然而，在程元桢平南时，不料河北、山西、山东几省又发生了大面积的水灾，地方政府向中央财政部索款赈灾，蒋经伦将赈灾一事交由程元桢办理。然而，程元桢一心平南，军饷本就不够，哪里还有多余的钱拿出来赈灾。被逼得实在没有办法时，程元桢只好嘱托财政部唐嗣腾出区区数万元拨发到灾区。
灾情严重的地方拨发一万，受灾较轻的拨发一千。然而，灾区太多，灾民受灾均甚重，区区几万元赈灾款能济什么事呢？但是程元桢却顾不了那么多，对灾区略微意思一下也便了事，转而全心全意地对付南方战事。谁知部下急报，说是唐宗远派去对付零陵的李右文一军，到了衡山后便与韩惟修的兵马串通一气，对唐宗远倒戈相向。唐宗远气得七窍冒烟，暗自悔骂自己错识了人。
不容迟疑，唐宗远立即派出第二师、第八师以及第二十师共同会师再攻零陵，程元桢接到急报后，暗中运巨款接济唐宗远一军，并命唐宗远速战速决，争取一举平定湘南。之后，程元桢考虑到可能是越子东在从中作梗，因此，程元桢又密信嘱咐唐宗远暗示越子东辞职，但越子东就是不肯提出辞职申请，只是向中央请了病假。
程元桢思忖之下准了越的假，并立即委派心腹李肇庆暂时就任湖南省长一职。唐宗远获巨款支持，立即犒劳前线兵马，果然军心振奋，勇往直前。第二师旅长周运昌、第八师旅长武泽与零陵军激烈交战，连连得胜，拔衡山，下宝庆，下逼零陵。另一方面，安徽督军周丙仓得程元桢的密令，出军支援唐宗远，也成功占领了攸县。
程元桢接连收到捷报，他欣慰无比，打算向日本购买军械，从军饷和军械两个方面济军，力争踏平南方。当时，军中有这样一个谣传：“中国的军械将由日本提供，而所有的兵工厂、煤矿也由日本管束。”江西督军王致远、江苏督军沈正万等人均致电中央政府，要求政府对此明白告示，以求查明真伪。就连湖南、安徽等省也致电中央质问真假。
对此，程元桢一一复电解释：“谣传向来都是子虚乌有，不足为信，更不可妄加揣测。眼下英、法、俄三军正与德、奥交战，政府欲派兵至协约国助战，由于自制军械接济不上，只得从外国购进。政府三番五次与美国协商购买军械一事，均未能达成有效协议，因事情迫在眉睫，不得不向日本购买一批军械救急。需要特别声明的是，需军械若干，需军饷若干，由于购械款未能如数交清，因此签订合同，合同仅限一次使用。另外，此事纯属自由买卖，毫无牵涉之嫌，况中国历来都有向外购买军械，且都有成案可稽，本次遵照从前规定购买，并未损伤国家主权。”王致远和沈正万两位督军接到程元桢的复电，自觉理由充分，也就不便再加诘问，而程元桢所购军械是否真是为赴欧军队提供，日后再作计较。
韩惟修与唐宗远的北军相持多日，最后因寡不敌众而不得不向两粤求援。程元桢担心两粤会支援韩惟修，因此暗中派心腹动员两粤一带的官僚反抗省政府，以此作为牵制。当时，广东惠州乡的总办马良被省政府罢免了职务，一直怀恨在心，经程元桢一挑唆，马良立即通电省政府宣布独立。紧接着，广东省便集合兵力攻打马良，马良势单力薄，最后只得逃走。
逃走后的马良致电中央，列举了一系列广东督军陈浩明的罪名，程元桢接到电文，欣喜不已，于是乐呵呵地向蒋经伦请令剥夺了陈浩明广东督军的职位，并命广东省省长文涪清兼任。然而，自民国以来，各省一直都是督军称王称霸，陈浩明哪里肯依，于是占着督军的位置不让，而文涪清胆小谨慎，又是文职，哪里敢争，也就没有吱声。
