如果说这时清政府已经衰弱不堪，但这个庞大帝国相对长期积弱的噶厦政府，还是具有相当强大的力量。所以，达赖喇嘛此时更为关注的还是清廷在藏区的种种举措。
瞻对，也是他关心的事务之一。
1906年，他在途中收到噶厦政府送来的“就条约本事的报告”，同时收到的还有“瞻对总管禀报的汉藏文信函”。达赖作出的指示是：“瞻对总管禀报之事，应根据时局变化，无遗漏地掌握基本事实，争取毫无过激，毫不推迟地逐步解决为要。”年谱文字没有涉及瞻对总管具体上报了什么内容，但达赖在瞻对问题上的态度却十分清楚，一面要求“毫无过激”，同时又要求“毫不推迟地逐步解决”。
应该说，即便事情到了这样的地步，川属藏区包括瞻对局面如何变化，主动权还是在清廷的手里。土司制度，成形于清朝，但在元明两朝已经发端。许多土司家族在被清朝册封前，作为地方豪强已在当地称雄多年，中央王朝死守陈规时，大体上可以彼此相安。但清末新政也影响到川属土司地区，改土归流的呼声高涨。于是，变与不变，自然就形成难以调和的冲突。
放到历史大势中考察，巴塘事变不像过去的瞻对之乱，可视为偶然的孤立事件，而是时势到达历史关口时的一种必然。
对于反对变化的一方，这是一次拼死反抗。而事变的发生，对于急欲图变强国的清廷来说，这种反抗正为变革治藏方略提供了更充足的理由和更大动力，刺激清廷下决心加大变革的步伐。以和平方式求变招致失败，就只剩下武力的手段。有清一代，几乎从无在藏区内部培植进步力量的任何举措——甚至意愿，其所求者只是这片疆域的臣服与平安。一旦有事，无非就是剿抚两手。剿，花钱。抚，也花钱，所谓花钱保平安。今天中国人喜欢说康乾盛世时中国疆域如何广大，但在所开拓的疆土上，不促进社会进步，没有新思想的萌生与发展，不在这些疆土上培养起码的国家认同，朝廷拿不出银子维稳时，这些广大疆域，往往便只剩下得而复失一条道路了。中国历朝历代，边界版图或大或小的变化，都和边疆民族的认同和背反息息相关。以藏区而论，今天中国领有的藏文化区疆域，较之康乾朝时，其实也已经缩小不少了。
赵尔丰来了
四月五日，凤全死难。四月二十二日，清廷下旨“委明干晓事大员，添派得力营伍，飞驰前进，查察情形，会同马维骐分别剿办”。和过去的迟缓迁延相比，反应真是够迅速了。
马维骐，云南人，参加过1883年的中法战争，多有战功。时任四川提督。得令后，马率新军五营出打箭炉，于六月中旬就进到巴塘。
同马维骐进剿的“明干晓事大员”就是建昌道赵尔丰。
此次巴塘战事，时任成都将军的绰哈布奏报平定巴塘的奏文描述甚详：
“维时巴塘喇嘛土司等誓众祭旗，出而抵御，节节关隘，扼险设伏，圮桥掘堑，拒我师徒。马维骐以为歼寇必贵神速也，亟于六月十一二三日亲率五营，次第开拔，分道前进。十八日师次二郎湾，其山后头殿喇嘛寺地势高峻，已有悍匪嘯聚，竟图横袭我军，马维琪先派中营黄启文、马德昌带队往攻，炮石雨下，我军张病奎等受伤。次日，马维骐亲往应援搏战，军士攀木揉升而上，毙匪数十名，阵斩首要喀殊达哇、恻忍、吉村三名，而照珠等二名亦属魁酋，并为枪毙，余匪始各逃散，夺获枪械，并有开垦官物在内。是日，后营马汝贤，甫至三顼关，诸营会围兜击，勇气百倍，酣战两时之久，阵斩逆目日根彭错、喇嘛因句夹伙等四名，遂夺其关。二十日，副中营马德，又在喇嘛寺突遇贼队三百骑劫取官粮，该营夺其精锐以败之，于是群匪皆退据大所关，并力扼守。关本石壁峭峙，盛夏犹积冰雪，尚恐仰攻不易，密遣马德暨帮带江定邦、马荣魁等，绕道六十里，以拊其背。马荣魁于二十三日丑刻，途遇匪粮，夺获糟把八驮。是日午刻，诸营前后夹击，匪等拥众扑犯，把总陈天恩等，连发巨炮，冲分中道，因各突驰而上，克取雄关，要逆喇嘛工布汪阿那等俱被歼。是役也，毙匪数百名，我军亦有伤亡。由此迭破要隘，直捣奔察木。二十四日，各营克复巴塘。喇嘛本跟丁林寺为巢穴，及是势不能支，举火自燔，率众渡河，拆桥而遁，我军追逐江干，枪毙淹毙者百余名。”
二十六日，马维骐抵达巴塘。这时，建昌道赵尔丰还未到前线。
