§§§第一节 清廷撤藩吴三桂悍然兵变
清朝初年，明将降清后因功被封为王的有四人，就是恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、平西王吴三桂。后来又改封孔有德为定南王、耿仲明为靖南王、尚可喜为平南王。清世祖顺治六年（公元一六四九）七月耿仲明畏罪自杀，由长子耿继茂和长孙耿精忠先后袭封王爵。而孔有德于顺治九年在桂林，因兵败自杀，孔有德因无子承袭除去王爵，余部由其女孔四贞和女婿孙延皊统领。顺治十六年（公元一六五九）三月，南方战事已平，清廷根据五省经略大学士洪承畴的建议，上述诸人以扫除明朝宗室的功劳，各率其部留镇一方。于是任命吴三桂驻镇云南，同时还任命尚可喜驻镇广东，耿继茂驻镇四川。次年七月耿继茂又改驻福建。康熙元年（一六六二年），清廷又特晋升吴三桂为亲王，任命总管云南、贵州两省一切军民文武事务，其权势和地位显然在耿、尚二藩之上。于是形成了清初的三大藩镇。
三藩各拥重兵，长时期占据数省。平南王、靖南王二藩各有兵力15佐领，绿营兵各六七千，丁口各2万。吴三桂藩属兵力53佐领，绿旗兵1．2万人，丁口数万。吴三桂功高兵强、四方的精兵猛将多由他统管。清廷又擢升他的部将王辅臣为陕西省提督，李本深为贵州省提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等10人为云南总兵。三藩的势力几乎遍及大半个中国。
吴三桂开初镇守云贵时，南明朝在大陆上的抗清势力刚被镇压下去，边防还没有得到巩固，所以清廷给了许多特权：云贵两省的督抚要受他的节制；他任命的官吏将领，清朝政府的吏部和兵部不得掣肘；他的财政户部也不得查核。吴三桂甚至可以向全国选派官员、称为“西选”，“西选”的官员遍及全国各地。“三藩”又以“边疆未靖”为借口，向清廷“要挟军需，以示额饷必不可减”，仅就顺治十七年（一六六○年）户部所奏，云南省俸饷百余万两，加上福建、广东两省一年供需饷银2000余万两，而当时全国一年的军饷也不过1700余万两。邻近各省挽输不够，则补给予江南，致使清廷的财赋一半耗费于三藩的局面，造成了清朝政府财政上的巨大困难。吴三桂自恃势重，越来越骄纵，盘踞明朝桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈部，占据了明朝黔国公沫氏旧庄园700余顷为藩庄，圈占农民的土地，又把耕种这些土地的各族农民变为吴三桂的官佃农，恢复明朝末年各种苛重的赋税，强迫农民纳租纳税。他的部属更是为虎作伥，“杀人夺货，无所畏忌”，又“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。又借口疏通河道，修建城廓，广征关税市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，他所铸造的钱，当时称为“西钱”。当时有人记载在吴三桂统治下的云南情形说“昆明300里内为刍牧之场，其外为奉养之区者又300余所。其道路之所费，岁时畋猎征求，又不与焉。潴基坟墓，庐其室家，役其妻孥，荐绅士庶及于农工商贾，惴惴焉唯旦夕之莫保”。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。其子吴应熊为额驸，朝政的巨细，可以旦夕密报。于是吴三桂自以为根蒂日固不可拔，清廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵领属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使他的部下“苛派夫役，勒索银未”。又广集宵小亡徒，因讥讳有“天子分身火耳”之谣，妄称大耳者，耿也。天下有敌，据八闽以图进取，可以得志”。
尚可喜在广东令他的部下私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，每年所得的银两不下数百万。尚可喜对清朝政府比较效忠，但年老多病，把兵事交给儿子尚之信。而尚之信素性桀骛，横暴日甚，招纳奸宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨。尚之信又是一个酗酒杀人的狂徒，经常在他父亲面前持刀相拟，所为所行，日益不法。至此三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。
早在顺治十七年间，清朝政府就有削三藩兵饷的廷议，但恐三藩的权势过重难于调制，故此议搁置。及至到了1662年玄烨（康熙皇帝）亲政后，三藩势力的恶性发日益威胁着清廷的中央集权的建立和巩固，康熙皇帝非常重视国家的统一和权力的集中。他说，“天下大权，惟一人操之，不可旁落”；又说：“死生常理，朕新不讳，惟是天下大权，当统于一。”鉴于历史上地方割据所造成的危害，蠢蠢欲动的“三藩”割据势力，不能不引起康熙的严重注视，“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而之宫中柱上”。可见康熙皇帝一直把“三藩”视为心腹之患，早巳把它列为必须首先解决的重大问题。
康熙十二年（1673年）二月，当平南王尚可喜向清廷提出自己告老还乡，请令他的儿子尚之信袭封王爵，继续驻镇广东时，康熙帝认为撤藩的时机已经到来，立即同意尚可喜退归辽东休养，并以广东已经平定，该藩不必留驻，宗族父子不必分离为由，除2营绿旗兵留驻外，令该藩的官兵及其家属全部撤回辽东。吴三桂和耿精忠得知尚可喜藩镇被撤的消息后，非常不安，为了试探清廷撤藩的决心有多大，他们也于同年七月初提出撤藩申请。议政王大臣对撤耿藩一致同意，对撤吴藩产生了分岐。刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等同意撤吴藩到山海关外安插，但建议暂遣满州八旗戍守云南，等满兵到云南时，该藩起程。大学士索额图则不同意。最后由康熙帝裁决说：“吴三桂请撤安插，所奏情词恳切。著王率领所属民兵家口俱行搬移前来。其满州官兵不必遣发，如有用满兵之处，该藩于起行时另行奏请，然后遣发，俟官兵到后，王来也不至迟误”。
吴三桂原以为清廷对自己久握兵权有所猜疑，故上书请撤藩其疑自释，必不再撤。不料清廷立即同意撤藩。九月撤藩使者礼部右侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼即抵达云南。吴三桂无奈只得答应于十一月二十四日起程，但又于左都统吴应麟、右都统吴国贵、副都统高得捷、女婿夏国相、胡国柱等加紧密谋叛乱，派遣心腹将领把守四方关隘，准进不准出，先封锁云南消息。准备工作基本完成后．吴三桂于同年十一月二十一日公开树起叛旗，自称天下都招讨兵马大元帅，以“寄命托孤”，复兴明室，“代暴救民”，顺天应人”为号召，派人四处煽风点火，改明年为周王元年，旗帜用白色，蓄发易衣冠。当吴三桂叛乱的消息传至京城时，康熙和王大臣皆无思想准备，康熙帝虽然想不到吴三桂敢于“背恩反叛”，更想不到“伪檄一传，四方响应”，“各省兵民，相率背叛”，参加叛乱的总督、巡抚、提督、总兵等文武官员竟达10余名之多，但他具有非凡的应变能力，终于变被动为主动，反败为胜，扭转危局。
吴三桂的叛乱事出意外，来势凶猛，以索额图为首的等大臣被吓昏了头脑，意荒谬的认为立即处死同意撤藩的大臣，向吴三桂认错，这样叛乱自然就会平息。但是康熙帝撤藩的决心没有任何改变。他说：“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤，岂因吴三桂反叛遂诿过于人耶？”故而康熙帝决心坚决平定吴三桂的叛乱毫不动摇。
吴三桂拥兵10万盘据云、贵。他拒绝了清廷撤藩令，举兵叛清。康熙十二年（1673年）十一月二十一日，杀死云南巡朱国治，逮捕了云南按察使司按察使李兴元等一批抗拒从叛的官员。他为了师出有名，先声夺人，精心制作一道讨伐清朝的檄文，派人奔赴各地传送。他又亲自改书平南王、靖南王、并向贵州、四川、湖南、陕西等省有关系的将官去信，动员他们起兵。向应。
康熙十二年十二初一日，吴三桂自云南发兵北伐，向清朝展开了战略进攻。苣先指派吴国贵、夏国相率步骑为前驱，兵马直，指贵州，他自率马宝等诸将随后进发。当吴兵进入贵州后，当地的军政官员几乎全部投向了吴军，贵州巡抚曹吉申，提督李本深等都乖乖地投靠了吴三桂。吴三桂兵进贵阳，兵不血刃，传檄而得贵州的全境。吴三桂夺得云、贵两省后，便毫不迟疑地挥师北上，其声势振动了整个中原大地。其进军分为两路，一路命其部将王屏藩率军进取四川、再逼陕西；再命部将马宝、吴国柱等由贵州进取湖南。
同年十二月中旬，清廷闻变，康熙速召议政王大臣，商讨对策，当即制定了一系列军事措施：
（一）调兵遣将分守战略要地，康熙考虑到广西与贵州接壤，不得予选设防，立授驻防广西的已故定南王孔有德的女婿孙延岭为“抚南将军、线国安为都统，责成他们“统兵固守”。
（二）命西安将军瓦尔喀进兵四川，率副都统1员，全部骑兵，选拔将领，星夜赶往四川。凡是云南进入四川的险隘之地，都必坚守，以遏制吴三桂从云南进入四川的道西。接着又命都统赫叶为“安西将军”率兵同瓦尔喀等率兵由汉中入川。
（三）康熙视荆州为最重的战略要地，他特派前锋统领硕岱率领满州精骑3000，兼程前往，保守荆州，然后再由荆州进至常德（湖南常德），以绝吴兵东进湖广之路。又派多罗顺承郡王勒尔锦为“宁南靖寇大将军”，总统一大批满州八旗和部分汉将开赴荆州。
（四）因山东兖州地近江南（江苏、安徽）江西、湖广；山西太原地近陕西、四川，都属于东西孔道，为适中的地方，分别集结部队，“秣马以待”，随时调遣或应援各近邻地区。特命都督尼雅翰、赫叶席、布根持、穆占、佟国瑶等分赴西安、汉中、安庆、兖郧阳、汝宁、南昌等要地驻守，听命机动。
在采取军事措施、布置兵力的同时，康熙又连续采取了下列政治措施：
1．下令停撤平南王、靖南王两藩。立即召还前往广东、福建办理撤藩的钦差大臣梁清标、陈一炳回京。
2．原属吴三桂的文武官员，以及现仍在直隶各省，无论是在职的，闲住的，虽有父子兄弟现在云南的，“概不株连治罪，自今以后，各宜安心守职，无怀疑虑”。
3．为防止内外沟通，康熙接受议政王大臣的意见，将吴三桂的儿子吴应熊“暂行拘禁”，待“事平”再作处置”。
4．向各重要军镇通报吴三桂反叛，指授方略，多方安抚和鼓励他们守御地方。康熙非常重视陕西的省情，因为该省距京师甚近，又控制西北边疆，它的存在对北京的安全至关重要。因此他又给陕西总督哈占，提督张勇、王辅臣发去急紧谕旨：要他们注意发现吴三桂散发的“伪札、伪书”，晓谕官兵、百姓，检举揭发，向上报告。康熙称赞他们是朝擢任的“肱股之臣”，捍御边疆，绥辑军民，唯他们是赖康熙的这种行动，实为思想政治动员的策略，极力笼络他们实心任事，为朝廷效力。
5．具有重要意义的一项政治措施，是在同年十二月六日正式下诏削除吴三桂的王爵，向云贵文武官员、军民人等发布通告，揭露吴三桂的叛逆罪行。康熙的这一系列措施都是把吴三桂作为主要敌人和打击目标，而且对吴三桂采取毫不妥协、坚决消灭的决心。
§§§第二节 叛军占湖南六省闻风而动
尽管康熙对吴三桂举兵叛清，采取了一系列军事措施，但是还不能很快见效。而叛乱正在迅速的扩大，逐渐的自南向北蔓延。
湘鄂风云突变康熙十二年年终的除夕，马宝等所率领的吴军，东进攻占了清浪卫，逼近了沆州（湖南的芷江），此处是由贵州进入湖南的要地。在此之前，湖广蔡毓茶曾派彝陵总兵官徐治都，永州总兵李芝兰率兵应援，但两部的兵马迟迟未到。沆州只有总兵崔世录一人防守，康熙紧急指令，要桑娥领兵疾赴沆州，协同固守。但是由于吴军进展迅速，没等桑峨援兵赶到，沆州已被吴兵攻陷，该城总兵崔世录被俘。澧州（澧县）与辰州（沆陵）之间的交通已被吴军切断。这是吴三桂叛清的沆州之战。
吴军的迅猛攻势，吓得清政府的官兵胆战心惊，闻风而逃。驻防长沙的偏沆巡抚卢震为保性命，擅自放弃守土之责，当吴军还远在沆州一带，他竟丢弃长沙于不顾，逃到岳州去了。康熙听到后大怒，下诏逮扑卢震治罪。同时他又马上考虑到“武昌重地，不可不予为防驻”，特命都统觉罗珠满领兵速往武昌，“保固地方”，倘吴兵众多，不得轻战，若吴兵不来，可于岳州（岳阳市）以北，“选水陆要地驻防”。在康熙的严督下，清兵向岳州集结，前锋统领硕岱部于康熙十三年正月二十四日抵达荆州，护军统领伊尔度齐的兵、护军统领额司泰的兵分别于二月初一日、初二日前后到了荆州。接着康熙又命令他们拨出部分兵力，加强常德（今湖南常德）的防御。卢震虽然潜逃，但长沙仍在清兵之手。康熙很重视长沙，他认为长沙是“武昌咽喉之地，又为武罔（今仍名）、宝庆（邵阳）州郡水陆要途，并且壤连粤西，又命他们进驻长沙。正月二十日吴三桂离开贵阳到了镇廷，督令将士继续北进，指示总兵杨宝应进攻常德，杨宝应奉命直取常德，其父杨道明为内应，一举攻陷常德，知府翁应北投降，清兵四散逃走。
二月初八日，吴三桂又命夏国相率部夺取常德以北的澧州。吴兵到了澧州，兵不血刃，城内的清兵献城易旗投降了吴军，清兵将领桑峨、总兵官周邦宁率部从常德还至澧州城外时，看见吴兵的军容甚盛，自感一旅“孤军不能迎敌”，“不得不退回荆州，向清廷告急，请求“大兵星驰”赴援。
继澧州被吴军占据后，吴将张国柱又率部攻陷了衡（今湖南衡阳市），然后挥师进据长沙。原来，偏沆巡抚卢震逃走后，长沙只有副将黄正卿，参将陈武衡留下守城，当下吴军近在咫尺，全城人心惶惶，官兵已无心守城．即使康熙虽命吏兵两部传达他对长沙地区文武各官的指示：“逆贼吴三桂虚声恫吓，以致巡抚卢震弃地潜逃，已行孥究。湖南各文武官员仍能保百姓，固守地方，允称尽职，事平之日，从优加典”。但是，援军迟迟不到，当地军民无心守城，守城将领黄正卿、陈武衡不想为清廷出力，连同部属和长沙城池都献给了吴军。长沙的失守，在于清廷的援兵行动迟缓，畏缩不前。当康熙遣派都统觉罗巴尔布、护布统领伊尔度齐等率部到荆州时，常德、澧州尚未失守，如按康熙的指令，兵马稍事休息，就迅速渡江，赶赴常德、澧州，两州不致于很快的就失陷。但是他们到达荆州后，却“迟迟不前”，给吴军造成了有利时机，长沙空虚，吴军无须进攻。守将就献城投降，所属的士兵和战船统统归属了吴军。吴三桂的大将张国柱与夏国相进驻了长沙。常德、长沙“扼湖湘之险，当水陆之冲”，两城一失，“金楚之势”却转到了吴军方面。
吴三桂于二月间，“日夜兼程，突逼（辰州）城下”，守城的清兵“士卒解体，孤城无援”，辰州被吴军一攻即破。到二、三月间，吴三桂又亲自到常德、澧州等地督战，“兵锋甚锐”。
康熙十三年三月初，吴三桂命大将吴应期与张国柱以水陆大军并进，谋取洞庭湖三滨的重镇岳州。他们到达岳州后，秘密派人遣入城中策反，该城的参将李国栋“私行纳款”，把岳州献给了吴军。
从康熙十二年底，吴军首陷沆州后，到了第二年即康熙十三年三月，在3个月的时间里，吴三桂挥军长驱直入，接连攻陷沆州，常德、辰州、长沙、岳州、衡阳等战略要地，而清兵未集，“处处无备”，“5000里无只骑拦截”，所得之地，清政府的将吏非苎即降。清朝兵部惊呼：“吴三桂反叛以来，湖南绿旗官兵多附贼”。“湖南全境皆属三桂”。这是吴叛清的湖南之战。
吴军在湖南的全胜，就象一道冲击波，引起了连锁反映，那些不满清王朝统治的人们，乘时而起……。
与湖南仅一江之隔的湖北一些地方，已经或正在酝酿斗争。当吴军胜利的进入湖北省的时候，康熙十三年三月十五日，襄阳总兵官杨来嘉在谷城（今湖北省）宣布起兵、响应吴三桂。关于杨来嘉降吴，康熙早在吴军陷常德、澧州时就有所察觉，特密令大将军顺承郡王勒罕锦密切注视他的动静。康熙指出，杨氏才能平庸，所部官兵大都“藐玩”，恐有变故，要勒尔锦加强襄阳的防御，时刻提防杨氏。果不出康熙所料，在吴军攻占长沙时，他与郧阳（今郧县）副将洪福串通，在谷城密谋起兵。幸亏襄阳早有御防，他的计谋没能全部得逞。
三月十九日，继杨来嘉公开叛清后，与他合谋的郧阳副将洪福也以所部清兵叛于郧阳。在此之前康熙曾指示兵部：“郧阳地介三省（陕西、河南、湖北）中多旷土，山谷拒塞，奸民易于啸聚”，可能有与吴军相呼应的，或可能吴军乘间进犯，将提升佟国瑶为提督，驻于郧阳城内“弹压”。康熙不幸而言中，洪福一起兵，就率所属清兵千余人围攻陨阳提督佟国瑶的衙门。佟国瑶同游击杜英仅以300多名标下亲兵同多倍的叛兵激战。战斗持续20日还没有攻下，洪福怕清军来援，不敢恋战，引兵撤退，投往吴军去了。
四川兵变湖北的杨来嘉、洪福的叛变，都被清兵击退，并没引起更大的骚乱。严重的局势是发生在四川。吴三桂一起兵，康熙就十分关注四川，他认为四川与云南接壤，估计到“贼兵必犯巴蜀”，先调驻守西安的西安将军瓦尔喀火速进川，指示他凡自云南入川的险要之地，“俱行坚守”。原令副都统科尔良驻防太原，他还未及起程，又改赴西安，接替瓦尔喀守西安酌职务。康熙仍不放心，又续增都统赫叶及瑚里布、穆占、副都统廷布率京城官兵同往四川。此路军由赫叶、瑚里布统辖，西安兵由瓦尔喀指挥，两路军应尽快会合，“同心协力”，守住四川。赫叶与新任命赴荆州增援的勒尔锦同一天离京出征。临行前，康熙又亲行告祭礼，出西长安门，目送两将军出城，又派内大臣，礼兵两大臣在郊外设酒饯行。康熙的这一举动，表明了他对四川省看成如同荆州一样的重要。
正当赫叶等离京动身的时候，四川的巡抚罗森急派人到了京城，报告了全川的军心不稳，颇怀异志。康熙惟恐情况有变，紧急下令催促副将瑚里布等选轻骑先行，速赴四川。
还没有等到援兵赶到四川，已传来四川提督郑蛟麟与川北总兵官谭弘合谋叛清的消息。谭弘和郑蛟麟都是原明朝的将领，他们在满清入关前后分别投降了清廷。吴三桂反清后，于康熙十三年正月派王屏藩进兵四川，策动叛乱。谭、郑合谋响应，接受了吴三桂的官职，谭被封为“川北将军”，蛟麟被封为“总督将军”。
几乎与谭、郑投降吴三桂的同时，四川的巡抚罗，森、总兵官吴之茂也都先后投降了吴三桂，他们降吴后，也受到了重围。由于罗森、郑蛟麟、谭弘、吴之茂是四川的军政长官，他们率先叛清，所以他们属下的官兵和各府州县的官员也都随之而叛了清廷，这时全川都纳入吴三桂的控制之下。他们声言：一出汉中，一下夔州。声势确是逼人。
康熙一面催令将军瓦尔喀继续向四川进兵；一面嘱咐他向郑蛟麟招抚，派人前去传达朝意旨：“你虽反叛，朝廷仍念及你从前效力，卓有成绩，一时处于被迫胁，也是情由可原。你在京的子孙家产并没按法没收和逮扑。可将朝廷派往四川的兵部郎中托必泰尽速遣还。否则大兵压境，克复城池，后悔莫及”。康熙的这番好意，不用兵力，仅用语言是打不动他的心的。直到他兵败以后，才又投顺了清廷。
吴三桂发动的叛清战争，以迅猛之势，继续向中国的北部蔓延、发展，一直深入到畿辅、清政府的心脏——北京！密谋暴动、叛变的事件不断的发生，造成清廷的统治险象丛生。
吴三桂起兵叛乱仅3个多月，已领有云南、贵州、湖南、四川四省，事情还没有到此结束。不久，福建、江西、渐江、广东、陕西等省或地区相继叛清，超越了河南、河北，直到清廷的心脏北京，更远至长城以北，也燃起了叛乱的峰火。这次由吴三桂发动的叛乱，发展之快，来势之猛，波及之广，规模之大，都是空前的。它已远远的超出了吴三桂与清廷之间的利益之争。从广义来讲，它显示了汉民族同异民族统治者的再次大较量。各个阶层的汉民族参加了这场斗争，虽然他们各自目的不同，但是在消灭清廷这个总目标上，却是不约而同的取得了一致。所以单是吴三桂一个人的利益不致引起全国范围的大乱，也不是他个人的力量所能动员千千万万的人来参加他的叛乱。他的行动，不过反映了清朝统治下的汉族人民的普遍心理和要求，也是人们对清政权不满的总爆发。归根到底，吴三桂起兵，是代表原明朝官僚士代夫们的根本利益，反映了他们的意志和要求，而且耳是以吴三桂为首的这批人掌握着领导权，从这个意义上来说，这场战争，是清朝统治阶级中两个集团、即以满族贵族为核心主导派，与原明降官降将为非主导派的权力之争，也是中央集权与地方割据势力之争。另一方面这场战争，重新又给全国各族人民特别是广大的农民带来了无穷的灾难。故吴三桂主动发动的这场内战是不足取的。
称雄广西广西地接云南、贵州形同一体。所以一发难，康熙就想到了广西，力图固守广西，以牵制和阻止叛军北进。他毫不疑迟的任命孔有德的女婿孙延岭为“抚蛮将军”，令其坚守。他以为加恩重用，孙延岭就一定能效忠于朝廷，不会发生变故。他不时的关注广西方面的军情。康熙十三年二月二十一日，他还给孙延岭、都统钱国安、巡抚马雄镇、提督马雄等广西军政要员发出指示：“保固粤西，唯你们是赖。今大兵已抵武昌、倘贼犯武冈（今湖南武冈）、宝庆（今湖南邵阳），你们即率所部官兵，进剿叛军之后，大兵迎击于前。量此逆丑，自可克期扑天。你们身在地方，必有确见，要同心协力，谋定而后行动，以副朕倚任之至意。事平之后，自将以至率伍，朝廷都不吝重赏。凡有机密军情，可报告给宁南靖寇大将军勒尔锦”。康熙的指示，表达了清廷对他们的重托和殷切的希望。他具体指授了方略，要他们捣吴军之后，而清廷的援兵迎击于前，两下夹攻，以消灭叛军于湖、粤之间。但是吴三桂的战略出乎康熙的意料之外，吴军撤下武冈、宝庆等地，直奔沆州、常德一线，清军的增援也迟迟未到，故康熙的战略计划也随之落空。即使如此，如果孙延岭坚守住广西，对吴军的后方也将构成一重大威胁。
康熙万万没有料到，就在他发出上一指示的数日后；二月二十七日，孙延岭据桂林叛变了清廷，投向了吴三桂。二月二十八日，孙延岭诈称议事，把诸将都骗到他的府中，事先埋伏下精兵，准备下手。议事完毕，当诸将起身离座时，孙延岭布置的伏兵齐出，堵住门，并冲上前去，刺杀毫无戒备的参加议事的将官。王永年首当其冲，最先被伏兵杀死。几乎同时，副都统孟二茂、参领胡同春、李一第等30余人都被伏兵迅速地歼灭。紧接着孙延岭又派兵包围了广西巡抚马雄镇的衙署，一点也没有防备的马雄镇和家属被围在他的院内，束手无策。孙延岭出示了吴三桂的命令，要挟马雄镇投降。马雄镇料知自己很难逃脱，只能让儿子设法逃出虎口，趁孙部围守不严，其长子马世济偷偷溜出衙署，辗转到了江西赣州，江西巡抚董卫国将广西情况紧急上报清廷。康熙才知道广西发生了叛变，立即遣使到江西，护送马世济进京，当面听取了报告。
