道光五年夏季，边境报称张格尔大举入侵。领队大臣巴彦图自恃勇力，率两百名士兵出塞抵御。走了四百里，仍没有张格尔的踪迹，巴彦图勃然大怒。走到布鲁特时，见回众游牧率妻携子，有二三百人，他竟纵兵杀过去。回众吓得四散逃窜，只有少妇和儿童一时不能逃走，全部被他们杀死了。可怜这群无辜的妇孺，都成了身首异处的尸骸。巴彦图泄愤后，当下逾山越岭返回军营。谁知逃走的回民因妻儿被杀，向回酋汰列克哭诉。汰列克听后大怒，领着两千名部众前来追袭，将巴彦图团团围住，霎时把清兵扫光。随即与张格尔联合进兵，十分猖獗。永芹慌忙据实以报，乞求援助。道光帝召回永芹，令伊犁将军庆祥前往代任。又令大学士长龄前往代任庆祥的原职。
庆祥到喀什、噶尔后，召集司员章京及各城伯克商议。伯克中有个阿布都拉，自称熟悉回族事务，庆祥便详细问他张格尔的情况。他却说：“张格尔并不是和卓木的后裔，他是冒充的。前时是因为阿奇木王努斯谎报，所以张格尔才在回众之间轰动一时。参赞大人其实不必动用兵戈，只要声明张格尔不是回裔，那时回众自然不去跟从他，乱事便可被荡平了。”庆祥信以为真，一面出告示晓谕回民；一面奏劾阿奇木王努斯谎报的罪状。
张格尔得知后，也怕众心离散，便带着五百多人进入回城，拜奠他的先祖和卓木。回徒叫和卓坟为玛杂，非常敬信。玛杂在喀城外，距喀城有八十多里。乾隆时，大小和卓木虽被诛杀，然而所有喀城外的和卓木墓，官吏仍奉旨令回户看守，不得损坏。张格尔想借祭祖为名，固结众心，所以才有这番举动。
协办大臣舒尔哈善、领队大臣乌凌阿入帐禀报庆祥。庆祥急忙召见阿布都拉，阿布都拉却早已不知去向。庆祥顿时仓皇失措，还是舒、乌两人说：“张格尔深入喀境，非发兵驱逐不可！”庆祥点头，令二人带一千多名士兵，去攻打张格尔。朝发夕至，仗着锐气，两将率兵杀掉四百多名回众。张格尔退入大玛杂内，倚着三重墙垣，誓死固守。然后又派人出去散布谣言，说清军要铲除圣墓，屠尽回族子孙。回民听后大为惊恐，于是聚集几千人去救张格尔。舒、乌两大臣正在围攻玛杂，忽然见回众像潮水般涌来，急忙分兵抵御。不料张格尔也乘势杀出，内外夹攻，把清兵杀得七零八落。舒大臣阵亡，乌大臣踉跄奔回，入帐见庆祥。庆祥急忙调遣各营兵马，令士兵全部聚集喀什、噶尔，坚守喀城。
张格尔不敢进逼，派人前往浩罕国乞援。浩罕王摩诃末阿利刚即位，知人善任，威服附近的哈萨克诸部。当时回兵还没听说过安集延的传说。安集延就是浩罕东城。张格尔向浩罕王乞援，许诺得到回疆西四城后，愿意将奇珍异宝分给他一半，且割让喀城作为酬劳。浩罕王大喜，立即应允发兵，令来使先回。张格尔有了后援，于是大举进军。前哨到了浑河，打探到喀城外面只有三座清营的情报，忙报知张格尔，张格尔说：“这么说来，天山北路的清军还没南下？我们赶紧前进才好。”随即下令渡河。
忽然探子来报，浩罕王亲自率兵前来。张格尔不由得惊疑：“浩罕兵来得这么迅速，真出乎我的意料。我本以为清兵大军已来，所以去浩罕乞求援助。现在喀城守兵这么少，我军一天就可以拿下，我还要浩罕兵做什么？”随即派遣使者赶到浩罕军前，叫他们不必前进。浩罕王非常愤怒，竟率军渡河，围攻喀城。张格尔停止向喀城进军，暗中埋伏人马，阻截浩罕王的归路。
浩罕王一连攻打了几天，都没能将城池拿下。又探知张格尔不怀好意，担心腹背受敌，于是乘夜逃回。才渡过浑河对岸，树林中突然杀出一群回众，大叫：“浩罕王休走，吃我一刀！”浩罕王不瞧还好，瞧了一眼，正是张格尔，顿时无名怒火高起三丈，麾兵迎战。黑夜里分辨不出有多少回众，只觉得四面八方都是回军的旗帜。就算安集延兵马多么精锐，到此也心慌胆怯，败阵而逃。浩罕王夺路脱逃，还有两三千名安集延兵被张格尔围住。安集延兵没有办法逃奔出去，只得缴械乞降。
