从此，赖文光一筹莫展，只在寿光、昌邑、潍三县交界处乱窜。窜到潍县东北安堌时，又想依照从前的做法，从海滩窜渡到内陆。突然看见清军大队举着刘字大旗冲杀过来，赖文光来不及逃跑，只得仓皇迎战。交战间，清军从四面八方杀到，异口同声地喊着“杀赖贼”，赖文光不免慌张，忙杀出一条血路，向东狂奔，一口气逃到杞城。还没来得及歇口气，突然前面又响起震耳的枪炮声，一员大将率军挡在路前。这位大将就是军门郭松林。赖文光还不知道他的厉害，招呼众人迎战，等到被郭松林手刃数人，才晓得来将不是等闲之辈，正想从原路返回，谁知刘铭传军又已经赶到。赖文光至此只得拼死一搏，终究弱不敌强，被刘铭传军和郭松林军追到河曲，群捻自相践踏，尸横狼藉。后路的捻众大多浮水逃走，赖文光也侥幸逃脱。
各官军继续追剿，在胶州县的分南沟，趁赖文光不备猛攻一番，剩余的几个老捻贼及七八千残众随着赖贼窜到寿光县。官军四路相逼，将贼众逼到海边，圈入南北洋河、巨弥河中间。因河水很深，捻众只得背水死战，郭松林、潘鼎新两军从东面攻入，刘铭传率大军从西面攻入，把捻众冲得四散八方。赖文光死战了一天，一看抵挡不住，索性将马匹辎重全部抛弃，轻骑向东而去。刘铭传军令兵士全力追赶，从洋河追到弥河，捻众那时已零星四散。赖文光还想冲破运防，奔到沐阳，结果遇到皖军，没战几个回合，就立即折回。赖文光又逃到淮安，见李昭庆、刘秉璋、黄翼升水陆各军驻扎在那里，料知过不去，于是掉头窜往扬州。恰好道员吴毓兰奉李鸿昌檄令，率领淮勇驻扎运河，他得知捻众来到，忙出兵迎击。赖文光不敢恋战，仍边战边撤，清军追杀到瓦窑铺，击毙几百名捻贼。赖文光被四面包围，无路可窜，竟纵火焚毁民屋，想借此牵制官军，以便脱逃。吴毓兰早防着这一招，麾军冒火搜剿。只见火光中有一捻贼，骑着黄马，手执黄旗，指挥捻众，料知是赖文光，于是连发数枪，击中他的坐骑，赖文光随马倒地。吴毓兰急忙督促亲兵将他活捉，审讯属实后，将他就地正法。剩下的几百捻贼也被各军搜杀无遗。
东捻被荡平后。太后十分高兴，封赏李鸿章骑都尉世职。曾国藩筹饷有功，已升任体仁阁大学士，至此也加授他云骑尉世职。
东捻失势的时候西捻正在蔓延。西捻首领张总愚自河南窜入陕西，恰逢回民叛乱，骚扰陕甘，张总愚于是与叛回串通一气。陕回的头目叫白彦虎，甘回的头目叫马化隆。他们因捻贼作乱，便也乘机起事。清廷曾多次派大将前去剿贼，但警讯依旧不断，谁知惹恼了恪靖伯左宗棠，自请前往陕、甘讨贼，为国效力。两宫太后欣然批准。
左宗棠到陕西后，听说捻、回勾结，便决定先剿捻贼，再剿叛回。于是令提督刘松山等人率军驱逐捻贼，不给捻、回合兵的机会。张总愚随即自秦入晋，自晋入豫，自豫入燕，直扰保定、深州等处，京畿戒严。朝廷忙派盛京将军都兴阿赶赴天津，严行防堵，并调李鸿章督军北上，与左宗棠合力剿灭西捻。李鸿章不敢怠慢，立即令各路兵马起程。唯独刘铭传旧伤复发，无法带兵打仗，请假休养，因此没有随军前往。
李鸿章到达畿南，因河北平原旷野无险要地势可以据守，只得加固壁垒，使捻众无处掠夺粮食，然后再用兜剿的老法子。于是劝令当地的百姓赶紧环绕村寨修筑围墙，一听到寇警，就立即将粮草、牲畜收入寨内，以免被捻匪抢走。百姓倒也遵令筹办。无奈张捻已四处奔窜，清军连筑堡都来不及。第一次交战，郭松林、潘鼎新各军大破张捻于安平城下。第二次交战，河南、陕西各军赶来与郭松林等会合，在饶阳县击败张捻。第三次交战，捻贼潜渡滹沱河，郭松林、潘鼎新兼程追到，陕军统领刘松山、豫军统领张曜等人也先后追来，各路截击，将渡河的捻贼杀毙无数，张捻往南窜逃而去。第四次交战，捻贼自直隶窜到河南，又自河南窜回直隶，各军在滑县的大伾山将捻贼截住，一顿剿杀。第五次交战仍在滑县，捻贼用诱敌计引诱官军，记名提督陈振邦阵亡，其余各军也损失了不少人马。朝廷这次改宽为严，将左宗棠、李鸿章贬职，连直隶总督官文及河南巡抚李鹤年也被革职留任。