又过了数月后，吴三桂督令孙延岭尽快采取军事行动。他下令出兵攻打平乐等地。两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告，孙延岭起兵月余后，康熙才下令讨伐孙延岭。他对孙延皊的政策是必须予以镇压，特命广东的平南王尚可喜、两广总督金光祖、提督成雄会商，如有“可剿之势”，即速进兵广西，剿灭孙延皊；如一时不能速进，可等朝延发去大兵后，“协同剪灭”。他又传谕马雄，要固守所守地方，“相机灭贼”，倘抵御不住，可率官兵赴广东，与尚可喜等协守广东。
孙延皊叛清时，广西提督马雄没跟着从叛，他们之间素来就不和睦。当孙延皊派人前往柳州，勒令马雄从叛时，遭到拒绝，孙延岭大怒，率兵进攻，被马雄击败。但是，广西巳属孙延岭的势力，马雄独立难支，当吴三桂兵进广西时，声势正盛，他无法守住柳州。他派人前去湖南请降吴三桂。三桂大喜，立授马雄为“怀守公”。广西的都统钱国安亦步其后座降吴。
这个时候，福建的靖南王耿精忠也叛清作乱，并向江西开展了进攻；吴三桂又在湖南督战与清军相持，牵制了清朝的大批的援军，故此未能如康熙所愿进兵广西，孙延岭也才能得以维持下来，称雄广西。自称“安运大将军，向广西的平乐、梧州等地各处发布命令，起兵反清。他招收万洋山土寇，派去部分旧军，把他们组成五旗，每旗兵士2000人，纵容他们分掠附近各县邑。他又自封为“安运王”。吴三桂给广西各州府颁发印信，授其党羽傅奇栋为广西巡抚，李迎春为布下政司法，程可则为按察使。
由于孙延皊与马雄相继叛清，钱国安刚刚病死，广西“守土文武官员或望大兵赴援，或被群贼胁从，不复与延岭为敌”。但是孙延岭和马雄仍然对立，互相攻击。据来自两广总督金光祖派人哨探的可靠消息，直到康熙十三年十一月初“孙逆调兵前去征剿马提督”，结果又被杀败。
吴三桂本来就看不起孙廷岭，他很看重马雄。但是为了共同的利益，他还是力图调解两人的矛盾，可是却收效甚微。吴三桂为了夺取湖南战场上关键性的胜利，屡次命令或迫胁孙延岭出兵湖南助战，孙延岭总是“以部众不从”为借口，婉言拒绝。由此吴三桂对孙延岭很恼火，并且逐渐起了疑心，密令人时刻注视孙延岭的动向。
孙延岭叛清原不是很坚定的，起因还是从王永年等人参劾他而引起的，他不过只想借助吴三桂的势力以逞私怨、报私仇，其妻孔四贞由于他父亲在世时与清廷关系密切，也不愿落个“叛贼”的恶名。她还顾虑到孙延岭的所作所为会给父亲孔有德的一生英名带来损害，因此，她感情深处并没有跟清廷彻底决裂。孙延岭在家中俱怕孔四贞，毫无疑问孔四贞的思想对他有所影响。孙延岭起初对吴三桂俯首听命，随着他的势力增长，也不那么听从吴三桂了。这一切吴三桂都看在眼里，表面上，还是一如既往宠信他，心里却在谋划除掉他。
孙延岭的思想转变，又想归顺清廷，这事很快的就被吴三桂侦知，他密令从孙吴世琮赶赴桂林，将孙延岭除掉。吴世琮明里是来调解孙延岭与马雄之间矛盾的，使之讲和。吴世琮到了桂林后，没有进城，把所带官兵都安置在城外，派人进城请孙延皊前来议事。孙延岭不知是计，所以接到邀清后，就出城面见吴世琮。世琮敷衍了一阵，孙延岭也未疑心，他刚上马，吴世琮早已安排好的人，一使眼色，杀手趁孙延皊不注意，从背后一剑刺去，穿透前胸，延岭当即扑倒在地身亡。孔四贞善骑射，吴世琮对他很客气，不准部下伤害她，并把她和有关亲属都护送到昆明。吴世琮派他的属下将官李成栋留守桂林，而孙延皊的部众仍由孔有德旧部将领统辖。吴世琮又召见了被监禁的原广西巡抚马雄镇，转述吴三桂的旨意，好言劝他投降。马雄镇大骂反贼，宁死勿降，结果全家被吴世琮杀害。
吴三桂除掉了孙延岭，杀害了马雄镇一家，从而把广西全省置于他的直接控制之下，他解除了后顾之忧，便专力于湖南战场，同清军展开了战略争夺战。
靖南王东南易帜吴三桂发动叛乱时，康熙的注意力都集中在湖南、四川、陕西、江西诸省，他频频调兵遣将，意在加强这些地区的防御，而对福建方面还未注意，未发过一道指令。很显然，他未估计到福建方面可能出现不测事件。他大概认为，长期住在北京城的耿精忠，一来年轻，二来清廷给予他的恩蕙不少，料他还不至于挑起事端。事情确实出乎他的意料，正当他正在忙于上述地区的防御。康熙十三年三月，杭州将军图喇传来惊人的消息，耿精忠占据福建反叛。福建总督范承冀被幽禁、福建巡抚刘秉政从叛……
耿精忠是耿藩的第三代王，康熙十二年，他听清平南王尚可喜将撤藩回辽东，也被迫请求撤藩。吴三桂起后，康熙停撤平南和靖南两藩，仍命他镇守福建。吴三桂起兵，立了旗号，马上派人飞驰福建，呈上他的信，诱耿精忠共同起兵反清。本来，要求撤藩不是他的本意，福建是他利益的根本所在，关外对他来说，是完全陌生的异域之地，撤藩北返，无疑对他是一个严重的伤害。在撤藩问题上，他跟吴三桂有着共同的利。而吴三桂首先采取行动，向清廷撤藩表示坚决的抗争，这对耿精忠是一个极大的鼓舞，也就是说，吴三桂的行动，充分反映了耿精忠内心的情绪和愿望，代表了他的利益。所以说，吴三桂起兵，至少说耿精忠是同情者、支持者。更何况吴又约他起兵，更是一根导火线，点燃了他内心的不满之火。也可能是他准备不够，或者是看一看形势的变化再说。总之，他没有立即起兵，而是在吴三桂起兵四个月后，才采取行动。
耿精忠接受了吴三桂密约后，进行一番秘密的筹划。参与决策的有他的左翼总兵曾养性、右冀总兵江元勋、参领白显忠、徐万耀、蒋得、王振邦、王世瑜等人。耿精忠的母亲周氏知道了儿子的谋划，很是生气，多次责骂他，力图阻止他的胆大妄为。但是精忠根本听不进去，周氏气愤之极，绝食而亡。
康熙十三年三月十五日，耿精忠在福建宣布同清廷脱离关系，势不两立。
耿精忠属下诸将官都随他叛清，地方的大员也多投降，他把不愿和他从叛的福建的总督范承漠囚禁起来，就再无人敢反对他，若有不从的，马上就被处死。耿精忠大权在握，自称“总统天下兵马上将军”，比吴三桂自称“元帅”自低一格。他效法三桂，蓄发易衣冠，改穿明朝的服饰。自己铸钱，叫做“裕民通宝”。
耿精忠大封从叛的将领，以曾养性、白显忠、江元勋为将军；所属佐领黄国瑞、林芳孙、李似桂、廖廷云、护卫吕应计、夏季旺、陈斌、长史陈羲等一大批人，都加给新的职务，分授都督，总兵官等职。耿部的叛变，进一步加深了清政机的危机，康熙对此当机立断，迅速作出反映。一面削其王位，发通告致讨；一面派“定南将军”希尔根统领大兵由江西、“平南将军”赖塔由浙江、“平寇将军”根特巴图鲁由广乐等三路进剿福建。“耿精忠歼灭，在于旦夕”。另外又用力招抚，使他悔罪顺，他指示兵部，尽速“传谕耿精忠，果能追念累朝恩德及伊父忠荩遗言，革心悔祸，投诚自归，将侵犯内地海贼（指郑氏兵）速剿图功，即敕免前罪，视之如初”。
于是，兵部奏遣工部郎中周襄绪、原耿精忠属下一等护卫陈嘉猷携带康熙的诏书到福建，去招抚耿精忠；康熙又指示进剿福建的赖塔等将领，不要因为派人去招抚而延缓进兵，直至耿投降为止，如不降，就坚决消灭。耿精忠既然反叛了清廷，岂肯轻易投降！康熙派遣的周、陈二人到达福建后，就被耿精忠扣留，对清廷的招抚置之不理。
康熙对耿精忠采取了招抚与镇压的两手策略，他在派使臣去福建招抚的同时，已布置三路兵马进征福建，命浙江将军图喇驻杭州，兼防海疆。到耿属叛乱，全国的形势，已经是叛乱四起，清政府的兵力已是不够用，不得不调动北部边疆的宣府、山海关等处的兵马，以加强进剿福建的兵力。
正在康熙调集兵马征讨时，耿精忠已经开始了军事行动。他与吴三桂约定，双方配合作战，他主攻邻近的浙江、江西两省；跟广东潮州的总兵官刘进忠联络，命令他煸乱广东、广西；遣使渡海，约台湾的郑锦政权进攻大陆，许以福建两部沿海各郡邑割归郑氏政权；又向南取系琉球王国，索取军需，以为外援。耿精忠的这个战略方针，点燃了东南沿海的熊熊战火。他的兵马还没动，已向所属府州县和其它省份发出起兵的檄文，使福建全省顿时陷入混乱，且迅速的波及到邻近省浙江、江西、广东等省。地方守土的军政官员纷纷响应。从康熙十三年五月到年终，沿海各处叛变的消息不绝于清廷官方的报道。
五月，浙扛平阳兵变，总兵军蔡朝佐被擒；六月，浙江温州所属罗清营相继降精忠，黄岩（即黄岩，今属浙江）总兵官所属太平营亦变；七月，浙江嘉兴、湖州两府“土贼猖獗”；八月，江西饶州（鄱阳）营兵变，“贼势猖獗”；宁海、象山、新昌、余杭（均属浙江）四县“贼众蜂起”。
耿精忠叛清，为吴三桂开辟了东线的第二战场，形势变得对吴三桂更加有利。耿精忠的军事行动，首先是从福建省开始。他派曾养性、白显忠、江元勋等人为将，分别占据福建的中部和偏西北的延平（今南平）、邵武、福宁（今霞浦）、建宁、长州（今长汀）各战略要地。未进兵的地区凡檄文所到的地方，纷纷响应。在很短的时间内，福建全省都背叛了清廷，投降了耿精忠。
接着耿精忠出兵江西、浙江。他以白显忠为将出西路，政江西。白显忠派出部将李连、李太等进犯建昌（江西南城）、广信（江西上饶）等地。以马九玉为将，出仙霞岭中路，进攻浙江金华、衢州（今衢县）等地。又以藩下的都统曾养性率部万余人为东路，攻入浙江，专攻沿海地区。曾养性沈阳人，他是耿精忠叛清的主要参与和策划者之一。此人十分骁勇善战，深为耿精忠所依重。起兵时，封分为都督。他奉命攻入浙江，先至平阳，该城游击司定猷献城投诚，两处兵马合在一起渡飞云江，围攻瑞安。久攻不下，又转赴温州。温州守城的总兵官祖宏勋开城迎降。于是耿兵势大振，聚合兵丁10万，挥师北上直奔台州（今临海）地区，攻战了乐清，长驱直入到了天台、仙居，又北上攻取了绍兴府属嵊县。他联络了宁海、象山、新昌、余姚“土寇”，授于其首领鲁朝全、褚楚白等为总兵官、郝督，指使他们骚扰绍兴、宁波。他又分遣部众攻金华，自率一部攻取黄岩，该城守土的总兵官阿尔泰投降。他又西进到了常山，率兵2万，第二次进攻衢州。到康熙十四年初，曾养性横行浙江，攻势达到了顶点！清军不惜一切代价，与耿藩的叛军展开了激烈的争夺。
联郑联盟台湾的郑氏政权，从郑成功到他儿子郑经，一直坚持奉明朝年号，力图反攻大陆，恢复明朝政权，但是由于兵弱将微力不从心。正巧耿精忠起兵，很想借助郑氏政权的力量来壮大自己的势力，约他重返大陆，共同攻击清政府。郑经和他的谋臣非常高兴，把它看成是千载难逢的大好时机，便毫不迟疑地委派大臣冯国轩率领1万人马，渡海从福建沿海登陆，占据了漳州、海澄（海龙）、同安、绍安、泉州及建宁等处，有大小船100余只，驻守洛阳桥附近，招兵买马，号召当地的壮士入伍反清。
耿、郑联盟，时间只有几个月，就破裂了。原因是耿精忠以盟主自居，向郑经发号施令，封郑经为大将军，派人送去敕印。但郑经很不服气，说：“靖南王乃食清朝的俸禄，且系明朝的叛逆，为何封我郑经！”心中甚是恼怒。郑经以实力和领有的地盘，自然不肯屈足于耿精忠之下，何况耿为明朝的“叛逆”，而自己是堂堂正正的明朝的海中孤忠，岂肯受他的敕封，他自感受辱。他们之间又在是否尊奉明朝的问题上加剧了矛盾，以致闹到公开指责的地步。进据漳浦，海澄郑经的守将出示布告，在声讨清廷窃据中原的一段文字后，先赞吴三桂“隐忍滇黔，生聚训练，三十余年如一日，合千万姓为一家，静候天时，暗奉嗣立（指朱氏后裔），孤忠可鉴，大义不磨”。接着布告就指责耿精忠“建旗之后，”颁发命令，“俱称敕旨”，皆用皇家专用的黄绫，“从不遵大明正统”。他“妄自尊大”把我等视为“附唐”，“僭称尊号”，已可见其人之心！布告中还说，他们只“遵照吴王原檄布，中兴大义，惟郑王为监主，复我大明300余年之基业，澄清东南之半壁”。布告要求他们所占领的各邑郡文武官员士绅百姓要“同恩水木本源，共作王家柱石”。
布告反映了台湾郑氏的政权的基本立场，声明不再与耿精忠合作，只愿与吴三桂联合，共扶明后，恢复明朝的基业。可能限于当时的交通不便，郑氏政权还不知吴三桂已无意复明的确切消息。耿精忠很提心郑兵和清军的夹攻，便求吴三桂的帮助。吴三桂从他的利益考虑，当然不希他们之间互相攻击，就派孔曾钱点到福建做两家的和解工作。但在这时，郑氏已经知道了吴三桂的政治意图，已开始对吴不满，郑氏大将刘国轩说：“吾家在海外数十年，称奉明号，今吴号‘周’，耿称‘甲寅’。所以我带兵来是要攻你们俩家的。如你们归正奉明号，我不难进镇江，上南京，否则你们两家都我的敌国。”因吴、郑、耿各持一端，各有企图，政治目标不统一，这就在反清的阵营中出现了不可调和的原则分歧，这个分歧，最终导致了他们的彻底失败。
正当叛乱集团内部矛盾日益尖锐的时候，清廷方面都加紧了对耿藩的军事进攻。从康熙十三年七月后，清军在江西、浙江战场开始取得进展，不仅顶住了耿军韵进攻，连连取得了胜利，而且还收复了一些失地。虽如此清军还没有从根本上扭转战局。
从双方的战斗中，可以看出耿军的战斗力也很强，它借助于军队数量上的优势和各地的响应，使它还能和强大的八旗兵周旋，败而复来，清国剿不胜剿，故而短期内不能有明显的收效。为此，康熙指示康亲王杰书说：“浙江贼寇，在在窃发，骚扰地方，皆由耿逆未天之故，若剿除耿逆，则小丑自灭。”他要杰书等将领，“或固守金华诸处，由仙霞岭、分水关入闵；或固守杭州、衢州，从金华进克温（州）、处（州）。平定浙江，剿天闵贼，听大将军酌量速行。
由于耿军在同清军的反复争夺中，实力有所消耗，军需物资供应不足。而清廷对耿精忠又采取了一面不放松军事上的进攻，一面又加紧做招抚工作，所以耿军和清军在江西、浙江战场处于拉剧的形势。
尚之信广东叛清三藩中，已有吴、耿两藩先后叛乱，唯有平南王尚可喜镇守广东按兵不动。在吴三桂起兵的时候，就分别遣使到福建、广东，策动两藩同反。吴三桂非常需要他们的支持，有了他们的参加，他将如虎添翼，就可以横行天下。他知道，清廷撤藩，伤害了他们的共同利益，所以他相信，在这个问题上，他们三家的想法是一致的。他万万没有料到，尚可喜断然拒绝参加叛乱。康熙十三年四月，他把吴三桂的来使和约他起兵的“逆书”一并解往北京，报告给清廷。在广西孙延岭、福建的耿精忠公开叛乱后，尚可喜再次向朝廷表明态度，跟他们划清界限。
广东位于广西和福建之间，北与湖南江西相邻。孙延岭、耿精忠已叛，而吴三桂的兵马又集结湖南境内，这就使尚藩处于叛乱势力的包围之中。当他得知吴三桂派遣2万人马屯扎黄沙河时，立即向清廷报告，如果“孙吴二逆合兵一处，则势益猖獗”，他请求就近调援兵，速来广东会同他一起剿灭“孙逆”。
在尚可喜的支持下，广东的局势还维持着稳定。可是，事隔不久，广东潮州（今潮安）总兵官刘进忠于康熙十三年四月二十日公开举兵叛清。刘进忠跟耿精忠早已建立了密切的关系，一听说耿藩有变，就先派心腹杨峁震赴福州，与耿精忠联络，以献潮州土地为条件，给他将军的名号。精忠大喜，立即答应。于是，刘进忠就在潮州城内密谋发动叛乱。密谋被驻在城内续顺公沈端侦道，就与游击李成功、张善继密商对付刘进忠的办法。四月二十日双方爆发了武装冲突，在城内展开了巷战，沈端兵败被浮，李成功等被杀，耿精忠已派漳浦总兵刘炎统兵应援，二十三日刘进忠把福建的兵马引进了潮州城，兵势大振，精忠授刘进忠为“宁粤将军”。
刘进忠把耿兵引进了广东，直接危及到广东的安全。尚可喜派次子都统尚之孝统兵征讨刘进忠，屡挫叛军。康熙十三年七月，先后收复了程乡、邻近福建的镇平（蕉岭）和邻近江西远（今平远附近）等县。尚军副都统尚之节自程乡间道入福建，沿途恢复了大埔县（广东大埔北），抵达三河坝，迅速逼近潮州。十月尚藩属下总兵官王国栋在潮州城下同刘进忠部与耿郑军的联军激战三战三捷。十一月，尚之节进兵潮州府，攻下东津笔架山、洗马桥等地方。巡抚刘秉权、王国栋等攻破潮州城南凤凰州木城2座、击毙都督金河臣等．歼灭叛军5000余人。副将何九衢恢复了潮州府的澄海县。
在尚可喜的总指挥下，尚之孝、尚之节和诸将连战连捷，刘进忠、耿精忠及台湾的郑军连连受挫。为此受到了清廷的特殊嘉奖，特命尚可喜进爵亲王。以此鼓励尚氏父子继续效力清廷，这对平定吴三桂的叛乱具有重要意义。
尽管尚可喜父子得到了清廷的特殊礼遇，更加拼力征剿。但是他的努力，并没有从根本上改善广东日益严重的局势，以刘进忠为首，在广东掀起的武装叛乱，使广东全省人心惶惶不安，流言四起，隐藏在山中的“土寇”，乘机煽乱，其中也不乏反抗清廷及地方官吏残暴的起义。广东处于极大不稳定状态之中，且大有蔓延之势。尚可喜调兵遣将，剿不胜剿。
广东的形势在继续恶化。尚之孝统兵围潮州，刘进忠负城顽抗，连战连败，如果清军能及时破城，是对平复全省的形势有利的。但是惊慌失措的刘进忠求救于台湾的郑经，郑氏派大将刘国轩、赵得胜、总兵何祜率众万余来救援。尚之孝因双方的兵马悬殊太大，无力对抗，于是退到普宁（今普宁北）。接着六月又有高州总兵祖泽清叛清投靠了吴三桂。招引来了广西的叛将马雄、董仲民、李廷栋、王洪勋，郭义等将官，并拥有兵马数万，连续攻陷雷、廉、德庆、开建、电白诸郡县，尚军屡战失利，叛军直抵新会、潮州。郑氏将军刘国轩与刘进忠二部合兵一处，又于春节前夕，攻破尚可喜的普宁大营，乘胜追至惠州的博罗。新会和博罗是广州的外围地区，叛军一举占领，使省城广州受到严重的威胁。
广东叛乱的蔓延，正向广州逼近，而尚可喜恰在病中，尚之孝又远在潮州，广州空虚，他焦虑煎熬，计无所以，向清廷连章告急，要求援兵，康熙先下令从江西兵中抽调精锐，由副都统额赫纳统领赶赴广东救援。此后又加派援军，令驻在山东桂州的部分骑兵和蒙古兵700名调赴江宁（今南京市），而现驻扎在江宁的每佐领骁骑兵1名、蒙古兵600名、以及驻扎在徽州、池州的满州兵和蒙古兵700名，总计约3000余兵马，数量不多，却是精锐，由“平寇将军”哈尔齐统帅驰赴广东，康熙并加严令：“如有稽迟，坐以失误军机之罪。”
康熙的谕旨还没到达广东，援兵也正在调遣中，广东的形势却进一步恶化。吴三桂调遣兵马加紧对广东进攻，矛头直指肇庆而逼临广州。肇广离广州不过200里左右，骑兵急驰不要一天就可以到达。尤其严重的是，尚藩所辖的总兵苗文秀、副将吴启镇、游击李有才等相继叛变，更加剧了广州危在旦夕的局面。吴三桂的意图，无非是一逼尚可喜投诚归顺，二是如果不降，就以武力解决，占领广东全省。能否夺取广东对他至关重要。因为广东邻接广西、湖南、福建三省，而吴兵已进至湖南，广东足以构成对吴三桂北进的后顾之忧，因此他急于拿下广东，志在必得。
由于刘进忠、祖泽清等重要将领的先后叛变，引来台湾郑氏的兵马和广西的叛军，吴三桂从中配合督战，在很短的时间内“粤东十郡，竟失其四。”而广州“省会一区，亡在目前，人情汹汹，俱无固志”。
吴三桂对尚可喜加紧了进攻，一面施加军事压力，目的是继续逼迫尚可喜投降；一面利用尚氏家族父子、兄弟之间的矛盾，派人游说尚之信，千方百计地收买他，引诱他投降。吴三桂答应他事成之后，封尚之信为王，世守广东。尚之信作为长子没能袭爵，所以很恼怒他的父亲，嫉妒弟弟尚之孝，一肚子怒气。但他又不想变节而降，负于三朝的重恩。但是在广州濒临绝望之际，处于困境的尚藩家族，要么全家自杀，或抗后城破而死，要么投降吴三桂。尚之信并不想死，认为死而无益，名为报国，实无益于国。他内心充满了矛盾。但是谋求王爵的虚荣心，又促使想借吴三桂的势力，夺取平南亲王的承袭权。
康熙十五年二月二十一日，尚之信在广州发动了兵变，炮击清兵的大营，派兵看守父亲的府第，外外封锁，接管了平南王的权利。并接受了吴三桂“招讨大将军”的伪号。两广总督金光祖、巡抚佟养钜、陈洪明也随着尚之信的“叛变”而投降了吴三桂。尚之信虽然叛清降吴，但是始终没有出兵对清军作战，吴三桂屡次催令甚至胁逼他出兵瘐岭，开辟新战场，同清军作战，可是他就是按兵不动，实在没法应付的时候，便出库金10万两佐叛军，以塞三桂口。他表面上天天饮酒，不问政事，藉以麻痹吴三桂“以安贼志”，吴三桂也认为尚之信酗酒无度，无大志而不以为意。
陕甘王辅臣激变吴三桂在云南发动叛乱的时候，迅速遣使各地，带着他的信和讨清檄文，约会他的旧部故交，同他一起行动。这中间还有平凉的王辅臣和甘肃的张勇。因为他俩都曾是他的部下，同时王辅臣、张勇都以骁勇善战称著。他们为人正直，忠于职守，为吴三桂所器重。吴三桂非常希望他们起兵，在西北开避新战场，可造成南北夹击清廷之势。这一形势对他将具有深远的政治和军事意义。因为王张实握西北地区的兵权，手下有强兵猛将，是二支特别能战斗的队伍，无疑将给吴三桂的叛军增添不可多得的生力军。不仅如此，王与张驻防的地方，都是战略要地和边防重镇。如果王、张二将在平凉、甘州起兵，一举可以控制西北，而出平凉，举足可以进入陕西和山西两省，迅速逼近清廷的心脏——北京，从而构成巨大的威胁，同时王、张的兵力足以牵制住清廷的大批兵力，吴三桂就可以在湖南从容攻城，而在东南沿海又有耿藩的兵马，这样一来就造成东西、南北夹攻清廷的有利态势，置清廷于不能自拔的绝境。
吴三桂满以为，凭自己往日对王、张的恩情，特别是对王辅臣的特殊礼遇，他们一定会闻风而动，听命于他。可以，他万没想到是，王、张无意从叛，而且予以坚决的拒绝。当王辅臣接到吴三桂派去的特使汪士荣递交的书信和任命扎时，没有犹豫，一刀切断他与吴三桂的个人感情的联系，立即命令属下拿住汪士荣，连同信扎，派他的儿子王继贞押解，星夜驰往北京。
王辅臣父子举发吴三桂的“逆书”，促使康熙对陕西方面警觉起来，十分重视这一地区的防务，他感到有必要派一位得力的大臣前去总揽一切事权，应付可能发生的紧急事变，他选中了刑部莫洛，授以全权，经略陕西。为了提高莫洛的地位，有利于统辖各个方面，号令专一，特加莫洛武莫殿大学士，仍以刑部尚书管兵部尚书事，兼都察院右副都御史，兼任陕西经略，赐以赦印。
