阿古柏的行动。所以，在用兵新疆期间，左宗棠注意稳住俄国，而在外交上全力对付阿古柏的后台——英国。
同治十三年（1874年），在西征军就要出关之际，俄军参谋部索斯诺夫斯基中校率领一个所谓“科学贸易考察队”前来中国游历考察。次年，他到达兰州拜会左宗棠，在总督衙门住了27天，刺探中国备战的情报和出关清军的实力。左宗棠自然清楚俄国人的来意，但为了防止俄、英、阿古柏联合起来对抗清朝军队，所以与索斯诺夫斯基中校假意周旋。
索斯诺夫斯基还以提供军粮甚至军事援助为诱饵，希望能够达到由俄国控制新疆局势的目的。尽管索斯诺夫斯基的花言巧语曾一度迷惑了清朝的不少官员，但左宗棠只买了俄国比较便宜的粮食，却断然拒绝了俄国派兵派官“助剿”的提议。
通过与索斯诺夫斯基的交往，左宗棠搞明白了英俄矛盾重重，不大可能联合起来对付中国；俄阿也有不小的宿怨，俄国也不会加以援助阿古柏。后来，尽管索斯诺夫斯基回到俄国后不肯执行购粮合同，但还是兑现了一批俄国粮食，对西征军提供了一定的帮助。
经过近一年的积极备战，左宗棠在光绪二年二月二十一日（1876年3月16日）离开兰州西进，三月十三日（4月7日）抵达肃州（今酒泉市），拉开了收复新疆失地的战幕。
拿下乌鲁木齐城
左宗棠收复新疆的第一个战略目标是进取北路乌鲁木齐、玛纳斯二城，重点是攻克乌鲁木齐，因为乌鲁木齐是全疆的关键，必须首先攻下来，以后的战局才会越来越顺利。他这样做并不是心血来潮，而是有充分的理由。
首先，虽然乌鲁木齐城东南三里有红山屏蔽，城南有高耸的福寿山，易守难攻，但是新疆的整个地形地势是北高南低，从南疆攻入北疆难，而从北疆攻入南疆易。如果西征军能先收复乌鲁木齐，就在战略上占据了有利地位。
其次，阿古柏是从西端首先进入南疆，然后逐步吞并北疆，他的巢穴和主力部队大都集中在南疆。而北疆主要由依附于阿古柏的本地封建主势力和白彦虎的陕甘回军残部据守，盘踞在乌鲁木齐附近的红庙子、古牧地、玛纳斯一带，他们兵力比较分散、薄弱，缺乏战斗力。
所以，如果胜利收复乌鲁木齐一带的话，就阻断了阿古柏势力探入北疆的触角，同时也在伊犁东面安下一个钉子，防止沙俄威胁清军的后方。
早在同治十三年（1874年），左宗棠便派提督张曜统领十多营“嵩武军”开往新疆，在哈密驻扎，大大加强了从新疆进入甘肃大门的防务。以后，左宗棠命金顺严守巴里坤、古城一线运道，保住这一往后收复乌鲁木齐的前进基地。
从光绪二年四月（1876年5月）初开始，左宗棠命刘锦棠率各营长驱直入，开赴新疆哈密，不久就进入到了古城。五月，“蜀军”徐占彪部也出关进驻巴里坤。
各军有条不紊地进入新疆，迈出了收复新疆的坚定步伐。虽然每营仅发四个月盐菜，但却没有一个兵丁退却、畏惧不前，反而英姿勃勃、满怀豪情。面对这样的军队，左宗棠的心情格外激动，他仿佛看到了胜利的曙光。
在晚清，能看到有这样强战斗力的军队实属不易。能训练出这样的西征军，左宗棠功不可没。
此刻新疆的形势大致是这样的：
俄国人在西部占据伊犁；在东部和北部，清政府的残余势力控制着从哈密经巴里坤、古城子到济木萨和塔尔巴哈台的一线。清政府控制的这些地区非常重要，因为哈密是由甘肃出关到新疆的第一重大门，吐鲁番是南路的门户，巴里坤是北路的门户。虽然吐鲁番已经不保，但哈密和巴里坤还在清廷掌握之中，成了进兵的最佳通道。
此时，先后出关的西征大军已经自东向西依次进驻哈密、巴里坤、古城、济木萨。左宗棠认为，金顺驻军济木萨，距离乌鲁木齐尚远，而敌人的精锐多在古牧地，这里距阜康县城九十里。因此他命令刘锦棠到济木萨后，以大队进驻阜康县城，派兵攻取古牧地。
根据左宗棠的部署，刘锦棠到古城后不久，便带轻骑来到济木萨金顺行营，商定进兵方略。他们探知乌城守备空虚，只有几千人据守，但距离乌城东北数十里的古牧地却有白彦虎等重兵扼守。所以若想攻克乌城，必须先攻克古牧地。从济木萨到古牧地有三百多里，而从阜康县城进军古牧地只有百余里。所以，刘锦棠和金顺二人商定先攻克阜康，再攻取古牧地。只要把乌城的外围清理干净后，那么乌城就成了孤城，不费吹灰之力就能拿下。
商定进兵方略后，他们把拟定的计划禀报给左宗棠，左宗棠对这个方案还是比较满意的。为了防止被围困的敌人四处乱窜，他派兵加强了对巴里坤到古城子一线和哈密地区的防守。他还特别留意了嘉峪关内的青头山口，因为敌人很可能从这里流窜到青海和西藏。另外，他还奏请命驻新疆西北的清军加强对漠北的防守，从而切断敌人从北面逃入俄罗斯的退路。
左宗棠给敌人布下了天罗地网，只要一声令下，就可以把敌人一网打尽。为了避免滥杀无辜，在进攻之前，左宗棠再次向全军申明纪律，严禁烧杀抢掠。尤其对于当地的少数民族同胞，只要有悔改意向，愿意回归，就宽大处理。
刘锦棠返回古城后，在六月初一日（7月21日）率湘军马步各营抵济木萨。刘锦棠、金顺二军会合后，实力大增，结果没费什么力气，就在六月初八日（7月28日）攻下了阜康城。此时的阜康城已经不再是昔日的繁华小镇。战乱之后，人烟稀少，杂草丛生，不便行走。清军不得不整修道路，以便在阜康一带集结大队人马。
当白彦虎得知老对头左宗棠率军一路追到新疆并且已经兵临古牧地附近后，预感到自己的好日子到头了，便从乌鲁木齐移踞到古牧地，试图负隅顽抗，做最后一搏。阿古柏也知道乌鲁木齐的重要性，所以也从南疆调遣援军前来助战，试图把左宗棠的大军阻隔在这里。
刘锦棠部侦察到有两条路可以通往古牧地：一条大路，要经过戈壁，缺乏水源；另一条是小路，虽然水源充足，但要通过敌人重兵把守的黄田。
白彦虎希望把清军逼到戈壁滩上，所以在水源之地黄田多处筑卡，严密防守，而对大路却不加任何防守。刘锦棠将计就计，将马步各营调集离阜康县城西部10里之处，开挖废旧渠道和枯井，忙碌着准备行军用水，做出一副走大路的模样，迷惑敌人。
敌人果然上当了，以为清军要走大路，便放松了对小路的戒备。
结果，在二十一日（8月10日）三更时分，刘锦棠和金顺率领大军，神不知鬼不觉地挥军直捣黄田。黎明时分，占领了黄田一带有利地势的清军向敌军发起了猛烈的进攻。从睡梦中被枪炮声惊醒的敌军，一面向古牧地守敌求援，一面向清军展开猛烈的反攻。
刘锦棠率兵从左，金顺率兵从右，对敌军进行左右夹击。在清军猛烈的攻击下，敌军大败，丢弃辎重物资，狼狈逃窜。
刘锦棠率兵一直追到古牧地，守军或入城固守，或逃向红庙子。刘锦棠见古牧地城大墙坚，一时难以攻破，便派营分别驻扎在古牧地城正东及东北面，金顺所部驻扎城东南。
古牧地是乌鲁木齐的外围要隘，敌人驻守了重兵，刘、金二军为了不给敌人喘息的机会，在黄田休整了数天后，全军在六月二十三日开始进攻古牧地。先头部队刚刚到达红庙子，就遇到了阿古柏派来增援的数千骑兵。刘锦棠一面通知金顺，一面整队迎敌。打退敌人的援兵后，清军将士在猛烈炮火的支持下，迅速攻占了城外的山垒和城关，完成了对古牧地的包围。
在外围据点尽失的情况下，敌人退到城内，关闭城门，企图固守待援。
面对顽敌，刘锦棠与金顺认为屯兵坚城之下，应该速战速决，聚而歼之。同时严密防堵，防止敌人逃窜。最终由金顺所部负责城西、西北、西南三面的防务，刘锦棠所部驻扎城北、东北、城东，防止敌人逃窜，并连夜赶修炮台，安放大炮。结果修筑的炮台比城墙还高出一丈，在火力上占据了优势。刘锦棠下令日夜开炮轰击城墙，不久东北角和东南城垛被轰塌。守军想修补被毁的城墙，无奈清军的炮火过于猛烈，只好放弃了这个打算。
二十七日（8月16日），清军炮兵又在城东炸开了一道一二丈宽的缺口。形势对清军极为有利，攻克城池成了指日可待的事情了。
同日，刘锦棠与金顺商定由他攻东、南两面，金顺攻西、北两面，准备对守敌发起总攻。当晚二更，刘锦棠召集将领布置了攻城作战任务。
万事俱备，只差一声号令，便可歼灭城内顽抗的守敌。
二十八日（8月17日）凌晨，清军大炮轰塌了南城墙，清军炮火将城墙多处炸开缺口。时机已经成熟，刘锦棠下令发起总攻，各营号角齐鸣，清军从四面八方扑向了古牧地。
但是，守敌拼死抵抗，战斗异常激烈。经过数小时的鏖战后，刘锦棠所部从城的东南角率先攻入城中，金顺所部也从东北相继攻入城中。
