中国帝王中的璀璨明珠——康熙大帝
顺治十八年（1661年）正月初七，清世祖福临去世，皇三子玄烨继位为帝。
有清一朝自此历经康熙、雍正、乾隆三代盛世，政治相对清明，国力强盛，是中国封建社会发展中最后的黄金时代。
康熙皇帝八岁登基，十三岁亲政，至六十九岁驾崩，御极六十一年，其间除鳌拜、削三藩、收台湾、驱沙俄、平蒙古，海内一统，万国来朝，为大清国开创了太平盛世，也为近现代中国奠定了基本的版图。可以说纵是秦皇汉武、唐宗宋祖，也不过如此。
这也给了后人无数艺术想象和创作的空间：电视剧《康熙王朝》，就着重介绍了康熙帝一生的是非功过；金庸武侠小说《鹿鼎记》也以那段历史为蓝本，编构精彩的故事。
然而就是这样一位圣君明主，他之所以能够登上帝位，除了本身才能的确突出以外，还是有很大成分的偶然因素：康熙小时候得过天花，所幸最后痊愈；而顺治帝的很多儿子都因天花丧命，所以为使皇权长久，就选定了已经有了免疫力的康熙做继承人。所以说历史的偶然真是令人难以捉摸，一些细小的事情有时也会改变历史的走向。
其实清入关以后，政局并不稳定。终顺治一朝，清统治者都在忙于镇压各地此起彼伏的抗清斗争。到了康熙登基之时，天下稍安，但是仍然有几个重要的心腹大患——即台湾、三藩、沙俄和蒙古准噶尔部——没有解决，这些问题，可以说令康熙和整个清统治阶层寝食难安。
然而正所谓“攘外必先安内”，要解决上述问题，清统治者们必须先解决自己内部的矛盾。当时清统治阶层内部最大的问题就是权臣鳌拜专权，所以康熙必须要先除鳌拜，亲政掌权，才能大展拳脚，一一解决上述问题。
鳌拜是大清朝的有功之臣，当年清军入关之时，鳌拜是一员大将，东伐西讨，南征北战，立下了赫赫战功。因为军功显赫，入主中原后地位逐渐上升，成为重臣。到了顺治驾崩，康熙幼主即位之时，鳌拜就成了辅政四大臣之一。在四大臣中，鳌拜虽说位居其末，但是实际情况却是“索尼年老，遏必隆圈弱，苏克萨哈望浅，心非鳌拜所为而不能争”，所以鳌拜居然呈现出独大的态势，成了权臣僭主。
鳌拜是个保守派，他认为大清既然已经征服中原，就说明满人胜过汉人，汉人的东西没用。所以他就竭力维护大清旧的传统和制度，抵制汉族几千年来形成的成熟的封建社会制度。例如鳌拜就提倡大清贵族进行圈地，把耕地都圈来做马场，让满人继续他们的游牧渔猎生活，然后就可以保持“马上得天下”的传统，从而永保江山。但是实际上这一套必然是行不通的，康熙很清楚地知道这一点：
要想长治久安，必须学习汉人先进的制度和文化，否则大清就会像蒙古人那样，即使建立了王朝，最终也要被赶走。
所以说康熙与鳌拜之争，既是个人权力地位之争，也是进步与守旧之争。
在除鳌拜的过程中，少年康熙显示出了非凡的政治智慧和勇气：先是示之以弱，为了稳住鳌拜，宁可牺牲包括辅政大臣苏克萨哈在内的一大批得罪了鳌拜的大臣；然后秘密培植亲信实力，暗中积蓄力量；就连最后锄奸的具体过程都颇具传奇色彩，鳌拜一身武艺，又掌兵权，不易制服，于是康熙将他骗进宫来，用自己培养的少年卫队将鳌拜拿下，然后迅速解除兵权，清理余党，干净利落，不留后患。
可以说，少年康熙首次出手就震惊天下。接下来他就要大显身手，准备一一解决大清朝剩下的难题了。
三藩问题首先要解决。
三藩者，吴三桂、耿精忠、尚可喜是也。三人皆是前明降将，在大清入关平定中原的过程中起了领路人的作用，功劳极大；尤其是吴三桂，如果没有他的归顺，大清根本不可能有入关的机会。平定中原之后，三人又都兵权在握，所以清统治者们就给三人裂土封王，分封于云南、广西和广东。到了康熙初年，三藩已经渐成尾大不掉之势，除云、桂、粤三省外，黔、川、湘等省也均为其势力范围，实际上掌握了大清西南的半壁河山，在各自境内拥有铸币、赋税、任官等等大权，成为国中之国。
面对这样的形势，康熙先是与三藩虚与委蛇，假意示好，同时又通过向三藩境内派遣朝廷官员等手段对其进行渗透；而三藩则假意主动请求撤藩，暗中扩充势力——双方尔虞我诈，暗中较劲。终于在康熙十二年时吴三桂起兵造反，耿精忠随后响应。吴三桂戎马一生，带兵打仗是家常便饭，在云南经营多年，兵强马壮，粮草充足，战争局势开始对三藩一方十分有利；但是三藩毕竟是地方割据势力，实力有限，康熙临危不乱，在顶住三藩开始的凌厉攻势之后，苦心经营，将战事尽量拖长，转为拉锯战和消耗战，同时对三藩进行分化瓦解，终于在康熙二十年时平定了三藩之乱，维护了大清朝的一统江山。
接下来是台湾问题。
台湾郑氏是把抗清斗争坚持到最后的一支力量。南明隆武政权覆灭后，大将郑芝龙降清，其子郑成功苦谏不听，于是郑成功起兵抗清。郑成功以厦门为基地，多次支持后来的永历政权，被封为延平郡王。后来永历政权被吴三桂剿灭，郑成功在大陆无可立足，于是率水师出征，夺取了已经成为荷兰人殖民地的台湾，并以台湾为根据地继续抗清。到了康熙年间，郑成功之子郑经继承了延平郡王王位，继续对抗清朝。
台湾一岛孤悬海外，要想如后来蒋介石所宣传的那样“反攻大陆”，基本上是痴人说梦；但是台湾要想骚扰沿海，令大清坐立不安，却是易如反掌。事实上自顺治朝开始，台湾问题就令大清统治者不胜其烦：郑氏不断派水师骚扰东南沿海诸省，劫掠财物人口，给大清带来了不少麻烦。康熙亲政之后，无时无刻不想收复台湾。为此，康熙先是选贤任能，任用了像台湾降将施琅等一批人才；又采纳禁海令，将沿海各省百姓一律内撤三十里，令郑氏水军无可劫掠；最后在三藩已定，后方稳固，又休养生息，充实国力的基础上，于康熙二十二年以施琅为将征讨台湾，一举攻克，彻底治愈了这个顽疾。
也许是上天要成全康熙的千秋功业，连欧洲的沙俄也来凑热闹，给康熙一个抵御外敌的机会，以免康熙总是在中国内部问题上纠缠。
沙俄经过彼得大帝改革，国力强盛，开始对外扩张，除了在欧洲的扩张外，在远东方向也有动作。大清入关之时，后方空虚，沙俄就趁机在东北扩张势力。
东北是大清的龙兴之地，卧榻之旁岂容他人酣睡？顺治年间，清朝曾派兵收复过一次被沙俄占据的雅克萨，将沙俄势力驱走。
后来康熙平定三藩之时，沙俄又乘虚而入，俄国一个逃犯带领八十四名匪徒再次占领了雅克萨，修筑了堡垒，四处抢掠，将抢得的貂皮等物献给沙皇。结果沙皇不仅赦免了逃犯的罪，还任命他为雅克萨的长官。
康熙怎能容忍这种事情发生？当然要收复雅克萨。他先派人了解情况，进行侦察，然后调兵遣将，做好战争准备，于康熙二十四年出兵，一战就收复了雅克萨。
不料俄国人还不死心，见清兵撤走，竟然重新又占领了雅克萨。于是在康熙二十五年春，康熙再次派兵攻占雅克萨。
后来直到康熙二十八年，清朝和沙俄正式签订了《尼布楚条约》，划分了两国边界。肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土。
康熙帝的又一大功绩，就是平定了蒙古准噶尔部的叛乱。
蒙古各部早在满洲入关之前就已经臣服于大清，清朝把蒙古各部当成是藩属之国，一直待之甚厚。
康熙年间，蒙古准噶尔部在其首领噶尔丹的率领下渐渐兴起，在蒙古各部中一枝独秀。随着实力的增强，噶尔丹就有了统一蒙古各部甚至争夺天下的野心。
康熙因为忙于平三藩、收台湾，一直对噶尔丹采取怀柔政策，好生安抚，以和为贵，甚至还仿效汉朝的和亲政策，把自己的女儿嫁给了噶尔丹。但是这一切并没有打消噶尔丹的野心，他反而利用这个机会加紧吞并蒙古其他各部，扩张势力。而且他背后其实也还有沙俄撑腰，所以胆气很壮。
康熙见噶尔丹咄咄逼人，觉得长此以往必成大患，于是在三藩、台湾等等问题都解决之后，于康熙二十九年决定亲征噶尔丹。
交战伊始，噶尔丹占了上风，长驱直入，最后双方在距离北京只有七百里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）进行决战。结果在决战中清军大败噶尔丹。噶尔丹在败退过程中求和以作缓兵之计，大将军福全不知是计，停止追击，结果被噶尔丹逃脱。
噶尔丹回到漠北，明里臣服于大清，暗地里又开始积蓄力量。康熙三十三年，噶尔丹不应康熙订约之请，再次叛乱。康熙遂于康熙三十五年再次亲征。最后在昭莫多（今蒙古乌兰巴托一带）击溃噶尔丹。
至此叛乱已经土崩瓦解，但噶尔丹仍不投降。一年后康熙帝再次亲征，噶尔丹走投无路，自杀身亡。
康熙帝削平三藩，为“康乾盛世”奠定了基础，之后又统一台湾，三征噶尔丹，英勇抗击入侵雅克萨的沙俄侵略者，是中国历史上最为杰出的皇帝之一。
传说康熙帝在他皇帝做到第六十年的时候曾说过自己这个皇帝做得只怕是“前无古人，后也无来者了”，这句话真让他说中了，康熙帝是中国历史上在位时间最长的皇帝，也是中国历史上数一数二的明君圣主。
名家回眸
康熙帝一生雄才大略，英明神武，在位时间又长，超过一甲子，不愧是前无古人后无来者的一代雄主。《清史稿》给他的评价说：
“圣祖仁孝性成，智勇天赐。早承大业，勤政爱民。经文纬武，寰宇一统，虽日守成，实同开创焉。”这个评价虽有溢美之处，也算名副其实。只是这样一位圣君在中国封建社会末期出现，有力地维护了中国的封建统治，使当时的中国安于现状而失去了自身进行制度革新和跟上世界潮流的机遇，对于中华民族来说，究竟是幸还是不幸，也就难说得很了。
而对于康熙帝一生的成功，我国当代着名清史专家王钟翰是这样评价的：
综观康熙一生，除暮年不论外，康熙帝之所以成为中国历代封建王朝中的杰出君主，奠定了有清一代近300年的一统江山，一个重要因素即在于他能合理吸收满、汉两个民族中的“天无二日，人无二主”
的封建纲常观点，故他的见识卓越，远远超出于满族统治集团中一些人的狭隘民族意识之上。而康熙之所以能做到这一点，又是当时满、汉两个民族矛盾日趋缓和，满、汉两民族广大人民之间已由对抗开始转向互相携手结合这一历史背景所决定的，故他能顺应当时社会发展的趋势，客观上符合了全国各族人民的共同愿望而取得成功。
四臣辅政，智擒鳌拜
四臣辅政
顺治十八年（1661年）正月初七日，天子福临因染上天花病逝于养心殿，时年二十四岁。由于他生前崇信佛教，与高僧来往密切，并取法名“行痴”，遂有清世祖遁迹空门而非崩于帝位的传说。顺治帝死后，年仅八岁的玄烨即皇帝位，以内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜辅政。
顺治遗诏虽由他人写成，但经过皇太后博尔济吉特氏的认可，与皇帝的诏书具有同等效力。遗诏宣称：“特命内大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅臣。伊等皆勋旧重臣，朕以腹心寄托，其勉矢忠荩，保翊冲主，佐理政务，布告中外，咸使闻知。”这四人都出自皇帝直接掌握的上三旗中的元老重臣。在多尔衮摄政时他们有的受到打击与迫害，有的则最早揭发多尔衮，被认为是最可靠、最值得信赖的。但这四人都不是宗室贵胄。这种四大臣辅政体制，一反“从来国家政务，惟宗室协理”的祖宗成规，是一个新的尝试。但辅政大臣体制顺利实现，而没有引起争议，是因为人们对多尔衮以宗室亲王的身份摄政时的弊端记忆犹新。为了避免历史重演，满洲贵族们接受了由非宗室大臣辅政的现实。
这是政治体制上的重大变革。四大臣的地位只是“辅佐政务”，皇帝仍然掌握着决定一切的国家最高权力，不像旧体制那样，以长辈“代天摄政，赏罚拟于朝廷”。
在祖母孝庄太皇太后亲自主持下，玄烨宣读遗诏，即皇帝位，年号康熙。四大臣深感受命辅政，责任重大，担心诸王不服，便以“国家政务从来由宗室协理”
为由，向皇上请求与诸王、贝勒共同辅政。但遗诏写得明明白白，诸王谁敢干预？
于是四大臣便奏明太皇太后，并祭告皇天上帝及顺治帝之灵，宣誓不私自与诸王、 贝勒府第往来，不结党羽，不受贿赂，表示了辅佐幼主、维护皇权的决心。正月十四，安亲王岳乐、康亲王杰书以下及大臣官员等，在西安门内南侧的大光明殿，向皇天上帝及先帝灵位设誓，表示要同心协力，辅佐幼主。这样，清廷便形成了以太后为中心，以异姓勋臣辅政，而亲王、贝勒加以监督的新的统治核心。
四大臣辅政在形式和内容上，都是一全新的模式，它与摄政王体制相比，具有几个明显的不同点。
地位不同：摄政诸王都是最近的皇室宗亲，他们是皇帝之长辈，本身又是一旗之主，权力极大，很容易侵夺皇权。如多尔衮不仅是皇帝叔父，而且是正白旗旗主，加上其同父同母兄弟多铎、阿济格手中的镶白旗，实际手握两白旗，足以和皇帝之两黄旗相抗。甚至两黄旗大臣对多尔衮也溜须拍马。至于辅政大臣，虽然其地位与功劳都很显赫，但毕竟是异姓臣子。他们与太后及皇帝之间除君臣关系之外，还存在一旗之内严格的主仆隶属关系。四大臣也公开承认太皇太后和皇帝是他们的女主和幼主。因此，相对而言，辅政大臣不敢轻视太皇太后和皇帝而将大权揽于手中。
与皇帝的利害关系上有区别：下五旗诸王尽管都是皇室宗亲，但他们对本旗力量的发展及个人权势的增长给予了更多的关心，而不大关心朝廷的利益和皇帝的地位。辅政大臣则不同，他们既是皇帝的臣子，又是上三旗的旗员，同皇帝的关系，既是君臣，又是主仆，利害荣辱，息息相关，一旦皇帝帝位不稳，他们也会随着倒霉。所以，他们虽是异姓臣子，但对皇帝却比诸王更加忠心。
职权不同：“摄”有代理之意，摄政即代君听政，代行皇权，摄政王可以根据个人意愿料理国家大事。因此，摄政期间的皇帝谕旨，实际反映的是摄政王的意志，而不是皇帝的命令。辅政大臣则无法做到这一点，其职能仅为佐理政务，协助幼主处理国家大事。而且，为防止个人专断，在四大臣之间达成了协商一致的原则，它规定“凡欲奏事，共同启奏”，即不许单独谒见皇帝或太皇太后，也不能个人擅自处理政务，必共同协商，请示皇帝或太皇太后，然后以皇帝或太皇太后的名义发布谕旨。因此，辅政时期的皇帝谕旨，虽然也反映了辅政大臣的意见，但这都是在太皇太后和皇帝同意的基础上才能出现的，它在根本上还是反映着太皇太后与皇帝的意志。
总之，摄政王位贵权重，它排斥太皇太后和年幼的皇帝；而辅政大臣则可以有效地防止诸王干政，维护皇权，并使太后能实际上参与到国家大政方针的决策中去。可见，四大臣辅政体制与亲王摄政比较起来，更加适合太皇太后辅助幼孙登基之需要。
鳌拜擅权
世祖去世时，清朝范围内仍存着两个互相声援的抗清战场，一是郑成功领导的东南战场，一是以李定国为首的西南战场。康熙元年（1662年），李定国拥立的南明永历政权被清军消灭，永历帝也在昆明被杀，李定国悲痛万分，不久死去，其部下也相继被清军讨平。康熙三年（1664年），清军又镇压了活动在湖北茅麓山的大顺军余部，农民军将领李来亨牺牲。至此，清朝才最终将大陆上的反抗势力扑灭，进入了百年相对稳定发展的阶段。在长期的征服战争中社会生产遭到巨大破坏。华北地区，满目荒凉的景象；江南一带，到处瓦砾一片。面对这一状况，清朝政府鼓励垦荒，减免赋税，赈济灾民，以解除农民的痛苦。康熙四年（1665年），对遭战争破坏最大的湖广地区“给牛种，听其开垦，三年后起科”。并责令地方官对流亡四川的湖广之人，登记造册，照人数多寡提供帮助，奖励垦殖。对无度牒的僧道，勒令还俗，让其垦荒。经过几年努力，全国田地、山荡、畦地数字有了很大提高，为后来清王朝社会经济的繁荣奠定了坚实的基础。
四大臣还对顺治年间的行政机构作了改革。努尔哈赤时期和皇太极初年，辅佐汗的秘书机构是文馆，又称书房。崇德元年（1636年），皇太极称帝，始改文馆为内三院，即内秘书院、内国史院、内弘文院，并设内务府管理宫内事务，内务府大臣则由皇帝的包衣奴才担任。顺治十一年（1654年）清廷仿明代制度，改置宦官十三衙门总管宫内事务。顺治十五年（1658年），参照明代制度将内三院改为内阁，同时设立翰林院。鉴于宦官在明代的祸国殃民的罪行，四大臣辅政伊始，即于二月革除十三衙门，恢复内务府，仅留少数太监以供驱使，对防止宦官干政起到了积极的作用。六月，又以世祖章皇帝遗诏发布谕旨，废除内阁及翰林院，重新恢复内三院。这时，清帝取消了大学士入值和票拟之权，由辅臣代为执 行；辅臣必须共同商议票签内容，然后向太后请示，并代幼帝朱批御笔。但代皇帝朱批御笔也为辅臣提供了专权乱政的可能。
辅政初期，四大臣还能忠心耿耿地辅佐幼帝。然而随着时间的推移，辅臣鳌拜自恃功高，渐渐跋扈起来，对爵秩低于自己、而班次却高于自己的苏克萨哈心怀不满，遂利用黄白两旗的旧有矛盾，寻找机会，打击苏克萨哈。
康熙五年（1666年）鳌拜唆使八旗以土地不堪为由，提出更换的要求，送交户部。户部尚书苏纳海认为土地分配已久，且康熙三年（1664年）已有民间土地不许再圈的旨意，遂上疏反对圈换土地，并请将移文驳回。鳌拜假借世祖章皇帝有旨，凡事俱尊太祖、太宗例执行，于四月命镶黄旗从右翼之末移回左翼之首，并为镶黄旗在北京东北的顺义、怀柔、密云、平谷四县圈拨土地，造成既成事实。秋天，户部尚书苏纳海、侍郎雷虎等率人出发丈量准备圈换的正白旗土地，数千旗民极力声言换地的骚扰之苦，要求立即停止换地。同年十一月，直隶、山东、河南总督朱昌祚，直隶巡抚王登联同时上疏，指出旗民对重新更换圈地极为不满。接到命令后，旗民的土地等着调换，而民地则等着被圈，两下里都闲置不种，造成土地大量荒芜，恳请停止圈地。苏纳海等在丈量圈换土地时，由于镶黄旗章京不肯接受新圈换的土地，正白旗包衣佐领下人又不肯指出地界，他们只得将主持两旗换地的官员撤回。鳌拜仰仗其在辅臣中的优势，命吏、兵二部将苏、朱、王等革职锁拿，并交刑部议处。康熙五年（1666年）十二月，鳌拜以苏等人不愿迁移、结党抗旨、妄行具奏等罪，将苏纳海、朱昌祚、王登联三人矫旨处以绞刑，家产籍没，并将蓟州、遵化、迁安三地的正白旗土地强行加以圈换。旗员及人民深受其害，有数十万人失业。
圈地事件打破了四大臣协同一致的原则，朝内百官惴惴不安，纷纷上书要求皇帝亲政。康熙六年（1667年），索尼去世，鳌拜乘机打算提高自己的地位与职权，代替已故的索尼，获取启奏与批理奏疏之权。康熙见鳌拜愈加跋扈，四大臣辅政体制已无法发挥作用，遂以辅臣屡行陈奏为由，奏请太皇太后允许，私下里拟好了诏旨，于七月初七那天颁布，并举行亲政大典。此时鳌拜党羽已经形成，其势力在上三旗中占有绝对优势，鳌拜已控制了镶黄旗，正黄旗随声附和。正白旗大臣苏克萨哈凭一己之力无法与鳌拜竞争，遂于七月十二请求辞职。鳌拜乘 机以不愿归政、妄蓄异心等罪名，打算处死苏克萨哈。康熙知鳌拜等怨苏克萨哈经常与其争论是非，仇恨甚深，欲置之于死地，遂坚持不允所请。鳌拜竟攘臂上前，连续几日来向康熙帝奏请，最后仍将苏克萨哈处以绞刑。
鳌拜在除掉苏克萨哈后，朝中已无人敢反对他，于是更加跋扈。如有人自行启奏，他必加斥骂；于皇上面前，凡事不依例进奏，多以旧时疏稿呈览，逼勒依允；甚至对皇帝的旨意也公然反抗，拒绝履行。鳌拜党羽马迩赛死后康熙明令不准赐谥，而鳌拜却根本不听，仍行赐谥。在鳌拜支持下，其党羽亦敢怠慢皇上，皇权受到严重威胁。
智擒鳌拜
鳌拜结党妄行，专擅朝政，不仅威胁到皇权，而且也损害了百官的利益，引起君臣的强烈愤慨。康熙七年（1668年）九月，内秘书院尚书熊赐履上疏，以天下治乱系宰相一语，暗指鳌拜擅政，国家前途堪忧。康熙认为，鳌拜身居要职，且党羽遍布内外，如果直接发布谕旨，捉拿鳌拜，恐怕会引起事变。于是康熙从侍卫及拜唐阿中选出忠实而又有力者，以练习“扑击之戏”为名义，让他们组成善扑营。同时康熙采取各种手段削弱鳌拜势力，他的党羽巴哈、苏尔马、绰克托、济世等人被派往外地。在做了精心准备之后，康熙召鳌拜进宫，命令善扑营将鳌拜擒下，与鳌拜一起被捉的有遏必隆及一等侍卫阿南达等。
铲除鳌拜集团牵涉到中央权力更迭的大事，这中间的关系极为复杂。而康熙帝仅用10天，即宣布了对鳌拜等人的处置，表明康熙帝对铲除鳌拜做了精心准备。谕旨里也没有任何报复的内容，法外施仁，区别对待，体现了极高的政策水平：第一，对立有不少战功的鳌拜处以拘禁，其兄赵布太、子那摩佛亦从宽免死拘禁。第二，遏必隆系开国勋臣额亦都与和硕公主之子，因而“免其重罪”，数月之后，又“特为宽宥，仍以公爵，宿卫内廷”。第三，对鳌拜罪应加诛的死党，除谕旨中所列已处死之班布尔善等7人之外，九月，又将工部尚书都统济世及内秘书院学士吴格塞处以绞刑。仅这9人被处死，较原议大大减少。第四，本为同党，宽宥免死，从轻发落。如吹捧鳌拜为“圣人”的一等侍卫阿南达，仅处 以革职、鞭一百。另外还有免罪仍留原任者，如山陕总督莫洛、山西巡抚阿塔、陕西巡抚白清额。第五，内外满汉文武官员，因惧鳌拜权势或想从中谋利而党附鳌拜的人，都免于处罚，而且言而有信。鳌拜家人供出，总督白秉真、原任巡抚张自德、尚书龚鼎孳等，都曾嘱托他向鳌拜行贿。康熙帝于六月初七谕旨指出：
