§§§第一节 反清复明国姓爷背父救国
郑成功是郑芝龙的长子。后来得到南明隆武帝的赏识，赐姓朱，改名成功，民间尊称他为国姓爷。顺治三年（1646年），清军攻占福州后，身为南明唐王政权的南安伯郑芝龙投降清廷，于是隆武政权失败。年仅21岁的郑成功却以民族大义为重，与其父郑芝龙分道扬镳，举起“背父报国”的大旗，继续拥护南明永历政权，在南澳（今广东南澳县，闽、粤交界处小岛）、鼓浪屿等地，收兵数千，附近义军以及明朝旧臣纷纷起而响应，先奉隆武后奉永历的年号，进行抗清斗争，因而被永历帝朱由榔封为延平郡王。郑成功遂以福建的金门、厦门为基地，举起反清复明的旗帜，一边与清军作战，一边发展海上贸易，逐渐形成了一支强大的政治军事力量，拥有水陆精兵20多万；大小船舰数千艘，控制着长江口以南的广大海域。
顺治四年七月，郑成功出兵进攻海澄（福建龙海）未下。八月，又与其叔父郑鸣（鸿）逵合军，在椒花共同击败由提都赵国祚统领的清军，然后进逼福建泉州。清延闻讯派王进领兵从漳州前往援救，郑成功为保存实力而放弃了对泉州的围攻。第二年三月，郑成功出奇不意再次率军功打闽安、泉州，当清总督陈锦率大军援救时，郑成功早已率军退回南澳。清军控制了泉州。
郑成功连年不断袭击闽南沿海各城镇，多次击败清军。顺治七年八月，进占厦门、金门（一称梧州）为根据地，不久，势力增强，郑成功联合了铜山（福建东山县）、南澳（广东南澳县）、闽安（福建闽候县东闽江口内）诸岛的各部抗清势力，共分为五路大军，雄踞海上。十一月，清军攻占广州，总兵马保率军袭占了厦门。为了再次收复厦门，顾治八年春，郑成功率领水军从南溪（旧称马口，今闽漳浦县南）登陆，进攻漳浦。清军猝不及防，退守漳浦，郑成功顺利占领了南溪。郑成功又派伏兵袭击了清提督扬名高所率的援军，漳浦守军惶惶失措，再退保漳州（福建龙溪县），于是郑成功乘胜占领了漳浦。
然后郑军回师厦门，整顿、训练。顺治九年（1652年），郑成功又率兵攻占了海澄（龙海南），然后再攻长泰，郑成功部将甘辉率军与清将王进军队发生激战，结果清军退守长泰县城。清廷急调闽、浙总督陈锦，自舟山移师赴援，双方一场海战，清军被杀得大败，不但长泰被郑成功占领，而且平和，诏安、南靖等地也被郑军控制。陈锦惶急万状，急向清廷求援。清廷竟封郑芝龙为闽安侯，令其劝降郑成功。郑成功义愤填膺，下令进攻漳州。
几乎同时，清兵进攻舟山，捉拿势单力薄的南明鲁王，清军由总督陈锦，都统金砺和提督田雄等统领，所向披糜。明鲁王从舟山逃到厦门，穷蹙无归，不得已依附于郑成功。郑成功尊奉的是唐王，所以他对待明宗室的条件很优厚，将鲁王护送到了较为安全的金门。然后郑成功继续率兵围攻漳州。由于清兵援军的到来，郑成功的军队受到清军的里外夹击，腹背受敌，郑军不得已退保海澄，顺洽十年五月，清军大举进攻守海澄的郑成功，双方争夺激烈，郑成功身先士卒，下令士兵死守，结果终于击退了清军。清军对郑成功在东南沿海的一次次骚扰非常无奈，在加强军事防守和进攻的同时，又对郑成功采取诱降。顺治十一年二月，清使携带着“海澄公”的印诏前往招抚郑成功；八月，清廷又遣使召以及郑成功的两个弟弟郑渡、郑荫前来劝降。郑成功不为所动，坚决拒绝，为此，在顺治十四年（1657年），南明永历帝特意册封郑成功为延平王、招讨大将。
早在1647年至1649年，郑成功率领海上义师进据金门、厦门之后，郑成功便将厦门一地改名为思明州，设立“六官”，分理庶政，健全行政机构，并团结各方面的扶清力量。各地商民也齐集思明州，“井里烟火，几如承平时景象”。抗清义师力量也迅速壮大。
当1652年大西军掀起反清高潮时，郑成功率兵10万，进攻海澄、长泰、漳洲、漳浦等地，与大西军遥相呼应。1653年（顺治十年），为了接应李定国进军广西，郑成功派水师南下至潮州，又与鲁王旧臣张名振合师北上，入长江，驻军于崇明岛。此后，郑成功一直在福建沿海作战，屡败清军，并期待着和李定国一起北伐，“卷甲长驱，鼓行迅击。首尾交攻，共焚济河之表，表里合应，立洗腥膻之穴。然后扫清宫阙，会盟畿辅，岂不大符夙愿哉！”郑成功与李定国、张名振的部将张煌言以及刘体纯、郝摇旗、李来享的夔东十三家军这四支武装力量转战于山区海岛，不屈不挠，相互援助，共同抗清。
到1658年，清廷派兵猛攻西南的李定国军，为解救西南的危急局势，郑成功联络张煌言，举兵进攻浙江沿海，并准备北上长江以牵制清军。郑成功率兵10余万，大小战船数10艘，开始北伐。八月间，船队在舟山以北的羊山海面遇飓风，覆舟丧师，被迫退师舟山修整。在作了充分准备之后，第二年6月（即清顺治十六年，南明永历十三年）再次大举北伐。郑成功为招讨大元帅，张煌言为监军，率17万水陆大军，兵分83营，由舟山出发，在崇明岛登陆。七月至焦山，破瓜州，进而攻克了长江的重要门户镇江，进逼南京。张煌言率一路军沿江而上，攻克芜湖之后又分兵四路，结果长江下游的徽州、宁国、太平、池州等四府三州22县纷纷归附，江南、皖南地区再次燃起抗清烽火。张煌言的部队，“军不满千，船不满百，但以大义感召人心。而义师所至，禁止抄掠，父老争出，持牛酒犒师，扶杖烃香，望见衣冠，涕泗交下，以为15年来所未见”。当时形势对郑成功的军队十分有利，但是郑成功逐渐滋长了骄傲轻敌的思想，认为南京城指日可下，“属邑节次归附，孤城绝援，不降何待”！驻守南京的清朝总督朗廷佐趁机要求郑成功暂缓攻城，待一个后自动开城投降，同时却在暗中调集清军。郑成功的义师围困南京达两个月之久，却无所事事，“日夜张乐歌舞”。清将梁化凤趁南明军战斗意志松弛，率兵从南京城内突然出击，南明军措手不及遭到惨败，甘辉等将领阵亡，全军大乱。郑成功见大势已去，仓卒退出长江，返回厦门，而张煌言所率军队在皖南却陷入了孤立无援的境内，最后被清廷捕杀于杭州。
郑成功北伐江南，损兵折将。回到厦门之后正待重整旗鼓，清廷已派达素为大将军并调集了三省兵力进攻厦门。郑成功率军奋力反抗，力图守住厦门。1660年（顺治十七年）5月，郑成功在漳州海门港大败清军的围攻，清廷安南大将军达素仓皇撤兵，郑军缴获大量船只。这一战的结果，恢复了郑军的士气并扩大了队伍，为郑成功率兵驱逐荷兰侵略者，收复台湾创造了有利的条件。
当时，清朝在全国已逐渐形成了统一局面，西南地区李定国大西军的抗清斗争也转入了低潮。北方的基本统一，使清廷有可能调集更多的兵力转剿郑成功，对付东南一角的厦门。同时，郑成功的义师退出江南以后，清统治者为了防范这支部队再次北伐，以便最后消灭它们，已于1661年（顺治十八年）发布“迁界令”，令从山东到广东的沿海居民，内迁30里。渔舟商舟禁止出海，田园荒芜也不得耕种。清廷为了防范郑成功，不惜以牺牲沿海群众的生产和生活作为代价。面对这种局势，1662年年初，郑成功“集诸将密议曰：……我欲平克台湾以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之扰。并可生聚教训也”，于是决定暂避清军的攻击，出兵驱逐荷兰侵略者，收复台湾，作为积蓄力量，继续抗清的基地。
§§§第二节 出兵逐荷顺天意光复台湾
美丽富饶的台湾岛自古就是我国神圣领土不可分割的一部分。它东临太平洋，南隔巴士海峡与菲律宾群岛相接，西隔台湾海峡与福建相望，东北与硫球群岛相接。我国的庙岛群岛、舟山群岛、海南岛和台湾岛一起，筑成了东南沿海的海上长城，不仅“为全闽外藩”，而且为“腹地数省之屏蔽”，地理位置十分重要。
台湾与祖国大陆的文化渊源关系，可以追溯到遥远的旧石器时代。秦汉、三国时，史书上已明确记载了大陆与台湾（旧称夷州）居民大规模交往情况。唐代已有汉人移居台湾，澎湖等岛屿。十三世纪末，元朝政府在潮湖设巡检司，管辖台湾、澎湖等地，隶属于福建泉州路同安县（今福建厦门）。这是我国政府在台湾地区设置地方政权机构的开始，迄今已有600多年的历史了。
在我国史籍中，沈莹《临海水士志》和陈寿《三国志？吴志》把台湾称作“夷州”，《隋书？流求传》开始叫做“流求”。自隋迄元的七八百年间，流求、留仇、流虬和璃求，都是指台湾而言。都是同者异写。明朝洪武年间把台湾称为“小琉球”。明代嘉靖以后，由于台湾海峡两岸贸易日趋发达，到过台湾的人越来越多，因而对台湾的称号也就更加形象，生动，如“鸡笼山”（基隆）、大员、台员、台湾等。1661—1662年，郑成功逐走荷兰人，以南部沿海为中立，在台湾设置府县，建立了统治。1683年，清政府就此设立了台湾府，规定与厦门单口对渡，自是，台湾逐渐成为全岛的名称。
