谢过吕祖之后，便匆匆去北京就职。
就职后第一件事，便是如何对待皖、直两家。安福国会，是皖系撑起来的；徐世昌的大总统，又是从直系手里接过来的。徐世昌一就职，就接到两家的“自荐书”：直系推荐曹锟为副总统，皖系推荐段祺瑞为副总统。徐世昌犯起了思索：他们当中任何一个人当了副总统，都是对我的牵制；若是两个人都当副总统，那岂不是把我的地位挤掉了！他下定决心，不能接受任何一家当副总统。
徐世昌风风火火地跑到保定，对着曹锟一声一个“珊帅”（曹锟字仲珊）地叫着，说尽了甜言蜜语，弄得曹锟昏昏然不知所以。最后挺着胸膛说：“仲珊一直视阁下为师，此番国会举徐师为总统，仲珊也是衷心拥护的。我可以对天表白，对老师绝无二志。”又说：“这大总统您只管当，我一定做您的台柱子。至于副总统么，我首先表示不要。我也劝芝老放弃。”
同样的办法，徐世昌又去找段祺瑞，并且附带声明：“曹锟已无意做副总统了”。段祺瑞也只好点头答应。这样，徐世昌任大总统期间，中国竟奇迹般地出现了无副总统的局面。
举徐世昌为大总统，是段祺瑞同意的。可是，徐世昌真的当上大总统了，段祺瑞又感到心里失调，感到这一步棋走得并不高。
坐在总理位子上，段祺瑞觉得事情太多了，而且众多意外的事情，弄得他焦头烂额，拿又拿不得，放又放不下。就在湘战节节败退的时候，徐树铮在天津廊坊又惹了一个大祸，他把陆建章给杀了！
陆建章，字朗斋，安徽蒙城人，也算是皖系中的骨干人物了。为了防止西南有变，段祺瑞把他安在陕西督军的位置上，让他把守西南大门。袁世凯死了之后，群雄争霸时，陆建章同段祺瑞发生矛盾，虽尚不见大的裂痕，段祺瑞便密令陕南镇守使陈树藩“突然袭击”，把陆建章给赶出了陕西。这个著名的“陆屠夫”哪里咽得下这口气，离开陕西便大造舆论，说皖系安在安徽的督军倪嗣冲“要叛乱”“要独立”，他组织了一个“讨倪军总司令部”，自任总司令，杀进安徽。结果，失败了。他又联络江苏李纯、江西陈光远、湖北王占元（即长江三督）组织反段联盟，推曹锟为领袖。反段不成，陆建章又跑到上海和南方革命党接触，开始和平统一中国的游说。这样，和段的武力统一中国正是针锋相对，引起段的记恨。
北方酝酿选徐世昌为大总统了，徐世昌又想当几年“文治总统”，便想和各方人士广泛接触。于是，陆建章决定北上，“发挥自己的作用”。
在天津的徐树铮知道陆建章北上了，便从北京陆军总部调来十几位贴身，把客厅改成了兵营，天天盛情招待这些大兵，以待陆建章到来。6月16日，陆建章车过天津，徐树铮以晚辈名义（徐同陆建章的儿子陆承武是同学）盛情挽留。结果，在谈笑之中动了杀机：陆建章被枪杀在徐树铮的花园。这么一个大人物被杀了，段祺瑞事前并不知道。直到徐树铮在天津发出“杀陆通电”，他才打个电话给现任国务院秘书长方枢，让他转告段祺瑞。段祺瑞听到杀陆后，顿时惊得目瞪口呆，连连惊呼：“又铮这个祸闯得太大了！太大了！”
杀了一个督军，乱子是不小！可是，少了一个陆建章，段祺瑞总算除了一个心腹之患。因而，段祺瑞还是指使方枢收集各方材料，编了一份“自圆其说”的报告报给总统，并又亲自口授拟了一份总统命令，要发往全国。
前据张怀芝、倪嗣冲、陈树藩、卢永祥等先后报称：陆建章迭在山东、安徽、陕西等处勾结土匪，煽惑军队，希图倡乱，近复在沪勾结乱党，当由国务院电饬拿办。兹据国务总理转呈，“据奉军副司令徐树铮电称：陆建章由沪到津，复来营煽惑，当经拿获枪决”等语。陆建章身为军官，竟敢到处煽惑军队，勾结土匪。按照惩治盗匪条例、陆军刑事条例，均应立即正法。现既拿获枪决，著褫夺军官军职、勋位、勋章，以昭法典。