陕西本来就有封疆大员，康熙却又置一经略，位在总督之上。实际上康熙是把莫洛当作他个人的代表派到陕西，行使着朝廷所赋予的最大权力。这表明康熙是多么重视陕西的防务。
尽管王辅臣父子向清廷表明态度，同吴三桂划清界限，却未能赢得康熙的完全信任。因为他知道王辅臣与吴三桂有过密的关系，他确信这种关系不会一下子断绝。康熙对王辅臣的不那么放心，这从他的军事部署和具体任命可以反映出来。
同年七月初，康熙单独给甘肃提督张勇发了一道指示：“秦省边陲重地，恐奸宄窃发，尔乃封疆大臣，朕所简任，可率所部总兵等官，固守地方，有为乱者，严行辑治，以副朕倚任股肱之意”。张勇任甘肃提督，却要让他关注陕西方面的情势，密授以方略，严防逆乱发生。尤其强调张勇是他亲自选任的，以示恩于他，表明皇帝对他的特殊信任。
对张勇如此，相反，对王辅臣却想法把他调离陕西。在对张勇发出上述密旨之前，康熙已命令辅导同将军席卜臣等赴荆州增援。后因情况有变，指示辅导不必再去荆州，或者随将军赫叶等进取四川保宁，或仍驻平凉，具体由莫洛酌遣。莫洛回奏，说四川“逆贼”正固守保宁，而广元所属百丈关诸处，有“贼众盘踞”，前往增援的兵力不足，拟将增擐的副都统吴国正和马一保的军队发往广元。
这时，突然发生了新的情况：叛军从三路来犯，已经包围了宁羌州（今陕西的宁强）。这个地方属陕西管辖，是清军入川的后路，康熙命令莫洛“速行救援”。正在保宁的莫洛得到命令，急速传令有关将领速援，先在宁羌州城外击败叛军，迫使他们撤围而逃。考虑到宁羌地关重要，康熙及时改变对王辅臣的命令，通知莫洛调遣副将雷继宗与王辅臣部固守宁羌诸处。就这样王辅臣没有去平凉，而到宁羌州驻守下来。
经略莫洛率师进征四川，在陕西的汉中与四川保宁交界的地区受阻。四川的叛军又攻占了七盘关与朝天关（两关在广元和宁羌州之间），切断了清军的饷道，驻广元的清廷援兵已缺饷二个月，屯聚略阳嘉陵江上的粮船被叛军夺去。粮饷不继，清军无法向前推进。而且处于很危险的境地。康熙急令：“定西大将军”贝勒额、经略莫洛、四川总督固有德、巡抚张德地速撤保宁的清兵，回师广元。要莫洛等人亲自殿后，以利原驻广元的清军安全的回汉中，固守阳平（宁羌西北略阳南）等处，歼除宁羌地区的叛军，“整顿士马，再图恢复”。
康熙十三年十二月初，莫洛率部至宁羌州，驻守南教场，与王辅臣兵营相距2里多路。初四日，王辅臣的标兵突然向莫洛的军营发起进攻，愤怒的呼喊，要粮饷，要好马，蜂拥而来。莫洛猝不及防，他的亲随满兵拼力抵抗，以雨点般的箭矢将乱兵射退。于是王辅臣亲自督战，再次猛冲，砲矢齐发，莫洛也出跑，挥兵反击，一颗鸟枪流弹飞来，正好命中莫洛，当即身死。莫洛所部章京、笔巾式和兵士多死于乱阵之中。
战斗结束后，莫洛的标和运粮兵仍有2000多人，均被王辅臣劝降。十二月七日王辅臣率叛兵自安羌州撤至沔县（今陕西勉县西侧）。又从沔县北上略阳驻守。定西大将军董额随莫洛之后，撤至沔县，得知王辅臣叛变，急忙退保汉中，迅速向清廷奏报。
康熙对王辅臣的叛变，十分震惊，急忙召见王辅臣在京的儿子王继贞，从容地对他说：“你不要害怕，朕知你父忠贞，决不至于做出谋反的事。大概是经略莫洛不善于调解和抚慰，才有平凉兵哗变，胁迫你父不得不从叛。你马上就回去，宣布朕的命令，你父无罪，杀经略莫洛，罪在众人。你父应竭力约束部下，破贼立功，朕赦免一切罪过，决不食言！”
康熙把王继贞放回，赦免其父的罪行，即已确定了对王辅臣的基本方针，力争招抚，和平解决。康熙深知，王辅臣的兵变，已对时局产生了重大影响，他甚至打算亲临荆州，指挥作战。可见这一事件的严重性，已直接危及了他的整个战略部署，事件很明显，陕西一乱，与四川叛军会合，北进中原，长驱北京，而清廷的兵马云集荆州，北方空虚，从而进一步地加剧了清廷的危机。
康熙在放走王继贞之后，又派遣科臣苏拜携带他的招抚谕旨前往陕西，会同总督哈占商酌，选择干练人员，或亲去辅臣处，或派他人代替，向王辅臣宣布朝廷旨意，招其归顺，并尽快“安抚乱兵”。与此同时康熙又在军事上严加防备。首先加强省会西安的兵力，“以保固秦省”。他把调往兴安等处的兵马改调到西安，令他们“星夜奔赴”，不得迟误。他犹感兵力不足，但“京师禁旅，遣发颇多”，已没有兵马可调，他决定再调蒙古兵。他指示兵部：“秦省重要”，令理藩院员外郎拉笃祜等3名官员速往鄂尔多斯调蒙古兵3500人，调归化城土默特兵700人皆赴西安驻守备征。至康熙十四年正月，归化城土默特二部、四子部落、毛（茂明安）、吴喇忒三部计七旗兵已放行，鄂尔多斯因天寒马瘦，先行备装，等候调拨。康熙很担心驻守广元（四川广元）、保宁的清军遭到王辅臣叛军的攻灭。为保证这支生力军安全地撤离，顺利撤至汉中，特遣派北京的八旗兵（每佐领3名），“速催起程”，赴西安协守。进驻西安的各支大军，酌置留兵守西安，其余全部赴定西大将军董鄂军前，接应广元、保宁的清军撤回汉中。
继上述指令发出之后，康熙发现陕西的兴安州（今安康）实为一战略要地，便对议政大臣等人说：“此地“西进汉中，北接潼关，东南直逼郧阳（湖北郧县），最为要地”。他迅速命令副都统穆舒浑、已任命为云贵的总督鄂善、副都统希福等率兵，包括增援的蒙兵，“驰赴兴安”，共同防守汉中各处的战略据点。
正在湖南战场指挥作战的吴三桂，一直在盼望着陕、甘的王辅臣、张勇起兵的好消息。他知道，他们一旦起兵，将会带动整西北乃至中原的响应，成为又一大战场，那时，将会给清政府造成多么巨大的军事与政治的压力！随着时间的流逝，仍不见任何动静，他派去的使者也一去不复返。一年过去了，他对王辅臣、张勇不再抱有希望。就在康熙十三年底与次年正月之交，突然传来王辅臣在宁羌起兵的消息，吴三桂的精神为之一震，毫不迟疑地拨出白银20万两，铸印“平远大将军陕西东路总管”，交付已叛降的秦州知府巴三纲转赠给王辅臣。吴三桂慷慨馈赠，似乎比清政府的空口安抚更有吸引力。王辅臣驻过的平凉，原属荒凉的边防地区，生活一向很清苦，他的部下更是度日维艰，粮饷不足，本来就对朝廷不满，人心思乱，而吴三桂的诱惑，更助长了其部属与清朝的离心力，反满的民族情绪顿时高涨。吴三桂又指示已入川的大将王屏藩和吴芝芪由汉中出陇西应援，到处散布委以官职的文扎，地方武装及回、蒙古等少数民族都纷纷响应，接踵而起。原先平静的西北地区，迅速地陷入了大动乱之中。
在这种形势下，王辅臣已身不由己。他是一个精细的人，凡事都看得明白。尽管清廷对他表示了高姿态，康熙也做出了非常友好的表示，并保证他本人和家属的生命与地位不受丝毫侵犯，可是他还是疑虑重重，总担心此系清廷的权宜之计，谁能肯定清廷事后不追究往事，特别是莫洛身为朝廷满族重臣，康熙的心腹，能说就让他白白地死掉吗？不管怎么说，王辅臣是不能逃脱责任的。担心、后怕，使王辅臣无意回归清廷，他把清廷的招抚置之脑后，决心铤而走险！
王辅臣抗拒清兵，依附吴三桂，在陕甘地区展开了军事行动。他先说降秦州副将陈善，以秦州城（甘肃天水）叛降。王辅由略阳移至秦州，并毁掉陕甘两省边界的风县（今风县西南）偏桥派他的部下将领王好文率兵把守栈道，清兵的粮道不通，所运出的粮食不能运送。入守凤县的清兵以粮食枯竭突围逃走，王辅臣则留兵守秦州，自己率领部属归驻平凉。
康熙知道了王辅臣安然地回到了平凉，清军的粮道被截断，很是生气，下诏斥责“定西大将军”董鄂诸人：你们到了西安，没有随经略莫洛取道秦州，却经由栈道绕路而进，托故马瘦，竟驻汉中，致使宁羌兵变；王辅臣回秦州时，你们又不跟迹追击，急忙回汉中，及至保宁清兵撤回，你们又仅留将军席卜臣守汉中，自统大军回了西安。已提醒你们，栈道险要，却不多留兵防守，竟让叛军据守，致使广元、朝天关等处又被叛军占领。这都是董鄂等人“退缩迟延”造成的，理应解除职务。但目前正陷大敌之时，仍令董鄂平定秦州、平凉等地。
康熙的部署及其战略战术，还不能马上奏效，陕甘的叛乱在迅速蔓延、扩大，清军步步退却。由于饷道被切断，清军被逼撤回西安。汉中、兴安等重镇皆被吴三桂的大将王屏藩等占领。王辅臣向各地发出的信函和任命文件，约会起兵。固原道（今宁夏的固原）陈彭受巡抚之职，守边（今陕西定边）副将朱龙受任为招抚总兵，还有巩昌（今甘肃陇西）游击袁承梁献城叛变，副将江有仓、参将潘璚策动阶州（今甘肃的武都）、文县、姚州（今甘肃临潭东）、岷州（今甘肃岷县）叛变；临洮守备鲁女耀反叛；尤其是甘肃省城兰州被游击董正已策动反叛，巡抚所属弁串作乱，占据省城。据甘肃提督张勇得到的可靠情报，甘肃方面最先跟吴三桂、王辅臣通款谋反的，就是董正己。他差心腹先去秦州，跟知府巴三纲通信。其后，守备吴承印又率连鲁文耀、马洪，各与王辅臣联络，表示原意同时起兵。兰州千总杜士黄，充当马洪、吴承印的内应，煽动甘肃巡抚所属各军官和士卒，密谋起事。秦州知府巴三纲派他的弟弟巴五秘密的来到兰州，与任职布政司的笔贴式本家人巴锡谋划，白天在董正己家，晚上住在巴锡家，逐个作巡抚所属的游击、守备各军官的策反工作。
二月五日，王辅臣的兵马向兰州进攻，董正己等人乘机夺取了兰州金城，清廷驻守甘肃的巡抚华善逃出了兰州，奔赴凉州去了。兰州“外控西垂，内接临（洮）、巩（昌），为秦中要区”。此城一失，西北震动，许多城镇或叛或陷，还有一些城镇和乡村，如当地的武装所把持。诸如三水、溶化、白水、浦城、韩城诸县“土寇蜂起，掠劫乡村”。局势的混乱已经到了不可收拾的地步。
随着甘肃各处的叛乱，而陕西各郡邑也随之骚动，叛乱纷起。同州（大荔）游击李师腐占据神通岭起兵，边陷洛川、宜川、鄜州（今富县）等城，延绥镇所属鬻水、鱼河、波罗各营、葭州（佳县）、吴堡、清涧、米脂等县先后叛清，起兵响应。他们攻城略地，绥德、延安、花马池、靖边等地相继被叛军占领。
由王辅臣带头起兵，引起陕西和甘肃两省的连锁反映，绝大多数的地方都参加了叛乱，只有甘肃的提督张勇、总兵孙思克、西宁的总兵官王进宝，宁夏的总兵陈福等没叛清。所以陕西全省未能全部失陷，只剩下西安一府和邢、乾二州。而甘肃也仅保有河西走廓这一狭长地带。康熙十四年三月，康熙为表彰他们尽忠朝廷，特晋升新职，授予张勇为“靖逆将军”、加孙思克左都督、加王进宝都督同知，提升陈福为陕西提督。四月，王辅臣派人携带吴三桂授予张勇的扎印，再次前去诱降，授张勇为“陕西西路总管平远大将军”。张勇大怒，不容分说，下令把来使推出斩首。王辅臣给王进宝送去一封，劝他归降吴三桂，王进宝断然拒绝。他们两人都把此事如实的报告了康熙，康熙看了报告非常高兴，为鼓励他们竭诚效忠清廷，又特加封张勇为“靖逆侯”、授王进宝为一等阿思哈尼哈番。康熙十四年十一月，吴三桂又亲自发给王进宝扎文，王进宝及时又向康熙作了报告，并把扎文一并交给了朝廷。
康熙已看出，将来恢复陕甘，必须依赖张勇和王进宝等汉将。早在二月，甘肃巡抚华善在奏疏中就极言张勇可用，此疏正合康熙之意，故立授“靖逆将军”，通知兵部、史部各大臣：甘肃省“凡总兵以下的官员，听从张勇的调遣、提拨、补授”。仍兼管甘肃提督事务，总督不得制约。一切征剿事宜，均由张勇便宜行事。张勇以自己的行动赢得了康熙的信赖，把甘肃省的军事托付给他。
康熙十四年十二月二十二日，宁夏突然发生兵变，张勇的得力助手和战将陈福被乱兵杀死。次年正月，康熙迅速采取措施，改调西宁总兵官王进宝代替陈福的职务，出任陕西提督，暂驻秦州，继续兼西宁总兵官。宁夏总兵官缺任，责成张勇和巡抚华善推补。很快张勇推荐他的原部将现任天津总兵官赵良栋到宁夏任职。康熙立即批准，还把总兵官一职改为宁夏提督，由赵良栋升任此职。由于西北的军情紧急，命令他兼程上任，赵良栋御任的天津总兵官，由陈福的弟弟、现任泳州参将的陈奇破格出任。赵良栋是甘肃宁夏人，骁勇善战，颇有机谋。称得上是一个优秀的将才，他与张勇、王进宝并称为“河西三汉将”。在张勇的统率下，同王辅臣展开了激烈的争战，最终完成了陕甘的收复任务，并在平定吴三桂的斗争中发挥了重大作用。
§§§第三节 清军反击剪除东西两翼
荆、岳对峙至康熙十三年底，王辅臣叛于宁羌州，在全国已形成了三大战场，这就是：以耿精忠占据福建，攻取浙江、江西为左翼东部战场；以王辅臣、王屏藩占据的四川与甘肃、陕西大部分地区为右翼的西部战场；以吴军占据下的湖南，地当全国中心，为正面的中部战场。在这三大战场中，无疑是以吴三桂所在的湖南战场最为重要。吴三桂自离云南北进，抵达湖南后，来往于常德、澧州、长沙、湘潭之间，最北至松滋，亲临前线指挥。但是吴三桂就此屯兵湖南，不能力主迅速渡江北上，坐失良机。以致使清廷争取到了调兵遣将、集结兵力、加强布防的充裕时间。截至康熙十四年四月，康熙已初步完成了对各战略要地的兵力部署：
镇南将军尼雅输、都统朱满、巴尔布等率师由武昌水陆进取岳州、长沙、直入广西；
都统宣里布等率师驻彝陵，都统范达礼、副都统德叶立等率师驻镇郧襄；安西将军赫叶、副将军胡扎布、西安将军瓦尔喀等率师由汉中进取四川；
副都统扩尔坤、吴国祯等率师进驻汉中；
镇西将军席卜臣等率师驻防西安，复遣尚书莫洛经略陕西等处（不久，即被叛兵击死），率大军居中调度；
镇东将军喇哈达等率师于山东、河南、江南要地驻防；
安南将军华善等率满汉官兵，同镇海将军王之鼎等于京口水陆驻防；
扬威将军阿密达等率师同江宁将军额楚等防守江宁、安庆沿江险要；
平南将军赖塔率师由浙江平定福建，浙江将军图剌率师驻杭州，兼防海疆；
定南将军希尔根、副将军哈尔哈齐等率师由江西建昌、广信进兵福建；
平寇将军根特巴图鲁、席布等率师赴广东，会同尚可喜进剿叛军。
康熙分遣各方面军，任命各方面军的统帅、将军，迅速进入各自的战区，诸如武昌、荆州、彝陵、郧阳、襄阳、汉中、西安、京口、江宁、安庆、山东和河南等要地，以及江西建昌等地，都被康熙划入战略地区。这些战略据点，凭借长江天险，以荆州为中心，重点布列在长江中游和下游地区。与长江南、山东、河南个别地区互有延伸交错，形成了一道颇为严密的军事攻守防线。
吴军的主力、精锐近20万人都集于湖南一隅之地，分布在长沙、岳州、萍乡、松滋、常德、澧州等几个战略据点。其中，以7万兵力据守岳州，澧州诸水口，与驻守在江北的清军对峙；又以7万兵力，总兵10余人，“猓猓”兵3000驻醴陵、长沙、萍乡诸处，抗拒江西的岳乐部清军。吴三桂驱使云贵土司苗、北等少数民族的土军前来湖南助战，组成一支有四、五只大象的象军，也调来前线。采伐贵州、湖南的山木，造楼船巨舰，往来水上，控制水路。调拨四川、湖南的粮食以供军需。
吴三桂最重视的是岳州的防守，特派他的侄子吴应期率领数万精兵驻防。吴应期十分骁勇，能冲能拼，是吴军中著名的一员猛将．把岳州交给他，吴三桂感到放心而无忧了。
岳州不只是湖南也是长江中下游“水陆冲要之地”。它们于浩瀚的洞庭湖之畔，长江南岸，三面环水，一面通陆地。而洞庭湖的水又和长江一脉相通，因此可借助洞庭之浪，顺水到长江，出湖南省境，随心所欲。而借一脉之便从长江就可以进洞庭，入湖南省境，必经岳州。南北东西，行旅转运，欲得水陆兼有之利，岳州乃不可逾越之区。在军事上得岳州，可控制湖南的命脉，又可隔断南北的交通，故此城为兵家必争之地。吴三桂刚起兵时，康熙就看出岳州极端重要，严令驻防部队“宜亟固守”；同时，又派出都统觉罗朱满、一等侍卫毕桑阿等率增援部队水陆兼行，速往协守。定料清军未及固守，岳州已为吴军袭取。吴三桂以岳州为他在湖南立足的一个战略支撑点，集兵7万。特令吴应期加强防守。他动用大量的人力物力，在岳州城内外构筑防御工事；在城外陆路一面、挖通三道壕堑，筑堡垒，设陷坑、鹿角、换牌，以阻止清军的步兵、骑兵攻城。在洞庭湖峡口处，攒立梢桩，以阻止清军水兵船只进入湖内，守备相当严密。同时，吴三桂又在澧州、石首、华容、松滋等处派驻重兵，与岳州成犄角之势。吴三桂把岳州的存亡，看成是他的生命线，据投诚的吴军守备薛麟光所见，吴三桂时时关注岳州的防御，还特派他的护卫到岳州，向吴应期传达方略，“令贼坚守，且趣进兵”。由此看来，吴三桂作了长期固守湖南的打算，这就是他企图划江为国的计划的一部分。
清军失守岳州后，康熙一再严令催促清统帅尽快夺回。康熙十四年六月，他特派多罗贝勒尚善为“安远靖寇大将军”，同因山贝子章泰、镇国公兰布率蒙古兵4000、旗下兵的一半攻取岳州。命将军尼雅翰、都统朱满、巴尔布、护军统领额司泰参赞军务。清军俱察岳州城防御情况，深感吴军“据守颇坚，难以进取”。康熙便改变作战计划，命令将军尼雅翰率部赴江西，与副都统甘流海的兵会合，并率袁临总兵赵应奎，由袁州进取长沙，夹攻岳州。
与岳州隔江相望的是清军大本营荆州。康熙一开始就选取此城，作为战略重点进行布防。他正确的估计到吴军北上，必走湖南渡江，因此他力图凭借长江之险，在荆布防，拦腰阻截吴军，使其不得渡江，在此顶住吴军的军事压力，便可以集结大军，作为渡江的反攻基地，进行充分准备。只是吴三桂进到长江的南岸便停止不前，才使康熙的这一战略计划得以侥幸实现。否则，吴军及时渡过长江，长驱直进，荆州还未设防，肯定会使局面为之改观。这就是吴三桂的战略失误，促成了康熙的战略计划的成功。
吴三桂驻兵不进，给康熙充分布防荆州赢得了时间，在康熙亲自指授与调度下，援兵源源而来，蓄积粮饷，制造了大量的各种类型的船只，以备将来渡江之用。由于双方各自加强这两个地区的战略的防务，因而造成了岳州与荆州的两大战略中心长时间的相峙。很使人料想不到的是吴三桂无意进取荆州，倒是康熙时刻以岳州、长沙为念，不得到此二地誓不罢休。他累下指令，严加督促驻守荆州的统帅多罗顺承郡王勒尔锦和其他有关将领速取岳州。还在康熙十三年七月，贝勒察尼、将军尼雅输等分别率领满汉官兵，水陆齐进，向岳州发动了大规模的进攻。吴军的统帅吴应期、廖进忠、马宝、张国柱、柯铎、高起隆等率7万大军从陆路分别迎战。清军奋勇的进击，“吴军大败，斩首万极，舟师抵七里山，以炮破贼，击其船10余艘”。这次接触战，杀伤了一定数量的吴军，但是从战略上并未能改变双方力量的对比。在这次战斗中，清军无法接近岳州，也就退兵而去。此后康熙就再未得到进军岳州的报告，也不见捷报传来。
到了九月，康熙实在等的不耐烦，就派侍卫吴丹、塞扈立即前往荆州，传达他的指示：
朕一再给你们发去手令，所言似合机宜，又两次派遣侍卫来荆州，向你们面授机宜，至今未你们回奏。大将军出征，战事进止调度，一定等待朝廷发令，这是自古没有听说过的事。因你们与贼相持，朕不顾时间忙否，已屡给你们敕谕，或期望对你们能有新帮助，这并不是朕从中干预。你们刚出兵时，兵力不能说不足。今四路进讨，你们亦知之。四川一路军已夺取朝天关、阳平关，在保宁城与贼相拒，这同岳州的情况是一样的。你们不要以为四川兵将抵贵州，湖南兵可以缓进。保宁城较岳州城更为坚固。康亲王杰书虽屡奏捷，朕不以为喜。吴三桂乃贼首，惟有攻破岳州、澧州，才值得高兴。你们初到军中时，就说‘马未肥’，又说‘天热多雨难行’。如今时节正是可行之时，你们攻取岳州，或渡江取澧州，或令将军尼雅输往江西取长沙。此三件事，你们诸将帅要深思熟虑，议定后向朕报告。你们要勤勉，拿出良策。朕将欣闻捷音。
康熙的这番话，可以看出他对攻取岳州的严重关切。他特别强调，取得其他战场上的胜利不值得高兴，只有夺取岳州等城才是大喜事，总的基调是批评了勒尔锦等统帅进军迟缓。语气虽然相当缓和，但是勒尔锦等前线的将领已感到温和中严厉的分量。康熙还是期待他们熟虑，拿出具体办法，尽快攻占岳州城。
康熙十三年底，康熙得知王辅臣叛变的消息后，一时急得坐不住金銮殿了，他对各路的统帅无所作为深感失望。他无可奈何的说：“在此之前，各将军大臣不遵指授，互相观望，迁延不进，以致逆贼得据大江以南，贼渠未灭，故有此变”。他再也按捺不住了，要“亲至荆州，相机调遣”，指挥作战。康熙不过是作了一番姿态。经大臣们的劝阻，他也就放弃了亲征的打算。他的姿态，强烈地表示出他对各路统帅观望和畏缩不前的不满。
康熙十四年初，康熙向兵部指授破岳州的策略，说：“逆贼吴三桂，据守岳、澧诸处，恃有长沙、衢州之禀。今安亲王（岳乐）率师往江西，可令一到南昌，即简江西军中马匹，由袁州取长沙，断贼粮道，夹攻岳州。”
接着他又说：“今日事势，先天吴逆为要。安亲王宜留兵守江西，亲统大军，或由袁州，或由吉安，乘便进剿湖广，攻取长沙。倘未易（攻）下，即令此兵挠贼耕种，截其挽运，取资于敌，不但我兵无转输之劳，而岳州粮尽，贼可坐困，吴贼自不能久据常（德）、澧。”他责令兵部速移交，通知安亲王执行。
这次谈话，康熙提出一个明确的战略指导思想，就是“先灭吴逆为要”，灭掉吴三桂，其他各地的叛军不攻、自破，这就是树倒猢狲散的道理。而要灭除吴三桂，必须首先攻破岳州、长沙。由于作战的指导思想明确、清晰，就使清军在正确战略方针指导下进行作战，逐渐从被动中解脱出来，开始走向胜利。
几天以后，康熙又指示兵部行文，转告正在荆州前线的贝勒尚善：“若岳州可取，急速进兵，如势有未便，不宜轻动。”尚善接到行文，立即回奏：“他们正在准备进攻岳州的战具，岳州的吴军也在加强防御措施，部署周密，无懈可击。他们打算移营进兵，又怕正值霆雨，江水泛涨，营垒前后，都被水包围，而且双方的战船相距很近，荆河口则在清营的后面，吴军又占据上游地段，不免令人十分担忧。按康熙指示，不宜轻动，所以他们就想暂停进兵，以等待时机。康熙得到报告后，只好同意他们暂停进攻，原令湖广总督蔡毓荣率兵前去助战，现仍回荆州等候命令。康熙指示：岳州卒难攻取，若不速取长沙，恐怕叛军又增强守备，先令分兵留守要害，速取长沙。
清军统帅岳乐提出，他想先剿除江西的叛军，无后顾之忧，然后分防险要，率师前往。康熙及时否定了岳乐的建议，再次强调，进取湖南，迅速消灭吴三桂，刻不容缓，不能有任何动摇。这个时候，清廷的兵马全部驻守在荆州，正待发动起总攻击。
针对清军的战略部署，吴三桂采取了以下的对策：
一是在岳州、澧州水陆要冲部署重兵，对抗江北荆州的清朝的大军，借以阻止渡扛南下。