马维骐当即着手调查巴塘事变的前因后果：“诘究倡乱本末，安抚被难商民，解散胁从，分别良莠，立将正土司罗进宝、副土司郭守扎保，一并从严拘禁。查知戕害凤全之喇嘛阿泽、番匪隆本郎吉，并寺中堪布坝哥未格，以及稳恶最著之阿江及格桑洛米、阿松格斗等，犹多窜逸。且肇乱之由，原因沟内七村之番烧毁垦场而起，该番现犹散伏象山一带，若不痛加惩创，将虞灰尽复燃，马维骐分派营员，带队四出，期于剪巨憝而清余孽，七月初三至初十等日，马汝贤搜匪于阿奶西，生擒格桑洛米、罗戎却本二名，惟林箐深密，马汝贤搜匪遇伏，受伤甚重，裹创以还。而张鸿声则于三岔路擒获阿江，李克昌则于象山擒泽昌汪学，马德则于河西吗呢热山生擒阿泽，与汪定邦、贾廷贵等，均多斩获。各营搜剿殆遍，日有俘获，共拿缴九子枪七十余杆，并在阿江身旁搜获凤全顶珠翎管。泽昌汪学身旁，亦有殉难各员衣具。又在土司处，搜获教堂银物，两司铎尸骸，均经寻获，辨视无误。主教倪德隆单开最要之匪玢休硬不，及往盐井调兵打毁教堂之喇嘛格桑吉村，先后弋致。共有擒到各匪孰为凶逆，悉经当时目击之粮员吴锡珍等指认的确，缉获隆本郎吉，供认枪中凤全脑后不讳，而阿松格斗等亦就获。”
说到巴塘事变，奏文中说：“伏查凤全遵旨筹办边务，虽欲振兴屯垦，亦未尝以峻急行之，只因拟请限制寺僧人数一疏，喇嘛闻之中怀怨怼，飞诬构谤，蛊惑愚顽。正副土司初不过潜预逆谋，继则公然助恶，屡投印文于奴才等署，竟称凤全操练洋操，袒护洋人，应即加之诛谬，若川省派兵压境，惟有纠合台众，联聚边番以死抗拒等语，狂悖实为至极。”
马维骐将巴塘正副土司及丁林寺参乱喇嘛等人在巴塘处决后，“酌留所部，凯旋回省”，“善后诸务暨应归剿捕匪犯，即饬赵尔丰统兵留驻，详加审度，妥筹办理”。
再用文字记录这个过程：已经很老套了。清军几次进兵瞻对不就是这样吗？不就是得胜以后，再册封一个愿意听命于朝廷的地方豪强为土司，事情就结束了吗？不就是等待下次什么地方再有同类事情发生，再把同样的故事重复一遍吗？
不，历史是严峻的。
历史的教训是严峻的，历史提供的选择也是严峻的。
历史让你必须做出选择。
清廷错过了许多选择机会，但终于做出了新的选择。噶厦政府与川属土司们则放弃了更多的选择，或者说，在世界格局发生了天翻地覆变化的时候，依然拒绝选择。土司们、喇嘛们还在人性消极的惯性中继续下坠着，而不自知。
马维骐镇伏了巴塘，得胜回省。
留下赵尔丰善后经营。
赵尔丰上任时，就已胸怀“治边六策”，其内容为：
一、设官，就是改土归流；
二、练兵；
三、屯垦；
四、通商，就是开发当地资源，促进商业流通；
五、建学，兴办新式学校，开启民智，培养建设人才；
六、开矿。
兴边六策中，所有事情，都需要以第一条为基础。要无意改变现状的土司们腾出地面来，做他施行藏区新政的舞台。不只是土司，还有势力更为强劲的寺院。
巴塘事变发生时，周围各土司寺院也骚动不宁。“云南维西厅属番夷勾结叛乱，焚教堂，戕教士，围困官军”。居于打箭炉到巴塘要道上的里塘土司也拒绝为进剿巴塘的马维琪运送军粮，供应柴草。而雍正年间岳钟琪请设里塘土司正是为了保障川藏大道运输流畅。
任乃强《康藏史地大纲》载：“赵尔丰诛里塘抗差头人，拘其土司……遂清查户口粮赋，准备改流。里塘正土司四朗占兑，杀看守兵，逃至稻城贡噶岭，啸聚土民作乱。乡城乱民皆应之。中乡城桑披寺僧普中扎哇者，怙恶不法，曾叛里塘土司，诱杀守备李朝富。川督鹿传霖派兵往讨，游击施文明被生擒，剥皮实草，供岁时逐祟刺击。赵定巴塘，使人招之，回书侮慢。十一月，赵派兵攻乡，并剿稻城。稻城平，而乡师无功。三十二年（1906）正月，赵亲攻桑披寺，至闰四月，破之。”
史料之中，说赵尔丰雄才大略，建立勋业者多，同时也说他手段残暴，嗜杀过度。与赵同时代人吴光耀《西藏改流本末纪》对此就有记载：“赵尔丰报克服桑披寺，尽抄没所有，令屠降夷七千余。行刑百人，有坠泪者至于罢极。”就是说，他用百人的刽子手杀几千人，这些刽子手中，有人杀到后来杀不下去了，流着眼泪而放下屠刀。“富顺知县熊廷权时管粮台，为夷人请命不得，而出坐石上，见行刑如此”。