面对潮水般涌进城的清军，守敌没有了斗志，败下阵来。就这样，清军攻占了古牧地，击毙敌军6000多人，还缴获了大量的武器和装备。
古牧地本来是由白彦虎重兵驻守的，当他听到黄田被攻破后，便逃回到乌鲁木齐。在这种关键时刻，主将都临阵脱逃，想要逃脱不败的命运是不可能的。所以，古牧地之所以能这么快就被攻克，清军炮火猛烈、作战勇敢是一方面，白彦虎的逃跑也是一个很重要的因素。
清军攻克古牧地后，从缴获的一封敌人的机密文件中得知乌鲁木齐已经成为一座空城。这就奇怪了，乌鲁木齐本是一个兵家必争的重地，怎么就空虚了呢？
我们知道，守卫乌鲁木齐的是马人得，同时管理昌吉、古牧地、玛纳斯和呼图壁诸城。我们先来了解一下马人得这个人。
马人得自称清真王妥得璘同党马仲的儿子。妥得璘先是进攻阿古柏，被阿古柏击败。随后阿古柏与马仲联合进攻妥得璘，迫其投降。后来，马仲被杀，马人得继任阿奇木，掌握了大权。妥得璘死后，余党马明等也投降了阿古柏。陕回白彦虎流窜到关外后，和阿古柏臭味相投，为虎作伥，联合起来守着红庙子。
逃回到乌鲁木齐的白彦虎与马人得会合，本想固守乌鲁木齐，但当听到古牧地被攻克，精锐部队全被歼灭后，白、马二人惊恐万分，哪里还有心情战斗，保命是第一位的，于是带着妻儿老小和值钱的金银财宝向南面逃去。
上行下效，下面的守军也乱成了一锅粥，争相逃命。这样，乌鲁木齐就成了一座名副其实的空城。刘锦棠认为机不可失，但为了慎重起见，他派兵前去侦察。此时，敌军已经如惊弓之鸟，在通往乌鲁木齐的大路上，已经见不到敌军大队人马的踪影了。
二十九日（8月18日）黎明，刘锦棠除了留少量军队驻守古牧地外，挥师向乌鲁木齐进发。一路上，清军如秋风扫落叶般，横扫残敌，迅速包围了乌鲁木齐城。残余的守敌见大事不妙，纷纷放下武器投降。就这样，清军不费吹灰之力就收复了乌鲁木齐。由于刘锦棠作战勇敢，表现出色，清廷赏给他骑都尉世职的奖赏。
再看阿古柏，当他得报乌鲁木齐危急时，便派数千骑兵来增援，但还是晚了一步，在离乌鲁木齐城280里处，清军已经占领了乌鲁木齐城，只好很无奈地退兵而去。
清军的辉煌战绩给敌军造成了不小的压力，昌吉、呼图壁各城敌军听到乌鲁木齐城失守后，闻风而逃。只有玛纳斯南城的守军仍然在抗拒官军。
七月初一，金顺率军从昌吉前往玛纳斯助战，刘锦棠则指挥所部清除了东山、大西沟、水西沟、三台、阜康等地白彦虎和余小虎的残余势力，进一步巩固收复的失地，从而保证了清军后方的安全。
但在攻打玛纳斯南城的清军各部遇到了难题，为了争克城之功，各行其是，不仅没有攻下城池，还造成了严重的人员伤亡。最后，不得不向刘锦棠求援。
八月十七日（10月4日），刘锦棠接到金顺的求援信后，派兵前往增援。
九月二十一日（11月6日），刘锦棠、金顺会同署伊犁将军荣全各军齐心协力克复玛纳斯南城，收复了玛纳斯全境。就这样，阿古柏匪帮在北疆的势力被全部驱除干净了。
是否用兵南疆是个问题
清军收复古牧地、乌鲁木齐、玛纳斯的战斗虽然打击了阿古柏集团的嚣张气焰，但只是动其皮毛而已。因为阿古柏集团的主力部队主要部署在南疆。所以，若要彻底摧毁阿古柏政权，就必须向南疆进军。
左宗棠用巨大的军事胜利换来了清廷对他更大的信任。所以，清廷赞同左宗棠用兵南疆，将阿古柏匪帮彻底消灭的军事计划。因为当时的清廷太需要胜利了，左宗棠的战绩不仅让清廷看到了希望，还让国人看到了希望。
但在清廷内部却发出了不同的声音。
还记得，光绪元年（1875年）春，清廷内部发生“塞防”、“海防”之争时，为了减少阻力，左宗棠在奏折中特重点强调收复乌鲁木齐，并没有明确提出用兵南疆的问题。
当时，只有文祥支持左宗棠的主张。但此刻的文祥却主张收复乌鲁木齐后应该画地自守、停止用兵。这前后一百八十度的大转变真是让人大跌眼镜。他当初的主张难道只是一个噱头而已，他骨子里难道就是一个给一块糖就满足的人吗？我们只能猜测一下文祥的为人了。
作为朝廷举足轻重的人物，文祥的主张自然会引起清政府的重视。还有身任户部右侍郎的翁同龢也认为进军南疆是耗空了中原地区而去经营荒岭沙田，曾经当面进谏慈禧太后停止用兵南疆。
不仅清廷内部有停止进军南疆的呼声，英国也主动出面，以调停的名义袒护它的走狗阿古柏，阻挠左宗棠用兵南疆。
英国外交大臣德尔比电令驻华公使威妥玛，要求清政府同意阿古柏称喀什噶尔王，作为清朝属国，但不纳贡。于是威妥玛想借助重臣李鸿章的力量来达到这个可耻的目的。
李鸿章借此劝朝廷停止用兵，他认为阿古柏的背后是英国，左宗棠进兵南疆捞不到什么好处，结果只会功不抵过。
光绪三年（1877年）初，中国第一任驻英公使郭嵩焘抵达伦敦。英国外交部又加紧向郭嵩焘提出“调停”建议，还让到英国求援的阿古柏使者直接与郭嵩焘来往。同年4月，英政府又宣布将派罗伯特·肖充任驻喀什噶尔“公使”，极力支持阿古柏集团。于是，郭嵩焘往国内写信，称英国“调停”是千载难逢的机会，放弃南疆才是明智之举。
在这种国际形势下，清朝内部停止进军南疆的呼声也日益高涨。
虽然左宗棠能打敢拼，但万一真的和英国开战了，他能胜利吗？没有人能回答这个问题。清廷最高统治者开始犹豫了，因为两次鸦片战争给清政府留下了严重的后遗症，在英帝国面前，清政府永远不敢抬头。
但清廷最高统治者还是决定征询一下左宗棠的意见，再做最后定夺。1877年7月26 日，左宗棠复奏清廷，批驳了放弃南疆的主张和英国庇护阿古柏的险恶用心及卑劣行为。
左宗棠的力争和前线军事的顺利进展给清廷吃了定心丸，最后，清廷决定力挺左宗棠，全力进取南疆。
威妥玛的努力没有取得任何效果，他只能留下几句狠话过过嘴瘾，灰溜溜地无功而返。
被人当软柿子捏的晚清政府，总算做出了一个正确的决定，让世人看到了软弱背后比较强硬的一面。
进军南疆第一枪
虽然清军收复乌鲁木齐这一记重拳只是动了阿古柏的皮毛而已，但还是给盘踞在南疆的阿古柏匪帮以沉重的打击。
从兵法上来讲，应该乘胜追击，一鼓作气，把敌人打得连喘气的机会也没有。然而清军收复玛纳斯，还师乌鲁木齐时，已届冬令。如果立即进兵，则正赶上大雪封山，无论筑垒、支帐都不方便。再说，全军有一半将士身体不适，需要休整，而且后勤保障也跟不上。针对这种情况，左宗棠决定全军暂且休养生息，等第二年雪融冰消时，再全力进兵南疆。
再看阿古柏得知北路全失后，非常惊慌。本来以为借助英国的势力能够让左宗棠退兵，结果却空欢喜一场。但他还是企图凭借天山之险，负隅顽抗。因为他的主力部队还在，加上逃来的马人得与白彦虎残部，总兵力达到了27万多人。他手里握有的这张王牌就是能与左宗棠一拼的枪杆子。
于是，阿古柏开始着手加强达坂城——托克逊——吐鲁番一线的防务。达坂城是天山的要隘，他派大总管爱伊得尔呼率精兵4000人在这里坚守；又命马人得和白彦虎守卫吐鲁番；在托克逊修筑三个城池，互为犄角，让次子海古拉率步、骑6000人，大炮6门坚守。阿古柏本人则退到托克逊以南800多里的喀喇沙尔指挥。
经过一番布置后，阿古柏认为凭借天山防线以逸待劳，可以确保万无一失，于是又做起了春秋大梦。
对左宗棠来说，若想率领大军南下，必须先攻取阿古柏利用天山关隘重点设防的达坂城、托克逊、吐鲁番三角地区。只有攻下这三个地方，才能打开南疆门户，形成势如破竹之势，彻底摧垮阿古柏政权。
在正确分析了军事形势后，左宗棠多次告诫前敌将帅，在屡胜之后千万不可骄傲大意，要稳扎稳打、步步为营。既不要轻率进兵，也不要把希望寄托在敌人的内变上。
眼见手握重兵的左宗棠迟迟没有动静，清廷沉不住气了。光绪二年十月（1876年11月），清廷催促左宗棠迅速率兵南下。
这时，刘锦棠的病已经痊愈，可以带兵出征了。但将在外，君命有所不受。作为主帅，要做到在战略上藐视敌人，在战术上重视敌人。所以左宗棠仍然坚持自己既定的方针，采用“缓进急战”的战略战术。他安排全军在乌鲁木齐过冬，错开不便行军和转运的严冬，让各营官兵获得治病养伤、休整的机会。同时肃清各路残匪，稳固后方。等到来年春暖花开、冰雪消融后再展开新的攻势。
左宗棠没有屈从于朝廷的一纸命令，而是根据自己的判断，做出正确的决策，这一点真是难能可贵，为收复南疆奠定了坚实的基础。