二是由长沙分兵，进入扛西，力图打通与福建的通道，与耿精忠部会合。吴军进攻袁州、接连攻陷了萍乡、安福、上高、新昌诸县城。天三桂又遣派部队7万，“猓猓”兵3000坚守醴陵，外筑木城为护卫，加强此城的防御，目的是保障长沙的安全。康熙得到了这个消息后，即刻命安亲王岳乐为“定远平寇大将军”，统帅兵马速进江西先后攻克了上高、新昌、东乡、万年、安仁、新城诸县，再克广信，饶州。吴三桂的女婿夏国相坚守萍乡，清军久攻不下。因此双方在江西的争夺战还在继续进行。
三是由四川进攻陕西，接通兴安、汉中的叛乱部队，进而和王辅臣的兵马会合，威逼京师。当吴三桂得知王辅臣在宁羌起兵的消息，立即采取了上述战略措施，于康熙十四年五月，他从常德到了松滋，亲自部署和指挥作战，他调来大批的战船，分布在虎渡河（今属湖北省境内）上游，截住荆州和岳州清军的咽喉。吴三桂扬言渡江和清军决战，并想决堤以江水灌荆州。荆州城地势低洼，城南门到长江仅5里之遥。为防止江水灌城，在该城的东、南、西三面都筑有长堤。所以它最怕决堤，如“决江水则荆州之人可使为鱼鳖，不可守也”。有人向吴三桂建议，决荆州大堤，必破荆州。但是，吴三桂顾虑到该城数10万生灵，不忍心决堤，水淹清军，殃及百姓。他扬言进攻，用的是声东击西之计，以自己亲临松滋，提出进兵的姿态，来吸引住驻守荆州的清军，暗地里却分出守岳州的部分精兵，进据宜昌（今湖北宜昌市）东北的镇荆山，约集王会，杨来嘉部会合进攻湖北的谷城、郧阳、均州（郧县与均县之间）、南漳等城，目的是打通通往西北的道路，与王辅臣联络。吴三桂的这个举动，没能取得成功，清军的统帅勒尔锦急令贝勒察尼等率部阻击，将吴军击退，清军的压力稍得缓和。
吴三桂的三方并举的战略决策，使得清军的将领感到十分惊慌，他们一方面拼力应战，一面向清廷紧急报警，惊呼“贼势甚炽，我兵力单”，再次恳请朝廷加派援军，要求“速行赴援”。
康熙看了此奏，十分生气，因为他已掌握前线的军情，主帅勒尔锦明明是在谎报，将真实情况隐瞒。康熙所掌握情报，是礼部员外郎王诏提供的。王诏受康熙的指派，于康熙十三年三月随从顺承郡王勒尔锦到了荆州，参赞军务。他来到荆州快二年了，把荆州的一切情况都了解得十分清楚。他给康熙上了一道密疏，写道：他刚到荆州时，常德、岳州、澧州尚未陷落，只要清兵“鼓行而前”，湖南已失城池是可以收复的。可惜没有作这样的计划。要不然，可“屯兵要害”，长江为我所控制，而彝陵、岳州西路，叛军难以兼顾，可是计又不出此。再不然，亦可乘叛军初到湖南无备，立足未稳，清军乘机渡江，攻取南岸，为可攻可守之计，也不致使叛军深沟高垒，极难动摇。可是计又不出此，逐使叛军得逞，清军数10万，金钱万万计，虽广开财源也无法保证供应。而湖南的米价三倍于前，“民困追呼，又苦转运”，这样下去，恐怕将来叛变的就不止耿精忠、孙延岭、王辅臣、杨来嘉“诸凶”了。眼下，马匹例毙十之五、六。兵士死亡十之二、三，幸存者锐气全销，“赢病相半”，时势令人担忧。“臣请统一旅为诸将先驱，不幸死于疆场，犹胜于坐待乱民刀加于腹！乞请下令勒尔锦赳期进讨，毋稍逗留”。
王诏的奏报情况，的确是实际情况。且不说清军初到荆州不渡江，不敢发动进攻，就是在康熙严厉的催督下，一部分清兵渡过了江，驻守在离岳州7里路远的七里山上，害怕吴军的防备严密，就是不敢进攻。“尝扬言某日进兵，至期寂然，如是者非一”。例如遥见洞庭湖中，有吴军的战船出动，清军的水师仅“鼓棹以待”；听到吴军发炮，清军也“发炮以应之”。统帅尚善等将领，于“军书之暇，唯高卧一笑而已”。这些将领每天除了阅批或上报军书，无事可做，便高卧营帐之中。军情如此紧急，他们却格外轻松！而国家军费开支浩大，“国用大绌”，他们无动于衷。
王诏的密奏，报到了清廷，康熙恍然大悟，原来如此！他所看过的所有荆州的前线奏报，几乎都是勒尔锦、尚善等人的请兵请饷，不见进兵之期。王诏密报实情，康熙怎能不生气。当即挥笔写谕旨，严厉责备。谕旨写道：当初一得到吴三桂叛乱消息，即发大兵，派前锋统领硕岱、都统巴尔布等人率前锋护军，日给刍秫，令其疾驰。巴尔布到荆州时，叛军尚未至常德、澧州。所率前锋护军，每佐前下出5名，兵力不算弱。可是他们却不急于渡江，迁延迟误，而常德、澧州遂叛。你亲统大军至荆州，仍不立即渡江进取，致令吴三桂一至常德等城遂为他所据。都统朱满率兵至武昌时，岳州，长沙还没叛变。你又不急趋镇守，逍遥武昌，600里路，竞走了一个月！而长沙、岳州又陷落了。巴尔布等人畏缩不前，坐失险要，使叛军从容得据湖南，使我军难以攻取，且糜费粮饷，更信于他处。
康熙在批评勒尔锦等人之后，总结失败原因，说：追究清军寸步不能前进，是因为“贼渠”与我精兵相持荆、岳间，而广西孙延岭、福建耿精忠相继叛变，“贼寇”蜂起。在此之前，曾指示你们在荆河口以内，要考虑何处设兵防守。你们说，“贼船”上下江中，都取道荆、岳，很容易贞知，等有情况时，就近调遣，可以立时到达。而此刻又说，吴三桂来犯荆州，贼众我寡，特请增兵，为何前后说法不一，一切军机忽略如此地步，现在京中劲旅已遣发很多，即使再发兵，也很难迅速到达，应调附近官兵星驰赴援。目前安亲王岳乐已恢复建昌，大军已回南昌、江苏、微州，又有满州、蒙古兵镇守。令驻池州署副都统苏郎率蒙古兵1000至武昌，留下400人，再抽调驻兵400人，共足1000人，速赴荆州。安亲王或由宁州入湖南，或由袁州进长沙，两者任选便宜而行。
这是对吴用兵以来，康熙对勒尔锦等人畏缩不前的第一次严厉的批评。勒尔锦等人无法推卸责任。
过了几天，勒尔锦又急报：吴三桂在松滋县北山，又增添了4营兵马，沿江一带，“贼船日增”，恐水陆齐犯荆州、彝陵，是很有可能的，康熙也顾不得再批评他们，紧急指示：荆州、彝陵等处，“关系紧要”，除了留兵防守襄阳、均州、南漳等处，由察尼率领，余军“速赴荆州”。
八月末，吴三桂还住在松滋，并且又调来7000余兵马，增援松滋，这使驻守在荆州清军感受到巨大的压力。康熙担心吴军渡江进攻，就会使荆州处于危险之中。他下令抽调进攻岳州的部分清军回师荆州，又命驻守在山东兖州的护军统领查汉太尽率满汉宫军，河南提督佟微年选标下鸟枪手3000同赴荆州，统归顺承郡王勒尔锦统率。清军的兵力不敷用，只好以荆、岳兵往来增缓：荆州危急，调岳州兵；而岳州附近清军有急，则凋荆州兵。
康熙的主导思想，仍旧放在长沙方面。他说：叛乱罪魁是吴三桂，现在不及早消灭他，即使江西、福建之贼全部根除，于事有什么益处！他指示安亲王岳乐，拨出一定数量的官兵固守江西，冬月时“速取长沙”。
吴三桂暗遣岳州的兵马开赴宜昌时，被驻在荆州的清兵探知。这时“安远靖逆大将军”多罗贝勒尚善主动提出向岳州进兵，他在给康熙的报告中说：长沙与岳州，如唇齿相依，若只攻一处，未必能很快攻取。既然安亲王岳乐已得令旨进兵长沙，而岳州也应协力攻取，他乘机又要求给荆州增兵，可调河南、山东的驻军前往增援。
康熙对尚善提出的增兵要求给予否定。其实清朝政府能遣调的兵马已经不多了。各处战场都在进行激战，都需要增援。康熙只能就主要战场投放优势的兵力，其它战场就顾不及了。尚善等人不识趣，只要一进兵，就呼吁增援。康熙以岳州的吴军已分遣宜昌，兵力也减，而荆州的清兵够用为由，拒绝了他的要求，要他考虑“作出攻取”岳州的计划。
康熙十四年十一月，安亲王岳乐为了进取长沙，巳进入准备阶段。他请求康熙调拨绿旗兵，非汉兵不能攻破吴三桂的险阻，又非红衣炮不能击破吴军的营垒。康熙满足了他的要求，把熟使火器的提督赵国诈兼统绿旗兵3000，和屯垦都督陈平率部2000，迅赴岳乐军前，准备参加长沙的攻城战。南怀仁监造的火炮轻便，易于运送，也同意他的要求，调拨20门火炮，护送到江西岳乐的军营中。康熙指示：不必等火炮运到，速由吉安，或袁州进兵长沙。康熙把进攻的矛头，首先指向了长沙，作为夺取湖南的第一大战役。为了保证这次战斗的胜利，他命令驻守在荆州和岳州地区的各军将领，要紧密配合，夹击长沙。同时要摆出进入岳州的架势，移兵逼近。如有机会可乘，亦并攻取岳州。他告诫诸将领，这次行动不得有误。他提醒他们，驻荆、岳将近二年，“粮费师老，并未得尺寸之地，坐失事机，罪不胜数”，如再不发兵和岳乐配合夹击，你们的罪过就更大了。
正当清军大举进攻长沙之时，顺承郡王勒尔锦又请增兵，再发禁旅每佐领5名，“便可渡江剿贼”。康熙十分生气，下诏斥责：勒尔一到荆州便屯兵不进，使吴兵从容得湖南。等清军齐聚，又不按期渡江，使吴军得以固守要害，进犯宜昌。究其根源，实由勒尔锦、参赞巴尔布、伊尔度齐、硕贷等耽误时日，不急于讨贼，以致叛乱蔓延。在此之前，勒尔锦要渡江击贼，已按请求增添了满州、蒙古兵数千，绿旗兵1万，仍“未得湖南尺寸之地”。现在又请增兵，是果真欲速灭贼寇吗？不过是希图开脱自己逗留不进的罪责罢了。最后，康熙解除了巴尔布、伊尔度齐、硕岱等人的对先职务，留任效力赎罪。
勒尔锦拜读此诏，惶惶不安。他已被康熙批评了数次，逼迫向康熙请求处分。转眼之间到了康熙十五年正月，康熙联想二年来屡次催勒尔锦各军渡江进兵，可就是不进。他看了勒尔锦的奏疏，不由得一阵气愤，再次严厉批评：“勒尔锦统领大军，进剿逆贼，二载有余，未获寸土，以致师老饷匮，坐失良机，今不直陈其罪，又巧饰具奏，殊为不合，应即处分。但见（现）在进兵，候旋师之日，严治其罪。”
战争一开始，康熙就派出大军迅速赶至荆州，扼吴军渡江。此后不厌其烦地指授方略，一再催促勒尔锦统率大军渡江，攻进岳州，夺据长江之险。康熙整整地喊了二年，勒尔锦等将领却以各种借口，按兵不动，致使吴军在湖南坚固了阵地，并能从容联络各方，掀起了更大范围的动乱，因而出现了清军和吴军夹江对峙的局面，这就延长了清军胜利到来的时间，吴三桂得以继续顽抗下去。
西北告捷正当荆州、岳州相对峙的时候，东西两个战场上的清军和叛军正在进行着激烈的战斗中。
在耿精忠、王辅臣先后发生叛变起兵后，吴三桂曾经试图应援，打通和耿、王的通道，使叛乱地区联成一片，迅速压缩对清军的包围圈。但是，康熙已看出吴三桂的战略意图，毫不迟缓地派出大军，分别在江西、浙江、陕西、甘肃等地阻击吴军，围剿耿、王叛军，最终使他们无法互相靠陇，分别把他们困在各自的独立战场，各个击破。
就东西两个战场来说，西部战场——陕甘地区，为西北边防的重地，又接近京城，对清政府安危尤为重要。因此对清廷构成严重威胁的道是王辅臣的叛军。所以在一定时间，康熙把注意力放在西部战场上，且以恩威并用、剿抚结合的方针，力图尽快扑灭王辅臣的叛乱。这对剪除吴三桂的羽翼、消除近在京城门户的威胁都具有重要的意义。
康熙十四年底，宁夏兵变，提督陈福被害后，陕西和甘肃的形势更趋严重。康熙认为，陕甘不能平定，主要是因为叛军占据的平凉未破，王辅臣未被灭除的缘故。故而当前最为要紧的是，攻取平凉，“断贼饷道”。早在七月里，康熙就已经明确指出：“底定全陕，惟在速取平凉，逆王辅臣一日不灭，则秦省百姓一日不安”。王辅臣是陕甘事乱的关键人物，实为“乱首”。康熙的策略是“擒贼先擒王，射人先射马”。只要把王辅臣灭除掉，其余的叛军就可以迎刃而解了。因此，陕甘的叛乱一发生，康熙就把抚剿的重点放平凉一地和王辅臣的身上，的确是抓住了解决西北战事的关键。
康熙在第一次对王辅臣招抚失败后，就决心以武力解决问题。他从陕甘全局出发，抓住几个战略地点，先后展开了用兵。康熙认为“欲平陕西诸寇，必先取秦州”，从而确定秦州为第一个战略攻击点。秦州（今甘肃的天水）位于兰州、巩昌（今甘肃陇西）、平凉、汉中等重要的战略要地之间，界近陕西。夺取秦州，从叛军中间突破，切断叛军的声息，在军事进攻上可以左右逢源，进退有据，使清军操有主动权。
秦州的城池坚固，要想攻破这座城，必须得用威力强大的红衣炮，康熙命都统海尔图等率兵护送红衣炮到秦州。康熙十四年三月四日，“定西大将军”多罗贝勒董（洞）鄂奉命率大军抵至秦州城下，并将此城包围。围困了半个月后，即四月二十日，从四川、平凉来援救的叛军1万多人，从包围圈外向清军展开攻击，而城内的叛军8000余人从城内向外蜂拥冲出，企图里应外合，夹攻围城的清军。清军分道迎战，击败叛军的进攻。稍后，双方又数次激战，叛军始终未能得逞。这时清总兵官孙思克奉命率部从巩昌来援，使清军的实力大增，本来已被打得惊慌不安的叛军，便陷入绝望而无心再战的混乱之中。城中的叛军总兵陈万策只好率兵民出城投降，叛将巴三纲等人逃走。来增援秦州的四川和平凉的叛军也急忙逃走。迟至闰五月三十日，清军收复了秦州。董鄂又遣“振武将军”佛尼勒、内大臣坤巴图鲁，总兵官孙思克追剿叛军，一直追到礼县（属甘肃）、西和（礼县东）等处，几经交锋，叛军都被击败，一举收复了秦州附近的孔县、清水、优羌（今革甘谷）、西和等诸县城。
秦州的收复，实现了康熙平定王辅臣叛乱的第一个战略目标，然后，他令一部分兵马开赴栈道，增缓汉中；一部分开赴平凉南的陇州（陕西的陇县）守卫；都统海尔图等护卫红衣炮，向平凉运送。
叛军失去了秦州，军心动荡不安，王辅臣深感恐惧，急忙率领其精锐和秦州溃败的部队收缩到平凉固守。除此之外，叛军还占据庆阳、定边、固原、延安、兰州等几个孤立据点。
在清军围困秦州的同时，别部的清军已向兰州、巩昌的叛军发动进攻。西宁总兵王进宝率部已于康熙十四年五月包围了兰州。兰州是“河西五郡咽喉”，叛军拼命地死守。一个月来，清军连营环攻，屡次将冲围的叛军打回城内，清军也遭受了重大损失。因粮道被切断，城内的叛军无粮可守，只好造木筏百余只，企图渡黄河逃跑。王进宝沿城外黄河岸设置了伏兵，击退了妄图逃跑的叛军。致此叛军已无力发动反攻。王进宝与布政按察使伊图乘机差官到城下，宣谕朝廷的招抚政策，许诺如果投降就可以赦免一切罪过，叛军走投无路，被逼放弃抵抗。六月二十七日，叛军的总兵官赵士升和原任布政按察使成额率城内的文武各官和兵士5000余人献城投降。
张勇所率的一部分清兵在王进宝攻取兰州的同时包围了巩昌。王辅臣认为巩昌地理位置极为重要，急速派遣副将任国治等率部3000人，由巩昌东门潜入城内援守。守城的叛军总兵陈科、郑元经等得到了增援，便率部6000人，分四门而出，直冲清军的大营。清军给予分头痛击，城上城下炮声隆隆，双方死伤惨重。叛军被俘近500人。清军游击张大选追至城下，被叛军的炮火击中死去。六月二十五日，“安西将军”穆占、总兵官孙思克抵达巩昌增援。清军聚集在巩昌城下，使用了招抚的策略，派遣已降清的陈万策、谢辉等人进入城内宣谕康熙的赦免诏书。叛军的总兵陈科等愿意接受招抚，率领部众出城投降，总计马步兵4900余人、民兵5600余人，安插城中的居民13．5万余人。清又收复了巩昌城。
继收复秦州、兰州、巩昌以后，清军的捷报频传：六月二十九日，“平逆将军”都统毕力克图进入延安，叛军溃逃。接着，恢复了延安府所属的肤施、保安、安塞、宜川、延长、安定等县。陕甘边境的重镇定边也于六月初收复。
康熙虽一再的严令西北各路将军加紧对叛军的军事进攻，但仍不放弃对王辅臣的招抚工作。他抓住了王辅臣畏罪不敢投降的心理，于七月又给王辅臣发去一道赦谕。分析了西北战场的形势，劝他归降。但王辅臣这时内心很矛盾，如果接受了招抚，又怕清廷事后变卦，心怀疑惧，迟迟的不敢投降。康熙督令：张勇、董鄂诸将乘胜连攻平凉，同时，尽快攻破固原，以便夹击平凉。
清军在西线战场，短期内取得了重大进展，攻取平凉，灭除王辅臣亦是指日可待的事了。不料情况又突然发生变化；兴安游击王可成等重又叛变，总兵官党塞与道臣兴永朝奔赴西安，将军席卜臣率部离汉中，不知去向。不久就得到了席卜臣的报告：因军粮告匮，被迫离汉中，于八月六日至西安。而且兴安的叛军已经和四川的叛军会合，攻陷了旧县关，即将逼至西安，南山“群盗”又分出各口。刚刚有了好转的形势，又逆转直下。
形势的突变，给清军进取平凉带来了不利的影响；康熙很是生气，下诏严厉的斥责陕西的总督哈占和各将领，他说：“辅臣被叛时，朕以兰州要地，关系“三边”，令哈占发兵镇守。哈占称：西安要地，不便分兵，致使兰州诸地沦陷，“三边”动摇。哈占又以西安重要，屡次请援兵，因而把荆州大军陆续调至西安，致使荆州、彝陵兵力单簿。朕以延安为诸路要冲，曾令鄂善、四川巡抚周有德等驻守，哈占又撒谎说鄂善等兵少，留之西安，致使延安陷落。哈占为封疆大臣，每当议事，不从全局一体筹划，但只顾自所在之地，常欲置之重兵以自卫，不求速定地方，贻误非小。今又称叛军与川寇联合，欲分诸将率部都开赴西安。哈占但知有西安，竟置其它于度外！
康熙在严厉批驳了哈占后，命令“诸将当益急攻平凉，勿得少缓”。为了保证攻取平凉，他令驻守在榆林的土默特、鄂尔多斯兵，“速赴西安”。
在康熙的严督下，董鄂、毕力克图，阿密达等部已于八月十五日抵达平凉。因兵力不足，围城不严。这时，王辅臣给董鄂去一封信，称：他曾派官员王起凤赴西安，谈判受降，已过两月，不见回来，因此士卒都很疑惧不敢降，董鄂为辅臣请命，请求朝廷再颁赦免诏书，遣还王起风，他就会倾心来降。康熙批评了董鄂不速率兵围攻平凉，专主招降，替辅臣求情。他指出了王辅臣的目的“诱我缓师”，诸将不要中其奸计。他要求各将“速行围城，务期剿灭”。至于王起风。可以遣还平凉。
董鄂等率清军到了平凉后，既未围城，也未进攻，而是离城远驻，静现形势而已。王辅臣见此情况，并未过于惊慌，相反，还派出部分兵马分别增援固原、庆阳等地的叛军。这两处的叛军兵力都很强，例如固原叛军就多达1万余人。王辅臣的增援，无疑的又加强了它的实力。特别是庆阳的叛军已接受清廷的招降，却又被王辅臣派遣增援的周养民部包围，重新夺了回来。
清军向平凉地区集结的消息，使吴三桂震惊，他先后派遣云贵少数民族士兵“猓猓数万到平凉助王辅臣”，命令四川的叛军应援平凉。于是王屏藩亲统大军进犯秦州，吴之芪率部出川，进屯平家和等处，谭弘以所部向平凉增援。还有兴安的叛军也进犯商州大峪口。
本来对清军很有利的形势，又陷入了被动的局面，这正象康熙所分析的情况，因为王辅臣未消灭，大军云集平凉，故而各路叛军乘机发动进攻，意在分散清军的兵力，来支缓王辅臣。从主观上看，康熙认为，董鄂到平凉日久，兵力不少，却“高坐不即攻取”，致使王辅臣敢于分兵援盈其他地方的叛军；由于清军集结平凉，又招致四川的叛军前来会战。如果及早地攻占了平凉，那么各路叛军也不会来增援，窥伺商州之计也不得施展，“陕西可无虑矣！”他质问董鄂：你们拥大军于平凉，“所司何事”？现在不敢攻取，“更待何时”？他又下了一道命令：赶快策划，“速取乎凉，剿除逆贼”。都统海尔图又节外生枝，声称：运炮的屯夫都逃路了，请求从京师调发熟悉火炮的满州军前来平凉。康熙接到报告后不胜恼怒，下旨斥责：董鄂对此事不置可否，只知照传他人请求，拖延时日，他下令解除海尔图的赞军职务，令董鄂仍遵前旨，速攻平凉。
康熙十四年九月二十三日，清军和平凉的叛军发生了一次战斗，王辅臣命令叛军出城，双方刚一接战，不料清军副将贾从哲、游击张以经忽然退缩，清军阵势惊乱，战斗失利，提督陈福等于二十八日退到灵州（今甘肃灵武）。康熙看了战报，提笔批示将贾、张二人就地斩首处死，并指示清军或攻取固原、或会合大军取平凉，视具体情况而定。十二月清军再次攻取平凉，攻克了第一关厢，距平凉城3里多，在南山屯营，想前进攻城，奈因沟深地险，难以下营，故平凉城未能攻克。康熙指示，叛军长据平凉，皆因有粮有恃无恐，如断其粮道：叛军自困。城西北通固原要路，你们要速断粮道以困之。
尽管康熙屡令督战，但是董鄂诸将却迟迟不动，夺取平凉仍然看不到希望。而四川的叛军也正在向平凉方向迸发，有与王辅臣合兵之势。若如此，将给平定陕西带来极大的困难。另外这样旷日持久的拖下去，势必影响到进剿湖南乃至整个战局。康熙十五年（1676年）二月，康熙决定派遣都统、大学士图海尔为“抚远大将军”，授以全权，总辖陕西满汉大军，前赴平凉，剿灭王辅臣。图海离京时，率每佐领护军2名，组成一支数千人的大军，增援围攻平凉的清军。在此之前，新授宁夏提督的赵良栋至京陛见，康熙命他兼程速赴宁夏。同时又授都统毕力克图为“平逆将军”，负责统辖现驻宁夏的满州兵和蒙古兵，镇守地方。
康熙任命图海一事，向董鄂等陕西诸将作为说明，指出，我国家自创业以来，克敌攻城，必是主帅奋勇先登，军士效死苦战，方能建树大功。而你们凡遇敌，大都观望不前，只叫士卒前驱冲阵，其督抚也多坐失机宜，故劳师匮饷，不见成效。因此特命大学士图海为“抚远大将军”前往平凉，统帅诸军。你们要痛改前非，殚心图效，若仍蹈前辙，一经图海指示参颏，必置重典！康熙为了鼓舞清军的士气，又特别颁给诸军一道赦谕：你们年来各处征讨，为国效力，朕已悉知。今闻你们围平凉，屡次冲锋陷阵，奋勇杀敌，严冬掘壕，远道采木为柴，备尝难苦，朕甚为同情。虽然目前国用繁多，经济困难，但惦念你们勤劳已久，特发帑金5万两，由大学士图海带到军中，普增恩赐，以表朕优恤关怀之意。你们同心协力，隘励忠义，速灭贼寇，朕不吝再加优尝，你们勉之！
康熙十五年（1676年）二月二十六日，康熙接见了图海，尝赐了珍贵的御用之物。然后，又为他举行了隆重的仪式，郑重地送他率师离京出征。
图海离京前后，陕甘的形势又加深了危机。四川的叛军正向巩县、秦州逼近。其中，吴之茂所率川军已临秦州城，屯兵于北山，阻断临巩的通道。二月二十五日，陕西提督王进宝会同“振武将军”佛尼勒等向北山的川军发动进攻。吴之茂率师迎战，竟被清军击败，吴之茂的总兵徐大仁被俘，4名总兵在作战中被杀，还有200多名参将、游击也都死于激烈的战斗之中。
三月初，王辅臣命令总兵官陈甲率步骑兵马1.5万多人，进犯灵州，命令总兵官李国良率领叛军8000人由靖宁来增援秦州。四月十六日，叛军万余人直犯通渭县，守城的清军弃城逃跑。自宁夏提督陈福被害后，叛军进攻宁夏，堡镇多被陷落。虽然各处的叛军进攻屡次得逞，但又屡次被清军击退，双方相持不下。而叛军的顽抗，却往往又把清军置于困难的境地。局势仍然是严重的。
三月十七日，图海率部抵达平凉。他首先向广大士兵宣读康熙奖励的旨意，颁发赏银、明军令、申约束，军威大振。康熙前后增调的清军会攻平凉，已达10万人马，全部环绕城外围困。
王辅臣以骁勇善战闻名，清军的将领都惧怕他，不敢轻易进兵。同时王辅臣也不把清军放在眼里，对10万清军的围困毫无惧色。有一次，他登城巡视防务，停在一处，举起一只脚，加一马鬣，斜着眼睛，望着城外密集的清军营垒，轻蔑地说：“这是什么能耐？姑缓其死，稍迟些日子，叫他们都尽了！”目空一切以至于此。