“此等嘱托行贿者尚多，非止伊等。朕已有谕旨，将内外各官苟图幸进作弊者，俱从宽免。今供出各官，亦俱从宽免罪。”康熙缩小处罚面，制止了无限制的牵连，有利于稳定朝中政局。此外，为受鳌拜迫害致死、革职、降级者平反昭雪。
已故之苏克萨哈等人，由其后人承袭其爵位与世职。此案的处理，很能收买人心，表明年轻的康熙帝日趋成熟。
康熙帝铲除鳌拜之后，将大权独揽，开始了他的“乾纲独断”的统治。从此之后，皇帝亲自批阅奏折，从不假手他人代为书谕。康熙年老之后，仍坚持这一原则，右手患病不能写字，宁可用左手执笔批旨，亦“断不假手于人”。从鳌拜专权事件中康熙得出一个教训：“自亲政以来，断不许人怀挟私仇，互相陷害，是以三四十年间，无大臣互相攻击之事”。鳌拜专政柄之时，曾把持议政王大臣会议，所议之事尚未起奏，结果即为外人所知，出现不断泄露的事情。康熙亲政后，对议政王大臣会议严加整顿。他规定：“其诸王贝勒之长史、闲散议政大臣，俱着停其议政；以后凡会议时，诸王、贝勒、大臣，务须慎密，勿致泄漏。”康熙还针对鳌拜当权时形成的“交通在内近侍、使令人员妄行干求，或潜为援引，或畏威趋奉”等不正之风，郑重宣布：“朕处理事务的宗旨是对那些奸诈阴险谗媚之人严加惩处，选拔任用那些忠诚而有才德之人。以后如有不遵禁例，仍前干求趋奉者，定行从重治罪，决不饶恕。”这里当然包括禁止私通太皇太后身边近侍，妄图通过太后以干涉朝中大事者。
康熙帝在短短十余天里，便不动声色地将把持朝政数年、为恶多端的鳌拜势力迅速铲除，并在处理这一问题上显得有节有度，充分显示了他的聪明才干和大智大勇。他以异乎寻常的政治才能将局面控制在自己的手中。鳌拜集团的垮台使人们心头的忧虑一扫而去。人们在这一重大政治事件中，真切地感受到了年轻的康熙在政治上的成熟与处理政务的老练。
在处理了鳌拜及其党羽后，康熙立即发出诏旨，为苏克萨哈平反昭雪，发还其家产，恢复其爵位，由其幼子继承。对于已成事实的黄白两旗的换地一案，不再做调整。但由此而掀起的圈占民田狂潮，如不加制止，只会加剧社会的动荡和不安定。康熙帝于六月便下令：“自后圈占民间房地，永行停止。其今年所以圈者，悉令给还。”“至于旗民无地亦难资生，以古北口等边外空地，拨给耕种。”清入关后持续了26年之久的圈地弊政寿终正寝了。随后在七月“圈换”案中被冤杀的苏纳海、朱昌祚、王登联三人也被昭雪，分别追谥并荫其子入国子监。在此案中牵连受处分的其他官员也都撤消了对他们的处罚，并官复原职。
平反积案时，康熙帝也十分留心处理朝中事务。但他毕竟年轻，取消大臣辅政，使得康熙帝事无大小都得亲自处理，这无疑使他的压力大增。设立一个协调的辅政机构，辅佐自己处理好朝内外国家大事已成为必需。
清朝入关初年，满洲的宗室贵族、八旗大臣在决定国家重大事务方面仍具有不小的权力。这是清入关前近30年，由努尔哈赤、皇太极执政时期逐渐形成的议政王大臣会议制度一直在发挥作用的结果；当然也与顺治帝、康熙帝两代君主都是冲龄继位而不能处理政事有关系。不属常设的制度性机构的议政王大臣会议制度，不可避免地限制了君主对大权的独揽，因此，顺治十五年（1658年）十月，顺治帝将原有职掌逐渐扩大的内三院参照明朝制度改为内阁，在内阁办事的官员都称为大学士，内阁便具有了国家政权最高中枢机构的功能。但顺治帝一死，四辅臣立即又把内阁改为内三院。因此，直到鳌拜集团被铲除，辅佐帝王行之有效地处理国家政务的中枢机构在清王朝一直未能建立起来。它极大地影响了专制帝王的独裁统治。
康熙九年（1670年）八月，康熙帝下令把内三院重又改成内阁，一并依顺治十五年例，大学士分兼殿（中和殿、保和殿、文华殿、武英殿）、阁（文渊阁、东阁）衔，并兼各部尚书，学士都兼侍郎。从此，内阁便逐渐发展成为清王朝的权力中枢，但并不完善。满汉大学士、学士、侍读学士、侍读等官同阁办事，帮助皇帝处理日常政务。
除此而外，鳌拜专权时对汉族人及汉官的歧视与迫害政策被废去，放纵贪官污吏、政府中玩忽职守、互相推诿等弊端也一一开始整顿。大清国开始了由乱入治的新时期。
名家回眸
康熙帝玄烨的文治武功不管是历史学家还是民间百姓都有谈之不尽的话题。康熙帝八岁即位，十三岁亲政，除鳌拜、平三藩、收台湾、征漠北抗沙俄，他将从先辈手中继承下来的江山又重新打造了一番，走了一条超乎于任何常人的艰巨路程。康熙帝在位61年，是清朝乃至中国封建时代在位时间最长的皇帝。在中国历史上。他也是可与秦皇汉武、唐宗宋祖、成吉思汗相比的杰出帝王之一。
透过沧桑的历史看，康熙与顺治登基后的状况基本相同，但是为什么同样的开始而铸造出不同的人生呢？导致这样不同的结局与其所处的环境及外界其他因素关系密切，但是最终决定他们成败的因素还是他们自身。
正如清史研究教授张妍、牛贯杰所说，决定康熙优良品质和卓越才能的基础，是他在汉文化氛围中，自信为“天子”、唯我独尊的心理状态。
对于康熙帝的贡献阎崇年先生是这样评价的：康熙作为清定都北京后的第二位皇帝，在清朝前六代皇帝中承上启下，处于十分重要的地位。
初生牛犊不怕虎——平定三藩之乱
除掉权臣鳌拜之后，康熙帝作出了撤三藩的决定，并且在乾清宫殿内的大柱上写下了三件必须解决的事情，第一件就是——三藩。所谓三藩是指顺治年间清廷派驻云南、广东和福建三地的平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂（后由其子精忠袭爵）。当时他们率清军南下，对于击败农民军及南明政权，作出过不小的贡献。但他们的权势也随之恶性膨胀，至康熙初年，三藩已成为事实上的割据势力，严重危害着国家的统一。
诸藩势力的发展，与清初政治形势是密切关联的。当时清朝统治者为统一中原，需要厚待投降的汉族将领。孔有德、耿仲明（继茂之父）、尚可喜，原为辽东人，于天命六年（1621年）三月清太祖努尔哈赤攻占辽东后，陆续去皮岛投靠总兵毛文龙。天聪二年（1628年）六月，明蓟辽总督袁崇焕杀死毛文龙，东江大乱，明军自相残杀。孔、耿、尚等在走投无路情况下，先后于天聪七、八年（1633、1634年）投降后金。清太宗皇太极出城十里相迎，隆重接待，封孔有德为都元帅、耿仲明为总兵官，命他们驻守辽阳，号“天助兵”；任尚可喜为总兵官，命他驻守海州。崇德元年（1636年）六月，皇太极改国号为清，封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，极示宠信之意。这时出现直属皇帝的三位汉族人藩王，不仅于中央集权无害，反而会牵制满洲诸王的势力，维护皇帝的地位和权势。崇德七年（1642年）八月，皇太极析汉军四旗为八旗，命有德、仲明、可喜分隶正红、正黄、镶蓝旗。
吴三桂，江苏高邮人，明原任锦州总兵吴襄之子、锦州总兵祖大寿之甥，历任游击、副将等职。吴襄因罪下狱，吴三桂升任总兵官，带兵驻守宁远城。明崇祯十五年（1642年）二月，松锦会战中明十三万军队损失大半，蓟辽总督洪承畴降清，吴三桂收集残兵败卒逃回宁远，手下兵丁增至三四万人，为明廷所倚重。
清占关外各城，唯独宁远尚在明军手中。崇祯十七年（1644年）三月初六，李自成农民军已入山西，昌平兵变，京师戒严。崇祯帝封吴三桂为平西伯，命他放弃宁远，火速率兵入援京师，并起用吴襄提督京营。吴三桂接朝廷命令后，行动迟缓，每日只行数十里。宁远至山海关仅两日路程，他十六日才到，二十日至丰润，在那里吴三桂获悉农民军已攻入北京，于是他率手下军队退返山海关。清朝曾多次遗书招降吴三桂，正欲率兵进关的摄政王多尔衮向吴三桂许诺：“伯若率众来归，必封以故土，晋爵藩王。”李自成亦曾派人招抚吴三桂，但因农民军的“割富济贫”“追赃助饷”政策触犯了地主阶级的利益，所以吴三桂最终还是向清朝投降。同年四月，山海关一战，李自成在清军及吴三桂的联合夹击下惨遭失败。多尔衮即日“承制进三桂爵平西王”。至此，清廷所封汉族人藩王，已有4名。
顺治六年（1649年）五月，清廷封孔有德为定南王，令其率兵二万征广西； 改封耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，令各率兵一万征广东。不久，耿仲明因隐匿逃人惧罪自杀，由其子耿继茂继承靖南王之爵。年底，孔有德占据桂林。顺治七年（1650年）冬，尚可喜攻克广州，南明桂王逃往梧州。时大西军余部李定国与桂王合作，进攻四川，吴三桂奉清廷之命进行征讨。吴军势力较强，李定国不敌转而争夺广西。顺治九年（1652年）七月吴军攻克桂林，孔有德阵亡，其子亦亡，爵除，四藩成为三藩。顺治帝为协调西南五省力量，于十四年（1657年）部署三路进兵贵州。
顺治十五年（1658年）正月，清军攻占贵州，顺治命多罗信郡王多尼为安远靖寇大将军，代替宁南靖寇大将军宗室罗托，与其他两路乘胜进攻云南。顺治十六年（1659年）正月，三路大军攻入云南省城，南明永历帝等败走永昌府，后逃入缅甸，两广、云贵基本平定。同年三月，顺治帝根据洪承畴建议，“命平西王驻镇云南，平南王驻镇广东，靖南王驻镇四川（次年七月，改驻福建）”。
“三藩”分守一方对巩固清王朝的统治起到了积极的作用。吴三桂于顺治十八年（1661年）十二月率兵入缅，擒获永历帝及其随从，并另遣总兵追击、招降巩昌王白文选。不久晋王李定国亦死，云南彻底平定。耿、尚分守闽、粤，亦曾有效地抵御郑成功的进扰。
随之而来的是“三藩”拥兵自重，势力极大。云南每年耗饷最多时达900余万，平时亦不下数百万。所以说：“天下财赋，半耗于三藩。”而且三藩各据一方，手握重兵，形同割据，对中央集权构成了极大的危害。吴三桂以功晋封亲王，总管云南、贵州二省一切事务。顺治帝谕：“凡该省文武官贤否甄别举劾，民间利弊因革兴除，及兵马钱粮一切事务，俱暂着该藩总管，奏请施行。内外各该衙门不得掣肘。”应吴三桂之请，顺治帝在给云贵督抚的上谕中，意让他们一切听凭吴三桂节制。不仅如此，吴三桂还委派部下亲信到其他地方任职，称为“西选”，“西选之官几满天下”。吴三桂还用大量钱财来结交士人，让他们为其效力。在云南的十余年时间里，吴三桂天天操练军队，制造武器。在重要的地方都派亲信驻守，而各省的提镇等官员，大多是吴三桂的心腹，为他所收买。吴三桂的儿子是清廷驸马，朝中的任何动向吴三桂都能及时地得到汇报。他向朝廷谎报说蒙古人进攻丽江、中甸等地，清廷派大军前去支援后，吴三桂又报称蒙古人已败退，挟边防以自重。耿精忠、尚继茂也跋扈异常，为害一方。
三藩之乱
顺治十六年（1659年）正月，兵科给事中杨雍建上疏反映耿、尚二藩为害广东，要求把一藩调走，另驻他处，以缓解广东的压力。他虽然从“两藩并镇”角度提出问题，但也反映了藩镇与中央的矛盾。吏部议复此疏时认为藩王损害商民利益，应加以切责。顺治帝于是便把耿精忠调往福建。但三藩与中央的矛盾并未解决。顺治十八年（1661年）以后，三藩的危害进一步体现，清廷与三藩的矛盾在激化，因此康熙继位之后，中央即开始逐步削减三藩的权势，作撤藩的准备。
清廷的第一个措施是收缴大将军印。按清制规定，大将军拥有极大权力，都是临时性差遣，在任务完成之后将解去将军职务，将印信交还朝廷。可是三桂驻镇云南数载，拒不交回大将军印信。康熙二年（1663年）清廷遣内大臣，对住于京师的吴三桂子额驸吴应熊说：“过去永历帝潜逃缅甸，因边境不安，才授予你父大将军印信，这是增加其权力的需要。但现在天下早已平定，你父为何还不将大将军印交还？”吴应熊将朝廷的意思转告了吴三桂。吴三桂迫不得已，上缴了大将军印，但他心里十分不高兴。
第二，裁汰兵力。早在顺治十七年（1660年），为节约兵饷，有人就建议将云南的绿营兵裁去五分之二。吴三桂借口边疆未靖，裁撤兵丁恐怕不好，于是“倡缅甸水西各役以自固”。康熙四年（1665年），各地战斗均已告结束，于是“奏裁云南省绿旗兵五千有奇”。康熙六年（1667年），左都御史王熙又奏请裁饷，疏言：天下钱粮的大半用于支出云、贵、闽、广的兵饷。云贵地区，每年官兵的饷粮需三百万两，本省的赋税钱粮不及其所需的十分之一，这势必难以长久维持下去。臣以为现在云贵均已平定，绿营兵额应裁减，即便是吴三桂藩下的兵丁也应分散派遣到他处垦屯，这样一来既可分散、削弱吴的势力，也可使兵饷得以保证。此疏一上，康熙帝即命下部议，令平西王吴三桂及云贵的督、抚、提、镇裁减兵员，“此举节省饷粮上百万两”。
第三，严禁欺行霸市、借势扰民。康熙四年（1665年）即因兵丁严重扰民，曾密谕尚可喜：“以后将所属官兵严加约束，勿仍纵容属员，以为事发伊自受过，与己无涉，草草从事。如此久之，倘有大事，岂能尽委属员？”康熙六年（1667年），王熙又上疏说：“闽、广、江西、湖广等省官员，自置货物卖给所属兵民，或指称藩下挟势横行，放债取利，省会要区遍置官商占据盘剥，致小民以贸易为生者失业。请敕部详议王公将军督抚提镇大小官员，有持己资与民争利及奸商借藩王势力横行者，严加治罪。”有旨下部，“申严禁例”。
第四，解除藩王对云贵两省事务的总管。康熙六年（1667年）五月，吴三桂以目疾请求辞去云贵两省事务。朝廷立即批准，决定“将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督抚管理”。其大小文官，亦照各省例，由吏部任命。同年九月，吴三桂同党云贵总督卞三元及云南提督张国柱、贵州提督李本深一齐上疏请求让吴三桂总管云贵事务，并以“目前边疆叵测可虑”，威胁朝廷“收回成命”。朝廷态度非常坚定，降旨答复：“该藩以精力日为销减奏请，故照所请允行。今地方已平，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方遇有军机，王自应料理。”
并规定，藩王下属人员不得任督抚。第二年冬，卞三元见三桂与朝廷矛盾日益尖锐，便寻找脱身之计，遂托言母病乞求归家奉养，朝廷准其离任“回旗养母”，另派汉军正蓝旗人甘文煜任云贵总督。甘文煜把督府驻在贵阳，他操练手下官兵，对云贵地区的山川形势详加察访，其意在牵制吴三桂，最终能取代吴三桂。
康熙十二年（1673年），平南王尚可喜年届七十，他向朝廷请示回辽东养老，同时请令其子尚之信袭封王爵，继续驻守广东。康熙见撤藩时机已到，便以广东已经平定为由，准许尚可喜全藩撤离，所属官兵仍留广州府，令广东提督管辖。康熙决定撤藩，极大地震动了吴三桂与耿精忠，他们分别于七月三日、九日提出撤藩申请，意在试探朝廷态度。康熙命议政王大臣商议，大学士索额图以兵丁往返、民驿苦累为由，主张吴三桂继续镇守云南，其实是怕吴三桂造反。康熙斟酌再三，认为吴三桂早已有谋反之心，今天撤藩他也反，不撤藩他照样要反，不如先发制人，于是康熙坚持将三藩一块撤去。同年八月，康熙分别派礼部右侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼前往云南，户部尚书梁清标赴广东，吏部右侍郎陈一炳往福建，会同总督、巡抚、提督，办理撤藩事宜。吴三桂见永镇云南的幻想已破灭，于是写信给平南、靖南二藩及台湾郑经，相约共同反清。十一月二十一日，吴三桂杀害拒绝叛乱的云南巡抚朱国治，扣留朝廷使臣折尔肯、傅达礼，自称“天下都招讨兵马大元帅”，蓄发易冠，打起复兴明室的旗号，起兵反清。并命马保等率军从贵州进攻湖广，王屏藩等率军由四川进窥陕西。吴三桂发动叛乱，本是统治阶级内部权力分配矛盾激化的结果，但自清兵入关以来，西南地区南明势力还有一定基础，民族矛盾还比较尖锐，吴三桂打出反清复明的旗号，客观上利用了这种情绪。因此，吴三桂揭起反旗后，滇、黔、湘、蜀等省纷纷响应。据统计，共有26名总督、巡抚、提督、总兵等地方大员参加了叛乱。其中明朝降清之武将即达20名。此外吴三桂还从云、贵土司那里征调了数万人，为他卖命。同时清自入关以来，忙于征战，尚未顾及吏治之整饬，某些地区民族矛盾和阶级矛盾比较尖锐，为叛乱者利用，大大壮大了吴三桂等的力量。因此，吴三桂造反以来，来势甚猛，滇、黔、湘、蜀纷纷响应，“东南西北，在在鼎沸”。吴军主力东侵黔湘，兵力迅速增加到14万；侧翼北攻川陕，亦不下数万人。
清廷举行议政王大臣会议、部院大臣会议，紧急商讨应对之策。许多官员已被南方叛乱的惊人发展而吓得不知所措，他们极力主张应严惩主张撤藩者，对三藩进行安抚。大学士索额图坚决主张“前议三藩当迁者，皆宜正以国法”。在人们争论不下之际，众人把目光投向了康熙帝，希望他能作出决断。
康熙帝很清楚当前的形势有多危急，但他意识到，撤藩是正确的。吴三桂等人早蓄有异志，他们图谋造反已有很长一段时间了。这时绝不能妥协，如果立场软下来，将再也控制不了吴三桂，人们也会轻视他及大清政权。在此关头，任何妥协都将带来更为严重的后果。汉景帝杀掉主张撤藩的大臣晁错，吴王刘濞发动“七国之乱”，气焰反而更加嚣张。撤藩是皇帝的独断，因此康熙帝冷静地对群臣说道：
“此出自朕意，他人何罪？”“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤，岂因吴三桂反叛遂诿过于人耶？”康熙如此坚定，不仅令主张撤藩的米思翰、明珠等人摆脱指责与惶恐，也使所有在廷诸臣人人敬服。康熙在如此危急的局势面前仍保持了那份惊人的冷静。他镇定自若，详细规划了对吴三桂等的作战方略。
十二月一日，吴三桂挥兵进攻贵州。贵州巡抚李本深、云南提督张国柱响应吴三桂，也扯起了叛旗。云贵总督甘文煜措手不及，无法备兵抵抗，全家自杀，贵阳陷落。在不到一个月的时间里，吴三桂兵不血刃，占据了贵州全境。他四处联系，鼓动耿精忠及尚可喜两藩反叛，还向镇守广西的孔有德的女婿孙延龄、盘踞台湾的郑经和原来自己安插在湖南、四川、陕西等地的心腹策动反叛。一时之间，南方及西北各省响应吴三桂的叛乱不断。“东南西北，在在鼎沸”。叛军气焰嚣张，声势甚大，并很快向湖南、四川派兵，响应吴三桂的叛乱不断。
征讨平西王吴三桂
初十清晨，康熙帝升座太和殿，安排征讨吴三桂之事。大学士图海、索额图手捧“宁南靖冠大将军印”，授予多罗顺承郡王勒尔锦、多罗贝勒索尼，命二人指挥清军征讨云贵的叛乱。再由学士郭思海、额库礼手捧“镇守陕西安西将军、副将军”印给都统赫叶、护军统领胡礼布。康熙帝走下御座，率领在场的全体王公大臣及武将往堂上行礼。然后康熙帝亲自送出征将士出西长安门。
按康熙帝的构想，战事将被限制在云南、贵州、湖广三省展开，所以他派出两路兵马，一路赶赴荆州，一路由汉中进入四川，堵住叛军的道路，控制住战局的发展。同时下诏，将梁清标和陈一炳的部队调回，并撤除对耿、尚的撤藩令，以稳住二人，不使局势恶化。同时派人到广西授予孙延龄为“抚蛮将军”，孔有德旧将钱国安为都统，让他们固守广西，以阻止吴三桂军队对广西的攻击。当时吴三桂原来的部下在各处为官，为稳住这些人，康熙帝发下谕旨，表示继续信任他们，让他们安心工作。为表明平叛决心，康熙帝一听到吴三桂已反的消息，他第一时间里命逮捕吴应熊，还下诏革去吴三桂的平西王爵位，声讨吴三桂叛国的罪行。
然而，尽管康熙帝作了全面的布置，可形势的发展变化却完全出乎他的意料。
三藩之乱花了八年时间才彻底平定下去，事后他每一想到，仍“觉悚然可惧”。
康熙帝时刻关注着南方的战局，不断地向前方调兵遣将。康熙帝命都统尼雅翰为镇南将军，率原驻沧州、顺义等十余地的满洲八旗兵驻防德州；又派兵奔赴南昌、安庆、江宁；又向四川、荆州、襄阳和江西等地增兵。然而南方的叛乱战火却越燃越烈，它的范围也越来越大。
吴三桂不到一个月便占据了贵州，这使他目空一切。他嘴上说拥奉“朱三太子”，但到康熙十三年（1674年）的元旦，吴三桂扯下了“复明”的帽子，自称“周王”，改年号为“利用”。随后，吴三桂挥军进攻湖南，一路长驱直入，进逼长沙。守城的巡抚卢震弃城而逃，湖南其他地方的清军官吏也都是闻风而逃。