为了保证战役的顺利进行，清军统帅左宗棠决定：仍以刘锦棠为南进主力，攻打达坂城；而疲弱的金顺部则加以裁并，留守北疆后路，全力为刘锦棠部稳固后路、保护粮道。另外，奏请调驻扎在包头统领金运昌率马步兵5000多人出关到古城至乌鲁木齐一线防守，从而替换原来驻扎在该地的湘军徐占彪、张曜等部进攻吐鲁番。等两城克复后，再攻取托克逊。
由于刘锦棠部连续作战，部队减员较多，急需补充。左宗棠除从兰州防营挑选近千名士兵补充湘军缺额，调侯名贵炮队归他指挥外，又将肃州镇总兵章洪胜、总兵方友升、桂锡桢所率马队3营，调归刘锦棠指挥。这样一来，刘锦棠的南征军一下子达到29营，大大增强了湘军的战斗力和机动性。
光绪三年（1877年）二月，前线部队已经休整3个多月了，清军官兵个个情绪高昂、斗志旺盛，尤其是急性子刘锦棠多次向左宗棠请求发兵，收复失地。但当时金运昌的“卓胜军”还没有到达指定的驻地，所以，左宗棠仍然按兵不动。
光绪三年三月，金顺已被清廷任命为伊犁将军，驻守玛纳斯以西，负责北疆西部地区的防守，并监视伊犁俄军的动向。金运昌所率“卓胜军”也抵达乌鲁木齐一线。而且天山的冰雪也开始化冻，西征军南进的时机已经成熟。
左宗棠命刘锦棠与徐占彪、张曜共同约定进攻日期，以便三军协同作战。这样，经过几个月的休整和补充后，光绪三年三月（1877年4月），攻打达坂城、吐鲁番和托克逊的战斗终于打响了。
全军按照原定计划分三路并进：刘锦棠亲率马步各营及炮队从乌鲁木齐翻山越岭，进军达坂城。同时，张曜和徐占彪分别从哈密和巴里坤西进吐鲁番。这样，西征军从东面和北面对达坂、吐鲁番、托克逊一带的阿古柏匪帮主力展开了强大的攻势。
这次南征，清军的总兵力约50营，共两万多人，和阿古柏布防的守敌人数大致等同。但作为进攻的一方，要攻破坚固的壁垒，自然要费一番力气。
三月初一日（4月14日），刘锦棠亲率马、步各营旗及开花炮队南下，首先拔除了敌人外围据点，并在初三日（4月16日）抵柴窝堡驻扎，通过侦察得知达坂城守敌毫无防备。兵法上讲究兵贵神速，所以，刘锦棠决定打敌人一个措手不及。他命陕安镇总兵余虎恩和董福祥等人率马队9营，汉中镇总兵谭上连等率部队4营，乘夜进军，衔枚疾走，务必在黎明前到达达坂城，完成对守敌的合围。
达坂城附近有一片草泽，为了阻止清军，守敌将湖水引入草泽中，形成一道淤地，深及马腹，成为达坂城的一道天然屏障。但区区一个沼泽地岂能阻挡大军前进的步伐？余虎恩等人率队在半夜到达坂城郊外，官兵们都下马蹚过泥水，迅速占领了达坂城周围的有利地形，在一夜之间就神不知鬼不觉地包围了达坂城。
当天亮时，面对从天而降的清军，城上的守军惊慌不已，赶紧命令加强防守并用枪炮猛烈轰击城下的清军。因为清军的大炮还没有运到，此刻攻城的话，会造成很大的伤亡。所以，刘锦棠命令清军官兵在四周修筑营垒，挖掘壕沟，暂时按兵不动。
当天中午，为了摸清敌军实力，刘锦棠不顾个人安危，亲自骑马在城外的战壕前巡视。城上的子弹如雨而下，他的多名随从亲兵被流弹击伤，就连刘锦棠自己的坐骑也中弹立毙。在这种危急情况下，左右随从都劝说刘锦棠赶紧离开前线回营寨。但刘锦棠不为所动，换了一匹战马继续巡视。
有这种把自己的生死置之度外的大将，真是清朝的万幸。从此刻起，战争的天平就开始向清军这边倾斜了。
随后，刘锦棠一面命令各军不仅要防止敌军突围，而且还要狙击敌人的援军，争取早日拿下达坂城。
初五日（4月18日），宁夏镇总兵谭拔萃押解几门开花大炮来到前线，大大增强了湘军的攻击力量。于是，刘锦棠命令立即修筑炮台，做好攻城前的准备工作。
就在清军紧锣密鼓地做攻城准备时，正如刘锦棠所料，从山后来了约千人的敌军增援骑兵，结果被早有准备的清军一举击溃。
当时，阿古柏在南疆的统治不得人心，他采取一套民族压迫、经济剥削、特务监视的野蛮、残酷手段。没有法律，不讲道理，安集延人可以肆意横行。当时有这样的记载：“在现今的南疆是很难生活的，无论是人身安全和财产，都没有保障，人人都在为明天担心。”
哪里有压迫哪里就有反抗。各族同胞对安集延人痛恨不已，当听到清军围困达坂城后，都暗暗欢欣鼓舞。还有少数维吾尔族同胞冒险从城中给清军带来了情报：城中的敌人盼不到援军，准备要逃跑了。
这个消息非常重要，刘锦棠命令各军加强戒备，防止敌人逃窜。到了夜晚，各营都点起火把，照耀得如同白昼一样，结果，敌军夜晚突围的企图也化为了泡影。
初七日（4月20日），炮台陆续建成后，刘锦棠命令用大炮对城内进行连环轰击。清军炮火首先摧毁了城中敌军的炮台，接着又把城墙轰塌了多处。更巧的是，一颗炮弹正好击中了敌人的弹药库，引起山崩地裂般的爆炸，顷刻间浓烟弥漫，一片火起。加上正刮着大风，火焰迅速蔓延起来。敌人储存的弹药被不断引爆，连续不断的爆炸让敌人肝胆俱裂。城中守敌犹如一群无头苍蝇，四处乱窜，伤亡惨重。
敌人乱了自然是好事，于是，清军乘势发起攻击，经过短时间的激战，敌军被击毙2000多人，其余的都纷纷举手投降。结果，俘虏1200多人，缴获马匹800多、枪炮1400多件、大炮1门等等。
就这样，刘锦棠率兵闪电式地打了一个漂亮的歼灭战，南疆门户第一座要塞达坂城被攻克了。
连克两城
能在这么短的时间内攻克达坂城，刘锦棠功不可没。左宗棠不禁感叹：有刘锦棠在，真好。他连夜写了奏折为自己的爱将邀功。
对被俘的南疆土尔扈特人和维吾尔人，刘锦棠都给他们衣粮，让他们回到原来的部队中，等候官军前进，或做内应。这一做法对瓦解敌军起了很重要的作用。
从达坂城到托克逊只有不到两天的路程，被释放的俘虏到达托克逊后，达坂城被攻克的消息迅速在敌营中传播开来，让南疆的敌人大为震动。阿古柏的各级官兵都乱成了一团，十分恐惧，部分士兵或者投向西征军，或者逃回喀喇沙尔。
阿古柏的幼子哈克库里伯克担心俘虏被释放的消息会削弱军队的战斗意志，于是按照他父亲的命令，在喀喇沙尔处死了部分逃到那里的达坂城人，其余活着的人又逃回到清军那里去了。如此残酷的措施让阿古柏大失民心，在一定程度上反而帮助了清军。
面对胜利，刘锦棠没有昏了头脑，他认为不能给敌人喘息的机会，应该一鼓作气消灭敌人的有生力量。于是休整几天后，在三月十一日(4月24日)夜，率领大军秘密起程，并在第二天抵达白杨河。
为了能更快地攻克吐鲁番和托克逊，刘锦棠决定赌一把，把优势兵力分成两部分给敌人以重击。一路由道员罗长祜等人率马步6营3000多人向东南进军，与徐占彪、张曜会攻吐鲁番；一路由自己亲自统率马步14营7000多人，从西南直捣托克逊。
当刘锦棠的大军到达距离托克逊不远的小草湖时，从托克逊逃出的维吾尔人口中得知，托克逊守敌海古拉已经弃城西逃，而白彦虎正在指挥部下烧杀抢掠，准备裹胁当地居民一起西逃。居民们不堪忍受这样的蹂躏，请求大军速进，解救处在水深火热中的老百姓。
事不宜迟，刘锦棠马上派黄万鹏率骑兵先行，步兵随后，奔袭托克逊。在十三日（4月26日），行军到距城十里的地方，只见前面火光冲天，隐约听见枪炮声，知道敌人又在围攻庄堡，烧杀抢掠了。
黄万鹏率领骑兵向前突进，托克逊的敌军没有料到官军来得这么快，仓促应战，逐渐包围了黄万鹏军，双方展开了一场激战。幸好刘锦棠率步、骑大队人马及时赶到，分兵三路，冲散了敌人的包围圈。
面对清军齐鸣的号鼓，震天的杀声，敌军开始败退，还放火自焚了存粮和弹药，弃城而逃。西征军紧追不舍，把敌军杀得抱头鼠窜。
这场战役，清军毙敌2000多人，生擒百余人，夺获数百匹战马，2000多件枪械，而清军只伤亡了90多人。就这样，刘锦棠顺利地收复了托克逊，可惜的是让海古拉和白彦虎逃跑了。
再看徐占彪和张曜两路人马也不甘示弱。
在刘锦棠从乌鲁木齐进兵达坂之前，张曜派出所部记名提督孙金彪率领五营进驻东、西盐池。三月初一日（4月14日）徐占彪部出发后不久，在盐池便与孙金彪会师。三月初五日（4月18日），他们悄悄度过戈壁。在三月初八（4月21日），把吐鲁番东南的七格腾木攻取了下来。三月十二日（4月25日），又攻克胜金台、连木沁台、鲁克沁各城。
三月十三日（4月26日）凌晨，张曜、徐占彪等部主力到达吐鲁番城郊，此时罗长祜部湘军也前来会师， 兵力更加强盛。守敌马人得看不到胜利的希望，只好率部投降了。
