朱培德、李烈钧、许崇智等退到边境，大家商议说：“我军一齐撤退，北军乘势进逼，那么腹背受敌，肯定难以取胜。何况我们饷械的接济，已经断绝了，不能拖延，不如留一部分军队，坚守赣南，分一部分军力去讨伐陈逆，这样才有救。”于是大家决定先由朱培德、许崇智、黄大伟等军队南下，其余的暂时留在赣南，防止北军追击。许崇智的部队担任中路，进攻仁化，黄大伟的部队担任东路，进攻始兴，朱培德的部队担任西路，进攻乐昌，双方交战了几天，各有胜负。李烈钧这个时候正在防守赣州，也和蔡成勋、周荫人等部队交战。李烈钧虽然是智勇兼备的军事家，但是士兵人数太少，又是打了久战疲惫的士兵，饷械没有地方筹划，因此抵抗了半个多月，就已经很不容易了。最后终于支持不住，被北军夺了赣州。
恰好这天听说许崇智等的军队也吃了败仗。南雄、始兴等处，都被陈炯明占领，许崇智等残部，陆续由闽边退去，知道已经不能退到韶关一带去，便分别向湖南、广东交界的地方退去了。韶关那边，许崇智、黄大伟两部的军队，战败退往闽边，朱培德、陈嘉佑等部队，还在仁化、乐昌一带交战，可惜子弹缺乏，也只能同时退却，朱培德退向了广西边境，陈嘉佑仍然回湖南去了。所有的北伐部队，到这个时候总算已经完全失败了。如此郑重的记载，是因为要直诛陈氏的罪。
这个消息传到广州，孙中山还不肯深信，程潜、居正等都恳请孙中山离粤，孙中山不愿意，说：“这种战报，都是出自敌方，怎么可以深信呢？万一前方并没有失败，而我先离开了广州，又怎么能够面对前敌和舰队的将士呢？”这样苦心孤诣已经不是一天了。到了八月九日那一天，各处战败的噩耗才得到了证实，孙中山马上召集各舰舰长，开军事会议，决定大计。各舰长齐声说：“赣南既然已经失陷，南雄又保不住，前方腹背受敌，战事肯定很难胜利。总统守在省河，有害无益，不如暂时到上海去，慢慢地再想讨伐叛逆的计谋，比较妥当。”
孙中山知道在这里肯定没有好处，于是决定离粤赴沪，一边又通告各国领事，说明总统即日离粤的事情，一边又叫人向商轮公司预定舱位。幕僚一起劝谏说：“总统一生都关系着民国的存亡，怎么能够做这么冒险的事情？万一叛军有什么阴谋，那么不是很危险吗？”孙中山说：“我本来就是中华民国的总统，应当以公正伟大来示人，我不愿意被说成逃跑，怎么能够鬼鬼祟祟，学末路政客、失败军阀的样子，秘密动身呢？”这里能看到他的大气，不是那种专门说大话的人能够比的。幕僚再三婉谏，孙中山都没有答应。
众人都在为难，恰好英领事托人回报说：“孙总统如果决定离粤，我可以派炮舰摩汉号护送总统去香港，没必要另外搭商轮。而且明天还有俄国皇后号的邮船，由香港去往上海，如果孙总统去上海，请于下午三点钟乘摩汉炮舰到香港，我可以发电报通知香港，预备舱位。”众幕僚听了，都很高兴地说：“难得英领事一番盛意，总统不要辜负了他啊。”孙中山沉吟着没说话，那回报的人说：“英领事这个举动，非常有诚意，总统无论是在邦交上想，还是在友谊上想，都不能辜负他。”孙中山这才答应，到了下午三点，带了幕僚，登摩汉舰离开了广州，舰队的善后事宜，委托秘书林直勉和参军李章达两人代为办理，并发恩饷一个月，以奖励官长士兵忠勇勤劳的功绩。
到了四点钟，摩汉号出发，七点出虎门要塞，孙中山在船上对大家说：“想不到我们今天竟然能脱险，一息尚存，此志不懈，民国责任，仍然在我们的身上，万万不能轻易抛弃，负了初心。”听起来令人起敬，也令人流泪。林树巍说：“总统忠于国家，对于世界政治的情形，观察得尤为透彻，不知道中国究竟要怎样才能富强，脱离次殖民地的地位？”孙中山向来都是沉默庄严的，今天却和以前不同，议论风生，很有悲歌慷慨的样子，当时便回答说：“中国要求自由平等，脱离列强的压迫，除了革命以外，没有第二条路可以走。至于像联省自治的说法，也不过是军阀割据的一种变相，千万不可实行，而且是绝对不能实行的。”
