先是一阵惊愕之后，那些曾经受辱受压之人便开始复仇，誓要夺回一切。斯福尔扎家族收复了佩萨罗，巴廖尼夺回了佩鲁贾，圭多和乌巴尔多拿回了乌尔比诺，罗韦雷取回了锡尼加利亚诺；维泰利家族重返卡斯泰洛城，阿皮亚尼家族重回皮翁比诺，奥尔西尼家族回到蒙特焦尔达诺并收回其他领地；只有罗马涅毫无动静，还是一如既往地臣服于凯撒，只要不牵扯到他们的切身利益，这里的臣民从不关心城主之争，更何况他们在凯撒的统治下安逸快活，这是之前从未享受过的。
科隆纳家族许诺凯撒保持中立态度，所以重新拿回了属于他们的城堡和城镇，包括丘扎诺、达诺角、弗拉斯卡蒂、罗卡迪帕帕和内图诺。他们再次回来发现教皇生前让人对这些地方进行了修整，还加强了防御工事，比他们统治时期建设得更好。
此时凯撒带着自己的亲信依旧住在梵蒂冈，这些士兵在他落难之时并未弃他而去，而是对他的寝宫各处严加守卫。他躺在病床之上，辗转反侧，像头受伤的狮子哀嚎连连。枢机主教们一开始吓得四处逃窜，甚至没有参加教皇的葬礼；而此时开始聚集起来，经常在密涅瓦神庙或卡拉法枢机主教家里碰面。他们仍然忌惮凯撒手上的残余部队，特别是这支军队的指挥官米凯洛托，于是便拿出所有的钱财招募了两千士兵，任命查理·塔内奥为将军，并封他为枢机主教团统帅。这时候他们希望天下能重建和平，却听闻普罗斯佩罗·科隆纳率那不勒斯军队三千，法比奥·奥尔西尼从维泰博率两百骑兵和一千步兵准备前来罗马。于是他们带着军队，怀着一样迫不及待的心情进入罗马。三支军队仅一天之差齐聚罗马城。
这时候罗马城一共聚集了五支大军：把持着梵蒂冈和博尔戈宫的凯撒军，闭关不出圣天使堡的尼卡斯特罗大主教接手的圣天使堡教皇禁卫军，驻军密涅瓦神庙的红衣主教军，驻扎在邱伯特神殿的普罗斯佩罗·科隆纳军，和扎营在瑞皮塔路的法比奥·奥尔西尼军。
而另一边，西班牙已经进军到泰拉奇纳，法军也到了内皮镇。枢机主教们清楚罗马眼下如同脚踩火药库，只要一粒火星就能点燃导火线引发爆炸。于是他们派人请来了德意志皇帝、法兰西国王、西班牙国王和威尼斯共和国总督的各位大使，要求他们以自己主子的名义发出呼吁。各位大使见事态紧急，先是宣称枢机主教圣军神圣不可侵犯，然后命令奥尔西尼、科隆纳和瓦伦蒂诺公爵各自收兵离开罗马回到自己的地盘上去。
奥尔西尼最先撤退，翌日早晨科隆纳也带兵离开了罗马。只有凯撒一人要求先满足他的条件才会撤军离开，并扬言说梵蒂冈地下埋满了炸药，一旦他的要求不能得到满足，将点燃炸药同归于尽。
大家都清楚凯撒从不虚张声势，必然说到做到，于是答应和他谈判。
凯撒承诺在新教皇选举期间撤军至罗马三十里开外处，且保证不对罗马或其他教会邦国发起进攻。法比奥·奥尔西尼和普罗斯佩罗·科隆纳也做出了相同承诺。
同时大家达成共识，凯撒应当将旗下的军队、炮队和辎重部队撤出罗马；为保证他本人在罗马街道上不会遭到袭击或侵扰，枢机主教圣军应提供四百步兵在他遭到袭击或侵扰时为他而战。另外由威尼斯大使为奥尔西尼担保，西班牙大使为科隆纳担保，法兰西大使为凯撒担保。
这天到约定的时间，凯撒先将炮队撤离，一共有十八枚大炮，由四百名枢机主教军护送。他打赏了每名士兵一枚达克特金币。跟在炮队后面的是一百辆马拉战车，由他的先头部队护送。