冯国璋尚未下台，大总统印还在他手里。这份命令当然得他签发。命令稿到冯国璋面前，冯国璋大惊失色，马上喊叫起来：“如此大事，十分荒唐！我怎么会签发这样的命令呢？”冯国璋就地转着圈子，背剪着双手，像一头刚刚关进来的野豹子。
冯国璋毕竟是一个胸无大志的人。左思右想，觉得自己要下台了，不必再得罪段祺瑞了，免得像陆建章那样，死无葬身之地；何况陆建章已死，再争什么，人也不能活了。他停下脚步，把怒气往肚里咽下去，还是决定把总统大印盖上去。一边盖印，一边对段祺瑞派来的国务院官员说：“树铮在芝泉左右，一向是为所欲为，今天这事做得未免太荒唐了！你们回去告诉芝泉，他怎么办，我就怎么用印好了。”
1918年9月4日，国会选举徐世昌为大总统。
1918年10月10日，徐世昌在北京宣誓就大总统职。
新总统就职了，旧总统要下野。冯国璋发表了一份“施政通电”之后，过他的“寓公”生活去了。按照事前达成的协议，旧总统谢职下台时，国务总理也得谢职。到这时，段祺瑞方才大悟，那个安福俱乐部并没有令他“玩”得开心，他仍然回到了冯国璋上台之初那种局面——只管理将军府督办参战事务。段祺瑞的鼻子又歪了。但他却没有预料到，从此之后，这只“北洋之虎”的威势，却一去再不复返了。
“下野”，段祺瑞并不怕。他下野的次数太多了，但又怎么样呢，不是像不倒翁一般，无论身子向左歪、还是向右歪，最后，还不是端端正正坐稳了，就连袁世凯，也不得不高看他几分。徐世昌是他扶起来的“天子”，他会对他怎么样？段祺瑞不顾虑总理名分，他坚信自己是“推舟之水”，当“舟”不驯服时，他有能耐“覆舟”！段祺瑞忧虑的是：他今日面临的形势，远非袁世凯时期，更非黎元洪时期——段祺瑞之所以坚持武力统一中国，他是觉得有日本这个靠山，日本人会向他提供贷款，向他提供武器。据官方统计，仅段祺瑞用兵的1917年10月到1918年5月这一段，军费开支即高达六千六百五十二万元，武器弹药耗费量异常巨大！在段祺瑞任总理的两年多时间内，他向日本举贷的公私借款达三点八亿元。从经济投靠，进而沦为军事附庸。1918年5月，段祺瑞政府与日本签订了“共同防敌”军事协定。哪里是什么防敌，而是日本人以共同防敌为名，在中国驻兵、指挥军队、控制军火生产、设置军事要塞、掌握中国军事情报和国防机密、擅发军用票，扰乱金融，简直是想干什么就干什么！之外，段祺瑞还追随日本出兵西伯利亚，帮助帝国主义扼杀新生的苏联。段祺瑞干的事，中国老百姓都看见了，中国老百姓很生气。于是，上自公团组织，下至平民百姓，纷纷起来反对，留学生、全国工商界代表纷纷派人进京，要求公开外交，停止内战、废除苛捐；连北方军队中的吴佩孚等也发出主和通电，指责“用借款以残同种，是何异饮鸩止渴、借剑杀人”！段祺瑞预感到此番下野的前景多凶，他心事沉沉地锁起了眉头。
不想下台也得下，形势逼人。
段祺瑞离开了国务院，由钱能训代理国务总理。这时，一个神奇的人物出任了陆军部总长，使段祺瑞极端不安起来。此便是段祺瑞的“四大金刚”之首——靳云鹏。
知道这件事后，段祺瑞便把徐树铮叫到面前问吉凶。“翼青（靳云鹏号翼青）做陆军部总长了，按说，他是够那个资格。只是，在这个节骨眼上，让他做陆军部总长，我觉着不大对劲。”徐树铮只微微点点头，没有说话。段祺瑞又说，“这个靳翼青……”
