不过，由于新柏拉图主义者的泛神论思想与正统的基督教教义相抵触，教会早已视之为异端，加上到了13世纪，亚里士多德的著作大量从阿拉伯文以至希腊原文译成拉丁文，亚里士多德哲学的影响大为增长，教会逐渐转而利用亚里士多德哲学中与教义相合的方面。于是被基督教教义改造过的亚里士多德哲学成了官方哲学。托玛斯·阿奎那是这种官方哲学的最高权威。他明确主张哲学服务于神学，反对阿拉伯先进哲学家提出的“二重真理”说，他区分理性和信仰，但又力图调和二者，他认为启示高于理性，哲学是以理性解释上帝，不能与宗教信仰相矛盾。关于普遍与个别的问题，托玛斯采取温和的实在论的立场。
14世纪初至15世纪中叶，是中世纪哲学的末期。由于罗马教会的衰微，自然科学的发展，加之亚里士多德哲学中重经验事实的本来面目逐步被认识，人们厌弃教会曲解了亚里士多德，于是正统的经院哲学日趋没落，哲学愈益脱离神学。在这个时期以前，12世纪的阿拉伯著名哲学家伊本·鲁士德（Ibn Roshd，即Averroёs，1126—1198）已提出了反对正统经院哲学的思想。他崇敬亚里士多德，甚至具有比亚里士多德更多的唯物主义思想，他提倡“二重真理”说，否认真主干预世界，主张自然事物受因果必然性支配。13世纪，伊本·鲁士德的学说盛行，形成了所谓“阿维洛伊主义”的思潮，其最大代表是在巴黎大学任教的西格尔（Siger of Brabant，1235？—1282？）。此外，在这个时期中，唯名论和渊源于新柏拉图主义的神秘主义异端思想也重新盛行。个人自由的思想抬头。这个时期的唯名论代表人物是罗吉尔·培根（Roger Bacon，1214？—1294）、约翰·邓·司各特（John Duns Scotus，1265？—1308）、奥康的威廉（William of Occam，1290？—1349），神秘主义的代表人物是艾克哈特（Eckhart，1260—1327）。
由于资本主义生产方式的形成以及自然科学的新发现和新发明，也由于中世纪哲学内部的原因，如经院哲学脱离实际的烦琐的推演方法，理性与信仰之逐渐分离，唯名论之重视个别，神秘主义之主张个人直接与上帝相通，等等，经院哲学便日趋崩溃，西方哲学史由中世纪哲学转入了近代哲学。
3.近代哲学
近代哲学亦分为三个时期：
第一期是由中世纪到近代的过渡期，即15—16世纪的所谓“文艺复兴”时期。这是一个自我觉醒的时代，人们的思想从空幻的彼岸世界回到了现实的此岸，从清净的僧院走到了纷扰的尘世，从而发现了自然，也发现了人自身。追求知识，渴望个人自由，要求个性解放，反对教会的桎梏，要求发挥人的主体性，这就是当时人们的一般精神面貌。自然和人成了当时思想界所研究的中心课题。就是在这一研究的过程中，形成了人文主义和自然哲学两股互相联系而又有一定区别的思潮。
人文主义主张以人为中心，一切为了人的利益，是以资产阶级人道主义为核心的反封建、反神学的新文化运动，表现为对古代文化和各种哲学流派的研究和利用。人文主义的主要代表有柏拉图派的普莱索（G.Pletho 1355？—1450？）、贝沙里杨（Bessarion，1400？—1472）、费奇诺（M. Ficinus，1433—1499）和亚里士多德派的彭波那齐（Pietro Pompnazzi，1462—1524）等。
自然哲学的代表人物主要有库萨的尼古拉（Nicolas of Cusa，1401—1464）、特勒肖（B.Telesio，1508—1588）和布鲁诺（G.Bruno，1548—1600）。这些自然哲学家在15世纪下半叶开始兴起的近代自然科学的基础上，用自己的唯物主义反对经院哲学的唯心主义，用经验观察的科学方法反对经院哲学的推演方法，用辩证的思想反对经院哲学的形而上学方法。不过，近代自然科学的发展毕竟还刚刚开始，对自然的研究往往与魔术、炼金术、占星术纠缠在一起，新科学尚未完全获得独立的地位，因此，与这种自然科学状况相适应的自然哲学，还有不少想象和虚构的成分。
值得注意的是，自然哲学家尼古拉和布鲁诺从认识论的角度探讨了如何把握对立统一的途径问题。尼古拉从当时自然科学的材料出发，在近代哲学史上第一次提出了对立面一致的原理。他把多样性的统一归结为对立面的统一，认为只有对立的统一才是最高的真理，他还明确主张，要把握对立面的一致，需要经过相辅相成的三个阶段实即“感性”、“知性”和“理性”。
17—18世纪末，是近代哲学的第二期。
这个时期，资本主义进一步发展，自然科学出现了分门别类的研究，现实世界成了可以由人类把握的对象或客体，哲学的兴趣集中于主体与客体的关系特别是二者的统一上，主体性原则成了近代哲学的主导原则。真正的近代哲学是从17世纪开始的。自“文艺复兴”和宗教改革以后，近代自然科学日益脱离神学而繁荣昌盛。公元1600年前后的一百年左右，出现了哥白尼（Nicolaus Copernicus，1473—1543）、开普勒（J.Kepler，1571—1630）、伽利略（Galileo，1564—1642）等许多科学上的伟人，17世纪是近代自然科学取得辉煌成就的世纪。这时，科学的标准不再像过渡时期那样，往往是古代的柏拉图、亚里士多德或基督教的教义，而是自然本身；科学的方法也不再像过渡时期那样，掺杂很多神秘的巫术，而是以观察和实验为基础的归纳法和数学的演绎法。与此相适应，在哲学上，从前被认为是由神灵统治的世界，现在则被认为是由因果必然性支配的世界。机械的宇宙观一时占了统治的地位，这种情况一直延续到18世纪下半叶的康德时代。