16世纪，欧洲通往东方的航路被发现后，葡萄牙、西班牙、荷兰等一批老牌殖民主义国家纷纷东来，进行资本原始积累活动，在我国东南沿海地区进行掠夺。侵占领土。荷兰是“十七世纪典型的资本主义国家”（马克思语），它的军事和经济实力在十七世纪中叶是世界上首屈一指的，它的商船队航行于五大洲的海洋之间，被称为全世界“海上马车夫”。荷兰殖民者在东方侵略的主要对象，除了盛产香料的东印度群岛外，就是地大物博的中国。中国的丝绸、瓷器等在欧洲市场上供不应求，勤勉又能干的中国人则是殖民者急需的劳动力。故此，荷兰殖民者对我国东南沿海虎视眈眈，企图夺取一个足以控制对华贸易和掳掠中国人的基地。当时荷兰人心目中的基地有三个：首先是葡萄牙殖民者占据的澳门，第二为位于中国至吕宋航线中途的澎湖，第三则是距离商业中心略远，但处于不设防状态的台湾。
明朝天启四年（1624年）八月，侵占我国澎湖列岛的荷兰侵略者被明朝军队驱逐之后，约有2000余人逃往台湾，在台南台江登陆，并修筑台湾城（今台湾南市西安平港）、赤嵌楼（今台湾台南市西北的镇北坊）等城堡。崇祯十五年（1642年）荷兰军队在淡水（今台湾新竹）击败西班牙军队后，迫使西班牙殖民势力从台北地区撤出，从而独霸台湾全岛。荷兰殖民者对台湾岛上的各族人民进行血腥的镇压和无止境的奴役，不断激起台湾汉族和高山族人民的强烈反抗，较大规模的起义就有20余次，其中最著名的是顺治九年（1652年）八月五日郭怀一领导的起义。这些起义虽因遭到荷兰殖民者的残酷镇压而失败，但却进一步激发了台湾和大陆人民团结对外，反抗侵略和收复台湾的决心和勇气。
台湾各族人民反抗荷兰殖民者的起义哪里有压迫，哪里就有反抗。台湾各族人民从荷兰侵略者侵入台湾的第一天开始，就纷纷行动起来，拿起棍棒、竹竿、锄头、镖枪以及从荷兰人手里抢来的一些火器，进行了猛烈的反抗。
1645年（清顺治二年），汉族海上武装首领陶肯率助手3人，潜入台湾岛北部，计划联合土著各族，袭击鸡笼、淡水的荷军。结果计划泄露，陶肯被捕，被荷兰人处以车裂刑。
1649年（顺治六年），大员汉族人民在安海秘密策划袭击荷兰城堡，逐走荷兰人。
凤山傀儡社人民凭借险峻的山地，胜利地抗击了荷兰殖民军的多次进攻，使他们付出了重大的伤亡代价，狼狈退走。
此外，奋起反抗殖民暴政的还有，最南部的朗峤十八社，南部的旦克都克社，东北部的扫笏和卡比塔板社，东海岸的塔马路干社和北部的波杰颠、沙鹿沙颠、金金格诸部落。反抗的火焰烧遍了全岛各地。
1652年9月郭怀一起义是台湾人民反荷起义中规模和影响最大的一次。郭怀一本来是郑芝龙留在台湾的旧部之一，担任过多年的土美村长老。当时荷兰人修筑了赤嵌城，背山面海，置巨炮，增加戍卫，对岛上各族群众日夜防范。郭怀一目睹台湾同胞备受荷兰人的种种欺压凌辱，气愤万分。“怀一在台开垦，家富尚义，多结纳．因愤荷人之虐，思歼灭之。九月朔，集其党，醉以酒，激之曰：“诸君为红毛所虐，不久皆相率而死。然死等耳，计不如一战。战而胜，台湾我有也，否则亦一死。唯诸君图之！”原订在阴历中秋节夜宴请荷兰官员的机会把他们一网打尽，后因计划泄露，起义提前发动。郭怀一率起义群众1．6万余人，顺利攻占了赤嵌市街。“初七夜伏兵于外，放火焚市街。居民大扰，屠荷人，乘势迫城”。起义群众挥舞竹竿，棍棒、锄头奋勇抗击，但终敌不过荷兰人的火枪火炮。结果，郭怀一中弹身亡，其余的起义群众在吴化龙等人的带领下，退到了欧汪、大潮一带，与敌军抗争了七、八天而最后失败。事后，荷兰殖民者疯狂搜捕、屠杀起义的汉族人民，血腥恐怖持续了半个月之久，被杀死的居民达1800余人，约占当时赤嵌地区人口的4／5，而荷兰人不过死了2人。血的教训使台湾人民认识到，要驱逐和战胜这帮殖民强盗，除了坚决反抗外，还要争取大陆人民的帮助与配合。从此，台湾人民的抗荷斗争就走上了与大陆人民联合作战的新的胜利阶段。
何廷赋献图与郑成功的决策郑成功在坚持反清斗争的15年中，逐渐形成了一支拥有大小船舰数干艘、水陆精兵二三十万的空前强大的海上武装，控制着长江口以南的广大海域。显然，郑成功大军的存在和发展，不仅对清朝在东南沿海的统治产生影响，并且对荷兰在台湾的殖民统治构成威胁。”海外诸国惟日本最富强，闻郑氏兵精，颇惮之”。多行不义的荷兰殖民者自然把郑成功的大军看作是保持和扩大其侵略活动的巨大障碍。所以，荷兰东印度公司一开始就很注意搜集郑军活动的情报，并不断加强台湾的防御。
郑成功对台湾有着深厚的感情。早在明末天启年间，其父郑芝龙就曾组织福建饥民数万人移居台湾。台湾的汉族人民也普遍认为台湾岛是由郑成功的父亲开发的，是完全属于中国的土地。面对荷兰殖民者对台湾人民的残酷统治和台湾各族人民不屈不挠的反抗斗争，郑成功早就萌发了出兵逐荷收复台湾的思想，在他的一首《复台诗》里，有这样的诗句：“开辟荆榛逐荷夷，十年始之复先基”。
郭怀一起义之后，荷兰殖民者认为是郑成功策划的。于是，当他们残酷镇压了起义之后又害怕郑成功大军的报复，荷兰殖民者除了在岛上增强兵力、建筑城堡和严密监视各族人民之外，还开始在公海海面上肆意劫掠郑成功的商船，任意搜查过往船只，扬言“将采取有效措施来破坏殿下（按：指郑成功）士兵军饷，赖以维持之商业活动”。郑成功面对荷兰殖民者的蛮横挑畔，下令以水师封锁台湾，并禁止所有来往商船开往台湾。封锁令实施近2年间，荷兰东印度公司的损失惨重，他们在台湾的兵力有限无法展开反封锁，对郑成功大军无可奈何，只好采取妥协，派他们认为是台湾最能干的华人长老何廷赋于1657年（顺治十四年）7月携重礼前往厦门，找郑成功谈判。
何廷斌是郑芝龙的旧部，很有爱国心，他趁与郑成功商谈之机，把台湾岛内荷兰人兵力配备及布置等重要情况告诉了郑成功，还有一张有关台湾港道和荷兰兵力分布、炮台设置的地图。何廷斌的这一爱国行动，代表了台湾各族人民的共同心愿和要求。因为早在郭怀一起义被镇压之后，台湾人民中间就盛传郑成功的大军要来收复台湾的种种传说，这说明他们早就把收复台湾的光荣而艰巨的任务付在郑成功身上了。只可惜当时郑成功正全力与清廷较量，准备北伐，一时难以分兵去进攻台湾的荷兰殖民侵略者。
1659年1月（顺治十六年）7月，郑成功率大军进攻南京失败后，他看到清朝统一全国之势已经形成是无法扭转的了，而自己则势孤力弱，难以持久。由于敌我力量的悬殊和客观形式的变化，经过反复深入细致考虑之后，郑成功作出了向清朝寻求妥协，集中全力去收复台湾的决定。这是郑成功所率大军在军事战略上的一次根本性转变，是一个英明大胆的决策，对于收复台湾和结束大陆分裂的局面具有极其重大和现实的意义。7月底，郑成功不顾张煌言、罗子木等将领的反对，下令北伐全军退出长江。8月上旬，在崇明岛驻扎时，郑成功派蔡政前往北京与清廷议和。年底，从北京只身逃回的蔡政带来了清朝拒绝和谈并派安达将军达素率大军来“合剿”的消息。郑成功于1660年（顺治十七年）5月，被迫率军应战，打退了清军的进攻，同时派兵“往平台湾，安顿将领官兵家眷”以留后路。郑成功所率大军击溃了清军的围剿之后，仍担心清廷会派大军卷土重来，所以不敢放松戒备，开始调集兵力，赶修船舰，积聚粮食，准备迫不得已时渡海进攻台湾。所以“成功虽喜大胜，经苦弹丸西岛，难以抗天下兵”，1661年（顺治十八年）正月，清帝福临死讯传到厦门，郑成功估计清王朝在所谓“国丧”期间，不可能大举对外用兵。同时，又闻李定国出师失败，永历帝逃往缅甸，深感日后抗清的艰难。于是，权衡之后郑成功认为立刻出兵收复台湾才是上策，这千载难逢的机会绝不能错过。郑成功立刻在厦门召开了军事会议，召集诸将密商出兵台湾的大事，对大家鼓动说：“前年何廷斌所进台湾一图，田园万顷，沃野千里，饷税数10万。造船制器，吾民麟集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙不上千人，攻之可垂手可得者。我欲平克台湾，以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之忧，并可生聚教训了。”但众将意见不一，宣报后镇吴豪认为：“豪闻其水路险恶，炮台坚利，纵有奇谋，亦无所用，不如勿取。”建威伯马信则认为进兵台湾是万全之计，“今乘将士闲暇，不如先统一旅，经视其他，可取则取，否则作为后图，亦未为晚。”郑成功力排众异，决定率兵亲征台湾，把筹划多年的复台大计付诸实施，留世子郑经守厦门、金门。
台湾以“澎湖为门户，鹿耳为咽喉，七鲲身毗连环护”。由外海进港有两条航道：一是北线尾岛与一鲲身之间的南航道，道宽水深，航行便利，但荷兰人在此驻兵船舰，且有重炮扼守，郑军水师难以通过；一是北线尾岛北端的北航道，道狭水浅长数10里，一般稍大船舰惟涨潮时方可通航至赤嵌楼北边的禾寮港。这里原来也有荷兰人建立的炮台，可以用炮火封锁北航道。但几年前炮台遭暴风袭击而倒塌，荷兰人于是将被损坏的甲板船沉入航道，使大船难以通过，以为万无一失，故没有再设防。这两条航路的情报和地图是由何廷斌提供的，郑成功决定先收澎湖作为入台湾的门户，等待鹿耳门一带海水涨潮之时，乘机进入北航道，在禾寮港登陆。