吴三桂又是兵不血刃夺得了湖南。这时，湖北、四川有不少守将为吴三桂声势所慑，投降了吴三桂。三月十五日，襄阳总兵杨来嘉在谷城叛降。十九日，郧阳副将洪福率兵反叛，被提督佟国瑶击败。康熙帝派往增援四川的军队还在途中时，四川提督郑蛟麟、川北总兵谭弘、巡抚罗森、总兵吴之茂先后反叛，四川全省落入了吴三桂的掌握之中。叛军兵锋开始威胁陕西和湖北两地。
四川的陷落完全打乱了康熙帝的部署。在东部，康熙原指望“额附”孙延龄能守住广西，阻止吴三桂东进，但没想到吴三桂竟先于他控制了孙延龄，广西也加入了叛乱队伍中。孙延龄反叛的原因在于康熙批评他贪财横暴，残害百姓。二月二十八日，孙延龄发动兵变，将曾参劾过自己的部将都统王永年、副都统孟一茂等三十余人杀死，并将广西巡抚马雄镇逮捕，然后与吴三桂联兵夹击抵抗者。
驻柳州的广西提督马雄、广西都统钱国安先后投降。广西全省又落入叛军之手。
三月十六日，康熙又接到耿精忠反叛于福建的消息。
耿精忠是耿继茂的长子，顺治帝为笼络耿氏一家，将他的亲侄女、肃亲王豪格之女嫁给耿精忠。康熙十一年，耿继茂死后，耿精忠承袭了王爵。当他知道康熙帝已批准撤藩的“请求”后，便开始密谋反叛。尽管他又收到了康熙帝不撤藩的上谕，但他并不信任康熙，他认为那是安抚他的手段，以使他不站到吴三桂的一边。一旦吴三桂失败，自己的命运仍是被撤迁。与其坐等被撤，不如随吴三桂一起与清王朝拼个你死我活。三月十五日，他于福州发动兵变，囚禁了福建总督范承漠，率部众剪掉发辫，改易汉服，自称“总统天下兵马上将军”。他派出军队四出攻掠，响应吴三桂。
到此，江南及沿海一线，只剩广东、江西和浙江三省还处在清廷的控制之下，而云南、贵州、四川、广西、湖南、福建六省均全部落入叛藩之手。康熙帝此时只能尽最大努力去争取镇住广东的尚可喜和拼死保住江西，使云贵、广西与福建叛军无法联手。他下诏革去耿精忠的王爵。同时任命康亲王杰书为奉命大将军、贝子傅喇塔为宁海将军，由浙江向福建发动攻击。命贝勒尚善为安远靖寇大将军，协助勒尔锦由荆州入湖南攻击岳州；命安亲王岳乐为定远平寇大将军，率军进入江西，以简亲王喇布为扬成大将军，统师镇江南；以贝勒洞鄂为定西大将军，指挥清军从陕西攻击四川；命尚可喜和总督金光祖由广东击广西。并迅速整顿驿递，以使情报和命令能在四五天里即可到达西安、浙江，直接指挥着各地的防务。
几个月中，为应付不断扩大的叛乱局势，康熙忙得焦头烂额，但在朝堂上他表现得极为冷静与沉着。祖母对孙儿特别关注，她鼓励康熙帝，并帮他出谋划策。康熙帝为安慰祖母，时常到慈宁宫请安。二月初一，太皇太后甚至拿出自己长年节俭积攒下来的银两与缎匹交给康熙帝，让他赏赐在前方征战的将士。二月十九日，康熙帝升座太和殿，举行了经筵大典。在繁忙的军政事务中，康熙帝仍念念不忘黄河的修治，叮嘱上任的地方官员要爱惜百姓，民心稳定才能平定叛乱。康熙帝坚定信心，全力指挥着这场平叛战争。
康熙十三年（1674年）四月初，吴三桂放还朝廷使臣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士博达礼，此后不久，吴三桂欲以与清廷对等的身份与清廷对话，迫使康熙承认既成事实。但是康熙帝义无反顾，坚定地认为对于反叛之徒必须予以消灭，不能作任何退让。为彻底粉碎吴三桂的幻想，康熙采纳诸王的建议，决定于四月十三日处死孙世霖及吴三桂子吴应熊。谕旨宣称：“朕思乱臣贼子，孽由自作，刑章俱在，众论佥同，朕亦不得而曲贷之也”。“通行晓谕内外军民人等，俾成悉朕意”。处死吴应熊，确实起到了“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军之心”的作用。吴三桂起初以为东南半壁江山大半已落入自己手中，儿子又是皇帝亲戚，朝廷肯定不会杀他，而将留作以后招抚之用。及闻应熊死，“惊悖气夺，遂底于亡”。
康熙帝最大的目标是尽快在军事上占据优势，平息叛乱。他统观全局，发现清军在各个战场上都处于劣势，仅能与敌对峙，难以进取。除荆州有大将军勒尔锦统辖外，其他各地的军队互不相属，难以统一行动，不能抓住战机。吴三桂于岳州屯集重兵，随时可以北上、东进。于是，从六月至九月，康熙又陆续向岳州、浙江、四川、江南、广州各路增派大将军。六月十三日，以多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军，同固山贝子彰泰、镇国公兰布率兵进攻岳州，将军尼雅翰，都统朱满、巴尔布，护军统领额司泰仍参赞军务。同时，派固山贝子准塔率兵往荆州增援勒尔锦。六月二十五日，康熙帝授和硕康亲王杰书为奉命大将军，与固山贝子傅喇塔一起率兵赴浙江，将军赖塔，副都统喇哈、纪尔他布参赞军务。同时，任命多罗贝勒董额为定西大将军，同固山贝子都统温齐、辅国公绰克托率兵进攻四川，将军赫业、瓦尔喀、护军统领胡里布、署前锋统领穆占、副都统佛尼勒参赞军务。康熙将江南、江西置于特别重要的地位。九月十八日，康熙任命和硕简亲王喇布为扬威大将军，率兵保固江南，兼管江西，将军阿密达、额楚、华善、王之鼎，总督阿席熙等为参赞。九月二十四日，任命安亲王岳乐为定远平寇大将军，率兵到广东，令都统觉罗画特，署护军统领伯郎肃、副都统吉图喀、朱喇禅，辅国将军瓦山等一同前往。至此，康熙又向战场派出了六名将军，仅江浙就派了三位将军，且全是亲王。可见，争夺江西、浙江、江南已成为战争胜负的决定因素。正如康熙诗所云：“临轩重简亲藩出，军威万里风雷疾。”各路大将军的任命和出征，使清廷的力量大为增强。大将军不仅携带八旗前锋、护军、骁骑等劲旅，亲王、贝勒、贝子、旗下包衣佐领甲士及所部人众披甲者，而且可以全权统一指挥、调动其辖区将军、都统、总督、提镇等所领满洲、蒙古、汉军及绿营兵丁。玄烨昭示：“所以遣王等者，非谓诸将才能不足，念诸王贝勒皆朕懿亲，指挥高度无可牵掣，守御征剿足增威重。”这一部署，大大提高了稳定战局和应付意外事变的能力，并为向叛军发起反攻和收复失地大大增加了可能性。
吴三桂叛乱，不仅带来了军事上的震动与失利，而且在人心方面也带来了极大的变动。康熙十二年（1673年）底，吴三桂反叛消息传到京城，北京城一夜之间发生数起失火事件，杨起隆假称朱三太子，发动起义。八旗劲旅大量派出之后，十四年（1675年）春，察哈尔蒙古和硕亲王布尔尼发动了叛乱。这些事件很快被平定下去，但康熙帝的心情极为沉重。他时刻惦念前方的战事，加之军务繁忙，日夜不得安闲。然而康熙明白自己身为一国之主，必须沉着冷静，“外则示以暇豫，每日出游景山骑射”。“经筵”“日讲”在暂停数月之后，亦照常举行，再无间断。当时有人以为皇帝毕竟年轻，在如此紧张时期竟还游山玩水，曾投帖于景山路旁：“今三孽及察哈尔叛乱，诸路征讨，当此危殆之时，何心每日出游景山？”康熙看后，置之不理，依然有节奏地工作和生活。皇帝此举，果然于稳定民心有益。事后，他才说明此中用意：“当时朕若稍有疑惧之意，则人心摇动，或致意外，未可知也。”
“剿抚并用”之策
康熙在刚开始平叛时，即有“剿抚并用”之意。王辅臣叛降吴三桂，康熙即曾连降专敕招抚，但初期军事上处于劣势，招抚难以奏效。后来清军将王辅臣围困在平凉、固原等地，王辅臣见处境不妙，主动乞降，康熙怀疑这是王辅臣的缓兵之计，完全不予理会，双方僵持将近一年。最后，康熙见强攻不下，又转而采用招抚策略，收降王辅臣，底定三边，并因而从中总结出一条经验：“剿抚并用”。他给图海的谕旨中说：“大将军图海恭承简命，秉钺临边，即宣布恩威，剿抚并用，平凉一带，旬月绥平。”此后，康熙在各个战场上大力推行“剿抚并用”的策略，令对“叛变之人”，只要有“悔罪输诚之心”，皆可容受。
继陕西之后，康熙把福建定为另一个招抚重点目标。康熙一向把耿精忠与吴三桂区别开来，认为他“必系一时无知，堕人狡计，与吴三桂不同。故将吴三桂子孙正法；精忠在京诸弟照旧宽容，所属官兵并未加罪”。“且吴三桂乃本身投诚之人，背恩反叛，自取灭亡；精忠祖父以来，三世受恩，四十余年，非素蓄逆谋首倡叛乱者比”。因此，在耿精忠刚叛乱之时，康熙马上遣工部郎中周襄绪偕精忠护卫陈嘉猷，带着朝廷敕令赶赴闽，传谕精忠：“果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸投诚自首，将侵犯内地海贼速剿图功，即行敕免前罪，视之如初。”后来虽然派出大将军康亲王杰书至浙闽前线，加强对福建的军事进攻，仍不忘时常派人前往招抚。
康熙十五年（1676年）六月，因郑经占据漳州、泉州等七府，耿精忠与郑经发生矛盾，加上耿军内部军饷匮乏，士兵不断逃亡，难以为继。因此，耿精忠被迫从建昌府新城等地撤兵。清军乘机于八月二十日攻占仙霞岭，进占浦城县，建宁、延平等府不日即可攻下，福建的大局已定。康熙为尽快解除“福建问题”，谕康亲王：“以时势晓谕耿精忠早降，以副朕安辑民生至意。”九月，康亲王大军收复建宁、延平等府，耿精忠无力再战，派其子耿显祚迎康亲王军队入福州。十月初四，耿精忠亲自出城迎接康亲王杰书进入福州。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率领所属官兵随大军征剿叛逆，以将功补过。此后，清军又在居乡守制之侍读学士李光地协助下，在泉州击败郑经的军队。各地叛军纷纷投诚，福建、浙江相继平定。
福建的形势对广东影响很大。原来驻守广东的平南王尚可喜，自吴三桂叛乱以来，一直忠于清朝。康熙为表示嘉奖，提高尚可喜的职权，令他节制广东一省的督抚提镇，文武官员听任其选补，并晋封尚可喜为平南亲王。至康熙十五年（1676年）初，广东形势急转直下，尚可喜染病，长子尚之信暂代理事；平南大将军尚之孝在潮州被郑经军击败，退守惠州；高州总兵祖泽清、藩属水师副将赵天元、总兵孙楷宗相继叛降三桂。在这种情况下，尚之信于二月二十一日，守其父府第，发动叛乱，接受吴三桂招讨大将军伪职，并将其父的谋士多光杀死，削夺了其弟之孝手中的兵权。两广总督金光祖与巡抚佟养钜也向吴三桂投降。康熙对广东问题有一定的思想准备。他一点也不担心尚之信的叛乱，因为他知道吴三桂不会信任他，而且其内部矛盾重重。只要顺利解决福建问题，尚之信就会投降。于是，他一面令安亲王岳乐猛攻长沙牵制吴军主力，令简亲王喇布迅速攻占吉安，既保岳乐后路，又可进剿广东；另一方面，对福建的耿精忠加紧招抚。十月，尚可喜去世。广东地方官员站在清廷一边，对尚之信的叛乱进行了坚决抵制。同月，福建耿精忠降清。而吴三桂对尚之信极不信任，虽封以亲王伪号，但又命总督董建民、巡抚冯苏加以牵制。在这种形势下，尚之信向简亲王喇布请降。喇布奏闻，康熙于十二月九日降旨免其罪，令其“相机剿贼，立功自效”。同时，命莽依图为镇南将军，率兵进入广东接受尚之信的投降。十六年（1677年）四月二十九日，莽依图到达韶州，尚之信于五月初四率省城文武官员及兵民等剃发投降。康熙命尚之信袭封平南亲王，下属将领都官复原职。同时，康亲王杰书派遣将军喇哈达、都统赖塔从福建率兵进至潮州。原潮州总兵官刘进忠、原高雷总兵官祖泽清等人也先后投诚。原两广总督金光祖发动士兵生擒董重民等，然后他向清廷上疏请求投诚，广东全部平定。康熙令将被捉住的吴三桂的伪总督董重民及其他官员，解至京师，一律释放。他对大学士等说：叛乱之罪在吴三桂，“与胁从之人无涉”“彼所部人员，如能悔罪投诚，概行宽免”。因此，“将董重民免死释放，一同押解来京的罪人，亦俱宽释”，并交与兵部，以作相应安排。
康熙十五年（1676年）五月至十六年（1677年）五月，康熙帝运用“剿抚并用”的政策在战场上取得了重大的胜利。陕西、福建、广东都相继收复，清廷从与敌相持状态开始转入反攻阶段。虽然仍有不少困难，但胜利即将到来了。
康熙十五年（1676年）九月，康熙赏给广西提督马雄之子马承先、马承霄游击头衔，命他们到广西“招抚马雄”。次年初，康熙获悉孙延龄妻孔四贞仍然时刻怀念太皇太后的养育之恩，有意归降朝廷时，又派督捕理事官麻勒吉到简亲王军中，专门负责广西招抚事宜。但广西情况复杂，孙延龄与孔四贞及马雄之间均不和，与吴三桂也有一定矛盾，彼此戒备，都无力左右全局。至康熙十六年（1677年）冬，吴三桂见湖南形势吃紧，派其孙吴世琮及悍将马宝进兵桂林，诱杀孙延龄以巩固后方。康熙得知孙延龄被杀、马雄病死的消息后，下诏招抚他们的部众，令麻勒吉等：“仍同简亲王军偕行，以朕赦罪免死之意概行晓示。其被胁从贼之人，有悔罪投诚者，即行招抚。”在康熙的指示下，麻勒吉成功地招抚孙延龄部将刘彦明、徐洪镇、徐上远、线国安之子线成仁、马雄之子马承荫等，为广西的平定奠定了基础。
康熙十六年（1677年）六月十六日，康熙下令敕谕各省王、贝勒、大将军、将军、总督、巡抚、提督等，在湖南、四川、云南、贵州等省全面推行“剿抚并行”的策略。其中进一步具体申明招抚政策：“今特颁敕谕，概示招徕。凡吴三桂叛军中的文武官员兵民人等，悔改投诚一律不加追究，并给他们以恩赏。或有擒杀贼首，投献军前，及以城池兵马来归者，仍论功优叙，尔等即宣布晓谕，以体现朕宽仁矜全之意。”此后，每当战事进展到关键时刻，康熙帝都发布招降敕书，由专门从事招抚的人员掌管，随时发送。
随着形势的发展，剿抚并用策略在内容上发生了新的变化。首先，对投诚官兵的安排上有了变化。初为优升职级，以原班人马投入战斗；后随着投降的人数的增多，以及战事的减少，一般尽量避免聚集一处，投降的士兵有的归乡为农，有的则被编入绿营。其官员则必须进京陛见，或者对其提拔任用，或者让其补缺候用。另外，后期招降的对象也发生了变化。后期集中在吴三桂手下胡国柱、夏国相、马国贵、吴应麟、郭壮图、马宝等人身上，他们是吴三桂的骨干分子。
这些人是吴三桂的党羽，不是被胁从者，因而康熙帝专门降敕，让他们当中的投诚者返回南方，一为保护家小，二来可作内应。其实是招抚计与反间计相结合，使叛贼间相互怀疑，扩大他们间的矛盾，以便各个击破。再次，对降而复叛者从严处理。如：广东高州总兵官祖泽请降后又于十七年（1678年）三月复叛。康熙谕兵部：“祖泽清父子兄弟向受国家恩养甚厚，以前叛变，以为他是被胁从，不得已而从贼，及既降复叛，他甘心依附贼人由此可知。罪情重大，国法难容，不许招抚，亦不许其投诚，尔部即密谕各部大将军、将军、督抚提镇等遵行。”八月，官兵大肆搜捕，将祖泽清及其子良楩擒获。次年二月，“俱凌迟处死，诸子、家口籍没入官”。根据具体情况，灵活运用剿抚并用策略，表明了康熙的高度原则精神和求实态度。由于他亲自布置与指挥平叛战争，能及时地把握敌情，又极为勤勉，从失误中吸取教训，从成功中总结经验，所以清王朝在康熙帝的指挥下迈向平叛成功之路。
平定湖南
康熙认定，平叛战争中的最主要敌人是吴三桂，湖南是主要战场。他曾说其他战场报捷“朕不为喜”，“吴三桂乃贼渠，惟破岳州、澧州方可喜耳”。因此，自战争爆发以来，康熙帝一直把主要精力投入湖南战场。
康熙始终在思考如何夺回湖南这一问题。为此他确定了一项新的作战方案，以迂回包围的策略代替在湖南战场发动正面进攻的方法。康熙认为，吴三桂长期占据岳、澧等地，主要军粮来自于长沙、衡州，只有攻下长沙，断绝吴三桂叛军的粮道，才能最终打败吴三桂。他在给岳乐的谕旨中指出了攻取长沙的重要意义：“一以断贼饷道，一以分贼兵势，一以扼广西咽喉，一以固江西门户。”而且，由于陕西发生叛乱，“川贼必通杨来嘉、洪福二贼，窥我郧襄，扰我南邓，侵我荆州后路，揆其大势，进兵湖南，断不容缓”。因此，康熙于十四年（1675年）正月二十九日命岳乐“将江西要地速行整理，稍有就绪进兵湖南”。同年九月，湖广总督蔡毓荣也提出与此相同的一套作战方案，他上疏说：“若楚省大兵由荆、岳各路前进，而江西我军亦由袁州诸路会期进攻，使贼三面受敌，首尾不能相顾，则我兵之势合而贼兵之势分，一举而战功立奏也。”而这时康熙帝的作战谕旨早已发下，且详细得多。
正如康熙所料，吴三桂企图利用王辅臣在陕西的动作，举兵进攻荆州、襄阳等地。他在长沙、醴陵、萍乡等地驻守七万大军，以挡岳乐江西之师；又分兵七万守岳、澧诸水口，扼荆、岳大兵咽喉，以抗拒江北之师；又暗地里派出兵马占据彝陵（湖北宜昌）东北之镇荆山，纠王会、杨来嘉、洪福等袭击谷城、郧城、均州、南漳，以逼襄阳，并企图与西北的叛军相会。而他亲赴荆州上游之松滋，居中调度。康熙四处调兵，坚守荆襄，并命简亲王喇布带兵进驻江西，急命岳乐从江西进兵湖南。岳乐于康熙十五年（1676年）二月攻占袁州后，又收复萍乡县，开始向湖南发起进攻。至此，康熙已将六名大将军中的三名投入湖南战场。吴三桂明白此情，急忙调集18名将军、10余万兵力，死守长沙。康熙料到吴三桂将亲援长沙，而这样就会减少他在岳、澧等地的力量，所以曾命荆、岳大将军王、贝勒等“饬勒兵马，时加侦探，乘机进剿”。然而，尚善与勒尔锦分别于三月初九和三月十八日渡江之后，进展非常缓慢。勒尔锦于三月二十九日再次进攻太平街又告失败，便“退兵荆州”。因而使康熙皇帝失去一次收复失地的大好时机，迂回包围计划一时未能实现。康熙事后惋惜地说：“若大兵数路并进，吴逆断无如许伪将贼兵随处备设壕桩，以与大兵相抗，其灭亡可翘足而待矣。”
诸王贝勒踟蹰不前，丧失了稍纵即逝的战机，严重影响了对湖南的收复。为了改变这种被动局面，康熙在招降王辅臣之后，破例任命署前锋统领穆占为实授都统，佩征南将军印，出征湖南。穆占，满洲正黄旗人，姓纳喇氏，是叶赫贝勒金台石的后代，初任侍卫兼佐领，后以功升授满洲副都统、署前锋统领。自进入陕西与叛军作战以来，每与敌战，他都是身先士卒、勇往直前。康熙帝因而对他委以重任，并从陕西、河南、荆州等地调来精兵供他驱使，其所统之兵与安亲王岳乐的大军在数量上不相上下。这是一支机动部队，无防守之责，专门担负进攻任务，“其应设镇守官兵调遣机宜，与各将军、总督、提督等议行”。康熙对穆占寄予最大希望，出征前，特召来京，面授机宜。
穆占并没有让康熙帝失望，他排除各种干扰，统率大军奋勇杀敌。康熙十六年（1677年）二月初三，穆占率兵进抵长沙外围地区，作了将近一个月的准备工作。三月初一，穆占率所部向长沙发起猛攻。前锋部队经浴血奋战，已攻到长沙城下，后续部队也进抵长沙城下，收复长沙已指日可待。恰在这时，安亲王的军队不成队形，以武力干扰穆占军后路，不仅使穆占无法攻城，而且造成重大伤亡。吴三桂为摆脱在湖南三面被围的困境，于四月率众往衡州，派遣三万大军至湖南南部的宜章，企图向广东东昌发动攻击，并分兵侵犯江西南安州（大余），窥视两粤。康熙一面命令将军莽依图、觉罗舒恕分别守韶州（今广东韶关市）、南安，协助湖南战场；另一方面令穆占会合简亲王喇布举兵攻打衡州、永兴，“遏贼后路，如此则可减缓粤东的压力，而粤西欲降者亦可乘间来归”。穆占领命，在击败郭应辅等、收复茶陵州及攸县之后，乘胜南取郴州、桂阳，招降桂东、兴宁、宜章、临武、兰山、嘉禾、永兴等城，吴三桂进攻广东的阴谋被打破。随着平叛战争不断地取得胜利，新收复之地增多，但简亲王一再讨价还价，只防守江西咽喉的茶陵、攸县、安仁等地，不愿分派部队驻守他处。穆占不得不把自己的兵力分散于新收复之地，自己在郴州设营，以都统宜里布驻永兴。四月，敌人进攻永兴，他遣护军统领哈克山、前锋统领硕岱赴援。六月，吴三桂集中马宝、王绪、胡国柱等优势兵力强攻永兴，战斗惨烈异常。都统宜里布、护军统领哈克山等战死，前锋统领硕岱率兵入城死守，浴血奋战，情况十分危急。康熙帝为此忧虑不安，“现于词色”。直到敌人得知吴三桂的死讯而撤去，战局才转危为安。
简亲王和穆占均不敢丢下驻地驰援永兴，事后双方相互指责。康熙则居中调解，劝他们“彼此和衷”，并对永兴失利一事进行了总结，指出：敌人大举进攻永兴，“有必死之形”，清军“兵势太分，以致失利”。他进一步概括说：“凡摧寇破城，必审量己力，可击则击之，如贼众我寡，即宜调集诸路合为一军，壮其声势，以图攻剿。倘株守新复城池，以已经驻镇，惮于旋师，迟留疑畏，于大事殊无所济。”七月初二，康熙再次重申了集中兵力作战的重要性，说：“满兵之势贵聚，聚则处处攻战始克不利”“满兵关系重大，利战则战，利守则守，宜合全力以破贼众。若将所复贼弃之空城固执分守，似乎不可”。对于穆占的内疚心情，康熙帝极为了解，鼓励他：不要因为永兴失利“冒昧妄动”，要“鼓舞人心，振扬军威，以图克济”。如果破贼成功，“前罪自当涣释”。
