两次雅克萨反击战十七世纪中叶，沙俄的军队侵占了我国东北边境，侵犯了中国的领土、主权，威胁了中国人民的安全和清王朝的统治，而且黑龙江流域是满族的故乡，是清朝的发祥地，清朝自然不能容忍俄军侵占这里。虽经过清政府一再提出抗议和警告，沙俄帝国主义多不予理睬。清康熙二十二年（1683年），盘据雅克萨的沙俄侵略军乘船窜出妄图到牛满地区掠夺，被清军兵船截获，俘虏30余人，其余四散逃走，中途又被达斡尔族击杀15人，各兄弟民族也积极投入战斗，击杀俄侵略军甚多。当年底，黑龙江中游地区基本上已没有俄侵略军的踪迹。但是沙俄侵略据战雅克萨仍为沙俄军所盘据。
满清政府对俄奉行的政策是军事斗争、外交谈判和充实边防三者并举。清政府在和俄国长期交涉的过程中逐渐地懂得：没有强大的武装，不建立巩固的边防，不经过激烈的战争，不可能劝说沙俄侵略军放弃侵略，撤出中国的领土。同时清政府也懂得：中俄两国都是封建大国，不可能用军事力量彼此压服，只有通过和平谈判商量两国都可以接受的边界线，才能有边疆上的安定，才能保持长期的和平。所以军事斗争的结果还是要举行谈判，用兵的目的是为了自卫，为了求得公正的和平。正象一个美国的历史学家所说，“康熙不想征服俄国，而是要向俄国表明，自己有力量和俄国进行谈判解决”。
1682年，（康熙二十一年），康熙在平定三藩之乱之后，就把注意力集中到东北，积极作武装驱逐侵略者的准备。他总结我国军民30多年来和俄国侵略者进行斗争的经验，制定了周密的计划，做了细致的准备工作。同年四月康熙到盛京谒陵后，由抚顺、兴京、哈达城，出柳条边，五月到船厂，船行于松花江上，亲自视察边防情况。九月康熙又派副都统郎谈、公彭春率领几百人，以捕鹿为名，到雅克萨附近侦察地理形势和水陆交通情况。1683年1月郎谈等人回到北京向康熙报告，“攻取罗刹甚易，发兵3000足矣”，并建议立即行动。康熙没有同意这种单纯从军事上考虑的意见，认为必须作更充分的准备，先在黑龙江（即瑗珲）和呼玛尔两地建城驻兵，贮存粮食，修造船只，筹划屯田，开辟驿路，以求战而能胜，胜而能守。1683年（康熙二十二年）夏天，第一批乌喇宁古塔官兵1000人在副都统萨布素率领下到达瑗珲。1684年秋，又有乌喇宁古塔官兵及增派的达斡尔官兵1000人携带家属到黑龙江屯田驻守。这两批清兵共有2000人，是守卫边境，对俄侵略军作战的主力。1683年冬，为了协同作战，又从北京派军队五六百人开往黑龙江。1685年初，为了对付俄国的火枪，又调安插在山东、山西、河南的福建藤牌兵420人到黑龙江。这两批军队共1000人，参加战斗后即撤回原地。
清军到达瑗珲，即在黑龙江东岸古城的废墟上建立城堡，城名墨龙江，设将军驻守，萨布素任第一任黑龙江将军，又在当地屯田，“康熙二十四年，分盛京官兵至黑龙江垦地1500余垧”，并派人教导不习惯农业的达斡尔、索伦族人，得到了“课耕有法，和稼大收”的好成效。为了保证驻守在黑龙江的清军的粮食供应，还从科尔沁十旗、锡伯、乌喇官屯征集粮食1.2万石，备三年的需要，又派人到索伦族人居住地区购买牛、羊牲畜，以供驻军之用。
要向雅克萨进军，需要大批战船和运输船。清政府积极地准备木料，征调大批工匠，在吉林建设船厂，大规模造船，特派户部尚书伊桑阿监督，造成各种类型的船只，又征调士兵、奴仆和流放的罪犯充当水手。并从盛京（沈阳）到黑龙江（瑗珲）之间组织分段运输，这条运输线路长达5000里，经辽河、松花江、黑龙江，设防兵、招夫役、浚河道、设粮仓，并派人在各段实地勘察道路的远近和河水的深浅，确定要造船只的大小和运载量。还在通州到瀛台之间，装来行船，作了试验性的航行。此外又从乌喇古塔到瑷珲开辟了1340里的新驿站，中途设19个驿站，以传递公文、军事情报等。
清军进驻黑龙江，首先着手扫除俄侵略军在黑龙江中下游设置的侵略据点。1683年7月，萨布素部下的索伦族军官博克率领，的前锋部队，进至精奇里江口，遇到了从雅克萨窜来的66名俄国侵略军，这批侵略军由梅利尼克率领，准备袭击和扰乱黑龙江下游地区。清军在当地人民的协助下，包围了俄国的侵略军，除少数人跳水逃命外，梅利尼克率大部人交械投降。驻在多伦禅和西里姆宾斯克据点中的沙俄侵略军，得知清军出动后，撤出据点逃跑了。在精奇里江上游新泽斯克据点中的沙俄侵略军，没有得到清军出动的消息，被清军包围，很快也投降了。
东北地区的中国各族人民也纷纷拿起武器，展开斗争，狠狠地打击沙俄侵略者。牛满河上的奇勒尔族奚鲁噶奴等打死俄军10余人；精里奇江上的鄂伦春族朱尔铿格等也击毙许多侵略军；黑龙江下游的费雅喀族和奇勒尔族，与沙俄侵略军展开了激烈战斗，“击杀罗刹甚众”，沙俄侵略者急从鄂霍次克海赶来增援，费雅喀族人民也向清军请求增援，清兵将领鄂罗顺率兵300，冒着冰雪严寒赶来支援，与沙俄侵略军交战于恒滚河口，结果沙俄侵略军战败，有的缴枪投降，有的向鄂霍次克海逃跑了。清军在当地人民的配合下拔除了许多俄军的侵略据点，收复了大片的中国领土。
清朝政府并不是单纯的采取军事手段，每次战争都是先礼后兵，派人进行政治劝说，表明只要沙俄军队停止进行侵略，就愿意和俄国保持和平。并且，优待被俘的沙俄侵略官兵，要求“新司加意赡养，时其欲食，毋得缺乏以示轸恤之意”。1684年，让俄军俘虏宜番、未海罗莫罗对两人，携带中国政府的咨文前往雅克萨，咨文内抄录康熙的谕旨，仍就希望沙俄军队撤离中国的领土，免兴干戈。其中说：“今雅克萨、尼布潮（楚）罗刹等若改前过，急回本地，则两相无事，于彼为益不浅。倘犹执未不悟，留我边疆，彼时必致天讨，难免诛罚”。但是许多次的劝说和警告并未生效，单方面的和平意愿并没有能使侵略者放下屠刀，故清政府除了用武力驱逐侵略者以外，已经没有其它的选择办法了。
1685年1月，康熙派都统公瓦山等赴黑龙江和萨布素等会议，决定春暖后出兵收复雅克萨。康熙又发布渝旨：“兵非善事，不得已而用之。向者罗刹无故犯边，收我逋逃，后渐越界而来，扰害索伦、赫哲、飞牙喀、奇勒尔诸地，不遑宁处；剽劫人口，抡掳村庄，攘夺貂皮，肆恶多端。是以屡遣人宣谕，复移文来使，罗刹竟不报命，反深入赫哲、飞牙喀一带，扰害益甚。爰发兵黑龙江，扼其来之路，罗刹又窃据如故，不送还逋逃，应即剪灭”。同时，再次表示了中国方面的和平意图：“尔等欲相安无事，可速回雅库，于彼为界，捕貂收赋，毋复入内地构乱。归我逋逃，我亦归尔逃来之罗刹，果尔，则界上得以贸易，彼此安居，兵戈不兴。”
在大军向雅克萨进发以前，清政府又作了一次和平努力，由康熙皇帝直接给沙皇写信，希望沙皇“迅速撤回雅克萨之罗刹，以雅康等地为界居住。朕即令征讨之大军停止前进。如此边界地方可得安宁，而无侵扰之忧，互相贸易遣使，和睦相处”。这封书信由6个沙俄俘虏从喀尔喀蒙古出境，送往俄国。
尽管清政府作了很大的努力争取和平解决边境争端，但是沙俄方面野心不死，准备顽抗到底。俄国政府将黑龙江地区殖民占领的军事指挥机构作了全盘调整，任命熟悉情况并以精悍骁勇称著的弗拉索夫和托尔布津分别担任尼布楚和雅克萨的督军，增调援军，贮存粮食物资、构筑工事、加固城防，准备赖在这里，长期盘踞下去。此外俄国政府又委派一个普鲁士军官拜顿在托博尔斯克召募哥萨克，编组军队，开到中国来作战。
1685年6月，清政府的军队进抵雅克萨，先遣派沙俄的俘虏费咬多里等3人进雅克萨，带去两件公文，一件是康熙致沙皇的信，一件是清军的统的帅彭春给雅克萨沙俄侵略军的咨文，要求俄军撤离中国领土，对侵略者发出最后的警告。6月23日清军统师部移至雅克萨城下和俄方对话，“罗刹负固，出言不逊”，24日，清军列阵，包围雅克萨。25日，有一队沙俄侵略军从黑龙江顺流而下，企图冲进雅克萨，被清截住，在江上展开激战，击毙伤俄军40多人。接着清军架设大炮，向雅克萨猛烈轰击，城内到处火起，俄军伤亡严重，心胆具裂，走投无路。清军又多次把劝降信射入城内，投降条件十分宽大，俄侵略军只要撤出雅克萨，保证不再重来，就可以保全生命，并允许俄军带走自己的武器和财产。至此，沙俄侵略军的头子托尔布津才竖起了投降的旗帜，清军准许700多名俄国人撤出了雅克萨，清军把他们送到额尔古纳河口。另有巴什里等45俄兵不愿回国，要求留在中国，随清军回到瑗珲。雅克萨据点内还有160多名被俄军扣押作人质的中国索伦族、巴尔虎族人民，全部获得释放。第一次清政府和沙俄的雅克萨战争就以沙俄侵略军战败、投降和撤出雅克萨而告终。
托尔布津率领俄军从雅克萨退到了尼布楚，但侵略的野心不死，仍想卷土重来。正在这个时候，由拜顿率领的600名援军来到了尼布楚，沙俄侵略军的力量增强了。同时，他们打听到，清军战胜后已全部撤回瑗珲，并没有在雅克萨留兵驻守，因此，托尔布津和拜顿立即率军重新占据了雅克萨，俄军到达雅克萨后全力构筑城堡工事，妄图负偶顽抗。
沙俄侵略军再次战领了雅克萨，清朝政府就不得不再次出兵。1686年（康熙二十五年）三月，康熙下令：“今罗刹复回雅克萨筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易。其令将军萨布素等……速修战舰，统领乌喇、宁古塔官兵，驰赴黑龙江城（瑗珲）。至日酌留盛京兵镇守，止率所部2000人，攻取雅克萨城”。七月，萨布素率清军2000余各进抵雅克萨，先释放沙俄军俘虏鄂克索木果，令他带信入城，再一次警告沙俄侵略军：“你们又偷偷返回重建城堡，据守其中。你们还欺凌我方渔民猎户。……今我大军已兵临城下，我方决不轻易舍弃，你们对此是一清二楚的。你们将被驱逐，无力卷土重来，结局便是如此。”
在雅克萨据点里的俄国侵略军共有800多人，已做好顽抗的准备。俄军的武器较多，又有充足的弹药、粮草，还有坚固的城防工事。他们频繁地从雅克萨出击，不让清军的炮位和攻城的器械逼进城垣。清兵除了一些大炮之外，只有火枪50支，士兵们全用刀矛弓箭作战，杀伤力较小，不利于攻坚战，因此未能迅速攻下雅克萨。但清兵士气高昂，又有当地居民助战，所以屡次挫败出城搦战的俄军，在战斗开始以后的几天里，就打死了100多个沙俄侵略军，连沙俄军队的头子托尔布津也中炮毙命。
在清军和俄军在雅克萨相持的时期，黑龙江上寒冷的季节很快就要来到。清军由于缺少火器，为了避免太大的牺牲，停止了强攻，在雅克萨周围筑垒挖濠，团团围困。经过长期的战争和包围，沙俄侵略军大多战死病死，800多俄侵略军最后只剩下66人，粮食弹药也消耗殆尽，尼布楚方面也没有力量派来援军，困守在雅克萨的俄国侵略军，只有坐以待毙。
清政府的军事行动虽然取得很大的成功，但是为了求得边界上稳定的和平，清朝政府仍努力争取和俄国进行谈判。1686年9月，清政府委托从北京回国去的荷兰使臣宾显巴志带信给俄国沙皇，建议两国休兵，举行谈判。“仍望察罕汗（沙皇）撤回其属下，以雅库某地为界，各于界内打牲，互相和睦相处”。又把同样内容的信件，交于萄葡牙传教士闵明我带往欧洲，设法转送沙皇。总之清政府想尽一切办法；争取和俄国谈判解决边界的冲突。一个法国的历史学家评论说：“发出这些信件，就足以表明中国方面有希望达成谅解的意愿”。
1686年11月，正当雅克萨围城旦夕可下的时候，一批俄国的信使，由文纽科夫和法沃罗夫率领，从莫斯科星夜奔驰，来到了北京，路上经历1年之久。原来，俄国政府已经知道了雅克萨战争的消息，康熙的几封信件也先后带到了莫斯科，俄国政府知道：中国的自卫反击，将会使自己多年侵略所得到的战果化为乌有，因此焦急。可是当时俄国正由彼得一世的姐姐索菲亚公主执政，贵族间争权夺利，统治很不稳定，况且又在西方连年作战，兵疲败尽，不可能再派大量的军队到中国去作战，被困守在雅克萨的沙俄侵军眼看就有被歼灭的可能，因此沙俄政府为了缓和远东方面的紧急局势，决定接受清政府的建议，举行边界谈判，并派出了以戈洛文为首的谈判使团。文纽科夫和法活罗夫奉俄国政府的命令，先期赶到北京，递送沙皇给康熙的书信，要求清政府停止攻打雅克萨，等待戈洛文使团到达，进行中俄谈判。
清政府表现了极大的和平诚意，以礼接待俄国的信使。在雅克萨城唾手可得的情况下，同意了沙俄的请求，停止战斗，解除包围，并实现单方面的撤军。康熙派人向前线的清军将领宣谕：“萨布素等撤回雅克萨之兵，收集一所，近战舰立营，并晓谕城内的罗刹，听其出入，毋得妄行攘夺，俟俄罗斯后使至定议”。雅克萨围城5个月，俄军死亡殆尽，城内缺少粮食木柴，清军送去了粮食，还准备派医生入城为俄军治病。1687年，清军单方面撤离雅克萨返回瑷珲，等待俄国使团的到来。
由于中国方面倡议和平谈判并停火撤军，第二次雅克萨战争才得以结束。
中俄《尼布楚条约》中俄第二雅克萨战争俄军失利后，接受了清朝政府的谈判建议，派出了以戈洛文为首的谈判代表团。清政府方面则派出以领侍卫内大臣索额图和都统、皇舅佟国纲为首的谈判使团，谈判地点设在尼布楚。
1689年（康熙二十八年）7月底，中国使团首先到达了尼布楚。使团共有官兵不到3000人，还有水手、仆役、运夫，此外供食用和运输用的大批牛羊马匹。使团分两路行进，一路由索额图、佟国纲率领，自北京出古北口，经达尔泊，克鲁伦河、温都河，至尼布楚；一路由郎谈、萨布素率领，自瑗珲溯黑江龙而上，经雅克萨，至尼布楚。
这时俄国使团1900多人，停留在贝加尔湖东岸，迟迟不来尼布楚，戈洛文一方面还在征伐喀尔喀蒙古，强迫蒙古各部“归顺”俄国；一方面又在加强尼布楚的军事力量，令“伊扎（即尼布楚督军弗拉索夫），在湟尔琴斯克（尼布楚）及其附近尽可能构筑工事”，企图利用谈判现场的优势武力迫使中国使团就范。
中国使团到尼布楚已经19天，戈洛文还没有来到，却多次派遣信使到中国使团的驻地，进行指责和刁难。戈洛文指责中国使团没有谈判的诚意，违反国际法准则，说什么中国使团带来的人太多，“是不是要来打仗？”“如果真心要想讲和，恐怕不会带这么多的队伍同来”。又说中国的士兵行为粗暴，“杀人行凶之事也屡有发生”，在路经雅克萨时杀死了两个俄国人，还提出中国使团的驻地离开尼布楚城太近，要求退往额尔古纳河口。
很显然，戈洛文的指责是没有道理的。中国使团耐心地说明了自己的和平意愿，也严正地驳斥了俄方的谰言。索额图说呀，自己“仅带侍从以及派遣使用之官兵”，此外“我驻防东北将军萨布素等，系专为管辖黑龙江等处之人，勘界事宜完毕后，将交付伊管理。故伊等亦由水路从稚克萨前来尼布楚”，使团此行“不是为了打仗，而是抱着缔结永久和约的目的而来的”。故事实上，中国使团所带军队不到3000人，而尼布楚的俄军也有2600人，谈判现场的军事力量大体上相当，中国方面并无以兵多压人的意思。索额图还指出：“你前年来文内称：带官员500、兵丁5万人前来议事”，可见虚张声势，摆出一副打仗的架势，想以兵多压人的恰恰是俄国而不是中国。
中国使团向俄方指出：已严令官兵遵纪律，所谓雅克萨两名俄国人被杀之事，与中国无关。事实上，这完全是戈洛文捏造的。雅克萨俄国当局也承认：“中国人平静地驶过阿尔巴津（即雅克萨）．并没有寻衅”，中国军队路经雅克萨，“似乎是为了进行会谈，而对阿尔巴津及其附近所种的庄稼并未受命采取任何行动”。至于戈洛文要求中国使团撤到额尔古纳河口，更是十分荒谬的，因为额尔古纳河口距尼布楚城约有900里，中俄使团相距如此遥远，怎能进行谈判？中国使团指出：“既然你我以和好之礼相会议事，住于近处，也仅为便于行走议事，并无恶意”。在谈判前夕，对于俄国使团提出的种种指责和刁难都被中国使团一一地顶了回去。
8月19日，戈洛文使团姗姗来迟，到达尼布楚。接着双方就会谈的时间、地点和方式进行磋商，决定会谈从8月22日开始，在尼布城外200俄仗处搭设的帐蓬里举行。进入谈判现场的官兵各300人，除刀剑外不得携带火器，另外中国木船载500名士兵停泊于商谈会场200俄丈处，以和尼布楚城内的俄军力量取得平衡。
8月22日双方进入会场，俄方先声夺人，排场阔绰，行进时仪仗森严，鼓乐齐鸣，俄方帐篷内陈设豪华，三名使臣（戈洛文、弗拉索夫、科尔尼茨基）衣饰华丽，神态傲慢。俄方的卫队违反不带火器的协议，暗藏手雷。中国方面搭设了一座比较精致的黑帐篷，但没有什么陈设，也没有仪仗、乐队，七位使臣（索额图、佟图纲、郎谈、班达尔善、萨布素、马喇、温达）并坐在一起，显示朴素、自然和亲密一致的气氛。
谈判一开始，索额图和戈洛文之间就展开了针锋相对的激烈辩论。戈洛文一口咬定黑龙江流域“自古以来即为沙皇陛下所领有”，可是拿不出任何证据来，其实他所说的“自古以来”不过是指40年以前波雅科夫和哈巴罗夫的入侵活动。戈洛文还倒打一耙，指责中国“突然派兵侵犯沙皇陛下国界……制造流血事件”，“由于这样一些小小纷争而挑起战端”，要求中国政府赔偿俄国的损失，惩办有关人员。
索额图严正驳斥了戈洛文的无稽谰言，指出，“黑龙江一带，沙皇陛下的人从未领有过，贝加尔海这面的所有土地都隶属于中国皇帝方面”。他列举了很多确凿的事实，说明“鄂嫩、尼布楚皆为我茂明安等诸部落原来居住之地，雅克萨为我虞人阿尔巴西等居住之地”，又是“我达斡尔总管倍勒几故墟”，这些土地上的人民一直向中国政府交税，他们的首领和子孙至今健在，由于俄国哥萨克的侵扰而逃到中国内地。
