日本是标榜言论自由的国家，上述这些内容，《民报》开办之初就向有关主管部门声明过，也得到了批准。现在却说违法，出尔反尔，显然是受了利益驱动。章太炎被传入警署，看了禁令，大吃一惊后转为大怒，问封报有什么理由，警署署长无言以对，只解释说，这是外交方面的问题，与法律无关。章太炎问不出所以然，退还禁令，愤然离去。
第二天，他直接写信给日本内务大臣，对此事表示强烈抗议。章太炎是和清政府打过官司的，这次他要和日本政府较量一番。过了几天，警署奉了内务大臣的命令，传唤章太炎，劝他接受封禁令。章太炎义正词严地说：“我决不接受，告诉你们长官，就说我章某违抗命令！”并表示要抗争到底。内务省没法改变策略，派人找章太炎，要求收买《民报》，被章太炎一顿痛斥顶回去。
经过几个回合的斗争，章太炎也感到日本方面要封禁《民报》的决心已定，就针锋相对地采取一系列步骤。首先是发表《报告〈民报〉二十四号停止情形》，把这个事件的来龙去脉叙述一遍，登在巴黎《新世纪》杂志上。其次是散发传单《请看东胡、倭奴封〈民报〉之恶劣手段》，痛骂日本政府与清政府狼狈为奸、沆瀣一气。此外还用英文发表《吁请给予同情》的呼吁书，要世界舆论都来谴责日本政府。
最实际的斗争方式是诉诸法律。
11月26日，开庭审判。章太炎请了多名辩护律师，都是同情章太炎和革命党遭遇的日本人，他们自告奋勇替他辩护。当天，在法庭上旁听的有60多人，还有几百人因为座位不够站在门外。
因为章太炎与庭上语言不通，法庭让一个叫铃木的日本人当翻译，章太炎表示抗议，并拒绝回答审判长的问题。辩护律师花井提议由中国人宋教仁任翻译。审判长问宋是什么人，宋说自己是汉语教授，与被告没有关系。全体审判官合议后同意这个提议。
原告在起诉书中又找到一个把柄，即《民报》在出版过程中擅自更换编辑人、发行人，没有向当局申报。
审判长在问明章太炎的身份后，又问他发行《民报》的意图是什么，章太炎答道：“因为清朝政府不是汉族人的政府，我们要颠覆这个异族政府。这就是《民报》的意图。”
审判长想从他的话里找出漏洞，问：“《民报》是给什么人看的？”
答：“是给中国的学者看的。因为我的文章，海内第一，只有学者能看懂，别人是看不懂的。”
问：“给日本人看吗？”
答：“中国人尚且不能人人都懂，何况日本人！”
问：“《民报》的简章中说，要颠覆恶劣的政府，你是指世界上一般的政府吗？”
答：“指的是清国政府。”
问：“《民报》可以出售吗？”
答：“可以出售。”
问：“那么也可以卖给日本人了？”
答：“我们的意思，是要卖给中国人看的。但既然出售，就不能不许日本人买，但那是极少数。”
章太炎的回答简直无懈可击。审判长找不出毛病，就转而问章太炎为什么在日本发行《民报》。章答道，自己是流亡者，不能归国。这个报如果在本国出版，就会遭到政府的迫害。
日本是标榜民主、自由的国家，提供政治避难是它作为国际大家庭一员的义务。
在下午的辩护中，律师宫岛说：“章炳麟是一个流亡者，也是个大学者，他的主要职业是讲学。我们日本国，怎么能损害这样的人？照原告的意思，我们日本不如订一条法律，根本不许世界上的流亡者入境。为什么不早订这样的法律呢？因为那样我们就失了文明的体面。既然他来了，又是一个流亡者，他对本国政府就当然要说一些愤恨的话。这是我们法律允许的。”
原告和法庭竭力要证明《民报》是攻击了日本政府，但没有实在的证据。辩护律师说：“章炳麟是一个大学者，也是一个很奇怪的人。听说他曾写信给内务省，说‘不与兽性民联合，不求卖淫国赞成’，这个‘卖淫国’，大约是指日本了。这个人是个性情古怪的人，因为内务省的命令损害了他，他就说了这样愤激的话，是可以理解的。我们从《民报》的简章中看到，它是主张中国和日本联合的，所以他并不反对我们日本人。”
原告坚决要求惩治章太炎，说他主张颠覆清国政府，会妨害日本。因为两国是邻国，日本人要学起革命来，为害甚大。
辩护律师后藤驳斥说：“原告这样的理由不成立，这是外交和政治上的话。在审判庭里，只能讲法律。”另一个辩护律师站起来说：“颠覆清国政府的言论，在日本人看来，好像是扰乱秩序，但在中国人看来，可以理解为恢复秩序。为什么这样说呢？因为清国政府，本是个恶劣的政府，只有颠覆了它，才能有好的秩序。假如政府有害社会，政府倒了，社会才会好。我们日本的新闻条例上，只说不许扰乱社会秩序，没有说不许扰乱政府的秩序。”
这些有力的辩护，使审判长十分窘迫。但无论如何，他是早打定主意，要判章太炎一个罪的，因为上边有这样的指示。结果章太炎一方是“理胜而事不胜”。12月12日，审判长宣布了结果：“章炳麟作为发行人及编辑人，各处罚金五十元。又，关于发行所及其他事项未作呈报一事，判罚金十五元。”法庭还判《民报》停止出版。罚金总共是一一百一十五元，限定时日交纳，否则当事人罚做苦役抵偿，一天一元。
章太炎这时正穷得一文不名，连吃饭穿衣都成问题，根本不可能拿出这笔钱。又因为他对不讲理的法庭痛恨至极，也不愿意去筹措。眼看到了交款期限，检察官将要下令将他拘押到劳役场。他的学生们急了，赶紧想办法。最后鲁迅、许寿裳等人挪用《支那经济全书》译本的部分印刷费，交了罚金，才把章太炎从拘留所赎出。
这时，章太炎身边聚集了许多弟子。作为学者的章太炎，是很受人尊敬的。
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