公爵被抬出了梵蒂冈大门。他躺在轿榻上，由十二名长戟兵支起一顶绯红的华盖。华盖向他的靠垫方倾斜，以免人们看到他嘴唇发紫、眼睛充血，在他身旁还放着一把剑刃，向人们表示尽管他此刻身体虚弱，但必要时还是能拿剑迎战。他最好的坐骑披着黑色天鹅绒，上面标有他的盾形纹章，由一位侍从牵着紧跟在榻旁，以便有突发情况时凯撒能第一时间上马。将士们跟在他的前后左右，个个收好武器，没有战鼓没有号角，让整个队伍有种凄凉的送葬气氛。刚到城门，凯撒看见普罗斯佩罗·科隆纳正带着一支大军等着他们。
他的第一反应是此人肯定像他惯常那样出尔反尔，普罗斯佩罗·科隆纳定是前来袭击他的。于是他下令暂停，准备上马。然而普罗斯佩罗·科隆纳看到他是这种反应，便只身一人来到他的榻前。出乎他意料之外的是，科隆纳反倒是担心法比奥·奥尔西尼会对他设有埋伏，特地前来护送，因为之前奥尔西尼曾发誓要为他死去的父亲保罗·奥尔西诺一洗雪耻，报仇雪恨。凯撒谢过科隆纳，回答说只要奥尔西尼孤军前来便也没有什么好怕的。于是科隆纳只好告辞回到自己的军队之中，率军向阿尔巴诺方向而去。而凯撒则取道向依然臣服于他的奇塔卡斯特拉纳而去。
即便这时候身在奇塔卡斯特拉纳，凯撒不仅能掌握自己的命运，还主宰着别人的命运。他在枢机主教团里拥有二十二票，其中还有十二票仍旧忠诚于他，而教皇选举会议一共是三十七票，因此不论如何他都占有多数投票，决定着宗座之位最后落入谁手。西班牙派和法兰西派都来讨好他，希望自己的国人能够当选为教皇。凯撒听在耳里，缄口不言，既不做承诺，也不做回绝。最后他把手里的十二票投给了锡耶纳枢机主教弗朗切斯科·皮科洛米尼。此人是他父亲培养的亲信，也一直是他的支持者。因此弗朗切斯科·皮科洛米尼于10月8日当选教皇，封号庇护三世。
凯撒终于如愿以偿：教皇庇护三世一继位便赐给了他返回罗马的安全通行证。公爵带着二百五十名重骑兵、二百五十名轻骑兵和八百名步兵回到罗马的宅邸，手下的将士们则驻扎在宅邸周围。
一直策划报复凯撒的奥尔西尼家族此时正在佩鲁贾及其周边城镇大肆招兵买马，欲进军罗马寻他报仇。他们盘算着自己效忠的法兰西为了凯撒手里的十二票定会投其所好，以保证安布瓦兹枢机主教能够顺利当选新任教皇，于是便改投为西班牙效命。
这时凯撒和路易十二正准备签署一份新条约。条约规定：凯撒答应投入全部兵力，乃至他个人，一旦能骑马上战场便不惜性命，竭力助法王继续征战那不勒斯；路易十二当确保凯撒手中拥有各个城邦国的所有权不变，并答应助他收复失地，恢复统治。
条约公布当日，贡萨尔沃·迪·科尔多瓦在罗马大街小巷大声疾呼，宣告任何效力于别国的西班牙人当立即终止雇佣条约，否则将以叛国罪论处。
这一命令致使凯撒损失了十一二个骁勇善战的将领和近三百名士兵。
这时候，奥尔西尼的人见凯撒兵力减少，便在西班牙大使的支持下进入罗马，当着教皇和枢机主教团的面，指名要凯撒出来亲自交代罪行。
庇护三世有承诺在先，便回答道，公爵作为九五之尊，其世俗统治不受他人约束，其所作所为只需向上帝交代。
然而，教皇感到有心无力，压制凯撒的敌人护他周全不是长久之计，便奉劝他与前往那不勒斯的法军会合，如此便可性命无忧。于是凯撒决定撤退到布拉恰诺，这里有吉安·焦尔达诺·奥尔西尼，两人曾一起前往法兰西，是唯一一个没有宣布反他的奥尔西尼人，还以虚名枢机主教的名义为他提供避难之所。于是一天早上，他下令军队前往布拉恰诺，自已也一道离开了罗马。
尽管凯撒此次行动格外保密，但奥尔西尼还是事先收到风声，带着全军从圣潘克拉西奥城门绕道而行，封锁了凯撒的去路。当凯撒来到斯托尔塔时，发现奥尔西尼的大军早已在此严阵以待，而且敌众我寡，多出一半多的兵力。