索额图简单回顾了俄国侵略黑龙江的历史，指出当地的中国各族人民“多年以来遭受到不堪忍受的蹂躏，财产被劫走，妻孥被抢去，本人则被打死”。戈洛文把俄军在中国领土上杀人放火的罪行轻描淡写成“小小纷争”，真是荒唐已极。中国政府再三的劝说、警告，俄方置若罔闻，索额图说：“数年以来，等待尔等醒悟”，我圣祖屡次行文宣谕，惟不得回音，反而犯边不息，故于黑龙江等地屯兵驻守”。中国政府忍无可忍，进行自卫还击，逐驱侵略者，这是正义的行动。挑起战端的责任在于俄国的侵略，如果要说“惩凶”、“赔偿”，那么就谈由俄国惩办自己方面的凶手并赔偿中国受害者的损失。索额图表示：中国争取和俄国实现和平，只谈边界的划分，力求达成协议，而不向俄国提出“惩凶”和“赔偿”的要求。
这场争辩涉及到黑龙江流域的归属以及谁是侵略者，谁挑起战争等重大的原则问题，戈洛文在事实和证据面前理屈词穷，哑口无言。
接着戈洛文提出第一个划界方案，即以黑龙江为中俄两国的边界线。索额图断然拒绝了这个荒谬的方案，提出以勒拿河和贝尔加湖为中俄国界线，双方再次的交锋，没有结果。
8月23日举行第二次会议。会上戈洛文坚持以黑龙江划界，并施展了种种手段，时而声势汹汹，时而甜言蜜语，但中国使团不为所动。最后戈洛文故作姿态，假装让步，提出以牛满河为界，这个方案仍把黑龙江上游和中游的北岸划归俄国，中国使团当然不会同意。可是索额图等误以为俄国使团已在让步，立即提出了以尼布楚为界的新方案。一下子就把康熙指示的最后方案摊了出来，把尼布楚让给了俄国，殊不知这就上了戈洛文的当，失去了回施的余地。戈洛文听到中国政府肯于让出尼布楚，心里十分高兴，因为俄国政府予定的目的已可达到，但是在谈判桌上为了勒索更多的利益，他故意地和中国使团继续纠缠，拒绝中国的划界方案。
中国使团不懂得戈洛文的假表演，看到自己最后的方案被拒绝，以为谈判已经破裂，自己已无话可谈，极为失望，准备返回北京。这时，戈洛文买通了在中国使团内充当翻译的两名外国传教士——徐日升（葡萄牙人）和张诚（法国人），劝说中国使团继续留在尼布楚谈下去。徐日升断言“缔结和约仍有很大希望”，张诚则说“俄国人将放弃雅克萨”。从八月二十四日至九月六日，两个传教士奔走往来于中俄使团的驻地，进行会外活动。戈洛文在徐日升和张诚的帮助下，把中国使团拴在尼布楚，一方面使谈判不致于破裂，另一方面又迟迟不肯达成协议，在一切问题上讨价还价，极尽哄骗讹诈之能事。中国使团急切希望谈判成功，除了让出尼布楚以外，又作如下的许多让步：第一，中国使团已提出中俄中段边界，即中国喀尔喀蒙古地区和俄国的划界线问题，戈洛文害怕在中段划界会影响俄国正在向南扩张的势头，因此极力反对。中国使团为了迅速划定东段边界，同意了戈洛文的要求，暂时搁置了中段边界的划分。据索额8个多月以后追述尼布楚条约谈判时的情形，“我曾声明欲议定额尔喀事宜，明确地方。你声称喀尔喀尚未定，我察罕汗（指沙皇）又无旨意，暂且不议，以后再议”。第二，中国使团将黑龙江上游北岸的分界线退让至尼布楚以东约四五百的格和齐河，这已超过了康熙的指示。据传教士说，“钦差大臣奉有中国皇帝最后谕旨，即沿绰尔纳河空界线，而钦差大臣已越过其君主的谕旨，把边界划到了以绰尔纳河后面的格尔必齐河”。第三，中国使团又将黑龙江南岸的分界线让到额尔古纳河，额尔古纳河口距尼布楚几百里，这一广大地区有银矿、盐湖以及大片的耕地、牧场，是俄国沙皇政府最垂涎的富钱地区。
中国使团步步退让，实已无可再让，而戈洛文仍在玩弄外交手腕，勒索不已。在这时候受尽俄国压迫，被俄国驻赶到山林里去的中国各族人民，听到中国使团到达的消息，纷纷前来寻找从祖国来的亲人，他们扶老携幼，带着帐篷，赶着驼羊，突破俄军的封锁，来到了尼布楚附近。中国使团“遇到了大批的喀尔喀人，至少有六七千人，他们已起义反抗俄国人”。戈洛文害怕中国人民抗俄斗争的发展，将会谈自己的一切殖民地利益化为灰烬，赶紧改变策略，拿出沙皇予定的方案划界，迅速与中国使团达成协议，以免事态进一步扩大。这样，他才在深夜里急忙派使者到中国使团的驻地，同意撤出雅克萨。
尼布楚和雅克萨的归属是这次谈判中争论的焦点，中国早已同意让出尼布楚，现在俄国也同意撤出雅克萨，问题已经解决。此后在其他问题和细节方面又经过一系列艰难曲折的谈判，终于达成了协议。1689年9月7日（康熙二十八年七月二十四日）中俄双方正式签订了尼布楚条约。
《中俄尼布楚条约》是中国和俄国签订的第一条约。正式的文本是拉丁文本，由双方代表签字盖章，另有满文本和俄文本，都不是正是式本。条约共六条，实质性部份包括：中俄东段边界的划分，越界侵略和逃人的处理，中俄往来贸易的规定等。
中俄边界东段的划分是条约中最重要的部分。条约明确规定以格尔必齐河，石大兴安岭（即外兴安岭）和额尔古纳河为两国的分界线。又规定外兴安岭和乌第河之间的地区暂行存放，留待后议。清政府在领土方面作了重大的让步，将尼布楚及其以西直至贝尔加湖原属中国的领土让给了俄国，以换取俄国撤出雅克萨。所以条约中又规定了俄国在雅克萨和额尔古纳河南岸的据点全部拆毁、迁移。
《尼布楚条约》严禁彼此越界入侵，双方不得收留逃亡者，以减少边境的争执。又规定：中俄两国人民持有护照者，可以过界来往，贸易互市，这是俄方长期以来的要求。
《中俄尼布楚条约》是一个平等的条约。双方代表都在各自政府事先指定的范围之内进行谈判交涉，没有也不可能用武力把自己的意志强加给对方，最后达成的协议并没有越出中俄两国政府愿意接受的范围之外。条约明确地划分了中俄两国的东段边界，从法律上肯定了黑龙江流域和乌苏里江流域广大地区都是中国的领土。条约在领土和贸易方面也满足了俄国的要求，二些苏联的书籍中说“一六八九订立的尼布楚条约实质上是莫斯科外交极大的胜利，尼布楚谈判是正式的、平等的谈判”，“该条约巩固并扩大了两国人民的和睦关系”。在尼布楚条约签订后的一段时间内，中国和俄国东段边界稳定了下来，边境比较相对的严静，两国人民之间的和平友好往来和贸易也有所发展。
亚梅什湖之战当时，俄国正是彼得一世（1682—1725）沙皇。彼得一世是个“深谋远虑的、向自己继承者指示种种侵略方针的帝王”，从他在位期间开始（1682—1725年）沙皇俄国便走上了争夺世界霸权的道路。彼得一世及其继承者对其欧洲邻国发动了一系列的侵略战争的同时，也在东方积极推行扩张政策。
1713年，一个名叫和卓奈甫斯的土克曼族人，经由阿斯特拉罕来到俄国京城彼得堡，说阿姆河注入里海，可复兴如古代地理学者所说印度洋与里海之间的水路，并传说阿姆河流域有大量的沙金，而这一传说也被当时在彼得堡的基瓦王国使臣阿苏尔伯克所证实。与此同时，彼得一世又接到西伯利亚总督加加林递交的一份报告，报告中说：中国南疆叶尔羌地区盛产黄金。他建议“由额尔齐斯河起修筑一些碉堡”，直到叶尔羌。得到上述消息后，彼得一世欢喜若狂，为实现“复兴通往印度的通道与得到沙金的野心”，决定对中亚的基瓦王国和中国西北边疆采取侵略行动。
为了实现上述侵略目标，彼得一世组织了两支远征队：一种由近卫军陆军中尉贝柯维奇统率6600人，于1716年，横渡里海，于里海沿岸建立三座要塞；一路由陆军中校布赫戈利茨指挥的4000余侵略军，于1716年10月，侵入额尔齐斯河的中上游，偷偷地窜到我准噶尔管辖的亚梅什湖畔，修筑堡垒，设置工事，准备在那里过冬。
在布赫戈利茨出动之前，加加林根据彼得一世的指示，派人送信给准噶尔部的首领策妄阿拉布坦进行威胁和利诱，“希望他（系指策妄阿拉布坦）对这个远征队的目的不要担心”。并提出如果策妄阿拉布坦“不干涉这一军队，将来他（策妄阿拉布担）便可以得到帮助和声援”。
准噶尔人民与沙俄在长期“交往”中，早巳识破沙俄口密腹剑的伎俩，没有听信侵略者的谎言。1716年2月，准噶尔部军民同仇敌忾，集合约有万余人的队伍，在大策凌敦多布率领下开赴沙俄盘踞的亚梅什湖要塞，要求侵略者撤离军队。大策凌敦多布向侵略者发出警告：如果你们赖着不走，“我将围困城堡，不准你们的人外出……待你们粮尽挨饿时，我定将攻占此城”。然而布赫戈利茨非但不听劝告，反而威胁准噶尔军民，说什么“他有大量的供应品，同时援军很快就会从托波尔斯克到来”。
面对着侵略成性的沙俄匪帮，准噶尔军民在警告无效之后，为了维护祖国的神圣领土，不得不拿起武器同侵略者进行斗争。他们以大刀、长茅和弓箭等武器，不断地袭击侵略军，打得敌人丢盔卸甲，溃不成军。与此同时，沙俄从托波尔斯克派出的增援部队也被英勇的准噶尔军民所歼灭。1716年4月，布赫戈利茨不得不炸毁亚梅什湖要塞，率领残部乘船沿额尔齐斯河狼狈逃跑，退至鄂木河口，修筑鄂木斯克要塞。
亚梅什湖之战，是准噶尔人民为保卫自己的领土，反抗沙俄入侵的正义战争。这次战争沉重地打击了沙俄侵略势力，在中华民族史上，写下了辉煌的一页。
沙俄侵略者虽然在亚梅叶湖遭到可耻的失败，但仍不死心，1719年，彼得一世又派利哈列夫为首的一支440人组成的侵略军，从托波尔斯克出发入侵斋桑湖，于湖边修筑要塞。这支侵略军又遭到了准噶尔军民2万多人的截击，不得不退回托波尔斯克。
1721年至1722年，策妄阿拉布坦在西藏的势力被清军驱逐后，处境十分狠狈，为了摆脱困境，策妄愿意向沙俄让步，保持和平。沙俄政府认为有机可乘，立即把侵略魔爪伸向准噶尔部。彼得一世派翁科夫斯基来准噶尔活动，劝诱策妄臣属于俄国，沙皇“就可以下令象保护自己的臣民一样保护他免遭别人侵犯，并可首先发函说服中国皇帝不要欺凌珲台吉（指策妄），因为他已是皇上的臣民。假如中国皇帝不听，则要设法用强力迫使他同意”，还要“设法使策妄阿拉布坦让与领土，以便在这些领土上建筑堡垒要塞，修筑一条连续不断的堡垒线会使西伯利亚与前哨站连接起来，并且可以保护探矿队的全部旅程”。对俄国政府的这些要求，充分暴露了它觊觎中国领土，进行挑拨离间的丑恶面目。
沙俄对准噶尔人民和策妄阿拉布坦作了错误的估计，认为他们与清政府作战失败，必定会投靠俄国，这种估计就大错而特错了。准噶尔人民是热爱祖国的，策妄虽然割据了西北，和清朝大动干戈，但在准噶尔人民的推动下，他面对俄国的利诱威胁，仍保持了严正的立场。策妄阿拉布坦“拒绝转入俄罗斯国籍，并且没有接受翁科夫斯基所提出的关于在汗领土上修筑要塞并派俄军驻防其中的建议”。翁科夫斯基使团虽然在准噶尔活动2年之久，但这次出使“收获似乎既含糊，又贫乏的”。沙俄在我国东北和西北边疆的侵略阴谋都没有得逞。
§§§第二节 逆者兵临康熙三征准噶尔
准噶尔是我国西北厄鲁特蒙古四部之一，长期游牧于巴尔喀什湖以东，天山以北广大地区。康熙初年，准噶尔部以武力吞并了其它三部，又出兵征服了天山以南的回族（吾尔族），其势力一度扩展到青海和西藏。同时，准噶尔部又与沙俄势力相勾结，策动叛乱，企图统治蒙古各部，割据西北。准噶尔部的叛乱活动，给西北边疆各族人民带来了深重的灾难。清朝鼎定中原之后，为了维护边疆的统一和和平，及时出兵，平定了准噶尔叛乱。
清代康熙、雍正、乾隆三朝为统一西北地区与准噶尔贵族进行了多次战争，在清代文献中统称为“平定准噶尔”。
漠北噶尔丹败亡清朝初年，蒙古族分为漠南蒙（内蒙古），漠北喀尔喀蒙古（外蒙古）和漠西厄鲁特蒙古三大部分。漠北喀尔喀蒙古内部又分为工谢图、扎萨克和车臣三部，大致位于呼伦贝尔以西，阿尔泰以东，南临大漠。北与俄罗斯接壤。清军入关前，喀尔喀蒙古的三大封建主——土谢图汗、扎萨克图汗和车臣汗就与清朝政府建立了密切的联系。
厄鲁特蒙古是清代对西蒙古诸部的总称，明代称瓦刺。明末清初，瓦刺各部发展归并为准噶尔，杜尔伯特、和硕特和土尔扈特四大部。其中准噶尔部由于地处伊犁河流域和准噶尔盆地的大草原，水草肥美，牧畜业发达，并与俄罗斯人进行交易，结果强大起来。十七世纪七十年代（即康熙初年），噶尔丹代为准噶尔部首领，伊犁成为准噶尔的政治中心和各部会宗地。除统治天山南北外，其势力曾远及塔什干，费尔干纳和撤马尔罕等中亚各地。
我国三北地区形势的变化起于明朝末年。当时由于朝政腐败，阶级矛盾激化而爆发了大规模的农民起义，明朝统治者被中原地区的农民军弄得焦头烂额，自顾不暇，因而无力顾及边陲地区，于是西北厄鲁特蒙古的准噶尔部力量不断扩大，并恃强压迫其他各部，“恃其强盛，四出剽掠”土尔扈特部被迫迁往额济勒河流域，和硕特部则移居青海，而杜尔伯特部却沦为准噶尔部的附庸。噶尔丹进攻喀尔喀之战，噶尔丹自立为准噶尔汗时，正值喀尔喀蒙古三部之间发生纷争。在俄国政府的怂恿支持下，噶尔丹于1688年，率兵东攻喀尔喀诸部。噶尔丹的3万兵劲骑越过杭爱山，直入工谢图部境内，“有大批俄国军队并有大量火器大炮协同他作战”。土谢图汗等猝不及防，拒战失利，噶尔丹又剩胜击败车臣部和扎萨克图部。各部“南徙蔽地而来，前后相望60余里”，“遗弃牛马，死者相枕”。
沙俄趁喀尔喀战败，威逼利诱各部，要求他们投靠俄国以求保护。但喀尔喀三部人民清醒地认识到沙俄是噶尔丹的同盟者，是不共戴天的仇敌。在这一重要关头，哲布尊肥。呼图克图挺身而出，向蒙古的上层人物晓示民族团结的大义，他说“俄罗斯素不奉佛，俗尚不同我辈，异言异服，殊非久安之计。莫若全部内徙，投诚大皇帝（指康熙）可激万年之福”。于是数10万人逃入漠南蒙古，请求清朝保护。清朝政府立刻妥善安置了喀尔喀各部，但噶尔丹以追击土谢图汗部余众为由率兵南下攻入内蒙乌朱穆沁地区，与清政府发生了直接的军事冲突，康熙帝命清廷理藩院尚书阿尔尼率蒙古兵截击，结果被噶尔丹的军队杀得溃不成军。此后，噶尔丹占踞着喀尔喀王庭，募兵数10万，气焰十分嚣张。噶尔丹的叛乱活动，不仅严重地威胁着祖国的统一，同时也给西北各族人民带来了深重的灾难。
乌兰布通之战清朝前期的历代帝王对边疆少数民族地区相当重视。清朝统治者认为，边疆是他们统治内地的“屏藩”，如果“摇撼我外藩”，就是“坏我屏垣”，就会使、“疆圉不靖”，而“边境一日不宁”，“内地人民一日不得休息”，这就必定要危及到对内地的统治。还在清军入关前，努尔哈赤和皇太极就曾以极大的努力，不仅争取了漠南蒙古的归顺，而且与厄鲁特蒙古和西藏达赖喇嘛建立了十分密切的关系。对边疆各族，努尔哈赤的方针是“顺者以德服，逆者以兵临”，当漠南蒙古试图反抗时，科尔沁贝勒明安被打得马被陷，弃鞍赤身，体无片衣，骑骣马脱出”。皇太极继位后，对漠南蒙古各部仍执行“慑之以兵，怀之以德”的政策。因此到1643年已基本上臣服了漠南蒙古各部，有鉴于此，康熙帝为了维护国家的统一和巩固的统治，决定按既定方针行事，即“逆者以兵临”。
1690年（康熙二十九年）夏，康熙帝议定亲征。康熙帝先命裕亲王福全（康熙之兄）为抚远大将军，率同皇子允提，出长城左北口；又派恭亲王常宁（康熙之弟），率同简亲王雅布，出长城喜峰口。同时，又命阿尔尼率旧部听从裕亲王调遣。此外，康熙帝还调集了分别来自盛京（今沈阳）、吉林和科尔沁的军队前往助战。康熙帝御驾亲征，调度各路大军。
这年7月，康熙帝启銮出巡，方出长城，忽得前方来报，恭亲王所率军队在喜峰口900里外，被噶尔丹杀得一败涂地，康熙帝闻听不免焦急万分，急令各路人马全速前进。行军途中，又得消息说，噶尔丹的前锋部队已经占据乌兰布通（今昭乌达盟克什克腾旗境内）。乌兰布通距北京仅700里，北京震动，人心惊慌，中原也受到了战火威胁，“京师戒严，每牛录下枪手派至8名，几乎倾国矣。曲廨尽闭，米价至三两余”。
噶尔丹以追击喀尔喀余部为名，率精锐骑兵20余万抵达乌尔会河。清军前锋受挫，于是噶尔丹军深入至乌兰布通。康熙帝玄烨镇定自若，急令康亲王杰书屯军归化城（呼和浩特），截断噶尔丹退路。同时遣内大臣阿密达、尚书阿尔尼、都统阿南达等和康亲王杰书的部队与福全会师；令内大臣索额图、都统苏努进驻巴林，并调大同镇骑兵600人，步兵1400人从福全出征。康熙帝来至博洛和屯（河北省隆化县境内）视师，双方展开激烈战斗。
战斗从8月1日开始，两军隔河相对。叛军噶尔丹诡计多端，将骆驼缚足偃卧，背加箱垛，蒙以湿毡，环列在阵前作为蒙蔽，美其名日”驼城”。“驼城”刀枪不入，清军一时难以攻破，而判军则从驼城的缝阵向外发射矢铳。清军隔河布阵，调集火炮，进行猛轰。一时间，河两岸炮声呼啸，喊杀声不绝于耳。自午至暮，清军一直遥轰驼城中坚，只见骆驼死伤过半，“驼城”终于被推毁。于是，清军发起猛烈攻击，兵分两路越河陷阵，杀入敌群。
噶尔丹叛军的军心大乱，溃不成军，而清军则在强大火炮的掩护下奋力追杀，叛军死伤无数“大战以大炮火枪互轰开始，继而两军士卒肉博”，噶尔丹抱头鼠窜，乘着夜幕越过大碛山而逃，同时遣使向清王朝求和。
噶尔丹叛军落荒而逃，沿途丢盔弃甲，溃不成军，为求生路，噶尔丹派喇嘛向清军求和谢罪，发誓不再进犯。逃回科布多时，噶尔丹的残兵败将仅剩数千人。
清政府为了进一步平定沙俄支持下的噶尔丹叛乱，巩固北部的边防，一面在木兰竹围习武，秣马砺兵，教营伍，练攻战，激励将士，申明赏罚，一面对“纷纷溃散，来求归附的”喀尔喀蒙古人民及时采取安抚措施。
1691年5月（康熙三十年四月），康熙帝亲率三旗官兵，自北京出发，出左北口，溯滦河而上；下五旗官兵出独石口，会师于多伦。康熙帝宣布保留喀尔喀三部首领的汗号，其行政编制，如内蒙49旗，分为34旗，从而结束了喀尔喀各部长期以来，“并无法度，不能约束，以强凌弱，自相劫夺”的混乱局而，以喇嘛教作为统治蒙古的手段。
在沙俄入侵和噶尔丹判乱的形势下，清廷采取的措施是有积极作用的。
昭莫多之战乌兰布通战败后，噶尔丹用缓兵之计逃脱了全军覆灭的命运，在科布多（今蒙古吉尔格朗图）重整旗鼓，积蓄力量，以图东山再起。
