原来，段芝贵经历了上次的失败以后，又重新召集了队伍打算再次出击。七月十五日的晚上，段芝贵率领军队又重新向高碑店发起进攻想要趁机搞突袭，没想到直系军队一直防备着，立即展开了反击。段祺瑞一见直系军队来势凶猛，想到袭击不一定能成功，便又想出了一个计谋，他命令军队先分散开，以此来引诱直系军队。
直系军队果然中计，厮杀进军队。段祺瑞的军队便聚拢过来，想要把直系军队围困在中间，而直系军队也觉察出来了，便猛烈地突围。段祺瑞见直系军队真的中计便非常高兴，于是命令军队全力出击。正在这时，段祺瑞的军队后方突然出现了几百人，他们拿着新式武器将段祺瑞的军队杀得措手不及。
带领着这些人的，正是直系军队总司令吴佩孚。段祺瑞吓得乱了手脚，他还想让部分士兵来对付吴佩孚带领的人，但是这些士兵早已吓得纷纷逃散。直系军队两面夹击，将段祺瑞的军队打得落花流水，段祺瑞也差点被直系军队抓去。段祺瑞吃了两次败仗以后，知道吴佩孚十分狡猾，计谋中套着计谋，所以不敢再轻举妄动。
吴佩孚得胜以后，安心休息了一晚。第二天晚上，段祺瑞命令第三混成旅的旅长萧耀南和第三补充旅的旅长龚汉冶合力向涿州发动进攻，再命令补充旅旅长彭寿莘作为后应。当时驻守在涿州的是边防军第一师师长曲同丰，于是就和萧耀南打了起来。边防军因为多次吃败仗，还没开始打就已经心慌了，勉强打了一个小时，就想撤退。这时龚汉冶的补充旅和后应彭寿莘都纷纷赶到，又将边防军打得落花流水，俘虏了旅、团长等五十多个人。
曲同丰见势不妙，带着剩下的士兵逃走了。直系军队于是就驻扎在涿州城外，准备再次进攻。等到天明奉军赶到，直军的气势就更加旺盛了。曲同丰的军队这个时候已经失去了战斗力，眼看就要被攻陷，没办法只能派人去请求议和，但是吴佩孚只接受军队投降，不接受议和。在这个时候，曲同丰觉得命要比名誉重要，所以只能按照吴佩孚的要求，和二十九旅旅长张国溶、三十旅旅长齐宝善带着剩余的士兵向直系军队缴枪投降，涿州于是被直系军队占领了。边防军的第三师师长陈文运听说曲同丰投降以后，就抛弃了自己的军队逃跑了。领导一跑路，手下的官兵们也纷纷跑路了，军队就这样解散了。段芝贵也逃到了北京，西路军的行动完全失败了。
徐树铮正在为这个消息头痛，突然听到军营外面枪声大作，原来曹锟带领军队杀过来了。出兵打仗，讲究的是一鼓作气，如果锐气受挫，就算是再好的将领也无法取得胜利。曹锟这次带着军队杀过来，就是想要趁着之前的胜利鼓舞将士，然后夺回杨村。徐树铮的部下由于接二连三的失败，当然是无心应战，徐树铮非常气愤，想要拼死和直系作战，但是军心涣散已经无法应战，所以徐树铮也只能选择逃跑。
徐树铮逃到六国饭店，正好碰到段祺瑞，段祺瑞因为接连吃了败仗，又是悲愤又是惭愧，当即拿起手枪准备自杀，多亏边上的人将手枪夺走，并劝段祺瑞到北京恳求总统下令停止战争。段祺瑞没有办法，只能回到北京给徐世昌上书，说明自己的过错，徐世昌冷笑着说：“早知今日，何必当初？”于是就派靳云鹏、张怀芝等人会见曹锟、吴佩孚等人，商议停战事宜。另一方面，政府又颁布了一份通知：
前以各路军队，因彼此误会，致有移调情事，当经明令一律退驻原防，共维大局。乃据近日报告，战事迄未中止，群情惶惧，百业萧条，嗟我黎民，何以堪此？况时方盛暑，各将士躬冒锋镝，尤属可悯。应责成各路将领，迅饬前方，各守防线，停止进攻，听候命令解决，用副本大总统再三调和之至意！此令。
自从段祺瑞的军队打了败仗以后，山东、河南各省的段派军官都纷纷作鸟兽散。之前边防军首领马良攻入山东德州，将驻守将军商德全逼走，后来奉军过来援助商德全，又击败了边防军，重新夺回了德州，马良只能逃走了。驻守信阳的将军赵云龙出击河南旅长李奎元，被李奎元打败以后又被赶出了河南省。察哈尔都统王廷桢驻扎在康庄，在居庸关附近将边防军打得节节败退。为了给自己解围，段祺瑞给江苏、江西、湖北、河南等省发了电报：