张侠夫说：“美利坚、德意志不都是联邦制吗？为什么在他们那里实行，就可以致富强，在中国便不能实行呢？”孙中山说：“你们可以说是知其一不知其二啊。美德各国，本来就没有军阀割据的事实，而且他们的领土比较小，不能够单独存在，所以可以实行。至于中国，不但土地比世界各国的要大，就是人民也比各国的多，假如准许各省自治，那么各省无论在财力兵力上以及其他，都可以脱离中央而独立。军阀拿自治为名，行割据之实，是绝对不能避免的，所以不如分县自治，比较妥当。因为县的范围有限，一乡一县的事情，人民很容易见到，该兴该革的地方，也容易实行，可以不至于像省自治制那样。”主联省自治的人，也不是说没有道理，可惜都只知道其一不知道其二。
张侠夫说：“总统的伟论，我们都明白了。但这是内政的问题，假如就外交而论，又应当联络哪一国呢？”孙中山说：“这也不能从一方面看，需要看他们的情形。”众人齐声说：“请总统把各国的情形解释给我们听听，看中国应该学哪一国？应该联络哪一国？”
孙中山说：“美国人素来重感情，主持人道，法国人尊重主权，又崇尚道义，英国的外交，则专看重利害，不过它的主张，中正不偏，又能辨别是非，主持公理，所以对外态度，总是不失大国的风度。现在我国的外交，应该学习英国公正的态度，美国远大的规权，法国爱国的精神，即尊重主权，尊重本国的主权，就是爱国的表现，来实现我们民国千百年永久的大计。至于在国际地位上来说，和我们中国的利害相同，又毫无侵略的顾忌，而且又能提携互助，促进两国利益的，却只有德国。可惜我们国人不明白它的真相，因为它大战失败，便以为不足挂齿，不知道他们的人才和学问，都可以资助我国，发展实业，建设国家。所以以后我国的外交，对于海军国，固然应当注重，不过对于欧、亚大陆的俄、德两国，更要特别留意。不可以盲从他国，反而被别人所利用。”
今天的外交家，应该拿这些话当作箴言。大家听了，都很高兴。彼此反复地讨论，直到后半夜两点钟才各自就寝。六点钟的时候，摩汉舰已经到了香港，香港政府派人来照料俄国皇后邮船。到了中午十二点，邮船开了。第二天，又接到广州英领事的无线电，报告说白鹅潭海军和保护人员离粤赴港的情形。孙中山回电感谢。一行人在邮船上住了五天，无非是讨论些国家世界的事情，和谈论广州的事变而已。
到了八月十四上午，邮船开到了上海，孙中山在吴淞口登陆。那个时候上海各团体代表在岸上欢迎的人有好几千，孙中山听说他们在风雨中已经等候了好几天，十分地感谢。到了寓所后，在下午便召集中华革命党的同志，讨论国会和时局的问题，第二天便发表了一个护法宣言。这宣言的稿子，是孙中山在邮船上决定的。原文说：
六年以来，国内战争，为护法与非法之争，文不忍艰难创造之民国，隳于非法者之手，倡率同志，奋斗不息。中间变故迭起，护法事业，蹉跎数载，未有成就，而民国政府，遂以虚悬。国会知非行权无以济变，故开非常会议，以建立政府之大任，属之于文。文为贯彻护法计，受而不辞。
就职以来，激励将士，出师北向，以与非法者战。最近数月，赣中告捷，军势远振，而北军将士，复于此时为尊重护法之表示，文以为北军将士有此表示，则可使分崩离析之局，归于一统，故有六月六日之宣言，愿与北军将士提携，以谨统一之进行。不图六月十六日，护法首都，突遭兵变，政府毁于炮火，国会遂以流离，出征诸军，远在赣中，文仅率军舰，仓卒应变，而陆地为变兵所据，四面环攻，益以炮垒水雷，进袭不已。文受国会付托之重，护法责任，系于一身，决不屈于暴力，以失所守，故冒险犯难，孤力坚持，至于两月之久，变兵卒不得逞。而军舰力竭，株守省河，于事无济，故以靖乱之任，付之各处援师，而自来上海，与国人共谋统一之进行。回念两月以来，文武将佐，相从患难，死伤枕藉，故外交总长伍廷芳，为国元老，忧劳之余，竟以身殉，尤深怆恻。文之不德，统驭无才，以至变生肘腋，咎无可辞。自兵变以来，已不能行使职权，当向国会辞职，而国会流离颠沛之余，未能集会，无从提出。
至于此次兵变，文实不知其所由起，据兵变主谋陈炯明及诸从乱者所称说，其辞皆支离不可究诘。谓护法告成，文当下野耶？六月六日文对于统一计画，已有宣言，为天下所共见。文受国会付托之重，虽北军将士有尊重护法之表示，犹必当审察其是非与诚伪，为国家谋长治久安之道，岂有率尔弃职而去之理？陈炯明于政府中为内务总长，陆军总长，至兵变时，犹为陆军总长，果有请文下野之意，何妨建议，建议无效，与文脱离，犹将谅之。乃兵变以前，默无所言，事后始为此说，其为饰辞，肺肝如见。
