查理八世的回复如下：
首先，朕有一事不明，教皇陛下作为联盟首脑，不知出于何意，竟要求朕离开意大利。之前联军不仅拒绝我军通行，而且还百般围追堵截，企图切断我军回朝之路，幸好未能得逞。想必这些教皇陛下应该略有所知。
其次，朕当时在得到教皇的首肯和祝福之后方才进入那不勒斯，现在陛下要朕撤军，若我照办岂不是出尔反尔，漠视教宗圣意？
最后，教皇传召朕亲自前来觐见基督界至尊，朕实在诚惶诚恐。六个星期前，朕从那不勒斯返回罗马时急欲面圣陛下以表忠心和敬重之意。但教皇对此视而不见，朕虽想尽办法，但教皇终是事务繁忙而不得有空。朕只得匆匆离开罗马，遗憾未能面见教皇圣宗。现如今教皇陛下若是诚心召朕前去面圣，朕必定成全，一旦返回法兰西将诸事处理妥当后将亲临罗马面圣。
虽然这封回信出言不逊，不失冷嘲热讽；但受形势所迫，查理还是不得不接受诏令上的无理要求。瑞士派出的援军已到，而他现在急于赶回法兰西，不得不与卢多维克·斯福尔扎缔结和平条约，把诺瓦拉割让于他。尽管吉尔贝·德·蒙庞西耶和德奥比尼寸土不让，死守卡拉布里亚、巴西利卡塔和那不勒斯，但经过长达三十二天的围攻封锁之后，还是于1496年7月20日，不得不签订“阿泰拉”投降书，明确规定将那不勒斯的宫殿和要塞全部归还给那不勒斯国王斐迪南二世。斐迪南二世收复失地仅三个月之后，于9月7日在维苏威山脚下的德拉索马城堡纵欲过度，精尽而死。他那年轻的王妃虽然无微不至地照顾他，却难除红颜祸水之名。
这份协议包括归还所有的宫殿和城堡。之后斐迪南二世的叔父腓特烈即位为腓特烈四世。在亚历山大六世担任教皇的三年时间里教宗宝座越坐越稳，而那不勒斯前后连换五任国王：斐迪南一世、阿方索二世、查理八世、斐迪南二世以及腓特烈四世。皇权频繁易主，对亚历山大来说反倒是好事儿，每一任国王只有得到教皇册封才能即位成为秉承天命的天子。因此，亚历山大是这场王位频繁更迭中唯一的胜利者，权力和威望双收。虽然他的圣职靠买卖得来，但米兰公国、佛罗伦萨共和国和威尼斯先后相继承认他在教会最高领袖的地位，而且那不勒斯的五任国王均向他表示臣服。因此他认为当下扩张家族势力时机已然成熟。为此，他可以倚仗即将掌握最高世俗权力的甘迪亚公爵，也可以依靠即将委以所有教会重要职权的凯撒·博尔吉亚。同时为确保计划万无一失，教皇还新任命四名西班牙枢机主教，使他在罗马教廷枢机主教堂的自己人达到二十二人，这样一来可确保他的投票永远占到绝大多数席位。
教皇的首要之举是要清理罗马周边的小国王和小领主，他们被称作是教会的代理牧师，但是教皇却当他们是教会的枷锁。教皇其实早前在支持奥尔西尼家族打击科隆纳家族时就已经着手这项工作。但查理八世征战意大利之后，他不得不把一切精力和所有附属国的军力集中起来保障自己的个人安全，打击小国王小领主的事也只好暂时中断。
教皇的世交奥尔西尼一家胆大妄为，擅自投靠法兰西讨伐那不勒斯王国。如今，这个显赫的奥尔西尼家族的一家之主维尔吉尼奥在讨伐战争中沦为斐迪南二世的阶下囚。亚历山大此时绝不会放过如此良机。他宣布维尔吉尼奥·奥尔西尼于1496年6月1日起为反叛之徒，还特命斐迪南二世不得将其释放，同年，即腓特烈四世继位之后没过几天，教皇深知腓特烈为得到教皇的正式册封定会对他言听计从，于10月26日在教会秘密法庭上宣判没收维尔吉尼奥·奥尔西尼全部家产充公。之后，教皇又觉得没收家产还不够，并没有将眼中钉连根拔起，便向科隆纳家族提议说：为深表友谊之情，愿委以重任，在儿子甘迪亚公爵弗朗西斯科的号令下，前去执行对宿敌奥尔西尼家族的判决。这是亚历山大六世惯用的手法，借他人之手削弱对手的势力，让周边城邦小国互相残杀，从而削弱彼此的力量，然后见他们大势已去时才起兵征伐，轻而易举一得大统成为最后的大赢家。
