章太炎一生，既勤学不厌，又诲人不倦。他本人读书很用功，求知欲望很强烈。他出狱后到达日本不几天，在一个朋友住处见到宋教仁。两人一见面就谈学问，给宋教仁留下很深的印象：“三时，至新宿孙少甫寓，晤章枚叔，枚叔于前月出沪狱，特来掌理《民报》者，与余一见面时，甫通姓名，即谈及哲学研究之法，询余以日本现出之哲学书以何为最？余以素未研究，不知门径对之，盖孤负其意不小矣。复谈良久。”此后章太炎多次与宋教仁讨论学术上的疑难问题，这些情节都被宋教仁记入日记中。
他这次讲课的内容，据《民报》上刊登的《国学讲习会序》，一、中国语言文字制作之原；二、典章制度所以设施之旨趣；三、古来人物事迹之可为法式者。
他一贯主张讲学要从文字音韵讲起，所以《说文解字》《尔雅义疏》等是主要的教材。在讲学的同时，他抓紧时间，完成了多种著述，如《文始》《小学答问》《新方言》《国故论衡》等，都具有很高的学术价值。
《文始》，顾名思义，是探讨文字起源的著作，全书共九卷。他认为，在古代，是先有语音后有文字。所以，研究文字起源必须与音韵紧密联系起来，从字的读音入手，按声韵的类别，推究字的本义。在这方面章太炎有很多独创的地方。例如“土地”的“土”字，按象形来说，二表示地下，一竖表示物从中生出。而从读音上解释，其音为tǔ，是人口吐东西时的声音，土地生长万物，也像从人口里吐出东西一样。另外，古人测量土地，又将“土”字作为动词，意为测量，古书上有“土其地”的说法。发展下来，“土”字又转音为度，有度量的意思。
《小学答问》是问答形式的著作，可以说是《文始》的辅助，记录的是章太炎在课堂内外与学生有关语言文字学的问答。该书对《说文解字》中的疑难字进行疏证，解决了不少前人未曾解决的难题。《说文解字》是中华文明的基础典籍之一，章太炎在这本著作上花了很大的功夫。为了研究文字音韵，他将段（玉裁）注和大徐本《说文解字》反复查阅了十几遍，每天揣摩咀嚼。
他对自己的著作评价甚高，称《文始》是“一字千金”，古今无有。不过，他的研究成果也并非十全十美，例如他的得意门生黄侃就说老师的有些说法显得牵强。
章太炎在方言研究上也取得了很大成就，撰成《新方言》一书。这个书名是从汉代扬雄的《方言》发展而来的。研究方言需要时间和功夫，因为中国的方言种类繁多，很难寻出头绪。章太炎在这方面得到刘师培和黄侃等人的帮助。刘师培献出自己的方言研究札记三十多条，黄侃提供自己家乡湖北蕲州一带的方言俗语。章太炎根据声韵转变的规律，从历史上人口迁移的情况和地理环境、风俗习惯等角度考察方言的来源和变化，得出一些很有学术价值的结论。
《国故论衡》是一部体大思精的著作，书名仿汉代王充的《论衡》。章太炎在书中对国粹进行了较全面的评论。全书分为三卷，上卷语言文字学。中卷论文学，品评历代诗赋、文章的优劣。诗赋方面，鄙薄中唐以后，论辩文，崇奉魏晋以前。下卷论诸子，对道家的老庄颇多赞词。这部著作很受学者称赞，如胡适在总结1872年至1922年中国文学成就的《五十年来中国之文学》一书中说：“章炳麟是清代学术史的押阵大将，但他又是一个文学家。他的《国故论衡》《检论》（即《訄书》）都是古文学的上等作品。这五十年中著书的人没有一个像他那样精心结构的；不但这五十年，其实我们可以说这两千年中只有七八部精心结构，可以称作著作的书，——如《文心雕龙》《史通》《文史通义》等——其余的只是结集，只是语录，只是稿本，但不是著作。章炳麟的《国故论衡》要算是七八部之中的一部了，他的古文学功夫很深，他又是很富于思想与组织力的，故他的著作在内容与形式两方面都能‘成一家言’。”