康熙重视广西的郁林、湖南的郴州、永兴等地，他说“今赖皇天之眷佑，祖宗之威福，群臣尽力，将士用命，前后恢复闽海、两粤，以至湖南岳阳诸处，擒斩巨魁殆尽，望风归正不可胜数，剩余之敌势如破竹，解吾民之倒悬，行有日矣”。
于是，他令各路大将军、王、贝勒等：“剿抚兼施，贼有悔过投诚者，免罪叙述录用，将此恩意，概行晓谕。”正、二月间，湖南战场上出现了节节胜利的大好形势。吴三桂在长沙的部队偷偷地逃掉了，岳乐立即率御入城，并乘胜南下，恢复湘潭。察尼指挥大军进攻湘阴，湖广提督桑峨、固山贝子彰泰攻占华容、石首二县。
勒尔锦派兵渡江，收复宜都、澧州、常德府等地。简亲王喇布派前锋统领希佛乘夜袭取了衡州，随后又攻占了耒阳。吴三桂的手下纷纷率众投降。
湖南既已恢复，康熙着手进兵四川、云南、贵州。他对各路大军的方位与任务作了重新部署。命勒尔锦回驻荆州，调度荆、岳、彝陵（宜昌）、襄阳等处军务，进兵湖北归州（秭归）、巴东等地，扑灭山贼，收复兴安，以配合陕西军队进占四川；察尼向辰州、沅州方向发动攻击，调度澧州以南军务，并攻占进黔要路辰龙关；岳乐向宝庆府、武冈州一线发起攻击，攻取另一进黔门户枫木岭；喇布与穆占合兵收复永州等地，并调拨精兵每佐领三、四名，在希佛率领下奔赴将军莽依图军前，前去支援广西，以开辟新的入滇路线。岳乐进攻武冈枫木岭，因广西巡抚傅宏烈切断了敌人的粮道，进展顺利，八月，清军收复武冈。攻取辰州辰龙关之战较为激烈，康熙十九年（1680年）三月，清军方才攻克辰龙关，守关叛军逃窜，陈州伪知府、伪将军等率众投降。进军川、云、贵的条件成熟。
平定汉中、兴安，收复四川
康熙十八年（1679年）初，岳州被清军收复，湖南大局已定，清廷便决议进攻四川。以大将军图海为首的驻陕满族将领，被上次的保宁之战吓怕了，不敢出战，汉族将领宁夏提督赵良栋勇猛有谋略，毅然要求进兵四川。他于四月上疏说：“今湖南既定，宜取汉中、兴安，规四川。臣愿精选所部步骑五千，独当一路。”康熙帝览奏大喜，命令图海等人就此疏再作商议，希望图海能出兵四川。
不料图海等仍取消极拖延态度，先是强调“栈道、益门镇各口，逆贼来犯，据险为营”，不能进兵；后又借口“贼毁偏桥，无路可通，竞尔却还”。康熙对此极为气愤，他质问图海：“如此懦怯易退，何时乃得破贼？”又经一再督促，图海于八月起草一个九月初八四路进兵收复汉中、兴安的方案，亦因将领意见不一， 未能贯彻执行。康熙帝面对此情此景，决定以绿旗营兵将为主，平定汉中、兴安，收复四川。
同年十月初十，康熙遣内阁学士禧佛、郎中倭黑带着皇上的敕令赴陕西，向将军张勇、王进宝，提督赵良栋、孙思克宣读皇上旨意：“各率所属绿旗兵平定汉中、兴安，恢复四川。”“尔等官兵前进，则满洲大兵，亦即相继进剿，接运粮饷，不至匮之。”龙安府（四川平武）伪总兵投降。赵良栋率绿营兵从龙安南下，于康熙十九年（1680年）正月十一日进抵成都二十里铺，伪巡抚率众迎降，成都克复。康熙奖其功，提升赵良栋为云贵总督，加兵部尚书，仍领将军。
赵良栋分遣游击冶国用等收复雅州府、象岭、建昌诸卫，又向东攻占叙州，平定纳溪、永宁诸县。与此同时，王进宝于正月十三日经过激战占领了保宁府（四川阆中），敌守将王屏藩自杀，伪将军吴之茂被擒获。正月十八日，又收复顺庆府（南充市）。在赵、王胜利进军中，康熙派建威将军吴丹、将军鄂克济哈率领满兵，作王进宝、赵良栋的后续部队，“转饷源源不绝，相随而行”。汉将自成一军，仅用三个月时间就收复了四川绝大部分地区。
在四川战场上，康熙帝之所以重用绿营汉兵，实在是与满军将领不得力、无法打开局面有重大关系，并非根本改变“满汉合兵”制。因此，在进兵云贵前夕，他又按“满汉合兵”制作了军事部署。康熙十九年（1680年）二月初一，为迅速收复云贵，康熙帝重新安排四川战守，将五路进兵合为一路，命“将军吴丹、鄂克济哈与赵良栋等同进取，吴丹、鄂克济哈于顺承郡王军中，简精名马兵，将之前行”。在四川战场上吴丹实际上成为了主帅，赵良栋反而退居第二位，王进宝以疾病为理由请罢。康熙命王进宝回固原治病，由其子王用予暂时统率其部队，驻扎保宁，进剿云贵时随军前进。
康熙二十年（1681年）正月初一，在平定两广之后，赖塔从广西最西部的西隆州出发，击败何继祖，攻占石门坎隘口，恢复安隆所。二月初二在贵州西南的黄草坝，赖塔又击败詹养的两万部队，打通了进入云南的门户。二月十二日，赖塔收复云南曲靖府。十五日，从曲靖府起行，相继收复马龙州、易龙所。十六日，收复杨林城、嵩明州，进抵云南首府昆明。这条从广西出发经黄草坝的进滇路线，正巧是当年清军追赶南明永历帝所走过的道路。赖塔谨遵谕旨，取得辉煌 的战功，康熙对此极为满意，曾说：“平定云南，赖塔之功最大。”继赖塔之后，一直观望不前的贝子彰泰，也率部向昆明挺进。两路大军在归化寺安营，于二月十一日大败出城作战的吴军万余人，然后进围昆明。云南、贵州的少数民族痛恨吴三桂的暴政，对康熙帝优待少数民族的政策极为欢迎，大力支援清军，协助解决军饷，推动了胜利的早日到来。康熙特嘱大将军贝子彰泰奖励各族，“毋致有误军饷”。
在四川方面，康熙重新起用王进宝，命他“驰赴保宁，兼守汉中”，以平息谭弘父子的骚扰。并将满洲将军吴丹和鄂克济哈调离，代之以署西安将军佛尼勒为建威将军，调遣永宁一路；以都统觉罗纪哈里为宣威将军，调遣建昌一路。
康熙令其驰赴赵良栋军前“会商剿贼”，力争将吴军伪将马宝、胡国柱、夏国相等就地消灭，防其归援云南。当康熙得知胡国柱等逃遁消息之后，于三日二十日急令将军佛尼勒、赵良栋等：“于接到命令之日起，即各统官兵速行蹑击，勿令得援云南。”赵良栋从三月起“追剿胡国柱于观音崖”，五月，收复泸州、叙州（宜宾市）、永宁（叙永）。七月，攻占西昌，乘胜渡金沙江，进入云南武定州继续追剿。胡国柱一路逃窜，在无路可逃的情况下自杀。马宝逃至姚安，向清军投降。夏国相逃至广南，也因无路可逃而投降。赵良栋完成追剿任务之后，于九月率宁夏兵进抵昆明。至此，广西、贵州、四川三路进滇之势已成。
三藩平定
十月初八，彰泰等遵照康熙帝的指示进抵昆明城下驻扎下来，随后开始了全力攻城。二十日，会议令赵良栋破南坝之贼，取双塔。良栋于二十二日夜指挥军队，亲冒矢石，攻占南坝，夺取玉皇阁，进逼新桥。敌人死守新桥。赵良栋伏马兵于南坝两岸，分步兵为三队，营壕墙外，持大刀督阵。二十五日夜二鼓，攻桥，双方展开了殊死搏斗。伪国公郭壮图亲搏战，三进壕墙，而清军伏兵也三次冲出击杀敌人，贼败走，赵良栋夺桥追至三市街。贼兵见清兵猛勇，人心始乱。
这时，彰泰令诸军悉进，在桂花寺大败吴军。二十八日夜，吴三桂的孙子吴世皤、郭壮图及其子郭宗汾自杀。二十九日，伪将军线绒等率众出城投降。
至此，历时八年，波及十数省的三藩之乱，终于被削平了。
三藩之乱平定之后，清朝才实际和有效地完成对关内的统一，从此率土之滨，莫非王土，四海之内，莫非王臣了。康熙帝终于可以轻松一下了。但是他的步伐并没有就此为止，他的目光又盯上了海外与边境，那里又将有一轮新的开疆拓土与保家卫国。
名家回眸
八年平叛战争，是清朝统治阶级的内部分配权力的斗争，是中央政府与地方割据势力之间的殊死斗争。
在平叛过程中，康熙帝进行了正确的指挥。为了及时了解前方情况，康熙帝特别命令兵部于原有的驿站之外，特设笔帖式驰报军情，每四百里设笔帖式一员，拔什库一名，担任汇报军情工作，有了笔帖式，清廷的前线战况及皇帝的谕旨均可在一昼夜里送达千里以外的地方，发挥了使用畜力交通的最高效能。另外，为平叛，康熙帝还提高了绿营兵的地位，提拔重用汉族将领。如果没有汉兵参加，平定三藩是不可能的。相反，吴三桂虽然打着反清复明的旗号，但由于他与其他藩王对境内人民残酷剥削和压迫遭到人民反对。吴三桂迎清兵入关、追杀永历帝，早已遭到汉族人的唾弃，之后又出尔反尔，所以根本得不到任何同情，加上内部矛盾重重，军纪败坏，失败是不可避免的。
康熙平定三藩之乱，是清朝前期的重大事件。三藩平定，康熙将官吏选任大权收归中央，划一军队编制，原来各自独立的吴、耿、尚、孔等部队，除吴部调往边境驻防外，其他均编入八旗，同时于荆州、福州、广州增设八旗驻防，广西、云南派驻绿营兵。清朝中央统治的权力得以集中和加强，清王朝进一步实现了国家的统一。另外，将三藩财产没收归官，充作军饷，清除滇、粤、闽等地方积弊，为清朝整顿边区，巩固疆域创造了有利条件，并为社会经济的恢复奠定了基础。
吴三桂最终失败是历史必然结果，对此柏杨先生在评价这段历史时 指出：一是吴三桂的汉奸招牌太过于响亮，不能发出明确的政治号召和建立坚强的领导中心，他既引导满族鞭挞入关，又杀掉了朱由榔全家，使他不能利用明朝的惯性影响力。二是吴三桂老了，有老年人最容易有的过度小心保守的心理，不敢采取冒险行动。他要求绝对的安全，但世界上根本就没有绝对安全的革命和叛变。此外还有另一个重要因素是，吴三桂的对手是康熙大帝，中国历史上最英明的君主之一。
小岛屿大问题——施琅收复台湾
纵观中国历史，对于战争素来重视陆战，无论是庞大的步兵，还是勇猛的骑兵，都适合在陆地上作战，对于水军则不够重视，虽然历代都有建制，但都是在内江内湖作战，无论是三国赤壁，还是东晋淝水。别的不说，大宋王朝被几个水泊梁山好汉搅得天翻地覆，大明朝更是被非正规军的倭寇骚扰得手忙脚乱。唯一的一次大规模海战，与朝鲜抗击日本，虽然取胜但也是胜得很艰难，连明军统帅都不幸战死。而当清初之际，海战又一次进入人们的视野。而这次海战却与前不同，因为它涉及国家的统一问题，那就是收复台湾。
康熙帝即位同年——顺治十八年（1661年）的二月至十二月，郑成功命其子郑经留守金门、厦门等地，他亲自指挥大军进攻台湾，赶走了荷兰殖民者，收复了台湾，是位中国在历史上立下不朽功勋的人。但由于郑氏政权坚持抗清立场，遂成为清王朝的心腹大患。康熙继位以来，一直以收复台湾为己任，为此，他采取了种种措施。其策略总的来说是剿抚并用，但前后期有所不同：康熙二十年（1681年）六月以前，以抚为主；以后则以剿为主。
清对郑氏采取以抚为主策略，是由多种因素决定。首先从清朝自身看，陆军强大而水师薄弱。到顺治十八年（1661年）底，清廷依靠强悍的八旗兵和为数众多的绿营兵，统一了大陆，平定了中原，但对盘踞于海岛的郑氏则一直无能为 力。顺治年间，连年征战，军费支出浩大，国家财政极为困难。大陆初步实现统一之后，迫切需要休养生息，发展水师一时还提不上日程；并且清廷不信任那些脱离郑氏集团而向清廷投诚者，所以也无意充分发挥他们的作用。清廷对郑氏的战略基点不是主动进击，而是消极防御。
顺治十七年（1660年）九月，顺治帝采纳福建总督李玄泰建议，开始了迁海政策。次年六月，海澄公黄梧又献消灭郑氏集团的五条策略。其中第一、二两条即是迁界、禁海，议将“山东、江、浙、闽、粤沿海居民尽徙入内地，设立边界，布置防守”，以防沿海百姓与郑氏集团接触勾结；“将所有沿海船只悉行烧毁，寸板不许下。凡溪河，竖桩栅。货物不许越界，时刻了望，违者死无赦。如此半载，海贼船只无可修葺，自然朽烂，贼人马众多，如果没有充足的粮草供应，其势力自然会瓦解。此所谓不用战而坐看其死也”。清廷立即采纳，从七、八月开始，清廷在江、浙、闽、粤等省进行了大规模的迁界与禁海，分别下令将各省沿海居民内迁三五十里，设界防守，不许人民越界下海。
迁界和禁海，目的在于割断郑氏与大陆之联系，使其失去接济，出现暂时的困难，但它除了使一部分人产生动摇而投降清朝外，并无太大作用，并未如黄梧所料，半年之内即可置敌人于死地。而清廷因迁界、禁海也蒙受了巨大的损失：沿海各省大片良田荒芜，国家税收减少。对外贸易停顿，百姓背井离乡。将沿海岛屿迁空，正好使郑氏船只自由出没，买通守边士兵后，他们照样可以得到所需的物资。
因此，迁界禁海是清廷在不得已情况下采取的防御措施，而且未达到预期目的。
稍后，郑氏内部出现矛盾，为清廷推行剿抚策略提供了有利的机会。康熙元年（1662年）五月初八日，郑成功于台湾病逝。台湾事务暂由其弟郑世袭管理，郑世袭因受人挑拨，想掌握整个郑氏集团。而郑成功死后，其子郑经即在厦门继承父位，从此叔侄二人势同水火，诸将互相猜疑，人心动摇。清福建总督李率泰、靖南王耿继茂乘机于七、八月间遣效用总兵林忠等前往厦门，致书郑经，对其进行招抚，这是清廷对郑经的第一次招抚。郑经本无和谈诚意，只因其退路台湾已被其叔占据，如果断然拒绝清朝和议，“则指日加兵，内外受困，岂不危哉？不如暂借招抚为由，苟延岁月，俟余整旅东平，再作区处”。于是他假意与清谈判，并上缴明朝敕命、公伯爵印及所缴获的清朝各州县印和海上军民土地清 册，以换取清朝信任。次年五月，在内部矛盾平息后，郑经“请如琉球、朝鲜例，不登岸、不剃发易衣冠”，拒绝招抚，和谈因而失败。康熙二年（1663年）十月，清军攻克厦门、金门，郑经退守铜山。清廷于是又派人去招抚郑经，郑经仍要求按照朝鲜藩国待遇，甚至表示：“若欲削发登岸，虽死不允。”
清廷并未因郑经对招抚的拒绝而动摇其政策。康熙二年（1663年）六月，郑经用计杀害支持郑世袭的郑泰，郑泰之弟建平侯郑鸣骏于是带领郑泰子永胜伯郑绪昌及大小文武官四百余员、船三百余号、众万余人，从金门驶入泉州港投降清朝。
十月，清兵三路攻厦门、金门，开始时郑军获胜，但很快被击败。尽管泉州一路击杀了清军提督马得功，但因郑经派去防守高崎陆路的将领陈昇秘密降清，使清海澄公黄梧、水师提督施琅得以从海澄顺利攻占厦门，郑经只得退守铜山。铜山郑军在清廷的招抚政策下土崩瓦解了，“各镇纷纷离叛，日报无宁晷”。康熙三年（1664年）三月初六，清兵进攻铜山之前，有“伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款”。在三月十四日，又有“伪永安侯黄廷、伪都督余宽等，率伪官兵并家属人等三万二千四百余名出降”，郑经仅率数十只战船，乘风逃到台湾，他安排断后的大将周敛武也向清廷投降了。至此，郑氏沿海据点被清廷一一拔除。据管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱于康熙三年（1664年）七月疏报：“自康熙元年至三年（1662至1664年）止，合计投诚文武官三千九百八十五员，食粮兵四万九百六十二名，归农官弁兵民六万四千二百三十名口，眷属人役六万三千余名口，大小船九百余只。”此后，从台湾、澎湖两地逃奔大陆的不计其数。如：康熙三年（1664年）十月，台湾商人兰英“带货物投诚”；康熙四年（1665年）十月，台湾伪左都督朱英自澎湖率众投诚；康熙五年（1666年）七月，台湾“伪都督李顺自澎湖来到浙江洋面，率伪官兵船进关投诚”。
对台湾投诚来的官兵，清廷给他们作了适当的安置，同来其余大小文武官亦分别授职。封周全斌承恩伯，黄廷慕恩伯，朱英被任命左都督；授其下属都督佥事翁贵等四人、总兵陈琦等三人并为都督佥事，其副将、参将、游击等，均仍任原职，“并给全俸，赏赉有差”。有的降者仍在前线领兵作战。如康熙五年（1666年）十一月，向清廷投降的杨富被任命为浙江水师右路总兵官。投诚武官中有人适合并愿为文职，康熙应允兵部题请，并令地方督抚察明之后具体斟酌使 用。郑氏亲族来降者，予以优待。郑成功亲弟左都督郑世袭降后，不仅授予精奇尼哈番世职，给全俸，而且还将郑芝龙已被没收的田产发还给他。
对于台湾问题，由于荷兰殖民者的贪婪与野心，清王朝决定自己去解决它。
荷兰人自被郑成功从台湾驱逐后，并不甘心失败，欲借郑成功逝世、郑氏内部混乱之际与清廷联合夺取台湾，并取得与中国“自由贸易”特权。为达到此目的，在康熙元年、二年（1662、1663年），荷兰殖民者一再派遣舰队，打着“支援大清国”的旗帜，抵达福建沿海。恰值清、郑第一次和谈破裂，清廷便想借助荷兰海军的力量，消灭郑氏沿海据点，于康熙二年（1663年）十月清、荷组成联军，进攻厦门、金门。金、厦战后，清、荷双方产生严重分歧。清廷招抚铜山，同时也准备武力攻取，“邀荷兰船助剿”；荷兰人拒绝助剿铜山，主张立即进取台湾，企图将台湾据为己有，荷兰殖民者的狼子野心此时暴露了出来。靖南王耿继茂在奏疏中提醒说：“外夷禀性贪利，察其来意，一则欲取台湾，二则以图通商。”因此，清廷赏赐给荷兰人缎匹、银两，并准其定期来华贸易，以此作为对其助攻金、厦的回报。但是，康熙对荷兰时刻保持警惕，当其推托不前时，便断然下令：规取厦门、金门，迅速扫平海寇，“不必专候荷兰舟师”。荷兰人见目的难以达到，便丧失了联合攻台的兴趣。从此，清、荷双方未再进行合作。
康熙三年（1664年）七月，清廷收复铜山，欲乘胜一举收复台湾，于是任命福建提督水师总兵官施琅为靖海将军，以承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富为副将，以左都督林顺、何义等为佐，命他们“统领水师，前往征剿”，并告诫部下说：“凡事会议酌行，勿谓自知，罔听众言。”施琅，福建晋江人，原为明总兵郑芝龙部下左冲锋，顺治三年（1646年）十一月，随芝龙降清，参与平定广东之役。因他拒绝抗清，其父大宣，弟显及子一、侄一皆被郑成功戕害。康熙元年（1662年），施琅升任福建水师提督。他自幼生长海上，深悉水性及郑氏情形，一贯主张以武力消灭郑氏，攻取台湾。这次清廷第一次出兵台湾，主要将领均由郑氏集团投诚的人充任，并无荷兰人参加，这是一个突破。康熙三年（1664年）十一月、四年（1665年）三月和四月，施琅、周全斌等三次进攻，都因遭台风袭击而被迫中途返回。据档案记载，当时经过多方核实，确实遭遇台风。但实际上这次进兵受挫，主要并非由于天灾，而在人事。因为这些将领都有着丰富的海上 经验，如果他们之间以及他们与清政府之间确实能精诚合作，台风是完全可以避开的。后来施琅提到这次征台失败原因时，主要强调“人谋亦未允臧”。因为“投诚官兵，眷口多在彼处”，所以，他投石忌器，不敢太过认真；并由于他们临时凑在一起，未经选拔和训练，各部“参差不一”，号令不一；且将领无决策之权，“奉有成命，勉应击楫”。可见这几次出兵，准备是很不充分的。在武力攻取条件不成熟情况下，或求助荷兰人，允许他们占有台湾，或与郑经对话，以求和平解决，二者必居其一。对于前者康熙帝断然拒绝予以考虑，选择后者，则体现了与民休息和排除外国干涉、独立处理国事的思想。
清廷招降，失败告终
康熙六年（1667年）五月，清廷派遣福建招抚总兵官孔元章，携带郑经舅父亲笔书到达台湾，对郑经进行招抚，提出沿海地方与台湾通商，郑氏称臣纳贡，并遣子入京为质等三项要求。郑经厚待元章，但对招抚一事却严加拒绝。
孔元章于八月二十六日至十月二十五日再次赴台和谈，双方各执己见，仍未达成任何协议。
郑经的冥顽不化引起了福建水师提督施琅的不满。他于十一月二十四日上疏，建议“乘便进取，以杜后患”，并就选练士兵、筹集船饷、前线指挥、攻战机宜等重大问题提出看法和主张。翌年正月初十日，康熙降旨：“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定。着提督施琅作速来京，面行奏明自己的意见，以便定夺。”四月，施琅进京陛见，再上《尽陈所见疏》，对用武力统一台湾的必要性与可能性作了详细论述。后来历史证明，施琅这些意见都很正确，但因当时条件尚未成熟，暂时无法实行。主要是清、郑对峙以来，五省迁界，大量驻军，连年征战，东南地区生产完全遭到破坏，人民陷入水深火热之中。因此，自郑经东渡，大规模战事基本停止，广大人民迫切要求废除禁海令，裁去驻军，以减轻人民负担。对于撤军问题，清廷已在考虑，只是等待有利时机。早在康熙五年（1666年）正月，福建总督李率泰即在遗奏中说：“闽海余氛，远窜台湾，奉旨撤兵，与民休息，洵为至计。惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶；太迟，又 恐贻患。”并且，朝廷仍寄很大希望于和平统一台湾，为防止干扰，促其早日实现，而宁愿将武力解决这一途径暂行搁置，以进一步推行以抚为主的方针。于是，清廷否定施琅建议，裁撤福建水师提督员缺，将水师战船全部焚毁，次第催拨海上投诚官兵到外省垦荒，授施琅为内大臣，编入汉军镶黄旗，留于京师。同时“严戍守界，不复以台湾为意”。
