各道兵马纷纷响应，到凤翔集结。郑畋拿出钱财犒赏官兵，官兵士气大振。黄巢的丞相尚让率兵去攻，被郑畋的部将宋文通一举杀败。黄巢又派部将王晖带着书信去招降郑畋。郑畋撕碎来书，杀死王晖，又连续打了几个大胜仗，然后派儿子郑凝绩到僖宗的行宫报捷。僖宗在兴元过了残年，转年元旦，改元为中和元年，继续传旨调各道出兵，收复京师，又任命高骈为东面都统，督军征讨黄巢，封河东节度使郑从谠兼任前行营招讨使；特别任命郑畋为京城四面诸军行营都统，所有前敌的将士都由郑畋任免。郑畋奏调泾原节度使程宗楚为副都统，前朔方节度使唐弘夫为行营司马，再次出兵讨贼。
黄巢再派尚让率领五万大军攻打凤翔。郑畋安排唐弘夫在要害处伏下重兵，自己带兵数千人在高冈上驻扎，布置了很多旗帜，引诱贼人来攻。贼兵一直认为郑畋是个书生，不懂兵法，见他在山冈列阵，犯了兵家的大忌，于是贪功前进。经过龙尾陂时，被唐弘夫伏击，冲断贼兵。贼兵前后不能相顾，顿时心慌意乱，招架不住。郑畋又带兵冲下，奋力杀贼，贼人腹背受敌，而且不知道郑畋有多少人马，以为有无数雄师从天而降，顿时东奔西窜。哪知逃得越快，死得越多，互相踩踏了大半天，丢下两万多颗头颅。尚让仓皇逃脱，跑回了长安。
唐弘夫、程宗楚等人乘胜追击，直抵京城，又约请河中节度使王重荣、义成节度使王处存、权知夏绥节度使拓跋思恭作为后应，以防不测，一切安排妥当，程宗楚等人就率领大兵汇集到长安城下。黄巢听说大兵压境，不禁大惊失色，立即带兵撤离了长安，向东逃去。官军收复京城，百姓欢呼出迎。程宗楚等人担心其他部将分功，就没有通报其他军队，手下军兵缺乏明令约束，开始奸淫掳掠。贼众露宿灞上，得知官军混乱，而且没有后军接应，立即杀了个回马枪，轻而易举杀进城门。程宗楚和唐弘夫毫无防备，手下的军兵正在大肆抢夺，一时无法调集，可怜程宗楚、唐弘夫二人手下只有数百名士卒，不堪一击，相继阵亡。王处存当时也在城内，急忙召集部众，出城回营。黄巢再次攻进长安，因为恨百姓迎接官军，于是纵兵屠杀，血洗京城。各道官军听到败报，一并退去。贼势更加猖狂，还给黄巢奉上尊号，称为“承天应运启圣睿文宣武皇帝”。
代北监军陈景思正带着沙陀酋长李友金等人来援京师，李友金是李克用的叔叔，打算借此机会召回李克用父子，就劝陈景思上奏朝廷，请求赦免李克用父子的罪过，让他们统领代北军兵，立功赎罪。陈景思依言上奏，僖宗准许。李友金于是带着诏书来到鞑靼，召回李克用父子。李克用大喜，立即率领鞑靼部落一万人，进兵雁门关。继而向河东招讨使郑从谠求借粮食物资，然后进兵汾东。郑从谠觉得李克用心怀不轨，只派人运给铜钱一千串、米一千斛。李克用当然不满足，于是在代州停驻，按兵不动。东面都统高骈，虽然出兵东塘讨贼，但也口是心非，拖延观望。郑畋自从程宗楚等人在长安兵败后，声威大挫，空有讨贼之志，也无可奈何。
