接下来程德全、应德闳还有检察厅厅长陈英等人一连几天都在忙着检查应桂馨的那些信件。他们把和案情无关的都拿走了，然后将有用的证据都盖上印章并拍了照片发给司法部。程都督还请政府组织特别法庭审讯两个人犯，但是他的要求司法部都拒绝了，文件也被打了回来。孙中山和黄兴听说这个消息，于是就让程、应两人将最紧要的内容写到信里，然后上交给政府。两人于是将证据一一写下，电达中央道：
前农林总长宋教仁被刺身故一案，经上海租界会审公堂，暨法租界会审公堂，分别预审暗杀明确，于本月十六十七两日，先后将凶犯武士英即吴福铭，应桂馨即应夔丞，解交前来，又于十八日由公共租界会审公堂，呈送在应犯家内，由英法总巡等搜获之凶器，五响手枪一枚，内有枪弹两个，外枪弹壳两个，密电本三本，封固函电证据两包，皮箱一个，另由公共租界捕房总巡，当堂移交在应犯家内搜获函电之证据五包，并据上海地方检察厅长陈英，将法捕房在应犯家内搜获之函电证据一大木箱，手皮包一个，送交汇检。
当经分别接收，将凶犯严密看管后，又将前于三月二十九日，在电报沪局查阅洪应两犯最近往来电底，调取校译，连日由德全、德闳，会同地方检察厅长陈英等，在驻沪交涉员署内，执行检查手续。德全、德闳，均为地方长官，按照公堂法律，本有执行检查事务之职权，加以三月二十二日，奉大总统令，自应将此案证据逐细检查，以期穷究主名，务得确情，所有关系本案紧要各证据，公同盖印，并拍印照灯，除将一切证据，妥慎保存外，兹特撮要报告。查应犯往来电报，多用应川两密本。
本年一月十四日，赵总理致应犯函：“密码送请检收，以后有电，直寄国务院可也”等语。外附密码一本，上注国务院，应密，民国二年一月十四日字样。应犯于一月二十六日，寄赵总理，应密，径电，有“国会盲争，真象已得，洪回面详”等语。二月一日，应犯寄赵总理，应密，东电，有“宪法起草，以文字鼓吹，主张两纲，一除总理外，不投票，一解散国会。此外何海鸣、戴天仇等，已另筹对待”等语。二月二日，应犯寄程济世转赵总理，应密，冬四电，有“孙、黄、黎、宋，运动极烈，民党忽主宋任总理，已由日本购孙黄宋劣史，警厅供钞，宋犯骗案，刑事提票，用照辑印十万册，拟从横滨发行”等语。
又查洪述祖来沪，有张绍曾介绍一函，洪应往来案件甚多，紧要各件撮如下：
二月一日，洪述祖致应犯函，有“大题目总以做一篇激烈文章，乃有价值”等语。二月二日，洪致应犯函，有“紧要文章，已略露一句，说必有激烈举动，弟须于题前径密寄老赵，索一数目”等语。二月四日，洪致应犯函，有“冬电到赵处，即交兄手，面呈总统，阅后色颇喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行等语，兄又略提款事，渠说将宋骗案及照出之提票式寄来，以为征信。弟以后用川密与兄”等语。二月八日，洪致应犯函，有“宋辈有无觅处，中央对此，似颇注意”等语。（辈字又似案字。）二十一日，洪致应犯函，有“宋件到手，即来索款”等语。二月二十二日，洪致应犯函，有“来函已面呈总统总理阅过，以后勿通电国务院，因智赵字智庵。已将应密电本交来，恐程君不机密，纯令归兄一手经理。请款务要在物件到后，为数不可过三十万”等语。应犯致洪述祖：“川密，蒸电有八厘公债，在上海指定银行，交足六六二折，买三百五十万，请转呈，当日复”等语。
三月十三日，应犯致洪函，有“民立报馆名，系国民党所设。记遯初在宁之说词，读之即知其近来之势力及趋向所在矣。事关大计，欲为釜底抽薪法，若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱”等语。三月十三日，洪述祖致应犯：“川密，蒸电已交财政总长核办，偿止六厘，恐折扣大，通不过，毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理”等语。三月十四日，应犯致洪述祖：“应密，寒电有梁山匪魁，四处扰乱，危险实甚，已发紧急命令设法剿捕之，转呈候示”等语。