图海到达平凉后，各将领的勇气顿时倍增，纷纷请命攻城。但图海不同意，他说：“仁义之师，先招怀后攻伐。我奉灭威讨兹凶竖，无虑不克，顾念城中数10万生灵，无非朝廷赤子，遭贼劫至此，覆剿之下，杀贼必多。俟其向化归诚，以体圣主好生之德，不更美乎！”于是他放弃攻城，仅是围困不战，实行攻心诱降的策略。
在乎凉城北，有一座山冈，叫做虎山墩，登临山冈上，可以俯视全城。这地方十分重要，它是平凉通往西北粮道的咽喉。王辅臣部署了1万多名精兵护守这个山冈，用来保障平凉的安全。
图海严格的执行康熙的战略方针，先夺取虎山墩。他说：“此平凉咽喉，得此则饷道绝，城不攻自下矣。”随即率领大队人马攻虎山墩。叛军前面是步兵，后面为骑兵，布列火器换牌迎战，向清军冲来。战斗逐渐向墩上发展，叛军利用地形的优势，居高临下，清军逼迫往上仰攻。死伤累累。战斗相当激烈，清军不顾伤亡，步步进逼，从上午一直激战到中午，击杀叛军的总兵2人，兵士被杀的，跳崖死亡的，不计其数。图海命令军兵更替轮番进攻，终于以惨重的代价攻占了虎山墩。站在山墩上向下观望城中，一切都在掌握之中。清军把夺取的大炮和自带的重炮搬运到山冈上，向城中发射，城内的军民一片惊慌。图海趁城内的兵民惶惶不安之际，特派幕客周昌进城劝降。周昌自告奋勇冒死进城劝降，临进城之先，提出了一个要求：母亲孙氏以父死殉节，他愿以身许国，为母请旌。图海感其壮烈，当即同意，特授以参议道名义前去执行任务。王辅臣迫于势穷粮尽，听从了周昌的劝告，便派手下一员副将随周昌出城，面见图海，表示投降。图海派人驰报京师请示，康熙批准，颁发大赦令。六月六日，图海命周昌携带朝廷的赦诏，再次进城抚慰。六月七日，王辅臣派龚荣遇率领士民代表出城，向图海献出平凉城的军民名册，他的儿子王继贞和总兵等上缴吴三桂的扎付二纸、“平远大将军印”、“陕西东路总管将军印”各一颗及各扎文件。
王辅臣虽然已经降清，但是心里仍旧疑惧，不肯去面见图海。六月十三日，图海再次派周昌和他的侄子前锋侍卫保定一起进城，极力地安慰王辅臣，百般地劝说，清除他的疑惧，王辅臣为图海的诚意所感动，便于十五日出平凉城，亲自到图海的营帐，“叩头谢恩”，图海与辅臣“钻刀设誓，保其无它”。辅臣心悦诚服。王辅臣回到城中就剃了头发，表示彻底归降。图海命副都统吴丹入城招抚安定，秋毫无犯。平凉城围困日久，城中粮尽，兵民死亡累累，图海请命赈济。云南土司总兵陆道清等率所属兵士相继来降。
平凉归降的捷音飞报北京，康熙非常满意，对图海仅以半个月时间解决了平凉，消除了西北的战乱，倍加称赞。他对王辅臣父子仍旧采取了宽宏大量的态度，履行已许下的诺言，恢复了王辅臣的原来官职，加太子太保，提升为“靖寇将军”，命其“立功赎罪”，他的部下将吏也一律赦免。吴三桂派来助的同时投降的苗兵，康熙命他们回原籍，给予赏钱，与家人团聚，官员各加一级，从优升赏土司总兵陆道清为左都督兼太子太保，投诚的黄发寿，临时委任的参议道周昌升为布政使，“发往湖南招抚”。周昌的母亲也得到了旌表，遣官至祭，给银建场。
平凉归降，王辅臣接受招抚，使得陕甘的局势急转直下，所有的叛乱都迎刃而解。奉命前来与王辅臣会合的吴之茂闻讯平凉已破，就在六月二十六日夜晚，率部从秦州退却。“振武将军”佛尼勒、张勇、王进宝等统率满汉大军随后追剿，追到牲园大败吴军，再败叛军于西和山，给叛军毁灭性的打击，吴之茂仅有10余骑越山而逃。将军穆占也于六月二十七日进兵乐门，吴三桂的征西大将王屏藩逃跑，追到红崖，把他击败，恢复了礼县。王辅臣原任命的固原巡抚陈彭、庆阳总兵周养民、嘉峪关总兵王好问、关山副将孔萌雄等共率文武伪官900余员，兵丁4．8万余人相继降清。八月三日，张勇等攻取了阶州，叛军总兵陈友功等献城投降，四川的叛军被赶出省境，于是关陇平定，陕西只有汉中和兴安两地仍被叛军占据。清廷的西北威胁基本解除。康熙最关注的仍是湖南战场上的吴三桂，陕西剩下汉中、兴安两地的叛军不足为忧，他顾虑到攻取汉中、兴安运转粮饷艰难，因此命令暂停进攻。由图海率部去湖南征讨吴三桂。图海上疏，建议说，平凉等地，才刚刚平定，而人心未必都能安宁无事，若带精锐赴湖南，陕西空虚，惟恐人心再变。康熙回谕表示同意，将图海和王辅臣留镇陕西、严守各要隘，以前锋都统穆占佩带“征南将军印”率领陕西和河南两省的满汉各军前往荆州，助剿吴三桂。
平定王辅臣陕甘的叛乱，可以说，全赖张勇、王进宝、赵良栋三位汉将和广大的汉兵的力量。他们在西北战场上发挥了关键的作用。图海是满族将帅中难得的人才，他坚决执行康熙的作战方略，从实际情况出发，灵活的运用策略，跟汉将紧密地配合，保证了各战役的顺利进行。
清军在西北战场上取得完全胜利，它不仅解除了对清政府的重大威胁，而且更具有战略意义的是，它剪除了吴三桂在西北的羽翼，使他失去了一臂，顿时气势大挫。清政府很快地从西北战场脱身，调出西北的劲旅，开赴湖南战场，进一步加强了清军在湖南的军事进攻能力，从而加速了吴三桂的灭亡。
东南归降同其它战场一样，清军在东南战场也是进攻不力，跟耿精忠叛军的激战反复进行，呈现出相持不下的拉锯状态。在平定王辅臣陕甘叛乱后，这里的战斗仍在交替的继续进行，一时胜负难分，争夺十分激烈。
耿精忠叛清后，把整个福建据为已有，进而兵分三路出击：以总兵曾养性出东路，攻击浙江、陷温州、台州、处州等地；以总兵白显忠出西路，进攻江西、陷广信、建昌、饶州等地；以藩属都统马九玉出仙霞岭（在今福建、浙江、江西三省交界处）进攻浙江金华、衢州，并联络严州、微州“土寇”以壮声势。耿精忠的战略意图是，占领江西，跟湖南的吴三桂叛军连成一片；占领浙江，领有东南沿海地带，据长江下游地区，跟吴三桂所据长江中游地区成椅角之势。
康熙最为担心的是耿兵占据浙江、江西，与吴三桂合军，若此则难以剿除。但由于清军进攻不足，他先采取守势，派遣重兵严守各战略要地，堵截耿军，使之不能进入江、浙。他急命“平南将军”都统贝子赖塔赴浙江；“定南将军”希尔根赴江西，另以杭州、镇江的水师分防海口，阻断耿军北进与西进的道路。随后又命康亲王杰书为“奉命大将军”、贝子傅喇塔为“宁海将军”，赴浙江，共同防剿耿军。
从耿精忠康熙十三年三月叛清，到同年年底，连续攻占了江浙的20多个县城。清廷的援兵先后赶来，分占了南昌、杭州、衢州、吉安、袁州、九江、金华、广信、饶州、建昌、萍乡等各战略要地。双方就在这些据点以及附附近地区展开了激烈的争夺战，次数之多，规模之大，远远的超出西北战场。双方互有胜负，损失相当。清军没有能阻止住耿军进入江、浙，但却有效地挡住了它的猛烈进攻，致使耿军最终未能进入湖南省境。吴军东进占领了连接江西与湖南的江西省境的萍乡、吉安等要地，也未能达到与耿军会合的目的。
进入了康熙十四年，清军与耿军的交战有增无减，更激烈的战斗则集中在几个具有战略意义的据点附近反复进行。还在年前康熙已命令大将军康亲王杰书、将军希尔根分别由浙江、江西“作速进剿闽境”，命平南王尚可喜部队克复潮州后，即发兵救援固守在漳浦的海澄公黄芳度。黄芳度正受到台湾郑经的侍卫赵得胜的攻击。康熙为了防止郑氏在大陆立足，决定必须尽快平定福建。
清军摆出了直捣福建的姿势，除了坚守要地，已开始主动出击，目标是收复江浙失地。
在江西，吉安是一战略要地，耿军一直没有放弃对它的进攻，该郡的万安县，是“赣南水陆咽喉之地，贼寇出没靡常”，康熙十四年正月清军在西塘击败了叛军，又在诏口罗塘湾大败叛军。
二月间，清廷赣南总兵官刘进宝在黄土关，横岭两处击溃了耿军，收复了龙泉县（遂川）；这个郡的赣州，仍为耿军固守，清廷游击李天柱等分兵，在黄谭地方夹剿，斩杀2000余人，头领20多名。
四月间，招抚奉新、都昌、冷口、南湖、西湖等地的耿军头领91人，兵卒1．98万多人；招抚赣南的宝石塞叛军1．79万多人；又在铜鼓营、强山、余干、奉新、东乡等地招抚叛军头领97人，兵卒3．33万多人。
四月二十五日，安亲王岳乐率师进攻建昌县，路遇耿军在长兴县，双方展开了战斗。这次战争规模很大，以邵连登为统领的耿军有8万多兵马，分水陆迎战。岳乐与将军希尔根分别率领官兵和耿激战，最终耿军被击败，弃城逃跑；于是清军占据了建昌县，与此同时清军又收复了宁州。
这个期间，在浙江战场上，清军与耿军的争夺战也特别激烈。正月，驻守在龙游、蓝溪、寿昌三县交界的深山之中的耿军，在白马、黄塘源等处，被清军击败。同时清军又在下盛村、大堰头、仙洞源击败了耿军。清军的副都统马哈达，总兵李荣、陈世凯等大败耿属总兵徐尚朝，击毙耿军1000多人，乘机收复了永康、缙云两县。
差不多同时，清军在处州附近的桃花岭打了一个大胜仗。这个地方与缙云县逼近，是通往处州的要路，地势险要，易守难攻。耿精忠派属下总兵沙有祥驻守处州，据桃花岭险要设防，阻止清军前进。清军副都统马哈达、总兵官李荣等奉命前往攻取。战斗从上午一直进行到傍晚，清军奋勇剿杀，毁其栅木而入，当即招抚了耿军的游击张汉皋等将领，击杀耿军500多人，越过了桃花岭，乘胜攻克了处州。
耿军失落了处州后，拼命的向居仙逃窜。清军的副都统穆赫林等奉命统率满汉官兵分三路追击，于正月二十五日追到白水洋地方，与耿精忠部将“镇海都督”林冲部相遇。耿军扎营13座，约兵士1万多人，与清军展开了大战，从午后二时左右开战，到了下午四、五点钟，双方还未分胜负，清军的穆赫林等主要将领亲自上阵督战，攻入了耿军的第一营盘，打开了一个缺口，后队的清军奋不顾身勇猛插入，使耿军全线动摇，继而阵势大乱，向后败退，清军一直追到仙居城下，耿精忠的大将曾养性这时派来援军1000人，坚守城池，拒不纳降。穆赫林以署护军的参领额库纳率军埋伏在城西侧，而令署军参领禅拜等率大队人马各架云梯三面攻城，责成署护军参领齐林布等在后督战。清军的攻势猛烈，耿军支持不住，妄图开西门逃跑，被清军的伏兵截杀，结果没有一个漏网，生擒都督领事朱富等人，缴获大小火炮258门以及其它的军用物资不计其数。清军占据了仙居城后，分兵取黄岩。另一支清军在赞将王国祥等率领下，在天峰寺大败曾养性部总兵胡双奇。游击田万侯败耿兵于武义县夏阳地方，追到宣平县（武义县南，处州西北）大王岭，再次击败耿军数千人。
三月三日，在宣平县前坞地方，田万侯率清军同耿军的大将冯公辅展开激战，直抵宜平县城外，把耿军追到宣平的大旗口地方，冯公辅的伏兵杀出，耿军作殊死的拼斗，清军也以死里求生之望，全力抗击，这一战从早晨一直战斗到中午，清军才把耿军击败，耿军弃营逃走。这次战役双方的死伤都十分惨重。还是在三月间，耿军的大将马九玉部在衢州和清军将领副都统刺哈胡图、总兵官王廷梅等展开了激战，结果耿军被击溃，死伤1000多人。
清军在浙江的战略意图是，准备好舟船水兵、消灭台州的耿军，“再酌机宜，共图进取”。但是到了四、五月间，无论是在江西战场，还是浙江战场，双方争城夺地的战斗越来越激烈，得而复失，失而复得，呈现出反复拉锯的形势，特别是一些战略要地，成了清军和耿军反复争夺的主要目标。
清军攻占了处州后，使耿精忠失去这一战略要地而深感不安。四月，他命总兵官徐尚朝率领兵马由处州东南的温州，骑兵都尉连登云由处州西南的龙泉、松溪两路进兵，想把处州重新取占，但是因清军拼死力防守，击退了耿军的进攻，耿精忠的欲望未能实现。
浙江的衢州是浙江通往江西、福建的重要门户，与它东面的重镇金华甚近，仍被耿军占据。五月初，清军分兵东进，目的是攻取金华。清军在大埂余村，上路源（都在衢州附近）、峡口（衢州北）、汤溪（金华西侧）、周僚，黄塘等处奋力阻击，临时截住了耿军的攻势。
农历五月的江南，已经是炎热的夏季了，这种气候条件，对北军不利，耿军分守各处的要隘，实力仍然较强，以致使清军很难尽快地进入福建。康熙指示：时当炎热，安亲王岳乐酌量留兵固守江西建昌处要隘，率大军暂回南昌养马，等到秋凉，或取湘南．或攻福建，侯旨意再行动。将军额楚、副都统席布应速平定广信（江西上饶）叛军，临分水关（江西与福建交界处），佯为进兵，断仙霞后路，吸引住叛军的注意力，而康亲王杰书即命将军赖塔等攻取仙霞关，或者杰书与额楚等兵两路并进，夹攻浙江与江西交界的江山县叛军。互为声势，等待机会，进攻福建。仙霞关位于江西、浙江、福建三省的交界，隶属浙江地界，是进取福建的咽喉之地，康熙时时地关注这个地方，寻找时机，从这里突然进入福建，只要降服耿精忠，其它各处的叛军就可以不攻而破。所以康熙不把别的地方放在心上，而专心于尽快地进入福建。
由于清军暂时后撤南昌休整，耿军乘机发动了大规模的进攻。闰五月，耿军又攻陷了浙江的武义县，各路叛军相互应援，威胁金华。浙江总督李三芳与“平南将军”赖塔亲自指挥官兵，拼力的奋杀给叛军严励的打击。清国紧急增援，在宣平、武义两县的大王岭、东陇隘口、目套寨、下五塘等地屡攻叛军，招抚叛军头领130多人，兵士1万多人。耿军三路进攻处州，企图夺回该城，又被清军所攻，清军乘势收复了松阳县（处州西）。严重的是，乐平（位饶州东）等各地的耿军乘隙进取饶州，饶州再次被叛军攻占，以致直接威胁了南昌。康熙急令岳乐速回南昌固守，居中调度，分兵收复饶州。将军希尔根奉命夺饶州，希尔根率兵于闰五月二十六日到了余干，大败耿军，二十九日到饶州，耿军已于二十八日晚，撤离逃走，于是清军重新收回饶州。
已退据天台的曾养性已于三月间协同大将祖弘勋率总兵8人、骑兵6000多、步兵数万，进驻到台州附近，在南到长石岭，北到三江，延绵数10里的地带，连屯25营，深沟高垒，暗排大炮地雷，与清军隔江相对，另派大将朱飞熊、都督张恭万、许英率总兵4员、水师1万多、舟船300余艘、停泊在城东的小梁山下。清将傅喇塔组织了清兵1万多人马进击，由仙居凉棚地方抄山路背后突袭叛军，在茂头地方，把耿军大将朱飞熊斩杀于阵中。逼使曾养性退据茂平岭，据险阻止清国前进。清军在取得仙居地后，就决议进取黄岩。但是曾养性据守此岭，恰好挡住清军进黄岩的道路，使清军无法前进。后清军经过侦察，探明有土木岭可以通过，较北走茂平岭的路程更近。从台州到黄岩总计300里的路程，其中有不能骑马的道路，就有40里路之多，耿军认为这个地方险要，没有派军给予守卫。于是清将傅喇塔和杰书密商从这里进兵。到了八月初，清军副都统率福建提督段应举满汉官兵，从土木岭间道突袭，到了茂平岭的背后，耿军见势十分惊惧，无心恋战，纷纷逃窜，清军乘胜赶到了黄岩。曾养性被逼迫弃营放塞，退入城内拒守。清将傅喇塔指挥清军围住黄岩城，曾养性不敢只守此城，便在晚上冲出清军的包围，逃到温州去了。八月十日，城内剩余的耿军自知守不住，打开了城门投降清军。于是地处沿海要地的黄岩被清军占据。八月十二日，清军又向温州发动进攻，兵到太平县，城内的耿军献城向清军请降。
八月十三日，清军继续向耿军追击，恢复了大荆寨城。二十日清军到了乐清，城内的耿军早巳逃得无影无踪，清军安然地进入乐清城。原来是，曾养性都把叛军撤到了温州、青田两地固守。清军在乐清作了暂短的休息后，于三十日起兵，从山后的小路抄袭，于九月三日到永嘉上塘地区，与曾养性的3万多水军遭遇，展开了空前规模的大战，从清晨一直战斗到傍晚，双方都没有退兵之意，各个发挥出最大的战斗力，拼命地攻击对方。最终仍是清军占了上风，阵前杀了耿军的将官60多员，击毙兵士1万多人，击沉耿军船只9艘，俘虏副将以下的将官35人，兵卒500多人，缴获的其它军用物资堆积如山。十九日，清军直取清田县城。一个月之内，清军连占4城，创造了优异的战绩。
江西的局势在经过短期内的反复之后，从五月下旬，清军开始取得了进展。副都统朱喇禅在江西的北部、临近湖北武义县，打败了耿军；都统觉罗画特从江西东部重镇建昌出击，攻克了新城县（黎川）。将军额楚亲率官兵进攻广信，沿途不断地击溃耿军，收复万年县，继续东进到了弋阳，耿军将领蒋德弘率5万兵马坚守，耿军总兵柯升率5000兵马从广信赶来增援，另立6营，企图以重兵阻击清军，使清兵到不了广信，额楚率领的满州兵和土默特的蒙古兵奋战优势的耿军，歼灭耿军2万多人，迅速进军到了城下，这时耿军早已逃走，广信只剩空城一座，逐被清军占有。此后，清廷的“定南将军”希尔根等用招抚的策略，先后招降了泰和永薪、龙泉、庐陵等县的耿军头领270多员，士兵和家属6．56万多人，还东景德镇等地擒斩耿军参将以下将官10多员，歼灭兵卒8000多人。随即恢复了浮梁、乐平二县。但是，清军在个别战役中也有严重的失利。在清军攻占建昌后，想一举扫除盘踞在建昌附近的叛军，于六月二十五日攻取石峡（建昌东临福建省境）。因为天气炎热，兵马困乏，丧失警惕，误中耿军的埋伏，死伤惨重，副都统雅赖等将官战死在阵中，清军逼迫退回了新城。福建方面，清海澄公黄芳江仍坚守城池，受到郑军的猛烈的强攻，持续了一个多月，康熙十四年十一月二十日被郑军攻陷了城池，芳度和家属全部遇难、漳州也被郑军占领。
清军个别地方和战役的失利，并不影响整个战局的顺利发展。随着江浙两省各地战斗的不断进行，并逐渐向各大战略中心地区扩张，战争的结局也取决于双方在这些地区的最后胜负。
在清军事上逐步取得优势，频频地击败耿军的有利形势下，康熙想尽快解决福建问题、以便集中全力对付吴三桂。他抓住时机，直接向耿精忠发出了招抚的信息。康熙十四年八月二十三日，兵部向康熙报告：安亲王岳乐已遵圣旨，曾派陈廉前往福建再次劝告耿精忠接受朝廷招抚。这次精忠没有扣留使者，还给与银两、衣服，放他回来，传话说：“我承王（指岳乐）差人来，意欲投顺，但属下人心不一，将我属下人安顿，我差人往王爷处去。我已及王位，反欲何为！我所反者，俱系范（承漠）总督逼反，今仍将范总督留存，俟我何日投顺，面见皇上之肘，将范总督作一对头”。从耿精忠回话中，看出他的态度比前所软化，且有悔改投顺之意，所以康熙又对耿精忠下了一道敕谕，交给精忠的弟弟聚忠，前往浙江，执行招抚任务。不料聚忠到了衢州，耿精忠拒不接纳。耿精忠自己知道所犯罪过重大，不能相信康熙在诏书中说的话算数，种种疑惧，使他不能马上接受投降。
耿精忠既拒绝了招抚，康熙也只能从军事上彻底解决福建问题了，他指派援军继续增加清军的实力。在江西的清军中，除了八旗兵，还在南昌、饶州、吉安、广信等要地增添了绿旗兵，“已足调遣”。到康熙十四年冬，清军先后在浮梁、贵溪等县境内击溃耿军，收复了县城，并招抚了大批的叛军纳降。清军又在浙江温州地区连败耿军，招抚了温州、台州等地叛军总兵官200多人，士兵4000多人，难民11万人。
到了康熙十四年底，耿精忠部的军饷普遍缺乏，大肆的掠夺，充作军饷仍不能满足供应。由于耿军缺乏食粮，兵卒不断的逃亡，百姓怒恨，内部已出现了分裂的迹象：如总兵张存有兵8000，屯兵顺昌，不听耿精忠的调遣，总兵罗元生统兵固守，邵武总兵彭世勋等按兵不动，他们已暗通清军，愿作内应，协助清军进攻福建。
康熙命令清军速进福建。康熙十五年二月，傅喇塔誓师黄岩，向温州进军，所经过的地方，连挫耿军，但到了温州地区时，遭到了曾养性顽强抵抗，耿军凭江固守，双方激战累月，清军也未到了温州城下。清浙江总督李之芳献策：直捣仙霞关，实为摧坚制胜之策。他说：“进取之路，不在温、处，而在三衢，今“悍贼”悉萃于此，此处叛军破，诸处叛军必然惊散。虽然敌将马九玉、朱怀德等抗拒河西，而江、常之间有间道可袭，清军进击，使叛军首尾不相顾，从此处入闽，可奏荡平矣”。康熙对这个谋略非常赞赏，当即批准按照此计进行。他命李之芳伤兵固守衢州、金华；命傅喇塔继续进攻温州、处州地区的耿军，命康亲杰书从金华移师衢州，进征福建。
朝廷的圣旨虽下，何时进兵福建，仍无日期。领兵的皇室贵胄迟迟不肯进兵，拖延时日。此时在湖南已发起长、岳之战，突然，吴三桂派大将高大节出醴陵，进江西，经萍乡，一举攻陷了吉安。吉安是通向湖南的咽喉，也是通南康，赣州的水路孔道。吉安一失，对进兵福建受到极大的影响。简亲王逼迫撤离广信，专力攻击吉安。康熙得报，十分震怒，严厉斥责江西方面清军的各路统军将帅，说：江西离京师4000里，朕知之甚悉。简亲王喇布以宋室懿亲，不实心于国家，料理军务，恢复地方，只坐守省城南昌，“日事骑射，经图安逸”，殊负委任之意。今“逆贼”高大节窃踞吉安，朕旨到日即宜刻期攻取。副将希尔根，“不思报国，日驻省城，安逸自便，性尤偏执”，只偏坦右翼军，今后宜痛改前非，力图报效。还有将军觉罗舒恕、莽依图、穆承格驻赣州、西安。康熙命令他们协助攻取吉安。
康熙十五年六月六日，耿精忠的叔父耿继善突然焚毁营盘，急忙从建昌、新城撤走。康熙认为，耿精忠被“海寇”（指郑经）所逼无疑，我军宜乘机前进。他命令大将军杰书，贝子傅喇塔、赖塔，浙江总督李之芳等“速剿闽寇”，酌量招抚，勿坐失事机”。
七月，康亲王杰书、总督李之芳、赖塔等清国统帅率师到达衢州，各路合军，商议进取福建。
耿军的大将马九玉等统率数万兵马据守衢州府江西岸，扎营在九龙山，另外分兵1万兵马由大将林福等统率，扎营在衢州南，衢江（今港山江）右岸的大溪滩，为马九玉部属保护和押运粮饷的地方。
衢州位衢江右岸，顺流而下可通金华；溯流而上可通仙霞关。此为通福建的孔道，而且从衢州到仙霞关很近，实在是通往福建的一条捷道。耿军集结这个地方，全力阻挡清军入闽，并企图夺取衢州。于是，衢州就成了双方必争的战略要地。
康亲王等人面对实力雄厚的叛军，谋划破敌的策略，决定先截断叛军的饷道，以夺其优势，动摇其军心。八月十五日，赖塔等率领满汉大军乘夜进兵，直扑耿军储粮的地方大溪滩。耿军没有防备，仓促迎战。清军奋勇地进攻，击败了耿军，夺取了大溪滩，乘胜攻克了大溪滩附近的江山县城。马九玉得知饷道被截断，立时荒了手脚，不敢久留，急忙拔营而逃。康亲王杰书派遣副都统胡图等率兵追杀，大败耿军，一举收复了常山县。马九玉看出清军的意图，势必要夺取仙霞关进入福建。他率领残部绕道奔仙霞关，企图依靠险隘阻击清军。不料杰书已派遣赖塔、副都统马哈达疾驰仙霞关，于二十日赶到关前，堵住要路，分路夹攻，马九玉只身仅和30多骑兵逃跑了。守城的耿军参将金应虎势穷力谒，被迫献关迎降，清军长驱直入，涌进福建，从北向南，马不停蹄地疾行，于八月二十三日，进到浦城，挥军攻克。该县石塘地区是由浙江进入福建的要隘，耿精忠派都慰连登云用重兵固守。清军到达石塘，和耿军接连地战斗，连破叛军9营，将耿军杀败，打开了通往福建腹心的通道。