西征军接受了马人得献城投降，命他缴呈马匹、枪械，然后加以安抚，让他和兵众都操旧业，安定生活。至此，清军收复了吐鲁番全境。
吐鲁番被收复后，通向南疆的大门就彻底向清军敞开了。这得益于刘锦棠运筹帷幄、决胜千里和将士奋勇向前、所向无敌。其中，刘锦棠居首功，赏戴双眼花翎。我们知道，按照清制规定，不是贝子贝勒是不能戴用双眼花翎的。刘锦棠以监司受戴，为二百年所未有，可见，朝廷对这员虎将厚爱有加。
达坂城、托克逊、吐鲁番之战是双方主力的一次大决战。在这次决战中，敌军大概损失了二万人。相当于阿古柏在这一地区整个防守兵力的五分之四，约占其总兵力的一半左右。这对阿古柏来说是一个致命的打击。接下来，清军肯定会发动更加猛烈的攻势，他铁定是没好日子过了。
这次用兵神速是古今所未有的，从三月初一日刘锦棠从乌鲁木齐出发，到三月十三日官军克复托克逊和吐鲁番，只用了短短12天的时间。左宗棠对这次战役非常满意，他这样评价道：这实在是西域用兵以来从来没有过的事情。
左宗棠的喜悦之情不必多言，自古都是一家欢喜一家忧。胜利者从来都不缺鲜花和掌声，但失败者就没这份好心情了。
老左也想砍人
阿古柏本来设防于达坂、托克逊、吐鲁番三城，形成坚固的三角防御体系，如果一点受到攻击，其他两点可以互为支撑，分兵救援。另外，阿古柏还在南山板房沟、水西沟一带埋设伏兵，妄图偷袭西征军后路，牵制西征军主力南下。但左宗棠派出优势兵力攻打达坂、托克逊、吐鲁番三城，还命刘锦棠、徐占彪搜山排进。结果，阿古柏绕袭西征军后路的诡计没有得逞，他的三角防御战术也被击破了。
南疆门户洞开，阿古柏的精锐部队又折损大半，维吾尔族同胞对他残暴的统治早就怨声载道，也都准备配合官军随时起义。此刻，阿古柏真的成了孤家寡人，他自知大势已去，自己无力回天。
此刻，阿古柏面前有三条路可走：一是死战到底，二是夹着尾巴逃走，三是自裁。作为一个侵略者，他已经把新疆当成了他的第二个故乡，本想在这里作威作福，终老此生，没想到半路杀出个左宗棠。他不愿意逃走，更不愿意和清军死战，所以他最终选择了第三条路。
自从丢掉吐鲁番后，阿古柏便从喀喇沙尔退守库尔勒。在四月十七日凌晨，他在库尔勒服毒自尽，结束了自己可耻的一生。
阿古柏的次子海古拉听到父亲的死讯后悲伤不已，把坚守库尔勒的重任交给白彦虎后，便把父亲的尸体包裹进香牛皮里，与死党一起运送遗体向西逃去。
俗话说，树倒猢狲散，如今阿古柏倒下了，这群匪帮为了争夺汗位注定会分崩离析、刀剑相向。
果然，在海古拉离开库尔勒两天后，艾克木汗就登上了汗位，接着向西占据了阿克苏。
五月十三日（6月23日），海古拉从阿克苏赶往喀什噶尔，在离喀什噶尔不远的克孜勒苏河桥上遇到长兄伯克胡里。父亲的尸骨未寒，处在悲伤中的海古拉没想到这么快就要和哥哥刀剑相见，所以对哥哥伯克胡里毫无防备，结果被杀死在桥上。就这样，伯克胡里率部占据了喀什噶尔。
六月，伯克胡里率领五千人进攻刚刚占领阿克苏的艾克木汗，结果，艾克木汗大败，投靠了沙俄。
阿古柏匪帮内部人心涣散、一片混乱。一些原本依附阿古柏的南疆上层分子见势不妙，便也纷纷投降清军。所以，阿古柏建立的所谓“哲德沙尔汗国”已经处在分崩离析的状态之中了。
盛夏一过，经过休整补充的刘锦棠所部的兵力已经达到32营，而敌方由于内讧，已经成瓦解之势。可以说，形势对西征军非常有利，全军也做好准备，等军粮运到后，就一鼓作气，攻占南疆的全部失地。
自古都是如此，不管你胜也好败也好，总有一些不和谐的声音出现。
这不，在胜利指日可待之际，朝中一批患有“恐外症”的人又站出来反对进兵南疆，首先发难的是库伦大臣志崇。他还是老调重弹，如果进攻南疆，强大的英俄很可能会参战。那么，清军就会陷入进退两难的困境。只有“划定疆界”，与英俄讲和才是大清唯一的出路。
朝中有些人也附和志崇的主张，认为西征军耗费过大，如今既然收复了乌鲁木齐和吐鲁番，就应该节省兵力，不必再前进了。
国内的投降派如此，而英国也为了保存阿古柏残余力量，继续确保自己在喀什噶尔地区的既得利益，又一次厚着脸皮出面，派驻华代办傅磊斯向清廷提出三项无理要求：
1阿古柏愿以中国为上国之主，命使臣入贡；
2中国与喀什噶尔划清地界；
3两边议和后，永远和好，彼此互不侵犯。
从表面看，阿古柏政权愿意做清朝属国，是一种让步，实际上仍然想把南疆从中国划分出去。
总理衙门一时束手无策，又询问左宗棠的意见。
左宗棠气得真想拿刀砍人，朝中的一些人想用自己好不容易取得的胜利作为和谈的资本，而甘愿把大清的大好江山拱手送人。真搞不懂这些人是不是炎黄子孙，身体里是不是流着祖辈的血液。
愤怒的左宗棠毫不让步，在复奏中一针见血地指出：目前英、俄两国矛盾重重，俄国本土战争日益激烈，而英国目的是想将阿古柏反动政权当做阻止沙俄南侵的缓冲区，从而保护英国在亚洲的殖民地印度。英、俄都没有精力顾及东方，何况我国出兵收复新疆是名正言顺的事情，即使节外生枝，我们也可以理直气壮地加以驳斥。再说，阿古柏已经自杀，敌人已经呈现土崩瓦解之势，这是彻底收复新疆的大好时机。还有，自古重视新疆，才能保蒙古；保蒙古，才能卫京师。如果新疆不安定，则京师也不会平安。最后，左宗棠还提出为了新疆的长治久安，必须“设行省，改郡县”。
左宗棠不仅阐述了保卫新疆的重要意义，而且第一次正式向清廷提出于新疆设置行省的建议，他的高瞻远瞩为清政府的正确决策起到了积极的作用。
由于南疆和伊犁地区还没有收复，设行省的建议被搁置了下来。不过，清廷最终采纳了左宗棠收复全疆的意见，没有妥协求和。
收复南八城
达坂城、托克逊、吐鲁番之战结束后，西征大军在吐鲁番、托克逊一带集结。吐鲁番在明代被称为“火州”，它的热在新疆是出了名的。当时又是伏暑，蚊虻很多，士兵容易感染疾疫，需要休整，养精蓄锐。所以，左宗棠决定等秋高气爽再向南八城进军。
我们先来了解一下南八城。
乾隆二十四年平定南路后，建立了八座城池：喀喇沙尔、阿克苏、库车、喀什噶尔、乌什、叶尔羌、英吉沙尔、和田。各城间的距离相距遥远，还有浩瀚的塔克拉玛干沙漠横亘其间。
在这样一个空间辽阔、人烟稀少的地域作战，一旦军粮不继，后果将不堪设想。这也是左宗棠推迟作战计划的另一个原因。
等军粮到齐，天气凉爽后，左宗棠才决定进兵南八城。
光绪三年（1877年）七月十七日，刘锦棠率领湘军32营从托克逊出发，他的第一个目标是托克逊西南的库尔勒。
八月初一日（9月7日），为了配合刘锦棠的大军顺利攻城，左宗棠派总兵张俊、董福祥等率三营步兵到曲惠驻扎，又派提督张春发从伊拉湖小道到曲惠和张浚等部会合，开挖井泉，预备柴草饮水，迎接主力部队的到来。另外，左宗棠又调易开浚的“安远军”到吐鲁番换防。这样一来，从托克逊、吐鲁番出发的湘军各部汇聚在了曲惠。
八月二十一日（9月27日），刘锦棠命吐鲁番、托克逊步兵各营从大路向曲惠挺进，自己则率马队走小路。八月二十六日（10月2日），刘锦棠领主力军队到达曲惠。
刘锦棠作为名将，不是吹出来的。他头上的耀眼光环也是靠自己的足智多谋和能征善战拼来的。这不，他决定兵分两路进攻，一路大军从正面进攻，另一路攻向库尔勒的背后，出奇制胜。
八月二十七日（10月3日），刘锦棠派提督余虎恩、黄万鹏率马步14营，取道乌沙塔拉，沿博斯腾湖向西，绕到库尔勒背后，奇袭该城。自己率主力在二十九日（10月5日）从大路向开都河一带推进，直取喀喇沙尔。
当时，听到清军大部人马来攻，海古拉与艾克木汗都逃走了，在喀喇沙尔一带，只有白彦虎的残军在开都河西岸驻扎。他知道自己势单力薄，无法抵御清军的攻势，于是掘开开都河堤，想用泛滥的河水阻止清军的进攻。
滔滔河水扑面而来，深的地方灭顶，浅的地方也能到了马背。但清军没有被吓倒，一面泅渡搭桥，堵塞决口，一面赶修车道。
蔓延的河水没能阻止清军前进的步伐，但却淹没了库尔勒和喀喇沙尔两城和附近的村落、房舍、庄稼。当地的维吾尔族同胞纷纷逃到山中，但来不及逃走的老弱妇幼都没能逃过这场劫难。
九月初一（10月7日），刘锦棠轻而易举地将喀喇沙尔城收复，但城内积水数尺，空空如也。官署民舍荡然无存，城内的百姓除了被白彦虎迫胁随行外，幸存下来的也隐匿到山谷中不敢出来。