康熙三十四年（1695年），噶尔丹率领东拼西凑组成的3万骑沿土拉河、克鲁伦河东进至巴颜乌兰（位于蒙古达尔汗以北，温都尔汗以西）一带活动，频繁骚扰和掠夺，使清军防不胜防，并且借故挑起事端。噶尔丹多次致函给科尔沁亲王沙津，“保证将派给他6万名俄国生力军。简言之，若他们能打败满洲人，他们得直接进军北京，若他们征服了皇朝，他们将伙分地盘”。噶尔丹又派人诱惑喀尔喀车汗乌默客、赛音诺颜部扎萨克一等台吉阿哩雅，赛音诺颜郡王善巴起兵反清，康熙三十一年，清朝派员外郎马迪赴伊犁回报策妄阿拉布坦，护送官兵及向导一行共35人，行至哈密城郊，8月11日，噶尔丹派军500余人，劫杀了马迪等7人，其余则被囚禁于哈密。这些有碍于清朝统一的倒行逆施，进一步恶化了清朝政府与噶尔丹的关系。
更有甚者，噶尔丹里通外国，勾结沙俄，与沙俄狼狈为奸。康熙三十年（1691年）以后，噶尔丹多次派遣使节去沙俄活动。1692年11月，噶尔丹的使者阿钦哈什哈在戈洛文（中俄边界谈判的俄方首席代表）的疏通下到达莫斯科，向沙皇呈递了噶尔丹的信件。在这前后，俄国托博尔斯克行政长官曾派马特维？尤金于1692年赴噶尔丹处活动，1692年、1695年、1696年，俄国又三次遣使会见噶尔丹。因此，噶尔丹凭借沙俄的支持，决心与清朝对抗到底。噶尔丹扬言将领“俄罗斯炮手、鸟枪兵6万，再俟俄罗斯兵6万至，即顺克鲁伦河下”，入侵漠南蒙古和中原。
针对噶尔丹的阴谋活动，为防噶尔丹南下，清政府采取了一系列的相应措施，在归化、张家口，大同等战略要地派兵驻守，设立火器营，多置驿站传送军令，建立了包围漠北的积极防御的军事体系：任命甘肃提督孙思克为振武将军，在右卫（今山西右玉县）驻扎重兵；令建威将军希福驻守大同，将大同、杀虎口的步兵2244名均改为骑兵；在归化城专设将军1员，总管都统、副都统、训练官兵等事务，任命名将费扬古为安北将军。康熙帝又令内大臣明珠、索额图，都统噶尔玛、副都统硕岱赴内蒙古中部，调动内蒙古和喀尔喀骑兵，各驻要地侦察防卫。在东北，康熙帝则令盛京（沈阳）、吉林、黑龙江等地的驻军遇事“可会于形胜之地，科尔沁兵亦令随行”，由黑龙江将军萨布素以索岳尔济山为三省会兵之地，相机进剿。
经过多伦会盟，蒙古各部相互协条，决心在清政府的领导下，共同抗击沙俄的侵略野心和噶尔丹的进犯。康熙帝对此深为满意，曾说过“昔秦兴土石之工，修筑长城，我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚历”。
康熙三十四年八月，噶尔丹为抢掠喀尔喀的牲畜过冬，向克普伦河以东推进，沿途被抢掠殆尽，康熙帝于是设计诱敌深入，令科尔沁土谢图亲王沙律将噶尔丹引诱至漠南，然后清军全面出击，康熙帝准备“亲统大军，风驰电击”，一举将其歼灭。当时，汉族大臣担心他的安全，反对康熙亲临漠北，深入绝域。但康熙帝胸有成竹。“夫烈焰弗戢，必将燎原，积寇一日不除，则疆圉一目不靖”，“夫今不图，噶尔丹来侵我49旗，则必调天下绿旗沿边戍守，所扰不益多乎！”
噶尔丹果然中计沿克鲁伦河南下，康熙帝认为：“机不可失，不俟草茁，即应往剿”，遂于三十五年二月三十日率大军亲征。康熙帝令抗俄名将、黑龙江将军萨布素率东三省军出车路，遏敌前锋；派安北将军费扬古、振武将军孙思克等统领陕、甘兵出宁夏西路。断敌归道；康熙帝则自率中路大军担任主攻，由独石口趋外蒙古。三路大军约定在克鲁伦河会齐，三路夹攻合围，中路主攻，西路堵截，东路拦击，三路大军互相策应，使噶尔丹成为瓮中之鳖，插翅难逃。
中路军：由康熙帝统帅，合官兵厮役，原定3．2970万名，大致有汉军火器营兵2000名及随营炮兵，炮手绵甲军818名及厮役409名，东北之盛京兵2000名，黑龙江兵2000名，宁古塔兵1000名，宣化府绿旗兵3000名（不久减去1000名），以及后增的内务府佐领兵266名，察哈尔左翼四旗军822名，喀喇沁兵500名，扎萨克王以下，附丁以上1992名，古北口绿营兵1500名等，共计约3．6万名。
此外，中路军还有预备兵8392名，尾随主力前进。
中路军每人自带80日口粮，另发帑金6万两，造车4000辆，续又增造1500辆，每车载米6．6石及炊具营帐粮草等物，调直鲁豫三省夫役充任驭手，运粮队的蒙汉佚役及官兵共约8600名。
西路军：分为归化城军和宁夏军两支。归化城军由费扬占亲自带领，包括右卫兵，大同绿旗兵各5000名，京城增发兵3470名，合官兵厮役兵2．4260万名。另有察合尔右翼四旗军822名，大同养马护军及鸟枪护军280名，归化城土默特官兵854名，内蒙古乌兰察布盟六旗共派兵600兵，伊克昭盟鄂尔多斯六旗派兵1000名从征。喀尔喀赛音诺部郡王善巴、滚布、镇国公素泰伊勒登三旗也踊跃参战。估计归化城军总计3万人以上，配备了各类火炮100门，绵甲7000领，火箭3000只。
归化城军每人自带80日口粮，康熙帝又令山西巡抚动用正项钱粮督造了运输车1500辆，运粮队总计约3000人。
宁夏军：原定2．24万人，出肃州（今甘肃酒泉）经坤都伦河、额济河赴漠北，后定宁夏军由宁夏（今银川市）经平罗营出口。此路有孙思克的甘州（今张掖）军1800名，潘育龙的肃州军1000名，苳大成的凉州军（今武威）1200名，殷化行的宁夏军3000名，共有绿旗7000名。另有由西安将军博济率领的西安满洲军3000名，满洲军每人各带仆从1名，绿营马兵2人合带余丁或子弟1人，以供樵汲牵驱之役，这支队伍共约1．7万人。孙思克及将弁捐造了子母炮共80门。
陕甘军人给五月行粮，共合米2．24万石，其中以牛羊带一日之粮，其余1．72万石皆以驼马驮运，以步兵和马兵2500名牵挽护送。
东路军：由盛京、吉林和黑龙江兵组成，共6000名，合厮役约1．2万人。盛京、吉林兵于三月启程，黑龙江兵于四月出发，三省军会师于索岳尔济山，然后直趋克鲁伦河。在这之前，清政府已调内蒙古锡林格勒、昭乌达、哲里木三盟的骑兵驻乌尔会河，以便策应东路军。
粗略估计，康熙帝远征军的规模在14万人左右，为了便于联系和传递军情，清政府还建立了多处驿站，杀虎口、独石口外各置60个驿站；中西两路之间在汛界外设15站，宁夏在部多里一路设了13个驿让，归化城军在噶尔拜察罕库腾一路设立了17个驿站，每站有水井10余处。
由于西行路途纡远，沿线尽是荒漠沙碛和沼泽，噶尔丹又放火烧荒，坚避清野，所以行军极为艰苦。尽管八旗做了充分的准备，由于地理条件的限制，除中路进展较为顺利之外，东西两路则行程缓慢，难以如期到达，所以当中路军于四月九日突进至科图时，东西两路大军却未能如期到达，以致于无法相互策应。为了不迟误军机，西路统帅孙思克只得令“将众军裹带之粮尽行并聚，所乘之马亦摘取膘壮者随之，于所领绿营官兵7000之内，挑选精健者2000以往，其余尽数择将佐之素有威望者带领以归。与孙思克同路的西安将军博霁也挑选2000八旗后与孙同行。四月十一日，孙思克才在察罕和朔（今蒙古巴彦温都尔西边）与费扬古军队会师。
清军虽然处于中路突出、两翼落后的不利态势，康熙仍坚持继续前进、放慢速度、相机而行的正确主张。这时，沙津密遣诱敌的使者从噶尔丹处回报：“噶尔丹有兵2万，又借俄罗斯兵6万”。喀尔喀降者也声称：“前者噶尔丹曾求援兵于俄罗斯国，前月俄罗斯使者20余人来约，至青草出后，助鸟枪手1000，及车炮发至东方克鲁伦河界上。”清军的少数将领闻听后，心怀疑惧，主张退兵自保，让西路军深入前行。这个建议将导致中路军前功尽弃，使西路军偏师受敌。关键之时，康熙帝面谕群臣晓以大义，决定继续进军：“务期剿灭噶尔丹而还。”“我师既至此地，噶尔丹可擒可灭，而肯怯懦退缩乎？”于是全军统一了意志，继续北进，五月五日迫近克鲁伦河。
七日，康熙帝亲率前锋兵突进，“诸军鳞翼张而进，兵威之盛，弥山遍野，不见涯际，整齐严密，肃在无声”。噶尔丹闻讯后登高遥望，见河南驻扎御营，黄幄龙辇，内环军幔，外布网城，精兵强将严阵以待，不觉惊恐万分，自知不敌，于是将器械辎重及体弱伤残者尽皆抛弃，连夜拔营宵遁。康熙率军急迫，但因军粮匮乏，只得令平北大将军孙思克挑选部分精骑，携20日粮饷穷追不舍，与西路军共同夹击噶尔丹。
西路归化城军因中途牲口倒毙，粮饷不继被迫精简，汰弱留强，集中粮、马，选精锐北上。孙思克先率500名精兵赶至翁金附近的察罕和朔与费扬古会师，后继部队则加速行进。五月四日，西路军两支已达土喇河，五月十三日，西路军与噶尔丹军遭遇，双方展开了一场决定噶尔丹命运的昭莫多之战。
昭莫多是蒙古语大树林之意，这一带地势平旷，林箐丛杂，位于今乌兰巴托以南之宗莫德，在富饶美丽的土喇河上游，“其北大山，干仞壁立，山下平川广数里，树木断续，有河流其间，曲折环绕，其南山差低于北，逶迤而下，有小山横焉，战地也”。西路军在戈壁荒漠，牧草烧绝之地跋涉了77天（宁夏军为73天），粮食已绝，饥寒交迫，抵达照莫多时将士们已是面带莱色，精疲力竭。费扬古闻讯后令急行军，抢占了昭莫多的有利地形，决定采取以逸待劳，饵敌来攻，后发制人的方针，让先头部队休息待命。随后，又令喀尔喀郡王滚布、副都统阿南达、阿迪，署前锋统领硕代且战且退，诱敌进入特勒尔济口。
噶尔丹也是一名经验丰富的战略家，他并不甘心自己的溃灭，一路边退却边寻找机会反朴，企图歼灭清廷的西路主力军。为防有埋伏，噶尔丹大军在涌到昭莫多时四处侦察，格外留心。忽然密林中火炮齐鸣，杀路一路人马，噶尔丹镇定观察，见不过是只有400来人的部队，而且全是步兵，而他自己手下尚有万余名精兵，于是放松了警惕，下令大军攻击。噶尔丹大军的人数，诸书记载不一，多说是五六千人。费扬古在战后奏报：“噶尔丹率‘贼’万许，向前逆战。”蒋良骐《东华录》也记载，“噶尔丹率‘贼’万计逆战”，但在昭莫多之战以后，除被消灭、俘虏、投降者外，仍有兵五六千人，所以以兵力以万人较为符合实际。
数百名清兵且战且退，佯装败逃，退至特勒尔济口。费扬古将军见敌军来势凶猛，立即登山布阵。以甘、凉、宁、肃四镇绿旗兵2300人抢占小山制高点，作为中间，扼险俯击；以京城、西安满洲汉军官兵、察哈尔右翼4旗、鄂尔多斯6旗、关拉特3旗、毛明安旗、四子部落旗、喀尔喀右翼旗蒙古兵紧靠东方高地列阵，右卫满洲汉军官兵，大同官兵，喀尔喀善巴、滚布、索泰伊勒登了旗就西方沿河布镇，迅速张开口袋，准备一举歼灭叛敌。
激战首先是从争夺小山制高点开始的。
噶尔丹率军抵达昭莫多后，立刻集中兵力抢攻马鞍形的小山头。清兵据险俯击，矢铳迭发，敌兵毫不惧怯，前队倒毙则后队继进，并舍骑仰攻，鸟枪、弓箭齐发。双方从太阳偏西杀至薄暮（未时至酉时，即下午三、四时到晚上七、八时），杀声震天，但双方仍处于对峙胶着状态。殷化行望见敌人阵后森林中人马丛集，久不出动，断定是敌人的妇稚辎重，于是请求费扬古将军攻噶尔丹军的侧翼，再派一支精兵迂遇到噶尔丹阵地后方，前后夹击。费扬古观敌嘹阵，只见小山头上孙思克据险死守，用火铳、弓弩迎击，而“噶尔丹以及妻子阿努娘子等，亦皆冒炮矢而斗，锋甚锐，不可败”，于是便采纳了宁夏总兵殷化行的建议。清军三路出击，上下夹击，锐不可挡。小山上孙思克激励官兵说：“贼远来，当乘机扑杀，一战成功，有退缩者，法无赦！”殷化行也带着众将士拥着拒马木，执圆盾控矢冲下，矢射如雨呼声惊天动地。一时间，山下烟雾迷漫，但见尘沙陡起，血肉纷飞，敌骑抱头乱窜，哭爹喊娘乱作一团。“‘贼’众遂披摩，坠下山谷者满坑谷，弃杖如麻。”清军剩胜追击30余里至特勒尔济口，费扬古怕人困马乏深夜中伏，下令收兵。回至昭莫多时，已是次日凌晨。此战“斩首2000余级，生擒百余人，俘获子女、驼、马、牛、羊兵器、计物无算”。噶尔丹仅率数骑逃走，其妻阿奴被杀，逃散之敌有千余人投降大将军马思喀但据费扬古奏报，该战歼敌2000余人，阿南达认为应是3000余人；另获驼马若干，牛2万余头，羊4万只。
噶尔丹昭莫多战败逃亡之后，仍拒不降清，纠集残部5000余人流落在塔米尔河（今蒙古车车尔勒格东北）一带，走投无路，狼狈不堪。噶尔丹唯一可以指望的声援力量，是西藏以第巴桑结嘉措为首的神权势力，但清兵已经驻扎于河西走廊的甘、凉、宁（西宁）、肃四镇，严密控制了漠北通向青藏的通道，而且原为噶尔丹所属的甘州萨里维吾尔族（今裕固族）7400余口，也已降清。此时，沙俄因受《尼布楚条约》的约束，不敢接纳噶尔丹投俄，而占据伊犁河的策妄阿拉布坦与其岳父已调兵屯于阿尔泰山，因此，噶尔丹已无法返回故土。加上哈密回王额贝杜拉达尔汉伯克已于九月降清，并将噶尔丹之子色布腾巴尔珠尔擒获，献给清臣，这样噶尔丹成为无立足之地的丧家犬，惶惶不可终日。
康熙采取了种种措施，将噶尔丹围困于漠北科布多河一带，同时发起强大的军事政治攻势，瓦解残敌，争取噶尔丹降清。但噶尔丹仍强项不降，于是康熙帝在1696年和1697年又接连两次亲征。在清军的强大压力下，噶尔丹众叛亲离，忧闷成疾，服毒自杀（一说于康熙三十六年三月十三日清晨发病，当晚即亡）。康熙帝“务期殄灭，穷尽根株”的目的终于实现，遂凯旋回京。
清朝经历10年（1687——1697）的斗争，特别是由于昭莫多之战的决定性胜利，终于歼灭了噶尔丹的叛军，为统一漠北扫除了障碍。这场战争，颇为艰苦，清政府采用了政治诱导和军事进攻相结合的两手政策，发扬了不避艰险、穷追不舍的精神才平定了噶尔丹的叛乱。另外，为了早日剿灭叛匪，清政府及康熙帝调兵遣将，知人善任，粮饷弹药充足，这些都为战争的胜利创造了有利的条件。在昭莫多之战中，康熙帝总统三军，亲帅中路，不避险途；西路军统帅费扬古谨慎持重，爱惜士卒且熟悉边情，成竹在胸。振武将军孙思克年已七旬，右臂早日伤残却仍身先士卒。而宁夏总兵殷化行则机智多谋，晓畅戎机。清政府由于统治机器健全，号令通行万里，所以能在短期内动员全国的人力物力为战争服务，使得粮饷充足，战马如云，十三四万大军所用之战马、驮马、辕马、驿马、备用马，粗略估计，在22万匹上下。清政府还调用了大批驼、骡、牛、驴帮助运输，减轻了马匹承受的压力。以米面为例，中路军和西路归化城军每人携80日口粮，官员携百日口粮，两军另备米车达7000辆，每车运6．6石，略去损耗之0．6石不计，共运米达4．2万石。“八旗、绿旗、内府兵及职事人员酌量增给米粮，时营外堆积如山，观者拥塞、内喀尔喀诸人……莫不挢舌惊骇，将士气与京同”。
昭莫多之战的胜利，加速了噶尔丹内部的分裂，促使了噶尔丹的灭亡，同时，有利于蒙古人民的休养生息。康熙帝曾以诗描述：
诸部名王集，扶携绕御营。
皆言清朔漠，从此乐生成。
喜溢车书会，欢腾鼓角生。
朕怀勤抚恤，所志在休兵。
噶尔丹败亡，喀尔喀人返回漠北，各旗领有被清朝分封的固定的牧场、土地，执干戈以卫社稷，清朝的北部边防遂大为加强，内蒙古的安全也有了可靠的保障，清朝有外蒙古作为“塞上雄藩”，正好以之为军事基地，向天山南北推进。所以，昭莫多之战后，清朝的有效控制权已伸展到青海、套西和哈密等广大地区。噶尔丹败亡，血的教训使一直采取骑墙观望态度的青海蒙古臣服于大清，康熙三十六年十一月，青海正式列入清帝国的版图。青海道路的畅通，清朝对西藏的局势才能了如指掌，并迅速控制了哈密通向天山南北的道路，打开了统一天山南北的大门。青海、套西、哈密的有效统一，是清朝有效统一西藏、新疆等广大西域地区的先声。
§§§第三节 再平准噶尔管辖西藏青海
漠北噶尔丹叛乱被清政府平定之后，准噶尔部的割据势力仍负隅顽抗，企图“尽效噶尔丹所为，思吞并四部为一”，于是与清廷的斗争再起。到了康熙末年和雍正年间，准噶尔部在策妄阿拉布坦的苦心经管下又逐渐强大起来，“潜师入藏，袭杀拉藏汗”，作乱边疆。清廷采取果断的措施，及时出兵西藏并加强西北防务，粉碎了叛军的分裂阴谋，保证了清朝统一多民族国家的和平和发展。
争夺哈密策旺阿拉布坦是僧格的长子，噶尔丹之侄。远在1653年（顺治十年），巴图尔浑台吉死，其子僧格继位，但不久巴图尔浑台吉诸子之间就发生了争夺统治权的内讧，噶尔丹趁机夺得了准噶尔部统治权，策旺阿拉布坦被迫依附于噶尔丹。据《东华录》雍正朝《卷十四》上记载：策旺阿拉布坦“与伊叔噶尔丹不相和睦，带领7人潜逃至吐鲁番地方居住。……且圣心（指圣祖仁皇帝）仁慈，不忍遣兵将噶尔丹余剩部落，悉行剿灭，恩加格外，遣使赏给策旺阿拉布坦。彼时，策妄阿拉布坦力弱势微，甚为恭顺”。当时，噶尔丹正勾结沙俄，图谋对喀尔喀的入侵。策旺阿拉布坦一面向清侵政府“请安纳贡”，表示“大凡君有谕旨，俱愿遵行”，一面“用其七友，收集散亡”，积极发展个人势力。1690年（康熙二十九年）策旺阿拉布坦利用噶尔丹再次东侵的机会，袭取噶尔丹的大本营科布多，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”，占据了额尔齐斯河到乌布萨泊的广大地区，实际控制了准噶尔部，策旺阿拉布坦占据伊犁之后，向清政府“请安纳贡，”表示为清廷“效力尽瘁”，清政府在1694年（康熙三十六年）消灭了噶尔丹之后，承认了策旺阿拉布坦对准噶尔的统治。
随着准噶尔经济和军事实力的增长，“历十余年，部众繁滋，渐骄横”，策旺阿拉布坦开始“尽效噶尔丹所为，思吞并四部为一”，逐步与清廷作对，走上了背叛中央政权，搞分裂割据的道路。当时哈密已正式归附清朝，并擒献了噶尔丹之子色布腾巴珠，故策旺阿拉布坦对此极为忌恨。
