§§§第一节 黄河两岸反清之火燎原
清军人关后的社会矛盾清军入关使国内社会矛盾复杂尖锐起来。在复杂的矛盾中，阶级矛盾和民族矛盾之间主次关系的变化，决定着全国政治、军事形势的基本格局和阶级动向的不同趋势。清入关后的一段时间里，民族征服和压迫的威胁虽然开始突出，但阶级斗争仍处于主要的支配地位。农民军面临的强敌，不只是满洲贵族，而是满汉地主阶级的联合武装。清朝统抬者占领北京后，起初并没有明确的统一全国的计划，他们甚至说过“何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳”。多尔衮进一步拉拢汉族官僚地全阶级，宣称“义兵之来，为不等复君父仇，所谋者惟‘闯贼’”，“官来归者，复其官”。于是，在“复君父仇”这个冠冕堂皇的名义下，大批明朝的官僚包括曾向农民低头认罪的，纷纷调转头来，对满清贵族奴颜卑膝，将清军视为“仁义之师”。多尔衮趁机宣布：“今本朝定鼎燕京，天下罹难军民，皆吾赤子。”同时，清廷采取了一系列措施，例如为崇祯帝服丧，各衙门官员照旧录用，朱姓各王归顺不夺其王爵，自发归顺者，地方官各升一级等等，以此来调整满汉地主统治阶级之间的关系，扩大清朝统治的基础，集中力量镇压农民军。因此，李自成不是牺牲于满洲贵族的屠刀之下，而是被害于丧心疯狂的地主乡兵之手。张献忠在四川建立的大西政权，始终为汉族官僚、地主、乡绅所敌视，四川各处地主集团气焰嚣张，声称要“遂强寇，扫秽氛，报先帝（崇祯帝）之仇”。对在南京叹气的南明福王政权，清廷暂且与之遣使往来，劝其以“讨贼”为急务。清入关后的上述措施，都不过是一种姿态，一种斗争的策略，是服从于镇压和消灭农民起义军，是决定于社会的主要矛盾的。
清军进关镇压农民起义是在“吊民伐罪”，“为崇祯帝复仇”的旗号下进行的，自然使极度仇视农民起义的汉族地主阶级趋之若鹜。等到农民起义大军受到重创、清朝在北京的统治逐步稳定以后，清军开始南下并进行疯狂的民族征服时，就不能不遭到汉族各阶层的强烈反对，清王朝对农民军的血腥镇压，它在进军途中野蛮的烧杀劫掠，它在入关后不久所采取的一系列高压政策，使得满族贵族与广大汉族农民处于严重的冲突之中，也使满汉地主阶级处于矛盾之中，因此，随着清军的南下，国内的民族矛盾特别是满汉之间的矛盾迅速上升。清军在南下过程中对汉族人民的滥施屠戳并不是个别的现象，演出了一幕幕“扬州十日”、“嘉定屠城”等惨绝人寰的大悲剧。豫亲王多铎占领南京后，明朝生员戴君恩就抗议曰：“闯贼破我北京，若称为我报仇，贼未尝破南京，若来何为？我昔仇闯，今仇若矣。若谓天下无能复仇者耶？”
清廷在确立征服全国的野心之后，政策上也相应地发生了一系列变化。多尔衮等满洲贵族在占领西安和南京后，自以为兵强马壮，取天下易如反掌，征服者的凶残嘴脸立即暴露无遗。在他们看来，无论是农民军还是南方汉族地主政权都不堪一击，江南可以传檄而定了。南方各地农民军和地主阶级政权彼此间蕴积了10余年的仇恨，进行了10余年的战争，但在清军进一步南下时，双方都感受到有一种强大的威胁，它们被迫互相靠拢，从此开始了农民军联合南明诸政权共同抗清的新时期。抗清联合阵营的形成是国内民族矛盾上升，汉族地主阶级分化出抗清派的结果，继大顺军联明抗清之后，又出现了大西军的联明抗清。不可否认，小部分农民军将领在联明抗清之后，在地主阶级影响下滋长了忠君思想，甚至在某种程度上卷入了南明统治集团内部的派系斗争，但这种情况毕竟是有限的。就实质而言，农民军在抗清联合阵营中始终起着主导的作用，正是他们支撑并推动了南明朝廷的抗清斗争，在抗清联合阵营中，与其说是农民军禀承朝廷的旨意行动，不如说是南明朝廷看农民军的脸色行事。农民军在抗清联合阵营中保持了自己相对的独立性，这是不容抹煞的事实。清军入关后，进行的是一场野蛮的掠夺战争，对中国社会的经济、文化造成了很大破坏，汉族地主阶级及其知识分子的抗清是从本阶级的利益出发，但他们与农民军一样，都是抗清力量的组成部分。只有在广大下层人民反对民族压迫的高潮中，才会出现象史可法、钱肃乐、张名振、张煌言、黄道周、何腾蛟、堵胤锡、瞿式耜、郑成功等比较英勇坚定的人物，他们是一批具有民族气节或本身利益受到威胁的坚定抗清的汉族地主阶级代表人物，在17世纪中期广阔的中华大地上，自北向南，从东到西，几乎到处都燃烧着反对满洲贵族残暴统治的烈火，斗争的时间长达20年之久，应当说这是满洲贵族竭力推行民族征服和民族压迫政策所带来的直接结果。
全国各地汹涌澎湃的抗清斗争使满洲贵族认识到汉族人民中蕴藏着的雄伟力量，迫使清朝统治者采取一些缓和民族矛盾，调整阶级关系及恢复生产的措施。清朝统治者还竭力拉拢汉族地主阶级以分化抗清阵线。这样，经过一系列的调整和改革，清王朝得以渡过全国此起彼伏的抗清斗争的高潮，逐个地击破了分散的抗清力量。这样，经过清初20多年触及社会方面的大动荡，中国终于建立起大清帝国的统一政权。从军事上讲，满洲贵族取得了胜利，而在社会生活的各个方面，比较落后的满族却逐渐被先进的汉民族文化所征服。满汉民族差异日趋缩小，民族矛盾日趋缓和。大致说来，在康熙帝当政的前期就基本上完成了满汉统治阶级的合流，民族矛盾不再成为社会的主要矛盾。
清军入关使国内社会矛盾复杂尖锐起来，清朝统治者打出了“吊民伐罪”兴天断绝的旗号，努力争取汉族地主阶级合作，把进攻的矛头集中于李自成的农民军。清军初入关时曾以“义师自命”，以“勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍”相号召，宣布“若动人一株草，一颗粒，定以军法处死”，借以换取汉族地主的支持，麻痹和涣散南明王朝的抗清意识，减少进军的阻力。但当清统治者占领了黄河流域的广大地区以后，自以为兵强马壮，取天下易如反掌，征服者凶恶本性立刻暴露无遗。因此，到了顾治二年（1645年）前后，黄河南北，大江两岸，抗清斗争形势迅速高涨，全国形势已经发生了重大变化：清军几乎控制了整个华北和中原地区，前锋已推进到四川、湖北、江西、江苏沿长江一线，吴三桂等地主武装由不足百万，增加到200万，民族征服的危险更突出了。因此，在京畿（北京周围）、天津、山东、苏甫，都连绵不断地爆发了轰轰烈烈的抗清斗争。
京畿一带的抗清斗争清军进入北京后，由于强行“薙发”、“圈地”，掠人为奴仆，京畿一带人民群起反抗。由李自成大顺农民军点燃起来的抗清烽火，首先在北方地区蔓延开来。
三河县的农民首先发难，接着北京的昌平，海子江门和天津一带农民，持刀枪而起，大有围困北京之势，使“京师采煤西山……两月不至”，直接威胁“辇毂近地”的安全。霸州起义，人民“白昼成群”，出没于丛林中，到处袭击清军。河北保定、真定、霸州等地农民武装，直接配合李自成农民作战，牵制清军兵力，出现“国初以来有积寇盘踞险要，赋税不供，招纳亡命……吏不敢问”的局面。大名、内黄一带农民，占据内黄县城，积极协同刘体纯率领的农民作战，“各称总督、大元帅，并联山东、河南，‘贼寇’势将燎原”。
顺治元年以来，天津沿海一带的贫苦农民和渔民，多次举行反清起义，斗争一浪高过一浪。最先是活动于天津沧（县）、静（海）、南（皮）、盐（山）一带的农民渔民起义军，以李联芳和张成轩等为领袖，坚持抗击清军的进剿，李、张失败之后，顺治五年（1648年）又有杨四海的抗清活动，他自称是明熹宗的太子；同时，在三河的女英雄张氏则自称是熹宗的皇后，率众反清。三月，起义军攻占了庆云县城（今县北），并多次击溃清军的围攻。起义军将士愈战愈勇，七月，进攻静海，八月又袭击津东，致使清军顾此失彼，穷于应付。到顺治六年（1649年），清廷派重兵由英亲王阿济格及吴喇禅统帅，满、汉大军进行水陆“会剿”，起义军被重创，死伤惨重，起义失败。
顺治二年，宣传、大同等地农民义军蜂起，统治者惊呼。“但见满山遍野，俱是‘贼兵’，多持枪刀弓矢，其中又拿椽标者。妇女，腰系红裙，亦各持椽木双刀，飞舞跳跃，各各前来。……我兵对敌，从辰至未，……不能敌众，遂收兵回城”。此外，在河北的绕阳、交河、曲阳、保定、定兴、南宫、平山、承德等地，农民相继自发抗清，攻打县城。怀来县农民，“乘闯‘贼’肆乱已后，负隅啸聚，西‘劫’蔚州，北攻怀来，攻斋塘、杀守备、破马水口，‘抢’保安州，屡败官军，势大炽”。可见，河北及“京畿”要地一带的农民抗清斗争，有力地打击了清军，使清统治者“惶惶靡有宁宇”。
山东各地的抗清斗争山东的农民起义早在明末就已经蓬勃发展起来。1644年8、9月间大顺军西撤以后，闯王的旗帜仍招展于山东各地兖、沂、邹、膝一带的农民军，转入了截击和阻止清军南下的斗争之中，抗清斗争如火如荼。
著名的如满家洞农民军，在嘉祥农民宫文彩率领下占领满家洞（山东嘉祥县境，地连嘉祥、济宁、金乡、巨野四县界）山区为根据地，“聚集数万”，“界连四县，穴有干余，周回二三百里”。农民军尊奉大顺军永昌年号，宫文彩自号“擎天大王”，与附近各地的农民军领袖冲天大王李文盛，扫地大王宋二烟，混世大王杨洪升等联合抗清。满家洞山地绵延，形势险要，多天然洞穴，易守难攻，是农民军绝妙的根据地。他们“建营立寨”，“攻城掠地”，杀官拒捕，附近州县人民相继归附，一呼百应。“五兵火器，件件俱全”，“旗帜上大书闯‘贼’年号”。清廷多次派兵搜捕，进山围剿，都被农民军击败。为此山东巡抚方大猷向清廷献计“招抚”，但被拒绝，清廷已对这支农民军恨之入骨。总兵杨方兴施用了残酷的镇压，对附近村镇人畜、财物洗尽杀绝，以断农民军粮草。农民军坚持斗争，直到顺治二年正月，清廷派肃亲主豪格率满洲军队前往剿灭，清军采用了压缩包围、重兵围困的办法，并绝其水道，将大小250多个洞口都用土石堵塞，一直围困了5个月。农民军宁死不屈，全部壮烈牺牲。
山东邹、滕一带农民有数10支之多。著名的有滕峄农民军，团结其它农民队伍，以苍山、花盘山、抱犊岗一带为抗清基地，与清军坚持战斗达八九年之久。
鲁东地区的农民于1644年秋在青州杀死清朝的招抚吏，举行抗清起义。登、菜、青三府农民群起响应，“结聚数万，延蔓东海”。有的自称威振山东提调总镇，有的称总兵大元帅等，声势浩大。清命山东侍郎王鳘永进兵青山（山东益都），攻击胶东一带的抗清武装。李自成旧部裨将赵应元，佯称受抚，率农民军从长山周村偷袭进兵青州的王鳘永，举起反清义旗，招兵聚众，编训军队，打富济贫，周围百姓群起响应，义军发展到数千人，并攻占了索镇（山东桓台）、乐安（山东益都县北）等地。清山东抚、镇诸将束手无策。赵应元自顺治元年九月起义入据青州，相持到十月以后，清廷纠集力量，派和托会同山东巡抚陈锦、总兵柯永盛，都统李率泰等围剿。和托又以招抚慰劳等欺骗手段，诱使赵应元出青州城，结果赵应元被清军俘获而牺牲，起义被清军镇压。
高密的张舆也聚众响应赵应元起义，自称总兵大元帅，但赵应元牺牲后，张舆部因势单力弱，寡不敌众，于十一月间被清军胶州永总柯永盛率兵击败，张舆牺牲。
在顺治元年秋，青州还有以秦尚行、葛东方等领导的数万农民反清起义，活动于昌乐、寿兴等地。这支起义军响应赵应元起义，准备联络占据登州的明朝旧将杨威共同抗清，反清复明，建立帝号。起义军深得人心，势力逐渐扩展到东部海滨各县。秦尚行等领袖将部众编为总镇，协镇各营，于九月分兵三路进攻昌乐。一路直攻昌乐县城，一路列阵城南以阻截清军的援兵，叶路北渡潍河断绝清军骑兵退路。起义军各路按照作战计划，顺利攻占昌乐。但由于清军援兵不断，城内的义军只好退出城外继续抵抗，战斗到十二月，由于内部少数人的动摇叛降致使起义失败，秦尚行等被俘牺牲。
在鲁西曹州一带的榆园农民军起义影响最大。据顺治元年八月山东巡抚方大猷报：“土寇马应试，自（祟祯）十三年作贼，聚众万余，迄今五载，……”榆园农民军原是反明朝腐朽统治的起义队伍，清军打入北京，榆园军转入抗清斗争。1645年李自成牺牲之后，榆园军执行了团结其它阶层抗清力量共同对敌的正确政策，“数日之内，袭陷四城，聚众至数10万”。在山东、河北、河南三省交界处，形成抗清的中心力量，榆园军的领袖人物有任七、张七、李化鲸、马应试、范慎行（范次吾）等，他们率领起义者占领了榆园丛林地带作为根据地，筑营寨、掘地道、设官分职、编组军队，并拥有洋枪洋炮等精良武器。起义军广招流散，为民除害，同时又联络了一批反清的知名知识分子作为谋士，从而提高了榆园军的声威。成为清初农民起义中较为有组织、有纪律的农民武装。榆园军以濮州、范县为根据地，活动于朝城、观城、郓城、城武等县，“凡数百里”，众“号百万”。当南明福王政权被清廷剿灭之后，榆园军就独自担负起在江北一带的抗清重任，与清军周旋。清顺治二年，榆园军在李化鲸等人领导下先后攻占了曹州（山东荷泽）、僕州（范县西南）、定陶、城武（成武）、旧城，拥立明忠义王建都曹州称帝，改元天正，并且“设官置将”，“聚众至数10万”。之后，连克巨野，东明等地，清廷朝野震动，调集河北、山东两省的军队前往围剿，把曹州城包围达两个月之久，却久攻不下。顾治四年，榆园军又西破南乐，开州（河北漠阳），与河南农民军取得联系，分兵南进归德（河南商丘），北攻大名，大有进取北京之势，榆园军“结连北直、河南”等地义军，攻城占地，“势如鼎沸”。清王朝统治者又惊又怕，招抚不成，攻战不克，决计采用残酷的镇压手段。顺治五年八月，在攻打兰阳县（河南兰考）战役中，农民军被清兵“焚毁‘贼’楼，杀死2000有余，烧死男妇2000有余”。榆园军范次吾部在东明县黄堌集被清兵包围，经过两天两夜的拚杀，农民军被杀死、烧死1000余名。清军在围攻曹州的两个月当中，各营“得获马骡、器械，留营应用，牛驴赏给伤亡及有功官兵；妇女……并应赏给官兵，以示鼓励”。面对清军的暴行和杀戳，榆园军更加顽强，斗争更加坚决。1649年（顺治六年），清朝派张存仁为直、鲁、豫三省总督，镇压榆园农民起义军。但张存仁的部队屡吃败仗，无计可施，采用了归德大官僚地主侯方域的“五剿五抚议”，的毒辣诡计。侯方域的五剿议是：逼巢穴，绝径路，困粮食，鼓敌仇，散党援；其五抚议是：固根本，昭激劝，简精锐，信号全，责屯种。张存仁派徐州总兵张胆调查榆园地理情况，采用了火焚丛林、决黄河水灌地道等狠毒手段，并派重兵将榆园四周团团围困，农民军的根据地遭到严重破坏，大部分农民起义领袖及将士献出了生命。到1655年（顺治十二年），清军终于镇压了榆园起义军，持续了20年之久的斗争失败了。
与榆园农民抗清的同时，鲁西南还活跃着大小数10股、各有数千人的农民起义队伍，其中以王俊（一说名为王肖武，或王小吾）所领导的一支农民军力量最强。他们占据苍山（山东郯城县北）、花盘山（峄县北）、抱犊岗（临沂县西南）为根据地，与榆园军配合，与大名（河北今县）以苏自兴、邓名扬为首的农民军共同抗清“一日数战”。王俊自称九山王，内黄（河南今县）农民军领袖王鼎铉则自称总督大元帅，彼此相互呼应，“势将燎原”。王俊领导的农民军坚持抗清直到顺治八年（1651年），才被清三省总督张存仁率军围困在苍山，起义最后失败。
1646年（清顺治三年），高苑县（山东高青东南）发生了谢迁起义。他于顺治三年十一月聚集农民数千人并联络附近山区农民军起义抗清，经过奋力拚杀，袭占了高苑县城。次年秋天，谢迁又联络淄州（山东淄博市南）起义首领丁可峰，共同攻占了淄川县城，将带头剃发降清的大明进士一一杀死以泄民愤，但对具有民族气节的士族蒲松龄居住的村庄，则加以保护。起义军爱憎分明的做法受到当地群众的支持。这支义军在高苑、淄州、德平（山东商河县北）、临巴等县与清军周旋。到顺治四年，清军发起猛攻企图占领高苑。谢迁率众守城，清军在城外筑壕围攻达两个月之久，终于挖通了地道，用火药炸毁了城墙。高苑城被清军占领后，起义军退守淄川，清军穷追猛攻，用大炮、火药再破淄川城。起义失败。
就在顺治四年冬（1647年），在兖州（山东今县）一带暴发了由丁维岳、张尧中领导的农民起义，响应者数千人。十月，起义军围攻张秋镇（山东阳谷县东），城内的百姓主动配合起义军，在城内与清军进行战斗，从而使张秋镇里的清军陷入腹背受敌的困境。黄昏时分激战正酣，由于清军大批援军的来到，使城内的清军气焰嚣张，反而割断了起义军在城内外的互相联系。关键时刻，城外的起义军首领丁维岳又中箭负伤，无奈率部撤退，致使围攻张秋镇的战斗一无所获。十二月，起义军在郓城附近的王象海子整顿时，遭到清将沙尔虎达率满洲八旗兵的突然围攻，起义军被迫应战，但因陷入重围而难以摆脱。结果，清军攻占了王象海子，起义军首领战死，余众溃散，起义失败。
山东人民的抗清斗争连绵不断，顺治五年（1648年），山东栖霞人于七聚众于锯齿山（山东栖霞东南），联合周围各地起义军进行抗清斗争。在顺治七年（1650年）起义军攻占了宁海（山东牟平），一时声威大震。清廷采用了两手政策，阴谋“令其贼自效”，乃授于七为栖霞把总，以引诱、瓦解起义军。但于七不为所动，仍率众在登州、菜州地区继续反清。清廷见诱降不成，乃于顺治十八年（1661年）春，派兵前往围剿、镇压。于七闻讯，镇定自若，联合附近的各路起义军首领商讨对敌计划。然后，于七和昆仑山（牟平东南）的张振冈、鳌山（即墨东）的段忠渍、招虎山的徐海门等率领的农民起义队伍，先发制人，先后围攻福山、文登、宁海、大嵩卫（莱阳东南）等处，清军顾此失彼，疲于奔命，屡遭失败，被各路起义军打得焦头烂额。清军纠集力量，于十二月重点围攻于七的根据地锯齿山。于七率起义军不屈不挠，与清军坚持战斗两个多月，被迫撤出锯齿山，率余众入海。此后，农民军余部占据了蓬莱、宁海的沿海岛屿，神出鬼没，声东击西，仍顽强地与清军进行战斗。
清初山东各地的抗清斗争此起彼伏，连绵不断，既反映出山东的人民不屈不挠的反抗精神，又牵制了清政府的部分兵力，配合了其它地区的抗清斗争。
北方其它地区的抗清斗争1644年（顺治元年），清军追击李自成的大顺军进入山西后，遭到各地农民的顽强抗击。农民军纷纷占山结寨，与清军周旋。1648年，清驻大同总兵姜壤也起兵反清。到了第二年，各地义军相互配合，攻城略掠，直逼太原。清朝山西当局惊惶失措，哀号“省城孤悬一土”，“呼吸危亡，朝暮难保存”。
山西朔州（山西朔县）教民张四、李二、邢四、蔡羽、李一梅等人，假借“皇天清净善友会”之名，四处联络群众，名为持斋事佛，暗中组织反清起义。顺治二年（1645年）三月，教民们举行了抗清义旗，迅速占领了朔州蒋家峪作为根据地，清军派军前来镇压，参加反清起义的男女老幼纷纷行动起来，拿起木棍、刀枪、弓矢等，奋力反抗清朝地方官军的进攻，并多次击退了来自朔州镇兵的围剿。清军对起义者采取了残酷的镇压手段，烧杀抢掠无所不作，更激起了起义群众的反抗，清军遭到起义军的顽强反击，伤亡很大。清廷被迫征调山西、陕西两省的军队前采围剿，起义军坚守蒋家峪，寸土不让。终因寡不敌众，起义军首领均战败被俘，壮烈牺牲，致使起义失败。
在晋西吕粱山区，自明末以来就有农民起义军不断地举行起义反抗暴政。清军入关之后，这一带的起义军占据吕梁山区作为根据地，又转入了抗清斗争。到顺治五年（1648年）秋天，吕梁农民军在领袖王显明等领导下，对清军发起了频繁攻势，经过短短1年的苦战，起义军连克山西省50多个县，声威大振。清山西巡抚祝世昌无计可施，只得向摄政王多尔衮告急。多尔衮亲率满洲八旗精兵驻屯于浑源县的寇家寨，同时令阿济格率军北上围攻大同，令博洛南下援救太原。
清军由博洛统领的救援部队由百羊口（代县北70里）火速抵达代州，正值农民万余人围攻代州的关键之时。在刘迁的指挥下，农民军奋勇杀敌，已经攻破了代州城的东关，但由于博洛的援军已到，起义军来不及向代州城内深入，只好匆忙撤退。博洛率清军随后紧迫，双方在平城（代县东40里）发生了激战，农民军伤亡惨重，死伤数以万计，战将郎枋战死沙场，刘迁只好率余部退入黄香寨（繁峙县东南100余里，五台山华严岭东北50里），继续与清军周旋。另一部分义军则由高鼎、刘永忠率领，进入了五台山区以求发展。
博洛带领清军从代州向忻口（山西忻县北）进逼，忻口、静乐等地的起义军在李茂兰和杨奉山的率领下，在滹沱河东、西两岸的山区与清军对峙，农民军还修筑了营垒。博洛率军绕至鲜沟铺以北，渡过滹沱河，强攻东岸山区农民军的营地，农民军防不胜防，战退弃营而走。占据滹沱河两岸山地的农民军，在首领李茂兰的带领下，放弃忻口翻过西山退往宁化（静乐县北80里）。另一起义军在王显明等率领下，早在四月已经进入了晋祠（太原以南，清除县以北），并集中力量进攻太原县（今太原南），使省城太原告急。清廷急令博洛率部驰援，结果清军行至太原古城南（晋祠北10里）遭到了姜健雄所率农民军的伏击，清军的前锋数千人转眼之间就被农民军杀得人仰马翻，死伤无数。由于清军援军赶到，起义军退守晋祠，博洛兵分两路，以主力围攻晋祠，另抽出千余人在白云山下设伏，以防农民军撤退，双方相持数日，晋祠的起义军越战越勇。清军挖通了地道，试图以火药炸城，却不料火药突然爆炸，挖地道的数百名清兵顿时炸得血肉横飞。由于城墙被炸塌，清军随时都有可能涌城而入，农民军只好放弃晋祠，翻过西山而撤，却不料在白云山下遭清军伏击。清军围追堵截，致使起义军死伤万余人，农民军领袖龙玉、王显明等战死，起义军受到毁灭性打击，余部由钟明节等率领转入山区以求生存和发展。