忠武节度使周岌此时已经投降黄巢，而他的监军杨复光则是个对朝廷忠心耿耿的宦官。一次，在酒席宴上，杨复光劝周岌道：“大丈夫感恩图报，见义勇为，朝廷待你不薄，你为什么要背叛朝廷、甘心投降贼寇呢？”周岌也忍不住泪，缓缓答道：“我不能独自抗贼，所以阳奉阴违，今天找您，正为了此事。”杨复光立即起身离座，和周岌立下誓盟。然后杨复光派养子杨守亮追到驿馆，杀死了黄巢派来的贼使。蔡州刺史秦宗权素来专横跋扈，不听周岌的命令，杨复光进城晓以大义，秦宗权也感到惭愧，就派部将王淑率兵三千，随杨复光去攻邓州。邓州被黄巢的大将朱温围困，所以官军急着去解围。王淑虽然跟随前往，路上却因为一再逗留，被杨复光处斩。杨复光再召忠武牙将王建、韩建、张造、李师泰等人进兵，大破朱温，攻克邓州。黄巢派属下王玫为邠宁节度使统领邠州，原邠州镇将朱玫起兵讨贼，推举别将李重古为节度使，自己率兵讨伐黄巢，在兴平和黄巢的部将王播接战，失利退兵，返回奉天。
僖宗寄居成都已经半年，各道官兵有胜有负，一直没能收复长安。僖宗不免焦躁起来，但却始终信任田令孜，封他为行在都指挥处置使；又因为田令孜器重陈敬暄，僖宗就拜陈敬暄为相。陈敬暄上奏，派西川左黄头军使李铤去讨伐黄巢，右使郭琪留守成都。田令孜犒赏护驾诸军，却唯独不给西川军。郭琪于是鼓动手下作乱。田令孜命令各军围攻郭琪，郭琪连夜突围，渡江逃奔广陵，去投靠高骈。田令孜从此更加骄横，所有军国大事全由自己处决，宰相不得参与。左拾遗孟昭图痛心宦官之祸，愤然上疏，建议僖宗裁撤宦官权力，赋予宰相等大臣实权。这道奏疏呈上去后，田令孜不但隐匿不奏，反而假传圣旨贬孟昭图为嘉州司户。孟昭图刚走，田令孜就派人在蟆颐津把他淹死。从此天怒人怨，靖陵天上下起血水，河东霜打禾苗，流星如雨在成都陨落。一时间叛乱四起，不胜枚举。感化军牙将时溥杀死节度使支祥，贿赂田令孜，朝廷反而任命他为留后。寿州屠户王绪和妹夫刘行全居然也聚众作乱，攻陷寿州和光州。秦宗权保奏王绪为光州刺史，固始县佐王潮本来是个才子，现在也投到王绪手下。就连身为凤翔节度使兼京城四面诸营司空的郑畋，也被行军司马李昌言围困。郑畋无法控制手下，开城离去，投奔了行宫。僖宗下诏封郑畋为太子少傅，李昌言为凤翔节度使，时溥为感化节度使，命令他们征讨黄巢。
宰相王铎听说高骈没有诚意讨伐叛贼，非常气愤，就主动请命出征。僖宗于是任命王铎为诸道行营都统，兼义成节度使，讨伐黄巢，并罢免了高骈都统的职衔，只留任盐铁转运使。中和二年正月，王铎从成都出兵。
王铎会同各道兵马进逼黄巢。黄巢的部将朱温见形势紧急，屡次向黄巢请兵防御河中。黄巢被官军围攻，军兵和粮饷空虚，无法调遣。朱温见黄巢大势已去，变计归顺大唐，于是杀死监军严实，带兵归降王重荣。王重荣告知王铎，王铎替朱温上奏请封官职。僖宗封朱温为河中行营招讨副使，赐名朱全忠。
只是各道官军还有些害怕黄巢的气焰，不敢轻易进兵。王重荣找监军杨复光商议，杨复光建议召李克用，并且说：“李克用之所以观望，是因为和郑从谠有矛盾。如果能说服郑公，让他和李克用修好，李克用必定肯来，那时一定可以扫平贼寇。”王铎派人去召李克用，并说服了郑从谠。郑从谠不得已，只好给李克用写信，劝他不计前嫌，杀敌报国。李克用这才率军四万进兵河中，他的部兵都穿着黑衣服，沿途行军如飞，特别剽悍，贼党望风而逃，边跑边喊：“乌鸦军到了，快逃生吧！”王铎奏请封李克用为雁门节度使。李克用受封之后格外踊跃，中和三年正月进兵攻击沙苑，大破黄巢的弟弟黄揆，直捣华州。