在东京的中国留学生，颇有遵从章太炎主张的人。例如钱玄同。1908年，钱玄同和龚宝铨到章太炎住处，恳请章太炎讲国学。章太炎答应了。讲国学，就得先讲小学。正好，一批四川留学生也请章太炎讲学，于是章太炎就让钱玄同去接洽，商定好时间、地点、人员及授课内容：时间为每星期三、六下午二时至四时，地点在帝国教育会；听讲人员除了四川留学生外，有浙江人五人：朱希祖、钱玄同、龚宝铨、朱宗莱、沈钧业。上了几次课，因为听课的人多，帝国教育会场租费又贵，于是改在大成中学。又过了一段时间，周树人（鲁迅）、周作人两兄弟以及许寿裳、钱家治等也想听课，但嫌大成中学听课人太杂，又因时间冲突，就通过龚宝铨与章太炎商议，另开一班。章太炎很爽快地答应了，讲堂就设在自己的寓所，每逢星期天上课。
这个小班，听者有十来个人。除周树人、周作人、许寿裳、钱家治以外，还有从大班赶来再听的钱玄同、龚宝铨、朱希祖、朱宗莱、黄侃等。
每个星期天早晨，大家来到章太炎住处，一间简陋的房屋里，围绕着一张小桌子，席地而坐。章太炎那时生活极为拮据，每天只吃两顿素食，早上常常是不吃饭的。但他教学态度十分认真，而且精力过人，为一些学生所不及。他讲《说文解字》，逐字讲解，滔滔不绝，新义创见，层出不穷。间或随便谈天，幽默诙谐，妙语解颐。从八点钟直讲到中午而中间不休息。
周作人记述得很生动：“太炎对于阔人要发脾气，可是对学生却极好，随便谈笑，同家人朋友一样。夏天盘膝坐在席上，光着膀子，只穿一件长背心，留着一点泥鳅须，笑嘻嘻地讲书，庄谐杂出。”
周作人举了个例子：“中国文字中本来有些素朴的说法，太炎也便笑嘻嘻地加以申明；特别是卷八尸部中‘尼’字，据说原意训近，即后世的昵字，而许叔重的‘从后近之也’的话很有点怪里怪气，这里也就不能说得更好；而且又拉扯上孔夫子的‘尼丘’来说，所以更显得不大雅驯了。”
在讲课时，学生们可以自由提问，师生就一个问题切磋，说错了老师并不责怪。例如一次章太炎问道：文学的定义是什么？一个学生答：文学和学说不同，学说所以启人思，文学所以增人感。章太炎听了，沉思一下后说：这样的分法虽然较胜于前人，但仍有不当之处。接着指出其不当之所在。
弟子在这种融洽的气氛中，常常争相发言，其中讲话最多，而且最好动的是钱玄同。他在席上一会儿从这边爬到那边，一会儿又从那边爬到这边。于是，爱给人起绰号的周树人就称呼他“爬来爬去”。
章太炎爱惜人才，对学生中虚心求学和有所成就者总是热心鼓励和极力推崇。他在自定年谱中说：“弟子成就者，蕲春黄侃季刚、归安钱夏季中、海盐朱希祖狄先。季刚、季中皆明小学，季刚尤善音韵文辞。狄先博览，能知条理。其他修士甚众，不备书也。”
黄侃是章太炎最得意的门生。两人在日本相识。黄侃钦佩章的学问，章则赏识黄的文辞。黄跟章学习三年，却没有正式拜师。按旧习俗，在大班或小班听课不能算真正的弟子，必须按照古礼举行一个拜师仪式，才算有了师徒关系。
有一天，黄侃要回国探亲，向章太炎辞行，请求临别教诲。章太炎对他说，你应该拜一个老师，常常向他请教。黄侃赶紧问，拜谁最合适。章太炎说，北京的刘申叔（刘师培）可以。黄侃说他暂时不想去北京。章太炎说，那么你到瑞安（浙江）去找孙诒让吧——孙是章太炎的老师。黄侃说也不合适。那么，南京的陈伯涛呢？黄侃回答说他不可能去南京。最后，章太炎说，那怎么办？如果你还回日本的话，就跟我学习吧。黄侃大喜，赶紧准备一份礼物，叩头拜师。从此，两人结下了深厚的师生情谊。当章太炎被袁世凯囚禁在北京钱粮胡同时，黄侃为了保护老师，也为了可以朝夕问学，竟搬到钱粮胡同与老师同住，一时传为佳话。学术界也常将他们俩合称“章黄”。