清军进入福建境内后，势如破竹，九月三日到达建阳县城下，击败了守军，占据了县城，再追溃兵到建宁，耿军不守，一哄而逃。耿军已成了惊弓之鸟，闻风即逃。
在这时期内，留守在江西的安亲王岳乐命将军希尔根攻击耿军的大将白显忠，白显忠兵败投顺了清军，恢复了建昌、饶州，“江宁将军”额楚收复了广信。至此耿精忠失去了白显忠一路兵马，势益孤立。加上清军在福建的进军势猛，而台湾的郑军又乘机侵扰他的大后方，这时耿精忠已深感自己到了穷途末路的时刻，他不再想顽抗到底，最后的出路，只有归降。
清军在东南战场节节胜利的大好形势下，康亲王杰书根据清廷的指示，再次写信对耿精忠进行招抚。精忠要求朝廷再下一道赦诏，才放心投降。康亲王不予理睬，催动大军直奔福州，路经建宁府，九月底到延平（今南平市），守关的大将耿继善献关投降。福州已遥遥在望。精忠听此消息，惊慌失措，急忙接受投降。
十月四日，耿精忠率文武官员出福州城外，迎接康亲王杰书与诸将进入福州城。
耿精忠投降归顺清朝，其它处的耿军将领也纷纷放弃抵抗。固守温州的大将曾养性“势迫无所归”，只好献城降清。广东原潮州总兵刘进忠、碣石总兵苗之秀也相继投降。散落在浙江、江西的残余叛军，失去了依靠，都放下了武器，纷纷前往清营缴械。江、浙两省的战事已停，局势很快地稳定下来。只有沿海一些城镇还被台湾的郑国占据，清兵对郑军发起进攻，于康熙十六年正月，收复了兴化城，二月初，攻克了泉州。郑军闻风丧胆，弃樟州、海澄等城镇，逃回台湾。清军没经过多少战斗，即恢复了漳州等10个县城。至此“闽地悉平”。
“时东西两巨寇（包括王辅臣）既降，乃得以全力办三桂。”康熙和他的议事王大臣对剿灭吴三桂，比任何时候，都充满了信心。
收复两广从康熙十六年初，战争的形势开始发生了战略性的转变，清军在经过暂短的退却和，防御后，很快进入了常态，在西北和东南两翼战场转入了进攻。首先降服了王辅臣，西北的叛军倾刻瓦解，四川的叛军被逐回老巢。康熙十六年十月，耿精忠被迫归降，福建底定，台湾的郑军被驱逐出大陆，浙江、江西的叛军亦告分崩离析。东南地区恢复了清廷的统治。
在解决了东南和西北的叛乱后，清廷对吴三桂展开了战略大包围，从东西两侧逼湖南，向两广进军，切断吴军的后路。同时从内线湖南战场，调兵遣将，准备发动总攻击。
为实现这个战略，必须先解决两广问题。在广东清军进展较顺利。广东的尚之信，虽投靠了吴三桂，实则自保。尚之信不为吴军出一兵一卒，也不和清军作战，而是静观形势变化等待时机，迎接清军进入广东。在耿藩投诚归降后，尚之倍看到清军形势好转，时机成熟，即刻派人携书到简亲王军前“乞降”。
康熙十六年四月二十四日，“镇南将军”莽依图从江西赣南统兵入粤，二十九日，到了江西与广东交界的南安（江西大余），叛将严自明献城降清，清军一帆风顺地进入广东，取南雄，直抵韶州（广东韶关），假降孙延岭傅弘烈“迎降”。尚之信于五月四日率省城的文武百官和兵民“归正”。
由于尚之信率先归正，广东的文武大吏纷纷投诚。在省内其他地方已叛的将官不再抵抗，立即准备投降。因而清军在广东几乎没遇到任何抵抗，就平定了叛乱。
清军进驻广东，尚之信降清，深深地震动了吴三桂，他感到后路有被切断的危险，处于腹背受敌的境地。为了巩固后方，他派出7员大将，统帅3万兵马进至湖南与广东交界的宜章企图分兵进攻乐昌、南安（江西大余），夺占两城，进而夺取韶州，控制交通线。韶州位居五岭之春，是江西与广东的咽喉之地，为兵家必争之地。吴军的大将马宝、胡国柱等率领劲旅数万，于七月五日向韶州发起了大规模进攻。攻势之猛，志在必得。清军统帅“安南将军”舒恕急速派遣副都统赫勒布率满汉官兵增援。康熙指令尚之信和“镇南将军”莽依图等速率兵赶赴韶州，舒恕亦相应应援，必保韶州，不得丢失。
莽依图接今后，不敢怠慢，自广州统领清军翻越大庚岭急趋韶州，两广总督金光祖也派遣标下官兵2000增援。莽依，图到韶州后，观察地形，以地北为冲要，筑土墙，每夜从城上悄悄缒卒出城、浚壕通水，并派一军据守白土村，以护卫广州饷道。从七月到九月，吴军日夜攻城，都未攻破。胡国柱等提心清军的援兵四集，于九月二十四日夜率领1万多兵马渡江，到江西岸，切断清军的水运，列营莲花山，居高临下，向城内发炮轰击，女墙都被轰毁，清军退保土城固守。正在危机的时候，江宁将军额楚率援军赶到，与莲花山的叛军对垒。额楚率援兵向吴军发起进攻，城内莽依图乘机杀出，内外夹攻，横冲吴军的营寨，速破4营。九月二十八日，马宝等弃帽峰山，大败而逃，江西岸的吴军也被迫弃营潜逃。清军乘胜追击，到了乐昌的风门澳，三路攻杀，把吴军杀得大败，清军收复了仁化县，而马宝等迁到衡州去了。韶州一战，驱除了吴军在广东的势力，于是广东得到了进一步的稳定。莽依图奉命率属部8000人马，同新任命广西巡抚傅弘烈平定广西，令尚之信出藩兵3000助战。傅弘烈独率所部1万多人马展开军事行动，先后攻占了广西重镇梧州、浔州（桂平）等地，所向奏凯。
吴三桂不能得志于广东，便“悉其骁锐，俱向广西”。康熙十六年十一月六日，吴三桂来到衡州，亲派马宝取道宜章，进入广西富川，派其孙吴世踪占领了桂林。其意图，在于巩固湖南后方，此为保守湖南战略的一部分。
清军统帅部认为，“平定广西，扫荡云贵，关系重要。”因此决定进兵，迎战叛军。此时傅弘烈尚在梧州，奉命和莽依图部联合取平乐、桂林，正面迎敌；尚之信、将军额楚、都统勒贝等进攻宜章、彬州（湖南郴县），从后夹攻，使吴军首尾受敌，不能兼顾。十二月十八日，傅弘烈从梧州出发，莽依图率师于二十日，由封川进兵，两路会师于贺县（广西贺东侧），进取平乐。
康熙十七年初，莽依图、傅弘烈等进抵平乐，将城团团围住。吴世踪率兵5000，分水陆两路赶来增援平乐，与清军夹江扎下营寨，迅即渡桂江，先攻绿营兵。傅弘烈与都统王国栋率军接战，寡不敌众，被吴军击败。适值江水泛涨，莽依图所部满州八旗兵不能渡江，眼看绿旗兵溃败。吴军又占据河道，清军粮饷接济不上，自己感到孤军不能久留，撤到中山镇，再退到贺县、梧州，就饷于德庆。康熙得报，速令尚之信，急发万人精锐增援，同时又调将军舒恕自江西赣州，额楚自肇庆兼程向广西进兵。
正当康熙调兵遣将增援广西时，吴军和广西的叛军趁平乐得胜，大举反攻，把清军已收复的浔州等郡邑先后夺回，到三月，清军仅存梧州一府了。二十二日已投诚的高雷总兵官祖泽清又在高州复叛，广东又为之震动。康熙命尚之信亲征，授权除掉他。尚之信得令，与副都统额赫纳等于四月十一日抵电白，大败叛军，城被攻陷，祖泽清闻讯，乘夜逃跑，十九日，收复了高州，招降了雷州。
清军由于在平乐的失利，在广西的进攻暂时转为防御，固守梧州，待机反攻。吴世踪率兵数万继续追击清军，渡左江，近逼梧州地区。傅弘烈孤军奋战，先后在梧州附近的贺县（今贺县东南）、藤县展开激战，清军又接连失利。吴军以水陆三路进逼梧州。适时尚之信奉命率军赴援，于康西十八年正月，会同莽依图、傅弘烈各部，在梧州城下，三路夹攻，吴军大败。清军乘锐奋进，长驱直入桂林。吴军转而围攻南宁。此据原为叛将马雄所据，马病死后，他儿子马承荫降清，仍守南宁。吴世踪围攻数月，城池即将被攻陷，清将莽依图等及时赶来增援，才使南宁城免遭攻陷。吴世踪挥军与清军的援兵展开大战。莽依图以额楚部为前锋兵冲击，他和舒恕自后指挥大军继进，事先埋伏了精兵在山后，断吴军的归路。因莽依图指挥得宜，加上满汉兵士的奋力攻占，终将吴军彻底击溃，吴世踪身负重伤逃走，南宁解围，清收复了广西全境。
§§§第四节 南北夹击主攻湖南
夺取茶陵进逼衡州在短短的一年多的时间里，清军从战略上实现了对吴三桂的外线大包围。这就是从浙江、福建、江西、广东、广西等省的东南沿海到南部，形成了半圆形的包围圈，西北陕甘地区叛军的归降，与南部各省又形成了南北进逼的局面。至于四川的叛军，已被清军切断了它与吴军大本营的联系，陕西汉中，兴安的叛军局限一偶。处于清军的严密监视之中，束手待毙。
在基本完成对吴军的外线包围后，清军在内线开始向湖南推进，仍就采取了南北夹攻的战略：北以岳州、长沙为攻击的重点，南则从广东、江西进兵，目标取衡阳。康熙十六年十一月三日，“征南将军”穆占率部进至江西的永新，矛头直指接近江西省前湖，南的茶陵。茶陵是江西门户重地，“江西通省，所系维在茶陵”。
夺取了茶陵，就可以扩通去湖南的道路。吴三桂于十一月六日进驻衡州（湖南衡阳）。茶陵在衡州的东面，两城相距较近，有水路通往甚为方便，从茶陵乘船，顺流而下，经攸县，进入湘江，转向南行，便可以直入湘江之畔的衡州。故而先取茶陵，就直接地威胁到吴三桂的重镇衡州。十一月十四日，穆占领兵从永新县进兵茶陵，守城的吴军已经弃城逃走，清军不战而占据了茶陵。穆占得此城后，立刻命令都统宜理布等马不停蹄地进兵追剿，这时吴军已跑到了茶陵北，洣水岸边的攸县城，据河岸迎战清军。宜理布挥军奋力猛冲，夺取了城门，吴军又弃城而逃。这次战役歼灭吴军4000多人。吴三桂失去了茶陵、攸县后，很快地陷入了困境，“馈饷不给，军士胥怨，民多远避”。十二月十四日，都统觉罗画特等率部攻克了湖南北部、邻近江西的平江。平江地处岳州和长沙之间，清军可南可北，从中可以截断吴军南北联系的通道。
清军从茶陵、攸县打开了从湖南的东南部进兵的缺口，为迅速扩大战果，加大进兵的缺口。穆占据茶陵、攸县后，又进兵攻克了茶陵南面的酃县，斩获吴军的总兵、副将等10多员。到康熙十七年（1678年）四月前后，穆占连续攻克湖南的彬州（彬县）、桂阳州、兴宁（今资兴）、宜章等城镇，招抚了吴将总兵官王育民等人，收复了临武、蓝山、喜乐、桂阳（前一桂阳为州，后一桂阳为县，今汝城），桂东等五县，再进兵到永兴。茶陵等十几个州县都在湖南东部、东南部到南部地区，已联成一片，与江西、广东、广西各省接近，道路已经打通，清兵可以畅通无阻地由这些省境源源不断地进入湖南。清军对已占领的这十几个城镇，决心固守，统帅部不惜派驻重兵，这对即将发起向湖南的总进攻是非常重要的。考虑到茶陵为军事重地，将军穆占特派驻满汉官兵，“有满兵每佐领4人”和总兵官赵应奎与穆占新率领的湖广绿旗兵，还留下简亲王喇布兵的一半，为数不少，约计1万多兵马。对其余的地方也都拨出强兵劲旅据守。
清兵已在湖南东和南部开辟战场，建立了稳固的据点，正在衡州的吴三桂已自在清军的进逼之中，吴三桂的危亡正日益逼近。
吴军动摇清军招降吴三桂在军事上的接连失利，导致了内部军心动摇，士气低落，内部核心不和，互相倾轧。吴三桂的心腹大将高大节，跟韩大任之间的矛盾，最终导致兵败，或死或降。
高大节十分骁勇善战，通晓军事，所率部卒都是精兵，临战向来是以少胜多，是吴三桂的一支劲旅。康熙十五年二月，他奉吴三桂的命令，率数万兵马进攻江西重镇吉安，仅数日便将吉安攻陷。因吉安对清军“关系最重”，康熙严令夺回。清重兵攻吉安，高大节“死守”，到六日，清军“尚未克复”。一次高大节仅率百余骑出战，竟把清军杀败。
高大节能战能守，不愧称一骁将！与高大节形成对照的是，吴三桂的女婿夏国相防守萍乡，于康熙十五年二月十六日，破安亲王岳乐统帅的满汉大军速破吴军12寨，歼灭吴军1万多人，他本人弃印败逃，将萍乡丢给了清军。夏国相失去萍乡这一战略要地，损兵折将，弃印而逃，本当重治其罪，吴三桂竟宽容，仅削去两级了事，引起内部的强烈不满。
高大节与韩大任之间的矛盾日益尖锐，韩大任因献媚有功，被吴三桂晋升为“杨威将军”，其地位与高大节相当，高大节深感受辱，郁郁成疾，不久便病死在吉安。于是，韩大任独掌了吉安的兵权。
韩大任掌握了吉安的大权后，每天以诗酒自娱，对军事只字不提。清军为了夺回吉安，简亲喇布率领江西总督董卫国等10万大军围困吉安，韩大任害怕清军的势大，不敢出战，闭门坚守。
吴三桂得知吉安被围，急忙派遣大将马宝、陶继志、王绪率9000人马赶赴增援。马宝先派人，混进城中，通报援兵的消息。韩大任说，“我听说马帅已降清，你来真伪不可知。”来人说：“马帅已虑及此，临行嘱我以‘棒槌’两字示信”，韩大任沉默良久才说：“马帅如真来增援，可到城下，免去胄帽，有头发在，我当出面会他。”马宝进兵因受江水的阻隔，不能到达城下，而城中却寂然无一炮相应，马宝疑感，不敢再摧兵前进，便撤兵后退。清军乘机追击，先攻王绪的大营，马宝和陶继忠挥军救援，却被清军击败，救援无效，便退回湖南去了。
马宝等吴军援救失败，而在其他战场上的吴军也日益吃紧，无法再向吉安增援。吉安属于要地，如果失守，将对吴军产生严重的影响。而吴三桂非常忧虑，无计可施，让其一天天拖下去，而韩大任及其将士却天天盼望救兵，终不见一兵一卒。清军将吉安城重重围住，但却攻不进去，就以断其粮饷相持。清军将吉安围困已达200多天，吴三桂无法救，城内的粮饷早已断绝，将士饥饿，眼看支持不下去了，韩大任决计弃城逃走。康熙十六年三月二十一日夜，韩大任率残部悄悄地出了南城门，渡白鹭州，然后发射大炮，击鼓，清军以为吴兵劫营，各营兵士惊扰，惶乱不安直到天亮，才知道韩大任已弃城逃跑，清军惧怕韩大任的兵精，不敢追剿，任其逃走。康熙得报，以为韩大任是吴三桂的要人，紧急指示简亲王喇布等堵截，一定要将韩大任剿灭。
康熙十七年正月二日，在江西地名为老虎的地方，韩大任被追剿的清兵击败，伤亡6000多人，营寨被清兵烧毁、总兵、副将等300多员被扑杀。这时韩大任力竭势穷，听从了属下的幕客孙旭的劝告，决定到福建康亲王杰书军前投诚。二月间，韩大任和属下部将陈尧先、李懋珠等率官员954员，兵卒1．3319万人到福州，归顺了清军。三月，清军又在万安、泰和等地歼灭韩大任的余部4万多人，招抚了总兵邱大成等300多员，兵丁4．6万多人。
韩大任携万名精兵和大批军用物资降清，清军又招抚了他的部众4．6万人，总计近6万兵马，骁将和统帅之一的高大节又忧郁而死。这对吴军来说，都是个极大的损失，这标志着吴三桂集团开始分崩离析，从此便急剧地走了下坡路。
长岳决战吴三桂归天长沙、岳州决战，是关系吴三桂政权生死存亡的关键之战，清廷能否最后歼灭吴三桂，重新统一全国，也取决于这次战役。所以长、岳之战，无论是与清廷和吴三桂，都具有非常重要的战略意义。
长岳大战，从其酝酿、准备，到爆发，确实是经历了数年之久。
吴三桂占领湖南后，就以常德、长沙、岳州、湘潭、衡州为五个战略据点，其中又以长沙、岳州为战略的重点，派出精锐重兵驻守，各达7万多兵马。特派他的侄儿吴应期驻守岳州，抗拒江北荆州的清军；大将马宝等守长沙、萍乡、醴陵，以拒江西的清军。后以衡州为都城，其心腹大将女婿胡国柱、夏国相、吴国贵等都聚守衡州，吴三桂经常地去长沙坐镇，以坚其将士守御之志。
岳州位于湖南东北部，隔江和江北的湖北省相望，占据着战略位置，长沙是吴军的粮食基地，岳州等处的粮饷“全赖长沙水陆运送”。吴兵的水军所需的乌机船也在长沙制造。岳州与长沙互为依存，皆不可失。吴三桂对长、岳两城时刻给予关注，以两地恃洞庭湖和湘江之险，有水陆之便，设水师、列象阵，与陆军相配合，备有大量的火器、火药，掘重壕，挖陷坑，设水桩，构筑坚固的防御工事，以护卫全城，吴三桂尽一切可用的手段来不断的加强长、岳的防御，自视为固若金汤，坚不可摧。吴三桂不想渡江北进，想以湖南为根本，要想固守湖南，就必须拼死守住长沙、岳州。
清政府则派重兵坚守荆州，并以荆州，襄阳，宜昌、武昌等处为重点，厚集兵力，迅速的沿长江布防，阻止吴军北上。当吴三桂驻足湖南后，康熙就很快的看出了吴三桂的战略意图，指示：“岳州、长沙势如两足，此蹶则彼不能独立”。他特别重视岳州，说：此城是“湖南咽喉要地，必此处恢复，则长沙、荆州之兵始能前进”。早在康熙十三年六月，他就一再的指令清军的统帅“速取岳州”。
但是战争的发展，很快就证明了，欲速则不达。康熙急于同吴军决战，速取长沙、岳州未免求胜心切，操之过急。虽说他的见解是正确的，可是脱离了实际，因此决战之日迟迟未到，却是一拖再拖。实际情况是，他所任命的清军统帅却是皇族贵胄全无实战经验，临敌怯弱不敢战，八旗兵久不参战，一时不适应突然到来的战争。再者清军兵力不足，大批的援军来到，粮饷未集，无法同兵马众多的吴军相匹敌，吴军正处极盛之时，兵锋锐不可挡。如果当时按康熙的战略决策进行决战，恐怕清军只能招致失败，遭到巨大的损失。
此后，康熙虽然反复向前线的统帅阐述他的战略意图，始终以攻取长沙、岳州为重点，但到决战前，除了康熙十三年七月发动了一次略有小胜的进攻岳州的战斗外，直到康熙十五年三月才对岳州进行第二次进攻。三月九日，大将军贝勒尚善率水陆大军攻取岳州，清兵水师舟舰进入洞庭湖，吴军水师拥腙数百只，横列南浔、君山等处迎战，被清水师击败，君山落入清军之手，逼岳州城下，又击退来增援的吴军，缴获吴水军船50只。十八日，顺永郡王勒尔锦与诸大臣统率满州、蒙古、汉军、绿旗兵数万出发，至文村，渡过长江，吴军人少，见势弃营逃走，在石首虎渡口焚毁吴军营寨二座，水师逼太平街泊营。二十七日，与吴军激战于丰州（丰县）太平街，吴军被击溃。此时，吴军因调往长沙增援，岳州一带吴军兵力单弱，如清军乘势猛攻，可以收到长驱直入的效果。但是清军渡江后，迁延不进，又不力扼虎渡口，给了吴军可乘之机。吴三桂很快从松滋调来援军，勒尔锦惊荒，丢弃太平街不守，又以暑天为借口，急忙率部退保荆州，尚善的水师也没能断掉吴军的饷道，江湖险隘之地，又为吴军所据有。
经过两年多的准备，清军对岳州发动过两次进攻，都因为岳州防守坚固，没有取得突破性的进展，无功告退。在这期间长沙属于腹地，清军还没有力量去进攻它，直到对岳州第二次发动进攻之前，才首先发动了对长沙的进攻。康熙十五年二月十五日，安亲王岳乐帅大军攻克了萍乡和邻近的醴陵，长沙近在眼前。康熙指令“乘胜直取湖南”，进取长沙。他料定吴三桂必增调援兵固守长沙，其它地方的兵力不足，可乘隙速取岳州，没料想勒尔锦等竟在岳州城下失利。康熙只好改变战略决策，命令尚善分兵由通城陆路增援，会合岳乐攻长沙。尚善委派副都统阿进泰率八旗骁骑兵800、蒙古与绿旗兵各500名共1800兵马，于四月二十六日从通城出发，前往长沙。在安亲王岳乐近逼长沙的同时，另一支清军正在围困吉安。吴三桂急从松滋率诸悍将到长沙增援，他的意图是先击攻岳乐，然后增援吉安。
岳乐的兵马扎营在长沙东、官山的后面，官山在长沙与浏阳之间。自城北跌佛寺后面布阵，到城西南，成半园形，分兵19路，绵延数10里。吴三桂的兵马出城西布阵，结营岳麓山，横区数10里，军容之盛，为近古所未见。吴三桂坐在谯楼上，亲自观战。战斗开始了，吴三桂的大将王绪率先出阵，冲入清军的阵营中，清军分兵合围，把王绪的数千人马围了数重。吴军的旗帜已淹没在数万清军包围之中，也听不到击鼓鸣金声。城上的吴军官兵大惊失色，连吴三桂也很惊荒，以为王绪和他的部众全军覆没。正在惊疑不定，忽听交枪连发，就象急骤的鼓声，白刃排空，涛翻雪舞，喊声振动天地，只见清军的骑兵纷纷落马，王绪和他的将士奋力冲杀，锐不可当，清军无人敢抵挡的。吴三桂的侄儿吴应正，大将马宝、夏国相等一齐冲出搏战。正在酣战中，吴应正忽然中流矢落马，夏国相力战，把他救起回营，清军乘势追至城下，忽然冲出一队巨象，把清军的攻势冲跨，冲到前面的清军骑兵都被象群踩在巨掌之下。清军见势不利，纷纷败退下来。原来吴三桂事先在城下设下埋伏，一群40多头大象伏在山冈下，若清军冲来，即让大象冲击。清军没有提防，吃了大亏。这场血战持续到中午，忽然天降大雨，双方才各收兵而退。吴三桂的本意要气吞官山，先以19路对阵，余驻岳麓，如前军不胜，后军继之，必平官山的清兵而后已。不料吴应正受伤，天又降大雨，吴三桂只好下令收兵回城据守。
这次战斗，双方各投入兵力达10万之众，吴军三路得胜，其余两方死伤相当。清军失利，不敢进攻，便扎营掘壕，与吴军相持。
据安亲王岳乐报告：清军于四月开始围困长沙。但实际上，并没有把长沙围住。一是兵力不足，无法把长沙的7万吴军围困起来；二是吴三桂把大批的战船调来长沙，占有水上作战的优势，而清军连一条船只也没有，岂能破敌。
为了打赢长沙、岳州这场战争，清廷不惜一切代价，在长沙、江宁等地制造大批的船舰，又从蒙古、京师等地征调了众多战马和红衣炮等军用物资。除了源源不断地供应前线军需，又陆续从其他战场增调兵马，投入长、岳两处。当陕甘叛乱一平定，康熙就令穆占率西北兵马万余人，速赴湖南。穆占奉命疾行，于康熙十五年十二月抵达荆州，大将军勒尔锦又增拨在荆州的满州、汉军、边外蒙古、绿骑兵共6000多人，率领赴岳州、长沙。次年正月十一日抵岳州，二十二日由岳州赴长沙。
同年二月初，调都统鄂鼐，付以“讨逆将军印”，令其统率舟师赴岳州。
经数次的征调，清军在长沙及其邻近地区已经集结了近10万人马，与吴军的人数大致相当，略占优势。
清军分布在岳州、长沙等地，战马、舟船、火器等兵马已备齐。康熙下命令，催促向岳州、长沙发起进攻，康熙十六年五月三日，清军的水师进入洞庭湖，将军鄂鼐率大军驾驶战舰200多只，直越吴船，进入君山（位岳阳西侧洞庭湖中），吴军水师出战迎敌，双方连续激战数日，清军不能突破吴军湖上的防线，被迫撤退。这次水战，再一次证明岳州吴军防守相当严密，清军仍不得尺寸之功。
吴三桂很清楚清军的意图，必取长沙、岳州。这两城相依为命，彼此互相依赖。他知道如果长沙失地，岳州的饷道断绝，孤立无援，势难自立；如失岳州，清军就会水陆齐进，势哪破竹，长沙不能久存。因此，每逢长、岳两城受到清军的攻击，他就不惜从别处调来大批援军，竭全力保固两城。他采取的另一战略是，以重兵出击，攻占了醴陵，窥测萍乡，切断岳乐兵马的后路，迫使清军从长沙撤出应援，以减轻清军对长沙的军事压力。另遣一军攻取吉安，占据江西与湖南的门户。