不只是对“降夷”残暴，对自己的士兵也相当酷虐。攻克桑披寺后，自然取得了相当多财物，他下令官兵上缴后，全部摆放一起，对官兵说，可以按自己的功劳大小，随意拿走与自己功劳相当的财物。“黯者知其性情不敢取，愚者遵令自取物。明日，尽斩自取物者官兵数十人”。
吴光耀说：“张俊生统师归，为予言暴骸骨遍野。”
桑披寺战后，赵尔丰即在原巴塘土司和里塘土司地面重新规划行政区域，请设巴安、定乡、理化三县，派出流官，管理民事。
民国年间，一位湖北的中学教员叫贺觉非，于日本侵占东北后人国民党中央军校学习，结业后被派往四川，1941至1944年，出任原里塘土司地面的理化县长，有《西康纪事诗本事注》一书传世。其中对清末至民国年间，川边地面的重大事件及民情风俗多有纪录。他在该书中说：“赵尔丰之治边也，先之以兵威……而遂其改流大计。”
“边地既定，赵即从事各种建设。”
贺觉非在理化县长任上，研读史志，遍访高僧老吏，修成该地第一部地方志《理化县志》。他编县志时，距赵尔丰主政川边不过三十多年，由他记叙赵尔丰事迹，应该是比较切实的。贺总结赵尔丰从事边地各种建设举措，也颇为精当。
“以言内政：则慎选官吏，改良礼俗，规定支给乌拉章程，颁发百家姓氏，延医购药。”
“以言教育：则奏派吴嘉谟为学务局总办，于改流各地，遍设学校，并购印刷机至巴安（巴塘的新名字）印课本。”
“以言交通：则修建关外台站，平治康川道路，敷设川藏电线，雇比利时工程师建河口钢桥。”“以言实业：则招募垦民，改良农业，踏勘矿藏，购置纺纱机、磨面机器等。”
这时的清廷，已把川属土司地面看成一个战略性的整体。随着这种新思维的出现，一个新词出现了：“川边”。这是一个地理名词，囊括了康巴地区所有川属土司地面。从清初开始的土司时代，清廷在这个地面上只求平安无事，所以“多封众建以分其势”，从此开始，却要将这些地方视为一个整体，加以经营开发了。
在此新思维下，一个新官职也随之出现：“川滇边务大臣”。为何设置川滇边务大臣，清廷说得明明白白：“四川、云南两省毗连西藏，边务至为紧要。若于该两省边疆开办屯垦，广兴地利，选练新兵，足以固川滇之门户，即足以保西藏之藩篱，实为今日不可缓之举。”
1906年，赵尔丰出任新设的川滇边务大臣。
清廷有旨：“四川建昌道赵尔丰著开缺，赏给侍郎衔，派充督办川滇边务大臣，居中擘画，将一切开垦防练事宜切实筹办。”
并拨银一百万两，作为开办之费。
新政，不只在川边
1906年，在印度进行了一年多的关于《拉萨条约》谈判没有结果，又改到北京举行，终于签订《中英续订藏印条约》。其主要内容除减少了对英赔款数量，主要还是中国对西藏主权的重申：“英国国家允不占并藏境及不干涉西藏一切政治。中国国家亦应允不准他国干涉藏境及其一切内治。英藏所立之约第九款内之第四节所声明各项权利，除中国独能享受外，不许他国国家及他国人民享受。惟经与中国商定，在该约第二款指明之各商埠，英国应得设电线通报印度境内之利益。”同年，清廷任命曾在印度参与《中英续订藏印条约》谈判的张荫棠从印度直接人藏，任驻藏帮办大臣。
张荫棠到西藏就任，第一件事，就是整顿吏治。他十月到达拉萨，十一月十八日便上《为沥陈积弊，请旨革除惩办，以维边圉人心》一折，道出了驻藏官吏的腐败不堪，对藏人作威作福的情形。
“查驻藏大臣历任所带员，率皆被议降革之员，钻营开复，幸得委差，身名既不足惜，益肆无忌惮，鱼肉藏民，侵蚀库款。”时人总结西藏以及朝廷派驻藏区官员的这种情形，叫“贤者不往，往者不贤”。朝廷认为自己对藏人施恩甚多，而彼方却离心禽德，甚至有官员说这是“藏人畏威而不畏德”，其实，这种局面的造成，除了是由清朝国力衰微的大势所定外，这些贪官酷吏在藏区胡作非为，也是一个非常重要的因素，有时甚至是唯一的因素。
不唯下层官吏如此，驻藏大臣往往就是贪腐之首。
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