康熙五十四年三月二十五日，策旺阿拉布坦“以兵2000，掠哈密”，不满足于自己控制的由清廷划定的阿尔泰山以西至伊犁的牧区，企图占有阿尔泰山以东和哈密地区的广大牧场。策旺阿拉布坦率军开进哈密以北地区，拔五寨，复进至哈密城下。哈密扎萨克达尔汉白克额敏向清廷告急。甘肃提督师懿德派兵反击援助哈密，策旺部败走。清廷同时要求与策旺会盟，和平解决分配牧场的纠纷，然而策旺阿拉布坦拒绝。为防策旺南扰，清王朝派总兵路振声驻防哈密，派吏部尚书富宁安率师援剿，分兵赴噶斯口，征外藩兵集中归化，派满军及索伦兵赴推河，右卫将军费扬古总理军务。因清军防守严密，策旺才未敢南下骚扰。
根据1722年沙俄派往准噶尔部的使臣温可夫斯基记载：珲台吉（即策旺阿拉布坦）控制下的诸民族除厄鲁特蒙古人以外，还有哈萨克人、乌梁海八、特楞古特人、叶尔羌的布哈拉人、布鲁特人、马拉宾人等。其军事力量达到了整个新疆地区和哈萨克草原东南部以及锡尔河中游一带。康熙五十四年，沙俄派出一支3000军人的侵略军侵入准噶尔达布逊淖尔（亚梅什湖）地区，企图建立要塞以作为进一步南下叶尔羌的基地。策旺阿拉布坦派出万余人迎战，粉碎了沙俄的侵略扩张计划。策旺抗击沙俄的亚梅什湖之战是正义的自卫反击战，其意义应予肯定。但策旺的野心越来越大，随着准噶尔部的发展和逐渐强盛，西藏成了他进一步扩张割据的新目标。
侵略西藏清政府和西藏地方的最初联系发生于清兵入关前。1639年（崇德四年），皇太极致书达赖，宣布清政府尊崇西藏佛教势力最大的教派——黄教的政策。此后，西藏地方各个方面的统治者主动与清朝建立联系，他们的行动在客观上明确地反映了祖国强大的向心力的作用。
十六、十七世纪，西藏的黄教在蒙古地区广泛传播，准噶与厄鲁特其它各部都普遍接受了黄教，这种宗教信仰上的一致，把蒙古和西藏两地的政治和社会生活日益紧密地联系在一起。因此，西藏黄教的最高首领达赖喇嘛在信仰喇嘛教的蒙藏人民中间享有很高的威望，两地许多重大活动，诸如会盟、战争、部落间的交往等都是在达赖喇嘛的名义下进行的，正如康熙大帝所言：“蒙古素崇佛教，有达赖喇嘛名，皆归响之”。于是，神王达赖喇嘛就成为蒙藏各派政治势力争权夺势的工具，因为凭借达赖喇嘛的教导权威就可以在蒙藏宗教社会产生广泛的号召力。策旺阿拉布坦必然对西藏的局势倍加关注，这是与他日益膨胀的野心相一致的。于是当西藏的政局陷于混乱时，策旺便急不可耐地出兵西藏了。
这时青海厄鲁特蒙古中的和硕特控制丁西藏，建立了由和硕特蒙古与黄教的联合统治。和硕特部首领顾实汗及其子孙一直与清朝中央政府保持着臣属关系。十八世纪初，达赖汗的儿子拉藏汗继承父位后，更“明确地站到了中国（按：指清朝）一边”。然而由于拉藏汗在宗教策略上的某些鲁莽轻率行为，明显地把自己置于与黄教寺院集团相对立的地位，在围绕达赖喇嘛继承权的问题上，西藏地方两派政治势力发生了激烈的冲突，乃至兵戎相见，使西藏陷入内乱之中。
1697年（康熙三十六年）第巴（按：由达赖与顾实汗共同委任的负责西藏政务的官员）桑结公布达赖五世园寂，同时指定自己择定的转世灵童为达赖六世，拉藏汗则视之为假达赖，并向清廷上报他“行为不端”。1704年双方发生冲突，并率兵从其在藏北为驻地进军拉萨，逼迫第巴桑结退位，由他的儿子继位为第巴。1705年战争又起，藏兵战败，第巴桑结被杀。拉藏汗又扶植了新的达赖，然而“青海诸蒙古，复不信之”，于是西藏存在着一股反拉藏汗的强大潜流，局势更加动荡。
西藏局势的动荡和变化关系策旺阿拉布坦的切身利益，因为他对西藏的侵略野心是蓄谋已久的。策旺表面上通过与拉藏汗联姻的关系，先娶拉藏汗姐姐为妻，而后又招拉藏汗长子丹衷为婿，借以麻痹拉藏汗以便插手西藏事务，暗中却与第巴桑结相勾结，所以策旺的分裂活动是与西藏地方割据势力遥相呼应的，他们俩一拍即合，双方在反对拉藏汗，抵制清廷的统一方针方面是互相默契的。1717年策旺出兵西藏的事件就是在这种情况下发生的，它是继噶尔丹叛乱之后，中国西部边疆地区统一集权与分裂割据两派政治斗争在军事方面的具体体现。正在这之前策旺阿拉布坦刚刚取得反沙俄侵略的胜利，并缴获了大量军需充实了自己的力量，然后乘着战胜的余威，策旺发兵南下，发动了对西藏蓄谋已久的侵略战争。
1716年（康熙五十五年）冬，策旺阿拉布坦派出了两支军队，一支由其表弟大策零敦多卜率领，另派一支300人的部队穿越新疆东部地方前往青海塔尔寺，企图劫持达赖喇嘛噶桑嘉错。他认为“一旦他掌握了那个灵童，整个西藏就会欢喜若狂地迎接他们，征服西藏就会成为一场不流血的战争”。然而这支东进的小部队还未到目的地，就被清军击败了。
大策零敦多卜所率的6000精兵“徙步绕戈壁，逾和阗南大发山；涉险冒，昼伏夜行”，于次年7月，由藏北腾格里海直入西藏。经过两、三个月的激战，拉藏汗军战败退守布达拉城，同时派使者向清朝求援。11月下旬，准噶尔军队四面包围了拉萨城，并与城内的间谍取得了联系。11月30日午夜，准噶尔军从四面向拉萨发起进攻，围攻布达拉宫，杀死了拉藏汗并凶残地屠杀城内军民，整个拉萨城血流成河。准噶尔军队在占领拉萨城后，抢劫三日，古城拉萨经历了一场空前的劫难，辉煌壮丽的布达拉宫也遭到了严重的破坏。
出兵平叛为了维护西藏地方的和平统一，平定准噶尔叛乱，清政府先后两次出兵西藏。
第一次用兵是在康熙五十七年三月（1718年4月），清廷派西安将军额伦特和侍卫色愣各率兵自青海入藏，由于仓卒进军而且是孤军深入，轻敌冒进，再加上兵力薄弱，在喀喇河（即黑河）一带相持一月，终因“军中食尽”，不幸败没，额伦特战死疆场。
康熙认为：“西藏屏藩青海、滇、蜀”，是中国重要的边防地区，倘为准噶尔部割据，则“将边无宁日”。为了维护边疆的统一，康熙决定第二次出兵平叛。鉴于第一次失败的教训，清廷对这一次军事行动做了充分的准备，厚集兵力，备足粮饷。1718年（康熙五十七年），命皇十四子胤为抚远大将军，“驻节西宁，调饷征兵”，指挥进藏平叛的各路清军，以年羹尧为四川总督，协助办理军务。以平逆将军延信等出青海，向黑河进兵，是为中路；由定西将军噶尔弼，付将兵钟琪等率军出打箭炉，从四川入藏，是为南路；又派将军傅尔丹、富宁安分别自巴里坤、阿尔泰出师，“以猎其北”，防止准噶尔部向西藏增兵。
为确保战争的顺利进行，清廷又及时地安抚藏蒙人民并顺应当时大多数憎俗民众的意愿，正式册封塔尔寺的噶桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，宣布派兵送往西藏坐床。同时清廷又责令抚远大将军胤遣使与准噶尔叛军商谈，试图和平解决事端，但却被策旺阿拉布坦野蛮拒绝。
康熙五十九年春，噶尔弼率领南路军从四川出发，六月攻克察木多，从容进军，秩序井然，一路各土邦纷纷率部归顺，势如破竹，准噶尔部的几支军队闻风溃散，八月占领了拉萨，逮捕了101名准噶尔充当间谍的准噶尔喇嘛，将为首5名斩首示众，打击了准噶尔部在西藏的割据势力。
在南路军入藏的同时，中路军在延信的率领下，自西宁出发，青海蒙古各部”汗、王、贝勒、台吉，各自率所部兵或数千或数百，随大军扈从达赖喇嘛入藏，军容甚盛”，受到西藏僧俗民众的热情迎接。大军驻扎在青海南境，先后在薄克河、齐嫩果尔和楚玛拉等地三次打败了截堵的准噶尔军，八月底进驻黑河。大策零敦多卜不敢退回拉萨，“计穷力竭，狼狈而遁”，率残部逃回伊犁。据记载，准噶尔入藏军队6000人，只有500人得以生还。
1720年，（康熙五十九年）九月十五日，在将军延信的坚持下，“在晴朗的天气中，举行达赖喇嘛坐床“大典”，当地僧民欢呼雀跃，各复生业，西藏的社会秩序被逐步安定下来。
这次战争，清朝驱逐了侵扰西藏的准噶尔军，恢复了西藏地方的社会秩序，维护了祖国的统一，解脱了西藏人民的灾难，是一次值得肯定的进军。随后清朝政府进一步加强了对西藏的管理，并开始在西藏留有驻兵，从此西藏成为我国领土不可分割的一部分。
清王朝为了巩固边防，防止策旺阿拉布坦再惹事端，决心增兵吐鲁番，屯田备边。这一举措乃与清廷派兵驻藏是相一致的。康熙六十年八、九月间，清廷先后派副都统庄图、穆克登各率兵2000人进驻叶鲁番，由阿喇纳统一指挥。阿喇纳军在途中与旺军相遇，清军分三路突入准噶尔阵内，策旺阿拉布坦败入林中，弃马步战，边战边退。清军以火器射击，杀死杀伤准噶尔军百余人，准噶尔军溃不成军，清军乘胜追击数10里，俘获了众多的叛军。
准噶尔军民的抗俄斗争准噶尔人民在与沙俄的长期“交往”中，早已识破沙俄口蜜腹剑的伎俩。十七至十八世纪之交，俄国正是野心勃勃的彼得一世在位时期，在与欧洲列强争霸的同时，沙俄也在东方极力推行侵略扩张政策，屡次派军侵犯、骚扰我东北和西北的边疆，为此清政府进行了强硬的反击，准噶尔人民也坚决反抗沙俄入侵，亚梅什湖之战就说明了准噶尔人民不容外敌侵犯，保家为国的决心。
但沙俄侵略者贼心不死，在亚梅什湖战败之后，又组成了400多人的一支侵略军。试图侵入斋桑湖，在湖边修筑城池要塞，以伺进侵略我国西北。但这支侵略军又遭到噶尔军民2万人的截击，不得不灰溜溜地退回老巢托波尔斯克。
到了1721至1722年，策旺阿拉布坦的势力被清军逐出西藏之后，处境十分狼狈，为摆脱困难而表示愿意向沙俄让步。沙俄政府以为有机可剩，立即把侵略魔爪伸向准噶尔部，劝诱策旺臣属于俄国以求得到俄的庇护。然而在准噶尔人民面前，策旺拒绝了俄的威胁利诱，坚持了严正的立场，“拒绝转入俄罗斯国籍，并且没有接受翁科夫斯基所提出的关于在汗国领土上修筑要塞并派俄军驻防其中的建议”，这说明准噶尔人民是爱国的，因此沙俄翁科夫斯基使团在准噶尔活动的两年内，处处碰壁，一事无成。
铲除青海叛乱1723年（雍正元年），准噶尔汗策旺阿拉布坦支持青海和硕特蒙古贵族罗卜藏丹津乘抚远大将军胤回京奔丧之机，公开发动了武装叛乱。
罗卜藏丹津是顾实汗之孙，于1714年继承了其父的和硕亲王爵位并于1720年（康熙五十九年）作为青海和硕特代表“率所属兵”，参加了清军护送达赖喇嘛入藏的队伍，但在顾实汗死后（顺治十三年，即1656年），青海和硕特便失去了统一各部的凝聚力和约束力，出现了王公贵族相互纷争，成为清政府西北地区的“边患”。直到清政府平定噶尔丹叛乱后，才与和硕特部建立了松散的联系，和硕特部地方割据势力仍十分强大。清军进藏后，加强了对西藏政府的管辖和控制，从此结束了和硕特蒙古对西藏的统治。由此罗卜藏丹津怀恨在心，因他一直怀有“阴觊先人霸业，总长诸部”的政治野心。罗卜藏丹津本是青海和硕特蒙古贵族中唯一的亲王，爵高位崇，在他看来他理应接替拉藏汗而统治西藏，然而事实都恰恰相反，罗卜藏丹津不仅没在西藏获得任何权势，反而受到了清政府的抑制与削弱。因此，罗卜藏丹津对清廷产生了强烈的不满，代表青海割据势力，与策旺相勾结，悍然发动了反清的武装叛乱。
1723年（雍正元年）8月，罗卜藏丹津胁迫青海各台吉（即首领）于巴尔巴罗海会盟，自称为达赖珲台吉，强令诸台吉“呼旧名号，一律不许呼王、贝勒、贝子、公封号”，拒绝者则遭攻击，于是如亲王察罕丹津等，率妻子及所属百40余人，至河州老鸦关外，向清朝求援。
清廷闻变后，急令川陕总督年羹尧率军前往平叛，一面命侍郎常寿去罗卜藏丹津驻地沙拉图宣布圣偷，令其“罢兵和睦”，遭拒绝，常寿反遭拘禁，罗卜藏丹津与同党阿拉克诺木齐、阿尔布坦温布、藏巴扎布等益肆猖狂。
雍正元年十月，叛军首先在西宁府周围的南川申中堡，西川镇海堡与北川新城等发动进攻，“每处有贼二三千人，以势驱逐附近番子，攻城放火，烧毁民间积聚草谷，抢掠财物”，同时，西宁附近喇嘛寺院的僧人也受到蛊惑而叛乱反清。
年羹尧被封为“抚远大将军”，征调川陕官兵进驻西宁。清廷又命四川提督岳钟琪为“奋威将军”，参赞军务。为防叛军内乱，清军分布于永昌布隆吉河、巴塘、里塘，黄胜关等处，防止与准噶尔部沟通。清军部署就绪后，便分兵进攻西宁周边各处叛军。罗卜藏丹津率军西逃。于是镇南、申中、南川、西川、北川等地尽为清军收复。清军在解决了周围的战斗之后，平叛战争便进入专门讨伐罗卜藏丹津叛军的阶段。年羹尧采取岳钟琪“乘春草未生”“捣其不备”的作战方针，于雍正元年二月八日，分兵三路进剿：总兵吴正安由北路；总兵黄喜林出中路，岳钟琪与侍卫达鼐由南路进剿判军，大败罗卜藏丹津于柴达木，罗卜藏丹津“衣番妇衣，携其妻妾，走噶尔顺”，以后又逃到准噶尔策旺阿拉布坦处。
这次平叛战争用兵神速，大获全胜。据清朝官书记载：“计师行深入，自雍正二年二月八日至二十有二日，仅旬有五日，成功之速，为史册所未有”，雍正皇帝也把这次战役的胜利，看作“十年以来”从所未立的“奇功”。
罗卜藏丹津叛乱被平定之后，清廷对青海蒙古各族加强了管理，共编为29旗，还规定了会盟与朝贡制度；在经济上采取了发展农牧业生产、安定人民生活的措施；清廷将一度作为地方割据势力主要支柱的喇嘛教寺院置于政府控制之下。不久，清廷对青海地区的行政建制作了重大改革，1725年（雍正三年）改西宁卫为西宁府，从此，青海地区完全置于中央政府的直接统治之下。
清军平定西藏阿尔布巴叛乱清军收复青海后，阿拉布坦苏巴泰不肯臣服，经常出兵截饷戕吏，威胁清军安全。年羹尧派兵进讨，追至墨尔，阿拉布坦苏巴泰战败而逃。这时西藏又发生内乱，在准噶尔部的支持下，被封为贝子的阿尔布巴等与清廷册立的贝子康济鼐争权，兵戎相见。
清朝派吏部尚书查郎阿率川、陕、滇兵1．5万人进讨，直捣拉萨。清驻藏大臣马喇、僧格等到布达拉保护达赖，并将叛军首领阿尔布巴擒获，待查郎阿军抵布达拉时，西藏内乱已平定，清兵对首逆及其家属尽行诛戮，维护了西藏地方的和平。
击退廓尔喀入侵清廷于1727年（雍正五年）设立了驻藏大臣，加强了对西藏的管辖。颇罗鼐在平定阿尔布巴叛乱中因功而被升为郡王，“克尽忠诚”管理藏务。但当颇罗鼐死后，其子诛尔墨特那木扎勒在承袭了郡王爵位，企图独揽大权，与达赖喇嘛发生冲突，于1747年（乾隆十二年）发动了叛乱。清廷密令新任驻藏大臣傅清务必诛杀叛乱分子。然而叛军党羽众多，气焰嚣张，傅清被迫自杀。清廷于是急调四川总督策楞与提督岳钟琪率兵入藏平叛。但在西藏，由七世达赖喇嘛和西藏僧俗人员齐心协力，已经镇压了叛乱。清廷于1750——1751年间对西藏的政体进行了改革，废除了西藏郡王的授封，规定西藏地方政府——噶厦由4名噶隆联合组成，并相应提高了驻藏大臣的权力。此后西藏政局维持了近40年的稳定。
十八世纪末，廓尔喀族统治了尼泊尔之后不断四处扩张，并发动了对西藏的入侵。1788年（乾隆五十三年）廓尔喀族派兵进犯我西藏的聂拉木、宗噶、济咙等地。清廷派巴忠等率兵入藏援助，巴忠办事不力，谎报廓尔喀已退兵以蒙骗清廷，从而使廓尔喀得寸进尺，并与西藏的叛乱分子勾结，派兵侵略日喀则，四处杀掠，使西藏僧俗人民遭受到巨大灾难。而驻藏大臣保泰闻讯不作抗击，却打算将达赖与班弹“移至泰宁”。清廷连派福康安为将军，调兵入藏，得到藏民的欢迎和支持。清军很快驱逐侵略者，廓尔喀统治者向清廷保证，永不再侵犯西藏。清廷决定大力整顿和改革西藏的政治与宗教制度。1793年颁布了著名的《钦定西藏章程》，从而大大加强了清廷对西藏的管辖。
§§§第四节 准部烽烟再起清廷维护统一
科舍图之战青海和硕特首领阿卜藏丹津叛乱失败后逃亡准噶尔，受到策旺阿拉布坦的庇护。清廷多次令其献出叛贼但策旺拒不从命。
雍正五年（1727年），策旺阿拉布坦死，长子噶尔丹策零继位，“狡黠好兵如其父，屡犯边”，继续庇护罗卜藏丹津，并且多次骚扰清兵。雍正帝认为，噶尔丹策零的分裂力量迅速扩大，而且气焰嚣张，“若不迅行扑灭，将来必为蒙古之巨害，贻中国之隐忧”，因此，雍正帝决心继承康熙的未竟事业，力排众议，以武力平定准噶尔以维护统一。
雍正七年（1729）年三月，命傅尔丹内大臣为靖边大将军，率2．6万余人屯驻阿尔泰山地区的科布多（今蒙古吉尔格朗图）出北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，率2．9万人进驻巴坦克坤（今属新疆），出西路，准备次年进攻伊犁的准噶尔部。
噶尔丹策零十分狡猾，闻听清廷出兵，立刻向清廷遣使求和，并愿献出罗卜藏丹津，结果雍正帝中了噶尔丹策零的缓兵之计，下令两路军队暂缓进兵，并传傅尔丹和岳钟琪回京议事，两路大军屯驻于哈密至巴里坤之间的科舍图岭，这里有优良的牧场可供清军兵马休整。这样一来，清军丧失了警惕性，四川提督纪成斌和副将巴赛代管西北两路军务也掉以轻心，在科舍图牧场四周并未派重兵防守，而部将们“避寒山谷间，日置酒高会，挟娼妓以为乐”。雍正八年冬（1730年），噶尔丹策零率2万兵马突袭科舍图岭，清兵措手不及，总兵樊廷、副将冶大雄匆忙以2000兵力拒敌，总兵张之佐则在后夹击救援，力战7昼夜，夺回被准噶尔掠走的驼马大半，其中总兵曹勃在仓卒出兵后全军覆没，仅他1人死里逃生。情况紧急，清廷乃命付尔丹、岳钟琪火速返回科布多、巴里坤，迎击噶尔丹策零军，策零军闻讯溃逃。
和通泊之战清军北路军统帅傅尔丹于四月进屯科布多。雍正九年（1731年），噶尔丹策零欲伏击北路清军，乃派间谍向清军诈降，诡称噶尔丹策零大军未到，仅有小策零敦多布率军“不过1000”，驻于距清营，“止三日程”的察罕哈达，而大策零敦多布因“途中有病，留驻和博克山”。傅尔丹轻信其言，贸然遣兵万余名前去迎击，将大军分为三路，由科布多河西路轻装前进。同时，令都统衮泰、总兵胡杰率兵7300名，留守科布多。令都统陈泰、副都统阿三率满兵2000，驻扎科布河东，扼守通往奇林的要路，与衮泰互为应援。