收复台湾，驱逐外敌，维护祖国领土主权的独立和完整，反对把我国沦为西方的殖民地，这是完全符合中国人民的利益和要求的。郑成功实践了这一符合海峡两岸人民共同心愿的行动，这是他一生中最光辉的事业，他因此而成为民族英雄。
巧渡鹿耳门登陆台湾岛1661年（顺治十八年）2月，郑成功从厦门移驻金门，将准备攻打台湾的水师舰队分成两路，前后呼应。郑成功亲率首批复台大军1．5万人，分乘大小战舰200余艘，从金门料罗湾启航，乘风破浪驶向台湾。从祖国大陆派出这么强大的海陆大军前往台湾，这在历史上还是第一次，全军将士心潮澎派，斗志昂扬。郑成功大军抵达澎湖之后，曾即刻向台湾方向进发，但由于狂风掀起巨浪，大军又被迫折回澎湖，被迫在澎湖等待了7天，然而天气仍未见好转，全军所储备的粮饷已经告罄。为了不影响全军将士的士气，也为了赶上在潮期来临时进入鹿耳门，郑成功当机立断，令部将陈广等率3000人驻守澎湖，自己率大军顶着狂风巨浪继续前进，终于在四月初抵达鹿耳门港外。
北航道俗称鹿耳门，素有天险之称。港门狭窄，沙石淤浅，航路迂回难行，一向只能通行小舟船，但经过多年溪流和潮汐的冲刷，港内逐渐形成了一条可以航行大船的航道，当地的渔民对此都知道，何廷斌又进一步测绘成图，因此郑成功在准备登上台湾岛之前心中已经有了几分把握。郑成功身先士卒，在漫天浓雾的掩护下，换小船在鹿耳门港附近察看地形，恰好正是每月初的涨潮期，中午，海潮大涨，“何廷斌坐船头，按图纡回”，带着地图和澎湖渔民领航，郑成功的舟师紧随其后，进入鹿耳门航道。由于水位加涨了数尺，船队的大小航舰乘潮鱼贯入港，毫无阻碍。
荷兰殖民者事先已经作了备战的准备，他们在岛上各个战略要道和南北两处港口修筑炮台，堵塞北航道，并严禁商船和渔民出海，同时荷兰人还抢掠和屯贮了大批粮食。然而当郑成功的大军突然出现在荷兰人眼前时，他们还是难以相信，不胜惊骇，以为“兵自天降”。因为郑成功的大军利用了当天“上午及全夜有浓雾，不能远望”的机会，从敌军认为不能通过的航道，在涨潮进出其不意地绕过荷军的炮台和航道中的淤浅险阻，在北线尾岛和禾寮岛迅速登陆。当时的荷兰人以为郑成功大军真的有什么“天意相助”，在台湾人民闻讯郑成功大军登陆台湾岛的日子里，甚至流传说郑成功是东海大鲸所变，所到之处，潮水随之暴涨等等。其实真正起到相助作用的是人民的意志，是人意而不是什么天意。
赤嵌居民看见盼望多年的祖国军队从天而降，掀喜若狂，奔走相告，纷纷前往帮助大军登陆。台湾的高山族和汉族居民尽其所能，携带着货车、箩框、小舟等运输工具前往海边迎接郑军上岸，不到两小时，已有好几千名士兵顺利登陆。“各近社土番头目俱来迎附”“南北路土社（即高山族人民）闻风归附者接踵而至”，“土民男妇壶桨迎者塞道”。这样，大军很快站住了脚，先头部队立即分头占据了冲要地点，保护市街、房屋和粮食，并包围了荷兰军队在岛内最重要的据点——普罗文查城堡（今台南市赤嵌楼），同时，郑军的水师也基本控制了赤嵌与热兰遮（今安平）之间的海面，把岛上的荷兰守军围困在两个互相隔绝的据点里。
尽管荷兰人眼睁睁地望着大批郑成功的军队在他们的火炮射程之外登陆，尽管他们看到岛上的居民不顾二切地前往迎接登陆的大军，荷兰人还存有侥幸，希望用他们所拥有的坚船和利炮来战胜人多势众但却以弓弩和大刀加木船为主的中国军队，荷兰人相信他们的优越的军事技术和设备。于是，荷兰军队士兵全副武装，荷枪实弹，在火炮的掩护下，急忙从海陆两方面组织反扑。当时，驻台湾的荷兰殖民军长官揆一在台湾城（今台湾台南市西安平港），城内有兵1000多名。未嵌楼的荷兰守军由长官描难实叮统领，不过400多名。水军有海克托号和斯、格拉弗兰号2只战船，以及几艘快艇、帆船、平底船，水兵仅数百人。荷兰人的水陆军队人数有限，但装备精良。
荷兰军舰在2艘主力战舰的带动下，辅以小帆船白鹭号和快艇马利亚号，边开炮边向郑军水师船队冲杀过来。郑成功命宣毅前镇侍卫镇陈广和左虎卫左协陈冲率水师中较大型的船舰60余艘迎战。敌舰队的两支主力舰宛若海面上的两座小山，每舰长约30丈，宽6丈，船板厚2尺多，中国人称为“夹板”船，系用园木制成，极其坚固。甲板上有5个桅杆，帆墙可承受海上八面来风，且不惧逆风，行驶迅速。每舰装有火炮20一30门，而郑成功的水师船舰高大约仅为敌主力舰的1／3，每船仅配有2门火炮，一般情况下遭遇敌舰时．往往抵挡不住对方利用风力和船重而被压沉于海面。由于郑军水师官兵有充分的思想准备。充分发扬了不畏强敌不怕牺牲的精神，利用敌舰笨重在港内转侧不便和易于搁浅的弱点，将几十艘灵活的船舰紧紧围住敌舰的核心——最大、最重的海克托号，从四面八方向敌舰轰击。其中有五六艘轻便的小木船，由几位最勇敢的水兵掌舵，船上满装着已冒出熊熊火焰的燃烧物品冲向敌舰，士兵们冒着敌人的枪林弹雨把这些“火船”钉死在荷舰的船板上，然后跳水泅回。海克托号立刻浓烟滚滚，不久火药舱爆炸，这艘荷军的王牌战舰连同舰上的100多名水兵就此沉入海底。郑军水师使用的是我国古代人民从长期同西方殖民强盗作战的实践中创造出来的著名“火船”战术。其它几艘大型敌舰见势不妙，调转方向逃出港外，郑军水师则紧迫不舍。又有五六艘小船连在了一起，搭成了一座浮桥，钩住了斯格拉弗兰号，几位勇士奋勇地爬上敌舰，采用了肉搏战、火攻战、接舷战，差一点把它俘获。另一艘郑军小火船缠住并烧毁了一艘敌舰。荷兰人的水师受到重创，剩余的几艘大船狼狈逃跑，再也不敢在台湾海面露面了。
在陆路，驻守台湾城的揆一观察到北线尾上的郑军戒备不严，立即命令贝尔德上尉带240名士兵袭击。这些殖民者荷枪实弹，耀武扬威，因为他们有在1652年镇压郭怀一起义的经验，自以为装备优良，城堡坚固，必胜无疑。所以他们口出狂言：“二十五个中国人加在一起还抵不上一个荷兰士兵”，“只要放一阵排枪，打中其中几个人，他们便会吓得四处逃跑，全部瓦解”。在北线尾岛登陆后，这些洋鬼子便以12人为一排，连放了三排枪，然后神气十足，目中无人地阔步前进，全不把郑军的力量放在眼里，敌人的骄傲狂妄正好给了郑军以可剩之机。郑成功命宣毅前镇陈泽率领所部迎击，士兵们纪律严明，训练有素，弹无虚发，十分英勇。双方混战在一起，箭如雨下，荷军无法招架，措手不及。将士们武器装备虽然落后，但英勇顽强，不怕流血牺牲，以一挡十，“士兵低头弯腰，躲在盾牌后面，不顾死活地冲入敌阵，十分勇猛而大胆，仿佛每个人家里还另外存放着一个身体似的，尽管许多人被打死，他们还是不停地前进，从不犹豫”。另一路郑军从后路包抄过来，殖民军腹背受敌，他们初战时的狂傲之气这时已完全被恐惧所代替，惊慌失措，各自逃命。而郑军士兵则乘势猛攻，见人就砍，毫不留情。郑军3000人正面迎敌，另有800人迂回敌后包抄，激战的结果，荷军贝尔德上尉及100多人当场丧命，少数人跳人大海而葬身鱼腹，幸免逃脱的只有80人。
荷兰殖民者不甘心失败，揆一又令阿尔多普上尉率200名士兵乘船渡海为赤嵌楼的荷军解围，然而首先登陆的60名荷军士兵，尚未站稳脚跟就被郑军中的敢死队“铁人”所歼灭。尚在船上的阿尔多普亲眼目睹了岸上发生的一切，惊魂未定，连忙不顾一切逃回台湾城。
荷军投降台湾光复郑成功的大军登陆成功之后，立刻开始了收复台湾，驱除荷兰殖民侵略者的战斗。在台湾人民的支持和配合下，郑成功的水陆两路军队大获全胜。荷军全副武装，有数量充足且装备精良的火枪火炮和大型战舰，而中国军队仅靠弓弩、大马和小型船队就战胜了侵略者，充分表现了中国人民反抗外国侵略的不屈不挠的英雄气概和维护国家主权领土完整的坚定立场。