——对待靳云鹏，段祺瑞是忧喜各半，先喜后忧，而今有点忌恨了。
靳云鹏也是小站练兵时的旧人，又是北洋武备学堂第一期的高材生，1909年任第十九镇总参议驻军云南。武昌起义不久，云南相继发生革命，靳云鹏努力为袁、段做了许多该做的工作，分散了革命派的势力。云南光复时，他跑向北方，投靠了署理湖广总督、在河南主持军务的段祺瑞；1913年被任命暂属山东军务督理，不久又被正式任命为督军。袁世凯死了之后，靳云鹏回到北京，更顺从段，在段推行武力统一，参加欧战、操纵国会等大事上都为段出了力。段祺瑞也十分信任他，任命他为将军府将军，参战陆军办公处主任，边防军教练处处长。
然而，靳云鹏却和徐树铮相处不和，而段每每在具体事情上又偏袒徐，难为靳。靳很不满。靳云鹏和冯国璋是同学同事，和曹锟是金兰兄弟，和张作霖又是儿女亲家。这样，靳和这些人接触便密了些，段祺瑞便有意疏远他。徐树铮更是和靳不和，渐渐有些水火难容。在这样的前提下，靳云鹏忽然当了钱内阁的陆军部总长，段、徐都觉得心里不自在。
徐树铮说：“现在南北正在上海和平谈判，靳云鹏倒向徐菊人的和平统一，是坚定的了。”
段祺瑞说：“徐卜五已经决定把参战军交给陆军部管辖。参战军不是要改为边防军了么，边防军应该属你管辖，怎么又给陆军部了？”
徐树铮轻轻地摇着头，说：“我倒无所谓。大总统和钱内阁这样做，不知把老总放在什么位置上去了？”
“哼！”段祺瑞发怒了，“我不说话，我看谁敢！”怒了一阵之后，又说：
“明儿我派人去找靳翼青，我看他当着我的面敢怎么说！”
段祺瑞还没有着人去找靳云鹏，财政总长龚心湛怒气冲冲跑到段祺瑞面前。“老总，您得出面过问这件事，我受不了这样的侮辱……”
段祺瑞望着这位自己的心腹、老政客，不急不躁地说：“别着急，别着急。慢慢把事情的来龙去脉说清楚。若是非我出面不可的事，我自然会出面。何况，如今我的脸面也不那么金贵了。”
龚心湛静了静神，又把胸中的怒气舒了舒，这才把刚结束的内阁会议上发生的一幕闹剧叙说了一遍——钱能训主持的内阁会议刚刚开始，新任陆军部总长靳云鹏就对财政总长龚心湛发难。“龚总长，这几年，年年动员那么多军队参战，听说参战经费耗量巨大。这笔军费并没有向我们交代清楚。今天，我想听听龚总长把这个情况对内阁各位说明白。”
龚心湛是为段祺瑞管财的，段的财源是来自日本，这早已成为国人关注的焦点。龚心湛不敢和盘托出，他也实在说不清楚。所以，他只平心静气地说：“参战经费，那是由陆军部主管的，这是人所共知的事。靳总长接任时，这件事就应该接管。如果至今尚不清楚，那就去问你的前任吧，他会交代清楚的。”
靳云鹏被顶了一下，有点气急，又问：“军费也是银钱，财政总长不管银钱，管什么呢？”
“我管的是全国财政……”“难道不包括军费？”
“参战军费是上一届陆军部的事，你没有资格过问。”“你必须向国人交代清楚。”“我绝不向你交代清楚！”“你无赖！”“你混蛋！”
钱能训一看这情形，自知左右不了，匆忙宣布散会。
……“老总，”龚心湛对段祺瑞说，“这个靳云鹏，今日之为，不是对我的，而是对您的。您得明白！”
段祺瑞听着，鼻子就渐渐歪了。心里想：我还没有一败涂地，这些王八羔子就认准我不行了，就想另攀高枝了。他对龚说：“别放在心上，陆军部不会让他靳云鹏久占着，我会有办法的。你回去，好好休息。心里不舒服，就请假不干。”