傅尔丹率军连夜袭击察罕哈达，结果扑空，又掳敌探，供称有驼马10万、兵2000现屯博克托岭。傅尔丹一再受骗仍执迷不悟，先后共派4500兵力前往袭击，准噶尔军以少数兵力及牲畜诱清军深入，而将主力2万兵力埋伏于山谷中，专等清军上钩。
十八日，清军前锋兵在库列图岭与准军遭遇，一经交锋，敌军即丢下400余具尸体，驱驼马越岭而逃。傅尔丹喜不自胜，下令穷追不舍。十九日清军三队会师，共同往山中剿匪，正入敌人的包围圈。准军居高临下，万箭齐发，顿时“笳声远作，毡裘四合，如黑云蔽日”，把傅尔丹前锋400人马紧紧包围在和通泊地方（位于科布多西200里，也称和通淖尔，和通呼尔哈诺尔等，意为大湖泊）。傅尔丹又派6000兵马前往援助，但因天气突变，风雨交加，未能缓解危机局面。二十二日，东、西两队清军突围失败，绝大部分官兵被杀，高级将领定寿、素图，马尔齐等皆战败自杀，二十三日，敌军集中优势兵力，环攻和通泊的清军大营，傅尔丹率军苦战，杀死敌兵500多人。科尔沁王所率的蒙古兵临阵脱逃，于是军心大乱，清军全无斗志，顷刻瓦解，伤亡惨重。傅尔丹勉强拼凑起4000名残兵坚持奋战，且战且退，逃回科布多时仅剩散兵2000余人。
和通泊战役，清军的损失十分惨重，西路清军共3万人，逃回科布多时仅剩余2000人。这次战役所以遭到惨败，是“将帅骄慢”所致。由于轻信噶尔丹策零的诡计，丧失警惕，而且冒然出兵，三队人马缺乏密切配合。相反噶尔丹策零则成功地利用了清军自恃强大的弱点，使用缓兵之计，诱敌深入，设埋伏围歼了清军。
战后，噶尔丹策零进一步滋长了扩展势力的野心。他在西、北两路备兵，“令诸台吉环峙乌鲁木齐”，以伺清军的西路，“又屯田于鄂尔齐斯河”，以窥清军北路，并把主攻方向放在北方的喀尔喀。
清郡王额附策凌重创准噶尔傅尔丹兵败回科布多之后，向雍正上书自请处分，被降为振武将军，而噶尔丹连连取得了科舍图及和通泊两次战役的胜利，洋洋得意，又令大、小策零敦多卜和多尔济丹巴统兵3万东征喀尔喀。准噶尔军探得察罕瘦尔和科布多等地均屯驻了清兵，乃取道阿尔泰山迤南向东进军，大策零的军队直抵克鲁伦，掠夺喀尔喀牧民的牲畜，使鄂尔海、喀喇乌苏等地百姓受到惊扰。喀尔喀亲王额驸策凌与亲王丹津多尔津合兵迎击于鄂登楚勒河。策凌派出600骑夜闯准噶尔兵营诱其出击，准噶尔军不知是当，追击时遭到策凌兵的埋伏，于是准军大败而逃。
鄂登楚勒河的战败并没有改变噶尔丹策零的野心，他又于1732年（雍正十年）派兵6000人，自乌鲁木齐进攻哈密。岳钟琪遣总兵曹勤等在二堡截击，结果因坐失良机而放走了敌军，为此岳钟琪受罚连降三级，撤去统帅之职，清廷令张广泗代理大将军。
1732年6月，噶尔丹策零又令小策零敦多卜领兵3万进犯阿尔泰，敌军此行“志欲抢夺泽卜尊丹巴胡土克图，侵掠喀尔喀部落，直越察罕叟尔大营，由杭爱山肆行猎獗”。清廷颇有才干的顺承亲王锡保刚被封为靖边大将中后不久，由于弄不清敌兵作战计划，于是采用分兵把守、伺机而动的战术，在各关口派驻了绿营兵和满蒙兵，以相互照应。
当准噶尔军探知喀尔喀亲王额驸策凌“偕将军塔尔岱青，御之于本博图山”时，决定偷袭塔米尔河额附策凌的牧地，以“掠其子女牲畜”。策凌闻讯，怒不可遏，一面派军向东驰救塔米尔，一面急报锡保，请求派兵夹击。策凌亲率蒙古兵2万，“夜半绕涧道出山背，迟明，自山顶大呼压下”，准军梦中惊醒，弃其辎重，“仓皇奔溃”。策凌率军追击，沿途交战10余次，大败小策零敦多卜。
八月四日，策凌追击小策零敦多卜至杭爱山南麓的厄尔德尼昭（即光显寺），此地“左阻山，右限大水”，道路狭窄，大喇嘛寺即光显寺横卧于谷中，致使小策零军队拥挤不堪，行动迟缓。清军在此布阵，将小策零敦多卜的3万人马压缩在狭谷中，乘夜猛攻，“乘势蹴之，击杀万余，尸满山谷，河北数10里皆赤”，清军歼敌2万余人，只有小部敌兵在小策零敦多卜的带领下趁黑夜突围，清军取得重大胜利。
八月九日小策零敦多卜在败退过程中派兵2000进犯西尔哈昭，在这之前锡保已令绥远将军马尔赛、建勋将军达尔济率所部兵马在途中截杀。西尔哈昭城由内大臣马兰泰精选精兵1100名出城迎战，大败敌军。而绥远将军马尔赛却按兵不动，在驻地扎克拜达里克城旁观，而该城万余名将士却“无不踊跃奋经，有灭此朝食之心。而马尔赛立意坐视，按兵不动，同事之大臣等，再三约会陈说，马尔赛坚执不从。傅鼐以机不可失，情急于跪求，而马尔赛始终不允”。次日晨，众将登城亲见残敌狼狈而逃，再次请求开城追击，马尔赛仍固执已见，坚持闭门守城。参赞胡琳、傅鼐出于义愤难忍，不待将令即擅自率兵出城追敌。马尔赛被迫同意出兵，但又领兵缓行，不敢急退，甚至仅派700名士兵前进追击，谎称敌人已逃跑，竟自收兵。
战后，雍正帝赏罚分明，郡王额驸策凌战功卓著被晋封为超勇亲王，赐黄带，并令其“佩定边左付将军印，进屯科布多，授盟长便宜行事”。清廷又从土谢图汗部分分出21旗，隶属于额驸策凌的赛音诺颜部，“由是赛音诺颜部邕为大扎萨克，与三汗部并列”（按：另三汗部是土谢图汗部、车臣汗部、扎萨克图汗部）。至此，喀尔喀蒙古乃分为4部。同时，清廷斩杀了“闭关不出”，贻误战机的马尔赛；将疏于戒备、战斗不力的锡保撤职削爵；另以平郡王福彭为定边大将军驻守乌里雅苏台（今蒙古扎布哈朗特）。
雍正十二年（1734年），西路清军又大败噶尔丹策零军于布隆吉大坂。
自光显寺一战之后，准噶尔部损失严重，可谓元气大伤，转而遣使向清廷求和。而清政府连年于西、北两路用兵，也感到要休养生息。雍正帝按照康熙帝的密谕：贼巢逖远，我师往则我师劳；贼师来则贼师困，唯有严兵诱致邀击为万全策，决定休兵议和。
自1734年（雍正十二年）至1739年（乾隆，四年）间，双方派人几经交涉，终于划定了喀尔喀与准噶尔牧区界限，以阿尔泰山为界，厄鲁特各部游牧不得越过界东，而喀尔喀4部则不得越过界西。这样，噶尔丹策零之乱终于平息。清廷与准噶尔部割据势力之间的矛盾得到暂时缓和，双方维持了近20年的和平局面。
§§§第五节 乾隆出兵伊犁准部叛乱平息
雍正十二年（1734年），噶尔丹策零叛乱被平定之后，清廷与准噶尔部休兵议合，并在准噶尔部所属的厄鲁特蒙古和喀尔喀蒙古之间划定了牧场界限，又许通商互市，进藏煎茶。一时间，中国西北边疆出现了少有的祥和局面。清廷虽下令罢征，但仍在北路的乌里雅苏台和西路的哈密、巴里坤等战略要地，留下了一定兵力以屯田戌边。20年之后，准噶尔内部又起内讧，大策零敦多卜之外孙阿睦尔撤纳趁机扩大势力，再次将西北边疆各族人民推进了战乱的深渊，沙俄侵略者意欲趁乱插手。为此，乾隆帝不遗余力坚决、果断地出兵，平定了这次叛乱，从而使自康熙朝开始的历时70年的准噶尔部在西北的叛乱被彻底铲除。
准部起内讧清兵攻伊犁乾隆十年（1745年）九月，准噶尔部首领噶尔丹策零死后，准噶尔部的封建王公贵族为争夺汗位，出现了纷争。噶尔丹策零留下三子，长子喇嘛达尔札19岁，次子策妄多尔济？纳木札尔13岁，幼子策妄达什7岁。众方欲立长子喇嘛达尔札，但元老贵族如大宰桑衮布等以长子系庶出不得立为由，要求立嫡出的次子策旺多尔济？纳木札尔，“以母贵嗣汗位”。然而年纪最小的策旺达什却为准噶尔部权势显赫的大小策零敦多卜所拥护。各派之间明争暗斗，愈演愈烈，终于兵戎相见，致使准噶尔部一片混乱。
策旺多尔济？纳木札尔继位后，为政残暴，诬说其姐鄂兰巴雅尔“欲效俄罗斯自立为扣肯汗（即女皇）拘而系之”，并“处死了许多名宰桑”，而且他“童昏无行”，肆意荒淫，不得人心，从而引起准噶尔内部多数贵族的强烈不满，但这时准噶尔部尚与清廷保持着较为正常的隶属关系，所以准部的内讧没引起清廷的重视。
乾隆十五年（1750年），策旺多尔济？纳木札尔的姐夫萨奇伯勒克联合大宰桑衮布等有权势的人物“助其庶兄喇嘛达尔札攻而弑之”，策旺多尔济？纳木札尔被剜去双目后囚禁在阿克苏，从此喇嘛达尔札取得了准噶尔部的汗位即大台吉之位。
喇嘛达尔札继位后面临着内忧外患的严峻形势。对外要抵制沙俄的野心：贪婪而强大的北部近邻俄罗斯不断地向南蚕食扩张，侵占了准噶尔在额尔齐斯河及额敏河等地的一些土地，在那里筑堡、捕兽、挖金、取铜……。为此，噶尔丹策零在位时曾向沙俄提出的警告，但沙俄贼心不死，仍在我国西北边疆虎视眈眈。而现在准噶尔部的内乱无疑给沙俄向我国边境渗透带来了绝好的机会，对此，喇嘛达尔札感到对付沙俄是心有余而力不足，因为准部的内乱并没有停止，他无暇外顾。
一直拥戴策旺达什的策零敦多卜的达什达瓦（系小策零敦多卜之子）联合同绰罗斯家族有亲密血缘关系的辉特部台吉阿睦尔撒纳与和硕特部台吉班珠尔，共同谋划拥立策旺达什为汗。结果计划泄露，喇嘛达尔札杀死了策旺达什以及达什达瓦，从而造成了准部更大的混乱，却不料给出身于辉特部的阿睦尔撒纳以可乘之机。
阿睦尔撒纳身为辉特部的台吉，却是策旺阿拉布坦的外孙。他身份特殊，自觉有权插手准部的内政。当谋立策旺达什的计划破产之后，他转与大策零敦多卜的孙子达瓦齐相勾结，双方建立起反喇嘛达尔札的联盟。而这个达瓦齐“依照传统的习惯，达瓦齐有合法的继承汗位的理由”。乾隆十七年（1752年）十一月二十一日，达瓦齐和阿睦尔撒纳率精锐骑兵1500名，突袭准噶尔部的行政中心伊里（即伊犁），杀死喇嘛达尔札，结果达瓦齐名正言顺地继承了汗位。然而达瓦齐也是一个庸才，终日狂饮，不理政事，很快就失去了人心。达瓦齐与阿睦尔撒纳的联合本来是相互利用，当他们共同的敌人被打倒后，他们内部又产生了矛盾。阿睦尔撒纳野心膨胀，为了扩展实力，他袭杀了他岳父并抢占其牧地，从原来游牧的塔尔巴哈台地区迁帐于额尔齐斯河，直接与据守伊犁的达瓦齐势力发生了冲突。据俄国档案资料记载，他们双方发生火并是在1754年春夏之间（乾隆十九年）。这时阿睦尔撒纳已经控制了辉特和硕特、杜尔伯特三部，当他进一步企图与达瓦齐分辖准噶尔诸部时，双方进行了战争。起初阿睦尔撒纳“集聚各地约6000士兵的部队”进攻达瓦齐，而达瓦齐也调重兵迎战，双方激烈撕杀后，阿睦尔撒纳战败。无奈，他率所部2万余人，投归了清朝政府寻求庇护。
阿睦尔撒纳并不是真心真意投归清朝，而是想利用清朝中央政府的兵力，消灭其政敌达瓦齐。1754年冬，他在热河被乾隆召见，封为亲王，同来的纳默库、班库尔被封为郡王，部属2万余人被安置在喀尔喀扎布汗河一带游牧。阿睦尔撒纳力陈“伊犁可取状”，请求清廷出兵，攻打达瓦齐。随后，杜尔伯特部的三车凌——台吉车凌、车凌乌巴尔和车凌孟克一致认为，准噶尔内乱不止，无法安生，“依准噶尔，非计也，不如依天朝为永聚计”。于是率所部万余人摆脱达瓦齐的迫兵，归附清廷。车凌被封为亲王、盟长，部属安置在扎克特达里克游牧。以后，前来归附清廷的部族接连不断，准噶尔部达瓦齐的暴行已招致民怨沸腾，众叛亲离，事实更坚定了清廷出兵的决心。
清兵攻伊犁从十七世纪以来，准噶尔崛起西北，割据称雄，长期与清政府对抗，并且三番五次在周边付伐侵略，前后进犯过喀尔喀、青海及西藏等，干戈扰攘数10年，成为清政府统一、安定的主要障碍。在乾隆帝看来，平定准噶尔割据势力是头等大事，是祖、父（即康熙和雍正两朝）“筹办未竟之事”，“准噶尔一日不定，其部曲一日不安”。还在清军入关前，努尔哈赤和皇太极就曾以极大努力，不仅争取漠南蒙古，而且争取厄鲁特蒙古和西藏达赖喇嘛。乾隆继位后，基本上继承了他父辈的方针，不同的是他更强调文治武功两方面同时并举。他认为，“驾驭外藩之外，示之以谦则愈骄。怵怵以威则自畏”，要“宽猛并济，恩威并用”。正是在这个方针指导下，清王朝一方面用军队控制边疆，派大臣驻守各地，修建大量城堡、台站和卡伦；另一方面，又对少数民族上层人物施以恩德，通过联姻、封爵、给俸、年班、围班等形式进行拢络。在乾隆朝初年，准噶尔部在策旺和策零的统治下，政局通明，兵力强盛，这时清廷如果冒然出兵，长途跋涉，粮运不继，则势难取胜，雍正九年的和通泊之败即是前车之鉴。所以乾隆与准噶尔划定了牧区界线，求得暂时和平，彼此相安无事。到了策零死后，准噶尔内部纷争，局势大乱。达瓦齐夺得汗位，为掠夺财富和牧场，多次兴兵攻打各部，烧杀抢劫，以致众叛亲离。在准噶尔人民和上层统治者中间，归附清朝，拥护统一的倾向迅速地增强，他们盼望摆脱达瓦齐的专横统治，结束长期的混乱局面。这样，就为清廷进行最后的平准战争，统一西北边疆创造了前提。
厄鲁特蒙古族象杜尔伯特部三车凌这样大规模内迁归清还是有史以来第一次，这反映了蒙古族人民对准噶尔部混乱和战祸极为不满以及他们要求统一安定的强烈愿望。乾隆通过三车凌进一步了解了准部的情况，决定出兵平准，剪灭割据势力。乾隆觉得事不宜迟，应该趁达瓦齐失去人心且又与哈萨克相争之机，分兵两路直逼伊犁，击败达瓦齐，然后再将蒙左各部分驻游牧。然而，满洲大臣策楞、舒赫德等都不主张出兵，惟有大学士傅恒支持出兵。乾隆决心已定，指出“天朝之于外藩，恭顺则爱育之，鸱张则剿灭之”。阿睦尔撒纳和玛木特趁机建议：“塞外秋弥时，我马肥彼马亦肥，不如春月乘其未备，且不能远遁，可一战擒之”。乾隆认为言之有理，遂将出兵时间提前到明春。
1755年（乾隆二十年）春，清政府命阿睦尔撒纳为定边左副将军，萨喇尔为定边右副将军，分率北路和西路的厄鲁特哨探兵先行，提前三日出发。清廷以班第为定北将军，由乌里雅苏台出北路；以永常为定西将军，由巴里坤出西路，总计北西两路大军各有兵2．5万，马7万匹以及可供两月的粮秣，约定花博罗塔拉（今新疆博乐）会师后，直捣伊犁。与此同时乾隆颁布诏书，申讨达瓦齐的罪过，声明出师理由，号召达瓦齐不要与清军作对，如若痛改前非则将得到宽大处理”，“一体封爵，不令失所”。
在清军两路进攻之下，准噶军纷纷归降，“自大兵前进，准噶尔部落人众，各带领鄂拓克，陆续前来投诚者甚多”。清廷出兵深得人心，一路上大军所至，到处都受到准噶尔人民的热烈拥护和欢迎，“各部大者数千户，小者数百户，无不携酒牵羊以降，兵行数千里，无一人敢抗者”。阿睦尔撒纳和萨喇尔各率数千精骑为先锋，打着本部旧旗，进展尤为迅速。达瓦齐匆忙应战，率兵数万人前往抵抗。5月初，清两路大军在博罗塔拉会师后，立即向伊犁挺进，达瓦齐军土崩瓦解，失去了抵抗力，清军几乎兵不血刃地进抵伊犁，而清军前锋部队都是归附的厄鲁特蒙古军。达瓦齐率亲兵万人退至伊犁西南的格登山（今新疆昭苏县苏木拜河东岸），靠山临水，负隅顽抗。清军占据伊犁后，兵分两路渡过伊犁河，进军格登山。清军摸清敌兵布阵之后，连夜突袭敌军大营，并鸣枪呐喊以壮声势。敌军从梦中惊醒，不知虚实，惊愦奔散，自相践踏，乱作一团。达瓦齐仅带2000精兵逃往南疆。次日黎明，阿睦尔撒纳收缴敌军数千人，青海叛乱头目罗卜藏丹津也被抓获。
清军一面追击达瓦齐，一面通知南疆回城各部协助。南疆的维吾尔族纷纷响应清军，摆脱准噶尔统治，达瓦齐的小部队成了众矢之的。六月初八日，乌什城的阿奇木伯克霍吉斯得知达瓦齐将经乌什喀什噶尔，便设宴款待，趁达瓦齐等酒足饭饱之际，一举将他擒获．押往清军大营。不久达瓦齐被解押送往京师。乾隆帝为笼络准噶尔部，安抚人心，赦免达瓦齐并封其为亲王，领率旧属四五十户住在北京。
清军首次袭击伊犁，平定了达瓦齐的割据势力。这次胜利贵在抓住战机，进兵神速，而所需军费仅及康熙、雍正时西征的十分之一二。
清兵再攻伊犁阿睦尔撒纳早有图谋割据的野心。清军铲除达瓦齐割据势力，除去了阿睦尔撒纳的竞争对手，阿睦尔撒纳得意忘形了。乾隆一时没有看清阿睦尔撒纳的野心，以他在平叛军达瓦齐战役中的卓着战功而特地晋封他为双亲王，食亲王双俸。被准噶尔拘为人质的4部首领也被放回天山南路。“于是天山南北二路皆不血刃而定”，西域似乎可以太平无事了。然而一波未平，一波又起。阿睦尔撒纳又发动了叛乱，再次将西北各族人民推进战争的深渊。
尽管清廷对阿睦尔撤纳宠爱有加，但他欲壑难填，达瓦齐割据势力一旦被平定，阿睦尔撒纳隐藏着的攫夺厄鲁特部统治权的野心必然要显示出来，因为在西北他已经消除了敌手。清廷鉴于以经厄鲁特务部之间错综复杂的关系，打算在定定伊犁之后，为彻底削弱准噶尔部的割据势力，采取“众建以分其力”的方针，把厄鲁特4部“封为四汗，俾各管其属”。因为乾隆帝心中明白，厄鲁特各部之间，分则力弱，互不统属，相安无事；合则力强，抗拒朝廷，叛乱迭起。乾隆帝主张恢复厄鲁特各部自立旧制，以阿睦尔撒纳为辉特汗，策凌为杜尔伯特汗，班珠尔为和硕特汗，噶尔藏多尔济为绰罗斯汗，并以喀尔喀蒙古为例设立旗盟制度，以加强厄鲁特务部与朝廷的关系。这种设想是有利于国家统一和民族和睦的，可是却与阿睦尔撒纳“必欲为4部总台吉，专制西域”的狂妄野心恰恰相反。阿睦尔撒纳利令智昏，想要继承达瓦齐的衣钵。当清军大部撤离伊犁之后，阿睦尔撒纳便胆大妄为起来。
一心想成为“四部总台吉”的阿睦尔撒纳，施用一系列阴谋伎俩，想让清廷承认他为厄鲁特4部总汗，清军主力一撤离，阿睦尔撒纳便在伊犁以总汗自居，擅自诛杀掳掠，擅自调兵遣将，“自用浑台吉菊形篆印”，而不穿清朝官服，不用清朝官印，行文各部，“以总汗自处”，四处招兵买马，竭力扩展割据势力，积极准备叛乱。
阿睦尔撒纳的嚣张引起了清廷的警觉，乾隆帝早在下令出兵征讨达瓦齐时，就曾密谕班第等人，要对阿睦尔撒纳“务须留心防范，慎勿任其所行”，又“示以分封四汗之意，以消其妄念”，令科尔沁亲王色布腾巴尔珠尔与之同行，暗中进行监视，色布腾巴尔珠尔等人胆小怯懦，缩手缩脚，并不能奈何阿睦尔撒纳。而班第则以兵少为由不敢向阿睦尔撒纳讨伐，乾隆被迫采取了新的对策。