康熙八年（1669年）六月，在铲除了鳌拜集团后，康熙帝命刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣到福建，与靖南王耿继茂、总督祖泽沛齐集泉州府，商议招抚台湾办法，旋派太常寺卿慕天颜、都督佥事李俭，带着康熙诏书及明珠信件，往台湾招抚郑经。七月初六日，慕天颜等人到达台湾，郑经虽礼待二使，但不肯接诏。他表示：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣。”
住十余日，双方仍未能达成一致。郑经派礼官叶亨、刑官柯平随慕天颜往泉州，继续谈判，试探“免剃发不登岸”“照朝鲜例入贡”的可能性。对郑经的态度，康熙帝于八月敕谕明珠、蔡毓荣等：“若郑经留恋台湾，不忍抛弃，亦可任从其便；至于，‘比朝鲜，不剃发，愿进贡投诚’之说，不便允从。朝鲜系从来未为中国所有的外国，郑经乃中国之人，若因住居台湾不行剃发，则其归顺的诚意何在？今命内弘文院学士多诺前往。尔等会同靖南王耿继茂及总督、巡抚、提督等，传谕郑经来使，再差官同往彼地宣示：果遵制剃发归顺，高爵厚禄朕不惜封赏，即台湾之地亦从彼意，允其居住。”至此，为实现台湾的和平统一，康熙帝作出了重大让步，表示了最大的诚意。
慕天颜等奉命再往台湾，指出称臣而不剃发于情理不通，劝郑经遵制削发。
明珠等在信中写道：“夫称臣纳贡，既已遵国制，定君臣之义，就同父子一般。
从无父子而异其衣冠，岂可君臣而别其章服！此剃发一事，所当一意仰从，无容犹豫者也。”慕天颜当面劝说：“今既欣然称臣，又欲别其衣冠制度，此古来所未曾有。”但郑经仍顽固坚持“苟能如朝鲜例，则敢从议，若欲削发，至死不易”。根据慕天颜的汇报，明珠知道郑经是依恃台湾有海峡作为屏障，拒不应招，遂同蔡毓荣进京复命。自康熙元年至八年（1662～1669年），清、郑共进行四次会谈。唯有这次是皇帝亲自降谕，委派重臣，指授方略，对郑经的谰言进行批驳，充分显示康熙机智、敏捷和处理国事的卓越才能。
康熙十二年（1673年）八月，耿精忠向康熙帝上疏奏请撤藩，康熙帝立即允准并派钦使到福州协助办理撤藩事宜。耿精忠一见同意其撤藩的上谕，便马上与亲信密谋叛乱。此时他想到了占据台湾的郑经，如果能说动郑经参与他的反叛活动，无疑会大大增加他的声势。
于是耿精忠派了一个叫黄镛的漳浦人给郑经送了书信一封，在信中，耿精忠大加奉承，并煽动郑经：“孤忠海外，奉正朔而存继述；奋威中原，举大义以应天人。速整征帆，同正今日疆土；仰冀会师，共成万世勋业。”郑经对此大喜过望，总算又有了重返大陆的机会了，他立即整船兴师。可耿精忠当时还在准备和观望，郑经只得在澎湖一带屯兵，静等局势的变化。吴三桂反叛后，康熙帝曾发上谕停撤耿、尚两藩，耿精忠又赶紧派黄镛二次到澎湖，让郑经停止进兵，恰逢岛内有事，郑经便又转回台湾了。康熙十三年（1674年）三月，耿精忠揭起反叛大旗，于是派黄镛第三次到台湾，让郑经率领台闽全部水师，攻取江浙。
郑经统率几乎全部水军渡海到厦门。这时耿精忠已率主力北上争夺江西和浙江，沿海一带几乎没有兵丁布防，郑经趁机在广东、福建沿海抢占地盘，抢占了原属耿精忠的泉州、漳州、汀州、兴化、邵武等府和属尚可喜镇守的潮州、惠州二府及广州所属一些州县，并将抢掠所获不断运往台湾。此情形对耿精忠而言无异于引狼入室，他极为恼怒，多次与郑经发生冲突。耿精忠也不再北上了，郑经更没执行吴三桂让他率舟师攻南京或天津的指令。叛乱各部各怀鬼胎，勾心斗角，反而使得康熙帝抓住了机会，急命康亲王杰书赴浙江猛攻耿精忠，并指示当时的福建总督朗廷佐利用耿、郑之间的矛盾，仍招抚郑经。康熙十五年（1676年）十月，当清军自浙江攻入福建，耿精忠两面受夹击，进退失据，他不得已投降清军，并与清军合兵一处来攻打郑经，结果只用几个月的时间，清军便收复福建各地，郑经只得又退守厦门等沿海岛屿。
如果说康熙帝在三藩乱前确实打算用和平手段统一海峡两岸，当三藩乱时他考虑更多的只能是如何对郑经加以安抚，使其不致增加麻烦。他的主要注意力是吴三桂，招抚任何反叛力量均是出于军事上的需要，是一种策略。康熙帝在康熙十六年（1677年）时，更关注的是广西、广东和湖广方面合围吴三桂，福建方面已交给康亲王杰书镇守。杰书虽有心彻底击败郑经，但是满洲八旗不习水战，虽厦门等岛 屿近在咫尺，杰书也徒唤奈何。五月，他派遣佥事道朱麟、庄庆祚到厦门招抚郑经。郑经仍然坚持说，只有照朝鲜例，才能同意，并在回信中说：准备率一旅之师“向中原共逐鹿”。杰书见到郑经的狂妄之语，不禁大怒，便下令各府州县，备造战船，准备进剿。就在此时，漳州人蔡寅诈称“朱三太子”，聚众造反，数万人向南靖、长泰、同安等县发起攻击，声势很大，杰书出海的计划搁浅了。
这年秋天，杰书再派泉州知府张仲举、兴化知府卞永誉等再往厦门，说郑经如果退出沿海各岛，可以照郑经期望的“以朝鲜事例称臣纳贡”向皇帝题请。
郑经的手下冯锡范却无理提出：清廷要想息兵安民，各守海岛，必须以漳、泉、惠、潮四府作为台湾的粮饷基地。杰书擅作主张，以为如果申明利害，郑经有退回台湾的可能，于是再派监生吴公鸿去厦门送信：提醒郑经要审时度势，不要太狂妄，“要地请饷”。结果冯锡范仍坚持：“苟以生民为念，边所海岛悉为我有，资给粮饷，则罢兵息民。”康亲王杰书虽放宽了招抚的条件，郑经的要求反而更加离谱，而康熙帝是否接受杰书的让步尚未可知。至此，郑经的意向已昭然若揭。康熙十七年（1678年）正月，康亲王杰书向康熙帝报告说：“郑锦（即郑经）无降意。”康熙帝批示：“郑锦虽无降意，其附逆人民有革心向化者，大将军康亲王仍随宜招抚。”后来的事实证明，康熙帝的这一决策有很大的可行性，而推行这一策略的是杰书荐举的姚启圣，他后来成为福建总督。
姚启圣原为浙江会稽人，后隶籍汉军镶红旗。康熙二年（1663年）以举人出任广东香山（今中山县）知县。因有人参劾平南王尚可喜而受牵连被革职。三藩叛乱后，他投充到康亲王杰书门下，为他出谋划策，深受杰书的倚重，不久被杰书推荐为署福建布政使。当杰书与郑经和谈失败后，郑经突然袭击清军，派手下大将刘国轩于康熙十七年（1678年）二月初十率主力猛攻漳州，并围海澄（今龙海），清军措手不及，接连吃败仗。康亲王杰书认为时任总督的郎廷相指挥无能，便令郎廷相单骑入京，同时推荐姚启圣出任福建总督。康熙帝也以为郎廷相软弱无能而导致丧师失地，马上将其革职，批准了对姚启圣的提升。
五月初五日下午，九龙江口战船林立，鏖战近两个月的海澄攻防战激战正酣，外城正受到刘国轩军的猛烈攻击，姚启圣等清军满汉步卒却无能为力，只能在笔架山等处，扎下营寨固守。副都统穆赫林、陆路提督段应举自杀，海城总兵黄蓝 下落不明。攻陷海澄后，刘国轩与另一郑军将领吴淑分兵北进，攻占同安，围泉州，并派部将先后攻占南安、安溪、惠安、永春、德化数县及长泰、漳平等地。
清军将领对福建形势的恶化和刘国轩的凶猛攻击都感到恐惧和不安，可姚启圣却暗暗高兴。他认为刘国轩不攻漳州，是“舍近图远，弃瑕攻坚”，他已无力攻下漳州了。当州县被攻占后，姚启圣更有了克敌的信心。他对部下说：“贼兵不过三万，虑其聚而势雄。今既得诸邑，必当分众把守。众分，则势弱；势弱，则破之易也。”果然，刘国轩很快就陷入困境。为了镇守各地，刘国轩在当地征兵驻防，但为防止这些士兵逃亡，他将新兵家属强行迁往台湾，结果惹得当地百姓怨声载道。加之泉州之久攻不下，郑军不停地向当地人民征派军需，人民的反抗情绪极浓。当康熙帝看到姚启圣的破敌之策后，他高兴地对群臣说：“闽督今得人，贼且平矣！”对他表示了充分的信任和支持。
至八月，泉州已被围近两个月，形势危急，姚启圣组织数路兵马增援泉州，刘国轩抵挡不住，二十三日撤围退往长泰死守，谁知耿精忠也指挥大军向郑军发起猛攻，郑军大败，奔逃到九龙江云英渡一带，因无船渡河，万余人被淹死，“旗帜盔甲，布幔辎重，弃满山野”。刘国轩在长泰失利后，率军队退到海澄一带，深壕高垒，坚守不出。姚启圣派人前往厦门招抚郑经，劝其“解甲释兵，纵数千万子弟尽还耕渔之乐；身享裂土分王之荣”。郑经表示他接受招抚的条件仍旧是驻守沿海岛屿，征饷四府，且“海澄为厦门门户，不肯让还”。姚启圣再派人议抚，郑经再度拒绝。姚启圣奏准康熙帝，于康熙十八年（1679年）正月，将整个福建沿海的百姓再次内迁，或十里，或二十里，在近水险要之地添设炮台，稽查防范。
尽管如此，但郑军仍据着海澄，严重威胁着福建，这令姚启圣坐卧不安。这时一个投诚官员黄性震向他建议道：“倘能高位厚禄，收买人心，不用干戈，立可收其绩效。”姚启圣闻听之后大喜。因此，将漳州卫改为“修来馆”，由黄性震管理，招降郑军兵民、对来降的文武官员仍以原官职衔使用。兵民如头发全长者，每人赏银五十两；头发短者，每人赏银二十两。“愿入伍者，立拨在营，给以战饷；愿归农者，立送回籍，饬府县安插，不许豪强欺凌，宿怨报仇”。此政策推行后，由台湾等地来降的军民络绎不绝。仅康熙十七年（1678年）下半年到十八年（1679年）初，便招降郑军文武官员1600余名，士兵23700余人，郑经军 中有不少的总兵级的高官都投降了清朝。这无疑使郑经对部下产生了不信任感，军中猜疑之风盛行，以致军心涣散，士气土崩瓦解。康熙十八年（1679年）五月，清军进行小规模出击，被刘国轩击败。康亲王杰书又自作主张派人与郑经议和，他同意郑经可照朝鲜事例，不剃发。但冯锡范仍加两项条件：把海澄留为往来公所；每年给台湾提供饷银六万两。杰书对此打算接受，但考虑到事关重大，不敢自作主张，经福州顺路到漳州见姚启圣征求意见。姚启圣见郑经仍是老一套论调，当即回绝说：“寸土属王，谁敢将版图封疆，轻议作公所？”并指明康熙帝从未作出允许这样处理的决定。但姚启圣已深知郑经不会投降，便加紧了招抚和瓦解郑军的工作，一面加速建造舰船，选拔熟悉水战的得力将领，准备收复海澄、金门、厦门等所有沿海岛屿。
当时，福建水师提督空缺，姚启圣反复衡量后认为唯有施琅能当此大任，于是他便向康熙帝举荐施琅做福建水师提督。康熙帝却并未同意。康熙先是任命镇江将军王之鼎为福建水师提督，以为他曾任漳浦总兵，熟悉福建的情况。可王之鼎由于不知水战，到任后一再请求辞职。于是康熙帝只得将他改调为四川提督，同时升湖广岳州总兵万正色为福建水师提督。万正色到福建后加紧督造战船，训练水军，准备同郑经的军队作战。
在清军调兵遣将的同时，郑军投诚者日见增多，到康熙十八年（1679年）十月，郑军中已是人心惶惶，“有识者知其将亡也”。十一月，郑军骁将吴淑在守城时，被城墙压死，郑经和刘国轩均认为这是不祥之兆。康熙十九年（1680年）二月，郑军得到情报：万正色自福州率清军水师进攻郑军。
郑经派林升为水师提督，率江胜、朱天贵等将带领水军北上抵御万正色；刘国轩则在陆上布置防御，对付姚启圣所率满、汉各路大军的进攻。郑经以为可以稳操胜券，结果林升所率水军在海坛与万正色稍有接仗，便找不到地方停船，一直退往金门料罗湾。这一下使郑经大为恐慌，而与此同时，清军正从陆上向郑军扑杀过来。郑经连令刘国轩退军。刘国轩接到退军令，只得将海澄等陆上防兵撤回。清军迅速地占领了失去了防守的据点。从二十五到二十七日仅3天，清军便占领了郑军经营的19个营寨以及海澄城。二十七日中午，厦门“全岛人民鼎沸，携男挈女，各自逃窜。莫能禁遏”。郑经见势不妙，急令撤回台湾。在内乱中， 几个欲投诚献功的水军官员差点将郑经擒住。“其百姓无船可渡者，遍满海滩。
号啕之声，与澎湃相和焉！甚至惨遭掳掠，情极赴水者，难以指数”。第二天，姚启圣率领清兵登上厦门，安抚百姓。接着朱天贵率文武官员600余人、精锐水师两万余人、战舰300艘在铜山投降了清军。到此，沿海诸岛平定。
郑经等只带了千余人逃窜。他无颜回台湾，在澎湖居留数日后，才被儿子接回。数年的闽海争夺，郑经以大败而归，损失了大量的军队。不久后，康熙帝终于平定三藩之乱，郑经不仅再也没有实力和机会反攻大陆，而且台湾岛内也发生了严重的危机，康熙帝收复台湾的日子已为时不远了。
力排众议，重新起用施琅
由于郑经多次拒绝招降，康熙帝便积极进行武力攻取的准备。康熙十八年（1679年）正月，康熙恢复福建水师，调镇江将军伯王之鼎为福建水师提督。王之鼎以未经水战，海岛不熟，恐误封疆，有负朝廷为由，多次上疏请求朝廷免去其水师提督一职。因而，于同年四月改调王之鼎为四川提督，提升湖广岳州水师总兵官万正色为福建水师提督，统辖全闽水师营务，以专职掌。万正色，字中庵，福建晋江人，也系投诚之人，后改姓黄，驻防山东。由于在平叛战争中立有战功，任陕西云安镇左营游击。在朝天关一战中，击杀吴三桂叛军千余人。被困于盘龙山，万正色率众人杀出重围。敌人闻其勇猛而称他为“黄大刀”。出任山西平鲁卫参将时，他又改回万姓。后调任湖广岳州水师总兵官，在洞庭湖荡平贼寇，功劳颇大。康熙帝见湖广战场收复岳州后，水师并非急需，于是将万正色调往福建任水师提督，准带岳州全部鸟船和水手，并从江南、浙江“选战舰百艘携往”，以加强福建水师；又调拨1.4万人充实水师实力，令将湖广所有西洋炮20具调拨福建，“用资剿御”。
万正色到任后，即积极筹备攻取金、厦，至康熙十九年（1680年）二月，万正色见时机已到，立即发兵进攻金、厦等地。姚启圣见无法阻拦，积极予以策应。于是，遣将渡海，先克海坛，随后又攻占金门、厦门，并在铜山招降朱天贵。康熙帝认为，进剿金、厦事宜，系提督万正色首先题请，“自当从优议 叙”，但总督姚启圣对此全力支持，“可仍着议叙”。
克取金、厦，澄清沿海之后，康熙帝立即于十九年（1680年）四月底派兵部侍郎温代前往福建，会同尚书介山、侍郎吴努春及总督、巡抚、提督等，就福建沿海设防及撤兵事宜进行商讨。经过反复商议，至八月初四，康熙决定在福建只留二千满洲兵，由将军喇哈达统辖，分别防守福州、漳州，其余2400余名全部撤回北京。福建留驻五千绿营兵，分设五营，抚标下辖1500名兵丁，分设二营。至通省防守兵，照原来的定制留5.1万余人，将其余的1.9万人全部裁撤。水师留2万人，裁撤5000人。提督驻镇海澄，其铜山、厦门诸处，分设总兵官、副将镇守。
次日，康熙谕令兵部：“台湾、澎湖，暂停进兵。令总督、巡抚等招抚贼寇。如有进取机宜，仍令明晰具奏。”
裁撤部分军队和“暂停进兵”，并不意味着放弃了台湾。当时尚之信已死，耿精忠已调离到北京，围剿云南叛军的大部队正在围攻云南，叛乱指日可灭。
“三藩”问题基本解决，台湾问题摆到了康熙帝面前。裁撤军队可以减轻百姓的负担，使社会安定，兵精饷足，更有利于进取。这时的康熙已经十分成熟老练，在战事上绝不贸然行事，而是积极准备，捕捉有利战机，再定决战。
康熙二十年（1681年）四月，姚启圣先后接到台湾傅为霖、廖康方的密报，正月二十八日，郑经病故，其长子监国郑克壁在三十日被杀死，年仅12岁的次子郑克塽即位。傅于密信中指出：“主幼国虚，内乱必萌，内外交并，无不立溃，时乎不可失也。”廖于信中要求：“贼势必发生内乱，此时正有机可乘，速恳发兵，救民于水火。”姚启圣据此上疏要求，“会合水陆官兵，审机乘便直捣巢穴”。康熙于六月初七日与大学士等会议后，当即发布谕旨。
“郑锦（经）已死去，贼人必乱了阵脚，宜乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣，巡抚吴兴祚，提督诺迈、万正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春，同心合力，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”这是康熙帝发出的进兵收复台湾的命令。
康熙决定进攻台湾，引起了朝臣们的不同反应。水师提督万正色上奏：“台湾断不可取。”朝廷高级官员讨论“进剿方略”时，“成谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”。闽海前线最高军事长官，镶黄旗满洲都统宁海将军喇哈达 对进攻台湾也表示反对。支持以武力进剿台湾的，有内阁学士李光地、福建总督姚启圣、福建巡抚吴兴祚等人。李光地，福建安溪人。他深知不收复台湾，东南永无宁日，不用武力，平定无期。他们支持武力征剿台湾郑氏，反映了闽浙地主阶级、知识分子渴望消灭战乱，在沿海地区恢复和平与安定的社会秩序的愿望。
在康熙任命万正色担任福建水师提督前后，姚启圣曾一再上疏举荐施琅担任此职。但施琅因有长子施齐（化名王世泽）、族侄施亥（明良）都在郑氏集团供职，所以朝廷对他不甚信任，迟迟未予任用。后来姚启圣查实施齐、施亥因谋“擒郑逆献厦门以报本朝”，于十九年（1680年）二月事泄被杀，两人满门灭口。此事使清廷解除怀疑，恢复了对施琅的信任。康熙二十年（1681年）七月，李光地也推荐施琅：“他是海上世仇，其心可保，又熟悉海上情形。其人还有谋略，为海上所畏。”此时，万正色对康熙进取台湾的策略依然表示反对，但是康熙帝毅然采纳李光地的建议，任命施琅为福建水师提督，代替怯懦的万正色。他于七月二十八日向议政王大臣等宣布：
“今诸路逆贼俱已歼除，应以现在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌统领舟师进取澎湖、台湾。其万正色改为陆路提督，诺迈还京候补。”
对于起用施琅，那些不同意进攻台湾的朝臣们坚决反对，“以为不可遣，去必叛”。康熙则坚信：施琅不去，“台湾断不能定”。于是排除一切阻力，作出正确抉择，表现了超人的胆略和见识。
严密部署，武力征讨台湾
三藩之乱后期，康熙帝在稳操胜券的情况下，把注意力转向了台湾。康熙十九年（1680年）八月，在台湾问题上，他同意大学士明珠所奏，“闽疆新定，逋逃残寇应静等它消亡，再若梗化，进剿未晚”。但君臣这一问答，已提出了用武力统一台湾问题。
康熙二十年（1681年）六月，姚启圣向康熙帝奏报郑经已死，台湾出现内乱 的情况，康熙帝认定时机成熟，谕督抚提商讨平定台湾一事，毋误事机。七月，他决策进攻台湾，迅速调整人事，根据学士李光地、总督姚启圣的推荐，他任命施琅为福建水师提督加太子少保，与将军督抚商议克期进取台、澎，原水师提督万正色改任陆路提督以配合水师收复台湾的工作。
当时，收复台湾问题引起了大臣们的争论，当康熙帝决定武力征讨后，“重臣宿将，至于道路之口，言海可平者百无一焉”。当康熙问及剿取方略时，廷臣就都推说海波难测，没有可以制胜的办法。陆路提督万正色是其中代表人物之一。他认为“台湾难攻，且不必攻”。比较起来，总督姚启圣对于进攻台湾最为支持。但他对清朝自己的水师信心不足，因而信奉“吾但以贼攻贼，贼亡无日矣”。在此情况下，他没有把精力放在训练水师之上，而是主张引荷兰殖民者参战，甚至提出派间谍、刺客去台湾的建议。大臣们的退缩不前，极不利于收复台湾的工作。
康熙作为最高决策者，他以坚定的决心与必胜的信心推动着整个事情向前顺利发展。
施琅自受命出任福建水师提督后，于康熙二十年（1681年）十月抵厦门视事，对于攻台一事，他采取了如下措施：
第一，整顿水师。选拔将领、训练水兵、修造海船、准备甲仗。施琅所挑选的将领有侍卫吴启爵、同安总兵吴英、兴化总兵林承、金门总兵陈龙、平阳总兵朱天贵、海坛总兵林贤等人。这项工作，施琅花了一年的时间才完成。
第二，再三申明进征台湾的必要性和取胜的必然性。康熙二十一年（1682年）夏，给事中孙蕙、坐塘笔帖式谭木哈图连续上疏，反对进攻台湾。七月，施琅上《决计进剿疏》，指出郑氏绝不会投降，内应又因无法得到及时的支援而不敢公然发难，只有进兵台湾才是唯一的破敌之法。
