当时，曾国荃的兵力还不到一万，即使加上杨载福、彭玉麟两路水军，仍不满两万人。不料瘟疫盛行，兵士相继死亡，情况危急万分。突然又传来李秀成带着数十万长毛兵自苏、常而来的消息。曾国荃誓守雨花台，率众军士疏浚营地周围的沟壕，加固壁垒，准备御敌。曾国荃刚部署完，李秀成已经杀到雨花台，麾众猛扑城墙。曾国荃坚守不动，李秀成不能攻入，便建了两百多座营垒，围住曾国荃的军营。曾国荃昼夜不息，指挥三军竭力堵御。李秀成令部众连番进攻，前队没有得胜，后队继续进攻，后队没有得胜，前队又上。没想到曾国荃真有能耐，不管李秀成怎么攻，他总是守定营盘，岿然不动。接连十天十夜，彼此都不曾休息，到第十一天早上，炮声突然响彻山谷，震得营盘都摇摇不定。曾国荃的部将倪桂急忙率军堵截，突然飞来一颗炮弹，滴溜溜地滚下来，“砰”的一声炸开，遍地都是火星。倪桂不巧触到了火，当即阵亡了。军士惊叫：“这是开花炮！这是开花炮！”话还没说完，曾国荃已怒马冲过来，把第一个惊叫开花炮的人，一刀削去脑袋。然后亲自上前截挡炮弹。正巧第二个炮弹又飞过来，曾国荃用手中的令旗将炮弹一拂，那炮弹落入壕中，偏偏不炸。军士这才知道开花炮弹也不是个个会炸的，于是胆子一壮，自然上前抵御。曾国荃下令，将火箭、火球飞掷出去，长毛兵死了不少，但至死不退。
第二天，天气阴沉，天空还微微飘着雨，开花炮越发没有威力。一连下了好几天的雨，长毛兵就改用枪来攻击，曾国荃令军士持枪还击。相持不下时，突然一粒子弹正中曾国荃的面颊，顿时满脸是血，曾国荃依旧忍着痛坚守阵前。军士见主帅如此奋勇，自然更加奋勇作战。第十六天，李世贤带着人马从浙江赶来，给李秀成助阵。一眼望过去，差不多有十多万，这些长毛兵一到壕外，就来猛扑。这时候，曾营里面的军士已是九死一生，逃又没处逃，躲又没处躲，索性豁出一条性命与长毛贼死战到底。双方杀了两天两夜，才稍稍停火休息。曾国荃亲自为部将包扎伤口，部将又给部下包扎创伤，指臂相连，痛痒相关。因此人人感德，个个齐心。
过了几天，长毛军似乎有些松懈，曾国荃对众将领说：“这中间一定有诈，要格外小心！”果然到了第二天早上，一声怪响，城墙被炸塌好几丈，长毛军翻墙而进。曾国荃急忙令将士乱掷火球，同时用枪炮阻击，足足力战了三个小时，才将闯进来的长毛贼全部击毙，缺口也堵塞住了。长毛贼又白费心思，只好沮丧回营。后来长毛军又暗挖地道，私埋火药。曾国荃将军士分为三队，一队专门防堵长毛贼，一队增筑内墙，一队专门负责侦察地道。长毛兵挖的七个地洞都被曾营发觉，并抢先将洞塞住，长毛兵已心灰意冷，守兵却还有余力。曾国荃竟率军出战，鼓号一响，军士如潮水般冲出壁垒，长毛兵见了，都大惊失色。当下曾国荃冲破十多座营盘、斩杀数百名长毛军，这才率军回营。长毛贼见曾营难以攻下，便分出一部分兵力去截饷道。饷道由曾国葆保护，早已防守得十分严密。只是曾国葆也感染瘟疫，寒热交加，正卧床不起。他见长毛贼来袭，便强打精神起来督战，与长毛军打一仗，胜一仗。曾国荃又赶紧派出一部分人马去接应曾国葆，两军合力将长毛军杀退。自同治元年闰八月十九日到十月四日，共计四十六天，曾国荃目不交睫、衣不解带，与长毛军相持日久，自是愤恨至极，军士也怒气填胸。同治元年十月五日黎明，长毛军又来围攻，曾国荃率全营军士走出壁垒迎战。这次清军出击比前次厉害，真的是以一当百，以百当千，以千当万，接连踏破数十座敌营。长毛军望风而逃，纷纷溃散，李秀成、李世贤两人终于抵挡不住，夺路而逃。曾国荃大营自救成功，这是湘军的第一场恶战。