1755年（乾隆二十年）9月，清廷命阿睦尔撒纳到热河避署山庄入觐，实则是调虎离山之计，防患于未然。同时乾隆密令乌里雅苏台军营加紧备战，派纳木札勒和阿兰泰急速率兵擒拿阿睦尔撒纳、班珠尔等人的家属，促其部属向内地游牧以便于控制。狡诈的阿睦尔撒纳对清廷的用意已经察觉，在赴热河入觐的路上，一再拖延。阿睦尔撒纳从8月10日起程，沿途与明党密谋并不断打探清廷的动向。8月19日，行至乌隆古河，此地离其旧牧区札布堪不远，阿睦尔撤纳“回避众人，密商竟夜”，发觉自己的阴谋已经败露，处境危险，于是“诡言暂治归装”，将副将军印交给同行负责监视他的喀尔喀亲王额琳沁多尔济，然后绕道逃回塔尔巴哈台，公开扯起了反清叛乱的旗帜。
额琳沁多尔济继续前行，次日发觉阿睦尔撒纳潜逃后才发觉事情不妙，深感自己责任重大。于是一边派人报告班第，一边率300清兵追捕，但阿睦尔撒纳早已带着自己的320名亲兵逃之夭夭了。
阿睦尔撒纳叛逃之后，煽动同伙袭击清军，抢劫台站。当时驻在北疆的清军大部分已经撤走，仅有班第、鄂容安所率500清兵驻守在伊犁，处理善后，形势危急。8月24日，这500名清兵遭到阿睦尔撒纳的围攻，班第被迫率百余名清兵从伊犁向崆吉斯撤退。29日，被困在乌兰库图勒，一路转战拚杀，这时清兵仅剩下60余人。因寡不敌众，班第、鄂容安兵败自杀。萨喇尔率兵百人自珠勒都斯撤退，结果全军覆灭，被俘押经伊犁拘禁。西路清军由永常统领尚有精兵5000余驻扎在乌鲁木齐附近，还有反对阿睦尔撒纳叛乱的准噶尔宰桑扎木参等带领的4000余士兵，人数众多。但永常闻变却不敢赴援，“疑其诈，挟宰桑为质，兼程欲走”，9月8日反而退到了巴里坤，甚至想继续后退到哈密。永常自顾自撤退，却置北路清军于不顾，以致“北路无声援，贼益猖獗”，从而使天山南北叛乱四起。
阿睦尔撒纳叛乱初起时，他仅有2000余兵力，围剿了清廷的数百名北路军之后，屯驻在博罗塔拉河，其余各部尚不敢相从。由于清廷西路军的疑惧退却，使叛军气焰嚣张。不久，喀尔喀和托辉特部封建王青滚杂卜也揭起了反清叛乱，并与阿睦尔撒纳相勾结。青滚杂卜曾随班第平定伊犁有功而被清廷授以喀尔喀副将军，封为郡王。由于喀尔喀大活佛的兄弟额琳沁多尔济因放走阿睦尔撒纳的罪名而被清廷“赐死”，引起了一些喀尔喀贵族的疑惧与不安，因而他们相继叛乱并互相勾结。青滚杂卜“自军营和行逃归，遂将伊（按：指青滚杂卜）卡伦、台站兵丁尽行撤回”，使清政府北路台站，从10台到26台，全部瘫痪，联络中断。
乾隆立即下令将永常革职治罪，命策楞为定西将军，达尔达阿为定边左副将军，扎拉丰阿为定边右副将军，哈达哈、玉保为参赞大臣，从巴里坤进军。在热河新封的绰罗斯汗噶尔藏和硕特汗沙克都、辉特汗巴雅尔、杜尔伯特汗车凌，也率所部兵随征。同时乾隆又命成衮札布等就近出兵，迅速镇压青滚杂卜的叛乱，消弱阿睦尔撒纳的力量。
乾隆二十一年（1756年）正月，哈达哈率北路军，策楞率西路军，分别向伊犁进军。行军途中，西路又兵分两路前进。西路先锋玉保率军行至特勒河（今新疆特克斯河）时，得到消息说阿睦尔撒纳已在雅木图岭被台吉诺尔布等擒获，玉保未加证实就信以为真，停兵不前并派人给策楞报捷。策楞立即向京师报喜。乾隆帝龙心大悦，立刻封诺尔布为亲王。直至内大臣鄂尔哲前往伊犁打听消息，才知阿睦尔撒纳被俘纯属误传。这时，阿睦尔撒纳军已离玉保的西路先锋队仅一日之程，于是玉保又请示策楞，策楞以军中缺马为由，与玉保相互扯皮，从而贻误了战机。阿睦尔撒纳见清军中了缓兵之计，便顺利地经过和尔郭斯并翻越库陇癸岭，逃入了哈萨克牧区。
同年五、六月间，乾隆因策楞、玉保谎报军情并且贻误战机、坐守伊犁而无所作为，下令将他们俩撤职治罪，押回京法办。同时，乾隆又令达尔觉阿为定西将军出西路，哈达哈为定边左副将军出北路，兆惠为定边右副将军驻伊犁为后援。清军分路追击，达尔觉阿出西路数千清军在雅尔拉遭到大力支持阿睦尔撒纳叛乱的哈萨克汗阿布赉手下的2000名哈萨克军，经过激战，清军冲破了敌兵的拦截，斩敌近600名。清军乘胜进军到达喇努，与阿睦尔撒纳的队伍相遇，清军一鼓作气再斩敌300多名。混战中，阿睦尔撒纳不敢恋战，生怕暴露身份和行踪，连忙让队伍换上蓝旗，他自己趁乱穿上别人的服装逃进了呢雅斯图山，该山距清军大营仅二三里远。阿睦尔撒纳此次损失惨重，部将宰桑扎南木被俘后，向清军招供了阿睦尔撒纳军队的虚实。这时，众将士要求追击阿睦尔撒纳，关键时刻达尔党阿却又听信了谣言，坐等士兵们将已经俘获的阿睦尔撒纳送至营中，因而清军停止了追击，再一次中了阿睦尔撒纳的缓兵之计，阿睦尔撒纳再一次从清军眼皮底下从容逃脱。
清军的第二路由哈达哈统领的北路军，中途也同样遭遇到了哈萨克汗阿布赉的数千人军队的拦截，双方激战于巴颜山下，清军俘获了哈萨克族的头人之一昭华什，其余的哈萨克兵败逃。
西路清军会师后，不乘胜穷追，反而异想天开，派刚俘掳的哈萨克族的2名头人楚鲁克和昭华什前往说服近在咫尺的阿睦尔撒纳和哈萨克汗阿布赉。2名头人于是按照阿睦尔撒纳编好的谎言哄骗清军，即请求清军停止进军，哈萨克人愿意擒献阿睦尔撒纳，只等阿布赉见机行事，不可操之过急。就这样，两路大军按兵不动，再一次上当受骗。
清军将领指挥无方，一再受骗上当却执迷不悟，他们好大喜功却无能，有眼无珠愚蠢之至。这样，原来在伊犁战役中纷纷臣服清朝的厄鲁特各部首领更看不起这些清兵的将领了，认为他们是无能之辈，胆小怕事，不足以依赖，于是各族先后叛清。边疆的局势日益紧张，战乱四起，民不潦生。
驻守伊犁的清廷定边右副将军兆惠见局势不妙，急派宁夏将军和起率军讨伐巴雅尔叛乱，不料中途发生厄鲁特兵变，和起将军被杀。兆惠则亲率军队前往济尔哈朗镇压此起彼伏的叛乱，在鄂垒札拉图陷入叛军的包围之中，险象环生，兆惠沉着镇定，在夜间突袭敌军，成功地摆脱了敌人的包围，大败达什策零的叛军。之后，兆惠又带领大军战于库图齐、达勒奇等地，迅速平定这些地区的大小叛乱。二十二年（1757年）正月初五，兆惠军抵达乌鲁木齐，未等大军有片刻喘息，各路叛军已杀至乌鲁木齐城下。噶勒藏多尔济、扎那噶尔布、尼玛、哈萨克锡喇等叛军头目联合包围了乌鲁木齐。危急之中，兆惠率精兵冲出了包围，向巴里坤方向转移，各路叛军则在沿途围追堵截。兆惠军且战且退，伤亡惨重，退至特讷格（今新疆阜康）时，因“军士饥疲，不复能战，乃结营自固”。三十日，侍卫图伦楚率领约800名清兵自巴里坤前来迎接，与兆惠军相会，兆惠军才转危为安，叛军不敢恋战，解围而去。兆惠军重振士气，奋力追击，在穆垒河源追杀巴雅尔的叛军。巴雅尔本人却已逃之夭夭。兆惠军四处转战，历尽艰难困苦，力克叛军，多少换回了清军屡战屡败的名声。为此，清廷特封兆惠为一等武毅伯，授户部尚书，汉军都统，领侍卫内大臣。兆惠受之无愧，乾隆帝因兆惠所部仅千余人，且装备较差但却能孤军奋战，屡挫敌军而厚赏了兆惠，可谓赏罚分明、得当。
阿睦尔撒纳流亡哈萨克自觉不是长久之计，当他得知清军将领无能各部相继叛乱之后，得意忘形。他“闻四部构乱，亦自哈萨克归，会诸贼于博罗塔拉河，欲自立为汗，准部复大扰乱”。沙俄闻讯蠢蠢欲动，欲乘乱插手，阿睦尔撒纳也正需寻找后台，双方一拍即合，暗中勾暗。乾隆二十二年（1757年）上半年，阿睦尔撒纳派出以宰桑达瓦为首的使团去彼得堡，向沙皇奴颜卑屈：“阿睦尔撒纳愿意服从俄国女皇的旨意……请求俄国政府在额尔齐斯河和斋桑湖之间地区修建要塞，以防满洲人。他还请求俄国当局协助，使卫拉特人承认他为汗，并服从他的旨意”。阿睦尔撒纳为达目的不惜卖国求荣，其阴毒之心可见一斑。而俄国正忙于与普鲁士争夺欧洲霸权，因此被卷入欧洲事务难以抽兵相助阿睦尔撒纳。但俄国决不会放弃这个有利时机，他们诱使阿睦尔撒率部加入俄国籍，迁居伏尔加河，或者在反清失败后到俄国避难。俄国人对中国内政可谓过分热心了，其目的则是不言而喻的。
针对当时喀尔喀蒙古与准噶尔地区愈演愈烈的叛乱形势，清政府采取了相应的平叛措施。当时，厄鲁特务部之间战乱不已，“自相吞噬”，加之“瘟疫盛行，死亡相望”，各族人民苦不堪言，流离失所。乾隆将清军7000人兵分两路：以成衮札布为定边将军，舒赫德为参赞，率北路军从珠勒都斯出发，以兆惠为伊犁将军，富德为参赞，率西路军从额琳哈毕尔噶出发。这是乾隆二十二（1757年）。清军长驱直入，分进合击，很快攻占了伊犁。清军以迅雷不及掩耳之势再克伊犁，震动了叛乱各部。清军锐不可挡，阿睦尔撤纳在清军围剿下仓皇失措，再次逃往哈萨克。
当时天山南路回部的形势也不稳，清军欲平定回部以防患于未然，然而再追击阿睦尔撒纳，为此受到乾隆的指责，乾隆“责兆惠与成衮扎布急回部，缓阿睦尔撒纳，失轻重”，于是兆惠，富德继续追击阿睦尔撒纳，进入了左哈萨克境内。五月底，清军在爱登苏一战击溃了强悍的哈萨克骑兵，昭萨克汁阿布赉被迫遣使到清军大营请降，以保全其百姓不受侵犯。不久，阿睦尔撒纳走投无路，率亲信20余人投奔阿布赉。阿布赉为向清军表白自己与阿睦尔撒纳决裂的决心，暗地设伏准备将其擒献给清廷。狡猾的阿睦尔撒纳有所察觉，于深夜狼狈逃往俄国，随身仅带了8人，犹如丧家犬一般，兆惠的军队对逃入俄境的阿睦尔撒纳无可奈何。
清朝政府对阿睦尔撒纳的漏网脱逃，深感忧虑，是清廷的心腹之患。乾隆认为阿睦尔撒纳虽然败逃，可他“不能久甘穷困，势必滋生事端，为患边境”，而俄国收留他，是准备“抚而用之”，“逆贼一日不获，西路之事一日不能告竣”，决心要把阿睦撒纳逮捕回来。因而下令理藩院向俄国政府发出照会，强烈要求俄国执行中俄两国以前已经议定的彼此不匿逃犯之条约。之前，当阿睦尔撒纳初入俄境后，清军曾两次派人与俄国地方官员交涉，但俄方借口推诿，拒绝交出阿睦尔撒纳。经清朝理藩院一再交涉，要求引渡阿睦尔撒纳。直到二十三年（1758年）正月，俄方才正式通知清政府，说阿睦尔撒纳已经染天花病死，让中方派人到边境验尸。自阿睦尔撒纳叛逃之后，俄国西伯利亚总督“担心此事会泄露出去，就决定把阿睦尔撒纳安置在离托波尔斯克20俄里已经废弃的库杜斯克酒厂的一所房子里”。阿睦尔撒纳失去人身自由而染病客死他乡，这就是一个叛徒和卖国者的下场。俄国政府本打算借阿睦尔撒纳之手插手中国边境事务的梦想成为泡影。
准噶尔贵族掀起的叛乱虽至此结束，但它给本部人民造成了无比深重的灾难。除少数部民受到清廷保护之外，“计数10万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克十之二，卒歼于大兵者十之三”。
乾隆时期，在肃清了准噶尔部在青海和西藏的势力之后，于1755年和1757年两次派兵进攻伊犁，彻底平定了准噶尔部的长期叛乱。这样，清政府经过70年间连续对准噶尔部的用兵，最后取得了胜利。至此，在清帝国的康乾盛世之下，西北边疆的蒙古各部开始了祥和安定的生活。
历时70年平定准噶尔贵族的叛乱，清军之所以取得胜利，除了政治上的原因之外，还有军事上的原因。首先，清廷出兵前，认真做好战争准备。准噶尔及其它蒙古各部地处荒漠，蒙古兵强悍骁勇，能骑善射。而大漠南北的环境对劳师远征的清军来说，却是严峻的考验。这里地广人稀，荒凉而且气候多变，供给困难。为了适应在这样特殊地理条件下的作战需要，清军海战都有针对性地备足所需要的物质、粮秣、马匹等，保证战争的顺利进行，当然这也是有清廷强大的物力财力作战争后盾，才能保证供给。所以清兵虽劳师远征，但粮草兵马源源不断调经前线，这些是平定边疆叛乱的物质基础。其次，清不打无准备之战，能依据客观情况，制订出切合实际的作战方针，当然也与一些著名将领知己知彼，富有军事经验有关。康熙时，根据准噶尔地处荒漠、辽阔遥远，清政府实力不足等情况，制定了“诱敌邀击”的方针。诱敌至漠南，断其后路，合击歼灭。康熙、雍正两朝采取的都是这一方针。乌兰布通之战是在叛军进至距京约700里之地的蒙古地区进行的。昭莫多之战，本来也准备将叛军诱至漠南，由于噶尔丹久踞漠北巴颜乌兰地区，康熙帝才根据形势的变化分路出击，取得了胜利。乾隆朝时，相对而言，清朝中央政府的实力增强，而准噶尔部叛乱力量却实力下降，因此乾隆帝采取了分兵两路、长驱直入、直捣伊犁的方针，从而取得了平叛战争的决定性胜利。最后，清军在战争中善于发挥精锐部队的优势和先进武器的威力，在心理上和事实上给叛军以重创。乌兰布通之战，清军集中了大批火炮击破噶尔丹的“驼城”之后，才成为取胜的关键。昭莫多之战中，火炮也发挥了重大的作用。乾隆朝两次下令清军长驱直入攻克伊犁，主要靠的是精锐轻骑分兵进剿，叛军不知所措，以为是天兵天将来临。
当然，清军在几十年的平定准噶尔叛乱的战争中，军事指挥上也有失误之处。主要表现在前线一些将领偏听偏信，多次中了敌人的缓兵之计。另外各路清军经常不能密切配合，有的甚至闭关自保，误了不少战机，致使战争拖延了70年。当然大漠南北艰苦恶劣的地理环境以及叛乱各部军队的凶悍，神出鬼没，也增加了清军平定叛乱的困难。
应该指出，清政府坚持几十年的平准战争对于恢复国家统一，挫败沙俄的侵略阴谋，维护西北边疆的和平有着极为重大的意义，促进和加强了西藏、青海及大漠南北地区与清朝中央政府的密切联系。但不可否认，清政府实现平叛维护统一的军事手段是十分残酷的。由于准噶尔部几代首领长期割据叛乱，各族对清朝政府充满了敌视和不信任，同样，清朝统治者对叛乱各族也十分仇视和痛恨。因此，清军多次出兵平定叛乱时，驱兵直入，烧杀抢劫，波及无辜，“凡山陬水涯，可渔弥资生之地，悉搜剔无遗”，“草薙禽狝无噍类”。有些部落已经归降但因受清军怀疑，也悉数遭到屠杀。多年的战乱使天山北部一片荒凉。
清朝为加强对西北边疆的控制，在伊犁设立了驻防将军、参赞大臣，领队大臣等。被准尔部逼迫西迁的土尔扈特部也于1771年从俄罗斯内迁回西北边疆，使北疆的形势进一步稳定。
§§§第六节 南服回疆平定大小和卓木
清朝政府在平定了天山北路以准噶部为主的割据势力的叛乱之后，将天山北路归入清室版图，设宫筑城，安置百姓，发展生产。但时隔不久天山南路又爆发了大小和卓木的叛乱，清廷出兵迅速平叛，从而加强了新疆地区与清朝中央政府的联系。
库车之战天山南路的回部与准噶尔部只隔一山，回部政权落入回教上层人物和卓木之手。
和卓木意为穆罕默德之后裔，玛赫杜米？阿扎木，早年自中亚来南疆传布伊斯兰教，以和卓木自居，深受察合台汗后王拉什德汗崇信，其后代则世称和卓木，并形成白山与黑山两派，进行争权夺利的斗争。察哈台后王伊斯耳汗支指黑山派，驱逐白山派领袖阿帕克和卓木出南疆。阿帕克和卓木向北疆准噶尔部求援，准部首领噶尔丹在康熙十七年（1678年）派兵进踞南疆，将察哈台汗的后裔诸汗拘禁于伊犁（即迁往北疆），而令阿帕克和卓木作为傀儡统治南疆。阿帕克和卓木死后，黑山和白山两派斗争又起，漠北的准噶尔部再次出兵天山南路，尽俘两派和卓木的后人并迁往伊犁。噶尔丹败亡后，阿帕克和卓“自拔来归”，清政府送他返归叶尔羌。至策旺阿拉布坦父子统治准噶尔部时，重又控制了新疆，时值阿帕克和卓的儿子玛罕木特为和卓，成为回疆维吾尔族人民“众所尊服”。准噶尔控制了玛罕木特，并令其“总理回地各城”。作为白山派的领袖，玛罕木特企图摆脱准噶尔贵族的统治，结果被噶尔丹策零掠至伊犁禁锢起来。玛罕木特的两个儿子，长子波罗尼都和次子霍集占就是所谓大小和卓木。清军平定准噶尔达瓦齐割据势力，进驻伊犁时，玛罕木特已死，他的两个儿子大小和卓木得到释放。这是乾隆二十年（即1755年）。清政府深知大小和卓木乃“回部头目”，于是派兵护送大和卓木波罗尼都返回故里叶尔羌，“使统回部”，而留小和卓木霍集占在伊犁掌管伊斯兰教事务。
清朝政府本想利用霍集占兄弟在宗教上的影响，去“招服叶尔羌、喀什噶尔人民”，从而和平地统一南疆。波罗尼都本人对清政府感恩戴德，曾说过这样的话：“我家三世为准夷所拘，蒙天朝释归，得统所部，此恩何可忘也”？而霍集占却是一个野心勃勃的人，他曾参与了阿睦尔撒纳在伊犁发动的叛乱，并且“率众助逆”。及至阿睦尔撒纳的叛乱被平定，霍集占怕受牵连而逃回了南疆叶尔羌。霍集占一心想摆脱清朝的控制而自立，偏其胞兄波罗尼都胆小怕事，愿意归附清朝。于是霍集占反复蛊惑人心地煽动波罗尼都，说他们的远祖摩诃末曾声灵赫濯，天下闻名，传到他们辈子孙时，却受制于人，“若听大皇帝（按：指清朝乾隆帝）谕旨，你我二人中必有一人唤至北京以为质，当于禁锢何异？莫若与中国抗拒，地方险远，内地兵不能即来，来亦率皆疲惫，粮运难继，料无奈我何。且准噶尔已灭，近地并无强邻，收罗各城，可以自立”。霍集占被权力的欲望弄得头脑发昏，低估了清朝中央政府平定叛乱维护边疆统一的力量和决心。清朝毫不犹豫地残酷镇压准噶尔部屡次叛乱的事在波罗尼都的心里历历在目，可以说是触目惊心，所以波罗尼都“欲安集回地各城人民，听候大皇帝谕者，而霍集占不从”。霍集占反复劝诱其兄叛清自立，在《圣武记》中也有类似记载，霍集占对其兄说，“我祖宗以此受制于人，今喜强邻已灭，无逼处者，不以此时自立国，长为人奴仆，非计。中国新得准部，反侧未定，兵不能来；即来，我守险拒之，馈饷不断，可不战挫也”。波罗尼都终于与霍集占一起发动了叛乱。
1757年（乾隆二十二年），大和卓木自立为巴图尔汗，霍集占传令回部各城准备粮草器械，诱杀清使。不久，清政府派往南疆的使臣阿敏道等被杀，南疆的叛乱迅速蔓延起来。
二十三年，清廷因兆惠忙于剿抚北部准噶尔部，尚未峻事，乃令都统雅尔哈善为靖逆将军，率满汉官兵万余人，由吐鲁番进攻库车。库车城是南疆门户，而且城主鄂对已经只身投清，其家人惨遭杀戳，所以清兵决定首先攻下库车城。