凯撒明白，此时敌强我弱，硬拼必定是螳臂挡车，于是命令军队呈梯队后撤，这样一个一等一的战略家，如此巧妙地撤退，敌人即使敢追却不敢硬攻。最后他成功撤退回教皇城，未损失一兵一卒。
这次凯撒干脆去了梵蒂冈宫，直接接受教皇的庇护。他的将士们安扎在梵蒂冈宫四处，把守着各个出入口。这时的奥尔西尼下决心要和凯撒来个了断，决定不管他身在何处都要对他发起攻击，也顾不上是否是神圣之地。可惜不管他如何努力，却屡战屡败，凯撒的军队把守森严，防御牢不可破。
奥尔西尼没能攻破圣天使堡的禁卫军，便撤出罗马再从托里奥内城门进攻希望能成功拿下凯撒；不过凯撒早已料到敌方会有如此一举，等到奥尔西尼率军来到城门前才发现城门上早已增加了人手严加防备。然而奥尔西尼的将士们并没有因此改变初衷，只是放弃了之前借机攻城的计划，改用武力强行打开城门。他们悄悄接近城门，出其不意，放火点燃城门，城门打开后来到圣天使堡御花园，却发现凯撒带领骑兵早已等候在此。
面对危险，公爵重拾力量，第一个冲向敌人，大喊奥尔西尼的名字，扑过去欲置他于死地。然而不知是奥尔西尼没听见还是出于害怕并未出面迎战。经过一番激战之后，凯撒的人比敌军少了三分之二。眼见自己的骑兵快要被杀个片甲不留，凯撒奇迹般地更加英勇杀敌，一番殊死搏斗之后被迫撤回到梵蒂冈。
回到梵蒂冈，凯撒发现教皇痛苦难忍。奥尔西尼厌倦了与这老头子周旋，他总是托辞庇护公爵，便通过潘多尔福·彼得鲁奇搭线买通了教皇的外科医生，让他在教皇治愈腿伤的膏药中下了毒。
当被敌军追杀的凯撒满身鲜血尘土来到教皇卧室的时候，发现他已生命垂危。敌军一路追到宫墙外才罢手，在宫墙之内还有凯撒的残余部队坚守阵地。
庇护三世自知命不久矣，便从床上坐起来，把通往圣天使堡通道的钥匙交给了凯撒，还给城堡的总管留下一道谕旨要他接纳凯撒及其家人，竭尽全力护他周全，时机成熟后便让他们离开此地。交代完毕之后，教皇一头晕倒在床上。
凯撒牵着自己的两个女儿，带着塞尔马尼塔和内皮两个小公爵一起来到了最后为他敞开的避难所。
就在当晚教皇驾崩，在位仅二十六天。
教皇死后，凯撒和衣而睡，凌晨两点听到有人敲门，不知来者何人，有何用意，便用胳膊撑起身子，另一只手摸着剑柄。还好他第一眼认出了这位深夜造访者是朱利安诺·德尔塔·罗韦雷。
被毒药弄得筋疲力尽，又陷入孤军独战孤立无援的地步，曾经呼风唤雨的凯撒此时势力已是一落千丈，眼下大势已去，手里唯一的砝码就剩手握决定新任教皇的多数票。朱利安诺·德尔塔·罗韦雷来此的目的就是要和他交易这十二票。
凯撒提出，一旦当选，朱利安诺·德尔塔·罗韦雷将助凯撒收复罗马涅失地；凯撒继续担任教廷大统领，罗马长官弗朗切斯科·马里亚·德尔塔·罗韦雷将迎娶凯撒之女为妻。罗韦雷接受了凯撒提出的全部条件，凯撒把手里的十二票卖给了他。
第二天，朱利安诺要求枢机主教下令要求奥尔西尼在教皇选举会议期间撤离罗马。
1503年10月31日，第一轮选举结果出来之后，朱利安诺·德尔塔·罗韦雷当选教皇，封号尤利乌斯二世。
教皇在梵蒂冈安顿好一切后，第一件事就是把凯撒之前的府邸交还给他。这时凯撒已经完全康复，开始重整大业，但面对的却是江河日下。