荷兰侵略者在海陆两路的反击均遭失败后，被迫退缩到两个据点——赤嵌城和台湾城，妄图依据城堡工事作垂死抵抗。郑成功为了减少残敌的反抗，一再勒令荷兰守军从速献城投降，否则必遭毁灭。而驻守在赤嵌城的荷军拒不投降，采用了收缩兵力、固守待缓的方针，赤嵌楼周长45丈，高3．6丈，周围有4座炮台。郑成功在派军围困之后，采取了先弱后强、分割包围、各个击破的方针，让士兵先集中火力攻打4座炮台。荷兰守军顾此失彼，加上粮弹日益缺乏，士气低落，难以长期坚守抵抗下去。揆一见情况急迫，被困荷军毫无反攻或突围的希望，唯一的可以依赖的后台东印度公司的援军又不知何日能到，于是揆一派出两名代表出城与郑成功和谈。他们准备付出一笔赔款劝诱对方退出台湾，如果不成，就同意让郑军暂且进驻台湾，而让赤嵌城守军集中到台湾城附近。双方互不侵犯和骚扰。郑成功识破了敌人企图以“牺牲一部，顾全大局”的缓兵之计，义正辞严地警告荷军代表：“这个岛（台湾岛）是属于中国的。当中国人不需要的时候，可以允许荷兰人暂时借居，现在中国人需要这块土地，来自远方的荷兰人，自应把它交还原主，这是理所当然的事”，“执事率数百之众，困守城中，何足以抗我军……执事若不敌，献城降，则余当以城意相待……”这时赤嵌城内用水仅能维持8天，而火药还不足应付一次反攻，但揆一的使者却不顾城内荷军官兵的安危，坚持要求把赤嵌城内的守兵撤到台湾城为和谈的条件。郑成功坚决拒绝了揆一妄图保存岛上荷军实力的要求，立即缩紧了包围圈，并调集了数10门大炮对准赤嵌城，勒令城内守军无条件投降。城内敌军负隅顽抗，于是郑军火炮开始猛轰。但赤嵌楼城墙颇为坚固，郑军大炮久攻不下。城内的台湾百姓向郑成功献计说，城外高山上有溪水，自上而下绕过赤嵌城，并从城中穿过，是城中人惟一赖以饮用的水源。如果堵塞溪流，那么赤嵌城里的守军不出几天就会放弃抵抗了。郑成功采纳了这一建议，果然使城内的守军惶恐起来。在郑成功大军登陆的第三天，赤嵌城内的荷兰守军放弃了抵抗，乖乖地交出了城堡及所有军事物资，全部守军从司令到士兵约700人都成了俘虏。
郑成功随即派军包围了荷兰殖民者在台湾的统治首府台湾城。
郑成功命令大军从水陆两路围攻台湾城，先用猛烈的火炮轰击台湾城外围的防御工事，从而缩小了对侵略者的包围圈。台湾城周长277．6丈，高3丈多，共3层，城墙四角外突，居高临下，备有火炮数10门，能用密集的火力封锁四周道路，易守难攻。当时，城内共有居民1700多人，其中荷兰军队870人，其余为普通居民。其中有些是妇女儿童，四月底郑军开始攻城，28门火炮齐发，猛轰4个多小时，城墙多处被摧毁，同时荷军以炮火还击。但因荷军地处优势，火炮精良，而郑军地势不利，粮弹缺乏，伤亡较大。所以，郑成功改强攻为长期围困。郑成功认为“台湾孤城无援，攻打未免杀伤”，决定“围困俟其自降”。因为当时形势对郑成功及其军队极为有利，郑成功认为战争大局已定，胜券在握。岛上各族群众得到祖国军队与荷兰侵略者交战的消息后，精神振奋，不约而同拿起刀剑追杀侵略者，捣毁荷兰人设立的官署和殖民机构，在全岛形成了大规模的人民反荷起义。甚至连荷兰人一向认为最为可靠的信奉基督教的新港、法沃兰等地群众也捣毁教堂。焚烧《圣经》、《十诫》之类的书籍。几天前还是不可一世的荷兰人，而今在台湾岛上成了人人喊打的过街老鼠。台湾人民站起来了，这种大好形势使郑成功认为荷兰人在台湾已经是秋后的蚂蚱，不足为患，故而采取了“守株待兔”的战术，以少数部队围困台湾城，“待其自降”，而将大部分兵力抽往南北两路开荒自给，以解决军粮不继的问题。
困守在台湾城内的揆一以为有机可乘，自作聪明，派人劝郑成功撤兵，条件是除了年年向郑成功纳贡以外，再送劳师银10万两。郑成功不为所动。尽管荷兰殖民者贼心不死，一再采取种种卑鄙手法，或用“和谈”拖延时间，或是以金钱利诱，或是乞求援兵，甚至妄图勾结清政府进攻郑成功的军队等等，都没有动摇郑成功收复台湾的决心。
在围困台湾城期间，郑成功的第二批部队在将帅黄安等人的统领下抵达台湾，共约6000人。这样，第一批入台的郑军稍稍缓解了粮食危机，兵力也得到了加强，大军加紧修筑防御设施，修造配备攻城用具和调运火炮，派小部分兵力四处收复其它失地，郑军所到之处，都受到了台湾各族人民的欢迎。
荷军的通讯快艇马利亚号在海战中被郑成功的水师击败后，从台湾沿菲律宾群岛逆风而行，近两个月才抵达巴达维亚，请求援助。巴达维亚当局派雅科布？考宇为台湾司令官，率战舰10余艘、一批货船和725名水兵出发，在1661年8月抵达台湾海面，因为风浪很大不敢靠岸，其中1艘小艇触礁沉没。郑军水师发现了这一情况，立即制定了作战方案。公历9月10日，荷兰救援军在台湾城附近登陆，会合岛上荷军的残余力量分水陆两路进行反扑。荷兰殖民者还商定了战斗目标和行动计划，以卢特？塔华隆？贝斯为总指挥，以2艘主力战舰迂回到市区后面，用火炮摧毁郑军的炮台和战船；派三四百名士兵进攻市区；另派20只左右的船队，攻击附近海面上郑军水师的10余只战船。于对郑军官兵见一个杀一个，不要俘虏；捕捉或焚烧郑军船只的人将得到重赏。
公历9月16日，荷兰舰队首先在海上发起进攻，于是第二次海战爆发。郑成功指挥水师奋力反击，宣毅左镇官兵和戎旗左右协水师官兵同仇敌忾，勇猛杀敌。双方激战还不到1个小时，郑军水师官兵就用火船烧毁了敌舰“克登霍夫”号，用炮火击碎了“科克伦”号，杀死荷兵300名，另外还俘获了小艇3艘，战果辉煌。在陆战中，荷军也遭到重创。荷军眼见郑军人数众多，满山遍野，声势浩大，不敢主动出击，只好固守待援。在外援断绝的情况下，加上粮、药缺乏以及天气酷热，荷军病亡相继，士气低落，斗志消沉，逃亡，投降的事件时有发生，荷军城堡中笼罩着一片绝望的气氛。至此，荷军战死病亡者已达1600多人，仅存700多名缺粮少药的官兵。为挽救垂死的命运，一直漂荡在海面不敢靠近的雅科布？考宇，带着被打败的七零八落的船队（3艘战舰，2只快艇）驰向福建，企图勾结清朝军队袭击厦门，迫使郑成功撤兵。但由于在澎湖遭遇风暴而退回台湾海面，考宇乘机经暹罗逃回巴达维亚，从而使荷军勾结清军夹击郑军的阴谋未能得逞。
在台湾城南侧的小山上，有一处荷兰殖民者精心修筑的城堡，名为乌特利支堡，荷兰人特别加强了对该堡的防守，因为这是台湾城外若干城堡中最重要的一个，如果该堡被攻克，则台湾城必然失陷。郑成功对敌军的意图十分明了，他根据从俘虏中了解的情况，重新布置兵力，在乌特利支堡外围修筑炮台3座。这样，在围困了敌军达8个月之久以后，郑成功决定采取攻势，给负隅顽抗的荷兰殖民者以严惩。
1662年10月，中国军队的火炮再一次轰响，位于乌特利支堡南端和东端的3座郑军炮台，28门大炮齐发，炮弹呼啸着飞向城堡内的荷军阵地。在郑军3个炮台的外围城堡壕里，数千名将士万箭齐射，呐喊者连成一片，惊天动地。郑军在3座炮台里，居高临下，可以用火炮轰击城堡内的每一寸土地，刹那间，2500发炮弹象雨点般落入城堡内，敌军防不胜防，无处藏身，惊慌万状，斗志全无。敌军被迫退回台湾城，郑军顺利攻克乌特利支堡，进一步缩小了对台湾城的包围圈。城堡内的荷兰殖民军头子揆一多次与属下商讨对策。此时他们的外援已毫无希望，即使有援军抵台湾也难能在郑军水师的防范之下登陆，城堡内有战斗力的荷兰官兵仅剩下600人左右。心灰意懒的荷兰侵略者对他们所处的形势已经完全绝望，决定与郑成功和谈，在优惠条件下交出，城堡。经过了几天谈判后，1662年2月1日（顺治十八年十二月十三日），荷兰侵略者终于被迫在投降书上签字。按照条约规定，荷兰殖民侵略者交出了在台湾城的所有城堡、武器、物资，包括大炮150尊，小铳4000支，足够5个月食用的粮食和价值471．500荷兰盾的珠宝现金。郑成功则遵守诺言，对缴械投降的侵略者采取了宽大政策，允许剩余的五六百荷兰士兵在其长官揆一率领下，分剩船舰8艘（其中4艘由郑军发还）退出台湾，并带走了他们个人的财产。就这样，荷兰殖民军头目“揆一降成功，成功纵其归国，台湾平”。至此，沦为荷属殖民地达38年之久的台湾岛重归祖国怀抱。郑成功在驱逐荷兰侵略者，收回台湾的伟大事业中，为祖国和人民立下了不朽功勋，是当之无愧的民族英雄。
郑成功取得收复台湾的胜利，原因是多方面的。首先，郑成功进行的是保卫国家、收复失土、驱除敌寇的正义战争，符合海峡两岸人民的共同愿望，得道多助。其次郑成功的水陆大军纪律严明，训练有素，有一定的作战经验，将士们不畏难险，不怕流血牺牲，表现出了极大的爱国热忱。荷军全副武装，有大量的火枪火炮，而且城堡坚固，船坚炮利，而中国军队只有弓箭、大刀和木船，装备低劣，然而郑军官兵们却用这些简单的装备战胜了握有先进枪炮的侵略者。同时，郑军是在极端艰苦的条件下与荷军作战的。由于粮饷短缺，为减轻当地台湾人民的负担，郑成功除设法从大陆调运以外。还令部队开荒垦田，自给自足，千方百计克服困难。第三，郑成功对出兵台湾成竹在胸，制定了较为正确的作战计划，做到了知己知彼，百战不殆。巧渡鹿耳门，智取赤嵌楼。用火船撞敌舰，水师严守海面断敌外援，然后围困台湾城，使其孤城援绝。郑成功收复台湾，驱逐了“十七世纪资本主义的标准国家”、东方的殖民霸主荷兰侵略者，沉重打击了西方殖民列强的凶焰。鼓舞了亚洲及其它地区人民反殖民主义侵略的斗争，具有世界意义。
郑成功在收复台湾4个多月后，于康熙元年（1662年）五月初八病逝。
§§§第三节 郑氏顽抗施琅专征台湾