学生们对老师的确有所报答。章太炎在音韵学方面的一个重大贡献，是注音符号的发明。中国古代在解决一个字的读音问题时，用反切的方法。就是在字的下面附上两个字，取上字的声母和下字的韵母拼起来，成为该字的读音。章太炎给老师孙诒让写信时，常称之为“荀漾”，荀孙相通，典出战国的荀子，而漾可以说是“诒让切”。这种方法的弊端是如果切音的两个字读不出来，本身还须再切，则不胜其烦。章太炎从古音韵学中找出三十六个声母、二十二个韵母，可以拼写每个字，使注音变得简单多了。后来，北洋政府教育部召开国语读音统一会时，章门弟子、那时在教育部工作的周树人、朱希祖、许寿裳等人提议将切音法确定为全国通用的注音符号，获得通过。这种方法一直使用到注音字母的出现，才在大陆废除。而在台湾省，至今沿用（有趣的是，注音字母的大力提倡者之一是章太炎的死对头吴稚晖）。
小班上的听讲者之一周作人回忆说，章先生勤奋好学的精神给他留下很深的印象。章太炎在东京时，为了更好地进行革命宣传，在大量阅读东西方书籍的同时，还订出学习梵文的计划，为的是研究佛经和印度哲学。一天，周作人和鲁迅忽然接到章太炎的信，是邀请他们去听梵文课的：
豫哉、启明
兄鉴：数日未晤。梵师密史罗已来，准于十六上午十时开课，此间人数无多，二君望临期来赴。此半月学费弟已垫出，无庸急急也。手肃，即颂
撰祉。
麟 顿首 十四
那天，周作人如约到智度寺，发现报到的只有太炎先生和他两个人。太炎先生已四十多岁，上课一笔一画地描摹，态度十分认真。
章太炎性情直率，为人诚恳，学生们对此很了解，所以，尽管他有不少怪僻的行为，仍然获得学生们的爱戴。鲁迅晚年在给朋友的信中说，尽管他不赞成老师的某些办事，如大骂白话文、与军阀们周旋等，不过若再见面，自己还要执礼甚恭。主要是佩服他的学问和人格。
章太炎爱惜人才的品格表现得最充分的是对待刘师培的态度。刘是江苏仪征人，国学世家，曾祖父、祖父和伯父都以研究《左传》闻名于世。刘师培十九岁时就中举，二十岁参加会试失败，在上海结识了章太炎、蔡元培，从此参加革命，并更名光汉，意为光复汉族。在国学方面，他与章太炎并称“二叔”（枚叔和申叔）。章太炎认为刘师培的学问是“千载一遇”，推崇备至。
有段时期，为了同刘师培探讨学问，章太炎干脆住进刘师培的寓所。刘的妻子何震是妇女解放的鼓吹者，很有活动能力，也是同盟会会员，但生活放荡，与刘的一个表弟汪公权勾搭成奸，在刘家几乎成了公开的秘密。章太炎有一天发现了他们的私情，就告诉了刘师培的母亲。谁知刘的母亲大骂章太炎造谣污蔑，离间刘家夫妻感情。这一闹，刘家的丑事倒传扬开来了。汪公权大吵大嚷，要手刃章太炎，章太炎只好搬回报社，并与刘师培绝交。这之后，汪公权还被清政府驻日使馆收买，将一包烈性毒药放进报社的茶壶中，想毒死章太炎。结果却使报社另一个编辑汤增璧中毒，经过抢救，幸未丧命。
刘师培被清朝大官僚收买，背叛革命，设圈套暗害章太炎，后来事情败露，革命党将汪公权枪毙，刘师培磕头求饶，才保住性命。这些章太炎都是知道的。但他仍然觉得刘是“千载一遇”的人才，不但自己给刘写信，表示愿意和好，而且还特地写信给孙诒让，让他“幸被一函，劝其弗争意气，勉治经术，以启后生，与麟戮力支持残局，度刘生必能如命。偻偻陈述，非为一身毁誉之故”。但他的努力都归无效，刘在反革命的道路上越走越远。后来民国成立，刘师培以其罪过，将要受到惩处。多亏章太炎在临时大总统面前力保，才免于一死。章太炎还拉上蔡元培，在报纸上刊出《求刘申叔通信》，说：“刘申叔学问渊深，通知古今，前为宵人所误，陷入樊笼。今者民国维新，所望国学深湛之士提倡素风，任持绝学。而申叔消息杳然，死生难测。如身在地方，尚望先一通信国粹学报馆，以慰同人眷念。”连登数天。不止如此，章太炎还发表宣言道：“今者文化凌迟，宿学凋丧，一二通博之才，如刘光汉辈，虽负小疵，不应深论。若拘执党见，思复前仇，杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”真可谓用心良苦。
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