凯撒的部队如今溃不成军，作为一军之首只能躲进圣天使堡，但却被外人以为是被软禁于此，致使罗马涅区形势大变。切塞纳和以前一样再次拥护教廷势力；吉安·斯福尔扎回到了佩萨罗；奥尔代拉菲占领了弗利；马拉泰斯塔家族要求夺回里米尼；伊莫拉城民刺杀了城主，领主权在两派中徘徊，一派主张由里亚尼家族统治，一派主张归顺教廷统治；法恩扎是唯一一个坚持忠于凯撒的城镇，但是最后看他无望东山再起，便找来加莱奥托·曼弗雷迪的私生子弗朗切斯科担任一城之主。曼弗雷迪家族所有的合法子孙全遭博尔吉亚杀害，弗朗切斯科是这个不幸家族唯一幸存的继承人。
准确地说这些城镇的要塞都没有加入到反叛行动中，依然坚定不移地忠实于瓦伦蒂诺公爵。
因此严格意义上这些城镇不算叛变，只要各要塞无谋反之心，那么重新收复只是迟早的事。而让凯撒和尤利乌斯二世担忧的是威尼斯的搅合让整个局面更加棘手。这年春季，威尼斯和土耳其人签订了和平条约，终于摆脱了这个世代宿敌，于是把所有的军力都投入到了觊觎已久的罗马涅区：威尼斯大军在贾科波·韦涅里的率领下来到了教皇城邦最边缘的防线拉韦纳。虽然贾科波·韦涅里因为切塞纳城民的英勇抵抗而没能占领该地，但却收获了拉马纳谷和法恩扎两座要塞，并占领了福林波波利。后里米尼投降，领主潘多尔福·马拉泰斯塔以此换取了帕多瓦区奇塔代拉的领主权和威尼斯贵族地位。
这时凯撒向尤利乌斯二世提议道：要马上把他在罗马涅区的领地转让给教廷，如此一来威尼斯出于对教廷的顾及定不会对它们发起进攻。然而，尤利乌斯二世心中仅存的廉然正气战胜了他对九五至尊皇权的欲望。他拒绝了接手这些领地，害怕自己无法抵御长期占领这些领地的诱惑，有违其承诺。
鉴于形势紧急，他便提议凯撒离开罗马，从奥斯蒂亚镇走水路经斯佩齐亚，米凯洛托将率领雄师军最后的力量一百名重骑兵和一百名轻骑兵在此恭候他，之后一起在费拉拉登岸，前往伊莫拉。一旦到达伊莫拉，他就可以再次吹起战争的号角，响彻整个罗马涅大地。
这一建议正合凯撒的心意，他便立即接受了。
该提议提交至枢机主教团商议并获通过后，凯撒便启程前往奥斯蒂亚，陪同他的是教皇陛下的侄子巴尔托洛梅奥·德拉·罗韦雷。
凯撒以为自己终获自由，甚至想象着自己骑马驰骋在曾经的疆场上再次率军作战。他抵达奥斯蒂亚后，索伦托和沃尔泰拉枢机主教代表教皇尤里乌斯二世前来要他交出三天之前教皇拒绝接手的那些要塞。实际上，威尼斯人在这个过渡的特殊时期再次入侵，教皇认识到惟有采取凯撒的方案方能阻止威尼斯人的进攻。但是这一次凯撒拒绝了，他厌倦了出尔反尔，且担心其中有诈。他回答说要求他放弃要塞毫无意义，因为在上帝的帮助下，用不了八天他必会抵达罗马涅区。吃了闭门羹，索伦托和沃尔泰拉枢机主教只得返回罗马。
第二天清晨，正当凯撒准备登船启程，教皇尤里乌斯二世下令逮捕了他。
开始他认为这下一切都结束了，这种行事方式不正是他的惯用伎俩吗！他心里明白监狱与坟墓之间仅一步之遥，只要教皇愿意，随便一个理由就能治他的罪。但是尤里乌斯的性情跟他截然相反，虽然急躁易怒但待人宽厚。因此，凯撒被押回罗马时，教皇心中因为被拒绝而引发的怒气已经平息，还是像往常一样以礼相待，不过从回城第一天起凯撒便明白自己的行踪受人监视。为报答教皇如此友好的接待，凯撒同意割让切塞纳要塞给教皇。切塞纳原本就是教皇国的领地，现在理应归还。教皇将凯撒签署的契约交给将军彼得罗·德奥维多，命他以教皇的名义占领切塞纳。彼得罗依命行事，立即启程前往切塞纳，带着凯撒的令状去拜见迪亚戈·基农大人。基农是西班牙贵族雇佣兵队长，目前奉凯撒之命掌管切塞纳。但是迪亚戈·基农大人却回答，据他所知，公爵大人，也就是他的主子目前身陷囹圄，彼得罗·德奥维多带来的契约书定是主人在暴力胁迫下签署，要他执行此命令简直可耻。至于带来契约书之人此行如此卑劣只配以死谢罪。于是他命士兵逮捕彼得罗·德奥维多，判其坠下城墙而死，并立即执行。