软硬兼施清兵攻克金厦郑成功收复台湾之后，立刻在岛上建立政权，以台湾城（或称热兰遮城）为安平镇，改名王城。以赤嵌城为承天府，或称东都明京，设一府二县。天兴县管北路，万年县管南路，分别设官置守。郑成功还颁布了垦荒条例，允许文武各官圈占土地，鼓励各镇官兵开荒垦田，自给自足，寓兵于农。郑成功指出：“故善为将者不得不行屯兵之法，如充国之屯羌中，诸葛之屯斜谷，姜维之屯汉中，杜预之屯襄阳，而后战无乏粮，守无饥色。……今台湾为新创之地，虽僻处海滨，安敢忘战。故行屯田之法，仅留勇卫、侍卫二旅以守安平、承天，余镇各按分地，分赴南北开垦，使野无旷土，而军有余粮。……”当时，台湾土地新辟，瘴疠流行，“病有十之七八，死者甚众”，又有长达数10丈的巨蟒为患，开荒垦田异常艰苦。如果没有郑军官兵披荆斩棘的耕作，又哪里会有日后台湾农业的迅速发展？针对清廷“五省迁界”的暴政，郑成功又积极鼓励沿海各族人民移居台湾，“闽浙居民附舟师来归，烟火相接，开辟芜土，尽为膏腴”。
郑成功积极开发，加紧巩固台湾的方针，遭到了军队内部两种力量的抑制和反对，一种是以张煌言为代表的南明遗老。他们认为郑成功不继续反清而移师台湾，是不忠于明室的叛逆行为。但郑成功不为所动，一心一意加强台湾的建设和防守。果然，荷兰殖民者不甘心就这样失去台湾，荷兰东印度公司派出了空前强大的舰队三次东来：1662年6月10月和1664年10月，企图联合清军，重占台湾，均由于郑军戒备严密而未能得逞。历史证明，郑成功的决策是完全正确的。另一种阻力来自留守后方的郑军高级将领。早在1661年初郑成功决策收复台湾的军事会议上，就有许多人“俱不敢违，然颇有难色”。郑成功收复台湾期间，先后有驻守东山的宣毅左镇万义，右冲镇万禄和其它一些将领叛逃降清。
由于郑成功突然病逝，留台的诸将拥立随军入台的郑成功之弟郑世袭，与留守厦门的郑成功之子郑经相对抗，双方势同水火，郑氏政权一时陷于分裂状态。清廷得到郑成功死讯，以为郑军群龙无首，有机可乘。自从清军于1659年攻入云南迫使南明永历帝流亡缅甸之后。清廷便把注意力集中到对付郑成功军队的身上。1660年7月，清廷命靖南王耿继茂移师福建，又命罗托为安南将军，会同兵部尚书车克率大军讨伐郑成功。当清军一举剿灭郑成功大军的企图未能得逞后，清廷转而采取了消极的防御政策，将山东、江苏、浙江、福建、广东沿海五省居民迁入内地，并严禁渔船，商船出海，以此来断绝沿海人民与郑成功的联系，“如此半载，海贼船兵无可修葺，自然朽烂；贼众许多，粮草不继，自然瓦解”。迁界、禁海虽然给郑军带来了一定的困难，但清廷本身所蒙受的损失更大，清廷此举可谓得不偿失。
郑成功之死，使台湾的局势发生了变化。郑氏集团内部争权夺利，矛盾加深而出现分裂，许多将领和士兵感到前途暗淡，渡海归降了清廷。清廷趁机数次派使臣到厦门“招抚”郑经。清廷的目的是在派人招抚郑经的同时，又“按兵相机，密布间谍，”对其部将“用反谍计间之，使自相猜疑，然后剿抚兼用。”对郑经来说，他驻守在厦门和金门西岛，其叔郑世袭在台湾，双方针锋相对，互不相让。郑经对于清廷欲其“叔侄相争，势已动摇”之机，一举攻占厦门、金门的企图早有防备。为避免自己内外受困，也为了解除后顾之忧，以便集中兵力解决内乱，郑经将计就计，密令郑泰、洪旭等与清廷谈判招抚条件，并上缴明朝所赐敕令、印信和“海上军民土地清册”等以取信清臣，拖延时间。此间，荷兰东印度公司派兵第一次远征。抵达闽江口外，欲与清军联合攻郑军。清朝靖南王耿继茂和福建总督李率泰正设计降服郑经，于是对荷兰人未加理会，荷兰舰队只好望洋兴叹，失望而去。
不久，郑经平定了台湾的变乱，巩固了自己的地位，回师金厦，并用计杀死暗中支持郑世袭的郑泰，借口“人众登岸，安插难周”，拒绝履行和谈条件，清政府的“招抚”计划完全失败，转而采取武力解决的方针。郑泰被处死之后，郑泰之弟郑鸣骏被迫率领万余名官兵和家属，分乘300余艘船舰从金门驶入泉州港，归附清军，从而使清军水师力量大增。同时，郑经集团执迷不悟，仍以南朝王朝为正统，企图割据台湾，控制金门和厦门。郑氏军队的所作所为已失去了原来抗清斗争的意义和作用，从而成为清廷维护统一的绊脚石。
郑经对于招扶毫无诚意，野心勃勃，清廷担心待其“羽翼丰满、声势肆张之时，则又成一郑成功”，不如“趁其荒乱犹豫之际，神速进兵剿灭之”，恰在此时，荷兰东印度公司又派出了第二次远征舰队（包括战船16艘，士兵2600余名），由海军司令波特率领开抵福建，很快与清廷相勾结并达成了共同进攻郑经军队的协议。郑经闻讯立即商量对策，令大将周全斌率领船20只，防守来自泉州方向的清荷联军，这一路清军是精锐部队，如果击败则海澄各港的清军就会自动退却，为此郑经对周全斌寄于厚望；郑经又令“黄廷带船20只泊南山边，御海澄之海门；林顺领船10只，在高崎一带游场接应，杨样领船10只，在辽罗一带接应”，另派陈开率步兵守高崎陆路，郑经决定采取当年郑成功大败清将达素的战术，“悉空厦门，背城一战”。
从十月十日开始至二十一日，清荷联军与郑经水师之间展开了激烈的海战。两军在金门乌沙港附近相持。周全斌认为荷军战舰板船高大，必须停泊在深海，于是率水师从一侧迂回而上，与清荷军发生了激战。二十日清晨，清军正吃早饭，周全斌忽然率舟师驶进金门口。清荷联军来不及整队，匆忙应战。荷兰舰队仗着船舰高大冲在最前面，后面依次是清军水师小型战舰，清军提督马得功的坐船处在最末尾。周全斌派出先头船队在前方引诱荷军战舰，自己则率数10艘小战舰从中间拦截清军船只，马得功的坐船被郑军的5只战船团团围住，而前面的荷清水师却无法救援。双方从早战到晚，“得功四面受敌，火罐、药矢咸尽，兵士伤死，仅存二三，度不能免，恐遭擒受辱，遂投海死”。金门海战，郑军战船仅20只，且有7只被荷军舰阻于南山根下，仅13只船在周全斌的率领下进入金门口，结果大败清军而不失一船，充分说明了周全斌高超的指挥才能和清军水师的无能。令人可笑的是，靖南王耿继茂为了掩盖这次清军失败的真相，向清臣报告说清军的失利完全是由于“南风突发，贼船扬帆顺风而来，直逼我船之后”所至。
清军的泉州水师虽然失利，但由于郑经派驻高崎陆路的陈开降清，使清军水师在施琅和黄梧率领下，乘落潮之时，从海澄、漳州直逼厦门。郑军将领黄廷率兵迎战结果被打败，清军攻战厦门。这样一来郑军各路将士军心动摇，接着金门也落入清军之手，周全斌带着完好无损的20只战船退泊浯屿，郑经则率兵退守铜山（今福建东山县东北东山镇）。“清军入金、厦，堕两城，弃其地，收宝货妇女而还，两岛之民烂焉”。
清军初占告捷，派水陆两路军直逼铜山，欲一鼓作气攻克铜山。无奈铜山地势险要，加上清军对荷军不加信任，于是清军只好停止了对铜山的进攻。清政府转而展开了大规模的招抚诱降活动，意在乘郑军军心混乱之际瓦解郑军。清廷令兵部、户部各派出满汉郎中两人长驻福建、广东、浙江和江苏四省，专门对郑军中下级将领进行招降，并用高官厚禄加以引诱。于是郑军将士人心浮动；郑经本人躲在铜山却无可奈何。不久，自承天府南北总督周全斌、前提督黄廷、水师统帅忠靖伯陈辉以下的数10名大小镇将总兵、都督相继率所属降清，郑军为此损失了兵力10万多。大小船只900余号。郑军中的精锐将领十去七八，乘余的象周全斌等少数高级将领已无兵可领了。直至康熙三年（1664年）二月，困守铜山的郑经军几乎弹尽粮绝，清军打算等待入春风顺时出兵铜山。情况危急，又面临着全军瓦解的局面，郑经不愿意坐以待毙，不得不放弃沿海诸岛，撤回台湾。三月七日，郑经率残部离开铜山，七日，抵澎湖，十日，至台湾。但郑经万万没料到，奉命断后的周全斌和黄廷两名战将归附了清朝。清军顺利地清除了郑军在沿海五省设立的基地，并相应在沿海各地修筑起界沟、界墙、炮台、营盘等，派兵驻防，以维护沿海各地的安定。
互相争夺拉锯于福建沿海郑经败回台湾岛，清廷决定乘胜追击。康熙三年（1664年）七月，清廷任命福建水师提督施琅为靖海将军，周全斌、杨富为副帅，统帅着郑军的降众，船舰攻取台湾。由于台湾远离大陆，海上气候变化无常，加上清军水师中大多数是刚归降清朝的原郑军的水师，心志不一又缺乏严格训练，所以，康熙三年十一月和四年的三月至四月，施琅统领的水师两出金门但遇风而回，攻台没有成功。清廷于是怀疑这些降将暗中仍与郑氏有联系，如果是内外勾结则为患更大，因此下令将所有郑军的降将都调入北京归旗，其余部众则分散到各省屯垦，并把郑氏的船舰全部焚毁，清臣疑心过重，比举非但不明智而且消弱了自己水师的实力，因此，有关攻取台湾的计划只能拖延下去。