左宗棠向来骁勇，督军剿贼，亲自到畿南与李鸿章商议军务，最后议定严守运防，将捻贼圈逼海东。刚规划完，张捻已经径直窜入天津，多亏郭松林军冒雨忍饥，日夜兼程，挡住贼众，击败张捻，捻贼这才折回。张总愚原先的计策很是厉害，他以迅雷不及掩耳之势从陕西窜到京畿，本打算立即夺下津沽，不料淮勇日夜兼程赶来支援，他才没能得逞。他又故意窜到河南，诱使淮军南下，然后又迅速回来进犯津沽，出其不意，加以掠夺。偏郭松林与捻众角逐已久，熟悉捻贼狡猾的计谋，早就防着他又返回去攻袭，于是与他并趋而北，且总是赶在他的前面。一场酣斗，张捻只得沮丧地折入运河东面。
李鸿章力主防守运河，决定先扼守西北运河，修筑长墙以断绝捻贼的出路。当时郭松林正南下追击捻贼，途经沧州。沧州南部有座捷地坝，在运河的东岸，减河的河口。减河的水很深，足以堵住敌骑窜往天津的道路。李鸿章忙令郭松林将捻贼赶往此处，又腾出潘鼎新、扬鼎勋两军，让他们在减河岸边筑起八十多里的长墙，并分兵扼守，加固津防。同时调淮、直、豫、陕、皖、楚各军，让他们各自驻守自己省境内的运河，运防也随即告成。李鸿章又亲自率周盛波一行由德州沿运河查勘地形，以确保万无一失。张总愚果然率众扑向减河的长墙，见淮军整齐地出来迎战，料知不是对手，不战而逃。刚逃到盐山附近，突然遇到两支大军，一支是湘军刘松山，一支是豫军张曜、宋庆，由陕西总督左宗棠统率前来。当下两边对垒，张总愚再次失利，逃入荏平、高唐境内。此后，张总愚将捻众全部改编为骑兵，一遇到清军就跑，清军追也追不上。李鸿章只是令各军增筑长墙，一层紧一层，一步紧一步，将地越圈越小，捻势也越来越穷蹙。郭松林军在沙河左近探悉到捻贼的行踪，于是趁雨潜行，列阵而进，渡过沙河。捻贼刚准备整队前进，突然见官军杀来，捻众不禁大惊，急忙策马前奔，没想到满路都是泥淖，马匹无法快跑。当时前有郭松林，后有潘鼎新，前后夹击，骑兵与步兵连环迭进，无不以一当百，枪弹如雨而下，呼声如雷。捻众大乱，官军乘势追击，自沙河到商河三十里，沿途的尸体顶趾相接。张总愚亲自率领黑旗队，和清军拼杀几个回合，后来中弹落马。旁边的几十名亲骑忙将张总愚扶起，护着他拍马而逃。这一场大战，击毙捻匪无数，只剩五千余骑向东驰去。
李鸿章令刘铭传联合各路大军将捻贼逼入山东省。在济阳境内，清军重创捻众，余捻掉头向南逃去，窜入黄河沿岸的老海洼，浮水狂奔。官军紧追不舍，击毙捻贼中几个最彪悍的头目。张捻辗转到德州，几次抢渡运河，都被炮船击退。张总愚又窜到商河，余捻已零零落落，不能成队。刘铭传也率队追来，将张总愚逼到黄河与运河之间，八面围攻。张总愚在乱军中逃脱，往东北窜去，逃到徒骇河边，回头一看手下只剩八骑，不禁涕泪横流，下马与八人诀别，投水自尽。等官军追过来，六骑死于刀刃下，两骑被捉，西捻就此被肃清。当下捷报传达清廷，朝廷恢复李鸿章、左宗棠等人的原职，并犒赏全军。
只是陕、甘的叛回还没有平定，左宗棠入宫觐见，奏称五年以内肃清全境。两宫太后非常欣慰，令他即日去陕西剿贼。左宗棠领命后风驰电掣而去。云南一带也有叛回滋扰，云贵总督潘铎被叛回马荣杀死，多亏代理藩司岑毓英秘密招抚回部首领马如龙，两人联合击毙马荣。岑毓英本是粤西的秀才，带兵入滇，屡次建功。潘铎死后，朝廷令劳崇光继任。劳崇光一见到岑毓英，大加赏识，随即将云贵的军事全部交给他处理。当时黔苗民陶新春兄弟无端倡乱，岑毓英又出省征讨。征讨大军还没回来，迤西的回族部落首领杜文秀召集几十万回众，攻陷二十多座城池，直逼省会。劳制军急忙檄令岑毓英回军支援，岑毓英日夜兼程返回省城，戈矛耀日，旌旗迎风。叛回听到他的威名，已经心惊肉跳，等到交战，岑毓英军果然个个勇猛，大小几十个回兵堡垒顷刻间被岑毓英军一一攻破。杜文秀忙掉头据守大理府，岑毓英被晋升为云南巡抚。
两宫皇太后及同治皇上料知陕、甘、云、贵一带不久将平定，不免悠闲起来。慈安太后性情向来贞淑，倒也没什么变化，唯独这花容月貌、聪明伶俐的慈禧太后不免放纵起来，由此闹出一场笑话。
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