张格尔收安集延兵为亲兵，继续进攻喀城。此时喀城外面的清营已和安集延兵作战多日，累得人疲马倦，矢尽刀残，哪里还禁得起张格尔这支生力军再次杀来？领队大臣乌凌阿、穆克登布战殁。庆祥坐守孤城，想破脑袋都想不出一个好办法来，最终只认定一个“死”字，便悬梁自尽。喀城失去了城主，立即被张格尔攻破。接着张格尔又攻下了英吉沙尔、叶尔羌、和阗三城。回疆西四城陷没。
清廷连接警信，遣兵调将，忙个不停。道光帝任命伊犁将军长龄为扬威将军，让他统率各军，伊犁将军职务暂由德英阿代理。又令山东巡抚武隆阿率三千名吉林、黑龙江骑兵出嘉峪关，与陕、甘总督杨遇春同为参赞大臣，进剿作乱的回众。
回疆总共分为八城，西四城都已失陷，还剩东四城，四座城池分别叫做喀喇沙尔、哦库车、乌什、阿克苏。阿克苏为东方屏障，张格尔进军到浑巴什河，距阿克苏只有四十里。阿克苏城的兵马不到一千，人心惶惶。幸亏办事大臣长清派参将王鸿仪带领六百名士兵，扼住河岸，屡战屡胜，回众才退却。援兵这时候也赶到阿克苏，东四城才得以保全。
道光帝令长龄查办历任回疆各官吏。长龄复奏斌静、巴彦图等人的罪状，道光帝将斌静等一干人全部重惩，巴彦图滥杀无辜，不得因其阵亡而列入烈士之内。
道光七年，扬威将军长龄率两万两千名步兵和骑兵，由阿克苏出发，一路前进，没有发现敌军的踪迹。到达洋阿巴特沙漠，已耗去半个多月的时间，粮食也已经吃尽。正惶急时，忽然探子来报，五六里外有几座敌营。长龄下令道：“我兵自阿克苏到这里，粮食已快吃完，现在敌营就在前面，不乘此杀贼囤粮，还等什么时候！”将士得到此令后，个个摩拳擦掌，踊跃前往。长龄将军士分为三队，他与杨遇春督率中军，武隆阿领左翼，杨芳领右翼，三路进攻。回众倚冈迎敌，居高临下，声势颇为浩大。清兵夺粮心急，不顾矢石，拼命杀上冈。回众不能抵抗，纷纷逃窜，丢弃的牲畜粮食，全部被清兵搬回。
清兵得到粮食后，勇气倍增，一连攻下沙布都特和阿瓦巴特，阵斩安集延二帅，然后乘胜进军到浑河北岸。张格尔亲自率十多万回众在河南岸列阵，阵营横亘二十多里，筑垒为蔽，凿穴列铳，鼓角震天。长龄望见敌军声势浩大，不免心怯，忙与杨遇春商议。杨遇春说：“贼势确实浩大，但我兵先坚守不动，晚上派士兵前去扰乱敌营，不要杀入，只要扰乱贼心，使敌军内部混乱，便好趁机进攻。”长龄依计而行，派几百名士兵乘筏夜渡，在河中鼓噪。张格尔屡次出帐巡哨，清兵在河中喧闹了一晚上。
第二天，长龄仍想用疑兵计。忽然西南风起，撼木扬沙，天昏如墨，不辨南北，长龄急忙传令撤营。杨遇春入帐问道：“大帅为什么下令撤退？”长龄说：“贼军近在咫尺，况且彼众我寡，我怕打不过贼军。如果贼军趁天昏地黑渡河而来，四面围攻我军，那我们不就全军覆没？所以我想后撤十多里，等明天早晨天气晴朗再进军。”杨遇春说：“大帅考虑得是。但据我看来，这正是天助我军的时候，要擒住张格尔，就在今晚。”长龄不禁站起来问道：“参赞有什么妙计？”杨遇春说：“贼军虽多，但只知合并成一队，依垒自固，他们军事战略的疏浅可想而知。我兵远道而来，速战最为有利。如果与他隔河相持，今天不战，明朝不攻，拖到最后人疲马乏，粮草吃尽，那时进退两难，反而中了深沟高垒里的贼人的诡计。现在天色昏暗，贼定想不到我军会急渡。我军渡河过去，出其不意，攻其无备，不怕张格尔不败。看杨某仗剑为大帅杀贼吧！”长龄说：“参赞说得也是，但如果我军渡河时，被敌军发现，怎么办？”杨遇春说：“这也不难，大帅可派遣一千索伦兵，绕到下游，牵制敌军。遇春愿亲自率亲兵到上游急渡，占据上风，两路得手，大帅自然可以从容过河了。”长龄还在踌躇，杨遇春又说：“机不可失，请大帅速下命令！”于是长龄把撤营的军令，改为进军，依照杨遇春的计划，先从上、下游渡河，乘风破浪，直达彼岸。杨遇春令前队扛着巨炮，直轰敌营。张格尔此时还在梦里，被炮声震醒后，忙起身督战。这时候，炮声与风沙声相杂，宛如千军万马摧压垒门，弄得人人丧胆，个个惊心。天亮后，索伦兵从下游杀来，长龄也亲自督导大军逾河前来。风止雾散，清军乘势冲入敌垒，张格尔率众窜去。清军趁势收复喀什、噶尔两城。