三月十七日，洪述祖致应犯：“应密，铣电有寒电到，债票特别准何日缴现领票，另电润我若干，今日复”等语。“三月十八日，又致应犯：川密，寒电应即照办”等语。三月十九日，又致应犯电，有“事速照行”一语。“三月二十日，半夜两点钟，即宋前总长被害之日，应犯致洪述祖：川密，号电有二十四分钟所发急令，已达到，请先呈报”等语。三月二十一日，又致洪：“川密，个电有号电谅悉，匪魁已灭，我军无一伤亡，堪慰，望转呈”等语。三月二十三日，洪述祖致应犯函，有“号个两电均悉，不再另复，鄙人于四月七号到沪”等语。此函系快信，于应犯被捕后，始由邮局递到。津局曾电沪局退回，当时沪局已将此送交涉员署转送到德全处。（各函洪称应为弟，自称兄。）
又查应犯家内证据中，有赵总理致洪述祖数函，当系洪述祖将原函寄交应犯者，内赵总理致洪函，有“应君领纸，不甚接头，仍请一手经理，与总统说定方行”等语。又查应自造监督议院政府神圣裁判机关简明宣告文，誊写本共四十二通，均候分寄各处报馆，已贴邮票，尚未发表，即国务院宥日据以通电各省之件，其余各件，容另文呈报，前奉电令，穷究主名，必须彻底讯究，以期水落石出，似此案情重大，自应先行撮要，据实电陈。除武士英一犯，业经在狱身故，由德全等派西医会同检察厅所派西医四人剖验，另行电陈，应桂馨一犯，迭经电请组织特别法庭，一俟奉准，即行开审外，余电闻。
电报发出去后，袁世凯并没有回复他们，就连国务总理赵秉钧也对此不闻不问。总统、总理早就高枕无忧了，还花精力理会这些人干什么？于是，在上海审判厅的审讯会上，应桂馨继续大胆狡辩。双方的律师都改请了华人。原告律师金泯澜在庭上要求说，必须要洪述祖和赵秉钧两人来公堂对质，事情才会水落石出。检察厅于是给两人都发了法院的传票。呵！洪述祖已经偷跑去了青岛，怎么可能会来自投罗网？至于堂堂总理赵秉钧就更加不用说了。
在各地举行的宋教仁追悼会上，一些挽词和演说多半都是指责政府的。就是上海的各种报纸，也连着好几天是讥讽洪述祖和赵秉钧的内容，顺便也加上了袁世凯。赵秉钧发觉舆论严重，于是他就向袁世凯请求辞职，袁世凯却不准，下令让他留下来。宋教仁案就这样不了了之。应桂馨依然活得好好的，所有被牵连的人也都被保释了出去。
国民党人都认为是袁世凯在背后给洪述祖和赵秉钧撑腰，所以这件事要从根本上解决。正在大家商议的时候，北京又传来一个坏消息，前镇军统领林述庆在京都山本医院暴毙。国民党的力量又弱了一分。
林述庆，字颂亭，是福建人。他从陆军学堂毕业，清朝时做过南京三十六标第一营管带，后来一心想要革命于是加入了同盟会。辛亥年夏天，林述庆被调往镇江；武昌起义后上海光复，林述庆带兵支援上海，被选举为镇军都督并创建了军政府。开战期间他召集了十多艘长江清舰队攻击江宁天保城，在猛烈攻击了七个日夜后，江宁城终于拿下了。入城后，三军都十分佩服他的勇敢和身先士卒，共同推举他为南京都督。后来总司令徐绍桢也入城了，林述庆于是将都督之位让给了徐绍桢，自己带着军队驻扎在临淮关预备北伐。他为此事筹备了很久，南京临时政府也任命他为总制北伐各军。
后来南北统一，林述庆决意解甲归田安度余生。袁世凯不仅授予了他陆军中将和上将衔，还想让他进京当总统府高等军事顾问。林述庆有了功成身退的念头，所以坚决不肯上任，后来黎元洪也来劝他北上，他说：“国家正是多事之秋，你正值壮年又胸怀抱负，千万不要浪费了呀，应该等国家发展稳定了以后再卸任啊……”林述庆听了这话，顿时觉得热血沸腾，于是放弃了隐居田野的想法，接着就收拾东西北上。林述庆见到袁世凯后，就单刀直入谈到了蒙古问题。林述庆决意主战，但袁世凯只是想笼络人才，想要天下的英雄都为他所用罢了，所以他根本就没有征战蒙古的意思。林述庆手握重权，多次请求主战，袁世凯只好每次都支支吾吾地搪塞他，其实心里已经有些不耐烦了起来。