曾营内的将士几乎被伤得体无完肤，曾国荃也疲惫不堪。曾国葆竟一病不起，于同治元年十一月十八日死在军中。朝廷降旨将曾国葆厚葬，并为他建立专祠，还令史馆为他立传。
话说回来，李鸿章带领淮勇正打算出发，恰好江苏士绅钱鼎铭、潘馥等人筹备了十八万两白银到安徽迎接他。李鸿章搭便船，与程学启、郭松林诸将一同抵达上海。上海是各国通商的码头，与苏州相距不远，长毛军占据苏州后，便想谋取上海。苏淞台道吴煦联合英、法各军设立会防局，分头防御长毛军。美国人华尔出兵驻守淞江，多次打败长毛军，尤为出力。等到李鸿章到上海，外国人见他的部下衣冠粗陋，不禁大笑。李鸿章说：“兵贵在能战，不在服饰的华美，等我先打一仗，你再笑也不迟。”
李鸿章刚请美国人华尔督练出一支会使用洋枪的常胜军，朝廷降旨，令他暂代江苏巡抚一职。李鸿章初次带兵打仗，又要兼管疆域，便令参将李恒嵩会同华尔，并联合英、法士兵，攻克嘉定、青浦二城。英国提督何伯请李鸿章派兵联合攻打浦东厅县。李鸿章于是令程学启、刘铭传、郭松林、滕嗣武、潘鼎新诸将进军南汇县的周浦镇，作为北路；英提督何伯与法提督卜罗德自淞江向金山卫进军，作为南路。
两军刚出发，忽然传来消息，李秀成出兵攻打太仓州，知州李庆琛兵败，随后嘉定沦陷，青浦局势危急。李鸿章急忙调程学启前去扼守虹桥，阻击李秀成，然后又告知英、法两提督，让他们立即援救青浦。当时，英、法两提督刚攻克奉贤，接到李鸿章的公文，忙率军赶赴青浦。途中遇到李秀成的部众，当下两军开战，卜罗德中枪身亡，何伯被吓得退了回去。华尔正坚守青浦城，见英、法各军败退，也突围出城，前往松江。
李秀成直逼上海，先向程学启的军营发起进攻。程学启手下只有八百人，李秀成的士兵却不下十万。程学启毫不畏惧，登上营墙指挥作战，他见长毛军将营寨围得水泄不通，便亲自放炮轰击。长毛军九却九进，营垒外堆积的尸体都与沟壕平齐了。长毛军正打算踩着尸山登上城墙，忽然东北角上出现一大队人马，队伍中旗帜随风飘扬。程学启用望远镜窥探，只见旗帜上大大地写着“署江苏巡抚李”六字，知是李鸿章前来支援，于是大声呼喊部众出击。长毛贼又惊又怕，随即下令撤军。李鸿章与程学启合军追杀过去，刀斩斧劈，好像削瓜切菜一样，杀得沿途尸首遍地。李秀成带来的十二个悍将全部抱头鼠窜。这场大胜仗之后，外国人才晓得淮军勇猛，都不敢再轻视李鸿章了。
随后，淮军又收复南汇、山卫、青浦、嘉定。长毛军慕王谭绍光与听王陈炳文又纠集苏州、杭州、嘉兴的长毛军，从昆山、太仓入犯上海。结果在程学启、刘铭传、郭松林的三面堵截下，在三江口大败而逃，淞沪解围。朝廷授李鸿章为江苏巡抚。
当时，宁绍台道史致鄂因长毛军攻陷慈溪，向上海乞援。李鸿章令华尔率常胜军前往支援，收复慈溪城。华尔在战斗中不幸中炮身亡。常胜军回到淞江，由美国人白齐文代为统领。不料白齐文闭城索饷，四处劫夺，李鸿章收回白齐文的兵权，勒令他回国，另起用英将戈登，让他统领常胜军。不料白齐文反而投靠李秀成，暗地里为长毛军出谋划策，后来浙军将他擒住，押往上海受审，中途船翻了，白齐文溺水而死。