顷奉主座电谕：“近日叠接外交团警告，以京师侨民林立，生命财产，极关紧要，战事如再延长，危险宁堪言状？应令双方即日停战，迅饬前方各守界线，停止进攻，听候明令解决”等因。祺瑞当即分饬前方将士，一律停止进攻在案。查祺瑞此次编制定国军，防护京师，盖以振纲饬纪，并非黩武穷兵，乃因德薄能鲜，措置未宜，致召外人之责言，上劳主座之廑念。抚衷内疚，良深悚惶！查当日即经陈明，设有贻误，自负其责。现在亟应沥情自劾，用解愆尤，业已呈请主座，准将督办边防事务，管理将军府事宜各本职，暨陆军上将本官，即予罢免；并将历奉奖授之勋位勋章，一律撤销，定国军名义，亦于即日解除，以谢国人。谨先电闻。
段祺瑞由于听信徐树铮，组织安福部又是向外国借外债又是发兵，所以连舆论都不能容忍。虽然段祺瑞又是道歉又是引咎辞职，但是群众的怒气还是没有消除，纷纷指责段祺瑞。江苏督军李纯发了一封电报，其中提到“终于看见了希望”，南北海军将校林葆怿、蓝建枢、蒋拯、杜锡珪等人也联名发电报声讨安福党，并提议“南北应当要团结起来共同度过这段艰难的时光”。声讨最激烈的是吴佩孚，他趁着大获全胜的机会和奉军共同驻扎在北京，要求总统惩办这些人。于是，靳云鹏与张怀芝来到吴佩孚的军队找吴佩孚商议，最后一共提出了四个条件：
（一）惩办徐树铮。
（二）解散边防军。
（三）解散安福部。
（四）解放新国会。
对于这些条件吴佩孚不愿意，靳云鹏和张怀芝苦口婆心地劝他，最后吴佩孚才说，还要把这些条约告诉曹锟，自己做不了主。靳云鹏与张怀芝于是又和曹锟商议，曹锟虽然同意停战，但是对这四个条件感到不满意。靳云鹏和张怀芝费尽了口舌也没能说动曹锟，最后只能回去报告总统。徐世昌听了报告以后想了很久，觉得这事还是要由张作霖出面，于是他发电报又把张作霖叫到北京充当调停人。另一方面，徐世昌又派王怀庆兼任督办收编北京附近的军队，将边防军和西北军一部分编入队伍，一部分发钱解散，北京这一带总算安宁了一些。张作霖做了调停人以后，和曹锟、吴佩孚商议好了条件：
（一）解散安福部。
（二）惩办罪魁十四人。
（三）取消边防军与西北军及其他属于该两军之一切机关。
（四）京畿保卫归直、奉军，永远驻扎，京城以内，由京畿卫戍总司令担负全责。
（五）撤销安福包办之和议机关，驱逐王揖唐，另与西南直接办理和议。
（六）解散新旧两国会，另办新选举。
以上这些是主要内容，还有其他两件事：
（一）政府速将三年以来，所借外债及用途，分布全国。
（二）褫免京师警察厅总监吴炳湘。
几个人商量好以后，张作霖将条件发给了徐总统。徐世昌为了顾全段祺瑞的面子，想要稍微通融一点，所以让靳云鹏与张怀芝回电报给张作霖，托他和曹锟、吴佩孚再商议一下。于是，张作霖又和曹锟、吴佩孚商量，大体都没有改，只是将一些细节完善了一下。之后，中央就发布了一系列的命令。
七月二十四日大总统令
准财政总长李思浩，司法总长朱深，交通总长曾毓隽免职，令财政次长潘复，司法次长张一鹏，代理部务。特任田文烈兼署交通总长。准京畿卫戍总司令段芝贵免职，特派王怀庆兼署京畿卫戍总司令。
二十六日大总统令
据兼代国务总理萨镇冰呈称：“师长吴佩孚等，所部军队，前次在豫暂驻，未能即时回直，证以曹经略使来电，始则因住兵房舍，一时难腾，继则因铁路车辆，未能即时应付，并非有意逗留，其情事既有不符，拟请将处分令撤销”等语。应准将本年七月九日，关于曹锟、吴佩孚处分命令，即行撤销，交陆军部查照。准京师警察厅总监，兼督办京都市政事宜吴炳湘免职，令田文烈兼督办京都市政事宜，殷鸿寿为京师警察厅总监，并会办京都市政事宜。准交通次长姚国桢免职，任命权量兼署交通次长。
二十八日大总统令