林述庆见袁世凯无意出战，只好离开了总统府。他本来是想南下回家，但他转念一想：外蒙古情况紧急，我又已经来了，应该做出点事绩以后再走。于是林述庆就在都城里号召志同道合的人组织了征蒙团和军事研究社，同志们都推举林述庆做筹边会的副会长。林述庆接着又上书袁世凯请求征战蒙古。袁世凯将他的公文丢到一边，根本不予理会。
林述庆等了几天，袁世凯还是没有答复，于是他毅然辞职，和王芝祥、孙毓筠等人一起去建设国事维持会了。这下他终于可以把忧国思想表露得一览无遗了，无论是酒宴诗会还是即兴演说，他都慷慨激昂地批判时事政治，颇有贾长沙和陈同甫的风格。可惜只怕是要重蹈宋教仁的覆辙了。袁世凯最忌讳的就是出名的人。遇上关心政治、针砭时弊的人，他第一个办法是设法笼络，第二个办法就是将其摧毁。宋教仁已经归西，现在居然出现了宋教仁第二，袁世凯又怎么会任其自由发展呢？
四月初八，林述庆受梁士诒的邀请去将校俱乐部赴宴。正喝得酒酣耳热时，林述庆又忘情地谈起了时事。风花雪月你不谈，你为什么偏要谈政治？宴会结束后，林述庆回去就发现身上特别畏寒。到了第二天畏寒更严重了，于是林述庆立即到山本医院就医。
又过了一个星期，林述庆全身忽然起了红色的大泡，泡破了后就流血不止，而且四肢奇痛无比，病情也一天比一天严重。林述庆请了中外名医前来诊治，但大家都束手无策。又勉强挨过了一天，林述庆身上的红泡变成了紫色，很快又转成了黑色，同时开始尿血，看样子已经到了弥留之际。
那天孙毓筠正好在探望林述庆，林述庆于是握住他的手，气若游丝地跟他说：“国势危险，我本来想和各位同心协力保护国家的，谁知道我这么经不起折腾。”话说完，林述庆不禁流了满脸的泪。孙毓筠只好再三安慰他，林述庆又继续呜咽着说：“我壮年就要去世了，我才做了半世的人，只希望各位一定要继续支持下去呀。”孙毓筠于是又问他家里还有什么要交代的没有，他却连话都说不出来了，只把最后一口气咽下就死了。林述庆死后七窍流血，浑身发黑，仿佛是中毒时的情景。无独有偶，林述庆享年也只有三十二岁，和宋教仁一样。国事维持会会员替他入殓，然后讣告全国说：
北京国事维持会本部孙毓筠、王芝祥、杨曾蔚、温寿泉，致黎副总统各都督并各师长旅长，各党本部，国事维持会支部，及孙中山、黄克强两先生各报馆电。本会理事林君述庆，体质坚强，志愿弘毅，比来尽瘁国事，未尝告劳，忽于本月初十日，感患痘症，即入山本医院诊治，病势险恶，药石无灵，竟于十五夜子刻长逝。林君十年前，在江南军界，提倡革命，备历艰险，百折不挠；前年九月，在镇江举义，联合各军，光复金陵，厥功最伟。南北统一后，自请解职，高风亮节，海内同钦。乃天不佑善人，竟罹暴疾，赍志以终。
当此国基未固，人才消乏之秋，逝者如斯，将谁与支撑危局？泰山梁木，同人等悲不自胜，现定于二十六日，在湖厂会馆开追悼大会，特通电告哀。凡我同志，谅无不失声一恸，但林君身后萧条，经毓筠等为之料理成殓，灵柩暂厝城外广慧寮中，如蒙赐赙，请寄东安门外本会本部事务代收，并以奉闻。
林述庆死了，但很多人都怀疑他是中毒而死的，于是都特地去山本医院询问具体情况。医生说：“林述庆十三号入院，十五号逝世，病名叫天然痘。”众人问：“那为什么他死得那么惨？”医生说：“病菌有强弱，林先生染上的是一种最强的病菌，它可以冲开血管，所以导致死后会七窍流血。至于全身发黑呢，那是染病常有的症状，不足为奇。”众人还是不甘心地问：“照这么说林先生不是中毒吗？”医生微笑着说：“林先生死后来本院询问的人不止一个，都说他是中毒。其实看林先生的死状，谣言也不难理解。但是林先生确实患的是痘症，没什么可疑的地方。陆军部的方君是从美国回来的中医，他和我们的诊断总不会有异议吧。”现在死无对证，究竟是不是中毒我不敢乱下定论。
事情最后，稽勋局长冯自由上书给政府说：“林述庆功勋赫赫，现在他在京都病故，照本局规则应该发抚恤金，并将他的事迹交给史馆立传。”袁世凯这一点还是批准了。
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