之所以把他弄进兵部省，具体原因之后再说。
同年同月，大藏省硝烟再起，以大久保利通为首的全体参议提出，民部省和大藏省合并在一起，使得纳税和财政混合在一起很难展开工作，更容易滋生腐败现象，所以还是应该分开的好。不仅如此，他们还拉来了一批地方官助阵以壮声势。
这场斗争的最终结果是大藏卿松平庆永说你们这群家伙太吵了，跟你们干不到一块儿，所以偶要回家咧。他辞职之后的继任者是宇和岛藩的藩主伊达宗城，这位老兄一上台就把几个吵的厉害的大藏省干部如大隈重信伊藤博文给调到了自己身边，然后跑到了英国公使馆跟英国人讨论起了借钱办铁路的事儿，于是大藏省里没了吵架的，大久保利通他们要吵架又找不到对象，三条实美岩仓具视这两个管事儿的实在闹不明白这分分合合的究竟咋回事儿，也就懒得鸟他们了，就这样大藏省分裂计划宣告流产，大久保利通只能一度退却，等待下次机会。
在一片吵吵闹闹的百家争鸣中，明治二年（1869）结束了。
明治三年（1870）一月三日，朝廷正式昭告天下，表示从今往后日本的国教为神道教，并且天皇享有神格。换句话说，朝廷告诉全世界，我们家的天皇是神不是人。尽管从很久之前开始就有这么个说法了，但如此白纸黑字的明文宣布，还是头一回。
同时诏书也指出，作为一个政教合一的国家，日本应该只允许神道教的宣传，其他宗教最好离日本越远越好。
后面这段话刚说完之后就是骂声一片，第一个跳出来的是新任大藏卿伊达宗城。他火冒三丈地跑到了神袛官办公室，质问他们是不是以后外国人的天主教基督教也不让在日本宣传了？
神官们很莫名其妙，回答说那是自然，你没看到“应该只允许”那几个字么？没念过书啊？
然后伊达宗城笑了，笑的所有人都心里发毛，笑完之后他又问，要是禁了洋教，势必得罪外国人，这后果你们几个考虑过么？
神官除了每天管管死人，祭祭天，忽悠忽悠老百姓之外啥都不干也啥都不会干，所以他们并不明白得罪了外国人会怎样，难不成外国人来侵略？
伊达宗城再也忍不住了，大声喝道：“那好，从现在起，你们去找这英国人谈判，你们去问他们借钱造铁路，我不管了！”
英国人或许不会因你不信洋教，赶走了他们的传教士而出兵打你，但他们完全可以因为这事儿而不借钱给你，你要那帮神官去弥补这个借款的数额，那还不如一刀一个捅死他们来得痛快。
于是神官们表示这事儿容我们再考虑考虑，伊达公您老人家先回去听信儿，不过您尽管放心，您的意见我们一定尊重，绝对尊重。
结果天主教和基督教都没敢怎么动，毕竟得求着人家借钱，而且这铁路又是天皇亲抓的重大工程，万一有个好歹麻烦可就大了。
不过佛教就不同了，咱没啥把柄在人家手里，也不求着人家干嘛，那就可着劲儿地毁吧。
在日本，佛教和神道教的关系就类似于我们中国佛教和道教的关系，神道教也是日本土生土长的宗教，结果在碰到了外来佛教之后，虽说一度有被其压制的趋势，但最终还是形成了一个大一统，就是你中有我，我中有你。比如说延历寺里造了日吉大社，金钢峰寺里造了丹生神社等等，而当时的日本人也是神佛共信，碰到灾难了先求一下大神，再拜一下佛爷之类的事情相当普遍。这种情况一直延续到了二战甚至是现在。比如战时有一首很著名的军歌叫九段之母，讲的是一个母亲从上野赶了一天的路，步行来到靖国神社奠纪自己的儿子，歌词中就有对于参拜神社的描写，说老太太在神社主殿前跪下，拿出了佛珠，正要拜佛，这才想起是神社，连忙叨念着请神灵保佑，自己是个乡下人，不懂规矩。由此可见，尽管知道神佛有别，但时常会将其混在一块儿的大有人在。
结果神袛官的众人向各地下发了红头文件，表示这种神佛混拜的情况不利于我日本的神道发展，对天皇的神威没有任何好处，所以必须要将其制止，具体办法是将原本成为混合物的神佛给分离开来，手段可以各式各样，比方说让和尚去神社当神官，尼姑去当巫女，然后把庙里的佛像给砸了等等。
就这样，一场轰轰烈烈的破四旧运动展开了。
千叶县锯山上有个庙，叫日本寺，听名字就知道很牛叉了，事实上确实很牛叉，它是在神龟二年（725），奉当时的圣武天皇之诏所建，该寺最值钱的宝贝有两样，一样是高37米的药师如来佛像，还有就是五百罗汉群像，结果在英勇无敌神道小将的锄头铁锤面前，全部灰飞湮灭，后来昭和四十四年（1969）重建了那座如来佛像，不过也就只能造到31米而已。
此外，像奈良县内山的永久寺，被人砸了佛堂，烧了经文，连壁画都被揭了下来，其中的一部分外流到了德国的柏林，但在二次世界大战中毁于苏联的炮火。
其他还有很多，就不一一列举了，当时仅在萨摩一地，就废除了1616家寺院，所有的庙产充归藩有，其中还有将近三千名僧侣被还俗，其中三分之一的人被充了军。事实上大部分的庙产都被纳入了军队建设资金中。