由于山西一带的农民起义甚为活跃，清世祖调集陕西与山西清军合击各地的农民军，四月，吕梁农民在领袖虞印、张五等率领下一举攻占了晋县县城。八月，清山、陕总督孟乔芳率陕军东渡黄河向占据晋县的农民军发起进攻，由于清军人多势众且火力强大，农民军弃城而退。其中的一部在退至晋县东10里的泛狐村后，尚未安营扎寨，即遭到清军的突然袭击，农民军仓促应战，结果有800余人牺牲。
博洛见山西各地农民起义已转入低潮，便上书清廷请求发兵，一举攻克被农民占有的各州县。于是清廷准奏，并下令满达海从朔州移师汾州与英亲王部合兵攻占汾州。清廷派重兵连续进攻农民所占据的地区，直到1653年（清顺治十年），清廷的宣府总兵刚阿泰击败了高鼎所率的农民军之后，山西各府才陆续被清占有，而吕梁山区，由于山寨绵延至百里，仍是各路绿林英雄大显身手的好地方，直至康熙初年，农民起义时有发生，清廷一直无可奈何。
1671年（清康熙十年），吕梁山区的农民军势力又有所发展，清廷因山区地形复杂，不明虚实，不敢纵兵深入，于是采用了剿抚兼施、经济封锁和欺骗分化的伎俩。然而山区的各路起义军筑寨自卫，生活自给，抗清决心坚定。交城县令赵吉士为了讨好清军，一边加紧训练地方上的乡兵，一边派奸细混进山区，蛊惑人心，扬言清军只逮捕造反起事的数10个首领，这些奸细们还摸清了农民军的防御设施。结果，被清军紧紧围困在山区这里的起义军内部出现了一些混乱，人心惶惶。清军于康熙七年冬首先袭击了周洪山寨农民军李宗盛的队伍，各路农民军闻讯后更加慌乱。交城县令赵吉士见时机成熟，会同清守备姚顺率官军1000多人，分兵两路，一路进入独石河，一路直攻烂团山。烂团山告急，各路起义军冒冰雪严寒前往救援，永宁、静乐、临县等地的起义军分别在其首领冯养成、郭三法、张二等的带领下，与坚守烂团山寨的由钟斗领导的农民军共同抗击清军，经过激烈的战斗，终因众寡悬殊，起义军被迫放弃烂团山寨，向西南谷积山方向突围。清军则疯狂追击，在谷积山下，起义军与清军战成一团，由于矢弹皆尽，起义军边战边向山上撤退，以占领山头。但清军大军压境并控制了各山头，农民无处藏身，经过浴血奋战，任亮等起义军领袖和绝大部分起义军战士壮烈牺牲，另一重要将领付青山则被俘，宁死不屈。吕梁山区各地的起义军坚持抗清达28年之久，最后终于失败。山区的各峒寨先后被清军攻占。
顺治二年，徐州（今江苏）任应乾聚众反清，起义军占据山险并与附近山东，河南等地的农民起义相配合，一致抗清。农民军占据了徐州附近的驹嘴、天门寺、黄藏峪、白工洞等有利地形，凭地利人和频繁地杀官绅，劫土豪，农民军每股仅数百人但却英勇无畏，多次打击了清朝的军队。后因各股间独自作战，被清总兵王之纲、苏见乐各个击破，致使各股起义军将士或杀或俘，起义失败。
在徐州，清顺治三年（1646年）又发生了吴任之领导的反清起义。吴任之利用当地乡民的封建迷信思想，号召乡民反清。并且与虞山农民军首领张万紫联络，利用砀山知事作佛事的机会，号召群众夺占了砀山县城，并且俘获了典史江应元，起义者没收官库物资，开仓放粮，附近百姓欢喜不尽，清廷在徐州的地方统治受到了很大的打击。后由于起义者的麻痹，疏于戒备，被清军和当地的乡绅里外夹击，砀山失守，起义军战败四散而逃，吴任之也逃跑了，起义失败。
在甘肃，1648年（清顺治四年）爆发了由米喇印、丁国宝等领导的回民起义。清军在陕、甘地区击败李自成的反清武装之后，明朝旧臣和西北边疆各族仍继续反清。甘州（甘肃张掖）副将、回民米喇印，趁清军大部入川进剿的机会，联合回民丁国宝等，聚众起义，起义者迅速增至10余万人。回民义军杀死清朝巡抚张文衡等大批官吏，使满清朝野震惊。回民们又拥立原明延长王朱识錝，以“反清复明”相号召。丁国宝串一部分义军守甘州，并东进攻克附近的地区，杀官劫府打击清军。起义军一鼓作气，连克凉州（甘肃武威）、兰州、狄道（甘肃临洮）、巩昌（甘肃陇西）、岷州（甘肃岷县）、渭源、通渭、洮州（甘肃临潭）等10余个州县。清廷在震惊之余，下令镇压。清陕西总督孟乔芳奉令调集陕、甘清军前往围剿，但遭到起义军的反击。清廷又调满州八旗兵及外蒙古军集中于秦州（甘肃天水），然后重点进攻起义军活跃的地区。米喇印的义军不敌清军的强攻，退守靖远，但在水泉堡（甘肃靖远东），义军又与清军遭遇，激战的结果，米喇印战败，被俘牺牲，这一支回民部队因此而溃散瓦解。八月，清军又集重兵围攻甘州，与此同时，在狄道又兴起一支以“闯榻天”为领袖的回民义军，清军防不胜防。为了保卫甘州，以丁国宝和黑承印为首的回民武装在甘州城内与清军对峙了半年之久（自顺治五年八月至六年正月）。清军一面攻城，一面诱降。然而城内义军宁死不屈，清军无计可施，清军恼羞成怒，下令疯狂进攻。战斗激烈时一日攻达10余次之多，清军和义军伤亡都很大。最后，城内守军因孤立无援，人力、物力损失太大．被迫放弃甘州，退至肃州（甘肃酒泉）。在肃州，义军与当地维吾尔族群众联合抗清，并积极响应山西大同姜壤的反清之变，反清斗争又趋高涨。到顺治六年（1649年）十一月，肃州城终于被清军攻占，丁国宝等起义军将领战败，被俘栖牲。不久，狄道的义军也被清军残酷镇压。这样，关、陇一带轰轰烈烈的抗清起义宣告失败。
清军进剿西安后，陕西各地农民军受到了血醒的镇压，因为这里是明末农民起义的发源地，是清廷重点围剿之地。但西安人民以及西安周围山寨农民奋起抗清，以后又有陕南农民军团结明朝旧将在五郎山起事，并配合其它义军，围攻西安长达7个月之久。
总之，在李自成大顺农民政权反清斗争的影响和推动下，河北、河南、山东、山西、陕西等北方各省的农民纷纷举起抗清义旗。各省的农民起义此起彼伏，虽然各自为战，没有统一的指挥和协调，并且均以失败告终，但这种抗清斗争发生手清军入关后不久，破坏了清朝统治的稳固性，给清军以沉重的打击，阻止和拖延了清军的南下，从而有利地配合了南方各族人民的抗清斗争。因此北方各地的农民起义是抗清斗争的先锋和主力军。
§§§第二节 大江南北抗清斗争正酣
清军入关，在一年多的时间里打败了李自成的农民政权，又摧毁了南明弘光政权，清军的势力迅速席卷了半个中国。作为新崛起的军事力量，清王朝在短短的时间内取得了令人心惊目眩的胜利，但是，它对农民军的血腥镇压，它在南下胜利进军过程中野蛮的烧杀抢掠，以及由于民族之间的隔阂和社会制度的差距，它入关后采取的一系列高压政策，使得满族贵族与广大汉族农民处于严重的冲突之中。国内的民族矛盾，特别是满汉间的矛盾迅速上升。南方的农民抗清义军和地主阶级政权在清军步步推进的压力之下，由互相仇视和战争转为互相靠拢，并开始了一定程度上的合作，共同抗清，随着清军的进攻矛头指向浙、赣、闽、粤东南地区，民族矛盾日益激化，人民群众和许多地主士大夫纷纷卷入了抗清斗争的洪流。抗清斗争中，既有下层农民和市民对清军残酷暴行的自发反抗，也有汉族士大夫为恢复明朝统治的狭隘的图谋。他们有的持城固守，抗拒强敌，有的结寨深山，自保家园；有的困守海岛，矢志不屈，弘光王朝土崩瓦解之日，正是江南抗清武装风起云涌之时。
江南一带，在清军南下之前，就有反抗地主阶级压迫的农民革命组织，如溧阳藩茂、藩珍领导的削鼻、珐琅诸党。清军南下以后，这些农民组织团结广大贫苦农民，同仇敌慨，开展抗清斗争。仅溧阳一地，其力量发展“遂至十六区”。徐州的农民队伍，曾一度占据徐州西部，阻止清军南下。针对清军的野蛮镇压和灭绝人性的大肆屠杀，江南及东南沿海地区的人民群众奋起反抗，宁死不屈。
清军兵临南京后，腐败的南明官军不战而溃，但南京周围的地区，如金牛、六塘、陶村、聂村、邓村等地农民，“借练乡兵为名”，奋起与清军作战。
1646年8、9月间，溧阳、金坛、兴化等县农民军2万人，曾配合明宗室举兵进攻南京，兵抵神策门。抗清力量在江南的迅速兴起和发展，并且敢于攻打大城市，大出清统治者意料之外，农民军不畏强敌，以后又多次袭击南京，使清统治者坐卧不安。
太湖渔民起义太湖地区的广大贫苦农民、渔民、在赤脚张三的领导下，以淀山、长白荡、澄湖为基地，组成抗清义军，他们“虏富家子置山寨，勒千金取赎”以充军饷，对广大贫苦百姓则“仍分子交易”，“故众多归之”。太湖的农民和渔民的抗清斗争威胁了清朝在苏（州）、松（江）一带的统治，鼓舞了当地各阶层人民。1645年7月，太湖的农民和渔军联军参加了吴江进士吴日生等发动的抗清起义。起义战士一律用白布裹头，称“白头军”。“白头军”以农民和渔民为主力，攻打吴江，占据宜兴作为根据地，袭击横山、木凟等镇（江苏吴县境），活跃在太湖地区。清廷几次派兵前往围剿，都被起义军击败，清廷被这支神出鬼没的义军牵着鼻子转。清贝勒八王爷亲自督战，率兵到太湖“征剿”，结果遭到起义军的伏击，竟被赤手空拳的起义军用石头打死，起义军主动攻打清军，从而牵制了一部分清军兵力。白头军还曾挥师东破浙江的海盐，回攻嘉善，声震江南。因为白头军严刑镇压官吏富坤，打富济贫，远近百姓争相归附，白头军借长江等河流的地理、特点，与清军周旋于太湖地区的港口湖汉，出没无常，坚持抗清10余年。只是由于起义军内部成份日益复杂，1647年7月以后清军进攻连连得手，起义军力量有所削弱，吴日生被杀。白头军在赤脚张三的带领下继续抗清，出没于苏、常等地，多次挫败清军。清军对白头军束手无策，因为“湖路埂塞，莫可如何”。从而给吴江吴易等人的抗清斗争树立了榜样，客观上支持了吴易，白头军成为江南抗清的一面旗帜。直到清康熙元年，太湖东山地主朱允恭、韩心康设计宴请张三，乘其酒醉之际，擒获献于清军，赤脚张三英勇牺牲，太湖起义军遂后被清军镇压。
吴江人吴易在顺治二年秋，继赤脚张三起义不久，也在吴江号召人民起义抗清，并迅速组织起一支训练有素、纪律严明的吴江义军，与江阴（江苏今县。）陈明遇、阎应元领导的守城抗清相呼应。平望一战，起义军击败了由清嘉兴总兵李遇春的进犯。起义军还曾在芦苇荡中设伏，突袭并击溃了清提督吴兆胜统领的水陆军的围剿，俘获船只20余艘，与清军在水面上周旋，相持数日。后来，清贝勒博托攻占杭州之后，亲自领兵前往吴江，与吴兆胜军联合进攻起义军，封锁了吴江县城以及水路全部港口矿然后攻破吴江，吴易抗清失败。
同样是在顺治二年，昆山县的百姓怒杀了降清的县丞阎茂才，于七月举行起义。百姓推举当地贡生朱集璜等人为领袖，聚众千余人，立明朝旗帜，号称“其义兵”，并推明旧将王佐才为帅，守城抗清。常熟士民严拭也聚众响应。清军调集了30万之多的大军，兵临昆山县城，以火炮猛轰。城内义军坚持抵抗，清军连向城内发射900余发炮弹，破城而入。义军与清兵展开巷战，结果寡不敌众，起义领袖数10人及全部抗清义军壮烈牺牲，城内百姓也惨遭杀害。不久常熟也被清军攻克。
吴江的吴易起义被清军镇压之后，吴易的部将钱应魁（一名钱大）回松江原籍，招集旧部，领导乡民继续抗清。起义军以泖湖（松江县西）为根据地，东与海上义军祁国始联络，南与浙、闽的南明鲁王、唐王政权的反清斗争相配合，再加上泖湖十带水道曲折、千汊万港、湖海交连的优越地理位置，起义军力量迅速壮大，组成了水、陆部队，劫夺清官兵的钱粮以充军用，自备了弓箭器械，后来又接受了南明桂王永历帝的招抚，钱应魁为平南将军。起义军有大小船只300余，活动在江、浙一带，成为清军的劲敌。清巡抚张中元、水师游击杨芳的部队先后被起义击败。起义军在泖湖发展10余年，给清军很大打击。直到清顺治十五年（1658年）二月，清江南总督郎廷佐调重兵，分九路包围、打击起义，经过血战，钱应魁被俘牺牲，将领大部分伤亡，起义失败。
顺治四年（1647年），盐城和淮安等地暴发了以周元山、张华山等为首的盐民起义。他们不堪忍受清廷对盐民的盘剥，召集了淮安、盐城一带的盐民数千人，起义反清。盐民们拥立明益王朱，奉南明唐王朱聿键的隆武年号，用以号召盐民和贫苦百姓。起义军首先选中了淮安，于夜间突袭，在给守城的清军以重创之后迅速撤离。九月，起义军又集中兵力进攻滨海要地庙湾（江苏阜宁），经过一个昼夜的激战，起义军击伤清军庙湾游击潘延吉，俘获清将耿嘉乐，占领庙湾作为根据地，并不断打击清军，清廷于十月夜征调徐、扬、凤、泰各州府的驻军，并由江宁增调满、汉军队，集中“会剿”，起义军战败溃散。十二月，益王朱及起义军首领孙盛宇等在如皋被俘，起义失败。
江阴人民抗清起义清军在江南和东南沿海地区节节胜利，连续攻灭了南明的几个小朝廷，兵锋所向，如摧枯拉朽，充分发挥了它的战争机器的效能，显示了在军事上的强大和迅捷。但是，清军每攻取一地，烧杀掳掠，“子女玉帛”，捆载而去，供满族贵族的享受和驱使。东南繁华地区到处是颓垣废墟，变成一片荒凉景象，使生产遭受严重破坏，人民生活更加痛苦。压迫愈深，反抗愈烈，江南和东南沿海地区的人民群众，奋起反抗清军的骚扰侵害，此伏彼起的抗清斗争风起云涌。
清军对江南地区实行军事控制以后，为了实现对全国人民进一步的统治，清政府采取了一系列强制性的措施，企图从制度到生活习俗等方面，清除明朝统治的痕迹和影响。
1645年8月，清廷下令在江南实行“剃发令”，即强迫汉人仿照满人的习惯，剃去前额和四周的头发，在脑后梳辫。在满清统治者看来，剃发是汉人投降归顺的标志。清统治者竟然规定：自布告下达后10日之内。各地人民一律剃发。凡是不剃的，迟疑的，上表章请求保存明朝制度的，一律“杀无赦”。在州县的命令上，更写了“留头不留发，留发不留头”等语。与此同时，清政府还派兵丁巡行街头，武装强迫剃头，稍一反抗，就把头砍下来。
本来，由于清军江南的暴行和一系列民族高压政策的实施，早已激起各地人民的无比愤怒，剃发令的颁布，起着火上浇油的作用，抗清斗争如燎原烈火，在社会各阶层中迅速蔓延。汉族中除一批官僚地主豪绅投诚依附，引导清军加倍压迫和奴役人民以外，广大的农民群众（包括灶丁，渔户），城市市民，商人和小手工业者，以及不少地主和知识分子，纷纷行动起来。他们组织各种形式的抗清义军，坚持“头可断，发决不可剃”，开展大规模的反剃发斗争。它是第一个全国抗清高潮的组成部分，许多城市，如江苏的常州、无锡、宜兴、江阴、常熟、松江、昆山、华亭、吴江、崇明、金山卫、浙江的嘉兴、平湖、嘉善、湖州、绍兴等地，都先后举行抗清起义。
反剃发令最激烈的当属江阴。江阴是当时江南屈指可数的大县，素有“三江之雄镇，五湖之腴膏”美誉，是长江下游自采石以东的第一重要门户。1645年6月，清新知县到达江阴，下令剃发。8月初一，儒生许用德在明伦堂高悬明太祖朱元璋的御容，率领众人一边哭一边拜：“头可断，发不可剃！”四乡百姓奋起响应者达10余万人，并要求江阴典史陈明遇允许他们将兵器库中的火药器械等发放给他们。得到允许后，他们手拿兵器，抓住了守备陈瑞之，并四处捉拿城中的奸细，杀死知县方亨。推徽州商人邵康公为将，邵也招兵买马进行自卫，明都司周瑞龙水军驻扎在江口，同邵康公相约一同出兵，由邵康公从东门进攻，自己从北门水路进剿，同清军相遇而战，没能取胜，清军气焰日炽。各乡的乡兵奋加攻杀，每献清兵一首级，城里赏银4两。清军首先抢掠西城一带，然后移至南关，邵康公前往御敌，没能抵档住。清军又火烧东城，抢劫城外的富户，乡兵奋起抵抗，有兄弟两人杀死清骑将1人，乡兵高瑞被清军所缚，不屈而被处死，周瑞龙见大势已去，乘船而逃。
当时江阴典史阎应元已被升为广东英德县的主薄，因母亲生病而没能成行，正逢国家遭此剧变，携家人侨居于邑东砂山。陈明遇说：“吾智勇不如阎君！此大事，须阎君来。”于是派人星夜奔驰去迎接应元。应元闻之，率家丁40余人入城协同防守。清军围住江阴城，并派人四处焚烧抢劫，乡兵纷纷逃离，没有人再来支援江阴军民，清军集中兵力攻城，而城中的兵员不满1000，户口才1万多户，而且军饷没有出处。
陈明遇和阎应元共同统率防务，指挥守城，命众将士齐心合力，修城池，造火器，储军备，轮流登城防守。城内市民临危不惧，争先恐后地捐钱捐粮，人人抱誓死守，城之志。男人守城，妇女救护，白日御敌，夜间修城。于是，城内的粮食和弹药被迅速集中起来，计有火药300瞿，铝丸铁子近千石，火炮近百门，鸟枪千叙，银两千万缗，粟麦豆等粮食万余石。在生死关头，江阴城内士民不畏强敌，反清热情高涨。陈明遇、阎应元等分别率兵防守各个城门，严阵以待，军民士气高涨。
当时，清军已调集重兵10多万兵临江阴城下，进行疯狂围攻，将江阴孤城围困其中。清军仗着兵强马壮，人多势众，气焰十分嚣张。以闰六月到八月门，清军多次发起猛攻，城内外炮声隆隆，确烟弥漫，喊杀声不绝于耳。然而烟雾散去，江阴城仍傲然挺立，城内军民愈战愈勇。清军的火炮对北门城墙破坏很大，阎应六指挥士兵用铁片裹上门板，甚至将空棺材填上土，用以填补城墙的残破之处。清军派明降将刘良佐带兵猛攻。城内的军民用自制的毒矢、火砖、木铳等御敌。毒矢射人即死，火砖碰人即燃，木铳中存有火药，从高处投掷地下，就会木裂而致火药爆炸，杀伤力较强。这些攻防性的武器都是守城士民发明创造的，清军被打得措手不及，畏缩不前，以致刘良佐所率清军攻城数日而无丝毫突破，清军多人被炸或被烧得焦头烂额。刘良佐吩咐将士用牛皮帐篷作掩护，加紧攻城。但牛皮帐篷经受不住石块的冲击，牛皮洞穿，清军伤亡不断。最后，清兵用九梁八柱架起厚达三层的牛皮帐以抵档巨石，而城上的士民自有妙计，他们将烧滚的桐油对准牛皮帐泼下来，刹时牛皮帐被汤得皱成一团，帐内外的清兵则被烫得哇哇乱叫。刘良佐急得抓耳挠腮，无计可施，而城上的士民则欢呼跳跃，群情振奋。江阴附近的乡兵虽已溃散，但又有农民军闻讯前来参战，“距城五六十里者，日入城打仗，荷戈员粮，弃农不顾……虽死无悔”。清廷恼羞成怒，先后调集多达24万清军前来围攻江阴，与此同时前来援助江阴守城的农民军也多达20万，双方攻守争夺，十分激烈。
清将李成栋派人前往诱降，阎应元在城墙上反唇相讥：“大明有降将军，无降典史。”一句话说得李成栋、刘良佐这些降清明将无言以对。刘良佐硬着头皮劝道：“区区江阴，宁能久守。若要计降清，爵位不在良佐下，请足下三思！”阎应元一阵冷笑，义正辞严：“大明养士三百年，不料出汝等侯伯，毫无廉耻。应元犹有心肝，宁为早死，不为刘生。”说完，一声令下，城内万箭齐发，城下清兵抱头鼠窜，刘良佐吓得拍马而回。
最后，清军从江宁等地调运大炮200余尊，集中轰城，清军借火炮的威力从四面夹攻。江阴城守兵死伤无数，城墙崩塌，但仍巍然不动。清兵目睹此景，胆战心惊，“无不以生还为祝”。清贝勒博洛亲自坐镇指挥清兵攻城，命清兵组成敢死队攀云梯而上，要不惜任何代价夺下江阴。阎应元身先士卒，率千余人与从城墙缺口入城的清兵展开白刃巷战。时值天降暴雨，城墙经连日的大炮轰击之后纷纷倒塌，致使清军蜂涌入城。黑暗中只听刀斧砍杀碰撞的铿锵声，只听炮声昼夜不断，方圆百里为之震动。城内守兵势单力薄，防不胜防，死伤无数，巷内家家都有哭声。阎应元与众人奋力苦战，终因寡不敌众而被清军击败。阎应元身中数箭被清军生擒，他视死如归，挺立不屈，最后英勇就义。陈明遇也是身受重伤而死，他双目圆睁，手握钢刀僵立倚壁，吓得清兵连连后退。
江阴军民坚持守城80多天，先后击毙清三王十八将，杀清兵数万人，打退了清军无数次进攻。终因城内弹尽粮绝而为清军攻破。清统治者下令屠城：“满城杀尽，然后封刀。”清军付出了7万人的代价占领了江阴后，城内外的居民被清军残酷地屠杀，尸积如山，井中处处填满死难者的尸体，据史载城内外男女士民被杀者10余万人。只有53人因躲避于寺庙中，方躲过了这场空前的灾难，成为清军暴行的见证人。
嘉定人民抗清起义清军在江阴的暴行并没有吓倒江南人民，抗清斗争持续不断。在距江阴东南约200多里的嘉定城，也爆发了大规模的反剃发易眼起义。
清军占领南京及杭州后，命明降将没承畴督师南京，统兵10余万，半驻杭州，半驻南京，负责招抚江南，而明降将吴兆胜，李成栋则率军巡防沿江沿海等地，并强迫推行剃发令。
顺治二年（1645年）闰六月，清军在苏州击溃明水师总兵吴志葵的进攻之后，兵分两路，一路问淞江方向追击败逃的吴志葵军，另一路则由李成栋率领进军嘉定。
清嘉定知县张维熙强迫当地人民剃发，激怒了城乡人民，他们迅速以各自村庄的单位进行联合，结果约有10多万人奋起抗清。他们赶走了知县张维熙，烧毁前来镇压的清军船只，然后共同推举当地素有声望的进士黄淳耀和侯峒曾为领导，全城紧急动员，集思广议，分兵各路把守城门，并向吴志葵的水师求援。清将李成栋兵至娄塘，安营扎寨，只等大批援军一到，就开始攻城。关志葵尽管自身难保，还是派出了约700人的水师前来增援嘉定，却不料中途被击溃，这样，嘉定成为一座孤城。但城为的士民却决心坚守嘉定城，与城共存亡，他们抢修城墙，日夜巡防，严阵以待。
嘉定城原先是一座泥城，它的四周又用砖头加固，所以较为坚固。七月，清军开始从四面攻击嘉定。一阵火炮轰击之后城墙几乎完好无损，只不过脱落了几块碎砖而已。清军颇为惊讶，又施一计，在正面攻城的同时，悄悄在地下挖地道。经过数日夜的挖掘，地道终于通到了城中心。然而城内的士民已有所察觉，及时堵塞了洞口，这样，清军的诡计又没有得逞。清军再生一计，他们分兵一部分去佯攻东门，暗中却派另一部分从北门水中潜入城内。城内守兵识破了清军的意图，加强了北门的防守，潜入水中的清军纷纷被石块击中。城内义军用石块、砖头、弓箭等向清军还击，坚守孤城半个月有余，致使清军损兵折将，久攻不下。后因连日天雨，城墙倒塌，而守城的军民经风吹雨淋，已经精疲力尽。有的两眼溃烂，有的体不能支，这样城中的防守日益松驰，给了清兵以可乘之机。清军加强了攻势，一些士兵利用云梯爬进了城内。清军首先攻破了东门，然后一涌而入，城中军民被迫展开巷战，死伤遍地，血流成河。侯峒曾镇定自若，仍坐在城楼上指挥反击，他的两个儿子侯元滨和侯元洁在两旁护卫，眼见城已难保，侯家父子三人投池而死。据记载侯峒曾第一次投水没有溺死，然后令手下的士兵按住自己的头，沉于水中，士兵哭着照办，然而侯峒曾仍然活着，最后被清军抓获，斩首而死，颇为悲壮。黄淳耀及其胞弟黄渊耀也是自缢而死。他们不屈不挠，以死抗争，让那些贪生怕死的降清明将无地自容。