初三日（10月9日），清军进入库尔勒，仍然是一座空城。从被抓的探子口中得知白彦虎秋收之后便连人带物退往库车。刘锦棠本想一路追去杀敌，但此时，清军已经没有现粮，无法继续前进。
战机就在眼前，为了不延误战机，刘锦棠真想插上翅膀，飞到库车杀了白彦虎。但要想行军，就必须解决军队的粮食问题。
军粮一下子是不可能运到的，刘锦棠便动员士兵挖掘窖粮，希望能有所收获。真是天无绝人之路，最终挖得窖粮数十万斤，解决了清军的燃眉之急。
随后，刘锦棠一面让后路转运接济，一面派人招徕并安抚难民，巩固收复的失地。
初六日（10月12日），清军粮饷运到，刘锦棠亲自挑选精锐步兵1500人，骑兵1000人为先锋，一路跟踪追赶。
白彦虎一路烧杀抢掠，胁迫当地居民随行，行动非常缓慢。十一日（10月17日）四更，在白彦虎狼狈逃到库车后，刘锦棠已经亲率大军追到了城下。一场激战下来，清军歼敌千余人，追杀40里，在第二天便非常轻松地收复了库车城。
这场从库尔勒开始的追歼战，清军在6天中行程900里，收复了喀喇沙尔和库车两城，救下了被迫胁随行的回众10多万人。在当时，这是一个不小的战绩。
刘锦棠一面向左宗棠报捷，一面命令部队向拜城前进，目标直指阿克苏重镇。左宗棠得到这个喜讯后，非常高兴。在给自己的这员爱将的回信中，他除了表扬刘锦棠外，还强调一定要做好善后工作，在收复城市设局发放赈灾物资，劝导百姓耕种和放牧，还要修路添船设驿站，以便军民和客商往来。
九月十四日（10月20日），刘锦棠部进军到距离拜城不远的和色尔。当时驻守拜城的是维吾尔族领袖阿克奈木厘，当白彦虎残部进入拜城前时，他又想让维吾尔族同胞和他一起西逃，遭到阿克奈木厘的拒绝。白彦虎在一怒之下杀死了阿克奈木厘，他本想用极端的手段让拜城的百姓屈服，没想到他的这个举动引起了公愤，被激怒了的维吾尔族官民紧闭城门，拒绝白彦虎残部进城。
前面无路可走，后面又有清兵追赶，白彦虎在无奈之下便把城外村庄洗劫一空，临了还不忘放一把火，继续他的逃亡之路。
十五日（10月21日），当清军赶到拜城时，维吾尔族同胞大开城门，夹队欢迎。刘锦棠得知白彦虎已经西逃后，便留下少量部队镇守拜城，自己亲自率领主力部队连夜追赶白彦虎残部。当时是深秋季节，南疆的气温一到晚上骤降，草原和沼泽地霜凌凝积。刘锦棠部乘夜踏冰急追，在寒风中，官兵的手足冻皲，人马交困，但硬是猛追了80多里，到达了木扎提河前的铜厂。
白彦虎正胁迫20000多居民渡河，刘锦棠见状，便挥军猛扑，把敌军杀得人仰马翻。敌军人马的尸体顷刻间堆积在河中，河水曾一度因此而断流。白彦虎做梦也没想到刘锦棠部的行军速度如此之快，哪里还敢恋战，渡河后便急忙向西逃窜。
清军各营渡过河流后，在上铜厂赶上敌军步骑左右包抄夹攻，刘锦棠从中路亲自率骑兵突进，大败敌军。
十八日（10月24日），清军追到阿克苏，白彦虎等已经逃跑了。城上枪矛林立，彩旗招展。该城十多万维吾尔人都守城等待官军的到来。
清军收复阿克苏后，白彦虎除经乌什逃往喀什噶尔外，已别无出路。为了消灭这个民族叛徒败类，刘锦棠决定全力追击白彦虎的残部，向西直趋乌什。
十九日，在胡玛纳克河边，清军恰好碰到数百敌骑保护白彦虎眷属前行。在清军猛烈的进攻下，击毙四五百名敌骑，俘虏千余眷属，救出数百难民。
二十日黄昏，西征军将乌什收复。
二十一日（10月27日），清军追到阿他伯什地方时，一望无际的茫茫戈壁之上，已经不见敌军踪迹，才返回乌什。
在这次追歼战中，刘锦棠率军穷追三千里，收复东四城：喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什，歼灭数千贼匪，追回数十万难民。清军从此可以就地取粮，不必再长途转运粮食，有更多的精力来对付残敌了。
鉴于刘锦棠所取得的战绩，朝廷奖赏他以三品京堂候补。
当左宗棠收到收复东四城的捷报后，欣喜万分。他再次命刘锦棠做好善后工作，对于败逃的敌人不可放松警惕，同时做好收复西四城，解放全南疆的准备。
收复东四城后，刘锦棠本打算在阿克苏等地补充兵员和给养，等张曜率军到达阿克苏后，再率全军直捣喀什噶尔。然而，局势发生了急剧的变化。
宣布反正的和田尼牙孜被伯克胡里打败后，投奔了清军。阿古柏派驻喀什噶尔汉城的原清军降将何步云也寻机反正，派人给刘锦棠送信，请求急速进兵援救。
此时，白彦虎率领不足百人的残部逃窜到喀什噶尔，饥疲交迫。但留守喀什噶尔的阿里达什没有得到伯克胡里接纳白彦虎残部的命令，所以把白彦虎残部拒之城外。伯克胡里虽然打败了尼牙孜，但没有想到何步云会反目，他回军喀什噶尔时，觉得白彦虎还有利用的价值，便允许他入城。
结果，何步云守着的喀什噶尔汉城成了一座被敌军围攻的孤城，如果清军不火速救援的话，迟早会被攻破的。
面对异常危急的形势，刘锦棠当机立断，改变原来先取叶尔羌，然后夺取喀什噶尔和英吉沙尔的计划，决定先取喀什噶尔，一来解救何步云部，二来断敌外逃之路。
他决定兵分两路进军，一路由提督余虎恩等带队从阿克苏取道巴尔楚克和玛纳巴什，从正面佯攻；另一路由提督黄万鹏等人从乌什取道布鲁特边界为奇兵，迂回包抄。刘锦棠要求两军于十一月十四日（12月8日）在喀什噶尔城下会师，并以余虎恩为两路总指挥。
为了声援前敌部队，刘锦棠亲自统率各营马步，在十一月初六日向巴尔楚克、玛纳巴什进军，以扼守和田、叶尔羌要冲。等张曜一军到齐后，就展开全面进攻。
攻取喀什噶尔是西征军最后一次重大战役，左宗棠对刘锦棠的进兵计划非常满意。他满怀信心，因为在西征军的周密部署之下，残敌已经成了瓮中之鳖。
十一月十三日（12月17日），当余虎恩和黄万鹏两军进抵喀什噶尔时，只见汉城火光冲天，杀声不断，战斗非常激烈。
余虎恩当机立断，分兵救急，首先从东门发起攻击。刹那间，清军号鼓齐鸣，马步齐进，奋勇搏击。守敌本想抵抗一番，但此刻黄万鹏也领兵从后面杀到，清军两面夹击，汉城守军也呐喊助威。敌军哪里禁得住清军这番猛攻，纷纷抱头鼠窜，从西门仓皇逃命。
十一月十四日（12月18日），阿古柏匪帮的巢穴被完全摧毁。白彦虎、伯克胡里等眼见全局崩溃，便率领死党开始逃亡。
黄万鹏和余虎恩一直追到中俄交界之地，击毙了白彦虎的副元帅王元林，俘获了余小虎等人，白彦虎和伯克胡里则由俄属布鲁特逃入俄境，清军只好返回喀什噶尔。
与此同时，刘锦棠也没闲着，他亲率大军由玛纳巴什南下，十七日（12月21日）收复叶尔羌，二十日（12月24日）收复英吉沙尔，二十二日（12月26日）进驻喀什噶尔，二十九日（1878年1月2日）收复和田。
就这样，在光绪三年十二月（1878年1月），除伊犁地区还在沙俄手中外，其余失地已经全部光复。可以说，在左宗棠的带领指挥下，历时一年半的收复新疆失地的战斗胜利结束了。
清军收复新疆的速度之快，让国外人士刮目相看，他们对西征军统帅左宗棠及刘锦棠等清军将士竖起了大拇指。
年近古稀的左宗棠领兵出入沙漠荒僻之地，历经艰难险阻，光复新疆，这是别人想也不敢想的事情。单单这一辉煌战绩就可以让他名垂千古。
这就是左宗棠，一匹骨子里带有不服输的千里马。
三十年不许奏左
除伊犁之外，新疆已经大部分收复了，当这个喜讯传到京师后，全国上下一片欢腾。这是自鸦片战争以来第一次取得对外战争的胜利。朝中的王公大臣和各级官员都兴高采烈，建议对功臣论功行赏。
鉴于左宗棠所取得的功绩，清廷晋封他为二等侯爵，以资激励。为什么不封他为一等侯爵呢？
我们知道，曾国藩攻克洪秀全的老巢南京后，被封为一等侯爵。左宗棠是曾国藩扶植起来的，如果给他的奖赏和曾国藩一样，就有些过了。在官场要分个三六九等，论资排辈，奖赏也要因人而异。所以，虽然左宗棠收复失地，抵抗侵略有功，也不能封赏他一等侯爵。
其实，左宗棠取得了如此大的功绩与一个女人的支持是分不开的。这个女人就是大清的实际统治者慈禧太后。
想当初，左宗棠提议设局造船就遇到了国内外反对势力的阻挠，慈禧觉得左宗棠的想法很好，利国利民，便不顾大臣们的反对，颁布上谕，批准左宗棠关于设厂造船的请求。有了慈禧的支持，左宗棠才得以开设福州船政局，为中国的造船事业奠定了一个坚实的基础。
后来，左宗棠在西北作战时，有些人横竖不相信左宗棠在经济上是干净的，不断告他的御状。其中有一条指控非常致命，说他袒护浙江富商胡雪岩套购军火，向八国借款，从中渔利，为国家留下了沉重的外债。
