章太炎不但在《民报》上发表多篇文章，而最主要的是他主持进行了几次大论战，其中最引人注目的是与保皇派的论争。
当他接手《民报》编务时，革命派和保皇派的论战已经开始。康有为看到革命势力日益壮大，自己的君主立宪主张响应者越来越少，立即组织力量为保皇思想鼓吹。他的得意弟子梁启超这时正在日本主编《新民丛报》，因为受革命派的影响，逐渐倾向革命。康有为将梁启超狠狠教训一顿，促使其改变立场，继续在其主编的报刊上为保皇。梁启超遵命。
章太炎以前写文章批判过保皇派的观点，对他们那一套很熟悉，所以《民报》在论战中很快就占了上风。
其实梁启超等的观点，没有多少折点，是他老师几年前的主张的重复，无非是中国民智未开，不能革命，革命会招致大乱；满汉本来平等，不需排满等。章太炎针对这些观点，写了《讨满洲檄》《定复仇之是非》《排满平议》和《中华民国解》等文章。除了以前的论据外，还对当时清政府正进行的筹备立宪加以抨击，说它是“阳示仁义，包藏祸心”的大骗局。他指出，清朝统治者是不劳而获的一群人，根本没有立宪的资格。等到革命以后，他们成为普通人，才可以参政议政。
章太炎革命主张的显著变化，就在排满这个问题上表现出来。以前他也主张排满，但倾向于反对民族压迫，要排满洲全部，现在他主张排满是反对民族压迫和封建统治。反对民族压迫是天经地义，他指出，如果汉族压迫了其他民族，那么其他民族也应该奋起反抗。革命者主张的排满，只是“排其皇室也，排其官吏也，排其士卒也”，对于普通满族人民，是绝对不应该排斥和歧视的。章太炎还以革命运动的事实来补充他的观点。事实上，革命并不只是反对满族皇室和官吏，而且对于那些汉族官吏“亦排之与满人等”，“近世革命军兴，所诛将校，什九是汉人”。排满，不是只为了恢复汉人的统治，如果汉人得到了政权，却仍是专制独裁的政权，那么对它仍要施行革命。
章太炎刚来的时候，觉得汪精卫等人的文章火力虽然猛，但有些地方显得不够冷静，说理不很平实透彻。他的文章一出，明白晓畅，条理缜密，很受读者喜爱，因此说服了不少原来赞成改良的人们，梁启超的《新民丛报》销路顿减。《新民丛报》方面暗中活动章太炎，提出休战，并且派徐勤来游说，不但遭到拒绝，而且还被披露报端。
1907年7月，《新民丛报》只好宣布停刊。
章太炎与吴稚晖在爱国学社时就曾有过争吵，“《苏报》案”发生后，章、邹被捕，其他人多数外逃，吴稚晖到了欧洲。章太炎出狱到东京后，在日本《革命评论》第十号上发表了《邹容传》，在叙述“《苏报》案”发生经过时这样写道：
会清政府遣江苏候补道俞明震穷治爱国学社昌言革命事。明震故爱眺，召眺往，出总督札曰：“余奉命治公等，公与余昵，余不忍，愿条数人姓名以告，令余得复命制府。”即出《革命军》及《斥康有为》
上之曰：“为首逆者，此二人也。”遽归，告其徒曰：“天去其疾矣，尔曹静待之。”
文中把吴稚晖说成是告密者。实际上，吴稚晖和从南京来的俞明震并不熟识，只是俞有个儿子叫俞大纯与吴是朋友。在“《苏报》案”发生的前一天，俞明震命自己的儿子召吴稚晖到他下榻的地方，把办案的公文给他看，上面开列蔡元培、吴稚晖等多人的名字，命令办案官员将他们就地正法。俞明震这样做，是想保护一些人，首先是吴稚晖。当时他还请吴吃了一顿面条，示意他赶快逃走。吴稚晖回到学社，只是说事情危险，要大家躲藏起来，但没有把详细情况告诉同人。章、邹被捕以后，他曾到拘留所探视，这时他才说起俞明震会见他的事，邹容当时就责问他：“为什么只抓了章先生和我？”吴稚晖没有作出解释。后来许多人都知道了这一事实，并有人传说吴稚晖向俞明震献策告密。章太炎出狱后，听到这种议论，又联系吴的为人及他们以前的矛盾，遂认为实有其事。因此在《邹容传》里就作了这样的叙述。
他的这段描述自然与吴稚晖后来的回忆不一致。吴稚晖的回忆是否真实暂且不论，但章太炎的描述肯定是“小说笔法”，因为他并不是当事人。