第三，要求清廷给以专征台湾的兵权。施琅作为加衔提督主持攻台事宜，仍要受督抚的节制，一旦双方意见出现分歧，便有可能被掣肘。当时福建督抚都决意进兵，平台建功，但施琅对此仍然有顾虑。从上任伊始，他就连续上疏，提出独任征剿的问题。这里反映出他与姚启圣等的矛盾。因他与总督意见不合，原定于二十年（1681年）五月的出兵计划落空了。事实证明，事权归一才能避免扯 皮，能更加顺利地开展征剿工作。施琅在《决计进剿疏》中重申要求独任，而令督抚为他提供物质供应，攻台不要有出兵的时间限制，只要顺风，他将出师台湾，如果不能收复台湾就治他的罪。他终于得到议政王大臣会议、明珠、李光地的有力支持，康熙看出问题症结，同意由“施琅相机自行进剿”，施琅终于可以大展拳脚了。
第四，制定作战方案。清军水师经过近一年整顿，已有精兵二万余人、战船三百艘，与郑军在数量上不相上下，作战本领也大有提高，而且士气正旺，但海战经验不如郑军丰富，而且郑军是以逸待劳。因此，施琅提出南风盛发的五、六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案：“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜！”在澎湖决战，一举歼灭郑军主力，可知明郑虚实，直取台湾，或“暂屯澎湖，扼其吭，拊其背，逼近巢穴，使其不战自溃，内谋自应”。总之，占据了澎湖就进可攻退可守，事半功倍。
准备过程每一步都异常地艰辛。总督姚启圣反对施琅的作战方案。姚启圣坚持乘九、十月北风起时两路出击，或先打台湾，后攻澎湖。在此方案被否定后，他又重弹“剿抚并用”老调，并派人渡过台湾海峡，对台湾进行招抚。施琅反对，抚局失败。
施琅全力准备征进。康熙二十二年（1683年）四月，他向姚启圣要求调捐膳船兵。姚启圣顾全大局，抛弃前嫌，分拨平阳总兵朱天贵统捐膳兵1100名、船61艘随同施琅出征，兴化总兵吴英统捐膳兵和陆师驾船43艘出海策应。
在姚启圣的全力支持下，六月十四日，施琅在铜山港誓师，统水师3万余人、战船300余艘进攻澎湖。
历尽艰难，成功收复台湾
当时澎湖、鸡笼都有郑军重兵把守。康熙二十年（1681年）冬，武平侯刘国轩出任总督守澎湖，左武卫何佑任北路总督守鸡笼，在那里修筑城池炮台，开沟浚濠，架设火炮，加强防御。澎湖是防守重点。刘国轩在此集中了官兵2万余人、战船200余艘，但与清军相比，澎湖守军在数量上处于明显劣势，而且粮饷不足，形势对郑军不利。但是郑军毕竟是一支久经战争考验的部队，其士兵英勇善战。右武卫林升、左武卫江胜、宣毅左镇丘辉、戎旗二镇吴潜等都表示要死守。因此，清军能否攻下澎湖是关系到整个战争的关键。
施琅水师于十五日出发，直驶澎湖。刘国轩闻讯戒备，但他慑于清军兵威，放弃了主动进攻，只作死守，幻想康熙四年（1665年）施琅征台历史重演，等候台风起，以逸待劳，不战而胜，他由此而丧失了战机。刘国轩命令陆上和各岛要口、战船都严密警戒。丘辉建议先发制人，乘清军战船停泊未定之际，发起攻击，被刘国轩拒绝。当日傍晚，清军从容进泊郑军防守力量薄弱的八罩岛、猫屿、花屿。丘辉再次请战，提出乘晚上潮落时奇袭清军，又遭拒绝。刘国轩期望夜半风起，会把清军扫荡无遗。刘国轩最终失望了。
第二天清晨，清军水师开始进攻澎湖。刘国轩赶忙指挥各部迎战。清军因战船密集，互相挤靠在一起，不得施展。在船尾指挥作战的施琅被流炮击中，他为稳定军心，站起来继续指挥。蓝理见提督坐船被困，直冲过来，连续击沉几艘敌船，总算解围。激战中，蓝理中炮，血流不止，仍高喊督战，后又被炸伤左腿，施琅见攻击不利，便下令全军暂时退出战斗。
丘辉此时又提出要夜袭清军，刘国轩仍坚持扼险守隘，坐等风起。十八日，清军进取虎井、桶盘两屿，向郑军主力逼近。施琅亲自视察岛屿形势，准备与郑军决一死战。
二十二日，澎湖决战爆发。清军吸取了上次作战的教训，改变战术，主力分路进击：战船50艘从东路攻鸡笼屿，派50艘战舰从西路入牛心澳，以牵制敌人；56艘均为八股，各作三叠，施琅领一股居中调度，总兵、游击等官分领其余七股直扑郑军大营，余船分股后援。刘国轩指挥迎战，一场血战开始了。清朱天贵喊话招降，中炮阵亡。林贤的战舰遭丘辉、江胜等的包围，林贤四面应战，身负重伤。清兵援舰到达，与林贤内外夹攻。炮火矢石交攻如雨，烟焰张天。清军东、西两路奋勇夹击。双方都奋不顾身，自辰至申，持续激战。清军8条船围攻丘辉，丘辉左足断右足伤，但他坚持督战，直到自己被炸牺牲。施琅在组织和使用力量方面，充分发挥数量上的长处，集中优势兵力，将郑军战船一只一只地消灭。他命令实行“五梅花”，即“遇贼船一只，即会数只合攻”，“以五船结一 队，攻彼一只”。这一战术十分有效，基本歼灭了郑军的有生力量。郑军被击沉、焚毁战船百余艘，征北将军曾瑞、水师副都督左虎卫江钦等将领阵亡，江胜、吴潜等自杀，1.2万名士兵阵亡，将军果毅中镇杨德等将领165人率余部4800余人投降。刘国轩仅带30只船逃回台湾。
澎湖大战以清军的胜利宣告结束，随后澎湖三十六岛皆降。清军官兵战死329人，伤1800人。几天来，施琅一面出告示安民，一面向总督姚启圣和康熙帝奏报澎湖大捷。
澎湖大战的胜利，基本上消灭了郑军的有生力量，无论和、战，台湾都已经是清军的囊中之物。
澎湖激战，郑军主力尽灭，为和平解决台湾问题奠定了基础。
清军取得海战的胜利有其必然性。清军在政治上以统一对割据，在军事上、经济上处于优势地位，这决定了其将取得最后的胜利。交战双方在战争指导思想和战术运用上，施琅的正确、刘国轩的错误导致了郑军的失败。这之间也有偶然性，施琅不可能拥有科学的气候预测手段，“稽古以来，六月时序，澎湖无五日和风，即骤起飓台，怒涛山高，变幻莫测，三军命悬，悉听于天”，在这点上他又有些冒险，他此次“抵澎旬余日，海不扬波”，刘国轩期待的台风竟没有到来，是偶然性帮助清军成功。
澎湖失守后，冯锡范令台湾各港严加防备。但北路总督何韦占等却秘密向清军通谋纳款，并将淡水港的守军撤走。明郑内部发生了严重分裂。闰六月初，当郑克塽集议战守时，冯锡范等主张南走，而刘国轩力主投降。
施琅大军仍驻澎湖，一面因台湾港道深浅莫辨，到北风起时再进军，就有更大的把握。在这段时间里，施琅乘机做进军台湾的准备，一面派刘国轩旧部曾蜚乘胜去台招抚。郑克塽、刘国轩上表请降。七月，台湾兵民剃发投降。
到此，台湾成功收复，江山统一。
台湾收复后，清廷内部又发生了对于台湾的弃留之争。有人认为台湾孤悬于海外，没有多大的占领价值。而施琅则坚决反对放弃台湾的主张。他认为：台湾是浙闽粤四省之屏蔽，倘若放弃台湾必为红毛（荷兰）复占，“乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虞”。“弃之必酿大祸，留之诚永固边圉。”康熙赞同施琅的意见，于康熙二十三年（1684年），清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台澎分别驻兵一万人，设官治理、筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。
名家回眸
台湾自古就是中国的领土，是大陆不可分割的一部分，台湾在古代与大陆本属一块陆地，由于地壳的运动，海水内灌，从此大陆与台湾隔海相望，但是无论从板块上，还是地质结构上，两者实为一体，因此大陆与台湾本是同根生，理应统一。
着名史学家柏杨先生曾把台湾与海南岛比作两只拳头，保卫着中国的海疆。从这点看台湾又是一个重要的战略位置。台湾问题的解决，关键在于康熙的知人善任，他既没有御驾亲征，也没有具体的作战方略做出指示，而是选用了几名得力的官员。姚启圣、万正色、施琅三人，就其出生而论，是三种不同类型的人才。康熙把他们从众官将中选拔出来，大胆使用，且用而不疑。他们得到了皇上的支持，都为收复台湾立下了汗马功劳。所以说如果平定“三藩”之乱，显示了康熙的坚决、果断与智慧，那么在这场收复台湾的战争中，则充分显示了康熙的知人善用、用人不疑的宽大胸襟和用人策略。所以柏杨赞美道：康熙是中国历史上最英明的君主之一，年轻气壮，有刘邦豁达大度的胸襟和李世民知人善用的智慧。
清史研究家王钟翰在《王钟翰说清史》一书中指出，近来国内史学界很多人把收复台湾之功全归于施琅而不予姚启圣。而着名历史学家戴逸主编的《简明清史》中，则以收复台湾一役，姚、施相提并论，似无抑扬其间者矣。平心而论，对于台湾一役，施琅与姚启圣的功与过，仁者见仁，智者见者，古今的评价本来就不应该强求一致。
草原豺狼的进攻——康熙三征噶尔丹
上天似乎对康熙“情有独钟”，刚刚平定了三藩内乱，就来了俄罗斯侵边；刚解决完东北，西北又杀来了噶尔丹。真是杀完了狗，对付完了熊，紧接着狼又来了，内忧外患一件接着一件。
噶尔丹是漠西厄鲁特蒙古准噶尔部的首领。康熙九年（1670年），准噶尔部内部出现争权斗争，噶尔丹乘机从西藏回到该部，杀死侄儿，囚禁其叔，消灭竞争对手，夺取该部领导权。康熙十六年，噶尔丹出兵攻灭和硕特部，自称博硕克图汗，胁迫各部听其驱从，成为厄鲁特各蒙古的盟主。康熙十七年（1678年），噶尔丹将天山南路叶尔羌等回部各城攻灭，势力日渐强大。此时喀尔喀蒙古内部出现了不和，噶尔丹想利用此机会，一统众蒙古，称霸北部，与清王朝一较长短。
漠北喀尔喀蒙古是元太祖成吉思汗十五世孙达延汗的后裔。达延汗死后，诸子大都内迁，只有幼子留居故地，将其部众分为七旗，号喀尔喀。到明末，喀尔喀又分成土谢图汗、札萨克图汗和车臣汗三大部。崇德三年（1638年），三部分别向清政府上表称臣，献“九白之贡”，从此确立了三部与清王朝的隶属关系。
同年赛因诺颜部也遣使通贡，喀尔喀蒙古全部臣属于中央政府。清世祖顺治十二年（1655年），喀尔喀蒙古三汗及赛因诺颜部首领奉表派遣子弟向清王朝朝贡，清廷在其地设八札萨克，分左右翼。左翼有土谢图汗部、车臣汗部及赛音诺颜部，札萨克图汗部独成右翼。康熙元年（1662年）右翼札萨克图汗部发生内乱，札萨克图汗在乱中被杀死，其部属大都投向左翼土谢图汗，从此，左右两翼因属民问题长期不和。噶尔丹为达到控制喀尔喀蒙古三部的目的，企图利用喀尔喀蒙古左、右翼的矛盾。康熙为避免喀尔喀蒙古分裂和自相残杀，建议双方在库伦会盟，谕旨两翼和睦相处。噶尔丹借口喀尔喀蒙古宗教领袖哲布尊丹巴在会盟时对达赖喇嘛的使者礼数不敬，于康熙二十七年（1688年）悍然出兵入侵喀尔喀。沙 俄侵略者也乘机从乌丁斯克出兵攻击土谢图汗部，与噶尔丹相呼应。在噶尔丹和沙俄侵略者的两面夹击下，喀尔喀蒙古处境极其危险。当时土谢图汗正率主力部队在北方与俄军作战。在噶尔丹的突然袭击下，土谢图汗部顿时乱了阵脚，哲布尊丹巴遂要求南迁，内附清王朝。九月，土谢图汗与哲布尊丹巴率部众进入清王朝境内，请求清廷保护，以后又有车臣汗和札萨克图汗所属来归，清廷一律大加优待，将喀尔喀部众分别安置在苏尼特、乌珠穆沁、乌喇特牧地游牧。
康熙二十九年（1690年）五月，噶尔丹发动了新的进攻。他借口讨伐喀尔喀蒙古，率军二万余人，沿索约尔济河南下，攻入内蒙古乌珠穆沁境内，“剥下守汛界者衣服，出言不逊”。六月十四日，进至乌尔会河东乌兰之地，在该地大肆烧杀抢劫，受害者“遍及四佐领之人”。
针对噶尔丹的进攻，康熙帝派理藩院尚书阿喇尼、兵部尚书纪尔他布领六千余各部蒙古兵驻守洮儿河上游，跟踪其后，侦察、奏报，待镶蓝旗满洲都统额赫纳军队、科尔沁达尔汉亲王班第军队、盛京乌喇满洲军队到达，再“同时击之”。可是，阿喇尼对噶尔丹的杀掠行径极为愤慨，竟违抗旨令贸然出战，于六月二十一日偷袭噶尔丹兵营于乌尔会河地方，结果失利，退驻鄂尔折伊图，“以俟诸军”。
噶尔丹气焰嚣张，进一步向内地深入。康熙帝对此极为恼怒，因为这不仅挫伤了清军的锐气，使噶尔丹更加嚣张，还使康熙帝担心因此打草惊蛇，使噶尔丹感到清政府准备大举讨伐他，而乘势溜掉。因此，康熙帝命大臣就此事商议。清廷中一些勋贵大臣认为蛮夷荒服，唯有驱逐防守而已，如果派出军队进行讨伐，未必能消灭噶尔丹。康熙认为，噶尔丹借机无端生事，举兵大举进犯，他的野心不小，如果不狠狠地打击他，恐怕后患无穷，且喀尔喀也不能长期借地游牧，于是决定御驾亲征。以裕亲王福全为抚远大将军，皇长子允褆副之，出古北口；以恭亲王常宁为安北大将军，简亲王喇布、信郡王鄂札副之，出喜峰口；内大臣舅佟国纲、佟国维，内大臣索额图、明珠、阿密达，都统苏努、喇克达、彭春、阿席坦等参赞军务。七月初六，清军主力在福全的率领下从北京出发，准备阻击南下噶尔丹军。七月十四日，康熙帝也离开北京，巡行边塞，打算亲临前线指挥，不料突患感冒，不得已只得取消亲征噶尔丹的计划，前线各路兵马听大将军调用。
噶尔丹气焰嚣张，于七月十五日向清廷宣战，大举进犯，屯于西巴尔台（今内蒙古克什克腾旗土河），此后逐步南下，于二十七日占据乌兰布通，仅距京师七百里。利用有利地形，噶尔丹布阵于山岗，在骆驼背上加上箱垛，并蒙上湿毡子，让它们环卧于大军阵前，士卒备钩钜，躲在骆驼后面，伺机放箭发炮，号曰“驼城”。八月初一，清军向乌兰布通推进，向噶尔丹大军发起猛攻。在清军攻击下，噶尔丹“驼城”被攻破，清军乘胜进击，大败叛军，噶尔丹乘夜遁去。
乌兰布通之战虽然未能消灭噶尔丹的力量，但却沉重地打击了他的嚣张气焰，使其实力大大削弱。噶尔丹的军队在战斗中损失惨重，而且“归路遭罹瘟疫，得还科布多者，不过数千人耳”。其侄策妄阿拉布坦，在噶尔丹尚未进入漠北以前，即率5000人逃回伊犁河流域，这次乘其南侵之机，偷袭了噶尔丹的后方基地科布多，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”。乌兰布通一役使噶尔丹认识到了清王朝强大的军事实力。因而此战之后，噶尔丹改变了他的傲慢态度，不仅不再坚持索要土谢图汗及哲布尊丹巴，而且还发誓称“自此不敢犯喀尔喀”。康熙遂于八月十八日遣人敕谕噶尔丹，历数其“率兵入我边汛，行劫乌珠穆素”之罪，并严正声明：“尔今率尔兵出界而居，不得擅犯我属下部喀尔喀一人一畜，亦不得有一人与众部落往来通使”；“若再违背誓言，发动攻击与劫掠之事，朕厉兵秣马，必务穷讨，断不中止”。这就不仅进一步肯定喀尔喀与清朝的臣属地位，为多伦会盟打下基础，而且警告了噶尔丹，如果噶尔丹胆敢再侵犯喀尔喀，清廷就必将大举征讨。
多伦会盟
我国的蒙古族在清初分裂为三大部：外藩蒙古、喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古。
清太宗天聪年间（1627～1636年），清基本统一了内蒙古。崇德三年（1638年），喀尔喀向清王朝俯首称臣，献“九白之贡”。崇德二年（1637年），固始汗派使者向清纳贡，“阅岁乃至”，厄鲁特蒙古自此建立了与清王朝的臣属关系。
喀尔喀蒙古是元太祖成吉思汗十五世孙达延汗的后裔。达延汗死后，他的儿子大多数迁入内蒙古，按蒙古习惯，得由小儿子札赍尔浑台吉留守在原地，他统领的部被称为喀尔喀，所领万余人分为七旗，由札赍尔浑台吉的7个儿子分别统领。明朝末年，喀尔喀蒙古分裂为土谢图汗、札萨克图汗及车臣汗三大部，大致在东达额尔古纳河和呼伦贝尔，西抵阿尔泰山，南邻内蒙古，北面包括贝加尔湖直到石勒喀河的广大游牧地区。
清太宗崇德元年（1636年）清政府统一内蒙古之后，采取了“因其教不易其俗”的策略，得到蒙古各部的支持与拥护。崇德三年（1638年），喀尔喀汗也向清朝投表称臣，献“九白之贡”。
顺治三年（1646年），清军入关，没有更多精力兼顾北疆。车臣汗乘这个机会，诱使内蒙古苏尼特部腾机思等叛清。清王朝封多铎为扬威大将军，与承泽郡王硕塞一起率兵镇压叛乱。顺治五年（1648年），腾机思向清朝投降，车臣汗等亦上表请罪，叛乱平息，喀尔喀蒙古又派使者恢复与清王朝的朝贡关系。顺治十二年（1655年），喀尔喀蒙古汗及赛因诺颜部各遣子弟来朝，清廷在其地设八札萨克，将喀尔喀蒙古各部分为左右两翼。土谢图汗、车臣汗、赛因诺颜部属左翼，札萨克图汗单独组成右翼。喀尔喀蒙古与清朝政府的关系更加密切。
康熙元年（1662年），右翼札萨克图汗部发生自相残杀，札萨克图汗与罗布藏台吉额琳沁互相攻杀，札萨克图汗被杀。其兄绰墨尔根自立为汗，因未得到清王朝的同意，部众不服，大多投向左翼土谢图汗。康熙九年（1670年），清政府下诏废掉绰墨尔根，另立札萨克图汗的弟弟成衮继承汗位。成衮死后，子沙喇继位，与左翼土谢图汗矛盾日深。西北地区的准噶尔部逐渐强大起来，准噶尔部是厄鲁特蒙古之一部，游牧于巴尔喀什湖以东、以南的广大地区。康熙九年，准噶尔部发生争权夺利的内乱，首领僧格被杀。僧格之同母弟噶尔丹在西藏当喇嘛，闻讯赶回，他以达赖喇嘛的名义提出要为僧格报仇。他驱逐了僧格的敌人车臣台吉，杀掉僧格的儿子索诺木阿拉布坦，并把叔父楚虑尔乌巴什囚禁起来，这样他便消灭了所有竞争的对手，控制了准噶尔部。康熙十六年，噶尔丹出兵攻灭已移居青海的和硕特部，杀其部长——自己的岳祖父鄂齐尔图车臣汗。噶尔丹灭和硕特之后，“自称博硕克图汗，威胁厄鲁特蒙古其他部奉他命令行事，成为厄鲁特蒙古各部的霸主”。康熙十七年（1678年），噶尔丹乘维吾尔族地区内部教派之争，攻取天山南路叶尔羌诸部，西侵哈萨克、布鲁特等地，“尽执元裔诸汗”， 迁居天山以北。噶尔丹还侵占哈密和吐鲁番，占据了河西走廊的西部，并对喀尔喀蒙古诸部的内部事务指手画脚。噶尔丹势力及其野心的增长，对清王朝的统一和边境安宁构成了极大的危害。
对准噶尔内部的事务，康熙并不干涉，他同意了噶尔丹的请求，允许他如其兄僧格旧例，“照常遣使进贡”，承认了噶尔丹在准噶尔部的领导地位。
但对于噶尔丹的吞并与攻略行动，康熙表示了反对。他主张各部之间和睦相处，不要发生争端；若发生矛盾应向上禀报，由朝廷“遣使评其曲直，以免生民于涂炭”。
噶尔丹野心勃勃，欲一统蒙古各部。遂利用喀尔喀蒙古左右翼间矛盾，企图引诱喀尔喀蒙古右翼归降他。同时他还勾结沙俄侵略者，欲图消灭左翼，从而实现侵占喀尔喀蒙古的野心。战争已近在眼前了。为避免喀尔喀蒙古分裂和自相残杀，康熙曾多方调解，最后建议双方会盟。康熙二十五年（1686年）康熙帝派理藩院尚书阿喇尼等，并邀达赖喇嘛使臣噶尔直西勒图，到喀尔喀主持会盟事宜。同年八月十六日，阿喇尼召集喀尔喀蒙古互相对立的左、右两翼的汗、济农、台吉等，在库伦的伯勒奇尔举行会盟。阿喇尼向与会众蒙古首领宣示了康熙帝谕旨：“尔等以兄弟之亲互相吞并，异日必致交恶生乱，朕心恻焉……尔汗、济农、台吉等，当仰体朕意及达赖喇嘛之心，尽释前怨，将兄弟人民各归本扎萨克，令其和协，照旧安居。”对康熙帝的谕旨，喀尔喀众蒙古首领等一致表示遵从，并一起在噶尔直西勒图及喀尔喀宗教领袖哲布尊丹巴胡土克图面前立下誓言。阿喇尼等又令两翼将互相侵占的台吉人民各归本主；济农、台吉等亦立誓，今后永远和睦相处。在这次会盟中将原设八旗析为十四旗。
噶尔丹为达到自己的目的，蓄意破坏会盟。康熙二十六年（1687年），噶尔丹借口会盟中，哲布尊丹巴对使者不恭，率3万大军控制札萨克图汗部，唆使沙喇进攻土谢图汗，并命其弟多尔济札卜领兵掠夺右翼人畜。土谢图汗在愤怒之中，贸然出兵击杀沙喇和多尔济札卜。噶尔丹以此为口实，于康熙二十七年（1688年），大举进攻喀尔喀左翼，在特木尔大败土谢图汗，直逼库伦。与此同时，沙俄也与噶尔丹相呼应，从乌丁斯克出兵。