清军攻破嘉定后再次血腥屠城，城中百姓惨遭杀戮。城中几乎没有人迹，只见尸体遍地，自西关至葛隆镇，沿途河面浮满了尸体，以致于行船无处下篙……据记载，嘉定士民不畏强暴，曾连续三次惨遭屠城厄运，嘉定城几乎成为废墟。江阴、嘉定两城人民反剃发英勇悲壮的斗争，表现出了可贵的民族气节，可歌可泣。清军在这一带的血腥征服没有吓倒江南人民，江阴、嘉定两城士民的斗争为反抗民族压迫留下了光辉韵典范。
原明朝军队的抗清斗争江南各州县士民痛恨满清的强迫剃发和血腥的征服，纷纷起而反抗。一部分明朝旧官降将也利用江南民怨沸腾的机会，联合聚众反清旷当时起兵于苏、浙、太湖地区的抗清势力，称为“上下江士民之师”。清军消灭甫明弘光政权，占领南京之后，明吴淞总兵吴志葵正率一部水师驻屯泖湖（江苏金山县西北），吴志葵义愤填膺，于顺治二年闰六月联合太湖总兵黄蜚的水师，进攻苏州。清苏州守将王国宝等见情况紧急，城内仅有千余骑兵，难敌明军的联合攻击，于是设下计谋，派部分兵力在城外奔走呼号，假诈江宁援兵，同时在城内设精骑防守。吴志葵等犹豫不决，又闻清军援兵已到，急忙退兵，等到清将李成栋、吴兆胜分别攻克嘉定、江阴之后，转而联合攻击吴志葵和黄蜚的水师，双方在春申浦（上诲附近）展开激战，胜负未决。不料清军用计纵火烧毁明军船只，明军慌作一团，清军趁势猛扑而上，俘获了吴志葵和黄蜚，明两路水师联军全军覆没，清军乘胜进攻松江。
在松江一带，正活跃着以原明两广总督沈犹龙为领导的抗清义军。当清军攻占南京和杭州之后，沈犹龙以抗清复明、保卫家乡为号召，募集当地乡勇士民数千人，准备抗击清军。沈犹龙为加强抗清斗争的力量，联络了明驻吴淞水师吴志葵、太湖水师黄蜚的两路部队，以作外援，同时又派参将侯承祖驻守金山卫，互为犄角。清廷立即派在吴淞击败吴、黄水师的李成栋和吴兆胜进逼松江。顺治二年八月间，清军先以重兵强攻金山，侯承祖率义军顽强固守，终因力量悬殊而失败，清兵破城而入，侯承祖被俘牺牲。接着，清军设计穿上明军水师服装，令黄蜚带队，扮作从吴淞前来援助的明水军。松江城内义军被骗上当，打开了城门，清军一涌而上，沈犹龙见势不妙率军拚死抵抗，与清军展开激烈的巷战，沈犹龙战败牺牲，清军攻占松江。
在江苏的宜兴和溧阳，原明督师卢象升之弟卢象观于顺治二年七月起兵反清。义军拥立明瑞昌王朱盛沥（谊沥），以反清复明为旗号，招集乡勇达2万人。义军在宜兴起事之后，进图江宁，事先与城内明降将为内应，准备里应外合。不料计划泄露，清督师洪承畴先捕杀了江宁城内的义军内应，然后又设伏等义军上钩。当卢象观率军抵江宁城下时，城内清军举火把联络，卢象观不知是计，率军进城，结果被清军包围在城内，双方展开激战，卢军溃败。洪承畴又派出快马追击卢军余部，在茅山抓获瑞昌王朱盛沥。卢象观率军苦战冲出包围，狼狈退至太湖西山（江苏吴县境），与当地的明将王期升会合，共同设防筑营以防清军来犯。清派水师将领吴兆胜从水路进攻，用火炮袭击王期升的船只，王期升不战而败，带兵逃往福建。卢象观率船队正欲前往救援，却不料中途被清军拦截，卢象观战死，余部被清军镇压。
南京福王政权跨台之后，福王本人逃至芜湖，在获港被清军俘获。南京及附近的明朝官僚或降或逃。徽州的明朝官吏中只有推官温璜自动留在徽州（安徽歙县），并代行知府之职，沟明朝官吏金声联手招募乡勇，组成抗清义军。温璜派金声率部分义兵镇守严山关（安徽绩溪县北），金声又指挥副将分领13营，担任绩溪、黄山六岭的守卫，温璜本人则坐镇徽州，亲自筹集粮饷，组织援军以支援黄山守兵。温璜组织的义军训练有素，并制定了攻守计划，一举攻占了旌德、宁国等皖南诸县。此时正是明唐王朱聿键在福州称帝，于是温璜又上疏隆武帝以示效忠明政权。附近各县的明朝官吏及义民也起兵响应温璜，皖南为之震动。清廷闻讯派洪承畴督师前往镇压，洪承畴派都统叶臣和总兵张天禄攻打严山关，守关的义兵凭据地理优势，以一挡十，坚守阵地，双方相持两个多月。到十月份，清军不惜用重金收买当地乡民，绕路避开严山关直抵绩溪城下。这样义军重兵把守的严山关便失去了战略意义。清军又让明朝降臣黄澍穿着明朝宫服，谎称率军援助，骗开了城门，结果清军兵不血刃占领了绩溪。金声猝不急防，束手就擒，宁死不屈。清军又以同样的欺骗手段顺利占据了徽州，然后疯狂屠杀城内义军和百姓，温璜全家惨遭杀戳。
在建昌（江西南城），明益王朱由本在当地乡绅的资助下，募乡勇达七八千人，于顺治二年六月举起抗清义旗。起义军由明永宁王朱慈炎和罗川的王某（不知名）主持军事，并有明云南总兵赵印选部的助战，一时声威显赫、（赵印选本拟率兵救援江宁，但为时已晚，故转到建昌）。义军在建昌城防守严密，精军强攻不成，便使计诈降。来自河南的呀保宁王率部开至建昌，益茁投有防备，却不料保宁王已投靠清军，并与清将王体仁密谋里外夹击建昌。结果，保宁王乘益王率军与清军交战之时，？在明军阵后发射火炮、火箭，明军腹背受敌，死伤无数，益王逃往福建广永宁王则逃往广东、清军乘胜连克建昌、，抚州（江西临川）、进贤等地。罗川王不甘失败，又招募乡勇攻占了抚州，后因兵少力单，而诅往许湾（江西金溪县西），准备东山再起。罗川王在许湾一带招募了乡民2万，日夜训练，与清军周旋。永宁王朱慈炎逃往广东后，募集粤民数万，从粤北攻抚州、建昌、罗川王也率军前往事援助，约定分兵收复江西。可惜两军为争地盘而兵戎相见，罗川玉被流矢射中身亡，部众溃散。永宁王也因劳师北上，孤军深入而陷于粮饷不继的困境。当永宁王退守抚州后，清将王体仁重兵包围了抚州、结果城破，永宁王战败被杀。
顺治二年，原明陕西副总兵孙守清以及驻固原的付将贺珍。相约起义抗清。他们迅速聚众数万人，附近各路农民起义军也纷纷响应。原驻固原的旧将武大定在固原起事，募集当地士民组织义军以为配合。起义军初起时锐不可挡，起义军将领贺珍率军攻下风翔之后，又以迅雷不及掩耳之势连克渭南、蒲城、武功，（今陕西武功县西北）、同州（陕西大荔）等地，起义军迅速发展到7万多人，并积极备战准备攻打西安。清廷令肃亲王豪格派军援助兵力尚不足700名的西安清军。起义军们按计划行事。主将孙守清领兵围攻兴安（陕西安康），同时派贺珍南下攻打汉中。豪格亲王急调兵驰援汉中，于顺治三年五月（1646年）与贺珍的义军激战于鸡头关（汉中西北），起义军战败溃逃。清军解除汉中之围，然后豪格又分兵乘胜攻打兴安，起义军主将孙守清战败被杀。
顺治六年（1649年），山西大同发生了明降将姜壤的反清之战。“清廷为拢洛人心，将明降将姜壤封为驻大同总兵，二但姜壤却打算占据大同以为割剧之地。清廷于是派英亲王阿济格率满州兵前往安抚，姜壤唯恐势力受削，于是在大同起义反清，与阿济格所率的清军相对峙。姜壤在坚守大同的同时，又出兵攻打附近州县，以扩大地盘和影响，于是山西一带的明旧臣纷纷起事反清，响应姜瓖，山、陕震动。清廷摄政王多尔衮急令博洛和尼堪率军增援阿济格。清军入山西之后，一路攻城略地，先夺得代州，然后向大同方向进军。姜壤派大将马得胜率5000兵马在中途拦截，激战结果，清军博洛部与鳌拜部分兵夹击以得胜，结果马得胜军惨遭围歼，死伤过半，固守大同的姜壤闻讯后，下令紧闭城门不敢出战。清军前锋部队一路清剿，先后击败了姜瓖部将姜辉的抵抗，又招抚了姜壤的另一部将罗英坛，这样使困守大同的姜壤更加孤立无援。这样，当尼堪率清军围攻大同时，城内守军已是人心惶惶，姜壤的部将杨振威趁乱谋杀了姜瓖，然后出城投降，这样清军兵不血刃收复了大同。此后，清军又四处剿灭了随姜壤起义反清的各州县的武装力量，恢复了清朝对山、陕的统治。
在东南沿海，南明政权继续与清朝进行武装斗争。当清军在福建汀州（今福建长汀县）消灭了明唐王朱聿键的政权之后，南明政权受到毁灭性打击。但闽、浙等地的明朝旧臣，趁清军主力调往粤、赣等地，利用当地士民的反清情绪，在当地士民的拥戴下，纷纷聚众起义，他们不畏强暴，顽强地进行抗清斗争。其中以四明山区（浙江余姚县南）的王翊所率的义军力量最强。王翊于顺治五年春（1648年）聚众万余人，在四明山起事反清。义军以四明山为根据地。四处联络各地义军，并多次出兵攻打上虞，多次击败前来围剿的清军，在奉化，义军与清军发后激战，义军勇猛无畏，给清军造成了较大的伤亡。为了长期与清军对抗，王朝率众迁往大兰山区（浙江余姚县南），安营扎寨，训练起义军，且耕且战，王翊自称为大兰洞主，下设五营、五司，起义军军令严明，训练艰苦，颇得周围百姓的拥护，因而成为四明山区独立的反清政权，清军常常被打得晕头转向。附近各地的清军城门昼闭，不敢下乡，起义军威震浙东。1650年，起义军与活动于浙、闽一带的张名振军联络，互相配合，迫使清军不敢轻易进攻驻舟山的张名振。如果清军进攻舟山，则王翊立即出兵策应，而清军围剿大兰山区时，张名振又出兵袭击其后、这样清军首尾不能相顾，每战则必陷于腹背受敌的困境，清军因此不敢轻举妄动。直到1651年秋（顺治八年），清军预先作了周密的布署，决定先攻四明山，解除内忧之后再平舟山。清军于9月间调集大军自奉化、余姚兵分两路合围大兰山，在山下30里的范围内设下重兵，然后在当地山民的帮助下，围剿山区。起义军陷入重重包围，而舟山的张名振军又与郑成功联合出兵攻打吴淞（江苏宝山县东南），难以出兵相救援，因此，王翊只有率众苦战，以死相拚，结果起义军损失惨重。王翊带余部打算冲出重围前往天台，募兵再战，不料中途被俘遇害。这样坚持4年反清斗争酌四明山区起义以失败告终。
皖赣湘鄂人民的抗清起义顺治二年（1645年）李自成在湖北通山牺牲之后，一部分起义军将士根据形势发展的需要，分散于湖北蕲、黄山区，结寨筑营，号召农民起义抗清。这支义军“居民多居险，结砦以守，合黄冈、蕲水、罗田、麻成共48砦”起义军与周围各省的起义军相配合，如与安徽英霍山区的农民军以及河南一带的义军都有联络，组成了以大顺军余部与当地农民为主的反清武装力量。此后又有当地士绅聚众起兵，各据一寨，反清形势高涨。其中实力较强的有：以王为首拥戴明宗室朱蕴为号召的义军，据罗田20余寨；以麻城余山的原明兵部尚书周损为首的武装力量；黄冈白石寨的是以王光淑为首的义军。还有蕲水斗方寨的周从助义军，舒城山寨的黄梅诸生黄景松的武装，东山的李有实的义军等等。各寨义军在组织上各不相属，但在军事行动上却互相配合，一致抗清。南明唐王朱聿键封各寨主以明朝官职，并授以复一县即为知县的条款。于是各寨涌跃出击，转战于蕲、黄、罗、麻地区，攻取州县，打击清军。清军调集兵力，在占有了荆、襄之后，派总兵徐勇坐镇黄州（今湖北黄冈县），指挥来自江西、湖北、四川各省的驻军，分别围剿起义军。顺治四年以后，各路义军由于各自为战而受到清军沉重打击，反清斗争转入抵潮。到顺治五年（1648年），江西金声桓反清起事之后，蕲黄各寨的义军纷纷响应。罗田义军在王燥率领下与安徽英、霍山区的农民联合，转战于蕲、黄、下英山一带，杀清朝的地主官吏，攻占了罗田。顺治七年，潜山三尖寨的义军首领张福寰主动与蕲、黄各寨皋军联络，共奉南明永历帝，重新把各寨义军联合到一起。各寨共推王为文官之首，李有实为武将之首，湖北的蕲，黄山区各寨义军以及安徽的宁国、桐城等地共300多寨义军纷纷响应，一时间，军容甚盛，清军对蓬勃发展的义军束手无策。到顺治七年冬，随着清军的疯狂镇压和围剿，在安徽的英、霍山农民军起义失败之后，湖北各寨的义军再次陷于困境之中。王率军转战于潜山、太湖，不幸战败，被俘牺牲，从而使各路义军遭到沉重打击。李有实率部分义军转战到山东，力量大衰。蕲、黄各寨的义军失去了统一的领导，结果相继被清军各个击破。只有李有实的一支在山东坚持抗清，然后李有实的儿子李森继续领导反清斗争，直到康熙年间才最后被清兵镇压。蕲、黄各寨义军坚持抗清，前后持续了近20年，极大地鼓舞了附近各地人民的反清斗争。
顺治三年（1646年）秋，安徽池州爆发了以了悟和尚为首的农民起义。了悟和尚和自称为“赤脚黑先锋”的起义军首领拥立居住在永丰（安徽旌德县南）的明王府后裔四王子，号召乡民起义抗清，一时间响应者达数万之众。起义军迅速占领了皖南的池州府属地东流、建德（今安徽东至县境）等地，力量迅速壮大，并联合了江西澎泽、鄱阳、都鲁等地的农民起义队伍，在建德山区建立了抗清基地。“众至数万，弥漫彭都”，并曾西进到江西的饶州、鄱阳、永丰一带。起义军自上而下建立了颇为严谨的军事机构，分设元帅、军师、都督、总兵、付将守备等官职，并拥有枪、炮、车马、弓箭、旗帜、印信、关防、器械等，成为一支有组织、有纪律的战斗力量。起义军凭借皖南、赣北一带绵延的山区，与清军进行较量，在池州和都阳一带多次击溃清军的进攻。农民军“构结招集，一线串合，举动甚大”，吓得江南的清朝官吏惊呼：“皖庐地方千里，皆起乱萌，可骇右虞”。九月，永丰一战，被起义军拥戴的四王子不幸于清军的火炮之中丧生。十月，起义军在澎泽又遭到清军的几路围攻，伤亡惨重，士气大衰。了悟和尚和赤脚黑先锋先后负伤，起义军被迫向饶州（江西鄱阳县）败逃，结果被清军拦截，起义军将领大部被俘牺牲，起义失败。
在安徽江北一带，抗清斗争主要以英山、霍山为中心。顺治二年，王六姐占据太湖司空山（安徽太湖西北）聚众反清。随后又有李时嘉在太湖一带组织抗清义军，赵义正在宿松反清，刘和尚则在英山起事。由于这些义军缺乏联系，与情军相持到顺治五年（1648年）之后，大都以失败告终。到了顺治六年初，江西金声桓等原明将叛清，给皖、赣一带受挫的起义军将士以极大鼓舞。庐州（安徽合肥）冯宏图借抗清名将史可法的大名，号召乡民，组织义军，占领天为、巢县之后，又屡败清军，先后攻下于庐江、英山、霍山、六安等县，数十日之内攻占了6城，声威大震。于是英、霍山区农民起义力量蜂起，“内抚有24寨，外联络蕲黄48寨”。这些抗清武装，既有农民起义军，也有地方乡绅官僚拥立的明宗室武装。他们时而各自为战，时而联合进攻。冯宏图牺牲之后，又有天堂24寨群雄并起：英山张福寰以三尖山（六安县西）为中心，侯应龙率众万余名据守将军寨，潜山余尚鉴聚千余人占英窠寨，盐生胡经文招集乡勇占据横山寨，陈伯绍聚众攻占了霍邱县城，余高临则率军攻占了宿松县城……各寨的活动中心大致在潜山山脉四周，掀起了反清高潮。清廷调兵前往围剿，顺治七年（1650年）春，清总督马国柱的军队被各路义军击溃，各路起义军纷纷归附于由张福寰所拥至的明宗室石城王朱统绮。石城王坐镇潜山飞旗寨以为中枢，奉永历帝年号，举起反清复明大旗，定法制，铸印信，设官置将，于是英、霍、潜、太各地义军纷纷归附。石城王派原明安庆知府傅梦鼎（弼）、原明潜山典史傅谦等人坐镇皖涧寨，掌部院要职；又派胡经文率军守卫从龙寨、胡胜进守西关寨，作为飞旗寨的声援和犄角。因此，这支反清武装声威显赫，内有潜山24寨的各路豪杰，外有蕲黄48寨的配合以及金声桓，李成栋等原明将的相呼应，多次给予清军以沉重的打击。在顺治七年冬，由于奸细的出卖，清军绕道进入起义军活动的潜山山区，加上一些乡绅的降清，起义军蒙受了较大损失。清军援军源源不断，四路围攻潜山各山寨，并坚壁清野，断绝水道，纵火烧山，用尽了各种残酷而野蛮的措施，逼得各山寨义军无路可走，军心大乱。顺治八年春，起义军主将之一的胡径文叛投清军并诱俘了石城王朱铳绮，于是各路义军迅速瓦解。唯独张福寰率领的一支农民起义军顽强地在潜山山区与清军周旋，相持10多年，直到顺治十六年（1659年）才被清军镇压。
在赣、鄂交界地区居住的柯、陈二姓广大贫苦群众，为反抗清军的暴行，继承了自元末以来就反抗暴政的传统，于顺治三年暴发了反清起义。柯抱冲以兴国山区为基地，依山结寨，招集柯姓的强悍者以及其它乡勇，袭夺郡县，并自立为王，陈珩玉为帅，号称10余万。起义军东征西讨，并与湖南的农民起义军何腾蚊部联系，攻占了兴国州城，又进逼武昌，给清军造成了很大威胁。这支义军以柯姓为主，内部联系密切，且勇士们个个勇猛善战，面对清军的残酷杀戳，起义军将士更加团结一心，不屈不挠。他们凭借天险，屡败清军，附近的其它乡民们也涌跃参加义军，清军一时无可奈何。当顺治四年正月，清军先后镇压了苏、皖、鄂、赣等地大规模的明军抗清势力之后，才抽出兵力，围剿兴国柯家军，而这时柯家军已是孤立无援了。清湖广总兵柯永盛调集重兵猛攻兴国，起义军顽强抵抗。终因力量悬殊，加上奸细的出卖，使清军深入到起义军的腹地，攻破了起义军据守的山寨和洞穴。柯抱冲被俘牺牲，起义失败。
明清之际，在赣、湘边界的广袤山区里，来自福建和广东的穷苦流浪者，“搭棚居住，种麻、种菁、开炉、煽铁、造纸、做茹为业。谓之棚民”。实际上在此之前的数百年中，赣、湘边界的绵延群山里就已经出现了棚民的足迹。棚民们流落异乡，政治上受压迫，经济上受剥削，文化上受歧视，过着一种“其居如鹿豕，其人即牛羊”的悲惨生活。早在明朝崇祯十五年（1642年），江西袁州府（今宜春县）就爆过天井窝棚民起义。因此，当清军进入江西境内以后，袁州、吉安、南安、赣州、广信等府的棚民再次揭竿而起，“兵至则深藏木谷，兵退则肆行攻劫”，机动灵活地打击清军。
顺治五年（1648年），朱益吾首次领导和发动了棚民起义，失利后，即率军进入棚民众多，地势险要的三关九图，在宜春县境内的石子塘一带安营扎寨，作为反清的根据地。因此朱溢吾又被清朝统治者称为“宜春棚寇”，朱益吾擅长拳术，他在种麻糊口之余，召集棚民练习拳术，进行反清的组织和宣传活动，朱益吾由此被推举为“棚民客长”。清军多次进攻棚民起义的根据地，而义军战士和棚民群众则“阳为归顺，阴伺伺隙，客匿奸灾，潜通消息”。棚民起义由公开的反清活动转入地下的秘密活动。顺治十六年（1657年），南明招讨大元帅郑成功亲率水陆大军北伐，攻打南京。江西棚民欢欣鼓舞，在朱益吾的带领下，棚民义军再次高举反清犬旗，举事于袁州府城，与郑军遥相呼应。然而当郑成功军北伐失败之后，棚军义军再次陷于孤立，很快被清军击溃。然而朱益吾仍不屈不挠，继续从事反清斗争。等到康熙初年清廷陷于三藩之乱的困扰之中，朱益吾认为时机有利，在三关九图重新组织了声势浩大的棚民武装起义。朱益吾亲率义军数万人“首先攻万（载），洗掳一月有余”。但义军在进军袁州府城的途中，受到清廷新任袁州镇总兵赵应全部的突袭，义军伤亡惨重，朱益吾只好带余部退回三关九图。清军穷追不舍，赵应全派守备陈素纶、干总金明俊统领马步兵数千人与朱益吾在山区展开激战，义军处处失利，朱益吾不幸阵亡。余部义军在朱永盛、黄乃忠等带领下继续与清军血战，接连取得了破浏阳，捣醴陵，三占万载，三陷新昌，攻破吉安等辉煌战绩。清廷调集重兵，疯狂镇压，成千上万的义军将士惨遭杀戮，千家万户的棚民被强行驱逐出袁州府山区。于是，到康熙十七年（1678年），朱益吾领导的棚民起义最终被清军镇压下去。朱益吾是清初棚民起义的重要首领，在席卷全国的反清斗争浪潮中，朱益吾多次发动和组织了赣西棚民的武装起义，坚持反清斗争20余年，沉重打击了清廷的高压政策，极大地鼓舞了其它地区人民的反清斗争。
清顺治十一年（1654年），湖南红头军的反清起义进入高潮。桂阳（湖南汝城县）人王宗早在顺治五年起，就聚众5000余名，头裹红头巾，号称“红头军”，占据了桂阳，开始反清斗争。红头军先后攻占了桂阳附近的光宁（湖南资兴县）、桂东等地，在浏阳地区灵活地打击清军的势力。红头军还与川、鄂的姚、黄十三家义军以及广东南明的抗清势力相呼应，多次挫败清军的进攻。武冈人王国桂也率众响应，出没于湘、粤间。红头军打击清军，保护乡民，逐渐发展到万余人，先后攻占了武冈、城步（湖南城步县）、宝庆（湖南邵阳市）等地，杀劫官吏，救济百姓，民众多归附红头军。顺治十一年春，红头军转战于兴宁四面山区（湖南桂东县西），因奸细的出卖，被清军围困于八面山的一个洞穴里，伤亡惨重，红头军将领王宗战死。但起义军余部又在赖龙的带领下继续抗击清军，并向江西撤退，结果被江西总督马国桂率领的湘、赣军合力围攻。起义军寡不敌众而陷入重围，赖龙牺牲，红巾军将士坚持战斗。最后被清军镇压。
两广云贵等地人民的抗清起义随着清军在江南和东南沿海地区的节节胜利，南方各族人民的抗清斗争迅速开展，赣、浙、闽、粤等地人民起义遥相呼应，此起彼伏，成为清朝对全国实行有效统治的最大障碍。
1657年（清顺治十四年），在赣、浙、闽三省交界处爆发了以魏福贤为首的农民起义，他们依据仙霉、武夷山等天险，抗击清军的进一步南下，坚持抗清前后达10多年，有力地配合了南明郑成功的抗清斗争，被清军认为是“三省十年来之大患”，到1658年，由于魏福贤战死，起义队伍不久就溃败了。
清军进占福建后，抗清斗争立即遍攻福建的八闽地区：即福州、兴化、建宁、延平、汀州、邵武、泉州、漳州，尤其漳、泉、汀一带，人民起义与南明政权的抗清相互配合，清统治者大惊失色，认为“闽省遍地皆‘贼’”。