按当日事实，陈炯明于六月十五日，已出次石龙，嗾使第二师于昏夜发难，枪击不已，继以发炮，继以纵火，务使政府成为煨烬，而置文于死地。盖第二师士兵，皆为湘籍，其所深疾，果使谋杀事成，即将归罪以自掩其谋，而兼去其患。乃文能出险，不如所期，始造为请文下野之言。观其于文在军舰时，所上手书，称大总统如何，可证其欲盖弥彰已。陈炯明以免职而修怨，叶举等以饬回防地而谋生变耶？
无论以怨望而谋不轨，为法所不容，即以事实言之，文于昨年十月，率师次于桂林，属陈炯明以后方接济之任。陈炯明不惟断绝接济，且从而阻挠，文待至四月之杪，始不得已改道出师，于陈炯明呈请辞职之时，犹念其前劳，不忍暴其罪状，仍留陆军总长之任，慰勉有加，待之岂云过苛？叶举等所部，已指定肇、阳、罗、高、雷、钦、廉、梧州、郁林一带为其防地，乃辄率所部，进驻省垣，骚扰万状。前敌军心，因以摇动，饬之回防，讵云激变？可知凡此种种，亦非本怀，徒以平日处心积虑，惟知割据以便私图，于国事非其所恤，故始而阻挠出师，终而阴谋盘据，不惜倒行逆施，以求一逞。诚所谓苟患失之，无所不至者。
且即使陈炯明之对于文积不能平，至于倒戈，则所欲得而甘心者，文一人之生命而已，而人民何与？乃自六月十六日以后，纵兵淫掠，使广州省会人民之生命财产，悉受蹂躏，至今不戢；且纵其凶锋，及于北江各处，近省各县，所至洗劫一空。人民何辜，遭此荼毒？言之痛心。向来不法军队，于攻城得地之后，为暴于一时，已犯天下之大不韪，今则肆虐至于两月。护法以来，各省虽有因不幸而遭兵燹，未有如广东今日所处之酷者。北军之加兵于西南，军纪虽弛，有时犹识忌惮。龙济光、陆荣廷驻军广东，虽尝以骚扰失民心，犹未敢公然纵掠，而此次变兵，则悍然为之。闻其致此之由，以主谋者诱兵为变时，兵怵于乱贼之名，惮不敢应，主谋者窘迫无术，乃以事成纵掠为条件，兵始从之为乱。似此煽扬凶德，汨没人道，文偶闻野蛮部落为此等事，犹深恶而痛绝之，不图为此者，即出于同国之人，且出于统率之军队，可胜愤慨！文夙以陈炯明久附同志，愿为国事驰驱，故以军事全权付托。今者甘心作乱，纵兵殃民，一至于此。文之任用非人，诚不能辞国人之责督者也。
此次兵变，主谋及诸从乱者所为，不惟自绝于同国，且自绝于人类，为国法计，固当诛此罪人，为人道计，亦当去此蟊贼。凡有血气，当群起以攻，绝其根本，勿使滋蔓。否则流毒所播，效尤踵起，国事愈不可为矣。以上所述，为广州兵变始末。至于国事，则护法问题，当以合法国会自由集会，行使职权为达到目的，如此则非常之局，自当收束。
继此以往，当为民国谋长治久安之道。文于六月六日宣言中所陈工兵计画，自信为救时良药，其他如国民经济问题，则当发展实业，以厚民生，务使家给人足，使得休养生息于竞争之世。如政治问题，则当尊重自治，以发舒民力，惟自治者全国人民共有共治共享之谓，非军阀托自治之名，阴行割据，所得而借口。凡此荦荦诸端，皆建国之最大方略，文当悉其能力，以求贯彻。自维奔走革命，三十余年，创立民国，实所躬亲。今当本此资格，以为民国尽力。凡忠于民国者，则引为友，不忠于民国者，则引为敌。义之所在，并力以赴。危难非所顾，威力非所畏，务完成中华民国之建设，俾国民皆蒙福利，责任始尽。耿耿此诚，惟国人共鉴之！
这项宣言发表以后，南北的人民才知道广东兵变的内幕，都十分痛恨陈炯明，责斥他为国家的贼、社会的蠹，而对孙中山先生的信仰更加坚定，认为他宣言的方略，是救国的唯一良药，即认定先生是现代唯一的救世主。曾几何时，叛逆者终被世界所抛弃，先生的革命大业，不久就要成功了。可以看见民心所向，对事情发展的影响很大。我们论史到这里，只有引用尚书“作伪作德，劳逸拙休”两句话，为感叹奋励的资料。
南方兵变这件事，到这里告一段落，同时北方也有几件大事，请容下章分解。
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