成德节度使王景崇去世，儿子王熔年仅十岁，继承为留后，朝廷加封他为检校工部尚书，命令他调拨粮食补充军需。李克用得到王熔的军粮，士气更盛，马上围攻华州。黄巢派尚让前去救援，李克用会同王重荣在零口设下埋伏，大败尚让，然后进军渭桥。忠武将庞从、河中将白志迁等人也率军相继进攻。黄巢倾巢出动，来到渭桥拦截官兵。李克用跃马横槊，率领沙陀大军充当头阵，无坚不摧，任凭黄巢身经百战，见了李克用也吓得连连撤退。庞、白两将也不肯落后，奋勇杀贼，贼兵三进三退，官军三战三捷，更有义成、义武各军陆续杀到，杀得贼兵四散奔逃。
李克用等人追到长安城下，猛攻一昼夜，第二天经由光泰门杀入京城。黄巢巷战失败，烧掉皇宫，出京逃去。官军捉住黄巢的丞相崔璆，其余的贼兵死伤一半投降一半。黄巢出京后害怕官军追杀，一路抛撒珍宝引诱官军。官兵争抢着金银珠宝，谁也不愿意追贼，黄巢这才逃远。杨复光派人向僖宗告捷，僖宗重返京师，文武百官上朝祝贺。僖宗留忠武军两万人防守京师，传旨把伪丞相崔璆就地处斩。加封李克用、朱玫以及保大节度使夏侯逵为同平章事。升陕州为藩镇，任命王重盈为节度使。各道镇帅中，李克用年仅二十八岁，最为少壮，兵也最强，而且大破黄巢收复长安，立下头功。因为李克用有一只眼睛不太好使，时人称为独眼将军。
黄巢从蓝田进入商山，派骁将孟楷袭击蔡州，守将秦宗权出战不利，竟然背叛大唐投降黄巢。黄巢又和秦宗权合兵围攻陈州。陈州官军拼死固守，并不时开城出击，杀敌无数。黄巢大怒，更加疯狂进攻，并且抢来活人当粮吃。陈州守将紧急向邻镇求援。当时朱温已改名为朱全忠，受命为宣武军节度使，现在会同周岌、时溥，带兵救援陈州，在鹿邑杀败贼党。后来，因为黄巢拼尽全力反扑，官军势力渐渐不支，于是转向李克用告急。李克用战事缠身，过了好久才率领五万人马去救陈州，此时陈州被围已经接近三百天，官兵同贼兵打了大大小小几百仗，虽然历尽艰辛，却始终没有懈怠。李克用一来，官兵立即击败贼将尚让，黄巢只得逃到汴州。尚让带领五千败兵转攻大梁，朱全忠又向李克用救援。李克用追到中牟，乘贼兵渡河时在河边伏击，歼贼无数。尚让走投无路，请求投降，成了李克用的部下。黄巢在汴州兵败，向北逃走。李克用紧追不舍，追到封邱杀贼数千人，追到兖州又杀贼数千人。一直追到冤句，黄巢已经逃远，只好俘虏了黄巢的小儿子。李克用因为粮草快要用完，于是自己回到汴州，派尚让继续追击黄巢。黄巢手下只有一千人，逃到泰山。时溥又派部将陈景瑜与尚让合兵，追击到狼虎谷。黄巢屡战屡败，自知难免一死，于是自刎身亡。共计从黄巢造反到兵败身亡，一共经历十年，杀人无数，也算是历史上的一大浩劫。唐室江山虽然侥幸保住，但气数也快要尽了。
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