由于强攻台湾难以奏效，在放弃了武力解决方针之后，清廷对台政策再次改为以招扶为主，并两次派使者到台湾去劝诱。第一次在1666年（康熙五年）6月，清延派河南候补道后为招抚总兵的孔元章赴台招抚；第二次是在1669年（康熙八年）8月，康熙帝亲下诏书，由兴化知府慕天颜等送到台湾。在这两次谈判中，郑经不敢轻举妄动，厚待使者。清政府表示承认由郑氏家族世守台湾，并开放沿海各省对台贸易，郑经则表示愿意改奉清廷，称臣纳贡，看来清郑双方颇有诚意，似乎已达成协议。然而郑经坚持说：“倘清朝以海滨为虞，苍生为念，能以外国之礼见待”，他则同意“互市通好，息兵安民”。郑经又举例说，“须援朝鲜倒，不剃发，不易服”，实际上是拒绝清朝的招抚。清廷对郑经的提议坚持不妥协，康熙的招书中指出“朝鲜系从来所有之外国，郑氏乃中国之人”，根本不能把台湾和朝鲜相提并论，双方争论的实质牵涉到台湾究竟是中国的领土还是中国的藩属这个根本性的问题上，清廷的立场和原则是正确的。
施琅等清将认为郑经的态度如此蛮横，应出兵征讨。早在1688年（康熙七年）四月，施琅就曾上疏康熙，全面分析了台湾的局势和清廷招抚的弊端，指出“郑经得驭数万之众，非有威德制服，实赖汪洋大海为之禁锢，如专一意差官往招，则操纵之权，在乎郑经一人，恐无率众归城之日。若用大师压填，则去就之机，在乎贼众，郑经安能自主？”清廷认为施琅的分析言之有理，但鉴于施琅已两次攻台皆败兴而归，仍决定以招抚为上策。这时，清王朝因三藩割据而暂时放下了台湾问题，郑经由此获得了一个较为长期的和平环境，在台湾休养生息，并加强了各处的防御。
在澎湖，郑经采纳了大将洪旭的提议，因为“澎湖为台湾门户，上通江、浙，下达南洋，必须建设重镇，以固海疆，若澎湖有失，则台湾无所措手足”，派军在澎湖修筑了娘妈宫，在其左右各筑炮台，烟火相望，派兵驻守。在台湾岛上，郑经则改东都为东宁，将天兴、万年设为二州，又在四坊设立府治、郑经在台湾奉行的基本上是郑成功的富兵于农的方针，台湾社会逐渐稳定，生产由此得到发展，并且与英国暹罗、吕宋等国互通贸易。台湾人民在植蔗熬糖，煮海为盐，以兴贸易；粮食有余，布帛无缺，民用殷富。郑经又建圣庙，设立学校。故此台湾岛上一片和平景象。然而，郑经死心塌地地追随南明王朝，妄图割据台湾，这种分裂中国领土的行为是不可原谅的。在“三藩”之乱中，郑经不甘寂寞，出兵大陆参与抗清斗争，不过完全是为了独霸台湾，所以郑经的反清斗争性质已发生变化，根本不能与其父郑成功当年的抗清斗争相提并论。
1673年（康熙十二年）底，三藩吴三桂、尚之信、耿精忠等联合判乱反清，郑经以为机不可失。于是应吴三桂和耿精忠之约，率军西渡大陆，积极参加了反对清王朝巩固中央集权、统一国家的叛乱战争。
由于三藩之乱，清军无力南顾和耿精忠主力北上浙江，郑经乘机出兵福建，攻占了原属清朝、后已归附耿精忠的闽南粤东全部沿海，占有泉州、漳州、潮州、惠州、汀州、郡武，兴化等7府，从而与耿精忠失和交战。1676年（康熙十五年）10月，清康亲王杰节率清军入闽，耿精忠降清，联合清军向郑经反击，在众寡悬殊、孤立无援的形势下，郑军屡战屡败，7府全失，被迫退守厦门、金门。尽管郑经屡次出台骚扰大陆，但清廷仍将他与三藩作乱区别对待。康熙帝曾向福建总督郎廷佐指出，对耿精忠“宜用剿”，而对郑经则“宜用抚”。这样清廷对郑经又采用了诱降方针。郑经却得寸进尺，提出了“边所海岛悉为我有，赏给粮饷，则罢兵息民”的新条件，拒绝了清廷于1677年（康熙十六年）5月和8月两度派员到厦门的“招抚”。清廷对郑经在坚持招抚的同时，已经作出了重大让步，甚至同意台湾郑氏按“朝鲜故事”处理，但郑氏集团却执迷不悟。
1678年（康熙十七年）7月，郑军发动反攻，陷海澄、围泉州，不久又被清军逐出沿海。于是，郑经以海澄、金门、厦门为据点，与清军隔海对峙。清康亲王杰书、闽浙总督姚启圣等又先后4次派员劝郑经退回台湾，同意以澎湖为双方通商之地。然而郑经得寸进尺，坚持以海澄为双方往来公所，于是清郑谈判又告破裂。清廷的诱降一再失败，但康熙帝仍令属下继续招抚，并把重点转向郑经的部属。于是，在闽浙总督姚启圣的策划和主持下，清廷从三个方面对郑军展开了攻势：军事方面，调在洞庭湖大破吴三桂水师的万正包任福建水师提督，加紧建造船舰，训练水军，准备渡海攻击金门和厦门，给郑经以血的教训；经济方面，在福建沿海重新执行“迁界”措施，强迫沿海居民迁入内地10至20里，并遍筑“界墙”守望，即“展界诸岛”，断绝内地与沿海的内外交通，对郑军实施全面封锁；政府方面，对郑氏集团的大小将官以至士兵和平民，展开大规模的招降活动，计有“招抚条例十款”；在漳州设“修来馆”，对投降官兵及其家属实行优待政策，“文官投诚，即以原衔题请，准照职推补，武官投诚，一面提请换扎，一面保题现任；……愿入伍者，立拔在营，给以战饷；愿归农者，立送回籍，场尉县安插，不许强豪职凌，宿怨报仇”；下令保护沿海各地与郑军有乡邻戚党关系之人，不许挟嫌陷害，开展反间活动，派人四处离间郑氏集团上下关系，以引起郑军内部互相疑猜，同时对郑经派来的奸细诱以厚利，收为己用。种种花样，不一而足。足可见清廷对郑氏集团的宽大政策。
由于清廷善于用“高位厚禄，买散人心”，所以投诚者接踵而至。仅十七年六至干十一月，清廷就接纳官员1237人，士兵1．1639万名。在清廷全面的政治攻势和经济封锁之下，郑氏集团人心涣散，离心离德，先后有五镇犬将廖碘、黄靖、赖祖、金福、廖兴，水师五镇蔡中碉、折冲左镇吕韬、征夷将军江机、杨一豹等率所部10余万人降清。在经过长达5年的拉锯战之后，郑军土地日蹙，财源枯竭，兵力锐减。而连年在台湾和大陆沿海厉行重税摊派和强抽乡勇当兵，又激起群众的不满和反抗。郑经集团面临着严重的内忧外患。1680年（康熙十九年）2月，清水师提督万正色攻占海坛（今平潭），乘胜率舟师南下攻打金门和厦门，郑军斗志全无，厦门守将陈昌、海澄守将苏湛、洒州守将康腾龙相继不败而降，献城归清。水师精锐朱天贵率部2万余人和300余只船舰归降，郑经仅带着千余人狼狈逃回台湾，沿海诸岛重又归清朝控制。
正是由于清廷采取了攻心的招抚政策和武力上的收复沿海诸岛的政策，才使得郑氏集团人心瓦解，又失去了进攻大陆的前沿基地，清廷从而争得了统一台湾的战略主动权。
清廷决策施琅出兵郑经退回台湾时，兵力不足万人，而且军心散乱，为此，姚启圣向清朝建议“自往台湾攻取”，然而身负前方军事重任的万正色却认为，台湾港口狭浅，舰船“驻泊无所，粮运不继”，“不可轻议进兵”。姚启圣则坚持已见，又上疏力陈：郑经不灭，广东、浙江、福建等省始终不得安宁，请求“亲督水师进取台湾”。于是康熙令诸臣合议具奏，以求解决台湾问题的万全之策。清廷于1680年初大败郑军之后，又于年底彻底平定了三藩之乱，全国大陆基本上统一于大清帝国之下，多民族的中央集权国家日趋巩固，因此，清廷又开始致力于解决台湾问题，渡海进攻台湾，消灭郑氏剿据政权已成为当务之急。但诸臣合议的结果，兵部侍郎温代、刑部尚书介山、福建巡抚吴兴祚等部赞向万正色的意见，认为攻台时机已成熟，但条件尚未俱备，他们特别强调了进攻台湾将会遭遇到的诸如风暴之类的实际困难，因此康熙决定暂缓攻台。
1681年（康熙二十年）4月，郑经病故，年仅39岁，台湾郑氏集团内部再次发生内讧。郑经遗嘱由长子郑克监国。但郑经诸兄弟不满，认为“克非吾骨肉，一旦得志，吾属无遗类矣”，于是设计谋杀克，另立年仅12岁，的克塽为延平郡王，佩招讨大将军印。郑经之弟郑聪虽为辅政公，但实权却操在武平侯刘国轩和忠诚伯冯锡范之手。清廷得知郑经暴死，诸子争立之事，出兵台湾之事又被提上议事日程。
在统一台湾的问题上，清朝政府内部始终存在着两种对立的意见。早在康熙亲政以前，以鳌拜为首的保守势力，压制进取台湾的正确主张，以“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全”为借口，把统一台湾的大事搁置了下来。平定三藩之后，康熙就把统一台湾之事正式提了出来，主张“宜乘机规取澎湖、台湾”，以“底定海疆”，并且在福建沿海调兵造舰，同时重用主张统一台湾的姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督，筹划向台湾进兵。姚启圣得各台湾郑氏“主动国虚”，“文武解体，政出多门，各怀观望”的密报后，立即上疏清廷，欲“会合水陆官兵，审机乘便，直岛巢穴”。康熙立即令总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色，与将军喇哈达，侍郎吴努春，“同心合力，将绿旗舟师分领前进，分期剿扶并用，底定海疆。”然尔，清廷内外反对出兵台湾的仍大有人在，有人主张“征台湾宜缓”，且极力反对任用施琅，“举朝大臣以为不可遣，会必叛，康熙力排众议，坚持出兵统一台湾，把认为“台湾难攻且不必攻”的原水师提督万正色调为陆军提督，把反对收复台湾，以台湾“断不能取”的福建将军喇哈达调回北京，于1681年（康熙二十年）命福建总督姚启圣“统辖福建全省兵马，会同提督施琅，进取澎湖、台湾”。