胡雪岩出生于安徽绩溪，是一个大商人，怎么就和左宗棠扯上关系了呢？让我们慢慢道来。
当时，左宗棠奉曾国藩之命率军来到浙江准备全力肃清浙江和福建两省的太平军。但他的军队却缺钱和粮。我们知道打仗就是一台烧钱的机器。如今左宗棠手里没有钱，还打个屁仗。
这时，胡雪岩毛遂自荐，要为左宗棠的军事事业投资。当然，胡雪岩这么做也是有目的的，他希望自己在官场中找到一座稳固的政治靠山。
因为有了胡雪岩奉献的军粮，左宗棠带兵打仗才没有了后顾之忧。于是，左宗棠任命他为军中的总理粮台，还保荐他为候补道，后来又奏请皇帝给他加授布政使衔，赏穿黄马褂，使他成为显赫一时的红顶商人。
后来，左宗棠在中国西北部作战时，在财政上也得到了胡雪岩的鼎力支持。但左宗棠没有利用手中的权力来做生意，他只是借胡雪岩手中的银子来补贴军费而已。
但这个世界总不缺乏一些爱嚼舌头的人。如果这条指控属实的话，那么左宗棠就是一个十恶不赦的大贪官，贪官有很多种，这种借助战争贪污受贿的行为是最让人不齿的。
慈禧太后也感到陕西和甘肃那边用钱成了个无底洞，在大家的质疑声中，她对左宗棠便产生了怀疑，决定查个水落石出，给国人一个交代。
她命令户部和吏部抽出要员，组成联合调查组，兵分两路：一路前往陕西和甘肃，另一路前往浙江和福建，要彻底清查胡雪岩与左宗棠的交易。这下不得了了，如果这些控告属实的话，等待左宗棠的恐怕是判处极刑。
前往浙江和福建两省调查的两部要员，虽然查出红顶商人胡雪岩与左宗棠有千丝万缕的关系，但是，左宗棠并没有贪污受贿一分钱。
前往陕西和甘肃两省调查的两部要员经过秘密调查发现，在各省饷银不能及时到达陕甘两省时，湘军所需的费用，全靠胡雪岩的钱庄调度支持。如果没有胡雪岩，湘军在西北的用兵简直是寸步难行。
调查组本来是挑毛病、找岔子的，可是查来查去，查不出名堂，反而查出了一笔私款公用的糊涂账。这就是左宗棠把朝廷发给的几万两银子的巨额补贴——养廉金没有用在自己身上，全部让军需后勤部门使用了。
左宗棠对朝廷的忠心让这些前来调查的要员佩服得五体投地。
左宗棠既然没有什么毛病，联合调查组便回京复命了。慈禧心想：左宗棠一大把年纪，还在西北沙漠征战，办了这么多实事，真是朝廷的功臣啊。如果惩办了这样的大臣，还有谁会真心替朝廷办差呢？
这时，李鸿章淮系的几位大臣，又在叫喊着筹饷困难，指责左宗棠乱花钱。慈禧非常生气，当即严厉地训斥他们一番，随即对满朝文武下了一道史无前例的口谕：“三十年不准奏左！”
任何人在三十年内都不许告左宗棠的御状，这对左宗棠来说是一个天大的殊荣。慈禧担心大臣们不信，便把这道口谕转为公文，下达全国各地，给足了左宗棠面子。但这道上谕没有寄往左宗棠的营中。因为肯定会有人向这位大臣转达她的上谕，而左宗棠就会更加感激自己的隆恩了。
当然，慈禧的这个口谕也是一种平衡术。她不想让李鸿章为首的淮系官僚过于张狂，用湘制淮，以淮制湘，这就是执政者的手段。
“三十年不许奏左！”让左宗棠在清廷有了一言九鼎的分量。不过，对于左宗棠来说，只要能让他安心作战，不受外界因素的干扰，就足够了。
战胜国的不平等条约
进犯我国新疆的阿古柏匪帮被左宗棠指挥的西征大军歼除并驱逐后，左宗棠为规复北疆和南疆立下了不朽的功绩。但还不能画上一个完美的句号，因为伊犁还在俄国侵略者手中。只有让伊犁重新回到祖国的怀抱，左宗棠的这次西北征战才算完美无比。
手中有强有力的枪杆子，腰杆子自然就硬朗多了。
打吧，把这些狗娘养的统统赶回老家去。
对左宗棠来说，收复伊犁是必然的事情，他要让这些对大清虎视眈眈的侵略者都知道，只要有我左宗棠在，你们就休想猖狂。
还记得在同治十年（1871年）七月四日，乘中国局势混乱之际，沙俄帝国主义悍然出兵侵占我国领土伊犁，沙俄认为清政府无力收复新疆，所以为了掩盖自己的侵略行为，就虚伪地发表声明：出兵伊犁只是代为收复，等清朝肃清关内外，收复乌鲁木齐、玛纳斯各城之后，就将交还伊犁。
左宗棠得知沙俄侵占伊犁的消息后非常愤慨，他敏锐地看出了沙俄帝国主义的狼子野心。就这个问题，他曾给刘锦棠写信指出：沙俄占领伊犁，名义是代为收复，实质野心是进一步派兵夺取乌鲁木齐，步步逼近中原，局势十分危急啊。
后来，随着左宗棠在新疆征战的节节胜利，沙俄交还伊犁成为一个紧迫问题被提到议事日程上来。
光绪二年（1876年）春，沙皇亚历山大二世指定一个由陆军大臣米留金、外交大臣助理格尔斯和财政大臣格里格等参加的“特别委员会”研究这一问题。经过开会商议决定： 仅在俄商被允许进入中国内地贸易和割让穆素尔山口和特克斯河流域的条件下，才会将伊犁交还给清政府。
真是无理取闹，侵占别国的领土，还煞有介事地开会讨论如何归还，把自己当成了救世主一样，真往自己脸上贴金。
不过，我们可以看出这是沙俄不得已的下策，他们本想长久霸占伊犁乃至并吞整个新疆。但左宗棠的枪杆子不允许他们这样做。
在沙俄侵占伊犁后的几年里，清朝政府反复与沙俄交涉，要求归还伊犁，但沙俄一直找借口拖延。
左宗棠率军在北疆和南疆都取得了前所未有的军事胜利后，按理说清政府从俄国手中索还伊犁已经不成问题。但俄国不仅在西征军收复了乌鲁木齐、玛纳斯后拒不交还伊犁，就是在南疆底定之后仍然继续赖账。清政府本想派左宗棠与其交涉索还伊犁，但俄国政府把清政府当成了空气，根本就不搭茬。
面对这种无赖，左宗棠恨不得踹他们几脚，真想派兵灭了这伙王八蛋才解气。但他知道如果真的和沙俄开战了，孱弱的清政府未必能禁受得住这番折腾。所以，他暂且把这口恶气咽在肚里，静观事态的发展，不过，只要大清需要，他做好了随时开战的准备，让自己的这把老骨头再燃烧一次是他心甘情愿去做的事情。
虽然自己占理，但清政府不敢轻易开战。一来，多年的战乱让大清极度疲弱；二来，对方是帝国列强，如果开战未必就能占到便宜。
光绪四年六月（1878年7月），鉴于俄国驻华使节和俄国边官在伊犁问题上的互相推诿，故意拖延，清政府经过再三考虑后决定派署盛京将军崇厚直接去俄国交涉谈判并收回伊犁。清廷还就收回伊犁后如何防守的问题让左宗棠多多考虑。
如果真能通过外交谈判收回伊犁，那将是一件利国利民的幸事。
不过，左宗棠对此表示怀疑，他虽然赞同通过外交谈判索还伊犁，但更倾向于武力收复。因为想通过磨嘴皮子让帝国列强吐掉吃到嘴里的肥肉，不是一件容易的事情。在弱肉强食的时代，只有强大的武力才能让侵略者乖乖地低头认罪。
这是有前车之鉴的。在此之前，伊犁将军荣全曾就伊犁问题与俄方谈判失败了。如今清军虽然在新疆问题上向世人展现了强大的军事实力，但在谈判桌上能否把伊犁从俄国人手中要回来，还是一个未知数。
接下来，丧权辱国的《中俄伊犁条约》（即《里瓦基亚条约》）的签订证明左宗棠的判断是正确的。清朝既占理又取得了让世界都刮目相看的军事成就，为什么还要签订这种卖国条约呢？这还要从崇厚这个人说起。
崇厚（1826-1893年），字地山，号子谦，又号鹤槎，完颜氏，内务府镶黄旗人。在满清贵族中，他对中外交涉事宜比较熟悉，被认为是很有办事能力的人。
实际上，他只是曾担任三口通商大臣，天津教案发生后，曾被派到法国“谢罪”。这样看来，他的“外交”历史少得可怜，外交经验就更别提了。
让这么一个满洲贵族的纨绔子弟去花天酒地或斗鸡遛鸟还可以，让他去收回伊犁，清政府走眼走得也忒厉害了。
本来崇厚这次出差的主要任务是“修约、定界”，收回伊犁是重中之重。他本该亲身经历西陲，了解边疆形势，做到知己知彼，才能在双方的辩论中取得优势。
让人大跌眼镜的是，崇厚不愿前往艰苦的西北，所以他不打算到新疆与左宗棠商议后再前往俄国，而是从南洋取道地中海、黑海前往俄国首都彼得堡。
这样的大臣，这样的行为，如果能收回伊犁，地球也不转了。所以，一些有识之士十分不放心清政府给予崇厚这么大的头衔和权力，建议清政府另派他人。但是朝廷非常宠信这位大臣，结果，没有人能撼动位高权重的崇厚。
十月十四日（11月8日），崇厚与头等参赞邵友濂在人们的质疑声中仍然从上海启程，取海道前往俄国。十二月初八日（12月31日），崇厚等到达了俄国首都彼得堡。