李鸿章为淞沪解围后，便进军苏州、常州，招降常熟的长毛军将领骆国忠及太仓的长毛军将领钱寿仁，随后直捣福山，攻取昆山，直逼苏州。李秀成自江宁败还，趋入江北，听说宁国府城已被鲍超攻破，东、西梁山又由曾国荃分军守御，于是率军返回苏州。当时李鸿章正督兵进攻苏州。李秀成日夜兼程赶去支援长毛军，赶到常熟后，只见城上刀枪齐列，为首的一员将官，面相很熟，仔细一瞧，正是骆国忠，却已改穿清装。李秀成便大声质问他：“你怎么可以背叛天朝？”骆国忠说：“忠王，你也是一代豪杰，难道不识时务吗？洪氏马上就要灭亡了，你不如下马乞降，免得玉石俱焚！”李秀成瞪着眼睛，怒斥道：“我是堂堂大丈夫，怎么会像你这么没有良心！”话还没说完，两旁鼓声乱鸣，左有李鸿章，右有刘铭传，两路大军蜂拥而来。李秀成忙摆好阵势迎战，炮声、枪声响成一片。杀了三四个时辰，长毛军毫不懈怠，越战越悍，越悍越战。不料后面突然杀入一个郭松林，挥舞着大刀，左砍右劈，浑身都是血。长毛兵相顾惊愕，霎时溃退。官军追到无锡，李秀成入城抵抗，并调来一百多艘战舰，云集城外，作为掎角。郭松林会合黄翼升水师，决议火攻。恰巧遇着顺风，一把火，烈焰腾空，把长毛军一百多艘战舰烧得一艘不留。李秀成高坐在城楼上，见江中起火，料知战舰保不住了，忽然兵卒来报，战船已被烧尽，水兵死了一万多。李秀成不由得涕泪交加，感叹道：“这是天亡我天国了！”
李秀成正想弃城出逃，城外来了白齐文，将从上海掠夺而来的两艘轮船献给他，并说：“船上载有巨炮，很是厉害！”李秀成也管不了许多，出城上船。想亲自试一试，便对准黄翼升的水军突然开炮，一炮刚发，对面的战船果然被轰破了几艘。正下令开第二炮，不料对面来了两三艘船。离李秀成乘坐的船还有一丈多远，为首的人就拿着短刀一跃而上，随后又有几十名兵士陆续跳上船，来杀李秀成。李秀成一看这首领正是钱寿仁，便喝道：“钱寿仁，你做什么？”钱寿仁说：“谁是钱寿仁？我是周寿昌！特来取你的首级！”原来钱寿仁确实是他的假名，投降清朝后，他恢复真名周寿昌。李秀成也不再多说，立即持刀抵抗。无奈清军越来越多，索性纵火焚船。李秀成见情况危急，只得丢弃座船，跳到白齐文的船上，起锚逃去。
清军夺下无锡，乘胜追到苏州。李秀成已先行入城，与谭绍光固守苏州城。清军运来二十门大炮，把城外的敌垒全部毁去。程学启攻打城南，戈登攻打城北，李鸿章亲自指挥，誓破此城。城中的长毛军十分惊恐。李秀成与谭绍光率一万多悍党，突然杀出城门。从早上杀到中午，清军才将冲出来的长毛军杀回。李鸿章令将士将书信射入城中，说：“投降的人免死，献出头目首级的人有赏。”于是城中悍将郜永宽夜里偷偷出城，径直到清营投降，并说愿取来谭绍光的首级献给清军。自此程学启一面攻城，一面专等城里的消息，接连几天，城里一直毫无反应。
一天晚上，天黑如墨，苏州城外的护城河里隐约有划船的声音。程学启得知后，忙亲自巡阅，河中已不见人的踪影。因天昏月暗，不便追袭，程学启于是令军士格外留心，谁知李秀成已于半夜逃走。李秀成心灵眼快，窥透郜永宽的预谋，便决计逃走。于是他将守城的事托付给谭绍光，痛哭一场，握手道别。李秀成离开后，谭绍光势单力孤，苦守数天。郜永宽令部将汪有为随谭绍光巡城，乘其不备突然向谭绍光背后开枪，子弹穿入心窝，谭绍光霎时倒毙。谭绍光手下一千多名亲兵与郜永宽搏杀，怎么禁得住郜永宽手下几万人的还击？没过多久，就全部阵亡了。