陈浩明对于中央罢免自己职务一事心怀怨恨，于是，他与韩惟修联手对抗唐宗远，二人联手，可谓是所向无敌，不仅夺回了衡庆、宝山，还攻下了衡阳、湘潭等地，唐宗远寝食难安，频频向程元桢求助。程元桢深知远水救不了近火，于是只得任命李默贤和谭中枢两位出兵平湘。然而，这二人却迟迟不肯发兵支援唐宗远，反而致电中央要求停战。
无奈之下，唐宗远、湖南省长周肇祥等人只得弃城而走，二人连夜乘兵舰奔往岳州，长沙也因此失去了两位主帅。唐宗远等人退到岳州安定后，立即致电中央据实汇报了情况。程元桢愤怒异常，急忙到总统府找蒋经伦下令公布李默贤和谭中枢两人违抗军令的罪状，然而让程元桢大感意外的是，蒋经伦居然沉默不语。
程元桢突然明白了其中的隐情，他原本早就应该料到李默贤与谭中枢二人绝不敢公然抗命，这一定是蒋经伦的授意，程元桢顿时脸色大变道：“既然总统大人主和，那为何不早说出来？程某一向主战，你我道不同不相为谋，才有些巨变。程某申请辞职，请总统另选他人代替吧！”蒋经伦笑道：“唐宗远身居要职，竟然为了保命而擅走逃脱，也应严惩。”
程元桢辩解道：“李默贤、谭中枢二人迟迟不肯出兵施援，唐宗远一直奋力战斗，最后势单力薄，已陷入绝境，若不出逃，恐性命难保，比起李、谭二人，他何罪之有？”蒋经伦又是一笑说：“总理啊，我也没有说一定主和嘛，如果能够平定南方叛乱，我第一个愿意赴战场杀敌，请总理不要误会了我才好啊！”
程元桢不耐烦地起身道：“总统大人，主战也好，主和也罢，程某已经决定不干了，请总统自行拿主意，告辞！”说完扬长而去，随后便呈上一份请辞信。蒋经伦想，现在局势混乱，不宜再多生事端，因此不同意程元桢辞职，并派人前去挽留，同时又向全国各省发了一份电文。电文中对于主和还是主战却措辞闪烁，看上去是在斥责李默贤、谭中枢二人，但又没有指名道姓。其实，这份通电的目的不过是为了替程元桢挽回一些面子罢了。
程元桢这次辞职的意愿虽不是极其强烈，但他在湖南的问题上已是不闻不问，因此，蒋经伦借势对逃回京城的唐宗远和周肇祥二人做了免职的处理，而李默贤与谭中枢二人只是一句豁免了事。程元桢心中当然极不舒服，这明摆着是不把他这个总理放在眼中。因此，他更加坚定了不与蒋经伦共事的决心。
正在此时，程元桢却接到了苏、直、赣、鄂四省的相继通电，均要求停战，电文署名是江苏督军沈正万、直隶督军程昆、江西督军王致远、湖北督军王战源。原来，四人在蒋经伦的授意下，串通一气反对程元桢主战，一气之下，程元桢又递交了第二份辞呈，不但辞去国务总理一职，还把兼职的陆军总长也一并辞了。
蒋经伦假惺惺地对其进行挽留，而程元桢却执意要走，因此蒋经伦只同意程元桢辞去陆军总长一职，但恳请程元桢留任国务总理。程元桢一直是国务总理兼陆军总长，向来集权势于一身，现在准予辞去陆军总长一职，那还要这个国务总理的空衔来干什么。程元桢当然不会同意，也不管蒋经伦是否同意，便自行离京下野去了。蒋经伦也不理会，随后便委任张世珍为陆军总长。
张世珍是直隶本地人士，资格又最老，关键是性情向来温和，且没有什么党派之争，不过，因他籍属直隶，也是公认的直派首领，之前袁天尧、宋朴初任大总统时，便邀请过他担任国务总理一职。蒋经伦认为，张世珍与自己同是直隶人，且没有派系之分，正好可以帮助自己巩固总统的职位，同时抵制皖系军阀，调和南北矛盾。
而国务总理一职，蒋经伦决定暂行交由国务内阁成员赵士桢代理，赵士桢本是内阁重要人员，原本就有连带辞职的故例，哪还能暂代国务总理？因此，赵士桢迟迟不肯应允。
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