这种行为很快就引起了各方不满，主要是地方政府和老百姓。因为在江户时代，寺庙不仅仅是给人烧香拜佛的地方，它还相当于现在的民政部门，你生了孩子，结了婚，离了婚，家里死了人之类都要去寺院进行登记，所以佛教在日本，可以说是一种深入人心的宗教，所以神袛官方面搞的这招，非常不得人心。
无奈之下这出破四旧运动只得在第二年（1871）给终止了，后来制定宪法的时候也明文规定，说是全日本人民拥有信仰自由的权利。
闹完了财政闹宗教，现在宗教终于闹完了，怎么着也该让财政继续闹下去了。
当年8月，大久保利通再度发难，指责大隈重信借着两部合一的时候搞一些类似于腐败之类见不得人的勾当，所以再度要求将大藏省和民部省分开。
事情闹到这个地步，也有必要来说明一下了，大久保利通出身萨摩，大隈重信虽说是佐贺人，但他的背后，则是长州藩的木户孝允。
大村益次郎是长州人，海江田信义是萨摩人。
换句话讲，萨摩和长州之间的明争暗斗，终于拉开了序幕。
大藏省斗争的初步结果是萨摩获胜，因为大隈重信伊藤博文他们都在跟英国人讨论借钱造铁路，大家互相讨价还价，最终以9分利借了人家480万日元，相当于今天大约40亿人民币。也正因为此，使得大藏省内的长州力量异常薄弱，所以大久保利通趁虚而入，忽悠着三条实美下了红头文件，让大藏省再次分为大藏省和民部省。
总共六个省，就属他大藏省最不太平，个中理由倒也不难理解——那里是管钱的。
搞完了政治斗争，又该回到兵制改革上来了。
事实上，早在大村益次郎还在蹦跶的那会儿，朝中就有人对他的那个兵制改革方案表示了极大的反感，认为将武士制度给破坏了对日本没有任何好处，反对派基本上清一色的都是萨摩人，比如岛津久光，比如桐野利秋，再比如西乡隆盛。
桐野利秋原名中村半次郎，为人胆大且剑术高超，庆应三年（1867）9月的一天，他正在京都街上走，然后迎面撞上了信浓（长野县）出身的萨摩藩陆军交流赤松小三郎。桐野利秋一直认为对方是幕府派来的间谍，于是当街便叫住了小三郎，问他去哪儿。
赤松小三郎觉得很奇怪说我上街打酱油你管得着么？然后回头转身就走。才走了没几步桐野利秋就拔刀了，接着高叫一声“天诛”，结果小三郎倒在了血泊中。
天诛事件倒也不少见，但问题是这次天诛发生在白天，光天化日朗朗乾坤，桐野利秋拔刀杀人，还是杀跟自己在一个藩打工的人，就这样他顿时名声鹊起，被誉为“人斩半次郎”。
这些萨摩人对于大村益次郎的兵制改革持很大的反对态度，不过西乡隆盛倒还算好，尽管反对还是提出了一个比较折中的办法，那就是从中下层武士中抽调出精壮骨干组成军队，淘汰一批就行，也别让老百姓瞎掺和了。结果他还在跟大村益次郎商讨之中，后者就被人给砍死了。原本大家以为大村益次郎一死，基本上就得按着西乡隆盛说的那个做了，可事实却并非如此。
10月下旬的某一天，兵部省正在开着会继续讨论兵制改革问题，双方你来我往吵个没完，就在这时候，门外有人来报，说山县大人回国了，现在正在兵部省门口，朝廷已经任命他为大村益次郎的继任者，官居兵部大辅。
山县大人就是山县有朋，他自打全国解放之后，便出了国，去考察欧洲和美国各地的军制，以便在日本身上搞搞拿来主义，现在正好大村益次郎被杀，算是轮到他出场了。
山县有朋一上台之后，就当即表示，大村益次郎的大方向是没错的，就是步子急了点；西乡隆盛的那套比较实用，不过过于保守了。于是大家很着急地问：那你说到底该用哪招？
山县有朋不紧不慢地说：“根据各藩石高，每一万石里征五人，不论出身，由各藩自己定夺。”
这确实是一个非常棒的主意，他既符合了大村益次郎原本“全民皆兵”的思想，又不至于让武士阶级过于难堪：一万石里选五个人而已，多半选的应该都是武士吧？当然，选不选武士出身的由各藩自己判断，如果以后有不满的要杀要打，千万别来兵部省找我山县，出门左转找你们家藩主去吧。
就这样，大村益次郎搭上了一条性命都没能搞定的兵制改革第一步，被山县有朋给完成了。但是，仅仅是第一步。
当年11月，在经过半个月的开会磋商之后，山县有朋，西乡隆盛，板桓退助以及大久保利通等人一致认为，必须要让天皇进一步加强中央集权，这样才能使得日本富强，而要加强中央力量，势必得有自己的枪杆子，也就是皇家亲兵。
于是这些人作出了一个决定：从萨摩，土佐和长州三藩中挑选出精锐士兵总共万余人组成了御亲兵，也就是明治政府直辖的军队，主要职责保护天皇保护皇宫。
这支部队就是后来出过东条英机，阿南惟几以及栗林忠道等有名人的近卫师团。
招御亲兵的目的倒是很显而易见的，为了让天皇更好的掌握这个国家，或者说为了让明治中央政府更好地掌握。
对于广大中央官员来讲，尽管各藩已经版籍奉还了，虽说天皇破天荒地拥有了一万多人马，但这些远远还不够，必须要再做些什么，才能让日本看起来更像是一个“国家”。比如说彻底解除各藩武装，彻底把藩主的利益给剥夺了之类。
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