科隆纳家族接受了教皇的提议，甘迪亚公爵被任命为教会统帅。他的父亲身着教皇袍，在罗马的圣彼得大教堂为他颁发上任勋章。最初，事态的发展正如亚历山大所愿。到这年年底教皇军已经夺取了奥尔西尼家族的大部分城堡和要塞。奥尔西尼家族眼看大量领地失守，以为大势已去，未料这时查理八世伸来援手。奥尔西尼家族表示，鉴于查理八世忙于法兰西政务，目前又正是用兵之时，前来援助自然是感激之至，或若不能前来也是情理之中。但是查理八世还是派来了维尔吉尼奥的儿子卡洛·奥尔西尼和卡米洛·维泰利的兄弟维泰洛佐·维泰利。卡米洛·维泰利是投身他麾下的三位佣兵团枭将之一，曾在渡河战役中为查理而战。此次派去的两位将领，骁勇善战，众所周知。查理还慷慨解囊，让他们带去大笔钱财。如此一来，二位将领刚到封地中心的卡斯泰洛镇就贴出招募军队的告示，人们从四面八方赶来愿为其效命。他们很快就募集到一支部队，并把法军所擅长的有组织的军事管理技术运用到这支军队的管理训练上，还着重改进了炮兵部队，从而更容易调遣。常规武器长矛换成瑞士长矛，但长度多出两尺。这些改进确实有效，维泰洛佐·维泰利用四个月的时间训练新兵使用新武器，到新兵能够灵活自如地使用时，又从佩鲁贾、托迪和纳尔尼赢得一些援助。这三个小城担心奥尔西尼家族垮台之后就轮到他们遭殃了，就像科隆纳家族失势后轮到奥尔西尼家族倒霉一样。维泰洛佐看准备妥当，便启程前往布拉恰诺镇，这里正被乌尔比诺公爵围攻。根据联盟条约，威尼斯将乌尔比诺公爵借调给教皇差遣。
这位威尼斯将军听说维泰利的军队前来，便出战迎敌，省得维泰利多跑一程路。两军在索里亚诺路上相遇，战争即刻爆发。教皇军队中有一支八百名日耳曼人组成的部队，勇猛无比，所向无敌，乌尔比诺公爵和甘迪亚公爵对他们甚是器重。然而，维泰利的步兵竟袭击了这帮精兵。这些步兵们手执长矛，冲进敌军，而敌人的武器短了四寸，连还手的机会都没有。同时维泰利的轻兵部队迅速转到敌军侧翼，快速准确地把敌人的炮兵部队杀了个措手不及。教皇军奋力抵抗，面对如此装备精良的敌军，只好先行撤退，但撤退也不是一时半会儿的事。终于，教皇军保护着脸被矛刺伤的甘迪亚公爵、法布里齐奥·科隆纳和教皇特使成功逃跑，而乌尔比诺公爵带领后卫留下来掩护他们撤退时不幸被俘。整个炮队和辎重全部落入敌军手中。
虽然大获全胜，维泰洛佐·维泰利此时并没有骄傲自满，忘乎所以。他十分清楚，他和奥尔西尼家族的势力太弱，就算联手，面临如此大敌也未必能撑多久；而且手上现有的军饷不能维持太久，没有军饷就没有军队打仗。因此他急欲向教皇低头认罪，并且接受了即使战败也不会接受的条件。教皇立即接受了他的求和请求。期间，还听闻特武斯带领三千瑞士士兵再次穿过阿尔卑斯山进入意大利，教皇担心这位意大利将军可能率领的只是法兰西国王的前卫部队。因此双方达成协议，奥尔西尼家族需为此次战争支付七万弗罗林金币的赔偿金，双方不用收取赎金即可归还除乌尔比诺公爵之外所有俘虏。为保证七万弗罗林金币的赔偿金如约支付，奥尔西尼家族需先割让安圭拉腊和切尔韦特里两个要塞给斯福尔扎枢机主教和圣塞韦里诺枢机主教作为抵押。但最后到了交付日期，他们实在拿不出钱，愿以四万达克特金币交出俘虏乌尔比诺公爵，见这个数目差不多能抵上赔偿金，维泰利便把他移交给了亚历山大用来抵账。亚历山大恪守约定，要求为自己卖命的公爵必须自己如数归还这笔赎金。
教皇不可能让维尔吉尼奥·奥尔西尼活着回去，只好把他的尸体送还给了卡洛·奥尔西尼和维泰洛佐·维泰利。说来蹊跷，维尔吉尼奥在协议签署前八天暴毙身亡，从症状来看，应该是中了与巴耶济德二世的弟弟一样的毒。
和平协议一经签署，教皇就从腓特烈四世那里调回了克普罗斯佩罗·科隆纳和贡萨尔维斯·德·科尔多瓦，并命二人带领由西班牙人和那不勒斯人组成的军队回到罗马。亚历山大不能动用这支军队对付奥尔西尼家族，可又不想被人说养兵不用，于是命他们前去收复奥斯蒂亚。贡萨尔维斯在收复奥斯蒂亚过程中屡建奇功，受到教皇嘉奖，从教皇手中接过了“金玫瑰”[2]，这是圣父所能授予的最高荣誉。还有德意志皇帝马克西米利安、法兰西国王、威尼斯公爵及曼托瓦公爵也得到了这样的殊荣。
注释：
[1]弗罗林：1252年热那亚和佛罗伦萨开始铸造名为弗罗林的金币，重3.5克左右，足金。通过贸易，弗罗林币从南欧进入西欧和北欧，成为后来大多数欧洲金币的原型。（译注）
[2]金玫瑰：教皇授予金玫瑰给德高望重之人，通常是教会或修道院人士、贵族、军事家或是各国国王，每年一次。（译注）
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