睿、醇二王接到太后的命令后，立即带着一百多名侍卫出京捉人。途中二人密商，借口迎接梓宫，以便诱擒肃顺。走了一百多里，正好与梓宫相遇。护送梓宫的第一大员趾高气扬，正是御前大臣肃顺。两王下了马，与肃顺拱手。肃顺也下马相迎，随即肃顺将他们引到梓宫前。二王行过了礼，又将肃顺慰劳一番。肃顺正想打探銮车的消息，便问他们，两宫皇太后及皇上是否安康。睿亲王仁寿回答一切安好，醇郡王弈却说到了驿站，再好好细谈。
三人于是一起护着梓宫赶往京城，一直到梓宫停歇地才停下来休息。仁寿、弈吃完晚饭，又过了几个小时，部众都准备去睡觉，只有肃顺仍与二王闲谈。弈突然站起来说：“朝廷有令，捉拿肃顺回京受审！”肃顺大惊，还没反应过来，侍卫已一起闯进来，将他按住，上了锁。肃顺喊道：“我犯了什么罪？”弈说：“你的罪状多得很，到了宗人府再说！”肃顺问道：“是谁叫你们来抓我？”弈说：“我们奉皇上的谕旨来捉拿你归案。”肃顺怒喝到：“六岁小儿怎么知道捉拿人？无非是那拉氏同我作对。你们都是那拉氏的走狗，她要你们做什么，你们便做什么！”弈也不与他争辩，便令侍卫带肃顺连夜进京。第二天早上，朝廷便降旨严办肃顺。
当天，朝廷就授恭亲王弈为议政王。两天后，梓宫抵达德胜门。两宫皇太后及皇上忙出德胜门跪迎，奉梓宫入紫禁城，安放在乾清宫。于是大学士贾桢与副都统胜保立即奏请太后听政。大学士周祖培奏请更改年号，理由是原先拟定“祺祥”二字意义重复。当下两宫降下圣旨，令议政王、军机大臣等人改拟新皇年号。议政王暗察太后的心思，于是拟出“同治”二字，让太后过目。西太后一看这两字暗寓两宫同治的意思，心中自是十分满意，随即下令以明年为同治元年，颁告天下。第二天又降下一道圣旨，细数载垣、端华、肃顺三人及一帮军机大臣的罪状。圣旨一下，太后便派肃亲王华丰与刑部尚书绵森前往宗人府逼载垣、端华二人自杀。然后又派睿亲王仁寿与刑部右侍郎载龄将肃顺押到午门斩首。三人临死时，都痛骂西太后及恭亲王弈。肃顺骂得更是厉害，索性将西太后的祖宗十八代都大骂一通。
三人死后，满廷的大臣谁还敢违忤慈禧太后？于是咸丰十一年十月甲子日，六岁的小太子在太和殿重新行即位礼，接受王公大臣的朝贺。十一月朔日，小皇帝奉两宫皇太后在养心殿垂帘听政。同治元年二月十二日，皇帝在弘德殿入学读书。随后清廷的政务都由两宫太后主持。慈安太后本无意听政，垂帘后不过挂个虚名，万事都是慈禧裁处，慈安则基本上什么事都不管不问。慈禧太后十分英明，很会任用贤能，处理朝政。东南军务，她全权交由两江总督曾国藩处理，令他管辖江苏、安徽、江西三省以及浙江全省军务，四省的巡抚、提镇以及下属各官吏全部归他调度。一人担负这么重大的责任，自清朝开国以来，连皇亲国戚都没有受此优遇。曾国藩是个汉臣，却得到朝廷的重用，这难道不是慈禧太后慧眼识英才吗？
当时，湖北巡抚胡林翼自太湖回军支援湖北，收复黄州、德安等地，积劳成疾，得了咯血症，竟病死在武昌，临终时向朝廷保荐李续宜。朝廷立即下旨任命李续宜为湖北巡抚。曾国藩担心因管辖的地方太大，以致疏忽，于是特意向朝廷推荐左宗棠，令他督办浙江军务。朝廷准奏，曾国藩便令左宗棠赴浙剿贼，浙省提镇以下的官员都归左宗棠调遣。
只有安徽知府吴棠在慈禧垂帘后累次蒙受提拔，几年光景竟升任四川总督，这一例是太后怀有私心。然而滴水之恩，当涌泉相报。慈禧小时候，受过吴公的大恩，知恩图报，正是慈禧太后厚道，不应苛责。圆明园内的四春娘娘后来竟不知下落，有人说她们被放回民间，有人说她们被慈禧处死。但处死一说，无从考证。汉朝时的“人彘”，唐朝时的“醉妪”，这些让人毛骨悚然的惨剧，清宫还不曾听说过，这也是慈禧仁慈的一面。
话说回来，曾国荃收复安庆后，本打算沿江而下，直捣江宁，只是滨江两岸各要隘，驻扎了不少长毛军，曾国荃便会同杨载福水军节节进剿，连克敌垒。长毛军将领忠王李秀成与侍王李世贤窜入江西，攻陷瑞州。曾国藩令鲍超前去支援。鲍超兼程赶过去，队伍前面悬着一丈多的红绫，中间写着一个大大的“鲍”字，沿途所过之处，长毛兵望见“鲍”字旗帜，便立即四散逃去。洪秀成还想与他交战，无奈部众个个失魂丧胆，一战即溃，被鲍超一口气攻破七十多座营帐，驱逐出境。江西又被肃清。