他的描述有些不可解的地方。如俞明震到上海办案，当然知道要逮捕谁，并不需要别人来提出名单，实际上他已经有一个名单了。而从当时清政府和当地官员之间的来往文件中可以知道，这次案件的“主犯”就是章太炎和邹容，其罪证自然是《驳康有为论革命书》和《革命军》及其序言，不需要吴稚晖对俞明震“告密”。吴稚晖在知情后没有通知同人们，有很可能是为了保护俞明震，如果此事传开，这位同情维新派的政府官员恐怕性命难保。
从另一方面说，当时，爱国学社的革命者都有逃走的机会，蔡元培逃到青岛，章太炎也得到警告，但他不当回事，而且他的被捕几乎可以说是自投罗网。邹容本已逃脱，却被他召进监狱。因此，章太炎文章的真实性是有疑问的。
这时，吴稚晖正在巴黎主办《新世纪》杂志，鼓吹无政府主义。他看到章太炎的文章后，认为其中对他的指控纯属无中生有，立即写了《与章炳麟书》，并刊登在自己主办的杂志上。信中让章太炎将这段描写的来源、是听谁说的，告诉他，他好向那个人交涉。如果是想当然，也要明白承认是想当然。信中还暗示说章氏这样写是挟嫌报复。
从此两人在各自的杂志上发表文章、书信，就此事展开了一场热闹的论战，竟至互相攻击骂詈的地步。
章太炎的《复吴敬恒书》按照对方的要求，提出了证人，是吴去监狱探望他们时在场的人。吴受到诘问时，“面色青黄，嗫嚅不语，须臾引去”。章太炎揭发吴稚晖是有他的用意的，他认为吴是人品不好，自己以前同康、梁争论是为了主义，现在同吴的无政府主义相反对，也是为了观点的不同，尽可各抒己见。但“主义之是非，与心术之是非，二者不可同论。且以败群之羊，不可不摈，普天同志，犹未分明，故不得不明著表旗以示天下，岂以个人之私怨而诬足下哉”。
吴稚晖在信中说，章太炎的《邹容传》“满纸孔子若曰，孟子以为，作优孟之声口”，对他的文品很不以为然。
章太炎在信中对吴稚晖的性格、行事以及学问文章加以总评，几乎将其说得一无是处，读来痛快淋漓：
呜呼！外作疏狂，内贪名势，始求权藉，终慕虚荣者，非足下乎？康长素得志时，足下在北洋，拜其门下而称弟子，三日自匿，及先生既败，退而噤口不言者，非足下之成事乎？为蔡钧所引渡，欲诈为自杀以就名，不投大壑而投阳沟，面目上露，犹欲以杀身成仁欺观听者，非足下之成事乎？从康长素讲变法不成，进而讲革命；从□□□（应为孙中山）讲革命不成，进而讲无政府。所向虽益高，而足下之精神玷污，虽强水不可浣涤。仆谓足下当曳尾涂中，龟鳖同乐，而复窃据虚言，高言改革，惧丑声之外露，则作无赖口吻以自抵谰。引水自照，当亦知面目之可羞矣。
足下始学批尾家当，中则葆爱对策八面锋之伎俩，最后效村学究，持至简且陋之教科书以自豪。今者行役欧洲，已五年矣。仆以为幡然如蜕，当有以愈于畴昔。及观足下所著，浮夸影响，不中事情，于中国今日社会情形，如隔十里云雾。有所记叙，则犹二簧之演历史也；有所褒贬，则犹儿童之说是非也。盖曩日之以《经世文编》《校分庐抗议》汲汲然求术于众者，今则变相如是。吾于是知纵横捭阖之徒，心气粗浮，大言无实，虽日日在欧洲，犹不能得毫毛之益也。
足下恶言国粹者，利人之愚。利人之愚者，将以掩己之失。私心暧昧，灼然可知，而复虚峤议人，不自知其庸妄，指孔孟以解嘲，举奴隶以相助，此足以吓素无学术、随逐波涛之子耳！
仆则素志已定，愿自署为守旧党、顽固党矣，岂新党骛名之士，腾其绝无根据之谤辞，遂足以相慑耶？
足下自慕虚荣，以为人亦慕之，曾不自量所处何地？康有为门下之小史，盛宣怀校内之洋奴，不屑为者众矣，未知足下屑此否也？
在另一封信中，章太炎又骂吴“特一租界买办之才，略能作一二旁行书。驴非驴，马非马，而引此语自蔑乡邦，是谓不知耻，是谓不知分量，是谓鼋黾不知日月光明，是谓盲龟跛鳖，不知天地高厚”。并且喝令他“善箝而口，勿令舐痈；善补而裤，勿令后穿”，几成毒詈。
有一点应该指出的，章太炎在信中说吴在日本警察押解其回国时跳河自杀是跳的路边小沟，做作给人看的，与事实不符。日本皇城的护城河有相当的宽度和深度，如果没有人救护，可能有生命危险。
章太炎和吴稚晖这两个都有些疯癫的革命者，至死也没有和解。到晚年，章在苏州讲学，吴在国民政府当高参，两人还曾互相嘲骂。
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