对这位远道而来的使者，沙皇政府用金钱和美女款待，目的是笼络崇厚，引诱他上钩。崇厚本来就不是什么君子，在诱惑面前败下阵来。
不过，在谈判中，清政府多次训令崇厚，不能因为急于索回伊犁而留下后患，还有绝对不能答应割地。所以，崇厚虽然吃了并拿了沙皇的东西，但还是不敢违背这个原则。
软的不行就来硬的。最后，沙皇政府用开战和崇厚性命相威胁。在沙皇政府的压力之下，崇厚一再退让，把清政府的训令放在了脑后。
光绪五年八月十七日（1879年10月2日），昏庸无能的崇厚擅自在克里米亚半岛与俄国签订了丧权辱国的《中俄伊犁条约》。按照该约，俄国虽然交还中国伊犁，但割去中国霍尔果斯河以西、特克斯河流域及穆素尔山口等要地，从而隔断了伊犁与南疆阿克苏等地的联系。此外，中国还得偿付俄国代为收回和守卫伊犁的费用各五百万卢布（约合白银二百万两）。并准许俄国在嘉峪关、吐鲁番、哈密、古城、乌鲁木齐、科布多、乌里雅苏台七处设立沙领事馆。还要全部免除俄商在蒙古地区和新疆全境的贸易税费。俄人在伊犁置有财产，允许照旧经营等。
消息传开后，全国舆论哗然，群情激愤，要求改约，人们不仅呼吁严惩出卖国家利益的人，而且用武力解决问题的呼声也越来越高。
左宗棠更是义愤填膺，对俄方行径愤慨万分，他进一步确认了自己的判断：伊犁问题同整个新疆问题是密不可分的，必须有强大的军事实力才能收回伊犁。
如果是战败国，签订这样的条约是逼不得已；如今是战胜国，竟然还签订这种条约。这是哪门子道理？所以，清廷对崇厚的所为也十分的不满意，对于是否承认这个条约有些犹豫不决，便询问朝中重臣的意见。
作为对新疆情况最了解、最有发言权的朝廷大员，左宗棠的态度显得尤为重要。他上奏指出：“割地求和是战败国所为，如今我们战胜了，却还要牺牲自己的利益求和，这就好像给狗投骨头一样，骨头总会投完的，但狗的欲望却不会减少。如果承认了这个不合理的条约，会后患无穷。另外，俄国人一直以为官军很弱，所以想独霸伊犁不还。如今看到官军的势力越来越强，难以长久占据伊犁，便借这次崇厚出使之际，签订了对我朝不利的条约。我们应该先通过外交谈判争取和平解决伊犁的问题，如果沙俄拒不交还，就要用武力收复伊犁，驱逐沙俄侵略者。”
另外，左宗棠还指出，明春解冻后，他愿意亲率马步各军，进驻哈密，在南北两路适中之地，指挥各军应变，一定把伊犁收回来。
在这种时刻，左宗棠本以为全国上下应该一致对外，收不回伊犁绝不罢休，没想到朝中竟然还有不和谐的声音。
比如，李鸿章的私心很重，为了结束西北用兵，集全国之力加强海防建设，便劝朝廷接受条约。他认为：伊犁就好像蛇足一样，收回与否对大局没什么影响。既然崇厚已经签订了条约，就不能反悔了。否则，一旦两国发生争斗，那么俄方的要求就不会像现在这么少了。所以只有先全盘接受，然后再想办法加以补救。
当左宗棠听到李鸿章的这种言行后非常愤慨，便给总理衙门写了一封信驳斥了李鸿章的主张。他这样写道：“崇厚虽然全权出使，但只是草签了约章，还没有经过御笔批准，就无所谓先允后翻了。再说，俄国占据我方领土伊犁久久不还，还骚扰我边境，俄方理屈在先。所以，我方不仅占理，势力也不弱，只要万众一心，就能成功解决伊犁归还的问题。”
结果，不出所料，清廷采纳了左宗棠的建议，毕竟，再也没有人比左宗棠了解新疆的事情了。再说，左宗棠手里有一支强有力的军队，大不了就和沙俄干一仗，未必就会输。
清廷先是将崇厚革职拿问，交刑部治罪，继则把崇厚定为斩监候，待秋后处决。并宣布崇厚所签订条约违反圣意属于越权，一切都将重新慎重商议。至此，沙俄的阴谋彻底破产了。
光绪六年正月初三日（1880年2月12日），清廷又派驻英、法公使曾纪泽兼任驻俄公使，前往彼得堡重新谈判，挽回利权。同时令左宗棠做好军事准备，应对随时可能发生的变化。
抬着棺材出关
光绪六年四月十八日（1880年5月26日），左宗棠接到诏令后，立即调兵遣将，亲率大军离开肃州（今酒泉市），出嘉峪关向哈密挺进。
此时，左宗棠已经是68岁的高龄，而且还是抱病出关。但他丝毫不在意这些，心中只想着一件事，那就是不惜一切代价收回伊犁。
为了表达自己的抗俄决心，在快要出发时，左宗棠特意为自己做了一口黑漆棺材，让亲军抬着随军队前行。
征战沙场的军人随时都准备为国家抛头颅洒热血，不成功，即成仁。左宗棠此举就是庄重地告诉部将：马革裹尸是一名军人最好的归宿。黑漆棺材就是他左宗棠成仁的归宿地。
左宗棠的这种誓死扞卫祖国主权和领土的豪情壮志让每一个国人都心潮澎湃，手下的官兵个个都摩拳擦掌，发誓要与敌人抗争到底。
光绪六年四月二十一日（1880年5月29日），左宗棠领兵到达玉门。从古到今，人们到了这里总免不了产生一种凄凉的心情。因为沿途所过之地都是人烟绝迹、草木稀疏的沙漠。
但左宗棠的脸上没有凄凉，他豪迈地吟道：“壮士长歌，不复以出塞为苦”，“虽知壮不如人，而孤愤填膺诚有不知耄之以及者”。这些豪言壮语竟然出自一位年近七旬的古稀老人之口，让人不由得竖起了大拇指，佩服之情无以言表。
五月初八日（6月15日），左宗棠的大军行军一千五百里，到达哈密，并在哈密城郊的凤凰台设下指挥部，誓与沙俄决战。左宗棠此行已经是国人皆知的壮举，所以当地百姓不论老幼都纷纷前来迎接。
左宗棠顾不上旅途劳顿、肝病复发，才到达哈密就开始部署三路进兵以收复伊犁的军事计划：一路由金顺进驻精河从正面佯攻，以牵制俄军主力，且防俄军向东进犯；一路由刘锦棠经乌什越冰岭直赴伊犁西面的后路；一路由张曜从阿克苏越过天山进击伊犁南部。
收复北疆和南疆的功绩让左宗棠对手下的这支部队充满信心，所以对这场战事也是信心满满，他坚信这一定是他军事生涯新的里程碑。
清廷的举动大出列强的意料，他们搞不明白软弱的清政府啥时候长本事了，敢对签订的条约提出异议，还大张旗鼓地摆出开战的架势。必须要敲打敲打这头睡狮了。
正当左宗棠为收复伊犁积极备战之际，列强的胁迫和俄国的武力进逼让清政府一改以往在新疆问题上的强硬态度。
首先，西方列强纷纷抵制清政府对崇厚的处置，英国女王维多利亚还亲自给慈禧太后写信为崇厚求情，俄国也以不同曾纪泽谈判为由，要求赦免崇厚。无奈，清政府只好宣布免去崇厚的斩监候之罪。
其次，清政府虽然做出了让步，但列强并没有停止对中国的军事威胁。沙俄派遣海军上将列索夫斯基率23 艘军舰来华，并增兵东北边境，宣称要联合日本，封锁辽海，进攻北京。
还有，英人戈登也开始游说，他曾任“洋枪队”头目，与李鸿章的私交不错，他此时受清政府的聘任，为中俄伊犁交涉调停。戈登到天津面见李鸿章，威胁说：“如果你要作战，就把首都从北京迁到中心地带，并且做好作战五年的准备。”
戈登的游说吓坏了李鸿章，立即上奏道：“都城距海口太近，洋兵易于长驱直入，无能阻挡，所以，一日以北京为都，则一日不可与外国开衅。”
面对来自各方面的压力，清政府心虚了。
如果战争爆发，左宗棠在新疆也许能够击败俄国。但是在蒙古、黑龙江等地就不一定能够取胜，就会危及京城的安全。新疆距京师万里，胜了又有什么用呢？最重要的是保证京城的安全。
再说，清政府不愿意看到两军长期对峙的局面，因为沉重的军事负担会把这个已经千疮百孔的王朝压得喘不过气来。
结果就很明显了，列强的压力起了作用，清廷的立场开始动摇了。想要让这头睡狮醒来太困难了，一个左宗棠的力量远远不够。
七月初六日（8月11日），清廷把左宗棠急召回京，理由是俄国人挑衅，局势危急，朝廷需要有军事经验的重臣出谋划策。
其实，清廷这样做的目的是怕左宗棠擅自出兵伊犁，挑起战端，影响和谈的进程。还有就是调左宗棠回京，以便应付俄人从东北和沿海方面对京畿可能发动的攻击。
当左宗棠接到这道谕旨后，一下子瘫坐在椅子上，半晌说不出话来。
临战易帅，这是兵家大忌，清廷不是不懂这个道理，这恰恰说明了清廷武力抗俄的立场有所改变。
左宗棠轻抚着那口黑漆棺材，流下了眼泪。他埋怨清廷的软弱，也遗憾自己不能实现马革裹尸的愿望。
军令如山，左宗棠虽然满是失望，但对主战仍然抱有一线希望。他同继任督办刘锦棠会商新疆的布置事宜、移交饷事军务后，在十月十二日（11月14日）从哈密启程入关。