广东恩平县的农民王兴聚众抗清，与南明政权相联络，率义军迅速攻占了阳江、阳春、恩平、开平四县，声威大振。顺治十一年九月，王兴又率军与李定国军配合作战，攻克了广东新会。清将尚可喜率3万重兵前来围攻农民军，王兴与清军在顺抬十三年（1656年）春相持了三个月，誓死抗清。到了第二年夏，清将尚可喜乘广东一带灾荒严重，农民军陷入困境之时，再次纠集10万大军前往围剿，从水陆两路合攻王兴军的根据地文安寨。王兴率将士们不屈不挠，坚持抗战达13个月之久，多次击溃清军的进攻，最后因弹尽粮绝，王兴全家自杀，起义队伍随之溃败。
在福建长汀，出现了以女豪杰（姓名不详）为首的农民起义。1657年起义军以宗教相号召，占据左龙坊为根据地，武装抗清，最后被清军镇压。
在广西、湖南交界处，顺治十年（1653年）就活跃着瑶族、僮族等少数民族的抗清队伍。在王心的带领下，起义军以富川（广西富钟）为根据地，四处联络各地的抗清力量，并声援李定国的反清战争。这支农民军兴盛时曾发展到邻近山区的192寨，他们倚险为寨，灵活地抗击清军，到顺治十四年，清军大举围攻富川各寨，王心等农民军将领坚持抵抗，寨破后先后战死，起义失败。
广西人龙韬、龚瑞、龙旗等壮士在柳州、庆远等地，联络乡民，组成了一支以苗民为主的起义军，活动于黔、桂、湘边区，抗击清军，多次给予清军以沉重打击。他们在三省交界处的绵延山区不断发展反清力量，坚持抗清10年之久，直到顺治十六年九月才被清军镇压下去。
广东沿海的渔民在顺治年间就曾爆发过反清斗争。到了康熙二年，渔民们因不堪忍受清廷的内迁渔民，划界禁止渔民出海等苛刻政策，再次起义反清。番禺渔民周玉以反抗暴政、挽救乡梓、反清复明等口号劝说当地渔民，组织了一支以贫苦的农民和渔民为主的起义军。起义军先后攻占了番禺、新会、顺德、香山等县，并多次击败清军的进攻，力量迅速发展。石龙一战，起义军大获全胜，歼灭清军数干人，获船只数百艘。后清军调集重兵围攻，周玉麻痹轻敌，独率部分水师迎击清军，结果因力量悬殊，援军不继而遭惨败，周玉战死，起义军因而受到沉重打击。李荣率余众突围入海，占据沿海的岛屿，继续与清军作战。不久被清军三路围攻，起义军战死近2000人，起义失败。
清顺治十五年（1658年），云南土司那嵩，联合南明政权以及其它土司起兵反清，攻占了石屏，蒙自等县，并打算配合李定国军收复昆明。清将吴三桂率兵于十月进攻元江，那嵩因城破而全家自杀。在康熙年间，云南又柑继发生了土司王耀祖和司禄昌贤的反清之战。清康熙四年（1665年），云南迤东地区土司王耀祖趁清将吴三桂远征贵州水西（贵州黔西）之机，攻占了新兴（云南玉溪），并建元大庆，起兵反清。但好景不长，吴三桂军平定水西之后，迅速回师反击云南，攻破新兴城之后俘获了王耀祖。然后吴三桂又挥师攻禄昌贤。禄昌贤率苗民组成的军队在陇箐（云南文山境）与清军发生了激战，苗军不敌清军的猛攻，溃不成军，清军乘胜攻占了数10座苗寨，结果云南省城以东地区均为清军控制，清廷设永定州，派官治理，几乎与云南地方土司起事反清的同时，贵州一带的地方土司也相继起义抗清；清顺治十六年（1659年），贵州土司冯天裕以贵州东北山区为根据地号召当地乡民起义，与清军为敌。冯天裕先率义军攻克了湄潭，然后又攻打雍安，牵制了部分清军力量，客观上配合了云南李定国的抗清斗争。但不久冯天裕战死，这次起义因而失败。清康熙三年（1664年），贵州水西（黔西）的苗族土司安坤与皮熊联合举兵反清。苗民义军于三月中途拦截了前来镇压的吴三桂军队，把清军包围了约两个月之久。由于清援军的来到，苗民义军撤退往阿作峒、红崖洞等山区，然而清军跟踪追击，与苗军展开激战。结果，带头起事的2名土司安坤和皮熊先后战死，清军顺利地平定了苗民起义，在水西地区设置了平元、大定、黔西、咸宁四府进行治理。但时隔不久，郎岱（贵州安顺境）的苗族土司陇藩联合安坤余部再次起兵反清，起义军迅速攻占了关岑，并猛攻永宁，大定、威宁等府，搅得清军日夜不宁，吴三桂调军镇压，苗民受挫退回郎岱，继续坚持抗清。到康熙四年（1665年）六月。这支苗民武装被清军消灭。云贵地区此后虽为清廷所控制，但实际上是被吴三桂所镇守，为了拥兵自重，吴三桂又在云贵惹起了战乱。
江南和东南沿海各族人民的抗清斗争风起云涌，持续不断，沉重打击于满清统治者入关后的嚣张气焰，迫使清廷迅速改变对中原各族人民的统治政策以缓和民族矛盾。总之，涉及全国范围的此起彼伏的抗清斗争，虽然没有形成统一、联合的强大政治军事力量，均以失败告终，但这些起义打击和牵制了大量清军，有力支援了在湖南、四川转战的大西军和大顺军的抗清斗争，也使漂泊不定的南明永历政权得以延续下去。
§§§第三节 轰轰烈烈惊世英雄起四方
李自成和张献忠的失败大顺军李自成退守西安后，制订了南取汉中，西征甘肃，攻克兰州，确保关中，以关中作为抗清基地的战略计划。并下令命将军刘体纯率领10万大顺军过黄河北上。8、9月间，清军沿太行山南下，并从大同入代州，直逼太原，占领偏关，威胁陕西边境。大顾军由府谷向大同进攻，又在畿南联合义军阻击，切断清军归路，从而抑制了清军的进攻，同时在井陉、宣化、蔚州等地，多次挫败清军。
农民军虽然在军事上做了很大努力，但已不能够挽救全局，由于对原占领区内建立的农民政权没有大力进行巩固，被清军相继摧毁，大顺军失去了可靠的后方。
清顺治二年（一六四四年）十月，李自成为了夺回山西，令大颐军2万余人由山西向河南怀庆府（治所在河内县，今河南沁阳）地区展开反攻。当时，清军正准备兵分两路，一路由靖远大将军英亲王阿济格率领，经山西进入陕北，再南下攻西安，消灭大颐政权；一路由定国大将军豫亲王多铎率领，经山东入江苏，攻南京（今属江苏），消灭南明弘光政权。多尔衮在得知怀庆地区军情紧急的消息后，临时改变作战计划，令多铎先去救援河南，如将农民军就地消灭，则继续南下进攻南京；如农民军退回陕西，则跟踪追击，与北路清军形成夹攻西安的态势。
多铎依计而行，在河南击败农民军后，便渡过黄河，于12月22日逼近潼关立营。李自成当时正率领主力军北上延安准备抵御北路清军，不料行至洛川县时得知东路清军向潼关进军的消息，颇感意外，中途犹豫不决，最后才决定先南下增援潼关。从29日开始，李自成指挥农民军主动出关与清军展开激战，企图在北路清军南下之前击退清军的进攻。但大将刘宗敏、刘芳亮等相继出击失败，李自成亲自出战也未获成功。顺治二年（1645年）正月十一日，多铎开始用刚调来的红衣大炮猛攻潼关，农民军坚决抵抗，英勇反击，但未能扭转战局。李自成只得率领主力迅速撤回西安。十二日，清军入关，直逼西安。
李自成回到西安后，深知在两路清军的夹击下，陕西已难立足，被迫于正月十三日带领13万军队进行战略转移。他们从陕西东南部进入河南后，在邓州（今河南邓县）、武昌、九江（今属江西）等地，与尾追而来的阿济格率领的清军接战八次，均告失败。李自成到达湖北后，曾计划水陆并进，夺取南京，击败南明弘光政权，以人口众多，资源丰富的东南各省为基地，坚持抗清。但一路上连遭失败，军心不稳，多铎率领的清军又直趋南京，东进的道路已被截断，李自成只得改变计划，从江西西北进入湖南。5月初，行至湖北与江西交界的通山县（今属湖北）九宫山时，李自成仅率少数卫士观察地形，突然遭到当地地主武装的袭击，不幸壮烈牺牲。李自成牺牲后，余部坚持斗争，不久即与刚从陕北转移过来的大顺军李过，高一功部会师，并根据形势发展的需要，改变战略方针，与南明何腾蛟部联合抗清。
崇祯十六年（1643年）冬，正当李自成的农民击败明军主力，入定关中，收取三边，军威极盛之时，张献忠于清顺治元年（1644年）初，率军至万县，提出“暂取巴蜀为根，然后兴师平定天下”的口号。整顿部队，休整数月后，利用各地明军士气不振，连下忠州、涪州（涪陵），在铜锣峡（四川巴县东）击溃明巡抚陈士奇部，一举攻克川东重镇重庆，俘杀陈士奇及瑞朱常浩，川东既下，即由水陆两路进攻成都，8月会师成川，建立政权，国号大西，建元大顺。
顺治二年下半年，随着李自成大顺政权和南明弘光政权的失败，清朝政权加紧了对张献忠的政治诱降和军事威胁，一面宣称“张献忠如审识天时，率众来归，自当优加擢权，世世子孙永享富贵”，一面又调兵遣将，“会剿四川”。顺治三年（1646年）正月，清廷命肃亲王豪格为靖远大将军，率军由陕西入川，欲一举消灭大西农民军。7月，清军已至汉中逼近川北。在清军大军压境，四川各地地主不断叛乱的严峻形势下，张献忠决定弃川入秦，继续斗争。
8月，张献忠率军离开成都，9月9日攻占顺庆（今四川南充），停留20余日后北上西充（今四川西充）。大西军为了加强即将进入陕西的战备工作，在西充休整了两个多月。不料此时原大西军骁骑营都督刘进忠投降了清军，并带领清军由陕西进入四川，11月26日抵达南部县（今四川南部）。从投清的大西守将口中得知张献忠的御营驻扎在西充县的凤凰山下后，豪格当机立断，令护军统领鳌拜率八旗军先行，自统大军随后急进，日夜兼程，27日早晨到达西充，向凤凰山下逼进。
对于清军的突然到来张献忠毫无思想准备，所以当侦探兵报告对面山上出现清兵时，“献忠闻警不疑，以为谣传”。张献忠在得到探兵再次报告后，仍未引起重视，带着几个士兵骑马出营，亲自探听清军虚实。在一个小岗上，张献忠被清军发来的冷箭射中，壮烈牺牲。清军趁机向大西军发起进行，大西军一片混乱。
因大西军突遭袭击，来不及组织有效的抵抗，伤亡惨重。余部在平东将军孙可望（监19营）、安西将军李定国（监16营）、抚南将军刘文秀（监15营）、定北将军艾能奇（监20营）四将军带领下，组成了新的领导集团，这也是张献忠的遗愿。四将军为保存有生力量，改变了北上陕西在清军腹地抗清的战斗计划，当机立断，由顺庆南下，日夜兼程，努力摆脱清肃亲王豪格军的四处追击。大西军余部以锐不可挡的气魄，强渡长江天堑，歼灭前来堵击的约20万残明军队，一举攻占了军事重镇重庆，又乘胜攻占了綦江（今四川綦江），从而获得了短暂的喘息。然后，以四将军为主的领导集团在綦江发布了著名的文告，指明了大西军今后的斗争方向：“皇上（指张献忠）汗马血战20余年……，方欲驰骋燕、赵，还定三秦，为天下除残去暴，开万世不拔之基，不意创业未半，中道崩殂……尔等各营大小将领，传渝兵丁人等，各宜同心协力，……克成大事……”綦扛文告”得到了全军将士的理解和支持，“传谕之后，欢声满营”，显示了大西军继续抗清的决心。大西军余部南下云贵，开辟了新的抗清基地。
从1644年6月到1646年底，在李自成的大顺农民军和张献忠的大西农民军的浴血奋战之下，秦岭南北，大河上下，从北方地区掀起了全国抗清斗争的第一个高潮。
农民军联明抗清策略的形成清军入关后，仅用斗年多的时间，就重创了李自成的领导的农民政权，摧毁了南明弘光政权，显示了年轻的清王朝的实力和优势。对处于逆境中的农民军来说，大顺军和大西军均新遭大败，失去了核心人物，元气大丧。这两支义军面对蓬勃崛起的清王朝和南明政权之间的争夺战，不得不筹划下一步的战斗方针。南明政权迅速败亡，清军在平定中原之后，又把进攻的矛头指向了浙、赣、闽、粤东南地区。清军铁蹄蹂躏之处，国内民族矛盾迅速激化，各地的抗清斗争不断涌现，既有贫苦农民、渔民的抗清斗争，也有汉族士大夫和少数民族头领的抗清斗争。大敌当前，农民军和汉族地主阶级被迫互相结拢，虽然彼此之间的仇恨一时难以消除，但只有进行一定程度的联合才能共存亡。在生死存亡的关头，联明抗清阵线孕育而生。
到1646年底，清军已经占领了黄河以北以及东南沿海地区，尽管它的统治还不甚稳定，但清王朝的优势却非常明显了；大顺、大西农民军和南明部队相继失败，撤退到湖南、两广、川南一带，环境艰苦，前途暗淡。但是，席卷大江南北的各族人民的抗清斗争给大西军和大顺军带来了希望。清朝军队顾此失彼，疲于奔命，随着清军的推进，其统治力量和进攻的势头也开始减弱。于是，农民军和南明政权面对共同的敌人，开始协调相互的敌对关系，走上了联合抗清的道路，因而在南方出现了抗清力量重新的强大。
当时，南明总督何腾蚊驻守长沙，兵力微弱。而清军占领江南之后，正向闽浙进军，并加紧对江西、湖南的军事进攻。而李自成的大顺军余部虽说还有几十万人，但因力量分散，同样面临被清军各个击破的威胁。农民军领袖们毅然决定改变战略目标，顾全大局，于1645年秋冬之际，郝摇旗、刘体纯等率数万农民军开至湘阴，向何腾蚊部队靠拢，表示合作抗清的意图。何腾蚊鉴于清军压境，自己又兵微将寡，无力再与农民军对敌，于是接受了合作抗清的建议。于是郝摇旗等“招其党袁宗第、蔺养成、王进才、牛有勇皆来归，骤增兵10余万。不久，大顺军余部力量最大的一支，即由李过（李锦）、高一功等率领的军队，拥奉李自成之妻高夫人进入湘西，与南明巡抚堵巍锡联合抗清。于是，大顺军与南明军队的抗清联合阵线初步形成，从而使南方的抗清力量大大加强。到1649年，大西军经过反复慎重的考虑之后，也作出了与南明永历政权“联合恢剿”的策略。由于大西军当时已在西南地区建立了较为巩固的根据地，武装力量也得到加强，故而在与南明永历政权的联合中掌握了主动权，强调大西军在联明抗清中的独立地位和继续奉张献忠的“秦王”称号。由于形势危急，到了1651年春，清军开始向广西地区发起猛攻，如果没有大西军保护，永历小朝庭将难以生存。于是双方妥协，永历政权接受农民军的“联合恢剿”、“合师北拒”等建议，大西军则接受永历帝的年号，并负责保护永历政权的安全。这样，在西南以区，以大西军为主掀起了又一个抗清斗争的高潮。
大顺农民军认清了局势，首先采取了联明抗清的策略，阻止了清军的顺利南下，推动了全国抗清高潮的形成。而南明永历政权在大顺军和大西军以及全国抗清力量的共同支持下，虽然一度控制了江西、湖南、两广以及西南等广大地区，但却没能把握住这一有利的时机，致使农民军用鲜血换回的成果付诸东流。因为在抗清联明阵线中，南明政权始终对农民军猜忌、防范，不肯重用并力图捆绑农民军的手脚。再加上南明政权的腐败和南明军阀部队的霸道，农民驰骋战斗，疲于奔命，徒然损耗了力量而于事无补。结果，抗清形势江河日下。
大顺军余部的抗清斗争大顺军奉行了联明抗清的策略之后，摆脱了孤军作战、腹背受敌的被动局面，使中南一带的抗清力量大增。除了大顺军之外，还有何腾蛟招来的左良玉余部马进忠、张先壁、黄朝宣等南明军队，有由堵胤锡节制的于大海、李占春、袁韬、武大定等率领的四川义军，还有滇军赵印选、胡一清的部队。具体说来，农民军以郝永忠（摇旗）、刘体仁（纯）所率部众约四五万人归附原明湖广部督何腾蛟、李锦（原名李过，后改名为李赤心）、高必正（高一功）等率众36万归附原明湖南巡抚堵胤锡。何腾蚊将大顺军旧部与明将左良玉旧部以及自己统帅的军队合编为13镇，同奉明永历年号。这些反清力量“雄踞湖南，乘便窥伺”。何腾蚊与堵胤锡分路出兵，郝永忠等随何腾蛟留守湖南，李锦等随堵胤锡进军荆襄，致使清军守将飞报朝廷告急：“我皇上若不急发大兵南下，恐两王已定之疆土，非复朝廷之。有也。”
堵胤锡及李锦的军队将辎重留放于公安、竟陵（湖北天门），然后由李锦率军攻打荆州（湖北江陵）。守城的清军利用硫璜火炮死守荆州，致使农民军伤亡较大，双方相持不下。顺治二年夏（1645年），刘体仁（纯）于八月间会合袁宗第的义军在荆州以西进攻清军，略夷陵，过荆门，转战于兴安、郧西（湖北西北部）一带，以牵制清军，配合李锦部队进攻荆州。到顺治三年正月，刘体仁又北攻襄阳（襄樊）、承天（湖北钟祥），并联络河南南阳一带的农民起义军郝好海、韩榴子等队伍，自襄阳北进，突袭邓县。农民军英勇无畏，冒着枪林弹雨架云梯、挖地道，四面进攻，终于破城而入。与此同时，刘体仁又振兵把邻近前来援助荆州的清军及地方官兵全都围歼。刘体仁的农民军乘胜与高必正军联合，攻占了湖北的当阳、荆门、沙市、远安等城。
1646年春，清廷派平南大将军勒克德率满蒙八旗精兵大举进犯湖广。大顺军务部互相配合，在岳州城下与清军激战10余次，有力地阻止了清军的顺利南下。7月，刘体仁分兵九路开始三面围攻荆州，清荆州守将总兵郑四维仅率3000兵力困守城内待援。农民军一面猛攻，一面挖掘窑洞，修栅筑垒，准备长期围困荆州。直到1647年初，清军的部队在勒克德指挥下从江宁前来增援，农民军的后方公安、竟陵等地接连被清军攻占，进攻荆州的农民军受到了内外夹击。于是农民军只好撤退，堵胤锡退入湖南，李锦则西撤到夷陵，荆州被放弃了。
清廷派出大将孔有德、尚可喜、耿仲明率大批清军进攻湖南。何腾蛟所属的13镇之一的马进忠部在阳逻（湖南沅江县境）击败清军后，进占岳州（湖南岳阳），与在湖北转战的李锦部互为声援。1647年3月，清军猛攻岳州，马进忠率军撤至岳州湖口驻防。郝水忠率军趁清军麻痹之时突袭岳州的清军，与清军在滕溪、湘阴展开激战，三战三捷，声威大震，湘南大部分地区被反清的联合力量所控制。何腾蛟踌躇满志，准备大举进攻武昌之后，再收复江西。却不料清军自岳洲下湘阴，直指长沙，协同何腾蚊守卫长沙的明军陷于内乱，“相攻杀，城内焚掠一空”。清军趁乱攻入，长沙失守，何腾蚊败逃。由于明军各镇畏缩不前，大顺军孤立无援，湖南州县大部分为清军所占。大顺军余部在李锦、高一功和刘体纯、袁宗第的带领下分别退入川东的巫山、巴东一带，“将倚深山密林，勾连川楚‘伪逆’，……势仍叵测”。
南明唐王政权倾覆后，大顺军又支持桂王政府，一直战斗在抗清斗争的最前线。1647年初，明降将李成栋率清军攻入广东，攻克肇庆之后，沿珠扛进犯广西，一直打到桂林。永历帝仓皇出逃梧州，经平乐、桂林、全州、直奔湘西南之武冈。然而4月，清将孔有德等在湖南发起进攻，下长沙，克衡州，与李成栋军配合，步步紧逼。8月，桂王政府的军阀刘承胤降清，清军入武冈，桂王连夜逃命。正当形势万分危急之时，广东一带抗清义军蜂起，攻袭广州，李成栋奉命回师救援。于是郝摇旗等农民军协同何腾蚊所率的明军，于11月在全州（今广西全县）给清军以沉重打击，“大败三王（孔有德、耿仲明、尚可喜）兵，斩级无数”。取得了南明史上最著名的定州大捷（顺治四年十一月）。大顺军声威大振，清军被迫退保湘南。
1648年（顺治五年）是抗清斗争形势发生重大转变的一年。在全州大捷的鼓舞下，降清明将金声桓反正于江西，降清明将李成栋则反正于广东，清军因之失去了江西和广东，湖广为之勒摇，于是抗清浪潮再次高涨。大顺军与明军乘胜大举反攻，何腾蛟、瞿式耜在广西聚兵，挫败了清军对桂林的围攻，进兵湘桂地区，连克靖州、沅州、全州、武冈、宝庆、常德、衡州等地。李过、高一功率大顺军攻克荆州宜城之后，引兵东进湖南，先后攻克了益阳、湘潭、湘乡、衡山等县。到年底，大顺军联合其它明军，合围长沙，直趋汉水北岸，几乎收复了湖广地区的全部失地。抗清形势为之一变，桂王政府重又迂回了肇庆。几乎与此同时，山西姜襄反正于大同，回民米喇印、丁国栋于甘肃起义反清。因此全国出现了空前大好的抗清高潮，各地抗清活动格外活跃。
但是，腐朽的桂王政权，不仅不能利用抗清斗争的有利形势，反而加剧了内部的斗争，随李成栋反正的官僚绪为“定党”，随永历帝护驾的诸臣则为“吴党”，另处还有什么“扈驾元勋”与“反正元勋”的各路军阀的权力之争。明军内部争权夺利，各图私利，百般刁难排挤大顺军，严重影响了抗清斗争的发展，给了清军以可乘之机。
1648年11月（顺治五年秋）明军阀堵胤锡与何腾蚊为争夺地盘而发生矛盾。堵胤锡命李锦所率的荆、襄十三家军由夔州东入湖南，攻夺常德。而何腾蚊的部将马进忠也奉命进驻常德。马进忠性本骄狂，既怒于堵胤锡的调军，又担心大顺军“并其军”，于是一怒之下，“乃焚刍粮解舍从间道趋湘乡”，“驱百姓出城，纵火一遗一椽”，并焚毁了城庐以及沿扛过往的船只，大掠常德之后走武冈，因而李锦、高一功到达常德时，只见到了无法防守的空城一座。大顺军于是引兵向东，在湘潭击败清军钱国安军的阻击，连克益阳、湘潭、湘乡、衡山等县，进而围攻长沙。李锦率农民军使用了多种办法，如挖壕穿城，绑木为梯，炮火猛攻等，仍无济于事。其它的明军冷眼观望，李锦只能孤军作战。到年底，由于清军的增援，农民军只好放弃长沙。
马进忠等军阀劫常德西走，其它的明军纷纷效法，“守将皆烧营走”，致使新收复的州县为之一空，湖南局面顿时陷入一片混乱。清廷以都统谭泰为镇南大将军，率兵20万由江宁出发，水陆并进，反攻湖南和江西。1648年3月，清军在九扛击败南明军队7万人的阻击，缴获了大量的渡江船只。清军顺利渡过长江之后，连克南康（江西星子）、饶州（江西鄱阳），向南昌逼进。金声桓、王得仁顾不上包围赣州的战斗，连忙由水江回师，固守南昌，与清军相持70余天，结果中了清军的缓兵之计。6月，清固山额真谭泰、何洛会率兵围攻南昌，金、王只能困守孤城，他们拥有精兵，但却“不能出寸步，日夜荒宴，而眼穿外援”。南昌城一直被围困到第二年二月（清顺治六年正月），南昌西门守军投清，引清军入城。明大学士姜日广殉难，金声桓苦战负伤投湖而死，王得仁则被清军俘获后杀害。
南昌告急时，李成栋一拖再拖才率军前往援救，却出师不利，遭到清军中途袭击，1648年11月在赣州城下的初战即遭惨败。1649年初，李成栋再次出兵，兵驻赣州的信丰。谭泰派清军从赣州包围了信丰，李成栋战败溺水而亡。永历政权派出的其它援军也遭到清军的伏击而溃败。清军相继攻占了抚州、建昌（江西南城）等地，重新恢复了对江西的统治。