康熙识破了吴三桂的战略意图，一再指令清军收复醴陵、吉安，固守萍乡。双方应在这几个战略要地展开了反复的争夺。吴三桂又派精取广东的韶州、广西桂林，其目的是诱使清军兵分各地，借以保护湖南的后路。他的这一策略，使清兵疲于奔命，不得不从长沙战场分出一部分兵力应援。穆占奉命到乐昌等地，以切断进犯韶州吴军的后路。岳乐则分出一部分兵力防守不久刚收复的醴陵。战马不停地奔驰、战斗，极需休整，穆占获得批准率部到袁州养马25天，然后即奉命剿灭正在逃跑中吴三桂的大将韩大任。清军的兵力已分散在各战场，不能聚结兵力进攻长沙和岳州。岳乐请求增派战斗力较强的绿旗兵，先取岳州，再由水路进兵长沙。但是绿旗兵已没有能调之兵。因此只得暂时放弃取长、岳、分兵进取长沙以南湘潭。
从康熙十五年到十七年，双方的战斗日趋激烈，特别是在康熙十七年的上半年，争斗尤为酷烈。清军进入湖南的东部和东南部，先后攻占了茶陵、攸兴等12座县城。又在湖南东北攻取了平江、湘阴。康熙十七年三月，穆占率兵攻下彬州（彬县）、永兴、以数万兵马由永兴北上直取来阳，进逼衡阳。
此时吴三桂正在衡州，急命骁将马宝率部迎敌，他的兵马行至永兴以北60里，在盐沙岭设伏以待，清军毫无觉察，大队的兵马进入谷口，吴军伏兵四起，谷口被堵住，在岭上安设火器，猛烈地轰击。清兵进退不得，又不能驰驱，无法还击，听任吴军攻杀。吴军大获全胜。清军伤亡1万多人，都统宣理布、统领哈克三被击毙。吴军追到永兴，晚上渡过来水，在永兴城下扎营，虚张声势，仅以少量兵马立营，而以大队人马潜袭彬州。驻扎在彬州城外河南岸的清军大营被攻破，前锋将领硕岱、副都统托岱失利，退到彬州城，硕岱撤向永兴去了。吴军在一些战役中打了胜仗，暂时缓解了日益危机的局势，但是总的趋势不容乐观。吴三桂作为总指挥，以他的军事实践经验，比任何人都清楚目前的严峻形势。他不能高枕无忧，他愤于各将领争战不力，他或冒酷暑，或顶寒风，来往于各个战场，亲自调兵遣将，有时亲临战场，指挥对清军的战斗。在吴军失去吉安后，清顺永郡王勒尔锦率大军直逼长沙城下五里山扎营，吴三桂愤极，亲自临阵督战，没有成功，自家兵溃，往城里逃。幸亏在城下埋伏了6头大象，纵之出城，清军连同战马惊荒，不敢上前追击，慌忙退却。吴军的士气低落，连吴三桂也指挥不灵。在这二三年中，他北到松滋，窥视江北；回师长沙，率领兵马解围，“死守湖南”。康熙十六年四月，他率众去衡州，部署作战，九月他又到了湘潭，部署进攻广西；十一月又去了衡州。
吴三桂奔波于各个战略点之间，虽然一时奏效，却无回天之力。吴军的形势，如江河日下，不可能重振雄风了。
表面上看，岳州、长沙的防御坚固，似乎是无懈可击。然而大批大批的清军一天紧似一天的逼近，吴军在军事上一连窜的失败，给吴三桂广大将士的心灵上笼罩一层阴影，他们各怀心腹事，情绪异常低落。这些都是产生猜疑的土壤，猜忌一旦产生，就势必引为内江，加快了瓦解自身的组织。吴军守岳州的大将吴应期，妄自尊大，贪婪无比，克扣军饷，饱入私囊，引起部众和岳州城中的百姓无比的愤慨。吴军水师大将林兴珠，精通水上作战，因吴应期对其傲慢无礼，投顺了清军。安亲王岳乐等又针对吴军内部相互猜忌，屡设反间计，吴应期不变真假，抓住假证即杀，更引起部属惶惶不安，人人自危。清兵围长沙，断其饷道后，岳州失去了粮食供应，粮食一断，饥饿立即来临，挨饿的兵士想法逃出，没逃出的，也奄奄得毙。岳州危在旦夕。
清军对岳州在实行军事进攻的同时，又不断展开了政治攻势，向吴三桂的将士和被占地区的百姓发出告示，陈述形势，公布清廷的招降政策，指明出路。对吴军的广大官兵产生了极大的影响，增大了吴军内部的离心力。岳州吴军的总兵官陈华、李超等先后向清军投诚，其后，“陆续投诚”的络绎不绝。清廷克取岳州的条件与时机已趋成熟。
林兴珠于康熙十七年三月降清后，立即献出破岳州的策略。他根据清军的船舰较多，提出分一半战船停泊君山，用以切断常德的道路，其余的船只停泊香炉峡、偏山、布口袋诸处，沿九贡山陆路立营，截断长沙、衡州的通道，可阻塞岳州吴军陆上的交通。即使城中有粮食，而薪刍器用必致缺乏，可以不战而使吴军毙命。安亲王岳乐将此水陆布署向康熙报告，当即批准，特别嘱咐：水陆大军进攻岳州，既克之日，乘虚速取常德、醴州等城，“勿令贼得为备”。
清军即按上述方略布置，并于五月十八日由“安运清寇大将军”尚善、湖南总督蔡毓荣、提督桑格统帅水师，浩浩荡荡地驶入洞庭湖，发起对岳州的总进攻。数日来与吴军水师对抗，经过大小战斗10多次，屡次挫败了吴军。六月三日黎明，吴军的水师乘风而来，攻击柳林嘴、居山两处清军水师。清军各路战船一齐出动，分头给予迎击，火炮不断地击沉吴船，擒杀吴军的将领和士兵，终于将进攻的吴水师击退。
在对岳州发起总攻击的前夕，清军统师部加紧做瓦解岳州吴军的工作，争取更多的吴军将官兵士投诚，以减少清兵进攻的对抗力量。他们“大出告示，广布皇仁，更屡次密书悬置高脚庙地方”，向据守此地的吴军水师将官陈碧等人“晓以大义”。他们还请陈华、李起等已降清的吴军将领直接到城下，“高声传喻”清廷对他们的政策。陈碧认真考虑后，决定投诚。同时又有吴军的兵士及家属1000余口背吴投清。
到康熙十七年七月，清军水陆围困了岳州，而九贡山尚未立营，吴军仍然往来这个地方，以采柴木。康熙派到清军营下督察军事的詹事宜昌阿报告说：“如岳州不下，长沙无船可用，而荆州的清兵也不能渡江。应固守长沙、荆州，调余兵困岳州，使之内外不得通，断其樵采，吴军困穷，约十月内外，似可克复”。康熙指示：“岳州为湖南咽喉要地，必恢复此地，围攻长沙及荆州的兵始能前进。大将军顺承郡王所部兵数不少，攻取岳州，“事关紧要”，再增助围，原调江西的陕西兵攻赴岳州，河南巡抚董国兴可遣标下兵1500人、安徽巡抚徐国相遣标下兵500人，令贤能官统领，都赴岳州，还有原军4000人也同往岳州。此诸路兵抵达，可于九贡山设一营，只要有机可乘，即进兵攻取”。
尽管康熙在岳州集结兵力达到六七万人马，战船准备数百只，军需山积、粮饷充足，可是岳州还是迟迟攻不下。到了八月，康熙看到各将军“破贼无期”，又担心满旗士兵不耐水土，因而挫伤士气，再也按奈不住，说：“今日之事，岳州最要。不可可速行攻取”。提出他要亲自统率六师，“躬行伐罪”。但是议政王大臣不赞成康熙亲征，极力阻止。这反映了康熙对他所遣将领不用力攻战的不满情绪，不久吴三桂病死的消息传来。康熙立即指示前线各将军：吴三桂已死，“贼必内变”，各路大军要时分路进剿。
清军从五月进入洞庭湖，到九月初，已有三月有余，虽小战多次，吴军并没受到多大的挫折，但不敢倾巢出战，而清军仍没有把城紧紧围住。问题是，清军将领临阵怯弱，不敢迎战。九月初，一队吴军乘船反20多只。赴湘阴取粮食和火药，经过清军副都统德业立和提督周卜世的防区，有战船130只，竟不敢击，任其出人。
十月二十二日，吴军水师将军巴养元、姜义等人率战船250艘，进攻陆石口，被清军击败；二十九日，清军进攻岳州，击破吴军1万多人。吴军出击的目的，是想打通道路，取得粮饷的支援。九月初吴军虽取粮成功，但据投清的吴军兵士说，取得的粮食也只能支持到十一月。在康熙的严督下，清军水陆两面加紧了对岳州的围困，断绝岳州的粮饷。湖广总督预先购买了数千根木头，打桩做牌，拦截上流，御防吴军水兵的出入。岳州城内粮食的来源已绝。十一月份，岳州吴军水师倾巢出动，意在疏通粮道，进攻柳林咀，双方激战不休。另有一支5000吴军从陆上进攻，从高家庙渡口进攻陆石口清兵的营寨，清军奋力阻击。由于清军在湖上频繁地出战，火炮损失颇多。“安运清寇大将军”贝勒察尼要求增拨江南子母等炮1000门。在高家庙、君山陆地设营，应调荆州水师营总兵张忠及其标下兵赴岳州。清廷一概应允。洞庭湖每年到冬季水量减少、干涸，部分湖殷露出陆地，不能行船。清兵以水陆相接，因湖水干涸，清军的营寨彼此隔绝，兵力又感不足。察民又要求增兵支援，议政王大臣不同意增派兵马，而康熙为了攻取岳州，仍然同意了察尼的要求。指令将岳乐增援永兴的兵马每佐领出2名可撤到岳州，长沙方面的战事稍缓，可发每佐领兵二三人增岳州，江西总督董卫国标下官兵可选调2500人，就进由铜鼓入武昌，赶赴岳州，立营于要地，都归察尼指挥。江西总督董卫国回奏，自己原率标兵5000，再调江西各营的兵马数千增援岳州。康熙嘉许。这次陆续调清兵总计1．8万人，看来康熙是不惜一切代价，把各地的兵马倾注于岳州一地，以求全胜，至此，岳州已集结清兵达10万左右。
康熙十七年十二月，吴军援兵救岳，“势甚猖獗”，但因清军水陆封锁严密，“不能飞渡”，于是败回，“而岳逆在城饥饿日甚”。根据随军的官员宜阿昌的报告，清军已截获的吴应期和各处往来的文书，内容却是呼叫救援，运送粮饷。都足以说明岳州城中的粮食已经断绝。从岳州“相继归诚”的吴军将士也证实岳州城中绝粮的悲惨境况。吴军将士继续潜逃投诚清军，到年底，岳州城内吴军的游击刘鹏等文武官员75人接受招抚，投奔了清廷。
吴应期所属的将士大量叛逃，致使岳州吴军的军事力量正在迅速的土崩瓦解。他已感到不能再支撑下去，但也不愿束手就擒，唯一的办法，只有逃跑。康熙十八年正月十八日，天还没亮，已经约降的吴军将士及家属约数千人，分乘乌船10余只，小船30多只，在前去接引的清军将士的引导下，开到高脚庙一带登岸，众多的清兵事先已在岸上站队迎接。同一天归顺的吴军，还有总兵官王度冲、将军陈珀等，各率舟师来降。当日夜晚，只见岳州城中火光四起，“贼众沸腾”。原来吴应期，在下午四、五时率领余部约数万兵马出城，丢弃了岳州城，向东南方向逃遁。清军急忙追赶200多里，因没有携带炊具而还军。正月十九日早，蔡毓荣、桑格等率领清兵浩浩荡荡地开进了岳州古城。
岳州这座坚城，在吴军固守下，历时五年，终被清军收复。岳州的收复，虽说是件喜事，但是康熙并不那么高兴。因为他数年来都一直在关注岳州城的收复，而他的将领们却迟迟地不敢进兵，致使这个胜利来得太迟了。他很清楚，为了岳州，他投入了这么多兵力、财力，竟没把城攻下，而是叛军主动的撤离，竟让吴应期率余部逃跑了，不过是得了座吴军“所弃之空城”罢了。为此康熙极为恼火，斥责贝勒察尼失计，竟让吴应期率数万人马，在清军的眼皮底下逃跑了！使这支有生力量没有被歼灭，势必加强了其它战略据点的防御，将给清军下一步的行动造成很大困难。但是岳州的收复，毕竟使清廷得到了一个战略要地，对全局的影响却具有重大的意义。
收复湖南、四川吴三桂死后，吴军的众将公推吴国贵总理军务，其方略是专力保固云贵，但也不能轻易丢弃湖南，还在尽一切力量力图保住湖南。这对保固云贵仍然是一大关键。原望虽好，但却不能左右形势急剧的逆转。自吴三桂一死，吴军军心进一步涣散，愈发不可收拾。吴应期丢弃岳州，湖南的门户调开，时刻待命渡江的荆州清军于康熙十八年正月二十七日蜂涌渡江，千帆竞发，漫江而来。康熙下令展开总进攻，遂成破竹之势，吴军全线溃退。
吴应期自撤出岳州城后，率残部投向辰州，于此同时胡国柱也撤出长沙。率部退屯展龙关，与吴应期相犄角，企图力守。
吴军一撤出长沙，清军随之进城，清廷收复长沙。康熙指示：“贼失岳州、长沙诸要地，正当惊惶骚动之时，乘机进攻衡州，击灭逆贼，殊为要务！”他命令大将军察尼，发出水师营总后官等率绿旗兵3800、沙船100、快艇80只赶赴长沙。除外速发满州兵，多带船炮，尽快至长沙。他又给广东的尚之信发布进军命令：“乘此各路贼寇涣散之际，平定广西”。他要求尚之信、将军莽依图、舒恕、额楚、傅弘烈、总督金光祖等“勿失事机，速定广西”。下诏给江西省总督董卫国，率领所部兵马速赴大将军岳乐处，协力攻取衡州等地。
驻守荆州的清军一路由署都统多漠克图等率领度江，据守在大江对岸的太平街、虎渡口等处的吴军放弃抵抗，全都逃走。另一路清军由顺承王勒尔锦率领，较第一路清军晚二日，于二十九日渡扛，驻守之始，前队官兵分路追剿枝江、松滋、宜都（都在湖北境内，荆州上游，长江南岸），还有石门、慈利诸县与澧州的吴军，闻风逃跑，都被清军恢复，固守百里州（松滋附近），吴军水兵将官洪福率舟师投诚。二月十四日，清将勒尔锦到了澧州，遣派固山贝子准达等率兵进取常德。吴军弃城，在清军还未到之前，就纵火焚烧城中的房舍和船只，然后逃遁。十八日，清军进驻常德城。大将军简亲王喇布先后攻占华容、安乡、湘潭，二月七日收复衡山县，命令前锋统领希福等进攻衡州。守城的吴军闻风丧胆，吴将吴国贵、夏国相等自度难守，弃城而逃。十三日，喇布率领清军进入衡州城。这座曾被吴三桂即位时更名为“定天府”的行在，吴军固守了多年而一朝失去，没来得及逃脱的官员100多投降。清军占据衡州后，马不停蹄地由衡州继续攻占了来阳、祁阳，三月五日，再克宝庆（今邵阳市）。
从正月吴军撤出岳州后，湖南战场的形势发生巨大的变化，各地的吴军纷纷弃城不守，闻风就逃，其势如退潮，在不到两个月的时间内，自北向南，吴军毫不停歇的向后退却，而清军则马不停蹄地尾随紧紧追赶，几乎是兵不血刃，遭到一处，就占据一处。于是在湖南广阔的战场上，出现了一种战争的奇规景象：清军铁骑如云，玉轴相接，好似狂潮奔腾，疾风骤雨，盖天铺地地席卷而来；而吴军则是丢盔卸甲，溃不成军，急急如丧家之犬，狂奔逃命。造成这种局面，其根本的原因是吴军失去丁统一指挥，吴军的将帅已完全丧失了战斗意志、无心抵抗，于是清兵未到，率先逃跑。到了三月里，吴军的大将吴国贵、夏国相、马宝等自衡州弃城出逃，奔永州（零陵），被清军击败、又逃向新宁，再逃到湖南的西南部、靠近贵州的武冈，才得到了喘息，驻扎下来。清军继取永州，再南下取就永晚（江永）、道州（道县）、江华（永明东南侧）、东安（今东安南）等诸县城。
吴应期、胡国柱、王绪等经长沙一气逃到辰州、安营下寨，依险固守。这时吴军除占有辰州、武冈、新宁等地区外，其余湖南的绝大部分地区都被清军收复。
残留在辰州等地区的吴军余部处境十分狼狈，武器弹药缺乏，粮饷没有。据清军侦探报告说，逃到辰州的吴军约上万人马，大部分兵士无甲，仅有窝统四五千只，在此之前所备有的大炮、鸟枪、兴隆等炮都丢弃了。“军饷全无，新从云南发来的两船黄金，每名士兵应摊银五两，折合金子才四分几厘。差派城中的文武官员去乡下买粮，只能买到三五十石，每名士兵给粮二斗。他们的粮晌不足，特别是从云贵征来的苗瑶族士兵大为不满。每天晚上总有几十人，甚至上百人逃跑。吴国贵、马宝等诸将每天总是愁眉苦脸，叹息不已。军中将士都怨恨吴应期“将岳州大门打开”，致使清军势大难敌，吴军不断败逃。
吴应期等在辰州等诸城镇的驻兵，都结营在辰龙关到辰州之间，各据险要固守，陆续集结各处吴军溃散的兵马，巳达1．3万多人。吴应期等决意在这个地方固守，企图阻止清军进入云贵。辰州（沆陵）地接贵州和四川，位于沆江之畔，由陆路和水路可直通贵州。特别是辰龙关“乃通云贵的孔道”，此关一带，森林茂密，山高地险，人行不易，骑兵不能成列。辰龙关是辰州的门户，此关不破，就不能越过辰州。早在三月间，勒尔锦已经率部来到了辰龙关附近，但是看到群山林立，林深路险，不敢进兵，畏缩不前，又加上雨季的到来，便以此为藉口，“急行退还”，因而使吴军有了宽裕的时间从容部署，构筑防御工事，在这个地方稳定了局面。康熙对勒尔锦以及他派遣去攻取辰州的将领十非不满，下诏严历斥责。
到了康熙十八年七月，清兵仍旧没有攻取辰州。大将军简亲王喇布指挥属部，在辰州南的武冈，向据守在武冈的吴军发动了强大的攻势。吴军骁将吴国贵亲帅残部2万多人与清军抗争。喇布令穆占及其所部于八月一日先攻取新宁县，然后与大将军安亲王岳乐部合兵攻击武冈、枫木岭等处。他们知道吴国贵是一劲敌，不敢轻视，特集结优势的兵力；岳乐率每佐领各11人、绿旗兵1方人，约计1．5万人，简亲王喇布所部也不下2万人，总计近4万兵马。双方在枫木岭隘口展开了激烈的战斗，但吴军尚有战斗力，没能被击退，而是迎战向前，拼力厮杀。新降清的林兴珠和提督赵国祚等将领深知吴军的内情，他们亲率清兵奋力攻击，吴军终被击败。在枪炮相互轰击中，吴军统帅吴国贵误中冷炮，当即倒地身亡。吴军见主帅已死，无心恋战，弃武冈而逃。清军固山贝子“定远平寇将军”章泰（岳乐已调回京师，其职务由章泰接任）等率部追赶到木瓜桥，再次击败吴军。于是，武冈、枫木岭等地随之而被清军攻占。
接着武冈战役后，辰州的战斗也开始了，从辰龙关到辰州，再到辰溪（在辰州南），吴军沿着沆江分水陆两路固守。胡国柱原守辰州，不久又改调到辰溪驻守，吴应期仍驻守在辰州的来窑铺，其余的吴军将官杨有录、周祯、杨宝荫、祖述舜等各率所部兵马占据要地。为了迷惑清军，他们每天都变动驻守地，“迁移不定”。吴军逃亡情况严重，有的营寨的士兵都几乎逃光了。
清军占领了武冈，切断了辰龙关的后路，吴军非常惊慌。
康熙十九年（1680年）初，大将军察尼挥军向辰州发起了进攻。他指挥清兵从间道突袭辰龙关，关破为清军占有，清兵于三月十三日到了辰州城下，吴军争先弃城逃窜。知府傅祖录献关投诚，守辰州地区的吴军将帅都放下武器，各帅所部归降。计有：
“援剿右将军”杨宝荫标下将官28员，士兵1531人；
“定北将军”杨有录标下副将许龙、石恩2员，士兵1961人；
“亲军后将军”祖述舜标下5营总兵官肖伏成、尹宗仔、何可量、库大有、柳应春等5员、“援剿总兵官”候登甲、“戎旗”副将石虎等所部士兵计2146人，还有游击、守备官舒明申等44员、千总和把总计17人；
“水师在将军”周珍标下“戎旗右营”参将陈长、中营领兵官都司陈贵、左营游击郑防、右营游击等“食俸领兵官”39人、“食全俸随征官”96员、侯被文职兵备道周其泽等8人，总计军官143员、士兵3600人、家属1254人；
水师“右将军”标下中副将吕贵原带随行政都司、守备陈灿等3员、士兵627人；
辰州总兵张敬先标下参将郭海龙带兵950人；辰州水师副将刘顺等带兵400名。
以上，各级军官294员，士兵1．1201万人。辰州不战而降，吴军损失之重，于此可见一斑。
清军得了辰州后，大军继续南下，攻破了沆州（芷江），吴应期、胡国柱等败走贵阳。“枫木岭、辰尤关一经开辟，则滇黔势同破竹。”道路已经打通，清军就势不可挡地直取云贵了。
湖南全境收复，吴军的余部都已经逃到云贵去了，于是清军下一步的战略目标，立即就指向云南、贵州。
在扫荡湖南残余的吴军，追逐吴应期、胡国柱同时，康熙料到四川的叛军必然震惊，因而使不失时机的对四川的叛军发动了总攻击。
对四川总攻是从兴安、汉中开始的。康熙十八年（1679年）六月二十五日，康熙诏令清军大将速取兴安，平定四川。八月图海分兵四路：图海与将军佛尼勒由兴安出击，总兵官陈福亮为后援，驻守旧县关等地；将军必力克图、提督孙思克由略阳进攻，西宁总兵官朱衣客为后援，驻守西河等处；将军王进宝、汉中总兵官费雅达等由栈道进兵，延绥总兵官高孟为后援、驻守宝鸡；宁夏提督赵良栋等由徽州经巴都山出击。图海请定于九月四日四路兵马齐进，后改为十月初二日，先取汉中，康熙命令将军噶尔汉等自郧阳进取兴安。
张勇、王进宝、赵良栋这三员汉将，已威镇西北地区，他们所部的绿旗兵都是精锐。因而康熙就把最难征剿的四川叛军交给他们去攻取，且让其打头阵，而满兵随其后前进。康熙给张勇的敕书中说得很明白：“自古汉人逆乱，亦惟以汉人剿平，彼时定有满兵助战哉！”他所使用的政策还是入关前清太宗制定的“以汉攻汉”的策略、让英勇善战的陕西汉将及其所部去平定四川，而满兵则是“助战”。
早在攻取武冈、辰州和进剿四川之前，康熙就已经给吴三桂的核心人物王屏藩、马宝、夏国相、胡国柱、吴应期、郭壮图等人各写了招抚谕旨，强调：背恩反叛之罪在吴三桂，你们都是“附和之人”，朝廷愿意赦免和保全你们，同已降清的臭将一样“论功录用”，条件是必须归顺，接受清朝的名号。但康熙的如意算盘打错了，王屏藩等人非同其他人可比，他们都是和吴三桂结成了密不可分的联盟，在反对清廷的根本立场上完全一致，采取毫不妥协的态度。即使吴三桂已死，他们始终要坚持到底，直到他们彻底失败而罢休！他们既不投降，那么满廷只有把他们全部灭除掉。
在大将军图海的统帅下，清兵冒着严寒，四路齐发，王屏藩拥兵数万于兴安、汉中等地，实力较为雄厚，叛军吴之茂盘踞在松藩地区。十月下旬，王进宝率部攻克武关，二十七日追逐叛军，直到汉中。王屏藩引兵从青石关撤往广元。清军收复了汉中府。赵良栋率部收复了徽州，又在巴都山击溃了叛军，收复了略阳。康熙催令湖广提督徐治都率水师溯江而上，直取重庆，又增派总督杨茂勋与徐部会师，同力进剿。不久，清兵统帅图海奏报，兴安已被清军收复，吴军总兵王永世率部献关投降。
兴安、汉中收复后，康熙即刻发出命令，各路兵马速进入四川围剿，特授提督赵良栋为“勇略将军”，以重事权。
康熙十九年正月初，赵良栋率兵马1.1万人，直逼成都，而王进宝部已于年前十二月分兵三路，进逼保宁。两位汉将一路势如破竹，迅速前进。赵良栋的兵马八日到达绵竹，叛军“劲武将军”汪文元献城投降。十一日到了成都郊区，叛军巡抚张文德率领文武诸官200多人迎降，清军进入城内。王进宝军却一路遇到了叛军的顽强抵抗。卫屏藩、吴之茂、陈君极等将领都坐镇保宁。王进宝兵马到了距保宁城20里的地方，占据孔道安下营寨。正月十三日，王屏藩出动兵马2万多人向清军进攻。王进宝分兵迎战，大败叛军，一直追到锦屏山，攻破了叛军的营寨4座。叛军追到宝桥，王进宝率兵再次发起进攻，夺桥斩关，一涌而进入城中。王屏藩和他的将军陈君极走投无路，自缢身亡。其余的叛军将官吴之茂等3人及总兵郭天春等17名将官被清兵活捉。康熙命把王屏藩、陈君极的头颅割下，并同被俘虏的叛将吴之茂、韩晋卿、张起龙等首要人物立即解送北京。
三月，这一行囚犯押解到了北京，康熙立即作了处理：将吴之茂、韩晋卿立即凌迟处死，割下首级，与王屏藩、陈君极的首级一起悬挂城门示众。张起龙原为吴三桂旗下属员，赦免一死，命他去云贵招抚，以赎其死罪。
再说四川的战事，继攻克保宁城之后，王进宝率部于同年正月十八日抵达顺庆（南充），叛军知府彭天寿率部出城迎降。于是，蓬州、合州、广安州、岳池、西充、邻水、营山、遂宁、渠县、蓬溪、仪陇诸州县相继而定。