结果这一忠君爱主的做法差点让凯撒人头不保。教皇听闻他的信使遭遇如此横祸，怒不可遏。失去自由的凯撒再次感到大祸临头，为重获自由只好向尤里乌斯二世提出了新的条件，并签署了协约，后通过教皇诏书获得批准。协议约定，瓦伦蒂诺公爵需在四十日内向教皇陛下移交切塞纳和贝尔蒂诺罗两座要塞，并准许弗利投降。罗马的两位银行家为此做了担保，担保费为一万五千达克特金币，总督声称这笔钱是根据瓦伦蒂诺公爵的收益所担负的风险而需支付的总额。教皇陛下则承诺仅派出圣克罗切枢机主教和两名军官押送凯撒前往奥斯蒂亚，一旦凯撒实现所有承诺将立即恢复自由。否则凯撒将被带回罗马囚禁于圣天使堡。为履行协议，凯撒在教皇的财务总管和众多仆从的陪同下，沿台伯河顺流而下来到奥斯蒂亚。圣克罗切枢机主教紧随之后，第二天与凯撒在奥斯蒂亚会合。
然而凯撒担心即使自己兑现承诺，交出那两座要塞，尤利乌斯二世还是会继续囚禁他，因此恳请博尔吉亚枢机主教和雷莫利纳枢机主教出面，恳请教皇提供两艘船及去往科尔多瓦的贡萨尔沃之通行证。这两位主教感到罗马并不安全，目前已退居那不勒斯。信使带来了通行证，并声称船只随后就到。
在此期间，圣克罗切枢机主教得知公爵已向切塞纳和贝尔蒂诺罗的指挥官下令将要塞移交给教皇派去的将军，便放松了警惕。他明白手中的囚犯迟早会重获自由，便允许凯撒不带看守出行。凯撒担心他登上去往贡萨尔沃的船之后，会像上次在教皇船上一样被再次逮捕。因此藏身在城外一间农舍里，夜色降临后，便骑上农夫那头瘦马，一路前往内图诺，之后租了一艘小船前往蒙德拉戈内，历尽艰苦终于抵达那不勒斯。贡萨尔沃假装热情地接待了他，让凯撒误以为自己终于得救了。他还把自己的计划透漏给了贡萨尔沃，告诉他自己的目标是攻下比萨，之后再向罗马涅区进军。贡萨尔沃准许他在那不勒斯招募士兵，而且承诺提供给他两艘战船，这使凯撒对他更加深信不疑。凯撒受这些表面现象蒙骗，在那不勒斯逗留的近六个星期里，每天都去会见西班牙总督，商讨他的大计。但是贡萨尔沃只不过是在争取时间，好派人告诉西班牙国王，他的敌人此时正在自己的领地之上。凯撒招募了士兵，带着两艘战船准备再次启程，他前往贡萨尔沃的城堡向他告别。这位西班牙总督和往常一样亲切礼貌地接待了他，并祝愿他一切顺利，心想事成，分手时还拥抱了他。可是贡萨尔沃的将军努诺·坎佩贾此时就等在城堡的门口，逮捕了凯撒，宣布凯撒沦为天主教斐迪南的阶下囚。听到此话，凯撒仰天长叹，咒骂自己定是霉运当头，否则怎么会相信一个向来出尔反尔、不守信用的敌人所说的话呢。
他当即被带进城堡关进监狱。监狱大门在他身后砰然关闭，所有希望都已破灭，再无人能向他伸出援手。这世界上唯一会为他献身的人便是米凯洛托，而据他所知米凯洛托在比萨附近已被尤里乌斯二世下令逮捕。凯撒被送入狱中之后，一名军官进来从他身上搜走了贡萨尔沃颁发给他的通行证。
凯撒被逮捕当天是1504年5月27日，第二天便被押上船送往西班牙。航行途中只有一名随从服侍他。上岸之后，他被送到了梅迪纳-德尔坎波城堡。
十年之后，贡萨尔沃遭流放，奄奄一息地躺在床上，即将见到上帝之时向雷萨坦承有两件事一直让他的良心备受折磨：一是背叛了斐迪南，二便是失信于凯撒。
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