1649年2月，清军乘虚而入湖南境内。清定远大将军郑亲王济尔哈朗率军进入长抄后，与孔有德联合进攻活动于湖南各地的明军。由于李锦已从长沙撤围东去，何腾蛟坐守湘潭空城，故而被清将徐勇俘获，送至长沙杀害。4月，清军进至辰州（湖南沅陵），攻占宝庆（湖南邵阳），连破明军28营，孔有德部攻占永州（湖南零陵）耐歼灭明军数万人，至此，湖南明军只有马进忠守武冈，马进才守清州。永历政权在湖南的地盘几乎全部丢失了。4、5月间，李锦和高一功率领的部分大顺军由湘西分道退入广西。这年冬天，与李自成共同起义的大顺军重要领袖李锦（李过或李赤心）病逝，大顺军又受到一次重大打击。剩下的10万人，由高一功及李过的养子李来亨统领。
李自成的另一部将郝摇旗所率大顺军在黎平（贵州黎平县）、永从（黎平县南）一带孤军作战，并连遭清军打击。清军孔有德部先后攻占了道州、武冈。明军全州守将闻风而逃，清军又顺利地占领了全州，不久进入桂林，并四处打击溃散的明军。至此，湖广全为清军占领。
清军于1650年（顺治七年）2月进围广州。桂王出逃橹州，留大将杜永和、范承恩守广州，李元胤、马吉翔守肇庆。杜永和率明军在广州城外设防，掘壕三道，设置木栅，引通海水，以防清军。清军久攻广州不下，乃在广州城四周筑长堤，紧紧包围了广州。相持数月后，时值盛夏，广州城内土卒多病，眼看难以坚守广州。逃至梧州的桂王急派陈邦傅、高一功增援广州。然而陈、高二人不和，陈邦傅为报私愤，竟然派人挑拔广西土司不听高一功调遣，并与李来亨的大顺军仇杀。于是，关键之时，高一功率众西归，于冬天北入东川与夔东十三家义军联合抗清，置广州于不顾。胨邦集率领的明军驻清远，马吉翔的军队仍驻守肇庆，对广州被困数月均不出兵救援。10月，清军的江西援军开到广州城下，广州守将范承恩因与杜永和有矛盾，密与清军联络，放干了濠沟中的海水，使清军夺占了炮台。清军于12月攻陷了广州，杜永和逃往琼州。清军由广州出兵，迅速兵临桂林城下。守卫桂林的各路明军弃城而逃，只有督师瞿式耜坐守空城，成为光扦统帅，结果在桂林被清军攻陷后，他英勇就义。而水历带已逃至了南宁。大顺军在进入贵州的途中，由于陈邦傅的恶毒挑，受到了大西军孙可望部队的袭击，高一功不幸阵亡。大顺军余部在李来亨领导下，于1651年与郝摇旗、刘体纯的队伍会师，然后“连寨相结”，放弃了与明政权合作抗清的计划，继续进行抗清斗争。
南明永历政权在清军的步步紧逼之下，四处飘泊，桂王由肇庆仓皇西奔，马不停蹄却无立身之处。这时，李定国等所领导的大西军又出现在抗清斗争的最前线，掀起了新的抗清高潮。
大西军余部的抗清斗争大西军抗清的西充之战失败后，张献忠所建的大西政权遂告失败。大西军余部由他的四个养子即四大将军孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇率领。1647年2月，大西军从四川綦江出发，进入贵州，破遵义，渡乌江，克定番，并在当地少数民族群众的配合下，一举攻占了贵阳。4月，大西军乘胜挥师直下云南，5月就占领了昆明。由此，大西军的势力从川南扩大到云、贵一带，在西南地区沉重打击清军的嚣张气焰，把抗清斗争推向了一个新阶段。
大西军纪律严明，兵马三日一小操，五日一大操。凡发兵出剿，所到之处，鸡犬不惊，云贵地方的社会秩序安定祥和，生产恢复发展，百姓安居乐业。由于大西军执行了比较正确的民族政策，不仅很快消除了民族隔阂和误解，而且加强了各民族间的团结，大西军因此得到各族农民的拥护和支持。据记载：“定国所将，半为僳偎、倮、儒佬。”由此，大西军在西南地区建立了巩国的抗清基地。
1649年正月，大西军鉴于清军的日益猖狂，南下迅速，主动提出与永历政权联合，起初遭到桂王的拒绝。但到了1651年秋冬之际清军开始进逼广西，桂王走投无路，不得不与大西军联合。1652年2月，孙可望迎桂王居于贵州的安隆所。这样，大西军消除了后顾之忧，独立地领导着西南地区的军民，进行不屈不挠的抗清斗争。
1652年（顺治九年）3月，大西军发动了大规模的反攻。永历政权封孙可望为秦王，李定国为西宁王，刘文秀为南康王，令各率部攻清。大西军领导集团决定孙可望留守贵州居中策应和指挥。李定国率主力8万，由步、骑、象队等组成。出湖序，由武冈、全州直趋桂林，进逼广州，刘广秀率编师6万攻四川，下重庆，取成都、汉中，直逼关中。北伐抗清之前，大西军作了周密的战略部署，并严格军纪，规定军队“一不杀人，二不放火，三不奸淫，四不宰耕牛，五不抢财货”。两路北伐大军士气高昂，初战告捷。
刘文秀率领的大西军一路势如破竹，突进四川，攻叙州、泸州，破重庆，然后攻占了成都，并把吴三桂的清军压缩在川北保宁一带。但在攻打保宁时，刘文秀轻敌麻痹，致使吴三桂率部奋战突围退往汉中，而刘文秀的军队则受到重大损失。
李定国所率的大西军由川东入湖南。清将孔有德见大西军来势凶猛，乃以沈永忠率重兵扼守沅州（湖南芷江），令钱国安、马雄、马全节分守南宁、庆远（四川宜山）、梧州等地。孔有德亲自前往桂林督师，企图与从四川南下的吴三桂军钳击大西军于滇黔。因此，截断孔有德等川湖清军的联系，攻占桂林，歼灭孔有德部，这是具有战略意义的战役。6月，李定国率8万大西军回师湖广，攻占沅州、靖州、武冈等地，与马进忠都会合。然后，出其不意地，李定国从西延大埠（广西资源附近）急行军袭占全州，夺下了进入广西的门户，进迫桂林，然后走捷径直趋严关。全州、严关的战斗，使得“清兵大败，横尸遍野”。桂林清军甚少，李定国驱战象攻城，昼夜不息。清将孔有德亲自登城指挥反击。“七月初一（阴历八月四日），有德再挑精锐，逆于榕江，兵未交而象阵前列，劲卒山拥，尘沙蔽日，马闻象鸣皆颠厥。有德众逐奔，掩杀大败，有德反以身免，策马入城”。大西军乘胜追至桂林，数10里之城，包围了三匝。大西军军容整齐，旌旗遍野，甲仗耀日，城内清军看得胆颤心惊，丧魂落魄。孔有德眼见局势不可挽回，乃“聚其宝玩于一室，手刃爱妾姬，遂闭门自焚死”。明军攻占桂林之后，李定国乘胜连下柳州、梧州，清军马全节、马雄等军队皆被击溃，很快收复了广西全境。李定国又回师北上，连下永州、衡州，直取长沙，兵锋直指江西吉安一带。同时，孙可望率的白文选以少数民族军为主约5万人，列象阵进攻辰州（湖南沅陵），清兵徐勇战死。大西军的节节胜利，使清廷大为震惊，急令谨亲王尼堪率清兵10万迎战，增援楚粤。李定国避开清军锋芒，主动撤离长沙。1652年11月，尼堪军进抵湘潭，明军守将马进忠不战而逃，清军先头噶布什贤部追击明军，却在衡州遭到李定国军的4万人的伏击。双方在衡州城下血战四昼夜，大败清军，击毙尼堪。这样，李定国“兵出征七月，复郡十六、州二，辟地将3000里”，收复湘、桂，大破清军数10万，“两蹶名王，天下震动”。
1653年，李定国率大西军主力由广西进入广东，势如破竹，连克开建、德庆，直驱肇庆，眼见大西军领导集团制订的战略计划就要实现。这时活动在闽、浙沿海的郑成功抗清部队，也计划南下惠州、潮州，与大西军会师。”退守荆巴一带的大顺军在郝摇旗，刘体纯、李来亨等领导下，也密切配合李定国在两广的军事进攻、北出商洛，西攻湘鄂，牵制清军。全国各地再次出现新的抗清高潮。
然而，大西军尽管有着在战场上叱咤风云，屡挫强敌的辉煌战绩，却无法克服自身的局限性。加上桂王政权中的党派斗争一直很激烈，使大西军的两大主将李定国和孙可望之间的裂痕日深。孙可望为了树立自己的威望，竟不惜同室操戈，他擅自破坏原定的作战计划，约定李定国至沅州议事，企图杀害李定国，为避免与孙可望发生正面冲突，李定国放弃了在湖南战场上有利的反功时机，率军退往广西，又转入广东，拟与郑成功联合收复浙闽，进攻南京。清军趁李定国撤兵广西之机，进行反攻，孙可望急于求成，率大西军数10万人迎战清军，清廷由贝勒屯齐代替尼堪，从永州（湖南塞陵）向宝庆进军，在周家坡一带与孙可望属下的冯双礼、白文选部遭遇。大西军据险阻击，与清军列阵对峙。孙可望试图趁天下雨在夜间反攻，结果先遭清军袭击，孙可望只好率部退走贵阳。于是，大西军在湖南所收复的州县，均重为清军占领。
李定国联合广东义师，于1653年东围肇庆。清将尚可喜、耿继茂自广州增援，进驻三水（广州西），同时派出部分清军援救肇庆，与李定国军在四会河口遭遇，结果李定国军被击败。1654年李定国率余部转移进攻目标，东破长乐（广东五华北）后，又回师粤西南，连克高州（治所为今高州）、雷州（治所为今海康）、廉州（治所为今合浦）三府，战果辉煌，李定国军增至20万人。1654年10月（顺治十一年），大西军围攻广东新会，威胁广州。清军前锋两大战将平南王尚可喜和清南王耿继茂株守广州，一筹莫展，连连向清廷告急。新会位于珠江三角洲广是广州的海上门户。清军一边死守新会，一面从水路向城内供应援兵和粮食。大西军以陆战擅长，缺乏水战经验和船只，因此李定国约郑成功会师广东。然而郑成功派出的舟师一再误期，大西军久攻新会不下，军中温疫流行，士气低落。清廷调都统珠玛喇为定南将军，率满汉大军从江西增援广东。珠玛喇的大军与驻三水的尚可喜和耿继茂军队会师后，合兵进攻大西军，双方激战于栅洲，大西军连续失败，损失惨重。李定国退保新会，清军攻城，李定国用火炮还击，并用象阵冲击清军，李定国又令步兵4000人随后自山上向下猛冲。尚可喜率军从背后插入大西军阵地，李定国军损失惨重。1655年3月，李定国率军退回广西，清军穷追不舍，大西军退守南宁。在广东的清军趁机收复了高、雷、廉三府及三州八县以及广西二州四县共22城。“定国力屈不能复出，西南之业衰矣！”李定国后来又曾分兵东下浔州、横州，企图重新打开两广的抗清局面，但这时局势已发生了变化。清廷派富有军事经验和剿抚农民经验的洪承畴，“经略湖广、江西、广西、云南、贵州等处地方，总督军务，兼理粮饷，坐镇长沙镇压西南的抗清斗争。经过长期的消耗，李定国军到1656年时仅剩6000余人。时值孙可望称帝心切”永历小朝廷寄居在孙可望篱下，大臣被孙可望随意杀戳。永历帝万般无奈，给李定国送去血诏，要求速往“救驾”。1656年3月，李定国抢先一步，从贵州安隆将永历帝迎往云南昆明。永历政权尽管腐败无能，但它却维系着分散于各地的抗清势力，是各阶层合作抗清的一个象征。留守昆明的军队都归附了李定国，桂王政权封李定国为晋王，刘文秀为蜀王。孙可望军仍在贵州东部，眼见废帝自立的阴谋成为泡影，后方又被李定回占据，孙可望恼羞成怒。
1657年秋，孙可望以“清君侧”为名，调兵十几万渡盘江，进攻昆明。孙可望留冯双社守贵阳，以白文选为前锋，自率马进忠、贺元仪等西进。水历政权闻讯后即刻削去孙可望的秦王称号，速派李定国、刘文秀迎战孙可望。双方激战于曲靖的交水。双方隔河对峙，一时胜负难料。李定国兵力虽少但颇得人心，得道多助，关键时刻，孙可望营中的白文选及马进忠、冯双礼等临阵倒戈，孙可望防不胜防，余部大溃，只好率余部东逃。退至贵阳，孙可望投降了洪承畴，成为农民军的可耻叛徒。
清廷因孙可望投降和告密，而摸清了大西军的兵力布署以及南明政权内讧的情况，决定大举进攻云、贵。1658年（顺治十五年）4月，清军分三路进攻贵州：以贝子洛托为宁南清寇大将军会同经略洪承畴，为中路，从湖南向西推进；西路以平西王吴三桂和定西将军墨勒根虾（即李国翰）为首，从四川向南推进；东路以征南大将军卓布泰会同提督钱国安，从广西向北推进。三路清军由郡王多尼统摄，预期在贵州会师。
清军已大军压进贵州，而李定国却逗留在滇西永昌，忙于镇压孙可望残部的叛乱。洪承畴与洛托在常德会师后，4月经沅州（湖南芷江）、靖州（湖南靖县）进入贵州，并攻占了镇远，然后与卓布泰的东路军合攻贵阳。明将马进忠及各官员闻风而逃。吴三桂的两路军在合州（四川合川）击败南明守军，获战舰而经重庆入贵州，迅速攻占了遵义，缴获了大量的粮食，俘获明军约5000人。活动于川南的李来亨等率十三家军会同南明谭洪、谭谊、谭文等部从背后以水师攻重庆，吴三桂又回师救援，谭家军降清，致使大顺军的反清再次失败。
清军总帅多尼于6月率京师禁旅从荆州（湖北江陵）出发，9月进入贵州与三路清军在平越（贵州福泉）会师，然后统一调遣各军，进驻贵阳。直到这时，李定国才从滇西回师。清军经过几个月的休整，于12月兵分三路进攻大西军，多尼自帅中路军，经关岭进攻北盘江铁索桥，直趋水西，攻占曲靖，尔后向云南省城进攻，全程约1000里；北路吴三桂军从遵义进攻七星关，抄袭大西军的后路，向云南省城进逼，全程约1500里，故先中路军10天出发；南路卓布泰军从都匀经盘江、罗平，沿途消灭明军余部，尔后也向云南省城进军，全程约1800里，故又先吴三桂军15天出发。
由于李定国回师云南已耽误了时间，面对清军几路攻击，只好匆忙设防应战。李定国令白文选驻守七星关，阻击北路吴三桂；令冯双礼驻兵鸡公背（约在安顺一带）以抗击清中路军的时犯；令张克望驻扎在南盘江之黄草坝（贵州兴义），截击清南路军。李定国亲率主力据守北盘江之铁索桥，居中策应各路。
清军各路按周密的作战计划向云南推进。清中路军轻而易举地击溃了冯双礼的阻拦，进至关岭。李定国只好令人焚北盘江铁索桥而撤退，多尼军进驻曲靖。吴王桂率清军绕道乌撤土司的境内，避开大西军驻守的七星关天险，出其不意地从背后袭击白文选军，白文选腹背受敌，不战而退败。清军南路卓布泰军与李定国军遭遇，李定国列象阵迎战，分全军为30营，列栅固守。卓布泰军一举击溃象砗，然后从两翼出击，李定国军连败于罗炎、凉水井（贵林兴义东），全线崩溃，大营陷落。李定国妻子被杀，将士死难者逃亡者不下三四十万人，大西军的精锐尽失。
1659年1月（顺治十五年底），李定国率余部退回昆明。清军几路猛追猛打，李定国只好奉永历帝走永昌（云南保山），清军会师于昆明。吴三桂等率清兵穷追不舍。永历帝出逃腾越（云南腾冲）。李定国在撤退途中，于滇西磨盘山（即高黎贡山）令白文选设伏，阻击清军。清军不知是计，兼程追击而来，约有1．2万人进入大西军的包围圈。但由于叛徒的告密，清军停止追击，并抢先以炮火猛轰大西军的设伏地区，结果使大西军的伏兵死伤三分之一以上。磨盘山一役，清军也有较大伤亡。但这时大西军的败局已定，大西军再也无力抗击清军了。李定国只有率残余力量撤往腾越，而这时永历帝早已越过边界，逃往缅甸境内避难。李定国在中缅边界一带，继续与清军周旋，时刻威胁着清军的边关。但由于李定国一心一意保护永历帝，军中给养无着，且携带眷属，累赘不堪，实际上部队已没有什么战斗力了。
1662年（清康熙元年）1月，吴三桂军大举入缅，俘虏了永历帝，不久永历帝被绞死。从而结束了南明的最后一个政权。噩耗传来，李定国悲愤交加，于8月病死。清帝福临向中、外宣布，云、贵、川、广、湖五省平定。
大西军转战西南10余年，建立了巩固的抗清基地，得到了当地各少数民族人民的拥护和支持。大西军的抗清斗争虽然失败，但将士们在抗清斗争中表现出的英勇品质和作出的英雄业绩是难以磨灭的。李定国死后，剩下的数千名农民战士大都遣散归农，西南地区农民的抗清斗争仍时有发生。
夔东十三家军的抗清斗争大西军抗清的最后失败，标志着西南地区轰轰烈烈的抗清斗争基本宣告结束。自此以后，全国范围内的抗清斗争已不多见，清朝已进入顺利发展的和平时期。唯有川、陕、湖广三省边界的夔东十三家军和东南沿海上的郑成功还继续坚持着抗清斗争。
大顺军余部离开了明政权之后，在郝摇旗、刘体纯、袁宗第、李来亨的率领下先后进入荆襄和川东地区。由于南明军队内部争权夺利，互相顷轧，排挤和打击大顺军，所以大顺军毅然放弃了联明抗清的计划。他们在巫山、归州（湖北秭归）、房县一带山区，建立了抗清根据地，众推刘体纯为首领，“听节制”，同时联合驻扎在这一地区的原明朝军队，号称“夔东十三家军”。刘体纯驻军于巴东，袁宗第驻军于大昌（四川巫山县北），贺珍驻军于大宁（四川巫溪县），各自屯田自给。从巴东西至四川的夔州，称为西线。郝摇旗驻军于房县，以此为中心占有了附近的保康、竹山、竹溪等地，称为北线。李来亨驻军于归州、兴山，以茅麓山为基地，称为东线。此外．南到靖扛以南的少数民族地区，西南到利川，是原明军阀谭氏三兄弟的驻军之地。周围还有一些零星的各阶层的抗清武装。这一大块抗清基地，位于大巴山、武当山、巫山和荆山四大山系之间，山势险峻，物产丰富，正是农民军生存发展的好地方。十三家军注意开荒生产，招集逃亡百姓令其安居：“来亨等势稍振，屯耕山田，发收麦粟草绵，供粮食衣履，亦遣人市盐铁荆西。居民或与往来市贩。”十三家军对内“则以课农练兵为本”，对外则抗击清军，当地农民纷纷加入十三家军，致军队扩大到几十万人。自1651年以后，十三家军经常主动出击，曾攻打过襄阳、彝陵、归州、宜昌等地，令清军手足无措。
1658年，为打击清军三路进攻云贵大西军的作战计划，十三家军冒着远离基地的危险，两次攻打重庆，试图减轻大西军的压力。第一次是在1658年8月，刘体纯、李来亨、袁宗第等联合谭文三兄弟的明军，从水路攻打重庆，因为吴三桂防守严密而退回。第二次是在次年的1月，十三家军以谭氏兄弟所率明军为先头部队，仍由水路攻打重庆，“战舰蔽扛，势甚猖獗”。再次包围了重庆。后因谭氏军队内讧并投降了清军，十三家军只好收兵。
当清廷镇压了西南以大西军为主的抗清斗争之后，又把镇压的矛头指向了夔东的十三家军。1661年（顺治十八年），清川陕总督李国英献计“合营进剿”。清廷调集大军30万，以权臣鳌拜之弟穆里玛为靖西将军，国海为定西将军，加上总督李国英，分兵三路围攻十三家军的抗清基地。清军作了周密布署，从1662年（康熙元年）开始，调兴安、郧阳兵为一路，攻打房县、竹山；调四川兵为一路，进攻夔州、建始、巫山、大宁、大昌；调荆州、宜昌兵为一路，进攻远安、兴册、巴川、归州。显然，清军以30万重兵合围巴蜀一隅之地，农民军处境十分不利。为了掌握主动，十三家军首先围攻巫山，清军被困城内。清军增援巫山，并截起义军粮道。起义军只好撤围败退。清军则沿途追击，由于众寡悬殊，主将刘体纯兵败自杀。经过1年多的浴血奋战，十三家军的一些主要将领如郝摇旗、袁宗第等都先后牺牲，许多地区落入清军之手。李来亨率余部退守兴山，虽然曾在房县七里坪大败清军，但终究是寡不敌众，不久，李来亨的军队就被清军团团围困于兴山县西的茅麓山上。这里是李来亨的根据地，将士们凭借有利的地形，继续与清军鏖战。1664年（康熙三年）从2月至8月，李来亨率领农民军顶住了清将李国英部29余万的围攻，并屡次挫败清军。直至9月，由于叛徒的出卖，引清兵从后山而上，攻进山寨。李来亨带领全军将士不屈不挠，誓死抗击。终因弹尽粮绝，败局已定，李来亨全家自焚。全军万余人，除百余人被俘外，没有人投降。十三家军联明抗清斗争就此结束。这支农民队伍，继承了李自成、张献忠农民军英勇斗争的传统，在全国抗清趋于低潮时不屈不挠地继续抗清，坚持战斗达10多年之久，这是非常可贵的。
§§§第四节 南京陷落弘光政权土崩瓦解
明朝灭亡之后，明宗室先后在南方建立起一系列地区性的政权，包括福王弘光政权、唐王隆武政权、鲁王监国、唐王隆武政权和桂王永历政权。清军从入关到消灭南明政权，经过了近20年的战争，终于完成了统一中华大地的战略任务，建立了对全国的统治，历史从此又翻开了新的一页。