龚心湛真的负气向国务总理请了“病假”，暂时不到部理事。段祺瑞不当国务总理了，徐树铮的“参战军”也交给陆军部了，按说，皖系这一群该无声无息了。其实不然，皖系军队仍然是个存在着的庞然大物，依然影响着中国的阴雨晴朗。
大总统徐世昌还是很“器重”这支势力的，他尤其“器重”徐树铮。生怕他过不惯平静的日子，要无事生非。他想拉拢他，稳住他。徐世昌授徐树铮陆军上将衔，又任命徐树铮为“西北筹边使”兼西北边防军总司令。徐树铮到外蒙古了。他在那里疏通上层宗教人士，缓和民族矛盾，使他们自动撤销了从1911年起实行的自治，重新归于北京政府管辖之下；同时，徐树铮在西北也扩大了自己的队伍，他将成为“西北王”。
段氏的皖系军阀又出了一个西北王，坐镇长城侧的直系曹锟和坐镇东北三省的奉系张作霖，都感到了威胁。他们秘密联手，又征得“长江三督”的支持，于是，一个七省反皖联盟便形成了。这个联盟一出现，便采取了攻心战术，一方面在徐大总统面前提出“清君侧”的口号，孤立皖系，一方面建议段祺瑞“亲君子，远小人”，让他驱走徐树铮，解散安福国会，收缴边防军的军权。对于这些事，段祺瑞只冷冷一笑，便丢到脑后去了。
段祺瑞是在他的府学胡同家中召见靳云鹏的。他想了许多天，终于这样做了。
那一天，时值仲秋，云淡天高，西风习习，空气中虽饱含着凉意，但却温馨宜人。段公馆的守门侍卫把靳云鹏领进小客厅，段祺瑞早在那里坐等。见到靳进来，他只欠了欠身，说了声“坐吧”，便把目光直盯在靳云鹏面上。但他此刻的鼻子却没有歪。
大约靳云鹏注意到了段的鼻子，他神情轻松了。他一边落座，一边说：“这些日子，翼青就想到府上来看望督办；新到部上，一切生疏，更想来向督办请教。只是琐事缠绕，脱身也脱不开。听得督办一声呼唤，把所有的事都丢下，便匆匆赶来了。段祺瑞虽然在总理位子上几上几下，但所任对德宣战督办一职却始终不卸。故而，他的皖系骨干依然亲切地称他“督办”。尽管靳云鹏声声“督办”呼得那么有情有意，又亲又热，段祺瑞还是寒着脸说：“你‘看望’我，你‘请教’我？我可担待不起。这不，我得向你请教来了。”
“督办……”靳云鹏感到有“杀气”了，忙站起身来。
“我问你，”段祺瑞发难了，“参战军的军费来源，务必要向你报告吗？”“督办……”
“即便你这个陆军部总长要弄清这件事，我还没有死，你也不必向一个军界以外的人发难。”段祺瑞发怒了。“你现在行了，陆军部总长，掌管全国军队，连我手下的那个参战军你也不放过。我的侍卫军你收不收？现在，我这棵树还没有倒，我手下的猢狲都要散了。散了吧，散了吧。我段某人能为你们做做人梯，也算没有白白地结识你们……”说罢，便背过身坐下。此刻，他的鼻子歪了，歪得很厉害。
靳云鹏还想再解释一下，但终于还是收敛了。只说：“总办你误解翼青了。以后你会看明白的。”靳云鹏退出去了。然而，靳云鹏脱离皖系的决心也更大了——请假不理事了。
钱能训也因种种关系不能协调，辞去总理职务了。
徐世昌惧段，结果让皖系骨干，财政总长龚心湛代理国务总理。龚心湛以总理名义调徐树铮到国务院“协助处理公务”。
段祺瑞这样做了之后，觉得自己还是主宰者，皖系还是有权的一派，而那个靳云鹏的陆军部总长也不一定站住脚。段祺瑞想错了。靳云鹏不仅不想下台，反而朝更远的方向走去，他积极和直、奉两系联合，给徐世昌施压力，徐世昌以大总统名义提出由靳云鹏组阁来代替龚心湛内阁。由此，一场拼搏战，已迫在眉睫。
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