施琅到任之后，主张收复台湾，必先攻取澎湖，“以扼其吭，则形势可见，声息可通”，则台湾兵力可不攻自溃。于是积极筹饷练兵造船制器，准备于来年三四月间南风初发时起兵。但姚启圣、吴兴祚等却认为应等到今冬阴历十月间乘北风渡海。根据以往失利的教训和经验，施琅请求清廷将统兵出征台湾的指挥权交给他一人。姚启圣等则向清廷上奏，并提出在今冬“进攻淡水、夹击台湾”的作战案，特别向清廷强调远征台湾需水兵1．1万余名，陆兵2万余名。前方将领意见不一，给清廷朝野反对进攻台湾的人一个攻击的借口，有人又提出不可信任原郑氏集团的降将施琅。1682年5月至7月，户部尚书梁清标，左都御史徐元文等相继上疏请“暂停台湾进剿”、康熙帝再度动摇，遂下诏“十日进剿台湾，暂行停止”。
面对清王朝众说纷纭、举棋不定的情况，施琅又连续向清廷上疏，明确提出必须使前线军事指挥权统一于一人之手，换言之，施琅想争得出征台湾的指挥权。康熙不允，仍令他与姚启圣共同负责。于是施琅和姚启圣之间在作战计划上的分歧愈来愈严重，甚至在铜山召开的水陆高级将领会议上，二人展开了激烈的争论，众将领们也是莫衷一是。事后姚启圣上报朝廷说，与会众将“皆言不如十月可乘北风分道进兵”。宁海将军喇哈达则直接了当上疏说，“总督、提督称南风不如北风”。施琅面对前线将军、总督依官仗势欺上瞒下的恶劣态度感到深恶痛绝。他不顾一切地再次上疏申辩，明确指出“台湾人心惶惑莫定，内多思叛”，确有“可破可剿之机”。如果一定要等待清廷下旨方可进兵，则一定是“有人借旨意为居奇，迁延岁月，虚糜浩费，……经无可破可剿之日”。接着，施琅又详述了他拟定的作战方略和兵力部署，称由他所统帅的水师就足以完成任务，“可以无用陆师”。施琅向康熙帝表示，“倘荷皇上信臣愚忠，独任臣以讨贼，令督抚二臣催趱粮饷接应，俾臣整搠官兵，时常在海操练，勿限时日，见利可行，臣即督发进取，出其不意，攻其无备，何难一鼓而下。事若不效，治臣之罪”。施琅所言出自实地调查，发自肺腑，终于感动了康熙帝，况且议政王大臣会议和大学士明珠也赞同施琅的建议，认为是切实可行的。于是康熙不再犹豫，下诏由施琅一人独任专征，“相机自行进剿”，姚启圣谨传圣旨。至此，施琅才能够大胆放手地实施渡海攻台的战略计划。
以往清廷对台湾的实际情况缺乏了解，对渡海远征也缺乏信心，所以一直举棋不定以致于错过了不少战机。施琅熟悉海上形势，而且又有专征指挥的大权，他就可以施展所长，相机进取，从而为攻克台湾提供了一个必要的前提。当时的形势对清廷来说，无论是在土地、人口、物力、军务等各方面，与台湾相比，都占有压倒的绝对优势。清王朝平定三藩，大陆基本统刁，全国秩序安定，生产恢复和发展，民族矛盾相对缓和。而局促一隅的台湾郑氏政权，虽也有过数年相对稳定的发展，但毕竟是弹丸之地，人力、物力有限。郑经溃败回台之后，不久就暴死，台湾出现内讧，政治腐败，生产衰蔽，不堪一击。在这一点上，清军以大压小，以众攻寡，以强攻弱，处处占优势。
清军往往以陆战见长，士兵们往往长于骑射而怯于海战，而施琅统领的水师主力主要是由原郑军降众和福建新练水师（其中大部分也是来自郑军）组成，水兵们有多年的海战经验。清军又新造了更加高大坚固的战船，行驶便捷，且配有精良的大炮。所以尽管敌我双方兵力（各约2万人左右）和战船数量（各约200余号）约略相等，但清军的装备略胜一筹，战斗力也强得多。这些又是清军拥有的优势。
当然，清军也有些实际困难，清军要渡过宽达二三百里的风浪险恶的台湾海峡，孤军深入，后援不继。如果遇到守军的顽强抵抗，不仅势难持久，而且会重演1665年中途撤兵之局。为此，施琅反复研究，制定了一套切合实际的作战方略。大致如下：首先，确定采取稳扎稳打、逐步推进的战略方针。以攻取澎湖为第一步，因为澎湖是台湾的门户和咽喉，占据它既可以逼近郑军，控制其通海之路，又可以作为进攻台湾的前沿阵地，便于进取退守。另外，澎湖位于台湾海峡的中途而靠近台湾，东距台湾仅50多公里。清军如果占据澎湖，则已经完成了三分之二左右的渡海航程（澎湖西距厦门约220公里），清军可以在澎湖休整补充，养精蓄锐，相机进取。还有就是澎湖地势低平，比港路险恶、地形复杂的台湾易于攻占，水师可以在澎湖附近许多港湾停泊。一举攻占澎湖，也可以大大激发水师将士们的战斗热情。
第二，在战术上决定采用速战速决、集中力量打歼灭战的方针。施琅在出兵前就准备最多用7天时间攻克台湾，不给敌人以喘息之机。在决战时兵分三路，东西两路负责夹击、牵制，施琅亲率主力大乌船56艘为中路，约定每5艘合攻敌船1艘，利用优势兵力逐个歼灭郑军。
第三，在渡海时间上，施琅一改在东北风季渡海的传统打法，而选择在西南风季进兵。这完全是施琅的切身体会。因为东北风风势猛烈，骤发骤散，难以把握。而且如果一战不胜，船队容易被风吹散，难以集合再战。而西南风比较平稳，船队可以在大洋中抛锚，寻找登陆作战的机会。关于趁东北风还是西南风出兵的问题，曾在前线清军将领中有过激列争论。但施琅坚持自己的观点。事实证明施琅的决策大胆机智而正确。
第四，在渡海路线的选择上，施琅也是与众不同。以往清兵总是从金门或厦门出发渡海，而施琅却选择了靠南的铜山岛（今东山）开船。先往东航行，在澎湖列岛的第二大岛屿（今渔翁岛）的最高点后，向北驹入澎湖海，这样船队就可以充分利用南风，占据上风上流，而置敌军于逆风逆流的地位。
后来攻占台湾的过程和结局证明了施琅制订的这一套作战方略是完全正确的。清军顺利地攻占澎湖，然后一战而胜占据了台湾，这和他们统帅的方针正确、指挥得当是分不开的。当然，清军顺利地收复台湾，也和康熙帝用人得当有关。
澎湖激战台湾回归正当施琅在福建沿海操练水师，积极准备实施出兵台湾的作战计划时，失去了最高指挥权的姚启圣却热心于招抚台湾，重新又使用了以前清廷对待台湾的传统政策。康熙帝认为大清帝国和台湾都已发生了重大变化，况且台湾的郑氏集团执迷不悟，不能再纵容他们了，命令施琅立即进兵。
1683年（康熙二十二年）阴历六月上旬，施琅调集各种战船230余艘，官兵2.1万余名，齐集于铜山。万事俱备，在举行了传统的祭江仪式之后，清军水师船队乘南北由铜山出洋，浩浩荡荡驶向澎湖列岛方向。
郑氏集团得知施琅力主先攻澎湖的消息之后，匆忙采取了应战措施。施琅并没有隐瞒他准备先攻澎湖的计划。照施琅的打算，如果台湾派重兵把守澎湖，则肯定由郑军中唯一威望最高的大将刘国轩全权负责。这样，如果在澎湖击败刘国轩，势必使台湾郑军军心大乱，清军则可一举攻占台湾，而如果是其它将领守澎湖，则“虽败未必灭”，那么进一步出兵台湾将会遭到顽强抵抗。施琅明白，与刘国轩之间的交战是一场硬战，是不可避免的，不如先挫其锐气。
施琅是有先见之明的，他是一位称职的知己知彼的优秀统帅，果不出施琅所料，郑军在侦获了清军的动向之后，派出了军中的精锐部队由刘国轩统领，郑克塽以武平侯刘国轩为正提督，令征北将军曾瑞，定北将军王顺为副提督，率诸镇军驻守澎湖。刘国轩征调了大小炮船、乌船、赶缯船、洋船、双帆踞船等共200余只，精锐官兵2万余人，在澎湖的娘妈宫，风柜尾、四角山、鸡笼山、牛心湾、西屿头、东西嵵等关隘要道增修炮台。在澎湖列岛四周大凡小船可以登陆的地方，都筑起了短墙，安置了腰铳，分兵把守。刘国轩又将岛上守军官兵的家属一律集中在台湾、赤嵌二城监护起来，以便胁迫澎湖官兵尽力死战。刘国轩的这些应战措施相当及时，对清军产生了很大的威胁。所以刘国轩不禁产生了骄傲轻敌的心理，认为轻他一手操办的澎湖防御措施“星罗棋布，坚如铁桶”。在澎湖的八罩、水垵澳等处，因有礁石沙线，四面受风，又无淡水可饮，故不设防。
施琅船队于六月十五日上午驶抵澎湖海面。刘国轩方如大梦初醒。因为此前他听到清军将于六月出师澎湖的消息时，认为清军是在虚张声势，蛊惑军心。刘国轩认为“六月风波不测”，施琅不会在这个季节出兵。然在施琅的进兵计划中却经常有超常规之举，正可谓出其不意，攻其不备。
刘国轩在慌乱中紧急传令全面严防，严阵以待，同时聚集众将商量对策。郑将邱辉和黄良骥提出，乘清船“安澳未定，兵心尚摇”之际，派精锐船攻杀，在夜晚落潮时趁机出兵，必能取胜。刘国轩则不以为然，他认为澎湖四处炮城防守严密，清船无处可泊，一旦风暴突起，将不战而溃。不久，清军舟师陆续停泊在猫屿、花屿一带，刘国轩坚信日内必有大风，只要严加防守，清船难以靠岸，则施琅将自败。所以岛上守军仍按兵不动。
