在他坐牢的三年间，革命形势发生了重大的变化。上海成立了光复会，是章太炎发起并参加的；黄兴、宋教仁等在湖南成立了华兴会；武汉也组成了日知会，加上此前成立的孙中山领导的兴中会，大半个中国掀起了反清革命的浪潮。就在他出狱的前一年，兴中会、华兴会和光复会在日本东京联合组成了同盟会，推选孙中山为总理，通过了“驱除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权”的政治纲领。
章太炎自然也是同盟会的会员，同志们在时刻怀念着他。在他出狱的那一天，孙中山专门派了两个同志专程从东京到上海，会同蔡元培等人在工部局大门口迎接。章太炎一走出大门，人群中响起一片掌声，同志们纷纷围上来，同他握手，祝贺他从艰苦的监狱生活中挺过来。随后，像凯旋的英雄一般，他在人们的簇拥下，到租界外的中国公学停留。当天晚上，从日本前来迎接的同志陪同他乘船赴东京。
在东京，章太炎受到的欢迎更为热烈。这时的东京已成为革命的中心，单是同盟会会员就有一千多人。他到达东京码头的那天，简直是人山人海，人们都想一睹这位同清政府打过一场大官司的著名学者的风采。
7月15日，同盟会在东京神田区的锦辉馆举行盛大的欢迎会，为章太炎接风洗尘。参加大会的人数超过两千，有同盟会会员、留日学生等，因为这个会场太小，容纳不了这么多人，很多人就趴在窗台上，又因为那天下雨，很多人挤在屋檐下，更有人站在屋外，任凭雨打风吹也不愿离去。章太炎进入会场时，全场爆发了雷鸣般的掌声。章太炎气宇轩昂，怀着对革命事业必胜的信心，发表了演说。
在这篇演说中，他简要回顾了自己走过的反清革命道路，说小的时候，看了一些有排满思想的书籍，心中萌发了民族革命思想。但那时没有什么学理。甲午战争以后，阅读了东西各国的书籍，才有“学理收拾进来”。后来在日本见到孙中山，觉得在孙中山身边的有革命志向的同志太少了，很多人来拜访孙先生，只是觉得他奇怪，像是来看看古董的。当时他很失望，真想去当个和尚，不再与这些人来往。但三年监禁以后，他惊奇地发现，留学生中革命者比以前增加百倍。他才相信了人心的进化不是虚言，以前反清的心肠，其实是人人都有的，不过是藏在心中，今天才表露出来罢了。
也就是在这篇演说中、他申说了他的关于古来成就大事业者多有“神经病”的理论。他所说的“神经病”，其实是为了一种有利于人类的事业，不顾个人利益，做事十分专注的人。他承认自己就有这种“神经病”，并以此自豪。而且他也愿意同志们，人人都有一两分神经病。“近来有人传说，某某是有神经病，某某也是有神经病，兄弟看来，不怕有神经病，只怕富贵利禄当现面前的时候，那神经病立刻好了，这才是要不得呢！略高一点的人，富贵利禄的补剂，虽不能治他的神经病，那艰难困苦的毒剂，还是可以治得的，这总是脚跟不稳，不能成就什么气候。兄弟尝这毒剂，是最多的。算来自戊戌年以后，已有七次查拿，六次都拿不到，到第七次方才拿到。以前三次，或因别事株连，或是普拿新党，不专为我一人；后来四次，却都为逐满独立的事。但兄弟在这艰难困苦的盘涡里头，却没有一丝一毫的懊悔，凭你什么毒剂，这神经病总治不好。”
他最后激昂地说，要把自己的神经病质，传染诸君，传染于四万万人。
章太炎这次演讲的中心部分是他认为当前革命的进行步骤，最关键的是两条：一是用宗教发起信心，增进国民的道德；二是用国粹激动种性，增进爱国的热肠。
先说宗教。宗教打动感情深入人心，能够团结广大人民。但章太炎认为，中国的孔教是坚决不能用的，因为它总是要人忍耐，不鼓励人反抗，而其最大的污点，是“使人不脱富贵利禄的思想”。现在的反清革命事业，提倡民权，如果夹杂一点富贵利禄的思想，就像“微虫霉菌，可以残害全身”；基督教呢？也不可用，因为现今中国人信奉基督教，大多是假的，“最上一流，是借此学些英文、法文，可以自命不凡；其次就是饥寒无告，要借此混日子的；最下是凭仗教会的势力，去鱼肉乡愚，陵轹同类的”，他认为基督教的理论“谬妄可笑，不合哲学”，对中国没有什么好处。那么最适用中国的，他认为非佛教莫属，而佛教中又以华严宗和法相宗最适用。
