他上台之后，首先干的事情就是搞肃清，打算把原本那些支持攘夷倒幕的家伙们赶尽杀绝。
这头一个要杀的，就是高杉晋作。毕竟人家又是奇兵队又是搞天诛，成天不得安生，若是留着，日后必定还要造次。
此时的奇兵队，已经被椋梨藤太给勒令解散了，而我们的高杉大少爷一听到风声不对，立刻逃往了乡下避难，一时半会儿的还真没被抓着。
不过一直这么躲着也不是个办法，总有一天会被搜出来然后拖出去一刀了事，反复思考之后，高杉晋作觉得：先下手为强，后下手遭殃，这是一条几千年来不曾变过的至理明言。
他决定抢在自己被干掉之前动手干掉椋梨藤太他们。说干就干的高杉晋作派人四处联络已经被遣散回家的奇兵队成员，在一个晚上，大家一起聚结到了在乡下的高杉住所里开了一个会。
会上，高杉晋作明确表示，自己准备起兵搞政变。
然后反对声一片。
第一个站起来反对的是山县狂介，他觉得现在突然搞兵变太仓促了，成功率一定不会高，其他人也纷纷表示，虽说这次兵变的主要目的是讨伐保守派，但是说白了还是等于跟藩主毛利敬亲拔刀相向，这样一来的话，自己岂不是成了乱臣贼子了？还有一部分人则担心就自己手下的这些人，很难跟长州藩的正规军相抗衡。
唯独表示支持的，只有一人，那就是高杉晋作在松阴塾的老同学——伊藤博文。
当时高杉晋作能够控制的队伍，总人数只有60多个，而伊藤博文所带领的力士队才20个，全部加起来也就80出头，要想靠着这些个人去推翻执掌长州藩的椋梨藤太，那是难度系数超高的一件事儿。也难怪没人会支持，毕竟这世上愿意白白送死的人还是非常稀少的。
面对大家反对的呼声，高杉晋作缓缓的站起了身子，宣布散会。
你们不愿意去的话，我一个人去，无所谓的。
“人在活着的时候，如果能够有所作为的话，那么不管怎样都要活下去；如果碰到了即便用生命作为代价也值得的事情的时候，那么不管何时，都应该坦然赴死。”
这是吉田松阴当年亲口传授给高杉晋作的话。个人觉得，这就是促使他下定决心无论如何也要起兵的原因。
与会的大伙都惊呆了，在这一刻，他们看到的已经不再是那位处处让人吐血的大少爷了，而是一个临阵待发的武士。
起兵的日子选在了当年的12月14日，这是一个对于高杉晋作来讲有着重大意义的日子。第一，这一天是日本著名的赤穗四十七浪士攻打他们的仇敌，吉良上野介的纪念日；其次，这一天同时也是他老师吉田松阴脱藩的日子。
地点则是在功山寺，如果你已经忘记那是什么地方的话，那就往前翻一翻。那里住着几位被从京都扫地出门，眼看着现在又要被赶出长州的倒霉公卿。
临行前，公家代表三条实美亲自端了一碗酒给大家伙饯行，并且语重心长的表示，万一失败了就赶紧回来吧，留得青山在不怕没柴烧。
高杉晋作笑了笑：“三条大人，今天就让您看看长州男儿的肝胆吧。”
喝完，一摔酒碟，下令出发。总人数为八十，外加大炮一门。
高杉军在当天下午4点，攻打了位于下关的新地会所。
那里是一个仓库，里面却储存着大量的武器，但防守的人数却并不多，而且都是一些役人，所谓役人就是类似于中国的衙役，平常一般也就是拿个板子打人屁股，干不了什么别的事情。当时一马当先冲在最前面的，是伊藤博文的力士队。
力士队总共才二十人，数量不多，但质量却是相当不错，他们的成员都是玩相扑的，当衙役们看到迎面扑来这一群高大如山健壮如牛的大块头，全都吓傻了，几乎都没怎么抵抗便一哄而散了，一仓库的武器就这么落入了高杉晋作之手。
大功告成之后，大家都特别高兴，整个阵营沉浸在一片欢乐的气氛中。但是高杉晋作似乎还不满足，他紧锁双眉反复思量一番之后表示，光是抢了这一堆武器是不够的，接下去还得继续行动。
对此没人表示反对，但是大伙比较关心的一个问题是，行动的目标是什么。
“知道三田尻么？”