首攻库车，这在战略方针上是正确的。作为通往“回部”的门户，库车一经攻克，“则诸城必溃”，因此库车是清军必攻的战略要地。但库车“其城依山岗，用柳条沙土密筑而成”，修筑坚固，易守难攻。霍集占派其心腹阿布都克勒木率精骑1000守该城。5月7日，清军抵达库车城下，随即开始包围，发起攻城之战。然而城内叛军据城固守，人数虽少但清军却屡攻不下。清军起初依仗人多势众，连日猛攻，同时修造云梯，企图一举攻克。但叛军居高临下，放枪投石，给清军造成了很大的伤亡。为此雅尔哈善不得不改变了战术，即暂停攻城，避免伤亡，紧围城市，守株待免。不久，雅尔哈善又采用骚扰城内守军的疲劳战，一边攻城，一边在城郊关隘设下伏兵，设计诱出城内守兵出城作战，然后出伏兵断退路，围而歼之，即可占领库车。雅尔哈善令手下的300名哈密士兵装扮成霍集占带领来的援兵，在城郊与清军“交战”，以迷惑城内的敌兵，诱其出城相助。但城内守军坚守城池，在城上摇旗纳喊却并不出城，没有上清军的当。清军无奈，只得继续攻城，同时断其水道。霍集占心知库车被围数日，立即带兵数千人从阿克苏发，向东穿越沙漠走近道前来增援，企图出其不意击退清军。然而清军人数众多，早已在沿途对霍集占的援军围攻堵截，霍集占损失惨重，伤亡大半，在库车城下又遭到围城清军的攻击，慌忙夺路入城，退保库车。此时城内叛军已是人心惶惶，如果清军继续猛攻，则有可能破城而入。然而雅尔哈善又采用了“守株待兔”的办法，“坐守军营”而且“略不设备”，以为城内叛军已成为瓮中之鳖。结果，霍集占在城内稍事喘息之后，趁清军疏于防备，在半夜突围而逃。清军紧迫不舍，在鄂根河边与霍集占军展开了决战，杀死叛军200余人，约有1600名叛军溺死水中，霍集占本人也受了轻伤，又狼狈退回库车城内。
鄂对一直随清军讨叛，作为库车城的回部头目，他渴望早日能攻克库车，所以他向雅尔哈善分析说：“今宵集占困守危城，食、力已尽，必不坐而待缚。其必乘我不备而兔脱之，返其巢穴，整兵复来，其事未可量也。今城西渭干爱曼水浅可涉，又有北山口要路通戈壁，走阿克苏，若于二路各设伏兵1000，则贼酋成擒矣”。雅尔哈善自有主张，副鄂对的建议不以为然，仍旧终日消极防守，坐等城内叛军打开城门归降。甚至当夜间城内传来阵阵驼鸣，人声鼎沸时，雅尔哈善仍不为所动，认为城内守兵已经是黔驴计穷，只等束手就擒了。结果，霍集占再一次趁夜弃城而出，从城西率400骑涉水潜逃。负责在城西围攻的副都统顺德纳闻讯后不慌不忙，借口天黑不发兵追击，延至次日天明后才派百余人去追击，而霍集占却早已渡过了鄂根河，并撤桥断后，清兵只有望水兴叹了。
库车城内叛军仍据守着城池。清军火炮难以攻破其坚固厚实的城墙，雅尔哈善无计可施。绿营提督马得胜献计挖地道，于是挑选了数百名士兵，由达世朗，常继春专管，从城北1里外的山冈下开挖地道。清军日夜转流渐次刨掘，距城只2丈余，预备火药，待7月19日点放。不意贼人知觉，于17日夜潜出城外，离城10余丈横掘大沟截断，以薪木填塞，焚死掘地兵10名，清军前功尽弃。8月，因城内无粮可食，叛将阿布都克勒木率50骑于深夜开城逃窜。头人阿拉难尔率城中3000老弱妇幼开城出降。
清军占有的库车城几乎是一个空城，而且是以“八九千官兵，驻守三月之久，俟贼首逃去，城中穷蹙出降，始得其城”。乾隆帝闻知大怒，认为雅尔哈善“顿兵城下，不异守株待兔”，而作为全军统帅“军营调度乖方，全无纪律，并无一句引罪”，于是下令将雅尔哈善、顺德纳、马得胜等革职处死。
黑水营之围库车之战后仓皇出逃的霍集占，先逃往阿克苏，然阿克苏的维吾尔人民“闭城拒敌”，其首领鄂对伯克早就归附了清军，这时的阿克苏人已经觉悟，纷纷欢迎鄂对的返回。霍集占走投无路，又逃往乌什，乌什伯克霍集斯亦“闭城不纳”，并派人迎接清兵。这样，霍集占如同一只丧家犬般地逃归了叶尔羌，而其兄大和卓木罗尼都则返回了喀什噶，妄图各据一城，相互犄角，负隅顽抗。
清廷任命刚刚平定天山北路叛乱的兆惠为定边将军，接替雅尔哈善经略回部，率军往天山南路，乾隆告诫兆惠务必全歼顽敌，讨平叛乱。乾隆二十三年（1758年）8月，兆惠率3000兵马从天山北路向南路进发，10月6日抵达叶尔羌（今新疆莎车）。该城比库车更大更坚固，周长10余里，四面共有12门，城东北五六里处筑有高台一座，台前及近城处挖掘了大坎数道，以防敌人骑兵奔袭。坎下设有伏兵，以截击攻城之敌。兆惠吸取了清军库车之战的教训，决定把被动变为主动，不急于盲目攻城，先消灭城外之敌，占据有利地形。兆惠令左右两翼从东西两面夹击坎下伏兵，自率中军向前冲击，令副都统温布率兵夺其高台，坎下回兵放枪阻击，清军一阵猛冲猛打，回兵抵挡不住撤回城内，清军乘胜追至城下，回兵开三门各出500骑与清军激战数次，城墙上守兵则向清军射击，企图逼退清军，由于清军的顽强，敌军最后鸣金收兵，败回城内，闭门不出，不再轻易出战。
兆惠见叶尔羌城大而且守城的叛军多达万余人，兆惠仅统帅着3000兵力，双方力量悬殊，况且清军孤军深入，四野无粮。城内叛军依据优势，气焰嚣张。于是兆惠决定改变战术，将攻城各营撤回，在城东渡过黑水河，在河岸水草茂盛的树林里安营扎寨，修筑工事，坚避清野，故名驻军之处为黑水营，双方在此展开了拉据战。兆惠估计诚内叛军精骑约3000，最好是诱其出城设伏歼灭，先消灭其有生力量，于是清军一面在城南沿途各要道关卡派兵埋伏，一面派副都统爱隆阿率兵500，侍卫奎玛岱率兵300，前去截击从喀什噶尔（今新疆喀什）来的敌人援兵，同时又派出小股军队在城郊四周搜索粮食和牲畜，坚避清野，既解决了清军的供给又封锁了敌人的出城之路，可谓是万无一失。可是这样一来，黑水营的清军只有2000余人了，兵力分散，使叛军钻了空子。
兆惠从叛军俘虏口中得知，叶尔羌城南有一个大牧场，霍集占有大批驼马等牧群就放养在牧场内的英峨奇盘山，兆惠欲夺驼马充作军用，就亲率官兵千余名离开黑水营，于10月13日抵达通古斯鲁克地方，欲渡河后由东而南袭击英峨奇盘山。殊料清兵500余名刚刚过河，河桥突然断落，清军又被河水截为两部。原来桥下设有叛军的伏兵，他们用铙钩将木桥钩断，并和从城内涌出的5000骑兵一起前后夹击刚刚渡河只有不足500名的清军骑兵，叛军的大部队数万人也从城内不断涌来，大有一口吞并兆惠几百名骑兵之势。兆惠军兵少且被围困，尚未过河的另外几百名清军又难以相援助。兆惠临危不惧，立即令副都统由屯率左翼，温布率右翼，自率中军，三军齐声呐喊，冲入敌阵。敌骑被击退后，又从两翼绕到清军背后，企图前后夹击清军，霎时间，500清兵被成千上万的叛军团团包围，情况万分危急，兆惠急令清军“且战且退，浮水还营”。清兵此时已经陷入重围，只得各自为战，有的被杀，有的则弃马凫水而逃。清军官兵虽然异常勇猛，杀敌数千，但毕竟寡不敌众，总兵高天喜，侍卫鄂实、特通额、副都统三格等百名将士阵亡，伤者数百。兆惠本人左右冲杀，战马负伤，两易坐骑，方突出重围回营。回兵乘胜搭桥东来，后面万名大军步步紧逼，把清军的黑水营围得水泄不通。清军被动挨打，但却士气可嘉，他们“兵处危地，皆死中求生，故杀贼甚力”，无不以一当十。马力疲乏，不能突围，清兵就筑垒固守，不断加固防线。回兵则在黑水营外筑起长围，从四面攻打清军大营，枪炮如雨，杀声震天，然而营内清军却坚如磐石，岿然不动。清军的黑水营由于位置选择得较为合理，才能与人数众多的回兵相抗衡。敌兵从上游决水灌营，清兵就在营内和周围挖沟排水，掘井取水，用之不尽。军中缺粮，清兵就在夜间潜营外，掠敌驼马满载而归，而且清兵又挖地道获得敌兵的存粮数百石，可供军中士兵数月食用。清军驻扎林中，水草茂盛，采薪不愁，回兵向营中射来的铅弹和箭头，多掉在草丛里或射在树枝上，故清兵每砍一树，既可供薪，又可获铅弹数枚，再用来回击敌兵。由于没有粮草及弹药缺乏的后顾之忧，清军人数虽少但却士气高昂，坚守大营，越战越勇。敌人“以苇扫蔽体来犯，即用火焚烧，又掘沟伏身前进，即乘高击退”。敌军虽日夜猛攻，但却久攻不下，黑水营依然耸立在黑水河畔。敌人无计可施，也模仿清军“亦掘濠立寨相持”，企图长期围困清军，待其弹尽粮绝时一举歼灭。敌在黑水营边立高台，四面有护身垛口，既可监视清军动静，又可随时乘高俯射，威胁较大，兆惠亦领清军立高台与之相对，自10月22日至11月10日，不断派兵攻其高台，迫使敌军不敢轻易登台。同时，兆惠派出5人分路向阿克苏告急，催援军相助，大和卓木波罗尼都也亲率步骑5000从喀什噶尔赶来，与小和卓木霍集占会师围攻清军。清军“掘壕结寨”，“筑长围以相持”，同1万多名叛军坚持了长期的苦斗。这就是有名的黑水营之围，叛军施用炮轰、水淹、偷袭火攻等办法，而清军机动灵活，勇敢迎战，粉碎了敌兵的一次次攻击。双方相持3个月之后，黑水营仍岿然不动。兆惠足智多谋，在一个深夜派兵纵火袭击大小和卓木的两处军营。这时回兵里盛传布鲁特人已抢劫了英吉沙尔城，波罗尼都深感忧虑，怀疑兆惠已与布鲁特有盟约，其袭击自己后方同时借机破围。大小和卓木决定用缓兵之计与兆惠议和。却不料兆惠态度强硬，扣住回兵使者，用箭射书出营，告诫大小和卓木说，议和的先决条件是他们2人必须入京觐见大清皇帝。大小和卓木见兆惠态度如此强硬，以为他必有援军将至，不敢与兆惠再继续作对，甚至提出愿意向兆惠军中资助粮饷，并撤去长围。兆惠仍坚持原则，波罗尼都无可奈何，又担心英吉沙尔城的安危，于是不顾霍集占的反对，率兵返回喀什噶尔。
黑水之战刚开始时，靖逆将军纳木扎勒、参赞大臣三泰率兵200骑急赴兆惠大营援助。不料途中遭3000敌军突袭，一夜激战清军几乎全部阵亡。10月下旬，兆惠的两封告急文书先后送到阿克苏，清廷闻讯一面下令嘉奖有功官员、晋封兆惠为武毅谋勇一等公，一面命富德为定边右副将军，即刻调兵赴援。富德于11月10日得知兆惠军被围黑水河畔之后，立即令付都统鄂博什率兵500为前锋，自己亲率大兵4000人随后前往。富德军中途与从阿克苏出发的舒赫德的3500名大军东合于巴尔楚克（今新疆巴楚东南），时值12月下旬，西路清军冒着严寒前往赴援。乾隆二十四年（1759年）正月，清军在呼尔满与叛军大小和卓木率领的5000骑兵相遇，双方激战数10次，杀伤相当，波罗尼都受伤后退回喀什噶尔，清军也损失了较多的马匹。然后在沙漠地带，清军又遭叛军拦截，敌军抢占有利地形，清军则奋力冲杀，边战边走。此地距叶尔羌尚有300多里，富德心急如焚，然而叛军越来越多，清军一时难于脱身，与叛军激战了四昼夜。清军长途跋涉，结队而行，以火器弓箭射敌，战斗异常激烈。但因连日交战，清军人乏马困，而且叛军见清军战马损失严重，三番五次用骑兵冲击清军，并从四面合围，令清兵寸步难行，清兵粮饷告急，又少战马难以突围，人马饥渴难忍，一些官兵只得吃地上的碎冰片；勉强抵达沁达尔时，被叛军包围，清军人马疲惫不堪，无力突围，形势危急。突然又杀出一队人马，自东而至，回兵纷纷倒退。原来是巴里坤大臣阿里衮奉命率兵600、解马2000、驼1000，与爱隆阿率领的1000兵马同时赶到了沁达尔附近。富德喜出望外，乘势杀出重围，阿里衮与爱隆阿便将部队横张两翼，直扑敌阵，里应外合。回兵在夜里不辩虚实，加上清军声势雄壮，喊杀声不断，霍集占不敢恋战，忙下令撤退。回兵军心动摇，不战自溃。清军三路合而为一后又追杀回兵，大败敌军，次日凌晨才收兵回营，至此，三路清军沿途共杀敌千余名，伤敌数千，自己仅伤亡首余名，生俘50余名。清军士气大振，日夜兼程，同趋叶尔羌。正月十四日晨，援军先后赶到黑水河附近。黑水营内兆惠及清军将官对援军望眼欲穿，此时遥听营炮声大响，料知援军已到，兆惠及全军将士们欢喜若狂，集中兵力向外突围。营外清军则早已作了战略布置，以富德、舒赫德军为左翼，阿里衮、爱隆阿军为右翼，与营内兆惠配合默契，内外夹击，回兵则拼命抵抗，战斗异常激烈。几经激战之后，兆惠军终于冲破敌人的重围，几路大军联合杀死回兵数千名，霍集占见势不妙率残部渡河退守叶尔羌。清军会师，北上阿克苏休整过冬，并征集粮草兵马，以备再战。长达三个月之久的黑水营保卫战以清军的胜利而告结束。这次战斗的胜利得来不易，充分反映了清军将领兆惠的优秀指挥水平和全军将士团结一心、不畏强敌、誓死如归的英勇气概。
平定叛乱剿灭残敌兆惠率大军回到阿拉苏之后，立即派兵解了和阗城（即今新疆和田）之围，又先后收复了齐尔拉（今新疆策勒）、克勒底雅（新疆于田）、哈拉哈什（今新疆墨玉）等城。兆惠决定就地解决军队供给问题，用内地的布匹与当地的回民交换粮草，再用节省下来的运粮费近30万两银子购买驼马，结果兆惠迅速调集了2万兵力，战马3万匹，骆驼1万匹，然后兵，分两路，每路各有兵力1.5万，兆惠一路由乌什攻喀什噶尔，击大和卓木；富德由和阗攻叶尔羌，击小和卓木。时值乾隆二十四年春夏之交。
大小和卓木闻听清军将大举进攻，惶惶不可终日。4月份他们开始掠夺回民的粮食和骆马，并组织迁移家属和财产，打算毁城后西奔霍罕（今苏联浩罕）或巴达克山（位于今阿富汗境内）。由于叛乱不得人心，绝大多数回民见清军军纪严肃，决心留在城内迎接清军，大小和卓木无可奈何，只得分别带着少数宠臣和部队弃城逃跑，逾葱岭西遁。
富德率军在向叶尔羌挺进的途中，闻听小和卓木已狼狈逃窜到英吉沙尔，而该城大小伯克却甘心归附清廷，于是立刻遣鄂博什等率500骑为先头部队，迅速前往叶尔羌，富德大军几天后也兵临叶尔羌城下，回民打开城门，欢迎清军入城。
兆惠一路从阿克苏出发后，路途畅通无阻，抵达喀什噶尔时同样受到回民的热情欢迎。大小和卓木汇合后，逃往色勒古勒方向。参赞大臣明瑞率精兵2000，每兵2马，从近路急迫，终于在霍斯库鲁克岭追上敌军。霍集占将6000多回兵列阵于山头，居高临下迎战。清军勇猛冲击，由山下往上猛冲。霍集占边战边退，唯恐清军大队人马追来难以脱身，逃向巴达克山方向。明瑞边率军追击，边派人通知兆惠和富德的两路军队。
7月，富德军终于在阿尔楚山追上回兵。富德见山下尽是老弱残兵，料叛军有埋伏，果然霍集占于两山之间设下了伏兵，又在山谷路口列阵以待，用老弱残兵引诱清军进入山口。富德没有中计，即刻分兵三路，令巴图济尔、鄂齐尔率左翼攻左边山头；由屯、伊柱率右翼攻夺右边山头；富德亲率中军以火炮猛轰谷口敌阵。战斗开始，富德率中路军进入山口，果然伏兵四起，然而清军早有防备，三路同时进攻，从左右两翼，从下向上发动了猛烈的进攻，设伏的叛军抵挡不住纷纷败退，清军则随后紧迫20多里，又与叛军战成一团，清军杀死回兵无数。清军猛追猛打，一战便歼敌千余名，俘虏50余名，霍集占的心腹战将阿布都克勒木也被清军击毙。清军以日行百里的速度猛追穷寇，大小和卓木狼狈逃至巴达克山，负隅顽抗，并抢占了山势险峻的有利地形。当清军抵达巴达克山脚下时，叛军正用武力掩护家眷和辎重由河边翻山越岭。清军立即展开强攻，逼近敌阵，用大神炮、威远炮轰击，敌军则从山口用枪炮还击，一时间炮声轰轰，飞沙走石遮天蔽日。在强攻的同时，富德又展开了宣传攻势，令随征的回部首领霍集斯、鄂对等在阵前高竖回部旗帜，用回语呼喊，劝回族百姓投降，以保证生命和财产的安全。山上回族群众原先一直受大小和卓木的欺骗和蒙蔽，听了清军的宣传政策，开始有些回心转意，回民中产生了骚动。富德跟着又采取了第三个步骤，派前锋参领喀木齐布、侍卫齐里克齐率40余名精选出来的鸟枪手，从山的北面迂迴上去，再令侍卫额尔登额、老格率兵随后策应。富德的这套攻坚和攻心相结合的战术果然有效，只见山上数千回民扶老携幼不顾霍集占等叛乱头目的威胁阻拦，相互护卫着，蔽山而下，声如奔雷，接受清的招抚，先后有数万名回民纷纷下山。北面的2000余回兵被清军堵截，不战而降。大小和卓木见大势已去，众叛亲离，只得放弃抵抗，率领三四百人夹着尾巴逃跑，投奔巴达克山部首领。
富德早已派侍卫向巴达克山汗素尔坦沙说明了清军的立场和政策，劝导素尔坦沙汗不要与叛军勾结。但素尔坦沙起初还犹豫不决，仍将大小和卓木迎入城内。富德只得发出最后通谋，限其在25天内交出大小和卓木，否则清军将踏平巴达克山，格杀勿论。素尔坦沙思前想后，既担心受大小和卓木叛乱的牵连而使自己遭清军进攻，又担心日后大小和卓木会忘恩负义，篡夺自己的国家，因为他素知大小和卓木的野心。于是一不做二不休，把只有几百人的大小和卓木兄弟团团围住，大小和卓木真是上天无路，入地无门，只有束手就擒，被素尔坦沙汗一齐枭首。素尔坦沙汗还想将这些叛军的家属全被处死，正巧清军檄文传到，于是把大小和卓木的头颅、尸体，以及他们的妻孥旧仆等，尽行缴出。清军带着叛军头目大小和卓木的首级凯旋而归。至此，大小和卓木发动的叛乱被清朝政府平定下去了。
乾隆帝命陕甘总督杨应琚，筹办回疆善后事宜，兆惠等有功之臣被召往京师，乾隆嘉封兆惠为一等功，加赏宗室公品级鞍辔；富德封为一等侯，并赏戴双眼花翎；参赞大臣阿里衮、明瑞等，俱赏戴双眼花翎。其余将官则一一论功行赏。
乾隆对于“堂堂大清，兵力全盛之时，不得已用兵西域”，不越五年，而西陲万余里城无不下，众无不降，感到十分得意。他说，对于准噶尔、回部上层贵族发动的叛乱，“不得不明正其罪，以彰挞伐”，是顺乎人情、合乎天理的事，决不是大清帝国“穷兵黩武”和皇帝“好大喜功”。乾隆帝同时承认，他坚持用兵还有两个军事目的：一是时值康乾盛世，安享太平，八旗子弟也多耽溺于安逸之中，缺少了传统的淳朴勇猛之气概，而现在蒙师远征平叛，正可以“借以练我杀敌致果之将材”。