章太炎在上海狱中时，曾专门研究过佛经，这次演讲中提出的观点就是他的研究心得。早年他受朋友夏曾佑和宋恕的影响，读过一些佛经，但没有看出什么好处来。戊戌政变后流亡日本，曾购得《瑜伽师地论》，但因诸事烦扰，没有读完。在租界监狱中为了从极度痛苦中求得心灵的宁静，他又开始读朋友们送来的《成唯识论》和《瑜伽师地论》等，渐渐悟得大乘义法。
他认为佛教大大高于中国诸子哲学。到东京以后，章太炎坚定了这种信念，并且认为便是西方哲学也远远不如佛教的博大精深。
那么到底他从华严宗和法相宗的代表作中看到了什么适用于当前斗争的东西呢？华严宗的宗旨是，普度众生，颈目脑髓，都可施舍于人，这有利于建设高尚的道德；而法相宗主张万法唯心，世上一切有形的色相、无形的法尘，都是“幻见幻想”，并非实在真有，这是最高的哲理。人有了这种信仰，才能勇猛无畏，才能有大作为。而且，佛教最重平等，最恨君权。佛经里就有“国王暴虐，菩萨有权，应当废黜”这样的话。
章太炎这样大力宣扬佛教学说，是为了激励同志们磨炼个人意志，勇敢地进行革命斗争。但显然，听众中懂佛教的人毕竟是少数，他的大声疾呼只能收到一些情绪感染的效果。
他心目中另一个发动民众的办法——发扬国粹——倒很能打动一般学生的心。他所说的发扬国粹，不是要人们崇奉千百年来定于一尊的孔教，而是要人“爱惜我们汉种的历史”。这历史，广义地说，可以分为三项，一是语言文字，二是典章制度，三是人物事迹。他批评那些主张欧化者的“中国万事不如西洋”的论调，是自暴自弃，是不晓得中国的长处，不懂得中国的历史缘故，因此爱国之心日趋淡薄。如果他们晓得了这些长处，他们的爱国之心，必定风发泉涌，不可遏抑。他在演讲中举出一些来，如文字方面，中国文字一字多义，一义多字，没有词尾变化，我们今天仍能从文字创造的先后推断事物建置的先后；典章制度方面，均田制、科举制等，在历史上都曾起过好作用；人物事迹方面更多，章太炎认为宋武帝刘裕和岳飞等都曾抵抗侵略，值得崇拜；学者众多，诸子百家中庄子、荀子可作代表；还有顾炎武，内心想排满，但没有兵力，就到各处去寻访古碑碣，保存下来传示后人，也是保存国粹的意思。
这篇演说，洋洋洒洒，记录下来有六千言之多，是章太炎自三年前《驳康有为论革命书》以来又一次系统表述自己的思想的篇章。演说充满了激情，尽管有些看法显得片面。章太炎开始以一个坚实的主体进入新阶段的革命斗争中。为什么这么说呢？因为三年前他与康有为论战，其理论虽然系统全面，但多是一般性的，显得比较笼统；现在他更多了个人的觉悟、个人的意志。他以个人的身份加入斗争，既有优点也有劣势。优点是，借助于人格力量，他的发言会更有说服力和感染力，并且对他本人来说，更可以自由地探讨斗争中遇到的问题，不随俗俯仰，不易受到来自他人或集体的干扰。其劣势在于，往往造成他与集团或与集团中他人的矛盾，这种情况在以后若干年的斗争中屡屡出现。虽然他是光复会、同盟会的成员，一般来说总是与同志们并肩战斗，但有些时候而且在一些关键时候他却与会党的领袖们闹起意见，形成内部分裂的局面。章太炎虽然是一个革命家，但从本质上说仍然是一个文人，因为有渊博的学问，习惯于独立思考和判断，与别人同意的时候固然是好，如果意见不一致，则常常固执己见。再加上他的脾气暴烈，有时意气用事，尽管他并不心存害人之意，别人对他却要敬而远之了。
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