最初的争端是因为《民报》的经费。《民报》在被日本政府禁止前，经费已经颇为紧张，章太炎身体恰又不好，不能出去奔走筹款。就在这时，日本政府应清政府的要求，撵孙中山出境，并赠款五千元，一些素来支持孙中山的日本商人也赠款一万元。孙中山决定与汪精卫、胡汉民等携带这些资金去安南策划起义。临走时留给《民报》两千元作为经费。章太炎大为不满，他早就看不上这班暴动领袖了。在此之前，孙中山已在中国南部发动了多次起义，都以失败告终，在章太炎看来徒劳无功，太多无谓的牺牲。现在拿到这么多钱，却给革命的重要宣传机关这么少！他越想越生气：孙、汪、胡这些人也太胡来了！这样，从不满到暴怒，章太炎顺着他自己情绪的习惯路径飞快地走下去。他大骂孙中山自私，接受日本人贿赂。并且把挂在民报社的孙中山照片撕下来，在上面写上“卖《民报》之孙文应即撤去”等字样，寄给去香港的孙中山（孙并没有收到）。在他眼里，孙中山已没有做革命领袖的资格。
孙中山这一次的努力不幸又失败了。章太炎因此更觉得自己的看法正确，看人准确。他立即提出，罢免孙中山同盟会总理职务，改由黄兴担任。终因黄兴坚决反对并极力维护孙中山的领导地位，这个提议未获通过。这之后，章太炎又多次写信给孙中山，说明《民报》经费极为紧张，要求资助，据他说“邮书五六次，电报三四度”，但孙中山或置之不理，或以自己经济也极困难加以搪塞。就这样，双方矛盾逐渐加深。
《民报》被禁后，章太炎原定将它迁到美国继续出版，但因种种原因，没有实现。不料，孙中山却指使汪精卫在日本秘密编辑《民报》，挂名在巴黎发行。这一下彻底激怒了章太炎。他公开发表文章，斥责汪精卫主编的《民报》是“伪《民报》”，并开始对孙中山加以猛烈攻击。
同盟会本来是由几个革命团体联合而成的，其间难免有些旧式的帮派思想。章太炎原是光复会的一员，而以江浙地区为根据地的光复会同孙中山等早有门户之见，在何处发动武装起义等问题上屡有争论，这时，各种矛盾终于爆发了，光复会原领导人陶成章和章太炎一起散发传单，猛烈攻击孙中山。孙中山也组织人员进行回击，同盟会的内部矛盾遂大白于天下。
黄兴本来是在双方之间做疏导工作的，这时也被章太炎等人的行为激怒了，遂决定和孙中山站在一起，公开反击。而他的攻击法是致命的——不过实际上是冤枉了章太炎。他的杀手锏是抛出刘师培交出来的几封章太炎信件，作为章太炎是清政府侦探的证据。也就是说，章太炎与革命的叛徒刘师培曾有密切来往，曾通过刘师培同清政府大官僚秘密联系。
这些信是怎么回事呢？
原来清政府除了镇压全国各地和海外留学生中的革命运动以外，还施展权钱利诱的手段，拉拢革命党人。其中两江总督端方最热心此道。他取得的最大成果是将刘师培及其妻子何震、表弟汪公权拉下水。他们的下一个目标就是章太炎。在一个时期里，端方和刘师培在章太炎身上下了很大功夫。
在《民报》难以为继、同盟会内部发生种种争吵的日子里，章太炎对革命产生了悲观失望的情绪。本来就渴望有时间认真攻读佛经、研究印度哲学的章太炎这时萌生了披剃出家的念头，正巧另一个革命者苏曼殊也有此意，两个人就积极地筹划起来。
最大的困难是缺少路费。
刘师培等人觉得这是个大好时机。当时同盟会的会员都在利用各种办法为革命事业筹集款项。章太炎觉得自己与大官僚张之洞有过些交往，就想向张之洞写信借贷。刘师培等人赶紧怂恿他写信，答应亲自带回国。然后报告了端方，设下圈套让章太炎往里钻。端方提出的条件是：一、章到普陀山或福建鼓山等地修行。二、若坚持去印度，则由驻印度领事按月支付经费，资助生活。这实际上并无拿出钱来的诚意。前者可使章处于他的监视之下，后者更使章成为一个乞食者。他们的目的显然是要动摇章太炎的革命意志，使他脱离革命队伍。这当然不符合章太炎借款的本意。经过多次书信协商，章太炎看到了问题的实质，打消了这个念头。
刘师培等人还在报纸上刊登他们伪造的《炳麟启事》，上写：“世风卑靡，营利竞巧，立宪革命，两难成就。遗弃世事，不撄尘网，固夙志所存也。近有假鄙名登报或结会者，均是子虚。嗣后闭门却扫，研精释典，不日即延高僧剃度，超出凡尘。无论新故诸友，如以事见问者，概行谢绝。特此昭告，并希谅察。”把章太炎的革命活动一概否定了。
此时，章太炎发现自己的印章丢失，他立即发布广告声明：“以后得仆书者，当审视笔迹，方可作准。其印有‘章’
字上画阙者，可信为真，完具者即非真印也。”
这个阴谋最后以失败结束。当刘师培等实施这个计划时，曾将章太炎的几封信影印寄给黄兴，以期引起同盟会总部对章太炎的怀疑，更有助于将章太炎拉出革命队伍。黄兴在接到信后，将信将疑，按下不表。后来刘师培向端方告密，被革命党人发现，他的表弟被王金发开枪击毙，他本人也险些丧命。革命党认清楚他们的真面目后，对章太炎的怀疑也就自动取消了。
但黄兴这次却不顾一切，拿出章太炎的信件在报纸上发表，并加按语说：“顷得革命党刘光汉（现在北洋总督衙门充当幕友）致该党黄某一函，披阅一过，令人发指。章氏日言道德，而其个人之道德则如是。呜呼！章氏休矣。”
斗争的结果是同盟会的分裂。章太炎和陶成章决定重建光复会，于1910年2月在东京设立总部，章任会长，陶任副会长。光复会把同盟会的很多人拉进来，一时声势颇大。实际上是分散了革命力量。事后看这次争端，很大程度上是个人意气用事，如果大家能平心静气地坐下来商量，则矛盾不难消解。其中章太炎负有不可推卸的责任。同盟中有人公开撰文批评他“骄恣谥盈，竟成跋扈，托有神经病，为鱼肉侪辈，蛮气一发，动肆用武……”，并非全为污蔑之辞。章太炎爱对别人评头品足，又极好讲策略，其实多偏颇之言书生之见，例如说“粤人好利而无兵略，湘中朴气衰矣……”因不满孙、黄，遂一概否定。其实，他对国内武装斗争究竟进行到什么地步，并不清楚。章太炎名为光复会会长，陶成章才是实际主持其事者。陶成章也说，太炎先生只能出出主意，却不能实行的。为什么呢？他认为：“太炎原系学者，办事全非所宜，盖彼无眼识别人之善恶，易败事。”所以在这场两败俱伤的争斗以后，章太炎的锐气减弱不少，遂专心从事学术研究和讲学。
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