二是以往远征西域边陲，军需供应全由内地承担、征集、调运、押送……劳民伤财。而且战争失利往往与粮饷供应不足有关。现在“西陲大功告成，一应事宜必期熟筹可久……今准噶尔回部荡平，屯田驻兵，自伊犁以达叶尔羌，向日之边陲又成内地”。这样一来，“回部之赋税，屯田之收获，以及沿途贸易、城仓积贮，储胥充裕”，便可就近解决大部军需供应。不仅现在，尤其是将来，一旦西域发生战争，则“不独内地毫无飞鞔馈运之劳，而陕甘两省蠲账之恩有加无已”。
清朝政府统一天山南北后，建立了军府制，设伊犁将军”总统新疆南北两路事务”，派参赞大臣驻喀什噶节制南路各城，天山南北社会生产得到恢复发展，清政府则加强了对西北地区的统治与边防，维护了国家的统一和领土的完整。
§§§第七节 藏民土司叛乱清军荡平大小金川
大小金川土司在清朝乾隆年间发生叛乱，清军两次派重兵镇压，维护了西南边疆的和平。
四川藏民反清打箭炉之战1700年（康熙三十九年），四川藏民反清，占领打箭炉（四川康定）。清王朝派侍郎满丕提督唐希顺率兵进攻，收复打箭炉，于是雅陇江地区、喇滚、革布什咱等诸地首领各率所属共约1．2万余户归顺大清。
清军攻打四川藏族如郎之战1745年（乾隆十年），清廷川、陕总督庆复派兵进剿上、下瞻对（四川新龙）地方的藏族首领，因为他们违抗朝廷。庆复将大军分为四路，各路之间相互联系：夔州副将马良柱出呈塘，从南路进攻；松藩总兵宋宗漳出甘孜，由北路攻击；建旨总兵袁士弼出沙晋隆（四川乾宁境内），从东路进军；提督李质粹领兵屯驻东俄洛（四川雅江东）作为预备队。北路清军进展顺利，沿途藏民纷纷归顺，上瞻对藏族首领被迫放弃抵抗，投降清军。南路清军在击败下瞻对的藏族头目班滚的拦截力量之后，也赶到下瞻对附近，三路清军胜利会师。
乾隆十一年，庆复再一次组织清军围剿藏民叛乱，清军由茹色渡过雅龙江包围了藏民居住的尼日寨，攻克了如朗一地，附近各寨迫于清军的声威而相继归顺。只有狡猾的班滚率领残兵败将逃到了金川，继续与清军作对。
初平大小金川大小金川，是大渡河上游的两个支流，地处四川北部，是藏民的土司区域，因沿河诸山和谷地有金矿而得名。这里的地理位置十分重要，东通成都，南接云贵，西连康藏，北界青海，“万山丛矗，中绕詾溪，皮船笮桥，曲折一线”。这里的藏民又称作番民，因气候严寒多雪，物产不多，以青稞，荞麦等杂粮为主食，以石碉为屋。
我国西南部的云南、贵州、广西、四川等地，历来是少数民族集居或与汉族杂居的地区，社会关系错综复杂。自元明以来，我国中央王朝的统治阶级，就采取土司制度统治这一地区的少数民族。土司制度是兼指土司与土官两种统治制度而言。前者包括有宣慰司、宣抚司、安抚司等，这些官爵职称受封于中央但实际上是割据一方的地方政权；后者包括土知府、土知州、土知县等，是按汉族地区的行政区划设立的而由少数民族头人所担任的官职。这种土司制度，是在西南少数民族地区经济落后，交通梗阻的条件下，中央政府在军事征服或政治招抚之后实行的“羁縻”政策和特殊的统治制度。
清朝初年，由于中央政府忙于巩固国家的统一和抗击沙俄入侵，一时无力来加强对西南地区的统治，西南地区仍沿用土司制度，造成了社会的动荡。有些大土司，辖地数百里，拥兵数千累万，骄怒暴戾，横行不法，拒不听从清朝的管束，不仅不利于清朝多民族国家的统一，也不利于少数民族地区社会生产的发展。
金川地区，隋属金川县，唐属维州，明属杂谷安抚司，明代所封金川土司实指小金川土司而言。清袭明制，在1650年（顺治七年）清廷授小金川的头人卜尔吉细为“四川直隶杂谷理番府金川演化土司”，即为小金川土司。康熙六十年（1721年），土司嘉勒巴的庶孙莎曼奔，因率兵500随清军征剿西藏羊峒（今南坪）有功，被四川巡抚色尔图和提督岳钟琪命为副长官司，专管大金川驻牧事务。雍正元年（1723年），川陕总督年羹尧认为小金川土司人众势强，为防患于未然，请求清廷委任大金川土司之孙莎罗奔为安抚司，以分其势，清臣同意，遂授莎罗奔以“大金川安抚司印”，即为大金川土司。这样，清朝统治者对大小金川土司实行了以番治番、分而治之的政策。
大金川土司莎罗奔借用朝廷的支持和纵容，势力日益强盛，逐渐养成尾大不掉之势，经常出兵侵扰同边其它土司的领地，并谋图吞并小金川土司泽旺的领地。莎罗奔先以女儿阿扣嫁给泽旺为妻，泽旺性懦弱，受制于其妻，这样莎罗奔就肆无忌惮地插手小金川的事务。1746年（乾隆十一年），莎罗奔劫持泽旺及其印信，四川总督下令申斥，莎罗奔因羽毛未丰，“始还泽旺于故地”。随后莎罗奔积蓄力量，气焰日益嚣张，不服四川地方官的劝阻和调解。乾隆十二年，莎罗奔又发兵攻掠杂布什咱和旺正两土司的辖区，并击溃了前往镇压的清军，四川巡抚纪山的军队反为莎罗奔所败，此事惊动了朝廷。乾隆令“征苗有功”的云贵总督张广泗为川陕总督，统兵进剿，平定大金川叛乱。
乾隆十二年（1747年）4月，张广泗调集3万大军，计划兵分西南两路进剿大金川，“一由川西入攻河东，一由川南入攻河西”。西路军又分四路，南路内再分三路，各路定于6月28日同时并进，期以一举告捷。清军各路均以当地臣服的各土司的土兵在前，以绿营兵随后。各路初战报捷进展顺利。但纵深入叛乱之地后，山高路险，碉卡并立，叛军恃险抵抗，清军处处被动挨打，几乎寸步难行，而且损兵折将。张广泗以兵3万尚少，要求清廷再增援。乾隆十三年（1748年）4月，清廷又命大学士讷亲前往督师，并起用已被革职的老将岳钟琪以提督衔随行，增兵督剿。讷亲位高气盛，惯于纸上谈兵，一至前线，“限三日克噶耳崖，将士有谏者，动以军法从事，三军震惧，极力攻击，多有损伤。讷自是慑服，不敢自出一令，每临战时，避于账房中，遥为指示，人争笑之，故军威日损。有3000军攻碉，遇贼数10人哄然下击，其军即鸟兽散”。讷亲初至军营即下令三日内攻克噶尔崖，结果清军大败，总兵任举，参将买国良等战死。此后，讷亲不敢再专权，军事全交张广泗办理。而张广泗对清廷派讷亲为经略来督师，已是心有不悦。见讷亲吃败仗威信全无更是看不起他，“轻讷不知兵而事权出己上，阳奉而阴忮之，诸将无所禀承，率观望不前”。清军高级将领之间互相推诿，将相斗气，军心涣散。张广泗想在讷亲面前露一手，打个漂亮仗以煞讷亲的威风。于是张广泗用良尔吉为向导，不料良尔吉是莎罗奔派遣的奸细，他暗中将军情通报给莎罗奔，莎罗奔对清一举一动都了如指掌，清兵四处奔波，四处受叛军袭击，损失严重。“故兵老气竭，株守半载，无尺寸功”。乾隆闻讯十分震怒，将张广泗斩首，赐讷亲自杀，然后又派大学士傅恒为经略。清廷平叛大金川之乱的大军人数已达4万之众，还有京师八旗禁旅在内，竟然不敌大金川的3000兵力，乾隆实难甘心，遂命傅恒为经略将军，兼四川总督，增兵再战。经过一番研究，十四年（1749年）正月，傅恒上疏乾隆，分析了清军屡战屡败的原因。说以前因为讷亲不懂用兵之道，而张广泗又被奸人所愚，用“以卡逼卡，以碉逼碉之法”，实为下策。现在与诸将商议之后，决定大兵调齐，即“同时大举，分地奋攻，而别选锐师旁探其道，裹粮直入，逾碉勿攻，绕出其后，即以围碉之兵作为护饷之兵。番众无多，外备既密，内守必虚，我兵即从捷径捣入，则守碉之番各怀内顾，人无固志，均可不攻自溃”。由于吸取了教训，傅恒也害怕再有杀头之祸，故此制定了较为切合实际的作战方法，从而得到了清政府的认可。傅恒调集清兵3．5万人，采用了岳钟琪的进军方略，兵分两路。由于清兵改变了战术，连克叛军碉卡，军队士气大振，什么道路艰险等困难自不在话下。清军旗开得胜，叛军则节节败退，然而叛军仍依据一个个高耸的山头与清军周旋。清廷在金川已用兵两年，劳师糜饷，损兵折将，杀大臣讷亲、张广泗，革大将哈元生、苳芳，用尽全力却难以平叛，乾隆不想把战争继续下去了，命傅恒撤兵，在谕旨中说：“朕思蕞尔穷番，何是当我王师？经略大学士傅恒乃中朝第一宣力大臣，顾因荒微小丑，久稽于外，即使擒渠扫穴，亦不足以偿其劳！”然而傅恒认为大金川土司的势力已消耗殆尽，平叛指日可待，仍请进兵，乾隆不许，傅恒只好作罢。当时，岳钟琪所率的清军前锋已抵达莎罗奔的老巢勒乌围，莎罗奔惊恐万状。莎罗奔父子尚不知清廷已下令撤兵回朝，当时见清军势不可挡，而打入清军中的奸细又被傅恒处死，情报失灵。眼见清军就要踏平勒乌围，莎罗奔只得放弃抵抗。他从前曾隶属于岳钟琪部下，随之一起入藏平叛，这时就向岳钟琪求情，岳钟琪当即立断，趁叛军尚不知清军已撤军的消息，亲率13骑驰入敌军营中，可谓英雄虎胆。莎罗奔见岳将军威风凛凛不减当年，急忙带着随从“稽颡膜拜，衷甲持弓矢迎”，“请奉约束，顶经立誓”。莎罗奔发誓归还侵占的土地，供傜役，献凶犯，纳军械，归兵民。朝廷采用了宽大政策，莎罗奔的叛乱活动被赦免，仍为土司。这样，清廷在决定正式撤兵之前，得以兵不血刃，平定了大金川。
再战大小金川自大金川土司莎罗奔乞降之后，四川藏民聚集地平静了10多年。大小金川两地仍由各自土司管理，土司之间相互争斗，时起战乱，问题并未彻底解决。乾隆二十五年（1760年）5月，大金川土司莎罗奔病故，由其侄郎卡承袭土司之职。郎卡野心勃勃，经常出兵骚扰侵掠邻近土司领地。四川总督阿尔泰下令劝阻，但郎卡仍“侵邻境不已”。阿尔泰多次令各土司围攻大金川，但心力不齐，无济于事。乾隆三十一年（1766年），阿尔泰奉清廷之命征调与大金川土司邻近的“九土司”之兵进行会剿。阿尔泰希图息事宁人。郎卡见大军得至，表示接受朝廷的调停，并将其女嫁给小金川土司泽旺之子僧格桑为妻，并要求清廷颁给他土司新印。阿尔泰自以为是，认为大小金川联姻将有利于战乱平息，因此同意了郎卡的一切要求。实际上，这样反而使“有夙怨，不甚联络”的大小金川土司开始“姻党联结”，互相联合起来，并且“附近18家土司推两金川为雄长”。大小金川的联合打破了这里原有的政治均势，使清廷以番制番，相互制约的政策难以执行。
1771年（乾隆三十六年），莎罗奔之孙索诺木诱杀革布什扎土司，小金川僧格桑也领兵进攻邻近的鄂克什以及明正两土司，于是战乱又起。索诺木是郎卡的第四子，在郎卡病死之后承袭了大金川土司的称号，他年轻气盛，欲继郎卡当年未竟之业，逐渐吞并周边邻近土司。小金川土司也闻风效尤，两者相互勾结，并公然与清廷所派援军对抗。清廷认为小金川较大金川为弱，又无险可守，易于攻破，所以决定先平小金川，后平大金川。三十六年（1771年）10月，乾隆宣布了出征讨伐小金川的理由：“小金川以内地土司敢作不靖，暴侮邻疆，弁髦国法，此而不声罪致讨，朝廷威令安在？况抚驭番蛮，怀畏自当并用，若于梗化之人不大加惩创，则懦弱几无以自存，而犷悍者必效尤滋甚，渐至徼内土酋跳梁化外，何以绥靖边圉？”乾隆帝决心平叛小金川，调兵1．6万余名，分三路进剿：令四川总督阿尔泰率兵7000名出南路，攻约咱；令总兵福昌率兵1700名出西路，向山神沟进攻；令提督董天弼率兵5300名为中路，攻达围。清军初战不利，南路阿尔泰兵抵打箭炉长达半年，却按兵不动，一无所获。乾隆盛怒之下将阿尔泰赐死，又撤换了作战不力的将领，命大学士温福由云南赴四川督师，以尚书桂林代阿尔泰为四川总督，再度令其率兵进讨；战局逐渐被扭转。开始时，清军连夺关隘，但小金川土司僧格桑及时得到了大金川土司索诺木的援助之后，反败为胜，屡败清兵。乾隆三十五年9月，黑垄沟一战，薛琮所率3000名官兵几乎全军覆没。温福和桂林率兵先后入川后，温福由汶川出西路，桂林仍沿阿尔泰走的路线由打箭炉出南路，两路夹攻小金川。南路副将薛琮恃勇轻进，在黑垄沟被番兵包围，由于道路艰险曲折，清军无路可走。薛琮派人向桂林求援，然桂林却按兵不动，导致了薛琮战死，全军陷没的惨败。这时，清廷又下令温福为定边将军，阿桂、丰伸额为副将军，令其攻大金川。当清军逼近小金川土司僧格桑的老巢美诺时，僧格桑携带卫兵妻妾逃往大金川，撇下其父老土司泽旺。清军把泽旺缚献京师，又传檄大金川土司索诺木交出僧格桑，索诺木拒绝。于是温福率兵进逼大金川。大金川地理位置更加险峻，从前讷亲、张广泗屡遭失败，故温福大军也受到了严峻的考验。索诺木“全力抗守，增垒设险，严密10倍于小金川”，清兵分六路进攻，但当地叛军采用以往的战术，遍筑碉卡抗拒清兵，温福明白攻碉卡得不偿失，但他又别无计策，“为人刚愎，不广谘方略”，又重蹈了张广泗的复辙，采用以碉逼碉的办法，令清军就地筑碉卡多达数1000个，结果2万士兵都分散在各个碉卡内，兵力反倒不足了，与大金川的番兵相持不下。1773年（乾隆三十八年）夏，温福屯兵于大金川之东的木果木，“日与苳提督无知辈高宴”，结果索诺木出兵切断清军的粮运，发起了疯狂的反扑。叛军猛攻清军木果木大营和各碉卡中的清军，枪声四起，叛军一涌而出，内外鼓噪，清军军心大震。叛军先夺清军炮局，枪如雨发，温福乱了方寸被飞弹击中身亡，清军见主帅阵亡，霎时四散，“师遂大溃，我兵自相践踏，终夜有声。渡铁锁桥，人相拥挤，锁崩桥断，落水死者以千计”。木果木一战，又有4000名清军官兵战死。
清廷自然不甘心就这样失败，乾隆帝重又布署了军事力量，命阿桂为定西将军，丰伸额、明亮为副将军，征调健锐营、火器营和索伦兵参加战斗，大大增强了进攻的力量。
三十八年（1773年）10月，阿桂率西路军2万余攻鄂克什、底木达、布朗郭宗等土司的叛乱地区；明亮率南路军2万余攻小金川土司的巢穴美诺；丰伸额率北路军1．5万人，由绰斯甲布前进。总督文绶坐镇四川省城，督造劈山等炮运送前线。清军人多势大，几路齐头并进，而且供给及时，转战五昼夜之后，清军抵进美诺，收复了小金川，小金川土司及叛军早已逃往大金川。阿桂主张乘胜进兵大金川，乃奏请朝廷。乾隆帝也认为四川藏民土司恃险反复抵抗朝廷，清军已经耗费了极大的兵力和财力，所以非大举深入平定不可。于是朝廷先斩了泽旺，以示平定叛乱的决心，然后令阿桂等将领扫穴犁庭，以除后患。
阿桂率大军誓师之后，决定分三路讨伐大金川。三十九年（1774年）正月初十，三路清军同时出发：阿桂一路从谷噶了口出发，攻战巴拉克；明亮一路从河北马奈出发，攻战恩底博堵木城等处；丰伸额一路由卓克采出发，攻占凯立叶。清军三路大军分别从东路、西南和西北并进，声势浩大，所向披糜。怎奈大金川地形险恶，层峦叠山，崎岖不平，加上叛军重重筑碉，层层设卡，战斗极为艰苦，清军行动十分缓慢。但由于清军士气高昂，见碉夺碉，遇卡攻卡，节节进攻，击破敌垒无数，与叛军激战数百次，直到7月份才逼近大金川土司索诺木的老巢勒乌围。
盛夏，清兵围攻勒乌围之外围屏障逊克宗垒，这一仗打了近半年之久。根据《清史演义》中的记载，勒乌围前面皆山，番兵据险扼守，第一重名博瓦山，第二重名那穆山，最是险峻。清军猛博三昼夜，方杀上博瓦山，占了第一重门户。休息两日，又进军那穆山，阿桂仍令清军分前后进攻，数日不克。只见那穆山上守兵分布得密密层层，防守甚严。几路清军会集之后，并力猛攻仍是不下，山下边最高峰有两个极为显眼的战碉，清军选出600名敢死队，乘黑夜猱升而上，趾顶相接，直至黎明时，攀上绝壁到达山顶。守卫石碉的番兵以为清军从天而降，吓得魂飞魄散。西面山峰竖起了大清旗号，顿时整个番兵人心大乱，山下的清兵再次猛攻，杀上山腰，第二重门户又破。清军攻破了番兵重兵防守的逊克尔宗官寨之后，纵火烧毁四周村落200余间，索诺木的老巢乌勒围就在清军眼前。索诺木为保自身安全，毒死小金川土司僧格桑，向清军献尸请降，阿桂拒绝，索诺木无从乞和，只有令部下极力防守，拼个鱼死网破。
时值秋末冬初，天气阴寒，雨雪霏霏。清军只好收兵。过了来年又得等到冰雪消融之后，清军才能在这险峻之地出兵讨伐。清军又转战了三四个月才到乌勒围。四十年（1775年）7月14日，阿桂军与明亮军会师围攻乌勒围官寨。乌勒围靠山临河，四角有战碉，墙垣坚固，内藏大量火药枪弹，坚不可摧。据记载，“其官寨碉坚墙厚，西临大河，迤南有转经楼，与官寨相犄角，木栅石卡，长里许，其东负山麓，有崖八层，层各立碉，各路败回之敌，咸聚守之”。清兵先攻破栅卡，清扫外围，断其犄角，又毁桥断其逃逸之路，然后集中火力，用火炮猛攻石碉。其间炮声隆隆，惊天动地，敌营一片混乱，索诺木兄弟5人表示愿意降清，但阿桂仍不允，清军继续猛攻，中秋底清军终于攻下索诺木的老巢。然而索诺木带着残兵败将已经逃到噶尔崖。阿桂统领的清军自入川讨伐叛逆以来。至此已经历了2年，途中历尽艰苦，他恨不得立刻踏平噶尔崖，1776年初（乾隆四十一年），清军包围噶尔崖，切断与周围的一切通路，叛军负隅顽抗直至弹尽粮绝。2月，索诺木走投无路，与其祖父莎罗奔及家族部众2000余人出降。乾隆帝数日后在京师御午门收受索诺木兄弟及其它叛乱头目，将罪大恶极的莎罗奔、索诺木等凌迟处死。其余叛者家属，或斩或绞，或永远监禁，或充发为奴。封阿桂为一等诚谋英勇公，丰伸额本袭公爵，加赏继勇字号，明亮封一等襄勇伯，其余将官各有封赏。
大小金川土司叛乱平定之后，清廷设成都将军专管该地文武官员，下令番民递发，信奉黄教，派兵驻屯。随后在大小金川设立懋功厅，驻同知管屯务。从此，大小金川之地名不复存在。大小金川地仅千里，兵仅万余，然官兵数万，苦征5年，耗银7000万余两，用兵之难甚于平定准、回二部，皆由于地险碉坚，气候多变之故。清军缺乏对山地、碉堡之类的作战经验，一些将领或按兵不动，或硬拼硬打，以致消耗人力、财力巨大。好在清廷及时调增了健锐营等精锐部队，发挥了冲天炮的攻坚之威，终于取得了胜利，当地从此进入了一个新时期。
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