湖广提督张治都的兵马也取得了重大的胜利。康熙十九年二月一日，徐部兵马到了夔州，守将刘之卫，总后瞿洪升等献关投诚。十三日，据守云阳的谭洪以及、“左将军”谭天秘率部属到徐治都军营前请降。十六日，另一支清军到了重庆。叛军没抵抗，守城的文武大员出城迎降，接着达州、太平、南江、东乡、安岳、新宁等州县，的叛军也随之降清。叛军将领杨来嘉、彭时亨等人各派员到清兵营寨缴印投诚。
四川古称天险之国。山险谷深，道路险阻，进兵不易，出兵亦难。因此康熙在先置四川的叛军而不问，首先解决陕西和江西、福建的东西两翼，然后再倾全力而突击湖南主战场，待湖南全境即将收复，就即命将率师入川。乘清军大胜，吴军节节败退的有利形势，一举收复了兴安、汉中，再深入四川内境，除个别的地方遇到抵抗外，其余所到之地皆降。于是四川全境，重新回到了清廷的手中，这给清军兵进云贵，提供了一大方便条件。
清军乘胜入云贵云贵之战，康熙十九年（1680年）三月，清军大将赵良栋奏请以湖广、广西、四川满汉大军分三路进攻云贵，约期八月底，各路兵马并进，直捣云南。清廷接受了他的建议，立即按此议命官选将，调遣军队。
夺取云贵，是清廷平叛的也是最后的关键性的一战，此次战役势必会遭到吴世藩集团的拼命抵抗，如仍然依靠皇室贵胄来统帅清军，很难完成这一战略任务。鉴于以住一些将帅征战不力，为夺取这场战争的最后胜利，必须对原将帅进行调整，重新选择新的将帅，因此康熙经慎重挑选后，任命担当三路大军统帅的是：
第一路即中路，大军统帅是“定远平寇大将军”贝子章泰。章泰曾随大将军贝勒尚善，参赞军务，以敢战善计谋屡立战功，康熙十八年十一月，清廷命安亲王岳乐解印回京，即以章泰接替岳乐，命为“定远平寇大将军”，由他接任岳乐的职务。其次是湖广总督蔡毓荣，于康熙十八年十二月被任命为“绥远将军”，总辖常德、武冈等地所有各省调拔的官兵及湖广全省绿旗兵马。总督董卫国、固有德、提督桑额、赵赖、周卜世，俱听其节制。湖南现有的文武百官听其遴选，携赴军前听用。有功者，可“具疏奏闻”，论功行尝；如有临阵退缩、运粮违误者，副将、知府以下各官“即以军法从事”，副将以上各官，“可指名飞章参颏”。此路大军都到湖南的沆州集结，由镇远一路，取贵州。总计兵数，“每佐领20人有奇”，再加上蔡毓荣和董卫国等总督及提督所部，兵数“甚多”。
第二路统帅为赖塔。吴三桂叛变时，他以都统被援为“平南将军”，先到浙江平叛，后又到福建、广东等沿海地区驻防，屡次立下战功，为清廷所赏识，康熙十九年（1680年）九月被援为“征南大将军”，统领广西满汉大军和选取驻广州清军的精锐，原属平南王藩下的部分官兵，由广南宁出师，速取云南。
第三路统帅为“勇略将军”赵良栋。他以“勇略茂著，操行廉洁”，深得清廷赏识，康熙十九年正月末，被授予云贵总督仍兼将军，统领四川和陕西满汉及绿旗兵，由四川分两路进兵，先取遵义，后取贵州。
三路大军总计40多万，清廷动用如此之多兵力，倾注于云南一隅之地，其意必欲踏平吴世瑶固守下的昆明，云南是吴氐政权的根本，其兵力多于贵州。但由于多年的征战，加之最后的大溃败，伤亡、逃走的，还有被招抚投清的，为数颇多，致使吴军兵员损失相当严重。从湖南撤回的兵员寥寥无几，而一直驻守在云南的吴军，不断增援到前线，不足之数，由当地的壮丁补充。到全线溃退时，守云南的吴军进一步的减少。情廷的40多方兵力对吴士蹯的寡兵，真是以石击卵，岂能不破吴士瑶的最后顽抗！
经过充分准备，并制定了攻取云贵的基本战略后，康熙十九年九月二日，康熙下达命令，各路大军“如期进剿”。湖南一路的统帅大将军章泰上谕报告，他所属兵马已完成了在沆州的集结，决定由蔡毓荣等统帅绿旗兵，兵分三路准备在九月十二日从沆州起兵，他自己所率满汉士兵于十八日随后启程，同取贵州。”清廷批准了他的进兵计划，同时通知广西、四川各清军将官、总督等出征的将军，“俱令如期速行剿贼”。
正当清军“士奋马腾”、将要出师时，突然从四川传来发生叛乱的消息。原来，郭壮图等得知清军即将进剿时，便挟吴世瑶进屯贵州，以拒清廷的大军，并遣派吴军的大将胡国柱、马宝，夏国相、高启隆、王会等人，突袭四川，目的是牵制清军，分散清军的兵力，使之不能进兵云贵。四川的清军猛不及防，连失泸州、全州、怀仁、建昌、永宁等县城。已经投降清廷的叛将谭洪、彭时亨等乘机再次叛变，夔州府的百姓也随之而叛，谭洪一时得逞，率众到巫山，固守万县。
四川的形势出现反复，使清廷感到吃惊，担心四川的叛军若与贵阳的吴军“合势”，一旦“猖獗”难以制服，势必就推迟了清军进兵云贵的战略决策，清廷对此不敢轻视，速令四川的官兵进征，又急忙从进剿云贵的大军中抽调部分兵力扑灭叛乱。赦令徐治都等将官会同将军葛尔汉等部“连赴夔州”，执行“剿贼”任务，另遣将军王进宝等住镇“要地”保宁地区，兼守汉中诸处。康熙起初以为谭洪等人成不了什么气候，“不日歼灭。”但是实际情况却较为严重。谭洪、彭时亨在攻占了永宁各处后，又攻陷了涪州，两军会合一处，继而进到保宁附近地区，切断四川的饷道。清廷又急忙派遣陕西总督哈占速赴保宁。哈占以兵力不足，再请援军。康熙速即指令护军统领佟佳等“束往应援”，甘肃巡抚、提都各臣分兵固守略阳、阳平各处。
四川的再度叛乱，打乱了清军从四川进兵云贵的战略部署，原定赵良栋统帅出征云贵，也“不能如期进定云南”，专力于平息谭洪等人的叛乱。但是四川的复叛并没有影响到其它两路军出征。章泰、蔡毓荣、赖塔等大将军，仍按原定日期属时出师。
康熙十九年九月十二日，蔡毓荣部自沆州率先出兵。沆州在地接贵州东部的湖南境内，有一河，名沆水，可从沆州直通贵州镇远。清兵借助水陆之便，迅速的进入贵州境内，在同后继兵部队将军章泰部会合后，向镇远进发。守城的吴军将领张足发、杨应选等弃城逃走。清军没费一矢一箭，于十月十二日收复了镇远府城。清军派出轻骑兵向西追赶，随之恢复偏桥（镇远西）等地。
康熙自京师发出指令，以700里加急，昼夜飞驰到镇远。他写道：“镇远至贵阳，道平坦，料贼不守贵阻，必据鸡公背、铁索桥诸处。”他要求各将帅、大臣等“务同心协力，以济大事，速取贵阳，即分兵取遵义。”他特别提醒诸将：“遵义乃是叛军的后路，突入四川的叛军“势必退归。”因而，在四川的各军将领要“乘势长驱，荡平疆围”。在这道指令中，康熙还要求赖塔等部统领广西的满汉大军“速进云南”。
章泰与蔡毓荣、董卫国、林兴珠等各将官按照朝廷指授的进军策略，督率满汉大军直取贵阳。清军从镇远起兵，先后攻占了清平等城镇，于十月十七日大破吴将韩天福部，夺取了平越州，同时还收复了平越州面的新添、龙里两镇。贵阳城近在咫尺。章泰、蔡毓荣不给吴军以喘息的时间，挥军奋进，于二十一日直抵贵阳城下。
在清军即将出兵贵阳时，吴世璠急招夏国相、高启隆、王会等速从四川撤军应援贵阳，令马宝、胡国柱等继续在四川作哉。援兵尚未到达，清军已进至贵阳郊区。吴世璠惊慌失措，急忙与其叔父吴应期、将领刘国炳等率众乘夜晚逃到昆明去了。于是贵州省贵阳轻而易举被清军占据。吴世瑶的侍郎郭昌同文武官员202人投降了清军，经章泰的招降，原任清廷提督李本琛率大小文武百官上缴伪印扎归诚。
章泰继续挥军奋进，于十一月初，先后攻取了安顺、都匀、石阡、思南等城，平远（织金）知府郑开枢等献城归降。十日，清军抵达永宁州，击败了吴军，收复了永宁，突至鸡公背。距守的吴军1．3万多人，焚烧盘江上的铁索桥，慌忙逃走。盘江铁索桥是贵州通往云南的咽喉，清军夺据，就可以长驱无阻，直抵昆明城下，普安土司龙天佑、永宁土司沙起龙、礼廷试等迎请清军投诚，并表示愿架设浮桥，帮助清军顺利地渡过盘江。
贵州省境内的叛军基本平定。章泰、蔡毓荣等在贵阳“秣马已经月余”，正在等候圣旨进兵的命令，忽闻平远府又被吴攻占。原来是吴世蹯以高起隆为大将军，会同夏国相、王会、王永清、张足法等，共2万兵马，一举攻陷丁平远府。清军大将穆古统兵反攻，于康熙二十年正月二十二日把吴军击败，高起隆败军逃走，王会等率部下投降了清军。平远府再次被收复。康熙下了一道严令，即速取云南，于是大军浩浩荡荡直奔昆明。
吴世璠逃回云南后，吴氏集团已处于崩溃之中。康熙已正确的估计到“目前逆贼因迫已极，旦夕危亡，若不乘机剪除，恢定滇土，更需何日！”他再次命令章泰尽速进兵，不得推诿延迟。章泰在收复贵州后，先是借白“秣马”，逗留不进；后来又以叛军势大推托，按兵不动。于是康熙下了一道严令：如仍“逼留”，不疾速兵，将以重罪论处。康熙二十年（1681年）正月，章泰不得不起兵前进。
当章泰恢复贵州的时候，康熙就下令，赖塔一路广西大军速由南宁进兵云南。康熙十九年十月下旬，赖塔奉命，统领大军从南宁出发，经田州（田阳）、泗城（凌云）、抵达西隆州（隆林各族自治县），于十一月十五日进入云南边境。吴军将领何继祖等聚结兵马1万多人，在离安笼所30里坚守石门坎隘口。此地高耸云天，羊肠小径，易守难攻。赖塔派遣都统贝勒希福、成奇等率前队清军先进攻，他和金光祖等诸将兵分二队，做为后继。康熙二十年正月一日，清军乘势攻击，吴军被击溃，清军夺取了石门坎隘口，收复了安笼所城，吴军的总兵陈义魁等率部降清。
何继祖从石门坎兵败，逃到了新城所，会合吴军将领詹养等，又聚结了兵马2万多人，固守黄草坝，使用大象迎战。二月二日，赖塔督率满汉清兵进攻黄草坝，从早晨五、六时开战，双方一直激战到午后二、三时，吴军才被击败，夺取吴军营寨22座，俘虏了詹养、王有功和吴士兵3000多人。赖塔统兵乘胜前进，自黄草坝直奔曲靖府，吴军总兵尹士元，道元刘世忠率将吏没作任何抵抗，而归顺了清廷。清军继续收复交水城（云南沾益北）切断吴军的中路，吴将线败走。
线是在北盘江江西坡（今贵州晴隆与普安之间）被章泰部击败后而逃到交水城的。江西坡战斗打得十分惨烈，章泰统军于二月初五日到了安南卫，八日进至江西坡。线率领吴军1万多人拒战。江西坡重山峻岭，曲折盘旋，绕山上去，尤如缧纹。吴军据此险要，使用大象布阵。双方还没有交锋，清兵及其战马就被大象吓惊，回头奔溃，蔡毓荣见势急派正红旗兵督战，却也制止不了清军的奔溃。吴军驱赶象群趁势而进，而清军的正红旗兵也返身奔逃。清军疾走两天二夜，方才停止退却。清军的死尸堆积如山，大约死在吴军的手下的，有十分之二、三；互相践踏，被大象踩死，自相争着逃命而彼此格杀致死的，约占十分之六、七。这次战斗，清兵伤亡惨重，是平叛战争以来少见的。
过了二天，章泰令总兵白进功等再次发动进攻，到达砂子哨，吴军又驱赶大象下山拒战；清兵分成三队继进，战斗从中午开始，激战到傍晚，清军奋力争战，吴军最终被清军击败，线等吴军将士，乘夜逃走。章泰派都统龚图等随后追击，直赶到腊茄坡，双方再战，吴军又被击败，于是线才率领残部退到交水水城固守，结果又被赖塔战败。章泰击败线，清军收得新城所、普安州。同时，穆占也收复了黔西、大岂各州府，活捉吴军的巡抚张维坚，斩首军前。
康熙二十年（1681年）二月十五日，章泰率军到交水城，遂与赖塔所率领的广西军会合。
章泰、蔡毓荣、桑额等所统领的湖广大军和赖塔所率领广西大军，各自突破吴军的种种阻击，终于实现丁战略的大会师，这是清军的一个重大胜利。两军自交水城分路并进，于二月十九日抵至昆明郊区40里外，在归化寺附近扎营。此寺西北的金马山、正北的鹦鹉山、寺的左右为石虎岗，都成了清兵的壁垒，军容之盛，令人望之不寒而慄。
二十一日，郭壮图派遣吴将胡国柄、刘起龙、黄明统领马步兵1万多人出城30里迎战，吴军驱赶大象5只上阵。章泰的兵马排列于左边，赖塔的兵马排列在右边，从早晨至中午，两军在阵前激战不休，由于清兵的力博，最后吴兵大败，清军一直追赶到昆明城下，阵斩吴将胡国柄、刘起龙等首领9员，俘虏吴军士兵600多人。景、赖两军一直推进到昆明城下。吴世璠拒不归降，坚闭城门，等待在四川的吴军大将马宝、夏国相、胡国柱等人的应援。赖塔和章泰顾虑到吴世璠闭门坚守，清军攻城必遭重大的伤亡，于是便决定掘壕围城。清军选取靠近昆明城的南坝、萨石街、走马街、双塔寺、得胜桥、重关等地，“扰吭立营”，连扎营塞数10里。章泰还广布檄文和清廷的旨意，派遣官员招降吴军的将士，在清廷招抚檄文感召下，吴军大理府的“定远大将军”、“东平公”张国柱、姚安府的“亲军车骑后将军”刘汉章、临安总兵徐衷明、范应泰、李玉彬等，以及永昌等各镇的吴将纷纷投诚。接着，还有吴将韩天福率官兵以武定府降清。从四川逃回来的“亲军铁骑左将军”杨洪德、将军赵玉、高启隆、杨开运、刘魁等一大批吴军的将官各率所部官员士兵先后到清营归降。
康熙得知在四川的吴将马宝等将回军云南援救的消息，迅速发出指示。严令将军介尼勒、赵良栋等各统官兵“速行蹑击”，使之不得至云南，就地全歼，如不遵此令，有失军机，将以贻误军情严处。
不出康熙所料，马宝已率部撤军，胡国柱也弃了叙州城，企图回军云南。驻守在永宁的吴军将官宁国辅感到孤军难以支持，随向清军乞降。清兵三月十五日进入了永宁城。
到了四月，四川的叛军基本上消灭，谭洪病死，余部已溃散，不足为虑。康熙立即下令，调将军葛尔汉和总督哈占、将军赵良栋率部速进云南。赵良栋接令后，亲率绿旗兵自雅州起兵，哈占也于五月十一日发兵。
五月里，吴军的大将马宝同将军巴养元等从遵义奔回了云南，携带妻子驻守楚雄。清将章泰派遣都统希福率兵追剿，把马宝等吴军追赶到鸟木山，马宝全军覆没，仅以身免，逃到姚安山中，收集溃卒不足百人。此时马宝等感到已无处可逃，便会同巴养元于七月五日到姚安府希福军营缴印投降。吴将随之投降的还有将军赵国诈、郑旺、李继业、总兵良应基等。
吴氏集团中另一个重要人物吴国柱及其属将王绪等，从姚安逃散后，遁入鹤庆（属云南）、江一带的山中，清将赵良栋、哈占奉旨搜拿。都统希福、提督率额统兵追剿。吴国柱一行再次逃到云南龙州（今云南云龙南）青里尼，清军紧迫不舍。胡国柱等自料无法逃脱，便于属将王绪、李匡自缢身亡。余部在吴将王公良率领下到清军营前投诚。
吴三桂的女婿夏国相及其部众，被清军击溃后，带着少数的随从奔入广南（广西境内），躲避清军的追剿。清兵大将军章泰、赖塔檄令士官侬朋和防守临安总兵官李国梁统兵追击。康熙二十年十一月初，直抵西板桥，将夏国相和他随从将官包围，堵住逃路。夏国相见无路可逃，便带领将军王永清，杨松魁等及属下的官兵到清军营前，缴印投诚。
吴世璠与郭壮图期待着马宝、夏国相等人的外援都化为泡影，但是他不愿投降，仍在死守昆明城。清军已经围城有半年之多，仍没有破城的希望。由于清兵不服水土，生病的与日俱增，病死的也日益增多。粮饷供给不上，已经发生了饥荒，清军的日子也很艰难。城中的粮食也接济不上，生活也一天天的困难。双方继续缰持着。
康熙二十三年（1621年）九月十六日，清廷向围城的将士又下了一道严渝，催促他们速取昆明：“云南围困已久，若不速为克取，未免劳敝兵民，靡费粮饷。今逆贼外援已绝，株守孤城，穷迫已极”，如果继续“迁延时日，待贼粮尽，恐粮饷渐至于虚糜，兵丁亦苦于疾病”。他要求章泰、赖塔等“速行攻取云南省城”。他特别提到，清军中有不少是投诚的吴军吏士卒，应令他们攻城建功，以赎前罪。
昆明城久攻不破，固然是吴氏集团拼命死守，但主要原因是清军远离昆明城40里安营扎塞，一面临昆明湖，一面倚山，围困不严。特别是昆明城所依赖的水上运输昆明湖南北近百里，并未封锁，任其船只往来，无人查问。原来驻守在昆明一带的安宁、晋宁、昆阳、呈贡回州县的清军大部分都是吴军的旧部，他们不能眼看着昆明城内的亲属和部属同僚挨饿，所以没有严加封锁，随便让城内船只自由往来，转运粮食。城中有粮食供应，便加强了抵御到底的决心。当清军统帅部发现这种情况后，立即撤换了驻守昆明一带的吴军旧部，改派八旗兵驻守，从而切断了城内的粮食来源。
九月，赵良栋平定了四川的叛乱后，率领宁夏的兵马渡过金沙江，途经武定、绵竹抵达昆明，与章泰、赖塔两路士军会师。赵良栋贯彻康熙的作战方针，力主切断昆明水路，从速进攻昆明。在此之前，虽已加强了对昆明水路的封锁，但仍没有采取更有力的措施，致使城内的船只仍不时出入。经赵良栋的提议后，在昆明池内置“横筏施楼橹”大船，设置水军，来往巡逻，这才彻底切断了昆明与外界的通路。到十月，昆明城中粮食断绝，“人相食”。在这种情况下，赵良栋坚持速攻，他说：“我等大军连营四布，不就近速战，等到日久，米粮不济，满兵无妨，绿旗兵何立存立？”满洲兵与绿旗兵待遇不平等，凡粮食都先满足满洲兵的需要，而绿旗兵还经常受他们的凌虐，为他们做杂役，备尝苦景。所以围困越久，绿旗兵的生活就越困苦。但是章泰他们却不顾绿旗兵的死活，只是顾全满洲兵的利益，不同意进攻。他说：“皇上豢养的满洲兵，岂可轻进，委之于敌人？你的军队从远道而来，也应该休养一段时间，怎能让他们再受伤损！”从表面上看，章泰等倒是兼顾了满洲兵和绿旗兵的利益，但是实际上是章泰等人害怕进攻遭到损失。赵良栋见他按兵不动，就率自己所部兵马发动进攻，力战夺取了土桥、新桥、至得胜桥，直抵昆明城下。他的部众远路跋涉，没有休息就投入战斗，确实疲惫不堪。章泰又说，“你部已过度劳累；应先撤回，可叫总督蔡毓荣率兵踞守。”赵良栋拒绝说：“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守！”章泰无法，于十月八日，只得下令各军进兵，直至城下，围困数重。
清兵进抵昆明城下，吴世瑶被迫派遣兵马，出城迎战，两军在归化寺附近激战多时，吴军败北，赖塔率部进抵银锭山，蔡毓荣攻占重重关与太平桥，赵良栋、穆占、巡抚王继文夺取玉皇阁。三路清军分拔后，开始连续日夜猛攻，吴世瑶与部郭壮图惊失措，眼看昆明城即将被攻破，却计无所出，一筹莫展。
清兵在昆明城下与城上的吴军相视，已进眼前。章泰等统帅在加紧攻城的同时，又展开了政治攻势，向城内射出一封封招降书，进一步动摇了吴兵的军心。城中粮米已尽，又面临清军日夜的攻击，无处可逃，昆城旦夕可破，却感到没有生路。城内的吴军包括将官也无心守城，打算早日投降，不失为死里求生。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鏊悄悄出城投降，并将城中的虚实如数报告了清军的统帅。章泰等人知城内已到了山穷水尽的地步，亲自督战，各路大军猛攻，四面逼城，又秘密的遣派余从龙进城招抚。
康熙二十年十月二十八日，吴将线，吴国柱、吴世吉、原任都督何进忠林、天擎等人密谋，发劝兵变，欲逮扑吴世璠、郭壮图献给清军。吴世璠、郭壮图闻讯自杀身亡。线等人擒住了吴三桂的大学士光琛及其儿子方学潜、侄子方学范首要分子，接管了全城。
十月二十九日，线等人打开昆明城门，向清军投诚。于是云贵全定。
由撤藩而引起的一场战争，使撤藩不能进行，迫使清廷宣布停撤。经过8年的血战，才一劳永逸地解决了问题：吴藩在战争中被武力彻底消灭，耿尚两藩也是通过武力，被强行撤去。被清廷视为隐患和威胁的三藩，最终被以武力铲除，国家重归一统，由大乱走向大治，大清帝国的江山从此得到巩固。
吴三桂掀起的一场政治与军事的大乱，在激烈地争斗持续了8年之后，终于平息下来。吴三桂起兵叛清的原因，大体上可为两个方面，首先是主观方面，以吴三桂为代表的原明朝一批将吏，摇身一变成为新朝权贵的元勋。他们有自身的特殊利益。他们认为从清朝新主子那里得到富贵、权力、地位是理所当然的。他们受顾于清廷，当然的应获得合理的报酬，而一旦停止了这种报酬，象清廷对吴三桂等人那样，他们就会翻脸不认人，不惜孤注一掷、铤而走险。为保护政治上和物质上的特殊利益，是吴三桂起兵主观原因。
其次是客观方面，吴三桂起兵，有着广泛的社会基础，这是推动他前进的基本动力。他在云南振臂一呼，全国响应，东西南北“在在鼎沸”。既然他反叛朝廷，为何如此得人心？这是因刚刚建立起全国统治的清廷并未得到全国的民心，广大汉族各阶层人民不喜欢这个朝廷，他们宁愿接受本民族的强人来统治，而不愿接受外来民族的发号施令。清兵入关南下屠杀成千上万的汉人，人们还记忆犹新，那种亡国的遗恨不会在短期内消失。新来的统治者，并没有给人们带来更多的光明，相反，清廷的封疆大吏、地方官府想法鱼肉百姓，新仇旧恨，激起人们怒火中烧，他们响应吴三桂起兵，正是这种不满和愤恨的总爆发。
吴三桂以失败告终，所以失败首先是：无论是吴三桂、耿精忠、尚之信和其有关联人，无一例外地都是寄生的腐败的集团，他们仍保持着明时的某些腐败的习性，力图维护过去的旧制度，保持住他们政治上经济上的特殊权力，所以他们掀起的政治动乱，最终不可能给人民带来利益，广大人民群众中途抛弃他们，这是原因的根本所在。其次是吴三桂，缺乏政略才智，他没能乘起兵时民心士气所形成汹涌的气势，以及由此气势所造成的有利的形势，却徘徊于湘赣之间，失去了时机和优越的气势，人心由振奋而观望，由观望而踟蹰，由踟蹰而丧气，致使陕西的王辅臣、福建的耿精忠受挫降清，清军得以集中全力对付湖南的吴军。形势的急转，导致吴三桂最后灭亡。
再者，还在于政治上的分散，没形成一个核心力量。吴三桂和耿精忠、孙延岭、王辅臣、吴之茂等人，不过是一个松散的政治联盟，既无集中统一的指挥，统一的步骤，彼此不受约束，各立旗号，孤军作战。又没有一个统一行动纲领和明确的斗争目标。他们都各顾各自的利益，形成不了一个有核心的统一支配的政治力量。
但是战争具有一种无穷的伟力，它能使那些用行政命令而无法消除的陈规旧迹一扫而尽。吴三桂发动的战争，以巨大的力量冲击清廷统治者强加给人民的不合时宜的枷锁，并打破了它的统一，使之在新的基础上再统一，调整和修改了以往不适合时代要求的政策。这些都有利于社会生产的发展。清廷倾全国的人力物力来进行这场战争，最后消灭吴三桂等各个政治和军事政权，在全国大地上，彻底铲除了明末以来所形成的腐败封建官僚兼地主的军阀集团，拔掉了植根在封建制度上的一个肿瘤，这也有利于社会的进步。可是，这场历时8年的战争，给人们招致生命和财产的巨大牺牲和损失，是无法补偿的，若从长远看，从社会的发展来看，付出某种代价，以损失的牺牲换来社会的进步，也是值得的。
聚合中文网 阅读好时光 www.juhezwn.com
小提示:漏章、缺章、错字过多试试导航栏右上角的源