近代科学的方法肇始于伽利略，他同时也为近代哲学提供了研究的方法。伽利略的方法的特点是，以观察和实验为基础，进行归纳和数学的演绎。他与法兰西斯·培根（Francis Bacon，1561—1626）同时，他们都很重视归纳法，但培根轻视演绎法，而伽利略则归纳法与演绎法同时并举。归纳法与数学演绎法两种科学方法上的分歧，在哲学认识论上表现为经验论与唯理论之争。经验论认为哲学的研究方法只是以实验、观察为基础的归纳法，知识以感官经验中的东西为基础。经验论者都轻视或否认超经验的玄学问题。唯理论则依据数学演绎法，认为思维独立于感官经验，思维可以把握超经验的东西。唯理论者注重玄学问题的研究。经验论者和唯理论者从两个相反的角度去求得思维与存在、主体与客体的统一。经验论者重感觉中个别的东西，重多样性，其思想源于中世纪的唯名论；唯理论者重思想中普遍的概念，重统一性，其思想源于中世纪的实在论。经验论的代表人物是培根、霍布士（Thomas Hobbes，1588—1679）、洛克（John Locke 1632—1704）、巴克莱（George Berkeley，1685—1753）和休谟（David Hume，1711—1776），唯理论的代表人物是笛卡尔、斯宾诺莎（Benedict de Spinoza，1632—1677）、莱布尼茨（Gottfried Wilhelm Leibniz，1646—1716）和沃尔夫。
培根是近代唯物主义经验论的第一个代表，他把经验当作统一思维与存在的关键；他是近代哲学史上第一个提出思维的主体（人）应该主动干预自然，使之服务于人类的哲学家，为近代哲学中统一思维与存在、主体与客体的要求和思想趋势打下了一定的基础。他的“二重真理”说，在当时条件下起了打击神学的进步作用。
笛卡尔是近代唯理论的第一个代表。他排斥一切外在权威，把人的思维当作哲学的开端。他的“天赋观念”说就是主张单凭思维中的普遍性概念即可把握最高真理；他的怀疑一切的主张，就是清除成见，完全运用思维以达到客观真理。笛卡尔的这些思想实际上是把人的理性认识当作统一存在与思维的关键。他所提出的“我思故我在”的原理和他的二元论思想表明他是西方哲学史上第一个创导主—客二分式和主体性原则的哲学家，他是西方近代哲学的真正创始人。他也是一个机械论者，认为动物不过是一架机器。
斯宾诺莎的唯理论的认识论和几何学的方法以及机械的自然观都直接来源于笛卡尔。他关于思维与存在不过是唯一实体的两种属性的学说，是对笛卡尔二元论的批评和发展。他认为多样性的个别事物不过是唯一实体的变形，只有实体有独立自存性，个别事物只有通过唯一实体才能得到认识和说明。这样，个别性、多样性便大大地受到普遍性、统一性的压抑。
洛克发展了唯物主义的经验论，他尖锐地驳斥了笛卡尔的唯心主义的“天赋观念”说，提出了自己的“白板”说，不过他也强调我们能从感觉经验中抽象出普遍性的概念。洛克是温和的唯名论者，认为感觉中的个别东西是第一位的。洛克还保留了笛卡尔割裂思维与存在、主体与客体的二元论的思想因素。
莱布尼茨站在笛卡尔的基本立场上，针锋相对地反对洛克的唯物主义的经验论。他说：洛克的体系和亚里士多德关系密切，他自己的体系和柏拉图接近。莱布尼茨也重视普遍性概念，是“天赋观念”说的拥护者，不过他的“天赋观念”说与笛卡尔的略有区别。在本体论方面，他表述了普遍与个别、统一性和多样性的关系的看法；他认为“单子”虽然彼此不能相互作用，但由于“前定和谐”而联系在一个统一体即神之中。“前定和谐”说是对笛卡尔的二元论和斯宾诺莎的平行论的继承和发展。这里显然包含着一和多对立统一的辩证思想，但这种统一的原则处于多样性的“单子”之外，和斯宾诺莎之以普遍性、统一性吞没个别性、多样性的原则很不相同。
巴克莱是唯心主义的经验论者。他从洛克哲学所包含的二元论和不可知论走向主观唯心主义，完全取消了客体。“存在就是被感知。”世界上除了感知的主体即精神实体和被感知的知觉（他叫作“观念”）之外，什么也没有。他为了反对唯物主义和无神论，极力攻击普遍性的抽象概念特别是关于物质的抽象概念。他主张极端的唯名论，不同意洛克的“概念论”，认为抽象概念既无客观实在性，也不能存在于人心中。
休谟也是唯心主义的经验论者。他比巴克莱走得更远，不但在实际上取消了物质实体，而且根据巴克莱提出的同样理由，取消了精神实体。真实存在的只有知觉，经验由知觉构成，知觉以外的东西都是不可知的，因此，一切玄学问题都不可能成立，休谟以自己的不可知论和怀疑论完全否定了统一性和普遍性的东西（实体、因果必然性和普遍性），而把多样性和个别性（知觉）当成了最高原则。这样，17世纪到18世纪英国哲学中重个别性的原则，就由洛克的“概念论”经巴克莱的极端唯名论到休谟的怀疑论和不可知论而发展到了顶峰。休谟的经验论及其取消主体与客体的思想对现代西方哲学起了很大的作用。
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