十六日早上，施琅舟师齐抵澎湖水面。刘国轩乘快哨小船急驶如飞，于娘妈宫前港内经束布阵。施琅令先锋官蓝理率7只乌船首先冲入敌阵，随后又派出了第二批。刘国轩指挥船队排列迎战，双方开炮还击并互相冲撞。时值南潮初发，清船争先一涌而上，互相冲撞，不成行列，有几只船被海潮冲进炮城周围，从而陷入郑军包围之中。施琅见状亲督诸船力战解围。吴英的战船也随后赶来，实施夹攻。于是两军水师展开了一场恶战，直杀得天昏地暗。血战一天，两军互有伤亡，胜负难分。而清军已稍居下风。因为天晚正逢落潮，风不顺，主将施琅的坐船被潮流所阻，顶风逆行十分缓慢，敌船乘机结队攻击，施琅不顾安危亲自在尾楼上督兵激战，险些被炮弹击中，施琅受伤后又振作精神。施琅的举动感染了清军将士，蓝理率船前来救援，也是奋不顾身，身负伤仍顽强督战。幸得金门镇干总游观光的船队乘风赶来助战，施琅、蓝理才合力击退敌船围攻，率船队退至西屿头洋中抛泊。清军出师不利，在战斗中险象环生，主帅受伤被围，这些事让守澎湖的郑军将士心中欢喜。郑将邱辉见士气旺盛，请求派船队乘胜连夜攻打，刘国轩不听。郑军主将刘国轩缺乏主动进攻精神，把胜利希望完全寄托在变化莫测的海上风暴上，因而失去了几次主动出击的有利时机。这是刘国轩战略方针中的一大失误。
第二天，清军舟师齐集于八罩、水垵澳湾等郑军来设防的海湾。施琅严于治军，他总结了第一天海战失利的教训，批评有些将领“不协力向前，互相观望”，致使陷入敌船包围。施琅严申军令，查定功罪，分别赏罚，及时稳定了军心。部将吴英根据对方船少而清军船稍多的情况，提出用分开列阵的战术迎击刘国轩军，以五船结一队，围攻敌一只船，其余船只则作为预备队在旁游弋，相机行动。施琅采纳了这个建议，列入行动方针之中。接下来的两天，清军先在外围与郑军交战，进取虎井、桶盘屿。清军采用声东击西和分散敌人兵力各个击破的策略，遣兵两股佯攻嵵内、内外堑，以分散郑军兵势。施琅则坐着小船详细观察了澎湖内外堑和嵵内的形势。郑军被清军牵着鼻子转，刘国轩只得下令严守八罩水道以北的大山、西屿，北山诸大岛，以防清军靠岸登陆，而对水道以南的八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿诸小屿防守松懈甚至根本不设防，被使清军乘虚而入，这不能不说是郑军的又一重大失策。清军在外围东征西讨，并及时按抚了占据各岛上的岛民，军民皆群情振奋。
经过三天的休整之后，二十二日上午七点至下午四点，双方在澎湖海域进行了空前规模的海战。施琅在早上重审军令之后，下令分三路进攻：东路战船50艘，皆为赶缯双帆踞船，从东侧内直入鸡笼屿、四角山，为奇兵夹攻，由陈蟒、魏明、郑元堂统领；西路战船50艘，从西侧内堑直趋中心湾，作疑兵牵制，由董义、康玉、洪天锡等统领；中路由施琅亲率大船56艘，又分为8股，每股7只船，各作三选，施琅居中为一股，约定各以五船合攻敌一船，直攻娘妈宫。乘余船只80余艘，分为两股，担任后援。郑军炮船虽然数量不多，但装备精良，每船配有红衣大铜炮一座，重三四千斤，在船头两边安发烦20余门不等，鹿铳一二百门不等。交战时，彼此望见，即发斗头烦，郑军有海战的丰富经验，对敌时从容不迫，靠近敌船，则发左边炮，转舵时发尾送炮，再发右边炮，有条不紊。
当清军由施琅率一股直扑娘妈官方向而来时，郑军设在外堑山顶上的了望炮连发警报信号，刘国轩急忙督船迎战。郑军水师于是齐起帆碇，发炮呐喊，迎战清军，颇为壮观。刘国轩见状不免心中得意，这自然是他平日里操练有方的结果，清将林贤、朱天贵等首先冲入敌阵，各船按总帅的命令，以五船合围一船。刹那间，海面上荡出了一朵朵五瓣莲花，郑军船只几乎个个被围困在水中央。只见澎湖海面“炮火矢石交攻，有如雨点。烟焰蔽天，咫尺莫辩”，郑军“并力死斗，势穷难支”。经过七八个小时的激战，清军以众击寡，“风利舟快，瞬息飞驶，居上风上流之势，压攻挤击，一可当百，又多用火器火船，乘风纵发，烟焰弥天”。刘国轩见大势已去，只得率残兵败将分乘30余只船，冒险从北边的吼门逃走。守卫娘妈宫炮城的郑军全部缴械投降。清军攻打澎湖一战，先后焚毁、击沉（包括郑军自沉）和俘获郑军大烦船37艘，大乌船52艘，赶缯及其它船只107艘；杀死（包抄浮水溺死）郑军将领300余，士兵1.2万名，尸浮满海，惨不忍睹。守城郑军，除戎族二镇吴潜自刎身死外，其余165员将官和4800多名士兵全部倒戈投降。刘国轩仅带着小炮船3艘，小乌船2艘，赶缯及双帆踞船26艘逃回台湾。清军阵亡官兵329人，负伤1800多人，船只毫无损失。至此，清军大获全胜，郑军主力“不数日而全军覆没”。
刘国轩败逃至台湾，于是郑军惨败、澎湖失守的消息不径而走，“台湾兵民闻知，各怀戒心，市井风鹤”，人心惶惶。郑氏集团的另一实权派人物忠诚伯冯锡范主张出兵吕宋（今菲律宾）另创基业。刘国轩力排众议，认为远征只是远水不解近渴，倘若在澎湖失守前早做准备倒不失为良策。然而现在澎湖已失，众志瓦解，清军大兵压境，唯有无条件的接受清廷的招抚才不失为上策，因为一切抵抗都为时过晚，都是徒劳的。刘国轩说今非昔比，“当此之际，尚且狐疑，倘一朝变起萧墙，将奈何？从来识时务者的豪杰，大事已去，速当顺天”！实际上，郑氏集团的傀儡郑克塽为了保持割据的地盘，早在此之前就曾向清廷“遣使赍书，愿称臣入贡，不剃发登岸”，想要把台湾变成一个半归附半独立的国家。可见随着形势的发展，原先“抗清复明”的意识就是在郑氏集团中也已渐灭。清政府正确地坚持以国家统一的立场，拒绝了郑克塽的荒谬主张。
施琅在歼灭郑军后，立即安辑居民，抚恤降众，对郑军将领以礼相待，士卒给以银米，负伤者代为医治，有欲归见妻子者派小船送至台湾。这些被释放回台的士卒们无不对清军感恩戴德，台湾百姓盼望清军登陆。施琅又派人许以高官厚禄说服刘国轩，所以刘国轩极力主降，并且派兵监视了郑氏子孙。郑克塽、冯锡范等于是上书清廷，表示投降，派人把投降书送给澎湖的施琅。表中说：“兹特缮具表章，并延平王印一颗、册一付，及武平候臣刘国轩印一颗，忠诚伯冯锡范印一颗，敬遣刘国昌、冯锡范赴军前，缴奏版籍土地人民，待命境上，数千里之封疆，悉归土宇，百余万之户口，并属版图。尊海而南，永息波涛之警，普天之下，均沾雨露之濡。”但郑块和冯锡范又想要求继续留居台湾，以便承祀祖先，照管家业，请求清廷“独念臣全家骨肉，强半孺孤，本系南人，不诸北土。合情乞就闽省地方拨赐田园庐室，俾免流移之苦……至于明室宗亲，格外优待，通邦土庶，轸念绥柔，文武诸官，加恩迁擢，前附后顺，一体垂仁。”施琅严辞拒绝，指出郑氏是假降，是缓兵之计，若不无条件投降必出兵剿灭。郑克塽只得再修表，答应无条件投降。康熙帝闻讯下令立刻招抚台湾，“若不许其投诚，则彼或窜处外国，又生事端，不若抚之为善”，并于七月二十七日正式颁布了对台湾投诚人员的赦诏。八月十一日施琅来到台湾收降，十八日，郑克块等剃头易服，率众出降，清军顺利地进驻台湾，清朝统一台湾的事业至此完成。
施琅上疏向清廷报捷，并将郑克块送回北京听候处置。康熙帝对郑氏集团再施宽大政策，一再强调郑成功是明室遗臣，而非乱臣贼子，授郑克塽以汉军公，冯锡范汉军伯，刘国轩为天津总兵，何祜为梧州副将，将郑军其它将室以及明宗室后裔分散到各省安置。康熙帝敕令遣官护送郑成功及子郑经两灵柩归葬其故地安南，并建祠祀之，并追谥郑成功的忠节，在台湾郡建祠宇。从而说明爱国者，即使是抗清志士，也为清朝康熙帝所推崇。
台湾自古以来就属中国的版图。郑成功从荷兰殖民者手中收复台湾，作出了重大贡献。他以此作为抗清基地，配合各族人民的抗清斗争，其作用也是应该肯定的。然而，在全国已经统一的大前提下，郑氏集团据守台湾便失去了原有的意义。因此，统一台湾，防止西方殖民势力“窥窃边场，迫近门庭”，确保沿海各省“晏然无虞，已是国家和民族利益的关键所在。统一台湾后，清廷对于台湾的处置又出现了分歧，有人荒谬地提出“宜迁其人，弃其地”，竟然主张放弃台湾。施琅坚决反对，认为“弃之必酿成大祸，留之诚永固边围”。康熙支持施琅的意见，指出“台湾弃取，所失甚大”，“弃而不守，尤为不可”。因此，清朝政府于1684年（康熙二十三年）在台湾设一府三县；改东宁府为台湾府，南路设凤山县，北路设诸罗县，在府台设立台湾县，澎湖由台湾府直辖。台湾府隶属福建省台湾厦门道，台厦道每半年分巡台湾、厦门。又在台湾、澎湖设置总兵、副将，派兵万人驻防。至此，台湾统一于清朝政府的管辖之下。
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