弘光政权的腐败与偷安李自成攻克北京和崇祯皇帝吊死煤山的消息传到南京，因北方农民军强大而南逃的明宗室以及明朝的文武官员惊恐万状。为保住江南半壁江山，继续与农民军对抗，南京的明朝残余势力聚集在一起，商议择君以定南都，然后誓师北上。结果出现了拥潞王和拥福王之争。最后马士英恃势逼史可法等人同意立福王朱由崧为帝。1644年6月（清顺治元年，明崇祯十七年），由马士英、史可法等奉明福王朱由崧监国于南京，不久即皇帝位，年号弘光。弘光政权是明末大官僚军阀派系斗争的产物。以“讨贼”复仇”为宗旨。弘光王朝当时拥有相当庞大的兵力，总兵左良立、左梦庚父子率领二三十万大军驻扎武汉；总兵刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等四镇，拥有兵力三四十万，驻扎在江淮一带。在河北、山东、河南、四川等地还有一些明朝的残余势力，一边继续与农民起义军为敌，一面打起了弘光年号，有的则编入了南明朝廷军队系统，拜官封爵。这近百万的南明弘光军队，矛头首先是对准农民的，并没有把清军入关作为主要威胁，因为当时清统治者打着“为尔等复君父仇”的旗号，进驻北京后，把全部兵力投入镇压农民军的战争之中，而对南明王朝则暂作妥协姿态，从而麻痹了南明王朝，并减少了来自汉族官僚的反对。弘光政权是明朝大军阀大官僚派系斗争妥协的产物，它本身依靠着几个对立的军事集团而存在。一边是以镇压农民起义起家的左良玉集团，盘踞在长江中游的武汉一带，另一边是江北四镇的高、黄、二刘横行于江淮之间。每个军阀各有地盘，各有军权，相互争夺，鱼肉百姓。如扛北四镇“所在兵民相角，……民以兵为贼，兵以民为叛”。弘光政权的各个军阀集团存在着不可调和的矛盾，他们争权夺利，互相攻击，势如水火。各派都主张用全力扑灭农民军，而寄希望于和清朝实行妥协。唯有兵部尚书史可法提出大政措施，“迅即召用天下名流，以救国人之心”，不以偏安江南一席之地为满足，而必须“养成气力，恢复神京，澄清关陕，以归全盛”。就是要驱逐占领北京的清兵，收复中原故土，剿灭退守山西、陕西的李自成领导的农民军，以报“君父之仇”。这是史可法力图复兴明王朝的两条方针大计。史可法要求驱逐清兵，是符合当时南北广大人民群众要求的，而且从史可法执政时的实际情况看，“复故土以光祖业”也是有可能的。就当时南明的国土来说，还拥有黄河以南广大地区，黄河以北也未被清兵全部占领，而且还有一二百万的兵力，而清兵满汉八旗最初也只有数10万人。况且弘光政权以南京为都，战既可战，守更可守。因此史可法根据“从古守江者必先守淮，守淮者必先守河”的经验，敦促弘光政权在军事上进行了一系列的部署，提出“江北与‘贼’接垠，遂为冲区，议设四镇，分辖其地”。于是甫明政权在江北设立了四镇：“刘泽清镇淮、海，驻淮安，所属十一州县，经理山东一带招讨事；高杰镇徐、泗，驻泅水（按：或泗州，今安徽泗县），所属十一州县，经理河南、河北、开（封）、归（法）一带招讨事；刘良佐镇凤（阳）、寿（县），驻寿州或临睢，所属九州县，经理河南陈、许一带招讨事；黄得功镇滁（州）、和（州），驻滁（州）、庐（州）或池（州）、和（州），所属十州县，经理各镇援剿事”。每镇驻兵二三万，各设监军1员，各地州县有司和军民皆听节制和统摄，兵马钱粮自行征取。史可法以督师地位坐镇扬州，居中调遣。此外，又令宁南侯左良玉驻武昌，防守长江中游。总兵郑鸿逵、吴志葵守江、吴淞，并照北京旧例，改定南京营制，加强留都防御力量。弘光政权以四镇作军事据点，以屏障南京。确定如果农民军“在河北，则各镇合力协防淮徐”，“在河南，则各镇协守泗、凤”；“在河北、河南并犯，则各镇严严固守”的战略，然后整装北伐，以期完成扑灭农民起义的“中兴大业”。这一战略布署如果能顺利执行，各镇相互配合，或许能使弘光政权多延续些时间。然而四镇总兵骄横虐民，名义上归史可法节制，实则是马士英的羽翼，对吏可法的军令阳奉阴违。四总兵闻听扬州繁华多美女，虽各有驻地却不甘寂寞，争入扬州，彼此兵戎相见，史可法多方劝解才避免了一场内战。史可法原为弘光政权中的东阁大学士兼兵部尚书，主持朝政。但他目睹福王的无能和腐败以及权臣之间的尔虞我诈，自请前往江北督师，退出朝政（实际上是被马士英之流排挤出朝），顾全大局，另谋救亡图存的出路。史可法从就任首辅到被挤出国都，还不到半个月的功夫。这十多天只是弘光王朝的回光返照。弘光政权奸臣当道，注定了它灭亡的命运。
弘光政权虽然统治着全国最富裕的地区，并拥有近百万的军队，而且据有江河天堑，但由于坚持维护明朝的腐朽统治，在清军入关定都北京后，庸懦无能，苟且偷安，仍然把农民军当成主要敌人，阴谋勾结清兵消灭农民军后，再向清朝割地求和，偏安江左，故而始终没把清军当作主要威胁而加以防范。
清兵占领北京之后，起初并没有统一全国的战略计划。以摄政王多尔衮等为首的满州贵族的最高统治者对于汉族居住的广大地区还知之不多，因此他们只是从眼前出发，想在华北地区尽可能地多占领一些地方。据记载，多尔衮刚入北京，就下令为崇祯举哀三日。然后薙发改制，“薙发令下，有言其不便者曰：‘南人薙发，不得归。远近闻风惊畏，非一统之策也’。九王曰：‘何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳”。多尔衮颁诏江南，摆出一付吊民伐罪的架势，大骂李自成起义军，自夸功德，对新建于南京的弘光政权也是未置可否。诏书中说：“深痛尔明朝嫡胤无遗，势孤难立，用移我大清宅此北土。厉兵秣马，必歼丑类，以清万邦。非有富天下之心，实为救中国之计。咨尔河北、河南、江淮诸勋旧大臣，节铖将吏及布衣豪杰之怀忠慕义者，或世受国恩，或新膺主眷，或自矢从王，皆怀故国之悲，孰无雪耻之愿。予皆不吝封爵，特予旌扬。其有不忘明室，辅立贤藩，戳力同心，共保江左者，理亦宜然，予不汝禁。但当通和讲好，不负本朝，彼怀继绝之恩，以惊睦邻之谊。”然后多尔衮又强调说：“若国无成主，人怀二心，或假立愚弱，实肆跋扈之邪谋；或阳附本朝，阴行草窃之奸宄。斯皆民之蟊贼，国之寇仇。俟予克定三秦，即移师南讨，殪彼鲸鲵，必无遗种。于戏，顺逆易判，勉忠臣义士之心；南北何殊，同皇天后土之养。布告天下，咸使闻知。”诏书的措辞具有很大的伸缩性，清统治者一方面统治暂限于河北、河南以及长江以北的扛淮地区，示意“不忘明室”的南方汉族地主可以“辅立贤藩”，“共保江左”。另一方面又设下种种借口，以便一旦条件成熟时，就可以宣布江左政权并非明朝的“贤藩”，而是“民之蟊贼，国之寇仇”，则“移师南讨”就师出有名了。
由于黄河流域饱受农民起义打击的汉族地主纷纷投靠清朝，并为满清贵族出谋划策，所以以多尔衮为主的满清贵族野心急剧澎胀。原明朝的顺天巡抚宋权颇受清廷赏识，首献治平三策，说“四海可传檄而定”。原明朝御史柳寅乐也在甲申六月上言，“时已届秋，庙堂宜早定大计。今日事势莫急于西贼，欲图西贼，必调蒙古以入三边，举大兵以收晋豫，使贼腹背受敌。又须先扼蜀汉之路，决策定东南之局”。这样，满清贵族开始窥测江南。清朝统治者看到南明王朝的腐败无能，更坚定了消灭南明王朝的决心。但从当时的局势出发，清统治者对南明暂作妥协姿态，在策略上随机应变，制造和谈与偏安的幻想以麻痹南明统治者，这样南明王朝更寄希望与清朝政府实行妥协，以便携手剿杀农民起义军。1644年7月初，当吴三桂勾结清军入关并击败李自成农民的消息传到南京时，南明统治者急忙晋封已经降清的吴三桂为蓟国公，甚至还准备从海运输米10万石，酬劳他“借”清军之力击败农民军的“功劳”。七月间，当听说占据北京的多尔衮扬言“且天下者，非一人之天下”，宣示清朝要夺取全国统治权的野心时，弘光政权不敢分辩，仅向河北、山东颁发“诏书”，以示南明小朝廷的存在，“以安中外臣民之心”，根本不敢与清朝公开对抗。最初因形势不明朗，力量有限，而且民族矛盾比较尖锐突出，所以清王朝对南明政权“不忘明室、辅立贤藩”的政治野心采取了暂时容忍的态度，甚至打着“为尔等复君父仇”的旗号，愿意与南明“通好讲和”。但同时又发明警告，如胆敢与清对抗，清兵将在“克定三秦”之后移师南讨。8月间，弘光政权派出和谈使臣赴京，携带黄金1000两，白银10万两，并以割地、岁纳白银10万两等为条件，乞求清军不要南下，并建议采取联合行动进攻农民军。
9月初，正当史可法大体做好调停四镇纷争的工作，并着手筹建河防时，收到了清朝摄政王多尔衮写来的警告信，信中称清朝“国家之抚定燕京，乃得之于闯贼，非取之于明国也。贼毁明朝之庙主，辱及先人，我国家不惮征缮之劳，悉索敝赋，代为雪耻”，“闯贼李自成称兵犯阙，荼毒君亲，中国臣民不闻加一矢；平西王吴三桂界在东陲，独效包胥之哭。朝廷感其忠义，念累世之夙好，弃近日之小嫌，妥整貔貅，驱除枭境。入京之日，首崇怀宗帝后谥号，卜葬山陵，悉如典礼，亲郡王将军以下一仍故封，不加改削，勋戚文武诸臣咸在朝列，恩礼有加。耕市不惊，秋毫无扰。方拟秋高气爽，遣将西征，传檄江南，连兵河朔，陈师鞠旅，戮力同心，报乃君国之仇，彰我朝廷之德。”“兹乃逆贼稽诛，王师暂息，遂欲雄据江南，坐享渔人之利，揆诸情理，岂可谓平！……今若拥号称尊，便是天有二日，俨为敌国”，清兵将暂停对农民军的追剿，“简西行之锐，转旆东征”，“兵行在即，可西可东，南国安危，在此一举”。多尔衮的信无异于是最后通谍，明确提出要福王“削号归藩”，从根本上否定弘光政权的合法存在。然而信中的“同以讨贼为心”对南明王朝又充满了巨大的诱惑，是史可法等梦寐以求的。于是史可法复信多尔衮，开具全衔，“大明督师兵部尚书兼东阁大学士史可法顿首谨启大清国摄政卫殿下”，郑重代表弘光政权表态，“本朝传世十六，正统相承，自治冠带之族，继绝存亡，仁风遐被，”“今上非他，神宗子孙，光宗犹子，而大行皇帝之兄也。名正言顺，天与人归”。贵国“若乘我国运中微，一旦视同割据，转欲移师东下……亦甚违殿下仗义扶危之初志矣，”今逆贼未伏天诛，“伏乞坚同仇之谊，全始经之德，合师进讨，问罪秦中，共枭贼逆之头，以泄敷天之忿。”史可法的拒降信态度鲜明，义正辞严，既没有妥协也没有后退，表现了民族正气。但此时史可法对清王朝还存在着一丝幻想，公开向清朝提出联合灭“寇”，表现出他对农民军的仇视，希望历史上的“回纥助唐、平安史之乱、契丹和守”消四世兵患的故事重演。然而多尔衮灭明之心已定，拒而不见南明使团，并于10月25日，以江南“擅立福王”为由，命多铎率兵南征。11月下旬，史可法得知与清朝议和破裂的消息，对清的态度才有了清醒的认识和彻底的转变。
史可法是南明弘光的政权中最有声望的人，但是战略眼光有限。直到顺治元年十月（1644年）确信议和失败，清朝已调兵南征之后，才被迫放弃与清朝“连兵西讨”农民军的幻想，意识到清军乃南明王朝最危险的敌人，于是重新提出了“讨贼御敌。以图恢复”的战略方针。史可法坚持“安内乃攘外之本”的立场，认为“贼一日不灭，敌一日不退”，“两者必转而相合，先向东南，宗社安危，决于此日”。所以，他虽有“西征北御”的思想，但实际上仍把“专力讨贼”放在首位，而丧失了进攻清军的机会。因为当清军主力西征李自成之时，其内兵力空虚，明军若能乘虚而入，出兵袭击山东、河北，威胁北京，将使清军陷于两面作战的困境。但是南明王朝按兵不动，希望借清军之屠刀剿杀李自成的农民军，以坐收渔人之利。这样就给清军提供了先西后东，从容不迫，各个击破的机会。
弘光政权建立之初，似乎还有些朝气，但史可法等正直官员被排斥出南京之后，朝廷大权落在阉党马士英、阮大铖等人之手，“兵骄饷绌，文恬武嬉，顿成暮气”，史可法“受命督师，无日不以国事为念”。比起四镇的不听节制、清摄政王多尔衮的咄咄逼人宋，南京小朝廷的日益腐败更让史可法忧心忡忡，他一次次地上疏苦谏。据不完全统计，在不到一年的时间里，他上疏达20次之多，每次提笔上疏时，都忍不住因忧国忧民而“呜咽不自胜，幕下士皆为饮泣”。然而史可法面对日益腐败的南明小朝廷和日益逼进的南下清军，已无回天之力。马阮一伙祸国殃民，结成死党，注定了南明必然灭亡的命运，给史可法抗清造成无法摆脱的困难。
史可法对朝廷的苦谏无济于事，要把抗清事业进行到底，唯一可行的是靠自己身先士卒，艰苦斗争。史可法为督师期间，千方百计地化解四镇总兵之间的纷争，他在八月份视察二刘军队，在九月份调解黄、高交恶，都是急于要建立抗清防线，以达到“守江北以守江南”的目的。为守江南，在江北应有三道防线：第一道是“河防”（黄河防线），第二道是“淮防”（淮河防线），第三道是“江防”（长江防线）。史可法最急于建立的是第一道防线，并且不以防守为满足，一心一意要进兵河南。恢复中原。为此，他命驻泗水的总兵高杰驰赴河南开封、归德（今商丘地区），力图进取，并及时抵御清兵南下，并调黄得功和刘良佐二总兵驻兵安徽颍上、毫县一带，这里靠近河南，以便相互支持。根据史可法的奏请，南明朝廷分定整个大扛以北的“汛地”（即防地）：长江上游是左良玉的汛地；天灵州而下到仪征、三叉河，是黄得功的汛地；三叉河以北到高邮境内，是高杰的汛地；从淮安向北到清江浦（今江苏淮阳市）是刘泽清的汛地；从王家营（淮阳市北）到宿迁一段，是督师史可法的汛地，这个边防分工，史可法完全把自己作为普通将领，一样地领受战斗任务，为此曾有幕僚认为这样做有失督师的身份。但大敌当前，史可法要以身作则，他要为南明王朝鞠躬尽瘁。
顺治六年（1644年）十月下旬，清廷决策分兵定向，征服全国。令英亲王阿济格等率军进攻陕北，镇压李自成起义军；令豫亲王多铎等率军南下进攻南明弘光政权。十月二十四日，清廷传谕河南、南京、浙江、江西、湖广等处文武官员人等曰：“尔南方诸臣当明国崇桢皇帝遭流贼之难，陵阙焚毁，国破家亡，不遣一兵，不发一矢，如鼠藏穴，其罪一。及我兵进剿，流贼西奔，尔南方尚未知京师确信，又无遣诏，擅立福王，其罪二。流贼为尔大仇，不思征讨，而诸将各自拥众，扰害良民，自生反侧，以启兵端，其罪三。惟此三罪，天下所其愤，王法所不赦。用是恭承天命，爰整六师，问罪征讨……”就当时的形势而言，清廷的决策是过高地估计了自己的力量的，因为当时清军的战斗力虽然比较强，但人数相当有限。多尔衮等人把自己的主力分别投放在相隔数千里的两地同时发动大规模战役，在战略上是完全错误的。它不仅在一旦受挫时势必呼应不灵，而且大军既出，整个华北地区清军的守御力量非常虚弱。就在清军分兵作战的关键时刻，李自成的大顺军在河南怀庆地区发起了反击战，从而使清廷统治者如梦初醒，急令多铎改变进军路线，调头扑向怀庆，取胜之后再渡黄河攻潼关，与阿济格的军队夹攻西安。否则，即使多铎军南下一举攻下南明政权，但在其腹地的大顺军于怀庆得手之后，则完全有可能乘清军后方空虚，取道长治直指北京。这样一来清廷在北京的统治就受到了严重的威胁。因此可以这样说，由于大顺农民军在怀庆地区展开反清斗争，几乎吸引了全部清军主力，才推迟了弘光朝廷覆灭的时间。对南明政权而言，这正是背水一战的好机会，如果趁机派兵北上，收复山东、河北，未尝不是一种自强之道，况且在客观上对大顺农民政权的抗清斗争也是一种支援。山东总督王永吉曾派人前往北京附近地区打探消息，得知“建州精骑尽往征闯，北直、山东一带皆单虚”，因此向弘光政权建议：“若简骁劲马、步二枝疾趋沂济，为奇兵电掣星驰，计日可复二城。若二城复，兖、济、临、德遂成为破竹。诸军辐辏，联络犄角，攻其无备，必建奇功。”然而这个合理建议却被弘光朝廷束之高阁。在清军倾巢西向夹攻李自成农民军时，史可法仍念念不忘所谓“君父之仇”，主张“宜速发讨贼之诏，严责臣与四镇悉简精锐，直指秦关……”，从而使清廷有了喘息之机，开始逐步实现其各个击破的统一方略。
当时，清朝统治者对李自成大顺军的力量估计不足，摄王多尔衮企图令清兵在分兵西攻农民军之后，南下攻打福王政权。但李自成指挥大顺军从山西、河南发起的北伐，却打乱了多尔衮的如意计划。多尔衮不得不令豫王多铎停止南下，先从河南西攻潼关。1645年初清军占领潼关、西安，大顺农民军被迫南撤，明朝的残余武装力量见大势已去纷纷降清，清军的武装力量由此迅速扩大，于是清朝统治者才可能出兵南下，摧毁弘光政权，夺取全国的统治权。顺治二年三月初七（1645年），清军分兵三路，自龙门关及南阳并进南下。一路由多铎率领，出虎牢关（今河南蒙阳县西北汜水镇，位于大山之上）；一路由固山额真拜伊图率领出龙门关（一名伊阙，今河南洛阳市南龙门）；一路由兵部尚书朝岱率领，走南阳。不久，三路清军会师后攻克归德（今河南商丘县南），然后又从归德分两路南下，“如入无人之境”。五月四日清军攻占军事重镇徐州，守卫的明总兵闻风而逃，弘光小朝廷面临“燕巢危幕，朝不保夕”的局面。
许定国叛明降清清朝军队之所以很快渡过黄河，顺利地夺取归德，而后直逼南京，归根结蒂在于南明福王政权的极端腐败。南京的小朝廷里风波迭起，以马士英和阮大铖为代表的阉党压制和迫害东林党人，守备在江北的四镇总兵在清军压境时还在抢占地盘，相互火并。史可法督师北上迎敌，然而黄得功和刘良佐拒不从命，致使率兵北上的高杰孤军深入，高杰本人在睢州（今河南睢县）被明总兵许定国诱杀。当高杰被害，其部下大乱屠睢的消息传到江南以后，史可法“流涕顿足叹曰：‘中原不可为矣’。遂如徐州，以总兵李本身（按：高杰的外甥）为提督，统杰兵”。说明当时许定国诱杀高杰，完全破坏了史可法制订的以开封、归德为根据地进图中原的战略计划，同时由于弘光政权在江北的军队互相攻杀，史可法被迫亲赴徐州去安抚乱军。而此时已到了清朝大军分别从河南、山东大举进攻的前夕，史可法此举，已经挽回不了弘光政权在徐淮等处的败局了。因此可以说，许定国诱杀高杰事件，加速了弘光政权的灭亡。
许定国在明末后任副总兵已有数10年，因明末战乱，许定国逐渐走上拥兵自保的道路。他领兵占据河南睢州一带，拚命扩充军队，很快拥有万余军队，成为屯兵睢州的重要地方实力派将领。崇祯十七年（1644年）三月，即许定国进入河南大约半年以后，明朝被李自成的农民军所推翻。不久，清军进入北京，而这时南京也成立了弘光政权。国内这些重大的政治变化，使河南地区的形．势极为复杂，以至出现了清政权、弘光政权和李自成农民三种政治力量相对峙和割据的地区。处在这种错综复杂的政治环境之中，作为一个故明总兵，许定国自然很快与弘光政权建立了隶属关系，成为弘光在河南的重要将领。到了九月，督师史可法令兴平伯高杰率兵移驻徐州，并节制开封、归德一路，以抵御清军，从而使屯兵睢州的许定国受高杰的统辖。与此同时，弘光政权又授予许定国“镇北将军”印以示倚重．然而许定国对弘光的命令采取了拖延甚至抵制的态度，阳奉阴违，首鼠两端，暗中与清军联络，表示愿意接受招抚。由于弘光方面史可法、高杰对河南地区斗争的复杂性估计不足，对许定国过于轻信，这就不能不铸成大错。许定国诱杀高杰是清初历史上的一次偶然事件，但是换一个角度看，其中也有某些必然性。许定国代表的这些明朝文武官员的活动，突出表明了明末统治阶级内部的四分五裂、将相离心，这也正是明朝迅速灭亡，清军能在短期内消灭南明残余势力，统一全国的重要原因之一。当然，如果没有这个偶然事件，清统治者也会迅速出兵南下消灭南明政权，总之，南明福王政权的灭亡则是必然的了。
睢州守将许定国在清军大举南下的关键时刻，投降清朝，诱杀高杰，从而使弘光前线政局陷于被动，这一不幸事件，严重打乱了史可法的军事部署。史可法以普通将领身份前往王家营到宿迂一带督师时，正值严冬，但史可法与将士们同甘苦，所以士气很旺。总兵官刘肇基一举夺回宿迂，清兵拔营逃走，取得了胜利。清兵不甘心失败，又围攻邳州，史可法令刘肇基驰援，双方相持半个月，南明军队不屈不挠，最后清兵被迫撤退，邳州解围。史可法深入前线，初战告捷，曾打算派人联络正在抗清的山东榆园农民军，却不料出现了许定国的叛乱。高杰被杀死，其部队数万人群龙无首，其它三镇总兵欲争取高杰的士兵，黄得功企图袭击扬州，吞并高杰余部，史可法闻讯顾不上在徐州督师，忙赶回扬州制止内乱。却不料清军乘机自归德攻占了徐州和泅州（安徽泗县），然后清军顺利由泗州渡过淮河，直逼扬州。四镇中的刘良佐、刘泽清“以入卫为辞，避而南下”，逃之天天。
扬州保卫战史可法虽然竭力筹划防御，但江北那些既跋扈又怯懦的将领们，根本不服调度。奸党马士英趁机提拔卫允文为兵部侍郎，削夺史可法的部分兵权。屯兵武汉的宁南侯左良玉，袒护受阉党迫害的东林余党，也在此时率兵几十万东下九江，以“清君侧”为名发动了内战，声称欲入南京讨伐马士英等阉党，马士英则调江北四镇官兵迎战。大敌当前，明军却不战而内乱，无异于自取灭亡。自清军攻占顺德之后，史可法认为“河险已失”，急欲“提兵赴泗，正思联络凤（阳）、泗，控守淮南，不意复有上游之警”，弘光令史可法火速移师堵截左良玉。史可法连忙上疏忠告弘光帝：“上游不过欲除君侧之奸，未敢与君父为难。北兵一至则宗社可虞。……北兵南来，则历历有据，声势震荡，远近惶骇，万一长淮不守，直抵江上，沿江一带，无一坚城，其谁御之？”此时黄河防线早已全线丢失，清兵已逼近淮河一线，大敌当前，弘光帝却被马士英挟持，令史可法“督诸军渡江入援”。君命难违，史可法只得率所部人马，驰赴南京。在他身后，清军已渡过淮河，正以每日推进50里的速度直逼南京。左良玉大军被黄得功击败之后，渡江北上降清，弘光政权又遭到沉重一击，情势急迫，已经抵达南京近郊燕子矶的史可法，欲求入京面陈军机大计被拒绝，弘光帝又有诏令，令他立即率师返防。此时的史可法身为督师却无师可督，欲北上守淮河而清军已渡河南下。史可法欲哭无泪，仰天长啸，空怀悲切。
弘光元年（1645年）四月初十，史可法火速率部重新奔赴前线，十二日赶到天长，得知盱眙已被清军包围，他急令黄得功、刘良佐和刘泽清及两淮地方军驰援，自己率部先行出发，奔救盱眙。行半路得知盱眙守将已经降清，援军侯万岩部全军覆没，于是昼夜兼程再奔向泗州，谁知泗州守将李遇春又降清。史可法疲于奔命却无处可守，一切都已经太晚了！又经过一天一夜的急行军，史可法奔回扬州，忽忙部署这个江北重镇、南京屏障的防守事宜，不久，气壮山河的扬州保卫战就开始了。
清豫王多铎进占泅州后，于四月十四日渡过淮河，直扑扬州。打先锋的，正是许定国。多铎因畏惧史可法的威名，对南下还有些迟疑，在许定国的极力怂恿下，多铎才决议尾追史可法，并以兵部尚书汉岱为前锋，率部杀向扬州。
史可法于四月十四日赶回扬州后，四处求援，可朝廷与诸将无动于衷。史可法一面发布文告，安定人心，加紧修筑防御工事，一面以“血书寸纸驰报兵部”。并向江北各镇将官发出紧急文书，要求火速增援。南明朝廷的兵部尚书要职正被阮大铖窃踞，他正想借刀杀人，除掉史可法，所以血书至兵部，“兵部”不应。刘泽清占据淮安正准备降清，刘良佐入京“勤王”，正暗中与清兵联络；黄得功率兵至芜湖，正全力阻截左庚所率的左军残余；驻高邮的原高杰部将李成栋，也不肯就近援救扬州。扬州是南京在江北的门户，然而城内守兵单弱又得不到外援，史可法只得决议死守杨州城。
扬州城内各路军队加起来总数也不过1．8万人，比起多铎的10万人马，兵力要薄弱得多。除了刘肇基率4000兵自白洋河连夜驰援之外，还有监饷郎中黄日芳召集川将胡尚友、朝尚良，率领所部驻守在扬州东郊茱萸湾（俗名湾头）。先前奔援泅州的督师部属，也由应廷吉统率而来，驻瓦窑铺，和胡、朝二军成犄角之势，互相声援。兵部至事何刚已被任命为贵州遵义知府，但他不忍舍弃史可法，而率领精兵忠贯营驻守瓦窑铺，其它如副总兵乙邦才、庄子固、楼挺等人，都带了有限的人马到达扬州。到二十一日甘肃总兵李栖凤、监军副使高歧风率所部4000人到达扬州。难能可贵的是，扬州的四乡农民因遭受多铎前锋部队的骚扰，纷纷要求进城参加扬州城的保卫战，扬州人民的奋起给了以史可法为首的守城官兵以极大的鼓舞，大大加强了城防的力量。