大家纷纷点头说知道。因为那地方太有名了，它是长州藩建立的海军局所在，用来传授从西洋来的先进海军知识，不但如此，在附近的海面上，还停泊着三艘长州藩不久前才新买来的军舰。
“现在，我要去把那三艘军舰给夺了。”高杉晋作说道。
底下沉默了，大家是被震惊住的。再怎么说这个计划也太疯狂了，且不说这军舰上有着全副武装的长州藩正规军，即便是舰船本身，都带着好几门大炮，搞不好这八十个人还没上船，就被一阵炮轰炸的剩下八个了。
面对这一片此起彼伏的反对声，高山晋作没有详细解释自己的计划也不打算说服任何人，他示意大家安静下来之后，说了一句：“不怕死的就跟着我来。”
要说不怕死的的确有，还不少，连着晋作本人有十八个。
十八个人先上了第一艘军舰，船上没几个人，所有的士兵几乎都在岸上晒太阳，于是高杉晋作一声令下孩儿们动手，这船就这么被夺走了。
接下来的两艘其实不是夺来的，而是人家主动投靠过来的。
究其原因，其实还应该说是椋梨藤太的保守派太不得人心了，整天搞肃清不算，还尽想着跟幕府靠拢，要知道，长州藩跟德川幕府的仇恨在200多年前的关原会战时就已经结下了，接着又出了一批像吉田松阴，久坂玄瑞这样的倒幕派，打倒幕府这样的理念早就在整个藩中根深蒂固了。现在保守派们因为害怕战争而给幕府做小，怎能不让大家觉得恶心反感。
正好，高杉晋作率部挑头了，于是长州海军的同志们也就顺水推舟的跟了他。
三艘军舰被抢下之后，整个长州藩都被震惊了，大家在惊叹高杉晋作的牛叉同时，也纷纷站了出来开始加入到他的队伍中。其中包括了开始时候反对他起兵的山县狂介等人。
元治2年（1865）1月7日，长州藩士天宫慎太郎再一次组织起了奇兵队，袭击了位于长州绘堂的藩军兵营，因为事发突然对手没怎么防范，一下子被打的摸不着东南西北，在丢下几具尸体之后不得已后退几十里并将大本营给移到了附近的山头上。
1月10日，因为军营遭袭，所以长州藩派了两百人前来反攻，在半道儿上跟奇兵队相遇，在持续了2个多小时的激战并且放火烧毁了数家民房之后，奇兵队一时败退。但是在当天下午，山县狂介率部袭击了这支藩政府军，当场打死打伤二十余人并且成功将其击退。
1月16日，高杉晋作亲临战场，与山县狂介一起在云雀山迎击藩政府军，激战3小时后获胜。
一连串的战事发生之后，1月24日，一支约两百人的长州藩士队出现在了位于山口城下的长州藩藩厅附近。他们既不是椋梨藤太的人，也不是高杉晋作的人，他们仅仅是中立的普通长州藩藩士。这些人为了要求大名毛利敬亲迅速调停内战而举行了大规模的示威游行。当天，连战连胜的高杉晋作也率部出现在了山口附近。
毛利敬亲慌了。他生怕打着推翻保守派统治旗号的高杉晋作心情一个不好，把他这个藩主也给顺道推翻了。1月25日，他在山口城召开了会议，宣布解除椋梨藤太的一切职务，并且将其送入大牢。
这事儿就这么算完了。事成之后，高杉晋作，伊藤博文他们成了长州藩的主流领导人，对此毛利敬亲也没说什么，他知道自己说什么也都没用了。接着，高杉晋作提出了长州藩的政治倾向，不再是攘夷，也不再是尊王，而是倒幕——用尽能用的办法，推翻幕府。
光有口号还不行，得有实际行动。高杉晋作在掌握政权之后没多久，就把原来已经砸了一半的山口城给重新修起来了。
德川家茂怒了，这幕府开了都200多年了，敢明目张胆的举反旗的，从来就没怎么见过，现在长州开全国之先河，要不把你们给灭了，将军家以后还怎么混哪？
他当即下令，准备再度出兵征讨长州。当然，之前还是要去一次京都，讨一个圣旨，毕竟名正言顺好办事儿。这一次，他决定亲自上京面见天皇。
要说实在是这年头不好，哪都乱得慌。不光是长州那边在闹腾，京都其实也不太平。
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