噶尔丹发动兼并喀尔喀蒙古的战争，是与沙俄对中国的侵略相呼应的。沙 俄在17世纪60年代占领了我国喀尔喀蒙古地区贝加尔湖至石勒喀河的大片领土，并妄图侵入喀尔喀腹地。对众蒙古王公贵族，沙俄极力拉拢他们，妄图把他们变成俄国的臣民，把其属下的居民变成向俄国提供实物税的属民，吞并他们居住的土地。噶尔丹成为准噶尔的首脑后，沙俄企图利用他作为侵略工具，把势力伸入喀尔喀蒙古及漠西蒙古等地。噶尔丹为了实现其吞并众蒙古的野心，不惜勾结沙俄，引狼入室。从17世纪70年代起，噶尔丹几乎每年都遣使赴俄。当噶尔丹发动对喀尔喀蒙古的战争时，沙俄侵略军也从乌丁斯克出动。噶尔丹侵入克鲁伦河地色楞额的英格特布哈等地的根敦戴青亦率“所属七百余户、四台吉及千余弓箭手，共三千余口”归附，康熙在接见他时“加恩授为扎萨克多罗贝勒”。清廷的政策吸引了失散在国内各地的喀尔喀蒙古人，同时也对流亡国外的喀尔喀蒙古部落产生了强大的吸引力。有些过去流入俄国的蒙古族，陆续回归祖国。三十年（1691年）车臣汗部车卜登属下千余户从俄国回归祖国，三十二年（1693年），土谢图汗部车陵扎卜等八台吉率领部下六百余丁，摆脱沙俄控制，迁入克鲁伦河畔的巴颜乌兰草原，与西卜退哈滩巴图尔一起游牧，康熙授车陵扎卜为扎萨克一等台吉，把他的部众编为四佐领。由于喀尔喀重新统一，并加强了内部团结，其实力进一步发展，在巩固边疆及抗击外敌的斗争中地位日益重要。
康熙二度亲征
噶尔丹逃回科布多后，一面收集残余力量，发展势力，图谋东山再起，一面派人去莫斯科，向沙俄乞求支援。噶尔丹于康熙三十年（1691年）起，多次派使者去沙俄活动。他给沙皇写信说：“我等与陛下一向是具有同一事业的兄弟，蒙古乃陛下我等之敌人，为了你我双方事业的成功，敬请陛下就兵员、火药、铅弹和大炮等一切作战之所需，给予至善的谕旨。”这一请求对沙俄来说求之不得，此后沙俄多次遣使会见噶尔丹，在沙皇俄国的支持下，噶尔丹的野心又迅速膨胀起来。与此同时，他给喀尔喀蒙古和内蒙古一些首领写信，大力煽动叛乱，挑拨各部与清朝的关系。为积蓄力量，恢复元气，噶尔丹在大草原上带兵到处抢劫，掠夺他部的牲畜及其他财产。他还杀害清王朝的官员，噶尔丹的行为与野心使大 草原再次笼罩在战争的血腥气氛之中。
康熙三十一年（1692年）八月，噶尔丹派人在哈密附近杀害了前往策妄阿拉布坦的清使马迪等官员。不久噶尔丹又重新提出索要土谢图汗和哲布尊丹巴，并要求康熙帝把喀尔喀蒙古各部内迁牧民送还故地。并密派使者在内蒙古到处散发书信，煽动当地人民叛乱。康熙三十四年（1695年），噶尔丹率骑兵3万，沿克鲁伦而下，向漠南发起大举进攻，又燃叛乱战火。
康熙三十五年（1696年），面对噶尔丹的疯狂进犯，康熙帝决定再次御驾亲征。他命黑龙江将军萨布素率盛京兵两千，宁古塔兵一千，科尔沁兵四千，沿克鲁伦河进击，这是东路兵；西路，由费扬古统率蒙古兵从归化出发进击噶尔丹，以切断他的退路；康熙帝则统率大军出中路，从独石口迎击噶尔丹大军。五月，康熙率军到达拖陵布喇克。他派人到噶尔丹军中宣布皇帝敕谕，向噶尔丹指出清廷三路大军已到，但皇上因不忍见生灵涂炭，故希望与噶尔丹会面，以划界分治。噶尔丹对此置之不理。五月初七，清军侦探到噶尔丹的位置，康熙立即率兵从枯库车尔地方迎击噶尔丹。他亲率前锋兵在前，诸军依次前进，“兵威之盛弥山遍野，不见边际，整齐严密，肃然无声”。是日，清军在西巴尔台驻下，噶尔丹“乞暂缓师”，康熙清楚他另有图谋，便以“此地乏水”为由，拒绝了噶尔丹。次日，直趋克鲁伦河。克鲁伦乃兵家必争之地，康熙亲“率数人登高执圆镜远望”，观察地形，然后部署兵力。他派遣科尔沁土谢图亲王沙津、达尔汉亲王班第、喀尔喀车臣汗等率军“往据西方巴尔代哈山麓高处，佯作全军从此经行之状”，以引诱敌人。同时康熙帝亲率大军“争先据河”。噶尔丹对康熙帝御驾亲征之事并不相信，说：“康熙皇帝不在中国安居逸乐，过此无水瀚海之地，宁能飞渡乎？”后从康熙放回的厄鲁特人口中得知皇帝确实亲自率军作战，他又到北方孟纳尔山遥望清军大兵队伍行列规模“不似乌兰布通时”，方大惊失色说：
“是从天而降耶！”于是传令众人，放弃庐帐器械全军撤去。
康熙抵达克鲁伦，对各队领军大臣说：“噶尔丹若据克鲁伦河，我兵夺河交战犹稍费力，今观其不于此拒战，而竞逃窜，是自开门户以与我也。审其情形，肯定是连夜逃跑而去，当轻骑急追。”自五月初八至十二日，康熙以“疾驰莫惮追奔力，须使穷禽入网罗”的决心，率领清军将士追赶了五天，经克勒河溯流到拖讷阿林（拖讷山）。此刻，由于进军太快，军粮不继，康熙不得已决定，改由全部前锋军、满洲火器营兵及亲随护军组成一支精悍部队，每人带足二十日口粮，由刚授平北大将军的内大臣马思喀率领，继续追讨噶尔丹。康熙自出师以来，“不怀安逸，不恃尊崇，与军士同其菲食，日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”，一直挥军前进，有时因驻跸处条件不好，臣下们打算退几步重新设置皇帝的行幄，康熙也不答应。这次只因“西路兵及两路饷皆未如约而至”，他不得不安排轻骑前进，自率大队回军迎粮。他料定噶尔丹此次难以逃脱，“捷音数日内即到”。中、西两路大军距敌主力越来越近，清军已形成了对噶尔丹的夹击之势。
西路两支军队一路克服了粮饷难继、马匹倒毙等无数的困难，为加快行军速度，不得不中途汰除羸弱疲病兵卒，集中精锐兵士和粮食日夜行进。当两支队伍会师翁金后，清军将士得知康熙帝也在前线时，更加快了行程。五月初四兵抵土拉河（今乌兰巴托西南）。当全军刚刚行抵昭莫多，他们便遭遇了噶尔丹的先头部队。费扬古来不及布阵，立即命令将士各据险要，一万四千余清军在昭莫多布下擒寇的网罗。
昭莫多，蒙古语大树林之义。此地依水临山，森林丛集，地理位置重要，是克鲁伦河至土拉河的必经之地。当噶尔丹在窜逃途中听说清军两路兵马正全力赶赴昭莫多地时，噶尔丹异常担心会被阻击在昭莫多一带，那将是灾难性的。于是他催促他的部卒拼命前进，以抢占昭莫多一地，据险以遏清军。但他还是迟了一步，清军正在昭莫多等着他的到来。
清军刚进入阵地，噶尔丹军队便蜂拥而至，犹如一波狂涛袭来。想逃命的叛军一次又一次地向清军阵地发起冲击，小山岗前人喊马嘶，山林摇动。清军凭借有利地势，枪炮齐发，噶尔丹的叛军被毙伤无数。双方枪铳互射，昭莫多被笼罩在浓浓的烟雾之中。夕阳西沉，双方仍在拼杀。噶尔丹的亲信将领中有不少人已丧身于清军的炮火之下，而清军也有不少伤亡，双方胜负未分。
噶尔丹眼见与清军激战一个下午，也无法突破清军的阵地，便想利用黑夜的掩护，偷偷溜掉。但他的行动被清军发现了。清军宁夏总兵殷化行向主帅费扬古建议，偷袭噶尔丹后路。于是，费扬古便派出一支精锐部队绕过阵前，突然间向噶尔 丹的背部发动猛攻。噶尔丹部顿时陷入混乱当中，在清军的两面夹击下，腹背受敌的噶尔丹全线崩溃。噶尔丹的妻子阿奴在混战中被杀，部众被清军击毙无数。噶尔丹见此情景，心知大势已去，便在心腹的保护下，夺路逃命而去。清军大获全胜。
昭莫多战后，噶尔丹已无路可逃，流窜于塔米尔河流域。为了彻底消灭噶尔丹反叛势力，康熙采取收抚降众、遏绝噶尔丹外援的策略，彻底地孤立了噶尔丹。噶尔丹之侄策妄阿拉布坦此时也遣使入朝，接受清朝的册封，噶尔丹已处于四面楚歌的境地，但他顽固不化，拒不接受清廷招抚。
康熙三征噶尔丹
康熙在第二次亲自征伐噶尔丹还没结束时，就已经开始准备第三次征伐的工作。诸如：派户部尚书兼属理藩院事马齐到陕甘一带，通往宁夏，于“并阅大兵所行之路”设立驿站；派副统领阿南达调查从宁夏及嘉峪关西路出兵，至噶尔丹盘踞的萨克萨特呼里克的道里远近。康熙三十六年（1697年）正月，大臣以及一些官员有些轻敌，劝说皇帝停止亲征。康熙觉察到形势的发展对自己有利，并且到处存在轻敌思想，所以，他多次说明亲征宁夏的原因和益处。他对大学士说：“览周士皇所奏，虽臣子之情当然，但周士皇未知其中之故”，正因噶尔丹“今穷困已极，故乘此机会，亲临塞外，酌量调度”。以前吴三桂的背叛，对之重视不够，没有迅速派遣充足的大兵，所以“吴三桂煽惑人心，遂至滋蔓”，后来“朕日夜绸缪，调遣大兵，几费心力，方得扑灭”。由此可见，如果不在噶尔丹处于不利形势之下及时征伐，以后必然会花费更多的物力、兵力，会有更多的困难。
康熙三十六年（1697年）二月初六，康熙第三次亲自率兵征伐噶尔丹，从京城出发，通过了山西大同，陕北的府谷、神木、榆林等地，由边外前行，三月二十六日抵达宁夏。
这在西北蒙古诸部中引起巨大震动。那些立场不坚定的台吉们觉察到自己已无力抗争，于是纷纷上疏请罪，愿意归顺朝廷，更有甚者还愿意与朝廷共剿噶尔丹，这正合康熙之意。与此同时，康熙帝调派两路大军进剿。一路由大将军费扬古率兵三千出归化，由昭武将军马斯喀率兵二千出宁夏，在郭多哩处会合（今蒙古人民共和国达兰扎达加德附近），然后北进；另一路由孙思克、博霁率西安、甘肃兵二千前往肃州，再由阿南达率领出嘉峪关，取道哈密北进。在一个月之内，康熙皇帝安排好运粮和调遣各路大军的事务。闰三月十五日从宁夏北上，半个月后，到达了狼山的南面，亲自送行宁夏一路兵。四月初七，在河套一带离岸登舟，沿黄河顺流而下。
康熙帝踏上归途，可他的心惦念着在无水无草的沙碛中前进的将士。他坚信这一次必胜，不会再有像克鲁伦河回撤的那种担心。他知道噶尔丹已是死期将至，数日内当有佳音传来。四月十四日夜，有消息传来说噶尔丹已死。康熙皇帝不敢相信，十分激动，迅速上岸，连夜亲自迎接送信的使者。十五日早晨，一小船自上游急驶而来。散秩大臣布克韬登岸跪呈大将军费扬古奏章，上面清清楚楚地写着：闰三月十三日，噶尔丹在阿察阿穆塔台地方“清晨得病，其晚即死，不知何症”。丹济拉等“携噶尔丹尸骸及噶尔丹之女钟齐海，共率三百户来归”。
康熙帝拿着奏疏，心情久久不能平静。近20年来，西北、北部边疆动荡难安，人民流离失所，时刻威胁着内地的稳定，引起沙俄对领土的觊觎蚕食，噶尔丹之罪是死有余辜。而八年平叛，无数将士饱经风霜雨雪，忍受着酷暑严寒的折磨，饥渴难耐，尝够了艰辛，甚至葬身沙海和战场。康熙帝自己也没有贪图安逸享受，三次亲自率兵征伐，每日分兵派将，“筹划储备兵马钱粮，无晷刻之闲。
在路也，晨则蒙雾露，昼则冒尘沙，口疲于诫诲，手胼于鞭辔，行数千里之外，以至于斯者，亦只以此孑遗之噶尔丹之故也”。心患已除掉，西北地区从此就稳定下来，“今紧要喜庆之大事，无有过于此者”，他当即给在京主政的皇太子胤礽写信，让天下所有的人都知道这一喜讯，与他共同分享胜利的喜悦。他激动万分，以至于出现“持笔不能成文”的现象。
康熙帝在黄河岸边对天叩拜，随后全体文武官员及兵士举行了庆贺礼。他下令命费扬古率兵到丹济拉处，让那些出征的部队马上撤回，把投降的人押回来。
马上的康熙帝，按辔缓行，对身边的太监说：“噶尔丹已死，各部皆已归顺，大事已毕。朕两岁之间三出沙漠，栉风沐雨，并日而餐，不毛不水之地，黄沙无人之境，可谓苦而不言苦，人皆避而朕不避，千辛万苦之中立此大功。朕之一生，可谓乐矣，可谓至矣，可谓尽矣。”五月十六日，康熙帝胜利归京。
名家回眸
对噶尔丹的征讨，在历史上意义深远。它扫除了漠北、西北地区一大不安定因素，社会秩序有所稳定，在不同程度上加强了清政府对喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古的统一管辖。不仅如此，其对加强边防、禁止他国入侵也作出了卓越的贡献。沙俄对我国蒙古族居住地区的侵略，寄希望于噶尔丹的配合。康熙平定噶尔丹叛乱，使沙俄失去了依靠力量，且团结众蒙古部落，使之成为抵御沙俄侵略的屏障。
我国着名史学家陈寅恪先生在评论这段历史时说：蒙古这个历史难题是从秦汉时的匈奴到明朝两千年来没有解决的问题，康熙把这个问题解决了，这是一个很大的历史贡献。
“前门进狼，后门进虎”——征战沙俄
沙俄犯境
沙俄在16世纪以前还是个欧洲国家，与中国并不接壤。16世纪下半叶，俄国人开始越过乌拉尔山向东疯狂扩张，于明万历四十七年（1619年），在叶尼塞河中游建立叶尼塞斯克；接着一路征服，于明崇祯五年（1632年）侵入勒拿河流域，建立雅库次克城。从此，俄国才与中国接壤。叶尼塞斯克、雅库次克也成为沙俄后来侵略我国黑龙江流域的两个主要据点。崇祯十六年（1643年），雅库次克督军戈洛文派遣波雅科夫等人，沿勒拿河支流阿尔丹河，进入我国领土之内，吞食我黑龙江流域的土地，中俄边界由此产生纠纷。
黑龙江流域自古就是中国的神圣领土。满族人的祖先肃慎、挹娄、勿吉、靺鞨、女真就一直在这片土地上生活。早在公元前11世纪，肃慎即向西周贡“楛矢石磐”，与中原发生了政治联系。汉朝时，肃慎又名挹娄，臣属于汉属国夫余，他们广泛地分布于黑龙江中下游、乌苏里江流域，以至太平洋海岸，他们活动的地区，都是汉朝的疆域。北魏时，肃慎改称为勿吉，据《魏书》记载，从471年到550年，勿吉年年向北魏、东魏朝贡。到了隋朝，勿吉被称为靺鞨，其着名首领度地稽率领部族移居柳城（今辽宁省朝阳），被隋炀帝封为金紫光禄大夫、辽西太守。唐朝时，中央政府开始在黑龙江及乌苏里江流域建立行政管辖机构。当时靺鞨分为黑水、粟末两大部，唐朝政府即在黑水部设立黑水都督府，在粟末部设立渤海都督府。以后，辽、金、元等朝对东北地区都行使管辖权，中国对其拥有主权。明朝兴起后，进一步加强了对东北地区的管理。从1403年到1409年，明朝政府继续统治松花江、嫩江、鄂嫩江、黑龙江、精奇里江、格林河、京海河、乌弟河和乌苏里江流域，并在那里设置了130多个卫所。明政府因奴儿干位置重要，故在其地设置奴儿干都司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为都指挥检事，指挥机构设在特林，距黑龙江的入海口不远。明朝中央政府还先后十次派人视察该地，并在永宁寺竖立永乐、宣德两座石碑，石碑及其碑文明确显示了中国对这一地区拥有着无可辩驳的主权。
明朝末年，后金、清政权崛起于东北，经过努尔哈赤与皇太极的不断征战，黑龙江、乌苏里江流域各族先后归附，并向后金、清朝缴纳贡赋。索伦、萨哈尔察、虎尔哈、使鹿部、使犬部等，每年都要缴纳貂、狐、猞猁、海豹、水獭等的毛皮，其中貂皮是最重要的进贡物品。后金及清政权将黑龙江、乌苏里江的居民有的编入八旗，平时生产，战时出战，或者以村屯或氏族为单位将他们编入户籍，分户管辖。顺治元年（1644年），清军入关夺取全国政权后，设盛京总管管辖整个东北地区，包括外兴安岭一带。顺治三年（1646年），改总管为昂邦章京。顺治十年（1653年），清政府把盛京昂邦章京所辖的松花江、黑龙江、乌苏里江流域，包括库页岛和尼布楚等地，设置为单独的行政区，在原设的宁古塔副都统之上，增设宁古塔昂邦章京，以加强对这一地区的管辖。
明崇祯末年，沙俄派遣波雅科夫等人侵入我国黑龙江流域，我国东北的达斡尔族人民英勇地打击了入侵者，使他们的阴谋未能得逞。但沙俄殖民者并不死心，继波雅科夫之后，顺治七年（1650年），又以哈巴罗夫、斯捷潘诺夫为首， 再次侵入我国黑龙江流域。这年年初，沙俄哈巴罗夫匪帮侵入鄂尔河口达斡尔族首领拉夫凯管辖区，但他们由于兵少力单，不敢前进，于四月返回雅库次克。六月沙俄侵略者得到增援后，再次侵入达斡尔族居住区。秋天，侵略者攻占达斡尔族首领阿尔巴札住地雅克萨。顺治八年，继续在黑龙江流域侵扰，六、七月间侵占瑷珲，屠杀达斡尔族人民多人。顺治九年（1652年）哈巴罗夫部沿黑龙江窜入朱舍里族和赫哲族居住地，大肆烧杀抢掠。赫哲人和朱舍里人奋起反抗，并向清朝驻宁古塔军队求援。四月三日，清宁古塔章京海色率600名清军在当地居民的配合下与沙俄入侵者在乌扎拉村激战，由于指挥失误，清军最后失败。但哈巴罗夫部也受到严重打击，向黑龙江上游撤退。
顺治十一年（1654年）初，沙俄叶尼塞斯克督军巴什科夫派兵侵入我贝加尔湖以东地区，占领尼布楚，由于当地蒙古族人、索伦人的奋起反击，被迫撤离，窜往黑龙江中游，与斯捷潘诺夫会合，在我黑龙江流域大肆烧杀。顺治十二年（1655年），清固山额真明安达礼率军与斯捷潘诺夫匪帮在黑龙江流域的呼玛城堡展开了激战，清军多次击败沙俄侵略者，但后来由于粮饷供应不上被迫撤退。顺治十五年（1658年），斯捷潘诺夫再率500人沿松花江而上，宁古塔昂邦章京沙尔虎达分乘船47艘，于松花江和牡丹江合流处包围俄军，击毙斯捷潘诺夫。同年，沙俄侵略者重占尼布楚。黑龙江流域各族人民和清朝驻军英勇奋战，于顺治十七年（1660年）全歼斯捷潘诺夫残部，肃清了黑龙江中下游地区的沙俄侵略者，但上游尼布楚仍被俄军侵占。康熙继位之后，俄国侵略军骚扰我边境。
康熙四年（1665年），俄国向中国发起了新的侵略扩张活动。他们一股军队南下占领了喀尔喀蒙古管辖的楚库柏兴，另一股东犯雅克萨。而且，俄国侵略军逐渐改变了入侵方式。17世纪50年代，俄军在黑龙江上采取的是骚扰政策。然而这一次，俄侵略军为避免孤军深入，采取了建立侵略据点、逐渐推进的方式。除尼布楚、雅克萨、楚库柏兴三个最重要的据点外，他们建立的小的侵略据点遍布于黑龙江中下游地区。他们修筑工事，建起堡垒；从据点派兵四处推进，不断建立新据点。他们以据点为掩护，四处骚扰我国索伦、赫哲、费牙喀、奇勒尔等各族人民，“构乱不休”“子女参貂，抢据殆尽”。虽然中国军民拼力抗击，但无法阻止俄军的侵略活动。这样，17世纪60年代以后，俄侵略军从贝加尔湖到黑龙江流 域，在中国的广大土地上建立了殖民统治。
康熙亲政后，正面临着这一严重的边患。他深深地意识到，这是一大祸患。
此患不除，祖宗发祥地不安，而且侵略强盗得寸进尺，如不加制止，边疆将永无宁日，后果不堪设想。东北地区是清朝的发祥地，向来关内有事，从关外调兵，若不清除沙俄侵略者的威胁，这一机动作用恐怕将再也发挥不出来。因此，康熙把抗击俄国列为本朝大事。
康熙制策
康熙皇帝为彻底解决东北边疆问题，进行了认真的准备工作。其中为加强东北地区的边防力量，康熙帝组编了新满洲。新满洲是与旧满洲相对而言，一般是指清兵进关后编入旗籍的东北少数民族部众。清朝在统一东北过程中，将东北地区各部落和各族人民编入八旗，壮大了自己的军事力量。康熙沿用这一传统方式，编组新满洲。康熙十年（1671年），清将居于珲春东部烟楚（岩杵）河以东沿海一带的库雅拉人等移来，编为十二佐领。康熙十二年（1673年），又将赫哲人内迁到宁古塔一带，编为四十佐领，成新满洲。到康熙十六年（1677年），由赫哲人和库雅拉人编组的新满洲共达七十八佐领。其中吉林与宁古塔四十佐领，盛京十七佐领，锦州五佐领，广宁三佐领，义州七佐领。另有六佐领入京为侍卫。
索伦部包括鄂温克人、达斡尔人及鄂伦春人，他们分布在黑龙江中上游地区，早在清入关之前已分编佐领。顺治年间，因俄国人侵入黑龙江流域，居住在黑龙江北的索伦部族先后移居到嫩江地区。康熙早年，他们被重新编组，鄂温克的2314名壮丁，按姓氏编为二十九佐领，定期进京入贡。据记载：康熙四年（1665年）九月，“那恩地方二十九索伦佐领温察太、木朱虎等，入贡貂皮”。
康熙六年（1667年），绰克托等人奉命将未编佐领的达斡尔1100余口编成十一佐领，设头目加以管理。在此基础上，设立索伦副都统品级官员实行统一管理，下设参领、骁骑校、拨什库等。因索伦人善于射猎，清廷向他们征收大量貂皮以为赋税。“无问官兵散户，岁纳貂皮一张”。康熙十二年（1673年），“索伦八旗”已有4524丁。康熙二十三年（1684年），“索伦副都统品级官员”升格为都统级，正式定名“索伦总管”，同时增设一名“达斡尔总管”。康熙三十年（1691年），增设“满洲总管”，并将总管衙门建于伊倭齐，对黑龙江中上游的居民实行统一管理。
康熙组建“新满洲”和“索伦八旗”，向他们提供房屋、土地、耕牛、种子，令其“屯田耕种”，使各族从渔猎向农业转化，促进了社会经济的发展，并极大地充实和加强了东北的边防力量。顺治末年，东北边疆地区只有宁古塔一地驻有满洲八旗十八佐领。由于编组“新满洲”，东北的军事力量得到了极大的增强，并能源源不断地向关内提供兵源，以供讨伐吴三桂叛乱。康熙十五年（1676年），宁古塔将军移驻吉林，设四十六佐领；宁古塔设副都统驻防，设十二佐领。两地新旧满洲共达五十八佐领，比顺治末年增加两倍多。“新满洲”与“索伦八旗”成为戍守东北的主要力量。
俄国占领雅克萨之后，清政府采取了与俄军和平解决争端的办法，于康熙五年（1666年）遣使赴尼布楚。但由于俄方极端傲慢，将中国使者禁锢3个月之久。