清军从天长、六合长驱而来，其先头部队于四月十五日左右到达扬州西北的竹园，大部清军则于四月十八日前后陆续到达城外，在城北20里处扎营布阵，并夺得300多只民船顺水直逼扬州城下，只因红衣大炮未至，多铎派泗州降将李遇春入城劝降，史可法站在西门城门上怒斥叛贼，守城官兵众箭齐发，吓得李遇春抱头鼠窜，多铎后来数次招降史可法，均遭拒绝。多铎在诱降失败之后，命令加紧围城，把史可法在城外的驻军全部逼入城内，缩入了包围圈。史可法急令总兵李栖凤监军，令副使高岐凤扎营城外，作为援应，自率刘肇基登城阅兵以鼓土气。只见城外清兵如汪洋大海般将孤城扬州围在中间。史可法一声号令，守城官兵炮弹石矢，飞向城下乌压压的清兵。清兵仗着人多，前边的被打死打伤，后面的又往上涌来。这样相持了两昼夜。刘肇基献策，建议利用城内高地之优势，决淮河之水灌入敌营，然后背城一战。史可法认为“民为贵，社稷次之。敌军未必丧亡，准扬先成鱼鳖，于心何忍？”他不忍决堤害及百姓，也不同意开城出击，因为敌强我弱，野战必败，只有固守城池等待后援才是上策。
多铎清军接连攻城已达数日，清军伤亡无数，而扬州城依然傲立。多锋恼羞成怒，到四月二十二日，已把扬州新旧两城围得水泄不通。加上从六合、仪真方向赶来的清兵铁骑5万，围城清军已达15万人之多。南京城的弘光帝惶惶不可终日，召见群臣，有大臣提出“准扬最急”，应立即调兵增援，并加强南京的防御，不应该再撤去二镇江防兵去对付左良玉。然而抱定“宁可君臣皆死于清，不可死于良玉之手”的马士英，狂妄之极，对着满朝文武嗔目大呼：“有议守淮者斩”，吓得连傀儡皇帝也不敢吭声，于是史可法的“血疏告急”被冷落在一边，无人过问。真是“朋党势成，门户大起，清兵之事，置之蔑闻”。在这种生死关头，一些怯懦的将领临阵叛变降清。就在二十二日，进城才一天的总兵李栖凤和高岐凤二将试图以武力挟持史可法出降，被史可法严辞拒绝之后，这两个叛将于夜半时分带本部4000余人马并掠走了川将胡尚友和卦尚良的部分兵马，投降清营。当时，李、高握有扬州城中近半数的兵力，如果史可法以其叛变之名加以镇乱，势必造成内乱，导致清军趁乱而入城。所以史可法只得“听之不禁”，眼睁睁地看着叛军出城投敌而奈何不得。
李、高的哗变，一度使城中军心有所动摇。从二十四日夜开始，清军开始用火炮猛攻扬州城，史可法指挥守军顽强紧守，双方死伤众多。史可法料知城孤援绝，终难持久，于是又以血书力劝弘光帝去谗远色，勉力图存，又写信寄与父母妻儿，不谈家事，只嘱咐死后最好能葬在高祖皇帝（朱元璋）陵之一侧，否则就葬于扬州梅花岭！其精忠报国之心，感天动地，可歌可泣！到了第七天，城内的炮弹矢石已所剩无几。史可法集合全体守城官兵，做最后的战前动员。要求全体守军一致努力，严密防守，挠乱人心者军法治罪！然而中军官两次传渝，士兵们都一声不响。士兵们已陷于绝望之地，史可法痛心疾首，失声痛哭，据说中军官取火照明，只见史可法双眼滴血，战袍上已是血泪斑斑，士兵们终于被感动，于是史可法下令把所剩不多的守军分成三部分：一部分迎敌，一部分守城，一部分巡查，并且宣布了临阵军令：“上阵不利，守城！守城不利，巷战！巷战不利，短接！短接不利，自尽！”士兵们齐声应和，喊声震天，决心要与清军奋战到底。
扬州城的百姓也自觉组织参战守城，男女老幼四处搜集砖石、石灰，赶制刀箭，甚至拆掉了家中的木捧、门板用以加固城墙。全城军民同仇敌慨，团结一心，决心与扬州城共存亡。
扬州新旧两城共有13座城门，其中旧城西门的城墙比较低矮，容易被清军突破。西城门之外是一块长满树林的土丘，为明朝阁臣李春芳之墓。此前守军曾力主砍除树木以防敌隐蔽，然而史可法拘守礼法没有答应，自己率兵亲守西门。果然，清军的红衣大炮（按：原称“红夷大炮”，最初由红头发的荷兰人传到中国，故称“红夷”，清统治者忌讳“夷”字改称为“红衣大炮”）就架在树林之中。四月二十五日，多铎下令发起总攻，从四面向城内环攻，而西门的攻势最猛，清军人数也最多。史可法下令开炮还击，多铎大怒，命用红衣大炮连续猛轰，炮声如雷，隆隆不绝，硝烟滚滚，遮天蔽日，西门城楼不一会儿就陷入火海之中。清军趁机架起云梯爬城。城内军民向清军投掷砖石，如同飞蝗骤雨。城墙西北角终于被轰开，城外清军一拥而上，于是两方人马短兵相接。守城农民奔向缺口，挺身相迎，与清军展开内博战，只见刀光剑影一片，地上则血流成河。两下激战许久，城内外尸如山积，清军践尸入城，西门终于被攻破。其它各门，军民仍在浴血奋战。刘肇基率余部400勇士与清军展开激烈的巷战，在杀死数千名清军之后，全都英勇牺牲。
史可法见清兵已入城，肇基阵亡，大势已去，迅即拔剑自刎，他要实践自己定的军令。众人夺去利剑将史可法紧紧抱住，一起簇拥着他转向小东门，后又向南门突围，不幸被清军俘获。面对清军的威逼利诱，史可法誓死不屈。多铎说“君不见洪承畴乎，降则富贵”，史可法大义凛然回答说“城存与存，城亡与亡，我头可断，而志不可屈”！多铎不死心，又令清将宜尔顿继续诱降达三天之久，史可法始终不屈不挠，最后惨遭杀害，清将宜尔顿以薄棺收殓。史可法壮烈殉国时，年仅44岁。
史可法被杀后，他的部属仍在苦战之中。庄子固部下700人，以“赤心报国”为旗号，无不格斗而死。副将马应魁，每战披白甲，书“尽忠报国”于背，以巷战死。还有将官乙邦才、楼挺、江云龙等都战死在沙场。总督淮扬的卫胤文，城破投水而死。史可法部下文武官吏壮烈殉难的在200人以上。多铎攻破扬州，死了数千人，付出了惨重代价。清军进城后，又时时刻刻遭到城中军民的伏击，清军在扬州遇到了自入关以来最顽强的抵抗！为此，清军十分痛恨扬州军民的反抗，多铎为了对扬州人民进行报复，下令屠城，剑子手们在10天内屠杀了几十万无辜的百姓！清军的这一暴行就是历史上有名的“扬州十日”大屠杀惨案。
清军血洗扬州之后，多铎令士兵搜集民间竹木家俱赶制木筏火把，“昏夜乘风放入江中，顺流而下，火光彻天。南兵见之，谓清师济江，遂大发炮击之。然风顺水急，愈击愈下，久之，炮几尽，王乃从七里港渡江”，占领南京的门户镇江。弘光帝连夜逃出南京，夺路奔往芜湖，投总兵黄得功庇护。当时，南明政权尚有20余万兵力，但由于朝廷的腐败，各路将士都无心防守，有意降清。当清军进攻时，明军一触即溃，纷纷逃窜如鸟兽散，南明守将郑鸿逵、郑采率水师经海路逃回福建，监军御史杨文和巡抚霍达逃往苏州。南明武装的基本力量，如左良玉（已死）的儿子左梦庚、刘泽清、刘良佐和高杰（已死）的余部，这时都已投靠清朝。顺治二年五月十五日（1645年6月8日），清军兵不血刃开进南京城，以忻城伯赵之龙为首的南明文武官员向清军投降。清军继续追捕福王朱由崧，已降清的刘良佐乘机抓住弘光帝，押回南京，成立仅一年的弘光政权就此宣告灭亡。明朝遗民张岱曾说过：“弘光痴如刘禅，淫过隋炀，更有马士英为之颠覆典型，阮大铖为之锨翻铁案。一年之内，贪财好杀，殢酒宣淫，诸凡亡国之事，真能集其大成。”清军攻占南京之后，接着由常州、无锡直取苏州。不久兵临杭州城下，逃避在杭州的明潞王常涝（崇祯帝的叔父）开城投降，然后在绍兴的瑞王、惠王等明朝宗室，也纷纷举表投降。清廷内外则一片欢呼之声：“金陵归顺，福王就擒，统之业已成！”清廷改南京为江南省，应天府为扛宁府，派八旗重兵驻守南京，降清的一大批明朝遗老遗少，“文武百官，争趋朝贺，职名红揭，堆至五尺者十数堆”。清廷于是任命江宁、安庆巡抚以下降官373人，作为其在江南统治的基础，然后继续挥兵南下，扫荡南方各地的抗清武装和明朝残余势力。
§§§第五节 昙花一现南明诸朝无力回天
清军入关，在1年多时间里，打败了李自成的农民起义军，摧毁了南明弘光政权，席卷了半个中国，随着清军向前推进，国内的民族矛盾特别是满汉之间的矛盾迅速上升，从而在江南各地出现了大大小小的抗清武装，也使濒于覆灭的明王朝残余势力得到了复苏。南明弘光政权由于腐败和内部纷争，理所当然地迅速灭亡了。接着清军的进攻矛头指向浙、赣、闽、粤东南地区，江南各地抗清武装斗争风起云涌。汉族地主阶级及其知识分子标榜“君亲之尊”、“华夷之防”，打着恢复“大明江山”的旗号，披发跌足，奔走呼号，激扬民族感情，一度成为满清贵族统一中国的障碍。但满清贵族建立大一统的帝国已是大势所趋，所以南明政权的抵抗是注定要失败的。
清灭鲁王政权的战争鲁王朱以海是明太祖朱元璋的第十世孙。崇祯十七年（1644年）春嗣鲁王位。清军占领北京之后，明宗室落魄南逃，四月在南京建立的弘光政权令鲁王从山东移驻台州（今浙江临海）。顺治二年六月，弘光政权灭亡之后，潞王朱常涝在杭州称监国仅三天就开城降清。这样在七月，在抗清义军、故明官吏、缙绅钱肃乐等的扶持下，鲁王朱以海在绍兴称监国，重新建立起反清复明的政权。
当时，鲁王政权以浙东为基地，以钱塘江为天然防线，分兵驻守。唐王政权控制着浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，拥有浙中抗清义师和驻守浙江的明总兵方安国、王之仁的部队。然而妨碍鲁王政权积极抗清的主要原因是它的政治腐败。当时，军阀专横，外戚宦官当权，把持有限的兵饷财源。因鲁王辖地地侠兵众，饷制不一，各不统属，难以一致抗清，真正抗清出力的士兵和“义师”得不到粮饷。正如钱肃乐所说：“竭小民之膏血，不足供藩镇之一吸，合藩镇之兵马，不足卫小民之一发。”同时，鲁王政权又与随后在福建建立的唐王政权争夺皇位继承权，内外矛盾重重，更无心抗清。
聚集在鲁王政权旗下的各路力量大致有：兵部尚书张国维起兵于东阳，刑部员外郎钱肃乐起兵于鄞（县），总兵王之仁起兵于定海，黄斌遣将自舟山，张名振兵自石浦，沈荃、冯无飗则在慈溪起兵响应，一时，鲁王政权声势颇大，兵部尚书张国维提出“克期会战，则彼出此入，我有休番之逸，而攻坚捣虚，人无接应之暇，此为胜算。必连诸帅之心化为一心，然后使人人之功罪，视为一人之功罪”。鲁王采纳了他的主张，于是张国维联合方国安、王之仁、钱肃乐、熊汝霖等诸营官兵和义军，“为持久计”，划钱塘江而防御。但总兵王之仁对此举颇为不满，他认为张国维胸无大志，上疏说：“事起日，人人有直取黄龙之志，乃一败后遽欲以钱塘为鸿沟，天下事何忍言！”王之仁的话有一定的道理。由于清军南下，凶残成性，一反当初以“义师”自诩，以“勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍”的诺言，不分青红皂白地屠戮汉族人民，演出了一幕幕“扬州十日”等惨绝人寰的大悲剧，征服者的凶残嘴脸暴露无遗，由此激起了江南人民对满清统治者的切齿痛恨。浙江人民怒不可遏，依凭着钱塘江天险，坚持抗击并打退了清军的进攻。当时，一个住在附近的外国传教士说：“如果他们追过江去，也许会收复省城和其它城镇，但他们没有继续发展胜利，只满足于……，在南岸设置防线同鞑靼军队（清军）对垒，鞑靼远征军就这样被阻挡了整整一年”。但是清军此时已是今非昔比的了，鲁王政权连隔江自保都难以保证，又哪会有出兵江北，收复失地的打算呢？
顺治三年三月初一日，清军大举进犯，水师驱船开入钱塘江水域，张国维急令王之仁率水师在江上迎敌。时值江面上东南风大起，清兵逆水缓慢而来，王之仁率水师乘风扬帆迎战，清军抵挡不住，船翻人亡，乱作一团，只好收兵退回杭州。鲁王政权刚抵御了清兵来犯，又与福建的唐王政权为争帝统而互为水火，互争真伪，唐、鲁两个政权，本是叔侄关系，又大敌当前，同样面临强敌压境的危急关头，本应联合抗清，以图生存。但由于两个政权都操纵在各自地方军阀手中，全然不顾大局，他们都力图以拥立明王政权而揽权和借抗清之名而中饱私囊，所以反对闽浙联合，甚至兵戎相见。张国维甚至说过：“今日复有以和闽为言者，臣立剑斩之”。结果，“鲁王既斩闽使，恐闽发兵，又见清兵困守杭州，坚不可破，遂定议抽兵属国维西征”。
南明鲁王和唐王为争权而内讧，从而为清军提供了可乘之机。清军征南大将军博洛得知鲁王军西征，江防空虚之后，便于五月二十日在长江北岸调集各路大军，一面用火炮轰击南岸明军，一面伺机渡江。钱塘守军方国安见势不妙，加上营中的锅灶被清军火炮击中，十分恐惧，认为“此天夺我食也，我自归唐王耳尸便于二十七日夜挟鲁王逃往台州，明军江防阵地不攻自破。清军乘天旱水浅，抢渡钱塘江，一举攻破绍兴。方国安望风而降，鲁王则在张名振的保护下仓皇下海南逃。鲁王政权所属的温州、台州、金华等地相继落入清军之手，因此这个政权存在不过一年就跨台了，鲁王已经是有名无实的了。
鲁王逃离浙江前往福建。拥戴鲁王的钱肃乐、张名振、张煌言等，也招集旧部，重整军旅，继续战斗。1647年6月，钱肃乐、郑彩等联络福建各地义军围攻福州，并先后收复了建宁、邵武、兴化三府和福宁州，以及连江、长乐、莆田、闽清等27个县，一时声势大振，鲁王被拥戴进驻福州。清廷加紧了对福建的军事进攻，与此同进，鲁王的重臣郑彩擅权自恣，排斥异己，谋杀大臣，闹得四分五裂，致使所复州县很快又被清军尽数夺去，鲁王失去了在福建的根据地，无奈又移驻舟山，在张名振等支持下，占据舟山岛以为继续抗清的基地。
张名振、张煌言曾屡次兴师北伐，进军吴淞，给清军以很大的威胁和打击。顺治七年，浙闽督陈锦向清廷提出进攻舟山的建议，正巧这时鲁王政权发生危机，总统水陆两师的张名振突然袭杀统领陆师的王朝先，王的余部将张济明等1000余人降清，从而使“舟山虚实尽泄”，于是清军决定出兵舟山。顺治八年（1651年）八月，清军初袭舟山失利，清将陈锦利用明军的麻痹轻敌思想，决定由“定海，台区及苏松三路同时进师”。陈锦率清军主力利用海上的大雾作掩护。“扬帆誓师，齐出定关”。而守卫舟山的明军水师统领阮俊统水师防御在其它两路，定海一路防守最为薄弱，而清军恰恰选中了这一路作为突破口，结果阮俊率军苦战，兵败被俘，不屈而死。清军不等明军其它两路相会，便大举进攻，分兵登陆。明军顽强抵抗，双方战斗异常激烈，各有伤亡。清军调集火炮，猛轰城墙，城内守军防不胜防，加上火药告急，使清军破城而入。顽强抵抗到底的明军，以及城内百姓，与清军博斗，或英勇战死，或“发火自焚，阖城尽成灰烬”。鲁王因随张名振、张煌言率军袭击吴淞而离开了舟山，故侥幸逃脱。舟山一战，清军虽以优势兵力和突袭手段取得了攻占舟山的胜利，但却付出了伤亡千余名官兵的惨重代价。舟山之战让清朝统治者认识到江南各地人民的顽强抗战和不屈不挠的精神，他们承认，“我军南下所不易拔者，江阴、泾县合舟山而三耳”。
舟山被清军攻破后，张名振、张煌言等于1651年护鲁王漂海南下金门，投奔郑成功以寻求安身之地。1653年（顺治十年）鲁王除去监国名号，其部将张煌言等与郑成功联合起来，继续进行抗清斗争，但作为一个独立的抗清政权早已名存实亡。鲁王本人于康熙元年（1662年）死于台湾。
清灭隆武政权的战争以明唐王朱聿键为首的隆武政权在建立的时间上距南京弘光政权的覆灭不过一个月，与绍兴的鲁王政权几乎是同时建立起来的。但隆武政权却与其它两个政权在政策上有明显的不同。这不仅是因为朱聿键是位具有民族气节，励精图治的政治家，更重要的是，他出任监国时已是“清逼武林，人目无志。贼臣有屈膝之议，举国同蒙面之羞”，面临着严重的民族危机，可谓受命于危难之时。
唐王朱聿键是明太祖朱元璋的九世孙，在崇祯末年农民起义四起之时，朱聿键请求授权于己，在地方上招募乡勇，以效尊攘，却被奸臣污陷以谋叛罪而囚于南京。在高墙里几乎与世隔绝，朱聿键日夜读书，博古通令，才思敏捷。而且他性格稳重，与人坦诚相处。直到清军进占北京之后，朱聿键才脱离高墙之囚。1645年当弘光政权陷落后，唐王抱愤南下，在嘉禾遇苏观生及抗清义军，“观生说以大计，请称尊以收人心，图恢复”。于是在顺治二年闰六月七日，几乎与鲁王在绍兴监国的同时，朱聿键在福建军阀郑芝龙、郑鸿逵、明尚书黄道周、明故辅蒋德璟、黄景昉等拥戴下，在福州称监国，二十七日即帝位，改元隆武。设六部九卿。
隆武政权在建立之初，对抗清事业做过统筹安排，俨若有一番作为。这个政权诉宗旨是抵御满洲贵族的进犯，恢复汉族地主阶级的政权，这一点从唐王在所封勋臣名号上就可见一斑：如郑芝龙进封为平夷侯，郑鸿逵进封为定清侯，方国安为靖夷伯，黄蜚为靖虏伯，黄斌卿为肃虏伯，等等。不久，唐王下令斩杀了前来招抚的清使马徐厂，以示与满清水火不容。然后唐王政权敕谕文武臣民曰：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓，狂彝汗我宗庙，害我子孙，淫掠薙头，如在水火。朕今诛清使旌忠臣外，誓择于八月十八日午时朕亲统御营中军平夷侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵统帅6师，御驾亲征”。“时内外文武济济，然后饷战守机宜，俱郑芝龙为政”。芝龙与诸将议定：以建宁（府治在今福建瓯）、天兴（福建福州）、延平（府治在今福建南平）、兴化（府治在今福建莆田）为上游，以汀州（府治在今福建长汀）、邵武、漳州、泉州为下游，各设巡抚，分区布防，而以仙霞关（位于今浙江汇山县南，是浙、闽交界处的要隘）为防御重点，派兵10万分别把守于关内外170处要道。另外加紧训练10万精兵于明春出关，北上伐清，一出浙江，一出江西。隆武皇帝树起的抗清大旗，固然是为民恢复朱明王朝为代表的汉族地主阶级政权，但这种誓死抗清的政策客观上与当时广大汉族人民的愿望相符合，尽管唐王在其发布的诏谕里对农民军仍不会诬蔑之辞，但形势已迫使他由弘光朝廷所奉行的联合清兵镇压农民起义的政策改为争取农民共同抗清的政策。当大顺军将领李过、郝摇旗等与隆武的将领何腾蛟、瞿式耜达成合营抗清协议之时，唐王大喜，一再加以奖谕，并给李过、郝摇旗等封爵授官。李自成的妻子高氏由于支持李过联明抗清，隆武帝、后也大加赞赏。同时唐王还敕谕正在四川的阁部王应熊“善视摇黄诸寇”，“俾为我用”，力图把农民军纳入他重建汉族地主阶级统治的轨道。唐王的政策得到了江南各地义军的欢迎，他们纷纷表示拥护唐王抗清。
当唐王政权建立之初，除领有福建、两广、云贵之外、还兼有安徽、江西、湖广的一部分土地。但唐王政府的军政大权完全掌握在郑芝龙之手，郑芝龙本无意抗清，他之所以拥立唐王，只不过是借其旗号为己争权夺利。郑芝龙又名一官，福建泉州南安县人，原是海盗头子，以后接受明朝招抗，官至都督总兵官，拥兵达二三十万之多，又把持着海外贸易，往来于日本和南洋的商船必须经过他的许可，交纳一定的税款方可通行，郑芝龙因此成为福建最大的地方实力派，“一门声势，煊赫南天”。郑芝龙借筹措军饷为名，大肆搜刮公私钱粮，“令抚按以下皆捐俸助饷，官助之外有绅助，绅助之外有大户助。又借征次年钱粮，又察括府县库存银未解者，厘毫皆解。不足，又大鬻官爵”。当大江南北义军开展艰苦的抗清斗争之时，郑芝龙精兵利器，马肥粮足，却按兵不发，“坐山观虎斗”。因此隆武政权内部同样十分腐朽，实际上无所作为，纵然有黄道周、张家玉这样一意想恢复明朝天下的谋臣，也无济于事。大学士黄道周“素与郑芝龙不协，每事抵牾”，见芝龙把持朝政，每以缺饷为由拒不发兵，气愤不过，身为隆武政权的首辅，首请募义勇出征，督师北伐。“隆武命芝龙助之资，芝龙不与一钱，隆武准给空札百函而已”。黄道周随行时仅有四五个秀才，离福州经延平、建宁至崇安，沿途募得义兵4600余人，皆为流民乡勇，毫无战争经验，其间黄道周又数次上疏请助军饷，均遭芝龙拒绝。十月初一，黄道周率军出闽入江西，分兵三路与清军激战，因为孤军深入而危急万分，请求救援，但郑芝龙仍按兵不救。最后，黄道周义愤填膺，铤而走险，孤军深入婺源，途中中了清军的诱敌之计，兵败被俘，解至南京，不屈而死。
郑芝龙首鼠两端，一面暗中与清军勾结，一面又密表于鲁王，表示“唐非吾愿，唯鲁东西”，因而当唐王与鲁王为争正统而兵戎相见时，郑芝龙又拒绝出兵讨伐鲁王。当清兵攻占了绍兴，鲁王政权跨台之后，唐王政权便暴露在清军面前。清军进入浙江和江西后，逐渐向福建进逼。郑氏兄弟迫于内外形势的压力，虽派兵驻守在仙霞岭各个关口，但却采取了消极的防御措施，或中途停兵候饷，或不战而逃。唐王朱聿键如梦初醒，看到郑芝龙难以依靠，决定以亲征为名，入湖广依靠总兵何腾蛟及抗清义军，力图重新打开抗清局面，于是唐王从福州移驻延平。清廷早知郑芝龙对隆武政权怀有二心，于是派驻南京负责招抚江南明降将的洪承畴，以同乡关系写信诱降郑芝成，许以王爵，总督两广。郑芝龙喜出望外，与洪承畴暗通声息，有“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师，倾心贵朝”的许诺。果然，顾治三年八月，当清征南大将军博洛指挥清军由衢州（今浙江衢县）、广信（今江西上饶县），进入福建时，郑芝龙卖主求荣，“阴受洪承畴约款，托言海寇，驰还安平，尽撤关隘水陆诸防，仙霞岭虚无人”，致使清军如入无人之境，清军兵不血刃直入建宁，并迅速攻占福州。唐王狼狈逃至汀州（长汀），被清军俘杀。隆武政权的文官武将，或逃或降，未作有效的抵抗。郑芝龙不听从儿子郑成功的苦心劝告，剃发降清，被押往北京。福建很快落入清军之手，隆武政权宣告灭亡。郑芝龙以款附清朝，邀功求赏，得到的回答是：“兵未至而先附，我何所取重于将军？”在治顺十八年（1661年）郑芝龙被处死，落得可怜又可耻的下场。