曾国荃听说江西已被平定，上游已经安全，便与曾国藩商议，进攻江宁。曾国藩怕兵力不足，令曾国荃回湖南招募乡勇。朝廷将曾国荃赏赐一番，授任他为浙江按察使，同时授任鲍超为浙江提督。
浙江自从被张玉良收复后，长毛军仍然四处滋扰。李秀成、李世贤两人自江西进入浙江，几番迂回后，攻陷严州，取道浦阳江，势如破竹，进据绍兴，攻陷杭州。当时，张玉良带着援军在江干被长毛军列炮击毙，浙江巡抚王有龄坚守不住，向安徽乞援。曾国藩十分重视江、皖，不愿将兵力分散出去，于是催促左宗棠由赣赴浙。左军还没进入浙江境内，巡抚王有龄及部下已经全部殉难。
曾国藩得知浙江被长毛军攻陷，便请求朝廷严厉惩处自己。朝廷不责怪他疏忽，反而授他协办大学士职衔。并任命左宗棠为浙江巡抚，令左宗棠与曾国藩统筹大局，极力补救。曾国藩异常感激，越发想着竭力报效国家。恰巧因杭城陷没，淞沪戒严，朝廷令曾国藩派人前去防剿。曾国藩物色人才，又举荐了一位大人物，这个大人物是谁？他就是后来的傅相李鸿章。
李鸿章字少荃，安徽合肥县人，道光年间进士。曾任福建省道员，曾国藩听说他有才，便将他招为募宾。李鸿章曾向曾国藩建议在江北兴办淮扬水军，但没有被采纳。这次因朝廷四处征求将帅，曾国藩便向太后推荐李鸿章，说他才大心细，劲气内敛，能委以重任。朝廷于是让李鸿章听命于曾国藩。曾国藩立即令李鸿章回乡招募乡勇，依照湘军的训练方法操练淮、徐兵丁，又挑选了两位湘军名将程学启、郭松林做他的帮手。李鸿章初出茅庐，悉心训练，于是组成一支乡勇大军，称为淮军。
同治元年二月，李鸿章率淮勇到安庆，曾国荃与弟弟曾国葆也率湘勇赶来。于是统辖东南的曾国藩施展他生平的大抱负，调遣精兵猛将分路出击。进攻江宁的兵马，由曾国荃统率，杨载福、彭玉麟二路水军辅助陆军；收复江苏的兵马由李鸿章统率，黄翼升的水军辅佐陆军；收复浙江的兵马由左宗棠统率，另调广西臬司蒋益澧率部众到浙江助剿；庐州一带由多隆阿剿办；宁国一带由鲍超剿办；李续宜已被调到安徽，颖州一带便由他扫平。各路大军都听令于曾国藩大帅。此外，淮上的袁甲三、扬州的德兴阿、镇江的冯子材，虽没有得到曾国藩的调遣，但也由曾国藩统筹兼顾。当时，士饱马腾，铁骑四出，眼见着太平天国就要保不住了。
曾国藩坐镇安庆，指挥各路大军。军书纷至，捷报飞传：都兴阿于在天长获胜，左宗棠收复遂安；曾国荃与曾国葆会合水陆各军，一破荻港，再破望城岗，三破铜城闸，连拔巢县、含山县、繁昌县及和州，乘势夺得西梁山，收复太平府城；彭玉麟攻入金柱关，攻克东梁山，收复芜湖县，与曾国荃合军进逼江宁。
多隆阿进攻庐州，击败四眼狗陈玉成，率军攀梯登城，陈玉成逃去。陈玉成身为太平天国名将，至此被几路大军合力逼走，穷途末路，只得去投奔团练总头目苗沛霖。苗沛霖是安徽凤台县人，曾是团练头目，世人叫他苗练，颇有威名。太平天国诱使他叛清，许诺给他一个爵位，随即清副都统胜保也招抚苗沛霖，向朝廷保荐他为道员。苗沛霖首鼠两端，居心叵测。刚巧胜保出兵驻扎颖州，苗沛霖感激胜保的保荐，于是将四眼狗诱骗入城，然后出其不意，将四眼狗捆住，并将他的家眷部下全部捉住，押送到颖州胜保的军营。胜保劝陈玉成投降，陈玉成不答应，胜保便将陈玉成押往京师。不久，陈玉成在河南卫辉府被处决。
陈玉成一死，楚、皖间便没有巨寇了。鲍超又攻克宁国府城，赶走太平天国的辅王杨辅清，并擒获他的手下大将洪容海。曾国荃也连克秣陵关、大胜关，进驻雨花台，距离江宁城仅四里。同时分出一部分军士给曾国葆，让他留守三汊河、江东桥一带，在河边修筑堡垒以确保饷道的通畅。大好的一座金陵城，至此既失去皖南的掎角之势，又受到水陆各军的围困。洪秀全焦急万分，急忙催促李秀成和李世贤回军支援。两人还没到，曾国荃的军营里忽然发生瘟疫，士兵病的病、死的死，曾国藩令曾国荃撤军自保，曾国荃执意不肯。
忽然探子来报，李秀成率苏、常悍党共计二十万人救援江宁，就要去攻扑曾国荃大营了！曾国藩得知，急忙向太后奏请，另选大臣赶赴江南，挽救江南的危急局面。不久，圣旨传到军营。曾国藩一听，便知京中已无意发兵，无奈只得调苏州程学启、浙江蒋益澧前去援救曾国荃。没想到，两军都说军务吃紧，不能抽身。一时间，竟将这位足智多谋的曾大帅弄得无计可施。
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