康熙八年（1669年），俄国商队来华，这时中俄因边境问题关系紧张，战争一触即发。但康熙还是亲自接见了该商队首领谢特库儿·阿布林。阿布林在中国出售俄国商品，同时收购中国的丝绸、棉布、宝石，清政府还赠送给阿布林一大批礼物。俄国政府在这次贸易中赚取了高额利润后，立即垄断对华贸易。同年冬天，清政府再一次争取和平解决争端，遣沙拉岱等4人去尼布楚，就俄方停止在边境的侵略与挑衅，归还逃人根特木儿等问题与俄殖民当局进行谈判。第二年，根据清政府的倡议，在北京双方开始了会谈。俄方提出一系列无理要求，比如：对俄国使节“放行无阻”；允许俄国商人在中国“自由经商”；对中国人民的反抗加以制止等。而对中国的要求，俄方却百般抵赖。当时康熙的态度十分明确，要求归还逃人，停止边衅，并以此作为维系两国友好关系、发展双方贸易的前提。
康熙十二年（1673年），“三藩之乱”爆发，沙俄乘机加紧对我国的侵略。
康熙十五年（1676年），沙俄以尼布楚和雅克萨为据点，一路向东南精奇里江及其支流推进；一路向南，侵略到额尔古纳河一带。到康熙二十一年（1682年）底，沙俄又在精奇里江一带建立了结雅斯克、西姆林斯克、多隆斯克伊等军事据点。康熙 见侵略者气焰嚣张，决心在黑龙江（瑷珲）建城永戍，预备炮具船舰，自黑龙江到乌喇设置驿站，以传递消息，且由水陆两道陆续运粮，积贮黑龙江，积极做好战争的准备。康熙二十二年（1683年），副都统萨布素率乌喇宁古塔兵一千人进驻额苏里，增派达斡尔兵力四五百与宁古塔所剩兵力五六百进驻瑷珲，两地共驻兵两千人，成为永戍黑龙江的主力。同年十月二十六日，清朝政府正式派设黑龙江将军，萨布素为首任，在黑龙江永久驻防，并在黑龙江建立军事基地，驻兵屯田，制止了驻雅克萨俄国侵略军向黑龙江中下游的侵略，为收复雅克萨奠定了基础。
康熙二十四年（1685年）“三藩”平定，台湾统一，康熙得以腾出手来加强东北边疆实力，准备驱逐俄国侵略者。如此，便不可能不备战兵。吉林，旧名船厂，明初即成为我国重要造船基地之一。清初以来，为驱逐沙俄侵略者，造船之外兼以训练水师。顺治十八年（1661年），始设吉林水师营，“以迁移人充水手”。康熙十三年（1674年），水师营总管并至黑龙江，但仍保持一部分水师在吉林，派官管理，训练水军，制造船只。十五年（1676年）春，吉林因处于水陆交通的要道上，具有重要的战略地位，康熙帝决定将宁古塔将军移驻于此，进一步加强其水陆军队的实力。史书上说：“建木为城，倚江而居。所统新旧满洲兵二千，并徙直隶各省流人数千户居此。修造战舰40余艘，双帆楼橹与京口战船相类。又有江船数十，亦具帆樯。日习水战，以备老羌。”此外，在吉林西北七十里的打牲乌喇设打牲乌喇总管衙门，隶内务府，为皇帝采捕东珠、蜂蜜、松子和鳇鱼，其下有“额设捕珠大船7只，向由吉林水师营备领，独木船399只，内协领衙门40只”。这样，吉林与打牲乌喇两地及其间沿松花江的七十里水域，便成为修造船舰、训练水兵的重要战备基地。康熙帝亲临吉林，进行观兵。将军巴海集中所有大小数百船只和精锐官兵排列阵式，让皇帝检阅。
在吉林的12天里的系列活动，康熙帝达到了观兵讲武、备战驱俄的目的。那么，他为何说“我来问俗非观兵”呢？这是康熙表示对穷兵黩武的厌恶。但这句话也表明，在康熙的头脑里，问俗与观兵是同样重要的，二者是统一的。抗击外国侵略者军事必不可少，但必须也要“重民生”。只有关心军民疾苦，解决好内部问题，军民上下戮力同心，才能更好地发挥出军事上的优势，抗击外敌。为了更好“观兵”而“问俗”，是他此行活动的重要目的。故此次东行，他曾广泛“问俗”：一是赦免罪犯，免除钱粮。在盛京谒祭福陵、昭陵并谕户部、刑部：“山海关以外，及宁古塔等处地方，官吏军民人等，除十恶等真正死罪不赦外，其余已结未结一切死罪，都一律减轻处罚。军流徒杖等犯，一律赦免。”奉天、锦州二府属，康熙二十一年（1682年）地丁正项钱粮，着全部免除。康熙东巡至乌喇地方，见“当地气候严寒”，考虑到由内地发配到此处的犯人会适应不了，深为不忍，因而谕令刑部：“以后免死减等人犯，俱着发往尚阳堡（辽宁开原东）。其应发尚阳堡人犯改发辽阳安插。”在反叛案内应发乌喇地方人犯，“只令其当差”，不必给人为奴。
康熙在松花江上观兵之后，兵部议复巡查采参官兵给赏定例，同意“视缉获多寡，分别议叙”。康熙则认为：“甚为允当”。但“恐非系采参之人，妄有拘执，夺其资财，俾孑身采捕他物者，无故罹害”。于是，令补议条款：“巡踪章京兵丁，诬拿无辜之人，将章京革职，兵丁枷号两个月鞭一百。”若趁机夺取财物者，章京不仅被革职，而且还要交到刑部问罪，兵丁再多枷号一个月。从而保证了打牲、采集等正常生产活动不受干扰。
二是优待汉族的知识分子。尚阳堡流犯王廷试之子王德麟向康熙申诉，说他的父亲因为窝藏逃犯而被流放该地，现在已年老体衰，请求将其父放回原籍，而他愿代替他父亲受罚。督捕衙门不同意他的要求，康熙则考虑其父子二人“情实可悯”，碰到向皇上直接陈述的机会也是千载难逢，“其父子又俱系读书人”，因此，康熙帝特批准王的请求，“着一并发回原籍，后不为例”。虽有“后不为例”
谕旨在先，但从宽处理流放东北的汉族知识分子的先例已开，对后来的政策发生了很大的影响。事实上，此后流放犯人赦免回籍和随意入籍之事也逐渐增多。
三是改革官员补授办法。同年五月初四日，康熙为期79天的东巡结束。之后，对于在东北巡行中发现的种种问题，康熙立即着手解决。从前盛京看守陵寝及山海关等处城守章京员缺，都由其子弟补缺，后停止此例，改由京师补授。这次他东巡发现，京师补授这类章京员缺的办法有许多不足之处，不仅新官阖家北迁，路途遥远，往返艰难，而且其前任章京所遗孤孀将房屋田地交给所补之员，就失去了生活的必要基础，陷入困顿之中。因此，康熙于五月初十谕户、兵、工三部：“嗣后盛京看守陵寝及山海关等处城守章京员缺，不必从京师补授，着于伊等子弟内，令该将军选择贤能者，具题引见顶补，以免其往返迁移之苦。倘伊等子弟中没人适合担此任务，别有补授发往之员，可另外拨给他们土地与房屋，其前任章京田房仍行留给，不必掣出，令其孤孀得所。”不久，适值从北京所补的奉天副都统查库拒不赴任，康熙于是撤去查库的职务，提升刚从参领提为昭陵总管的佟宝为奉天副都统。后来佟宝又被提升为护军统领、黑龙江将军等高级职务。官员补授办法的改革，照顾了官员及其家属的利益，有助于培养选拔东北地方官员；由家属保留田庐产业，使国有旗地逐渐向私产演变，有利于驻防东北的八旗官兵在此世代驻守，建设东北。
四是革除兵丁无益差徭。康熙在东北巡行期间，见兵丁差役繁重，极为辛劳，回京之日，已降特旨纠正。五月十九日，再谕宁古塔将军巴海、副都统萨布素、瓦礼祜等，作出如下规定：第一，停止最妨农事、徒劳人力的搜捕鹰鹯窝雏之役；第二，八月放鹰、寒冬寻觅山鸡，因徒增负担，亦行停止；第三，围猎讲武不可无时，并且必须关心贫人，将所获之物分与他们，不可时加责罚，不得被狂兽误伤；第四，停止打鱼鳇等鱼差役。康熙还特别告诫将军以下各级官员，要体贴兵丁，多加爱惜他们，鼓励农业生产。他说：“吉林乌喇田地米粮甚为紧要，农事有误，关系非细，宜劝勉之，使勤耕种。”
康熙二十二年（1683年）六月初九，康熙革去巴海的宁古塔将军之职，其主要原因有二：一是隐瞒粮食产量，“诳奏叟登（今吉林永吉搜登）等处田禾未收”；二是不爱惜士兵。同年九月初十，康熙告诫新上任的宁古塔将军殷图：
“尤宜爱养兵丁，令其得所。我兵逼近罗刹，须时加操练，以修武备。巴海暴戾贪污，不恤士卒，遂被革职。其新满洲皆求主来归，理应抚绥慰劳，施以教化，使他们安心生产与生活。”
综上可见，康熙的“问俗”涵盖了方方面面，包括关心兵民疾苦，革除官员恶习，调整官兵关系，缓和矛盾，发展农业生产，加强东北地区的建设。在当时，这样做的目的在于巩固与发展东北边疆的实力，使东北军民做好一切准备，以抗击沙俄，把侵略者驱逐出国境。
与此同时，沙俄也强化了他们在东西伯利亚的大小城堡的力量。侵略军以尼布楚和雅克萨为据点，继续向我国的领土扩张，一路向东南精奇里江及其各支流推进；一路向南，进到额尔古纳河一带。对于俄国人对我国的侵略扩张，康 熙帝极为关注，他曾于二十年（1681年）与俄方交涉，宣称：“尔等速撤回尔国人”“如不徙，则边境起争，我以众力，必驱尔徙，彼时悔无及矣”。但俄方对中国的严正警告置之不理，除继续盘踞尼布楚、雅克萨及精奇里江、额尔古纳河流域之外，又向黑龙江下游疯狂扩张。康熙二十一年（1682年），俄军竟渡过朱满（布列亚河）、恒滚（阿姆贡河），窜到黑龙江下游赫哲、飞牙喀猎人的活动地四处烧杀抢劫。到同年底，从黑龙江下游直到海边的中国领土上，遍布着沙俄侵略者的军事据点。中国对俄和平交涉不见成效，反侵略战争势不可免。但采取何种战略方针？清廷发生了激烈的争论。
确立方针
顺治朝，俄军侵略黑龙江流域时，清政府在进行抗俄战争中由于路途遥远、粮饷难以供应等原由，最后中途停止。后消灭俄国斯捷潘诺夫匪帮，肃清黑龙江下游全境，取得了反侵略战争的巨大胜利，但没有派兵戍守边境。很快，俄军又重占了清军收复了的土地。康熙深深汲取了这一教训，事先做了充分准备，决心长期驻守边境地带。康熙二十一年（1682年）九月，他命副都统郎谈、公彭春率人以捕鹿为名，到雅克萨刺探敌情，并对沿途水路交通做勘察。年底，郎谈等返回北京报告：“罗刹久踞雅克萨，恃有木城。若发兵三千携红衣炮二十具，即可攻取。陆行，自兴安岭以往，林木丛杂，冬雪坚冰，夏雨泥淖，惟轻装可行。水行，自雅克还至爱滹（瑷珲）城，于黑龙江顺流行船，仅需半月，逆流行船，约需三月，倍于陆行，但对于运粮饷、军器、辎重极为便利。”并建议等到明春天气转暖解冻之时，水陆克期齐发，攻取雅克萨。然而，康熙认为现在攻取雅克萨的条件还不成熟，应再做准备。同时他有更深远的考虑，主张调兵永戍黑龙江，乘合适时机进取雅克萨。他对议政王大臣们说：“第兵非善事，宜暂停攻取。调乌喇、宁古塔兵一千五百，并置造船舰，发红衣炮、鸟枪及演习的人，于黑龙江（旧瑷珲，今爱辉之南、江之东岸）、呼马尔（今呼玛县湖通镇）二处，建立木城，与之对垒，相机举行。”行军打仗必须解决军需供应问题，所以康熙指示：
从科尔沁十旗、席北、乌喇等地的官屯等处取军粮一万二千石，可支三年。军队到达后立即实行屯田，军粮接续当不成问题。另外，在黑龙江城（旧瑷珲）与索伦村之间设一驿站。部队将至精奇里乌喇（结雅河）时，由索伦人供给牛羊。
“如此，则罗刹不得纳我逋逃，而彼之逋逃者，且络绎来归，自不能久存矣。其命宁古塔将军巴海、副都统萨布素，统兵往驻黑龙江、呼马尔”。这是最初的戍守黑龙江的方案，实行中作过局部修改。
“永戍”不同于郎谈等建议的“攻取”。首先，康熙的目的在于建立军事基地，驻兵屯田，为战争做好准备。一旦时机成熟，必须开战，不必全部由内地运兵、输饷，黑龙江即能提供大量的兵源及给养，免蹈前朝因准备不周而致“粮饷不继”、半途而废的覆辙。其次，稳步推进，步步为营，防止贸然进攻。第一步是制止沙俄在我国领土上的进一步扩张，然后逐步将已侵入国土之敌驱逐出去。再次，攻克之后，不再是放弃不守，而是长期戍守，将反侵略战争与巩固边防结合，避免“我进则彼退，我退则彼进，用兵不已，边民不安”的历史重演，把反侵略战争的胜利永远地巩固下来，永除边患。在当时，这是一项英明的战略决策，但它却招致了强烈的反对。清政府部分高级官员养尊处优，已失去了先辈纵横驰骋的英雄气概，既慑于俄国强大，又畏惧黑龙江的路遥天寒，对“征罗刹之举，诸臣成谓地势最远，输饷最难，故皆不愿”。但康熙认为：征剿罗刹之役，“所关最巨”，故“不徇众见，决意命将出师，深入挞伐”。同样出于畏难情绪，有人主张速战速决，并反对驻守边境。前线统帅宁古塔将军巴海以“驻兵两地则势分道阻，难于防御”为由，反对在呼马尔驻军；又担心俄方听到消息后会大力支援雅克萨，使雅克萨更难攻取，因此主张：“宜乘其积储未备，速行征剿。俟船造毕，度七月初旬能抵雅克萨，即亲统大兵直薄城下，宣谕招抚。”
许多大臣对巴海的主张竟大加赞赏，而不管它只是个一时的短识之举。康熙于二十二年（1683年）四月初八降谕斥责说：“所议进征罗刹军务，殊为疏略。”
并以“将军巴海及副都统官兵又彼此不合”为由，令巴海留守乌喇，另任萨布素、瓦礼祜为副都统，带兵前往黑龙江戍守。议政王大臣等见康熙皇帝主意已定，才不得不表示赞同。但康熙也采纳了一部分合理的意见，部分修改了戍守黑龙江的方案。有人建议不驻呼马尔，而驻额苏里。他们说：“勘得黑龙江、呼马尔之间额苏里地方可以藏船，且有田垄旧迹。即令大兵建立木城，于此驻扎。”
康熙接受了这一建议。
与此相配合，康熙又与沙俄举行外交谈判，向俄方宣告大清帝国不惜一切代价收复国土的决心。二十二年（1683年）七月二十九日，经康熙批准，理藩院照会俄方：“前遣孟额德等曾与尔约，各毋收纳逋逃，并以先年逸去根特木儿归我。乃背前约，入我边地，扰害打虎儿、索伦，焚劫飞牙喀、奇勒尔。今故命将出师，永驻额苏里。”
永戍边疆
康熙二十二年（1683年），副都统萨布素率乌喇宁古塔兵1000人进驻额苏里。瑷珲、额苏里两地按原计划共驻军1500名，其中1000名去额苏里后，宁古塔就仅剩五六百人能去瑷珲了。康熙令增派打虎儿兵四五百，使派驻瑷珲的兵力亦达千人。这些士卒在第二年带着家眷出发了。两地共驻兵2000人，成为永戍黑龙江的主力。
康熙永戍黑龙江的具体部署是：“其在黑龙江（瑷珲）建城永戍，预备炮具船舰。在呼马尔设斥堠。自黑龙江至乌喇置十驿，驿夫五十人，遇有紧急，乘蒙古马疾驰。由水路陆续运粮，积贮黑龙江。”如果沙俄船只沿黑龙江进犯，“我舟师尾击甚易”。况黑龙江地势辽阔，照内地设立10个驿站，又易于安置家口。
这样，“则罗刹自穷蹙归诚矣”。这一年十月二十六日，清政府正式设黑龙江将军。康熙任命萨布素为首任黑龙江将军，礼部侍郎溢岱、工部给事中雅齐纳为副都统，下设协领、佐领等。黑龙江将军的设立对抗击沙俄侵略者、加强边防有极大的军事上的意义，而且它还对东北一地的开发建设有深远的意义。它与盛京将军、宁古塔将军（后改称吉林将军）为后来东三省的建置奠定了基础。
萨布素等到黑龙江后最主要任务是建设瑷珲城。瑷珲，因瑷珲河（今芒嘎河）而得名，旧城原在江东，在明代瑷珲称胡里平寨。顺治九年（1652年），俄军焚毁该地。康熙十三年（1674年），清廷派人在此建木城，由吉林水师总管暂行戍守。但那时该城规模很小，必须扩建才能满足长期戍守的需要。萨布素请求增派筑城兵丁。康熙二十三年（1684年）初，康熙令副都统穆泰率盛京兵600 人，去瑷珲协助建城。扩建后的瑷珲城为方形，周长九百四十步，合四千七百尺，有五座城门。因该城地处江东，与内地联系很不方便，同年，又决定迁至下游右岸，在托尔加城旧址另建瑷珲新城。新城在规模上超过旧城，其内城与齐齐哈尔同，“排木为重垣，实以土，具雉堞之观，四门皆有楼橹。方一千三百步，高丈八尺”；为与地形相适应，新城与齐齐哈尔有别，“西南北三面，排木为外廓。方十里，南一门，西、北各二，东临江”。瑷珲建成后，清廷在那里驻兵屯粮，成为抗俄斗争的重要基地。
出兵东北，粮草供应极为关键，康熙为将大批粮草、军火和其他军需物资运往黑龙江，经过反复廷议，从康熙二十二年（1683年）三月起，建起了一条纵贯东三省的水陆联合运输线。它自南到北，共分四段：第一段，造船百艘，从巨流河渡口，溯辽河上游的等色屯（今吉林榆树县邓子村），在此二地修建大型粮仓，由奉天将军、大臣等监理，由盛京兵卫送。第二段，从等色屯至伊屯门（今吉林伊通县），此一段由蒙古族人负责，由他们用车运输粮食，并派兵护送。第三段，造船百艘，从伊屯门经伊屯河（今伊通河），沿松花江至与黑龙江交会处。留镇乌喇的副都统负责有关修建粮仓储粮以及运送粮食事宜。第四段，造船八十艘，溯黑龙江而上至瑷珲。疆界议定之后，康熙特派人从瀛台、通州间载米试运，又分别派人勘探辽河、伊通河，直到得到最确切的情报，认为可以运粮，才同意去制造运输船只，分别发运。其运粮水手的待遇非常优厚，第一段水手全来自民间征派，每人月给银一两，皇帝还特批“运米时，着将地丁钱粮悉行蠲免”。第三、四段水手，由乌喇、宁古塔兵丁、多余的壮丁、流放犯人和“八家猎户”充当，有运粮任务的猎户，允其“停猎”。这条运输线全长四五千里，成为沟通东北三省直抵瑷珲的运输大动脉。清军沿运输线路驻防，建造粮仓，黑龙江驻防部队的军需供应得到了充足的保证。
除了从全国各地征调粮食、购买牲畜供黑龙江戍守军队之需外，在康熙“我兵一至，即行耕种”的指示下，瑷珲、额苏里的驻军还大力实行屯田。清政府派侍郎萨海前往监督耕种，后又派马喇“督理家务”。屯田士兵中有许多不长于从事农业的少数民族，“索伦、达呼尔（达斡尔）不谙农事。康熙间，特遣部员，指挥其耕种，尝以郎中博奇课耕有法，禾稼大收，奉旨褒美”。
康熙二十二年（1683年），清廷开始在东北地区建立驿站。康熙派户部郎中包奇、兵部郎中能特、理藩院郎中额尔塞等前往。出发前康熙叮嘱他们：“此乃创立驿站之地，关系紧要。尔等会同彼处将军、副都统，询明熟识地方之人，详加确议安设。凡住驿人役及马匹牲畜需用之物并所食粮米，今岁耕种不及，须计及明年，多为储备。”康熙担心如果从雅克萨经额苏里再经黑龙江，一路传递情报恐怕会绕道而耽搁时间，令理藩院侍郎明爱率蒙古兵与索伦兵“酌自墨尔根（嫩江）至雅克萨设驿奏报军机，以免贻误”。后经反复勘测，确定情报传递路线为：从瑷珲西南翻越小兴安岭至墨尔根，由墨尔根沿嫩江到达齐齐哈尔再送至松花江北岸之茂兴。
从茂兴过江即是吉林至京之驿站。一碰到紧急军情，可从茂兴出发，由蒙古驿马飞马入喜峰口送往北京。八月十三日，包奇等奏：“自吉林乌喇城至黑龙江城，以五尺细丈，共一千三百四十里，应设十九驿。”康熙命令包奇等照此设驿站，并作了具体安排：“每驿设壮丁并拨什库三十名，马二十匹，牛三十头。壮丁自盛京、宁古塔所辖各驿、柳条边派出，马牛令盛京户部照数采买送往。”
为了保证东北戍守军队军需的供应，康熙帝采取了灵活多样的方式。康熙二十二年（1683年）六月，他令理藩院官员于户部支银四千两，购买大量的储备物质，把它们运送到戍守的城池，与当地居民交换他们的牛羊粮食。这种用商品交换筹集军需的办法，方便了边区人民的生活，一举两得。康熙还令靠近黑龙江的内蒙科尔沁十旗将进贡给北京的牛羊等物品都转送给黑龙江的戍军，仍按数“照进贡例赏赉”。同时驻守部队还通过打猎活动，为自己提供了大量的肉食。
第一次雅克萨战役之前，黑龙江驻兵缺乏肉类食品，恰逢数万只鹿下山觅食，“骑者驰射，步者攒击，及驾舟伐于江中，截获者计五千有余”，康熙闻讯十分高兴，认为是祥瑞的征兆。
永戍黑龙江，制止了驻雅克萨俄国侵略军向黑龙江中下游的扩张，为雅克萨等地区的收复奠定了基础。七月，由索伦族颦官博克率领的清军先头部队刚到额苏里，就包围了一支沿江而下前来侵略的俄国船队，俄军部分人跳水逃脱，清军俘获了36名侵略者及6只战船。附近的俄国侵略军听说清军部队到达的消息，便纷纷从他们的据点逃回到雅克萨等地。与此同时，黑龙江流域各族人民配合清军，纷纷袭击俄国侵略军。到二十三年（1684年）初，整个黑龙江中下游及其各条支流上的俄国侵略军据点都已被铲除。此时，康熙把目光投注到仍被俄国人侵占着的黑龙江上游的雅克萨和尼布楚。
名家回眸
康熙抗击沙俄的胜利，是中国人民在反击外来侵略者的斗争中获得的重大胜利，它有效地遏制了沙俄向我国继续侵略的步伐，保证了中国东北边疆领土的完整与安宁，保护了边境各民族的和平发展。
我国着名史学家王钟翰先生在评价康熙时说：论其武功，略可分为三个时期：初期（1670-1683），平定三藩，统一台湾，完成了长期以来人心所向的祖国统一大业；中期（1684-1707），遣兵驱逐了沙俄武装殖民者于黑龙江流域之外，三征准噶尔汗噶尔丹，扞卫了从东北横跨北部中国的辽阔边疆；末期（1708-1722），分军进驻青海、新疆，改立六世达赖喇嘛。上述所有的战役，对巩固东南海隅和北部边疆，维护祖国的统一有巨大的历史意义。
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