准督办边防事务，兼管理将军府事务段祺瑞免职。前以沿边一带，地方不靖，当经令设督办边防事务处，以资控驭，现在屯驻边外军队，业已陆续撤退，该处事务较简，所有督办边防事务处，应即裁撤，其所辖之边防军，着陆军部即日接收，分别遣散，以一军制而节冗费。此令。前有令将西北边防总司令一缺裁撤，其所辖军队，由陆军部即日接收办理，所有西北军名义，应即撤销，着责成该部迅速收束，妥为遣散，仍将办理情形，克日呈复。此令。准大理院院长姚震免职，特任董康为大理院院长。
二十九日大总统令
国家大法，所以范围庶类，偭规干纪，邦有常刑。此次徐树铮等称兵畿辅，贻害闾阎，推原祸始，特因所属西北边防军队，有令交陆军部接收办理，始而蓄意把持，抗不交出，继乃煽动军队，遽启兵端。甚至迫胁建威上将军段祺瑞，别立定国军名义，擅调队伍，占用军地军械，逾越法轨，恣逞私图。曾毓隽、段芝贵等，互结党援，同恶相济，或参预密谋，躬亲兵事，或多方勾结，图扰公安，并有滥用职权，侵挪国帑情事，自非从严惩办，何伸国法而昭炯戒？徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、李思浩、姚国桢等，着分别褫夺官职勋位勋章，由步军统领、京师警察厅一体严缉，务获依法讯办。其财政交通等部款项，应责成该部切实彻查，呈候核夺。国家虽政存宽大，而似此情罪显著，法律具在，断不能为之曲宥也。此令。
以上这些命令，除了为曹锟和吴佩孚洗刷了罪名之外，还将和段派有关系的很多人员都免职了。免职和严查还是有很大的区别的，徐树铮特别忌讳这一点，因为直系和奉系的军队都在北京，如果一旦被抓到下场肯定会很惨，所以他逃到东交民巷避难。东交民巷遍布着各个国家的大使馆，是国家不能过问的地盘。六国饭店就在东交民巷，所以徐树铮和段祺瑞就暂时躲在六国饭店里。徐总统下这道命令，背后的主推力是曹锟和吴佩孚，徐世昌虽然也忌讳段祺瑞他们，但是段祺瑞下台徐世昌的目的就已经达到了，所以他下发这种命令也就是吓吓他们，扬扬政府的威风罢了。要知道，自从民国以后中央所下发的这么多惩办官员的命令，有几个官员被真正依法查办了？当然这也是引起内乱的主要原因。按照曹锟和吴佩孚的意思，本来是想要趁这次打了胜仗的机会将段祺瑞除去，但是由于徐世昌想要调停，所以才将段祺瑞的名字从命令中除去了。
徐树铮等人躲在大使馆界内，所以政府不能直接捉拿他们，只能派人让各国大使馆帮忙驱逐这些人。各国大使们开会讨论了很长时间，英、法、美三个国家的大使暗中帮助曹锟和吴佩孚，还在大会中发表言论说：“徐树铮等人这次扰乱了北京的治安，伤害了中外的人民，不应当按照政治犯的规定来保护他们。”在世界公约中，政治犯是可以收留的。但是日本和意大利大使一直保持着不同的意见，所以在东交民巷中，只有英、美、法三个国家发布了通报通知本国的侨民不准收留这几个人，如果私自收留将会勒令立马迁出东交民巷。
徐树铮等人一看到通报，心里也害怕起来，想到六国饭店是各个国家的公共场所，肯定是不能长久居住了，还好日本、意大利没有发出驱赶他们的通报，所以徐树铮、段芝贵、曾毓隽、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、姚国桢等人就商量着想去日本、意大利大使馆请求保护，后来又想到和日本的感情要比和意大利的感情深厚，还不如直接去日本大使馆请求。
于是，徐树铮他们一起来到日本大使馆拜见日本大使。正巧日本大使正在馆内，于是接见了他们几个人，徐树铮等人苦苦哀求日本大使，还说了很多好话，日本大使不禁有点心动，于是就将这九个人留在大使馆里避难。这些人平时在日本银行里存了不少私房钱，所以就算避难也能衣食无忧。而那个李思浩由于一直从事金融工作，和日本人来往密切，他一听说惩办他们的命令以后，早就凭借关系躲起来了。
徐树铮他们躲在日本大使馆里，中国政府也没有办法，只能再作打算。
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