长龄立即向清廷报捷，满心期望朝廷论功行赏。不料朝旨批回，说：“令将军出师，本期望能歼灭元恶，如今元凶临巢脱逃，前功尽弃，后患无穷，将军罪不可辞。夺回将军的紫韁，夺去杨遇春的太子太保衔，夺去武隆阿太子少保衔，限期捕获元凶！”长龄顿时怏怏不乐，杨遇春倒不在意，仍率师攻克英吉沙尔及叶尔羌，又令杨芳收复和阗。西四城都已收复，清军于是出塞缉捕张格尔。结果出战不利，杨芳军大败而还。
长龄又据实陈奏，朝廷降旨谴责道：“诸将孤军深入，劳师靡饷，不如罢兵！先留下八千名官兵防守喀城，剩下的九千名士兵立即随杨遇春出关。杨芳代为参赞，与长龄、武隆阿筹划善后事宜，然后据实上奏！”这旨下后，杨遇春遵旨东还。长龄与两参赞筹议一番，武隆阿建议将西四城归还回徒，长龄也是这个意思。杨芳因新任参赞，不便力争。于是由长龄、武隆阿分别写奏折，上报清廷。道光帝见有两本奏章，先展开长龄的奏折，单瞧那善后的筹划。
看完后，道光帝大怒道：“长龄看来是老糊涂了。高宗纯皇帝费尽无数心力，才将逆酋那布敦歼灭，把逆贼后裔阿布都里囚解进京，让他在功臣家做奴隶。朕即位时，照例恩赦，他才得以脱离奴籍。这次因张格尔作乱，照亲属连坐的惯例，本应将他治罪，长龄反而想让朕释放阿布都里，令他回去总辖西四城。长龄如果不是老糊涂了，怎么会有这种谬论？也不知武隆阿什么想法，应该会说长龄的方案不可取吧。”随即又将武隆阿奏折展开看了起来。
不等看完，道光帝将两章奏折都扔到地上，马上召军机大臣入内说：“长龄真是糊涂，想让逆贼后裔阿布都里回去管理旧部。武隆阿趋奉长龄，也说这样的话。你去拟旨，将他们二人革职，暂时留任。另授直隶总督那彦成为钦差大臣，速赴回疆，代为筹划善后事宜，才不会误事。”军机大臣当即按照皇上的意思写下圣旨，道光帝看过后，才将圣旨颁发。然后又说：“把阿布都里发往边省监禁起来。你跟刑部交代一下，立即将他发配边疆！”军机大臣唯唯而退。
长龄接到革职的圣旨后，大吃一惊，不由得坐立不安，赶忙请杨参赞商议。杨参赞想了一会儿，说出一个反间计，长龄这才喜形于色。杨参赞的反间计究竟从哪里入手呢？原来回徒向来分为两派，一派叫做白山党，一派叫做黑山党。张格尔是白山党的首领，占据喀城时曾滥用威权，虐杀黑山党。黑山党大为愤怒，暗地里经常与清营有所往来。杨芳便利用两党之间的嫌隙，秘密派遣黑山党出塞造谣，说清官兵全部撤退，喀城现在空虚，各回族统领都希望和卓回来。
这话传入张格尔耳中，张格尔顿时喜出望外，立即纠合残众，再次窥边。先令侦骑进去探察，果然不见官兵的踪迹，便潜回阿尔古。当时年关将近，张格尔打算在除夕这一天袭击喀什、噶尔，于是昼夜整备军械，忙个不停。
这晚，张格尔亲自出帐巡城，远远地看见东北角上，隐隐有人马行动，不觉失声道：“不好了！不好了！清兵来了！”急忙开城逃跑。紧跟着清军已杀到，为首大将正是杨芳。张格尔无心恋战，拼命逃窜。杨芳也拼命追赶，追到喀尔铁盖山时，回徒奔散殆尽，只剩张格尔率三十多名骑兵弃马登山。杨芳忙令副将胡超、都司段永福绕到山后，堵住他们的去路，然后亲自率亲卒从前面登山，合围张格尔。张格尔爬过山头，向山后乱跑，猛然听到有人叫道：“张贼快来受死！”张格尔心中一急，脚下一绊，向后倒去。
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