郜永宽打开城门，将程学启迎入城中。程学启安抚八位投降的将领时，发现他们个个面目狰狞，好像魔鬼一样。八人在程学启面前，仍傲然自若。程学启翻看名册，第一个是太平天国纳王郜永宽，第二个是比王伍贵文，第三个是康王汪安钧，第四个是宁王周文佳，此外还有范启发、张大洲、汪怀武、汪有为四位大将。程学启眉头一皱，计上心来，便好言抚慰他们。郜永宽说：“我们已经投降，李帅就应该遵守诺言，向清廷举荐我们，大则当总兵，小则当副将。”程学启说：“这个自然，兄弟会替你们向李帅禀明。”郜永宽说：“还有一个要求，我们的部下差不多有二十营，他们仍然要归我们八人统领，驻扎阊、胥、盘、齐四门。”程学启也随口答应，然后匆匆出城，与李鸿章谈了一夜。
第二天早上，程学启令八人出城受赏，八人欣然前往。程学启先出城，部署各军，张设营幄。大约到了中午，李鸿章高坐在营帐中，等八人前来拜见。八人骑马出城，到营帐前才下马，由程学启带他们进来，行过了礼，李鸿章令他们在两旁坐定。程学启走出营帐，又立即带兵进来，八人顿时十分惊愕，不料李鸿章下令，将他们拿下。八人手无寸铁，怎么抵挡，自然被擒住。八人大呼无罪，程学启说：“你们借口投降，居心狡诈，妄想拥兵弄权，恃众横行，还敢说无罪吗？”便向李鸿章请示将八人正法。李鸿章还在犹豫，程学启说：“虎已被绑住，万不能再放虎归山，他们甘心背叛谭绍光，难道就不敢背叛您吗？”李鸿章于是点头，士兵当下将八人推出，霎时间献上八颗血淋淋的首级。程学启将首级悬挂军前，传令城内外的长毛兵，各交军械，不得再有异心，否则斩首。长毛兵恐惧万分，大多将军械交出，只有两千多人不肯遵行，程学启便将他们一一杀掉，然后整队进入苏州城。戈登对杀掉降兵一事不满，痛骂程学启不讲道义，并说从此与程学启势不两立。多亏李鸿章从中调停，他才肯罢手。
朝廷为李鸿章加太子少保衔，戈登也得到重赏。李鸿章随即将军士分为两路：一路由程学启、刘秉璋、潘鼎新、李朝斌四人统领，围剿浙西的长毛军，遥应左宗棠、蒋益澧军，肃清江、浙通道；一路由李鸿章自行督领，率李鹤章、刘铭传等人进攻常州，与曾国荃、鲍超军相呼应。两路大兵分头出发，势如破竹，所向无敌。程学启拿下平湖、乍浦、海盐、澉浦，直攻嘉兴。嘉兴城上枪炮如雨而下，清军顿时血肉横飞，程学启气愤至极，拿着长矛亲自登城，额上中了一弹，坠下城去。部将刘士奇、王永胜见主将受伤，怒气填胸，麾众继续登城，嘉兴城被一举攻破。程学启负伤回到苏州，医治以后伤口逐渐愈合，只是额下的骨头已经腐坏，饮食多有不便。程学启非常愤恨，竟将那骨头剜出，伤口再次破裂，程学启大叫数声而亡。
李鸿章已收复宜兴，拔下溧阳，进而围攻常州，水陆炮声如雷。四月六日，常州被收复。常州在咸丰十年四月六日沦陷，四年后被清军收复，巧的是沦陷和收复都在同一天，甚至连几时几刻都不差分毫，当时人人称为奇事。
苏、常已被收复，江苏全省除江宁外都被平定。长毛军大多窜入江西，曾国藩檄令鲍超军回来支援，李鸿章也派兵前去堵截，并撤去常胜军，遣送戈登归国。从此淮军声名远扬。
后来，李鸿章出使德国，与德国首相俾斯麦闲谈，大讲特讲自己攻打长毛军的功劳。俾斯麦听后说：“欧洲人以杀异种为荣，如果专杀同胞，实属可耻。”李鸿章不禁自惭形秽。
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