1646年底（顺治三年）。由明官僚苏观生等拥立隆武聿键之弟聿，在广州称帝，年号绍武。苏观生奉唐王朱聿键之命率军前往江西，当黄道周部战败之后，苏观生率兵返回广州，开始与原明兵部侍郎陈子壮、汤来贺以及当地乡绅王应华、关捷先等会议，拟请唐王从福州迁往广州，却未料福州很快就被清军占领，唐王被杀。然而这个绍武政权不仅从未抗击过清军，反而为了争夺帝统，和永历政权火并撕杀。驻于肇庆的永历政权派给事中彭耀前来广州，与绍武政权疏通关系，聿却派人杀死了彭耀，并派兵部侍郎汤来贺致书肇庆诸臣，警告说“让为上，和次之，战最下矣”，不久派兵攻打肇庆，永历政权猝不急防被打败，绍武政权由此而得意洋洋，放松了对广州的防守。1647年1月清军以迅雷不及掩耳之势攻陷了广州，清将李成栋率17骑过关斩将，杀死绍武帝，苏观生自缢而死。存在不到40天的绍武政权只是昙花一现。
清灭永历政权的战争清军占领江南和东南沿海的广大地区以后，1646年（清顺治三年）9月，又以优势兵力向广东西南腹地发动进攻，马不停蹄，企图一举消灭西南的抗清武装。
隆武政权灭亡之后，南明诸臣不甘失败，经过仓猝筹划，在广东很快又出现两个均以正统自居的南明政权，它们都成立于1646年12月，一个是隆武帝的四弟唐王朱聿在广州的绍武政权，一个是明神宗万历的嫡孙桂王朱由榔在肇庆（今广东高要）的永历政权。在强敌面前，两个弱小的南明政权本身就不堪一击，它们却仍与当年的鲁王与唐王的政权一样，为争帝统而同室操戈，互相削弱，结果清军乘机而入，先占广州，灭亡了仅存在40余天的绍武政权。清军随即由总督佟养甲、总兵李成栋统领向肇庆方向前进。
永历政权由明两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、湖广总督何腾蛟等拥立，准备坚持抗清斗争。桂王政权虽然内部矛盾重重，腐败不堪，但由于先后得到了大顺军和大西军的支持，所以在所有南明政权中，坚持的时间最长，抗清的力量也最强，然而这个政权却始终没有固定的根据地，颠沛流离，四处转移，既反映了抗清斗争的日益艰难，又说明了明朝遗老遗少“反清复明”的愿望正归于破灭。
其时，虽然已处于清军的四面包围之中，但永历政权仍保有两广、湖南和云、贵、川西南腹地，北有大顺、大西两支农民军为屏障，“兵力人情俱有可为”，“中兴”还是有一线希望的。但这个政权从一开始就存在着诸多问题，清军的步步紧逼又使得它没有喘息之机。桂王朱由榔懦弱寡断，贪生怕死，苟且偷安，昏庸腐朽，实非拔乱之才，而是一个闻警即逃的皇帝。由于南明疆域日益缩小，明廷大批旧臣，如宦官头子王珅、锦衣卫头子马吉翔和流泯军阀刘承胤、官僚刘仙客等均相继麇集于朝，永历帝大权旁落，毫无作为。宦官权臣，相互倾轧，矛盾重重。因此，党争、混乱、因循苟安的特点比闽浙政权尤为突出，只是在抗清较为坚决的何腾蛟、瞿式癞、堵胤锡、郑成功等的拥护和支持下，特别是在大顺农民军和大西农民军的支持下，永历政权得以苟延残喘，维持了十五六年之久。
顺治四年（1647年）初，清军进逼肇庆，永历帝出逃梧州、平乐，抵达桂林。清军由广东进犯广西境内，永历帝见大势不妙，又逃至全州（今属广西），再逃至武冈（今属湖南西部）、靖州（今湖南靖县），桂王狼狈之至，“半年之内，三四播迁”，天下之大，竟无立足之地，堂堂帝王，威风扫地。四月，清军在将领孔有德指挥下由湖南发起攻击，直下长沙，占领衡州，与前来追击永历帝的李成栋所率清军相互配合，步步紧逼，企图一举推翻永历政权。正当形势万分危急之际，活跃在广西和湖南一带的农民起义军向清军发起了反击，从而使永历政权转危为安。
清军占领江南以后，一面向闽浙进军，消灭南明政权，一面加强了对江西、湖南的压力，使活动在这一带的大顺农民军余部受到困扰，抗清局面岌岌可危。而南明总督何腾蛟驻守长沙，兵力微弱，“长沙素无武备，腾蚊乃召黄圾宣于攸衡山中……朝圾宣部卒不满2000人，多羸弱”，同样也面临着被清军围剿的艰难局面。随着清军在江南的一系列暴行，加剧了民族矛盾，从而使农民军与南明政权相互靠拢，它们在共同抗清的大前提下开始联合作战。大顺军余部的农民军领袖们，为顾全抗清大局，毅然决定改变战略。在顾治二年（1645年）九月，就同明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡等人合作、共同抗清，从而形成了大顺军与南明军队的抗清联合战线。在“受抚”的名义下，李锦更名李赤心，高一功更名高必正，郝摇旗更名为郝永忠，起义军被改编为“忠贞营”，表示“以身许国”。郝摇旗等“招其党袁宗第、蔺养成、王进才、牛有勇皆来归，骤增兵10余万”。南明政府对部分义军也无力过分约束，“兵则听其屯聚，将则无所变更，彼其部由依然”，而“李赤心书疏犹称（李）自成先帝，高氏（李自成后妻）太后，（堵）胤锡不能止也”，只求在共同抗清前提下，彼此妥协，一致对外。1646年春，抗清联军接连取得了几次胜仗，使清军一时不敢南进，唐王政权倾覆后，他们又支持桂王政权，在顺治四年（1647年）十一月，取得了南明史上最著名的全州（今广西全县）大捷。郝摇旗等农民军协同何腾蛟所部明军，在全州给清军以沉重打击，“大败三王（孔有德、耿仲明、尚可喜），斩级无数”。在这空前大捷的推动下，清将金声桓反正于江西，李成栋于广东叛清归明，还有其它原已降清的明将王得仁、姜壤等人，分别在山西等地反正归明，从而掀起了大规模的抗清高潮，摇摇欲坠的永历政权得以由弱变强，一度拥有云南、贵州、广东、广西、四川、湖广等土省之地，与在山西、陕西活动的姜壤，和在福建、浙江一沿海活动的郑成功，“皆遥相应和，势颇张”。永历帝重返肇庆，春风得意。但好景不长，由于诸多明将降清再归明，致使桂王政权内部权势之争更加复杂，排斥、陷害、打击农民军的事件越来越多，大好的抗清形势迅速逆转。清军纠集各路人马大举反攻，南明诸将离心离德，既无远略又无统一指挥，各自为战，力求自保，结果在桂林、全州、赣州、南昌、广州等地连败于清军。
金声桓，原为左良玉部将，南明的徐淮总兵官，以后随左梦庚降清，率军进据江西。自以为“未费满州一斗粮，孤军传檄，取13府，72州县，以数千里地拱手归之新朝”，功劳很大，“意望旦夕封公王，次亦不失侯耳”。结果清廷只给了他副总兵兼提督江西军务事，他的副将王得仁只得了个把总，都比在明朝时的官衔低下，于是心有不满。清廷派巡抚章于天对他们进行牵制和监视，更逼得他们走投无路，追悔莫及。于是在抗清形势好转之后，金声桓、王得仁便宣布“奉诏恢复”，杀死清廷的巡抚、巡按等，倒戈抗清，回师攻占九江。但由于缺乏政治远见和军事谋略，固守江西地盘，而没有迅速出击，如果“以清兵旗号服色顺流而下，扬言章抚院请救者，江南必开门纳君，其将吏文武可以立携擒，遂更旗号，播年号，祭告陵寝，腾檄山东，中原必闻风响应，大河南北，西及陕西，其谁得而为请有也？”这种建议虽有些夸大，但抗清力量应打出去的观点是正确的，然而金、王却没有这样做。结果在包围赣州70余天之后，误中了清军的缓兵之计。1648年6月，清军自江宁进讨，连陷九扛、南康、饶州，兵围南昌。金、王狼狈回师南昌，在被围半年之后，清军破城而入，金声桓投湖死，王得仁率兵抵抗则被清军杀害。
李成栋原为史可法部将，以总兵守徐州，清军南下，他率明军降清，充当了清军进军江南镇压农民军和南明王朝的急先锋。1646年李成栋又率先头部队攻下广州，战功显赫，但清廷只授给两广提督，由此“怨望形诸词色”。1647年李成栋在广东由于镇压农民起义而损兵折将，当江西守将归明之后，切断了广东与清廷的直接联系。李成栋权衡利害，终于宣布倒戈归明，奉永历正朔，说“又闻新天子在粤西，……若引兵辅之，事成则易以封侯，事败亦不失为忠义”。李成栋和金声桓一样，他们的叛明降清或叛清归明都以个人得益至上，他们都不去利用大好的抗清形势，联兵反清。相反，李成栋忙于接受永历帝的封爵，“备法驾”，迎接永历帝返肇庆，“自梧州至肇庆结彩楼数百里，旌旗蔽空，楼船相属”，使永历“朝政皆成栋父子掌之”，权倾一时。1648年9月，南昌金声桓受困告急，李成栋受命前往援助，出师不利，20万军在赣州战败，从庚关败退600里至梅岭。此后再次出师，于1649年初守赣州的信丰，被清军围困，李成栋战败溺死。顺治六年，何腾蛟于湘潭战败被杀，永历政权遭到重大打击，失去了一大支柱。顺治七年（1650年），清兵攻入桂林，瞿式耜被俘遇害。郝摇旗、李来亨等也因紧遭排挤而相继离去，独自坚持抗清。
清军在全国战场上取得决定性胜利之后，即令平西王吴三桂驻四川，定南王孔有德驻广西，靖南王耿精忠和平南王尚可喜驻广东，企图将南明势力进一步压迫至云贵，然后一举消灭，以绝后患。
在清军的深入进攻之下，桂王由肇庆仓皇西奔，而梧州，而南宁，席不暇暖。顺治八年（1651年），清军攻陷梧州、柳州，占有两广之地。桂王进退失据，再也无力周旋。这时，大西农民军余部已在云南、贵州建立了基地。以孙可望、李定国为首的核心领导经过一番争议之后决定，大敌当前，应以民族利益为重，乃效仿大顺军的做法，执行“扶明逐清”的方略，并于顺治九年（1652年）二月初六，迎永历帝至安笼（今贵州安龙），改名安龙府。桂王惊魂未定，封孙可望为秦王。在大西军的支持下，永历政权又得以延续了一段时间。
五月，大西军领导集团决定北伐抗清，兵分两路，李定国率领由步、骑、象队共8万多人的主力取道贵州，出湖广、由武冈，全州直趋桂林，进逼广东肇庆；一路由刘文秀率领，有步、骑、象队共6万多人，由滇东出四川叙州，下重庆，取成都、汉中，直逼关中；主帅孙可望居中策应，并将大西军统帅部由云南移驻贵州。李定国率领的一路，由川东入湖南，所向披靡，“兵声大振”。桂林之战，清定南王孔有德兵败自焚而死。衡州一战，大西军又击毙清敬谨亲王尼堪。大西军节节胜利，“两蹶名王，天下震动”。刘文秀在四川也大败清军，收复叙州、重庆等地，迫使吴三桂退守汉中。然而刘文秀在屡胜之时，麻痹轻敌，被吴三桂反击而败退。李定国孤军无援，又遭孙可望忌害，被迫退回广西。于是四川、湖南得而复失，孙、李决裂渐成定局。
孙可望是张献忠的部下和养子，大西军自从张献忠在四川牺牲后，形成了以孙可望和李定国为核心的领导集团，退守云贵，坚持抗清。李定国认为。“闯、献两定辛苦20年”，结果却让清朝“坐享渔人之利”，应当吸取这一沉痛教训，主张要以“恢复中原”为目的，“严辨华夷之界”，只有联合坚持抗清的南明永历朝廷，“诚心辅佐”，“恢复旧京，荡清海内”，才会有光明的前途。刘文秀、白文选等大西军重要将领对李定国的主张“极赞同”，而孙可望“不听，旦疑其有异心”。因为，在大西军重要将领中，论其威望，“平东将军孙可望，最枭；定国次之，为安西将军；而抚南将军刘文秀，定北将军艾能奇，又次之”。张献忠死后，“可望势张，常走使三将军”，逐渐产生大权独揽的欲望。而“三将军以素俦伍，亦率自王，不相下”。这样一来，大西军的领导核心就分裂为以李定国为首和以孙可望为首的两派。孙可望对农民军的力量和前途产生怀疑，对联明抗清恢复中原缺乏信心，所以，抱定“中原逐鹿，人各所得”为主张，力图实现他“称藩于滇、黔、楚、蜀之间”的欲望。当李定国大军北上伐清战果辉煌之时，“孙可望以定国擒斩两王，连复楚、粤诸郡，兵力益强，功驾已上，忌之，乃托词邀赴沅州议事，将图杀之”，多亏“刘文秀之子密遣人告其谋”，定国才未中计。李定国为避开与孙可望的冲突，决定以广西为基地，退保南宁，准备“收集溃众，再作卷土之计”。孙可望为树自己的威望，又见李定国自出兵以来屡建功勋，擅自破坏原定的作战部署，错误地率领留守的军队上前线争功，结果大败于岔路口。再进兵湖广、四川，仍是一败再败，从此退据贵州，再也不敢出征。“可望归贵阳，不敢议北出矣。清兵遂陷武、靖、辰、沅、黎平，大掠千里，民死者将百万人”。孙可望在云、贵大兴土木，建宫殿，修行宫，准备废水历，代明称帝，又派刘镇国、关有才驻守4州，尽焚沿路粮草，以防定国入滇。
在此期间，清军因粮饷不足和兵力不足，尤其慑于“李定国桂林、衡阳之战，两蹶名王”的声威，暂时对永历政权采取了战略防御的方针。为打破僵局，摆脱困境，顺治帝于十年（1653年）闰六月命洪承畴为五省经略，特授总督军务，兼理粮饷，便宜行事之权。洪承畴根据清军在湖广及两广一带往往“进守无兵，驻守无粮，旋得旋失”的教训，提出“安襄樊而奠中州，固楚以巩江南”的战略方针，主张军事上以守为战，采取守势，同时在政治上广行招抚，以瓦解敌军心，经济上开恳田亩，恢复生产。待到兵厚粮足，战守国备，再合师并进，直取云贵。
正当清军迟疑观望之时，大西军的孙、李两派竟发生了内战。顺治十三年（1656年），孙可望派军偷袭李定国，未能得逞。李定国随即率兵将桂王接至云南，改云南为滇都。顺治十四年，正当李定国准备大举出兵，与郑成功郑鸿逵“会师南都”，与王光兴、李来亨、刘体纯等义军“会师荆州”之时，孙可望却率军10万进攻云南，同室操戈，挑起了交水之战。孙可望的倒行逆失，引起大西军将士们的义愤，“白文选暨马进忠、维兴等悉叛可望来归”，投向李定国。孙可望全军瓦解，孙可望“狼狈入黔”。当清军得知“滇、黔内讧……西南另是一番世界”的消息时，使立即反守为攻，下令兵分三路，直扑云贵。1657年（顺治十四年）11月，孙可望率残部从贵州逃往湖南降清，“穷蹙乞降”。出于对李定国的一种强烈的报复心理，向清军献计，说李定国“此时兵马俱未心齐，正可剿灭。如清朝大兵进取云、贵，我等地理最熟，愿为向导，以报清朝知遇之恩”。孙可望迫不及待地“开列云、贵形势机宜”，画图山川迂曲及诸将情形、兵食多寡献之”，从而使云、贵、川的“虚实险易尽输于敌”。由此可见，孙可望作为一个手握大权的农民军领袖，他所挑起的内战，他对联明抗清事业的背叛，使大西农民军在思想和组织上受到了极大的破坏。孙可望的背叛，加速了李定国的失败。但是李定国失败之日，即是孙可望失运之时。孙可望由永历朝的“秦王”变为清朝的“义王”之后，于顺治十七年（1660年）突然死去。洪承畴经孙可望提供的情报，对西南形势“明如指掌”，对清廷原先拟定的“等三路兵马收复贵州之后，驻扎贵州，具疏请旨，勿即进滇云，定滇大兵来年内进发”的作战计划作了重大修改，建议“两路大兵同时齐发，又一路大兵前后继进，如有一路大兵先进取贵州省城，则别路大兵拟可就本省进步道路相度贵州、云南道中扼要地方兼有买运米粮处所，或分行驻扎以示即可分进滇云之势，不致三路齐集贵州省城。则我兵既有分合之势，可成犄角之形，又无屯聚拥挤争粮乏食之患，且分路驻兵得以蓄锐养威，各由经路齐进收复滇云，不致大众再有往返奔波之苦，一举而数利皆在于我……一举数害皆在于贼”。
顺治十五年（1658年）正月，清廷命令宁南靖寇大将军宗室罗托等由湖南，平西大将军平西王吴三桂等由四川，征南将军赵布泰等由广西，分兵三路进取贵州，既克贵州之后，即宜乘机进取云南”。进攻云南时，再派多罗信郡王多尼为安远靖寇大将军率八旗兵为主力。清廷和各路将领基本上采纳了洪承畴的建议，果然进军很顺利。二至三月，清三路大军向贵州进发。叛徒孙可望派了一些熟悉地形、了解李定国军情的部将充当清军的向导和奸细，清军胸有成竹，士气较高，攻势猛烈，很快攻占贵州全省，洪承畴与罗托率军进驻贵阳。吴三桂则停驻遵义一带，赵布泰军则停驻独山州一带，休整待命。十月初，清军在杨老堡（今贵州福泉县东南）召开进兵云南的会议，决定洪承畴和罗托暂留贵阳，兵分三路入云南。“多尼自贵阳入，三桂遵义入，赵布泰自都匀入，订以十二月会师云南省城。”
交水之战之后，孙可望大部人马投靠子李定国，李定国的兵力反而增强，并逐渐滋长了保守思想和麻痹思想，失去了进取精神。原来把持桂王政权的马吉翔、庞天寿等善于阿臾逢迎，仍受到李定国的重用，特别是在打败孙可望之后，昆明城内，歌舞升平，一片太平景象。当清军大举压境贵州时，李定国还逗留在滇西永昌，弹压孙可望残部的叛乱。当清兵分路并进，攻陷贵阳、遵义等地之后，李定国才从滇西回师，失去了积极反击的有利时机。李定国率主力在南路与清军卓布泰中遭遇，发生激战，大西军连败于罗炎、凉水井，全线崩溃，大营陷落，李定国的妻子家属被杀，兵民死难者不下三四十万人，大西军的精锐损失殆尽。
1659年1月5日（顺治十五年十二月十三）李定国退回昆明，永历小朝廷人心惶惶。李定国得知清军10余万分三路入滇的消息后，急忙分兵三路迎敌。吴三桂从水西（今贵州黔西县）小道绕到七星关（今贵州赫间县东）后袭击守关明军，明将白文选措手不及，兵败撤退，清军经过乌撒（今贵州威宁）入云南。多尼军进至安庄卫（今贵州镇宁）败冯双礼、刘正国部，造浮桥度过盘江（今贵州关岭西），又在松岭卫击败白文选的2万明军，然后进入云南。赵布泰从盘江罗颜渡口下游10里处乘夜偷渡后，击败明军李成爵所部万人。随后又在双河口、陆格两次重创李定国军数万人，从普安州（治所在今贵州盘县城西北）间道入云南。三路清军入滇后在曲靖会师，然后向昆明逼进。永历政权狼狈西逃，经滇西永昌（今云南保山）退入缅甸，吴三桂等率清兵穷追桂王、李定国在滇西磨盘山（马龙县西北）设立三层埋伏圈，准备反击，但由于叛徒告密，清兵以炮火轰击伏兵，双方都有伤亡，但大西军这时败局已定，李定国率余部退至孟良（云南边境），与当地少数民族一起，继续抗清。
顺治十六年（1659年）正月初三日，清军占领云南首府昆明。李定国认为清军会穷追不舍，也退入缅甸境内，并与白文先分屯边界，李定国驻猛缅。清军追至腾越（云南腾冲）西北20余里，至国境线方遇兵。清廷顺利收复了云、贵、川、广、湖五省。
顺治十八年（1661年，南明永历十五年）九月，清帝福临批准了吴三桂消灭南明永历政权以绝后患的奏章，命内大臣爱星阿为定西将军，与都统卓罗等，率京师禁旅赴滇，会同平西王吴三桂进军缅甸。清军分两路深入缅甸，于十一月在木帮（缅甸腊戍以北）会师。
永历帝入缅后受制于南明官僚马吉翔等人，李定国和白文选在中缅边境多次试图迎回永历帝未果。闻知清军入缅后，文选、定国两军进驻锡箔江边，凭江据守。缅王为平息战争，将永历帝朱由榔及其母，妻子等数百余人送交清军。白文选降清，李定国退走景洪。康熙元年（1662年）四月，永历帝在昆明遇害；五月，郑成功病逝于台湾；六月，李定国悲愤交加，病逝于云南猛腊，其子李嗣兴与刘文秀的余部均投降清廷。至此，南明最后一个政权——永历政权灭亡，清军完成了统一大陆的战略任务。
清军从入关到南下消灭南明的一系列政权，用了近20年的战争，终于建立起对全国的统治。清军的胜利不是偶然的。清军入主中原，统一中国，是大势所趋。各地的抗清义军和南明诸政权的抗清斗争已显得软弱无力，只是在时间上延续了清朝统一中国大陆的时间，不可否认，活跃于各地的抗清斗争给清廷以一定的打击，反过来促成这个新的政权吸取教训，缓和民族矛盾和阶级矛盾，对稳定社会秩序，保证战争的进行，起了重要作用。
从军事上分析，清军消灭南明诸政权的原因主要体现在以下几方面：
第一，软硬兼施。用政治诱降和军事进攻相配合，有效地瓦解了南明的抗清力量，同时也加强了清军的力量。清廷在派军对几个南明政权实施打击的同时，竭力笼络招抚南明官僚和将领，任人为贤。例如弘光政权的主力刘良佐、刘泽清、李成栋、左梦庚等所率几十万军队因接受招抚不战而降。郑芝龙也率11万明军投清。降清的明军转而成为清王朝镇压抗清斗争的急先锋。如李成栋率精兵进攻桂王政权，攻占广州等等。清军的招抚政策使清军本身得到加强。除了兵力有所壮大之外，一些明朝的著名将领如洪承畴、吴三桂、尚可喜、耿继茂等人都受到清廷的重用，他们所率的军队成为灭亡南明的急先锋。
第二，清军在战略策略运用方面和作战指挥方面有许多成功之处。相反南明诸政权一直为内讧所扰，难以精诚团结、一致抗清。由于最初军事力量有限，所以入关之初，清军先以主力镇压农民军，同时给江南的南明政权造成和平相处的麻痹思想。之后，再调集各路大军，多路进攻，南下江南，势如破竹。清军对南明诸政权的进攻，都采用的是多路进攻、包围的战术，如攻扬州、桂林、广州等城市。而且清军基本把握了有利的战机，如当得知永历政权所属的农民军自相残杀时，立刻兴师西进，在这之前却没有轻率冒进。
南明诸政权失败的最根本原因是政治腐败。各政权内部奸佞当道，派系林立，内讧迭起。其中不乏一些抗清志士，但他们却倍受排挤，不掌握实权，因而无法改变失败的命运。典型的例子莫过于史可法的悲壮事迹了，还有大学士黄道周的不幸遭遇等。因此，南明各政权虽打出了反清旗号，并有一定实力，而且一度拥有滇、贵、川、两广及湖广等大片地区，但各政权都没采取过任何减轻人民负担、恢复生产、长期抗战的积极措施，所以，它们灭亡的命运是已经注定的。
另外，南明各政权在政治上虽以收复中原为号召，但在军事上既没有正确的方针政策，也没有形成统一的军事力量。朝廷苟且偷安，不思进取，一些将领合理的建议不采纳，以至永历政权一度出现的反清高潮成为昙花一现。各政权为争帝统彼此敌视，结果被清军逐个消灭。
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