为了加强京畿的防务，左宗棠命令他的亲军一千四百多步兵和六百多马队随后入关。经兰州交卸陕甘总督篆务后，在十二月初四日（1881年1月3日）从兰州赶往北京。
伊犁回归的坎坷路
从光绪六年七月十八日（1880年8月23日） 到光绪七年正月二十六日（1881年2月24日），曾纪泽与沙俄的谈判有半年多时间。在这六个月中，沙俄看出了清朝求降的意图，所以俄方代表对曾纪泽百般威胁，逼迫他就范，签订不合理条约。好在曾纪泽运用他的机敏与才干，以左宗棠在新疆的布防为后盾据理力争，在原则问题上不做丝毫的让步。
再看当时的俄国，左宗棠的坚定决心和备战行动使沙俄的侵略气焰遭到沉重打击。还有，左宗棠奉召回京让沙皇政府一时摸不清清廷的真实意图，以为清廷要让左宗棠布置全国的反击，因此忐忑不安。当时俄国的实际情况是内外交困，面临着许多困难。在伊犁的问题上，赖账在政治上就输理了。再次，英法两国在伊犁问题上的态度也影响了俄国。当时俄国争霸的重点不是亚洲而是欧洲，从而被迫稍微放松对中国的侵略。所以，俄国其实是色厉内荏，做出一定的让步也是理所当然的。
结果，在光绪七年正月二十六日（1881年2月24日）中俄双方代表签订了《改订条约》（又称《中俄伊犁条约》）。这个条约较崇厚条约虽然争回了部分主权，俄国交还伊犁和特克斯河流域及通往南疆的穆扎尔山口，但仍然将霍尔果斯河以西的中国领土划给俄国，并且赔款有增无减。可见，这个《改订条约》还是沙俄强加于中国的一个不平等条约。
就在曾纪泽与俄国谈判代表订立条约这一天，左宗棠也抵达北京。当他知道这个消息后，摇头道：“怎么会是这样一个结果，寒心啊。”其实，就清朝当时的实力，能签订这样一个条约已经相当不错了。左宗棠坚定反侵略的举动，为伊犁的收回起到了关键的作用。
沙俄能把已经吞进肚子里的中国领土又吐出来，这在近代史上是前所未有的事情。虽然最终没能如左宗棠所愿，让衰弱的清朝强硬起来，但伊犁的回归多少对他也算是一种安慰吧。
在这里，左宗棠还有一项不得不说的功绩。为了新疆的长治久安，他在督办新疆军务期间曾四次奏请在新疆置行省，设郡县，在调任两江总督后又作了第五次奏请。
清廷对左宗棠的奏请之所以举棋不定、犹豫不决是有原因的。
关于左宗棠新疆建省的主张，朝中官员并不是人人都举双手赞成，因为他们没有左宗棠的全局观念。其中，李鸿章多次表示： 新疆改设行省，财力有所不及，再加上三面列强环视，一般的文吏很难胜任。左宗棠已经老了，恐怕要累及后人。还有，号称八旗名士的李云麟，在新疆做过官，也装模作样地写了《论新疆设省》一文，提出了八大不可建省的理由，还公然对左宗棠进行人身攻击。直到光绪八年八月五日（1882年9月16日），翰林院编修刘海鳌仍上奏反对新疆建省，他认为，郡县不能马上设立，屯田可以专办。
另外，满洲贵族也抵制新疆建省。因为依据清代制度，实行军府制的各边疆地区，都由满洲贵族官僚担任要职，而不起用汉人。如果建立行省后，则满汉兼用，汉员还占多数。基于利益的考虑，这些满洲贵族非常反感新疆建省的事情。
好不容易收复了新疆，虽然清廷也希望加强对新疆的控制，但也不得不考虑这些反对派的声音，所以，多次把新疆建省的方案搁置一旁不理。
后来，在左宗棠、刘锦棠等人的反复呼吁下，看到新疆善后事宜进行得非常顺利后，清廷的最高统治者咬咬牙，决定采纳左宗棠的建议。光绪十年九月三十日（1884年11月17 日），正式在新疆设省，任命刘锦棠为首任巡抚。
新疆改设行省，将军府制度变为郡县制度，削弱了地方封建统治者的势力，逐渐消除了他们分裂祖国的隐患，有利于维护和巩固中华民族的统一和团结。还能巩固祖国西北边疆，防止沙俄和英国对我国新疆领土的觊觎，增强抵御外国侵略者的军事力量。这样一来，西方列强就再也不敢轻易入侵新疆了。
要把边疆变江南
左宗棠在西北征战时，每到一处都把善后工作当做重中之重来做，他立志要把边疆变江南。所以，除了维持统治秩序和恢复百姓的生活外，在开发西北方面也颇有建树。
提到塞上的风沙之景，我们都会想到唐代诗人王之涣的《凉州词》：“黄河远上白云间，一片孤城万仞山。羌笛何须怨杨柳，春风不度玉门关。”
1000多年以后，诗中所描绘的情景发生了根本的改变。左宗棠特别重视植树，当他来到西北看到遍地的荒山秃岭、戈壁沙漠后，便下定决心以西征将士为主，地方官民协助，在甘肃、青海、宁夏、新疆的广大地区普遍种树。种树者不仅仅种树，还要负责浇水、成活，加上左宗棠的奖惩方法，取得了很大的成功。据统计，在左宗棠的带领下，西北军民共种树二百万株以上，在当时来说，这是一个了不起的成就。
光绪五年（1879年），新任帮办甘肃、新疆善后事宜的杨昌浚目睹了左宗棠在西北的所为，赋诗一首：“大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。”
可见，左宗棠不仅能率军收复新疆，而且开发西北、建设新疆也是一把好手。“引得春风度玉关”就是对他在新疆搞建设的最好比喻。
当左宗棠在新疆的军事行动宣告结束后，经济建设就成了当务之急。
十多年的战乱让新疆的经济遭到了空前未有的严重破坏，特别是经阿古柏长期的蹂躏和践踏，本来美丽富饶的新疆到处萧条冷落，满目疮痍。
比如，乌鲁木齐重镇本来景象繁华，被西人称为小南京，而在克复之时，汉城仅剩颓垣，满城已被夷为平地，满汉两城只剩下汉民及残回数十人。据英国人沙敖透露，阿古柏横加杀戮不愿接受伊斯兰教的人民，大约有四万汉人丧生。边陲凋残、百废待兴，这就是战后新疆的真实写照。
若想开展经济建设，就必须有行之有效的统治秩序。但由于战争的影响，清政府统治新疆的军府制度已经名存实亡，所以，建立新的政治秩序，才能保障恢复和发展新疆经济建设。左宗棠根据新疆的具体情况设置了善后局，把它作为由军府制度向郡县制度过渡的桥梁。
善后局在战后的第一件大事就是“安民”和“恤民”。其实施的主要内容包括安辑难民，招徕流亡，散发赈粮，分给籽种和耕牛农具等，帮助农民恢复生产劳动。事实证明，左宗棠的“安民”和“恤民”措施，对恢复发展社会经济等方面起着积极的促进作用。
左宗棠非常重视农业的发展，自用兵新疆以来，他的一贯主导思想是屯田。屯垦的种类主要分为兵屯和民屯两种。关于兵屯，左宗棠首先建立奖惩制度，鼓励士兵积极参加屯垦。关于民屯，左宗棠认为只有民屯才是提供军粮的主要来源，他反复指示善后局地方官员要尽全力满足农民屯垦所需要的耕牛、种子、农器等物资。结果使屯垦事业得到了迅速发展。
水利是农业的命脉，只有从根本上解决了水的问题，才能很好地进行农业生产。但在西北干旱地区，尤其在新疆一般依靠地下水和雪水灌溉，所以左宗棠认为治理西北，应先治理水利。
同治年间，新疆地区屯垦规模不大，水利建设基本上处于停滞状态。光绪初年，左宗棠大办屯垦，水利开始日臻复兴。
在南路方面，张曜驻屯哈密时，兴修水利，功绩显着；在北路方面，巴里坤防营蜀军提督徐占彪修复大泉东渠，可灌溉农田数千亩。总之，左宗棠大搞水利工程建设，使水利灌溉遍于南北路各城，这在历史上也是空前的。在左宗棠的倡导和影响下，到光绪后期，新疆38个县修整和新修干渠940多条，支渠2300多条，灌溉面积达1100多万亩。
左宗棠不仅重视新疆农业、畜牧业、蚕桑业的发展，他还采取措施发展工商业，先后创办了西安、兰州制造局和甘肃织呢局等军用和民用工矿企业。还有改革赋税、恢复交通、赈灾禁烟等等。
另外，左宗棠还非常重视教育的发展，他指示各善后局广兴义塾，重金延聘教师，大力发展文化教育，先后设立三十七处义学。新兴的义塾以《百家姓》、《三字经》、《千字文》等为教材，教授汉回子弟读书识字，并以楷书仿本教他们写字。
总之，在西征过程中，左宗棠从工业、农业、教育等各个方面着手，井井有条地使新疆人民的生产在战乱后得以很快地恢复和发展，给新疆带来了一时的繁荣，使西北国防的建设得到了进一步巩固和加强。左宗棠对新疆的经济开发有利于国计民生，他的历史功绩不可泯灭。而新疆改设行省又使中国近代新疆经济的发展进入了一个新的历史阶段。
要说谁是中国近代新疆经济开发与建设的奠基人，左宗棠当之无愧。
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